Israel Tojal da Silva

Possui Graduação em Ciência da Computação pela Universidade Paulista (2001), Especialização em Bioinformática pelo Laboratório Nacional de Computação Científica (2003), Doutorado em Ciências pela Universidade de São Paulo (2009) e Pós Doutorado pela Rockefeller University nos EUA (2012-2014). Foi Pesquisador Associado da Rockefeller University (2014-2015) e adjunto (2015-2019) desta instituição. Atualmente é pesquisador afiliado ao Fred Hutchinson Cancer Research Center - Seattle/US e, desde 2015, é Cientista no A.C. Camargo Cancer Center, onde lidera o Laboratório de Bioinformática. Sua atuação encontra-se no desenvolvimento e aplicação de técnicas computacionais na pesquisa básica e translacional em oncologia orientada por dados e inteligência artificial.

Informações coletadas do Lattes em 21/05/2024

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)

2004 - 2009

Universidade de São Paulo
Título: UMA PLATAFORMA COMPUTACIONAL PARA ANÁLISE DE EXPRESSÃO DIFERENCIAL MÚLTIPLA
, Ano de obtenção: 2009. Wilson Araújo da Silva Jr. Palavras-chave: Bioinformatica; Expressão gênica; pathways; cancer.

Especialização em Bioinformática

2003 - 2003

Laboratório Nacional de Computação Científica
Título: Complete Mitochondrial Genome Database to Mammalian Phylogenetic Studies
Orientador: Claudia Augusta de Moraes Russo
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Graduação em Ciência da Computação

1998 - 2001

Universidade Paulista

Pós-doutorado

2012 - 2014

Pós-Doutorado. , Rockefeller University, ROCKEFELLER, Estados Unidos.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Software Básico.

Organização de eventos

SILVA, IT. . IV Curso de Verão em Bioinformática. 2008. (Outro).

SILVA, IT. . III Curso de Verão em Bioinformática. 2007. (Outro).

SILVA, IT. . II Curso de Verão em Bioinformática. 2006. (Outro).

SILVA, IT. . I Curso de Verão em Bioinformática. 2005. (Outro).

SILVA JR, Wilson Araújo da ; SILVA, IT. ; CUNHA, M. A. V. ; BRANDAO, R. M. . Introdução a Biologia Computacional. 2003. (Congresso).

Participação em eventos

Global Academic Programs. signeR - Signature finder for mutational processes in cancer genomes. 2016. (Congresso).

56o Congresso Brasileiro de Genética. Uma Plataforma Computacional para Análise de Expressão Diferencial Múltipla. 2010. (Congresso).

3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Mining SNPs from ESTs. 2007. (Congresso).

IV Semana da Informática Biomédica. 2006. (Simpósio).

One Day Symposium on Bioinformatics. 2006. (Simpósio).

Workshop MicroRNA: Estrutura, Função e Aplicações. 2006. (Seminário).

1st International Conference of The AB3C. BesTags : An Approach to Select Gene Specific Regions for Expression Analysis. 2005. (Congresso).

2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

Workshop de Ontologias. 2004. (Simpósio).

1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia. SNPIndex : Um Aplicativo para Triagem de Mutações. 2003. (Congresso).

XVII Simpósio Brasileiro de Banco de Dados e XVI Simpósio Brasileiro de Engenharia de Software. 2002. (Seminário).

Brazilian International Genome Conference - THE B.I.G. CONFERENCE. 2001. (Congresso).

I Encontro Nacional de Usuários de FreeBSD e I Workshop de Segurança em Redes Acadêmicas. 2001. (Simpósio).

Software Livre GNU com RICH@RD ST@LLM@N. 2001. (Seminário).

I Ciclo de Palestras Sobre Software Livre. 2000. (Seminário).

