Ricardo Assunção Vialle

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• SCHEIDEMANTEL, LUCAS P. ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; GAITERI, CHRIS ; MENON, VILAS ; DE JAGER, PHILIP L. ; SCHNEIDER, JULIE A. ; BUCHMAN, ARON S. ; WANG, YANLING ; TASAKI, SHINYA ; RAITTZ, ROBERTO T. ; BENNETT, DAVID A. ; VIALLE, RICARDO A. . Integration of aged brain multi-omics reveals cross-system mechanisms underlying Alzheimer's disease heterogeneity. Cell Reports , v. 45, p. 117235, 2026.

• LANGE-MAIA, BRITTNEY S ; VIALLE, RICARDO A ; WANG, TIANHAO ; ZAMMIT, ANDREA R ; FARFEL, JOSE ; SEYFRIED, NICHOLAS T ; BENNETT, DAVID A ; BUCHMAN, ARON S . Proteome-wide association study of cortical proteins that may provide resilience for late-life disability. JOURNALS OF GERONTOLOGY SERIES A-BIOLOGICAL SCIENCES AND MEDICAL SCIENCES , v. 81, p. 1, 2026.

• VIALLE, RICARDO A. ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; LI, YAN ; NG, BERNARD ; SCHNEIDER, JULIE A. ; BUCHMAN, ARON S. ; WANG, YANLING ; FARFEL, JOSE M. ; BARNES, LISA L. ; WINGO, ALIZA P. ; WINGO, THOMAS S. ; SEYFRIED, NICHOLAS T. ; DE JAGER, PHILIP L. ; GAITERI, CHRIS ; TASAKI, SHINYA ; BENNETT, DAVID A. . Structural variants linked to Alzheimer?s disease and other common age-related clinical and neuropathologic traits. Genome Medicine , v. 17, p. 20, 2025.

• AVEY, DENIS R. ; NG, BERNARD ; VIALLE, RICARDO A. ; KEARNS, NICOLA A. ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; IATROU, ARTEMIS ; DE TISSERA, SASHINI ; VYAS, HIMANSHU ; SAUNDERS, DEVIN M. ; FLOOD, DANIEL J. ; XU, JISHU ; TASAKI, SHINYA ; GAITERI, CHRIS ; BENNETT, DAVID A. ; WANG, YANLING . Uncovering plaque-glia niches in human Alzheimer?s disease brains using spatial transcriptomics. Molecular Neurodegeneration Advances , v. 1, p. 2, 2025.

• VIALLE, RICARDO A. ; YU, LEI ; LI, YAN ; RAITTZ, ROBERTO T. ; FARFEL, JOSE M. ; DE JAGER, PHILIP L. ; SCHNEIDER, JULIE A. ; BARNES, LISA L. ; TASAKI, SHINYA ; BENNETT, DAVID A. . Genotyping TOMM40?523 Poly-T Polymorphisms Using Whole-Genome Sequencing. Human Genetics And Genomics Advances , v. 6, p. 100488, 2025.

• OVEISGHARAN, SHAHRAM ; YU, LEI ; YANG, JINGYUN ; AGRAWAL, SONAL ; VIALLE, RICARDO ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; TASAKI, SHINYA ; WANG, YANLING ; PETYUK, VLADISLAV A. ; YOUNG-PEARSE, TRACEY L. ; MENON, VILAS ; ZHAO, JINYING ; MIAO, GUANHONG ; BARNES, LISA L. ; SCHNEIDER, JULIE A. ; DE JAGER, PHILIP LAWRENCE ; SEYFRIED, NICHOLAS ; BENNETT, DAVID A. . Cortical Gray Matter Proteins Associated With Cerebral Amyloid Angiopathy in Community-Dwelling Older Adults. NEUROLOGY , v. 105, p. 1, 2025.

• SNIJDERS, GIJSJE J.L.J. ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; SNEEBOER, MARJOLEIN A.M. ; MULLER, BENJAMIN Z. ; GIGASE, FREDERIEKE A.J. ; DURSO, DANTE ; VIALLE, RICARDO A. ; MISSALL, ROY ; KUBLER, RAPHAEL ; RAJ, TOWFIQUE ; HUMPHREY, JACK ; DE WITTE, LOT D. . The human microglia responsome: a resource for microglia states in health and disease. BRAIN BEHAVIOR AND IMMUNITY , v. 1, p. 106095, 2025.

• GODOY, JULIANA BEKER ; VIALLE, RICARDO A. ; DOS SANTOS, LOREN ; RAITTZ, ROBERTO T. ; WANG, YANLING ; MENON, VILAS ; DE JAGER, PHILIP L. ; SCHNEIDER, JULIE A. ; TASAKI, SHINYA ; BENNETT, DAVID A. ; GUIZELINI, DIEVAL ; DE PAIVA LOPES, KATIA . Cytokine expression profile in the human brain of older adults. Journal of Neuroinflammation , v. 22, p. 224, 2025.

