Rafael Bertolini Frigori
Professor Associado IV da Universidade Tecnológica Federal do Paraná em Toledo (UTFPR). Bacharel em Física Teórico-Experimental (2002) e Mestrado em Física Básica pelo Instituto de Física de São Carlos da USP (2005), Doutorado (2010) e pós-Doutorado (2017) em Física Aplicada à Medicina e Biologia, pelo Departamento de Física da FFCLRP / USP. Atuo em Mecânica Estatística, Física Computacional e no Desenvolvimento de algoritmos de Monte Carlo e de Dinâmica Molecular para simulações de alto desempenho de proteínas. Essas técnicas são empregadas para investigar a natureza molecular de Proteinopatias, como a doença de Alzheimer, o Diabetes do tipo II e suas interconexões, visando o desenvolvimento "in silico" de inibidores terapêuticos biotecnológicos.
Informações coletadas do Lattes em 06/09/2025
Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Física Aplicada à Medicina e Biologia
2008 - 2010
Universidade de São Paulo
Título: Simulações microcanônicas de proteínas
, Ano de obtenção: 2010. Nelson Augusto Alves. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Enovelamento de Proteinas; Transições de fase; Simulações de Monte Carlo.Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Doutorado interrompido em 2007 em Física
2006 - Atual
Karl Franzens Universität Graz
Título: Hadron properties with dynamical Chirally Improved quarks
Orientador: Christian Bernd Lang
Bolsista do(a): Fond zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung in Österreich, FWF, Austria. Ano de interrupção: 2007Palavras-chave: Cromodinâmica Quântica.Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Mestrado em Física
2003 - 2005
Universidade de São Paulo
Título: Estudo Numérico da Transição de Fase na QCD a Temperatura Finita
, Ano de Obtenção: 2005.Tereza Cristina da Rocha Mendes.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Cromodinâmica Quântica; Simulações de Monte Carlo.Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Graduação em Bacharelado Em Fisica
1999 - 2002
Universidade de São Paulo
Título: Introdução às Algebras de Lie
Orientador: Esmerindo de Sousa Bernardes
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Pós-doutorado
2017 - 2018
Pós-Doutorado. , Departamento de Física da FFCLRP - USP, DF-FFCLRP, Brasil. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Formação complementar
2013 - 2013
New Horizons in Lattice Field Theories. (Carga horária: 60h). , International Institute of Physics - UFRN, IIP, Brasil.
2011 - 2011
Escola Brasileira de Mecânica Estatística. (Carga horária: 30h). , International Institute of Physics - UFRN, IIP, Brasil.
2011 - 2011
Multidisciplinary Statistical Physics - ENF2011. (Carga horária: 6h). , Sociedade Brasileira de Física, SBF, Brasil.
2010 - 2010
Métodos de MC e dinâmica molecular em Biofísica. (Carga horária: 4h). , Sociedade Brasileira de Física, SBF, Brasil.
2009 - 2009
Dinâmica Estocástica. (Carga horária: 4h). , Sociedade Brasileira de Física, SBF, Brasil.
2006 - 2006
Lattice Practices 06. (Carga horária: 40h). , Hamburger Synchrotronstrahlungslabor am Deustschen Elektronen-Synchrotron, HASYLAB AM DESY, Alemanha.
2004 - 2004
RG - Teoria da Gravitação de Einstein. (Carga horária: 16h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação/Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral/Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física das Partículas Elementares e Campos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
Participação em eventos
2024 Autumn Meeting of the Brazilian Physical Society. Which insights microcanonical thermodynamics can give us on the onset of Diabetes 2 and Alzheimer disease?. 2024. (Congresso).
IV Encontro Nacional de Física Estatistica.Evoluton and Pathogenicity of SARS-CoVs: a Microcanonical Analysis of RBMs. 2024. (Encontro).
Conference on Complex Systems CCS2023. Microcanonical insights into the cross-seeding of Amylin analogous and Amyloid-Beta42. 2023. (Congresso).
Encontro de Outono de Física 2018 da Sociedade Brasileira de Física.A molecular dynamics analysis of human and porcine Islet Amyloid Polypeptides. 2018. (Encontro).
Encontro de Outono de Física 2018 da Sociedade Brasileira de Física.https://sec.sbfisica.org.br/servicos/certificados/certificadoTrabalho.php?eveId=190&insId=411&traId=1. 2018. (Encontro).
