Anderson Rici Amorim

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• AMORIM, ANDERSON RICI ; ZAFALON, GERALDO FRANCISCO DONEGÁ ; CONTESSOTO, ALLAN DE GODOI ; VALÊNCIO, CARLOS ROBERTO ; SATO, LIRIA MATSUMOTO . Metaheuristics for multiple sequence alignment: a systematic review. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY , v. 94, p. 107563, 2021.

• YUXUAN, CHEN ; SOUZA, ROGÉRIA C. G. ; CONTESSOTO, ALLAN G. ; AMORIM, ANDERSON R. . Guidelines for the development of educational games to motivate the learning of theoretical concepts in Engineering and Computing courses. Computer Applications in Engineering Education , v. 29, p. 1312-1323, 2021.

• AMORIM, ANDERSON RICI ; NEVES, LEANDRO ALVES ; VALÊNCIO, CARLOS ROBERTO ; ROBERTO, GUILHERME FREIRE ; ZAFALON, GERALDO FRANCISCO DONEGÁ . An approach for COFFEE objective function to global DNA multiple sequence alignment. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY , v. 75, p. 39-44, 2018.

• DONEGÁ ZAFALON, GERALDO FRANCISCO ; NOGUEIRA DA CRUZ, ÁLVARO MAGRI ; AMORIM, ANDERSON RICI ; ANDRADE, MATHEUS CARREIRA ; CONTESSOTO, ALLAN DE GODOI ; NEVES, LAENDRO ALVES ; GRATÃODE SOUZA, ROGÉRIA CRISTIANE ; VALÊNCIO, CARLOS ROBERTO ; SATO, LIRIA MATSUMOTO . Performance Improvement of SNP Search Using Multithread Programming. JOURNAL OF COMPUTER SCIENCES , v. 14, p. 1465-1474, 2018.

• AMORIM, A R ; ZAFALON, G F D ; NEVES, L A ; PINTO, A R ; VALÊNCIO, C R ; MACHADO, J M . Improvements in the sensibility of MSA-GA tool using COFFEE objective function. Journal of Physics. Conference Series (Online) , v. 574, p. 012104, 2015.

• ZAFALON, G F D ; VISOTAKY, J M V ; AMORIM, A R ; VALÊNCIO, C R ; NEVES, L A ; DE SOUZA, R C G ; MACHADO, J M . A parallel approach of COFFEE objective function to multiple sequence alignment. Journal of Physics. Conference Series (Online) , v. 633, p. 012084, 2015.

• CONTESSOTO, A. G. ; AMORIM, A. R. ; SOUZA, R. C. G. . Abordagem prática para gestão de projetos de software utilizando o guia PMBoK. In: André Luiz Satoshi Kawamoto; Ana Grasielle Dionísio Corrêa; Valéria Farinazzo Martins. (Org.). I Jornada Latino-americana de Atualização em Informática: Anais. 1ed.São Paulo: SBC, 2018, v. 1, p. 26-48.

• NOGUEIRA DA CRUZ, ÁLVARO ; GOMES, VITORIA ; ANDRADE, MATHEUS ; AMORIM, ANDERSON ; VALÊNCIO, CARLOS ; VAUGHAN, GILBERTO ; ZAFALON, GERALDO . Optimization of SNP Search Based on Masks Using Graphics Processing Unit. In: 25th International Conference on Enterprise Information Systems, 2023, Prague. Proceedings of the 25th International Conference on Enterprise Information Systems, 2023. p. 134.

• ZAFALON, GERALDO ; AMORIM, ANDERSON ; ANDRADE, MATHEUS ; GOMES, VITORIA . A Hybrid Genetic Algorithm using Progressive Alignment and Consistency based Approach for Multiple Sequence Alignments. In: 24th International Conference on Enterprise Information Systems, 2022, Online Streaming. Proceedings of the 24th International Conference on Enterprise Information Systems, 2022. p. 167.

• ZAFALON, GERALDO ; GOMES, VITORIA ; AMORIM, ANDERSON ; VALÊNCIO, CARLOS . A Hybrid Approach using Progressive and Genetic Algorithms for Improvements in Multiple Sequence Alignments. In: 23rd International Conference on Enterprise Information Systems, 2021, Online Streaming. Proceedings of the 23rd International Conference on Enterprise Information Systems, 2021. v. 2. p. 384-391.

