Paulo Costa Carvalho

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• SANTOS, LETÍCIA GRAZIELA COSTA ; PARREIRA, VINÍCIUS DA SILVA COUTINHO ; DA SILVA, ESDRAS MATHEUS GOMES ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; FERNANDES, ALEXANDER DA FRANCA ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE DA COSTA ; Carvalho, Paulo Costa ; FREITAS, FLÁVIA CRISTINA DE PAULA ; PASSETTI, FABIO . SpliceProt 2.0: A Sequence Repository of Human, Mouse, and Rat Proteoforms. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 25, p. 1183, 2024.

• KURT, LOUISE ULRICH ; CLASEN, MILAN AVILA ; BIEMBENGUT, ÍSIS VENTURI ; RUWOLT, MAX ; LIU, FAN ; GOZZO, FABIO CÉSAR ; LIMA, DIOGO BORGES ; Carvalho, Paulo Costa . RawVegetable 2.0: Refining XL-MS Data Acquisition through Enhanced Quality Control. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH , v. AOP, p. AOP, 2024.

• DA SILVA, ESDRAS MATHEUS GOMES ; Fischer, Juliana S. G. ; SOUZA, ISADORA DE LOURDES SIGNORINI ; ANDRADE, AMANDA CAROLINE CAMILLO ; SOUZA, LEONARDO DE CASTRO E ; ANDRADE, MARCOS KAOANN DE ; Carvalho, Paulo C. ; SOUZA, RICARDO LEHTONEN RODRIGUES ; VITAL, MARIA APARECIDA BARBATO FRAZAO ; PASSETTI, FABIO . Proteomic Analysis of a Rat Streptozotocin Model Shows Dysregulated Biological Pathways Implicated in Alzheimer?s Disease. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 25, p. 2772, 2024.

• CASTELLI, RAFAEL F. ; PEREIRA, ALANA ; HONORATO, LEANDRO ; VALDEZ, ALESSANDRO ; DE OLIVEIRA, HAROLDO C. ; BAZIOLI, JAQUELINE M. ; GARCIA, ANE W. A. ; KLIMECK, TABATA D'MAIELLA FREITAS ; REIS, FLAVIA C. G. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; SANTOS, MARLON D. M. ; Carvalho, Paulo C. ; ZARAGOZA, OSCAR ; STAATS, CHARLEY C. ; NIMRICHTER, LEONARDO ; FILL, TAÍCIA P. ; RODRIGUES, MARCIO L. . Corrected and republished from: -Extracellular Vesicle Formation in Impacts Fungal Virulence-. INFECTION AND IMMUNITY , v. AOP, p. AOP, 2024.

• BRASILEIRO-MARTINS, LISELE MARIA ; CAVALCANTE, SOFIA ANGIOLE ; NASCIMENTO, THAÍS PINTO ; SILVA-NETO, ALEXANDRE VILHENA ; MARIANO SANTOS, MARLON DIAS ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; DA GAMA FISCHER, JULIANA DE SALDANHA ; FERREIRA, CAROLINE COELHO ; OLIVEIRA, LUCAS BARBOSA ; SARTIM, MARCO AURELIO ; COSTA, ALLYSON GUIMARÃES ; PUCCA, MANUELA B. ; WEN, FAN HUI ; MOURA-DA-SILVA, ANA MARIA ; SACHETT, JACQUELINE ; Carvalho, Paulo Costa ; DE AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; MONTEIRO, WUELTON M. . Urinary proteomics reveals biological processes related to acute kidney injury in Bothrops atrox envenomings. PLoS Neglected Tropical Diseases , v. 18, p. e0012072, 2024.

• DE OLIVEIRA, HAROLDO C. ; SANTOS, MARLON D.M. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; CASTELLI, RAFAEL F. ; DOS REIS, FLAVIA C.G. ; Carvalho, Paulo C. ; RODRIGUES, MARCIO L . Proteomics reveals that the antifungal activity of fenbendazole against Cryptococcus neoformans requires protein kinases. INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS , v. AOP, p. 107157, 2024.

• CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; SANTOS, MARLON D. M. ; NUEVO, PATRÍCIA S. ; LAJAS, ANA B. L. ; SALES, LUCAS A. ; LEYVA, ALEJANDRO ; Fischer, Juliana S. G. ; DURAN, ROSARIO ; Carvalho, Paulo C. . Intra-Individual Paired Mass Spectrometry Dataset for Decoding Solar-Induced Proteomic Changes in Facial Skin. Scientific Data , v. 11, p. AOP, 2024.

• SANTOS REGINALDO, FERNANDA PRISCILA ; RODRIGUES DE SOUZA, LUIZ FERNANDO ; SOTERO CHACON, DAISY ; DIAS MARIANO SANTOS, MARLON ; MELO TORRES, TAFFAREL ; BEZERRA DA SILVA, IVANICE ; ARAÚJO ROQUE, ALAN DE ; O. RICART, CARLOS ANDRÉ ; CASTRO, MARIANA S. ; Carvalho, Paulo Costa ; FONTES, WAGNER ; VALLE DE SOUSA, MARCELO ; FETT-NETO, ARTHUR GERMANO ; GIORDANI, RAQUEL BRANDT . Organ-specific proteomes of Selaginella convoluta provide insights into its desiccation tolerance mechanisms. PLANT BIOSYSTEMS , v. AOP, p. 1-8, 2024.

• POUSA, SATOMY ; RAMOS-BERMÚDEZ, PABLO E. ; BESADA, VLADIMIR ; CARVALHO, PAULO ; ULRICH, LOUISE KURT ; BATISTA, MICHEL ; BRANT, RODRIGO SOARES CALDEIRA ; MARTÍNEZ, OLIVIA ; LEYVA, ALEJANDRO ; DURÁN, ROSARIO ; MURILLO, DHAYME ; FAJARDO, ABEL ; GARAY, HILDA ELISA ; RODRÍGUEZ-MALLÓN, ALINA ; TAKAO, TOSHIFUMI ; GONZÁLEZ, LUIS JAVIER . On the utility of the extracted ion chromatograms for assigning the conjugation sites and side reactions in bioconjugates synthesized by the maleimide-thiol chemistry. MICROCHEMICAL JOURNAL , v. AOP, p. 111025, 2024.

• RAMOS'BERMÚDEZ, PABLO E. ; POUSA, SATOMY ; CARVALHO, PAULO ; BRANT, RODRIGO SOARES CALDEIRA ; BATISTA, MICHEL ; HOJO, HIRONOBU ; GARAY, HILDA E. ; ROSCOE, ABEL ; MALLÓN, ALINA RODRÍGUEZ ; BESADA, VLADIMIR ; TAKAO, TOSHIFUMI ; GONZÁLEZ, LUIS JAVIER . A hydrolyzed -propionylthiosuccinimide linker is cleaved by metastable fragmentation, increasing reliability of conjugation site identification in conjugate vaccines. RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY , v. 38, p. AOP-AOP, 2024.

• MARTINS, ALINE M. A. ; D. M. SANTOS, MARLON ; C. CAMILLO-ANDRADE, AMANDA ; LEITE, ALINE LIMA ; SOUZA, JANAINA SENA ; SÁNCHEZ, SANDRA ; MUOTRI, ALYSSON R. ; Carvalho, Paulo Costa ; Yates, John R. . Integrating DIA Single-Cell Proteomics Data with the DiagnoMass Proteomic Hub for Biological Insights. JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR MASS SPECTROMETRY , v. Aop, p. Aop, 2024.

• DE OLIVEIRA VELOSO REZENDE, JÉSSICA ; BATISTA, MICHEL ; MACHADO, KELLY CAVALCANTI ; BANDINI, THIAGO BOUSQUET ; DE MENEZES, IGOR ALEXANDRE CÔRTES ; DO CARMO DE STEFANI, FERNANDA ; DIAS MARIANO SANTOS, MARLON ; Carvalho, Paulo Costa ; KURT, LOUISE ULRICH ; BRANT, RODRIGO SOARES CALDEIRA ; MORELLO, LUIS GUSTAVO ; MARCHINI, FABRICIO KLERYNTON . A dataset for developing proteomic tools for pathogen detection via differential cell lysis of whole blood samples. Scientific Data , v. 11, p. 1105, 2024.

• PÉREZ, GEORGE V. ; ROSALES, MAURO ; RAMÓN, AILYN C. ; RODRÍGUEZ-ULLOA, ARIELIS ; BESADA, VLADIMIR ; GONZÁLEZ, LUIS J. ; AGUILAR, DAYLEN ; VÁZQUEZ-BLOMQUIST, DANIA ; FALCÓN, VIVIANA ; CABALLERO, EVELIN ; Carvalho, Paulo C. ; CALDEIRA, RODRIGO SOARES ; YANG, KE ; PERERA, YASSER ; PEREA, SILVIO E. . CIGB-300 Anticancer Peptide Differentially Interacts with CK2 Subunits and Regulates Specific Signaling Mediators in a Highly Sensitive Large Cell Lung Carcinoma Cell Model. Biomedicines , v. 11, p. 43, 2023.

• SANTOS, MARLON D.M. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; LIMA, DIOGO B. ; SOUZA, TATIANA A.C.B. ; FISCHER, JULIANA DE S. DA G. ; Valente, Richard H. ; GOZZO, FABIO C. ; Barbosa, Valmir C. ; BATTHYANY, CARLOS ; CHAMOT-ROOKE, JULIA ; DURAN, ROSARIO ; Carvalho, Paulo C. . DiagnoMass: A proteomics hub for pinpointing discriminative spectral clusters. Journal of Proteomics , v. 277, p. 104853, 2023.

• CLASEN, MILAN A. ; SANTOS, MARLON D. M. ; KURT, LOUISE ULRICH ; Fischer, Juliana ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; SALES, LUCAS ALBUQUERQUE ; DE ARRUDA CAMPOS BRASIL DE SOUZA, TATIANA ; LIMA, DIOGO BORGES ; GOZZO, FABIO C. ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; DURAN, ROSARIO ; Barbosa, Valmir C. ; Carvalho, Paulo C. . PatternLab V Handles Multiplex Spectra in Shotgun Proteomic Searches and Increases Identification. JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR MASS SPECTROMETRY , v. AOP, p. AOP, 2023.

• LIN, AMANDA DAL ; FISCHER, JULIANA DE S. DA G. ; SANTOS, MARLON D.M. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA CAROLINE ; KURT, LOUISE ULRICH ; SOUZA, TATIANA A.C.B. ; LAJAS, ANA BEATRIZ LYRIO ; RIVERA, BERNARDINA ; PORTELA, MAGDALENA ; DURAN, ROSARIO ; MIRA, MARCELO TÁVORA ; PILLONETTO, MARCELO ; Carvalho, Paulo Costa . Beyond the identifiable proteome: Delving into the proteomics of polymyxin-resistant and non-resistant Acinetobacter baumannii from Brazilian hospitals. Journal of Proteomics , v. AOP, p. 105012, 2023.

• VERISSIMO, DENILDO C. A. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; SANTOS, MARLON D. M. ; SPRENGEL, SERGIO L. ; ZANINE, SIMONE C. ; BORBA, LUIS A. B. ; Carvalho, Paulo C. ; DA G. FISCHER, JULIANA DE S. . Proteomics reveals differentially regulated pathways when comparing grade 2 and 4 astrocytomas. PLoS One , v. 18, p. e0290087, 2023.

• DE LIMA, JHENIFER YONARA ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO DOS ; ANDREASSA, EMANUELLA DE CASTRO ; KURT, LOUISE ULRICH ; Carvalho, Paulo Costa ; DE SOUZA, TATIANA DE ARRUDA CAMPOS BRASIL . Refolding of metacaspase 5 from Trypanosoma cruzi, structural characterization and the influence of c-terminal in protein recombinant production. PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION , v. 191, p. 106007, 2022.