VIII EMMSB. PHAST Protein-like Heteropolymer Analysis by Statistical Thermodynamics. 2016. (Congresso).
Encontro Nacional de Física Estatística. How can macromolecular crowding affect protein stability ?. 2015. (Congresso).
Encontro Nacional de Física Estatística. Superstatistics and the quest of ensemble equivalence in a system with long-range interactions. 2015. (Congresso).
XXXVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Short-long range Ising-like model applied to protein folding. 2015. (Congresso).
XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Diabetes Mellitus II: an outcome of thermodynamic instabilities of Amylin ?. 2014. (Congresso).
XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. A simple spin-system featuring cold and warm destabilization in protein folding. 2014. (Congresso).
XII Hadron Physics. Short-time dynamics of the nonextensive gluodynamics. 2012. (Congresso).
ENCONTRO DE FÍSICA 2011. Agregação de IAPP e a Diabetes-II sob a perspectiva de simulações microcanônicas. 2011. (Congresso).
Escola Brasileira de Mecânica Estatística. The microcanonical thermostatistics of protein folding, aggregation and proteinpathies: applications to diabetes II. 2011. (Congresso).
I Conference on Computational Interdisciplinary Sciences. Protein folding and aggregation from microcanonical Monte Carlo simulations. 2010. (Congresso).
XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Microcanonical simulations of protein folding and aggregation. 2010. (Congresso).
I Escola e Conferência em Modelagem Computacional.Extended gaussian ensemble and phase transition in systems with long-range interactions. 2009. (Seminário).
XI Latin American Workshop on Nonlinear Phenomena. Extended gaussian ensemble for the mean-field Blume-Capel model. 2009. (Congresso).
XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Extended gaussian ensemble and phase transitions in systems with long-range interactions. 2009. (Encontro).
VII Semana de Física Médica.Simulações microcanônicas no estudo do enovelamento de proteínas. 2008. (Simpósio).
45. Internalionale Universitätswochen für Theoretische Physik on Conceptual and Numerical Challenges in Femto- and Peta-Scale Physics. 2007. (Congresso).
X Hadron Physics. Excited baryon masses with dynamical chirally improved quarks. 2007. (Congresso).
56. Jahrestagung der Österreichischen Physikalischen Gesellschaft.Numerical Study of QCD Phase Transition at Finite Temperature. 2006. (Encontro).
Graduate School Workshop in Oberwölz Austria.Numerical study of QCD phase transition at finite temperature. 2006. (Encontro).
Lattice Practices 06. 2006. (Oficina).
XIII Escola de Verão Jorge Andre Swieca - Partículas e Campos. QCD Phase Transition on the Lattice. 2005. (Congresso).
Escola Brasileira de Mecânica Estatística. 2004. (Congresso).
IX Hadron Physics & VII RANP. More Efficient Thermalization of Gauge Fields in Lattice QCD Simulations. 2004. (Congresso).
VIII Workshop de Pós-Graduação em Física.Transição de Fase na QCD a Temperatura Finita. 2004. (Oficina).
XXV Encontro Nacional de Física de Partículas e Campos. Numerical Study of QCD Phase Transition at Finite Temperature. 2004. (Congresso).
Escola de Computação de Alto Desempenho. 2003. (Congresso).
VII Workshop de Pós-Graduação em Física.Transição de Fase na QCD a Temperatura Finita. 2003. (Oficina).
XI Escola de Verão Jorge André Swieca Física Nuclear Teórica. 2003. (Congresso).
II Feira de Profissões.Graduação em física no IFSC-USP. 2002. (Encontro).
Participação em bancas
RAFAEL B. FRIGORI; QUINONES, F. R. E.; MODENES, A. N.; DRAGUNSKI, D. C.. Avaliação e aplicação de metodologia da técnica espectrométrica de fluorescência de raios-X por reflexão total na caracterização multielementar em particulados sólidos das amostras ambientais. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Química) - Universidade Estadual do Oeste do Paraná.
