Wagner Rodrigo de Souza

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• CHANDRAKANTH, NIHARIKA NONAVINAKERE ; ZHANG, CHENGCHENG ; FREEMAN, JACKIE ; DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; BARTLEY, LAURA E. ; MITCHELL, ROWAN A.C. . Modification of plant cell walls with hydroxycinnamic acids by BAHD acyltransferases. Frontiers in Plant Science , v. 13, p. 01, 2023.

• DUARTE, KAROLINE ESTEFANI ; BASSO, MARCOS FERNANDO ; DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO ; DA SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA ; DE OLIVEIRA GARCIA, BRUNO ; CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO ; CARDOSO, THIAGO BERGAMO ; NEPOMUCENO, ALEXANDRE LIMA ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; SANTIAGO, THAÍS RIBEIRO ; DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . MicroRNAs expression profiles in early responses to different levels of water deficit in Setaria viridis. PHYSIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY OF PLANTS , v. 28, p. 1607-1624, 2022.

• BASSO, MARCOS FERNANDO ; DUARTE, KAROLINE ESTEFANI ; SANTIAGO, THAIS RIBEIRO ; DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; GARCIA, BRUNO DE OLIVEIRA ; DA CUNHA, BÁRBARA DIAS BRITO ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Efficient genome editing and gene knockout in Setaria viridis with CRISPR/Cas9 directed gene editing by the non-homologous end-joining pathway. Plant Biotechnology , v. 38, p. 1-12, 2021.

• RIBEIRO, ANA PAULA ; VINECKY, FELIPE ; DUARTE, KAROLINE ESTEFANI ; SANTIAGO, THAÍS RIBEIRO ; DAS CHAGAS NOQUELI CASARI, RAPHAEL AUGUSTO ; HELL, ALINE FORGATTI ; DA CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO ; MARTINS, POLYANA KELLY ; DA CRUZ CENTENO, DANILO ; DE OLIVEIRA MOLINARI, PATRICIA ABRÃO ; DE ALMEIDA CANÇADO, GERALDO MAGELA ; MAGALHÃES, JURANDIR VIEIRA DE ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Enhanced aluminum tolerance in sugarcane: evaluation of SbMATE overexpression and genome-wide identification of ALMTs in Saccharum spp.. BMC PLANT BIOLOGY , v. 21, p. 300, 2021.

• LIMA, JOSÉ FRANCIRALDO DE ; QUEIROZ, ALEXANDRE JOSÉ DE MELO ; FIGUEIRÊDO, ROSSANA MARIA FEITOSA DE ; SOUZA, WAGNER RODRIGO DE ; DEBONSI, HOSANA MARIA ; SANTOS, VITOR FRANCISCO DOS ; DANTAS, ANDRÉIA MARIA NOGUEIRA ; ARAÚJO, RAILENE HÉRICA CARLOS ROCHA . Utilization of Chlorella sp. as biostimulant in the germination of melon seeds (Cucumis melo L.). JOURNAL OF AGRICULTURAL STUDIES , v. 8, p. 750, 2020.

• MOTA, THATIANE R. ; SOUZA, WAGNER R. DE ; OLIVEIRA, DYONI M. ; MARTINS, POLYANA K. ; SAMPAIO, BRUNO L. ; VINECKY, FELIPE ; RIBEIRO, ANA P. ; DUARTE, KAROLINE E. ; PACHECO, THÁLYTA F. ; MONTEIRO, NORBERTO DE K. V. ; CAMPANHA, RAQUEL B. ; MARCHIOSI, ROGÉRIO ; VIEIRA, DAVI S. ; KOBAYASHI, ADILSON K. ; MOLINARI, PATRÍCIA A. DE O. ; FERRARESE'FILHO, OSVALDO ; MITCHELL, ROWAN A.C. ; MOLINARI, HUGO B.C. ; D. DOS SANTOS, WANDERLEY . Suppression of a BAHD acyltransferase decreases p -coumaroyl on arabinoxylan and improves biomass digestibility in the model grass Setaria viridis. PLANT JOURNAL , v. 1, p. 1, 2020.

• DUARTE, KAROLINE ESTEFANI ; DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; SANTIAGO, THAÍS RIBEIRO ; SAMPAIO, BRUNO LEITE ; RIBEIRO, ANA PAULA ; COTTA, MICHELLE GUITTON ; DA CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO ; MARRACCINI, PIERRE ROGER RENÉ ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Identification and characterization of core abscisic acid (ABA) signaling components and their gene expression profile in response to abiotic stresses in Setaria viridis. Scientific Reports , v. 9, p. 4028, 2019.

• DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; PACHECO, THÁLYTA FRAGA ; DUARTE, KAROLINE ESTEFANI ; SAMPAIO, BRUNO LEITE ; DE OLIVEIRA MOLINARI, PATRÍCIA ABRÃO ; MARTINS, POLYANA KELLY ; SANTIAGO, THAÍS RIBEIRO ; FORMIGHIERI, EDUARDO FERNANDES ; VINECKY, FELIPE ; RIBEIRO, ANA PAULA ; DA CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; MITCHELL, ROWAN ANDREW CRAIG ; DE SOUSA RODRIGUES GAMBETTA, DASCIANA ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Silencing of a BAHD acyltransferase in sugarcane increases biomass digestibility. Biotechnology for Biofuels , v. 12, p. 1, 2019.

