Erik de Oliveira Martins

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• DE OLIVEIRA MARTINS, ERIK ; WEBER, GERALD . Nearest-neighbour parametrization of DNA single, double and triple mismatches at low sodium concentration. BIOPHYSICAL CHEMISTRY , v. 306, p. 107156, 2024.

• BARBOSA, VIVIANNE BASÍLIO ; DE OLIVEIRA MARTINS, ERIK ; WEBER, GERALD . Nearest-neighbour parameters optimized for melting temperature prediction of DNA/RNA hybrids at high and low salt concentrations. BIOPHYSICAL CHEMISTRY , v. 251, p. 106189, 2019.

• DE OLIVEIRA MARTINS, ERIK ; BARBOSA, VIVIANNE BASÍLIO ; WEBER, GERALD . DNA/RNA hybrid mesoscopic model shows strong stability dependence with deoxypyrimidine content and stacking interactions similar to RNA/RNA. CHEMICAL PHYSICS LETTERS , v. 715, p. 14-19, 2018.

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . An asymmetric mesoscopic model for single bulges in RNA. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , v. 147, p. 155102, 2017.

• DE OLIVEIRA MARTINS, ERIK ; BARBOSA, VIVIANNE BASÍLIO ; WEBER, G. . Deoxypyrimidine dependent thermal stability of DNA/RNA hybrid oligonucleotides. In: Encontro de Outono da Sociedade Brasileira de Física (EOSBF), 2019, Aracaju, SE. Encontro de Outono da Sociedade Brasileira de Física (EOSBF), 2019.

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Evaluating RNA single bulges with a mesoscopic model. In: 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, Rio de Janeiro. 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, 2017.

• BARBOSA, V. B. ; MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Improved nearest-neighbour parameters for DNA/RNA duplexes. In: 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, Rio de Janeiro. 9th IUPAP International Conference on Biological Physics, 2017, 2017.

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Evaluating RNA single bulges with a mesoscopic model. In: X-Meeting 2016 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Anais do X-Meeting 2016, 2016.

• BARBOSA, V. B. ; MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Determining the stability of DNA/RNA hybrid duplexes. In: X-Meeting 2016 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Anais do X-Meeting 2016, 2016.

• WEBER, G. ; AMARANTE, T. D. ; MAXIMIANO, R. V. ; MARTINS, E. O. ; SILVA, I. F. . Mesoscopic models and melting temperatures: a tool to understand the molecular interactions in DNA and RNA. In: XXXIX-ENFMC-Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2016, Natal. Resumos XXXIX-ENFMC 2016, 2016.

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Asymmetric stacking in the Peyrard-Bishop model. In: XXXVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2015, Foz do Iguaçu. Resumos do ENFMC, 2015.

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Intrastrand DNA stacking in the Peyrard-Bishop formalism. In: II Workshop on Biomolecular Theory-Experiment Interplay: Molecular Recognition and Self-assembly,, 2015, São Sebastião-SP. Resumos do II WBioTei, 2015, 2015.

• MARTINS, E. O. ; MACHADO, R. F. . Estudo de propriedades termodinâmicas do DNA via coeficientes de wavelets. In: XIX Seminário de Iniciação Científica da UFOP, 2011, Ouro Preto. XIX Seminário de Iniciação Científica da UFOP. Ouro Preto, 2011.

• MARTINS, E. O. ; MACHADO, R. F. . Estudos das propriedades termodinâmicas do DNA via análise de wavelets. In: VII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Física, 2010, Uberlândia. Resumos do VII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Física, 2010.

