André Yoshiaki Kashiwabara

Docente na UTFPR-CP com doutorado em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo. Atua principalmente nas áreas Bioinformática e Biologia Computacional. Atualmente o foco de pesquisa inclui o estudo de modelos para análise de sequências e aplicações em ciência genômica e computação musical.

Informações coletadas do Lattes em 12/09/2023

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Ciência da Computação

2007 - 2012

Instituto de Matemática e Estatística
Título: MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente para estudo sistemático de preditores de genes
Alan Mitchell Durham. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Mestrado em Ciência da Computação

2004 - 2007

Universidade de São Paulo
Título: MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. 2007., Ano de Obtenção: 2007
Alan Mitchell Durham.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Ciência da Computação

2000 - 2004

Instituto de Matemática e Estatística

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.

Organização de eventos

KASHIWABARA, A . Xmeeting e BSB. 2023. (Congresso).

KASHIWABARA, A. Y. . Xmeeting 2019. 2019. (Congresso).

KASHIWABARA, A. Y. ; Vicente, Fábio F. R. ; LOPES, F. M. ; PASCHOAL, A. ; DOMINGUES, D. S. ; SANCHES, DANILO S. . Escola Paranaense de Bioinformática. 2018. (Outro).

KASHIWABARA, A. Y. . Workshop em Bioinformática. 2016. (Outro).

DOMINGUES, A. L. S. ; PASCHOAL, A. R. ; KASHIWABARA, A. Y. ; SILVA, A. C. A. ; FABRI, J. A. ; GONCALVES, J. A. . SCANP/Pr'2012. 2012. (Congresso).

DURHAM, A. M. ; Carrer, Helaine ; Paschoal, R. Alexandre ; Rusika Amanda ; KASHIWABARA, A. Y. ; MARCHI, F. ; Lopes, Fabrício M. ; Nunes, Júlio . Curso de Verão de Bioinformática. 2010. (Outro).

DURHAM, A. M. ; Carrer, Helaine ; Lopes, Fabrício M. ; Paschoal, R. Alexandre ; Almeida, Márcio A. A. ; Vicente, Fábio F. R. ; KASHIWABARA, A. Y. ; Martorelli, Patrícia Cristina . Curso de Verão em Bioinformática. 2009. (Outro).

DURHAM, A. M. ; Carrer, Helaine ; Lopes, Fabrício M. ; Paschoal, R. Alexandre ; Almeida, Márcio A. A. ; Vicente, Fábio F. R. ; Faria Jr, Silvio R. ; KASHIWABARA, A. Y. ; Martorelli, Patrícia Cristina . Curso de Inverno em Bioinformática. 2008. (Outro).

Participação em eventos

X-meeting Xperience 2021. Prediction of small protein-coding regions in the 5'UTR region of transcripts. 2021. (Congresso).

Bracis 2019. A probabilistic algorithm to estimate the spectral moments of large undirected weighted graphs. 2019. (Congresso).

Xmeeting 2019. CodAn: predictive models for the characterization of mRNA Transcripts. 2019. (Congresso).

Xmeeting 2018. Feature Selection of Long Non-Coding RNAs in Plants: A Heuristic Approach with Particle Swarm Optimization.. 2018. (Congresso).

IX Curso de Verão em Bioinformática.Carreira em bioinformática. 2017. (Seminário).

III Curso de tópicos de biologia computacional.Sistemas de predição de genes. 2012. (Outra).

Bioinformatics and Comparative Genome Analysis Course. 2010. (Outra).

X-Meeting 2010. Evaluating gene finders using splice graphs. 2010. (Congresso).

XMeeting 2009. Null model in log-odds scoring. 2009. (Congresso).

XMeeting 2009. MYOP: a framework for building ab initio gene prediction programs. 2009. (Congresso).

Xmeeting 2008. Null model in log-odds of profile-based models. 2008. (Congresso).

Xmeeting 2007. MYOP: a framework for building ab initio gene prediction programs. 2007. (Congresso).

International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2006). Biological signal prediction using stochastic regular grammars. 2006. (Congresso).

Xmeeting 2005. A system for validating classifiers and its use on evaluating neighborhood size for splice site prediction. 2005. (Congresso).

