Daniel Guariz Pinheiro

Possui graduação (Bacharelado) em Ciência da Computação pela Universidade Paulista (UNIP) (2001), pós-graduação (Doutorado) em Genética pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP-USP) (2009), e Pós-Doutorado na área de Bioinformática aplicada à Biologia do Desenvolvimento de Abelhas na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP-USP) (2012). Durante o doutorado atuou na área de Bioinformática aplicada à Genética Humana e Médica na Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP-USP) (2001-2010). Atualmente é Professor na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV - Unesp) onde atua no Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agropecuária, particularmente, nas linhas de pesquisas em Genética e Biologia Molecular de Microrganismos e Ecologia Microbiana. A sua pesquisa tem como temática os estudos moleculares da fitomicrobiota em interação com a planta e o meio-ambiente. Tem experiência na área de Bioinformática, com destaque aos estudos que envolvem abordagens "ômicas" (Genômica, Transcritômica, Metagenômica, Metataxonômica, Epigenômica, etc.).

Informações coletadas do Lattes em 30/07/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)

2004 - 2009

Universidade de São Paulo
Título: Desenvolvimento de uma Plataforma Integrativa para Depuração e Análise de Dados de Expressão Gênica
, Ano de obtenção: 2009. Wilson Araújo da Silva Junior. Palavras-chave: Bioinformática; Serial Analysis of Gene Expression.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.

Graduação em Ciência da Computação

1998 - 2001

Universidade Paulista

Curso técnico/profissionalizante

1996 - 1997

Colégio São Luis

Ensino Médio (2º grau)

1995 - 1997

E E Aurelio Arrobas Martins

Pós-doutorado

2012 - 2014

Pós-Doutorado. , Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (USP), FFCLRP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Idiomas

Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Sistemas de Informação.

Grande área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Ciência do Solo/Especialidade: Microbiologia e Bioquímica do Solo.

Grande área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Fitossanidade/Especialidade: Microbiologia Agrícola.

Organização de eventos

SARAN, L. M. ; ALVES, L. M. C. ; ZIED, D. C. ; RIGOBELO, E. C. ; DUDA, R. M. ; PINHEIRO, D. G. . I Escola de Verão em Microbiologia Agropecuária. 2023. (Outro).

PINHEIRO, D. G. ; CAMPANARI, M. F. Z. ; SILVA, R. C. ; CARVALHO, L. A. L. ; SIERRA, L. G. T. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; JULIAO, M. H. M. ; SILVA, S. R. . IV Curso de Bioinformática (FCAV). 2019. (Outro).

PINHEIRO, D. G. ; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; SIERRA, L. G. T. ; SILVA, S. R. ; SILVA, R. C. ; FUNNICELLI, M. I. G. . III Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2018. (Outro).

SILVA, R. C. ; CAMPANARI, M. F. Z. ; SIERRA, L. G. T. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; PINHEIRO, D. G. . Minicurso do XIV Curso de Inverno de Genética: Explorando ferramentas de Bioinformática. 2018. (Outro).

PINHEIRO, D. G. ; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; OMORI, W. P. ; SILVA, S. R. ; RODRIGUES, F. G. ; PAVANI, C. D. ; LOPES, E. M. . II Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2017. (Outro).

PINHEIRO, D. G. ; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; OMORI, W. P. ; SILVA, S. R. ; NOCITI, R. P. . I Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2016. (Outro).

OLIVEIRA, R. A. ; FERRO, M. I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; VARANI, A. M. ; SOUZA, J. A. M. ; MONTASSIER, H. J. ; DUDA, R. M. ; PENHA, H. A. ; CARVALHO, F. M. S. ; VANTINI, J. S. ; GIMENEZ, D. J. ; CASTELLANE, T. C. L. ; MACHADO, A. C. R. ; COZENTINO, N. C. B. ; CARDOZO, M. V. ; MOCHI, D. A. ; MARIGUELA, V. C. ; BORZI, M. M. ; PAVANI, C. D. ; BUZINARI, A. C. ; et.al . I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. 2016. (Congresso).

PINHEIRO, D. G. . 9º Curso de Verão em Bioinformática. 2013. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . I Escola de estudos avançados em Genômica. 2013. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . 8º Curso de Verão em Bioinformática. 2012. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . 7º Curso de Verão em Bioinfomática. 2011. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . I Oficina de Bioinformática. 2011. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . 6º Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . 5º Curso de Verão em Bioinformática. 2009. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . 4º Curso de Verão em Bioinformática. 2008. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . 3º Curso de Verão em Bioinformática. 2007. (Outro).

PINHEIRO, D. G. . 1º Curso de Verão em Bioinformática. 2005. (Outro).

Participação em eventos

Integração da Pesquisa Pública com Cana-de-açúcar no Brasil. 2018. (Simpósio).

Ferramentas de bioinformática para análise de dados de RNA-seq.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2017. (Oficina).

II Curso em Biossegurança - Organismos Geneticamente Modificados (OGM). 2017. (Outra).

Simpósio Internacional Fronteiras de Conhecimento em RNA e microRNA.Genômica e Tecnologia em RNA: Estratégia in silico para montagem de novo de transcriptomas e análise de expressão gênica. 2017. (Simpósio).

X Curso de Verão em Bioinformática.Análise de Expressão Gênica com RNA-Seq. 2017. (Oficina).

Brazilian-International Congress of Genetics. DE NOVO TRANSCRIPTOME ASSEMBLY AND GENE EXPRESSION FOR ANTHOCYANIN PATHWAY IN UTRICULARIA FLOWER VARIANTS. 2016. (Congresso).

Ferramentas de Bioinformática Aplicadas as Análises de Sequências de RNA-SEQ.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2016. (Oficina).

I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. Abordagens atuais em análises genômicas de micro-organismos. 2016. (Congresso).

I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. Sessão de apresentação oral de trabalhos científicos. 2016. (Congresso).

Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências de RNA-Seq.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2015. (Oficina).

XIV Jornada Anual Biológica da UNESP - JABU.Bioinformática Aplicada à Genética Humana. 2015. (Encontro).

10º Fórum de Microbiologia Agropecuária.Comissão Avaliadora de Pôsteres. 2014. (Outra).

Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas.Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2014. (Oficina).

Seminários CREBIO - 1º CICLO.Análise de perfis transcricionais no processo de ativação dos ovários em abelhas Apis mellifera. 2014. (Seminário).

Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2013. (Oficina).

Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas e metagenômicas.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2012. (Oficina).

Ferramentas de bioinformática aplicadas à análise de sequências genômicas, metagenômicas e transcriptômicas.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2011. (Oficina).

Workshop Intensivo de Redação Científica. 2010. (Oficina).

14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses. 2009. (Congresso).

Curso de Verão em Bioinformática. 2006. (Outra).

IV Semana da Informática Biomédica. 2006. (Outra).

One day symposium on Bioinformatics. 2006. (Simpósio).

Workshop "MicroRNAs: Estrutura, função e aplicações". 2006. (Oficina).

1st International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2005. (Congresso).

2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

Workshop de Ontologias. 2004. (Encontro).

1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

I Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2002. (Oficina).

XVII Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. 2002. (Simpósio).

XVI Simpósio Brasileiro de Engenharia de Software. 2002. (Simpósio).

I Encontro Nacional de Usuários de FreeBSD e I Workshop de Segurança em Redes Acadêmicas. 2001. (Encontro).

Participação em bancas

Aluno: CARLOS DANIEL NAZARENO FERRAO

PINHEIRO, D. G.; LOMBARDI, A. T.;RIGOBELO, E. C.. Investigação sobre os efeitos da Spirulina maxima no desenolvimento de Solanum lycopersicum e na composição da microbiota rizosférica. 2025. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Afonso Pinto Fançony

MIRANDA, V. F. O.; SEBER, G. C.;PINHEIRO, D. G.. Avaliação de genes nucleares para filogenia e plastoma de Lentibulariaceae. 2024. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: SABRINA CUSTÓDIO DIBELLI

PINHEIRO, D. G.RIGOBELO, E. C.; FERNANDES, GABRIELA C.. Evidenciação de múltiplos traços de promoção de crescimento vegetal em isolados de comunidades bacterianas associadas a cana-de-açúcar. 2023. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: GUILHERME CARVALHO CAIRES

ALVES, L. M. C.PINHEIRO, D. G.; PEREIRA, R. M.. Isolamento e identificação de bactérias de um consórcio degradador de biomassa: Avaliação da potencialidade para produção de biopolímeros pelos isolados. 2023. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Nicole Orsi

CARNEIRO VIEIRA, MARIA LUCIA; CAMARGO, L. E. A.;PINHEIRO, D. G.. Perfil transcricional de genótipos de feijoeiro-comum contrastantes para a resposta à infecção por Meloidogyne incognita. 2022. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Guilherme Araújo Câmara

PEREIRA, A. Z. P.;PINHEIRO, D. G.; OLIVEIRA, L. C.. Proteômica quantitativa por LC-MS baseada em alvos (SRM-MS) para determinação de ligantes e interface de interação do complexo com cistatina B, marcador de prognóstico de câncer de boca. 2022. Dissertação (Mestrado em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: LUCAS AMOROSO LOPES DE CARVALHO

PINHEIRO, D. G.NAVARRETE, A. A.RIGOBELO, E. C.. Investigação sobre o efeito do sistema de cultivo na composição da microbiota da cana-de-açúcar. 2021. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Rafael Correia da Silva

PINHEIRO, D. G.VARANI, A. M.; RIANO-PACHON, D. M.. Acesso ao microbioma de cana-de-açúcar por análise de seu transcriptoma e possíveis fatores moduladores. 2020. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Paulo Henrique da Silva Santos

PINTO, L. R.; ROMANEL, E. A. C.;PINHEIRO, D. G.. Seleção e validação de genes de referência em condições de fotoperíodo artificial para indução do florescimento em cana-de-açúcar. 2020. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Maria Fernanda Zaneli Campanari

PINHEIRO, D. G.SOUZA, R. S. C.FERRO, J. A.. Acessando o microbioma da rizosfera da cana-de-açúcar em cultivo orgânico comparado ao convencional. 2019. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli

LEMOS, E. G. M.SALARO, M. C. F.PINHEIRO, D. G.. Explorando uma comunidade bacteriana isolada de uma pilha de bagaço de cana-de-açúcar e seu potencial funcional na degradação de biomassa lignocelulósica. 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Renan Bressianini do Amaral

ANDRE, M. R.; VELHO, P. E. N. F.;PINHEIRO, D. G.. Detecção e caracterização molecular de Bartonella spp. em moscas Streblidae e ácaros Macronyssidae e Spinturnicidae parasitas de quirópteros. 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Catarina Mardegan

PENHA, H. A.; BELASQUE JUNIOR, J.;PINHEIRO, D. G.. Análise funcional da ORF XAC0239 de Xanthomonas citri subsp. citri através de mutagênese dirigida. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Amanda Carolina Paulino de Oliveira

VARANI, A. M.; FERREIRA, H.;PINHEIRO, D. G.. Caracterização de transglicosilases líticas de mureína em Xanthomonas citri subsp. citri 306 e estudo funcional das LTs mltB2.1 e mltB2.2 associadas ao elemento TnXax1. 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Fernanda Gomes Rodrigues

MIRANDA, V. F. O.; BACCI JUNIOR, M.;PINHEIRO, D. G.. Filogenia das carnívoras "Tipo-Orquídea" (gen. Utricularia sect. Orchidioides E Iperua: Lentibulariaceae) com observações sobre o sistema estolão-tubérculo. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: George Willian Condomitti Epamino

SETUBAL, J. C.;HASHIMOTO, R. F.PINHEIRO, D. G.. Alinhamento Múltiplo de Genomas de Eucariotos com Montagens Altamente Fragmentadas. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Diogo Vieira da Silva Pellegrina

REIS, E. M. R.FUJITA, A.PINHEIRO, D. G.. Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Paula Sbardella

MUNARI, D. P.PINHEIRO, D. G.; MARTINS, M. F.. Expressão Gênica Diferencial em Úbere Extracorpóreo de Vacas Mestiças (Holandês-Zebu) Infectado por S. agalactiae. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: LUCAS AMOROSO LOPES DE CARVALHO

PINHEIRO, D. G.; ANDREOTE, F. D.; FERRO, M.; COELHO, I. S.; SOUZA, J. A. M.. Temporal Dynamics of Microbiome Composition and Gene Expression in a Lignocellulosic Biomass-Degrading Consortium at Different Adaptation Stages. 2025. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Anna Claudia Baumel Mongruel

ANDRE, M. R.; SILVEIRA, J. A. G.; DUARTE, J. M. B.; VIEIRA, R. F. C.;PINHEIRO, D. G.. Detecção e caracterização molecular de hemoparasitos em antas (Tapirus terrestris) de vida livre no Brasil. 2024. Tese (Doutorado em Ciências Veterinárias) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: RAMON GUEDES MATOS

MIRANDA, V. F. O.; RODRIGUEZ, Y. D.;MORAES, A. P.PINHEIRO, D. G.DIAZ, Y. C. A.. Evolução molecular do Complexo IV proteico mitocondrial de plantas carnívoras da família Lentibulariaceae Rich. 2023. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica) [Botucatu]) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli

PINHEIRO, D. G.VARANI, A. M.; VERDI, M. C. Q.;RIGOBELO, E. C.; FRACETTO, G. G. M.. Genomic traits characteristics of bacterial genera associated with sugarcane. 2023. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Felipe Alexsander Rodrigues da Silva

BALBUENA, T. S.LABATE, C. A.; WINCK, F. V.;FERRO, J. A.PINHEIRO, D. G.. Alterações do proteoma do caule e da seiva de plantas jovens de eucalipto sob estímulo do CO2. 2023. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Marina Minari Chioda

OLIVEIRA, MARCOS T.;PINHEIRO, D. G.; CHIARATTI, M. R.; BICEGO, K. C.;VARANI, A. M.. A oxidase alternativa causa alterações de massa corporal e metabolismo de lipídeos em Drosophila melanogaster. 2023. Tese (Doutorado em Biociências) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Naiara Scarabeli Zancanari

BALBUENA, T. S.FERRO, J. A.; MUNIZ, F. R.;PINHEIRO, D. G.; FRAGA, H. P. F.. Efeito da alta temperatura e do enriquecimento por CO2 em poliploides de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis. 2023. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Marta Serna Garcia

NORONHA, L. F. S. F.FERRO, J. A.PINHEIRO, D. G.SILVA, D. B. S.; MUNIZ, MARIA MALANE MAGALHÃES. Determinação do perfil transcriptômico associado à eficiência alimentar de bovinos nelore (Bos taurus indicus). 2022. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Janaina Rosa de Sousa

MEDEIROS, L. S.;SILVA, G. F.; GAMBOA, I. C.;PINHEIRO, D. G.; SAMPAIO, O. M.. Larvicidas sintéticos e derivados de Actinobacterias para controle de Aedes aegypti. 2022. Tese (Doutorado em Ecologia e Conservação da Biodiversidade) - Universidade Federal de Mato Grosso.