• LOPES, KATIA DE PAIVA ; VIALLE, RICARDO A. ; GREEN, GILAD ; FUJITA, MASASHI ; GAITERI, CHRIS ; MENON, VILAS ; SCHNEIDER, JULIE A. ; WANG, YANLING ; DE JAGER, PHILIP L. ; HABIB, NAOMI ; TASAKI, SHINYA ; BENNETT, DAVID A. . Gene module-trait network analysis uncovers cell type specific systems and genes relevant to Alzheimer's Disease. ACTA NEUROPATHOLOGICA COMMUNICATIONS , v. 13, p. 222, 2025.

• OVEISGHARAN, SHAHRAM ; YU, LEI ; WANG, YANLING ; YANG, JINGYUN ; VIALLE, RICARDO ; LOPES, KATIA DE PAIVA ; TASAKI, SHINYA ; YOUNG'PEARSE, TRACEY L. ; DE JAGER, PHILIP L ; PETYUK, VLADISLAV A. ; SCHNEIDER, JULIE A. ; SEYFRIED, NICHOLAS T. ; BENNETT, DAVID A. . Amyloid beta binding partners in the brain tissue of older adults. Alzheimers & Dementia , v. 21, p. e70882, 2025.

• OVEISGHARAN, SHAHRAM ; YU, LEI ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; PETYUK, VLADISLAV A. ; TASAKI, SHINYA ; VIALLE, RICARDO ; MENON, VILAS ; WANG, YANLING ; DE JAGER, PHILIP L. ; SCHNEIDER, JULIE A. ; BENNETT, DAVID A. . G-protein coupled estrogen receptor 1, amyloid-β, and tau tangles in older adults. Communications Biology , v. 7, p. 569, 2024.

• RESSLER, HADLEY W. ; HUMPHREY, JACK ; VIALLE, RICARDO A. ; BABROWICZ, BERGAN ; KANDOI, SHRISHTEE ; RAJ, TOWFIQUE ; DICKSON, DENNIS W. ; ERTEKIN-TANER, NILÜFER ; CRARY, JOHN F. ; FARRELL, KURT . MAPT haplotype-associated transcriptomic changes in progressive supranuclear palsy. ACTA NEUROPATHOLOGICA COMMUNICATIONS , v. 12, p. 135, 2024.

• GRODSTEIN, FRANCINE ; LEMOS, BERNARDO ; YANG, JINGYUN ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; VIALLE, RICARDO A. ; SEYFRIED, NICHOLAS ; WANG, YANLING ; SHIREBY, GEMMA ; HANNON, EILIS ; THOMAS, ALAN ; BROOKES, KEELEY ; MILL, JONATHAN ; DE JAGER, PHILIP L. ; BENNETT, DAVID A. . Genetic architecture of epigenetic cortical clock age in brain tissue from older individuals: alterations in and other loci. Epigenetics , v. 19, p. 1, 2024.

• LOPES, KATIA DE PAIVA ; SNIJDERS, GIJSJE J. L. ; HUMPHREY, JACK ; ALLAN, AMANDA ; SNEEBOER, MARJOLEIN A. M. ; NAVARRO, ELISA ; SCHILDER, BRIAN M. ; VIALLE, RICARDO A. ; PARKS, MADISON ; MISSALL, ROY ; VAN ZUIDEN, WELMOED ; GIGASE, FREDERIEKE A. J. ; KÜBLER, RAPHAEL ; VAN BERLEKOM, AMBER BERDENIS ; HICKS, EMILY M. ; B'TTCHER, CHOTIMA ; PRILLER, JOSEF ; KAHN, RENÉ S. ; DE WITTE, LOT D. ; RAJ, TOWFIQUE ; et.al . Genetic analysis of the human microglial transcriptome across brain regions, aging and disease pathologies. NATURE GENETICS , v. 1, p. 1, 2022.

• VIALLE, RICARDO A. ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; BENNETT, DAVID A. ; CRARY, JOHN F. ; RAJ, TOWFIQUE . Integrating whole-genome sequencing with multi-omic data reveals the impact of structural variants on gene regulation in the human brain. NATURE NEUROSCIENCE , v. 25, p. 1, 2022.

• RIBOLDI, GIULIETTA MARIA ; VIALLE, RICARDO A. ; NAVARRO, ELISA ; UDINE, EVAN ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; HUMPHREY, JACK ; ALLAN, AMANDA ; PARKS, MADISON ; HENDERSON, BROOKLYN ; ASTUDILLO, KELLY ; ARGYROU, CHARALAMBOS ; ZHUANG, MAOJUAN ; SIKDER, TAMJEED ; ORIOL NARCIS, J. ; KUMAR, SHILPA DILIP ; JANSSEN, WILLIAM ; SOWA, ALLISON ; COMI, GIACOMO P. ; DI FONZO, ALESSIO ; CRARY, JOHN F. ; et.al . Transcriptome deregulation of peripheral monocytes and whole blood in GBA-related Parkinson?s disease. Molecular Neurodegeneration , v. 17, p. 52, 2022.