Participação em bancas

Aluno: Guilherme Miura Lavezzo

KASHIWABARA, AMACHADO-LIMA, A.. Análise de dependência entre posições de bases de sequências motivos de fatores de transcrição aplicada à comparação de modelos baseados em PWM e gramáticas estocástica. 2021. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Geraldo Cesar Cantelli

PEREIRA, L. F. P.;KASHIWABARA, A. Y.; SUZUKI, S. T. I.; Lopes, Fabrício M.. Solução deintegração e avaliação de softwares de anotação genômica em Coffea spp. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Lucas Messias Valério

PASCHOAL, A. R.;KASHIWABARA, A. Y.; BARBON JUNIOR, S.. Aprendizado Ativo Em Profundidade Para Anotação E Diagnóstico De Enteroparasitoses. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Alex Junior Nunes da Silva

Lopes, Fabrício M.;KASHIWABARA, A. Y.; BARBON JUNIOR, S.. ANÁLISE DAS REDES BRASILEIRAS DE COAUTORIA NOS PROGRAMAS DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIAS DA COMPUTAÇÃO POR MEIO DE MEDIDAS TOPOLÓGICAS?. 2019. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Bruno Tenório de Silveira Lopes

DURHAM, A. M.; ORTEGA, J. M.;KASHIWABARA, A. Y.. Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Isaque Katahira

Lopes, Fabrício M.;KASHIWABARA, A. Y.; HASHIMOTO, R. F.. Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a extração de características, representação e classificação de sequências de RNAs. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Everton da Silva

KASHIWABARA, A. Y.; HASHIMOTO, R. F.;SANCHES, D. S.. Aplicação da cadeia de alcance variável na predição de resultados do processo de extração do café solúvel. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Cynara Leão Garcia

KASHIWABARA, A. Y.; PEREIRA, L. F. P.;MACHADO-LIMA, A.. Analisando regiões codificadoras de proteínas dos transcritos do fungo Phakopsora pachyrhizi. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: JOÃO VITOR FERRARI DA SILVA

KASHIWABARA, ANDRÉ Y.SILLA JUNIOR, C. N.; BOVO, A. B.; ELER, G. J.. Fácil bula: Sistema que estrutura o bulário eletrônico da ANVISA. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Bruno Ferreira de Souza

VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; NAKAYA, H.;KASHIWABARA, ANDRÉ Y.. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni.. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Helton de Azevedo

Lopes, Fabrício M.; CUNHA, M. H.;KASHIWABARA, ANDRÉ Y.; VILAS BOAS, L. A.. Base de dados para identificação taxonômica e filogenética de espécies do gênero Bradyrhizobium usando a metodologia de Multilocus Sequence Analysis. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Rosana Ressa Aguiar Ambrósio

PASCHOAL, A. R.;KASHIWABARA, ANDRÉ Y.; DOMINGUES, D. S.. Middleware para comparação de preditores e identificação de microRNA. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Denilson Fagundes Barbosa

KASHIWABARA, ANDRÉ Y.SILLA JUNIOR, C. N.; CONSTANTINO, A. A.; BOSCARIOLI, C.. Aplicação da otimização por colônia de formigas ao problema de múltiplos caixeiros viajantes no atendimento comercial e emergencial em uma empresa de distribuição de energia elétrica.. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: João Víctor Ramos

SANCHES, D. S.KASHIWABARA, A. Y.; ROMAO, W.. Diferentes abordagens evolutivas aplicadas no processo de transcrição automática de partituras musicais em tablaturas. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Rosana Ressa Aguiar Ambrósio

Paschoal, R. Alexandre;KASHIWABARA, A. Y.; DOMINGUES, D. S.. miRQuest: um middleware para investigação de miRNA. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Ígor Bonadio

DURHAM, A. M.; HASHIMOTO, R. F.; MARTINS JUNIOR, D. C.;KASHIWABARA, A. Y.; PAPPAS JUNIOR, G. J.. Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas. 2018. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.

Aluno: Mayla Daiane Corrêa Molinari

PAGLIARINI, R. F.;KASHIWABARA, A. Y.; HENNING, F. A.; HENNING, L. M. M.. Seleção in silico de genes ABA dependentes diferencialmente. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de pós-graduação em genética e biologia molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Silvana Regina Rockenbach Marin

KASHIWABARA, A. Y.; HENNING, L. M. M.; PAGLIARINI, R. F.; HENNING, F. A.; MORAES, L. A. C.. Estudo de miRNA de soja sob alagamento. 2018.

Aluno: Ígor Bonadio

DURHAM, A. M.KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI; PAPPAS JUNIOR, G. J.. Campos aleatórios condicionais para predição de genes. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.

Aluno: César Manuael Vargas Benítez

LOPES, Heitor S;KASHIWABARA, A. Y.; TSUNODA, D. F.; BENELLI, E. M.; BARRETO, R. C.. A computational approach folding pathways prediction using molecular dynamics and a coarse-granied model. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Cássio Henrique dos Santos Amador

Lopes, Fabrício M.; Vicente, Fábio F. R.;KASHIWABARA, A. Y.. Estudo da Entropia na Inferência de Redes Gênicas. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Eric Augusto Ito

Lopes, Fabrício M.; PEREIRA, L. F. P.;KASHIWABARA, A. Y.. Introdução a ontologias Go e Kegg para validação e inferência de redes. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Lucas Messias Valério

SATO, P. T. M.; BUGATTI, P. H.;KASHIWABARA, A. Y.. Aprendizado ativo em profundidade para anotaç?o e diagnótisco de enteroparasitoses. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Miriã Nunes Guimarães

GRUBER, A.; ZANOTTO, P. M. A.;KASHIWABARA, A. Y.. Aplicação de modelos de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus da ordem Bunyavirales. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística.