Aluno: Jéssica Luana Souza Cardoso

CARNEIRO VIEIRA, MARIA LUCIA; SOUZA, A. A.; VERDI, M. C. Q.;PINHEIRO, D. G.. Montagem de novo do transcriptoma, anotação funcional e perfil de expressão do maracujá doce (Passiflora alata) em resposta a infecção por Xanthomonas axonopodis pv passiflorae. 2022. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: SAMANTA GABRIELA MEDEIROS CARVALHO

PINHEIRO, D. G.DIAZ, Y. C. A.VARANI, A. M.MORAES, A. P.MIRANDA, V. F. O.. Ontogenia e Genética de flores casmógamas e cleistógamas de Utricularia triloba Benj. (Lentibulariaceae). 2022. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: MÔNICA NELI ALVES

FERRO, J. A.; BELASQUE JUNIOR, J.;PINHEIRO, D. G.; FABRIS, E. C. L.; DE GOES, A.. Insights on the interaction between Rutaceae genotypes and the Candidatus Liberibacter asiaticus bacterium. 2022. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Bruno Weiss

VARANI, A. M.MONTEIRO'VITORELLO, CLAUDIA BARROSPINHEIRO, D. G.; MOREIRA, L. M.; SOUZA, J. A. M.. Unraveling the diversity, metabolic and biotechnological potential of a lignocellulose-decomposing bacterial community by genomic-centered metagenomics. 2021. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Maria Malane Magalhães Muniz

NORONHA, L. F. S. F.FERRO, J. A.PINHEIRO, D. G.SILVA, D. B. S.GIACHETTO, P. F.. Transcriptome Study of Muscle Tissue in Nelore Cattle Divergent for Beef Quality. 2020. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Guilherme Camara Seber

MIRANDA, V. F. O.MORAES, A. P.CARVALHO, R. F.DOMINGUES, D. S.PINHEIRO, D. G.. Efeito e Origem de Espécies Reativas de Oxigênio em Linhagens de Lentibulariaceae (Lamiales), com Implicações Evolutivas. 2020. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Luis Guillermo Teheran Sierra

PINHEIRO, D. G.MUI, T. S.; ARMANHI, J. S. L.; SOUZA, J. A. M.; KUPPER, K. C.. Comunidades de bactérias endofíticas e epifíticas associadas à cana-de-açúcar e prospecção de promotores de crescimento em plantas. 2020. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Jaqueline Oliveira Rosa

MUNARI, D. P.; SAVEGNAGO, R. P.;NORONHA, L. F. S. F.; CHUD, T. C. S.;PINHEIRO, D. G.. Genetic basis of physiological stress response to slaughter in avileña-negra ibérica spanish breed. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Michelle Mendonça Pena

FERRO, J. A.; FERREIRA, H.;VARANI, A. M.; BELASQUE JUNIOR, J.;PINHEIRO, D. G.. Localização subcelular de proteínas de Xanthomonas citri subsp. citri utilizando proteína repórter. 2019. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Ana Carolina Buzinari da Silva

FERRO, J. A.; JACIANI, F. J.; PENHA, H. A.; MOREIRA, L. M.;PINHEIRO, D. G.. Caracterização funcional e envolvimento do operon htrA-XAC3983 na patogenicidade e virulência de Xanthomonas citri subsp. citri patotipo A. 2019. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Ivani Souza Mello

GIRARD, P.;ANDRADE, R. L. T.SOARES, M. A.ALMEIDA, E. G.PINHEIRO, D. G.. Influência do mercúrio e hospedeiro na estrutura de comunidades de bactérias endofíticas e fitorremediação assistida por endófitos. 2019. Tese (Doutorado em Biotecnologia e Biodiversidade) - Universidade Federal de Mato Grosso.

Aluno: Junier Marrero Gutiérrez

KOIDE, T.; SILVA NETO, J. F.; MARTINEZ, C. E. A.;PINHEIRO, D. G.. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855. 2019. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Carolina Moretto Carnielli

TASHIMA, A. K.NUNES, D. N.AMANO, M. T.PINHEIRO, D. G.. Estudo da composição de proteínas na área de invasão de carcinoma epidermóide de boca por proteômica baseada em espectrometria de massas. 2018. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Tatiane Cristina Seleguim Chud

MUNARI, D. P.TONHATI, H.CARMO, A. S.PINHEIRO, D. G.BUZANSKAS, M. E.. Identificação de regiões com variações no número de cópias dos segmentos de DNA em bovinos de leite. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Saura Rodrigues da Silva

MIRANDA, V. F. O.PINHEIRO, D. G.; BACCI JUNIOR, M.;DOMINGUES, D. S.PINHEIRO, F.. Genômica organelar e evolução de Genlisea e Utricularia (Lentibulariaceae). 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica) [Botucatu]) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Natália Manuela Strohmayer

ALMEIDA, A. M. F.; KRONKA, E. A. M.;PINHEIRO, D. G.GOMES, E.; GATTAS, E. A. L.. Investigação de XenomiRs e RNAs de Candida tropicalis: alvos inovadores para descontaminação na produção de bioetanol. 2018. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Julie Anne Espindola Amorim

VARANI, A. M.; BELASQUE JUNIOR, J.;FERREIRA, R. M.; JACIANI, F. J.;PINHEIRO, D. G.. Genes do metabolismo do nitrogênio e suas implicações na patogenicidade e virulência da Xanthomonas citri subsp. citri. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Jaderson Silveira Leite Armanhi

SOUZA, A. A.;MUI, T. S.; RECH FILHO, E. L.;PINHEIRO, D. G.; ARRUDA, P.. Construção de uma comunidade sintética bacteriana promotora do crescimento vegetal oriunda do microbioma da cana-de-açúcar. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Felipe ten Caten

KOIDE, T.; NAKAYA, H. T. I.;CRUZ, A. K.; MARQUES, M. V.;PINHEIRO, D. G.. A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Nayla de Souza Pitangui

ALMEIDA, A. M. F.TAYLOR, M. L.; PALMA, M. S.; VALENTE, G. T.;PINHEIRO, D. G.. Regulação Transcricional, Metabólica e Perfil de MicroRNAs dos Biofilmes de Histoplasma capsulatum: Genes, Metabólitos e RNAs Não Codificantes como Alvos Terapêuticos e/ou Biomarcadores. 2017. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Marília Gabriela de Santana Costa

BALBUENA, T. S.PINHEIRO, D. G.CARVALHO, R. F.LABATE, C. A.LEME, A. F. P.. Alterações no proteoma caulinar de Eucalyptus globulus e Eucalyptus grandis em resposta a variações de temperatura. 2017. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Gabriela Der Agopian Guardia

FARIAS, C. R. G.; FERREIRA, J. E.; TINOS, R.;SIMOES, Z. L. P.PINHEIRO, D. G.. Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Silvana de Cássia Paulan

NUNES, C. M.; LOPES, F. L.;MEIRELES, M. V.PINHEIRO, D. G.UTSUNOMIYA, A. T. H.. Transcriptoma de metacestóide de Taenia saginata. 2015. Tese (Doutorado em Ciência Animal) - Faculdade de Medicina Veterinária.

Aluno: Leonardo Rippel Salgado

COUTINHO, L. L.PINHEIRO, D. G.GIULIATTI, S.VIEIRA, L. G. E.; CARRER, H.. Montagem de novo e análise do transcritoma de Hevea brasiliensis por RNA-seq e busca por marcadores moleculares. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: Eliane Vale da Silva

PINHEIRO, D. G.; MENDONCA, C. R. F.; CAVALLINI, D. C. U.. Uso da terapia probiótica personalizada para redução do risco de colite quimicamente induzida. 2024. Exame de qualificação (Doutorando em Alimentos e Nutrição) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: LUCAS AMOROSO LOPES DE CARVALHO

PRADO, C. D.; OLIVEIRA, M. M.; MILLEN, D. D.;RIGOBELO, E. C.PINHEIRO, D. G.. Temporal Metabarcoding of a Lignocellulolytic Bacterial Consortium Unveils Compositional, Structural, and Functional Adaptations. 2024. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Naiara Scarabeli Zancanari

BALBUENA, T. S.PINTO, L. R.PINHEIRO, D. G.. O cultivo em alta temperatura e em elevada concentração de CO2 induz padrões específicos de resposta em poliploides de Eucalyptus. 2023. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Felipe Alexsander Rodrigues da Silva

BALBUENA, T. S.PINHEIRO, D. G.FERRO, J. A.. Proteome profiling of vascular sap regarding Eucalyptus grandis, Eucalyptus urophylla and Eucalyptus camaldulensis. 2022. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Bruno Spinetti Moda

PINHEIRO, D. G.. Microbioma fúngico em tumores humanos. 2022. Exame de qualificação (Doutorando em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Bruno Weiss

VARANI, A. M.PINHEIRO, D. G.; MOREIRA, L. M.;LEMOS, E. G. M.RIGOBELO, E. C.. Unraveling a lignocellulose-decomposing bacterial consortium from soil associated with dry sugarcane straw by genomic-cen- tered metagenomics. 2021. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Jaqueline Alves Senabio

BATTIROLA, L. D.PINHEIRO, D. G.DA SILVA, GILVAN FERREIRA. Microrganismos: Potenciais ferramentas para biorremediação de compostos orgânicos e inorgânicos. 2021. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia e Biodiversidade) - Universidade Federal de Mato Grosso.

Aluno: Carolina Heloisa de Souza Borges

HASHIMOTO, DIOGO TERUO;PINHEIRO, D. G.VARANI, A. M.. Mapeamento das regiões ligadas ao sexo em Leporinus e Megaleporinus (Teleostei, Characiformes) através de técnicas citogenéticas e genômicas. 2021. Exame de qualificação (Doutorando em Aqüicultura) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Amanda Cristina Baldassi

BALBUENA, T. S.PINHEIRO, D. G.LEME, A. F. P.. The Eucalyptus grandis chloroplast proteome: leaf development and seasonal variations. 2021. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Amanda Carolina Paulino de Oliveira

VARANI, A. M.PINHEIRO, D. G.; MOREIRA, L. M.; BELASQUE JUNIOR, J.; OLIVEIRA, MARCOS T.. Beyond the Lytic Transglycosylase: XAC4296 is a multifunctional and exclusive Xanthomonadales protein related to chromosome segregation, cell division, and bacterial fitness. 2021. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Luis Guillermo Teheran Sierra

PINHEIRO, D. G.; SOUZA, J. A. M.; CAZETTA, J. O.;VARANI, A. M.ALVARENGA, DANILLO O.. Prospecção de comunidades bacterianas associadas a cana-de-açúcar com capacidade promotora de crescimento em gramíneas C4. 2020. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Gabriel Lemes Jorge

BALBUENA, T. S.PINHEIRO, D. G.FERRO, J. A.. Identification of novel protein-coding sequences in Eucalyptus grandis plants by high-resolution mass spectrometry. 2020. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Renato Farinacio

LEMOS, E. G. M.; FERNANDES, O. A.;PINHEIRO, D. G.. Desenvolvimento de cana-de-açúcar transgênica com os genes vip3Aa e bar para resistência a pragas e herbicidas. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Ricardo Perecin Nociti

LIMA, V. F. M. H.; STAFUZZA, N. B.;PINHEIRO, D. G.; GIMENES, L. U.;MUNARI, D. P.. Transcriptoma de embriões bovinos produzidos in vitro com espermatozoides sexados por citometria de fluxo. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Junier Marrero Gutiérrez