• Souza, Wagner Rodrigo ; OLIVEIRA, NELSON GERALDO ; VINECKY, FELIPE ; RIBEIRO, ANA PAULA ; BASSO, MARCOS FERNANDO ; CASARI, RAPHAEL AUGUSTO DAS CHAGAS NOQUELI ; CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO ; DUARTE, KAROLINE ESTEFANI ; SANTIAGO, THAÍS RIBEIRO ; MARTINS, POLYANA KELLY ; AUCIQUE'PEREZ, CARLOS EDUARDO ; JÚNIOR, SÍLVIO CARLOS CRISTOFOLETTI ; NEPOMUCENO, ALEXANDRE LIMA ; SOUSA, CARLOS ANTÔNIO FERREIRA ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; NAKASHIMA, KAZUO ; YAMAGUCHI'SHINOZAKI, KAZUKO ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Field evaluation of At DREB 2A CA overexpressing sugarcane for drought tolerance. JOURNAL OF AGRONOMY AND CROP SCIENCE , v. 00, p. 1, 2019.

• DE SOUZA, WAGNER R. ; DE SOUZA, WAGNER R. MARTINS, POLYANA K. FREEMAN, JACKIE PELLNY, TILL K. MICHAELSON, LOUISE V. SAMPAIO, BRUNO L. VINECKY, FELIPE RIBEIRO, ANA P. DA CUNHA, BARBARA A. D. B. KOBAYASHI, ADILSON K. DE OLIVEIRA, PATRICIA A. CAMPANHA, RAQUEL B. PACHECO, THÁLYTA F. MARTARELLO, DANIELLY C. I. MARCHIOSI, ROGÉRIO FERRARESE-FILHO, OSVALDO DOS SANTOS, WANDERLEY D. TRAMONTINA, ROBSON SQUINA, FABIO M. CENTENO, DANILO C. GASPAR, MARÍLIA BRAGA, MARCIA R. TINÉ, MARCO A. S. RALPH, JOHN MITCHELL, ROWAN A. C. , et al. MOLINARI, HUGO B. C. ; Suppression of a single BAHD gene in Setaria viridis causes large, stable decreases in cell wall feruloylation and increases biomass digestibility. NEW PHYTOLOGIST , v. 8, p. 1, 2018.

• SANTIAGO, THAÍS R. ; PEREIRA, VALQUIRIA M. ; DE SOUZA, WAGNER R. ; STEINDORFF, ANDREI S. ; CUNHA, BÁRBARA A. D. B. ; GASPAR, MARÍLIA ; FÁVARO, LÉIA C. L. ; FORMIGHIERI, EDUARDO F. ; KOBAYASHI, ADILSON K. ; C. MOLINARI, HUGO B. . Genome-wide identification, characterization and expression profile analysis of expansins gene family in sugarcane (Saccharum spp.). PLoS One , v. 13, p. e0191081, 2018.

• SADE, NIR ; DEL MAR RUBIO WILHELMI, MARIA ; KE, XIAOJUAN ; BROTMAN, YARIV ; WRIGHT, MATTHEW ; KHAN, IMRAN ; De Souza, Wagner ; BASSIL, ELIAS ; TOBIAS, CHRISTIAN M. ; THILMONY, ROGER ; VOGEL, JOHN P. ; BLUMWALD, EDUARDO . Salt tolerance of two perennial grass Brachypodium sylvaticum accessions. PLANT MOLECULAR BIOLOGY , v. 96, p. 1, 2018.

• Lima, JF ; Queiroz, AJM ; Figueiredo, RMF ; Araújo, RHCR ; Wagner De Souza ; Maciel, AP . Enhancement of Lipid Accumulation in Chlorella Sp. Farming Culture Held in Open Photobioreactors. The IJES , v. 07, p. 88-99-99, 2018.

• RIBEIRO, ANA P. ; DE SOUZA, WAGNER R. ; MARTINS, POLYANA K. ; VINECKY, FELIPE ; DUARTE, KAROLINE E. ; BASSO, MARCOS F. ; DA CUNHA, BÁRBARA A. D. B. ; CAMPANHA, RAQUEL B. ; DE OLIVEIRA, PATRÍCIA A. ; CENTENO, DANILO C. ; CANÇADO, GERALDO M. A. ; DE MAGALHÃES, JURANDIR V. ; DE SOUSA, CARLOS A. F. ; ANDRADE, ALAN C. ; KOBAYASHI, ADILSON K. ; MOLINARI, HUGO B. C. . Overexpression of BdMATE Gene Improves Aluminum Tolerance in Setaria viridis. Frontiers in Plant Science , v. 8, p. 1/865, 2017.