• LUIZ LAMPA, IGOR ; DE GODOI CONTESSOTO, ALLAN ; RICI AMORIM, ANDERSON ; FRANCISCO DONEGÁ ZAFALON, GERALDO ; VALÊNCIO, CARLOS ROBERTO ; SOUZA, ROGÉRIA CRISTIANE GRATÃO DE . Project Scope Management: A Strategy Oriented to the Requirements Engineering. In: 19th International Conference on Enterprise Information Systems, 2017, Porto. Proceedings of the 19th International Conference on Enterprise Information Systems, 2017. p. 370-378.

• AMORIM, ANDERSON RICI ; VISOTAKY, JOAO MATHEUS VERDADEIRO ; CONTESSOTO, ALLAN DE GODOI ; NEVES, LEANDRO ALVES ; SOUZA, ROGERIA CRISTIANE GRATAO DE ; VALENCIO, CARLOS ROBERTO ; ZAFALON, GERALDO FRANCISCO DONEGA . Performance Improvement of Genetic Algorithm for Multiple Sequence Alignment. In: 2016 17th International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies (PDCAT), 2016, Guangzhou. 2016 17th International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies (PDCAT), 2016. p. 69-72.

• CONTESSOTO, ALLAN G. ; ANA, LAÍS A. SANT? ; SOUZA, ROGÉRIA C. G. ; VALÊNCIO, CARLOS R. ; ZAFALON, GERALDO F. D. ; AMORIM, ANDERSON R. ; ESTECA, ANTONIO M. N. . Improving risk identification process in project management. In: The 28th International Conference on Software Engineering and Knowledge Engineering, 2016. org.crossref.xschema._1.Title@64176546. p. 555.

• ZAFALON, G F D ; VISOTAKY, J. M. V. ; AMORIM, A R ; VALÊNCIO, C R ; NEVES, L A ; SOUZA, R. C. G. ; MACHADO, J M . A parallel approach of COFFEE objective function to multiple sequence alignment. In: International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2015, Mykonos. Proceedings of the 4th International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences (IC-MSQUARE), 2015.

• AMORIM, A R ; ZAFALON, G F D ; NEVES, L A ; PINTO, A. R. ; VALENCIO, C. R. ; MACHADO, J M . Improvements in the sensibility of MSA-GA tool using COFFEE objective function. In: International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2014, Madri. Proceedings of the 3rd International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences (IC-MSQUARE), 2014.

• ANDRADE, M. C. ; AMORIM, A. R. ; CRUZ, A. M. N. ; ZAFALON, G. F. D. . Utilização de grafos para análise de sequências de DNA. In: 31º Colóquio Brasileiro de Matemática, 2017, Rio de Janeiro. 31º Colóquio Brasileiro de Matemática, 2017.

• AMORIM, A. R. ; VALENCIO, C. R. ; ZAFALON, G. F. D. ; MACHADO, J. M. . Melhorias na sensibilidade da ferramenta MSA-GA utilizando a função objetivo COFFEE. In: 22º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP - SIICUSP, 2014, São Carlos. 22º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP - SIICUSP, 2014.

• CRUZ, A. M. N. ; AMORIM, A. R. ; ANDRADE, M. C. ; ZAFALON, G. F. D. . Análise Avançada de Padrões para Nucleotídeos de Polimorfismo Simples (SNP). In: XXIX Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2017, São José do Rio Preto. Trabalhos Apresentados na 1ª Fase do XXIX CIC, 2017.

• GUIMARAES, R. C. ; TEIXEIRA, M. A. ; AMORIM, A. R. . Estudo sobre aplicações de algoritmos genéticos para solução de problemas de otimização. In: IX Encontro Cientifico da UNILAGO, 2017, São José do Rio Preto. Anais do IX Encontro Cientifico da UNILAGO, 2017.

• ANDRADE, M. C. ; AMORIM, A. R. ; CRUZ, A. M. N. ; ZAFALON, G. F. D. . Ferramenta para Análise de Timepoints Utilizando Redes One-Step para Avaliação de Pacientes em Resposta a Tratamento. In: XXIX Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2017, São José do Rio Preto. Trabalhos Apresentados na 1ª Fase do XXIX CIC, 2017.

• CRUZ, A. M. N. ; AMORIM, A. R. ; ZAFALON, G. F. D. . Estratégia computacional eficiente para busca de padrões em biossequências. In: XXVIII Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2016, São José do Rio Preto. Trabalhos Apresentados na 1ª Fase do XXVIII CIC, 2016.

