Amaro Emiliano Trindade Silva

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

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• Trindade-Silva, Amaro E ; Rua, C. ; Berlinck, Roberto G. S. ; Thompson FL . Metagenomics of the sponge holobiont Arenosclera brasiliensis. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Trindade-Silva, Amaro E ; Rua, C. ; Berlinck, Roberto G. S. ; Thompson FL . Metagenomics of the sponge Arensclera brasiliensis. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

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• TRINDADE-SILVA, A. E. ; Hanora, A ; Vizzone, V. F. ; Elshahawi, S. ; Yang, J. C. ; DISTEL, D. L. ; SCHMIDT, E. W. ; SOARES, C. A. G. ; Haygood, M. G. . Characterization of a modular polyketide synthase secondary metabolite biosynthetic gene cluster from Teredinibacter turnerae, a symbiont of shipworms (Teredinidae). 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• TRINDADE-SILVA, A. E. ; Hanora, A ; Fishman B. ; Vizzone, V. F. ; Elshahawi, S. ; Yang, J. C. ; DISTEL, D. L. ; SCHMIDT, E. W. ; SOARES, C. A. G. ; Haygood, M. G. . Secondary metabolome of Teredinibacter turnerae, a symbiont of shipworms (Teredinidae). 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• ALTAMIA, M. A. ; LIN, Z. ; Trindade-Silva, Amaro E. ; UY, I. D. ; WILKE, D. V. ; SHIPWAY, R. ; CONCEPCION, G. P. ; DISTEL, D. L. ; Haygood, M. G. ; SCHMIDT, E. W. . Secondary metabolic symbiosis in shipworms (Teredinidae) 2019 (Preprint).

• BRITO, THAIS L. ; CAMPOS, AMANDA B. ; BASTIAAN VON MEIJENFELDT, F. A. ; DANIEL, JULIO P. ; RIBEIRO, GABRIELLA B. ; Silva, Genivaldo G. Z. ; WILKE, D. V. ; MORAES, D. T. ; DUTILH, B. E. ; MEIRELLES, PEDRO M. ; Trindade-Silva, Amaro E. . The gill-associated symbiont microbiome is a main source of woody-plant polysaccharide hydrolase genes and secondary metabolite gene clusters in Neoteredo reynei, a unique shipworm from south Atlantic mangroves 2018 (Preprint).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2014 - Atual