• VIDAL, AMANDA FERREIRA ; FERRAZ, RAFAELLA SOUSA ; EL-HUSNY, ANTONETTE ; SILVA, CAIO SANTOS ; VINASCO-SANDOVAL, TATIANA ; MAGALHÃES, LEANDRO ; RAIOL-MORAES, MILENE ; BARRA, WILLIAMS FERNANDES ; PEREIRA, CYNTHIA LARA BRITO LINS ; DE ASSUMPÇÃO, PAULO PIMENTEL ; DE BRITO, LEONARDO MIRANDA ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; SANTOS, SIDNEY ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. . Comprehensive analysis of germline mutations in northern Brazil: a panel of 16 genes for hereditary cancer-predisposing syndrome investigation. BMC CANCER , v. 21, p. 363, 2021.

• LOPES, ELISSON N. ; FONSECA, VAGNER ; FRIAS, DIEGO ; TOSTA, STEPHANE ; SALGADO, ÁLVARO ; ASSUNÇÃO VIALLE, RICARDO ; PAULO EDUARDO, TOSCANO S. ; BARRETO, FERNANDA K. ; ARISTON DE AZEVEDO, VASCO ; GUARINO, MICHELE ; ANGELETTI, SILVIA ; CICCOZZI, MASSIMO ; JUNIOR ALCANTARA, LUIZ C. ; GIOVANETTI, MARTA . Betacoronaviruses genome analysis reveals evolution toward specific codons usage: Implications for SARS-CoV-2 mitigation strategies. Journal of Medical Virology , v. 93, p. 5630-5634, 2021.

• SNIJDERS, GIJSJE ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; HUMPHREY, JACK ; ALLAN, AMANDA ; SNEEBOER, MARJOLEIN ; NAVARRO, ELISA ; SCHILDER, BRIAN ; VIALLE, RICARDO ; PARKS, MADISON ; MISSALL, ROY ; VAN ZUIDEN, WELMOED ; GIGASE, FREDERIEKE ; KUBLER, RAPHAEL ; BERDENIS VAN BERLEKOM, AMBER ; BOTTCHER, CHOTIMA ; PRILLER, JOSEF ; KAHN, RENE ; DE WITTE, LOT ; RAJ, TOWFIQUE . Genetic Effects on Human Microglia Transcriptome in Neuropsychiatric Diseases. BIOLOGICAL PSYCHIATRY , v. 89, p. S84-S85, 2021.

• FARRELL, KURT ; KIM, SOONGHO ; HAN, NATALIA ; IIDA, MEGAN A. ; GONZALEZ, ELIAS M. ; OTERO-GARCIA, MARCOS ; WALKER, JAMIE M. ; RICHARDSON, TIMOTHY E. ; RENTON, ALAN E. ; ANDREWS, SHEA J. ; FULTON-HOWARD, BRIAN ; HUMPHREY, JACK ; VIALLE, RICARDO A. ; BOWLES, KATHRYN R. ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; WHITNEY, KRISTEN ; DANGOOR, DIANA K. ; WALSH, HADLEY ; MARCORA, EDOARDO ; HEFTI, MARCO M. ; et.al . Genome-wide association study and functional validation implicates JADE1 in tauopathy. Acta Neuropathologica , v. 1, p. 21, 2021.

• NAVARRO, ELISA ; UDINE, EVAN ; LOPES, KATIA DE PAIVA ; PARKS, MADISON ; RIBOLDI, GIULIETTA ; SCHILDER, BRIAN M. ; HUMPHREY, JACK ; SNIJDERS, GIJSJE J. L. ; VIALLE, RICARDO A. ; ZHUANG, MAOJUAN ; SIKDER, TAMJEED ; ARGYROU, CHARALAMBOS ; ALLAN, AMANDA ; CHAO, MICHAEL J. ; FARRELL, KURT ; HENDERSON, BROOKLYN ; SIMON, SARAH ; RAYMOND, DEBORAH ; ELANGO, SONYA ; ORTEGA, ROBERTO A. ; et.al . Dysregulation of mitochondrial and proteolysosomal genes in Parkinson?s disease myeloid cells. Nature Aging , v. 1, p. 850-863, 2021.

• MARQUES, DIEGO ; FERREIRA-COSTA, LAYSE RAYNARA ; FERREIRA-COSTA, LORENNA LARISSA ; BEZERRA-OLIVEIRA, ANA BEATRIZ ; CORREA, ROMUALDO DA SILVA ; RAMOS, CARLOS CESAR DE OLIVEIRA ; VINASCO-SANDOVAL, TATIANA ; LOPES, KATIA DE PAIVA ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; VIDAL, AMANDA FERREIRA ; SILBIGER, VIVIAN NOGUEIRA ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA . Role of miRNAs in Sigmoid Colon Cancer: A Search for Potential Biomarkers. Cancers , v. 12, p. 3311, 2020.