• AMORIM, A. R. ; ZAFALON, G. F. D. . Alinhamento múltiplo de sequências utilizando algoritmo genético multifunção e colônia de formigas. In: VI Workshop do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, 2016, São José do Rio Preto. VI Workshop do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, 2016.

• ZAFALON, G F D ; VISOTAKY, J. M. V. ; AMORIM, A R ; VALÊNCIO, C R ; NEVES, L. A. ; SOUZA, R. C. G. ; MACHADO, J M . A parallel approach of COFFEE objective function to multiple sequence alignment. In: International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2015, Mykonos. Proceedings of the International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2015.

• AMORIM, A. R. ; ZAFALON, G. F. D. ; NEVES, L. A. ; PINTO, A. R. ; VALENCIO, C. R. ; MACHADO, J. M. . Improvements in the sensibility of MSA-GA tool using COFFEE objective function. In: International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2014, Madri. Proceedings of the International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2014.

• AMORIM, A. R. ; VALENCIO, C. R. ; ZAFALON, G. F. D. ; MACHADO, J. M. . Melhorias na sensibilidade da ferramenta MSA-GA utilizando a função objetivo COFFEE. In: XXVI Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2014, São José do Rio Preto. Trabalhos Apresentados na 1ª Fase do XXVI CIC, 2014.

• VISOTAKY, J. M. V. ; VALENCIO, C. R. ; ZAFALON, G. F. D. ; MACHADO, J. M. ; AMORIM, A. R. . Evolução de desempenho da ferramenta MSA-GA COFFEE através do paradigma de programação multithread. In: XXVI Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2014, São José do Rio Preto. Trabalhos Apresentados na 1ª Fase do XXVI CIC, 2014.

• AMORIM, A. R. ; ZAFALON, G. F. D. . Alinhamento múltiplo de sequências utilizando algoritmo genético multifunção e colônia de formigas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• AMORIM, A. R. ; VISOTAKY, J. M. V. ; CONTESSOTO, A. G. ; NEVES, L. A. ; SOUZA, R. C. G. ; VALENCIO, C. R. . Performance Improvement of Genetic Algorithm for Multiple Sequence Alignment. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ZAFALON, G. F. D. ; VISOTAKY, J. M. V. ; AMORIM, A R ; VALENCIO, C. R. ; NEVES, L. A. ; SOUZA, R. C. G. ; MACHADO, J. M. . A parallel approach of COFFEE objective function to multiple sequence alignment. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ZAFALON, G. F. D. ; MARUCCI, E. A. ; NEVES, L. A. ; VALÊNCIO, C R ; AMORIM, A. R. ; CANSIAN, A. M. ; AMAZONAS, J. R. A. ; SATO, L. M. ; MACHADO, J. M. . Optimizations in multiple sequence alignment algorithm using parallel score estimating and ant colony. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• AMORIM, A. R. ; VALENCIO, C. R. ; ZAFALON, G. F. D. ; MACHADO, J. M. . Melhorias na sensibilidade da ferramenta MSA-GA utilizando a função objetivo COFFEE. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• AMORIM, A. R. ; VALENCIO, C. R. ; ZAFALON, G. F. D. ; MACHADO, J. M. . Melhorias na sensibilidade da ferramenta MSA-GA utilizando a função objetivo COFFEE. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• A R Amorim ; G F D Zafalon ; L A Neves ; A R Pinto ; C R Valêncio ; J M Machado . Improvements in the sensibility of MSA-GA tool using COFFEE objective function. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• AMORIM, A. R. . Relatório final de pesquisa (renovação) 2015 (Relatório de pesquisa).

• AMORIM, A. R. . Relatório parcial de pesquisa FAPESP 2014 (Relatório de pesquisa).

• AMORIM, A. R. . Relatório final de pesquisa FAPESP 2014 (Relatório de pesquisa).

• AMORIM, A. R. . Relatório final BAAE III (Informática 2013 (Relatório de estágio).

• AMORIM, A. R. . Relatório final BAAE III (Informática) 2012 (Relatório de estágio).