LOPES, H. S.; BRITTO JUNIOR, A. S.; LOPES, F. M.; PARPINELLI, R. S.;RAFAEL B. FRIGORI. Contributions to the study of the Protein Folding Problem using Deep Learning and Molecular Dynamics. 2020. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
FRIGORI, R. B.; LOPES, H. S.; MACHADO, K. S.; LOPES, F. M.; TSUNODA, D.. Contributions to the study of the folding problem using bioinspired computation and molecular dynamics. 2015. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
BITTENCOURT, P. R. S.; GONCALVES, G. C.;RAFAEL B. FRIGORI. Preparo e caracterização de compósitos de carvão ativado com óxido de ferro para utilização na remoção de corantes. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação em Processos Químicos e Biotecnológicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
RAFAEL B. FRIGORI. Banca de estágio curricular obrigatório realizado na empresa Instelpa engenharia elétrica LTDA. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
RAFAEL B. FRIGORI. Banca de estágio curricular obrigatório realizado na empresa Jumbo Trading LTDA. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
RAFAEL B. FRIGORI. Banca de estágio curricular obrigatório realizado na UTFPR. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Frigori, R. B.; BOMBARDELLI, C.; SCHNEIDER, R.. Enovelamento e Desnaturação de Proteínas em Modelos Mínimos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Processos Químicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Frigori, R B; SCHNEIDER, R.; ZARA, R.. Simulações da agregação da Amilina e causas da Diabetes tipo II. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Processos Químicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Frigori, R. B.; FERNANDES, M.; PAULA, F. M.. Concurso público para Professor Efetivo na área de Física Básica - UTFPR/Toledo. 2015. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Frigori, R. B.; FERNANDES, M.; LUKASIEVICZ, G. B.. Concurso público para Professor Substituto na área de Física Geral - UTFPR/Toledo. 2015. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Frigori, R. B.; FERNANDES, M.; LUKASIEVICZ, G. B.. Concurso público para Professor Substituto na área de Física Geral - UTFPR/Toledo. 2015. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Frigori, R. B.; ASTRATH, E.; ELOI, E.. Concurso público para Professor Efetivo do Ensino Básico, Técnico e Tecnológico. 2015. INSTITUTO FEDERAL DO PARANA.
Frigori, R. B.; FERNANDES, M.; TONEZER, C.; ANJOS, R. C.; LONGEN, F. R.. Concurso público para Professor Efetivo na área de Física. 2015. Universidade Federal do Paraná.
RAFAEL B. FRIGORI; ZARA, R.; CAMARGO, J. P.. Concurso público para Professor Efetivo na área de Física Básica - UTFPR/Toledo. 2014. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Frigori, R. B.; LENZI, C. H.; APRIGIO, A.. Concurso público para Professor Efetivo na área de Física Básica - UTFPR/Medianeira. 2013. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
FRIGORI, R. B.; TALARICO, M.; CAMARGO, J. P.. Concurso público para Professor Substituto na área de Física Básica - UTFPR/Toledo. 2013. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Orientou
Introdução aos Métodos de Monte Carlo em Mecânica Estatística; Início: 2024; Iniciação científica (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; (Orientador);
Estudo in silico da co-formulação de Insulina com Amilina e seus análogos biotecnológicos; 2020; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Processos Químicos e Biotecnológicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Enovelamento e Desnaturação de Proteínas em Modelos Mínimos; 2015; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Processos Químicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Simulações da agregação da Amilina e causas da Diabetes tipo II; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Processos Químicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Desenvolvimento de algoritmo de calibração para digitalizadores 3D de luz estruturada; ; 2005; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Bacharelado em matemática aplicada) - Instituto de ciências matemáticas e de computação - USP; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Estudo in silico de proteínas priônicas; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Introdução à computação paralela e aplicações em Física Biológica; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas Para Internet) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Introdução a ferramentas de simulação e modelagem computacional de proteínas de interesse biotecnológico; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Modelagem molecular in silico de proteínas de interesse biotecnológico; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Simulações Computacionais De Proteínas; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Matemática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Simulações Multicanônicas de Proteínas; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Dinâmica Molecular no estudo de proteinas; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Métodos da Física Computacional e Aplicações; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Diabetes 