Bianca Costa Silva

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Projetos de pesquisa

• 2021 - Atual

  Vigilância, análise temporal e epidemiologia espacial de variantes de preocupação do SARS-CoV-2 no município de São Paulo, Descrição: A disponibilidade de técnicas de sequenciamento de genoma viral e projeções por meio de modelos matemáticos, estatísticos e computacionais permitem acompanhar a emergência e disseminação de doenças infecciosas em escala local e global. Desde o primeiro caso confirmado de infecção pelo SARS-CoV-2, essas técnicas e análises são responsáveis por um monitoramento ativo e contínuo da evolução epidemiológica na população humana. Essas projeções dependem diretamente da vigilância epidemiológica e clínica com dados reais de casos confirmados e genomas sequenciados. Em especial, no caso do SARS-CoV-2 o surgimento e disseminação das chamadas "variantes de preocupação" demandam uma vigilância ativa, principalmente em áreas de alta densidade populacional como é o caso do município de São Paulo. Diferentes análises têm demonstrado que essas variantes podem ter maior transmissibilidade, virulência e letalidade do que a linhagem original do SARS-CoV-2. Por exemplo, para a variante Gamma, identificada originalmente no Amazonas, há dados e simulações que sugerem que sua transmissibilidade seja mais do que duas vezes maior e com maior possibilidade de reinfecção, resultando em uma demanda hospitalar sem precedentes como a ocorrida em Manaus. Além dessa, outras variantes que possam surgir ou serem recebidas em municípios como São Paulo podem ser disseminadas para todo o território brasileiro facilmente. Por meio da genotipagem e sequenciamento de amostras representativas distribuídas pelas Coordenadorias Regionais de Saúde do município de São Paulo é possível georreferenciar os casos construindo mapas de calor para identificar os padrões espaciais de emergência, fazendo um acompanhamento em tempo real dos dados de vigilância epidemiológica e classificando-os em um banco de dados discriminado por regiões do município. Com a construção de modelos comportamentais e estruturados por idade é possível utilizar modelos matemáticos de disseminação de doenças infecciosas que levem em conta a demografia, os padrões sociais de contato e a mobilidade humana para simular o comportamento espaço-temporal futuro das variantes de preocupação. A análise de séries temporais e projeções por meio desses dados servem para nortear ações em saúde pública, sendo possível desenvolver um sistema robusto de coleta, análise e vigilância epidemiológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Bianca Costa Silva - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Coordenador / Wesley Francis Costa Cota - Integrante / Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza - Integrante / Pâmela dos Santos Andrade - Integrante.

• 2021 - Atual

  Unifying COVID-19 Genomics, Serology and Epidemiology in Brazil (COSERGE), Descrição: To accelerate national research, identify groups at risk, and optimize vaccine allocation in most vulnerable groups, we propose establishing a research programme focused on accelerating generation, analysis and sharing of paired genomic, serological and epidemiological data. Notably, this strategy will help to monitor the emergence of novel VOC that have the potential to derail vaccine plans. Our proposal will strengthen the use of science in improving public health by using genomic surveillance, and will enhance the capacity of Brazil's healthcare system to respond to ongoing and forthcoming pandemics. The COSERGE Project proposes to cover three main objectives: (1) Development of a unified model to jointly analyse genomic, epidemiological and serological data, both retrospective and in real-time, using coalescent and birth-death phylogenetic analyses and multi-category mathematical modelling approaches. These models will rapidly estimate VOC transmissibility, immune escape and disease severity across study sites; (2) Implementation of harmonized sequencing protocols and bioinformatic pipelines via MRC-Climb and MAJORA platforms used by CoG-UK through capacity-building and technology-transfer initiatives. This will generate representative genomic datasets from well characterized residual samples from study sites across the country; (3) Transparent curated data sharing in real-time through dedicated platforms (GitHub, GISAID, NCBI) to ensure the maximum benefit of the previous objectives (1-2), with the aim to improve preparedness of the Latin American healthcare systems to future pandemics.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Bianca Costa Silva - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Coordenador / Nuno Miguel Rodrigues Pascoal Faria - Integrante / Jaqueline Goes de Jesus - Integrante / Lucas Augusto Moyses Franco - Integrante / Ingra Morales Claro - Integrante.