• DE LIMA NICHIO, BRUNO THIAGO ; DE OLIVEIRA, ARYEL MARLUS REPULA ; DE PIERRI, CAMILLA REGINATTO ; SANTOS, LETICIA GRAZIELA COSTA ; LEJAMBRE, ALEXANDRE QUADROS ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; DA ROCHA COIMBRA, NILSON ANTÔNIO ; GUIZELINI, DIEVAL ; MARCHAUKOSKI, JERONIZA NUNES ; DE OLIVEIRA PEDROSA, FABIO ; RAITTZ, ROBERTO TADEU . RAFTS3G: an efficient and versatile clustering software to analyses in large protein datasets. BMC BIOINFORMATICS , v. 20, p. 392, 2019.

• LAUX, M. ; WERNER, V. R. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. ; GIANI, A. . Planktonic cyanobacteria from a tropical reservoir of southeastern Brazil: a picocyanobacteria rich community and new approaches for its characterization.. NOVA HEDWIGIA , v. 107, p. 1-2, 2018.

• VIALLE, R. A. ; TAMURI, A. U. ; GOLDMAN, N. . Alignment modulates ancestral sequence reconstruction accuracy. Molecular Biology and Evolution , v. msy055, p. 1, 2018.

• LOPES, KATIA DE PAIVA ; VINASCO-SANDOVAL, TATIANA ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; PASCHOAL, FERNANDO MENDES ; BASTOS, VANESSA ALBUQUERQUE P. AVIZ ; BOR-SENG-SHU, EDSON ; TEIXEIRA, MANOEL JACOBSEN ; YAMADA, ELIZABETH SUMI ; PINTO, PABLO ; VIDAL, AMANDA FERREIRA ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ARTHUR ; MOREIRA, FABIANO ; SANTOS, SIDNEY ; PASCHOAL, ERIC HOMERO ALBUQUERQUE ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA . Global miRNA expression profile reveals novel molecular players in aneurysmal subarachnoid haemorrhage. Scientific Reports , v. 8, p. 8786, 2018.

• VIALLE, R. A. ; SOUZA, J. E. S. ; LOPES, K. P. ; TEIXEIRA, D. G. ; ALVES SOBRINHO, P. A. ; SANTOS, A. M. R. ; FURTADO, C. ; SAKAMOTO, T. ; SILVA, F. A. O. ; OLIVEIRA, E. H. C. ; HAMOY, I. G. ; ASSUMPCAO, P. P. ; SANTOS, A. K. C. R. ; LIMA, J. P. M. S. ; SEUANEZ, H. N. ; SOUZA, S. J. ; SANTOS, SIDNEY . Whole Genome Sequencing of the Pirarucu (Arapaima gigas) Supports Independent Emergence of Major Teleost Clades. Genome Biology and Evolution , v. 10, p. 2366-2379, 2018.

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• DE SOUZA, V. ; PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CHICORA, V. K. ; GUIZELINI, D. ; WEISS, V. ; VIALLE, R. A. ; MONTEIRO, R. A. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; PEDROSA, F. O. ; CRUZ, L. M. ; CHUBATSU, L. S. ; RAITTZ, R. T. . Draft Genome Sequence of Herbaspirillum huttiense subsp. putei IAM 15032, a Strain Isolated from Well Water. Genome Announcements , v. 1, p. e00252-12-e00252-12, 2013.

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• SANTOS, D. M. C. ; COSTA, L. R. F. ; COSTA, L. L. F. ; OLIVEIRA, A. B. B. ; CORREA, R. S. ; VIDAL, A. F. ; VINASCO-SANDOVAL, TATIANA ; LOPES, KATIA DE PAIVA ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; SILBIGER, V. N. ; SANTOS, A. K. C. R. . Human miRNome profiling in colorectal cancer: search for potential biomarkers. In: 2nd International Meeting on Oncology Research, 2019, Belém. Abstract Book, 2019.

• VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Secondary structure changes according to evolutionary age. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstract Book, 2016.

• LOPES, K. P. ; CAMPOS-LABORIE, F. J. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. ; DE LAS RIVAS, J. . Global coexpression analysis of human proteincoding genes. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstract Book, 2016.

• LOPES, K. P. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Transcriptome meta-analysis reveals the human organs evolution. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstract Book, 2016.

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• LOPES, K. P. ; VIALLE, R. A. ; COSTA, V. R. M. ; ORTEGA, J. M. . Computational approach for amino acids visualization according to codon usage. In: ISCB-Latin America, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

• LAUX, M. ; VIALLE, R. A. ; FERNANDES, G. R. ; ORTEGA, J. M. ; GIANI, A. . Functional profile according to contribution and distribution of pathways in a cyanobacteria dominated reservoir over an annual scale. In: Metagenomics Workshop - III International Workshop on Environmental Microbiology, 2014, Belo Horizonte. Metagenomics Workshop - III International Workshop on Environmental Microbiology, 2014.