Aluno: Andrey Cabral Meira

SANCHES, D. S.KASHIWABARA, A. Y.; Vicente, Fábio F. R.. Abordagem Bioinspirada Paralela para o problema de dobramento de proteínas utilizando o modelo coarse-grained UNRES. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Hugo Maurício Peña Mercado

KASHIWABARA, A. Y.SANCHES, D. S.; PASCHOAL, A.. De novo Bacterial Genome Assembly of the rhizobium ecuadorense CNPSO 672T. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Isaque Katahira

LOPES, F. M.KASHIWABARA, A. Y.; PEREIRA, L. F. P.. Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a classificação e caracterização de sequências biológicas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Renato Cordeiro Ferreira

DURHAM, A. M.; KON, F.;KASHIWABARA, A. Y.. An Integrated Implementation of Probabilistic Graphical Models for Sequence Labeling in the ToPS framework. 2017.

Aluno: Juliana Costa Silva

LOPES, F. M.KASHIWABARA, A. Y.; DOMINGUES, D. S.. Uma ferramenta versátil para a análise de expressão gênica a partir de dados de RNA-seq. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Cynara Leão Garcia

KASHIWABARA, A. Y.; DOMINGUES, D. S.;LOPES, F. M.. Desenvolvimento de uma ferramenta para identificar regiões codificadoras dos transcritos de fungo Phakopsora pachyrhizi. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Antonio Ferrão Neto

DIGIAMPIETRI, L. A.; KAGUE, E.;KASHIWABARA, ANDRÉ Y.. Predição Computacional de Ligação de Fatores de Transcrição Baseada em Gramáticas Regulares. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fatima Beatriz Pinto Annetta

SIMOES, A. C. Q.; VIBRANOVSKI, M. D.;KASHIWABARA, ANDRÉ Y.. Estudo da relação entre microRNAs oriundos de cromossomos sexuais, a expressão diferencial de genes autossômicos no cérebro humano durante o neurodesenvolvimento e o Transtorno do Espectro Autista. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Bruno Tenório da Silveira Lopes

DURHAM, ALAN MITCHELL; ORTEGA, J. M.;KASHIWABARA, A. Y.. Predição de genes com modelos híbridos. 2016.

Aluno: JOÃO VITOR FERRARI DA SILVA

KASHIWABARA, ANDRÉ Y.SILLA JUNIOR, C. N.LOPES, F. M.. Extraindo informações das bulas para auxílio de prescrição médica. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: João Víctor Ramos

SANCHES, D. S.SILLA JUNIOR, C. N.KASHIWABARA, ANDRÉ Y.. Algoritmo evolutivo baseado em subpopulações para transcrição automática de partituras musicais em tablaturas. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Everton da Silva

KASHIWABARA, A. Y.; Lopes, Fabrício M.;SANCHES, D. S.. Predição de Resultados do processo de café solúvel. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Anderson Mine Fernandes

PASCHOAL, A. R.;KASHIWABARA, ANDRÉ Y.; SANCHES, S. R. R.. Uma abordagem de jogos com realidade aumentada para sensibilizar adolescentes à prevenção ao uso de drogas. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Vinicius Baroni Soare

KASHIWABARA, A. Y.; SHISHIDO, Henrique; Vicente, Fábio F. R.. Analise De Series Temporais: Um Software Com Foco Na Interacao Com O Usuario. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Elcio Cezario Sanches Junior

SANCHES, D. S.KASHIWABARA, A. Y.; Vicente, Fábio F. R.. Operador De Cruzamento Baseado Em Partições Aplicado No Problema Do Roteamento De Veículos. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Albert Guilherme David

BUGATTI, P. H.; Genvigir, G. C.;KASHIWABARA, A. Y.. Análise e Comparação de Métricas de Similaridade. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Curso Superior de Tecnologia em Análise e Desenvol) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Natália Reiko Rolim Akaishi

BUGATTI, P. H.; SANCHES, A. S.;KASHIWABARA, A. Y.. Análise de Técnicas de Redimentação de Relevância. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Curso Superior de Tecnologia em Análise e Desenvol) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Sulivan Luiz de Oliveira

Pansanato, Luciano Tadeu Esteves;KASHIWABARA, A. Y.; SHISHIDO, Henrique. Um editor de cenário 3D para o desenvolvimento em plataforma nintendo dual screen. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Análise de Desenvolvimento de Sistem) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

ENDO, A. T.; CALVO, R.;KASHIWABARA, A. Y.. EDITAL 012/2018-CPCP-CP. 2018. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

BORSATO, F. H.;Kashiwabara, AndréLOPES, F. M.. Edital 023/2013-CPCP-CM, Professor Magistério Superior. 2013. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

STEINMACHER, I. F.; HUBNER, R.;KASHIWABARA, A. Y.; GONCALVES, R. A.. Edital 061/2012-CPCP-CM, Professor Magistério Superior. 2012. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

RE, R.;KASHIWABARA, A. Y.; PREVIERO, W. D.. Edital 061/2012-CPCP-CM, Professor Magistério Superior. 2012.