Participação em bancas

Aluno: Sarah Hannah Alves

VELLASCO, M.; BORONI, M.; CARELS, N.; FIGUEIREDO, K.; KREMPSER, E.;SILVA, IT.. Agrupamento fuzzy aplicado à integração de dados multi-ômicos. 2020. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

Aluno: Tiago Lubiana Alves

NAKAYA, H. T. I.;SILVA, IT.. Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de co-expressão. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Diogo de Oliveira Pessoa

SILVA, IT.; MALNIC, B.; BRENTANI, H. P.. Identificação e anotação funcional de RNAs longos não codificadores associados à subtipos moleculares em tumrores pancreáticos. 2019. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: DANIELLE PEREIRA

SILVA, IT.; COSTA, E. T.; ROFFE, M.. Efeitos da regulação da tradução via RKS em glioblastomas. 2019. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Filipe Ferreira dos Santos

SILVA, IT.; GALANTE, P. A. F.; SABBAGA, J.. Avaliação de escores de heterogeneidade genética intratumoral (ITGH) e sua associação com parâmetros clínicos para diversos tipos de câncer. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Hospital Sírio-Libanês.

Aluno: Daniel Gaspar Gonçalves

SILVA, IT.; FUJITA, A.; LIMA, V. C. C.. Classificação supervisionada identifica uma nova assinatura de baixo e alto risco em câncer de mama triplo negativo. 2019. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: MONIZE NAKAMOTO PROVISOR SANTOS

SILVA, IT.; TORREZAN, G. T.; GALANTE, P. A. F.; REIS, E. M. R.. Investigação de assinaturas mutacionais em Adenocarcinomas Gástrico e avaliação de seus possíveis impactos prognósticos. 2018. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Andre Rocha Barbosa

BRENTANI, H. P.; NAKAYA, H. T. I.; RODRIGUES, M. G.; CASTRO, M. A. A.;SILVA, I. T.. Comparação de redes de regulação gênica da placenta em resposta a exposição ao estresse entre sexos. 2020. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Talita Ferreira Marques Aguiar

SILVA, IT.; MASCHIETTO, M.; TOLETO, S. R. C.; SCRIDELI, C. A.. Estudo genômico e funcional de pacientes afetados por hepatoblastomas para identificação de mutações potencialmente patogênicas. 2019. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Irina Gueroldovna Bobrovnitchaia

SILVA, IT.; SETUBAL, J. C.; NAKAYA, H. T. I.; JUNIOR LIMA, J. P. S. N.. Análise de assinaturas mutacionais no prognóstico de pacientes com Adenocarcinoma Gástrico e infeção por EBV. 2019. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Felipe Fidalgo de Carvalho

SILVA, ISRAEL T.; LANDMAN, G.; JASIULIONIS, M. G.; DUPRAT NET, J. P.; KREPISCHI, A. C. V.. Investigação de fatores genéticos na etiologia de síndrome do melanoma familial: Copy Number Variation (CNV) e sequenciamento de exoma. 2016. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Danielle de Almeida Braggio

da Silva IT; Parmigiani RB; Junior SA; de Melo CAL; da Cunha IS. Caracterização Molecular de Tumores Desmóides. 2015. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Omar Julio Sosa

SILVA, IT.; KREPISCHI, A. C. V.. Implementação de análises computacionais para identificação de novos biomarcadores para diagnóstico molecular de tumores pancreáticos a partir de dados de transcritoma. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Maísa Pinheiro

Israel T Silva; ROGATTO, S. R.; ACHATZ, M. I. A. S. W.. Identificação de genes de predisposição à síndrome dos carcinomas de mama e tireoide por sequenciamento total do exoma. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencias Biologicas (Genetica)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Filipe Ferreira dos Santos

SILVA, IT.; GALANTE, P. A. F.; BETTONI, F.. Avaliação da aplicabilidade clínica de um escore de heterogeneidade genética intratumoral para diversos tios de tumores. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Saúde) - Hospital Sírio-Libanês.

Aluno: Mariana Teixeira Rodrigues

SILVA, IT.; Perez ABA; Oler G. Pesquisa de causas genéticas do câncer não medular da tireoide. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: ESTER RISERIO MATOS BERTOLDI

SILVA, ISRAEL T.; KREPISCHI, A. C. V.; ARAUJO, L. V.. Modelagem e implementação de banco de dados para identificação de marcadores moleculares no câncer de pâncreas utilizando sequenciamento de nova geração. 2015 - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rodrigo Lucena Borges

SILVA, IT.; Baranauskas JA; Molfetta G.A.. Identificação In-Silico de Transcritos Híbridos. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Dario Pereira Caldas Santana

SILVA, IT.; Rossi NMM; Sanches PR. Mineração de Dados na Análise Padrão de Expresão Gênica de Trichophyton rubrum. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Murilo Castro Cervato

SILVA, IT.; GIULIATTI, S; Molfetta G.A.. Análise de associações de microRNAs e seus alvos em bibliotecas de SAGE. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

SILVA, ISRAEL T.; MASCHIETTO, M.; COSTA, A. F. M.. Estudo de mutações somáticas identificadas em sequenciamento de exoma de hepatoblastoma. 2016. Fundação Antônio Prudente.

