Gerald Weber

Pós-doutorado

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• SILVA, LUCIANO GABRIEL ; WEBER, GERALD . Mesoscopic model confirms strong base pair metal mediated bonding for T-Hg -T and weaker for C-Ag -C. CHEMICAL PHYSICS LETTERS , v. 803, p. 139847, 2022.

• FERREIRA, IZABELA ; AMARANTE, TAUANNE D. ; WEBER, GERALD . Salt dependent mesoscopic model for RNA at multiple strand concentrations. BIOPHYSICAL CHEMISTRY , v. 271, p. 106551, 2021.

• MIRANDA, PÂMELLA ; WEBER, GERALD . Thermodynamic evaluation of the impact of DNA mismatches in PCR-type SARS-CoV-2 primers and probes. MOLECULAR AND CELLULAR PROBES , v. 56, p. 101707, 2021.

• FERREIRA, IZABELA ; SLOTT, SOFIE ; ASTAKHOVA, KIRA ; WEBER, GERALD . Complete Mesoscopic Parameterization of Single LNA Modifications in DNA Applied to Oncogene Probe Design. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 61, p. 3615-3624, 2021.

• ALVES, PEDRO A. ; DE OLIVEIRA, ELLEN G. ; FRANCO-LUIZ, ANA PAULA M. ; ALMEIDA, LETÍCIA T. ; GONÇALVES, AMANDA B. ; BORGES, IARA A. ; ROCHA, FLÁVIA DE S. ; ROCHA, RAISSA P. ; BEZERRA, MATHEUS F. ; MIRANDA, PÂMELLA ; CAPANEMA, FLÁVIO D. ; MARTINS, HENRIQUE R. ; WEBER, GERALD ; TEIXEIRA, SANTUZA M. R. ; WALLAU, GABRIEL LUZ ; DO MONTE-NETO, RUBENS L. . Optimization and Clinical Validation of Colorimetric Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification, a Fast, Highly Sensitive and Specific COVID-19 Molecular Diagnostic Tool That Is Robust to Detect SARS-CoV-2 Variants of Concern. Frontiers in Microbiology , v. 12, p. 713713, 2021.

• MUNIZ, MARIA IZABEL ; LACKEY, HERSHEL H. ; HEEMSTRA, JENNIFER M. ; WEBER, GERALD . DNA/TNA mesoscopic modeling of melting temperatures suggests weaker hydrogen bonding of CG than in DNA/RNA. CHEMICAL PHYSICS LETTERS , v. 749C, p. 137413, 2020.

• LEAL, MATEUS RODRIGUES ; WEBER, GERALD . Sharp DNA denaturation in a helicoidal mesoscopic model. CHEMICAL PHYSICS LETTERS , v. 755, p. 137781, 2020.

• OLIVEIRA, LUCIANA M. ; LONG, ADAM S ; BROWN, TOM ; FOX, KEITH R ; WEBER, GERALD . Melting temperature measurement and mesoscopic evaluation of single, double and triple DNA mismatches. Chemical Science , v. 11, p. 8273-8287, 2020.

• DOMLJANOVIC, IVANA ; TASKOVA, MARIA ; MIRANDA, PÂMELLA ; WEBER, GERALD ; ASTAKHOVA, KIRA . Optical and theoretical study of strand recognition by nucleic acid probes. COMMUNICATIONS CHEMISTRY , v. 3, p. 111, 2020.

• FERREIRA, IZABELA ; JOLLEY, ELIZABETH A. ; ZNOSKO, BRENT M. ; WEBER, GERALD . Replacing salt correction factors with optimized RNA nearest-neighbour enthalpy and entropy parameters. CHEMICAL PHYSICS , v. 521, p. 69-76, 2019.

• BARBOSA, VIVIANNE BASÍLIO ; DE OLIVEIRA MARTINS, ERIK ; WEBER, GERALD . Nearest-neighbour parameters optimized for melting temperature prediction of DNA/RNA hybrids at high and low salt concentrations. BIOPHYSICAL CHEMISTRY , p. 106189, 2019.

• MATOS, CAROLINA O. ; PASSOS, YULLI M. ; AMARAL, MARIANA J. ; MACEDO, BRUNO ; TEMPONE, MATHEUS H. ; BEZERRA, OHANNA C. L. ; MORAES, MILTON O. ; ALMEIDA, MARCIUS S. ; WEBER, GERALD ; MISSAILIDIS, SOTIRIS ; SILVA, JERSON L. ; UVERSKY, VLADIMIR N. ; PINHEIRO, ANDERSON S. ; CORDEIRO, YRAIMA . Liquidliquid phase separation and fibrillation of the prion protein modulated by a highaffinity DNA aptamer. FASEB JOURNAL , v. 34, p. 365-385, 2019.

• DE OLIVEIRA MARTINS, ERIK ; BARBOSA, VIVIANNE BASÍLIO ; WEBER, GERALD . DNA/RNA hybrid mesoscopic model shows strong stability dependence with deoxypyrimidine content and stacking interactions similar to RNA/RNA. CHEMICAL PHYSICS LETTERS , v. 715, p. 14-19, 2018.

• MARTINS, E. O. ; Weber, G. . An asymmetric mesoscopic model for single bulges in RNA. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , v. 147, p. 155102, 2017.

• MIRANDA, PÂMELLA ; OLIVEIRA, LUCIANA M. ; WEBER, GERALD . Mesoscopic modelling of Cy3 and Cy5 dyes attached to DNA duplexes. BIOPHYSICAL CHEMISTRY , v. 230, p. 62-67, 2017.

• DIAS AMARANTE, TAUANNE ; WEBER, GERALD . Evaluating Hydrogen Bonds and Base Stacking of Single, Tandem and Terminal GU Mismatches in RNA with a Mesoscopic Model. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 56, p. 101-109, 2016.

• CEOLIN, LUCIELI ; ROMITTI, MIRIAN ; RODRIGUES SIQUEIRA, DÉBORA ; VAZ FERREIRA, CARLA ; OLIBONI SCAPINELI, JESSICA ; ASSIS-BRAZIL, BEATRIZ ; VIEIRA MAXIMIANO, RODOLFO ; DIAS AMARANTE, TAUANNE ; DE SOUZA NUNES, MIRIAM CELI ; WEBER, GERALD ; MAIA, ANA LUIZA . Effect of 3-UTR RET Variants on RET mRNA Secondary Structure and Disease Presentation in Medullary Thyroid Carcinoma. Plos One , v. 11, p. e0147840, 2016.

• MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Deoxyinosine mismatch parameters calculated with a mesoscopic model result in uniform hydrogen bonding and strongly variable stacking interactions. Chemical Physics Letters (Print) , v. 631-632, p. 87-91, 2015.

• SILVA, I. F. ; AMARANTE, T. D. ; Weber, G. . DNA terminal base pairs have weaker hydrogen bonds especially for AT under low salt concentration. The Journal of Chemical Physics , v. 143, p. 175101, 2015.

• Weber, G. . Optimization method for obtaining nearest-neighbour DNA entropies and enthalpies directly from melting temperatures. Bioinformatics (Oxford. Print) , p. 871-877, 2014.

• AMARANTE, T. D. ; WEBER, GERALD . Analysing DNA structural parameters using a mesoscopic model. Journal of Physics. Conference Series (Online) , v. 490, p. 012203, 2014.

• Weber, G. . Mesoscopic model parametrization of hydrogen bonds and stacking interactions of RNA from melting temperatures. Nucleic Acids Research , v. 41, p. e30-7, 2013.

• Weber, G. . TfReg: Calculating DNA and RNA melting temperatures and opening profiles with mesoscopic models. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 29, p. 1345-1347, 2013.

• FAGUNDES-LIMA, D. ; WEBER, G. . Comment on SCS: Signal, Context, and Structure Features for Genome-Wide Human Promoter Recognition. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print) , v. 9, p. 940-941, 2012.

• NUNES, M. C. S. ; WANNER, E. F. ; WEBER, G. . Origin of multiple periodicities in the Fourier power spectra of the Plasmodium falciparum genome. BMC Genomics , v. 12, p. S4, 2011.

• WEBER, G. . Finite-enthalpy model parameters from DNA melting temperatures. Europhysics Letters (Print) , v. 96, p. 68001, 2011.

• WEBER, G. ; HASLAM, N. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Thermal equivalence of DNA duplexes for probe design. JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER , v. 21, p. 034106-11, 2009.

• MACHADO, R. F. ; WEBER, G. . Wavelet coefficients as a guide to DNA phase transitions. Europhysics Letters , v. 87, p. 38005, 2009.

• WEBER, G. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Probing the microscopic flexibility of DNA from melting temperatures. Nature Physics (Print) , v. 5, p. 769-773, 2009.

• WHITEFORD, N. ; HASLAM, N. ; WEBER, G. ; PRÜGEL-BENNETT, A. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Visualizing the Repeat Structure of Genomic Sequences. Complex Systems , v. 17, p. 381-398, 2008.

• HASLAM, N. ; WHITEFORD, N. ; WEBER, G. ; PRÜGEL-BENNETT, A. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Optimal probe length varies for targets with high sequence variation: Implications for probe library design for resequencing highly variable genes. Plos One , v. 3, p. e2500, 2008.

• WEBER, G. ; HASLAM, N. ; WHITEFORD, N. ; ESSEX, J. W. ; PRÜGEL-BENNETT, A. ; NEYLON, C. . Thermal equivalence of DNA duplexes without calculation of melting temperature. Nature Physics , v. 2, n.1, p. 55-59, 2006.

• WEBER, G. . Sharp DNA denaturation due to solvent interaction. Europhysics Letters , v. 73, n.5, p. 806-811, 2006.

• WHITEFORD, N. ; HASLAM, N. ; WEBER, G. ; PRÜGEL-BENNETT, A. ; ESSEX, J. W. ; ROACH, P. L. ; BRADLEY, M. ; NEYLON, C. . An analysis of the feasibility of short read sequencing. Nucleic Acids Research , v. 33, n.19, p. e171, 2005.

• DE PAULA, A. M. ; CHAVES, C. R. ; SILVA, H. B. ; WEBER, G. . Absorption coefficient imaging by near-field scanning optical microscopy in bacteria. Applied Optics , v. 46, p. 3005-3008, 2003.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Shallow impurities in multiple V-groove quantum wires. Journal of Physics. Condensed Matter , v. 14, p. 471-482, 2002.

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Acoustic and optical phonon scattering rates in spherical quantum dots: magnetic effects. Physica. B, Condensed Matter , v. 316-317, p. 459-463, 2002.

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Electron-acoustic phonon scattering rates in spherical quantum dots: contribution of the macroscopic deformation potential. Brazilian Journal of Physics (Impresso) , v. 32, p. 284-286, 2002.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Shallow impurties in V-groove quantum wires. Physical Review. B, Condensed Matter. (Cessou 1997. Cont. 1098-0121 Physical Review. B, Condensed Matter and Materials Physics) , v. 63, p. 113307, 2001.

• SILVA, H. B. ; TOLEDO, J. A. ; SILVEIRA FILHO, K. ; WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Near-field scanning optical transmission images in Pseudomonas aeruginosa. Acta Microscópica , v. 10, p. 99-102, 2001.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Scattering rates due to electron--phonon interaction in CdS$_{1-x}$Se$_{x}$ quantum dots. Semiconductor Science and Technology , v. 15, p. 1082-1086, 2000.

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Electron--acoustic-phonon scattering rates in II-VI quantum dots: contribution of the macroscopic deformation potential. Solid State Communications , v. 116, p. 247-252, 2000.

• CRECI, G. ; WEBER, G. . Electron and hole states in V-groove quantum wires: an effective potential calculation. Semiconductor Science and Technology , v. 14, p. 690-694, 1999.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Electron-phonon relaxation rates in InGaAs-InP and HgCdTe-CdTe quantum wells. Journal of Applied Physics , v. 85, p. 7276-7281, 1999.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Gamma to Xz electron transfer times in type-II GaAs/AlAs superlattices due to emission of confined and interface phonons. Superlattices and Microstructures , v. 23, p. 249-252, 1998.