CRUZ, A. K.; SILVA NETO, J. F.;PINHEIRO, D. G.. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: investigação de uma ribonuclease com domínio metalobetalactamase (VNG_RS05855). 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Carolina Buzinari da Silva

CARVALHO, F. M. S.PINHEIRO, D. G.ALVES, L. M. C.; VANTINI, J. S.;FERREIRA, R. M.. Implicação da mutagênese sítio-dirigida por PCR em ORFs hipotéticas de um operon de Xanthomonas citri subsp. citri. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Jaqueline Oliveira Rosa

MUNARI, D. P.; SAVEGNAGO, R. P.;NORONHA, L. F. S. F.; BERNARDES, P. A.;PINHEIRO, D. G.. Genetic Basis of Physiological Stress Response to Slaughter in Avileña-negra Ibérica Spanish Breed. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Saura Rodrigues da Silva

PINHEIRO, D. G.; SOUZA, J. A. M.;BALBUENA, T. S.. The chloroplast genome of six Genlisea A.St.-Hil. (corkscrew plant) species: structure, evolution and phylogenetic implications. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Botânica) [Botucatu]) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Ricardo Cacheta Waldemarin

FARIAS, C. R. G.NAKAGAWA, E. Y.PINHEIRO, D. G.. Desenvolvimento orientado a modelos de serviços para ambientes integrados de análise em bioinformática. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Julie Anne Espindola Amorim

VARANI, A. M.FERREIRA, R. M.PINHEIRO, D. G.. Genes Reguladores do Metabolismo do Nitrogênio (ntrB e ntrC) e suas Implicações na Patogenicidade e Virulência da Xanthomonas citri subsp. citri. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Rosana Lino Salvador Bernabé

COSTA, M. T.DE NARDI, A. B.PINHEIRO, D. G.. Análise do Perfil de Expressão Global de miRNA em Carcinomas Mamários e Linfonodos Metastáticos de Cadelas. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina Veterinária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Gabriela Cabral Fernandes

LEMOS, E. G. M.ALVES, L. M. C.; PIZAURO JUNIOR, J. M.; DESIDERIO, J. A.;PINHEIRO, D. G.. Caracterização Bioquímica, Estrutural e Promiscuidade de Metal de uma Carboxipeptidase Termofílica. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Aylan Kener Meneghine

VARANI, A. M.PINHEIRO, D. G.SARAN, L. M.BALBUENA, T. S.POLLO, A. S.. Unrevealing the microbiome from a vegetable garden soil and freshwater used for irrigation garden after ten years' fertilization with an unusual organic compost. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Marília Gabriela de Santana

BALBUENA, T. S.; DESIDERIO, J. A.;PINHEIRO, D. G.. Insights into temperature modulation of the Eucalyptus globulus and Eucalyptus grandis antioxidant and lignification subproteomes. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Junier Marrero Gutiérrez

VENCIO, R. Z. N.; SILVA NETO, J. F.;PINHEIRO, D. G.. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: papel das ribonucleases VNG1503C e VNG2512G. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: Guilherme Luís Pereira

CURI, R. A.OLIVEIRA, H. N.PINHEIRO, D. G.SANTOS, D. J. A.VENTURINI, G. C.. Identificação de regiões cromossômicas, genes e polimorfismos de DNA associados ao desempenho de equinos de corrida da raça quarto de milha. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Érica Mendes Lopes

SOUZA, J. A. M.;Morales, A. C.FERRO, M. I. T.PINHEIRO, D. G.RIGOBELO, E. C.. Identificação e caracterização funcional de metagenomas e isolados bacterianos associados a biorremediação de metais. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Maria Letícia Guindalini Melloni

PINTO, L. R.FERRO, M. I. T.PINHEIRO, D. G.CARVALHO, R. F.BRITO, M. S.. Análise do perfil de transcrição durante o processo de indução fotoperiódica em cana-de-açúcar via cDNA-AFLP. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Elisangela Soares Gomes

LEMOS, E. G. M.; PIZAURO JUNIOR, J. M.;BALBUENA, T. S.ALVES, L. M. C.PINHEIRO, D. G.. Caracterização inicial de β-Glicosidase metagenômica de alta atividade específica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Diego Martinez Salvanha

REIS, E. M. R.PINHEIRO, D. G.; SILVA NETO, J. F.. Identificação de ncRNAs em Halobacterium salinarum NRC-1 através de uma abordagem sistêmica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Josiane Lilian dos Santos Schiavinato

PINHEIRO, D. G.SIMOES, B. P.CASTRO, F. A.. Análise Genômica do Papel dos Mecanismos Epigenéticos de Metilação de Regiões Promotoras durante a Geração in vitro de Células T Regulatórias Induzidas (iTreg) a partir de Células T Naive de Sangue de Cordão Umbilical. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: Danilo Jordão Xavier

PINHEIRO, D. G.FONTES, A. M.TAKAHASHI, C. S.. Gene expression profiles displayed by peripheral blood mononuclear cells from patients with type 2 Diabetes Mellitus focusing on biological processes implicated on the pathogenesis of the disease. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: Nilson Nicolau Junior

SILVA, C. H. T. P.PINHEIRO, D. G.; ALVES, N. A.. Modelling and molecular dynamics of the intrinsically disordered E7 proteins from high- and low-risk types of human papillomavirus (HPV). 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: CARLOS DANIEL NAZARENO FERRAO

PEREIRA, P. A. M.; BELUOMINI, M. A.;PINHEIRO, D. G.. The Role of Spirulina maxima in Enhancing Plant Growth of Solanum lycopersicum and Associated Microbiome Dynamics. 2025. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Afonso Pinto Fançony

MIRANDA, V. F. O.VARANI, A. M.PINHEIRO, D. G.. Comparative analysis of the chloroplast genome of Pinguicula moranensis Kunth (Lentibulariaceae). 2024. Exame de qualificação (Mestrando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Luis Angel Chicoma Rojas

LEMOS, E. G. M.PINHEIRO, D. G.; CAZETTA, J. O.. Insecticidal activity of secondary metabolite of Burkholderia JBC02 against Spodoptera frugiperda (Smith, 1797). 2023. Exame de qualificação (Mestrando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Isabel Arjonas Fernandes Avila

ZIED, D. C.;PINHEIRO, D. G.; DIAS, E. S.. Bioconversion of Lentinula edodes in rice straw under different spawn formulations. 2023. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Gustavo Tamasco

KOIDE, T.; OLIVEIRA, A. E. R.;PINHEIRO, D. G.. Chimera: an easy to use pipeline for genome based metabolic network reconstruction. 2022. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: SABRINA CUSTÓDIO DIBELLI

PINHEIRO, D. G.RIGOBELO, E. C.CARDOZO, M. V.. Prospecção de atividades promotoras de crescimento vegetal e de biocontrole de fungos fitopatogênicos em isolados bacterianos recuperados a partir de cana-de-açúcar. 2022. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: IAGO RODRIGUES BLANCO

ARAUJO, W. L.PINHEIRO, D. G.; YAGUI, C. O. R.. Análise genômica in silico de bacteriocinas de tipo pediocina por Pediococcus pentosaceus. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Tecnologia Bioquímico-Farmacêutica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Paula Corrêa Moneda

PINHEIRO, D. G.RIGOBELO, E. C.ALVES, L. M. C.. Análise metataxonômica de comunidades microbianas da rizosfera de cana-de-açúcar em cultivo orgânico e convencional. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Romário Alves Rodrigues

AVILA, F. A.PINHEIRO, D. G.; MATHIAS, L. A.. Genômica comparativa de S. aureus de humanos e bovinos com focos em genes de adesão e biofilme. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Mayara de Cássia Luzzi

BARROS-BATTESTI, D. M.MACHADO, R. Z.PINHEIRO, D. G.. Metataxonomy of adult female, eggs and embryonic cell culture of Rhipicephalus sanguineus from Brazil. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Medicina Veterinária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Deborah Maria de Paula Estevam

KUPPER, K. C.; MONTASSIER, H. J.;PINHEIRO, D. G.. Sporobolomyces koalae como agente de controle biológico de Geotrichum citri-aurantii. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Maria Fernanda Zaneli Campanari

PINHEIRO, D. G.VARANI, A. M.ALVES, L. M. C.. Acessando o potencial metabólico diferencial da microbiota da rizosfera de cana-de-açúcar sob cultivo orgânico. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Rafael Correia da Silva

PINHEIRO, D. G.FERRO, M. I. T.BALBUENA, T. S.. Acesso ao endofitoma de cana-de-açúcar por meio da análise de dados RNA-Seq da planta e investigação de possíveis fatores moduladores. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Rafael Correia da Silva

Aluno: Renan Bressianini do Amaral

ANDRE, M. R.BARROS-BATTESTI, D. M.PINHEIRO, D. G.. Molecular Detection and Characterization of Bartonella spp. and Rickettsia spp. in Streblidae Flies From Bats in Brazil. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Amanda Carolina Paulino de Oliveira

FERREIRA, R. M.PINHEIRO, D. G.Morales, A. C.. Caracterização in vitro e in silico de transglicosilases líticas de mureína associadas ao elemento TnXax1 em Xanthomonas citri subsp. citri 306 sugerem relação com fitness e atraso no desenvolvimento do cancro cítrico. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli

KISHI, L. T.PINHEIRO, D. G.ALVARENGA, DANILLO O.. Caracterização Microbiológica e Molecular de uma Comunidade Bacteriana Isolada de Bagaço de Cana-de-açúcar. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: André Ferreira de Camargo

SOUZA, J. A. M.;PINHEIRO, D. G.; DESIDERIO, J. A.. Solo agrocultivável como fonte de enzimas ligadas à degradação hemicelulolítica. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Nestor Dario Franco Marulanda

MIRANDA, V. F. O.; SOUZA, J. A. M.;PINHEIRO, D. G.. Polimorfismo no rDNA em uma planta de genoma reduzido: Utricularia gibba L. (Lentibulariaceae): Evolução em Concerto Incompleta e Inferência Filogenética. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Ana Paula Sbardella

MUNARI, D. P.PINHEIRO, D. G.; STAFUZZA, N. B.. Expressão Gênica Diferencial em Tecido Mamário de Vacas Girolando Infectado por A. agalactiae. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Amanda Schmidt Célico

SARAN, L. M.PINHEIRO, D. G.; SOUZA, J. A. M.. Ausência de impactos negativos na qualidade da água pelo uso de composto orgânico. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Aline Andrucioli Belesini

PINHEIRO, D. G.; VANTINI, J. S.;CAVALLARI, S. D. C.. Análise do Transcriptoma de folhas de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica usando RNA-Seq. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Lucas Daniel Ribeiro

SOUZA, J. A. M.;PINHEIRO, D. G.; MONTASSIER, H. J.. Prospecção de genes do microbioma ruminal bovino com propriedades degradadoras da biomassa vegetal. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Alessandra dos Santos Pinto

VARANI, A. M.ALVES, L. M. C.PINHEIRO, D. G.. Estudo do "mobile-metagenome" a partir de biblioteca metagenömica de solo com cultivo de cana-de-açúcar e solo de floresta. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: GÉSSICA APARECIDA SILVEIRA

SARAN, L. M.PINHEIRO, D. G.GOULART, K. C. S.. Impactos do uso agrícola do solo na qualidade da água em um córrego. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Diogo Vieira da Silva Pellegrina

BRENTANI, H. P.PINHEIRO, D. G.FUJITA, A.. Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: BERNARDO PETROROSSI DE FIGUEIREDO

ALVES, L. M. C.SARAN, L. M.PINHEIRO, D. G.. Prospecção de bactérias com potencial biotecnológico e agronômico em solo tratado com composto orgânico. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Luan Affonso Montandon Pompeu

VARANI, A. M.SILVA, S. R.PINHEIRO, D. G.. Análise genômica comparativa de transportadores ABC entre clones de Theobroma grandiflorum e Themobroma cacao. 2024. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Agronômica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: João Victor dos Anjos Almeida

PINHEIRO, D. G.FERRO, J. A.VARANI, A. M.. Caracterização genômica e potencial antimicrobiano de bacteriocinas em Ligilactobacillus salivarius: uma análise pangenômica e estrutural. 2023. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Julia Sandrini De Biasi

PINHEIRO, D. G.ALVES, L. M. C.SILVA, S. R.. Modulação da expressão gênica em uma comunidade de bactérias em resposta aos metais cobre e cromo. 2022. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: DANYEL FERNANDES CONTILIANI

VARANI, A. M.FERRO, J. A.PINHEIRO, D. G.. Estudo da Expressão Espacial e Temporal de Genes Flagelares de Xanthomonas citri subsp. citri em Diferentes Genótipos de Citrus através da Abordagem de RNA-Seq. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Aluno: Natália Baptista Cruz

SILVA JUNIOR, W. A.; MITROWSKY, R. A. R.;PINHEIRO, D. G.. MIRNAPATH II: Plataforma para Identificar Alvos de MIRNAs e Vias Gênicas que são Reguladas por MIRNAS. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: Juliana Santos Silva

SILVA JUNIOR, W. A.PINHEIRO, D. G.ARAUJO, L. F.. Desenvolvimento de um ?pipeline? para anotação de polimorfismos de base única. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: ANA KATARINY DE SOUZA CACHETA

SILVA JUNIOR, W. A.PINHEIRO, D. G.; NOUSHMEHR, H.. Análise metagenômica de solos no entorno de áreas de mineração desativada. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: Maithê de Oliveira Zanon

SILVA JUNIOR, W. A.PINHEIRO, D. G.ARAUJO, L. F.. Abordagem computacional aplicada a identificação de haplótipos intragênicos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).