Israel T Silva. Estudo funcional de RNAs não codificadores de proteínas e seu papel na agressividade tumoral. 2015. Fundação Antônio Prudente.

Orientou

Renan Bueno Valieris

Aplicação de aprendizagem profunda na predição de característicasocultas em imagens patológicas com relevância terapêutica; Início: 2021; Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente; (Orientador);

Adriana Passos Bueno

Aplicação de técnicas de inteligência artificial para estimar os componentes histopatológicosassociados à regressão tumoral; Início: 2021; Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente; (Orientador);

Maryane Caroline de Toledo

Predição do status molecular de HPV em amostras citológicas cervicovaginais processadas em meio líquido por meio de algoritmo de inteligência artificial; Início: 2021; Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente; (Orientador);

Luan Vinicius de Carvalho Martins

Graph Neural Network-based High-level classification techniques: novel methods and application; Início: 2020; Tese (Doutorado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo; (Coorientador);

Lucas Alexandre Souza

Início: 2023; Fundação Antônio Prudente;

Tadeu Jose Fontenele Leite Campos

Avaliação dos aspectos moleculares e sua relevância na resposta terapêutica e prognóstico de pacientes com câncer de bexiga submetidos a quimioterapia com cisplatina; 2023; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente,; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Felipe de Azevedo Oliveira

Impacto do fator raça na progressão e biologia do melanoma e carcinoma de pulmão de células não pequenas; 2021; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

GABRIELA STEFANIE SILVA SANTOS

Impacto da obesidade da instabilidade genômica; 2021; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente,; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Tadeu Jose Fontenele Leite Campos

Avaliação dos aspectos moleculares e sua relevância prognóstica em pacientes com câncer de bexiga submetidos a quimioterapia neoadjuvante com cisplatina; 2021; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente,; Coorientador: Israel Tojal Da Silva;

José Márcio Barros de Figueiredo

Uso da inteligência artificial na identificação de tumores HER2 em câncer de mama a partir de imagens histológicas; 2021; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente,; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Rodrigo Lucena Borges

Estimação in-silico do microbioma humano em câncer gástrico; 2021; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente,; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Daniel Gaspar Gonçalves

Caracterização do infiltrado inflamatório em câncer de mama triplo negativo e sua implicação prognóstica; 2019; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

MONIZE NAKAMOTO PROVISOR SANTOS

Investigação de assinaturas mutacionais em adenocarcinomas gástricos e avaliação de seus possíveis impactos prognósticos; 2018; Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Diana Carolina Roca Arroyo

A modified echo state network model using non-random topology; 2023; Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Israel Tojal Da Silva;

Leandro Anghinoni

Structure characterization of complex networks for machine learning; 2023; Tese (Doutorado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo,; Coorientador: Israel Tojal Da Silva;

Bruno Moda

Microbioma fúngico em tumores humanos; 2022; Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Alexandre Defelicibus

Caracterização de neoantígenos e sua implicação prognóstica; 2021; Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Jaqueline Ramalho Buttura

Avaliação do microambiente tumoral em adenocarcinomas gástricos a partir de dados de expressão gênica; ; 2021; Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Irina Gueroldovna Bobrovnitchaia

Análise de assinaturas mutacionais no prognóstico de pacientes com adenocarcinoma gástrico e infecção por EBV; 2019; Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Israel Tojal Da Silva;

Produções bibliográficas

  • LAUER, RICHARD C ; BARRY, MARC ; SMITH, TRACEY L ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; WU, JIN ; DU, RUOFEI ; LEE, JI-HYUN ; RAO, ARPIT ; DOBROFF, ANDREY S ; ARAP, MARCO A ; NUNES, DIANA N ; Silva, Israel T ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; CHEN, ISAN ; MCCANCE, DENNIS J ; CAVENEE, WEBSTER K ; PASQUALINI, RENATA ; ARAP, WADIH . Dysregulation of the PRUNE2/PCA3 genetic axis in human prostate cancer: from experimental discovery to validation in two independent patient cohorts. eLife , v. 12, p. 1, 2023.