• WEBER, G. ; CARNEIRO, G. N. . Excited states of donors bound to X valleys in GaAs/AlAs Type-II structures. Superlattices and Microstructures , v. 23, p. 1075-1078, 1998.

• WEBER, G. ; CARNEIRO, G. N. . Binding energies of ground and excited donor states bound to X valleys in GaAs/AlAs type-II quantum wells. Physical Review B - Solid State , v. 58, p. 7829-7833, 1998.

• LIMA, I. C. C. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Gamma-x hybridization effects on the carrier subband transition times in type I GaAs-AsAs quantum wells. Solid State Communications , v. 102, p. 799-801, 1997.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity effects on electron-phonon scattering rates in quantum wells. Physical Review B - Solid State , v. 56, p. 9619-9624, 1997.

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . Temperature dependence of Gamma to Xz electron transfer times in type II GaAs/AlAs superlattices. Physica Status Solidi. B, Basic Research , v. 204, p. 198-200, 1997.

• SCHUMACHER, K. L. ; COLLINGS, D. ; PHILLIPS, R. T. ; RITCHIE, D. A. ; WEBER, G. ; SCHULMAN, J. N. ; PLOOG, K. . Inter- and intrasubband relaxation times in GaAs-Al0.35Ga0.65As quantum wells measured by femtosecond time-resolved differential transmission. Semiconductor Science and Technology (Print) , v. 11, p. 1173-1177, 1996.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity effects on transition rates due to confined phonons in quantum wells. BRAZILIAN JOURNAL OF PHYSICS , v. 26, p. 177-181, 1996.

• WEBER, G. . Donors bound to the X valleys in type-II GaAs-AlAs quantum well structures. Applied Physics Letters , v. 67, p. 1447-1449, 1995.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity effects on transiton rates due to confined phonons in GaAs-AlGaAs quantum wells. Solid State Communications , v. 96, p. 763-766, 1995.

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . Carrier capture processes in semiconductor superlattices due to emission of confined phonons. Journal of Applied Physics , v. 77, p. 6306-6312, 1995.

• CARNEIRO, G. N. ; WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Binding energies and intra-donor absorption spectra in GaAs-GaAlAs quantum wells. Semiconductor Science and Technology , v. 10, p. 41-44, 1995.

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . Gamma to Xz electron transfer times in type II superlattices due to emission of confined phonons. Applied Physics Letters , v. 65, p. 1281-1283, 1994.

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . Carrier capture via confined phonons in GaAs-AlGaAs multiple quantum wells. Semiconductor Science and Technology , v. 9, p. 730-732, 1994.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Carrier capture processes in GaAs-AlGaAs quantum wells due to emission of confined phonons. Applied Physics Letters , v. 63, p. 3026-3028, 1993.

• WEBER, G. . Electron-confined-phonon interaction in quantum wells: reformulation of the slab model. Physical Review B - Solid State , v. 46, p. 16171-16173, 1992.

• WEBER, G. . The effect of electric field on intrasubband and intersubband transitions via interface phonons in GaAs-AlAs quantum wells. Journal of Physics. Condensed Matter , v. 4, p. 9831-9841, 1992.

• WEBER, G. . Electric-field induced ultrafast intersubband transitions in large GaAs-AlAs quantum wells via electron-interface-phonon interaction. Solid State Communications , v. 84, p. 595-598, 1992.

• WEBER, G. . Comment on contiunuum theories of optical phonons and polaritons in superlattices: a brief critique. Physical Review B - Solid State , v. 46, p. 12792-12793, 1992.

• WEBER, G. ; RYAN, J. F. . Electron-confined-optical-phonon scattering rates in single quantum wells in an applied electric field. Physical Review B - Solid State , v. 45, p. 11202-11208, 1992.

• DE PAULA, A. M. ; MACIEL, A. C. ; WEBER, G. ; RYAN, J. F. ; DAWSON, P. ; FOXON, C. T. . Subpicosecond real-space charge transfer in GaAs/AlAs type II superlattice. Semiconductor Science and Technology (Print) , v. 7, p. B120-B123, 1992.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. ; RYAN, J. F. . Electron-LO-phonon scattering rates in GaAs-AlGaAs quantum wells. Semiconductor Science and Technology (Print) , v. 6, p. 397-400, 1991.

• WEBER, G. . Density of states and optical absorption spectra of shallow impurities in quantum wells under the influence of a longitudinal electric field. Physical Review B - Solid State , v. 41, p. 10043-10048, 1990.

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . On the binding energy of D- states in doped germanium: effects of the valley-orbit corrections and compressive stress. Physica Status Solidi. B, Basic Research , v. 151, p. 605-613, 1989.

• WEBER, G. ; SCHULZ, P. A. ; OLIVEIRA, L. E. . Density of states and energy spectra of hydrogenic impurities in quantum well wires. Physical Review B - Solid State , v. 38, p. 2179-2182, 1988.

• MIRANDA, P. ; BARBOSA, V. B. ; WEBER, G. . Mesoscopic Evaluation of DNA Mismatches in PCR Primer-Target Hybridisation to Detect SARS-CoV-2 Variants of Concern. In: Stadler P.F.; Walter M.E.M.T.; Hernandez-Rosales M.; Brigido M.M.. (Org.). Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2021. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer, Cham, 2021, v. 13063, p. 145-150.

• WEBER, G. . A perfeição matemática do TeX. Revista do Linux - Conexao Total, p. 38 - 43, 01 abr. 2001.

• CASTRO-E-SILVA, A. ; WEBER, G. ; MACHADO, R. F. ; WANNER, E. F. ; GUERRA-SÁ, R. . Identity Transposon Networks in D. melanogaster. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2008, Santo André. Lecture Notes in Bioinformatics Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 2008. v. 5167. p. 161-164.

• DE PAULA, A. M. ; TOLEDO, J. A. ; SILVA, H. B. ; WEBER, G. . Near-Field Scanning Optical Images of Bacteria. In: Advanced Biomaterials --- Characterization, Tissue Engineering and Complexity, 2002, Boston. Materials Research Society Symposium Proceedings, 2001. v. 711. p. 147-151.

• DE PAULA, A. M. ; CHAVES, C. R. ; SILVA, H. B. ; WEBER, G. . Near-field scanning optical images of bacteria. In: OSA Biomedical Topical Meetings, 2002, Miami. Technical Digest --- OSA Biomedical Topical Meetings, 2002. p. 424-426.

• DE PAULA, A. M. ; CHAVES, C. R. ; SILVA, H. B. ; WEBER, G. . Bacteria images by scanning near-field optical and scanning electron microscopy. In: II Latin American Congress of Artificial Organs and Biomaterial, 2001, Belo Horizonte. Proceedings of the II Latin American Congress of Artifical Organs and Biomaterials, 2001.

• WEBER, G. ; ALCALDE, A. M. . Intra- and intersubband transition rates due to emission of optic phonons in quantum wells: effects of the subband nonparabolicity. In: 9TH INT. CONF. ON HOT CARRIERS IN SEMICONDUCTORS, 1996, Chicago. PROCEEDINGS OF THE 9TH INT. CONF. ON HOT CARRIERS IN SEMICONDUCTORS. NewYork: Plenum, 1996. p. 73-75.

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Optical absorption spectra associated to shallow impurities in GaAs-(Ga,Al)As quantumw well wires. In: Fourth International Conference on Shallow Impurities, 1990, Londres. MATERIAL SCIENCE FORUM, 1990. v. 65-66. p. 135-139.

• WEBER, G. . Electric field dependence of the density of states and energy spectra of shallow impurities in quantum-wells. In: 4TH BRAZILIAN SCHOOL OF SEMICONDUCTOR PHYSICS, 1990, Belo Horizonte. PROCEEDINGS OF THE 4TH BRAZILIAN SCHOOL OF SEMICONDUCTOR PHYSICS. Singapore: World Sicentific, 1990. p. 408.

• WEBER, G. ; SCHULZ, P. A. ; OLIVEIRA, L. E. . Screening Effects And Density Of States Of Shallow Impurities In Ga-As-(Ga,Al) As Quantum-Well-Wires.. In: Fourth International Conference on Shallow Impurities, 1989, Londres. MATERIALS SCIENCE FORUM, 1990. v. 38-41. p. 1415-0.

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Valley-Orbit Corrections And Stress Effects On 'D Pot. -' States In Ge:P And Ge:Sb.. In: 19TH INT.CONF.ON THE PHYSICS OF SEMICONDUCTORS, 1989. PROCEEDINGS OF THE 19TH INT.CONF.ON THE PHYSICS OF SEMICONDUCTORS. v. 2. p. 1301.

• WEBER, G. ; RIBEIRO, C. A. . Monte Carlo simulation method applied to the study of ebic in a semiconductor laser. In: THIRD BRAZILIAN SCHOOL OF SEMICONDUCTOR PHYSICS, 1987, Campinas. PROCEEDINGS OF THE THIRD BRAZILIAN SCHOOL OF SEMICONDUCTOR PHYSICS. Singapore: WORLD SCIENTIFIC, 1987. p. 261.

• AMARANTE, T. D. ; MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Investigation of GU mismatch stability and parameters from melting temperatures by a mesoscopic model. In: III Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2014, 2014, Uberlândia. Anais do III Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2014, 2014.

• MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Determination of DNA mesoscopic model parameters for Inosine. In: III Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2014, 2014, Uberlândia. Anais do III Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2014, 2014.

• SCHIESS, G. H. A. ; MIRANDA, P. ; WEBER, G. . CHARACTERIZATION OF THERMODYNAMIC PROPERTIES OF INOSINE BASE PAIRS IN RNA. In: 51th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 2022, Águas de Lindóia. Resumos do 51th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 2022.

• CONCEICAO, M. I. M. ; BUSTOS, A. H. ; SLOTT, SOFIE ; ASTAKHOVA, K. ; Weber, G. . MAGNESIUM DEPENDENCE OF HYDROGEN BOND AND STACKING POTENTIALS IN DNA. In: 51th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 2022, Águas de Lindóia. Resumos do 51th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 2022.

• SILVA, L. G. ; Weber, G. . USING MESOSCOPIC MODELS TO IDENTIFY INTRA-MOLECULAR INTERACTIONS IN METAL MEDIATED DNA. In: 51th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 2022, Águas de Lindóia. Resumos do 51th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 2022.

• MIRANDA, P. ; Weber, G. . THERMODYNAMIC EVALUATION OF DNA MISMATCHES IN PCR AND LAMP PRIMERS TO DETECT SARS-COV-2 AND ITS VARIANTS OF CONCERN (VOC). In: XXXII Congresso Brasileiro de Virologia, 2021. Anais do XXXII Congresso Brasileiro de Virologia: Virologia em Casa, 2021.

• MIRANDA, P. ; BARBOSA, V. B. ; Weber, G. . Evaluation of the Impact of DNA Mismatches in PCR Primers to Detect SARS-CoV-2 Variants of Concern Using a Thermodynamic Model. In: 5th International Symposium on Bioinformatics (InSyB2021), 2021, Istanbul. Proceedings of the 5th International Symposium on Bioinformatics, 2021.

• MIRANDA, PÂMELLA ; Weber, G. . Mesoscopic model applied to the evaluation of DNA mismatches in LAMP primers for SARS-CoV-2 and its variants of concern. In: 2nd Women in Bioinformatics & Data Science LA, 2021, Buenos Aires. 2nd Women in Bioinformatics & Data Science LA, 2021.

• MIRANDA, P. ; Weber, G. . Impact of DNA mismatches in PCR primers for SARS-CoV-2 detection. In: 1st Congress of Women in Bioinformatics and Data Science Latin America, 2020. 1st Congress of Women in Bioinformatics and Data Science Latin America, 2020.

