Fabricio Martins Lopes

Possui graduação em Tecnologia em Processamento de Dados (1998) e Especialização em Análise de Sistemas (2000) pelo Centro de Estudos Superiores de Londrina, Mestrado em Informática (2003) pela Universidade Federal do Paraná e Doutorado em Bioinformática (2011) pela Universidade de São Paulo. Atualmente é Professor Titular da Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Metodologia e Técnicas da Computação. Atua principalmente nos seguintes temas: reconhecimento de padrões, bioinformática e processamento de imagens. Orientador permanente do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática (PPGBIOINFO) - mestrado e do Programa de Pós-Graduação Associado em Bioinformática (PPGAB) - doutorado. Vice-Presidente da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional - AB3C (2024-atual). Bolsista de Produtividade em Pesquisa da Fundação Araucária.

Informações coletadas do Lattes em 30/11/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2006 - 2011

Universidade de São Paulo
Título: Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações
, Ano de obtenção: 2011. Roberto Marcondes Cesar Junior. Coorientador: Marie-Anne Van Sluys. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: pattern recognition; complex networks; feature selection; artificial gene networks; gene regulatory networks.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico; Agricultura, Pecuária e Serviços Relacionados; Educação.

Mestrado em Informática

2001 - 2003

Universidade Federal do Paraná
Título: Um Modelo Perceptivo de Limiarização de Imagens Digitais
, Ano de Obtenção: 2003.Luís Augusto Consularo.Palavras-chave: image features; threshold; radial basis function; thin-plate spline; segmentation; psychophysical. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Reconhecimento de Padrões. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Especialização em Análise de Sistemas

1999 - 2000

Centro de Estudos Superiores de Londrina

Graduação em Tecnólogo em Processamento de Dados

1996 - 1998

Centro de Estudos Superiores de Londrina

Formação complementar

2024 - 2024

Capacitação nos instrumentos de avaliação para os atos de Autorização, Reco. (Carga horária: 32h). , Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP/MEC, Brasil.

2019 - 2019

Capacitação para Permanência no Banco de Avaliadores do SINAES (BASis). (Carga horária: 90h). , Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP/MEC, Brasil.

2018 - 2018

Gestão Pública. (Carga horária: 30h). , ESCOLA DE ADMINISTRAÇÃO FAZENDÁRIA - ESAF, EAFE_FORN, Brasil.

2017 - 2017

Capacitação em Instrumento de Avaliação. (Carga horária: 90h). , Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP/MEC, Brasil.

2014 - 2014

3 Curso On-Line de Capacitação em openEHR. (Carga horária: 30h). , Instituto HL7 Brasil Educacional, HL7, Brasil.

2012 - 2012

SPAS e-SciBioenergy. (Carga horária: 40h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2012 - 2012

Java SE 7 Programming Ed 2. (Carga horária: 40h). , Oracle University, ORACLE, Estados Unidos.

2010 - 2010

Complex Networks in Ecology and Epidemiology. (Carga horária: 10h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2010 - 2010

Reconhecimento de Cursos Tecnológicos. (Carga horária: 8h). , Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP/MEC, Brasil.

2008 - 2008

Genômica Comparativa. (Carga horária: 8h). , Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.

2008 - 2008

Mineração de Dados em Bioinformática. (Carga horária: 8h). , Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.

2007 - 2007

Genomic Signal Processing. (Carga horária: 8h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

2006 - 2006

Seminário de Capacitação de Avaliadores. (Carga horária: 24h). , Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP/MEC, Brasil.

2005 - 2005

Laboratório Didático Interdisciplinar - VITAE. (Carga horária: 64h). , Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.

2004 - 2004

Oficina Pedagógica. (Carga horária: 20h). , Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.

2003 - 2004

Formação de Avaliadores da Educação Tecnológica. (Carga horária: 100h). , Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica, SETEC*, Brasil.

2001 - 2001

IX Escola de Informática da SBC-Sul. (Carga horária: 40h). , Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.

1999 - 1999

Geração de Empreendimentos em Informática. (Carga horária: 80h). , Universidade Estadual de Londrina, UEL, Brasil.

1999 - 1999

Treinamento Empresarial Geração Empresa. (Carga horária: 53h). , Serviço Brasileiro de Apoio Às Micro e Pequenas Empresas, SEBRAE, Brasil.

1997 - 1997

Linguagem C++. (Carga horária: 60h). , Serviço Nacional de Aprendizagem Comercial, SENAC, Brasil.

1996 - 1996

Introdução à Programação Orientada em Turbo Pascal. (Carga horária: 35h). , Centro de Estudos Superiores de Londrina, CESULON, Brasil.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Reconhecimento de Padrões.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Organização de eventos

BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GUIMARAES, Ana C. ; FARIAS, Savio T. ; SCHERER, Nicole M. ; NAKAYA, Helder T. I. . 21 Congresso Brasileiro de Bioinformática: X-Meeting. 2025. (Congresso).

BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GUIMARAES, Ana C. ; SCHERER, Nicole M. ; FARIAS, Savio T. ; NAKAYA, Helder T. I. . 20 Congresso Brasileiro de Bioinformática: X-Meeting. 2024. (Congresso).

VILAS-BOAS, Laurival A. ; LOPES, FABRICIO M. ; KASHIWABARA, André Y. ; BRESSAN, Glaucia M. ; LIZZI, Elisângela A. S. ; RUDNIK, Lorena M. . IV Escola Paranaense de Bioinformática (EPB). 2024. (Congresso).

BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; SCHERER, Nicole M. ; FARIAS, Savio T. ; GUIMARAES, Ana C. . 19 Congresso Brasileiro de Bioinformática: X-Meeting. 2023. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. ; PASCHOAL, Alexandre R. . 16th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). 2023. (Congresso).

KASTER, Daniel S. ; LOPES, Fabrício M. . II WORKSHOP DO CIA-AGRO. 2023. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. ; CASTRO, Mauro A. A. ; GUIZELINI, Dieval ; PASCHOAL, Alexandre R. ; GOBETTI, Suzana A. ; SIMAO, José Eduardo L. . III Escola Paranaense de Bioinformática (EPB). 2022. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. ; STROELE, Victor . XV Brazilian e-Science Workshop. 2021. (Congresso).

BRANDAO, Marcelo ; AZEVEDO, Vasco. A. C. ; LOPES, Fabrício M. ; GRUBER, Arthur ; SCHERER, Nicole M. ; LIMA, João Paulo M. S. . X-Meeting eXperience 2021 - 17th International Conference of the AB3C. 2021. (Congresso).

PASCHOAL, Alexandre R. ; KASHIWABARA, André Y. ; LOPES, Fabrício M. . Escola Paranaense de Bioinformática (EPB-Virtual). 2020. (Congresso).

LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; SCHERER, Nicole M. ; AZEVEDO, Vasco. A. C. ; GRUBER, Arthur . X-Meeting eXperience 2020 - 16th International Conference of the AB3C. 2020. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. . II Escola Paranaense de Bioinformática (EPB). 2019. (Congresso).

LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; SCHERER, Nicole M. ; AZEVEDO, Vasco. A. C. ; GRUBER, Arthur . X-meeting 2019 - 15th International Conference of the AB3C. 2019. (Congresso).

KASHIWABARA, André Y. ; PASCHOAL, Alexandre R. ; VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. ; SANCHES, Danilo S. ; SIMAO, José Eduardo L. ; DOMINGUES, Douglas S. . I Escola Paranaense de Bioinformática (EPB). 2018. (Congresso).

DURHAM, Alan M. ; LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GRYNBERG, Priscila ; SCHERER, Nicole M. . X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C. 2018. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. ; KASHIWABARA, André Y. ; BUGATTI, Pedro H. ; SAITO, Priscila T. M. ; SIMAO, José Eduardo L. ; DOMINGUES, Douglas S. ; MARCELINO, Francismar C. . Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2017). 2017. (Congresso).

DURHAM, Alan M. ; LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GRYNBERG, Priscila ; SCHERER, Nicole M. . X-meeting 2017 - 13th International Conference of the AB3C. 2017. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. . Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2016). 2016. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. . Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2015). 2015. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. . 10th IEEE International Conference on e-Science. 2014. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. . 3o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2012. (Outro).

LOPES, Fabrício M. . 2o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2011. (Outro).

LOPES, Fabrício M. . IV Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2010. (Outro).

LOPES, Fabrício M. . 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. . III Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2009. (Outro).

LOPES, Fabrício M. . I Curso de Inverno em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2008. (Outro).

LOPES, Fabrício M. . Workshop PROSUL. 2008. (Congresso).

LOPES, Fabrício M. . II Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2007. (Outro).

Participação em eventos

21º Congresso Brasileiro de Bioinformática: X-Meeting. Organização e moderador de seções. 2025. (Congresso).

III Semana dos Novos Arranjos de Pesquisa e Inovação (NAPIs).CIA-Agro: Centro de Inteligência Artificial no Agro. 2025. (Simpósio).

Inovação Agro.Leitura automatizada e possibilidade para outras doenças. 2025. (Simpósio).

X-Meeting - 20th International Congress of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Representation Approaches for Analysis and Classification of Transposable Elements. 2024. (Congresso).

X-Meeting - 19th International Congress of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Phylogenetic inference methods: identifying evolutionary relationships between organisms. 2023. (Congresso).

International Conference on Ambient Intelligence in Health Care (ICAIHC). Biological sequence analysis using complex networks and entropy maximization: a case study in SARS-CoV-2. 2022. (Congresso).

25th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). Technical Session 10 - Computer Vision I. 2021. (Congresso).

25th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). A feature extraction approach based on LBP operator and complex networks for face recognition. 2021. (Congresso).

XLI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC 2021). Organização BreSci 2021. 2021. (Congresso).

Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). 2020. (Simpósio).

Escola Paranaense de Bioinformática (EPB-Virtual).Membro da comissão organizadora. 2020. (Oficina).

RECOMB. 2020. (Congresso).

X-Meeting eXperience - 16th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Membro da comissão organizadora e científica. 2020. (Congresso).

XXV Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR (SICITE).Apresentações orais do SICITE 2020. 2020. (Seminário).

II Escola Paranaense de Bioinformática (EPB).MINICURSO - Análise e integração de dados biológicos. 2019. (Oficina).

I Escola Paranaense de Bioinformática (EPB).Membro da comissão organizadora e científica. 2018. (Oficina).

IV Workshop de Biotecnologia.Inferência de Redes Gênicas a partir da Integração de Informações Estruturais e Funcionais. 2018. (Oficina).

X-Meeting 2018 - 14th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Membro da comissão organizadora e científica. 2018. (Congresso).

X-Meeting 2017 - 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Poster evaluator at the X-meeting 2017. 2017. (Congresso).

X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C)3C). Oral and poster presentations evaluator. 2016. (Congresso).

Seminário de Acompanhamento de Meio Termo SNPG - CAPES.Coordenador do Programa de Mestrado em Bioinformática - UTFPR. 2015. (Seminário).

XX Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). A computer vision approach for automatic measurement of the inter-plant spacing. 2015. (Congresso).

10th IEEE International Conference on e-Science. 2014. (Congresso).

Latin America eScience Workshop. 2013. (Oficina).

2o. Encontro Paranaense de Melhoramento de Plantas (EPMP).A Bioinformática aplicada no melhoramento de plantas. 2012. (Encontro).

3o. CURSO DE TÓPICOS EM BIOLOGIA COMPUTACIONAL.Reconhecimento de Padrões e Inferência de Redes Gênicas. 2012. (Oficina).

VI Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2012. (Oficina).

2o. CURSO DE TÓPICOS EM BIOLOGIA COMPUTACIONAL.Inferência de GRNs a partir de dados de expressão gênica. 2011. (Oficina).

Seminars of the CSCR and MIU.Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropy. 2011. (Oficina).

V Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Introdução ao Reconhecimento de Padrões e aplicações em problemas de Bioinformática. 2011. (Oficina).

15th Iberoamerican Congress on Pattern Reconition (CIARP). 2010. (Congresso).

II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein. 2010. (Seminário).

IV Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Inferência de Redes Gênicas usando a Entropia de Tsallis. 2010. (Oficina).

I Workshop de Bioinformática da Universidade de São Paulo.Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropies. 2010. (Oficina).

Workshop in Bioinformatics and Algorithms (WBA). 2010. (Oficina).

IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS).Comparative study of GRNs inference methods based on feature selection by mutual information. 2009. (Simpósio).

III Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2009. (Oficina).

Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays - Hospital Israelita Albert Einstein. 2009. (Seminário).

Seminars of the GSP Laboratory.Gene expression complex networks: synthesis, identification and analysis. 2009. (Oficina).

X-Meeting. Improving grns inference methods by using Tsallis entropy. 2009. (Congresso).

XVIII Semana Científica Benjamin Eurico Malucelli.Análise de dados de mycroarray: aspectos gerais. 2009. (Oficina).

I Curso de Inverno em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Modelo para Simulação e Validação de Redes Gênicas. 2008. (Oficina).

I Escola Brasileira de Bioinformática. 2008. (Oficina).

III Brazilian Symposium on Bioinformatics.AGN Simulation and Validation Model. 2008. (Simpósio).

Sun Tech Days. 2008. (Encontro).

X-Meeting. 2007. (Congresso).

SBC 2005. 2005. (Congresso).

Sun Tech Days. 2005. (Encontro).

XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.A RBFN Perceptive Model for Image Thresholding. 2005. (Simpósio).

XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.A Framework for Automatic Cephalometric Landmarking. 2004. (Simpósio).

Sun Tech Days. 2003. (Encontro).

XV Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.Automatic Gray Level Thresholding based on Relevant Features for Subjective Decisions. 2002. (Simpósio).