Orientou

Jessica De Paula Silva

Predição de small ORFs utilizando modelagem probabilísticas; Início: 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; (Orientador);

Denilson Fagundes Barbosa

Modelos híbridos e aplicações na Bioinformática; Início: 2020; Tese (Doutorado em Bioinformática (40001016175P8)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; (Orientador);

Rodolpho Valentini Junior

Aplicação de modelos probabilísticos para análise de circRNA; 2023; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Gustavo Dias de Oliveira

UM ALGORITMO EFICIENTE PARA ESTIMAR O MOMENTO ESPECTRAL DE GRAFOS GRANDES; 2020; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Hugo Maurício Peña Mercado

Montagem de novo de sequências de plasmídeos de bradyrhizobium; 2019; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Luis Gustavo de Carvalho Uzai

Detecção de ponto de Mudança Utilizando O Espectro do Grafo; 2019; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Viviane Aparecida Gobetti

javascript:void(0)BUSCA E CARACTERIZAÇÃO DE RNAs NÃO CODIFICADORES EM ISOLADOS DE Bacillus thuringiensis (Bacillus cereus sensu lato) POR SEQUENCIAMENTO DO CONJUNTO DE PEQUENOS RNAs; ; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Coorientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Everton da Silva

Predição de resultados do processo de extração de café solúvel; 2017; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Cynara Leão Garcia

Analisando regiões codificadoras de proteínas dos transcritos do fungo Phakopsora pachyrhizi; 2017; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Jader M

Caldonazzo Garbelini; Descoberta de Motifs utilizando algoritmos evolutivos multiobjetivo; 2017; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

JOÃO VITOR FERRARI DA SILVA

Métodos computacionais para o auxílio à atividade de prescrição médica; 2014; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Denilson Fagundes Barbosa

Aplicação da otimização por colônia de formigas ao problema de múltiplos caixeiros viajantes no atendimento comercial e emergencial em uma empresa de distribuição de energia elétrica; ; 2013; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná,; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

ALINE MARA RUDSIT BINI

Desenvolvimento de pipeline para análise de amplicons; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Vinicius Baroni Soares

Análise De Séries Temporais: Um Software Com Foco Na Interação Com O Usuário; 2019; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

WALLACE DE OLIVEIRA DELFINO

Aplicação De Redes Adversárias Generativas (Gans) A Sequências De Nucleotídeos; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Fabio Hideo Sano

Visualização de modelos de alcance variável de Markov para sequências biológicas; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Tecnologia em Análise de Desenvolvimento de Sistem) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Omar Condori Lopez

Implementação de algoritmos para estimar a distribuição dos espectros de grafos; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

ALINE MARA RUDSIT BINI

Modelos probabilísticos: Uma interface gráfica; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Lucas Buzetto Tsuchiya

Sistema de submissão e análise de dados de metilação; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Karina Ayumi Goya

Estudo dos métodos computacionais para identificação de variações de sequências; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Felipe Lambach Cardoso

Estruturas de dados para grafos de de bruijn; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Fabio Hideo Sano

Visualização de modelos de markov com alcance variável; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Andre Yoshiaki Kashiwabara;

Produções bibliográficas

  • NACHTIGALL, PEDRO G ; DURHAM, ALAN M ; KASHIWABARA, ANDRE Y . CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. Briefings in Bioinformatics , v. 1, p. 1, 2020.

  • BONIDIA, ROBSON P. ; MACHIDA, JAQUELINE SAYURI ; NEGRI, TATIANNE C. ; ALVES, WONDER A. L. ; KASHIWABARA, ANDRE Y. ; DOMINGUES, DOUGLAS S. ; DE CARVALHO, ANDRE ; PASCHOAL, ALEXANDRE R. ; SANCHES, DANILO S. . A Novel Decomposing Model With Evolutionary Algorithms for Feature Selection in Long Non-Coding RNAs. IEEE Access , v. 8, p. 181683-181697, 2020.

  • CALDONAZZO GARBELINI, JADER M. ; KASHIWABARA, ANDRÉ Y. ; SANCHES, DANILO S. . Sequence motif finder using memetic algorithm. BMC BIOINFORMATICS , v. 19, p. 1-13, 2018.