• COSTA, V. R. M. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . The origin of B-cell antigen receptor pathway. In: X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

• VIALLE, R. A. ; VELLOSO, HENRIQUE ; ORTEGA, J. M. . Simple java command lines that request Bioinformatics Open Web Services (BOWS). In: X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

• GONCALVES, C. A. X. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Use of a text-mining approach for describing a Gene Ontology poor annotated process as a case study: the blood-brain barrier. In: X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

• LAUX, M. ; FERNANDES, G. R. ; VIALLE, R. A. ; GIANI, A. . Metagenomics insights into the taxonomic identity and functional profile of toxic cyanobacteria bloom communities in a tropical reservoir. In: Genomes to/aux Biomes, 2014, Montreal. Abstract Book, 2014.

• VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Evidences of distinct wave of gene origins in recent evolutionary events. In: X-Meeting 2013, 2013, Recife. Abstract Book, 2013.

• LANGOWSKI, E. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. ; BRAWERMAN, A. . Porting a desktop bioinformatic tool to the web - The benefits of using web services. In: X-Meeting 2013, 2013, Recife. Abstract Book, 2013.

• VIALLE, R. A. ; PEDROSA, F. O. ; RAITTZ, R. T. . RGS: A Rapid Gene Searcher. In: X-Meeting 2012, 2012, Campinas. Abstract Book, 2012.

• VIALLE, R. A. ; RAITTZ, R. T. . Mineração de dados em bancos de dados de genomas de procarioto. In: EVINCI, 2011, Curitiba. Livro de resumos 19º EVINCI e 4º EINTI. Curitiba: PRPPG - UFPR, 2011.

• VIALLE, R. A. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F. O. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; STEFFENS, M. B. R. ; GUIZELINI, D. ; TIBAES, J. H. ; DE SOUZA, V. ; RAITTZ, R. T. . Recursive indexing (INREC) applied to sequence similarity searches in large databases. In: X-Meeting 2011, 2011, Florianópolis. Poster Abstracts - Genomics Sequence Analysis Evolution and Phylogeny, 2011.

• TIBAES, J. H. ; RAITTZ, R. T. ; VIALLE, R. A. ; GUIZELINI, D. ; SOUZA, E. M. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; PEDROSA, F. O. . A new computational tool to identify annotation divergence in bacterial genome sequences. In: X-Meeting 2011, 2011, Florianópolis. Poster Abstracts - Genomics Sequence Analysis Evolution and Phylogeny, 2011.

• VIALLE, R. A. . The impact of structural variants on gene expression and proteome in human brains. AD/PD, Alzheimer's & Parkinson's Diseases Conference. Oral Presentation. 2021. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• VIALLE, R. A. . The impact of structural variants on gene expression and proteome in human brains. ASHG. Featured plenary presentation. 2020. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• VIALLE, R. A. . Identifying Novel Structural Variants at the 17q21.31 MAPT Locus in Progressive Supranuclear Palsy Using Targeted Long-read Sequencing. PacBio Neuroscience Day. 2020. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• VIALLE, R. A. . O genoma do Pirarucu: novos insights sobre a evolução dos teleósteos. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ITURRIA-MEDINA, Y. ; POOLE, V. N. ; ZAMMIT, A. R. ; YU, L. ; TASAKI, S. ; HONG, J. H. ; LOPES, K. P. ; BATALHA, C. ; RIDWAN, A. R. ; VIALLE, RICARDO A. ; SANCHEZ-RODRIGUEZ, L. ; GEDDES, M. R. ; ABADIR, P. ; ORTLUND, E. ; JAGER, P. ; MENON, V. ; BEERI, M. S. ; BUCHMAN, A. S. ; LEVIN, Y. ; MORGENSTERN, D. ; et.al . Translating the Post-Mortem Brain Multi-Omics Molecular Taxonomy of Alzheimer's Dementia to Living Humans. bioRxiv, 2025 (Preprint).

• KURNIANSYAH, N. ; TASAKI, S. ; REHMAN, H. ; ZHU, C. ; FARRELL, J. ; HAUGER, R. ; MERRITT, V. C. ; PANIZZON, M. S. ; ZHANG, R. ; GAZIANO, J. M. ; GIM, J. ; LEE, K. ; LEE, D. Y. ; NHO, K. ; VIALLE, R. A. ; MUKHERJEE, S. ; TRITTSCHUH, E. H. ; LEE, A. J. ; BRICKMAN, A. M. ; CRUCHAGA, C. ; et.al . A multi-ancestry polygenic risk score for Alzheimer disease is associated with cognitive decline, hippocampal atrophy and neuropathological hallmarks in diverse populations. bioRxiv, 2025 (Preprint).

• BATALHA, C.M.P.F. ; YU, L. ; ZAMMIT, A. R. ; POOLE, V. N. ; BUCHMAN, A. S. ; LOPES, K. P. ; VIALLE, RICARDO A ; ABADIR, P. ; NIDADAVOLU, L. ; WYSS-CORAY, T. ; SEYFRIED, N. T. ; WANG, Y. ; TASAKI, S. ; JAGER, P. L. ; ITURRIA-MEDINA, Y. ; BENNETT, D. A. . Characterizing Post-Mortem Brain Molecular Taxonomy of Cognitive Resilience and Translating it to Living Humans. bioRxiv, 2025 (Preprint).