Participação em bancas

Aluno: Pedro Ricardo Rossi Marques Barreiros

MARCELINO, Francismar C.; SEIXAS, Claudine D. S.;LOPES, Fabrício M.; OLIVEIRA, Luiz O.; ROCHA, Vinicius D.. DIVERSIDADE GENÉTICA DE Corynespora cassiicola ASSOCIADA AOS HOSPEDEIROS SOJA E ALGODÃO. 2025. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Sadeeq Olalekan Bello

REIS, Marcelo S.; GUDWIN, Ricardo R.;LOPES, FABRICIO M.. Aprendizado Ensemble Baseado em Arquitetura Cognitiva para Previsão de Rotatividade em Tempo Real. 2024. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Eber Fabiano Pacanhela

LOPES, Fabrício M.; OLIVEIRA, Claiton;BUGATTI, Pedro H.SAITO, PRISCILA T.M.. ANÁLISE, CLASSIFICAÇÃO E DETECÇÃO AUTOMÁTICA DE NÓDULOS EM RAÍZES DE CULTIVARES DE SOJA. 2023. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: William Sdayle Marins Silva

BUGATTI, Pedro H.KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.; SILVA, Marcelo P.;SAITO, PRISCILA T.M.. Melhorias na classificação de imagens contextuais através de Grafos Convolucionais e caminhada aleatória. 2023. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Lyang Higa Cano

MARTINS JR, David C.; NAKAYA, Helder T. I.; HOCH, Nicolas C.;LOPES, Fabrício M.. Decoding Ubiquitination in the Fight Against Malaria: A Network-Based Exploration of E1-E2-E3 Triples in Plasmodium falciparum. 2023. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lara Marinelli Dativo dos Santos

OLIVEIRA, Patrícia R.;LOPES, Fabrício M.MARTINS JR, David C.; LORENA, Ana Carolina. Análise de agrupamento de dados de expressão gênica e sua aplicação para o entendimento da relação entre progesterona e diabetes gestacional. 2022. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Júlio Marcos Gomes Junior

LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.SAITO, Priscila T. M.. Interpretabilidade com agregação de relevância em redes neurais para a predição do absenteísmo. 2022. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Gustavo Estrela de Matos

REIS, Marcelo S.;LOPES, Fabrício M.; RAMOS, Alexandre F.. Identificação de vias de sinalização celular baseada em repositórios de cinética de reações bioquímicas. 2021. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Cássio Henrique dos Santos Amador

LOPES, Fabrício M.VICENTE, Fábio F. R.HASHIMOTO, Ronaldo F.. Estudo da Entropia de Tsallis para a Inferência de Redes Gênicas. 2021. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Freddy Eddinson Ninaja Zegarra

VILAS-BOAS, Laurival A.VICENTE, Fábio F. R.LOPES, Fabrício M.; ROSA, Renata. Análise comparativa de redes gênicas de Anticarsia gemmatalis Hübner, 1818 (Lepidoptera: Erebidae) inferidas de transcriptomas de linhagens resistente e susceptível à proteína Cry de Bacillus thuringiensis. 2021. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Robson Parmezan Bonidia

SANCHES, Danilo S.CARVALHO, André C. P. L. F.LOPES, Fabrício M.SAITO, Priscila T. M.. Feature Extraction and Selection Analysis in Biological Sequence: A Case Study with Metaheuristics and Mathematical Models. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Murilo Horácio Pereira da Cruz

BUGATTI, Pedro H.FUJITA, AndréLOPES, Fabrício M.. Classificação de Elementos Transponíveis por Redes Neurais Convolucionais. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Gustavo Dias de Oliveira

KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.; BARBON JUNIOR, Sylvio. Um algoritmo eficiente para estimar os momentos espectrais de grafos grandes não dirigidos com pesos. 2020. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: André Thomaz Gandolpho de Mello

BARRERA, JuniorLOPES, Fabrício M.; SIMONIS, Adilson. Proposta de novos métodos para estimação de parâmetros em equações diferenciais ordinárias. 2020. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eric Augusto Ito

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.VICENTE, Fábio F. R.; CASTRO, Mauro A. A.. PLAWSS (Power Law Semantic Similarity): Metodologia Data-Driven Baseada em Lei de Potência para o Cálculo de Similaridade Semântica GO. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Daniel Henrique Acorsi Alves

SAITO, Priscila T. M.LOPES, Fabrício M.; PAPA, João Paulo. Técnicas de aprendizados ativo e profundo para síntese e classificação de bioimagens. 2019. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Alex Junior Nunes da Silva

LOPES, Fabrício M.; BARBON JUNIOR, Sylvio;KASHIWABARA, André Y.. Análise das Redes Brasileiras de Co-Autoria nos Programas de Pós-Graduação em Ciências da Computação por meio de Medidas Topológicas. 2019. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Luis Gustavo de Carvalho Uzai

KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.; BARBON JUNIOR, Sylvio. Detecção de Ponto de Mudança em Séries Temporais utilizando o Espectro do Grafo. 2019. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: JESSICA FERNANDES LOPES

BARBON JUNIOR, Sylvio; FELINTO, Alan S.;LOPES, Fabrício M.. Dual Stage Image Analysis: A Computer Vision technique applied for analysing complex image patterns in raw ham veining defect. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Hugo Maurício Peña Mercado

KASHIWABARA, André Y.DURHAM, Alan M.LOPES, Fabrício M.. Scaffolding Algorithm using multiple reference genomes: A case study of the Rhizobium ecuadorense CNPSo 671T. 2019. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Isaque Katahira

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.HASHIMOTO, Ronaldo F.. Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a extração de características, representação e classificação de sequências de RNAs. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Catia Lie Yokoyama

RODRIGUES, Elisete P.; OLIVEIRA, Andre L. M.;LOPES, Fabrício M.. Análise proteômica diferencial de Rhizobium tropici CIAT899 em resposta ao aminoácido L-triptofano. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Ricardo Conde Camillo Da Silva

LOPES, Fabrício M.SAITO, Priscila T. M.; MARCELINO, Francismar C.. Contador automático de colônias de bactérias do gênero Bradyrhizobium. 2018. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Douglas Felipe Pereira

SAITO, Priscila T. M.LOPES, Fabrício M.; HENNING, Fernando A.; BENITEZ, César M. V.. Técnicas de Aprendizado Ativo para Avaliação do Vigor de Sementes de Soja. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: André Peres Ramos

FLORES, Franklin Cesar; FELTRIM, Valéria D.;LOPES, Fabrício M.. Colorização de sequências de imagens em tons de cinza utilizando descritores de textura e segmentação hierárquica. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Maringá.

Aluno: Juliana Costa Silva

FUJITA, AndréKASHIWABARA, André Y.DOMINGUES, Douglas S.LOPES, Fabrício M.. Análise de expressão diferencial para dados de RNA-Seq: uma nova abordagem. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Geovana Veloso Loureiro de Lima

BUGATTI, Pedro H.SAITO, Priscila T. M.LOPES, Fabrício M.; KASTER, Daniel S.. PROPOSTA DE BAG-OF-VISUAL WORDS POR MEIO DE REDES COMPLEXAS. 2017. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Jéssica dos Santos de Oliveira

MARQUES, Fátima L. S. N.;DIGIAMPIETRI, Luciano A.; FORLENZA, Orestes V.;LOPES, Fabrício M.. Classificador para auxílio ao diagnóstico de TEA baseado em um modelo computacional de atenção visual. 2017. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Leandro Takeshi Hattori

LOPES, Fabrício M.MARTINS JR, David C.; BENITEZ, César M. V.. Inferência de redes de regulação gênica utilizando métodos de busca e otimização. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Joao Gilberto de Souza Piotto

LOPES, Fabrício M.; BARBON JUNIOR, Sylvio;SAITO, Priscila T. M.. Reconhecimento Facial Usando Descritores Locais e Redes Complexas. 2016. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Helton de Azevedo

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.VILAS-BOAS, Laurival A.HUNGRIA, Mariangela. Base de dados para identificação taxonômica e filogenética de espécies do gênero Bradyrhizobium usando a metodologia MLSA. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: André Luciano Nadal

VILAS-BOAS, Laurival A.DOMINGUES, Douglas S.LOPES, Fabrício M.. Busca e caracterização in silico de RNAs não codificadores em isolados de Bacillus anthracis, Bacillus cereus e Bacillus thuringiensis (Bacillus cereus sensu lato). 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Marcus Glauco Faria de Sant'Anna

BUGATTI, Pedro H.LOPES, Fabrício M.; KASTER, Daniel S.. Recuperação e Classificação Automática do Vigor de Sementes de Soja. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Anderson Brilhador

LOPES, Fabrício M.; FLORES, Franklin Cesar;BUGATTI, Pedro H.. Análise Automática do Arranjo Espacial de Plantas de Milho Utilizando Visão Computacional. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Mariana Yuri Sasazaki

FELIPE, Joaquim C.LOPES, Fabrício M.SILVA JR, Wilson A.. Infraestrutura computacional para avaliação da similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias. 2014. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ademir Cristiano Gabardo

LUGO, Gustavo A. G.;LOPES, Fabrício M.LOPES, Heitor S.. A heuristic to detect community structures in dynamic complex networks. 2014. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada - PPGCA) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Pedro Santoro Perez

BARANAUSKAS, José A.LOPES, Fabrício M.TINOS, R.. Uma Abordagem para a Indução de Árvores de Decisão voltada para Dados de Expressão Gênica. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Anderson Brilhador

LAZZARETTI, Andre E.; MENOTTI, David;LOPES, Fabrício M.; PEDRINI, Helio;BUGATTI, Pedro H.. Aprendizagem baseada em margem para aprimorar a segmentação semântica de conjunto aberto. 2025. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Matheus Henrique Pimenta Zanon

LOPES, Fabrício M.; VANZELA, Andre L. L.;KASHIWABARA, André Y.; GUIZELINI, Dieval;HASHIMOTO, Ronaldo F.. GRAMEP: Método Livre de Alinhamento Baseado no Princípio de Máxima Entropia para a Identificação de Mutações SNPs e Classificação de Sequências Biológicas. 2025. Tese (Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Denilson Fagundes Barbosa

KASHIWABARA, André Y.DURHAM, Alan M.LOPES, Fabrício M.; DORN, Marcio; RAITTZ, Roberto T.. Predição de regiões codificadoras de proteínas em RNA circulares e transcriptoma em montagem de novo. 2025. Tese (Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Murilo Caminotto Barbosa

PASCHOAL, Alexandre R.; VARANI, Alessandro M.;LOPES, Fabrício M.; VALENTE, Guilherme T.; BRANDAO, Marcelo. RECONHECIMENTO DE PADRÕES EM MICROBIOMA E PREDIÇÃO DE VARIÁVEIS AMBIENTAIS CONTÍNUAS. 2025. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Guilherme Taborda Ribas

GUIZELINI, Dieval; OLIVEIRA, Jaqueline C.; CASTRO, Mauro A. A.; RIELLA, Cristian V.;LOPES, FABRICIO M.; RAITTZ, Roberto T.. Viabilidade do uso de dados de expressão gênica e edição pós-transcricional de RNA em modelo preditivos de rejeição em transplantes renais. 2024. Tese (Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Santisudha Panigrahi

LOPES, Fabrício M.. SCREENING OF ORAL CANCER USING DEEP LEARNING FOR HISTOPATHOLOGICAL IMAGES. 2022. Tese (Doutorado em Doctor of Philosophy in Engineering) - SIKSHA ?O? ANUSANDHAN.

Aluno: Grover Enrique Castro Guzman

FUJITA, André; RODRIGUES, Francisco A.; SILVA, Marcel K. C.;LOPES, Fabrício M.; SATO, João R.. Métodos Estatístico-Computacionais Baseados na Densidade Espectral de Grafos e Suas Aplicações. 2021. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Katia Brumatti Gonçalves

VILAS BOAS, Gislayne F. L. T.; SARTORI, Daniele;LOPES, Fabrício M.; WOLF, Ivan R.; SOUZA, Rogério F.. Busca, caracterização in silico e validação de RNAs não codificadores em Bacillus cereus sensu lato. 2021. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Suzana de Siqueira Santos

FUJITA, André; BALARDIN, Joana B.;LOPES, Fabrício M.; LEONARDI, Florência G.; RODRIGUES, Francisco A.. Estimadores de parâmetro consistentes para modelo de grafo aleatório e estudo sobre a relação entre a rede modo padrão do cérebro e o volume do corpo caloso. 2020. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Cyntia Eico Hayama Nishida

COSTA, Anna H. R.;LOPES, Fabrício M.; BARROS, Leliane N.;HASHIMOTO, Ronaldo F.FUJITA, André. Aprendizado por reforço em lote no controle de sistemas biológicos. 2020. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Leandro Takeshi Hattori

LOPES, Heitor S.; BRITTO JUNIOR, Alceu S.;LOPES, Fabrício M.; FRIGORI, Rafael B.; PARPINELLI, Rafael S.. Contributions to the study of the Protein Folding Problem using Deep Learning and Molecular Dynamics. 2020. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Silvana Regina Rockenbach Marin

NEPOMUCENO, Alexandre L.;LOPES, Fabrício M.; MORAES, Larissa A. C.; HENNING, Liliane M. M.; CORTE, Lígia E. D.. Respostas moleculares de genótipos de soja sob condição de hipóxia. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Ivan Rodrigo Wolf

VALENTE, Guilherme T.; SIMOES, Rafael P.;LOPES, Fabrício M.; CARVALHO, Robson F.; RIBOLLA, Paulo E. M.. Identificação de assinaturas sistêmicas associadas à tolerância ao etanol em linhagens de Saccharomyces cerevisae. 2019. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Samuel Martins Barbosa Neto

CESAR JR, Roberto M.; PINHANEZ, Claudio S.;LOPES, Fabrício M.MENA-CHALCO, Jesús P.DIGIAMPIETRI, Luciano A.. Revealing social networks' missed behavior: detecting reactions and time-aware analyses. 2017. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ricardo de Souza Jacomini

MARTINS JR, David C.; TORRES, Tatiana T.;LOPES, Fabrício M.HASHIMOTO, Ronaldo F.; ROZANTE, Luiz Carlos S.. Inferência de redes gênicas por agrupamento, busca exaustiva e análise de predição intrinsecamente multivariada. 2017. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fabio Fernandes da Rocha Vicente

LOPES, Fabrício M.; CRISTINO, Alexandre S.; ARMELIN, Hugo A.;BARRERA, JuniorMARTINS JR, David C.. Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eliandro Reis Tavares

OGATTA, Sueli F. Y.;LOPES, Fabrício M.; ISHIDA, Kelly; KOBAYASHI, Renata K. T.; ROCHA, Sergio P. D.. Caracterização fenotípica e molecular do biofilme do Cryptococcus gattii. 2016. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: César Manuel Vargas Benítez

LOPES, Heitor S.; MACHADO, Karina S.; TSUNODA, Denise;LOPES, Fabrício M.; FRIGORI, Rafael B.. Contributions to the study of the protein folding problem using bioinspired computation and molecular dynamics. 2015. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho

ALMEIDA, Sergio V.; VASQUES, Luciana R.;LOPES, Fabrício M.LIMA, Ariane M.; PASSETTI, Fabio. Caracterização in silico e análise de espressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Carlos Henrique Aguena Higa

HASHIMOTO, Ronaldo F.FUJITA, AndréMONTE, Júlio César M.MARTINS JR, David C.LOPES, Fabrício M.. Inferência de Redes de Regulação Gênica Utilizando o Paradigma de Crescimento de Sementes. 2012. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Tatiana Mari Saita

LOPES, Fabrício M.; BRESSAN, Glaucia M.;QUEIROZ, Artur T. L.; MARCELINO, Francismar C.. Uma abordagem livre de alinhamento baseada na seleção de características para a classificação de sequências. 2025. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Jéssica Maria Magno

CASTRO, Mauro A. A.; OLIVEIRA, Jaqueline C.;LOPES, Fabrício M.. Análise bioinformática em coortes de câncer: estudos em Neuroblastoma, Carcinoma Adrenocortical e Câncer de Mama Triplo-Negativo. 2025. Exame de qualificação (Doutorando em BIOINFORMÁTICA) - Universidade Federal do Paraná.