  Prospecção de microbiomas associados à moluscos Teredinidae para grupamentos gênicos de síntese de produtos naturais bioativos e degradação de polissacarídeos complexos por métodos dependente e independente de cultivo., Descrição: O potencial biotecnológico de microbiomas de invertebrados marinhos é um alvo de interesse para prospecção. A simbiose entre moluscos bivalves perfurantes de madeira da família Teredinidae com -proteobactérias celulolíticas e fixadoras de nitrogênio do clado Teredinibacter, por exemplo, vem se estabelecendo como um modelo de interação bactéria-hospedeiro animal. Diferentemente de outras simbioses de caráter nutricional, as bactérias do clado Teredinibacter não se localizam no sistema gastrointestinal, mas sim nas brânquias do hospedeiro teredinídeo. Além disto, Teredinibacter turnerae, um representante do clado Teredinibacter, é passível de cultivo in vitro. Este fato é raro, uma vez que simbiontes intracelulares costumam apresentar degeneração do genoma decorrente do processo de coevolução com o hospedeiro animal, sendo recalcitrantes ao cultivo. O sequenciamento do genoma de uma linhagem de T. turnerae demonstrou que essa bactéria tem um verdadeiro arsenal de enzimas voltadas para a degradação de polissacarídeos componentes da matéria vegetal lenhosa, além de um complemento gênico ímpar para a síntese de produtos naturais bioativos. Todo este potencial metabólico de T. turnerae ainda está longe de ser totalmente explorado. Paralelamente, a análise de amostras de tecido do trato gastrointestinal de espécimes de cinco espécies de Teredinidae por microscopia confocal e hibridização fluorescente in situ (Fluorescence in situ hybridization, FISH), demonstrou a existência de comunidades microbianas claramente distintas daquelas presentes nas brânquias destes animais, cuja diversidade e função ainda são amplamente desconhecidas. As espécies de teredinídeo Neoteredo reynei e Nausitora fusticula, tem distribuição restrita a águas salobras, ocorrendo em abundância nos manguezais da costa brasileira. No norte do Brasil, N. reynei, espécie única do gênero e uma das maiores da família Teredinidae, é utilizado popularmente como alimento e no tratamento de doenças infecciosas. Todavia, a diversidade da flora microbiana destes teredinídeos ainda é altamente desconhecida. O objetivo do presente trabalho é integrar abordagens robustas de sequenciamento massivo com técnicas de cultivo para se caracterizar os microbiomas associados as brânquias e sistema gastrointestinal de espécimes de N. reynei e N. fusticula. As prospecções metagenômicas e genômicas, no caso dos isolados bacterianos representativos para cada tecido de ambas espécies de teredinídeo, serão efetuadas para se detectar e caracterizar enzimas multifuncionais envolvidas na: (i) degradação da matéria vegetal lenhosa e (ii) produção de produtos naturais bioativos de baixo peso molecular e alta complexidade estrutural. Os resultados esperados neste projeto devem pavimentar o caminho para: (i) a descoberta de novas enzimas ou domínios catalíticos microbianos e com potencial para aplicação biotecnológica, como hidrolases para produção de etanol de segunda geração e policetídeo sintases para síntese de antibióticos derivados de policetídeos; (ii) a caracterização profunda da diversidade taxonômica das comunidades microbianas associadas a N. reynei e N. fusticula; (iii) a ampliação de coleção de bactérias ambientais do grupo de Biotecnologia da FTC-Salvador; (iv) o entendimento da ecologia das interações simbióticas entre microrganismos e moluscos teredinídeos, de grande interesse econômico devido ao estilo de vida depredatório desses invertebrados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Coordenador / Margo G. Haygood - Integrante / Thiago Bruce - Integrante / Daniela Toma de Moraes - Integrante / Leticia Veras Costa-Lotufo - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2013 - Atual

  Diversidade funcional e taxonômica de bactérias lignocelulolíticas associadas ao Bioma Caatinga, Descrição: Este projeto pretende estabelecer uma coleção de bactérias para bioprospecção da diversidade microbiana do solo da Caatinga. O isolamento será dirigido pela presença de substrato específico como única fonte de carbono (lignina e celulose). Os isolados serão inventariados, caracterizados taxonomicamente e serão avaliados em relação ao seu potencial para aplicação na produção de biocombustíveis. A coleção de linhagens representará o estabelecimento de uma fonte natural para prospecção de moléculas bioativas que serão identificadas através de análise molecular. Elas poderão ser aplicadas na conversão de biomassa vegetal através de tratamento enzimático, com foco em bioetanol de 3ª geração.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Astria Dias Ferrão Gonzales - Integrante / Thiago Bruce - Coordenador / Fernanda Gomes Leite - Integrante / Camila Neves - Integrante / Claudia Treumman - Integrante., Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro.

• 2013 - Atual

  Caracterização dos microrganismos associados ao moluscos Neoteredo reynei (Teredinidade) e prospecção de enzimas envolvidas na degradação da matéria vegetal lenhosa e na síntese de produtos naturais através de abordagem metagenômica., Descrição: A simbiose entre moluscos bivalves perfurantes de madeira da família Teredinidae com -proteobactérias celulolíticas e fixadoras de nitrogênio do clado Teredinibacter vem se estabelecendo como um modelo de interação bactéria-hospedeiro animal. Diferentemente de outras simbioses de caráter nutricional, as bactérias do clado Teredinibacter não se localizam no sistema gastrointestinal, mas sim nas brânquias do hospedeiro teredinídeo. O sequenciamento do genoma de uma linhagem de T. turnerae demonstrou que essa bactéria tem um verdadeiro arsenal de hidrolases para a degradação de polissacarídeos componentes da madeira, além de um complemento gênico ímpar para a síntese de produtos naturais bioativos. Todo este potencial metabólico de T. turnerae está longe de ser esgotado. Paralelamente, análises cultivo independentes de de amostras do trato gastrointestinal de cinco espécies de Teredinidae demonstraram a existência de comunidades microbianas distintas das encontradas nas brânquias destes animais. O presente projeto tem como objetivo explorar, através de análises metagenômicas, a diversidade e função das comunidades microbianas presentes nas brânquias e trato gastrointestinal de Neoteredo reynei, espécie de Teredinidae de distribuição restrita a águas salobras, ocorrendo em abundância nos manguezais da costa brasileira. Espera-se prospectar também, genes microbianos de interesse biotecnológico e envolvidos na síntese de produtos naturais bioativos e na hidrolise do material lignocelulósico.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Coordenador / Margo G. Haygood - Integrante / Thiago Bruce - Integrante / Daniela Toma de Moraes - Integrante / Leticia Veras Costa-Lotufo - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2013 - Atual