• BASSO, MARCOS F. ; DA CUNHA, BÁRBARA A. D. B. ; RIBEIRO, ANA P. ; MARTINS, POLYANA K. ; Wagner Rodrigo de Souza ; DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO ; NAKAYAMA, T. J. ; CASARI, R. A. C. N. ; SANTIAGO, T. R. ; VINECKY, FELIPE ; CANCADO, L. J. ; SOUSA, C. A. F. ; OLIVEIRA, P. A. ; SOUZA, S. A. C. D. ; CANCADO, G. M. A. ; KOBAYASHI, ADILSON K. ; Molinari, H.B.C . Improved Genetic Transformation of Sugarcane (Saccharum spp.) Embryogenic Callus Mediated by Agrobacterium tumefaciens. current protocols in plant biology , v. 2, p. 1-10, 2017.

• MARTINS, POLYANA KELLY ; MAFRA, VALÉRIA ; DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; RIBEIRO, ANA PAULA ; VINECKY, FELIPE ; BASSO, MARCOS FERNANDO ; DA CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Selection of reliable reference genes for RT-qPCR analysis during developmental stages and abiotic stress in Setaria viridis. Scientific Reports , v. 6, p. 28348, 2016.

• MARTINS, MARIA THEREZA BAZZO ; DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; DA CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO ; BASSO, MARCOS FERNANDO ; DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO ; VINECKY, FELIPE ; MARTINS, POLYANA KELLY ; DE OLIVEIRA, PATRÍCIA ABRÃO ; ARENQUE-MUSA, BRUNA CERSÓZIMO ; DE SOUZA, AMANDA PEREIRA ; BUCKERIDGE, MARCOS SILVEIRA ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; QUIRINO, BETANIA FERRAZ ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Characterization of sugarcane (Saccharum spp.) leaf senescence: implications for biofuel production. Biotechnology for Biofuels , v. 9, p. 153, 2016.

• DE SOUZA, WAGNER R. ; MORAIS, ENYARA REZENDE ; KROHN, NADIA GRACIELE ; Savoldi, Marcela ; GOLDMAN, MARIA HELENA S. ; RODRIGUES, FERNANDO ; CALDANA, CAMILA ; SEMELKA, CHARLES T. ; TIKUNOV, ANDREY P. ; MACDONALD, JEFFREY M. ; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE . Identification of Metabolic Pathways Influenced by the G-Protein Coupled Receptors GprB and GprD in Aspergillus nidulans. PLoS One , v. 8, p. e62088, 2013.

• DE SOUZA, WAGNER RODRIGO ; MAITAN-ALFENAS, GABRIELA PICCOLO ; DE GOUVÊA, PAULA FAGUNDES ; BROWN, NEIL ANDREW ; Savoldi, Marcela ; BATTAGLIA, EVY ; GOLDMAN, MARIA HELENA S. ; DE VRIES, RONALD P. ; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE . The influence of Aspergillus niger transcription factors AraR and XlnR in the gene expression during growth in D-xylose, L-arabinose and steam-exploded sugarcane bagasse. FUNGAL GENETICS AND BIOLOGY , v. 60, p. 29-45, 2013.

• de SOUZA, W. R. ; Vessecchi, Ricardo ; Dorta, Daniel Junqueira ; Uyemura, SÃrgio Akira ; Curti, Carlos ; Vargas-Rechia, Carem Gledes . Characterization of Rubus fruticosus mitochondria and salicylic acid inhibition of reactive oxygen species generation at Complex III/Q cycle: potential implications for hypersensitive response in plants. JOURNAL OF BIOENERGETICS AND BIOMEMBRANES , v. 43, p. 237-246, 2011.

• de Souza, Wagner R ; de Gouvea, Paula F ; Savoldi, Marcela ; Malavazi, Iran ; de Souza Bernardes, Luciano A ; Goldman, Maria Helena S ; de Vries, Ronald P ; de Castro Oliveira, Juliana V ; Goldman, Gustavo H ; de SOUZA, W. R. . Transcriptome analysis of Aspergillus niger grown on sugarcane bagasse. BIOTECHNOL BIOFUELS , v. 4, p. 40, 2011.

• de SOUZA, W. R. . Microbial degradation of lignocellulosic biomass. In: Anuj K.Chandel; Silvio Silverio da Silva. (Org.). SUSTAINABLE DEGRADATION OF LIGNOCELLULOSIC BIOMASS - TECHNIQUES, APPLICATIONS AND COMMERCIALIZATION. 1ed.Rijeka: InTech Open Access Publishing, 2013, v. 1, p. 207-247.

• de SOUZA, W. R. ; DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO ; VINECKY, FELIPE ; RIBEIRO, ANA PAULA ; BASSO, MARCOS F. ; CASARI, R. A. C. N. ; CUNHA, BÁRBARA A. D. B. ; NEPOMUCENO, A. L. ; KOBAYASHI, ADILSON K. ; NAKASHIMA, KAZUO ; YAMAGUCHI'SHINOZAKI, KAZUKO ; Molinari, H.B.C . Development of drought-tolerant sugarcane overexpressing the AtDREB2A CA gene. Jircas Working Report, Tsukuba, Ibaraki, Japan, p. 89 - 98, 01 ago. 2020.