Aluno: Reginaldo da Rocha

BUGATTI, Pedro H.PASCHOAL, Alexandre R.LOPES, Fabrício M.. Classificação do Vigor de Sementes de Soja por meio de Aprendizado Profundo Contextual. 2024. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Murilo Caminotto Barbosa

Lopes, Fabricio MartinsVILAS-BOAS, Laurival A.; CASTRO, Mauro A. A.;PASCHOAL, Alexandre R.. APRENDIZADO DE MÁQUINA APLICADO PARA O RECONHECIMENTO DE PADRÕES EM MICROBIOMA E PREDIÇÃO DE VARIÁVEIS AMBIENTAIS CONTÍNUAS. 2024. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: AMANDA PIVETA SCHNEPPER

PASCHOAL, Alexandre R.; FERNANDES, Tiago;LOPES, Fabrício M.. Predição funcional de longos RNAs não- codificadores utilizando dados de transcriptoma na caquexia associada ao câncer. 2024. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Mateus Boiani

PONTA, Mario I.;LOPES, FABRICIO M.; GRISCI, Bruno I.; DORN, Marcio. AutoEMH: A Framework for High-Level Automatic Ensemble Metaheuristics. 2024. Exame de qualificação (Doutorando em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Matheus Henrique Pimenta Zanon

LOPES, Fabrício M.; VANZELA, Andre L. L.;KASHIWABARA, André Y.. Desenvolvimento e Aplicação de um Método Livre de Alinhamento Baseado no Princípio da Máxima Entropia para Identificação de Mutacões SNPs e Classificação de Sequências Biológicas. 2023.

Aluno: Nilzair Barreto Agostinho

ADAMATTI, Diana F.;WERHLI, Adriano V.; EMMENDORFER, Leonardo R.;LOPES, Fabrício M.. Um Ambiente de Simulação Multiagente para vias Regulatórias. 2020. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

Aluno: Katia Brumatti Gonçalves

VILAS-BOAS, Gyslaine T.; ROSA, Renata;LOPES, Fabrício M.. Busca e Caracterização in silico de RNAs Não Codificadores em isolados de Bacillus anthracis, Bacillus cereus e Bacillus thuringiensis (Bacillus cereus sensu lato). 2020. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Wilson Estécio Marcílio Júnior

ELER, Danilo M.; NONATO, Luis G.;LOPES, Fabrício M.. Exploração visual progressiva em gráficos de dispersão para análise de expressão gênica. 2020. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação (33004153073P2)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Suzana de Siqueira Santos

FUJITA, André; IAMBARTSEV, Anatoli;LOPES, Fabrício M.. Métodos computacionais e estatísticos para analisar grafos aleatórios utilizando o espectro. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

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SOUZA, Emanuel M.; CASTRO, Mauro A. A.;LOPES, Fabrício M.STEFFENS, Maria Berenice R.. Redes de interação de ncRNAs/mRNA de bactérias diazotróficas. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

Aluno: Danielle Maluf Quintanilha

LOPES, Fabrício M.; Masuda, Hana Paula; Freschi, Luciano. Discriminação de possíveis redes regulatórias Tnt1-U3 específicas em linhagens de nicotiana RNAi. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: BRENO DE ANDRADE TAUIL

DURHAM, Alan M.; FRANCO, Glória R.;LOPES, Fabrício M.. SIBILANT: An interactive system for preliminary structural annotation. 2025. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: LUCAS FARINA LIMA

HASHIMOTO, Ronaldo F.VAN SLUYS, Marie-AnneLOPES, Fabrício M.. Explorando a Influência dos Elementos Genéticos Móveis no Desenvolvimento e Progressão da Doença de Alzheimer: Uma Abordagem de Biologia de Sistemas. 2024. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thamirys Silva Valentim

VANZELA, Andre L. L.;LOPES, FABRICIO M.; PARTEKA, Leticia M.. ANOTAÇÃO, FILOGENIA E EVOLUÇÃO DOS ELEMENTOS LINE NOS GENOMAS VEGETAIS. 2024. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: João Antonio Tafarelo Guelfi

LOPES, Fabrício M.; OLIVEIRA, Claiton; SILVA, Natassya B. F.. Contagem automática de esporos da Phakopsora pachyrhizi com Deep Learning. 2023. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Willian Diego Do Amaral

KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.; SILVA, Natassya B. F.. DETECÇÃO DE ATAQUES DDOS EM CONTROLADOR SDN UTILIZANDO TÉCNICAS DE APRENDIZADO DE MÁQUINA PARA PREDIÇÃO MULTI-RÓTULOS. 2022. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Lyang Higa Cano

HASHIMOTO, Ronaldo F.LOPES, Fabrício M.; REIS, Eduardo M. R.. A Network Model for Ubiquitin Pathway: A case study in Plasmodium Falciparum. 2022. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Freddy Eddinson Ninaja Zegarra

DOMINGUES, Douglas S.VICENTE, Fábio F. R.LOPES, Fabrício M.. Análise comparativa de redes genéticas de Anticarsia gemmatalis Hübner, 1818 (Lepidoptera: Erebidae) obtidas a partir de transcriptomas de linhagens resistente e susceptível à proteína Cry de Bacillus thuringiensis. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: William Sdayle Marins Silva

BUGATTI, Pedro H.KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.. CONTEXTO EM IMAGEM POR MEIO DE CAMINHADA ALEATÓRIA E GRAFOS CONVOLUCIONAIS. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Joao Paulo de Paiva Silva

COLONNA, Juan G.; GIUSTI, Rafael;LOPES, Fabrício M.. Representação e classificação de sequências do RNA do vírus da dengue usando grafos de de Bruijn e redes convolucionais de grafos. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Federal do Amazonas.

Aluno: Maria Thaís Fernanda Nunes

MARCELINO, Francismar C.;PEREIRA, Luiz Filipe P.LOPES, Fabrício M.. Caracterização dos principais componentes da maquinaria de silenciamento gênico no genoma de P. pachyrhizi. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Cássio Henrique dos Santos Amador

LOPES, Fabrício M.VICENTE, Fábio F. R.KASHIWABARA, André Y.. Estudo da Entropia na Inferência de Redes Gênicas. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Bruno Roberto Burigo

SANCHES, Danilo S.LOPES, Fabrício M.; SANCHES, Silvio R. R.. A survey on neural network pruning using metaheuristics. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Murilo Horácio Pereira da Cruz

BUGATTI, Pedro H.LOPES, Fabrício M.DOMINGUES, Douglas S.. Classificação de Elementos Transponíveis por Redes Neurais Convolucionais. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Eric Augusto Ito

LOPES, Fabrício M.PEREIRA, Luiz Filipe P.KASHIWABARA, André Y.DOMINGUES, Douglas S.. Similaridade semântica aplicada na inferência de redes de regulação gênicas. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Gustavo Dias de Oliveira

KASHIWABARA, André Y.SANCHES, Danilo S.LOPES, Fabrício M.. Um algoritmo eficiente para estimar o espectro de grafos grandes. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Viviane Aparecida Gobetti

VILAS-BOAS, Laurival A.PEREIRA, Luiz Filipe P.LOPES, Fabrício M.. Busca e Caracterização de RNAs não Codificadores em Isolados de Bacillus thurungiensis por Sequenciamento do Conjunto de Pequenos RNAs. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Daniel Henrique Acorsi Alves

OLIVEIRA, Claiton;LOPES, Fabrício M.; PAPA, João Paulo. Técnicas de aprendizado profundo e ativo para classificação de bioimagens. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Luis Gustavo de Carvalho Uzai

KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.SANCHES, Danilo S.. Detecção de ponto de mudança utilizando espectro do grafo. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Isaque Katahira

LOPES, Fabrício M.PEREIRA, Luiz F. P.KASHIWABARA, André Y.. Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a classificação e caracterização de sequências biológicas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Ricardo Conde Camillo Da Silva

LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.SAITO, Priscila T. M.. Contagem automática de colônias de bactérias do gênero Bradyrizobium - Um estudo de caso na Embrapa soja. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Douglas Felipe Pereira

SAITO, Priscila T. M.LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.. Técnicas de Aprendizado Ativo para Avaliação do Vigor de Sementes de Soja. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: João Gilberto de Souza

LOPES, Fabrício M.SAITO, Priscila T. M.BUGATTI, Pedro H.. Reconhecimento Facial Usando os Descritores SIFT e SURF e Redes Complexas. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Geovana Veloso Loureiro de Lima

SAITO, Priscila T. M.LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.. Uma abordagem para descrição e análise de imagens de semente de soja. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Cynara Leão Garcia

KASHIWABARA, André Y.DOMINGUES, Douglas S.LOPES, Fabrício M.. Desenvolvimento de uma ferramenta para identificar regiões codificadoras nos transcritos do fungo Phakopsora pachyrhizi. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Juliana Costa Silva

LOPES, Fabrício M.DOMINGUES, Douglas S.KASHIWABARA, André Y.. Uma ferramenta versátil para a análise de expressão gênica a partir de dados de RNA-Seq. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: JOÃO VITOR FERRARI DA SILVA

LOPES, Fabrício M.SILLA JUNIOR, Carlos N.KASHIWABARA, André Y.. Sistema de extração de informações de bulas para o auxílio de prescrição médica. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Anderson Brilhador

BUGATTI, Pedro H.SAITO, Priscila T. M.LOPES, Fabrício M.. Análise Automática do Arranjo Espacial de Plantas de Milho utilizando Visão Compuatacional. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Ivan Rodrigo Wolf

LOPES, Fabrício M.; BARCELLOS, Fernando G.;VILAS-BOAS, Laurival A.. Análise Genômica de RNAs Não Codificantes em Streptococcus Agalactiae. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Everton da Silva

KASHIWABARA, André Y.SANCHES, Danilo S.LOPES, Fabrício M.. Predição de Resultados do Processo de Extração de Café Solúvel. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Marcus Glauco Faria de Sant'ana

SILLA JUNIOR, Carlos N.LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.. Recuperação e Classificação Automática do Vigor de Sementes de Soja. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Helton de Azevedo

HUNGRIA, MariangelaKASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.. Sistema para Identificação Taxonômica e Filogênica de Rizóbios por Meio de Multilocus Sequence Analysis. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Rosana Ressa Aguiar Ambrósio

KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.PASCHOAL, Alexandre R.. Middleware para Identificação e Benchmarking dos preditores de microRNAs. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Mariana Yuri Sasazaki

SILVA JR, Wilson A.LIMA, Ariane M.LOPES, Fabrício M.. Infraestrutura computacional para avaliação da similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Oscar Picchi Netto

CARVALHO, André C. P. L. F.SILVA JR, Wilson A.LOPES, Fabrício M.. Um Filtro Iterativo Utilizando Árvores de Decisão. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Melline Fontes Noronha

LOPES, Fabrício M.FUJITA, AndréBUCKERIDGE, Marcos S.. Dinâmica da Fermentação Alcoólica: Aplicação de Redes Booleanas na dinâmica da Expressão Gênica em linhagens de Saccharomyces cerevisiae durante o Processo Fermentativo. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Pedro Santoro Perez

KOIDE, TieCARVALHO, André C. P. L. F.LOPES, Fabrício M.. Uma Abordagem para a Indução de Árvores de Decisão voltada para Dados de Expressão Gênica. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fabiola Ocampo Quintero

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.PASCHOAL, Alexandre R.. Qualidade do café ao nível molecular: O novo desafio. 2014. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: FELIPE JOSÉ LOÇURDO COSTA

PALACIOS, Rodrigo H. C.;VICENTE, Fábio F. R.LOPES, Fabrício M.. Uma Visão Geral sobre Web Services com Apache Axis. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Paulo Henrique Geciani

LERARIO, Alexandre; FABRI, José A.;LOPES, Fabrício M.. TV Interativa: Uma Análise Sobre o Middleware Brasileiro Ginga-J. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Thiago Muzardo dos Santos

SHISHIDO, Henrique Y.VICENTE, Fábio F. R.LOPES, Fabrício M.. Uma Visão Geral sobre o Desenvolvimento de Aplicativos para Dispositivos Móveis Utilizando a Plataforma Android. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Alexandre Rodrigues Emmerick