Aluno: Gustavo de Carvalho Peron

FERRO, J. A.PINHEIRO, D. G.SILVA, C. F.. Identificação de genes de resistência Xanthomonas citri subsp citri, agente causal do cancro cítrico. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Agronomia) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

GOMES, E.PINHEIRO, D. G.; HERAI, R. H.; ALVES, J. M. P.;NAGEM, R. A. P.. Pesquisador IV na área de Bioinformática para Bioenergia. 2016. Instituto de Pesquisa em Bioenergia.

CARVALHO, B. S.PINHEIRO, D. G.CERQUEIRA, F. R.. Professor Classe A, Adjunto, nível 1, área/subárea de Bioinformática (Edital 33/2016). 2016. Universidade Federal de Viçosa.

MONTASSIER, H. J.;PINHEIRO, D. G.; MARIN, J. M.. Pós-Doutorado do Programa Nacional de Pós-Doutorado da CAPES na área de Microbiologia Agropecuária. 2015. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

Orientou

Andrea Cecilia Romero Coronado

Influência de extratos de microalgas verdes no microbioma do solo e seu impacto no desenvolvimento de plantas; Início: 2024; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);

Felipe Casaletti Teixeira

Investigação dos efeitos na microbiota do solo observados em resposta ao tratamento com biocarvão ou plahada; Início: 2024; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);

Gabriella Linhares de Andrade

Microbiota associada aos solos em Sistemas de Integração Lavoura Pecuária Floresta na região nordeste do Brasil; Início: 2024; Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Renata Danielle de Souza Bartolomeu

Silagem de sorgo na produção de biogás: o impacto das características de fermentação da biomassa no rendimento; Início: 2023; Tese (Doutorado em Bioenergia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Renata Danielle de Souza Bartolomeu

Potencial de produção de biometano e características da estrutura da comunidade microbiana da digestão anaeróbia de silagem de sorgo; Início: 2023; Tese (Doutorado em Microbiologia Agrícola) - Universidade Federal de Lavras, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Giovanna Santos Rodrigues Silva

Identificação molecular de microalga clorofícea e seu efeito na promoção do crescimento de plantas; Início: 2024; Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Júlia Araújo Tomazeli

Potencial de Serratia surfactantfaciens no controle biológico de fungos fitopatógenos e promoção do crescimento de plantas; Início: 2024; Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

CARLOS DANIEL NAZARENO FERRAO

Investigação sobre os efeito da Spirulina maxima no desenvolvimento de Solanum lycopersicum e na composição da microbiota rizosférica; 2025; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

SABRINA CUSTÓDIO DIBELLI

Evidenciação de múltiplos traços de promoção de crescimento vegetal em isolados de comunidades bacterianas associadas a cana-de-açúcar; 2023; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Ana Paula Corrêa Moneda

Análise metataxonômica de comunidades microbianas da rizosfera de cana-de-açúcar em cultivo orgânico e convencional; 2022; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Rafael Correia da Silva

Acesso ao microbioma de cana-de-açúcar por análise de seu transcriptoma e possíveis fatores moduladores; 2020; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

LUCAS AMOROSO LOPES DE CARVALHO

Investigação sobre o efeito do Sistema de Cultivo na Composição da Microbiota da Cana-de-Açúcar; 2020; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Francini Ludmila Tulini

Identificação de SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) na região codificadora entre duas cultivares de cana-de-açúcar contrastantes submetidas à prolongada limitação hídrica; 2020; Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

JONATHAM HERCULES DA SILVA MACIEL

Influência do mercúrio na dinâmica de bactérias rizosféricas e endofíticas revelada por metabarcoding; 2020; Dissertação (Mestrado em Ecologia e Conservação da Biodiversidade) - Universidade Federal de Mato Grosso, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Daniela Konrad

Dinâmica do perfil transcricional de duas cultivares de cana-de-açúcar contrastantes à seca e submetidas ao déficit hídrico prolongado; 2019; Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Maria Fernanda Zaneli Campanari

Acessando o microbioma da rizosfera da cana-de-açúcar em cultivo orgânico comparado ao convencional; 2019; Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Aline Andrucioli Belesini

Análise do transcriptoma de folhas de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica usando RNA-Seq; 2015; Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

LUCAS AMOROSO LOPES DE CARVALHO

Temporal Dynamics of Microbiome Composition and Gene Expression in a Lignocellulosic Biomass-Degrading Consortium at Different Adaptation Stages; 2025; Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli

Characteristic Genomic Traits of Bacterial Genera Associated with Sugarcane; 2023; Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Fábio de Azevedo Silva

Impacto da introdução de Trichoderma spp; como agente de biocontrole na comunidade de fungos edáficos; 2021; Tese (Doutorado em Ecologia e Conservação da Biodiversidade) - Universidade Federal de Mato Grosso, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Daiane Silva Bonaldi

Genômica aplicada à predição dos mecanismos moleculares de resistência a metais potencialmente tóxicos e promoção de crescimento vegetal em Rhizobium sp; LBMP-C04; 2021; Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Luis Guillermo Teheran Sierra

Comunidades de bactérias endofíticas e epifíticas associadas à cana-de-açúcar e prospecção de promotores de crescimento em plantas; 2020; Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Centro de Estudios Interdisciplinarios Básicos y Aplicados; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Danielly Beraldo dos Santos Silva

Expressão diferencial de genes relacionados com características de carcaça e carne em bovinos da raça Nelore; 2019; Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Wellington Pine Omori

Composição funcional e taxonômica de enzimas carbohidrases que atuam na desconstrução da lignocelulose de torta de filtro; 2018; Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Sonia Villamizar Cancelado

Metagenoma para prospecção de enzimas e produtos de interesse no biocontrole de fitopatogenos; 2017; Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Marcos Antônio Soares

2018; Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Daniel Guariz Pinheiro;

Julia Sandrini De Biasi

Modulação da expressão gênica em uma comunidade de bactérias em resposta aos metais cobre e cromo; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

ANDRÉ LUIS RODRIGUES DE AQUINO

Prospecção in silico de genes envolvidos na degradação de hidrocarbonetos aromáticos policíclicos em sedimento; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Bianca Dias dos Santos

Investigação de uma putativa nova espécie do gênero Labrys como promotora de crescimento em plantas; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Julia Sandrini De Biasi

Modulação da expressão gênica em uma comunidade de bactérias em resposta aos metais Cobre e Cromo; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

ANDRÉ LUIS RODRIGUES DE AQUINO

Prospecção in silico de genes envolvidos na degradação de HPAs em solo contaminado; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

ANA KATARINY DE SOUZA CACHETA

Análise metagenômica de solos no entorno de áreas de mineração desativada; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Matheus Carvalho Bürger

Estudo crítico dos métodos de análise de expressão gênica em larga escala; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Julia Sandrini De Biasi

Treinamento em Bioinformática aplicada à Genômica e Transcriptômica; 2021; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Rafael Correia da Silva

Estágio supervisionado no Laboratório de Bioinformática: Análise de interações entre microrganismos e plantas; 2019; Orientação de outra natureza; (Biotecnologia) - Universidade Federal da Grande Dourados; Orientador: Daniel Guariz Pinheiro;

Produções bibliográficas

DE ANDRADE DA SILVA, MAURA SANTOS REIS ; DE CARVALHO, LUCAS AMOROSO LOPES ; SANTOS, CARLOS HENRIQUE BARBOSA ; FREZARIN, EDVAN TECIANO ; DA SILVA, CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO ; Pinheiro, Daniel Guariz ; ZONTA, EVERALDO ; BABALOLA, OLUBUKOLA OLURANTI ; RIGOBELO, EVERLON CID . Effect of co-inoculation with plant growth-promoting bacteria on the microbiome of soybean roots. Frontiers In Sustainable Food Systems , v. 9, p. 1, 2025.
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CARVALHO, L. A. L. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; DIBELLI, S. C. ; PINHEIRO, D. G. . Bioinformática aplicada ao estudo de microbiomas (I Escola de Verão em Microbiologia Agropecuária). 2023. .

FUNNICELLI, M. I. G. ; CARVALHO, L. A. L. ; FERRAO, C. D. N. ; CABRERA, J. M. ; PINHEIRO, D. G. . Minicurso no XVII Curso de Inverno em Genética: Bioinformática aplicada ao estudo de microbiomas. 2023. .

CARVALHO, L. A. L. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; PINHEIRO, D. G. . Minicurso na I Escola de Verão em Microbiologia Agropecuária: Bioinformática aplicada a estudos de microbiomas. 2023. .

FUNNICELLI, M. I. G. ; CARVALHO, L. A. L. ; FERRAO, C. D. N. ; CABRERA, J. M. ; PINHEIRO, D. G. . Apostila do minicurso Bioinformática aplicada ao estudo de microbiomas. 2023. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - apostila).

CARVALHO, L. A. L. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; DIBELLI, S. C. ; PINHEIRO, D. G. . Bioinformática aplicada ao estudo de microbiomas (XVI Curso de Verão em Genética). 2022. .

PINHEIRO, D. G. . Tarde de palestras sobre inovação e empreendedorismo. 2022. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

CARVALHO, L. A. L. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; DIBELLI, S. C. ; PINHEIRO, D. G. . Apostila do minicurso Bioinformática aplicada ao estudo de microbiomas. 2022. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - apostila).

SOARES, M. A. ; PINHEIRO, D. G. . Tópicos especiais em Biotecnologia: montagem e anotação de genoma. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. . Tutorial para Montagem, Avaliação e Anotação de Genomas. 2019. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Tutorial).

PINHEIRO, D. G. . Tutorial para Análise de Transcriptomas. 2019. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Tutorial).

AQUINO, A. L. R. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; PINHEIRO, D. G. . Prospecção in silico de genes envolvidos na degradação de HPAs em solo contaminado. 2019. (Relatório de pesquisa).

PINHEIRO, D. G. . Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. . II Curso de Verão em Bioinformática: Metagenômica: da aquisição à mineração de dados. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

PINHEIRO, D. G. . Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. . I Curso de Verão em Bioinformática: Metagenômica: conceitos e aplicações. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

PINHEIRO, D. G. . Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. . Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. ; SIMOES, Z. L. P. . Relatório Científico do Projeto: Abordagem integrativa in silico na análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera. 2014. (Relatório de pesquisa).

PINHEIRO, D. G. . Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. . Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. . Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA e Mapeamento de sequências de cDNA em genoma referência. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PINHEIRO, D. G. . Tópicos avançados: Programação Perl. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

2023 - Atual

Caracterização da microbiota oral e intestinal em pacientes submetidos ao transplante alogênico e com Doença do Enxerto contra o Hospedeiro aguda, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Gislane Lelis Vilela de Oliveira em 21/02/2024., Descrição: Este estudo multicêntrico, de coorte prospectivo, possui o objetivo de identificar as diferenças na composição e diversidade da microbiota oral e intestinal em pacientes submetidos ao alo-TMO e que desenvolvem a DECH e mucosite em relação àqueles que não desenvolvem. A intenção é a de encontrar marcadores de resposta clínica ao alo-TMO, possibilitando elaborar estratégias de avaliação e monitoramento pré e pós transplante e intervenções voltadas para a modulação da microbiota, almejando melhorar a resposta e os dados de morbi-mortalidade associados ao alo-TMO.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Gislane Lelis Vilela de Oliveira - Coordenador / Eduardo Antonio Donadi - Integrante / Alessio Fasano - Integrante / Maria Carolina de Oliveira Rodrigues - Integrante / Nelson Jen An Chao - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2023 - Atual

Investigação da relação entre Bartonella spp. e artrópodes vetores por meio de técnicas omics e de cultivo em linhagens celulares de carrapatos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Marcos Rogério André em 20/02/2024., Descrição: Este estudo objetiva investigar a relação entre Bartonella e artrópodes (pulgas, carrapatos, piolhos e ácaros) por meio de abordagens independentes e dependendentes de cultivo em linhagens celulares de carrapatos, a fim de verificar o possível papel desses invertebrados na transmissão de Bartonella spp. De forma mais específica, o projeto em tela objetiva investigar os microbiomas e transcriptomas dos tratos digestivos dos artrópodes vetores de Bartonella em diferentes condições, além de investigar a competência vetorial na transmissão de B. henselae entre gatos e a capacidade de linhagens de células embrionárias de carrapatos na manutenção e propagação de B. henselae. A presente proposta contribuirá para o entendimento do possível papel de artrópodes na epidemiologia das bartoneloses no Brasil.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Marcos Rogério André - Coordenador / Darci Moraes Barros-Battesti - Integrante / Rosangela Zacarias Machado - Integrante / Fabio Barbour Scott - Integrante / Fernando de Castro Jacinavicius - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2023 - Atual