• CAVALCANTE, JOELITON DOS SANTOS ; DE ALMEIDA, CAYO ANTÔNIO SOARES ; CLASEN, MILAN AVILA ; DA SILVA, EMERSON LUCENA ; DE BARROS, LUCIANA CURTOLO ; MARINHO, ALINE DIOGO ; ROSSINI, BRUNO CESAR ; MARINO, CELSO LUÍS ; Carvalho, Paulo Costa ; JORGE, ROBERTA JEANE BEZERRA ; DOS SANTOS, LUCILENE DELAZARI . A fingerprint of plasma proteome alteration after local tissue damage induced by Bothrops leucurus snake venom in mice. Journal of Proteomics , v. 253, p. 104464, 2022.

• TRUGILHO, MONIQUE R. O. ; AZEVEDO-QUINTANILHA, ISACLAUDIA G. ; GESTO, JOÃO S. M. ; MORAES, EMILLY CAROLINE S. ; MANDACARU, SAMUEL C. ; CAMPOS, MARIANA M. ; OLIVEIRA, DOUGLAS M. ; DIAS, SUELEN S. G. ; BASTOS, VIVIANE A. ; SANTOS, MARLON D. M. ; Carvalho, Paulo C. ; Valente, Richard H. ; HOTTZ, EUGENIO D. ; BOZZA, FERNANDO A. ; SOUZA, THIAGO MORENO L. ; Perales, Jonas ; BOZZA, PATRÍCIA T. . Platelet proteome reveals features of cell death, antiviral response and viral replication in covid-19. CELL DEATH DISCOVERY (ON LINE) , v. 8, p. AOP, 2022.

• CHACON, DAISY SOTERO ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; BONILAURI, BERNARDO ; VILASBOA, JOHNATAN ; DA COSTA, CIBELE TESSER ; DA SILVA, IVANICE BEZERRA ; TORRES, TAFFAREL DE MELO ; DE ARAÚJO, THIAGO FERREIRA ; ROQUE, ALAN DE ARAÚJO ; PILON, ALAN CESAR ; SELEGATTO, DENISE MEDEIROS ; FREIRE, RAFAEL TEIXEIRA ; REGINALDO, FERNANDA PRISCILA SANTOS ; VOIGT, EDUARDO LUIZ ; ZUANAZZI, JOSÉ ANGELO SILVEIRA ; SCORTECCI, KÁTIA CASTANHO ; CAVALHEIRO, ALBERTO JOSÉ ; LOPES, NORBERTO PEPORINE ; FERREIRA, LEANDRO DE SANTIS ; CARVALHO, PC ; et.al . Non-target molecular network and putative genes of flavonoid biosynthesis in Erythrina velutina Willd., a Brazilian semiarid native woody plant. Frontiers in Plant Science , v. 13, p. AOP, 2022.

• CLASEN, MILAN A ; KURT, LOUISE U ; SANTOS, MARLON D M ; LIMA, DIOGO B ; LIU, FAN ; GOZZO, FABIO C ; Barbosa, Valmir C ; Carvalho, Paulo C . Increasing confidence in proteomic spectral deconvolution through mass defect. BIOINFORMATICS , v. AOP, p. AOP, 2022.

• SOARES, BARBARA S. ; ROCHA, SURZA LUCIA G. ; BASTOS, VIVIANE A. ; LIMA, DIOGO B. ; Carvalho, Paulo C. ; GOZZO, FABIO C. ; DEMELER, BORRIES ; WILLIAMS, TAYLER L. ; ARNOLD, JANELLE ; HENRICKSON, AMY ; JØRGENSEN, THOMAS J. D. ; SOUZA, TATIANA A. C. B. ; Perales, Jonas ; Valente, Richard H. ; LOMONTE, BRUNO ; GOMES-NETO, FRANCISCO ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE C. . Molecular Architecture of the Antiophidic Protein DM64 and its Binding Specificity to Myotoxin II From Bothrops asper Venom. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES , v. 8, p. 1, 2022.

• SANTOS, MARLON D. M. ; LIMA, DIOGO B. ; Fischer, Juliana S. G. ; CLASEN, MILAN A. ; KURT, LOUISE U. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA CAROLINE ; MONTEIRO, LEANDRO C. ; DE AQUINO, PRISCILA F. ; NEVES-FERREIRA, ANA G. C. ; Valente, Richard H. ; TRUGILHO, MONIQUE R. O. ; BRUNORO, GISELLE V. F. ; SOUZA, TATIANA A. C. B. ; SANTOS, RENATA M. ; BATISTA, MICHEL ; GOZZO, FABIO C. ; DURÁN, ROSARIO ; Yates, John R. ; Barbosa, Valmir C. ; Carvalho, Paulo C. ; et.al . Simple, efficient and thorough shotgun proteomic analysis with PatternLab V. Nature protocols , v. 17, p. 1553-1578, 2022.

• BONILAURI, BERNARDO ; SANTOS, MARLON D.M. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA CAROLINE ; BISPO, SALOÊ ; NOGUEIRA, FABIO C.S. ; Carvalho, Paulo C. ; ZANCHIN, NILSON I.T. ; FISCHER, JULIANA DE S. DA G. . The impact of blood-processing time on the proteome of human peripheral blood mononuclear cells. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS , v. 1869, p. 140581, 2021.

• RODRÍGUEZ-VEGA, ANDRÉS ; LOSADA-BARRAGÁN, MONICA ; BERBERT, LUIZ RICARDO ; MESQUITA-RODRIGUES, CAMILA ; BOMBAÇA, ANA CRISTINA SOUZA ; MENNA-BARRETO, RUBEM ; AQUINO, PRISCILA ; Carvalho, Paulo C. ; PADRÓN, GABRIEL ; DE JESUS, JOSE BATISTA ; CUERVO, PATRICIA . Quantitative analysis of proteins secreted by Leishmania (Viannia) braziliensis strains associated to distinct clinical manifestations of American Tegumentary Leishmaniasis. Journal of Proteomics , v. 232, p. 104077, 2021.

• DE CASTRO ANDREASSA, EMANUELLA ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO DOS ; WASSMANDORF, RAFAELA ; WIPPEL, HELISA HELENA ; Carvalho, Paulo Costa ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; SOUZA, TATIANA DE ARRUDA CAMPOS BRASIL DE . Proteomic changes in Trypanosoma cruzi epimastigotes treated with the proapoptotic compound PAC-1. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS , v. 1869, p. 140582, 2021.

• DA SILVA, ESDRAS MATHEUS GOMES ; SANTOS, LETÍCIA GRAZIELA COSTA ; DE OLIVEIRA, FLÁVIA SANTIAGO ; FREITAS, FLÁVIA CRISTINA DE PAULA ; PARREIRA, VINÍCIUS DA SILVA COUTINHO ; DOS SANTOS, HELLEN GEREMIAS ; TAVARES, RAPHAEL ; Carvalho, Paulo Costa ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE DA COSTA ; HAIBARA, ANDREA SIQUEIRA ; DE ARAUJO-SOUZA, PATRÍCIA SAVIO ; DIAS, ADRIANA ABALEN MARTINS ; PASSETTI, FABIO . Proteogenomics Reveals Orthologous Alternatively Spliced Proteoforms in the Same Human and Mouse Brain Regions with Differential Abundance in an Alzheimer?s Disease Mouse Model. Cells , v. 10, p. 1583, 2021.

• BONILAURI, BERNARDO ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; SANTOS, MARLON D. M. ; FISCHER, JULIANA DE S. DA G. ; Carvalho, Paulo C. ; DALLAGIOVANNA, BRUNO . Proteogenomic Analysis Reveals Proteins Involved in the First Step of Adipogenesis in Human Adipose-Derived Stem Cells. STEM CELLS INTERNATIONAL (ONLINE) , v. 2021, p. 1-14, 2021.

• KURT, LOUISE U ; CLASEN, MILAN A ; SANTOS, MARLON D M ; LYRA, EDUARDO S B ; SANTOS, LUANA O ; RAMOS, CARLOS H I ; LIMA, DIOGO B ; GOZZO, FABIO C ; Carvalho, Paulo C . Characterizing protein conformers by cross-linking mass spectrometry and pattern recognition. BIOINFORMATICS , v. 37, p. 3035-3037, 2021.

• BORGES LIMA, DIOGO ; DUPRÉ, MATHIEU ; MARIANO SANTOS, MARLON DIAS ; Carvalho, Paulo Costa ; CHAMOT-ROOKE, JULIA . DiagnoTop: A Computational Pipeline for Discriminating Bacterial Pathogens without Database Search. JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR MASS SPECTROMETRY , v. 32, p. 1295-1299, 2021.

• LIMA, ANALÍA ; LEYVA, ALEJANDRO ; RIVERA, BERNARDINA ; PORTELA, MARÍA MAGDALENA ; GIL, MAGDALENA ; CASCIOFERRO, ALESSANDRO ; LISA, MARÍA-NATALIA ; WEHENKEL, ANNEMARIE ; BELLINZONI, MARCO ; Carvalho, Paulo C. ; BATTHYÁNY, CARLOS ; ALVAREZ, MARÍA N. ; BROSCH, ROLAND ; ALZARI, PEDRO M. ; DURÁN, ROSARIO . Proteome remodeling in the Mycobacterium tuberculosis PknG knockout: Molecular evidence for the role of this kinase in cell envelope biogenesis and hypoxia response. Journal of Proteomics , v. 244, p. 104276, 2021.

• SILVA, ANDRÉ R.F. ; LIMA, DIOGO B. ; KURT, LOUISE U. ; DUPRÉ, MATHIEU ; CHAMOT-ROOKE, JULIA ; SANTOS, MARLON D.M. ; NICOLAU, CAROLINA ALVES ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; Barbosa, Valmir C. ; Carvalho, Paulo C. . Leveraging the partition selection bias to achieve a high-quality clustering of mass spectra. Journal of Proteomics , v. 245, p. 104282, 2021.

• GONZÁLEZ, LUIS JAVIER ; ENCINOSA GUZMÁN, PEDRO E. ; MACHADO, WENDY ; POUSA, SATOMY ; LEYVA, ALEJANDRO ; ARGUELLES, ANA LAURA CANO ; CABRERA, GLEYSIN ; ESPINOSA, LUIS ARIEL ; PARRA, RUBÉN ; HERNÁNDEZ, RACHEL ; SOTO, YAMIL BELLO ; LEDESMA, FRANK L. ; JOGLAR, MARISDANIA ; GUIROLA, OSMANY ; KURT, LOUISE ULRICH ; Carvalho, Paulo C. ; CABRALES, ANIA ; GARAY, HILDA ; BESADA, VLADIMIR ; DURÁN, ROSARIO ; et.al . Synthesis, LC-MS/MS analysis, and biological evaluation of two vaccine candidates against ticks based on the antigenic P0 peptide from R. sanguineus linked to the p64K carrier protein from Neisseria meningitidis. ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY , v. 413, p. 5885-5900, 2021.

• DE LIMA, JHENIFER YONARA ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; MURAKAMI, MARIO TYAGO ; Carvalho, Paulo Costa ; DE SOUZA, TATIANA DE ARRUDA CAMPOS BRASIL . Cross-linking mass spectrometry reveals structural insights of the glutamine synthetase from Leishmania braziliensis. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ , v. 116, p. AOP, 2021.

• GARCIA, CARLOS HENRIQUE SARAIVA ; DEPOIX, DELPHINE ; Carvalho, Paulo Costa ; BASTOS, IZABELA MARQUES DOURADO ; RICART, CARLOS ANDRÉ ORNELAS ; DE SOUSA, MARCELO VALLE ; FERGUSON, DAVID J.P. ; SANTANA, JAIME MARTINS ; GRELLIER, PHILIPPE ; CHARNEAU, SÉBASTIEN . Comparative proteomic analysis of kinesin-8B deficient Plasmodium berghei during gametogenesis. Journal of Proteomics , v. 236, p. 104118, 2021.

• BOMBAÇA, ANA CRISTINA SOUZA ; BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; DIAS-LOPES, GEOVANE ; ENNES-VIDAL, VITOR ; Carvalho, Paulo Costa ; Perales, Jonas ; D’ ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; MENNA-BARRETO, RUBEM FIGUEIREDO SADOK . Glycolytic profile shift and antioxidant triggering in symbiont-free and H2O2-resistant Strigomonas culicis. FREE RADICAL BIOLOGY AND MEDICINE , v. 146, p. 392-401, 2020.