• DE OLIVEIRA MARTINS, ERIK ; BARBOSA, VIVIANNE BASÍLIO ; WEBER, G. . Deoxypyrimidine dependent thermal stability of DNA/RNA hybrid oligonucleotides. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Evaluating RNA single bulges with a mesoscopic model. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BARBOSA, V. B. ; MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Improved nearest-neighbour parameters for DNA/RNA duplexes. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WEBER, G. ; AMARANTE, T. D. ; MAXIMIANO, R. V. ; MARTINS, E. O. ; SILVA, I. F. . Mesoscopic models and melting temperatures: a tool to understand the molecular interactions in DNA and RNA. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Evaluating RNA single bulges with a mesoscopic model. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BARBOSA, V. B. ; MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Determining the stability of DNA/RNA hybrid duplexes. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Asymmetric stacking in the Peyrard-Bishop model. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MARTINS, E. O. ; WEBER, G. . Intrastrand DNA stacking in the Peyrard-Bishop formalism. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MARTINS, E. O. ; MACHADO, R. F. . Estudo de propriedades termodinâmicas do DNA via coeficientes de wavelets. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• MARTINS, E. O. ; MACHADO, R. F. . Estudos das propriedades termodinâmicas do DNA via análise de wavelets. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Projetos de pesquisa

• 2015 - Atual

  Modelos mesoscópicos para o estudo de híbridos de DNA/RNA através do modelo de primeiros vizinhos., Descrição: Neste projeto visamos o estudo dos híbridos de DNA/RNA, isto é, estruturas onde uma das fitas da hélice dupla é DNA e a outra fita é composta por RNA. Embora já seja conhecido há muito tempo, este tipo de híbrido teve seu interesse renovado recentemente pela descoberta de edições gênicas via CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats). Em 2013, dois artigos publicados simultaneamente na Science demonstraram que a edição gênica (a alteração do código genético em organismos vivos) é tremendamente simplificado pelo uso da técnica CRISPR em combinação com a nuclease cas9. Estudamos hibridizações em estruturas secundárias DNA/RNA utilizando o modelo estatístico de primeiros vizinhos (Nearest Neighbor Model ? NNM). Diferente de dupla hélices DNA/DNA e RNA/RNA onde podemos explorar a simetria da dupla hélice, hibridizações DNA/RNA formam fitas assimétricas devido a diferentes composições estruturais nos monômeros de DNA e RNA, e também às 16 configurações possíveis para as interações dos pares de base dos monômeros adjacentes. Utilizamos o modelo de primeiros vizinhos para descrever energeticamente as interações contidas em híbridos DNA/RNA para diferentes configurações (sequências de oligonucleotídios). Através de dados experimentais de temperaturas de desnaturação (melting), podemos calcular as energias de formação (ΔGº) e efeitos entrópicos ( ΔSº) desses híbridos, descrevendo então suas propriedades físicas. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Erik de Oliveira Martins - Integrante / Gerald Weber - Coordenador / Vivianne Basílio Barbosa - Integrante.

• 2015 - Atual

  Parametrização do modelo Peyard-Bishop para oligonucleotídios., Descrição: O modelo Peyrard-Bishop tem crescido em importância para o entendimento dos aspectos físicos de ologonucleotíodios (DNA e RNA principalmente). Sua parametrização, isto é, a obtenção de parâmetros adequados para seu uso em aplicações biológicas no entanto ainda é um enorme desafio. Em 2009 nós desenvolvemos uma técnica teórica nova onde conseguimos a parametrizaçao para DNA partindo de dados de temperatura de denaturação (Nature Physics 2009). Esta técnica reduz a complexidade computacional da parametrização por algumas ordens de grandeza. Ainda assim, mesmo com este método, as parametrizações podem levar meses de processamento computacional. Neste projeto solicitamos auxílio para ampliar o nosso sistema computacional de modo a viabilizar novas parametrizações, em especial para DNA e RNA modifcados. Estas bases modificadas tem um enorme potencial tecnológico, mas a falta de modelos computacionalmente eficientes para estudá-los, como por exemplo o Peyrard-Bishop, carecem da necessária parametrização que é objeto do presente projeto.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Erik de Oliveira Martins - Integrante / Gerald Weber - Coordenador / Vivianne Basílio Barbosa - Integrante.