Centro de Pesquisa em Biodiversidade e Mudanças do Clima, Descrição: Este é um Centro único e inovador que reúne especialistas em ciência, difusão e inovação para produzir pesquisas e soluções de classe global e de ponta visando a atual perda de biodiversidade, seu sinergismo com as mudanças climáticas e suas consequências para o bem-estar humano. Alinhado aos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável das Nações Unidas (ODS), a missão deste CEPID é a criação de um observatório de pesquisa em biodiversidade e mudanças climáticas, promovendo a inovação com foco em soluções baseadas na natureza e acelerando a difusão.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Vitor Fernandes Oliveira de Miranda - Integrante / Todd P Michael - Integrante / Ana Paula de Moraes - Integrante / Mauricio Bacci Junior - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Fábio Pinheiro - Integrante / Leonor Patricia Cerdeira Morellato - Coordenador / Célio Fernando Baptista Haddad - Integrante / Mauro Galetti Rodrigues - Integrante / Milton Cezar Ribeiro - Integrante / Clarisse Palma da Silva - Integrante / Leonardo Fernandes Fraceto - Integrante / Newton La Scala Júnior - Integrante / Cyntia Peralta de Almeida Prado - Integrante / Rouverson Pereira da Silva - Integrante / Alfredo Huete - Integrante / Ana Carolina Oliveira de Queiroz Carnaval - Integrante / André Luiz Martinez de Oliveira - Integrante / Antonio Maria Garcia Tommaselli - Integrante / André Rodrigues - Integrante / Antonio Leão Castilho - Integrante / Bartosz Jan Plachno - Integrante / Boris Leonardo Blotto Acuña - Integrante / Bruna de Costa Alberton - Integrante / Carlos Guilherme Becker - Integrante / Casey Ryan - Integrante / Claudette Marta Hahn - Integrante / Clinton N. Jenkins - Integrante / Claudio José Von Zuben - Integrante / Cláudia Pio Ferreira - Integrante / Ellen G. Denny - Integrante / Elza Maria Guimarães Santos - Integrante / Felipe Wanderley de Amorim - Integrante / Fernando Augusto de Oliveira e Silveira - Integrante / Geraldo Wilson Fernandes - Integrante / Guilherme Wolf Bueno - Integrante / Halley Caixeta de Oliveira - Integrante / Jens Christian Svenning - Integrante / Jin Wu - Integrante / Juan Arroyo - Integrante / Julián Faivovich - Integrante / Kelly Raquel Zamudio - Integrante / Kyle Graham Dexter - Integrante / Laurence Marianne Vincianne Culot - Integrante / Levi Pompermayer Machado - Integrante / Lilian Patricia Sales Macedo - Integrante / Luciana Bolsoni Lourenço - Integrante / Magna Soelma Beserra de Moura - Integrante / Márcio Silva Araújo - Integrante / Marco Aurelio Pizo Ferreira - Integrante / Maria de Lourdes Bueno Trindade Galo - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Marina Corrêa Côrtes - Integrante / Marta Pereira Llopart - Integrante / Mathew Williams - Integrante / Mathias Mistretta Pires - Integrante / Montserrat Arista Palmero - Integrante / Pablo Forlan Vargas - Integrante / Patrícia Pasquali Parise Maltempi - Integrante / Paulo Roberto Guimarães Junior - Integrante / Pedro Jordano - Integrante / Pedro Luis Ortiz Ballesteros - Integrante / Qiaoyun Xie - Integrante / Rafael Barreiro Chaves - Integrante / Renata de Lima - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Rodolfo Luiz Bezerra Nóbrega - Integrante / Rosane Garcia Collevatti - Integrante / Tadeu de Siqueira Barros - Integrante / Tatiana Garabini Cornelissen - Integrante / Wesley Francisco Dáttilo da Cruz - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2022 - Atual

Avaliação da resposta imune, metabólica e da quimiossensibilidade de frangos após alteração da microbiota in ovo, Descrição: No presente estudo serão avaliados os efeitos da inoculação com probiótico ou antibiótico no 16 dia de incubação, sobre o metabolismo, a quimiossensibilidade (resposta hipóxia e hipercapnia), a resposta imune ao desafio com lipopolissacarídeo (LPS) considerando o eixo microbiota-intestino-encéfalo, e microbiota de pintinhos juvenis. Para isto, ovos férteis de matrizes da linhagem Cobb, serão submetidos aos tratamentos. Após a eclosão, os pintinhos serão sexados e os seguintes parâmetros serão avaliados: eclodibilidade, ventilação, temperatura corporal; consumo de O2, desafio ao LPS-, e metagenômica da microbiota intestinal de pintinhos juvenis.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Marcos Macari - Coordenador / Luciane Helena Gargaglioni Batalhão - Integrante.
2022 - Atual

Assinaturas moleculares -genômica, epigenômica e transcriptômica- e morfológicas da mudança de hospedeiros no besouro do feijão Zabrotes subfasciatus, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Angel Roberto Barchuk em 10/01/2023., Descrição: Os carunchos Bruchinae são os responsáveis pela perda de 20 do valor dos grãos de leguminosas. Porém, não são conhecidos os aspectos moleculares que governam a capacidade reprodutiva destes insetos, característica determinante para a infestação. Propomos avaliar as variações moleculares e morfológicas associadas com a mudança de hospedeiro de oviposição utilizando como modelo o caruncho do feijão, Zabrotes subfasciatus.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Francis de Morais Franco Nunes - Integrante / Lívia Maria Rosatto Moda - Integrante / Flávia Cristina de Paula Freitas - Integrante / Alexandre dos Santos Cristino - Integrante / Zilá Luz Paulino Simões - Integrante / Angel Roberto Barchuk - Coordenador / Juliana Ramos Martins - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Talita Sarah Mazzoni - Integrante / Gerardo Domingo Lucio Cervigni - Integrante / Isabel Ribeiro do Valle Teixeira - Integrante / Pedro Augusto da Pos Rodrigues - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2021 - 2023

Prospecção, manipulação e utilização de microrganismos para a geração de tecnologias e produtos para a agropecuária sustentável e a mitigação de impactos ambientais, Descrição: O projeto do Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agropecuária está alinhado aos objetivos de desenvolvimento sustentável da Organização das Nações Unidas (ONU). Ou seja, a exploração de fontes de energia e de matérias-primas renováveis, o aproveitamento de resíduos e subprodutos da agroindústria, a sanidade animal e à aplicação de microrganismos para a geração de tecnologias e produtos sustentáveis para a agropecuária e mitigação de impactos ambientais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Jesus Aparecido Ferro - Integrante / Lúcia Maria Carareto Alves - Integrante / Luciana Maria Saran - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Maria Inês Tiraboschi Ferro - Integrante / Camila Cesário Fernandes - Integrante / Roberto Alves de Oliveira - Coordenador / Rose Maria Duda - Integrante / Marita Vedovelli Cardozo - Integrante / Luis Guillermo Teheran Sierra - Integrante / Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli - Integrante / João Carlos Campanharo - Integrante / Lucas Amoroso Lopes de Carvalho - Integrante / Márcia Justino Rossini Mutton - Integrante / Lidyane Aline de Freita - Integrante / Fernando Antonio de Ávila - Integrante / Milena Tavares Lima Constancio - Integrante / Sabrina Custódio Dibelli - Integrante / Bianca Dias dos Santos - Integrante / Julia Sandrini De Biasi - Integrante / Luan Affonso Motandon Pompeu - Integrante / Bruno Bachega - Integrante / Jorge Otávio Silva Nunes - Integrante / Michel Santi Caraça - Integrante / Wallynson Eduardo Silva Almeida - Integrante / Iashilei Cassieli Pasquini - Integrante / Luana Cristina Amista - Integrante / Felipe Pereira de Matos - Integrante / Vivian de Oliveira Lima - Integrante / Stella Rubin de Sousa - Integrante / Eliane Cristine Soares da Costa - Integrante / Agda Paula Facincani - Integrante / Valciney Gomes de Barros - Integrante / Daiane Silva Bonaldi - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2021 - 2022

Filogenômica de Utricularia (seção Utricularia: Lentibulariaceae): uma possível história de evolução reticulada e estado de conservação de um grupo de plantas carnívoras, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Vitor Fernandes Oliveira de Miranda em 11/01/2022., Descrição: As espécies de plantas da seção Utricularia, que estão amplamente distribuídas pelo mundo, constituem um grupo controverso do ponto de vista taxonômico. Este estudo pretende a partir de dados genômicos, morfológicos e geográficos, avaliar hipóteses filogenéticas e filogeográficas com o objetivo de inferir as relações entre as espécies e populações e sua diversidade genética, o que poderá trazer subsídios para propostas de conservação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Saura Rodrigues da Silva - Integrante / Vitor Fernandes Oliveira de Miranda - Coordenador / Yani Cristina Aranguren Díaz - Integrante / Elwi Guillermo Machado Sierra - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2021 - 2022

Avaliação do impacto do fogo sobre a biodiversidade e o solo, contribuições para o estabelecimento do Manejo Integrado do Fogo no Pantanal, Descrição: O estudo analisará a distribuição temporal das espécies identificadas por DNA ambiental de acordo com a época de ocorrência de fogo para compreender a dinâmica ocupacional da biodiversidade e orientar decisões de manejo do fogo, além de implementar o banco de metabarcodings de mamíferos, répteis, anfíbios, artrópodes do solo e microbiota edáfica para que futuras avaliações de impacto possam ser realizadas de forma rápida, objetiva e escalonada.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Marcos Antônio Soares - Integrante / Ricardo Lopes Tortorela de Andrade - Integrante / Leandro Denis Battirola - Coordenador / Catia Nunes da Cunha - Integrante / Eduardo Guimarães Couto - Integrante / Gustavo Manzon Nunes - Integrante / Christine Strüssmann - Integrante / Gabriela do Valle Alvarenga - Integrante / Eliana Celestino da Paixão Rodrigues dos Santos - Integrante / Carla Martins Lopes - Integrante / Joisiane Karoline Mendes Araujo - Integrante / Paulo André da Silva Barroso - Integrante / Marcos Antônio Camargo Ferreira - Integrante / Alexandre Ebert - Integrante / Christian Niel Berlinck - Integrante / Ronaldo Gonçalves Morato - Integrante / Luanne Helena Augusto Lima - Integrante / Gilvan Ferreira da Silva - Integrante / Bruno Henrique Saranholi - Integrante / James Moraes de Moura - Integrante / Fillipe Tamiozzo Pereira Torres - Integrante / Erica Cezarine de Arruda - Integrante / Tainã Rapp Py-Daniel - Integrante / Higo José Dalmagro - Integrante / Daniel Kumazawa Morais - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Mato Grosso - Auxílio financeiro.
2021 - Atual

Bases moleculares da plasticidade de comportamento e das estratégias reprodutivas na evolução das histórias de vida em abelhas sem ferrão neotropicais (Meliponini), Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Klaus Hartmann Hartfelder em 11/01/2022., Descrição: Considerando três espécies de abelhas neotropicais sem ferrão, que diferem nas características de biologia reprodutiva e agressividade das operárias, serão realizadas análises comparativas dos transcriptomas de três fases fundamentais do ciclo de vida adulta e de três tecidos com funções divergentes. O objetivo será incrementar o conhecimento acerca da evolução da socialidade em insetos e das bases moleculares de reconfiguração do balanço entre longevidade e reprodução.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Francis de Morais Franco Nunes - Integrante / Hartfelder, Klaus - Coordenador / Flávia Cristina de Paula Freitas - Integrante / Zilá Luz Paulino Simões - Integrante / Anete Pedro Lourenço - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Carolina Gonçalves Santos - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2020 - 2022

Caracterização de linhagens de células de carrapatos e sua utilização como substrato para o crescimento, manutenção e perfil de expressão proteica de Anaplasma marginale, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Darci Moraes Barros-Battesti em 12/01/2022., Descrição: Esse estudo tem por objetivo caracterizar linhagens de células de carrapatos e utilizá-las como substrato para o crescimento, manutenção e obtenção do perfil de expressão proteica de Anaplasma marginale. No estudo serão utilizadas culturas primárias e linhagens estabelecidas de células de carrapatos provenientes de ovos de três espécies, infectadas ou não com A. marginale a fim de prospectar proteínas que poderão ser utilizadas como antígenos vacinais no futuro.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Tiago Santana Balbuena - Integrante / Marcos Rogério André - Integrante / Darci Moraes Barros-Battesti - Coordenador / Rosangela Zacarias Machado - Integrante / Diogo Cavalcanti Cabral de Mello - Integrante / Diva Denelle Spadacci Morena - Integrante / João Fabio Soares - Integrante / Pablo Henrique Nunes - Integrante / Maria Izabel Camargo-Mathias - Integrante / Luís Adriano Anholeto - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2018 - Atual

Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore, Descrição: O projeto visa criar um banco de dados de emissão de metano entérico e utilizar um conjunto de informações de características de eficiência alimentar, qualidade de carne e carcaça bem como de reprodução, para realizar estudos genômicos com base em sequência completa do DNA, visando desenvolver tecnologias que permitam o melhor conhecimento biológico e o melhoramento da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de bovinos da raça Nelore.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Jesus Aparecido Ferro - Integrante / Henrique Nunes de Oliveira - Integrante / Humberto Tonhati - Integrante / Lúcia Galvão de Albuquerque - Coordenador / Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva - Integrante / Maria Eugênia Zerlotti Mercadante - Integrante / Roberto Carvalheiro - Integrante / Alexandre Berndt - Integrante / Ana Fabrícia Braga Magalhães - Integrante / Diercles Francisco Cardoso - Integrante / Gerardo Alves Fernandes Júnior - Integrante / Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo - Integrante / Larissa Fernanda Simielli Fonseca Noronha - Integrante / Roberta Carrilho Canesin - Integrante / Rosa Toyoko Shiraishi Frighetto - Integrante / Guilherme Jordão de Magalhães Rosa - Integrante / Luis Artur Loyola Chardulo - Integrante / Fernando Sebastián Baldi Rey - Integrante / Camila Urbano Braz - Integrante / Daiane Cristina Becker Scalez - Integrante / Rafael Espigolan - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2018 - Atual