LOPES, Fabrício M.VICENTE, Fábio F. R.SHISHIDO, Henrique Y.. Java aplicado ao processamento de imagens digitais: Análise de folhas de citrus para o reconhecimento da doença do dragão amarelo. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Dirceu Rozolem Junior

PANSANATO, Luciano T. E.; DOMINGUES, André L. S.;LOPES, Fabrício M.. Um Estudo sobre Realidade Aumentada e Andriod. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Messias Xavier Magalhaes

LOPES, FABRICIO M.; SILVA, Natassya B. F.; DA SILVA, Antônio C. F.. Automatização de deteção de esporos do fungo phakopsora pachyrhizi em lâminas de microscópio. 2025. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Erika Hamakami

LOPES, FABRICIO M.; BRESSAN, Glaucia M.; GENVIGIR, Gabriel C.. Detecção de Tuberculose em Imagens de Raio-X do Tórax utilizando Deep Learning. 2025. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Victor Hitoshi Sato

LOPES, FABRICIO M.; AGULHARI, Cristiano M.; Bressan, Glaucia Maria. Classificação Automatizada de Células Cancerígenas do Pulmão em Imagens de Citologia Utilizando Redes Neurais Convolucionais. 2025. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Pedro Lemes Costa

LOPES, Fabrício M.; DA SILVA, Antônio C. F.;VICENTE, Fábio F. R.. DESENVOLVIMENTO DE METODOLOGIA DE INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL PARA A IDENTIFICAÇÃO E CONTAGEM DE ESPOROS DE PHAKOPSORA PACHYRHIZI. 2024. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Cesar Augusto Dias Batista

BASSETTO, Edson L.; SUMAR, Rodrigo R.; MENDONCA, Márcio;LOPES, Fabrício M.. Automatização de microscópio para leitura de lâminas e digitalização. 2024. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Victor Eduardo Lopes Shimizu

PIMENTA-ZANON, Matheus H.;VICENTE, Fábio F. R.KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.. CLASSIFICAÇÃO DE SEQUÊNCIAS BIOLÓGICAS E MAPEAMENTO DE MOTIFS UTILIZANDO REDES COMPLEXAS E MAXIMIZAÇÃO DA ENTROPIA: UMA ANÁLISE DO MPXV. 2023. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: [Nome removido após solicitação do usuário]

KASHIWABARA, André Y.VICENTE, Fábio F. R.; PIMENTA-ZANON, Matheus H.;LOPES, Fabrício M.. Classificação de Sequências Biológicas e Mapeamento de Motifs utilizando Redes Complexas: Uma análise das VOCs do SARS-CoV-2. 2022. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Rafael Fernandes Marques

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.VICENTE, Fábio F. R.. Inferência de Redes Gênicas: Validação de Inferência da Rede para a Bacteria Escherichia Coli. 2022. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Roger Verzola Peres de Lima

VICENTE, Fábio F. R.KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.. Integração de similaridade semântica com dados de ontologia de genes para a inferência de redes gênicas. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Jefferson de França Filho

OLIVEIRA, Claiton; WATANABE, Willian M.;LOPES, FABRICIO M.. Retroalimentação Auditiva Atrasada: Aplicativo de Auxílio ao Tratamento de Pessoas com Gagueira. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Marcelo Henrique Garbelotti da Silva

KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.. tCNV: Uma abordagem para o problema de segmentação de CNV utilizando Tensorflow. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Thullyo Radeli Castilho

SAITO, Priscila T. M.; OLIVEIRA, Claiton;LOPES, Fabrício M.. Análise e classificação automática de danos em sementes de soja. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: FABIO MARCELO DE SOUZA

LOPES, Fabrício M.; Pereira-Jr, Francisco;KASHIWABARA, André Y.. Solinea ICMS - Sistema de apuração de créditos para empresas que efetuam revenda de mercadorias com duplo recolhimento de ICMS. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Eric Augusto Ito

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.VICENTE, Fábio F. R.. Análise e Classificação de Sequências Biológicas: um estudo de caso em mRNA e lncRNA. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Rafael Hiroshi Falazs Shintani

SANCHES, Silvio R. R.; OLIVEIRA, Claiton;LOPES, Fabrício M.. Análise e Reconhecimento de Cultivares por Processamento de Imagens. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Mike Patrick Mercante

LOPES, Fabrício M.; YOKOYAMA, Roberto S.; SANCHES, Silvio R. R.. Estudo do Impacto da Resolução e Custo Computacional na Segmentação de Vídeos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Gabriel Rubino

LOPES, Fabrício M.VICENTE, Fábio F. R.KASHIWABARA, André Y.. Visualização de Redes Gênicas a partir da Integração de Dados Biológicos. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Felipe Americo Gaiotto

VICENTE, Fábio F. R.KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.. MaxEntropy - Uma abordagem para a identificação de miRNAs. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Lucas Kikichi Ribeiro

SANCHES, Silvio R. R.;VICENTE, Fábio F. R.LOPES, Fabrício M.. Análise e desenvolvimento de sistemas reconhecimento óptico de caracteres em placas veiculares. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Marcelo Massashi Kuroda

PASCHOAL, Alexandre R.LOPES, Fabrício M.SANCHES, Danilo S.. Uma abordagem baseada em computação evolutiva aplicada na inferência de redes de regulação gênica. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Maikon Aloan Marin

SAITO, Priscila T. M.SANCHES, Danilo S.LOPES, Fabrício M.. Indução de Árvores de Decisão para a Inferência de Redes Gênicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Geovana Veloso Loureiro de Lima

BUGATTI, Pedro H.SAITO, Priscila T. M.LOPES, Fabrício M.. Uma abordagem baseada em redes complexas para a análise e classificação de imagens. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Juliana Costa Silva

DOMINGUES, Douglas S.PASCHOAL, Alexandre R.LOPES, Fabrício M.. Tratamento de sequências genômicas de nova geração. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Fabio Hideo Sano

LOPES, Fabrício M.PASCHOAL, Alexandre R.KASHIWABARA, André Y.. Visualização de modelos de alcance variável de Markov para sequências biológicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Bruno Mendes Moro Conque

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.PASCHOAL, Alexandre R.. Extração de características a partir de redes complexas: um estudo de caso na classificação de sequências genômicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Aiton Luis Demito

LOPES, Fabrício M.BOVO, Alessandro B.SANCHES, Danilo S.. Sistema Informatizado Aplicado na Produção e Manutenção de Equipamentos. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Willian Strafacce Soares

LOPES, Fabrício M.VICENTE, Fábio F. R.SILLA JUNIOR, Carlos N.. Técnica para Segmentação Automática de Imagens Digitais. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Thiago Pereira Colonhezi

LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.KASHIWABARA, André Y.. Caracterização de Bioimagens. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Anderson Brilhador

LOPES, Fabrício M.BUGATTI, Pedro H.SILVA, Adriano R.. Combinando descritores de forma e textura para classificação de bioimagens: Um estudo de caso aplicado na base de imagens ImageCLEF. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Diogo Hideki Matsumoto

LOPES, Fabrício M.PANSANATO, Luciano T. E.SHISHIDO, Henrique Y.. Vídere 2: Uma Plataforma de Jogos para a Estimulação Visual. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Izabelle Roberta Sakashita

LOPES, Fabrício M.; Pereira-Jr, Francisco;BUGATTI, Pedro H.. SCCE - Sistema para Controle de Campanhas Eleitorais. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Rômulo Mantovani Vassoler

SHISHIDO, Henrique Y.LOPES, Fabrício M.. Sistema de Automação de Força de Vendas. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Rosângela de Fátima Pereira

Pereira-Jr, Francisco;LOPES, Fabrício M.. Processamento de Alto Desempenho em Sistemas de Bioinformática. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: ALFREDO ZACHE ACCORSI

Guandeline, Eidy L. T.;LOPES, Fabrício M.. Eu que Administrativo: Automação de um Jogo de Simulação Empresarial. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Ricardo Brambila Mussi

Guandeline, Eidy L. T.;LOPES, Fabrício M.. Sistema de Cartão On-Line. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Everton da Silva

LOPES, Fabrício M.LEMES NETO, Maurício C.; DA SILVA, Antônio C. F.. Informatização da Documentação do Sistema de Gestão da Qualidade (SGQ). 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Alberto Luiz da Silva

LOPES, Fabrício M.; HERDEN, Adriana; DA SILVA, Adriana C. A.. Sistema de vendas de música na internet através de cartão ?MP3 CARD?. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Ronaldo Wagner Pereira

LOPES, Fabrício M.. Sistema Acadêmico. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Antônio Marcos Peres Mercante

LOPES, Fabrício M.. Módulo de Software baseado na tecnologia WAP para cadastro e consulta de vendas. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Aroldo Paizani Chociai Jr

LOPES, Fabrício M.. Sistema para Administração de Conteúdo On-Line. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Josiane Mariano Diniz

LOPES, Fabrício M.. Utilização dos Recursos Gráficos e Aplicações do Algoritmo de Agrupamento de Dados - KNN para Geração de Relatório em Formato Web. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues

LOPES, Fabrício M.. Vídere: Jogos de Estimulação Visual. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Cláudio Batista dos Santos

LOPES, Fabrício M.. Módulo de Integração: CONTROLPEC ?bovinos? com Leitor de Microchips ?KT 35/1?. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Ricardo de Oliveira Luise

LOPES, Fabrício M.; GENVIGIR, Gabriel C.; GENVIGIR, Elias C.. Módulos de software baseados na Web para gerenciamento de serviços de apoio ao ensino. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Helen Cristina Duarte de Mattos

LOPES, Fabrício M.; GENVIGIR, Gabriel C.; GENVIGIR, Elias C.. WebBoard: Um quadro Eletrônico de Avisos Baseado na Web. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

PINHEIRO, Hildete P.; ZANCHIN, Nilson I. T.;LOPES, Fabrício M.. Membro da banca examinadora do projeto de atuação e memorial, para o perfil de pesquisador em Estatística com ênfase em dados biológicos. 2017. ICC-Fiocruz/PR.

LOPES, Fabrício M.KASHIWABARA, André Y.SILLA JUNIOR, Carlos N.. Presidente de banca examinadora encarregada da elaboração, aplicação e avaliação da prova do concurso público para professor de magistério superior no câmpus Cornélio Procópio. 2014. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

BORSATO, Frank H.;KASHIWABARA, André Y.LOPES, Fabrício M.. Membro de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação da prova. 2013. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

PANSANATO, Luciano T. E.LOPES, Fabrício M.BATISTA, Lígia F. A.. Membro de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2010. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

LOPES, Fabrício M.LEMES NETO, Maurício C.ALMEIDA, Leandro B.. Presidente de banca examinadora, encarregada da elaboração e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2005. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

LOPES, Fabrício M.ALMEIDA, Leandro B.; PIETRUCHINSKI, Mônica H.. Membro de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2005. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

LOPES, Fabrício M.PANSANATO, Luciano T. E.; PRZYBYSZ, André Luiz. Presidente de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2003. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

ARAUJO, Everton C.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2018. Fundação Cesgranrio.

LOPES, Fabrício M.; VIEIRA FILHO, Lauro C.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2018. Faculdade de Imperatriz.

BRANCO, Tadeu M. M.;LOPES, Fabrício M.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2017. Centro Universitário de Viçosa - Univiçosa.

LOPES, Fabrício M.; DAMASCENO, Eduardo F.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2016. INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO, CIÊNCIA E TECNOLOGIA CATARINENSE.

VALDIERO, Antônio C.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. FACULDADE DE TECNOLOGIA E DESENVOLVIMENTO DE COMPETÊNCIAS.

LOPES, Fabrício M.; DUARTE, Alexandre N.. Coordenador de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. Faculdade Católica Cavanis do Sudoeste do Pará.

BRANDAO, Silvia F. M.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. Universidade São Francisco.

LOPES, Fabrício M.; GOI, Viviane M.. Coordenador de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. FACULDADE UNIÃO BANDEIRANTE.

LOPES, Fabrício M.; PRIMO, Marcos Roberto T.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2014. Universidade Federal de Santa Maria.

LOPES, Fabrício M.; SCHUTZ, Sergio M.. Coordenador de comissão para a renovação do reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2014. Faculdade de São Lourenço.

LOPES, Fabrício M.; LUPPI, Lupercio F.. Coordenador de comissão para a renovação do reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2014. Faculdade de Pimenta Bueno.

LOPES, Fabrício M.; LIMA, José L. O.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2013. Instituto de Educação Superior de Brasília.

COELHO, Alex;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2013. Faculdade de Educação de Bom Despacho.

VIEIRA FILHO, Lauro C.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2013. Faculdade Estácio Euro-Panamericana de Humanidades e Tecnologias.

GAZZANI, Mauro H.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2012. Faculdade Tecnológica Latino Americana.

LOPES, Fabrício M.; ALVARENGA, Rogério. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2012. GRUPO IBMEC EDUCACIONAL S.A.

LOPES, Fabrício M.SOARES, Sandro N.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Universidade Cidade de São Paulo.

ALVARENGA, Rogério;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Universidade Nove de Julho.

LOPES, Fabrício M.PIVA JUNIOR, Dilermando. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Centro Universitário do Estado do Pará.

KUNST, Rafael;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Instituto Federal de São Paulo.

FONSECA, Claudio F.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Universidade Nove de Julho.

MORAES, Sérgio A. S.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2010. Instituto Federal de Santa Catarina.

DOS SANTOS, Carlos A.;LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2006. Faculdade de Tecnologia Senai Florianópolis.

CAMARGO, Murilo S.LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão de reconhecimento de curso de graduação designado pelo MEC/SETEC. 2005. Faculdade de Tecnologia Senac Florianópolis.

FELINTO, Alan S.; BARROS, Rodolfo M.;LOPES, Fabrício M.. Banca Avaliadora para promoção de professor associado. 2021. Universidade Estadual de Londrina.