  Modernização da Unidade de Biologia Molecular do Mestrado em Tecnologias Aplicáveis a Bioenergia para bioprospecção da diversidade microbiana através de sequenciamento de última geração, Descrição: Técnicas de sequenciamento são amplamente aplicadas ao estudo da diversidade microbiana. O desenvolvimento e aprimoramento dos sequenciadores de primeira geração (baseado no método de Sanger), e mais recentemente, os de última geração permitem o sequenciamento massivo de amostras ambientais. Essas metodologias permitem o estudo das populações microbianas a partir de amostras ambientais para bioprospecção molecular com potencial aplicação na produção de biocombustíveis. O MPB apresenta linhas de pesquisa que envolvem a utilização de plataformas de sequenciamento de última geração através de colaboração científica com instituições de pesquisa. O fluxo de trabalho para execução do sequenciamento pode ser dividido em três etapas: Construção de bibliotecas, sequenciamento e análise dos dados. Entre as etapas, apenas a segunda necessita da presença da plataforma de sequenciamento e as restantes podem ser executadas nas dependências do MPB, agilizando o fluxo de trabalho, permitindo o envio das amostras para serem prontamente sequenciadas. Além disso, A quantidade de dados gerados é muito grande e por isso é necessário um potencial computacional que possibilite seu processamento. Por isso, esse projeto solicita recursos para a compra de equipamentos que irão permitir que o MPB desenvolva, com maior eficiência, os procedimentos que são necessários para o processamento dos ácidos nucleicos e dos dados gerados através de plataformas de sequenciamento de última geração.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Astria Dias Ferrão Gonzales - Integrante / Thiago Bruce - Coordenador / Viviane Matos Galvão - Integrante / Vitor Hugo Moreau - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia - Auxílio financeiro.

• 2013 - Atual

  Prospecção de substâncias com potencial anticâncer de zoantídeos do litoral brasileiro utilizando metabolômica e análise da diversidade microbiana associada a esses invertebrados por métodos dependente e independente de cultivo, Descrição: Evidências recentes tem sugerido que os microorganismos associados aos invertebrados marinhos são os produtores da maioria dos PNM encontrados em extratos de invertebrados. O estudo com zoantídeo Protopalythoa variabilis revelou substâncias citotóxicas promissoras, todavia a quantidade reduzida de material impossibilitou o prosseguimento dos estudos. Estudos preliminares para avaliação da citotoxicidade in vitro contra uma linhagem de câncer de cólon dos extratos hidroalcoólicos brutos dos zoantídeos P. variabilis e Palythoa caribaeorum indicam que a potência da atividade citotóxica está correlacionada com o local onde o animal foi encontrado e não com a espécie em si. Nós hipotetizamos que a diferença entre atividade citotóxica nesses locais se deve, pelo em parte, a microbiota diferenciada associada aos zoantídeos. Esse projeto propõe investigar o potencial citotóxico dos zoantídeos P. caribaeorum e P. variabilis do litoral brasileiro através de uma abordadem inovadora, racional, multidisciplinar e voltada para a descoberta e produção sustentável de substâncias bioativas. Para execução da proposta estão incluídas diferentes abordagens de estudo dos diferentes espécimes coletados em diferentes praias, a saber: 1- metabolômica voltada para a comparação do perfil de metabólitos secundários dos extratos brutos; 2- PCR-DGGE para comparação da microbiota associada aos diferentes espécimes e; 3 - cultivo de microorganismos associados em diferentes meios de cultura, seguido da avaliação da atividade citotóxica dos extratos dessas culturas, derreplicação dos extratos ativos e isolamento e caracterização química dos compostos responsáveis pela atividade biológica dos extratos selecionados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Diego Veras Wilke - Coordenador / Vânia Maria Maciel Melo - Integrante / Arinice de Menezes Costa - Integrante / Paula Christine Jimenez - Integrante / Bianca del Bianco Sahm - Integrante / Otília Desudênia Loiola Pessoa - Integrante / Francisco das Chagas Lima Pinto - Integrante / Alison Batista da Silva - Integrante / Vanessa Lúcia Rodrigues Nogueira - Integrante / Leticia Veras Costa-Lotufo - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2013 - Atual