Sistema para processamento e exploração de dados de sequenciamento de genes inseridos em fagos que expressam peptídeos de interesse (phage-displayed peptide libraries), Descrição: Desenvolvimento de um sistema computacional para realizar o processamento de dados de sequenciamento de genes em fagos que expressam peptídeos de interesse (phage-displayed peptide libraries), afim de explorar as funções desses peptídeos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Coordenador / Sandra Helena Unêda-Trevisoli - Integrante / Lynnette Dirk - Integrante / Allan Bruce Downie - Integrante.
2017 - 2020

Perfis metagenômicos de comunidades microbianas associadas a cana-de-açúcar sob cultivo orgânico versus convencional e prospecção de microrganismos promotores de crescimento em plantas, Descrição: Nos últimos anos, a agricultura industrial de cana-de-açúcar tem sido caracterizada por uma intensificação do uso de insumos agrícolas e expansão da monocultura. Por outro lado, há um aumento da demanda por produtos naturais mais saudáveis e sustentáveis. Nesse sentido, o cultivo orgânico tem sido considerado. Contudo, para suprir a demanda esse agroecossistema deve ser também produtivo e isso requer a adoção de práticas de manejo adequadas e que devem ser aprimoradas com maior conhecimento dos processos biogeoquímicos. Dentro desses processos, os microrganismos são os protagonistas, atuando em especial no solo e em associação com as plantas. Dessa forma, propomos a utilização de sequenciamento de DNA de alto rendimento para o estudo das comunidades de microrganismos associados à cana-de-açúcar, a fim de avaliar a diversidade de microrganismos e a estruturação dessa colonização nos tecidos e na rizosfera de plantas sob dois modos de cultivo (orgânico x convencional). Serão sequenciados amplicons (16S e ITS) de amostras da superfície ou no interior das raízes, colmos e folhas. Os dados serão analisados via abordagem de identificação taxonômica e predição de perfis funcionais, necessárias para a avaliação de diversidade e redes de co-ocorrências das Unidades Taxonômicas Operacionais encontradas. Também será realizado sequenciamento dos metagenomas das rizosferas, os quais serão analisados via abordagem de montagem e anotação taxonômica e gênica funcional. Além disso, pretendemos prospectar microrganismos promotores de crescimento em plantas por meio do cultivo de comunidades microbianas e avaliações bioquímicas e experimentais de inoculação em planta modelo (Setaria viridis). Dessa forma, pretendemos expandir o conhecimento a respeito da complexa relação entre microrganismos, planta e ambiente e, com isso, contribuir para o desenvolvimento de soluções para o problema de aumento de rendimento na produção sem prejuízos aos ecossistemas. Esse deve ser o caminho para obter sustentabilidade na agricultura. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Coordenador / Lúcia Maria Carareto Alves - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Jairo Osvaldo Cazetta - Integrante / Maria Inês Tiraboschi Ferro - Integrante / Luis Guillermo Teheran Sierra - Integrante / Rafael Correia da Silva - Integrante / Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli - Integrante / Maria Fernanda Zaneli Campanari - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa., Número de produções C, T & A: 3
2017 - 2019

Nova vertente para descoberta de biomoléculas, lacases, com aplicação biotecnológica (LBMPMetaDB), Descrição: Mineração de dados metagenômicos e genômicos tem crescido exponencialmente nos últimos anos, devido a grande quantidade de dados gerados pelo sequenciamento de nova geração entretanto há uma sobrecarga nas bases de dados utilizada para a análise. A estruturação de uma base de dados que permita entender analisar e possivelmente prospectar genes e organismos dentro do grupo de pesquisa daria mais velocidade para as pesquisas com a facilidade no acesso a grande informação contida nos genomas e metagenomas e assim auxiliar os grupos de pesquisa a explorar os resultados já obtidos em diversos estudos, com o objetivo de desvendar o inexplorado, tanto em nível de organismos como genes e metabolitos secundários. Assim, o objetivo desse projeto é implementar um sistema WEB para montagem e anotação de Metagenomas, através de pipelines testados pelo grupo, servindo como um sistema que possa ser utilizado para qualquer tipo de metagenoma de um banco local de genes a partir do resultado da mineração daqueles com interesse biotecnológico, e assim prospectar enzimas importantes e versáteis tais como as lacases para aplicação biotecnológica por exemplo em biorremediação e bioenergia entre outros, e ainda avaliar a diferença quanto as diferentes funções e estruturas. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Coordenador / Camila Cesário Fernandes - Integrante / Erica Mendes Lopes - Integrante / Elisângela Soares Gomes - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2017 - 2018

Genoma e mecanismos de resistência ao mercúrio em microrganismos endofíticos como estratégia para desenvolvimento de processos de biorremediação, Descrição: Em diversos ambientes, plantas são hospedeiras de uma grande quantidade de microrganismos mutualísticos, sendo os endófitos um importante grupo. A introdução no ambiente de produtos químicos antropogênicos, tais como o mercúrio, influenciam comunidades microbianas. O mercúrio e todas as suas formas químicas têm ampla utilidade no setor industrial, entretanto são tóxicos para a saúde humana e meio ambiente. Nessa perspectiva, espécies de microrganismos que apresentam mecanismos de resistência e/ou tolerância a metais revelam vantagens seletivas sob condições tóxicas em comparação a espécies mais sensíveis. A contaminação do solo com mercúrios é relatada em várias localidades, incluindo o Pantanal brasileiro. Dessa forma, será realizada análise de dados de sequenciamento de alta eficiência para caracterização e identificação de táxons presentes nas comunidades microbianas endofíticas de plantas em área do Pantanal contaminada com mercúrio, incluindo a avaliação de expressão gênica de dois isolados para elucidação de vias de resistência, além das descrições de seus genomas. Os resultados dessa análise e o consequente conhecimento adquirido, poderão subsidiar o desenvolvimento de processos de descontaminação in loco, contribuindo com o planejamento ambiental, manejo e conservação do bioma Pantanal, bem como com a qualidade de vida e segurança para as populações que vivem em áreas contaminadas por mercúrio.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Marcos Antônio Soares - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2016 - 2018

Composição funcional e taxonômica de enzimas carbohidrases que atuam na desconstrução da lignocelulose de torta de filtro, Descrição: A torta de filtro apresenta bagaço residual oriundo do processo de extração do caldo de cana-de-açúcar e quando armazenada por longos períodos, se torna um habitat ideal para o desenvolvimento de comunidades microbianas que atuam na desconstrução da lignocelulose. Dessa forma, a fim de revelar características funcionais e ecológicas que podem distingui-lo de outros ambientes com elevada disposição de material lignocelulósico, análises de dados de sequenciamento de DNA metagenômico serão realizadas a partir da torta de filtro armazenada. O objetivo portanto será determinar, além da composição taxonômica, os genes que codificam enzimas capazes de atuar na desconstrução da biomassa lignocelulósica e na liberação de açúcares menores, ácidos orgânicos e outros nutrientes. A presença de microrganismos reconhecidamente patogênicos também deve ser investigada para indicar se há riscos envolvidos na utilização desse material (torta de filtro) como fertilizante. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Jackson Antonio Marcondes de Souza - Coordenador / Wellington Pine Omori - Integrante / Camila Cesário Fernandes - Integrante / Luciano Takeshi Kishi - Integrante / Claudio Damasceno Pavani - Integrante / Elisângela Soares Gomes - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1
2016 - 2017

Identificação e análise funcional de proteínas LEA dehidrinas ortólogas de Arabidopsis e soja, Descrição: Os mecanismos de proteção em sementes ortodoxas previnem as células de danos abióticos, preservando o meio celular durante períodos prolongados de estresse. As proteínas LEA desempenham um importante papel, permitindo que as células das sementes ortodoxas reduzam ou evitem, o dano causado pela perda de água durante o processo de maturação e na preservação dos constituintes celulares durante a anidrobiose. O complemento total de proteínas LEA em soja (Glycine max) e Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) foi catalogado, sendo os pares de ortólogos identificados. As LEA dehidrinas são uma das nove diferentes famílias LEA, encontradas nestas e em outras espécies. A pesquisa proposta será conduzida utilizando-se proteínas recombinantes e o sistema de expressão em fagos (Phage display) para desvendar as interações proteína: proteína entre proteínas LEA dehidrinas e suas proteínas "clientes" em soja e Arabidopsis. Técnicas avançadas de biologia molecular (RT-PCR, síntese de proteínas recombinantes, Phage Display, Paired-End PhageSeq) serão utilizadas na identificação, ou seja, para os ortólogos de proteínas LEA dehidrinas selecionadas de cada espécie, serão identificadas aquelas proteínas clientes com as quais as LEAs interagem. Os resultados esperados deste projeto consistem em expandir o conhecimento sobre a função das LEAs em proteger as células dos danos de dessecação letais. Tais informações, quando aplicadas às sementes de soja, podem auxiliar os esforços para melhorar a longevidade no armazenamento da soja, potencialmente fornecendo protocolos de tecnologia de sementes, permitindo ao mesmo tempo a intervenção para a melhoria da qualidade das sementes produzidas nos programas de melhoramento genético. O conhecimento das proteínas LEAs pode também fornecer meios de proteger estas proteínas "clientes" em células vegetativas em condições de estresse, durante as fases de florescimento, polinização e enchimento de grãos, proporcionando formas de melhorar a resistência aos estresses nos períodos críticos de desenvolvimento da cultura, sem contudo provocar queda nos rendimentos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Sandra Helena Unêda-Trevisoli - Coordenador / Lynnette Dirk - Integrante / Allan Bruce Downie - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2015 - Atual

Biorremediação e mecanismos de resistência ao mercúrio por microbiota presente em áreas contaminadas no estado de Mato Grosso, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Marcos Antônio Soares em 18/08/2023., Descrição: O projeto visa avaliar o efeito da contaminação do mercúrio na microbiota, combinando abordagens baseadas em cultivo e sequenciamento de DNA, da microbiota associada a plantas em áreas contaminadas, e, de RNA dos microrganismos tolerantes isolados. Dessa forma, será possível avaliar a diversidade da microbiota, o potencial de biorremediação e reconhecer os mecanismos moleculares envolvidos. Os resultados subsidiarão futuros processos de biorremediação.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Marcos Antônio Soares - Coordenador / Euziclei Gonzaga de Almeida - Integrante / Gilvan Ferreira da Silva - Integrante / Eduardo Beraldo de Morais - Integrante / Zoraidy Marques de Lima - Integrante / Danila Soares Caixeta - Integrante / Marilza Castilho Terezo - Integrante / Joaquim Manoel da Silva - Integrante / Tiago Antônio de Oliveira Mendes - Integrante / James Francis White - Integrante / Haiyan Li - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Mato Grosso - Auxílio financeiro.
2014 - 2017

Sequenciamento e análise do genoma de Frieseomelitta varia: em busca de assinaturas moleculares da evolução das abelhas e inserção do Brasil no i5K, Descrição: O Consórcio Internacional i5K tem a meta de sequenciar o genoma de 5.000 espécies de insetos e outros artrópodes nos próximos 5 anos. Esse volume de dados e o conhecimento gerado nos ajudará a compreender melhor a história evolutiva das espécies e os níveis de complexidade biológica. As abelhas são, de longe, os mais importantes polinizadores em ecossistemas agrícolas e naturais. No entanto, o recente colapso das populações de abelhas, ameaça este equilíbrio. Uma estratégia promissora para contornar este risco é a criação em larga escala destes polinizadores. Contudo esta ferramenta é altamente dependente do profundo conhecimento dos sistemas biológicos em questão. Embora algumas abelhas tenham sido, por décadas, importantes organismos para estudos de plasticidade de comportamento, comunicação, aprendizado e memória, muitos aspectos da biologia destes importantes insetos são ainda desconhecidos. Nosso Grupo de Pesquisa tem por objetivo sequenciar e analisar o genoma de uma abelha nativa sem ferrão, Frieseomelitta varia. A espécie F. varia possui ampla distribuição, com ninhos abundantes em diferentes biomas no Brasil. Devido à sua fácil criação em ninhos racionais de meliponicultura, F. varia possui grande potencial polinizador tanto para agri- e horticulturas, como também para plantas nativas em áreas de proteção. Pelo sequenciamento dessa espécie também estaremos inseridos oficialmente na iniciativa i5K. Além de gerar informações genômicas para F. varia, que será uma das primeiras espécies de meliponídeos incluída em projetos genoma de abelhas, vamos comparar este genoma com o da abelha Apis mellifera em busca de semelhanças e diferenças que justifiquem as modificações na morfologia, fisiologia e comportamento destas abelhas. O amplo conhecimento da biologia das abelhas sem ferrão terá como consequência natural contribuições práticas e tecnológicas com repercussões econômicas e ecológicas.O estudo genômico de Frieseomelitta varia dará acesso a informações de caráter mais aplicado,especialmente relacionadas à capacidade de polinização. A médio e longo prazos, essas informações poderão ser aplicadas para o desenvolvimento de programas de melhoramento genético, produção agrícola e conservação ambiental.Os dados de sequenciamento de Frieseomelitta varia nos permitirão identificar: (i) genes relacionados à origem e manutenção da socialidade, (ii) redes de interação gênica que conduzem a vias de desenvolvimento casta-específicas, (iii) a base genética da infertilidade em abelhas operárias, (iv) alvos moleculares relacionados à regulação de comportamentos, especialmente de polinização, e (v) substâncias de interesse econômico (mel, própolis), farmacológico e terapêutico. Além disto, análises de genômica comparativa com a abelha Apis mellifera permitirão identificar semelhanças e diferenças que justifiquem as modificações na morfologia, fisiologia e comportamento destas abelhas. Não menos importante, pretendemos avançar nas análises "in silico" de tal maneira que possamos contribuir efetivamente para o avanço no conhecimento destas espécies tão importantes para nosso ecossistema.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Francis de Morais Franco Nunes - Integrante / K Hartfelder - Integrante / Lívia Maria Rosatto Moda - Integrante / Alexandre dos Santos Cristino - Integrante / Zilá Luz Paulino Simões - Integrante / BARCHUK, ANGEL R. - Integrante / BITONDI, MÁRCIA MG - Coordenador / Anete Pedro Lourenço - Integrante / Carlos Gustavo Nunes da Silva - Integrante / Marco Antonio Del Lama - Integrante / Spartaco Astolfi Filho - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - 2016