• SANTOS, MARLOND.M. ; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA CAROLINE ; KURT, LOUISE U. ; CLASEN, MILAN A. ; LYRA, EDUARDO ; GOZZO, FABIO C. ; BATISTA, MICHEL ; Valente, Richard H. ; BRUNORO, GISELLE V.F. ; Barbosa, Valmir C. ; FISCHER, JULIANA S.G. ; Carvalho, Paulo C. . Mixed-data acquisition: Next-generation quantitative proteomics data acquisition. Journal of Proteomics , v. AOP, p. 103803, 2020.

• KURT, LOUISE U. ; CLASEN, MILAN A. ; SANTOS, MARLON D.M. ; SOUZA, TATIANA A.C.B. ; ANDREASSA, EMANUELLA C. ; LYRA, EDUARDO B. ; LIMA, DIOGO B. ; GOZZO, FABIO C. ; Carvalho, Paulo C. . RawVegetable - A data assessment tool for proteomics and cross-linking mass spectrometry experiments. Journal of Proteomics , v. AOP, p. 103864, 2020.

• SILVA, JANAÍNA M. ; WIPPEL, HELISA H. ; SANTOS, MARLON D. M. ; VERISSIMO, DENILDO C. A. ; SANTOS, RENATA M. ; NOGUEIRA, FÁBIO C. S. ; PASSOS, GUSTAVO A. R. ; SPRENGEL, SERGIO L. ; BORBA, LUIS A. B. ; Carvalho, Paulo C. ; FISCHER, JULIANA DE S. DA G. . Proteomics pinpoints alterations in grade I meningiomas of male versus female patients. Scientific Reports , v. 10, p. online, 2020.

• Carvalho, Paulo C. ; SOUZA, TATIANA A.C.B. ; GOZZO, FABIO C. ; BORCHERS, CHRISTOPH . Editorial. Journal of Proteomics , v. NA, p. 103937, 2020.

• VITORINO, RUI ; GUEDES, SOFIA ; TRINDADE, FABIO ; CORREIA, INÊS ; MOURA, GABRIELA ; CARVALHO, PAULO ; SANTOS, MANUEL ; AMADO, FRANCISCO . sequencing of proteins by mass spectrometry. Expert Review of Proteomics , v. AOP, p. 14789450.2020.1831387, 2020.

• CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. ; SANTOS, MARLON D. M. ; Fischer, Juliana S. G. ; SWINKA, BRUNA B. ; BOSQUETTI, BRUNA ; SCHUCK, DESIRÉE C. ; PINCERATI, MARCIA R. ; LORENCINI, MARCIO ; Carvalho, Paulo C. . Proteomics reveals that quinoa bioester promotes replenishing effects in epidermal tissue. Scientific Reports , v. 10, p. AOP, 2020.

• BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; Carvalho, Paulo Costa ; Barbosa, Valmir C. ; PAGNONCELLI, DANTE ; DE MOURA GALLO, CLAUDIA VITÓRIA ; Perales, Jonas ; ZAHEDI, RENÉ PEIMAN ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE DA COSTA . Differential proteomic comparison of breast cancer secretome using a quantitative paired analysis workflow. BMC CANCER , v. 19, p. 365, 2019.

• SIMABUCO, FERNANDO MOREIRA ; PAVAN, ISADORA CAROLINA BETIM ; PESTANA, NATHALIE FORTES ; Carvalho, Paulo Costa ; BASEI, FERNANDA LUISA ; CAMPOS GRANATO, DANIELA ; PAES LEME, ADRIANA FRANCO ; ZANCHIN, NILSON IVO TONIN . Interactome analysis of the human Cap-specific mRNA (nucleoside-2--O-)-methyltransferase 1 (hMTr1) protein. JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY , v. 120, p. 5597-5611, 2019.

• SANTOS, MARLON D.M. ; LIMA, DIOGO B. ; SILVA, ANDRÉ R.F. ; KURT, LOUISE U. ; CLASEN, MILAN A. ; PINTO, ANTÔNIO F.M. ; Moresco, James J. ; Yates, John R. ; AQUINO, PRISCILA ; Barbosa, Valmir C. ; FISCHER, JULIANA S.G. ; Carvalho, Paulo C. . A quantitation module for isotope-labeled peptides integrated into PatternLab for proteomics. Journal of Proteomics , v. 202, p. 103371, 2019.

• CAMINHA, MARCELLE A. ; DE LORENA, VIRGINIA MARIA B. ; DE OLIVEIRA JÚNIOR, WILSON ; Perales, Jonas ; Carvalho, Paulo C. ; LIMA, DIOGO B. ; CAVALCANTI, MARIA DA GLÓRIA A.M. ; MARTINS, SÍLVIA M. ; Valente, Richard H. ; MENNA-BARRETO, RUBEM F.S. . Trypanosoma cruzi immunoproteome: Calpain-like CAP5.5 differentially detected throughout distinct stages of human Chagas disease cardiomyopathy. Journal of Proteomics , v. 194, p. 179-190, 2019.

• LOSADA-BARRAGÁN, MONICA ; UMAÑA-PÉREZ, ADRIANA ; DURÃES, JONATHAN ; CUERVO-ESCOBAR, SERGIO ; RODRÍGUEZ-VEGA, ANDRÉS ; RIBEIRO-GOMES, FLÁVIA L. ; BERBERT, LUIZ R. ; MORGADO, FERNANDA ; PORROZZI, RENATO ; MENDES-DA-CRUZ, DANIELLA ARÊAS ; AQUINO, PRISCILA ; Carvalho, Paulo C. ; SAVINO, WILSON ; SÁNCHEZ-GÓMEZ, MYRIAM ; PADRÓN, GABRIEL ; CUERVO, PATRICIA . Thymic Microenvironment Is Modified by Malnutrition and Leishmania infantum Infection. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology , v. 9, p. AOP, 2019.

• BRUNORO, GISELLE V.F. ; MENNA-BARRETO, RUBEM F.S. ; GARCIA-GOMES, ALINE S. ; BOUCINHA, CAROLINA ; LIMA, DIOGO B. ; Carvalho, Paulo C. ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; TRUGILHO, MONIQUE R.O. ; Perales, Jonas ; SCHWÄMMLE, VEIT ; CATANHO, MARCOS ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; MOTTA, MARIA CRISTINA M. ; D’ ; Valente, Richard H. . Quantitative Proteomic Map of the Trypanosomatid Strigomonas culicis: The Biological Contribution of its Endosymbiotic Bacterium. PROTIST , v. AOP, p. 125698, 2019.

• FERRARI, ALLAN J R ; CLASEN, MILAN A ; KURT, LOUISE ; Carvalho, Paulo C ; GOZZO, FABIO C ; MARTÍNEZ, LEANDRO . TopoLink: evaluation of structural models using chemical crosslinking distance constraints. BIOINFORMATICS , v. 35, p. 3169-3170, 2019.

• LIMA, DIOGO B ; SILVA, ANDRÉ R F ; DUPRÉ, MATHIEU ; SANTOS, MARLON D M ; CLASEN, MILAN A ; KURT, LOUISE U ; AQUINO, PRISCILA F ; Barbosa, Valmir C ; Carvalho, Paulo C ; CHAMOT-ROOKE, JULIA . Top-Down Garbage Collector: a tool for selecting high-quality top-down proteomics mass spectra. BIOINFORMATICS , v. 35, p. 3489-3490, 2019.

• WIPPEL, HELISA HELENA ; MALGARIN, JULIANE SOLDI ; INOUE, ALEXANDRE HARUO ; LEPREVOST, FELIPE DA VEIGA ; Carvalho, Paulo Costa ; GOLDENBERG, SAMUEL ; ALVES, LYSANGELA RONALTE . Unveiling the partners of the DRBD2-mRNP complex, an RBP in Trypanosoma cruzi and ortholog to the yeast SR-protein Gbp2. BMC MICROBIOLOGY , v. 19, p. N/A, 2019.

• LOSADA-BARRAGÁN, MONICA ; UMAÑA-PÉREZ, ADRIANA ; RODRIGUEZ-VEGA, ANDRÉS ; CUERVO-ESCOBAR, SERGIO ; AZEVEDO, RENATA ; MORGADO, FERNANDA N. ; DE FRIAS CARVALHO, VINICIUS ; AQUINO, PRISCILA ; Carvalho, Paulo C. ; PORROZZI, RENATO ; SÁNCHEZ-GÓMEZ, MYRIAM ; PADRON, GABRIEL ; CUERVO, PATRICIA . Proteomic profiling of splenic interstitial fluid of malnourished mice infected with Leishmania infantum reveals defects on cell proliferation and pro-inflammatory response. Journal of Proteomics , v. AOP, p. 103492, 2019.

• VITORINO, RUI ; CARVALHO, PAULO ; PENQUE, DEBORAH . Editorial: Tutorials in Bioinformatics for Biological Science. Journal of Proteomics , v. 171, p. 1, 2018.

• LIMA, DIOGO B ; MELCHIOR, JOHN T ; MORRIS, JAMIE ; Barbosa, Valmir C ; CHAMOT-ROOKE, JULIA ; FIORAMONTE, MARIANA ; SOUZA, TATIANA A C B ; Fischer, Juliana S G ; GOZZO, FABIO C ; Carvalho, Paulo C ; DAVIDSON, W SEAN . Characterization of homodimer interfaces with cross-linking mass spectrometry and isotopically labeled proteins. Nature Protocols , v. 13, p. 431-458, 2018.

• CHAPEAUROUGE, ALEX ; SILVA, ANDREZA ; CARVALHO, PAULO ; MCCLEARY, RYAN ; MODAHL, CASSANDRA ; Perales, Jonas ; KINI, R. ; MACKESSY, STEPHEN . Proteomic Deep Mining the Venom of the Red-Headed Krait, Bungarus flaviceps. Toxins , v. 10, p. 373, 2018.

• GIL, MAGDALENA ; LIMA, ANALÍA ; RIVERA, BERNARDINA ; ROSSELLO, JESSICA ; URDÁNIZ, ESTEFANÍA ; CASCIOFERRO, ALESSANDRO ; CARRIÓN, FEDERICO ; WEHENKEL, ANNEMARIE ; BELLINZONI, MARCO ; BATTHYÁNY, CARLOS ; PRITSCH, OTTO ; DENICOLA, ANA ; ALVAREZ, MARÍA N. ; Carvalho, Paulo C. ; LISA, MARÍA-NATALIA ; BROSCH, ROLAND ; PIURI, MARIANA ; ALZARI, PEDRO M. ; DURÁN, ROSARIO . New substrates and interactors of the mycobacterial Serine/Threonine protein kinase PknG identified by a tailored interactomic approach. Journal of Proteomics , v. 192, p. 321-333, 2018.

• CHAGAS, VERA LUCIA ANTUNES ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; DOS SANTOS PAIVA RIBEIRO, BRUNA ; ROSMAN, FERNANDO COLONNA ; Carvalho, Paulo Costa ; FORNY, DANIELLE ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria . A Molecular Study of Solid Pseudopapillary Neoplasm of the Pancreas in a Pediatric Patient. INTERNATIONAL JOURNAL OF CLINICAL PEDIATRICS , v. 7, p. 63-68, 2018.

• CAMINHA, MARCELLE A. ; DE LORENA, VIRGINIA MARIA B. ; DE OLIVEIRA JÚNIOR, WILSON ; Perales, Jonas ; Carvalho, Paulo C. ; LIMA, DIOGO B. ; CAVALCANTI, MARIA DA GLÓRIA A.M. ; MARTINS, SÍLVIA M. ; Valente, Richard H. ; MENNA-BARRETO, RUBEM F.S. . Data on antigen recognition hindrance by antibodies covalently immobilized to Protein G magnetic beads by dimethyl pimelimidate (DMP) cross-linking. DATA IN BRIEF , v. 22, p. 516, 2018.