• MIRANDA, P. ; Weber, G. . Mesoscopic evaluation of DNA mismatches in PCR primers for SARS-CoV-2 detection. In: X-Meeting eXperience 2020, 2020. Proceedings X-Meeting eXperience 2020. p. 32.

• SILVA, I. F. ; Weber, G. . Predicting melting temperatures and deriving hydrogen bonds using the Peyrard-Bishop model for LNA+DNA:DNA sequences. In: X-Meeting eXperience 2020, 2020. Proceedings X-Meeting eXperience 2020, 2020. p. 60.

• MARTINS, E. O. ; BARBOSA, V. B. ; Weber, G. . Deoxypyrimidine dependent thermal stability of DNA/RNA hybrid oligonucleotides. In: Encontro de Outono da Sociedade Brasileira de Física, 2019, Aracaju. Resumos do EOSBF, 2019. p. 365-1.

• LEAL, M. R. ; Weber, G. . Three-dimensional helicoidal mesoscopic model for DNA within the framework of the transfer integral technique. In: Revisiting the Central Dogma of Molecular Biology at the Single Molecule Level, 2019, Lima, Peru. Revisiting the Central Dogma of Molecular Biology at the Single-Molecule Level, 2019. p. 64.

• SILVA, I. F. ; Weber, G. . Modelling locked nucleic acids using mesoscopic models. In: XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019, Santos-SP. Resumos do XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019.

• MIRANDA, P. ; DOMLJANOVIC, I. ; TASKOVA, M. ; ASTAKHOVA, K. ; Weber, G. . Mesoscopic modelling DNA/DNA and DNA/RNA probes modified with locked nucleic acids. In: XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019, Santos-SP. Resumos do XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019.

• CONCEICAO, M. I. M. ; Weber, G. . Magnesium concentration effects on the thermal stability of DNA with mesoscopic models. In: XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019, Santos-SP. Resumos do XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019.

• MATOS, C. ; PASSOS, Y. ; AMARAL, M. ; ALMEIDA, M. ; Weber, G. ; SILVA, J. ; UVERSKY, V. ; PINHEIRO, A. ; CORDEIRO, Y. . Liquid-liquid phase separation and aggregation of the prion protein modulated by a high-affinity DNA aptamer. In: XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019, Santos-SP. Resumos do XLIV Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2019.

• Weber, G. . MESOSCOPIC MODELS AS A TOOL FOR PROBING MOLECULAR INTERACTIONS IN DNA AND RNA. In: XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018, Santos. XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018.

• SILVA, I. F. ; AMARANTE, T. D. ; Weber, G. . Terminal effects in mesoscopic models of RNA. In: XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018, Santos. XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018.

• LEAL, M. R. ; Weber, G. . Three-dimensional helicoidal mesoscopic model for DNA. In: XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018, Santos. XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018.

• MIRANDA, P. ; Weber, G. . MODELING FLUORESCENCE OF CY3 AND CY5 DYES WITH PEYRARD-BISHOP MESOSCOPIC MODEL. In: XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018, Santos. XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018.

• BARBOSA, V. B. ; MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Evaluating the thermal stability of sub-optimal RNA folding associated to RET-MEN2 oncogene. In: XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018, Santos. XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society, 2018.

• BARBOSA, V. B. ; MARTINS, E. O. ; Weber, G. . Improved nearest-neighbour parameters for DNA/RNA duplexes. In: 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, Rio de Janeiro. Resumos do 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017.

• MIRANDA, P. ; OLIVEIRA, L. M. ; Weber, G. . Mesoscopic models applied to oligonucleotides with Cy3 and Cy5 dyes. In: 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, Rio de Janeiro. Resumos do {9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017.

• Weber, G. . The power of combining mesoscopic models and melting temperatures to understand the intramolecular interactions of DNA and RNA. In: 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, Rio de Janeiro. Resumos do 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017.

• MARTINS, E. O. ; Weber, G. . Evaluating RNA single bulges with a mesoscopic model. In: 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, Rio de Janeiro. Resumos do 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017.

• Weber, G. ; AMARANTE, T. D. ; MAXIMIANO, R. V. ; MARTINS, E. O. ; SILVA, I. F. . Mesoscopic models and melting temperatures: a tool to understand the molecular interactions in DNA and RNA. In: XXXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2016, Natal. Resumos do ENFMC, 2016.

• MARTINS, E. O. ; Weber, G. . Evaluating RNA single bulges with a mesoscopic model. In: X-Meeting 2016 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Anais do X-Meeting 2016, 2016.

• MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Study on the variation of RNA Secondary Structure prediction as a function of Thermodynamic Parameters. In: X-Meeting 2016 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Anais do X-Meeting 2016, 2016.

• BARBOSA, V. B. ; MARTINS, E. O. ; Weber, G. . Determining the stability of DNA/RNA hybrid duplexes. In: X-Meeting 2016 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Anais do X-Meeting 2016, 2016.

• SILVA, I. F. ; JOLLEY, E. A. ; ZNOSKO, B. M. ; Weber, G. . Optimized RNA nearest-neighbor enthalpy and entropy parameters as function of salt concentration. In: X-Meeting 2016 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Anais do X-Meeting 2016, 2016.

• MIRANDA, P. ; OLIVEIRA, L. M. ; Weber, G. . Effect of Cy3 and Cy5 dyes on the hydrogen bonds of oligonucleotides. In: X-Meeting 2016 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Anais do X-Meeting 2016, 2016.

• CEOLIN, L. ; ROMITTI, M. ; SIQUEIRA, D. R. ; FERREIRA, C. V. ; SCAPINELI, J. O. ; MAXIMIANO, R. V. ; AMARANTE, T. D. ; NUNES, M. C. S. ; Weber, G. ; MAIA, A. L. . Effects of S836S and 3'UTR RET Genetic Variants on RET mRNA Secondary Structure and Disease Presentation in Sporadic Medullary Thyroid Carcinoma. In: Endocrine Society's 97th Annual Meeting, 2015, San Diego. Endocrine Neoplasia: Tumorigenesis and Therapeutics, 2015. v. 26.

• MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Deoxynosine base pairing equivalence is sequence depedent beyond nearest neighbours. In: XXXVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2015, Foz do Iguaçu. Resumos do ENFMC, 2015.

• SILVA, I. F. ; AMARANTE, T. D. ; Weber, G. . Terminal effects in mesoscopic models of DNA and RNA. In: XXXVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2015, Foz do Iguaçu. Resumos do ENFMC, 2015.

• MARTINS, E. O. ; Weber, G. . Asymmetric stacking in the Peyrard-Bishop model. In: XXXVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2015, Foz do Iguaçu. Resumos do ENFMC, 2015.

• Weber, G. . The power of combining mesoscopic models and melting temperatures or how to get DNA hydrogen bonds without NMR. In: II Workshop on Biomolecular Theory-Experiment Interplay: Molecular Recognition and Self-assembly, 2015, São Sebastião-SP. Resumos do II WBioTei, 2015.

• AMARANTE, T. D. ; Weber, G. . Theoretical modelling of experimental data provides mesoscopic parameters for hydrogen bonds and base stacking of RNA GU mismatches. In: II Workshop on Biomolecular Theory-Experiment Interplay: Molecular Recognition and Self-assembly, 2015, São Sebastião-SP. Resumos do II WBioTei, 2015.

• SILVA, I. F. ; AMARANTE, T. D. ; Weber, G. . DNA and RNA terminal effects in mesoscopic models. In: II Workshop on Biomolecular Theory-Experiment Interplay: Molecular Recognition and Self-assembly, 2015, São Sebastião-SP. Resumos do II WBioTei, 2015.

• MARTINS, E. O. ; Weber, G. . Intrastrand DNA stacking in the Peyrard-Bishop formalism. In: II Workshop on Biomolecular Theory-Experiment Interplay: Molecular Recognition and Self-assembly, 2015, São Sebastião-SP. Resumos do II WBioTei, 2015.

• MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Indication of cooperative behavior breakdown in DNA double helix with deoxyinosine mismatches. In: II Workshop on Biomolecular Theory-Experiment Interplay: Molecular Recognition and Self-assembly, 2015, São Sebastião-SP. Resumos do II WBioTei, 2015.

• LEAL, M. R. ; Weber, G. . Convergence of the transfer-integral technique in the framework of Peyrard-Bishop mode. In: Encontro Nacional de Física Estatística, 2015, Vitória-ES. Resumos do ENFE, 2015. p. 59.

• AMARANTE, T. D. ; Weber, G. . GU mismatch stability investigation by a mesoscopic model. In: Encontrol Nacional de Física Estatística, 2015. Resumos do ENFE, 2015. p. 60.

• CEOLIN, L. ; SIQUEIRA, D. R. ; ROMITTI, M. ; FERREIRA, C. V. ; MAXIMIANO, R. V. ; AMARANTE, T. D. ; NUNES, M. C. S. ; Weber, G. ; MAIA, A. L. . O papel de variantes genéticas 3'UTR do proto-oncogene RET na evolução clínica associada ao polimorfismo S836S no carcinoma medular da tereóide. In: XVI Encontro Brasileiro de Tireóide, 2014, São Paulo. Anais do XVI Encontro Brasileiro de Tireóide, 2014.

• MAXIMIANO, R. V. ; Weber, G. . Evaluating the thermal stability of Deoxyinosine from mesoscopic DNA models. In: XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2014, Costa do Sauípe. Anais do XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2014.

• MAXIMIANO, R. V. ; AMARANTE, T. D. ; NUNES, M. C. S. ; Weber, G. ; CEOLIN, L. ; MAIA, A. L. . Thermodynamic stability of oncogene related RNA sequences evaluated by sub-optimal folding. In: XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2014, Costa do Sauípe. Anais do XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2014.

• AMARANTE, T. D. ; Weber, G. . Structural DNA step parameters obtained from experimental melting temperatures by a mesoscopic model. In: XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2014, Costa do Sauípe. Anais do XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2014.

• SATURNINO, G. B. ; GODINHO, C. P. S. ; FAGUNDES-LIMA, D. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; Weber, G. . Subnet sampling of historical versions of miRBase: detection of database construction bias. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. Abstract Book, 2012.

• NUNES, M. C. S. ; Weber, G. . Detecting 10-bp dinucleotide frequencies in promoter sequences with evolutionary Fourier spectrum mapping. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. Abstract Book, 2012.

• GODINHO, C. P. S. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; WEBER, G. . Topology of small noncoding RNA similarity networks. In: 7 International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. Resumos, 2011.

• NUNES, M. C. S. ; WEBER, G. . Optimizing weak dinucleotide frequencies in genomes using Fourier transforms and genetic algorithms. In: 7 International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. Resumos, 2011.

• FAGUNDES-LIMA, D. ; WEBER, G. . Length dependence of promoter flexibility profiles. In: 7 International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. Resumos, 2011.

• NUNES, M. C. S. ; WEBER, G. . Uncovering hidden periodicities in genomes using Fourier transforms and genetic algorothms. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformatica 2011, 2011, São José do Rio Preto-SP. Programa e livro de resumos, 2011. p. 90-91.

• GODINHO, C. P. S. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; WEBER, G. . Topology of small noncoding RNA similarity networks. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformatica 2011, 2011, São José do Rio Preto-SP. Programa e livro de resumos, 2011. p. 87-87.

• GODINHO, C. P. S. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; WEBER, G. . Evaluation of the topology of miRNA associative networks of historical versions deposited in mirbase. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Abstract Book of the 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

• NUNES, M. C. S. ; WANNER, E. F. ; WEBER, G. . Origin of multiple periodicities in the Fourier power spectra of the Plasmodium Falciparum genome. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Abstract book 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010. p. 175-175.