  • DI-BATTISTA, ADRIANA ; FAVILLA, BIANCA PEREIRA ; ZAMARIOLLI, MALÚ ; NUNES, NATÁLIA ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; ARMELIN-CORREA, LUCIA ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; REYMOND, ALEXANDRE ; MOYSES-OLIVEIRA, MARIANA ; MELARAGNO, MARIA ISABEL . Premature ovarian insufficiency is associated with global alterations in the regulatory landscape and gene expression in balanced X-autosome translocations. Epigenetics & Chromatin , v. 16, p. 1, 2023.

  • XIA, ANQI ; WANG, XIAOJIE ; HE, JIAYING ; WU, WEI ; JIANG, WEIYU ; XUE, SONG ; ZHANG, QIANQIAN ; GAO, YIDAN ; HAN, YURU ; LI, YAMING ; PENG, XIAOFANG ; XIE, MINXIANG ; MAYER, CHRISTIAN T. ; LIU, JIE ; HUA, CHEN ; SHA, YIOU ; XU, WEI ; HUANG, JINGHE ; YING, TIANLEI ; SILVA, IT. . Cross-reactive antibody response to Monkeypox virus surface proteins in a small proportion of individuals with and without Chinese smallpox vaccination history. BMC BIOLOGY , v. 21, p. 205, 2023.

  • SANTOS, KHENNEDY BACULE DOS ; SILVA, ISRAEL TOJAL DA ; CÚRI, MARIANA . Genes clustering selection to survival prediction in breast cancer patients. journal of health informatics , v. 15, p. 1, 2023.

  • MEYENBERG, MATHILDE ; HAKOBYAN, ANNA ; PAPAC-MILICEVIC, NIKOLINA ; GÖDERLE, LAURA ; LANGNER, FRANZISKA L. ; MARKOVIC, MATEO ; LEE, JI-HYUN ; KOO, BON-KYOUNG ; BUSSLINGER, GEORG A. ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; BINDER, CHRISTOPH J. ; MENCHE, JÖRG ; LOIZOU, JOANNA I. . Mutational landscape of intestinal crypt cells after long-term in vivo exposure to high fat diet. Scientific Reports , v. 13, p. 13964, 2023.

  • DRUMMOND, RODRIGO D. ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; MEYENBERG, MATHILDE ; VALIERIS, RENAN ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ROSALES, RAFAEL A. ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL . Relating mutational signature exposures to clinical data in cancers via signeR 2.0. BMC BIOINFORMATICS , v. 24, p. 439, 2023.

  • SLYSKOVA, JANA ; MUNIESA-VARGAS, ALBA ; DASILVA, ISRAELTOJAL ; DRUMMOND, RODRIGO ; PARK, JIYEONG ; HÄCKES, DAVID ; POETSCH, ISABELLA ; RIBEIRO-SILVA, CRISTINA ; MORETTON, AMANDINE ; HEFFETER, PETRA ; SCHÄRER, ORLANDOD ; VERMEULEN, WIM ; LANS, HANNES ; LOIZOU, JOANNAI . Detection of oxaliplatin- and cisplatin-DNA lesions requires different global genome repair mechanisms that affect their clinical efficacy. Nar Cancer , v. 5, p. 1-17, 2023.

  • AHMED, ASMA ; REINHOLD, CINDY ; BREUNIG, EILEEN ; PHAN, TRUONG SAN ; DIETRICH, LEA ; KOSTADINOVA, FEODORA ; URWYLER, CORINNE ; MERK, VERENA M. ; NOTI, MARIO ; TOJA DA SILVA, ISRAEL ; BODE, KONSTANTIN ; NAHLE, FATIMA ; PLAZZO, ANNA PIA ; KOERNER, JULIA ; STUBER, REGULA ; MENCHE, CONSTANTIN ; KARAMITOPOULOU, EVA ; FARIN, HENNER F. ; GOLLOB, KENNETH J. ; BRUNNER, THOMAS . Immune escape of colorectal tumours via local LRH -1/Cyp11b1-mediated synthesis of immunosuppressive glucocorticoids. Molecular Oncology , v. 17, p. 1545-1566, 2023.