• NAVARRO, E. ; EFTHYMIOU, A. G. ; PARKS, M. ; RIBOLDI, G. M. ; VIALLE, RICARDO A. ; UDINE, E. ; MULLER, B. Z. ; HUMPHREY, J. ; ALLAN, A. ; ARGYROU, C. ; LOPES, K. P. ; MUNCH, A. ; RAYMOND, D. ; SACHDEV, R. ; SHANKER, V. L. ; MIRAVITE, J. ; KATSNELSON, V. ; LEAVER, K. ; FRUCHT, S. ; BRESSMAN, S. B. ; et.al . LRRK2 G2019S variant is associated with transcriptional changes in Parkinson?s disease human myeloid cells under proinflammatory environment. bioRxiv, 2024 (Preprint).

• NG, B. ; AVEY, D. R. ; DE PAIVA LOPES, KATIA ; FUJITA, M. ; VIALLE, RICARDO A ; VYAS, H. ; KEARNS, N. A. ; TASAKI, S. ; IATROU, A. ; TISSERA, S. ; CHANG, T. ; XU, J. ; YU, C. ; SULTAN, F. ; MENON, V. ; GAITERI, C. ; JAGER, P. L. ; BENNETT, DAVID A. ; WANG, Y. . Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease. bioRxiv, 2024 (Preprint).

• VIALLE, R. A. ; PEDROSA, F. O. ; WEISS, V. ; GUIZELINI, D. ; TIBAES, J. H. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; SOUZA, E. M. ; RAITTZ, R. T. . RAFTS3: Rapid Alignment-Free Tool for Sequence Similarity Search. bioRxiv, 2016 (Preprint).

• DE SOUZA, V. ; PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CHICORA, V. K. ; GUIZELINI, D. ; WEISS, V. ; VIALLE, R. A. ; MONTEIRO, R. A. ; WASSEM, R. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F. O. ; CRUZ, L. M. ; CHUBATSU, L. S. ; RAITTZ, R. T. . Herbaspirillum huttiense subsp. putei IAM 15032 2012 (Depósito de sequências de DNA em banco de dados público).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2018 - Atual

  Estudo de variantes estruturais e repetições em tandem na doença de Alzheimer, Descrição: A doença de Alzheimer (AD) é a forma mais comum de demência. A herdabilidade genética da forma da doença de Alzheimer de inicio tardio (LOAD) é alta, estimada entre 60% e 80%. Este forte componente genético oferece uma oportunidade para determinar os processos fisiopatológicos na doença de Alzheimer e identificar novas características biológicas, novos marcadores prognósticos/diagnósticos e novos alvos terapêuticos por meio de genômica translacional. No entanto, estima-se que uma proporção substancial (aproximadamente metade) da variância genética ainda não seja contabilizada em estudos concentrados em polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e estudos de associação ampla do genoma (GWAS). Portanto, é provável que a herdabilidade genética não descoberta seja explicada por outras formas de variação genética, que incluem variantes raras, repetições em tandem, e rearranjos de grandes segmentos do genoma conhecidas como variantes estruturais (SVs). Historicamente, essas formas de variação foram negligenciadas devido a limitações tecnológicas. O sequenciamento de próxima geração (NGS) permite que os pesquisadores selecionem grandes populações amostrais para detectar e medir o impacto dessas formas de variantes, no entanto, o comprimento de leitura curto limita a detecção de variantes estruturais grandes no DNA. Assim, o objetivo desse projeto visa aplicar novas tecnologias de sequenciamento de genomas com leituras longas em conjunto com técnicas computacionais de ponta para mapear a grande parte da herdabilidade genética subjacente na doença de Alzheimer e doenças relacionadas. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Coordenador / RAJ, TOWFIQUE - Integrante / BENNETT, DAVID A. - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

• 2017 - 2018

  Rede de pesquisa em genômica populacional humana, Descrição: O projeto Rede de pesquisa em genômica populacional humana , propõe o desenvolvimento de uma rede de biologia computacional baseado no estudo do genoma de populações humanas da Amazônia, obtidos por meio de plataforma NGS (Sequenciamento Nova Geração). Este permitirá: uma melhor compreensão da variabilidade genética de populações tradicionais da região Amazônica; o estudo da variabilidade dos sítios de ligação de fatores transcricionais humanos; o conhecimento de mecanismos envolvidos no câncer gástrico; e o desenvolvimento de sistemas inteligentes (área computacional) aplicados à descoberta de padrões biológicos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Ândrea Kely Campos Ribeiro dos Santos - Coordenador., Número de produções C, T & A: 4