Identificação e expressão de genes relacionados à pigmentação floral em Utricularia (Lentibulariaceae) com abordagem evolutiva, Descrição: As antocianinas são produzidas pela longa via de síntese dos flavonoides, a qual está relacionada primitivamente com a proteção contra radiação UV, mas que adquiriu ao longo da evolução novas funções como proteção contra herbívoros, patógenos e por fim a produção de pigmentos. Dada à relação da coloração da flor com a atração de polinizadores e o comportamento destes discriminando padrões florais (como tamanho, forma e cor), qualquer alteração na flor pode resultar na mudança do polinizador ou em seleção negativa do fenótipo floral. Essas transformações de cor de flor são facilmente mapeadas nas filogenias e podem ocorrer devido a mutações que impedem a tradução dos genes codificadores de enzimas importantes da via de síntese ou na supressão destes genes por fatores de transcrição. De qualquer modo, os efeitos destes dois mecanismos podem ser tanto deletérios quanto adaptativos para a evolução de determinados grupos. Em Utricularia o estado ancestral da cor das corolas é púrpuro ou lilás. A partir deste padrão plesiomórfico, tomando como base as filogenias propostas para o grupo, ocorreram diversas transformações independentes (homoplásticas) para flores amarelas e brancas. Além disso, neste gênero também ocorre polimorfismo intraespecífico, sendo um caso particular a espécie Utricularia amethystina, que apresenta flores púrpuras (mais frequentes), amarelas e brancas (mais raras). As antocianinas expressam cores do vermelho ao azul escuro, porém tanto a cor amarela quanto a branca podem surgir pela inativação ou supressão de algum dos genes da via de síntese, neste caso a cor resultante - amarelo ou branco - dependerá da localização na via de síntese do gene inativado. Nesse contexto, a presente proposta tem como objetivo principal investigar numa abordagem filogenética quatro genes (CHS, CHI, FLS e DFR) que podem estar relacionados à transição de cor de flores em Utricularia. Considerando-se que os padrões de coloração floral em Utricularia são similares para os demais gêneros Genlisea e Pinguicula, os resultados obtidos poderão ser extrapolados para a família Lentibulariaceae como um todo ou até mesmo para outros grupos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Jackson Antonio Marcondes de Souza - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Rogério Falleiros Carvalho - Integrante / Vitor Fernandes Oliveira de Miranda - Coordenador / Janete Aparecida Desidério - Integrante / Claude dePamphilis - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2013 - 2015

Bee Comparative Genomics Working Group - Estudo de Genômica Comparativa em Abelhas, Descrição: O objetivo geral deste projeto é identificar as assinaturas genômicas da evolução social em abelhas. Foram selecionadas espécies de três famílias de abelhas que representam graus distintos de organização social bem caracterizadas (Apidae, Megachilidae e Halictidae). Serão investigados dois níveis de evolução social em sequência: a transição da reprodução solitária para eusocialidade básica e a partir dessa para formas complexas de eusocialidade. A análise contará com sequências genômicas de 10 espécies de abelhas, sendo cinco novas (Habropoda laboriosa, Melipona quadrifasciata, Eufriesea mexicana, Dufourea novaeangliae e Megachile rotundata) e outras cinco já existentes (Apis mellifera, Apis florea, Bombus terrestris, Bombus impatiens e Lasioglossum albipes). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Karen Kapheim - Coordenador / Gene E. Robinson - Integrante / Guojie Zhang - Integrante.
2013 - 2015

Adubo orgânico: influência ambiental e uso biotecnológico, Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) é uma entidade instituída e mantida pelo Governo do Estado de São Paulo. No cumprimento de sua função social, a FPZSP mantém grande número de espécies animais sob condições de preservação que dependem diretamente do ambiente em que se encontram. O Sistema de Gestão Ambiental (SGA) dessa Instituição possui estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e dos resíduos sólidos que gera. Desta forma o Zoológico de São Paulo possui uma Unidade de Produção de Composto Orgânico (UPCO) que, aproveitando os resíduos gerados no próprio Zoológico, produz um adubo orgânico que é utilizado em sua Fazenda para a produção de alimentos para os animais. Considerando que o processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade ou para o uso biotecnológico. Esse projeto tem por objetivos avaliar a influencia ambiental no solo e água após o uso do composto orgânico, na fazenda da Fundação Parque Zoológica de São Paulo, em Araçoiaba da Serra (SP) e prospectar genes envolvidos nos processos de melhora da digestibilidade dos nutrientes das rações animais, formulação de novas rações, na síntese de polímeros industrialmente importantes ou na produção de novos antibióticos e agentes anticancerígenos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Lúcia Maria Carareto Alves - Coordenador / Luciana Maria Saran - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Sonia Villamizar Cancelado - Integrante / Aylan Kener Meneghine - Integrante / Amanda Schimidt Célico - Integrante / João Carlos Campanharo - Integrante / Bernardo P. de Figueiredo - Integrante / Ruth Helena Giasante - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2
2013 - 2015

Análise do transcriptoma de folhas de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica usando RNA-seq, Descrição: No Brasil a cultura da cana-de-açúcar tem se expandido para regiões com prolongados períodos de deficiência hídrica, o qual vem limitando a produção sucroenergética. A melhor forma de contornar esse problema é utilizar cultivares tolerantes a este estresse. Esta proposta foi elaborada com o objetivo de analisar o comportamento molecular de plantas submetidas a distintos períodos de limitação hídrica, com vistas a gerar novos conhecimentos e ferramentas, promover o desenvolvimento e a competitividade da cultura, além de contribuir para a formação de recursos humanos especializados na área. Para atingir tal objetivo, duas cultivares contrastantes (tolerante e sensível) serão cultivadas em vasos de 50 dm3 em casa de vegetação e submetidas a três controlados potenciais hídricos do solo (ensaio com 6 tratamentos e 3 repetições) e serão avaliadas aos 30, 60 e 90 dias após aplicação dos tratamentos. As análises moleculares serão realizadas por meio da técnica de RNA-Seq para a identificação dos genes diferencialmente expressos nas cultivares analisadas sob os diferentes tratamentos, sendo alguns destes genes validados pela PCR em Tempo Real. Os resultados obtidos serão importantes para o melhor entendimento das respostas e mecanismos de tolerância dessas plantas à deficiência hídrica e ajudarão a estabelecer métodos seguros para identificar e recomendar cultivares que realmente sejam tolerantes a esse estresse. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Jesus Aparecido Ferro - Integrante / Aline Andrucioli Belesini - Integrante / Bruna Robiati Telles - Integrante / Poliana Fernanda Giachetto - Integrante / Samira Domingues Carlin Cavallari - Integrante / Jairo Osvaldo Cazetta - Integrante / Maria Inês Tiraboschi Ferro - Coordenador / Juliana da Silva Vantini - Integrante / Flávia Maria de Souza Carvalho - Integrante / Giovanni Marques de Castro - Integrante / Daniela Konrad - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3
2012 - 2017

NAPmiR - microRNAs: da Ciência Básica para a Medicina Translacional, Descrição: O NAPmiR, Núcleo de Apoio à Pesquisa com miRNAs, pretende integrar os grupos de pesquisa na área estabelecendo ações conjuntas para fortalecer as linhas de pesquisa existentes, fomentar o desenvolvimento da área, fortalecer a captação de recursos para implementação de tecnologias de ponta para uso comum no apoio à pesquisa, viabilizar o emprego da Bioinformática na pesquisa realizada, melhorar a formação dos alunos envolvidos, ampliar a internacionalização e o impacto internacional da produção científica nacional.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Edna Teruko Kimura - Coordenador.
2011 - 2016

Análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera - genes reguladores e redes hierárquicas de expressão gênica na especificação de tecidos e órgãos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Zila Luz Paulino Simoes em 07/03/2014., Descrição: Projeto de Pós-Doutorado vinculado: "Abordagem integrativa in silico na análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera" (12/02757-9); A Apis mellifera é a espécie mais representativa das abelhas do gênero Apis. As abelhas são insetos de grande relevância econômica, não somente pela produção apícola, mas também porque são excelentes polinizadores na natureza e em cultivares agrícolas. Nesse contexto, torna-se necessária uma compreensão mais aprofundada das bases moleculares que direcionam o desenvolvimento desse organismo. Dessa forma, o objetivo principal deste projeto é identificar redes de regulação gênicas, por meio de uma abordagem sistêmica, integrando dados, métodos e ferramentas computacionais para entender mais profundamente as instruções transmitidas pelo genoma para a regulação gênica em processos biológicos determinantes no desenvolvimento das abelhas, como a ativação ovariana. Nesse projeto serão gerados dados de expressão gênica de mRNAs e miRNAs, utilizando as tecnologias mais recentes para o sequenciamento de DNA.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Hartfelder, Klaus - Integrante / Zilá Luz Paulino Simões - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2011 - 2016

Diversidade de plantas e de organismos dos solos com potencial biotecnológico e indicadores de impacto ambiental, no estado de São Paulo, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Eliana Gertrudes de Macedo Lemos em 21/01/2019., Descrição: O uso de DNA metagenomico para a prospecção de genes de interesse biotecnol6gicos e da comunidade bacteriana. Atualmente o uso de técnicas de biologia molecular permite uma análise populacional independente do cultivo e baseada no estudo do conjunto de genomas do ambiente. Além disso, essas metodologias possibilitam o isolamento e expressão de genes de interesse em diversos setores da indústria biotecnológica. Em resposta a ambientes poluídos os microrganismos também podem apresentar indução positiva na atividade de algumas enzimas antioxidantes, relacionadas à proteção celular contra as espécies ativas de oxigênio (EAOs) formadas na presença de um xenobiótico, portanto essas enzimas têm uma importante aplicação como biomarcadores ou bioindicadores de poluição ou mesmo no desenvolvimento de tecnologias industriais que necessitam de qualquer processamento bioquímico. Dentre as enzimas e compostos antioxidantes de bactérias com importância biotecnológica encontram-se: a Superóxido Dismutase, a Catalase, a Glutationa Redutase, Glutathiona-S-Transferase e a Alcano HidroxiIase. Desta forma os objetivos específicos desse subprojeto são: o de construir bibliotecas metagenômicas e prospectar os genes importantes envolvidos no estresse oxidativo com o objetivo de que eles possam ser utilizados em processos biorremediação e biolixiviação; Influência de fatores biótico e abióticos em sementes presentes no banco de sementes do solo em áreas de mineração e do entorno. Banco de sementes pode ser definido como um reservatório viável de sementes do solo que tem potencial para germinarem e promoverem a substituição das plantas adultas. A manutenção das sementes no banco de sementes do solo e a superação da dormência destas podem ocorrer devido a influência de fatores bióticos e abióticos, que atuam positivamente ou negativamente. Entre os fatores bióticos, podem-se citar os fungos e bactérias (decompositores) facilitadas pela mesofauna (Acari e Collembola) e macrofauna (minhocas, cupins, formigas, besouros). Por outro lado, fatores abióticos como a temperatura e a umidade do solo, práticas culturais e, por exemplo, a mineração podem também influenciar o banco de sementes do solo. Todavia, mais informações são necessárias sobre a ação de fatores bióticos e abióticos em bancos de sementes do solo em áreas mineradas. Portanto, este trabalho tem como objetivo estudar a composição do banco de sementes do solo em áreas mineradas, estudar os efeitos da biodiversidade do solo na manutenção e superação da dormência de sementes e estudar o efeito da temperatura e umidade na expressão de genes nas sementes associados com a síntese de ácido abscísico e gíberelinas. Assim, para se conhecer a composição do banco de sementes, serão coletadas amostras do solo ao acaso, em áreas mineradas e áreas do entorno nas profundidades de zero a 10,0 em. Para se conhecer os efeitos da biodiversidade do solo nas sementes, parte do solo será esterilizada e utilizada como substrato para a germinação das sementes. As sementes serão desinfestadas para se eliminar a presença de fungos e, em seguida, serão semeadas em solos esterilizados e não esterilizados. Em seguida, a superfície externa das sementes ou frutos será avaliada com o uso de lupa estereoscópica e de microscopia eletrônica de varredura. Para o estudo de genes associados com a síntese de giberelinas e degradação de ácido abscisico durante a superação da dormência e germinação, as sementes serão coletadas nas áreas do entorno e, em seguida, enterradas. Periodicamente, as sementes serão exumadas e armazenadas para a posterior extração de RNA e confecção de cDNA. Em paralelo, será determinada a porcentagem de germinação das sementes. A expressão gênica será realizada através da técnica de PCR em tempo real. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Lúcia Maria Carareto Alves - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Coordenador / Jackson Antonio Marcondes de Souza - Integrante / Ana Katariny De Souza Cacheta - Integrante / Wellington Pine Omori - Integrante / Erica Mendes Lopes - Integrante / Milena Tavares Lima - Integrante / Eliamar Aparecida Nascimbém Pedrinho - Integrante / João Carlos Campanharo - Integrante / Silvana Pompeia do Val de Moraes - Integrante / André Ferreira de Camargo - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1
2009 - 2012