• NUNES, M. C. S. ; WANNER, E. F. ; WEBER, G. . Analysis of frequency harmonics in Plasmodium falciparum. In: X-Meeting 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computional Biology, 2009, Angra dos Reis. Anais do X-Meeting, 2009.

• FAGUNDES-LIMA, D. ; WEBER, G. . Characteristics of the genomic neighbouring regions as a tool for the discovery of new miRNAs. In: X-Meeting 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computional Biology, 2009, Angra dos Reis. Anais do X-meeting, 2009.

• OLIVEIRA, L. M. ; WEBER, G. . Use of DNA flexibility parameters in micro-array probe design. In: X-Meeting 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computional Biology, 2009, Angra dos Reis. Anais do X-meeting, 2009.

• GOMES, M. S. ; PEREIRA, R. V. ; QUEIROZ, K. B. ; SOUZA MENEZES, D. ; OLMO, R. P. ; CASTRO-BORGES, W. ; WEBER, G. ; JANNOTTI-PASSOS, L. K. ; CARVALHO, O. ; BABA, E. H. ; GUERRA-SÁ, R. . A genome wide analysis of ubiquitin specific proteases (USPS) in schistosoma mansoniI. In: X-Meeting 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computional Biology, 2009, Angra dos Reis. Anais do x-meeting, 2009.

• OLIVEIRA, L. M. ; WEBER, G. . Use of DNA physical properties in micro-array probe design. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Resumos do Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2009, 2009. v. 5. p. 1-30.

• NUNES, M. C. S. ; WANNER, E. F. ; WEBER, G. . Analysis of frequency harmonics in Plasmodium falciparum. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Resumos do Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2009, 2009. v. 5. p. 1-30.

• GODINHO, C. P. S. ; FAGUNDES-LIMA, D. ; WEBER, G. . Development of bioinformatics applications for the detection of motifs in non-coding RNA. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Resumos do Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2009, 2009. v. 5. p. 1-30.

• MACHADO, R. F. ; WEBER, G. . Detection of DNA phase transitions by wavelet multiresolution analysis. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Anais do Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2009, 2009. v. 5. p. 1-30.

• WEBER, G. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Efcient calculation of DNA melting temperatures with sequence mismatches. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia. Resumos do XXXI ENFMC, 2008.

• FAGUNDES-LIMA, D. ; GUERRA-SÁ, R. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; MACHADO, R. F. ; WEBER, G. . Caraterísticas das regiões genômicas vizinhas de microRNAs em D. melanogaster e C. elegans. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia. Resumos do XXXI ENFMC, 2008.

• GUERRA-SÁ, R. ; WANNER, E. F. ; WEBER, G. ; MACHADO, R. F. ; CASTRO-E-SILVA, A. . Redes de identidades em transposons de D. melanogaster. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia. Resumos do XXXI ENFMC, 2008.

• FAGUNDES-LIMA, D. ; GUERRA-SÁ, R. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; MACHADO, R. F. ; WEBER, G. . Characteristics of the genomic neighbouring regions of microRNA in D. melanogaster and C. elegans. In: XXXVII Encontro anual da SBBq, 2008, Águas de Lindóia. Resumos do XXXVII Encontro anual da SBBq, 2008.

• GOMES, M. S. ; SILVEIRA, V. C. ; WEBER, G. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; MACHADO, R. F. ; PASSOS, L. K. J. ; BABA, E. H. ; GUERRA-SÁ, R. . The first appraisal of miRNA pathways in Schistosoma mansoni: computational analysis and developmental gene expression. In: XXXVII Encontro anual da SBBq, 2008, Águas de Lindóia. Resumos do XXXVII Encontro anual da SBBq, 2008.

• FAGUNDES-LIMA, D. ; GUERRA-SÁ, R. ; WEBER, G. . Genomic neighbourhood of microRNAs in Genomic neighbourhood of microRNAs in D. melanogaster and C. elegans. In: I Escola Brasileira de Bioinformática, 2008, Santo André. Proceedings of the First Brazilian School on Bioinformatics, 2008. p. 12.

• GOMES-SILVA, T. R. ; GUERRA-SÁ, R. ; WEBER, G. . Analysis of thermodynamic stabilities of known microRNAs. In: I Escola Brasileira de Bioinformática, 2008, Santo André. Proceedings of the First Brazilian School on Bioinformatics, 2008. p. 13.

• GOMES-SILVA, T. R. ; GUERRA-SÁ, R. ; WEBER, G. . Análise da estabilidade termodinâmica em miRNAs depositados no MirBase. In: VI Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Física, 2008, Ouro Preto. Resumos do VI Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Física. Ouro Preto: Departamento de Física da UFOP, 2008. v. 3. p. 1-52.

• MARTINS, H. F. P. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. ; WEBER, G. . Calculation of DNA melting temperatures under varying solvent conditions. In: XXXVII Encontro anual da SBBq, 2008, Águas de Lindóia. Resumos do XXXVII Encontro anual da SBBq, 2008.

• WEBER, G. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Efficient calculation denaturation temperatures of DNA sequences including non-Watson-Crick base pairs. In: V Workshop de Física Molecular e Espectroscopia, 2007, Juiz de Fora. Resumos do V Workshop de Física Molecular e Espectroscopia, 2007.

• HASLAM, N. ; WHITEFORD, N. ; WEBER, G. ; ESSEX, J. W. ; PRÜGEL-BENNETT, A. ; NEYLON, C. . Optimizing library design for resequencing by hybridization. In: Therapeutic Applications of Computational Biology, 2005, Cambridge. Therapeutic Applications of Computational Biology, 2005.

• HASLAM, N. ; WHITEFORD, N. ; WEBER, G. ; PRÜGEL-BENNETT, A. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Designing libraries for resequencing viral targets. In: Young Bioinformaticians Forum, 2005, Londres. Young Bioinformaticians Forum, 2005.

• WHITEFORD, N. ; HASLAM, N. ; WEBER, G. ; PRÜGEL-BENNETT, A. ; ESSEX, J. W. ; NEYLON, C. . Is short read sequencing feasible. In: Young Bioinformaticians Forum, 2005, Londres. Young Bioinformaticians Forum, 2005.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Impurezas rasas em fios múltiplos tipo V-groove. In: XXIV ENFMC, 2001, São Lourenço. Resumos do XXIV ENFMC, 2001. p. 342-342.

• TOLEDO, J. A. ; SILVA, H. B. ; SILVEIRA FILHO, K. ; WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Imagens topográficas e de transmissão óptica com resolução de nanometros em bactérias. In: XXIV ENFMC, 2001, São Lourenço. Resumos XXIV ENFMC, 2001. p. 29-29.

• WEBER, G. ; SILVA, H. B. ; TOLEDO, J. A. ; SILVEIRA FILHO, K. ; DE PAULA, A. M. . Cálculo de coeficientes de absorção óptica em materiais biológicos através de microscopia óptica de varredura em campo próximo. In: XXIV ENFMC, 2001, São Lourenço. Resumos do XXIC ENFMC, 2001. p. 26-26.

• DE PAULA, A. M. ; CHAVES, C. R. ; SILVA, H. B. ; WEBER, G. . Optical absorption images of bacteria with nanometer resolution. In: International Workshop on Spectroscopy for Biology, 2001, São Paulo. Abstracts IWSB, 2001. p. 26-26.

• DE PAULA, A. M. ; SILVA, H. B. ; CHAVES, C. R. ; WEBER, G. . Calculated absorption coefficient imaging by near-field optical scanning microscopy in bacteria. In: International Workshop on Spectroscopy for Biology, 2001, São Paulo. Abstracts IWSB, 2001. p. 26-27.

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. . Acoustical and optical scattering rates in narrow gap semiconductor quantum dots. In: 10th International Conference on Narrow Gap Semiconductors, 2001, Ishikawa. Abstracts 10 ICNGS, 2001.

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Acoustic and optical phonon scattering rates in spherical quantum dots: magnetic effects. In: Tenth International Conference on Phonon Scattering in COndensed Matter, 2001, Hanover. Absctract Tenth International Conference on Phonon Scattering in COndensed Matter, 2001.

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Electron-acoustic phonon scattering rates in spherical quantum dots: contribution of the macroscopic deformation potential. In: 10th Brazilian Workshop on Semiconductor Physics, 2001, Guarujá. Abstracts 10 BWSP, 2001.

• SILVA, H. B. ; TOLEDO, J. A. ; SILVEIRA FILHO, K. ; WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Near-field scanning optical transmission images in Pseudomonas aeruginosa. In: First Latin American Symposium on Scanning Microscopy, 2001, São Pedro. Resumos LASSM, 2001.

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Relaxação de portadores via emissão de fônons acústicos em pontos quânticos esféricos. In: XXIII ENFMC, 2000, São Lourenço. Resumo XXIII ENFMC, 2000. p. 311-311.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Electron-phonon scattering times in CdSSe quantum dots. In: 9th Brazilian Workshop on Semiconductor Physics, 1999, Belo Horizonte. Abstracts 9BWSP, 1999.

• WEBER, G. ; ALCALDE, A. M. . Carrier relaxation due to electron-phonon interaction in semiconductor quantum dots. In: International Materials Research Conference, 1999, Cancun. Abstracts IMRC, 1999. p. 60-60.

• CRECI, G. ; WEBER, G. . Níveis de energia em fios quânticos tipo v-groove. In: XXI ENFMC, 1998, Caxambu. Resumos XX1 ENFMC, 1998. p. 286-286.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Relaxação de portadores em pontos quânticos de CdSe: efeitos de alargamento homogêneo e não-homogêneo. In: XXI ENFMC, 1998, Caxambu. Resumo XXI ENFMC, 1998. p. 334-334.

• LIMA, I. C. C. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Efeitos de hibridização Gamma-X nas transições sub-banda de portadores em poços quânticos tipo II. In: XX ENFMC, 1997, Caxambu. Resumos XX ENFMC, 1997. p. 278-278.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Efecitos de não-parabolicidade nas taxas de transição de portadores quentes em poços quânticos. In: XX ENFMC, 1997, Caxambu. Resumos XX ENFMC, 1997. p. 280-280.

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . Temperature dependence of Gamma to Xz electron transfer times in type-II GaAs/AlAs superlattices due to emission and absorption of optical phonons. In: International Conference on Nonequilibrium Carrier Dynamics in Semiconductors, 1997, Berlim. Absctracts ICNCDS, 1997.

• CARNEIRO, G. N. ; WEBER, G. . Estados excitados de doadores rasos ligados aos vales X em estruturas tipo II de GaAs/AlAs. In: XIX ENFMC, 1996, Águas de Lindóia. Resumos XIX ENFMC, 1996. p. 372-372.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Transferência Gamma-Xz em super-redes tipo II de GaAs/AlAs. In: XIX ENFMC, 1996, Águas de Lindóia. Resumos XIX ENFMC, 1996. p. 457-457.

• WEBER, G. ; CARNEIRO, G. N. . Excited states of donors bound to X valleys in GaAs-AlAs type II structures. In: Ninth International Conference on Superlattices, Microstructures and Microdevices, 1996, Liege. Abstracts 9th CSMM, 1996.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Gamma to Xz electron transfer times in type-II GaAs/AlAs superlattices due to emission of confined and interface phonons. In: Ninth International Conference on Superlattices, Microstructures and Microdevices, 1996, Liege. Abstracts 9th CSMM, 1996.

• WEBER, G. ; CARNEIRO, G. N. . X valley 2s-donor states in GaAs-AlAs type II structures. In: Conference on New Developments in Condensed Matter Physics, 1996, Brasília. Absctracts CNDCMP, 1996.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Gamma to Xz electron transfer times in type-II superlattices due to emission of optical phonons. In: Conference on New Developments in COndensed Matter Physics, 1996, Brasília. Abstracts CNDCMP, 1996.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity effects on electron-LO-phonon scattering rates in GaAs-AlGaAs quantum wells. In: Conference on New Developments in COndensed Matter Physics, 1996, Brasília. Abstracts CNDCMP, 1996.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Efeitos de não-parabolicidade nas taxas de transição devido a fônons confinados em poços quânticos. In: XVIII ENFMC, 1995, Caxambu. Resumos XVIII ENFMC, 1995. p. 296-296.