Orientou

Lucas Costa Fuganti

MONITORAMENTO DA EVOLUÇÃO MICROBIANA EM BIOREATORES POR MEIO DE ANÁLISE DE TEXTURA GENÔMICA; Início: 2025; Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; (Orientador);

Felipe Bueno de Souza

Desenvolvimento de metodologia para análise da diversidade genética de abelhas; Início: 2025; Dissertação (Mestrado em Industrial Engineering) - Instituto Politécnico de Bragança; (Coorientador);

João Vitor Fuzetti da Cunha

Otimização de uma Ferramenta de Seleção de Características Genômicas; Início: 2025; Dissertação (Mestrado em Industrial Engineering) - Instituto Politécnico de Bragança; (Coorientador);

Lucas Otavio Leme Silva

MODELAGEM E INFERÊNCIA DE REDES REGULATÓRIAS: INTEGRAÇÃO DE DADOS DE EXPRESSÃO GÊNICA EM SISTEMAS BIOLÓGICOS COMPLEXOS; Início: 2025; Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Rafael Fernandes Marques

Validação de Inferência de Redes Gênicas; Início: 2023; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; (Orientador);

Tatiana Mari Saita

Análise de similaridade para reconhecimento de padrões em sequências biológicas; Início: 2022; Tese (Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

VICTOR HUGO CONCOLATO NEVES

Análise e caracterização de sequências ômicas por meio de técnicas livres de alinhamento; Início: 2025; Iniciação científica (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; (Orientador);

João Antonio Tafarelo Guelfi

Comparação de Modelos de Deep Learning na Detecção de Esporos de Fungos em Lâminas de Microscópios; 2024; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Eber Fabiano Pacanhela

ANÁLISE, CLASSIFICAÇÃO E DETECÇÃO AUTOMÁTICA DE NÓDULOS EM RAÍZES DE CULTIVARES DE SOJA; 2023; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Murilo Montanini Breve

Enhancing Weather Data Reconstruction through Hybrid Methods with Dimensionality Reduction; 2023; Dissertação (Mestrado em Industrial Engineering) - Instituto Politécnico de Bragança, ; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Júlio Marcos Gomes Junior

Interpretabilidade com agregação de relevância em redes neurais para a predição do absenteísmo; 2022; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Cássio Henrique dos Santos Amador

Estudo da Entropia de Tsallis para a Inferência de Redes Gênicas; 2021; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Freddy Eddinson Ninaja Zegarra

Análise Comparativa de Redes Gênicas de Anticarsia Gemmatalis Hübner, 1818 (Lepidoptera: Erebidae) Inferidas de Transcriptomas de Linhagens Resistente e Susceptível à Proteína Cry de Bacillus Thuringiensis; 2021; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Eric Augusto Ito

PLAWSS (Power Law Semantic Similarity): Metodologia Data-Driven Baseada em Lei de Potência para o Cálculo de Similaridade Semântica GO; 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Geraldo Cesar Cantelli

Solução de integração e avaliação de softwares de anotação genômica em Coffea spp; 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Alex Junior Nunes da Silva

Análise das Redes Brasileiras de Co-Autoria nos Programas de Pós-Graduação em Ciências da Computação por meio de Medidas Topológicas; 2019; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Isaque Katahira

Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a extração de características, representação e classificação de sequências de RNAs; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Ricardo Conde Camillo Da Silva

Contagem automática de colônias de bactérias do gênero Bradyrhizobium; 2018; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Everton da Silva

Predição de Resultados do Processo de Extração de Café Solúvel; 2017; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Walkiria Karla Resende

Uso de técnicas de reconhecimento de padrões e genética para a predição de transtornos psiquiátricos da infância; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, ; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Juliana Costa Silva

Análise de expressão diferencial para dados de RNA-Seq: uma nova abordagem; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Leandro Takeshi Hattori

Inferência de redes de regulação gênica utilizando métodos de busca e otimização; 2016; Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Joao Gilberto de Souza Piotto

Reconhecimento de faces utilizando descritores SIFT e SURF e detecção de movimento com Mean Shift; 2016; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Helton de Azevedo

Base de dados para identificação taxonômica e filogenética de espécies do gênero Bradyrhizobium usando a metodologia de Multilocus Sequence Analysis; 2015; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Anderson Brilhador

Análise Semi-Automática do Arranjo Espacial de Plantas de Milho Utilizando Visão Computacional; 2015; Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Belagrícola; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Juliana Costa Silva

Métodos Computacionais Aplicados a Bioinformática: Análise de Expressão de Genes e Inferência de Redes de Regulação Genica; 2025; Tese (Doutorado em Informática) - Universidade Federal do Paraná, ; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Matheus Henrique Pimenta Zanon

GRAMEP: Método Livre de Alinhamento Baseado no Princípio de Máxima Entropia para a Identificação de Mutações SNPs e Classificação de Sequências Biológicas; 2025; Tese (Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

[Nome removido após solicitação do usuário]

Validação de sRNAs e inferência de redes de interação sRNA/mRNA em Herbaspirillum seropedicae SmR1; 2019; Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Amanda Rusiska Piovezani

System Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar; 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

Fabio Fernandes da Rocha Vicente

Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas; 2016; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, ; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Gesiele Almeida Barros de Carvalho

Análise comparativa e de reconhecimento de padrões das sequências genômicas de estirpes de Bradyrhizobium sp; presentes nos inoculantes para a soja; 2016; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Fabrício Martins Lopes;

André Luis Laforga Vanzela

2024; Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Fabrício Martins Lopes;

Felipe Silva Pinheiro Sales

Thread de despacho; 2018; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Thiago Ricardo May Bitencourt

Programação Funcional com JAVA 8; 2016; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Jose Guilherme Vitoratto

Conectando o Java ao Raspberry PI por meio da Biblioteca PI4J; 2016; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Alexandre Tadachi Morey

INFERÊNCIA DE REDE DE REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO DE GENES RELACIONADOS AO BIOFILME DE CANDIDA ALBICANS INFLUENCIADOS PELO ÁCIDO LÁTICO; 2016; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Caio José Carriel

Aplicações Java para Sistemas Embarcados; 2015; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Eliton Katsuhiro Nouchi

WebService Java para pesquisa em vídeos por meio de Reconhecimento Automático de Voz; 2015; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Lucas Mendes Baião

Estudo Comparativo dos Frameworks de Persistência Java: Hibernate e Spring Data; 2015; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Renato Justo

Programação Paralela em Java; 2014; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

João Rafael Lima da Silva

Java API Jsoup aplicado na Integração de dados Biológicos; 2014; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Alain Cassiano Rodrigues de Oliveira

Segurança de Aplicações Web com Spring Security 3; 2014; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Juliana de Oliveira

Integração de dados temporais de expressão gênica de Arabidopsis Thaliana a partir do Gene Expression Omnibus; 2014; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Andre Rocha Barbosa

Inference of gene regulatory networks from expression data integration of Streptococcus agalactiae; 2014; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Fabiola Ocampo Quintero

Qualidade do café ao nível molecular: O novo desafio; 2014; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Alexandre Rodrigues Emmerick

Análise de Folhas de Citrus para Reconhecimento da Doença do Dragão Amarelo; 2012; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Messias Xavier Magalhaes

Automatização de deteção de esporos do fungo phakopsora pachyrhizi em lâminas de microscópio; 2025; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Erika Hamakami

Detecção de Tuberculose em Imagens de Raio-X do Tórax utilizando Deep Learning; 2025; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Lucas Costa Fuganti

BITSER: UMA FERRAMENTA PARA CLASSIFICAÇÃO DE GENOMAS VIRAIS; 2025; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Eduardo Golin Sudaia

UMA ABORDAGEM DE APRENDIZADO PROFUNDO PARA A IDENTIFICAÇÃO AUTOMÁTICA DAS PRINCIPAIS DOENÇAS DE CULTIVARES DE LARANJA; 2025; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Cesar Augusto Dias Batista

Automatização de microscópio para leitura de lâminas e digitalização; 2024; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Pedro Lemes Costa

Desenvolvimento de Metodologia de Inteligência Artificial para a identificação e contagem de Esporos de P; pachyrhizi; 2024; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Lucas Otavio Leme Silva

GERAÇÃO DE IMAGENS SINTÉTICAS DE RAIO-X TORÁCICO COM PNEUMONIA E O IMPACTO NA CLASSIFICAÇÃO POR REDES NEURAIS CONVOLUCIONAIS; 2024; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Vinicius Yukio Noma

DESENVOLVIMENTO DE APLICAÇÕES WEB RESPONSIVAS UTILIZANDO TECNOLOGIAS MODERNAS; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Victor Eduardo Lopes Shimizu

CLASSIFICAÇÃO DE SEQUÊNCIAS BIOLÓGICAS E MAPEAMENTO DE MOTIFS UTILIZANDO REDES COMPLEXAS E MAXIMIZAÇÃO DA ENTROPIA: UMA ANÁLISE DO MPXV; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Willian Ferreira da Cruz

PROCESSO DE ATUAÇÃO EM ANALISE DE QUALIDADE DE SOFTWARE NO DESENVOLVIMENTO DE SISTEMAS E APLICAÇÕES; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

[Nome removido após solicitação do usuário]

Classificação de Sequências Biológicas e Mapeamento de Motifs utilizando Redes Complexas: Uma análise das VOCs do SARS-CoV-2; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Rafael Fernandes Marques

Inferência de Redes Gênicas: Validação de Inferência da Rede para a Bacteria Escherichia Coli; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Amauri Martins Junior

APLICATIVO MÓVEL COM FOCO NO TRAJETO DE ROTAS PARA PORTADORES DE DEFICIÊNCIA MOTORA OU PESSOAS COM MOBILIDADE REDUZIDA; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

ANDRE SILVA POLETTO

MODELO DE ALTO DESEMPENHO PARA PORTAIS DE NOTICIAS ATRAVÉS DO USO DE DOCKER E MÚLTIPLOS BANCOS DE DADOS; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Jean Carlos Camillo

Desenvolvimento de sistema web para estoque com monitoramento sobre o volume de mercadorias; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Adilson Franke Neia Junior

Classificação de sequências de RNA utilizando redes neurais convolucionais; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Jefferson de França Filho

Retroalimentação Auditiva Atrasada: Aplicativo de Auxílio ao Tratamento de Pessoas com Gagueira; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Thullyo Radeli Castilho

Análise e classificação automática de danos em sementes de soja; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Belagrícola; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

FABIO MARCELO DE SOUZA

Solinea ICMS - Sistema de apuração de créditos para empresas que efetuam revenda de mercadorias com duplo recolhimento de ICMS; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Eric Augusto Ito

Análise e Classificação de Sequências Biológicas: um estudo de caso em mRNA e lncRNA; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Rafael Hiroshi Falasz Shintani

Análise e Reconhecimento de Cultivares por Processamento de Imagens; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Lucas Kikuchi Ribeiro

Reconhecimento Óptico de Caracteres em Placas Veiculares; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Felipe Americo Gaiotto

MaxEntropy - Uma abordagem para a identificação de miRNAs; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Gabriel Rubino

Visualização de Redes Gênicas a partir da Integração de Dados Biológicos; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Maikon Aloan Marin

Indução de Árvores de Decisão para a Inferência de Redes Gênicas; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Jorge Mitsumassa Nakagawa

Desenvolvimento de aplicação web/mobile para agendamentos; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Juliana Costa Silva

Tratamento de Sequências Genômicas de Nova Geração; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Geovana Veloso Loureiro de Lima

Uma abordagem baseada em redes complexas para a análise e classificação de imagens; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Bruno Mendes Moro Conque

Extração de características a partir de redes complexas: um estudo de caso na classificação de sequências genômicas; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Aiton Luis Demito

Sistema Informatizado Aplicado na Produção e Manutenção de Equipamentos; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Thiago Pereira Colonhezi

Caracterização de Bioimagens; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

William Strafacce Soares

Técnica para Segmentação Automática de Imagens Digitais; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Anderson Brilhador

Combinando descritores de forma e textura para classificação de bioimagens: Um estudo de caso aplicado na base de imagens ImageCLEF; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Leandro Takeshi Hattori

Inferência de redes gênicas com algoritmo genético e modelo de ilhas; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Diogo Hideki Matsumoto

Desenvolvimento de Jogos para a Estimulação Visual; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Izabelle Roberta Sakashita

SCCE - Sistema para Controle de Campanhas Eleitorais; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Rodrigo Batista de Oliveira

Automação de Forças de Vendas via Pocket PC's; 2008; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Sérgio Aparecido Granzzotto

Módulo de Personalização para E-Commerce; 2008; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Clodoaldo Ausec Ludwig

SGCPEM/JFL - Sistema para Gerenciamento de Carreteiros, Produção e Estoque de Materiais - Java e Ferramentas de uso Livre; 2007; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Flávio de Oliveira Zanin

Sistema Informatizado de Protocolo; 2007; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Ricardo Strique

SGH ? Sistema Gerenciador Hospitalar (Recepção); 2007; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Everton da Silva

Informatização da Documentação do Sistema de Gestão da Qualidade (SGQ); 2006; 112 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Alberto Luís Silva

Sistema de vendas de música na internet através de cartão ?MP3 CARD?; 2006; 191 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Ronaldo Wagner Pereira

Sistema Acadêmico Financeiro; 2006; 84 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Josiane Marino Diniz

Utilização de recursos gráficos e algoritmo KNN para geração de relatórios em formato web; ; 2006; 119 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Aroldo Paizany Chociai Júnior

Sistema para Administração de Conteúdo On-Line; 2006; 73 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Antônio Marcos Peres Mercante

Módulo de Software baseado na Tecnologia WAP para Cadastro e Consulta de Vendas; 2006; 89 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues

Vídere - Jogos para Estimulação Visual; 2005; 63 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Lucas Costa Fuganti

Extração de características e classificação de sequências de RNA por meio de análises multiníveis; 2025; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Lucas Costa Fuganti

Classificação de sequências ÔMICAS por meio de redes complexas e teoria da informação; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Messias Xavier Magalhaes

Desenvolvimento de ambiente servidor para a recepção, processamento e armazenamento de vídeos digitais e identificação automática de esporos de P; pachyrhizi; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Cesar Augusto Dias Batista

Automatização de leitura digital de lâminas de microscópio; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Pedro Lemes Costa