• WIPPEL, HELISA HELENA ; INOUE, ALEXANDRE HARUO ; VIDAL, NEWTON MEDEIROS ; COSTA, JIMENA FERREIRA DA ; MARCON, BRUNA HILZENDEGER ; ROMAGNOLI, BRUNO ACCIOLY ALVES ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; Carvalho, Paulo Costa ; GOLDENBERG, SAMUEL ; ALVES, LYSANGELA RONALTE . Assessing the partners of RBP9-mRNP complex in Trypanosoma cruzi using shotgun proteomics and RNA-seq. RNA Biology , v. 15, p. 1106-1118, 2018.

• FIORAMONTE, MARIANA ; DE JESUS, HUGO CESAR RAMOS ; FERRARI, ALLAN JHONATHAN RAMOS ; LIMA, DIOGO BORGES ; DREKENER, ROBERTA LOPES ; CORREIA, CARLOS ROQUE DUARTE ; OLIVEIRA, LUCIANA GONZAGA ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE DA COSTA ; Carvalho, Paulo Costa ; GOZZO, FABIO CESAR . XPlex: An Effective, Multiplex Cross-Linking Chemistry for Acidic Residues. ANALYTICAL CHEMISTRY , v. 90, p. 6043-6050, 2018.

• MARTINY, PATRÍCIA BORBA ; ALCOBA, DIEGO DUARTE ; NETO, BRASIL SILVA ; Carvalho, Paulo Costa ; BRUM, ILMA SIMONI . A proteomic glimpse into the oncogenesis of prostate cancer. Journal of Applied Biomedicine , v. 16, p. 328-336, 2018.

• CUI, CHUANLONG ; LIU, TONG ; CHEN, TONG ; LU, JOHANNA ; CASAREN, IAN ; LIMA, DIOGO BORGES ; Carvalho, Paulo Costa ; BEUVE, ANNIE ; LI, HONG . Comprehensive identification of protein disulfide bonds with pepsin/trypsin digestion, Orbitrap HCD and Spectrum Identification Machine. Journal of Proteomics , v. 198, p. 78-86, 2018.

• ALMEIDA, FABIANA GREYCE OLIVEIRA ; DE AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; CHALUB, SIDNEY RAIMUNDO S. ; ARAUJO, GABRIEL DUARTE T. ; Domont, Gilberto B. ; DE SOUZA, AFONSO DUARTE L. ; Carvalho, Paulo C. ; FISCHER, JULIANA DE SALDANHA DA G. . Proteomic assessment of colorectal cancers and respective resection margins from patients of the Amazon state of Brazil. Journal of Proteomics (Print) , v. 154, p. 59-68, 2017.

• MONTEIRO, KARINA M. ; LORENZATTO, KARINA R. ; DE LIMA, JEFERSON C. ; DOS SANTOS, GUILHERME B. ; FÖRSTER, SABINE ; PALUDO, GABRIELA P. ; Carvalho, Paulo C. ; BREHM, KLAUS ; FERREIRA, HENRIQUE B. . Comparative proteomics of hydatid fluids from two Echinococcus multilocularis isolates. Journal of Proteomics , v. AOP, p. AOP, 2017.

• TRUGILHO, MONIQUE RAMOS DE OLIVEIRA ; HOTTZ, EUGENIO DAMACENO ; BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; Carvalho, Paulo Costa ; SALAZAR, GUSTAVO ADOLFO ; ZIMMERMAN, GUY A. ; BOZZA, FERNANDO A. ; BOZZA, PATRÍCIA T. ; Perales, Jonas . Platelet proteome reveals novel pathways of platelet activation and platelet-mediated immunoregulation in dengue. PLoS Pathogens , v. 13, p. e1006385, 2017.

• WOWK, PRYSCILLA FANINI ; ZARDO, MARIA LUISA ; MIOT, HALISSON TESSEROLI ; GOLDENBERG, SAMUEL ; Carvalho, Paulo Costa ; MÖRKING, PATRICIA ALVES . Proteomic profiling of extracellular vesicles secreted from Toxoplasma gondii. PROTEOMICS , v. AOP, p. 1600477, 2017.

• TREVISAN-SILVA, DILZA ; BEDNASKI, ALINE V. ; FISCHER, JULIANA S.G. ; VEIGA, SILVIO S. ; BANDEIRA, NUNO ; GUTHALS, ADRIAN ; MARCHINI, FABRICIO K. ; LEPREVOST, FELIPE V. ; Barbosa, Valmir C. ; SENFF-RIBEIRO, ANDREA ; Carvalho, Paulo C. . A multi-protease, multi-dissociation, bottom-up-to-top-down proteomic view of the Loxosceles intermedia venom. Scientific Data , v. 4, p. 170090, 2017.

• ROSSELLO, JESSICA ; LIMA, ANALÍA ; GIL, MAGDALENA ; RODRÍGUEZ DUARTE, JORGE ; CORREA, AGUSTÍN ; Carvalho, Paulo C. ; KIERBEL, ARLINET ; DURÁN, ROSARIO . The EAL-domain protein FcsR regulates flagella, chemotaxis and type III secretion system in Pseudomonas aeruginosa by a phosphodiesterase independent mechanism. Scientific Reports , v. 7, p. 10281, 2017.

• CHAVES, DANIELA F. SEIXAS ; Carvalho, Paulo C. ; BRASILI, ELISA ; ROGERO, MARCELO MACEDO ; HASSIMOTTO, NEUZA MARIKO AYMOTO ; DIEDRICH, JOLENE K ; MORESCO, JAMES J ; Yates, John R. ; LAJOLO, FRANCO MARIA . Proteomic Analysis of Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) after a High-Fat, High-Carbohydrate Meal With Orange Juice. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH , v. AOP, p. acs.jproteome.7b00476, 2017.

• WIPPEL, HELISA HELENA ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; CLASEN, MILAN AVILA ; KURT, LOUISE ULRICH ; NOGUEIRA, FABIO CESAR SOUSA ; CARVALHO, CARLOS EDUARDO ; MCCORMICK, THAÍS MESSIAS ; NETO, GUILHERME PINTO BRAVO ; ALVES, LYSANGELA RONALTE ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria ; Carvalho, Paulo Costa ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama . Comparing intestinal versus diffuse gastric cancer using a PEFF-oriented proteomic pipeline. Journal of Proteomics , v. 171, p. 63-72, 2017.

• GARCIA, CARLOS H.S. ; DEPOIX, DELPHINE ; QUEIROZ, RAYNER M.L. ; SOUZA, JAQUES M.F. ; FONTES, WAGNER ; DE SOUSA, MARCELO V. ; SANTOS, MARLON D.M. ; Carvalho, Paulo C. ; GRELLIER, PHILIPPE ; CHARNEAU, SÉBASTIEN . Dynamic molecular events associated to Plasmodium berghei gametogenesis through proteomic approach. Journal of Proteomics , v. 180, p. 88-98, 2017.

• SILVA, ANDRÉ R.F. ; LIMA, DIOGO B. ; LEYVA, ALEJANDRO ; DURAN, ROSARIO ; BATTHYANY, CARLOS ; AQUINO, PRISCILA F. ; LEAL, JULIANA C. ; RODRIGUEZ, JIMMY E. ; Domont, Gilberto B. ; SANTOS, MARLON D.M. ; CHAMOT-ROOKE, JULIA ; Barbosa, Valmir C. ; Carvalho, Paulo C. . DiagnoProt: a tool for discovery of new molecules by mass spectrometry. BIOINFORMATICS , v. 33, p. 1883-1885, 2017.

• SHAH, MOHIBULLAH ; TEIXEIRA, FABIANO M. ; SOARES, EMANOELLA L. ; SOARES, ARLETE A. ; Carvalho, Paulo C. ; Domont, Gilberto B. ; THORNBURG, ROBERT W. ; NOGUEIRA, FÁBIO C. S. ; CAMPOS, FRANCISCO A. P. . Time-course proteome analysis of developing extrafloral nectaries of Ricinus communis. Proteomics (Weinheim. Print) , v. 16, p. 629-633, 2016.

• BORGES, MARCIA H. ; FIGUEIREDO, SUELY G. ; LEPREVOST, FELIPE V. ; DE LIMA, MARIA ELENA ; CORDEIRO, MARTA DO N. ; DINIZ, MARCELO R.V. ; MORESCO, JAMES ; Carvalho, Paulo C. ; Yates, John R. . Venomous extract protein profile of Brazilian tarantula Grammostola iheringi: searching for potential biotechnological applications. Journal of Proteomics (Print) , v. 136, p. 35-47, 2016.

• MELCHIOR, JOHN T. ; WALKER, RYAN G. ; MORRIS, JAMIE ; JONES, MARTIN K. ; SEGREST, JERE P. ; LIMA, DIOGO B. ; Carvalho, Paulo C. ; GOZZO, FABIO C. ; CASTLEBERRY, MARK ; THOMPSON, THOMAS B. ; DAVIDSON, W. SEAN . An Evaluation of the Crystal Structure of C-terminal Truncated Apolipoprotein A-I in Solution Reveals Structural Dynamics Related to Lipid Binding. Journal of Biological Chemistry (Online) , v. 291, p. jbc.M115.706093, 2016.

• LIMA, D. C. ; DUARTE, F. T. ; MEDEIROS, V. K. S. ; Carvalho, P. C. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; ARAUJO, G. D. T. ; DOMONT, G. B. ; BATISTUZZO DE MEDEIROS, S. R. . GeLC-MS-based proteomics of Chromobacterium violaceum: comparison of proteome changes elicited by hydrogen peroxide. Scientific Reports , v. 6, p. 28174, 2016.

• SANTANA, ALINE GUIMARÃES ; GRACHER, ANA HELENA PEREIRA ; RÜDIGER, ANDRÉ LUIS ; ZANCHIN, NILSON IVO TONIN ; Carvalho, Paulo Costa ; CIPRIANI, THALES RICARDO ; DE ARRUDA CAMPOS BRASIL DE SOUZA, TATIANA . Identification of potential targets for an anticoagulant pectin. Journal of Proteomics (Print) , v. AOP, p. AOP, 2016.

• NICOLAU, CAROLINA A. ; Carvalho, Paulo C. ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L.M. ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; JUNQUEIRA, MAGNO ; Perales, Jonas ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE C. ; Valente, Richard H. . An in-depth snake venom proteopeptidome characterization: Benchmarking Bothrops jararaca. Journal of Proteomics (Print) , v. AOP, p. AOP, 2016.

• DE AQUINO, PRISCILA F. ; Carvalho, Paulo Costa ; NOGUEIRA, FÁBIO C. S. ; da Fonseca, Clovis Orlando ; DE SOUZA SILVA, JÚLIO CESAR THOMÉ ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa ; Domont, Gilberto B. ; ZANCHIN, NILSON I. T. ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama . A Time-Based and Intratumoral Proteomic Assessment of a Recurrent Glioblastoma Multiforme. Frontiers in Oncology , v. 6, p. AOP, 2016.

• SANTOS, RENATA M. ; NOGUEIRA, FABIO C.S. ; BRASIL, ALINE A. ; Carvalho, Paulo C. ; LEPREVOST, FELIPE V. ; Domont, Gilberto B. ; ELEUTHERIO, ELIS C.A. . Quantitative proteomic analysis of the Saccharomyces cerevisiae industrial strains CAT-1 and PE-2. Journal of Proteomics (Print) , v. AOP, p. AOP, 2016.

• OLIVEIRA, CAMILA ; Carvalho, Paulo Costa ; ALVES, LYSANGELA RONALTE ; GOLDENBERG, SAMUEL . The Role of the Trypanosoma cruzi TcNRBD1 Protein in Translation. Plos One , v. 11, p. e0164650, 2016.

• RABELO, KÍSSILA ; TRUGILHO, MONIQUE R.O. ; COSTA, SIMONE M. ; PEREIRA, BERNARDO A.S. ; DA C. MOREIRA, OTACÍLIO ; FERREIRA, ANDRÉ T.S. ; Carvalho, Paulo C. ; Perales, Jonas ; ALVES, ADA M.B. . The effect of the dengue non-structural 1 protein expression over the HepG2 cell proteins in a proteomic approach. Journal of Proteomics (Print) , v. AOP, p. AOP, 2016.