• 2014 - Atual

  Desenvolvimento de modelos mesoscópicos assimétricos para oligonucleotídeos e sua aplicação a defeitos tipo single-bulges em RNAs., Descrição: O entendimento de estruturas de RNAs não canônicos como despareamentos, protuberâncias, bases triplas, laços internos, hairpins e pseudo-nós, vem crescendo devido a seus papéis biológicos em que são submetidas e as amplitudes de movimento realizadas. Em particular, estruturas contendo protuberâncias bulgestem sido importantes em interações RNA-RNA, RNA ligantes e também são sítios específicos para as ligações de proteínas. Diversos modelos físicos estão sendo utilizados nesse tipo de estudo. O modelo termodinâmico mais utilizado no estudo de estruturas de RNAs não canônicos desse tipo é o modelo de primeiros vizinhos (NN). Entretanto, apesar da quantidade de trabalhos publicados utilizando o modelo NN, o modelo não consegue fazer uma ligação física das energias termodinâmicas calculadas com as propriedades estruturais que essas moléculas assumem. É necessário a procura de modelos alternativos para um melhor entendimento de duplexos com esses defeitos. Modelos mesoscópicos tipo Peyrard-Bishop (PB) ainda não foram utilizados no estudo das protuberâncias. O modelo PB consegue descrever de forma intuitiva as interações contidas em duplexos. Ao longo dos últimos anos, variações do modelo PB tem sido utilizados em diversas aplicações físicas e alcançando resultados importantes no estudo das propriedades termodinâmicas de duplexos canônicos. Entretanto, o mesmo não foi aplicado a estruturas assimétricas antes. Esse projeto busca a modificação da hamiltoniana do modelo e o estudo de oligonucleotídeos através da otimização para single bulges dos grupos I e II.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Erik de Oliveira Martins - Coordenador / Gerald Weber - Integrante.

• 2012 - 2014

  Estudo de propriedades mecânicas do grafeno por primeiros princípios., Descrição: Estudo teórico das propriedades mecânicas de uma monocamada de grafeno, utilizando como ferramenta a teoria do funcional da densidade (DFT). Submetemos a folha de grafeno a tensões uniaxiais nas direções armchair e zigzag. Analisamos o comportamento da curva de tensão versus deformação no regime elástico. Ao analisarmos o regime linear da curva tensão versus deformação, obtivemos valores muito precisos para o módulo de Young. Apresentamos também uma primeira análise de uma grandeza muito conhecida na mecânica do contínuo, a razão de Poisson. Como um primeiro resultado, analisamos o comportamento da razão de Poisson quando essa é submetida a diferentes tensões nas direções armchair e zigzag.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Erik de Oliveira Martins - Integrante / Hélio Chacham - Coordenador.

• 2009 - 2011

  Estudo sobre a desnaturação térmica da molécula de DNA via coeficientes de wavelets, Descrição: Estudo de propriedades termodinâmicas da molécula de DNA. Mais específicamente, as propriedades ligadas ao fenômeno de desnaturação da molécula, que pode ocorrer quando uma solução de DNA ́e aquecida acima de temperaturas fisiológicas (próximo a 100 ◦ C) ou sob condições de pH elevado. Para isto, utilizamos o modelo Peyrard-Bishop, um dos vários modelos de física estatística usados para o estudo de propriedades termodinâmicas e mecânicas da molécula de DNA. Devido ao fato de ser unidimensional, a função de partição desse modelo pode ser obtida através da técnica da integral de transferência. Essa técnica permite a obtenção de autofunções que podem ser interpretadas como densidades de probabilidade. Neste trabalho, mostramos que é possível expandir as autofunções do operador da integral de transferência através de ?wavelets?. Os coeficientes de wavelets obtidos da análise de multiresolução, podendo serem usados como uma ferramenta para monitorar a desnaturação térmica do DNA. Esse método é eficiente do ponto de vista numérico e permite uma investigação do problema de localização das autofunções.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Erik de Oliveira Martins - Integrante / Romuel Figueiredo Machado - Coordenador.