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Energias de ligação de doadores rasos ligados aos vales X em estruturas tipo II de GaAs/AlAs. In: XVIII ENFMC, 1995, Caxambu. Resumos XVIII ENFMC, 1995. p. 300-300.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity effects on transition rates due to confined phonons in quantum wells. In: 7th Brazilian Workshop on Semiconductor Physics, 1995, Rio de Janeiro. Abstracts 7th BWSP, 1995.

• WEBER, G. . Binding energies of donors bound to X valleys in GaAs-AlAs type II structures. In: XIII Simposio Latino Americano de Física do Estado Sólido, 1995, Gramado. Abstracts XIII SLAFES, 1995.

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity effects on transition rates due to confined and interface phonons in quantum wells. In: XIII Simposio Latino Americano de Fisica do Estado Solido, 1995, Gramado. Abstracts XIII SLAFES, 1995.

• SCHUMACHER, K. L. ; COLLINGS, D. ; WEBER, G. ; PHILLIPS, R. T. ; SCHULMAN, J. N. ; RITCHIE, D. A. ; PLOOG, K. . Inter and intrasubband relaxation times in GaAs/AlGaAs quantum wells measured by femtosecond time-resolved differential transmission. In: Condensed Matter and Material Physics Conference, 1995, Liverpool. Abstracts CMMPC, 1995. p. 59-59.

• CARNEIRO, G. N. ; WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Energias de ligação e densidades de estados excitados de doadores rasos em poços quânticos de GaAs-AlGaAs. In: XVII ENFMC, 1994, Caxambu. Resumos XVII ENFMC, 1994. p. 323-323.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Processos de captura de portadores em super-redes e poços quânticos devido a emissão de fônons confinados. In: XVII ENFMC, 1994, Caxambu. Resumos XVII ENFMC, 1994. p. 332-332.

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Captura de portadores em poços quânticos de GaAs-AlGaAs. In: XVI ENFMC, 1993, Caxambu. Resumos XVI ENFMC, 1993. p. 290-290.

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . Carrier capture via confined phonons in GaAs-AlGaAs multiple quantum wells. In: 8th International Conference on Hot Carriers in Semiconductors, 1993, Oxford. Abstracts ICHCS, 1993.

• WEBER, G. ; RYAN, J. F. . Taxas de espalhamento elétron-fônon em poços quânticos devido a fônons óticos em um campo elétrico. In: XV ENFMC, 1992, Caxambu. Resumos XV ENFMC, 1992. p. 331-331.

• WEBER, G. . Transições intra- e intersub-banda em poços quânticos de GaAs-GaAlAs devido a fônons de interface. In: XY ENFMC, 1992, Caxambu. Resumos XV ENFMC, 1992. p. 331-331.

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. ; RYAN, J. F. . Espalhamento Raman em super-redes tipo II de GaAs/AlAs. In: XV ENFMC, 1992, Caxambu. Resumos XV ENFMC, 1992. p. 316-316.

• WEBER, G. . Intrasubband and intersubband scattering times due to confined and interface phonon modes in quantum wells under the influence of an electric field. In: Winter School on Mesoscopic Systems, 1992, Brasília. Absctrats WSMS, 1992.

• DE PAULA, A. M. ; MACIEL, A. C. ; WEBER, G. ; RYAN, J. F. ; DAWSON, P. ; FOXON, C. T. . Subpicosecond real-space charge transfers in GaAs/AlAs type II superlattices. In: 7th International Conference on Hot Carriers in Semiconductors, 1991, Nara. Absbtracts ICHCS, 1991.

• WEBER, G. . Efeito de campo elétrico no espectro ótico de impurezas hidrogências em poços quânticos. In: XIII ENFMC, 1990, Caxambu. Resumo XIII ENFMC, 1990. p. 220-220.

• WEBER, G. . Effects of electric field on the optical spectra of shallow impurity states in quantum wells. In: Workshop on Modern Theory of Solids, 1990, Brasília. Abstracts WMTS, 1990.

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Propriedades de absorção ótica devido a impurezas rasas em fios de poços quânticos de GaAs-(Ga,Al)As. In: XII ENFMC, 1989, Caxambu. Resumos XII ENFMC, 1989. p. 231-231.

• WEBER, G. . Absorção ótica devido a impurezas rasas em poços quânticos de GaAs-(Ga,Al)As: efeito do campo elétrico. In: XII ENFMC, 1989, Caxambu. Resumos XII ENFMC, 1989. p. 231-231.

• WEBER, G. . Optical absorption spectra of shallow impurities in quantum wells: effect of an applied electric field. In: Conference on Superlattices, Quantum Wells and MBE Technology, 1989, Brasília. Abctracts CSQWMBET, 1989. p. 48-48.

• WEBER, G. ; SCHULZ, P. A. ; OLIVEIRA, L. E. . Efeitos de blindagem e densidades de estados de impurezas rasas em fios de poços quânticos de GaAs-(Ga,Al)As. In: XI ENFMC, 1988, Caxambu. Resumos XI ENFMC, 1988. p. 150-150.

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Efeitos de pressão uniaxial na energia de ligação de estados D- em Ge:Sb e Ge:As. In: X ENFMC, 1987, Caxambu. Resumos X ENFMC, 1987.

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Valley-orbit correction and stress effects on D- states in GeP and Ge:Sb. In: X Simposio Latinoamericano de Fisica del Estado Solido, 1987, Havana. Abstracts X SLAFES, 1987.

• WEBER, G. ; SCHULZ, P. A. ; OLIVEIRA, L. E. . Energy spectra of hydrogenic impurities in GaAs-GaAlAs quantum-well-wires. In: X Simposio Latonoamericano de Fisica del Estado Solido, 1987, Havana. Abstracts X SLAFES, 1987.

• WEBER, G. ; RIBEIRO, C. A. . Aplicação do método Monte Carlo na simulação da microssonda eletrônica. In: IX ENFMC, 1986, Poços de Caldas. Resumos IX ENFMC, 1986. p. 56-56.

• CARNEIRO, G. N. ; WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Binding energies and intra-donor absorption spectra in GaAs-GaAlAs quantum wells. Solid State Communications , v. 93, p. 453-453, 1995.

• MARTINS, E. O. ; BARBOSA, V. B. ; Weber, G. . Deoxypyrimidine dependent thermal stability of DNA/RNA hybrid oligonucleotides. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Weber, G. . Mesoscopic models as a tool for probing molecular interactions in DNA and RNA. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Weber, G. . The power of combining mesoscopic models and melting temperatures to understand the intramolecular interactions of DNA and RNA. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Weber, G. . Mesoscopic models and melting temperatures: a tool to understand the molecular interactions in DNA and RNA. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Weber, G. . Por que RNA é tão mais interessante do que DNA?. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Weber, G. . The power of combining mesoscopic models and melting temperatures or how to get DNA hydrogen bonds without NMR. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Weber, G. . Modelling DNA and RNA for Systems Biology and Chemistry. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• OLIVEIRA, L. M. ; WEBER, G. . Free energy and flexibility basis of SNP occurrence. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• WEBER, G. . The Peyrard-Bishop model as a predictor of oligonucleotide physical properties. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• WEBER, G. . Flexibilidade microscópica de DNA e suas aplicações em bioinformática, seminário convidado no VII ERSBF. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SILVA, H. B. ; TOLEDO, J. A. ; SILVEIRA FILHO, K. ; WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Near-field scanning optical transmission images in Pseudomonas aeruginosa. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Impurezas rasas em fios múltiplos tipo V-groove. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TOLEDO, J. A. ; SILVA, H. B. ; SILVEIRA FILHO, K. ; WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Imagens topográficas e de transmissão óptica com resolução de nanometros em bactérias. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; SILVA, H. B. ; TOLEDO, J. A. ; SILVEIRA FILHO, K. ; DE PAULA, A. M. . Cálculo de coeficientes de absorção óptica em materiais biológicos através de microscopia óptica de varredura em campo-próximo. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE PAULA, A. M. ; CHAVES, C. R. ; SILVA, H. B. ; WEBER, G. . Optical absorption images of bacteria with nanometer resolution. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE PAULA, A. M. ; SILVA, H. B. ; CHAVES, C. R. ; WEBER, G. . Calculated absorption coefficient imaging by near-field optical scanning microscopy in bacteria. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Acoustic and Optical Phonon Scattering Rates in Spherical Quantum Dots: magnetic effects. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. . Acoustical and optical scattering rates in narrow gap semiconductor quantum dots. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE PAULA, A. M. ; CHAVES, C. R. ; SILVA, H. B. ; WEBER, G. . Bacteria images by scanning near-field optical and scanning electron microscopy. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; MARQUES, G. E. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Relaxação de portadores via emissão de fônons acústicos em pontos quânticos esféricos. 2000. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Electron-phonon scattering times in CdS_{1-x}Se_x quantum dots. 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; ALCALDE, A. M. . Carrier relaxation due to electron-phonon interaction in semiconductor quantum dots. 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CRECI, G. ; WEBER, G. . Níveis de energia em fios quânticos tipo V-groove. 1998. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Relaxação de portadores em pontos quânticos de CdSe: efeitos de alargamento homogêneo e não-homogêneo. 1998. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . Temperature dependence of Gamma to X_z electron transfer times in type-II GaAs/AlAs superlattices due to emission and absorption of optical phonons. 1997. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LIMA, I. C. C. ; WEBER, G. ; REINECKE, T. L. . Efeitos de hibridização $\Gamma$-$X$ nas transições sub-banda de portadores em poços quânticos tipo I. 1997. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Efeitos de não-parabolicidade nas taxas de transição de portadores quentes em poços quânticos. 1997. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; CARNEIRO, G. N. . EXCITED STATES OF DONORS BOUND TO X VALLEYS IN GAAS-ALAS TYPE II STRUCTURES. 1996. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . GAMMA TO XZ ELECTRON TRANSFER TIMES IN TYPE-II GAAS/ALAS SUPERLATTICESDUE TO EMISSION OF CONFINED AND INTERFACE PHONONS. 1996. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; CARNEIRO, G. N. . X valley 2s-donor states in GaAs-AlAs type II structures. 1996. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Gamma to X_z electron transfer times in type-II superlattices due to emission of optical phonons. 1996. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARNEIRO, G. N. ; WEBER, G. . Estados excitados de doadores rasos ligados aos vales X em estruturas tipoII de GaAs/AlAs. 1996. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Transferência \Gamma-X_z em super-redes tipoII de GaAs/AlAs. 1996. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . INTRA- AND INTERSUBBAND TRANSITION RATES DUE TO EMISSION OF OPTIC PHONONS IN QUANTUM WELLS: EFFECTS OF THE SUBBAND NONPARABOLICITY. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity Effects On Transition Rates Due To Confined Phonons In Quantum Wells. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Binding energies of donors bound to X valleys in GaAs-AlAs type II structures. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Nonparabolicity effects on transition rates due to confined and interface phonons in quantum wells. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SCHUMACHER, K. L. ; COLLINGS, D. ; WEBER, G. ; PHILLIPS, R. T. ; SCHULMAN, J. N. ; RITCHIE, D. A. ; PLOOG, K. . Inter- and intrasubband relaxation times in GaAs/Al0.35Ga0.65As quantum wells measured by femtosecond time-resolved differential transmission. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Energias de ligação de doadores rasos ligados aos vales X em estruturas tipo II de GaAs/AlAs. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALCALDE, A. M. ; WEBER, G. . Efeitos de não-parabolicidade nas taxas de transição devido a fônons confinados em poços quânticos. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARNEIRO, G. N. ; WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . BINDING ENERGIES AND INTRA-DONOR ABSORPTION SPECTRA IN GAAS-GAALAS QUANTUM WELLS. 1994. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Processos de captura de portadores em super-redes e poços quânticos devido a emissão de fônons confinados. 1994. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; CARNEIRO, G. N. ; OLIVEIRA, L. E. . Energias de ligação e densidades de estados excitados de doadores rasos em poços quânticos de GaAs-AlGaAs. 1994. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. . CARRIER CAPTURE VIA CONFINED PHONONS IN GAAS-ALGAAS MULTIPLE QUANTUM WELLS. 1993. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; DE PAULA, A. M. . Captura de portadores em poços quânticos de GaAs-AlGaAs. 1993. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Intrasubband and intersubband scattering times due to confined and interface phonon modes in quantum wells under the influence of an electric field. 1992. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; RYAN, J. F. . Taxas de espalhamento elétron-fônon em poços quânticos devido a fônons óticos em um campo elétrico longitudinal. 1992. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Transições intra- e intersub-banda em poços quânticos de GaAs-Ga_{1-x}Al_xAs devido a fônons de interface. 1992. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE PAULA, A. M. ; WEBER, G. ; RYAN, J. F. . Espalhamento Raman em super-redes Tipo II de GaAs/AlAs. 1992. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE PAULA, A. M. ; MACIEL, A. C. ; WEBER, G. ; RYAN, J. F. ; DAWSON, P. ; FOXON, C. T. . SUBPICOSECOND REAL-SPACE CHARGE TRANSFER IN GAAS/ALAS TYPE II SUPERLATTICES. 1991. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Optical Absorption Spectra Associated To Shallow Impurities In GaAs-(Ga,Al)As Quantum Well Wires.. 1990. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Effects of electric field on the optical spectra of shallow impurity states in quantum wells. 1990. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Efeito de campo elétrico no espectro ótico de impurezas hidrogênicas em poços quânticos. 1990. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Eletric Field Dependence Of The Density Of States And Energy Spectra Of Shallow Impurities In Quantum-Wells.. 1989. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Optical Absorpion Spectra Of Shallow Impurities In Quantum Wells: Effect Of An Applied Electric Field.. 1989. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Propriedades de absorção ótica devido a impurezas rasas em fios de poços quânticos de GaAs-(Ga,Al)As. 1989. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. . Absorção ótica devido a impurezas rasas em poços quânticos de GaAs-(Ga,Al)As: Efeito do campo elétrico longitudinal. 1989. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Valley-Orbit Corrections And Stress Effects On 'O Pot.-' States In Ge:P And Ge:Sb.. 1988. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . Efeitos de pressão uniaxial na energia de ligação de estados D- em G:Sb e Ge:As. 1988. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; SCHULZ, P. A. ; OLIVEIRA, L. E. . Efeitos de blindagem e densidades de estados de impurezas rasas em fios de poços quânticos de GaAs-(Ga,Al)As. 1988. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; RIBEIRO, C. A. . Monte Carlo Simulation Method Applied To The Study Of Ebic In A Semiconductor Laser.. 1987. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; OLIVEIRA, L. E. . On The Binding Energies Of 'D Pot.-' States In Doped Germanium: Effect Of Compressive Uniaxial Stress.. 1987. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; SCHULZ, P. A. ; OLIVEIRA, L. E. . Energy Spectra Of Hydrogenic Impurities In 'Ga Al - Ga Ind1-X Al Ind.X As'. Quantum-Well-Wires. 1987. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; RIBEIRO, C. A. . Aplicação do método Monte Carlo na simulação da microssonda eletrônica. 1986. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; RIBEIRO, C. A. . Simulação por método Monte Carlo da microssonda eletrônica. 1984. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; RIBEIRO, C. A. . Distribuição de elétrons do feixe primário em uma estrutura complexa semicondutora. 1984. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, A. C. S. ; WEBER, G. ; RIBEIRO, C. A. . Medidas de corrente induzida por feixe eletrônico em Laser de semicondutor. 1984. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SATURNINO, G. B. ; GODINHO, C. P. S. ; FAGUNDES-LIMA, D. ; CASTRO-E-SILVA, A. ; Weber, G. . Detection of construction biases in biological databases: the case of miRBase 2014 (Artigo disponibilizado em repositório público arXiv:1407.6570).