Desenvolvimento de Metodologia de Inteligência Artificial para a identificação e contagem de Esporos de P; pachyrhizi; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Gabriel Sporck Trombini

Classificação de genomas de vírus usando redes complexas e teoria da informação; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Messias Xavier Magalhaes

Automatização de detecção de esporos do fungo Phakopsora Pachyrhizi em lâminas de microscópio; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Murilo Montanini Breve

Avaliação de ferramentas para a classificação de subclasses de ncRNA; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Murilo Montanini Breve

Classificação de sequências biológicas usando Máxima Entropia; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Murilo Montanini Breve

Similaridade entre sequências genômicas aplicada na inferência de redes de regulação gênicas; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Erika Hamakami

Estudo de medidas de similaridade entre grafos para a construção de árvores filogenéticas; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Douglas Ribeiro Violante

Busca, indexação e definição de base de dados integrada de Escherichia coli; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Matheus Montanini Breve

Análise de comunidades acadêmicas e suas dinâmicas por meio da teoria de redes complexas; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Lucas Tarumoto

Avaliação da integração de dados biológicos para a inferência de redes gênicas; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Isabelle Ichikawa Yagi

Inferência de redes gênicas a partir de entropia: um estudo de caso; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Eric Augusto Ito

Estudo e implementação de abordagens para classificação de sequências biológicas a partir de redes complexas; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Camila Venâncio

Análise de sequências genômicas de Streptococcus Agalactiae; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Gabriel Rubino

Visualização de redes gênicas a partir da integração de dados biológicos; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Murilo Abilio Gonçalves da Silva

Um estudo comparativo entre métodos de extração de características na classificação de sequências genômicas; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Thullyo Radeli Castilho

Análise e quantificação de danos em sementes de soja; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Belagrícola; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Helder Holanda Prezotto

Aquisição e procesamento de imagens de sementes de soja a partir de dispositivo embarcado; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Euler Angelo de Menezes Junior

Inferência de GRNs a partir da integração dos dados da Arabidopsis thaliana; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Thullyo Radeli Castilho

Reconhecimento de cultivares e plantas daninhas por imagem; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Matheus Montanini Breve

Reconhecimento de Padrões em Redes de Coautoria Utilizando Redes Complexas; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Bruno Mendes Moro Conque

Uma abordagem baseada em redes complexas para análise genômica; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Geovana Veloso Loureiro de Lima

Classificação de bioimagens a partir da extração de características de forma e suas representações como redes complexas; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Juliana Costa Silva

ITNGS: Aplicativo para análises iniciais de sequenciamentos de nova geração; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Thullyo Radeli Castilho

Reconhecimento de objetos a partir de sequências de vídeos; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Anderson Brilhador

Classificação de bioimagens utilizando descritores de forma; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Gabriel Rubino

Integração de dados biológicos e redes gênicas: Um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Leandro Takeshi Hattori

Algoritmo Genético Paralelo para a Inferência de Redes Gênicas; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Maikon Aloan Marin

Indução de Árvores de Decisão para a Inferência de Redes Gênicas; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Geovana Veloso Loureiro de Lima

Uma abordagem baseada em redes complexas para análise de imagens; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Jonathan Sérgio de Siqueira Rodrigues da Silva

Integração de métodos de identificação de redes gênicas (GRNs) a partir de dados de expressão; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Gabriel Rubino

Integração de dados biológicos para identificação de redes gênicas (GRNs); 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Thiago Pereira Colonhezi

Caracterização de Bioimagens; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

William Strafacce Soares

Segmentação interativa de imagens sensível ao contexto; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Jefferson de França Filho

APLICATIVO DE AUXÍLIO AO TRATAMENTO DE PESSOAS COM GAGUEIRA ; 2017; Orientação de outra natureza; (Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Fabrício Martins Lopes;

Produções bibliográficas

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LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico IEEE Transactions on Industrial Informatics. 2022.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Computers and Electronics in Agriculture. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de projeto científico como consultor Ad Hoc da UTFPR. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do 25th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2021.

LOPES, Fabrício M. . XV Brazilian e-Science Workshop (BreSci) - Comitê de Programa. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do 34th Conference on Graphics, Patterns and Images (SIBGRAPI). 2021.

LOPES, Fabrício M. ; SILVA, Juliana C. . Revisão de artigo científico no periódico Nucleic Acids Research (NAR). 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de quatro artigos científicos no periódico IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2021.

SILVA, Juliana C. ; LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico PLOS ONE. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Genetics and Molecular Biology. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de três projetos científicos como consultor Ad Hoc da FACEPE. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico Briefings in Bioinformatics. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do Workshop of Theses and Dissertations (WTD) - SIBGRAPI. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2021) - Technical Program Committee. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Expert Systems With Applications. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Computers in Biology and Medicine. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Avaliador de trabalhos do XXVI Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR (SICITE). 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Wiley Interdisciplinary Reviews: Data Mining and Knowledge Discovery. 2021.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de três artigos científicos no periódico Bioinformatics. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico BMC Bioinformatics. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico IEEE Transactions on Industrial Electronics. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de três projetos científicos como consultor Ad Hoc da FAPESC. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Scientific Reports. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de três projetos científicos como consultor Ad Hoc da FACEPE. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico Expert Systems With Applications. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de cinco projetos científicos como consultor Ad Hoc da UTFPR. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico PeerJ. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Computational and Structural Biotechnology Journal. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de projeto científico como consultor Ad Hoc do Programa STIC-AmSud. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Computers in Industry. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Avaliador de trabalhos do XXV Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR (SICITE). 2020.

LOPES, Fabrício M. . Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2020) - Program Committee. 2020.

SILVA, Juliana C. ; LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Genetics and Molecular Biology. 2020.

SILVA, Juliana C. ; LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico Biology Letters. 2020.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico BMC Genomics. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico BMC Bioinformatics. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de projeto científico como consultor Ad Hoc da Fundação Araucária. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico Expert Systems With Applications. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico PLOS ONE. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de projeto científico como consultor Ad Hoc da FACEPE. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico Gene. 2019.

LOPES, FABRÍCIO M . Revisão de artigo científico no periódico Computational Biology and Chemistry. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo científico no periódico IEEE Transactions on Industrial Informatics. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2019) - Program Committee. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Avaliador de trabalhos do XXIV Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR. 2019.

LOPES, Fabrício M. . Member of the Scientific Committee for the X-Meeting 2019 - 15th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). 2019.

LOPES, Fabrício M. . 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2018) - Program Committee. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Membro da Comissão Científica do III Simpósio Norte e Nordeste de Bioinformática. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Avaliador de trabalhos do XXIII Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de um artigo científico no periódico Plos One. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de um artigo científico no periódico Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico Revista de Informática Teórica e Aplicada - RITA. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico BMC Bioinformatics. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de um artigo científico no periódico Computers in Biology and Medicine. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de um artigo científico no periódico Gene. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de dois artigos científicos no periódico Methods. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de um artigo científico no periódico Expert Systems With Applications. 2018.

LOPES, Fabrício M. . Revisão de artigo no periódico F1000Research. 2017.

LOPES, Fabrício M. . Consultor 'ad hoc' na análise de propostas PIBIC/PIBITI - 2017/2018. 2017.

LOPES, Fabrício M. . CISP-BMEI 2017 Technical Program Committee. 2017.

LOPES, Fabrício M. . Revisor de trabalhos científicos submetidos à II Escola Gaúcha de Bioinformática - EGB 2017. 2017.

LOPES, Fabrício M. . PSIVT 2017 program committee. 2017.

LOPES, Fabrício M. . Member of the Scientific Committee for the X-Meeting 2017 - 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). 2017.

LOPES, Fabrício M. . Membro de Comitê de Programa do 9th International Congress on Image and Signal Processing, BioMedical Engineering and Informatics (CISP-BMEI 2016). 2016.

LOPES, Fabrício M. . Workshop em Bioinformática da UTFPR - 2016. 2016.

LOPES, Fabrício M. . Projeto aprovado no Edital CP 19/2015 Programa de Bolsas de Mestrado Acordo Capes/FA. 2016.

LOPES, Fabrício M. . Membro da comissão científica do IV Simpósio Paranaense de Engenharia Mecânica (SIPEM). 2015.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do 12th MCBIOS Conference Proceedings. 2015.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do 2nd Latin American Congress on Computational Intelligence.. 2015.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do 2015 IEEE International Conference on Electronics, Circuits, and Systems. 2015.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do 2014 IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS 2014). 2014.

CONQUE, Bruno M. M. ; KASHIWABARA, André Y. ; LOPES, Fabrício M. . Feature extraction from complex networks: A case of study in genomic sequences classification. 2014.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do X-meeting BMC Genomics paper track. 2013.

LOPES, Fabrício M. . Membro do comitê de programa do 11th Brazilian Congress (CBIC) on Computational Intelligence - Computational Intelligence in Bioinformatics Symposium (CIBS). 2013.

LOPES, Fabrício M. . Revisor do 2013 IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS 2013). 2013.

LOPES, Fabrício M. ; MARTINS JR, David C. ; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto M. . An iterative feature selection method for GRNs inference by exploring topological properties. 2011.

LOPES, Fabrício M. ; MARTINS JR, David C. ; CESAR JR, Roberto M. . DimReduction - Interactive Graphic Environment for Dimensionality Reduction. 2008.

POSSAMAI, Edivan J. ; LOPES, FABRICIO M. . IA agiliza testes de ferrugem asiática. 2025. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

LOPES, FABRICIO M. ; ARTONI, Roberto ; RIBEIRO, Jorge E. ; PASCHOAL, ALEXANDRE R . Computação a serviço da saúde do homem e do resto da natureza. 2024. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

ARTONI, Roberto ; PASSETTI, Fabio ; VILAS-BOAS, Laurival A. ; LOPES, FABRICIO M. ; Paschoal, Alexandre Rossi . O Paraná e a Bioinformática. 2024. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

LOPES, Fabrício M. . AB3C Covid-19. 2020; Tema: Site para informar sobre ações que possam ajudar na pesquisa e levantamento de dados sobre o covid-19 e SARS-COV-2.. (Site).

LOPES, Fabrício M. ; BITAR, Mainá . BioInfoNews. 2009; Tema: Canal de comunicação de estudantes e pesquisadores na área de bioinformática.. (Fórum).

Silva, Lucas Otavio Leme ; PIMENTA-ZANON, Matheus H. ; LOPES, FABRICIO M. . Deep Learning para Bioinformática. 2025. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

SILVA, Lucas O. L. ; PIMENTA-ZANON, Matheus H. ; LOPES, Fabrício M. . Deep Learning para Bioinformática. 2025. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

DORN, Marcio ; LOPES, FABRICIO M. . BioInformatics: 21st Brazilian Congress, X-Meeting 2025, João Pessoa, Brazil, June 3?6, 2025, Proceedings. 2025. (Editoração/Livro).

LOPES, Fabrício M. ; REIS, Marcelo S. . Emerging Science, Trends, and Innovations from the 17th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2024). 2025. (Editoração/Periódico).

LOPES, Fabrício M. ; TINOS, R. . Learning and NonLinear Models - Special Issue: Applications of Computational Intelligence (CI) in Healthcare. 2024. (Editoração/Periódico).

REIS, Marcelo S. ; LOPES, FABRICIO M. . Anais do XVII Simpósio Brasileiro de Bioinformática (BSB). 2024. (Editoração/Anais).

MAGALHAES, Messias X. ; DA SILVA, Antônio C. F. ; LOPES, Fabrício M. . Introdução à programação de motores de passo com Arduino para automação de microscópio. 2023. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

PIMENTA-ZANON, Matheus H. ; LOPES, Fabrício M. . Extração de características e classificação de sequências de RNAs. 2022. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOPES, Fabrício M. ; TINOS, R. . Learning and NonLinear Models - Special Issue: Applications of Computational Intelligence (CI) in Healthcare. 2022. (Editoração/Periódico).

LOPES, Fabrício M. ; STROELE, Victor . Anais do XV Brazilian e-Science Workshop (BreSci). 2021. (Editoração/Anais).

CASTRO, Mauro A. A. ; LOPES, Fabrício M. . Análise e integração de dados biológicos. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOPES, Fabrício M. . Bioinformática e Inferência de Redes Gênicas. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOPES, Fabrício M. . Relatório Parcial - Edital 24/2012 - Programa de Pesquisa Básica e Aplicada. 2015. (Relatório de pesquisa).

LOPES, Fabrício M. . Relatório Parcial - Edital 21/2012 - Programa de Bolsas de Produtividade em Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico. 2015. (Relatório de pesquisa).

LOPES, Fabrício M. . Relatório Final - Edital Universal 14/2012 - Faixa A. 2015. (Relatório de pesquisa).

LOPES, Fabrício M. . Relatório Parcial - Edital 24/2012 - Programa de Pesquisa Básica e Aplicada. 2014. (Relatório de pesquisa).

LOPES, Fabrício M. . Linguagem de Programação Java II. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

LOPES, Fabrício M. . Reconhecimentos de Padrões. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

LOPES, Fabrício M. . Introdução a bioinformática e aplicações envolvendo reconhecimento de padrões. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

LOPES, Fabrício M. . Linguagem de Programação Java II. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

LOPES, Fabrício M. . Linguagem de Programação Java II. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

LOPES, Fabrício M. . 24th Australasian Joint Conference on Artificial Intelligence (AI2011). 2011. (Revisão de artigo).

LOPES, Fabrício M. ; CESAR JR, Roberto M. . 23rd IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR). 2010. (Revisão de artigo).

LOPES, Fabrício M. ; MARTINS JR, David C. . 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Revisão de artigos).

LOPES, Fabrício M. ; CESAR JR, Roberto M. . 17th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP). 2010. (Revisão de artigo).

LOPES, Fabrício M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. . 4th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). 2009. (Revisão de artigo).

LOPES, Fabrício M. ; CESAR JR, Roberto M. . 15th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP). 2008. (Revisão de artigos).