  • DE ALBUQUERQUE, GABRIELA E. ; MODA, BRUNO S. ; SERPA, MARIANNA S. ; BRANCO, GABRIELA P. ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; TAKENAKA, ISABELLA K. T. M. ; DE AMORIM, MARIA G. ; MIOLA, ELIZABETH C. ; MARTINS, VALQUIRIA C. A. ; TORRES, KATIA L. ; BEZERRA, STEPHANIA M. ; CLARO, LAURA C. L. ; PELOSOF, ADRIANE G. ; SZTOKFISZ, CLAUDIA Z. ; ABRANTES, LAIS L. S. ; COIMBRA, FELIPE J. F. ; KOWALSKI, LUIZ P. ; ALVES, FÁBIO A. ; ZEQUI, STÊNIO C. ; SILVA, IT. . Evaluation of Bacteria and Fungi DNA Abundance in Human Tissues. Genes , v. 13, p. 237, 2022.

  • TAKENAKA, ISABELLA KUNIKO T. M. ; BARTELLI, THAIS F. ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; SENDOYA, JUAN M. ; GOLUBICKI, MARIANO ; ROBBIO, JUAN ; SERPA, MARIANNA S. ; BRANCO, GABRIELA P. ; SANTOS, LUANA B. C. ; CLARO, LAURA C. L. ; DOS SANTOS, GABRIEL OLIVEIRA ; KUPPER, BRUNA E. C. ; DA SILVA, ISRAEL T. ; LLERA, ANDREA S. ; DE MELLO, CELSO A. L. ; RIECHELMANN, RACHEL P. ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ISEAS, SOLEDAD ; AGUIAR, SAMUEL ; NUNES, DIANA NORONHA . Exome and Tissue-Associated Microbiota as Predictive Markers of Response to Neoadjuvant Treatment in Locally Advanced Rectal Cancer. FRONTIERS IN ONCOLOGY , v. 12, p. 1, 2022.

  • VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND, RODRIGO D ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ROSALES, RAFAEL A ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL . A mixture model for determining SARS-Cov-2 variant composition in pooled samples. Bioinformatics , v. 38, p. 1809-1815, 2022.

  • AGUIAR, TALITA ; TEIXEIRA, ANNE ; SCLIAR, MARÍLIA O. ; SOBRAL DE BARROS, JULIANA ; LEMES, RENAN B. ; SOUZA, SILVIA ; TOLEZANO, GIOVANNA ; SANTOS, FERNANDA ; TOJAL, ISRAEL ; CYPRIANO, MONICA ; CAMINADA DE TOLEDO, SILVIA REGINA ; VALADARES, EUGÊNIA ; BORGES PINTO, RAQUEL ; PINTO ARTIGALAS, OSVALDO AFONSO ; CAETANO DE AGUIRRE NETO, JOAQUIM ; NOVAK, ESTELA ; CRISTOFANI, LILIAN MARIA ; MIURA SUGAYAMA, SOFIA M. ; ODONE, VICENTE ; CUNHA, ISABELA WERNECK . Unraveling the Genetic Architecture of Hepatoblastoma Risk: Birth Defects and Increased Burden of Germline Damaging Variants in Gastrointestinal/Renal Cancer Predisposition and DNA Repair Genes. Frontiers in Genetics , v. 13, p. 1, 2022.

  • PAIXÃO, DANIELE ; TORREZAN, GIOVANA TARDIN ; SANTIAGO, KARINA MIRANDA ; FORMIGA, MARIA NIRVANA ; AHUNO, SAMUEL TERKPER ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; FOULKES, WILLIAM D. ; POLAK, PAZ ; CARRARO, DIRCE MARIA . Characterization of genetic predisposition to molecular subtypes of breast cancer in Brazilian patients. FRONTIERS IN ONCOLOGY , v. 12, p. 1, 2022.