• RABELO, KÍSSILA ; TRUGILHO, MONIQUE R.O. ; COSTA, SIMONE M. ; FERREIRA, ANDRÉ T.S. ; Carvalho, Paulo C. ; Perales, Jonas ; ALVES, ADA M.B. . Dataset of proteins mapped on HepG2 cells and those differentially abundant after expression of the dengue non-structural 1 protein. Data in Brief , v. AOP, p. AOP, 2016.

• CARVALHO, CARLOS EDUARDO ; MCCORMICK, THAÍS MESSIAS ; Carvalho, Paulo Costa ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; AQUINO, PRISCILA FERREIRA DE ; BRAVO NETO, GUILHERME PINTO ; CARVALHO, MARIA DA GLÓRIA DA COSTA . Considerations about gastric cancer proteomics. Revista do Colégio Brasileiro de Cirurgiões (Online) , v. 43, p. 395-397, 2016.

• DA SILVA MENEGASSO, ANALLY RIBEIRO ; PRATAVIEIRA, MARCEL ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; ROAT, THAISA CRISTINA ; MALASPINA, OSMAR ; PALMA, MARIO SERGIO . Profiling the proteomics in honeybee worker brains submitted to the proboscis extension reflex. Journal of Proteomics (Print) , v. 151, p. 131-134, 2016.

• BORGES, DIOGO ; B. LIMA, DIOGO ; B. DE LIMA, TATIANI ; S. BALBUENA, TIAGO ; C. NEVES-FERREIRA, ANA GISELE ; C. BARBOSA, VALMIR ; C. GOZZO, FABIO ; C. CARVALHO, PAULO . Using SIM-XL to identify and annotate cross-linked peptides analyzed by mass spectrometry. Nature Protocol Exchange , v. AOP, p. AOP, 2015.

• BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; Carvalho, Paulo Costa ; FERREIRA, ANDRÉ TEIXEIRA DA SILVA ; Perales, Jonas ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; DE MOURA GALLO, CLAUDIA VITÓRIA ; PAGNONCELLI, DANTE ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE DA COSTA . Proteomic profiling of nipple aspirate fluid (NAF): Exploring the complementarity of different peptide fractionation strategies. Journal of Proteomics (Print) , v. 117, p. 86-94, 2015.

• CHAPEAUROUGE, ALEX ; REZA, MD ABU ; MACKESSY, STEPHEN P. ; Carvalho, Paulo C. ; Valente, Richard H. ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; Perales, Jonas ; LIN, QINGSONG ; KINI, R. MANJUNATHA . Interrogating the Venom of the Viperid Snake Sistrurus catenatus edwardsii by a Combined Approach of Electrospray and MALDI Mass Spectrometry. Plos One , v. 10, p. e0092091, 2015.

• MELANI, RAFAEL D. ; ARAUJO, GABRIEL D.T. ; Carvalho, Paulo C. ; GOTO, LIVIA ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; JUNQUEIRA, MAGNO ; Domont, Gilberto B. . Seeing beyond the tip of the iceberg: A deep analysis of the venome of the Brazilian Rattlesnake, Crotalus durissus terrificus. EuPA Open Proteomics , v. AOP, p. AOP, 2015.

• ALMEIDA, FABIANA GREYCE OLIVEIRA ; DE AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; DE SOUZA, AFONSO DUARTE LEÃO ; DE SOUZA, ANTONIA QUEIROZ LIMA ; DO CARMO VINHOTE, SONIA ; MAC-CORMICK, THAÍS MESSIAS ; DA MOTA SILVA, MARCELO SOARES ; CHALUB, SIDNEY RAIMUNDO SILVA ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria . Colorectal cancer DNA methylation patterns from patients in Manaus, Brazil. Biological Research , v. 48, p. 50, 2015.

• LEPREVOST, FELIPE DA VEIGA ; BARBOSA, V. C. ; Carvalho, Paulo C . Using PepExplorer to Filter and Organize De Novo Peptide Sequencing Results. Current Protocols in Bioinformatics , v. 13, p. 1-9, 2015.

• Carvalho, Paulo C. ; PADRON, GABRIEL ; CALVETE, JUAN J. ; PEREZ-RIVEROL, YASSET . Computational proteomics: Integrating mass spectral data into a biological context. Journal of Proteomics (Print) , v. 129, p. 1-2, 2015.

• LIMA, DIOGO B. ; DE LIMA, TATIANI B. ; Balbuena, Tiago S. ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE C. ; Barbosa, Valmir C. ; GOZZO, FÁBIO C. ; Carvalho, Paulo C. . SIM-XL: A powerful and user-friendly tool for peptide cross-linking analysis. Journal of Proteomics (Print) , v. 129, p. 51-55, 2015.

• FISCHER, JULIANA DE S. DA G. ; DOS SANTOS, MARLON D.M. ; MARCHINI, FABRICIO K. ; Barbosa, Valmir C. ; Carvalho, Paulo C. ; ZANCHIN, NILSON I.T. . A scoring model for phosphopeptide site localization and its impact on the question of whether to use MSA. Journal of Proteomics (Print) , v. 129, p. 42-50, 2015.

• SANTANA, A. G. ; Carvalho, P.C. ; ZANCHIN, NILSON I.T. ; SOUZA, T. A. C. B. . A Method for Purifying Native Transthyretin from Human Plasma. Biochemistry & Pharmacology: Open Access , v. 4, p. 5, 2015.

• SHAH, MOHIBULLAH ; SOARES, EMANOELLA L. ; Carvalho, Paulo C. ; SOARES, ARLETE A. ; Domont, Gilberto B. ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; CAMPOS, FRANCISCO A. P. . Proteomic Analysis of the Endosperm Ontogeny of Jatropha curcas L. Seeds. Journal of Proteome Research (Print) , v. 14, p. 2557-2568, 2015.

• Carvalho, Paulo C ; LIMA, DIOGO B ; LEPREVOST, FELIPE V ; SANTOS, MARLON D M ; Fischer, Juliana S G ; AQUINO, PRISCILA F ; MORESCO, JAMES J ; Yates, John R ; Barbosa, Valmir C . Integrated analysis of shotgun proteomic data with PatternLab for proteomics 4.0. Nature Protocols (Print) , v. 11, p. 102-117, 2015.

• MOREIRA, CARLOS JC ; WANIEK, PETER J ; Valente, Richard H ; Carvalho, Paulo C ; Perales, Jonas ; FEDER, DENISE ; GERALDO, REINALDO B ; CASTRO, HELENA C ; AZAMBUJA, PATRICIA ; RATCLIFFE, NORMAN A ; MELLO, CÍCERO B . Isolation and molecular characterization of a major hemolymph serpin from the triatomine, Panstrongylus megistus. Parasites & Vectors , v. 7, p. 23, 2014.

• Fischer, Juliana ; CANEDO, NATHALIE ; GONCALVES, KATIA ; CHIMELLI, LEILA ; FRANCA, MONIQUE ; LEPREVOST, FELIPE ; AQUINO, PRISCILA ; CARVALHO, PAULO ; CARVALHO, MARIA . Proteome Analysis of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues from a Primary Gastric Melanoma and its Meningeal Metastasis: A Case Report. Current Topics in Medicinal Chemistry (Print) , v. 14, p. 382-387, 2014.

• PEREZ-RIVEROL, YASSET ; CARVALHO, PAULO . Editorial (Thematic Issue: Genomics and Proteomics behind Drug Design). Current Topics in Medicinal Chemistry (Print) , v. 14, p. 343-343, 2014.

• AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; LIMA, DIOGO BORGES ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; MELANI, RAFAEL DONADÉLLI ; NOGUEIRA, FABIO C. S. ; CHALUB, SIDNEY R. S. ; SOARES, ELZALINA R. ; Barbosa, Valmir C. ; Domont, Gilberto B. ; Carvalho, Paulo C. . Exploring the Proteomic Landscape of a Gastric Cancer Biopsy with the Shotgun Imaging Analyzer. Journal of Proteome Research (Print) , v. 13, p. 314-320, 2014.

• MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL ; Carvalho, Paulo C. ; SCHMITT, ANDREA ; JUNQUEIRA, MAGNO ; NOGUEIRA, FÁBIO C. S. ; TURCK, CHRISTOPH W. ; Domont, Gilberto B. . Deciphering the Human Brain Proteome: Characterization of the Anterior Temporal Lobe and Corpus Callosum As Part of the Chromosome 15-centric Human Proteome Project. Journal of Proteome Research (Print) , v. 13, p. 147-157, 2014.

• LEPREVOST, FELIPE DA VEIGA ; Barbosa, Valmir C. ; FRANCISCO, EDUARDO L. ; PEREZ-RIVEROL, YASSET ; Carvalho, Paulo C. . On best practices in the development of bioinformatics software. Frontiers in Genetics , v. 5, p. 199, 2014.

• SOARES, EMANOELLA L. ; SHAH, MOHIBULLAH ; SOARES, ARLETE A. ; COSTA, JOSÉ HÉLIO ; Carvalho, Paulo C. ; Domont, Gilberto B. ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; CAMPOS, FRANCISCO A.P. . Proteome analysis of the inner integument from developing seeds of Jatropha curcas L.. Journal of Proteome Research (Print) , v. AOP, p. 140710143825003, 2014.

• LEPREVOST, F. V. ; VALENTE, R. H. ; LIMA, D. B. ; Perales, J. ; MELANI, R. ; Yates, J. R. ; BARBOSA, V. C. ; JUNQUEIRA, M. ; Carvalho, P. C. . PepExplorer: A Similarity-driven Tool for Analyzing de Novo Sequencing Results. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS , v. 13, p. 2480-2489, 2014.

• LIMA, DANIEL C ; DUARTE, FÁBIO T ; MEDEIROS, VIVIANE ; LIMA, DIOGO B ; CARVALHO, PAULO ; BONATTO, DIEGO ; BATISTUZZO DE MEDEIROS, SILVIA R . The influence of iron on the proteomic profile of Chomobacterium violaceum. BMC Microbiology (Online) , v. 14, p. 267, 2014.

• Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Carvalho, Paulo C. ; CANEDO, N. H. S. ; GONCALVES, K. M. S. ; AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; ALMEIDA, B. ; PANNAIN, V. L. N. ; CARVALHO, M. G. C. . Applications of Formalin Fixed Paraffin-Embedded Tissue Proteomics in the Study of Cancer. Austin Proteomics , v. 1, p. 1-7, 2014.

• BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; CAMINHA, MARCELLE ALMEIDA ; DA SILVA FERREIRA, ANDRÉ TEIXEIRA ; DA VEIGA LEPREVOST, FELIPE ; Carvalho, Paulo Costa ; Perales, Jonas ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; MENNA-BARRETO, RUBEM FIGUEIREDO SADOK . Reevaluating the Trypanosoma cruzi proteomic map: the shotgun description of bloodstream trypomastigotes. Journal of Proteomics (Print) , v. AOP, p. AOP, 2014.

• LEPREVOST, F.V. ; LIMA, D.B. ; CRESTANI, J. ; PEREZ-RIVEROL, Y. ; ZANCHIN, N. ; Barbosa, V.C. ; Carvalho, P.C. . Pinpointing differentially expressed domains in complex protein mixtures with the cloud service of PatternLab for Proteomics. Journal of Proteomics (Print) , v. 89, p. 179-182, 2013.

• PINHEIRO, CAMILA B. ; SHAH, MOHIBULLAH ; SOARES, EMANOELLA L. ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; Carvalho, Paulo C. ; JUNQUEIRA, MAGNO ; ARAÚJO, GABRIEL D. T. ; SOARES, ARLETE A ; Domont, Gilberto B. ; CAMPOS, FRANCISCO A.P. . Proteome Analysis of Plastids from Developing Seeds of Jatropha curcas L.. Journal of Proteome Research (Print) , v. AOP, p. 130915105936003, 2013.