• de SOUZA, W. R. ; MITCHELL, R. A. C. . Grass may soon be greener with superfood for hungry cows. The Times, Londres, 08 jan. 2018.

• de SOUZA, W. R. ; MITCHELL, ROWAN A. C. ; RALPH, J. ; Molinari, H.B.C . Less chewing the cud, more greening the fuel. EurekAlerts (AAAS), 07 jan. 2018.

• PENA, M. S. ; NASCIMENTO, M. ; SILVA, G. F. N. ; SILVA, C. A. ; AONO, C. M. ; MACIEL, C. D. ; FERREIRA, F. F. ; TORRES, ; BARTOLONI, A. F. H. ; SILVA, G. D. ; GAUBEUR, I. ; GARCIA, J. S. ; SOUZA, J. R. ; CAMARGO, L. S. F. ; LIMA, L. H. ; OLIVEIRA, M. A. L. ; SALVADOR, M. A. ; LOPEZ, M. B. M. ; OROFINO, R. P. ; CUNHA, R. D. ; DROPPA JUNIOR, R. M. R. ; VERDADE, V. K. ; de SOUZA, W. R. ; MELLO, P. H. . Guia dos Entusiastas da Ciência. In: VI Congresso de Extensão Universitária da UFABC, 2021, Santo André. Conexão - VI Congresso de Extensão Universitária da UFABC, 2021. v. 1. p. 23-24.

• de SOUZA, W. R. ; de Gouvea, Paula F ; Malavazi, Iran ; Savoldi, Marcela ; GOLDMAN, G.H. . Transcriptome analysis of Aspergillus niger grown on sugarcane bagasse. In: Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference (BBEST), 2011, Campos do Jordão. Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference (BBEST), 2011.

• de SOUZA, W. R. ; Uyemura, S. A. ; CURTI, C. ; VARGAS-RECHIA, C. G. . Effects of salicylic acid on mitochondria isolated from blackberry (Rubus fruticosus) cell suspension culture. In: XXXVI Annual Meeting of SBBq and 10th IUBMB Conference, 2007, Salvador, BA. XXXVI Annual Meeting of SBBq and 10th IUBMB Conference, 2007.

• SOUZA, F. A. M. ; de SOUZA, W. R. ; VARGAS-RECHIA, C. G. . Study of the effect of hypersensitivity responses (HR) on the cellular wall in culture cells of Rubus fruticosus. In: 2o Simpósio Internacional de Pós-Graduação e Pesquisa da FCFRP-USP, 2006, Ribeirão Preto. 2o SINPOSPq, 2006.

• de SOUZA, W. R. ; VARGAS-RECHIA, C. G. . Efeito elicitor do ácido salicílico e do polissacarídeo ácido de paineira em cultura de células de amora-preta. In: XII Congresso latino Americano de Fisiologia Vegetal, 2005, Pernambuco. XII Congresso latino Americano de Fisiologia Vegetal, 2005.

• de SOUZA, W. R. . Elicitor activity of the polysaccharide from seed coats of Chorisia speciosa and salicilic acid in cell cultures of Rubus fruticosus. In: I Simpósio Internacional de Pós-Graduação e Pesquisa da FCFRP-USP, 2004, Ribeirão Preto. I Simposio Simpósio Internacional de Pós-Graduação e Pesquisa da FCFRP-USP, 2004.

• de SOUZA, W. R. ; PRADO, I. R. ; VARGAS-RECHIA, C. G. . Efeito elicitor do polissacarídeo extraído de sementes de Chorisia speciosa e do ácido salicílico em cultura de células de Rubus fruticosus. In: XXVI Congresso Latinoamericano de Química, 2004, Salvador. Congresso Latinoamericano de Química, 2004.

• de SOUZA, W. R. . Mutagenesis of the active site and substrate binding site region of bothropstoxin-I, a Lys49-phospholipase A2 homologue. In: XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2001, Caxambu, 2001.

• DORTA, D. J. ; PESTANA, C. R. ; de SOUZA, W. R. ; MARIN-MORALES, M.A. ; OLIVEIRA, D.P. ; CURTI, C. . Efeitos da trifluralina, herbicida da classe das dinitroanilinas, sobre as mitocôndrias isoladas de fígado de rato. In: XV Congresso Brasileiro de Toxicologia, 2007, Búzios, RJ. Revista Brasileira de Toxicologia, 2007.

• de SOUZA, W. R. ; MARTINS, POLYANA K. ; SAMPAIO, B. L. ; VINECKY, FELIPE ; RIBEIRO, ANA P. ; OLIVEIRA, P. A. ; DA CUNHA, BÁRBARA A. D. B. ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; FREEMAN, J. ; PELLNY, T. ; MITCHELL, R. A. C. ; RALPH, J. ; MOLINARI, HUGO B. C. . SILENCING OF A SINGLE CELL WALL-RELATED GENE DECREASES CELL WALL FERULOYLATION AND INCREASES DIGESTIBILITY OF BIOMASS IN GRASSES. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• de SOUZA, W. R. . Estratégias Biotecnólogicas para o Melhoramento Genético da Cana-de-açúcar para a Produção de Biocombustíveis. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• de SOUZA, W. R. . Genômica e biotecnologia da tolerância à seca e salinidade em cana-de-açúcar. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• de SOUZA, W. R. . Fungos filamentosos e a produção de bioetanol. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Modificando o metabolismo fenólico: da descoberta de funções gênicas às biofábricas verdes, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Coordenador / Igor cesarino - Integrante / jose carlos del rio andrade - Integrante / Aymerick Eudes - Integrante / Carla Cristina Polo - Integrante.