  Prospecção Sustentável em Ilhas Oceânicas: Biodiversidade, Química, Ecologia e Biotecnologia (ProspecMar- Ilhas), Descrição: A presente proposta tem como objetivo a realização de prospecção de recursos biológicos nas ilhas brasileiras visando o conhecimento da sua biodiversidade e o seu uso sustentável na identificação de serviços ecossistêmicos e no desenvolvimento de produtos e processos biotecnológicos. A proposta envolve 43 pesquisadores doutores distribuídos em 9 Universidades (UFC, UFRN, UFBA, FTC, UFF, UFRJ, UFSC, USP-Ribeirão Preto, UNESP-Araraquara), 15 programas de pós-graduação, contribuindo para melhor compreensão da nossa diversidade, seu funcionamento e potencial viabilidade de manejo tendo em vista a avaliação de serviços ecossistêmicos e desenvolvimento de produtos. Este processo deverá levar não só a geração de conhecimento como a formação de recursos humanos qualificados e integrados a um sistema de rede fortemente enraizado em todo o território nacional.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Vitor Hugo Moreau - Integrante / Diego Veras Wilke - Integrante / Vânia Maria Maciel Melo - Integrante / Paula Christine Jimenez - Integrante / Otília Desudênia Loiola Pessoa - Integrante / Vanessa Lúcia Rodrigues Nogueira - Integrante / Leticia Veras Costa-Lotufo - Coordenador / Edilberto Rocha da Silveira - Integrante / Maria da Conceição Ferreira de Oliveira - Integrante / Mary Anne Sousa Lima - Integrante / Jair Mafezoli - Integrante / Tito Monteiro da Cruz Lotufo - Integrante / Claudia do Ó Pessoa - Integrante / Manoel Odorico de Moraes Filho - Integrante / Luis Ernesto Arruda Bezerra - Integrante / Cristina Rocha Barreira - Integrante / Thiciana da Silva Sousa - Integrante / Maria da Conceição Menezes Torres - Integrante / Ana Jérsia Araújo - Integrante / Danilo Damasceno Rocha - Integrante / José Delano Barreto Marinho-Filho - Integrante / Denise Cavalcante Hissa - Integrante / Antonia Torres Ávila Pimenta - Integrante / Renata Mendonça Araújo - Integrante / Fabrício Gava Menezes - Integrante / Emilio de Lanna Neto - Integrante / Flora Maria de Campos Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Leite Ferreira - Integrante / Rosângela de Almeida Epifanio - Integrante / Alessandra Leda Valverde - Integrante / Carla Zilberbeg - Integrante / Sergio R. Floeter - Integrante / Paulo Antunes Horta Júnior - Integrante / Alberto Lindner - Integrante / Miriam de Barcellos Falkenberg - Integrante / Barbara Segal - Integrante / Marcelo Maraschin - Integrante / Cintia Lhullier - Integrante / Fernanda Ramlov - Integrante / José Bonomi Barufi - Integrante / Leonardo Rorig - Integrante / Norberto Peporine Lopes - Integrante / Denise Brentan da Silva - Integrante / Ricardo Vessecchi - Integrante / Ian Castro-Gamboa - Integrante / Dulce Helena Siqueira - Integrante / Vanderlan da Silva Bolzani - Integrante / James Joseph La Clair - Integrante / Eli Chapman - Integrante / Helena Matthews-Cascon - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2012 - 2012