PROSUL - Cooperação Internacional em Ciência, Tecnologia e Inovação - Sequenciamento do Transcritoma da Hevea brasiliensis, Descrição: Esse projeto tem como objetivo central a montagem e a análise do transcritoma de diversos tecidos/órgãos de Hevea brasiliensis em diferentes condições biológicas e ontogenéticas, incluindo a resposta a estresses bióticos e abióticos. O conhecimento produzido por esse estudo permitirá o desenvolvimento e aperfeiçoamento de técnicas de cultivo que certamente beneficiarão a produção de látex.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador / Leonardo Rippel Salgado - Integrante / Dominique Garcia - Integrante.
2009 - 2011

Rede GENOPROT: Oncogenômica aplicada à terapia de carcinomas de cabeça e pescoço, Descrição: Edital MCT/CNPq/CT-AGRO/CT-BIOTEC no.42/2009 - Rede GENOPROT; Desenvolvimento de pesquisas conjuntas, especificamente relacionadas com a busca de biomarcadores de diagnóstico, prognóstico e que possam também ser usados como alvos terapêuticos aplicados ao tratamento de carcinomas de cabeça e pescoço. O estudo focalizará na análise dos mecanismos genéticos e epigenéticos que regulam o transcritoma e o secretoma em carcinomas de cabeça e pescoço.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador / Rafaela de Barros e Lima Bueno - Integrante / Matheus Carvalho Bürger - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2
2008 - 2011

Análise anátomo-funcional do genoma de uma linhagem de carcinoma ductal de mama, Descrição: Edital MCT/CNPq/MS/SCTIE/DECIT nº 035/2008; A combinação dos dados de expressão e da estrutura genômica das células tumorais pode elucidar pontos obscuros sobre os mecanismos genéticos associados com a progressão tumoral. Deste modo, propomos neste projeto a montagem completa e anotação do genoma de uma linhagem de carcinoma de mama e de uma linhagem normal linfóide, seguido da análise anatômica e de expressão para identificar biomarcadores ou vias metabólicas que possam auxiliar no diagnóstico, na classificação e no tratamento do câncer de mama. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador.
2002 - 2005

Uma abordagem de bioinformática para selecionar regiões gênicas como alvos análise de \eng{microarrays}: projeto vinculado ao Genoma Clínico, Descrição: O estudo do controle da expressão gênica em células eucarióticas fornece os principais subsídios para se compreender os passos que levam ao desenvolvimento de um organismo inteiro e da proliferação de células cancerígenas. As descobertas nessa área têm sido obtidas através de métodos de genética molecular, de genética clássica e mais recentemente de bioinformática. O uso da bioinformática associado a métodos de biologia molecular tem sido fundamental para a análise da expressão gênica em larga escala. Métodos como os de microarray e SAGE têm contribuído sobre maneira para a identificação e caracterização de genes com expressão diferencial em tecidos distintos. Apesar da grande aceitação, tais métodos podem revelar resultados distorcidos devido à marcação inespecífica de genes. O principal objetivo desse projeto foi usar uma abordagem de bioinformática para selecionar regiões gênicas específicas para serem usadas na construção de membranas para análise de microarrays.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador.
2000 - 2012

Center for Research on Cell-Based Therapy, Descrição: Desenvolvimento de estratégias e abordagens computacionais para a análise de dados biológicos e suporte aos alunos e pesquisadores envolvidos no Centro de Terapia Celular (CTC). O projeto do Centro de Terapia Celular (CTC ) tem como foco a pesquisa avançada, básica e aplicada com células-tronco (CT). O CTC é formado por nove pesquisadores principais (IP), vinte pesquisadores associados e dez colaboradores estrangeiros. O projeto científico envolve um programa de pesquisa multidisciplinar cujo objetivo é estudar os aspectos celulares, moleculares e biológicas das CTs e avaliar criticamente o seu potencial terapêutico. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Integrante / Marco Antônio Zago - Coordenador.
2000 - 2002

Laboratório Associado de Bioinformática no Programa Humano do Câncer, Descrição: O projeto tinha como objetivo principal identificar genes com expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais. Tais genes podem ser caracterizados como excelentes alvos terapêuticos. O método usado para analisar o perfil de expressão gênica foi o SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). O projeto tinha também o compromisso de consolidar o grupo de bioinformática motivando os alunos a desenvolverem ferramentas para facilitar as análises de expressão gênica. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador.
1999 - 2002

Programa Genoma Humano do Câncer: laboratório central de sequenciamento, Descrição: O Projeto Genoma Humano do Câncer (PGHC) foi um programa idealizado para a descoberta de genes humano. Seu objetivo inicial foi de gerar 500.000 e 750.000 ORESTES. Com o excelente desempenho dos laboratórios, esta meta foi ampliada para 1 milhão de ORESTES. O PGHC solidificou a competência dos pesquisadores brasileiros e colocou o Brasil entre os países que dominam a tecnologia para o sequenciamento e análise de genomas. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador.

Projetos de desenvolvimento

2023 - Atual

Harnessing algae extracts as biostimulants to boost the presence of beneficial bacteria as potential inoculants, Descrição: The intersection of marine-derived biostimulants and microbial ecology presents a promising avenue for agricultural innovation. This project investigates the potential of Algae Extracts (AEs) to modulate soil microbiota, fostering the selection of Plant Growth-Promoting Microorganisms (PGPMs) with agronomic significance. By introducing AEs from six seaweed species into natural soil, we aim to elucidate their influence on bacterial communities, identifying microbial shifts through differential abundance analysis. The project integrates microbial prospecting, functional characterization, and plant trials, bridging fundamental research with applied agricultural solutions. Selected bacterial strains, exhibiting positive associations with AE applications, will be evaluated for biofilm formation, phytohormone production, antioxidant activity, siderophore synthesis, and nutrient bioavailability. The final phase involves inoculating tomato plants with key isolates (Bacillus subtilis, Glutamicibacter bergerei, and Pantoea agglomerans), assessing their role in plant resilience under challenging soil conditions. This approach positions AEs as an innovative tool for microbial discovery, potentially enhancing biofertilizer development and soil health management. By integrating marine bioproducts with microbial ecology, the project advances sustainable agricultural strategies, aligning with global efforts to optimize crop production while minimizing environmental impact.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Coordenador / Lucas Amoroso Lopes de Carvalho - Integrante / Juan Ignacio Vílchez - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho - Bolsa.

Prêmios

2013

Prêmio Sílvio de Almeida Toledo Filho para o trabalho A Protein Free Diet Impacts Fat Body Transcriptome and Accelerates Aging in Worker Honey Bees, 59º Congresso Brasileiro de Genética - Sociedade Brasileira de Genética.

2005

Young Investigator Award for Excellence in Research, IV São Paulo Research Conference Cancer today.

Histórico profissional

Endereço profissional

Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental. , Via de Acesso Prof. Paulo Donato Castellane, s/n, Vila Industrial, 14884900 - Jaboticabal, SP - Brasil, Telefone: (16) 32097541, URL da Homepage:

Experiência profissional

2023 - Atual

Instituto de Tecnologia Química e Biológica

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2022 - Atual

Universidade Federal de Alfenas

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado

2021 - Atual

Universidade Federal de Mato Grosso

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado

2014 - Atual

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2013 - 2013

Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP)

Vínculo: Professor credenciado, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor

Atividades

01/2013 - 12/2013
Ensino, Genética, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, RGM5907 - Análise de Transcriptomas

2014 - Atual

Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental (DBTAA), Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV), Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" (UNESP)

Atividades

08/2023
Conselhos, Comissões e Consultoria, Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão.,Cargo ou função, Membro (representante da Pós-Graduação) no Conselho Deliberativo.
09/2022
Conselhos, Comissões e Consultoria, Comissão Permanente de Ensino.,Cargo ou função, Presidente.
01/2022
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Cargo ou função, Membro suplente do Conselho do Departamento.
07/2021
Direção e administração, Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agropecuária.,Cargo ou função, Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agropecuária.
08/2014
Ensino, Microbiologia Agropecuária, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática Aplicada II: Análise de Transcritomas, Seminários
08/2014
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática, Biologia Molecular, Biologia Molecular Aplicada, Genômica Funcional: Genômica, Transcriptômica, Proteômica e Metabolômica
04/2014
Pesquisa e desenvolvimento, Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Linhas de pesquisa
04/2014
Outras atividades técnico-científicas , Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental, Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Atividade realizada, Administração dos computadores servidores.
01/2020 - 01/2022
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Cargo ou função, Vice-Chefe do Departamento.
11/2017 - 07/2021
Conselhos, Comissões e Consultoria, Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agropecuária.,Cargo ou função, Membro Suplente do Conselho do Programa de Pós-Graduação em Microbiologia.
11/2017 - 01/2020
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Cargo ou função, Membro Suplente do Conselho do Departamento de Tecnologia.
03/2019 - 08/2019
Extensão universitária , Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Atividade de extensão realizada, Coordenador do IV Curso de Bioinformática.
08/2017 - 02/2018
Extensão universitária , Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Atividade de extensão realizada, Coordenador do III Curso de Verão em Bioinformática.
11/2016 - 10/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Cargo ou função, Membro Suplente do Conselho do Departamento de Tecnologia.
08/2016 - 07/2017
Extensão universitária , Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Atividade de extensão realizada, Coordenador do II Curso de Verão em Bioinformática.
08/2015 - 07/2016
Extensão universitária , Departamento de Biotecnologia Agropecuária e Ambiental.,Atividade de extensão realizada, Coordenador do I Curso de Verão em Bioinformática.

2012 - 2014

Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (USP)

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
[Título em Português] Abordagem integrativa in silico na análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera [Classificação] Sub-área de Conhecimento: Outra Subárea Genética Especialidade: Bioinformática

Atividades

03/2012 - 02/2014
Pesquisa e desenvolvimento, Laboratório de Biologia do Desenvolvimento de Abelhas.,Linhas de pesquisa

2010 - 2012

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador (Bolsista), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Área : GENÉTICA SubÁrea : GENÉTICA HUMANA E MÉDICA Modalidade/Nível : Desenvolvimento Tecnológico Industrial /1 Título do Projeto : ONCOGENÔMICA APLICADA À TERAPIA DE CARCINOMAS DE CABEÇA E PESCOÇO

2008 - 2010

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Participação em atividades de pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP). Bolsa: Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP).

2005 - 2007

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40

2003 - 2004

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40

Outras informações:
Participação em Projetos de Pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular. Bolsa:Treinamento Técnico (FAPESP/TT-4).

2001 - 2003

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40

Outras informações:
Estágio realizado no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular. Participação em atividades de pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP). Bolsa: Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP).

Atividades

02/2008 - 02/2012
Outras atividades técnico-científicas , Centro de Terapia Celular, Centro de Terapia Celular.,Atividade realizada, Administração de sistemas computacionais.
01/2002 - 02/2012
Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Terapia Celular, Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática.,Linhas de pesquisa
01/2002 - 07/2007
Outras atividades técnico-científicas , Centro de Terapia Celular, Centro de Terapia Celular.,Atividade realizada, Administração de Sistemas Computacionais.
07/2001 - 12/2001
Estágios , Centro de Terapia Celular, Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática.,Estágio realizado, Participação em atividades de pesquisa.

2007 - 2008

Fundação Pio XII

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Analista Programador Sênior, Carga horária: 44

Atividades

08/2007 - 02/2008
Serviços técnicos especializados , Hospital de Câncer de Barretos.,Serviço realizado, Desenvolvimento de sistemas de gestão hospitalar.

1996 - 1996

Hospital São Marcos S A

Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Auxiliar Técnico ( C.P.D. ), Carga horária: 20

Atividades

11/1996 - 11/1996
Estágios , Hospital São Marcos S A.,Estágio realizado, Estágio Técnico em Processamento de Dados.