2 e o Mal de Alzheimer: desvendando uma interconexão letal via simulações numéricas; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Simulação de males amiloidogênicos com o software PHAST; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Introdução a programação MPI com aplicação a simulações numéricas de proteinas; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Projeto e implementação de um cluster de PC's de baixo custo para a simulação paralela do enovelamento protéico; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas Para Internet) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Otimização de softwares paralelos para o estudo do enovelamento e agregação protéicos; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Industrial Elétrica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Enovelamento e desnaturação de proteínas em modelos mínimos; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Tecnologia em Processos Químicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Técnicas de otimização e de análise em simulações de Monte Carlo; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Análise termodinâmica comparativa do enovelamento e agregação da Amilina humana e de roedores: implicações para o desenvolvimento da Diabetes II; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Tecnologia em Processos Químicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Ferramentas computacionais para visualização e comparação biomolecular: aplicação nas versões humana e de roedores da Amilina; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Tecnologia em Processos Químicos) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Estágio Obrigatório na Luiz e Jung Materiais Eléricos LTDA; 2019; Orientação de outra natureza; (Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Estágio Obrigatório na C; Vale Cooperativa Agroindustrial; 2019; Orientação de outra natureza; (Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Estágio Obrigatório na Empresa Paranaense de Montagens LTDA; 2019; Orientação de outra natureza; (Engenharia Eletrônica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Introdução aos fractais; 2013; Orientação de outra natureza; (Sistemas Para Internet) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rafael Bertolini Frigori;
Produções bibliográficas
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FRIGORI, RAFAEL B. . Evolution and pathogenicity of SARS-CoVs: A microcanonical analysis of receptor-binding motifs. PHYSICAL REVIEW E , v. 111, p. 034401, 2025.
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Frigori, R. B. . Insights from microcanonical thermostatistics into amylin analogues and amyloid- β cross-seeding. EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL B , v. 97, p. 156, 2024.
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Frigori, R. ; Gattringer, C. ; Lang, C. B. ; Limmer, M. ; Maurer, T. ; Mohler, D. ; Schaefer, A. . Dynamical Chirally Improved Quarks: First Results for Hadron Masses. In: The XXV International Symposium on Lattice Field Theory, 2007, Regensburg. Pos Proceedings of Science. Trieste: Proceedings of Science, 2007. p. 114.
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FRIGORI, R. B. . Numerical Study of the QCD Phase Transition at Finite Temperature. In: GRADUATE SCHOOL WORKSHOP IN OBERWÖLZ AUSTRIA, 2006, OBERWÖLZ. PROCEEDINGS GRADUATE SCHOOL WORKSHOP IN OBERWÖLZ, 2006.
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Frigori, R. B. . More Efficient Thermalization of Gauge Fields in Lattice QCD Simulations. In: IX HADRON PHYSICS AND VII RELATIVISTIC ASPECTS OF NUCLEAR PHYSICS: A Joint Meeting on QCD and QCP, 2004, Rio de Janeiro (Brazil). AIP Conference Proceedings. v. 739. p. 593.
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FRIGORI, RAFAEL B. . Microcanonical insights into the cross-seeding of Amylin analogues and Amyloid-β. In: Conference on Complex Systems 2023, 2023, Salvador, BA. Anais da CCS2023, 2023.
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FRIGORI, R. B. ; MENDES, T. . Numerical Study of the QCD Phase Transition at Finite Temperature. In: 56. Jahrestagung der Oesterreichischen Physikalischen Gesellschaft, 2006, Graz. 56. Jahrestagung der Oesterreichischen Physikalischen Gesellschaft. Graz: TU Graz, 2006. v. 56. p. 110.
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FRIGORI, R. B. ; MENDES, T. ; CUCCHIERI, A. . QCD Phase Transition on the Lattice. In: XIII Escola de Verão Jorge Andre Swieca - Partículas e Campos, 2005, Campos do Jordão. Anais da XIII Escola de Verão Jorge Andre Swieca - Partículas e Campos, 2005.
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RODRIGUES, L. D. ; RAFAEL B. FRIGORI . Diabetes II e Mal de Alzheimer: desvendando uma interconexão letal via simulações numéricas. In: VII ENDICT, 2019, Toledo. VII ENDICT ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UTFPR CAMPUS TOLEDO, 2019. v. 1. p. 23-23.
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FARIA, L. S. ; RAFAEL B. FRIGORI . Simulação de Males Amiloidogênicos com o Software PHAST. In: VII ENDICT, 2019, Toledo. VII ENDICT ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UTFPR CAMPUS TOLEDO, 2019. v. 1. p. 22-22.