• PEREZ-RIVEROL, YASSET ; SÁNCHEZ, ANIEL ; NODA, JESUS ; BORGES, DIOGO ; Carvalho, Paulo Costa ; WANG, RUI ; VIZCAÍNO, JUAN ANTONIO ; BETANCOURT, LÁZARO ; RAMOS, YASSEL ; DUARTE, GABRIEL ; NOGUEIRA, FABIO C.S. ; GONZÁLEZ, LUIS J. ; PADRÓN, GABRIEL ; TABB, DAVID L. ; HERMJAKOB, HENNING ; Domont, Gilberto B. ; BESADA, VLADIMIR . HI-Bone: A Scoring System for Identifying Phenylisothiocyanate-Derivatized Peptides Based on Precursor Mass and High Intensity Fragment Ions. Analytical Chemistry , v. 85, p. 3515-3520, 2013.

• GONZÁLEZ-CABALLERO, NATALIA ; RODRÍGUEZ-VEGA, ANDRÉS ; DIAS-LOPES, GEOVANE ; VALENZUELA, JESUS G. ; RIBEIRO, JOSE M.C. ; Carvalho, Paulo Costa ; Valente, Richard H. ; BRAZIL, REGINALDO P. ; CUERVO, PATRICIA . Expression of the mevalonate pathway enzymes in the Lutzomyia longipalpis (Diptera: Psychodidae) sex pheromone gland demonstrated by an integrated proteomic approach. Journal of Proteomics (Print) , v. 16, p. 117-132, 2013.

• CHAVES, DANIELA F. S. ; Carvalho, Paulo C. ; LIMA, DIOGO B. ; NICASTRO, HUMBERTO ; LORENZETI, FÁBIO M. ; SIQUEIRA-FILHO, MÁRIO ; HIRABARA, SANDRO M. ; ALVES, PAULO H. M. ; Moresco, James J. ; Yates, John R. ; LANCHA, ANTONIO H. . Comparative Proteomic Analysis of the Aging Soleus and Extensor Digitorum Longus Rat Muscles Using TMT Labeling and Mass Spectrometry. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH , v. 12, p. 4532-4546, 2013.

• BORGES, D. ; PEREZ-RIVEROL, Y. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; DOMONT, G. B. ; NODA, J. ; DA VEIGA LEPREVOST, F. ; BESADA, V. ; FRANCA, F. M. G. ; BARBOSA, V. C. ; SANCHEZ, A. ; Carvalho, P. C. . Effectively addressing complex proteomic search spaces with peptide spectrum matching. BIOINFORMATICS , v. 29, p. 1343-1344, 2013.

• BORGES, D. ; PEREZ-RIVEROL, Y. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; DOMONT, G. B. ; NODA, J. ; DA VEIGA LEPREVOST, F. ; BESADA, V. ; FRANCA, F. M. G. ; BARBOSA, V. C. ; SANCHEZ, A. ; Carvalho, P. C. . Effectively addressing complex proteomic search spaces with peptide spectrum matching. BIOINFORMATICS , v. 29, p. 1343-1344, 2013.

• Crestani, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; Han, Xuemei ; Seixas, Adriana ; Broetto, Leonardo ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Staats, Charley Christian ; Schrank, Augusto ; Yates, John R. ; Vainstein, Marilene Henning . Proteomic Profiling of the Influence of Iron Availability on. Journal of Proteome Research (Print) , v. 11, p. 189-205, 2012.

• JUNQUEIRA, M. ; Carvalho, P. C. . Tools and challenges for diversity-driven proteomics in Brazil. Proteomics (Weinheim. Print) , v. 12, p. 2601-2606, 2012.

• Fonslow, Bryan R. ; Niessen, Sherry M. ; Singh, Meha ; Wong, Catherine C. L. ; Xu, Tao ; Carvalho, Paulo C. ; Choi, Jeong ; Park, Sung Kyu ; Yates, John R. . Single-Step Inline Hydroxyapatite Enrichment Facilitates Identification and Quantitation of Phosphopeptides from Mass-Limited Proteomes with MudPIT. Journal of Proteome Research (Print) , v. NT, p. 120417132154005, 2012.

• Carvalho, P. C. ; Yates III, J. R. ; BARBOSA, V. C. . Improving the TFold test for differential shotgun proteomics. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 28, p. 1652-1654, 2012.

• Yates, John R ; Park, Sung Kyu Robin ; Delahunty, Claire M ; Xu, Tao ; Savas, Jeffrey N ; Cociorva, Daniel ; Carvalho, Paulo Costa . Toward objective evaluation of proteomic algorithms. Nature Methods , v. 9, p. 455-456, 2012.

• Carvalho, Paulo C. ; Balbuena, Tiago S. ; Yates, John R. ; Cociorva, Daniel ; Xu, Tao ; Perales, Jonas ; Fischer, Juliana S. G. ; Valente, Richard H. ; Barbosa, Valmir C. . Search engine processor: Filtering and organizing peptide spectrum matches. Proteomics (Weinheim. Print) , v. 12, p. 944-949, 2012.

• NICOLAU, CAROLINA A. ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; Carvalho, Paulo C. ; JUNQUEIRA, MAGNO ; Perales, Jonas ; NEVES, ANA GISELE -FERREIRA C. ; Valente, Richard H. . 227. Proteopeptidome Determination of Bothrops jararaca Venom: an Innovative Approach in Snake Venomics. Toxicon (Oxford) , v. 60, p. 211-212, 2012.

• DE AQUINO, P.F. ; Carvalho, P.C. ; DA GAMA FISCHER, J.S. ; DE SOUZA, A.Q.L. ; VIANA, J.S. ; CHALUB, S.R.S. ; DE SOUZA, A.D.L. ; CARVALHO, M.G.C. . Epstein-Barr virus DNA associated with gastric adenocarcinoma and adjacent non-cancerous mucosa in patients from Manaus, Brazil. Genetics and Molecular Research , v. 11, p. 4442-4446, 2012.

• AQUINO, PRISCILA F. ; Fischer, Juliana S. G. ; NEVES-FERREIRA, ANA G. C. ; Perales, Jonas ; Domont, Gilberto B. ; ARAUJO, GABRIEL D. T. ; Barbosa, Valmir C. ; VIANA, JUCILANA ; CHALUB, SIDNEY R. S. ; LIMA DE SOUZA, ANTONIA Q. ; CARVALHO, MARIA G. C. ; LEÃO DE SOUZA, AFONSO D. ; Carvalho, Paulo C. . Are Gastric Cancer Resection Margin Proteomic Profiles More Similar to Those from Controls or Tumors?. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH , v. 11, p. 121113080804005, 2012.

• Carvalho, P. C. ; FISCHER, J. S. G. ; Perales, J. ; Yates, J. R. ; BARBOSA, V. C. ; BAREINBOIM, E. . Analyzing marginal cases in differential shotgun proteomics. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 27, p. 275-276, 2011.

• de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; Costa Carvalho, Paulo ; da Fonseca, Clovis Orlando ; Liao, Lujian ; Degrave, Wim M. ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria ; Yates, John R. ; Domont, Gilberto B. ; Carvalho, Paulo C . Chemo-Resistant Protein Expression Pattern of Glioblastoma Cells (A172) to Perillyl Alcohol. Journal of Proteome Research (Print) , v. 10, p. 153-160, 2011.

• Fonslow, Bryan R. ; Carvalho, Paulo C. ; Academia, Katrina ; Freeby, Steve ; Xu, Tao ; Nakorchevsky, Aleksey ; Paulus, Aran ; Yates, John R. . Improvements in Proteomic Metrics of Low Abundance Proteins through Proteome Equalization Using ProteoMiner Prior to MudPIT. Journal of Proteome Research (Print) , v. 00, p. 110624111106081, 2011.

• Rebello, Karina M. ; Barros, Juliana S.L. ; Mota, Ester M. ; Carvalho, Paulo C. ; Perales, Jonas ; Lenzi, Henrique L. ; Neves-Ferreira, Ana G.C. . Comprehensive proteomic profiling of adult Angiostrongylus costaricensis, a human parasitic nematode. Journal of Proteomics , v. 74, p. 1545-1559, 2011.

• Barboza, Rodrigo ; Cociorva, Daniel ; Xu, Tao ; Barbosa, Valmir C. ; Perales, Jonas ; Valente, Richard H. ; França, Felipe M. G. ; Yates, John R. ; Carvalho, Paulo C. . Can the false-discovery rate be misleading?. Proteomics (Weinheim. Print) , v. 11, p. 4105-4108, 2011.

• Nishimura, Noriyuki ; Sarkeshik, Ali ; Nito, Kazumasa ; Park, Sang-Youl ; Wang, Angela ; Carvalho, Paulo C. ; Lee, Stephen ; Caddell, Daniel F. ; Cutler, Sean R. ; Chory, Joanne ; Yates, John R. ; Schroeder, Julian I. . PYR/PYL/RCAR family members are major in-vivo ABI1 protein phosphatase 2C-interacting proteins in Arabidopsis. Plant Journal , v. 61, p. 290-299, 2010.

• Carvalho, P. C. ; Han, X. ; Xu, T. ; COCIORVA, D. ; Carvalho, M. d. G. ; BARBOSA, V. C. ; Yates, J. R. . XDIA: improving on the label-free data-independent analysis. Bioinformatics (Oxford) , v. 26, p. 847-848, 2010.

• Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Liao, Lujian ; Carvalho, Paulo C. ; Barbosa, Valmir C. ; Domont, Gilberto B. ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa ; Yates III, John R. . Dynamic proteomic overview of glioblastoma cells (A172) exposed to perillyl alcohol. Journal of Proteomics , v. 73, p. 1018-1027, 2010.

• Carvalho, P. C. ; Yates III, John R. ; BARBOSA, V. C. . Analyzing shotgun proteomic data with PatternLab for proteomics. Current Protocols in Bioinformatics , v. 30, p. 13.13.1-13.13.1, 2010.

• Moresco, James J. ; Carvalho, Paulo C. ; Yates III, John R. . Identifying components of protein complexes in C. elegans using co-immunoprecipitation and mass spectrometry. Journal of Proteomics , v. 73, p. 2198-2204, 2010.

• Carvalho, Paulo C. ; Cociorva, Daniel ; Wong, Catherine C. L. ; Carvalho, Maria da Gloria da C. ; Barbosa, Valmir C. ; Yates, John R. ; Carvalho, Paulo C . Charge Prediction Machine: Tool for Inferring Precursor Charge States of Electron Transfer Dissociation Tandem Mass Spectra. Analytical Chemistry (Washington) , v. 81, p. 1996-2003, 2009.

• Carvalho, Paulo C ; Fischer, Juliana S G ; Chen, Emily I ; Domont, Gilberto B ; Carvalho, Maria G C ; Degrave, Wim M ; Yates, John R ; Barbosa, Valmir C . GO Explorer: A gene-ontology tool to aid in the interpretation of spectral counting data in shotgun proteomics. Proteome Science , v. 7, p. 6, 2009.

• Carvalho, P. C. ; Xu, T. ; Han, X. ; COCIORVA, D. ; BARBOSA, V. C. ; Yates, J. R. . YADA: a tool for taking the most out of high-resolution spectra. Bioinformatics (Oxford) , v. 25, p. 2734-2736, 2009.

• Carvalho, P.C. ; HEWEL, J. ; Barbosa, V.C. ; Yates III, J.R. . Identifying differences in protein expression levels by spectral counting and feature selection. Genetics and Molecular Research , v. 7, p. 342-356, 2008.

• CARVALHO, PC ; JUNQUEIRA, M. ; VALENTE, RH ; DOMONT, G. B. . Caititu: A tool to graphically represent peptide sequence coverage and domain distribution. Journal of Proteomics , v. 71, p. 486-489, 2008.

• CARVALHO, PC ; Fischer, Juliana SG ; Chen, Emily I ; Yates, John R ; Barbosa, Valmir C . PatternLab for proteomics: a tool for differential shotgun proteomics. BMC Bioinformatics , v. 9, p. 316, 2008.

• FISCHER, J. S. G. ; Carvalho, Paulo C ; NEVES FERREIRA, A. G. ; ORLANDO, C. ; Perales JHA ; m.g.c.carvalho ; DOMONT, G. B. . Anti-thrombin is a prognostic biomarker candidate for patients with recurrent glioblastoma multiform under treatment with perillyl alcohol. Journal of Experimental Therapeutics & Oncology , v. 7, p. 285-290, 2008.