  • CARVALHO, LAURA MACHADO LARA ; D?ANGELO, CARLA SUSTEK ; VILLELA, DARINE ; DA COSTA, SILVIA SOUZA ; DE LIMA JORGE, ALEXANDER AUGUSTO ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; DE OLIVEIRA SCLIAR, MARÍLIA ; CHAVES, LUIZA DIAS ; KREPISCHI, ANA CRISTINA VICTORINO ; KOIFFMANN, CELIA PRISZKULNIK ; ROSENBERG, CARLA . Genetic investigation of syndromic forms of obesity. INTERNATIONAL JOURNAL OF OBESITY , v. 46, p. 1582-1586, 2022.

  • ZHOU, YUNJIAO ; LIU, ZEZHONG ; LI, SHIBO ; XU, WEI ; ZHANG, QIANQIAN ; SILVA, ISRAEL T. ; LI, CHENG ; WU, YANLING ; JIANG, QINGLING ; LIU, ZHENMI ; WANG, QIUJING ; GUO, YU ; WU, JIANBO ; GU, CHENGJIAN ; CAI, XIA ; QU, DI ; MAYER, CHRISTIAN T. ; WANG, XIANGXI ; JIANG, SHIBO ; YING, TIANLEI . Enhancement versus Neutralization by SARS-CoV-2 Antibodies from A Convalescent Donor Associates with Distinct Epitopes on the Receptor-Binding Domain. Cell Reports , v. 1, p. 108699, 2021.

  • BUTTURA, JAQUELINE RAMALHO ; PROVISOR SANTOS, MONIZE NAKAMOTO ; VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND, RODRIGO DUARTE ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; LIMA, JOÃO PAULO ; CALSAVARA, VINICIUS FERNANDO ; FREITAS, HELANO CARIOCA ; CORDEIRO DE LIMA, VLADMIR C. ; FERNANDA BARTELLI, THAIS ; WIEDNER, MARC ; ROSALES, RAFAEL ; GOLLOB, KENNETH JOHN ; LOIZOU, JOANNA ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; NUNES, DIANA NORONHA ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL . Mutational Signatures Driven by Epigenetic Determinants Enable the Stratification of Patients with Gastric Cancer for Therapeutic Intervention. Cancers , v. 13, p. 490, 2021.

  • CARVALHO, LAURA M.L. ; D?ANGELO, CARLA S. ; MUSTACCHI, ZAN ; DA SILVA, ISRAEL T. ; KREPISCHI, ANA CRISTINA V. ; KOIFFMANN, CELIA P. ; ROSENBERG, CARLA . A novel MYT1L mutation in a boy with syndromic obesity: Case report and literature review. Obesity Research & Clinical Practice , v. 15, p. 124-132, 2021.

  • ZUCCHERATO, LUCIANA W. ; MACHADO, CHRISTINA M. T. ; MAGALHÃES, WAGNER C. S. ; MARTINS, PATRÍCIA R. ; CAMPOS, LARISSA S. ; BRAGA, LETÍCIA C. ; TEIXEIRA-CARVALHO, ANDREA ; MARTINS-FILHO, OLINDO A. ; FRANCO, TELMA M. R. F. ; PAULA, SÁLUA O. C. ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; DRUMMOND, RODRIGO ; GOLLOB, KENNETH J. ; SALLES, PAULO GUILHERME O. . Cervical Cancer Stem-Like Cell Transcriptome Profiles Predict Response to Chemoradiotherapy. FRONTIERS IN ONCOLOGY , v. 11, p. 1383, 2021.

  • STAQUICINI, FERNANDA I ; HAJITOU, AMIN ; DRIESSEN, WOUTER HP ; PRONETH, BETTINA ; CARDÓ-VILA, MARINA ; STAQUICINI, DANIELA I ; MARKOSIAN, CHRISTOPHER ; HOH, MARIA ; CORTEZ, MAURO ; HOODA-NEHRA, ANUPAMA ; JALOUDI, MOHAMMED ; Silva, Israel T ; BUTTURA, JAQUELINE ; NUNES, DIANA ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ECKHARDT, BEDRICH ; RUIZ-RAMÍREZ, JAVIER ; DOGRA, PRASHANT ; WANG, ZHIHUI ; CRISTINI, VITTORIO . Targeting a cell surface vitamin D receptor on tumor-associated macrophages in triple-negative breast cancer. eLife , v. 10, p. 1, 2021.