• 2020 - Atual

  Genomic epidemiology of emerging arbovirus using heterogeneous data sources in the state of São Paulo, Descrição: The study intends to analyze the transmission patterns of wild arboviruses emerging from diseases such as DENV, YFV, CHIKV among others, simultaneously analyzing different sources of information available such as genomic sequences, human density and natural history movements of vector/vertebrate hosts. For this, we established the real-time sequencing of wild arboviruses, from a wide variety of sources (human cases, vector and vertebrate hosts, etc.) in several important locations in the state of São Paulo and other Brazilian states to carry out phylogeography and molecular clock studies of arboviruses in conjunction with ecological descriptors.The first study carried out is this project entitled "Genomic detection of a dengue virus serotype 2 replacement event virus lineage in Brazil, 2019" developed in Brazil and published in the journal Memórias do Instituto Oswaldo Cruz. In sequencing, we generated 20 new DENV genomic sequences from viremic patients with suspected dengue infection residing in two of the most affected municipalities in the state of São Paulo, Araraquara and São José do Rio Preto. Comprehensive phylogenetic analysis was conducted with 1,630 global strains of DENV to better understand the evolutionary history of DENV lineages currently circulating in the region. The new strains from the outbreak were classified as DENV2 genotype III (American/Asiangenotype) introduced in Brazil around early 2014, possibly from the Caribbean region. The analysis strongly supports (approximate likelihood ratio test = 1.00) the clustering of the 2019 DENV2 cases from Brazil (18 of the 19 sequences collected in 2019) into a single monophyletic group (named as DENV2-III BR-4), which is the result of a new and recent introduction of DENV2- III in Brazil from the Caribbean region. This study described the early detection of a newly introduced and rapidly-expanding DENV2 virus lineage in Brazil. Thus, to continue DENV-2 phylogenetic and phylogeographic analysis we are performing genomic surveillance of more ~1000 (around a thousand) DENV-2 genomes from different locations in Brazil in order to study the phylogenetic diversity of DENV-2 circulating in the country and also to evaluatethe lineage replacement detected in São Paulo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Bianca Costa Silva - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Integrante / Nuno Miguel Rodrigues Pascoal Faria - Integrante / Jaqueline Goes de Jesus - Coordenador.

• 2019 - Atual

  CADDE-Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus, Descrição: Recentemente, o Brasil tem sido afetado por epidemias de arbovírus inesperadas de vírus Zika, Chikungunya, dengue e febre amarela. O enorme ônus econômico do Zika (R$ 1 bilhão) e a presença generalizada de vetores de mosquitos no Brasil destacam a necessidade de previsões precisas da disseminação de doenças, particularmente em regiões grandes e densamente povoadas. Esta Parceria Reino Unido-Brasil irá melhorar e expandir uma excelente colaboração existente, com o objetivo de antecipar e prevenir futuras epidemias de arbovírus no Brasil. Nossas questões de pesquisa incluem: 1) Quais arboviros circulam em humanos, mosquitos e populações de reservatórios no Brasil? 2) Onde e como os arbovírus persistem durante períodos não epidêmicos? 3) Quais são as implicações da diversidade genética dos arbovírus circulantes? 4) Que fatores convertem uma nova introdução em populações humanas em uma epidemia e qual a melhor forma de responder? A vigilância ativa em vetores e reservatórios será combinada com pesquisas de soroprevalência em doadores de sangue para caracterizar a dinâmica arboviral, a genômica, a transmissão e a imunidade. Novos protocolos de sequenciamento de genoma portátil e análises epidemiológicas em tempo real serão realizados para arbovírus relevantes. A unificação das informações em genômica e epidemiologia fortalecerá a base de evidências para ações de saúde pública e fortalecerá a capacidade do sistema de saúde brasileiro em resposta a doenças arbovirais emergentes.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Bianca Costa Silva - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Coordenador / Nuno Miguel Rodrigues Pascoal Faria - Integrante / Jaqueline Goes de Jesus - Integrante / Lucas Augusto Moyses Franco - Integrante.