  • BONALDI, ADRIANO ; Kashiwabara, André ; ARAÚJO, ÉRICA S.DE ; PEREIRA, LYGIA V. ; PASCHOAL, ALEXANDRE R. ; ANDOZIA, MAYRA B. ; VILLELA, DARINE ; RIVAS, MARIA P. ; SUEMOTO, CLAUDIA K. ; PASQUALUCCI, CARLOS A. ; GRINBERG, LEA T. ; BRENTANI, HELENA ; MARIA-ENGLER, SILVYA S. ; CARRARO, DIRCE M. ; VIANNA-MORGANTE, ANGELA M. ; ROSENBERG, CARLA ; VASQUES, LUCIANA R. ; KREPISCHI, ANA . Mining Novel Candidate Imprinted Genes Using Genome-Wide Methylation Screening and Literature Review. Epigenomes , v. 1, p. 13, 2017.

  • PRAMIO, DIMITRIUS T. ; KASHIWABARA, ANDRÉ Y. ; PENNACCHI, PAULA C. ; RIVAS, MARIA P. ; MARIA-ENGLER, SILVYA S. ; CAMPOS, ANTÔNIO H. J. F. M. ; DUPRAT, JOÃO P. ; CARRARO, DIRCE M. ; KREPISCHI, ANA C. V. . Epigenetic signature of differentially methylated genes in cutaneous melanoma. APPLIED CANCER RESEARCH (ONLINE) , v. 37, p. 34, 2017.

  • MASCHIETTO, MARIANA ; RODRIGUES, TATIANE CRISTINA ; KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI ; SOUZA DE ARAUJO, ÉRICA SARA ; MARQUES AGUIAR, TALITA FERREIRA ; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA ; DA CUNHA, ISABELA WERNECK ; REIS VASQUES, LUCIANA DOS ; CYPRIANO, MONICA ; BRENTANI, HELENA ; CAMINADA DE TOLEDO, SILVIA REGINA ; PEARSON, PETER LEES ; CARRARO, DIRCE MARIA ; ROSENBERG, CARLA ; KREPISCHI, ANA CRISTINA VICTORINO . DNA methylation landscape of hepatoblastomas reveals arrest at early stages of liver differentiation and cancer-related alterations. OncoTarget , v. 5, p. 1-19, 2016.

  • ARAUJO, E. S. ; KASHIWABARA, A. Y. ; ACHATZ, M. I. W. ; MOREDO, L. F. ; SA, B. C. ; DUPRAT, J. P. ; ROSENBERG, C. ; CARRARO, D. M. ; KREPISCHI, A. C. V. . LINE-1 hypermethylation in peripheral blood of cutaneous melanoma patients is associated with metastasis. Melanoma Research , v. 00, p. 1-x, 2015.

  • DE ARAÚJO, ÉRICA S. S. ; PRAMIO, DIMITRIUS T. ; KASHIWABARA, ANDRÉ Y. ; PENNACCHI, PAULA C. ; MARIA-ENGLER, SILVYA S. ; ACHATZ, MARIA I. ; CAMPOS, ANTONIO H. J. F. M. ; DUPRAT, JOÃO P. ; ROSENBERG, CARLA ; CARRARO, DIRCE M. ; KREPISCHI, ANA C. V. . DNA Methylation Levels of Melanoma Risk Genes Are Associated with Clinical Characteristics of Melanoma Patients. BIOMED RES INT , v. 2015, p. 1-8, 2015.

  • BARBOSA, D. F. ; SILLA JR., C. N. ; KASHIWABARA, A. Y. . Aplicação do Rank-Based Ant System ao problema de múltiplos caixeiros viajantes no atendimento de ordens de serviço nas empresas de distribuição de energia elétrica. iSys: Revista Brasileira de Sistemas de Informação , v. 8, p. 5-43, 2015.

  • KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI ; BONADIO, ÍGOR ; ONUCHIC, VITOR ; AMADO, FELIPE ; MATHIAS, RAFAEL ; DURHAM, ALAN MITCHELL . ToPS: A Framework to Manipulate Probabilistic Models of Sequence Data. PLOS Computational Biology (Online) , v. 9, p. e1003234, 2013.

  • Machado-Lima, Ariane ; Kashiwabara, André ; Durham, Alan . Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC Genomics , v. 11, p. S10, 2010.

  • KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. C. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A. M. . Splice site prediction using stochastic regular grammar. Genetics and Molecular Research , v. 6, p. 105-115, 2007.

  • DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; Matsunaga, F. T. G. ; AHAGON, P. H. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A. . EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 21, n.12, p. 2812-2813, 2005.

  • FERNANDEZ, S ; KATSUYAMA, A ; KASHIWABARA, A ; MADEIRA, A ; DURHAM, A ; GRUBER, A . Characterization of SCAR markers of spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The SCARdb). FEMS Microbiology Letters , v. 238, n.1, p. 183-188, 2004.