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FRIGORI, R. B. ; Alves, N. A. . A molecular dynamics analysis of human and porcine Islet Amyloid Polypeptides. In: Encontro de Outono da Sociedade Brasileira de Física, 2018, Foz do Iguaçu. Encontro de Outono da Sociedade Brasileira de Física, 2018.
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FRIGORI, R. B. . Optimizing Pramlintide from microcanonical analysis of IAPP isoforms. In: Encontro de Outono da Sociedade Brasileira de Física, 2018, Foz do Iguaçu. Encontro de Outono da Sociedade Brasileira de Física, 2018.
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Frigori, R. B. . Short-long range Ising-like model applied to protein folding. In: XXXVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2015, Foz do Iguaçu. Anais do XXXVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2015.
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RAFAEL B. FRIGORI . Diabetes Mellitus II: an outcome of thermodynamic instabilities of Amylin ?. In: XXXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2014, Costa do Sauípe - Salvador/BA. XXXVII Encontro Nacional de Fisica da Mateeria Condensada, 2014. v. 1. p. ID: 263-1 [BIO].
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RAFAEL B. FRIGORI . A simple spin-system featuring cold and warm destabilization in protein folding. In: XXXVII Encontro Nacional de Fisica da Materia Condensada, 2014, Costa do Sauípe - Salvador/BA. XXXVII Encontro Nacional de Fisica da Materia Condensada, 2014. v. 1. p. ID: 263-2 [EST].
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RAFAEL B. FRIGORI . Agregação de IAPP e a Diabetes-II sob a perspectiva de simulações microcanônicas. In: Encontro de Física 2011, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do Encontro de Física 2011. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 2011. v. 1. p. ID: 1273-1.
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RAFAEL B. FRIGORI . Screening masses in quenched (2+1)d Yang-Mills theory: Universality from dynamics?. In: Encontro de Física 2011, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do Encontro Nacional de Física 2011. São Paulo: SBF, 2011. v. 1. p. 1273-2.
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FRIGORI, R. B. ; Gattringer, C. ; Lang, C. B. . Excited baryon masses with dynamical chirally improved quarks. In: X Hadron Physics Brazil, 2007, Florianopolis. Proceedings of the X Hadron Physics Brazil, 2007.
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FRIGORI, R. B. ; MENDES, T. ; A. Cucchieri . Numerical Study of the QCD Phase Transition at Finite Temperature. In: XXV Encontro Nacional de Física de Partículas e Campos, 2004, Caxambu. Anais do XXV Encontro Nacional de Física de Partículas e Campos, 2004.
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RAFAEL B. FRIGORI . Evoluton and Pathogenicity of SARS-CoVs: a Microcanonical Analysis of RBMs. 2024. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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RAFAEL B. FRIGORI . Microcanonical insights into the cross-seeding of Amylin analogous and Amyloid-Beta42. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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RAFAEL B. FRIGORI . Optimizing Pramlintide from microcanonical analysis of IAPP isoforms. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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RAFAEL B. FRIGORI ; ALVES, NELSON A. . A molecular dynamics analysis of human and porcine Islet Amyloid Polypeptides. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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RAFAEL B. FRIGORI . PHAST: Protein-like Heteropolymer Analysis by Statistical Thermodynamics. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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Frigori, R. B. . How can macromolecular crowding affect protein stability ?. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. ; ALVES, N. A., . Superstatistics and the quest of ensemble equivalence in a system with long-range interacti- ons. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. . Short-long range Ising-like model applied to protein folding. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. . Diabetes Mellitus II: an outcome of thermodynamic instabilities of Amylin ?. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. . A simple spin-system featuring cold and warm destabilization in protein folding. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. . Algorithms for nonextensive lattice gauge theories. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. . Short-time dynamics of the nonextensive gluodynamics. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. . The microcanonical thermostatistics of protein folding, aggregation and protheinpathies: application to IAPP and Diabetes II. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. ; ALVES, N. A., . Agregação de IAPP e a Diabetes II sob a perspectiva de simulações microcanônoicas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. . Screening masses in quenched (2+1)d YM theory: universality from dinamics?. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. . The microcanonical thermostatistics of protein folding, aggregation and proteinpathies: applications to diabetes II. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. ; RIZZI, L. G. ; ALVES, N. A., . Microcanonical simulations of protein folding and aggregation. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. ; ALVES, N. A., ; M. R. Mendonça . Elastic network model with relative weights for the bonded and non-bonded interactions between residues in proteins. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. ; ALVES, N. A., . Protein folding and aggregation from microcanonical Monte Carlo simulations. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. ; RIZZI, L. G. ; ALVES, N. A., . Extended gaussian ensemble and phase transitions in systems with long-range interactions. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. ; RIZZI, L. G. ; ALVES, N. A., . Extended gaussian ensemble and phase transitions in systems with long-range interactions. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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FRIGORI, R. B. ; RIZZI, L. G. ; ALVES, N. A., . Extended gaussian ensemble for the Blume-Capel model. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. B. . Simulacoes microcanonicas do enovelamento e agregacao proteicos. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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FRIGORI, R. B. ; ALVES, N. A., . Simulações microcanônicas no estudo do enovelamento de proteínas. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
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Frigori, R. . Numerical Study of the QCD Phase Transition at Finite Temperature. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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FRIGORI, R. B. ; MENDES, T. . QCD Phase Transition on the Lattice. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. ; CUCCHIERI, A. ; MENDES, T. ; MIHARA, A. . More Efficient Thermalization of Gauge Fields in Lattice QCD Simulations. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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Frigori, R. ; MENDES, T. . Numerical Study of the QCD Phase Transition at Finite Temperature. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FRIGORI, R. B. ; RIZZI, L. G. . Estudo do modelo de Ising com interação de alcance infinito via ensemble canônico generalizado 2008 (monografia).
Outras produções
HATTORI, L. T. ; PINHEIRO, B. A. ; FRIGORI, R. B. ; BENÍTEZ, CÉSAR MANUEL VARGAS ; LOPES, H. S. . PathMolD-AB: Spatiotemporal pathways of protein folding using parallel molecular dynamics with a coarse-grained model. 2020.
Rafael B. Frigori . PHAST: Protein-like heteropolymer analysis by statistical thermodynamics. 2017.
Mostaço-Guidolin, Luiz C. ; RAFAEL B. FRIGORI ; Leonid Ruchko ; GALVAO, R. M. . SCTE: An open-source Perl framework for testing equipment control and data acquisition. 2012.
FRIGORI, R. B. . Sistema de Calibração de Digitalizador Optico Tridimensional. 2005.
Projetos de pesquisa
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2019 - Atual
Simulações in silico de adjuvantes biotecnológicos para a Diabetes 2 e o Mal de Alzheimer (PHAST2), Descrição: Utilizaremos sofisticadas técnicas de simulação paralela para estudar in silico as interações com Insulina de análogos da Amilina humana, previamente descobertos no projeto PHAST, visando avaliar seu potencial de coformulação farmacêutica para o tratamento da Diabetes. Posteriormente, analisaremos se esses análogos permitem inibir a agregação das proteínas Beta-Amilóides, desencadeadoras do mal de Alzheimer.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Rafael Bertolini Frigori - Coordenador / Nelson Augusto Alves - Integrante / Fabio Rodrigues - Integrante / Marcus Vinicius Soerensen - Integrante / Nivea Neres Ferreira de Jesus - Integrante / Fernanda Azevedo - Integrante., Financiador(es): Laboratório Nacional de Computação Científica - Cooperação.