• FAGUNDES-LIMA, D. ; Weber, G. . CG-content log-ratio distributions of Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster mirtrons 2013 (Artigo disponibilizado em repositório público arXiv:1301.6099).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2020 - Atual

  Cinética de hibridização de DNA e RNA por modelos mesoscópicos, Descrição: A abordagem mesoscópica de ácidos nucleicos consiste em um modelo onde potenciais representam as principais interações moleculares da hélice dupla, que são as ligações de hidrogênio e interações de empilhamento. Este tipo de modelo pode ser aplicado no estudo da estabilidade termodinâmica e também pode ser usado para extrair informações sobre as interações moleculares a partir de dados experimentais. A grande vantagem do modelo mesoscópico é a sua eficiência computacional, uma vez determinados os parâmetros adequados, diversas grandezas de interesse podem ser calculados em poucos segundos em computadores pessoais. No nosso grupo na UFMG desenvolveu técnicas computacionais eficientes usando modelos mesoscópicos e passamos por um longo período de validação. Hoje, podemos tratar grandes quantidades de dados de desnaturação e extrair informações sobre as ligações de hidrogênio e de empilhamento, duas das principais interações moleculares que dá a estabilidade ao DNA. Neste projeto, que corre em colaboração com o Grupo de Fluidos Complexos e Biofísica Molecular da Universidade de Milão, Itália, pretendemos estudar a cinética de hibridização em ácidos nucleicos usando modelos mesoscópicos. Entender a cinética de hibridização, ou seja o tempo caraterístico para que a molécula de DNA forme a fita dupla, tem importantes aplicações tecnológicas no estudo de sondas para diagnóstico e para PCR. Esta será uma nova área de estudos para o nosso grupo, usaremos da nossa experiência acumulada ao logo dos últimos dez anos no tratamento de dados de DNA para abordar a questão da cinética de hibridização. Durante o estágio ajudarei a planejar e acompanharei os experimentos de hibridização que irão prover novos dados para a validação do modelo que será desenvolvido pelo meu grupo. Ao final deste projeto esperamos dispor de um ferramental teórico eficiente, validado experimentalmente, para predizer e analisar a cinética de hibridização de oligonucleotídios.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Marco Buscaglia - Integrante.

• 2020 - Atual

  Propriedades intramoleculares de ácidos nucleicos por modelos mesoscópicos, Descrição: A abordagem mesoscópica consiste em um modelo onde potenciais representam as principais interações moleculares em ácidos nucleicos de hélice dupla, que são as ligações de hidrogênio e interações de empilhamento. Este tipo de modelo pode ser aplicado no estudo da estabilidade termodinâmica e também pode ser usado para extrair informações sobre as interações moleculares a partir de dados experimentais. A grande vantagem do modelo mesoscópico é a sua eficiência computacional, uma vez determinados os parâmetros adequados, diversas grandezas de interesse podem ser calculados em poucos segundos em computadores pessoais. Isto permite a aplicação bioinformática deste tipo de abordagem já que se torna possível tratar milhares ou até milhões de sequências. Há alguns anos, nós mostramos que é possível usar este tipo de modelo mesoscópico para extrair informações sobre as principais interações intramoleculares de ácidos nucleicos a partir de medidas de temperaturas de desnaturação. Por ser um método novo, foi necessário passar por um longo processo de validação, ou seja foi necessário mostrar que o tipo de informação que podemos obter é qualitativamente semelhante ao obtido por outras técnicas experimentais tais como NMR. Esta validação foi agora concluída e começamos a estabelecer parcerias com grupos experimentais para aplicar esta técnica em situações novas como por exemplo ácidos nucleicos modificados. Um exemplo de DNA modificado é o LNA que possui uma restrição conformacional, uma ligação adicional 2'-C,4'-C-oximetileno, que lhe dá uma maior estabilidade térmica. Há neste momento um grande movimento para desenvolver tecnologias baseadas em ácidos nucleicos modificado, por exemplo para tentar melhorar a sensibilidade e especificidade na detecção de genes ligados à câncer humano.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (4) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador.

• 2019 - 2020

  Estabilidade térmica de ácido nucleico de treose (TNA) por modelos mesoscópicos, Descrição: Ácido nucleico de treose ((alpha-L-3'-2')-threofuranosyl nucleic acid) ou TNA, é polímero genético artificial onde a ribose natural do RNA é substituída por um açúcar de quatro carbonos alfa-L-treofuranosil, capaz de formar duplexos anti-paralelos com DNA e RNA. TNA é mais resistente à degradação enzimática em condições fisiológicas do que DNA ou RNA, e por isso é de interesse em aplicações de diagnóstico e terápico. TNA não é disponível comercialmente e ainda há poucos estudos sobre sua estabilidade térmica, em particular muito pouco se conhece sobre a sua formação em termos de ligações de hidrogênio e de empilhamento. Em colaboração com a Profa. J. M. Heemstra, da Universidade de Emory, Atlanta US, obtivemos um conjunto de medidas de desnaturação de TNA. Este conjunto, nos permitirá obter as informações estruturais e possívelmente responder a perguntas sobre sua semelhança com híbridos DNA-RNA.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Maria Izabel Muniz da Conceição - Integrante / Jennifer M. Heemstra - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2019 - Atual

  Modelamento de DNA com ligações de hidrogênio mediado por metal, Descrição: Em DNA, íons metálicos podem se inserir entre as bases e desta maneira intermediar as ligações de hidrogênio. Em geral os íons acabam por ajudar a estabilizar a fita dupla, aumentando as temperaturas de desnaturação. Os metais podem se ligar aos grupos fosfato ou ficar inseridos entre as bases nitrogenadas. Neste projeto vamos usar o modelo mesoscópico para tratar temperaturas de desnaturação com prata ou mercúrio potencialmente inserido em bases despareadas como CC ou TT. A pergunta que desejamos responder é se de fato as alterações de temperatura confirmam alterações nas ligações de hidrogênio, que daria suporte para a hipótese de que o metal se inseriu entre as bases no lugar da ligação de hidrogênio. Por outro lado, se a estabilidade se der por um incremento nas interações de empilhamento isto indicaria que o metal se inseriu de outra maneira.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Luciano Gabriel Silva - Integrante.

• 2017 - 2020

  Modelamento mesoscópico de DNA despareados simples, duplos e triplos, Descrição: DNA com pares de bases despareadas (mismatches), ou seja que não são nem AT e nem CG, é um problema importante pois é uma ocorrência comum que pode dar origem a mutações. Ainda não existe um conjunto de cálculos mesoscópicos tratando este tipo de pares de base. A razão disto é que, ao contrário dos pares AT e CG, mismatches dependem do contexto de sequência em que são inseridos. Em colaboração com o Prof. Keith Fox da Universidade e Southampton UK, nós recebemos um conjunto inédito de 4096 sequencias com todas as combinações possíveis de mismatches simples, duplos e triplos No âmbito dos modelos mesoscópicos isto requer o modelamento de 440 potenciais de Morse e 3084 parâmetros de empilhamento o que representa um grande desafio computacional.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Luciana Marcia de Oliveira - Integrante / Keith R. Fox - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2017 - 2019

  Influência de concentração de sal na estabilidade térmica de RNA no modelo de próximos vizinhos, Descrição: O modelo de próximos vizinhos (nearest neighbour, NN) é amplamente usado em biologia molecular, em especial na determinação de estruturas secundárias. Um problema importante é ajustar temperaturas medidas em concentrações de sal diferentes, para isto tem-se usado fatores de correção de sal que não são muito precisos. Neste projeto temos a colaboração do Prof. B. M. Znosko, Saint Louis University US, que forneceu um conjunto de 757 medidas de temperaturas de RNA em 5 concentrações de sódio. O projeto consiste em determinar os parâmetros próximos vizinhos utilizando estas medidas e com isto eliminar o uso de correções de sal. A dificuldade aqui reside em aproveitar todas as medidas existentes, o que não é possível com métodos tradicionais, já que cada medida ocorreu em concentração de RNA diferente.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Izabela Ferreira da Silva - Integrante / Elizabeth A. Jolley - Integrante / Brent M. Znosko - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

• 2016 - 2020

  Modelos mesoscopicos e estruturas secundarias de DNA e RNA, Descrição: Projeto individual no âmbito do Programa Pesquisador Mineiro 2016 da Fapemig.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.