• AMORIM, A. R. . Revisitando o ciclo de desenvolvimento do software: conceitos e técnicas para o software de qualidade. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• AMORIM, A. R. . Algoritmos Genéticos: Um Exemplo de Código para Reconhecimento de Padrões. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• CONTESSOTO, A. G. ; AMORIM, A. R. ; SOUZA, R. C. G. . Abordagem prática para gestão de projetos de software utilizando o guia PMBoK. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• AMORIM, A. R. . Implementando inteligência artificial: uma rede neural artificial para classificação de dados. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

• AMORIM, A. R. . Projeto de sistemas de informação: uma abordagem prática. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• AMORIM, A. R. . Modelagem de sistemas utilizando a ferramenta Astah. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• AMORIM, A. R. . Semana de Estudos Dirigidos ao ENADE de Tecnologia em Logística. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

• 2016 - 2021

  Ferramenta para Análise de Time Points Utilizando Redes 1-Step para Avaliação de Pacientes em resposta ao Tratamento, Descrição: Devido às novas tecnologias e procedimentos utilizados por profissionais da área biológica, a quantidade de dados genômicos disponíveis e que devem ser analisados tem aumentado consideravelmente, de modo que as análises manuais se tornaram impraticáveis. Com isso, houve a necessidade da utilização de recursos computacionais para auxiliar os biólogos em suas análises. Diversas operações podem ser realizadas para se proceder estas análises, como os alinhamentos de sequências, os reconhecimentos de padrões, construções de árvores filogenéticas, entre outras. Dentre as diversas técnicas que podem ser empregadas, encontram-se os algoritmos baseados em teoria dos grafos. Assim, o presente projeto tem como objetivo a análise de sequências de haplotipos por meio da geração de um grafo, em que cada uma das sequências representam um vértice no grafo. Além dos vértices é possível observar arestas (conexões) entre nós (vértices), em que tais conexões são realizadas de acordo com o cálculo da distância entre cada sequência. Este projeto auxiliará os biólogos na melhor visualização das interações e mudanças ocorridas entre sequências em um determinado período de tempo utilizando-se de uma interface gráfica amigável, além da possibilidade estudos filogenéticos.Este projeto trata-se de uma cooperação científica entre o Grupo de Computação Científica (Unesp/SJRP - Brasil) e o Centers for Disease Control and Prevention (CDC-Estados Unidos).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Anderson Rici Amorim - Integrante / Geraldo Franciso Donegá Zafalon - Coordenador / Matheus Carreira Andrade - Integrante / Livia Maria Gonçalves Rossi - Integrante / Gilberto Vaughan - Integrante / Paula Rahal - Integrante.

• 2015 - 2021

  Análise avançada de SNPs utilizando ferramentas de software, Descrição: Descrição: Devido ao aumento crescente no volume de dados genômicos gerados, novas estratégias precisam ser desenvolvidas para darem suporte à análise dessas informações. Assim, a Bioinformática assume um papel preponderante sob a ótica do desenvolvimento de estratégias para essas análises, particularmente na vertente de alinhamentos múltiplos de sequências e reconhecimentos de padrões. Dentre as diversas subáreas que compõem a Bioinformática, a análise de Nucleotídeos de Polimorfismo Simples (SNPs) destaca-se como uma das mais relevantes atualmente. Os SNPs são responsáveis por cerca de 90 a 95 das variações genômicas humanas, mostrando-se assim elementos de grande suma importância para numerosas pesquisas. As análises sobre os SNPs são extensas e de grande complexidade, demandando uma gama de recursos computacionais. Sendo assim, este presente projeto de pesquisa tem por objetivo implementar uma ferramenta para análise de posições de SNPs, a qual possibilitará a classificação de bases de nucleotídeos heterozigotos ou homozigotos das posições de SNPs conhecidas, por meio de máscaras. Porém, no contexto atual, com o grande volume de informações gerado pelos sequenciadores de nova geração (NextGen), uma implementação sequencial não permite a extração da maior parte das informações significativas, com um desempenho computacional aceitável. Para isso, será utilizada uma abordagem paralela, permitindo uma análise multimáscara otimizada. A partir disso, espera-se obter resultados com boa significância biológica, além do ganho de tempo considerável em termos de análise, beneficiando os pesquisadores. Este projeto trata-se de uma cooperação científica entre o Grupo de Computação Científica (Unesp/SJRP - Brasil) e o Centers for Disease Control and Prevention (CDC-Estados Unidos).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Anderson Rici Amorim - Integrante / Geraldo Franciso Donegá Zafalon - Coordenador / Álvaro Magri Nogueira da Cruz - Integrante / Livia Maria Gonçalves Rossi - Integrante / Gilberto Vaughan - Integrante / Paula Rahal - Integrante.