LOPES, Fabrício M. ; CESAR JR, Roberto M. . 3rd X-Meeting. 2007. (Revisão de artigo).

LOPES, Fabrício M. . Ferramentas de Programação Java. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

LOPES, Fabrício M. . Informática Aplicada. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

LOPES, Fabrício M. . I Jornada Nacional da Produção Científica em Educação Profissional e Tecnológica. 2006. (Revisão de artigo).

LOPES, Fabrício M. . Informática Aplicada. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

LOPES, Fabrício M. . Linguagem de Programação Delphi. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

  • 2024 - Atual

    Bioinformática: Inferência de redes gênicas e reconhecimento de sequências ômicas, Descrição: Chamada CNPq/MCTI No 10/2023 - Faixa A - Grupos Emergentes - Processo: 408312/2023-8Devido a demanda por métodos computacionais capazes de caracterizar e classificar de forma eficiente o grande volume de dados biológicos atualmente, o objetivo do projeto consiste no desenvolvimento de métodos computacionais para atender esta demanda. Em particular, o desenvolvimento de metodologias de biologia de sistemas para o estudo de interações em redes de regulação gênica, com uso de abordagens de aprendizado de máquina para classificação de sequências biológicas de diferentes contextos e granularidades. Os resultados podem contribuir no entendimento de interações funcionais em sistemas biológicos, com aplicações na área da medicina molecular, agricultura e pecuária.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Pedro Henrique Bugatti - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Priscila Tiemi Maeda Saito - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2021 - Atual

    NAPI-NORTE - Centro de Inteligência Artificial - Agro (CIA-Agro), Descrição: Desenvolvimento de Metodologia de Inteligência Artificial para a identificação e contagem de Esporos de P. pachyrhizi?, cujo objetivo principal é o desenvolvimento de metodologia de inteligência artificial para a identificação automática e contagem de esporos de P. pachyrhizi a partir de lâminas de coletores.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Pedro Henrique Bugatti - Integrante / Priscila Tiemi Maeda Saito - Integrante / Edivan José Possamai - Integrante / Natássya B. F. da Silva - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2020 - 2021

    Programa para Excelência em Pesquisa e Inovação - PEPI, Descrição: Proposta aprovada no Edital PROREC/PROPPG 09/2020 - UTFPR pela equipe de inteligência computacional do Departamento Acadêmico de Computação para a melhoria da infra-estrutura de equipamentos para o desenvolvimento de pesquisas na área de Ciência da Computação. Consiste na aplicação e desenvolvimento de abordagens de aprendizado de máquina a dados complexos obtidos, bem como a recuperação dos mesmos por técnicas de descrição de conteúdo estrutural, pictórico e computação evolutiva.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Pedro Henrique Bugatti - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Danilo Sipoli Sanches - Integrante / Adriano Rivolli da Silva - Integrante / Priscila Tiemi Maeda Saito - Integrante / Lucas Dias Hiera Sampaio - Integrante / Cléber Gimenez Corrêa - Integrante / Silvio Ricardo Rodrigues Sanches - Integrante., Financiador(es): Universidade Tecnológica Federal do Paraná - Auxílio financeiro.

  • 2017 - 2020

    Inferência de redes gênicas a partir da integração de informações estruturais e funcionais, Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus respectivos perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão gênica. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada, com maior precisão e biologicamente mais representativas. Este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso da bactéria Escherichia coli, a qual se trata de um organismo modelo, tendo seu seu genoma completamente sequenciado e existirem muitas informações conhecidas a seu respeito, as quais serão utilizadas neste projeto. O conhecimento gerado a partir dos resultados na aplicação neste organismo poderá servir como base para o entendimento dos relacionamentos entre os genes de outras bactérias, o que abre um potencial considerável para novas aplicações e pesquisas em genética, saúde pública e na agricultura em geral, como no caso das bactérias simbióticas fixadoras de nitrogênio. A primeira etapa do desenvolvimento deste projeto concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo computacional para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Marcos Silveira Buckeridge - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante / Eric Augusto Ito - Integrante / Douglas Ribeiro Violante - Integrante / Cassio Henrique Dos Santos Amador - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 30

  • 2017 - 2020

    Reconhecimento de Padrões em Sequências Biológicas, Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a descoberta de padrões a partir da avalanche de dados biológicos produzidos diariamente. Nesse contexto, este projeto propõe o estudo de sequências biológicas (genoma, transcriptoma, proteoma, etc.) e o desenvolvimento de métodos de reconhecimento de padrões para a identificação e posterior caracterização de fenômenos biológicos de interesse. A primeira etapa concentra-se na representação das sequências biológicas de forma numérica, i.e. extrair características das sequências com objetivo de gerar representações das sequências que poderão ser usadas para identificar essas sequências. Em seguida, é importante selecionar as características extraídas e então utilizá-las para compor um vetor de características representativo de cada sequência biológica de entrada. Esses vetores de características, um para cada sequência, representam a sumarização dos dados contidos em casa uma das sequências. Em seguida, com base nas características extraídas, é proposto o desenvolvimento de modelos computacionais para reconhecer padrões e classificá-las de acordo com os objetivos de interesse. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Eric Augusto Ito - Integrante / Geraldo Cesar Cantelli - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 23

  • 2017 - Atual

    INCT- Microrganismos Promotores do Crescimento de Plantas Visando à Sustentabilidade Agrícola e à Responsabilidade ambiental (MPCPAgro), Descrição: Existe uma forte demanda global por maior produção quantitativa e qualitativa de alimentos, mas com a nova abordagem de que, tão importante quanto produzir mais, é considerar a sustentabilidade agrícola, valorizando a recuperação de áreas degradadas, a menor emissão de gases de efeito estufa (GEE) e o cuidado com a contaminação do solo e da água por agroquímicos, portanto, otimizando o uso racional de insumos. Embora fundamentais à produtividade, os fertilizantes químicos apresentam custo elevado, sendo a maioria importados e de baixa eficiência de utilização pelas plantas. Nesse contexto, microrganismos promotores do crescimento de plantas (MPCP, considerando os microrganismos estimuladores do crescimento vegetal, independente do mecanismos de ação, incluindo bactérias fixadoras de nitrogênio atmosférico, produtoras de reguladores de crescimento vegetal, solubilizadoras de rochas fosfáticas e potássicas, bem como facilitadores de absorção de nutrientes, como os fungos micorrízicos) são decisivos para a sustentabilidade agrícola, abrindo oportunidades para aquilo que pode ser definido como uma verdadeira "microrrevolução verde", com impacto na produtividade, mas com responsabilidade ambiental. Este INCT foi proposto com a missão de Conduzir pesquisas básicas e de desenvolvimento biotecnológico, formar recursos humanos e realizar transferência de conhecimento, produtos e tecnologias para setores públicos e privados, visando incrementar o uso de MPCP, processos microbianos e biomoléculas de origem microbiana na agricultura brasileira, maximizando a nutrição das plantas e o rendimento das culturas com menor aporte de fertilizantes químicos e impacto ambiental. Para isso, nesta primeira fase do projeto foram delineados 27 objetivos específicos, relacionados a 51 atividades e 60 metas. As atividades da vertente de ciência básica deverão gerar novos conhecimentos em taxonomia, filogenia, fisiologia, ecologia, genômica, proteômica, transcriptômica e metabolômica com os MPCP e em associações plantas-MPCP. Uma segunda vertente consiste no desenvolvimento biotecnológico de produtos, moléculas e tecnologias relacionadas aos MPCP, com diversas inovações biotecnológicas, bem como no melhoramento das culturas associadas aos MPCP. Novas tecnologias, por exemplo, de aplicação de microrganismos, de ajustes fitotécnicos para cada cultura e de recuperação de pastagens degradadas vias ação microbiana também deverão estudadas e validadas. Outra forte vertente deste INCT compreende linhas de pesquisas relacionadas ao meio ambiente, com atividades de pesquisa visando quantificar a contribuição da fixação biológica do nitrogênio e de emissão de GEE na comparação de uso dos MPCP frente aos fertilizantes químicos, gerando informações para subsidiar o Plano ABC (Agricultura de Baixa Emissão de Carbono) do governo brasileiro. Além disso, essas informações permitirão a utilização de MPCP em Mecanismos de Desenvolvimento Limpo (MDL) e como serviços ecossistêmicos. Na vertente ambiental também há estudos relacionados ao uso de bioindicadores microbianos para o monitoramento da qualidade do solo, com implicações científicas, sociais e em políticas públicas. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Coordenador / KASHIWABARA, ANDRE YOSHIAKI - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

  • 2016 - 2020

    Desvendando redes de regulação de sRNAs regulatórios em genomas bactérianos, Descrição: Projeto em cooperação com Instituto de Tecnologia Química e Biológica - Universidade Nova de Nova Lisboa, Oeiras - Portugal. Edital Capes/FCT 2014. Prevê a integração de dados biológicos públicos, oriundos de diversas naturezas para a modelagem de redes de regulação para sRNA-mRNA e/ou sRNA-proteína considerando o estudo de caso em genomas e transcriptomas bacterianos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante / Maria Berenice Reynaud Steffens - Coordenador / Cecília Maria Pais de Faria de Andrade Arraiano - Integrante / Vânia Sofia Fidalgo Pobre - Integrante / Rogerio Fernandes de Souza - Integrante / Tatiane Dobrzanski - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1

  • 2015 - 2017

    Melhoria da produtividade na produção agrícola por meio de métodos, técnicas e análise de bioimagens (RHAE), Descrição: O agronegócio compõe uma considerável fatia do PIB nacional, fato que demonstra sua extrema relevância, caracterizando-se como grande impulsionador da economia brasileira. A cada nova colheita, torna-se cada vez mais vital o emprego de tecnologias que permitam a otimização de produtos e processos pertinentes ao agronegócio, com o intuito de garantir quantidade e qualidade da safra, provendo maior rentabilidade para os produtores e, consequentemente melhores produtos com diminuição do custo aos consumidores finais. Dessa forma, gerando um ganho em toda a cadeia de produtividade. Visando esse objetivo, o presente projeto propõe o desenvolvimento de métodos e técnicas de análise de bioimagens aplicadas no campo, envolvendo especificamente processos intrínsecos ao aumento da produtividade, os quais tratam da análise de sementes para definição dos parâmetros de qualidade das mesmas, bem como do arranjo espacial de cultivares. A determinação dos parâmetros de qualidade de uma semente é uma das etapas primordiais para a tomada de decisão no processo de multiplicação e classificação de sementes. Já a análise de arranjo espacial de cultivares torna possível melhorias nos fatores de crescimento da planta, como a otimização no processo de absorção de nutrientes. Ambos os processos impactam diretamente na qualidade e custo da produtividade em diferentes estágios e granularidades. Como produto final, espera-se a criação de ferramentas que possibilitem a automatização de tais processos, contribuindo para a solução de problemas reais de análise de imagens, gerando impacto direto em diversas esferas. Além disso, o presente projeto promove a integração entre empresa e academia, possibilitando a transferência de tecnologia, fator primordial para o desenvolvimento do país.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (2) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Pedro Henrique Bugatti - Integrante / Anderson Brilhador - Integrante / Priscila Tiemi Maeda Saito - Integrante / Andre Luis Siqueira Marques de Souza - Coordenador / Daniel Aloysio Serrarens - Integrante / Tiago Aparecido Conrado Rodrigues - Integrante / Geovana Veloso Loureiro de Lima - Integrante / Thullyo Radeli Castilho - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

  • 2014 - 2019

    Filogenia, taxonomia, genômica, proteômica e transcriptômica de bactérias simbióticas fixadoras de nitrogênio, Descrição: Projeto desenvolvido com 13 instituições de pesquisa: Embrapa Soja, Embrapa Agropecuária Oeste, Embrapa Cerrados, Embrapa Roraima, Embrapa Agrobiologia, Embrapa Meio Ambiente, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, LNCC, UEL, UEPG, UTFPR, UFRJ e IAPAR.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Coordenador / Helton de Azevedo - Integrante / Francismar Corrêa Marcelino - Integrante / Diva de Souza AndradE - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Fabiano L. Thompson - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro.