• 2015 - 2018

  Modelo Peyrard-Bishop para híbridos de DNA/RNA no contexto de edições gênica, Descrição: Neste projeto visamos o estudo dos híbridos de DNA/RNA, isto é, estruturas onde uma das fitas da hélice dupla é DNA e a outra fita é composta por RNA. Embora já seja conhecido há muito tempo, este tipo de híbrido teve seu interesse renovado recentemente pela descoberta de edições gênicas via CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats). Em 2013, dois artigos publicados simultaneamente na Science demonstraram que a edição gênica (a alteração do código genético em organismos vivos) é tremendamente simplificado pelo uso da técnica CRISPR em combinação com a nuclease cas9. No cerne da técnica CRISPR-cas9 está a hibridização DNA/RNA e o modelo Peyrard-Bishop é particularmente interessante para estudar as propriedades termodinâmicas deste sistema. A parte principal do nosso projeto consistirá na parametrização de DNA/RNA. Em 2009 nós desenvolvemos uma técnica teórica nova onde conseguimos a parametrizaçao para DNA partindo de dados de temperatura de denaturação (Nature Physics 2009). Esta técnica reduz a complexidade computacional da parametrização por algumas ordens de grandeza. Ainda assim, mesmo com este método, as parametrizações podem levar meses de processamento computacional. Neste projeto solicitamos auxílio para ampliar o nosso sistema computacional de modo a viabilizar a parametrização DNA/RNA e aplicar o modelo ao estudo do mecanismo de hibridização de edições gênicas via CRISPR.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2

• 2014 - 2018

  Modelos mesoscópicos para o estudo de híbridos de DNA/RNA no contexto de edições gênicas, Descrição: Neste projeto visamos o estudo dos híbridos de DNA/RNA, isto é, estruturas onde uma das fitas da hélice dupla é DNA e a outra fita é composta por RNA. Embora já seja conhecido há muito tempo, este tipo de híbrido teve seu interesse renovado recentemente pela descoberta de edições gênicas via CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats). Em 2013, dois artigos publicados simultaneamente na Science demonstraram que a edição gênica (a alteração do código genético em organismos vivos) é tremendamente simplificado pelo uso da técnica CRISPR em combinação com a nuclease cas9. No cerne da técnica CRISPR-cas9 está a hibridização DNA/RNA e o modelo Peyrard-Bishop é particularmente interessante para estudar as propriedades termodinâmicas deste sistema. A parte principal do nosso projeto consistirá na parametrização de DNA/RNA. Em 2009 nós desenvolvemos uma técnica teórica nova onde conseguimos a parametrizaçao para DNA partindo de dados de temperatura de denaturação (Nature Physics 2009). Esta técnica reduz a complexidade computacional da parametrização por algumas ordens de grandeza. Ainda assim, mesmo com este método, as parametrizações podem levar meses de processamento computacional. O objetivo do projeto é obter os parâmetros de pontes de hidrogênio e de empilhamento de híbridos de DNA/RNA usando modelos mesoscópicos. Uma vez obtidos estes parâmetros, modelar a dinâmica de edições gênicas por perfís de abertura média.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2

• 2013 - 2015

  Parametrização do modelo Peyard-Bishop para oligonucleotídios, Descrição: O modelo Peyrard-Bishop tem crescido em importância para o entendimento dos aspectos físicos de ologonucleotíodios (DNA e RNA principalmente). Sua parametrização, isto é, a obtenção de parâmetros adequados para seu uso em aplicações biológicas no entanto ainda é um enorme desafio. Em 2009 nós desenvolvemos uma técnica teórica nova onde conseguimos a parametrizaçao para DNA partindo de dados de temperatura de denaturação (Nature Physics 2009). Esta técnica reduz a complexidade computacional da parametrização por algumas ordens de grandeza. Ainda assim, mesmo com este método, as parametrizações podem levar meses de processamento computacional. Neste projeto solicitamos auxílio para ampliar o nosso sistema computacional de modo a viabilizar novas parametrizações, em especial para DNA e RNA modifcados. Estas bases modificadas tem um enorme potencial tecnológico, mas a falta de modelos computacionalmente eficientes para estudá-los, como por exemplo o Peyrard-Bishop, carecem da necessária parametrização que é objeto do presente projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.

• 2010 - 2012

  Modelos de flexibilidade microscópica de oligonucleotídios e suas aplicações em busca bioinformática de microRNA, Descrição: A flexibilidade de DNA e RNA é fator importante na interação com proteínas tais como a proteína TATA-box envolvida na transcrição ou a MutS que sinaliza sítios defeituosos em DNA. No entanto sabemos ainda muito pouco sobre a flexibilidade microscópica de DNA já que a maioria das técnicas experimentais é mesoscópica, isto é, mede a flexibilidade em uma escala muito maior do que a da interação com proteína. Nós desenvolvemos uma técnica teórica nova onde obtemos a flexibilidade de DNA a partir de dados de temperatura de denaturação disponíveis na literatura (Nature Physics, outubro de 2009). Neste projeto nós vamos explorar novas formas da Hamiltoniana de interação para aprimorar os resultados de flexibilidade e aplicá-los à RNA. Ao mesmo tempo aplicaremos os resultados obtidos em problemas de biologica molecular e bioinformática. Portanto, trata-se de um projeto com duas interfaces: uma de física teórica e outra de biologia computacional, uma apoiando a outra. O problema de biologia computacional que pretendemos abordar é o da busca de microRNAs novos, isto é, microRNAs que são completamente diferentes daqueles identificados por semelhança da sequência de nucleotídios. Os microRNAs, sequências de RNA de poucas dezenas de bases, são envolvidos no silenciamento gênico e assim atuam na regulação gênica e estão relacionados à diversas doenças. Descobrir microRNAs novos no entanto é um problema notoriamente difícil. Por isto, novas abordagens, tais como propostas neste projeto, tem um grande potencial de aplicação biotecnológica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5

• 2009 - 2012

  Modelos de estabilidade térmica e flexibilidade microscópica de DNA e RNA, Descrição: Apresentamos aqui o nosso projeto para o estudo da estabilidade de estruturas primárias e secundárias de DNA e RNA com vistas à sua aplicação em problemas de bioinformática. A estabilidade térmica da hélice dupla está presente em práticamente todos os fenômenos envolvendo DNA, tais como hibridização, duplicação, e transcrição. No entanto a descrição física do fenômeno por meio de modelos e simulação, mesmo após mais de meio século da descoberta da hélice dupla, ainda permanece um enorme desafio. Para RNA o desafio é ainda maior devido às complicadas estruturas secundárias e terciárias que forma. Recentemente, o interesse na estabilidade térmica do RNA ganhou novas dimensões com a descoberta das funções do RNA interferente, ou RNAi. Estes são segmentos curtos de RNA que podem simplesmente desligar a função de um gene. Os modelos disponíveis que calculam as estruturas secundárias de RNA, datados da década 60, são extremamente simplificados que predizem corretamente somente 70% das estruturas conhecidas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 4

• 2009 - 2011

  Estabelecimento de metodologias para localização de RNA não codificador e seus alvos em Schistosoma mansoni: modelos físicos, aplicativos de bioinformática e validação experimental, Descrição: Os RNAs não codificadores de proteínas (ncRNA) são um importante conjunto de RNA dentro da totalidade dos transcritos existentes nas células eucariotas. Os ncRNA contêm nas suas moléculas informações variadas que lhes permitem ter diversas funções. Até o momento foram descritos mais de 800 tipos distintos de ncRNA, entretanto, um aspecto fundamental para o entendimento do funcionamento são os aspectos relacionados a hibridização com seus alvos. O fenômeno do RNA de interferência (RNAi) desencadeado pelos ncRNA (mi/siRNA) revelou que a estabilidade e tradução dos RNA mensageiros (mRNA) e a estrutura da cromatina podem ser reguladas por esses ncRNA em vários modelos experimentais. A biogénese, mecanismos de ação e a distinção entre miRNA e siRNA estão sendo descobertos correlacionando a identificação com a especificidade celular. Neste projeto propomos estudar e validar novos métodos para localização de RNAS não codificadores e seus alvos. Em particular, aplicaremos esses métodos no genoma do Schistosoma mansoni para o qual até o momento não se conhecem o repertórios destas moléculas. Os métodos em uso para a localização de ncRNAs usam uma variedade de técnicas, por vezes mutuamente exclusivas, que raramente proporcionam uma visão geral e consistente de seus resultados. Nossa proposta é de abordar este tema pelos seus vários ângulos, ou seja, entender o mecanismo termodinâmico que dá a estabilidade á estrutura secundária do RNA, bem como este influencia a hibridização do ncRNA maduro com seu alvo. Complementando as estratégias de busca, serão desenvolvidos estudos sobre redes associativas entre ncRNA e seus alvos. Estes métodos combinados, devem resultar em protótipos de programas de bioinformática além de evidenciar novos mecanismos de regulação da expressão gênica neste parasito.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gerald Weber - Integrante / Renata Guerra de Sá - Coordenador / Alcides Castro e Silva - Integrante / Elizabeth Fialho Wanner - Integrante / Leandro Marcio Moreira - Integrante / William de Castro Borges - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1

• 2008 - 2010

  Estudo de modelos tipo Peyrard-Bishop no contexto de bioinformática, Descrição: O objetivo deste projeto é desenvolver técnicas de física teórica para o estudo de estabilidades térmicas e a formação das estruturas secundárias em DNA e RNA para em aplicativos de bioinformática. O projeto será desenvolvido no Departamento de Física do Instituto de Ciências Exatas e Biológicasda UFOP com colaborações internas (Departamento de Ciências Biológicas, Departamento de Matemática) e externas (Universidade de Southampton-UK e Unesp de São José do Rio Preto).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8

• 2007 - 2009

  Estabilidade térmica de RNA com aplicações em bioinformática, Descrição: Apresentamos aqui o nosso projeto para o estudo da estabilidade de estruturas primárias e secundárias de RNA com vistas à sua aplicação em problemas de bioinformática. O interesse na estabilidade térmica do RNA reacendeu com toda força com a descoberta das funções do RNA interferente, curtos segmentos de RNA que podem simplesmente desligar a função de um gene. Os modelos disponíveis que calculam esta estabilidade, datados da década 60, são extremamente simplificados e suscitam sérias dúvidas sobre sua validade. No entanto, todos programas aplicativos de bioinformática disponíveis tem por base exatamente estes rogramas. O objetivo deste projeto é desenvolver modelos mais realistas para a estabilidade térmica de RNA, incorporando por exemplo as interações moleculares entre as bases. Em seguida esses modelos serão usados para gerar novos aplicativos de bioinformática, em especial para determinar a estabilidade de precursores de microRNA e para localizar alvos de microRNA em genomas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 13

• 1997 - 1999

  Estudos Teóricos em Interação Elétron-Fônon e Estados de Impurezas Rasas em Heteroestruturas Semicondutoras, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 19

• 1996 - 1999

  Implantação do ``Grupo de Física dos Sólidos e Eletrônica Quântica'' na Universidade São Francisco, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Ivan Costa da Cunha Lima - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 31

• 1992 - 1992

  Estudo teórico de propriedades eletrônicas e óticas em poços quânticos e super-redes via interação elétron-fônon (interação Fröhlich) incluindo modos confinados e de interface, Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.