• CARVALHO, PC ; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; LILLA, S. ; NUCCI, G. ; FONSECA NETO, R. ; Spector, N ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . Differential protein expression patterns obtained by mass spectrometry can aid in the diagnosis of Hodgkins disease. Journal of Experimental Therapeutics & Oncology , v. 6, p. 137-145, 2007.

• CARVALHO, PC ; FISCHER, J. S. G. ; BARBOSA, V. C. ; DEGRAVE, W. M. ; m.g.c.carvalho ; DOMONT, G. B. . Ellipsoid clustering machine: a front line to aid in disease diagnosis. RECIIS. Electronic Journal of Communication Information and Innovation in Health (English edition. Online) , v. 1, p. 308-315, 2007.

• FISCHER, J. S. G. ; CARVALHO, PC ; GATTASS, C. R. ; M.E.M. Paschoal ; SILVA, M. S. M. E. ; m.g.c.carvalho . Effect of perillyl alcohol and heat shock in human adenocarcinoma lung cells. Journal of Experimental Therapeutics & Oncology , v. 5, p. 301-307, 2006.

• CARVALHO, PC ; FREITAS, S. S. ; DEGRAVE, W. M. ; FONSECA NETO, R. ; CABELLO, P. H. . Personalized diagnosis by cached solutions with hypertension as a study model. Genetics and Molecular Research , v. 5, p. 856-867, 2006.

• Carvalho, Paulo Costa ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Degrave, Wim M. ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa . Marcadores séricos e espectrometria de massa no diagnóstico do câncer. Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Impresso) , v. 42, p. 431-436, 2006.

• Carvalho, Paulo C ; Glória, Rafael V ; de Miranda, Antonio B ; Degrave, Wim M . Squid - a simple bioinformatics grid. BMC Bioinformatics , v. 6, n.197, p. 197, 2005.

• Carvalho, Paulo Costa ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; SILVA, MARCELO SOARES DA MOTA E ; MUSACCHIO, JULIANE ; SPECTOR, NELSON ; DEGRAVE, WIM MAURITS ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa . Detecção de potenciais marcadores moleculares séricos da doença de Hodgkin. Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Impresso) , v. 41, p. 165-168, 2005.

• Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; SILVA, MARCELO SOARES DA MOTA E ; PASCHOAL, MARCOS EDUARDO ; GATTASS, CERLI ROCHA ; Carvalho, Paulo Costa ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa . Efeito do álcool perílico na expressão gênica de células de adenocarcinoma de pulmão humano. Jornal Brasileiro de Pneumologia (Impresso) , v. 31, p. 511-515, 2005.

• REBELLO, ANDRÉ SOARES ; CARVALHO, MARIA DA GLÓRIA DA COSTA ; REBELLO, MARIA CHRISTINA SOARES ; Fischer, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; CARVALHO, JOSÉ FRANCISCO DE OLIVEIRA . Detecção molecular da reativação simultânea de VZV e HSV em paciente com história clínica de roseola infantum. Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Impresso) , v. 39, p. 207-209, 2003.

• Carvalho, P.C. ; Fischer, Juliana ; Xu, T. ; Yates III, J. R. ; Barbosa, Valmir C . PatternLab: from mass spectra to label-free differential shotgun proteomics. PatternLab: from mass spectra to label-free differential shotgun proteomics.. 13ed.: Wiley, 2012, v. 40, p. 1-18.

• m.g.c.carvalho ; CARVALHO, PC ; REBELLO, M. C. S. . Reação em cadeia pela polimerase. Semiologia e Métodos especiais em Dermatologia. Rio de Janeiro: Editora Atheneu, 2007, v. , p. -.

• FOURNIER, M. V. ; CARVALHO, PC ; MAGEE, D. D. ; m.g.c.carvalho . Section 3: Biomarkers and Clinical Proteomics. In: Krishnarao, Appasani. (Org.). BioArrays: From Basics to Diagnostics. NAed.Totowa: Humana Press, 2005, v. , p. 29-.

• CARVALHO, PC . Engenharia da computação a serviço da Oncobiologia. Onconews, 01 set. 2007.

• CARVALHO, PC . Inteligência protéica. Agencia Fapesp, 21 dez. 2005.

• Carvalho, P. C. ; SEIXAS, L. . Tecnologia pode tornar Brasil competitivo em proteomica. Planeta COPPE.

• CARVALHO, PC . Inteligência Artificial e Espectrometria de Massa na Medicina. In: FESBE 2005, 2005, Aguas de Lindoia. Anais da FESBE 2005, 2005.

• ROSSLE, S. C. ; CARVALHO, PC ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, P. M. . Development of a computational environment for protein structure prediction and functional analysis. In: II Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003, Macae. Anais do Segundo Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003. v. 1. p. 57-63.

• Carvalho, P.C. ; SILVA, M. S. M. E. ; AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Carvalho, Maria da Gloria Costa . Epigenetic and proteomic analysis of gastric tumor and its histologically free proximal and distal margins. In: American Association for Cancer Research, 2014, San Diego. American Association for Cancer Research, 2014.

• WIPPEL, HELISA HELENA ; DOS SANTOS, MARLON D.M. ; CLASEN, MILAN AVILA ; KURT, LOUISE ULRICH ; NOGUEIRA, F. C. S. ; MAC-CORMICK, THAÍS MESSIAS ; ALVES, LYSANGELA RONALTE ; m.g.c.carvalho ; Paulo Da Costa Carvalho ; Fischer, Juliana . Quantitative proteomic analysis of intestinal and diffuse types of gastric cancer using a new PEFF-oriented pipeline within PatternLab for proteomics. In: American Society for Mass Spectrometry, 2018, San Diego. Proceedings of the American Society for Mass Spectrometry, 2018.

• Fischer, Juliana ; MELCHIOR, JOHN T ; B. LIMA, DIOGO ; BARBOSA, V. C. ; GOZZO, F. ; SOUZA, T. A. C. B. ; DAVIDSON, W. SEAN ; Paulo Da Costa Carvalho . Using SIM-XL and cross-linking mass spectrometry to characterize homodimer interfaces of isotopically-labeled proteins. In: American Society for Mass Spectrometry, 2018, San Diego. Proceedings of the American Society for Mass Spectrometry, 2018.

• VELASQUEZ, E. ; MELANI, RAFAEL DONADÉLLI ; CARVALHO, PAULO ; LIMA, DIOGO B. ; JUNQUEIRA, M. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; Domont, Gilberto . CROSS-SPECIES QUANTIFICATION OF SNAKE VENOMS USING iTRAQ. In: American Society for Mass Spectrometry, 2014, Washington DC. American Society for Mass Spectrometry, 2014.

• LEPREVOST, F. V. ; VALENTE, R. H. ; BORGES, DIOGO ; Perales JHA ; MELANI, RAFAEL DONADÉLLI ; YATES, J. R. ; BARBOSA, V. C. ; JUNQUEIRA, M. ; Carvalho, Paulo C . PepExplorer: a similarity-driven tool for analyzing de novo sequencing results. In: BrMass V, 2013, Campinas. BrMass V, 2013.

• Aquino, P. F. ; FISCHER, J. S. G. ; NEVES FERREIRA, A. G. ; Perales JHA ; Domont, Gilberto ; Carvalho, Maria da Gloria Costa ; Viana J.S. ; CHALUB, A. D. L. ; Souza, A. D. L. ; Souza, A. Q. L ; Carvalho, P. C. . Proteomicaly scrutinizing the gastric cancer resection margin for malignancies.. In: XLI Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012.

• Fischer, Juliana ; GONCALVES, K. M. S. ; CANEDO, N. H. S. ; Carvalho, P.C. ; TEIXEIRA, G. D. ; Domont, Gilberto ; Perales JHA ; m.g.c.carvalho . Investigating astrocytomas by mass spectrometry based proteomics of formalin fixed paraffin embedding tissues. In: HUPO, 2012, Boston. 11th Annual World Congress - Human Proteome Organization, 2012.

• Nicolau, C.A. ; Texeira-Ferreira, A. ; Beghini, D.G. ; Carvalho, P. C. ; JUNQUEIRA, M. ; Perales, J. ; VALENTE, RH . OFFGEL technology for snake venom peptidomics - Bothropos Jararaca. In: SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL reunião anual SBBq, 2011.

• Carvalho, P. C. ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Xu, Tao ; COCIORVA, D. ; BALBUENA, T. ; VALENTE, RH ; Perales JHA ; YATES, J. R., III ; BARBOSA, V. C. . SEPro: a tool for maximizing peptide sequence matches. In: BrMass IV, 2011, Campinas. http://www.brmass.com.br/congresso/, 2011.

• CRESTANI, J. ; Carvalho, P. C. ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Liao, Lujian ; Yates III, John R. ; VAINSTEIN, M. H. . Proteomics of Copper Deprivation in Cryptococcus gatti using 2D-PAGE and MudPIT. In: 110th General Meeting of the American Society of Microbiology, 2010, San Diego. General Meeting of the American Society of Microbiology, 2010.

• Han, X. ; Carvalho, Paulo C ; Xu, T. ; Cociorva, Daniel ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa ; Barbosa, Valmir C. ; YATES, J. R., III . Extended Data-Independent Acquisition (XDIA): Improving on the label-free data-independent analysis. In: American Society for Mass Spectrometry (ASMS), 2010, Salt Lake City. Proceeding of the ASMS 2010, 2010.

• Carvalho, P. C. ; COCIORVA, D. ; Wong C C L ; Carvalho, Maria da Gloria da C. ; Barbosa, Valmir C. ; YATES, J. R., III . A tool for inferring precursor charge states of Electron Transfer Dissociation tandem mass spectra. In: American Society For Mass Spectrometry (ASMS), 2009, Philadelphia. ASMS 2009, 2009.

• CARVALHO, PC ; FISCHER, J. S. G. ; Barbosa, Valmir C ; Yates, JR, III . PatternLab: An integrated approach for analyzing spectral counting data. In: La Jolla Proteomics Conference, from Experiment to Computing, 2008, San Diego. Program of the La Jolla Proteomics Conference, from Experiment to Computing, 2008.

• CARVALHO, PC ; FISCHER, J. S. G. ; DOMONT, G. B. ; m.g.c.carvalho ; YATES, J. R., III ; BARBOSA, V. C. . A novel strategy for diferential proteomics by spectral counting and statistical learning. In: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2007, Salvador. Anais da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2007, 2007.

• CARVALHO, PC ; FISCHER, J. S. G. ; DOMONT, G. B. ; m.g.c.carvalho ; YATES, J. R., III ; BARBOSA, V. C. . Nova estratégia para proteômica diferencial ajuda a elucidar mecanismos de ação do álcool perílico em células de glioblastoma multiforme (A172). In: I Simposio em Oncobiologia, 2007, Rio de Janeiro. Onconews, 2007.

• CARVALHO, PC ; NUCCI, G. ; MUSACCHIO, J. ; m.g.c.carvalho ; Spector, N ; FONSECA NETO, R. ; LILLA, S. ; DEGRAVE, W. M. ; DOMONT, G. B. . Maximum divergence analysis for MS biomarker hunting. In: Ammerican Association for Cancer Research Anual Meeting, 2006, Washington DC. Proceeding of the American Association for Cancer Research Anual Meeting - 2006, 2006.

• CARVALHO, PC ; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; LILLA, S. ; NUCCI, G. ; FONSECA NETO, R. ; Spector, N ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . DIAGNOSING HODGKIN?S DISEASE BY SUPPORT VECTOR MACHINES AND SERUM GLOBAL PROTEOMIC PROFILE OBTAINED WITH ESI-MS. In: Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular 2005, 2005, Aguas de Lindoia. Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular 2005, 2005.

• FISCHER, J. S. G. ; GATTASS, C. R. ; CARVALHO, PC ; M.E.M. Paschoal ; SILVA, M. S. M. E. ; m.g.c.carvalho . Modification in ERK regulation by perillyl alcohol and heat shock in adenocarcinoma lung cells. In: 10th World Congress on Advances in Oncology and 8th International Symposium on Molecular Medicine, 2005, Greece - Creta. 10th World Congress on Advances in Oncology and 8th International Symposium on Molecular Medicine, 2005.