• 2015 - 2015

  Análise de ferramentas de alinhamento múltiplo na reconstrução de sequências ancestrais, Descrição: A reconstrução precisa de estados ancestrais é crítica no estudo de proteínas antigas. Estas técnicas se baseiam no alinhamento múltiplo de sequências, que podem introduzir vieses. Neste projeto, investigamos como a metodologia alinhamento modula reconstrução ancestral através de simulações de vários cenários evolutivos. Avaliamos a precisão da reconstrução de sequências proteicas ancestrais com simulações controladas e comparamos os resultados da reconstrução usando diferentes métodos de alinhamento. Nossos resultados revelam tendências introduzidas não apenas pelos algoritmos e premissas do alinhador, mas também pela topologia das árvores e pelas taxas de inserções e deleções. Sob muitas condições, não encontramos diferenças substanciais entre as ferramentas. No entanto, aumentar a dificuldade para os alinhadores pode afetar significativamente a reconstrução. Em geral, as ferramentas de alinhamento MAFFT e PRANK exibiram o melhor desempenho, enquanto a FSA obteve um desempenho limitado. Também descobrimos um viés para sequências reconstruídas mais longas do que o esperado, decorrente de uma preferência por inserções em quase todas as abordagens. Além disso, achamos que as medidas da qualidade de alinhamento múltiplo geralmente se correlacionam bem com a precisão da reconstrução. Assim, mostramos que as diferenças metodológicas no alinhamento podem afetar a qualidade das reconstruções e propomos que os métodos de alinhamento devem ser selecionados com cuidado para determinar com precisão os estados ancestrais. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Nick Goldman - Coordenador / Asif U Tamuri - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2014 - 2017

  Origem de expressão gênica tecido específica com base em dados de transcriptomas, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) José Miguel Ortega em 26/04/2019., Descrição: O desenvolvimento de tecnologias de grande escala para transcriptômica quantitativa permitiu uma análise abrangente dos perfis de expressão gênica em genomas completos. A técnica de RNA-Seq permite a medição dos níveis de expressão gênica de forma muito mais precisa e global do que os métodos anteriores. Estudos usando esta tecnologia estão alterando nossa visão sobre a extensão e complexidade dos organismos. A este respeito, foram realizados múltiplos esforços para determinar e analisar os padrões de expressão gênica dos tipos de células humanas em diferentes condições, seja em estados normais ou patológicos. No entanto, até recentemente, pouco foi relatado sobre as marcas evolutivas presentes em genes de codificação de proteínas humanas, particularmente a partir da perspectiva combinada de expressão gênica e evolução proteica. Neste projeto, apresentamos uma análise combinada do perfil de expressão de genes de codificação de proteínas humanas e do mapeamento de origem na escala de tempo, que coloca os genes em clados taxonômicos. Dessa forma, buscamos compreender o espectro relacional dos genes codificadores de proteínas humanas e interpretar os elementos funcionais e os módulos do genoma ativo. Além disso, a decodificação da história evolutiva dos genes humanos pode fornecer informações muito valiosas para revelar ou descobrir suas origens e funções. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / José Miguel Ortega - Coordenador / Katia de Paiva Lopes - Integrante / Javier De Las Rivas - Integrante., Número de produções C, T & A: 3

• 2014 - 2017

  Cianobactérias e cianotoxinas em reservatórios de Minas Gerais: mecanismos de produção de toxinas e estratégias de controle, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alessandra Giani em 30/11/2017., Descrição: As cianobactérias são organismos procariontes, que constituem uma parte importante da comunidade planctônica. Em certas condições ambientais, principalmente aumento de nutrientes na água, as cianobactérias tem aumentado sua biomassa e produzido florações, que na maioria dos casos são acompanhadas pela produção de cianotoxinas, que podem ser extremamente tóxicas para animais e seres humanos. Técnicas recentes de biologia molecular têm permitido identificar os genes responsáveis pela regulação e produção das cianotoxinas, permitindo a avaliação do potencial tóxico das florações. Mais recentemente, a metagenômica surgiu como uma aplicação de técnicas moleculares modernas no estudo de comunidades de microorganismos, diretamente no seu ambiente natural. As cianobactérias e suas toxinas interagem com as comunidades aquáticas, causando alterações às vezes irreversíveis do sistema. Nesta pesquisa, pretendemos focar duas estratégias. Na primeira, será dada ênfase as cianotoxinas e aos genótipos tóxicos encontrados no ambiente. Na segunda, serão estudados alguns fatores que podem induzir o crescimento das cianobacterias. Serão realizados experimentos no campo e no laboratório. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante / Marcele Laux - Integrante / Alessandra Giani - Coordenador., Número de produções C, T & A: 2

