Vitor Cedran Piro

Possui graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas pela Universidade Federal do Paraná (2011), mestrado em Bioinformática pela Universidade Federal do Paraná (2014) e doutorado em Bioinformática - Freie Universität Berlin (2018). Atualmente é pesquisador no Robert Koch Institut. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: finalizador de montagem, genoma, bioinformática, metagenômica e dna.

Informações coletadas do Lattes em 11/10/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2014 - 2018

Freie Universität Berlin
Título: ?Reference and taxonomy-based methods for classification and abundance estimation of organisms in metagenomic samples
Orientador: Bernhard Y. Renard
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.

Mestrado em Bioinformática

2012 - 2014

Universidade Federal do Paraná
Título: Desenvolvimento da ferramenta para finalização de montagens de genomas in silico - FGAP,Ano de Obtenção: 2014
Roberto Tadeu Raittz.Coorientador: Helisson Faoro. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Finalizador de montagem; Genoma; Assembly.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Genômica computacional.

Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas

2009 - 2011

Universidade Federal do Paraná
Título: JFinisher - Finalizador de montagem e editor de sequências biológicas
Orientador: Dieval Guizelini

Curso técnico/profissionalizante

2005 - 2007

Opet

Formação complementar

2017 - 2017

SeqAn. (Carga horária: 20h). , Center for Integrative Bioinformatics, CIBI, Alemanha.

2016 - 2016

Snakemake Workshop. (Carga horária: 8h). , Berlin Institute of Health, BIH, Alemanha.

2013 - 2013

Bioinformática estrutural e análises do proteoma. (Carga horária: 90h). , Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.

2013 - 2013

Coding the Matrix: Linear Algebra through Computer. (Carga horária: 60h). , Brown University, BROWN, Estados Unidos.

2013 - 2013

Stat2.1x Introduction to Statistics: Descriptive S. (Carga horária: 60h). , University of California - Berkeley, BERKELEYX, Estados Unidos.

2013 - 2013

7.00x Introduction to Biology - The Secret of Life. (Carga horária: 90h). , Massachusetts Institute of Technology, MITX, Estados Unidos.

2012 - 2012

Álgebra Linear I. (Carga horária: 90h). , Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Alemão

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Biologia computacional.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Linguagens de Programação.

Participação em eventos

German Conference on Bioinformatics (GCB). MetaMeta: Integrating metagenome analysis tools to improve taxonomic profiling. 2017. (Congresso).

Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM). Distributed indices for metagenomic big data applications. 2017. (Congresso).

Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM). Integrating metagenome analysis tools to improve taxonomic profiling and organism identification. 2016. (Congresso).

HitSeq. Top-down approach for taxonomic identification and p-value generation for multiple organisms in metagenomic NGS datasets. 2015. (Congresso).

ISMB-ECCB. Top-down approach for taxonomic identification and p-value generation for multiple organisms in metagenomic NGS datasets.. 2015. (Congresso).

Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM). DUDes: a top-down taxonomic profiler for metagenomics samples. 2015. (Congresso).

X-Meeting. FGAP, a new gap-filling program for finishing draft genome sequences with superior performance. 2013. (Congresso).

CSBC. 2012. (Congresso).

X-Meeting. FLAG - Methodology for gap closure and genome assembly finishing. 2012. (Congresso).

Orientou

Marcel Matschkowski

Evaluation of the impact of subsampling metagenomic samples in terms of metagenomic classification and abundance prediction; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Bioinformática) - Freie Universität Berlin; Orientador: Vitor Cedran Piro;