• 2020 - Atual

  FAPESP JP 2019/04878-7 Biotecnologia aplicada ao melhoramento genético de gramíneas para a produção de biocombustíveis, Descrição: Estratégias para a modificação genética da parede celular, com o intuito da diminuição de recalcitrância e consequente aumento da digestibilidade da biomassa. Para tal, será utilizada a planta modelo Setaria viridis, uma gramínea filogeneticamente relacionada à cana-de-açúcar. Utilizando a tecnologia CRISPR/Cas9, serão editados os genes COMT e BAHD, responsáveis pela incorporação de lignina e ferulato na parede celular, respectivamente. Além disso, será superexpresso o gene XAT, responsável pela incorporação de resíduos de arabinose nas cadeias laterais da fração hemicelulósica da parede celular.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Coordenador / Hugo Bruno Correa Molinari - Integrante / Danilo da Cruz Centeno - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2020 - Atual

  Biotecnologia aplicada ao melhoramento genético de algas e plantas visando à produção de biocombustíveis, Descrição: Atualmente, a conversão de biomassa é a estratégia mais viável economicamente para a produção de biocombustíveis líquidos, como é o caso do etanol celulósico. A complexa rede de polímeros presentes na parede celular da biomassa vegetal dificulta a fermentação de açúcares livres pelas leveduras, sendo um grande obstáculo para a produção de bioetanol. No presente projeto, pretende-se comparar estratégias para a modificação genética da parede celular, com o intuito da diminuição de recalcitrância e consequente aumento da digestibilidade da biomassa, utilizando gramíneas e algas como modelo experimental. Utilizando as tecnologias CRISPR/Cas9, RNAi e superexpressão, serão editados genes responsáveis pela incorporação de lignina e ferulato na parede celular em gramíneas. Além disso, serão superexpressos genes responsáveis pela diminuição da cristalinidade da celulose em plantas e genes responsáveis pela produção de lipídeos em microalgas. Após modificação genética, a biomassa dos organismos modificados que apresentarem maior sacarificação e/ou produção de lipídeos será detalhadamente caracterizada. A comparação entre os resultados obtidos permitirá, no futuro, desenvolver uma estratégia racional para a engenharia genética da cana-de-açúcar, visando o desenvolvimento de novas variedades com a biomassa modificada, bem como de algas produtoras de lipídeos para a conversão em hidrocarbonetos utilizados como matéria prima para biocombustíveis.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Coordenador / Hana Paula Masuda - Integrante / Danilo da Cruz Centeno - Integrante / Nathalia de Setta Costa - Integrante / Livia Seno Ferreira Camargo - Integrante / Ana Patrícia Moralles Vilha - Integrante / Amedea Seabra - Integrante.

• 2018 - Atual

  CRISPRevolution: Plantas de importância econômica com genoma editado pela tecnologia CRISPR visando melhoria da qualidade nutricional, industrial e tolerância ao déficit hídrico., Descrição: Dentre as soluções biotecnológicas para a agricultura, a edição genômica tem emergido como uma ferramenta bastante eficiente tanto para elucidação de funções gênicas quanto para geração de produtos comerciais. A adoção dessa tecnologia tem permitido a criação de cultivares/variedades mais produtivas, com maior agregação de valor, diminuindo custos regulatórios, e com preservação da biossegurança. Com o avanço das pesquisas na área molecular, tornou-se possível por meio das ferramentas de edição genômica realizar modificações no genoma in loco de forma direcionada e precisa, permitindo a adição, deleção ou substituição de nucleotídeos na sequência de DNA. Dentre as tecnologias de edição de genoma, CRISPR é a mais recente, e tem sido a mais utilizada mundialmente, por sua maior precisão e baixos custos em relação as técnicas anteriores. CRISPR tem evoluído constantemente, mas ganhou novo impulso principalmente com a identificação de novas nucleases como Cpf1 e Cms1 com características distintas que permitem ampliar as possibilidades de uso. Neste projeto, propomos a aplicação da tecnologia de edição genômica mediada por CRISPR em quatro culturas: soja, milho, cana-de-açúcar e feijão, com o objetivo de melhorar a qualidade de grãos e de biomassa e produzir cultivares/variedades mais tolerantes à seca. As atividades propostas são fundamentadas em resultados de pesquisas previamente desenvolvidas pelos pesquisadores envolvidos. A estratégia utilizará genes previamente patenteados pela Embrapa (acil transferases - BAHD01 e BAHD05) e de outros detentores já negociados como o JIRCAS (DREB2A-Interacting Protein - DRIPs, Dehydration-Responsive Element Binding Protein - DREB e ABA-Responsive Element Binding Protein - AREB) e Universidade Federal de Viçosa (BiP), genes de domínio público e genes com potencial de patenteamento pela Embrapa. Os produtos esperados para esse projeto são cultivares de soja com diminuição dos fatores antinutricionais: lectinas e tripsinas, cultivares/variedades de milho e cana-de-açúcar com maior digestibilidade de biomassa (BAHD01), variedades de cana-de-açúcar com maior acúmulo de açúcares (BAHD05) e cultivares de feijão com menor escurecimento de tegumento durante armazenamento por meio de estratégia de nocaute de genes associados à biossíntese de antocianidinas. Além disso, está sendo proposto o aumento da tolerância à seca nas quatro culturas mediante nocaute de genes inibidores das proteínas DRIP1 e DRIP2 via Non Homologous Ending Joining (NHEJ) e modificação dos promotores dos genes DREB, AREB e BiP via Homologous Direct Repair (HDR). Também, se busca a elucidação da função de genes envolvidos em resposta à seca.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / Hugo Bruno Correa Molinari - Coordenador / NEPOMUCENO, ALEXANDRE LIMA - Integrante.