  • BARBOSA, D. F. ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; KASHIWABARA, A . circTIS: A Weighted Degree String Kernel with Support Vector Machine Tool for Translation Initiation Sites Prediction in circRNA. In: Reis M.S., de Melo-Minardi R.C. (Org.). circTIS: A Weighted Degree String Kernel with Support Vector Machine Tool for Translation Initiation Sites Prediction in circRNA. 1ed.Switzerland: Springer, Cham, 2023, v. 13954, p. 14-24.

  • BINI, ALINE MARA RUDSIT ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; POLISELO, HELOISA ; GUIMARÃES, FRANCISMAR CORREA MARCELINO ; KASHIWABARA, ANDRÉ YOASHIAKI . Refatorando um Pipeline de Bioinformática: Um Estudo de Caso para Análise de Amplicons. In: Brazilian eScience Workshop, 2021, Brasil. Anais do XV Brazilian e-Science Workshop (BRESCI 2021), 2021. p. 137.

  • DIAS, GUSTAVO ; KASHIWABARA, ANDRE . A Probabilistic Algorithm to Estimate the Spectral Moments of Large Undirected Weighted Graphs. In: 2019 8th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2019, Salvador. 2019 8th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2019. p. 783.

  • UZAI, LUIS GUSTAVO C. ; KASHIWABARA, ANDRÉ Y. . Using Graph Spectral to solve Change Point Detection Problems. In: XV Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional, 2018, São Paulo. Anais do XV Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC 2018). p. 716.

  • SILVA, E. ; LIMA, E. L. L. ; Lopes, Fabrício M. ; KASHIWABARA, A. Y. . Aplicação da árvore probabilística de sufixo na predição de resultados do processo de extração do café solúvel. In: 44 SEMISH, 2017, São Paulo. 44 SEMISH, 2017.

  • CONQUE, B. M. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; Lopes, Fabrício M. . Feature Extraction From Complex Networks: a Case of Study in Genomic Sequences Classification. In: BioMedical Engineering and Informatics (CISP-BMEI), 2016, Datong. Proceedings 9th International Congress on Image and Signal Processing, BioMedical Engineering and Informatics (CISP-BMEI 2016). Danvers: IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 2016. p. 1-5.

  • GARBELINI, J. M. C. ; KASHIWABARA, A. Y. ; SANCHES, D. S. . Discovery Biological Motifs using Heuristics Approaches.. In: 5th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS 2016), 2016, Recife. Proceedings of 5th Brazilian Conference on Intelligent System, 2016.

  • BARBOSA, D. F. ; SILLA JUNIOR, C. N. ; KASHIWABARA, A. Y. . Aplicação da otimização por colônia de formigas ao problema de múltiplos caixeiros viajantes no atendimento de ordens de serviço nas empresas de distribuição de energia elétrica. In: XI Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação, 2015, Goiânia. XI Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação. Goiânia: Instituto de Informatica Universidade Federal de Goias, 2015. v. 1. p. 23-30.

  • SILVA, J. V. F. ; SILLA JUNIOR, C. N. ; KASHIWABARA, A. Y. . Adicionando informacoes estruturadas ao Bulario Eletronico da ANVISA. In: XI Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação, 2015, Goiânia. XI Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação. Goiânia: Instituto de Informatica Universidade Federal de Goias, 2015. v. 1. p. 517-524.

  • GARBELINI, J. M. C. ; Kashiwabara, André ; SANCHES, D. S. . Discovery Motifs by Evolutionary Computation. In: Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion - GECCO '16 Companion., 2016, Denver. Proceedings of the 2016 on Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion. New Yorki: ACM Press, 2016. p. 1463.

  • KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI . Modelos probabilísticos para análise de sequências e predição de genes. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • DOMINGUES, D. S. ; SANTOS, T. B. ; MEDA, A. R. ; KASHIWABARA, A. Y. ; CACAO, S. M. B. ; VIEIRA, L. G. E. ; PEREIRA, L. F. P. . Transcriptional and Promoter Analysis of CaDUR3, a Coffea arabica Urea Transporter gene. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • BAIA, F. ; PASCHOAL, A. R. ; NUNES, F. M. F. ; KASHIWABARA, A. Y. . Alternative splicing events are linked to behavioral plasticity in honey bees. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • BAIA, F. ; PASCHOAL, A. R. ; DOMINGUES, D. S. ; KASHIWABARA, A. Y. . the challenge in analyzing next-generation sequence data with small amount of RAM. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . The challenge of finding genes in sugarcane. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Evaluating gene finders using splice graphs. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Paschoal, R. Alexandre ; KASHIWABARA, A. Y. ; NUNES, F. M. F. ; SIMOES, Z. L. P. ; DURHAM, A. M. . Computational analysis of promoter-associated short RNA (pasRNA) in seven different genomes.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Null model in log-odds sequence classifiers. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . ToPS: An object-oriented framework for probabilistic models of discrete sequence. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Null model in log-odds of profile-based models. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . MYOP: a framework for building ab initio gene prediction programs. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Biological signal prediction using stochastic regular grammars. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . A system for validating classifier and its use on evaluating neighboorhood size for splice site prediction. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • VIEIRA, D. C. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A. M. . Splice site prediction using stochastic regular grammar. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . ToPS: Um arcabouço para modelos probabilísticos de sequência discretas. 2010.

KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . MYOP (Make Your Own Predictor). 2007.

DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MATSUNAGA, F. T. ; AHAGON, P. H. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A. . EGene - Automated Pipeline Generation System. 2005.

FERNANDEZ, S. ; KATSUYAMA, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. . The Eimeria SCARdb. 2004.

Projetos de pesquisa

  • 2019 - Atual

    Espectro do grafo e aplicações na Bioinformática, Descrição: O Espectro de Grafo fornece importantes informações sobre a topologia do grafo. Existem algoritmos para mapear sequências biológicas para uma representação em grafos, assim, é possível aplicar o espectro de grafo no contexto da Bioinformática. Este projeto irá estudar algumas aplicações para o espectro do grafo na Bioinformática. Alguns problemas que serão abordados consiste em utilizar o conjunto de autovalores derivados através de um grafo obtido para sequências genômicas no contexto de predição de genes, predição de Copy Number Variation, e clusterização de sequências biológicas. O resultado esperado consiste em fornecer novos algoritmos e ferramentas para análise de dados biológicos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (2) . , Integrantes: Andre Yoshiaki Kashiwabara - Coordenador.

  • 2014 - Atual

    Desafios à fixação biológica do nitrogênio em componentes dos sistemas de produção de soja: da seleção de estirpes e de genótipos à inovação em insumos biotecnológicos, Descrição: Desafios à fixação biológica do nitrogênio em componentes dos sistemas de produção de soja: da seleção de estirpes e de genótipos à inovação em insumos biotecnológicos. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (4) . , Integrantes: Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Coordenador / Ligia Maria de Oliveira Chueire - Integrante / Iêda Carvalho Mendes - Integrante / Diva de Souza Andrade - Integrante / Manuel Megías - Integrante / Fábio Bueno dos Reis-Júnior - Integrante / Marco A. Nogueira - Integrante / Fernando Gomes Barcellos - Integrante / Fábio Martins Mercante - Integrante / Jesiane Stefânia da Silva Batista - Integrante / Renan Augusto Ribeiro - Integrante / Jerri Édson Zilli - Integrante / Francismar Corrêa Marcelino - Integrante / Elisete Pains Rodrigues - Integrante / KRISLE DA SILVA - Integrante / BETTINA BERQUÓ MARKS - Integrante / ANDRÉ LUIZ MARTINEZ OLIVEIRA - Integrante / Douglas Fabiano Gomes - Integrante / Amanda Alves Paiva Rolla - Integrante / Vladimir Andrei Tarasiuk - Integrante / Luc Felicianus Marie Rouws - Integrante / Luciano Paulino Silva - Integrante / Glaciela Kaschuk - Integrante / Ricardo Silva Araujo - Integrante / Pâmela Menna - Integrante / Pedro Antonio Balatti - Integrante / Odair Alberton - Integrante / A. E. Pipolo - Integrante / Carlos Arrabal Arias - Integrante / Adriana Pereira da Silva - Integrante / Marcos J. de Luca - Integrante / Eduara Ferreira - Integrante / Arnold Barbosa de Oliveira - Integrante / André Mateus Prando - Integrante / Julio Salton - Integrante / Rodrigo Arroyo Garcia - Integrante / Lucas Ferreira Lima Sobreira Rolim - Integrante / Andreson Ferreira - Integrante / Edvaldo Sagrilo - Integrante / Maria Laura Turino - Integrante / Ana Claudia Barchese de Oliveira - Integrante / Francisco de Jesus Vernetti Júnior - Integrante / Walkyria Bueno Scivittaro - Integrante / Giovani Theisen - Integrante / Eduardo Delgado Assad - Integrante / Leonel Neves de Canto Melo - Integrante / André Kniphoff - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro.