  • 2014 - 2017

    Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Sensíveis a Contexto, Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Evaldo Araújo de Oliveira Filho - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2013 - 2018

    Reconhecimento de padrões em sequências genômicas: um estudo de caso utilizando redes complexas, Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a descoberta de padrões (conhecimento) a partir da avalanche de dados biológicos produzidos diariamente. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo o estudo de sequências genômicas e o desenvolvimento de métodos de reconhecimento de padrões para identificação e posterior caracterização de fenômenos biológicos de interesse. A primeira etapa concentra-se na representação das sequências genômicas como redes complexas. Em seguida, as redes serão utilizadas na extração de características, as quais serão obtidas por meio de medidas das redes. Essas características em conjunto formam um vetor de características, um para cada sequência, que representam a sumarização dos dados da sequência. Em seguida, com base nas características extraídas, é proposto o desenvolvimento de um modelo computacional para reconhecer padrões e classificá-las de acordo com os objetivos de interesse. Outras fontes de informação que podem ser exploradas nas sequências genômicas são características baseadas na teoria da informação, como entropia e informação mútua. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Gesiele Almeida Barros de Carvalho - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante / Bruno Mendes Moro Conque - Integrante / Helton de Azevedo - Integrante / Eric Augusto Ito - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 18

  • 2013 - 2017

    Grafos de De Bruijn e o problema de reconhecer variações de sequências, Descrição: Este projeto visa desenvolver novos algoritmos para o problema de encontrar variações de sequências utilizando dados obtidos pelos sequenciadores de nova geração. Em particular, um estudo sistemático dos Grafos de De Bruijn e suas adaptações será realizado. Esta estrutura de dados é amplamente utilizada em ciência genômica para resolver o problema da montagem em projetos de sequenciamento. Embora a topologia de um grafo de De Bruijn tenha informações com respeito as possíveis variações presentes nas sequências, poucos pro- gramas que exploram estas informações foram implementados. O diferencial deste projeto consiste em desenvolver e implementar um conjunto de algoritmos para diferentes problemas de interesse biológico, por exemplo, identificação de polimorfismos de nucleotídeos, reconhecimento de variações de splicing (sem a utilização de uma sequência de referência), e reconhecimento de variações que não necessariamente estão na sequência de referência e por isso podem não ser identificados por técnicas de mapeamento.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Coordenador / Alan Mitchell Durham - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2012 - 2017

    NAP-USP eScience, Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2012 - 2015

    Integração de dados na biologia sistêmica: um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana, Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso na Arabidopsis Thaliana. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Gabriel Rubino - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Leandro Takeshi Hattori - Integrante / Euler Angelo de Menezes Junior - Integrante / Juliana de Oliveira - Integrante / André Rocha Barbosa - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 32

  • 2012 - 2014

    Topologias de redes de regulação de miRNA, Descrição: Protocolo nº 23.466 - Aprovado via Chamada de Projetos 05/2011 - Programa Universal Pesquisa Básica e Aplicada - Fundação Araucária. A proposta é aplicar as metodologias de redes complexa para reconhecimento de padrões, focado em topologia, em redes de regulação de miRNA-mRNA (gene). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Coordenador / Francis Morais Franco Nunes - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2012 - 2014

    Sequenciamento de alto rendimento de RNA (RNA Seq) em Coffea arabica para formação de rede gênicas e identificação de polimorfismos, Descrição: Visando tanto propiciar ferramentas que realizem a integração da biologia molecular com aplicações no melhoramento vegetal por meio de marcadores moleculares como buscar um entendimento maior da interação de genes durante a maturação de frutos, este trabalho busca a identificação SNPs em genótipos de população de C. arabica proveniente do centro de origem da espécie e a caracterização de redes gênicas durante o processo de desenvolvimento e maturação de frutos de café. Será feito o sequenciamento de bibliotecas de cDNA de frutos de quatro genótipos do centro de origem de C. arabica através da tecnologia Illumina HiSeq. Em um dos genótipos também será realizada a analise transcriptômica temporal a cada 60dias do desenvolvimento do fruto. As sequências serão comparadas com banco de dados de transcriptoma pré-existentes de Coffea spp. para busca de SNPs e para os trabalhos de Inferência de Redes Gênicas. Os resultados deste trabalho, além de representar um avanço significativo no conhecimento genético e molecular do desenvolvimento de frutos de C. arabica, e propiciar um grande número de SNPs para genotipagem, irá integrar os grupos de pesquisa, do Laboratório de Biotecnologia Vegetal do IAPAR e da Engenharia de Computação da UTFPR, visando a formação de recursos humanos em bioinformática, aumentando a competência do estado nessa área estratégica. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Bruno Hideki Arabori - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Gabriel Marcos Domingues de Souza - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1

  • 2011 - 2016

    Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias, Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / Matheus Montanini Breve - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2014

    Integração de dados biológicos na inferência de GRNs, Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especificamente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Helena Paula Brentani - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 19

  • 2011 - 2014

    Métodos e técnicas para exploração e análise de bioimagens, Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas e biomédicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para (i) operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, (ii) melhorar as interações em colaborações multidisciplinares/multi-institucionais e (iii) permitir o reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para a formação de competência nacional em análise de bioimagens.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Nina S. T. Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr - Integrante / Marcel P. Jackowski - Integrante / Anderson Brilhador - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 12

  • 2006 - 2011

    Redes gênicas artificiais, Descrição: No contexto biológico, as células podem ser vistas como redes de moléculas conectadas por reações químicas. O desenvolvimento de técnicas massivas para coleta de dados, como microarrays de cDNA e SAGE, permitem a verificação simultânea dos estados dos genes em múltiplos instantes de tempo. Uma questão importante na biologia computacional é como os genes são regulados e como eles interagem por meio de redes gênicas. Alguns métodos computacionais já foram desenvolvidos para identificar essas redes a partir de dados de expressão gênica. No entanto, existe uma questão importante continua em aberto: como validar tais redes recuperadas? Este trabalho apresenta uma nova abordagem para validar redes identificadas por métodos computacionais, considerando três aspectos principais: geração de redes gênicas artificiais (AGNs); métodos computacionais para identificação de redes gênicas; validação das redes identificadas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Evaldo Araújo de Oliveira Filho - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa., Número de produções C, T & A: 25

  • 2003 - 2005

    Segmentação de Imagens Digitais, Descrição: O objetivo é utilizar técnicas simples de segmentação de imagens, as quais são indicadas a sistemas de tempo real. Integrar um banco de imagens com suas respectivas características "features" e percepções humanas, sendo estas informações utilizadas como entrada de um modelo baseado em funções de base radial (RBFN), no qual pretende-se modelar os limiares de imagens em função de seus atributos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Luís Augusto Consularo - Integrante / Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues - Integrante / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 9

  • 2001 - 2002

    Análise de Imagens Baseada em Conhecimento, Descrição: Projeto de Pesquisa Recém-Doutor - Kit-Enxoval Modalidade Fixação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador., Número de produções C, T & A: 6

Projetos de desenvolvimento

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2001 - 2003

    Marcação Automática de Cefalogramas, Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

Prêmios

2025

Honorable Mention - Systems Biology and Modeling, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).

2024

Best Poster Award: GRAMEP, an alignment-free method based on the Principle of Maximum Entropy for genome analysis, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).

2024

Best Poster Award: Analysis of machine learning algorithms applied to breast cancer diagnosis, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).

2024

Melhor Pôster pelo trabalho Graph comparisson for HIV classification - Biologia Sistêmica e Modelagem, Escola Paranaense de Bioinformática (EPB).

2021

Menção Honrosa pelo trabalho Classificação de sequências biológicas usando Máxima Entropia, XXVI Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR (SICITE).

2014

Menção honrosa pelo trabalho Identification and annotation of transposable elements present in Brazilian strains of the genus Bradyrhizobium used in commercial inoculants for soybean, 60 Congresso Brasileiro de Genética.

2014

1° lugar no I Concurso de TCC da UTFPR-CP, Modalidade: Trabalhos em andamento, Área: Computação. (orientador do TCC de Bruno Mendes Moro Conque), Universidade Tecnológica Federal do Paraná - Câmpus Cornélio Procópio.

2011

Menção Honrosa no Prêmio Tese Destaque USP, Universidade de São Paulo - USP.

2010

Segundo Lugar entre as melhores apresentações do I Workshop de Bioinformática da Universidade de São Paulo, Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática - USP.

2009

Best Poster of Systems Biology and Networks area at the 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).

2008

Best Short Paper of the III Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), Sociedade Brasileira de Computação (SBC).

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Campus Cornélio Procópio. , Avenida Alberto Carazzai, 1640, Centro, 86300000 - Cornélio Procópio, PR - Brasil, Telefone: (43) 35204055, Fax: (43) 35204010, URL da Homepage:

Experiência profissional

2017 - Atual

Universidade Tecnológica Federal do Paraná

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2003 - 2017

Universidade Tecnológica Federal do Paraná

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor efetivo, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2001 - 2002

Universidade Tecnológica Federal do Paraná

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor substituto, Carga horária: 40

Atividades

  • 08/2022

    Ensino, Bioinformática (40001016175P8), Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Seminários em Bioinformática, semin

  • 11/2020

    Ensino, Bioinformática (40001016175P8), Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, PGAB006 - Biologia de Sistemas

  • 11/2020

    Ensino, Bioinformática (40001016175P8), Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Biologia de Sistemas

  • 08/2020

    Direção e administração, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Coordenador do Programa de Pós-Graduação Associado em Bioinformática.

  • 08/2020

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Conselho Departamental do Departamento Acadêmico de Computação - DACOM.

  • 07/2020

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Colegiado do Programa de Pós-Graduação Associado em Bioinformática - PPGAB.

  • 08/2015

    Ensino, Engenharia de Software, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, SO35A - Programação Desktop

  • 02/2015

    Ensino, Bioinformática (40006018037P6), Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Reconhecimento de Padrões

  • 02/2015

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática.

  • 03/2003

    Pesquisa e desenvolvimento, Campus Cornélio Procópio.Linhas de pesquisa

  • 05/2013 - 12/2024

    Ensino, Informática, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Reconhecimento de Padrões

  • 02/2018 - 07/2023

    Ensino, Engenharia da Computação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, EC36G - Oficina de Integração

  • 01/2018 - 12/2019

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Informática.

  • 03/2011 - 04/2019

    Ensino, Tecnologia Java, Nível: EspecializaçãoDisciplinas ministradas, CETEJ32 - Linguagem de Programação Java II

  • 08/2015 - 12/2018

    Ensino, Bioinformática (40006018037P6), Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Seminários em Bioinformática

  • 05/2015 - 03/2018

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Universidade Tecnológica Federal do Paraná.Cargo ou função, Conselheiro do Conselho de Pesquisa e Pós-Graduação da UTFPR.

  • 03/2015 - 03/2018

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Conselheiro do Conselho do Departamento de Computação..

  • 02/2015 - 03/2018

    Direção e administração, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Coordenador do Curso de Mestrado em Bioinformática (stricto-sensu).

  • 05/2013 - 08/2015

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Membro do Colegiado do Curso de Análise e Desenvolvimento de Sistemas.

  • 03/2013 - 08/2015

    Ensino, Bioinformática, Nível: EspecializaçãoDisciplinas ministradas, BIOINF10 - Reconhecimento de Padrões

  • 03/2011 - 07/2015

    Ensino, Análise e Desenvolvimento de Sistemas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, IF34D - Linguagem de Programação Orientada a Objetos

  • 02/2013 - 03/2015

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Membro do Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Informática - PPGI (Mestrado Profissional).

  • 09/2013 - 12/2014

    Ensino, Análise e Desenvolvimento de Sistemas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, IF35I - Programação SQL Para Banco de Dados

  • 03/2011 - 04/2013

    Direção e administração, Campus Cornélio Procópio.Cargo ou função, Coordenador de Curso de Especialização em Tecnologia Java (lato-sensu).

  • 08/2010 - 12/2010

    Ensino, Análise e Desenvolvimento de Sistemas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, IF33L - Programação para a Web, IF35J - Sistemas de Bancos de Dados

  • 03/2006 - 07/2006

    Ensino, Tecnologia em Desenvolvimento de SI, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Linguagem de Programação 4, Projeto Integrador Web

  • 04/2004 - 04/2006

    Direção e administração, Coinf, Cornélio Procópio.Cargo ou função, Coordenador do Curso de Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas.

  • 05/2004 - 02/2006

    Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Linguagem de Programação 4

  • 04/2003 - 04/2004

    Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estrutura de Dados, Pesquisa e Ordenação, Linguagem de Programação 4

  • 10/2002 - 03/2003

    Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estrutura de Dados, Pesquisa e Ordenação, Tópicos Avançados em Informática

  • 05/2002 - 09/2002

    Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estruturas de Dados, Pesquisa e Ordenação

  • 08/2001 - 04/2002

    Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Tópicos Avançados em Informática, Linguagem de Programação 3, Linguagem de Programação 4

  • 02/2001 - 07/2001

    Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Tópicos Avançados em Informática, Linguagem de Programação 3

2014 - Atual

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Atividades

  • 01/2014

    Pesquisa e desenvolvimento, Centro Nacional de Pesquisa de Soja.Linhas de pesquisa

2016 - 2019

Universidade Federal do Paraná

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Atividades

  • 03/2016 - 12/2019

    Pesquisa e desenvolvimento, Reitoria.Linhas de pesquisa

2012 - 2015

Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná, IDR-Paraná

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Atividades

  • 01/2012 - 12/2015

    Pesquisa e desenvolvimento, Coordenação de Pesquisa, Área de Melhoramento e Genética Vegetal.Linhas de pesquisa

2015 - 2017

Belagricola Com. e Rep. de Produtos Agricolas LTDA, Belagricola

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Outras informações:
Pesquisador associado ao projeto RHAE - Belagrícola.

Atividades

  • 01/2015 - 01/2017

    Pesquisa e desenvolvimento, Departamento de Engenharia.Linhas de pesquisa

2011 - 2017

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Outras informações:
Pesquisador vinculado aos projetos a) Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias; b) NAP-USP eScience.

2006 - 2011

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40

Atividades

  • 03/2011 - 12/2017

    Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.Linhas de pesquisa

  • 08/2006 - 02/2011

    Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.Linhas de pesquisa

2001 - 2003

Universidade Estadual de Maringá

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0

2001 - 2002

Universidade Estadual de Maringá

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0

2002 - 2003

FACULDADE METROPOLITANA LONDRINENSE

Vínculo: horista, Enquadramento Funcional: Professor de Ensino Superior, Carga horária: 4

Atividades

  • 07/2002 - 01/2003

    Ensino, Engenharia Elétrica Telecomunicações, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Linguagens e Técnicas de Programação de Computador

2000 - 2001

Mega Soft Serviços de Informática Ltda

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 40

Atividades

  • 01/2000 - 07/2001

    Serviços técnicos especializados , Mega Soft Serviços de Informática Ltda.Serviço realizado, Análise e Desenvolvimento de Sistemas.

2000 - 2000

Teledata Tecnologia Em Conectividade Ltda

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Técnico Teleprocessamento, Carga horária: 30

Atividades

  • 03/2000 - 08/2000

    Serviços técnicos especializados .Serviço realizado, Teleprocessamento.

1996 - 1997

Centro de Integração Empresa Escola

Vínculo: Extensão Universitária, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 25

Outras informações:
Estágio realizado no Banco do Brasil - CESEC Londrina PR

Atividades

  • 07/1996 - 12/1997

    Estágios , Banco do Brasil Cesec Londrina, Redoc.Estágio realizado, Microfilmagem de documentos.

2016 - Atual

Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Diretoria Executiva

Outras informações:
https://site.ab3c.org.br/

Atividades

  • 01/2024

    Direção e administração, Diretoria Executiva.Cargo ou função, Vice-Presidente.

  • 01/2019 - 12/2023

    Direção e administração, Diretoria Executiva.Cargo ou função, Primeiro Secretário.

  • 01/2016 - 12/2018

    Direção e administração, Diretoria Executiva.Cargo ou função, Segundo Secretário.