• 2017 - Atual

  Produção de variedades comerciais de cana-de-açúcar transgênica para aumento da biomassa e da produção de etanol 1G e 2G a partir da transferência de genes que conferem resistência ao herbicida glifosato e a insetospraga., Descrição: Projeto desenvolvido em parceria com a Embrapa Agroenergia e Pangea para a produção de cana-de-açúcar geneticamente modificada resistente a herbivoria e ao herbicida glifosato, bem como aumento da biomassa.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / Hugo Bruno Correa Molinari - Coordenador / KOBAYASHI, ADILSON K. - Integrante / Thais Ribeiro Santiago - Integrante.

• 2017 - Atual

  Perfil de pequenos RNAs e de seus mRNAs alvos em ápices radiculares de Setaria viridis sob condições de estresse por alumínio (Al3+), Descrição: Duas grandes limitações para a produção agrícola mundial, particularmente nas regiões tropicais, é a toxidez por alumínio (Al3+) e o déficit hídrico. Regiões brasileiras consideradas potenciais para a expansão agrícola canavieira estão localizadas na Região Centro-Oeste, caracterizada por apresentar solos ácidos e com elevados níveis de Al3+. A sua presença causa redução do crescimento radicular, tornando-as incapazes de explorar camadas mais profundas do solo, restringindo a absorção de nutrientes, aumentando a susceptibilidade ao déficit hídrico e reduzindo a produtividade. No entanto, as plantas desenvolveram seus próprios mecanismos de defesa para adaptarem-se a estas condições adversas. Um desses mecanismos é a reprogramação da expressão de genes codificadores de miRNAs (MIR genes). Estes miRNAs são uma classe de pequenos RNAs (smRNAs) não codificantes que apresentam cerca de 22 nucleotídeos e desempenham importante papel na regulação dos mecanismos de adaptação, resistência ou tolerância a toxidez por Al3+, atuando como reguladores a nível transcricional ou pós-transcricional da expressão de diversos genes. O projeto proposto tem por objetivos (i) realizar uma análise global do acúmulo de smRNAs em ápices radiculares da planta modelo Setaria viridis sob diferentes níveis de estresse por Al3+; (ii) identificar in silico e validar in vitro a expressão de MIR genes; (iii) identificar in silico e validar in vitro RNAs mensageiros que sejam alvos dos miRNAs diferencialmente expressos; (iv) selecionar, a partir da validação, MIR genes que estejam relacionados à tolerância ao Al3+ em S. viridis e (v) caracterizar in silico a região promotora dos MIR genes selecionados, visando identificar os cis-elementos e (vi) predizer os fatores de transcrição envolvidos na ativação da transcrição dos MIR genes selecionados. Espera-se, ao fim do projeto, disponibilizar informações sobre MIR genes, assim como sobre seus reguladores e seus alvos, que possam estar associados aos mecanismos de adaptação, resistência ou tolerância ao Al3+ em S. viridis. Espera-se ainda elucidar a função desses elementos nas diferentes vias de resposta a toxidez por Al3+ e identificar seus potenciais ortólogos em gramíneas, de modo que estes genes possam ter a sua função avaliada in vivo por meio de superexpressão ou nocaute sob o controle de promotores estresse-induzido ou tecido-específico. Os resultados obtidos deverão impactar a linha de pesquisa da equipe envolvida no projeto, que envolve o entendimento da resposta a toxidez por Al3+ em S. viridis e cana-de-açúcar, bem como permitirão a identificação de genes que podem vir a ser utilizados para o melhoramento por engenharia genética destas espécies ou de outras gramíneas de interesse econômico.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / Hugo Bruno Correa Molinari - Coordenador / MARTINS, POLYANA KELLY - Integrante / VINECKY, FELIPE - Integrante / DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO - Integrante / RIBEIRO, ANA P. - Integrante / BASSO, MARCOS F. - Integrante / DA CUNHA, BÁRBARA A. D. B. - Integrante / CANÇADO, GERALDO M. A. - Integrante / KOBAYASHI, ADILSON K. - Integrante / Thais Ribeiro Santiago - Integrante / Letícia Jungmann Cançado - Integrante / Carlos Antônio Ferreira de Sousa - Integrante.