Produções bibliográficas

DADI, TEMESGEN HAILEMARIAM ; SIRAGUSA, ENRICO ; PIRO, VITOR C ; ANDRUSCH, ANDREAS ; SEILER, ENRICO ; RENARD, BERNHARD Y ; REINERT, KNUT . DREAM-Yara: an exact read mapper for very large databases with short update time. BIOINFORMATICS , v. 34, p. i766-i772, 2018.
2017 PIRO, VITOR C. ; MATSCHKOWSKI, MARCEL ; RENARD, BERNHARD Y. . MetaMeta: integrating metagenome analysis tools to improve taxonomic profiling. Microbiome , v. 5, p. 101, 2017.
2017 SCZYRBA, ALEXANDER HOFMANN, PETER BELMANN, PETER KOSLICKI, DAVID JANSSEN, STEFAN DRÖGE, JOHANNES GREGOR, IVAN MAJDA, STEPHAN FIEDLER, JESSIKA DAHMS, EIK BREMGES, ANDREAS FRITZ, ADRIAN GARRIDO-OTER, RUBEN JØRGENSEN, TUE SPARHOLT SHAPIRO, NICOLE BLOOD, PHILIP D GUREVICH, ALEXEY BAI, YANG TURAEV, DMITRIJ DEMAERE, MATTHEW Z CHIKHI, RAYAN NAGARAJAN, NIRANJAN QUINCE, CHRISTOPHER MEYER, FERNANDO BALVOč , et al. HANSEN, LARS HESTBJERG SØRENSEN, SØREN J CHIA, BURTON K H DENIS, BERTRAND FROULA, JEFF L WANG, ZHONG EGAN, ROBERT DON KANG, DONGWAN COOK, JEFFREY J DELTEL, CHARLES BECKSTETTE, MICHAEL LEMAITRE, CLAIRE PETERLONGO, PIERRE RIZK, GUILLAUME LAVENIER, DOMINIQUE WU, YU-WEI SINGER, STEVEN W JAIN, CHIRAG STROUS, MARC KLINGENBERG, HEINER MEINICKE, PETER BARTON, MICHAEL D LINGNER, THOMAS LIN, HSIN-HUNG LIAO, YU-CHIEH SILVA, GENIVALDO GUEIROS Z CUEVAS, DANIEL A EDWARDS, ROBERT A SAHA, SURYA PIRO, VITOR C RENARD, BERNHARD Y POP, MIHAI KLENK, HANS-PETER GÖKER, MARKUS KYRPIDES, NIKOS C WOYKE, TANJA VORHOLT, JULIA A SCHULZE-LEFERT, PAUL RUBIN, EDWARD M DARLING, AARON E RATTEI, THOMAS MCHARDY, ALICE C ; Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software. NATURE METHODS , v. 14, p. 1063-1071, 2017.
2016 PIRO, VITOR C. ; LINDNER, MARTIN S. ; RENARD, BERNHARD Y. . DUDes: a top-down taxonomic profiler for metagenomics. BIOINFORMATICS , v. 32, p. 2272-2280, 2016.
2015 KUHRING, MATHIAS ; DABROWSKI, PIOTR WOJTEK ; PIRO, VITOR C. ; NITSCHE, ANDREAS ; RENARD, BERNHARD Y. . SuRankCo: supervised ranking of contigs in de novo assemblies. BMC BIOINFORMATICS , v. 16, p. 240, 2015.
2014 PIRO, VITOR C ; FAORO, HELISSON ; WEISS, VINICIUS A ; STEFFENS, MARIA BR ; PEDROSA, FABIO O ; SOUZA, EMANUEL M ; RAITTZ, ROBERTO T . FGAP: an automated gap closing tool. BMC RESEARCH NOTES , v. 7, p. 371, 2014.
2013 DE SOUZA, V. ; PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CHICORA, V. K. ; GUIZELINI, D. ; WEISS, V. ; VIALLE, R. A. ; MONTEIRO, R. A. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; PEDROSA, F. O. ; CRUZ, L. M. ; CHUBATSU, L. S. ; RAITTZ, R. T. . Draft Genome Sequence of Herbaspirillum huttiense subsp. putei IAM 15032, a Strain Isolated from Well Water. Genome Announcements , v. 1, p. e00252-12-e00252-12, 2013.
PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; RAITTZ, R. T. . FLAG - Methodology for gap closure and genome assembly finishing. In: X-Meeting, 2012, Campinas-SP. Abstract Book, 2012.
PIRO, V. C. . Distributed indices for metagenomic big data applications. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
PIRO, V. C. . MetaMeta: Integrating metagenome analysis tools to improve taxonomic profiling. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
PIRO, V. C. . Integrating metagenome analysis tools to improve taxonomic profiling and organism identification. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
PIRO, V. C. . DUDes: a top-down taxonomic profiler for metagenomics samples. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
PIRO, V. C. . Top-down approach for taxonomic identification and p-value generation for multiple organisms in metagenomic NGS datasets. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
PIRO, V. C. . FGAP, a new gap-filling program for finishing draft genome sequences with superior performance. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; RAITTZ, R. T. . FLAG - Methodology for gap closure and genome assembly finishing. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

PIRO, V. C. ; RENARD, BERNHARD Y. . MetaMeta: Integrating metagenome analysis tools to improve taxonomic profiling. 2017.

PIRO, V. C. ; RENARD, BERNHARD Y. . DUDes: a top-down taxonomic profiler for metagenomics. 2016.

PIRO, V. C. ; RAITTZ, R. T. . FGAP: an automated gap closing tool. 2014.

PIRO, V. C. . JFinisher: Finalizador de montagem e editor de sequências biológicas. 2012.

Histórico profissional

Experiência profissional

2012 - 2014

Universidade Federal do Paraná

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2010 - 2012

Universidade Federal do Paraná

Vínculo: Estágiário, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor e Analista de sistemas, Carga horária: 30

Atividades

04/2012 - 03/2014
Pesquisa e desenvolvimento , Programa de pós graduação em bioinformática, .,Linhas de pesquisa

2009 - 2010

Meta IT - Outsourcing, Consultoria e SAP

Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor Visual Basic Pleno, Carga horária: 40

2006 - 2009

M&C Comunicação

Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Analista de sistemas, Carga horária: 40

2014 - Atual

ROBERT KOCH INSTITUT

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/2014
Pesquisa e desenvolvimento , MF1 Bioinformatics, .,Linhas de pesquisa