  • 2014 - Atual

    Extração automática de informações das bulas registradas na ANVISA, Descrição: Este projeto visa extrair automaticamente informações das bulas para criar um sistema de recomendações.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) . , Integrantes: Andre Yoshiaki Kashiwabara - Coordenador / Carlos Nascimento Silla Junior - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

  • 2013 - 2016

    Otimização por Colonias de Formiga para o problema MTSP, Descrição: Desenvolver algoritmos para o problema MTSP utilizando variações do método colonias de formigas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) . , Integrantes: Andre Yoshiaki Kashiwabara - Coordenador / Carlos Nascimento Silla Junior - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

  • 2013 - Atual

    Grafos de De Bruijn e o problema de reconhecer variações de sequências, Descrição: Este projeto visa desenvolver novos algoritmos para o problema de encontrar variações de sequências utilizando dados obtidos pelos sequenciadores de nova geração. Em particular, um estudo sistemático dos Grafos de De Bruijn e suas adaptações será realizado. Esta estrutura de dados é amplamente utilizada em ciência genômica para resolver o problema da montagem em projetos de sequenciamento. Embora a topologia de um grafo de De Bruijn tenha informações com respeito as possíveis variações presentes nas sequências, poucos pro- gramas que exploram estas informações foram implementados. O diferencial deste projeto consiste em desenvolver e implementar um conjunto de algoritmos para diferentes problemas de interesse biológico, por exemplo, identificação de polimorfismos de nucleotídeos, reconhecimento de variações de splicing (sem a utilização de uma sequência de referência), e reconhecimento de variações que não necessariamente estão na sequência de referência e por isso podem não ser identificados por técnicas de mapeamento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Andre Yoshiaki Kashiwabara - Coordenador / Alan Mitchell Durham - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre R. Paschoal - Integrante / Luiz F. P. Pereira - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1

  • 2012 - Atual

    Técnicas computacionais para análise de dados de ?Illumina 450 DNA methylation array?, Descrição: Este projeto visa o estudo de técnicas computacionais para análise de dados de Illumina 450K. O objetivo do estudo consiste em desenvolver métodos para análise e reconhecimento dos genes imprintados em amostras de tecidos normais utilizando técnicas de reconhecimento de padrões.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (0) . , Integrantes: Andre Yoshiaki Kashiwabara - Coordenador / Alexandre R. Paschoal - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

  • 2010 - Atual

    Sistemas de Caracterização Probabilística de Sequências, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alan Mitchell Durham em 19/04/2013., Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Alan Mitchell Durham - Coordenador / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante., Número de produções C, T & A: 6

Prêmios

2023

Best Poster Award no Xmeeting 2023 - Database and Software Development - Orientador do aluno Denilson Fagundes Barbosa, AB3C.

2021

Honorable Mention Award - Poster - Xmeenting XP 2021, AB3C.

2016

Professor nome de turma e homenageado do curso de engenharia de computação - 4 turma - segundo semestre 2016, Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

2015

menção honrosa, quarto melhor artigo (orientador do Denilson F. Barbosa), XI Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação - UFG - Goiânia.

2014

1 lugar no I Concurso de TCC da UTFPR-CP, Modalidade: Trabalhos em andamento, Área: Computação. (coorientador do TCC de Bruno Mendes Moro Conque), UTFPR.

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Campus Cornélio Procópio. , Avenida Alberto Carazzai, Centro, 86300000 - Cornélio Procópio, PR - Brasil, Telefone: (043) 35203925

Experiência profissional

2012 - Atual

Universidade Tecnológica Federal do Paraná

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Magistério Superior, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2011 - 2012

Universidade Tecnológica Federal do Paraná

Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: Temporário, Carga horária: 40

Atividades

  • 03/2018

    Direção e administração, Campus Cornélio Procópio.,Cargo ou função, Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UTFPR.

  • 08/2014

    Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Teoria da Computação, Compiladores

  • 10/2013 - 02/2014

    Ensino, Tecnologia em Análise de Desenvolvimento de Sistem, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Técnicas de Programação

  • 10/2013 - 02/2014

    Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Teoria da Computação, Compiladores

  • 05/2013 - 07/2013

    Ensino, Programa de Pós-Graduação em Informática, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Introdução A Biologia De Sistemas

  • 03/2013 - 05/2013

    Ensino, Bioinformática, Nível: Especialização,Disciplinas ministradas, Biologia Computacional, Biologia Computacional dos RNAs, Geração De Aplicativos Para Bioinformática

  • 11/2012 - 04/2013

    Ensino, Tecnologia em Análise de Desenvolvimento de Sistem, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Técnicas de Programação

  • 11/2012 - 04/2013

    Ensino, Tecnologia em Análise de Desenvolvimento de Sistem, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Técnicas de Programação

  • 11/2012 - 04/2013

    Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Técnicas de Programação, Teoria da computação

  • 03/2012 - 10/2012

    Ensino, Engenharia elétrica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Computação

  • 03/2012 - 10/2012

    Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Técnicas de Programação, Teoria da computação

  • 08/2011 - 12/2011

    Ensino, Tecnologia em Análise de Desenvolvimento de Sistem, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Orientação De Trabalho De Diplomação, Estrutura de dados

  • 09/2011 - 11/2011

    Ensino,,Disciplinas ministradas, Informática

2007 - 2012

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.