• 2017 - Atual

  Tecnologia CRISPR/Cas9 para edição de genes de interesse agronômico nas culturas de cana-de-açúcar (Saccharum spp.), soja (Glycine max), milho (Zea mays) e sorgo (Sorghum bicolor), Descrição: O projeto consiste na prospecção de genes e subsequente edição dos mesmos utilizando-se a tecnologia CRISPR em cultivares de importância econômica para o Brasil. Pretende-se desenvolver características de tolerância a estresses abióticos e modificação da biomassa para a produção de biocombustíveis.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / Hugo Bruno Correa Molinari - Coordenador / KOBAYASHI, ADILSON K. - Integrante / Thais Ribeiro Santiago - Integrante / NEPOMUCENO, ALEXANDRE LIMA - Integrante.

• 2015 - 2015

  Transformação genética de cana-de-açúcar com construções gênicas contendo o gene AtDREB2A visando tolerância à seca, Descrição: A freqüência da ocorrência de eventos de seca tem aumentado significativamente na última década, provavelmente associados às mudanças climáticas ocorridas devido ao aquecimento do planeta. Se consideradas também perdas indiretas relacionadas a todo agronegócio envolvido na produção de algodão, cana-de-açúcar, feijão, milho e soja, a economia das regiões produtoras, certamente sofreria grandes perdas com grande impacto na sociedade. Várias estratégias podem ser utilizadas para reduzir as perdas causadas pela seca. Estas estratégias vão desde o manejo adequado do solo e da lavoura, até o uso de irrigação. Outra possibilidade é o desenvolvimento de cultivares mais adaptadas às condições de déficit hídrico e, neste aspecto, a biotecnologia tornou-se uma importante ferramenta no desenvolvimento de variedades adaptadas a diferentes condições de estresses bióticos e abióticos. Há alguns anos, a agricultura vem sendo revolucionada, pelas novas tecnologias da biologia molecular, entre elas, o desenvolvimento de culturas comerciais GMs tem se expandido radicalmente na última década, com o Brasil assumindo a posição de terceiro maior produtor mundial de plantas GMs, sendo o milho e soja os principais componentes desta produção. Adicionalmente, algodão, feijão e cana-de-açúcar surgem como culturas altamente promissoras para incorporação de características úteis ao desenvolvimento de variedades comerciais GMs no país. O equilíbrio dos preços das sementes e derivados no mercado, nas próximas décadas e, a manutenção da competitividade destas culturas no Brasil, dependerá da capacidade de empresas brasileiras públicas e privadas, em desenvolver individualmente ou em parceria com outras instituições, estratégias que viabilizem o desenvolvimento de variedades comerciais de cana-de-açúcar,GMs ou não, e, que, atendam as necessidades dos produtores brasileiros e do mercado. Apesar da polêmica criada em torno dos OGMs, no Brasil o potencial dessa tecnologia.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / Hugo Bruno Correa Molinari - Coordenador / DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO - Integrante / DA CUNHA, BÁRBARA A. D. B. - Integrante / KOBAYASHI, ADILSON K. - Integrante.

• 2015 - Atual

  Desenvolvimento de Ferramentas Biotecnológicas para Aumento de Biomassa e Produção de Etanol 2G (BRPRO2G), Descrição: Em parceria com o Centro de Tecnologia Canavieira (CTC) e com o apoio do BNDES o projeto procura desenvolver novos cultivares de cana com maior capacidade de produção de biomassa e sacarose para a produção de etanol 2G, por meio de melhoramento genético. Pretende-se, ainda, desenvolver cultivares resistentes/tolerantes a estresses abióticos. Como modelo experimental, está sendo utilizada a planta de metabolismo C4 Setaria viridis.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Coordenador / Hugo Bruno Correa Molinari - Integrante.

• 2014 - Atual

  Expanding The Breeder?s Toolbox for Perennial Grasses, Descrição: The project aims at using a systems-based approach to develop new breeding tools for perennial grasses and apply these tools towards the improvement of switchgrass (Panicum virgatum L.). Our objectives are: (1) Accelerate conventional breeding using the fast generation of doubled haploid lines (developing a CENH3-based method in switchgrass); (2) Use the model perennial grass Brachypodium sylvaticum to identify combinations of transgenes that confer tolerance to multiple abiotic stresses; (3) Develop a gene containment system to minimize gene flow from transgenic switchgrass; (4) Create transgenic switchgrass plants containing the best combinations of transgenes identified in objective 2 and the gene containment system from objective 3; (5) Evaluate the best transgenic switchgrass plants from objective 4 in field trials.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Coordenador / Eduardo Blumwald - Integrante / Nir Sade - Integrante / John Vogel - Integrante / Maria del Mar Rubio Wilhelmi - Integrante / Elias Bassil - Integrante / Maria Reguera - Integrante.