• 2015 - 2017

  Alinhamento múltiplo de sequências utilizando algoritmo genético multifunção e colônia de formigas, Descrição: Com a crescente na quantidade de dados genômicos disponíveis, o alinhamento de sequências apresenta-se cada vez mais como uma das tarefas mais importantes no contexto da Bioinformática, cujos resultados são utilizados no auxílio às análises e posteriores inferências sobre esses dados. O melhor alinhamento para determinadas sequências pode ser obtido deterministicamente por meio de algoritmos de programação dinâmica. No entanto, devido à alta complexidade destes algoritmos torna-se inviável o alinhamento múltiplo de sequências utilizando-se estas técnicas. Assim, diversos algoritmos para alinhamento múltiplo de sequências baseados em diferentes heurísticas, como a de Algoritmos Genéticos (AG), Colônia de Formigas, Simulated Annealling, Busca Tabu, entre outros, foram propostos. No entanto, estudos apontam que com o uso de uma função objetivo mais adequada para cada caso específico, geralmente, produzem-se resultados com maior significância biológica. Além disso, uma tendência observada na literatura de Bioinformática é o uso de estratégias híbridas, ou seja, múltiplas heurísticas em uma mesma abordagem. Com isso, geralmente, é possível amenizar as desvantagens de cada heurística utilizada, de modo que uma complemente a outra, a fim de se produzir melhores alinhamentos. Assim, o presente projeto de pesquisa tem como objetivo a implementação de uma estratégia multifunção objetivo junto ao AG da ferramenta MSA-GA, além de um escalonador automático para a seleção da melhor função objetivo para cada conjunto de sequências, baseando-se no nível de similaridade das sequências a serem alinhadas. Pretende-se também implementar a estratégia de colônia de formigas como parte de um pós-processamento da MSA-GA. Com isso, espera-se amenizar possíveis distorções causadas ao alinhamento devido à natureza do AG e, consequentemente, possibilitar que a ferramenta produza alinhamentos com maior nível de refinamento e significância biológica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Anderson Rici Amorim - Integrante / Geraldo Franciso Donegá Zafalon - Integrante / Carlos Roberto Valêncio - Coordenador.

• 2013 - 2015

  Alinhamento múltiplo de sequências utilizando algoritmos genéticos com multithreading, Descrição: O alinhamento de sequências é uma das tarefas mais importantes da Bioinformática, assumindo um papel primordial na análise de sequências. Existem diversas estratégias para realizar alinhamentos de sequências, desde aquelas que utilizam algoritmos determinísticos, como programação dinâmica, até aquelas que utilizam algoritmos baseados em heurísticas, como o Alinhamento Progressivo, Algoritmos Genéticos (AG), entre outras. As abordagens baseadas em heurísticas visam amenizar as desvantagens dos métodos determinísticos, especialmente em relação ao alto custo computacional, mantendo a qualidade dos resultados. Neste trabalho, implementou-se a função objetivo COFFEE dentro da ferramenta MSA-GA, em substituição à função Weighted Sum-of-Pairs (WSP), a fim de melhorar os resultados finais. A MSA-GA é uma ferramenta de alinhamento múltiplo de sequências, que utiliza Algoritmo Genético como base. O uso dessa ferramenta oferece uma abordagem computacionalmente menos complexa quando comparada com outras ferramentas, mantendo ótimos resultados. Além disso, com a sua modularidade, é possível a implementação de novas funções objetivo dentro da ferramenta. Com as melhorias apresentadas neste trabalho, mostra-se que o uso de uma função objetivo mais apropriada, geralmente, resulta em alinhamentos com maior significância biológica. A partir da função COFFEE aqui implementada, consegue-se, na maioria dos casos de testes, bons resultados para conjuntos menos similares, o que é comumente desejado em problemas de alinhamento. Nos testes, pode-se verificar que com a abordagem COFFEE foram obtidos melhores resultados em 81% dos casos de alinhamentos envolvendo sequências menos similares, quando comparada com a abordagem WSP. Além disso, mesmo nos testes com conjuntos de sequências mais similares, a abordagem COFFEE foi melhor em 43% das vezes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Anderson Rici Amorim - Integrante / João Matheus Verdadeiro Visotaky - Integrante / Geraldo Franciso Donegá Zafalon - Integrante / Carlos Roberto Valêncio - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

Prêmios