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2016 - 2018
Desenvolvimento de softwares e simulações numéricas do enovelamento e agregação de isoformas de IAPP (PHAST), Descrição: Neste projeto de pesquisa propomos empreender simulações de Monte Carlo de larga escala, com o recurso de refinados potenciais moleculares do tipo all-atoms, em um estudo detalhado de processos biofísicos fundamentais como o enovelamento e agregação de diversas isoformas do hormônio Islet Amyloid PolyPeptide (IAPP, ou Amilina) de mamíferos. A IAPP é uma proteína cosecretada juntamente com a Insulina pelas células beta-pancreáticas, sendo as fases iniciais de sua agregação comprovadamente citotóxicas, o que implica um papel crucial no desenvolvimento da Diabetes Mellitus do tipo 2 (DM-2) em humanos. Notadamente, enquanto humanos são vulneráveis à DM-2 certas mutações observadas nas isoformas de IAPP em alguns grupos de mamíferos, como roedores e suínos, aumentam sua estabilidade termodinamica - minorando, ou até suprimindo a agregação - e assim, imunizam tais espécies deste mal. Por sua vez, terapias adjuvantes tem sido recentemente empregas na tentativa de reverter o supracitado processo agregacional, a exemplo do uso da droga conhecida por Pramlintide (Symlin), uma variante da IAPP de roedores biocompatibilizada com humanos. Neste sentido, pretendemos empregar técnicas desenvolvidas por nosso grupo para o cálculo ab initio da propensão agregacional relativa de proteínas - baseada no cálculo da variação de energias livres termodinâmicas ? visando não só melhor entender os mecanismos agregacionais específicos presentes nas mais diversas isoformas naturais de IAPP, mas também utilizar este índice para selecionar potenciais variantes moleculares biotecnologicamente otimizadas para tratamentos adjuvantes da DM-2. Objetivando assegurar a eficiencia computacional do projeto utilizaremos ensembles mecânico- estatísticos generalizados, que além de garantirem uma amostragem ótima do landscape energético dos sistemas moleculares, permitirão que seja obtida também sua Termodinâmica Microcanônica. Como este projeto claramente apresenta elevada demanda computacional, conciliaremos nossa expertise em programação de alto desempenho a esta oportunidade de pesquisa para implementar eficientes versões paralelas do algoritmo Multicanônico no reconhecido software científico Simple Molecular Mechanics for Proteins (SMMP). Esta versão do SMMP também será rigorosamente testada quanto ao seu SpeedUp, confrontado-o com a atual versão serial e técnicas alternativas, como o algoritmo REM. Vislumbramos, finalmente, a possibilidade de efetuar a migração de rotinas numéricas particularmente intensivas, como a geração de números pseudo-aleatórios, para GPUs. Assim, pelas razões e objetivos supracitados, este projeto tem também um desejável potencial de resultar em licenciamento de softwares destinados a aplicações com finalidades biotecnológicas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) . , Integrantes: Rafael Bertolini Frigori - Coordenador / Mathias Scroccaro - Integrante / daniel ferrazoli - Integrante., Financiador(es): Laboratório Nacional de Computação Científica - Cooperação., Número de produções C, T & A: 8
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2012 - Atual
Ensembles generalizados em simulações de Monte Carlo de sistemas complexos, Descrição: Almejamos desenvolver algoritmos de Monte Carlo para simulações de sistemas complexos (como transições de fase em proteínas, sistemas de spins e em teorias de campo na rede) utilizando-nos de recursos provenientes de ensembles generalizados (MUCA, EGE, Tsallis, dentre outros) visando a redução dos tempos de auto-correlação integrada, e portanto, maximizar a eficiência computacional das simulações.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Rafael Bertolini Frigori - Coordenador.
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2010 - 2018
Simulações microcanônicas do enovelamento e agregação de proteínas, Descrição: Utilizamos avançados algoritmos Multicanônicos para efetuar simulações de Monte Carlo de processos biologicamente fundamentais, como o enovelamento e a agregação protéicos, descritos fisicamente por modelos mínimos (coarse-grained). Almejamos caracterizar as transições de fase termodinâmicas envolvidas nesses fenômenos por meio do formalismo microcanônico, que mostrou-se fisicamente mais relevante que a abordagem (canônica) usual. Finalmente, visamos implementar um software de código-aberto destinado a simulações protéicas em ambientes multiprocessados.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rafael Bertolini Frigori - Coordenador / Heitor Silvério Lopes - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio à Educ., Pesq. e Desenvol.Cient. e Tec. da UTFPR - Auxílio financeiro.
Prêmios
2006
RESEARCH FELLOWSHIP, Fond zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung in Österreich (FWF)..
2004
HIGH SCIENTIFIC QUALITY AWARD - IX HADRON Physics & VII RANP, UERJ / SBF.
2003
PRÊMIO BERNHARD GROSS - melhor desempenho acadêmico (99 a 02), Instituto de Física de São Carlos - USP.