  Caracterização taxonômica e funcional do microbioma da esponja Arenosclera brasiliensis com bioprospecção para vias de síntese de policetídeos complexos bioativos, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Fabiano Lopes Thompson - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2009 - Atual

  Caracterização da microbiota e da diversidade de enzimas da classe da policetídeo sintases (PKSs) através de metagenômica da esponja endêmica Arenosclera brasiliensis (Haplosclerida), Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Roberto Gomes de Souza Berlinck em 25/01/2013., Descrição: Descrição - As esponjas (Filo Porífera) são metazoários primitivos, sésseis e exímios filtradores na fase adulta, alimentando-se de partículas orgânicas e/ou microrganismos planctônicos. Muitas das esponjas marinhas desenvolveram, no curso evolutivo, associações com uma densa e complexa rede de microrganismos incluindo bactérias, arqueia, e eucariontes unicelulares, sendo também conhecidas como bacteriosponges Esponjas da ordem Haplosclerida, classe Demospongia são fonte de alcalóides alquilpiperidínicos muitas vezes detentores de atividades biológicas como hemolítica, citotóxica, neurotóxica e antineoplásica. Um alcaloide prototípico derivado de esponjas, a manzamina A, apresenta atividade antimalárica, foi encontrado em esponjas Haplosclerida taxonômica e geograficamente distintas, e é produzido por uma linhagem de Actinobacteria (Micromonospora sp. strain M42) isolada da esponja Acanthostrongylophora sp. O objetivo do presente trabalho é caracterizar, por abordagens cultivo independente de metagenômica a diversidade microbiana associada a esponja Aresnoclera brasiliensis, assim como a diversidade de enzimas da classe das policetídeo sintases associadas a produção de compostos bioativos como alcaloides.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Berlinck, Roberto G. S. - Coordenador.

• 2001 - 2009

  Genética Molecular de Bactérias celulolíticas/fixadoras de nitrogênio simbiontes de moluscos Teredinidae., Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Carlos Augusto Gomes Soares em 25/01/2013., Descrição: Descrição: Os bivalves da família Teredinidae são perfurantes de madeira obrigatórios. Estes invertebrados são capazes de utilizar a celulose devido à simbiose com bactérias celulolíticas / fixadoras de nitrogênio denominada Teredinibacter turnerae, presentes em estruturas especializadas localizadas em suas brânquias. Estas bactérias também são capazes de produzir ácidos orgânicos e de secretar proteases para o meio extracelular. Além disso, uma série de compostos com atividade celular são produzidos e possivelmente estão relacionados com o processo de interação com o hospedeiro. No presente projeto serão caracterizados genes relacionados ao metabolismo de policetídeos com atividade anti-proliferativa e anti-retroviral. A regulação transcricional e pós-traducional destas vias biossintéticas também é investigada. A superexpressão e o fenótipo de mutantes também serão avaliados. O presente projeto propõem também investigar baeses moleculares do fenômeno de polimosfismo clonal da bactéria T. turnerae. Este polimorfismo é contundente com a variação espaço/temporal da salinidade de ambientes estuarinos e levam a variações nas atividades biológicas destas bactérias simbiontes, sendo relevante a avaliação deste polimorfismo em processos de colonizacão das diferentes espécies de moluscos hospedeiros.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Carlos Augusto G. Soares - Coordenador.

• 1999 - 2000

  Caracterização a rota de formação de Glutamina-tRNA e Asparagina-tRNA na Archaea Haloferax volcanii, Descrição: Tipagem de microorganismos através de técnicas de biologia molecular, como por ex. amplificação por PCR de regiões intergênicas e seu sequenciamento. Caracterização da rota de formação de Glutamina-tRNA e Asparagina-tRNA em microorganismos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amaro Emiliano Trindade Silva - Integrante / Orlando B. Martins - Coordenador.

Prêmios