• CARVALHO, PC ; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; DOMONT, G. B. . Pattern Recognition in the Cancer Proteome for Medical Diagnosis. In: IX Jornada Científica de Pós Graduação, 2005, Rio de Janeiro. Anais do IX Jornada Científica de Pos Graduação e XIII Reunião Anual de Iniciação Cientifica, 2005. p. 415-415.

• CARVALHO, PC ; GLORIA, R. V. ; TAVARES, D. M. ; CATANHO, M. ; CAPRILES, P. V. S. Z. ; Guimaraes, A. C. R. ; MIRANDA, A. B. ; DEGRAVE, W. M. . Squid - A SImple Bioinformatics Grid. In: Segunda Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos - LNCC, 2004, Petrópolis. -, 2004.

• LEOPOLDINO, A. M. ; JUNQUEIRA, M. ; DOMONT, G. B. ; CARVALHO, PC ; AZEVEDO JR, W. F. ; TAJARA, E. H. . CLONAGEM, EXPRESSÃO E PURIFICAÇÃO DA QUINASE DEPENDENTE DE CICLINA 9 (CDK9) HUMANA. In: Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Sociedade Brasileira de Genética.

• CARVALHO, PC ; NUCCI, G. ; m.g.c.carvalho ; Spector, N ; DEGRAVE, W. M. ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . Pattern Analysis of Sera from Healthy Controls and Hodgkins Disease Patients Obtained by Q-TOF Mass Spectrometry. In: Advances in Proteomics in Cancer Research - AACR, 2004, Miami. Advances in Proteomics in Cancer Research Conference Proceedings, 2004.

• CARVALHO, PC ; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. . Abordagem de Bioinformática para Genotipagem Viral usando como modelo o Vírus do Papiloma Humano (HPV). In: 37 Congresso Brasileiro de Patologia Clinica / Medicina Laboratorial, 2003, Rio de Janeiro. Resumos de Temas Livres, 2003. p. 34-34.

• ROSSLE, S. C. ; CARVALHO, PC ; ANSUATTIGUI JUNIOR, W. ; BISCH, P. M. . Mhol3D: Ambiete Computacional para a aplicação de Metodos de Modelagem por Homologia em Genômica Estrutural. In: VI Jornada Científica - II Conferência Carlos Chagas Filho 40 anos da Pós-Graduação do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, 2003, Rio de Janeiro. Jornada Científica - Intituto de Biofisica Carlos Chagas Filho, 2003.

• DOMONT, G. B. ; CARVALHO, PC ; NUCCI, G. ; Spector, N ; LILLA, S. ; m.g.c.carvalho ; MUSACCHIO, J. . Toward a Cancer-free Serum Standard through Electrospray Mass Spectrometry and Bioinformatics. Molecular and Cellular Proteomics , v. 4, p. S88, 2005.

• CARVALHO, PC ; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; LILLA, S. ; NUCCI, G. ; FONSECA NETO, R. ; Spector, N ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . Medical diagnosis through electrospray mass spectrometry and bioinformatics. International Journal of Molecular Medicine , v. 16, p. S7-S7, 2005.

• Carvalho, P. C. . Ac omputational approach for structural proteomics disease elucidation. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• C. CARVALHO, PAULO . Structural proteomics as a tool for diseases mechanism elucidation. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, P. C. . PatternLab for proteomics 4.0: a one-stop-shop for analyzing proteomic data. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• C. CARVALHO, PAULO . SIM-XL: a powerful and user-friendly tool for peptide cross-linking analysis. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, Paulo Costa . Metodologia computacional para análise de dados proteômicos de organismos sem genoma sequenciado. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, P. C. . Da espectrometria de massa à proteomica diferencial. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• Carvalho, P. C. . Computational strategies and challenges for analyzing shotgun proteomic data. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• Carvalho, Paulo C. . Can the false discovery rate provide misleading results when analyzing shotgun proteomic data?. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, Paulo C . Analyzing shotgun proteomic data. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, P. C. . A strategy to automatically infer precursor charge states of electron transfer dissociation tandem mass spectra. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, Paulo C . A next generation label-free quantitation strategy for analyzing complex peptide mixtures. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, Paulo C . A novel strategy for diferential proteomics by spectral counting and statistical learning. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, PC . Medical diagnosis through electrospray mass spectrometry and bioinformatics. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, Paulo C . Inteligência Artificial e Espectrometria de Massa na Medicina. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, G. S. G. ; CARVALHO, PC . The land of the magical orbs. Amazon, 2023 (Livro).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Exposome Vichy, Descrição: Aplicação de inteligencia artificial para caracterização do exposomo da saúde da pele em colaboração com Vichy.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador / DOS SANTOS, MARLON D.M. - Integrante / CAMILLO-ANDRADE, AMANDA C. - Integrante / SALES, LUCAS ALBUQUERQUE - Integrante., Financiador(es): Vichy - Cooperação.

• 2020 - Atual

  PatternLab 5.0: Ambiente Computacional para Proteômica, Descrição: Um dos objetivos da proteômica é identificar e quantificar as proteínas de um sistema biológico na busca de maior entendimento, ao nível molecular. O conhecimento gerado auxilia na descoberta de novos biomarcadores e no desenvolvimento fármacos. Para isso, amostras complexas como fluidos biológicos, tecidos, biópsias ou cultura de células são analisadas por espectrometria de massas, gerando uma coleção com milhares de espectros que não podem ser interpretados manualmente. Solução Desenvolvemos o ambiente computacional, chamado PatternLab for Proteomics, que viabiliza a análise dos espectros para experimentos proteômicos. O ambiente computacional oferece uma série de módulos inéditos que permitem análise estatística e interpretação biológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (4) . , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador / Valmir Carneiro Barbosa - Integrante / Richard H Valente - Integrante / Ana G Neves Ferreira - Integrante / Fischer, Juliana S G - Integrante / Priscila Aquino - Integrante / DOS SANTOS, MARLON D.M. - Integrante / GOZZO, FÁBIO C. - Integrante / B. LIMA, DIOGO - Integrante / TRUGILHO, MONIQUE RAMOS DE OLIVEIRA - Integrante / CLASEN, MILAN A - Integrante / KURT, LOUISE - Integrante / BRUNORO, GISELLE V.F. - Integrante.

• 2020 - Atual

  PROVID19 - Caracterização de painel proteico para a classificação de pacientes infectados com SARS-CoV2 que evoluem ao óbito, Descrição: Desde que a pandemia por SARS-CoV-2 foi instituída, dados alarmantes quanto ao número de infectados e óbitos têm surgido em nível mundial. Em especial, a realidade do Amazonas chama atenção com um elevado número de casos e óbitos. O desenvolvimento de um painel de prognóstico pode auxiliar o sistema único de Saúde frente a atual sobrecarga, principalmente na hora de priorizar pacientes para a UTI. Este projeto visa auxiliar nessa problemática através de uma metodologia inovadora para convergir a um painel de proteínas correlacionadas a evolução clínica de pacientes infectados com COVID-19.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Integrante / Juliana de Saldanha da Gama Fischer - Integrante / Priscila Aquino - Coordenador / DOS SANTOS, MARLON D.M. - Integrante.

• 2019 - Atual

  OligoCert, Descrição: Metodologia computacional para certificação de oligos sintetizados e analisados por espectrometria de massas. O projeto possui colaboração com empresa internacional (Nao tendo CNPJ no Brasil e portanto nao foi possivel ser cadastrada no lattes). , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador / B. LIMA, DIOGO - Integrante / CLASEN, MILAN A - Integrante / KURT, LOUISE - Integrante.

• 2018 - Atual

  DiagnoProt: Identificação e caracterização de microorganismos de interesse para a saúde pública através de espectrometria de massas e inteligência artificial, Descrição: Objetivamos o desenvolvimento de metodologia computacional para identificação de microorganismos de interesse para a saúde publica por espectrometria de massa e inteligência artificial. Estes não necessariamente requerem ter o seu genoma seqüenciado. Para isso, microorganismos de referencia serão fornecidos por laboratórios da Fiocruz. Uma biblioteca espectral será gerada a partir da analise por espectrometria de massa em tandem de digestos tripticos do conteúdo protéico dos respectivos organismos por cromatografia líquida de fase reversa em nano-fluxo diretamente acoplado ao espectrômetro do tipo Orbitrap. Em seguida desenvolveremos algoritmo capaz de classificar probabilisticamente uma amostra desconhecida analisada por metodologia similar a uma dos organismos catalogados na biblioteca. Esperamos que este sistema de reconhecimento de padrões possa vir a auxiliar em diagnósticos realizados em Laboratórios de Referência pertencentes ao Ministério da Saúde.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Programa de Desenvolvimento Tecnológico em Insumos para Saúde - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2017 - Atual

  Metodologia computacional para determinação de estrutura proteica e interação proteína-proteína por espectrometria de massas, Descrição: Neste projeto, pretendemos desenvolver um software que permita a identificação de peptídeos ligados covalentemente por ACL (cross-linked peptides). Além de realizar a identificação dos dados gerados usando cross-linkers comercialmente disponíveis (e.g., BS3 e DSS), o software deverá ser capaz de interpretar dados de novos ACL em desenvolvimento no grupo, tais como os que reagem especificamente com aminoácidos ácidos, favorecendo a geração de fragmentos internos. Atualmente, nenhuma ferramenta computacional está preparada para realizar a identificação de espectros primariamente compostos por este tipo de fragmento. A capacidade de trabalhar com novos cross-linkers deverá ampliar bastante nossa gama de possibilidades experimentais, aumentando o poder preditivo dos estudos de interação proteína-proteína e de determinação de estruturas proteicas por espectrometria de massas. Para isso, o algoritmo utilizará técnicas de reconhecimento de padrões probabilísticos para caracterizar estruturas proteicas e complexos proteína-proteína/peptídeo analisados por espectrometria de massas e, em última análise, contribuir para o desenvolvimento de novas drogas. Em conclusão, os resultados deste trabalho deverão ter impacto imediato nas pesquisas nacional e internacional sobre interação proteína-proteína e/ou suas estruturas terciárias. Adicionalmente, é importante destacar a contribuição deste projeto à formação de recursos humanos em computação aplicada à espectrometria de massas. Apesar de certas vertentes da bioinformática já estarem bastante consolidadas no Brasil (e.g., bioinformática genômica), aquela voltada à espectrometria de massas certamente está entre as mais carentes. Com o aumento significativo do número de espectrômetros de massas, equipamentos extremamente custosos que vêm sendo disseminados por nosso país, é imprescindível a formação de recursos humanos especializados no desenvolvimento de algoritmos para análise de dados proteômicos, permitindo a evolução consistente da ciência nacional na era pós-genômica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador / Valmir Carneiro Barbosa - Integrante / Fabio Gozzo - Integrante / LIMA, DIOGO B - Integrante / B. DE LIMA, TATIANI - Integrante., Financiador(es): PAPES / Fiocruz - Auxílio financeiro.

• 2014 - Atual

  Determining protein-protein interaction and protein structures by mass spectrometry and cloud computing, Descrição: Cells are composed of complex networks of signaling cascades that regulate cellular functions. Activation of a signal transduction pathway usually occurs by some extracellular stimuli that initiate a message propagation to ultimately trigger effectors that turn ?on? or ?off? a specific cell response. To disrupt the pathway, such targets must be ?inactivated?; for this, a drug must be able to dock in the so-called proteins? active site. This project capitalizes on the emerging field of cross-linked peptide mass spectrometry and statistical pattern recognition to address a bottleneck on protein modeling and protein-protein interaction for ultimately helping to design new drugs.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador / Valmir Carneiro Barbosa - Integrante / LIMA, DIOGO BORGES - Integrante / GOZZO, FÁBIO C. - Integrante / B. DE LIMA, TATIANI - Integrante., Financiador(es): Microsoft Research - Auxílio financeiro.

Projetos de desenvolvimento

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

• 2011 - Atual

  Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa, Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.

Prêmios