Histórico profissional
Endereço profissional
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Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Campus Toledo. , Rua Cristo rei, 19, Vila Becker, 85902490 - Toledo, PR - Brasil, Telefone: (45) 33796853, URL da Homepage:
Experiência profissional
2023 - Atual
Universidade Tecnológica Federal do ParanáVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado - III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2021 - 2023
Universidade Tecnológica Federal do ParanáVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado - II, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2019 - 2020
Universidade Tecnológica Federal do ParanáVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado - I, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2011 - 2018
Universidade Tecnológica Federal do ParanáVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2009 - 2011
Universidade Tecnológica Federal do ParanáVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
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05/2015
Ensino, Tecnologia em Processos Químicos e Biotecnológicos, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Métodos Matemáticos Aplicados
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01/2010
Ensino, Engenharia Eletrônica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física Geral e Experimental 1, Física Geral e Experimental 2, Física 1, Física 3, Física 4
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10/2013 - 07/2015
Direção e administração, Campus Toledo.,Cargo ou função, Diretor de Pesquisa e Pos-Graduação.
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10/2013 - 07/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Toledo.,Cargo ou função, Membro do Conselho de Pesquisa e Pós-Graduação (COPPG-UTFPR).
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10/2010 - 11/2011
Extensão universitária , Campus Toledo.,Atividade de extensão realizada, Projeto Florir Toledo: aulas de reforço de física e matemática, em contraturno, parceria acadêmicos da UTFPR-Toledo com Projeto Florir (Prefeitura Municipal).
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03/2010 - 06/2010
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Toledo.,Cargo ou função, Membro da comissão de elaboração do curso de Engenhari Civil - UTFPR/TD.
2008 - 2010
Universidade de São PauloVínculo: Pós-Graduando, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40
Outras informações:
Doutorando junto ao Departamento de Física e Matemática da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (USP). Fomentado pela CAPES.
2009 - 2009
Universidade de São PauloVínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Estagiario do Programa de Apoio ao Ensino, Carga horária: 10
Outras informações:
Monitor da disciplina Eletromagnetismo I (5910150) para os alunos da Física-Médica da FFCLRP, sob a supervisão do Prof. Dr. Amando Ito. Responsável pela elaboração e docência das aulas de computação algébrica aplicadas ao eletromagnetismo (Maple), solução de exercícios e manutenção do site TIDIA-AE da disciplina.
2003 - 2005
Universidade de São PauloVínculo: Pós-Graduando, Enquadramento Funcional: Mestrando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações:
Estudante de pós-graduação em nível de mestrado stricto sensu, bolsista da Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), projeto: 02/10796-2.
2003 - 2003
Universidade de São PauloVínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Monitor voluntário, Carga horária: 10
Outras informações:
Elaboração de aulas sobre computação algébrica (MAPLE R5) e solução de exercicios, referente a disciplina Física Matemática I (FFI-112), sob supervisão do Prof. Dr. Djalma M. Redondo.
2000 - 2002
Universidade de São PauloVínculo: Graduando, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 10
Outras informações:
Iniciação científica, tema: Introdução 'as Algebras de Lie.
Bolsista da Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), projeto: 00/07223-5.
2006 - 2007
Karl-Franzens-Universitaet GrazVínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Físico ("doktorat dissertant"), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações:
Integrante do grupo de Lattice QCD da Universidade de Graz, colaboração BGR (Bern-Graz-Regensburg), sob coordenação do Prof. Dr. Christian B. Lang.
Associado ao Doktoratskolleg Graz "Hadrons in Vacuum, Nuclei and Stars", (Graz-Basel-Tübingen). Fomentado pelo Fond zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung in Österreich (FWF, DK W1203-N08).
2007 - 2007
Spatium Tecnologia 3DVínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Físico-computacional (Analista de Sistemas), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações:
Pesquisador junto a divisão de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) da Spatium Tecnologia 3D Ltda.
2005 - 2006
Spatium Tecnologia 3DVínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Físico-computacional (Analista de Sistemas), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações:
Pesquisador junto a divisão de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) da Spatium Tecnologia 3D Ltda.
2007 - 2007
Arkadia Apoio CulturalVínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor voluntário, Carga horária: 20
Outras informações:
Ministrando aulas sobre teoria e solução de problemas de física e matemática (2o grau).
Mecânica, Cálculo Diferencial/Integral e Algebra Linear (3o grau).
Criando um monitoramento
Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todos os processos de Rafael Bertolini Frigori e sempre que o nome aparecer em publicações dos Diários Oficiais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário
Criando um monitoramento
Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todas as movimentações desse processo e sempre que o processo aparecer em publicações dos Diários Oficiais e nos Tribunais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário
Confirma a exclusão?