• 2013 - 2017

  Estudo evolutivo de estruturas secundárias de proteínas, Descrição: Neste trabalho investigamos se existe um viés estrutural relacionado ao período de origem das proteínas. Conhecendo a época de origem das proteínas, determinada através da técnica de filoestratigrafia, analisamos dados de estrutura secundária, obtida tanto a partir de dados experimentais, como a partir de predições. Notamos que proteínas mais recentes apresentam menor conteúdo de estrutura secundária e maior diversidade no teor de alfa-hélice e fitas beta. Diferenças no uso de aminoácidos em regiões de domínios e extradomínios podem explicar as mudanças observadas. Notamos também, que as mudanças mais acentuadas ocorrem em proteínas com origem a partir de Opisthokonta. Funções relacionadas à ligação ao DNA e a fatores de transcrição são enriquecidas tanto em proteínas originadas neste clado, como em proteínas com baixa composição de estrutura secundária. Além disso, investigamos como o viés observado pode ser estendido para auxiliar a compreensão de processos de origem de novas proteínas. Realizando predições de ORFs deduzidas de regiões provavelmente não codificadoras, observamos que possíveis cadeias podem ser obtidas com conteúdo de estrutura encontrado em proteínas naturais, dando suporte à hipótese de origem de novo de genes, no que se refere a esse requerimento estrutural. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / José Miguel Ortega - Coordenador., Número de produções C, T & A: 3

• 2013 - 2017

  Desenvolvimento de interface web service para acesso a ferramentas de bioinformática em HPCs, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) José Miguel Ortega em 26/04/2019., Descrição: Com o objetivo de reduzir as dificuldades encontradas na bioinformática em estabelecer um ambiente de produção simples e centralizado. Desenvolvemos o BOWS (Bioinformatics Open Web Services), um sistema baseado em web services genéricos projetados para permitir o acesso programático a aplicativos em clusters de computação de alto desempenho (HPCs). O BOWS intermedia o acesso a ferramentas registradas, fornecendo web services de front-end e back-end. Os programadores podem instalar aplicativos em HPCs em qualquer linguagem de programação e usar o serviço back-end para verificar novos trabalhos e seus parâmetros e, em seguida, enviar os resultados para o sistema gerenciador. O BOWS compila clientes Java, que encapsulam as requisições de front-end, e cria automaticamente uma página da Web que dispõe os aplicativos e clientes registrados. Dessa forma, ferramentas podem ser acessadas ​​de praticamente qualquer linguagem de programação através de web services ou usando clientes Java padronizados. O back-end pode ser executado em clusters HPC, permitindo executar remotamente aplicativos com demanda de alto processamento diretamente de suas máquinas. O BOWS está disponível para download em: https://sourceforge.net/projects/bows/. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Henrique Velloso Ferreira Melo - Integrante / José Miguel Ortega - Coordenador., Número de produções C, T & A: 3

• 2011 - 2013

  Ferramentas para predição de genes e anotação de genomas procariotos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Roberto Tadeu Raittz em 25/06/2020., Descrição: Este projeto apresenta um sistema para anotação automática de genomas procariotos chamado SILA. Ele fornece uma predição precisa de genes usando uma combinação de ferramentas (Prodigal e HGF) e um sitio web para gerenciamento de tarefas e visualização de anotações. Desenvolvido no grupo de pesquisa, o HGF utiliza algoritmos genéticos e redes neurais para classificar prováveis genes. As predições são então comparadas com bancos de dados de proteínas (NR, Pfam e COG) para identificação dos prováveis produtos funcionais por meio da ferramenta RAFTS3. O serviço de anotação está disponível em ambiente Web no endereço http://www.bioinfo.ufpr.br/SILA/ e o código-fonte está disponível em https://sourceforge.net/projects/sila/. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Roberto Tadeu Raittz - Coordenador., Número de produções C, T & A: 1

• 2011 - 2013

  Ferramentas para comparação de sequências com técnicas alignment-free, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Roberto Tadeu Raittz em 25/06/2020., Descrição: A busca por similaridade de uma determinada sequência de proteínas contra um banco de dados é uma tarefa essencial na análise do genoma. O alinhamento de sequências é o método mais utilizado para realizar essa análise. Embora esta abordagem seja eficiente, o tempo necessário para realizar buscas em grandes bancos de dados é sempre um desafio. As técnicas livres de alinhamento (alignment-free) podem oferecer alternativas para comparar sequências sem a necessidade de se realizar o alinhamento. Sob esse escopo, desenvolvemos o RAFTS3, uma ferramenta rápida de busca de similaridade de proteína que realiza a seleção de candidatos com base em k-mers compartilhados; e utiliza uma medida de comparação baseada na matriz de co-ocorrência binária de resíduos de aminoácidos. O RAFTS3 se mostrou capaz de realizar comparações consideravelmente mais rápidas do que aquelas com BLASTp contra bancos de dados de proteínas grandes, como NR, Pfam ou UniRef, com uma pequena perda de sensibilidade dependendo do grau de similaridade das sequências. Dessa forma, o RAFTS3 oferece uma nova alternativa para uma comparação rápida de sequências de proteínas, anotação do genoma e mineração de dados biológicos. O código-fonte e os arquivos autônomos para plataforma Windows e Linux estão disponíveis em: https://sourceforge.net/projects/rafts3/. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Roberto Tadeu Raittz - Coordenador., Número de produções C, T & A: 5

Prêmios