• 2013 - Atual

  Biotecnologia aplicada ao melhoramento genético de plantas, Descrição: O projeto tem como principal objetivo a prospecção de genes com potencialidade para conferir resistência a estresses abióticos em plantas. São utilizados para transformação genética modelos de gramíneas, tais como Brachypodium distachyon e Setaria viridis, que servirão como prova de conceito para aplicação em culturas economicamente importantes para o Brasil tal como a cana-de-açúcar. As plantas são transformadas geneticamente e testadas com relação à tolerância principalmente à seca e salinidade, utilizando-se técnicas de fisiologia e bioquímica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Coordenador / Marcelo Menossi Teixeira - Integrante.

• 2012 - Atual

  Papel dos genes BAHD na determinação da feruloilação e digestibilidade da parede celular em biomassa de gramíneas, Descrição: Nas paredes celulares de gramíneas, os resíduos de ácido ferúlico estão ligados aos arabinoxilanos por ligações do tipo éster e têm a capacidade de formar dímeros que promovem a ligação cruzada (cross-linking) da parede celular. Além disso, é proposto que estes resíduos atuem como sítios de nucleação para a formação de lignina e para a ligação da lignina às redes de xilana/celulose presentes na parede. Estas reações de cross-linking, que ocorrem predominantemente em gramíneas, dificultam a utilização eficiente das paredes celulares como fonte de biomassa para produção de energia. Os genes responsáveis pela feruloilação de xilanas em gramíneas foram identificados in silico por Mitchell et al., 2007. Em trabalho anterior, analisamos a expressão gênica de todos os membros de genes da família PF02458 ? BAHD (Beat, AHCT, HCBT, DAT) em diferentes tecidos e fases de desenvolvimento de Brachypodium distachyon e quantificamos os ácidos ferúlico e cumárico ligados à parede celular. Neste projeto, pretende-se gerar linhagens homozigotas da planta modelo, Brachypodium distachyon, com níveis reduzidos de feruloilação da parede celular. Estas linhagens serão analisadas quanto à redução da feruloilação de glucuronoarabinoxilano (GAX) e digestibilidade da parede celular. Também, será avaliado o promotor BdIRX3 quanto a sua especificidade a parede celular secundária em diferentes tecidos e fases de desenvolvimento em Brachypodium distachyon. Adicionalmente, o conhecimento gerado nesta planta modelo será aplicado em cana-de-açúcar. A geração de Plantas Geneticamente Modificadas (PGMs) com níveis reduzidos dos transcritos de xilano-feruloil transferases, deverão produzir menor quantidade de ferulatos ligados à parede celular e, assim, gerar uma redução do cross-linking entre os polímeros da mesma. A validação destes genes em Brachypodium poderá facilitar a identificação desta família de genes em outras espécies de importância econômica, como a cana-de-açúcar. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / VINECKY, FELIPE - Integrante / DE OLIVEIRA, PATRÍCIA ABRÃO - Integrante / RIBEIRO, ANA P. - Integrante / MARTINS, POLYANA K. - Integrante / BASSO, MARCOS F. - Integrante / DA CUNHA, BÁRBARA A. D. B. - Integrante / CAMPANHA, RAQUEL B. - Integrante / CENTENO, DANILO C. - Integrante / KOBAYASHI, ADILSON K. - Integrante / MOLINARI, HUGO B. C. - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Bioetanol de cana-de-açúcar: abordagens biotecnológicas para incremento de produtividade via etanol de primeira e segunda geração, Descrição: Este é um projeto temático constituído de subprojetos que, no conjunto, visam aprofundar estudos sobre a produção de bioetanol de cana-de-açúcar. Sua execução contará com a participação do Laboratório de Bioquímica de Plantas (UEM), Embrapa Agroenergia (DF), Instituto de Botânica de São Paulo (SP), Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR, Londrina), Universidade Federal do Paraná (UFPR), Universidade Federal do ABC (Santo André, SP), Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bietanol CTBE (Campinas).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / Hugo Bruno Correa Molinari - Coordenador / VINECKY, FELIPE - Integrante / DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO - Integrante / RIBEIRO, ANA P. - Integrante / MARTINS, POLYANA K. - Integrante / BASSO, MARCOS F. - Integrante / DA CUNHA, BÁRBARA A. D. B. - Integrante / CENTENO, DANILO C. - Integrante / KOBAYASHI, ADILSON K. - Integrante / Carlos Antônio Ferreira de Sousa - Integrante.

• 2009 - 2013

  Análise funcional do fator de transcrição XlnR envolvido na regulação da transcrição de genes codificadores de celulases e hemicelulases em Aspergillus niger, Descrição: O projeto visa a obtenção de cepas de Aspergillus niger super-expressando genes que codificam celulases e hemicelulases, com propósito final de gerar cepas mutantes para obtenção de etanol a partir da biomassa pelo fungo. A outra vertente do estudo visa o estudo detalhado da funcionalidade do fator de transcrição de hemicelulases XlnR. O projeto encontra-se inserido no programa BIOEN-FAPESP.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Wagner Rodrigo de Souza - Integrante / Igor Polikarpov - Integrante / Gustavo Henrique Goldman - Coordenador / Márcia Eliana da Silva Ferreira - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.