Projetos de desenvolvimento

• 2019 - Atual

  Propriedades biofísicas de DNA modificado para projeto de sondas: um esforço conjunto experimental e teórico, Descrição: Para detetar polimorfismos de nucleotídio único (single-nucleotide polymorphisms, SNP) e variantes (SNV) em concentrações muito baixas é necessário o uso de sondas de alta especificidade e sensibilidade. O grupo liderado pela Profa. Astakhova (Universidade Técnica da Dinamarca) desenvolveu uma técnica para inserir ácidos nucleicos bloqueados (locked nucleic acids, LNA) em oligonucleotídios curtos com marcadores fluorescentes. Este tipo de sonda de LNA/DNA pode ser aplicado na genotipagem de SNP em microarranjos de técnicas baseadas em PCR. No entanto, a síntese de sondas de LNA com marcadores fluorescentes é cara e requer trabalho intenso, de modo que seria desejável projetar sondas de maneira mais eficiente. O grupo liderado pelo Prof. Weber desenvolveu ferramentas teórico-computacionais que cobrem esta deficiência. Usando modelos computacionalmente eficientes, auxiliados por resultados parciais de sondas já projetadas, é possível desenvolver novos conjuntos de sondas com especificidade e sensibilidade muito maiores. O objetivo deste projeto é desenvolver as técnicas computacionais necessárias usando medidas de temperaturas de desnaturação. Estes dados serão usados no desenhos de novas sondas que serão sintetizadas e medidas. Por sua vez os novos dados serão incorporados aos já existentes, permitindo o projeto de um novo conjunto de sondas, estabelecendo assim um ciclo recorrente de síntese-medição-predição. Espera-se que este ciclo iterativo reduza custos ao evitar a síntese de sondas que provavelmente seriam ineficientes. Adicionalmente, os novos parâmetros teóricos obtidos ampliarão o entendimento fundamental sobre este tipo de ácidos nucleicos modificados quando inseridos em DNA.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Izabela Ferreira da Silva - Integrante / Pâmella Miranda de Moura - Integrante / Kira Astakhova - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

• 2019 - Atual

  Propriedades biofísicas de DNA modificado para projeto de sondas: um esforço conjunto experimental e teórico, Descrição: Para detetar polimorfismos de nucleotídio único (single-nucleotide polymorphisms, SNP) e variantes (SNV) em concentrações muito baixas é necessário o uso de sondas de alta especificidade e sensibilidade. O grupo liderado pela Profa. Astakhova (Universidade Técnica da Dinamarca) desenvolveu uma técnica para inserir ácidos nucleicos bloqueados (locked nucleic acids, LNA) em oligonucleotídios curtos com marcadores fluorescentes. Este tipo de sonda de LNA/DNA pode ser aplicado na genotipagem de SNP em microarranjos de técnicas baseadas em PCR. No entanto, a síntese de sondas de LNA com marcadores fluorescentes é cara e requer trabalho intenso, de modo que seria desejável projetar sondas de maneira mais eficiente. O grupo liderado pelo Prof. Weber desenvolveu ferramentas teórico-computacionais que cobrem esta deficiência. Usando modelos computacionalmente eficientes, auxiliados por resultados parciais de sondas já projetadas, é possível desenvolver novos conjuntos de sondas com especificidade e sensibilidade muito maiores. O objetivo deste projeto é desenvolver as técnicas computacionais necessárias usando medidas de temperaturas de desnaturação. Estes dados serão usados no desenhos de novas sondas que serão sintetizadas e medidas. Por sua vez os novos dados serão incorporados aos já existentes, permitindo o projeto de um novo conjunto de sondas, estabelecendo assim um ciclo recorrente de síntese-medição-predição. Espera-se que este ciclo iterativo reduza custos ao evitar a síntese de sondas que provavelmente seriam ineficientes. Adicionalmente, os novos parâmetros teóricos obtidos ampliarão o entendimento fundamental sobre este tipo de ácidos nucleicos modificados quando inseridos em DNA.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Izabela Ferreira da Silva - Integrante / Pâmella Miranda de Moura - Integrante / Kira Astakhova - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

• 2020 - Atual

  Otimização termodinâmica e computacional de primers de PCR para diagnóstico de COVID-19, Descrição: Neste projeto propomos o estudo das caraterísticas termodinâmicas de primers para testes baseados emtécnicas de PCR, tais como RT-PCR e RT-LAMP, no diagnóstico da COVID-19. Primers são sequências de DNA especialmente projetadas e sintetizadas para se ligarem a regiões específicas no genoma.Quando há a presença do vírus na amostra estes primers induzem a multiplicação da quantidade de DNA por PCR e permitem a identificação da infecção.Idealmente esses primers devem hibridizar em temperaturas bem determinadas para garantir a sensibilidadee especificidade dos diagnósticos.No entanto, estas temperaturas, e demais caraterísticas térmicas, são em geral determinados de maneira muito aproximada o que pode causar diagnósticos incorretos ou atrasar a validação de novos primers.Um outro problema são os casos em que forem ocorrer mutações inesperadas justamente nas regiões para os quais os primers foram projetados.A nossa proposta foca no uso de técnicas teóricas e computacionais mais elaboradas para analisar e projetar esses primers, com a expectativa de aumentar a sensibilidadee especificidade dos diagnósticos evitando assim diagnósticos incorretos.Faremos uso de dados recém-concluídos pelo nosso grupo que nos permitem analisar por completo todas as circunstâncias em que umprimer possa vir a ser afetado por mutações.Os resultados e produtos esperados ao final deste projeto são uma análise completa de todos os primers em uso ou propostos parao diagnóstico da COVID-19; a avaliação termodinâmica completa de todos os primers quando sujeitosa sítios com mutações pontuais; identificação do conjunto ideal de parâmetros para projetar novos primers;software para visualização detalhada da ligação de um primer com seu alvo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Pâmella Miranda de Moura - Integrante.

• 2019 - Atual

  Propriedades biofísicas de DNA modificado para projeto de sondas: um esforço conjunto experimental e teórico, Descrição: Para detetar polimorfismos de nucleotídio único (single-nucleotide polymorphisms, SNP) e variantes (SNV) em concentrações muito baixas é necessário o uso de sondas de alta especificidade e sensibilidade. O grupo liderado pela Profa. Astakhova (Universidade Técnica da Dinamarca) desenvolveu uma técnica para inserir ácidos nucleicos bloqueados (locked nucleic acids, LNA) em oligonucleotídios curtos com marcadores fluorescentes. Este tipo de sonda de LNA/DNA pode ser aplicado na genotipagem de SNP em microarranjos de técnicas baseadas em PCR. No entanto, a síntese de sondas de LNA com marcadores fluorescentes é cara e requer trabalho intenso, de modo que seria desejável projetar sondas de maneira mais eficiente. O grupo liderado pelo Prof. Weber desenvolveu ferramentas teórico-computacionais que cobrem esta deficiência. Usando modelos computacionalmente eficientes, auxiliados por resultados parciais de sondas já projetadas, é possível desenvolver novos conjuntos de sondas com especificidade e sensibilidade muito maiores. O objetivo deste projeto é desenvolver as técnicas computacionais necessárias usando medidas de temperaturas de desnaturação. Estes dados serão usados no desenhos de novas sondas que serão sintetizadas e medidas. Por sua vez os novos dados serão incorporados aos já existentes, permitindo o projeto de um novo conjunto de sondas, estabelecendo assim um ciclo recorrente de síntese-medição-predição. Espera-se que este ciclo iterativo reduza custos ao evitar a síntese de sondas que provavelmente seriam ineficientes. Adicionalmente, os novos parâmetros teóricos obtidos ampliarão o entendimento fundamental sobre este tipo de ácidos nucleicos modificados quando inseridos em DNA.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Izabela Ferreira da Silva - Integrante / Pâmella Miranda de Moura - Integrante / Kira Astakhova - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

• 2020 - Atual

  Otimização termodinâmica e computacional de primers de PCR para diagnóstico de COVID-19, Descrição: Neste projeto propomos o estudo das caraterísticas termodinâmicas de primers para testes baseados emtécnicas de PCR, tais como RT-PCR e RT-LAMP, no diagnóstico da COVID-19. Primers são sequências de DNA especialmente projetadas e sintetizadas para se ligarem a regiões específicas no genoma.Quando há a presença do vírus na amostra estes primers induzem a multiplicação da quantidade de DNA por PCR e permitem a identificação da infecção.Idealmente esses primers devem hibridizar em temperaturas bem determinadas para garantir a sensibilidadee especificidade dos diagnósticos.No entanto, estas temperaturas, e demais caraterísticas térmicas, são em geral determinados de maneira muito aproximada o que pode causar diagnósticos incorretos ou atrasar a validação de novos primers.Um outro problema são os casos em que forem ocorrer mutações inesperadas justamente nas regiões para os quais os primers foram projetados.A nossa proposta foca no uso de técnicas teóricas e computacionais mais elaboradas para analisar e projetar esses primers, com a expectativa de aumentar a sensibilidadee especificidade dos diagnósticos evitando assim diagnósticos incorretos.Faremos uso de dados recém-concluídos pelo nosso grupo que nos permitem analisar por completo todas as circunstâncias em que umprimer possa vir a ser afetado por mutações.Os resultados e produtos esperados ao final deste projeto são uma análise completa de todos os primers em uso ou propostos parao diagnóstico da COVID-19; a avaliação termodinâmica completa de todos os primers quando sujeitosa sítios com mutações pontuais; identificação do conjunto ideal de parâmetros para projetar novos primers;software para visualização detalhada da ligação de um primer com seu alvo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Pâmella Miranda de Moura - Integrante.

• 2019 - Atual

  Propriedades biofísicas de DNA modificado para projeto de sondas: um esforço conjunto experimental e teórico, Descrição: Para detetar polimorfismos de nucleotídio único (single-nucleotide polymorphisms, SNP) e variantes (SNV) em concentrações muito baixas é necessário o uso de sondas de alta especificidade e sensibilidade. O grupo liderado pela Profa. Astakhova (Universidade Técnica da Dinamarca) desenvolveu uma técnica para inserir ácidos nucleicos bloqueados (locked nucleic acids, LNA) em oligonucleotídios curtos com marcadores fluorescentes. Este tipo de sonda de LNA/DNA pode ser aplicado na genotipagem de SNP em microarranjos de técnicas baseadas em PCR. No entanto, a síntese de sondas de LNA com marcadores fluorescentes é cara e requer trabalho intenso, de modo que seria desejável projetar sondas de maneira mais eficiente. O grupo liderado pelo Prof. Weber desenvolveu ferramentas teórico-computacionais que cobrem esta deficiência. Usando modelos computacionalmente eficientes, auxiliados por resultados parciais de sondas já projetadas, é possível desenvolver novos conjuntos de sondas com especificidade e sensibilidade muito maiores. O objetivo deste projeto é desenvolver as técnicas computacionais necessárias usando medidas de temperaturas de desnaturação. Estes dados serão usados no desenhos de novas sondas que serão sintetizadas e medidas. Por sua vez os novos dados serão incorporados aos já existentes, permitindo o projeto de um novo conjunto de sondas, estabelecendo assim um ciclo recorrente de síntese-medição-predição. Espera-se que este ciclo iterativo reduza custos ao evitar a síntese de sondas que provavelmente seriam ineficientes. Adicionalmente, os novos parâmetros teóricos obtidos ampliarão o entendimento fundamental sobre este tipo de ácidos nucleicos modificados quando inseridos em DNA.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Gerald Weber - Coordenador / Izabela Ferreira da Silva - Integrante / Pâmella Miranda de Moura - Integrante / Kira Astakhova - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2

Prêmios