  • VENEZIAN POVOA, LUCAS ; RIBEIRO, CARLOS HENRIQUE COSTA ; SILVA, ISRAEL TOJAL DA . Machine learning predicts treatment sensitivity in multiple myeloma based on molecular and clinical information coupled with drug response. PLoS One , v. 16, p. e0254596, 2021.

  • POVOA, LUCAS VENEZIAN ; CALVI, URIEL CAIRE BALAN ; LORENA, ANA CAROLINA ; RIBEIRO, CARLOS HENRIQUE COSTA ; SILVA, ISRAEL TOJAL DA . A Multi-Learning Training Approach for Distinguishing Low and High Risk Cancer Patients. IEEE Access , v. 9, p. 115453-115465, 2021.

  • NALI, LUIZ H. ; OLIVAL, GUILHERME S. ; MONTENEGRO, HORÁCIO ; DA SILVA, ISRAEL T. ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; NAYA, HUGO ; SPANGENBERG, LUCIA ; PENALVA-DE-OLIVEIRA, AUGUSTO C. ; ROMANO, CAMILA M. . Human Endogenous Retrovirus and Multiple Sclerosis: a review and transcriptome findings. Multiple Sclerosis and Related Disorders , v. 57, p. 103383, 2021.

  • MANTOVANI, NATHALIA ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; CICERO, MAIRA FERREIRA ; SANTANA, LUIZ CLAUDIO ; ARNOLD, RAFAEL ; DE CASTRO, DANIELA FUNAYAMA ; DURO, RODRIGO LOPES SANZ ; NISHIYAMA-JR, MILTON YUTAKA ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO LOIOLA MEIRELLES ; DA SILVA, BOSCO CHRISTIANO MACIEL ; DA SILVA DUARTE, ALBERTO JOSÉ ; CASSEB, JORGE ; DE BARROS TENORE, SIMONE ; HUNTER, JAMES ; DIAZ, RICARDO SOBHIE ; KOMNINAKIS, SHIRLEY CAVALCANTE VASCONCELOS . Latency-associated DNA methylation patterns among HIV-1 infected individuals with distinct disease progression courses or antiretroviral virologic response. Scientific Reports , v. 11, p. 22993, 2021.

  • CARVALHO, L. M. L. ; COSTA, S. S. ; CAMPAGNARI, F. ; KAUFMAN, A. ; BERTOLA, D. R. ; SILVA, I. T. ; KREPISCHI, A. C. V. ; KOIFFMANN, C. P. ; ROSENBERG, C. . Two novel pathogenic variants in : one familial and one isolated case. JOURNAL OF INTELLECTUAL DISABILITY RESEARCH , v. 65, p. 1049-1057, 2021.

  • SANTORO, ADRIANA LEANDRA ; DRUMMOND, RODRIGO D ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; FERREIRA, SEVERINO SILVA ; JULIANO, LUIZ ; VENDRAMINI, PEDRO HENRIQUE ; LEMOS, MONIQUE BATISTA DA COSTA ; EBERLIN, MARCOS N ; ANDRADE, VICTOR PIANA DE . In situ DESI - MSI lipidomic profiles of breast cancer molecular subtypes and precursor lesions.. CANCER RESEARCH , v. 1, p. canres.3574.20, 2020.

  • AGUIAR, TALITA FERREIRA MARQUES ; RIVAS, MARIA PRATES ; COSTA, SILVIA ; MASCHIETTO, MARIANA ; RODRIGUES, TATIANE ; SOBRAL DE BARROS, JULIANA ; BARBOSA, ANNE CAROLINE ; VALIERIS, RENAN ; FERNANDES, GUSTAVO R. ; BERTOLA, DEBORA R. ; CYPRIANO, MONICA ; CAMINADA DE TOLEDO, SILVIA REGINA ; MAJOR, ANGELA ; TOJAL, ISRAEL ; APEZZATO, MARIA LÚCIA DE PINHO ; CARRARO, DIRCE MARIA ; ROSENBERG, CARLA ; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA ; CUNHA, ISABELA W. ; SARABIA, STEPHEN FREDERICK . Insights Into the Somatic Mutation Burden of Hepatoblastomas From Brazilian Patients. FRONTIERS IN ONCOLOGY , v. 10, p. 1-16, 2020.

  • VALIERIS, RENAN ; AMARO, LUCAS ; OSÓRIO, CYNTHIA APARECIDA BUENO DE TOLEDO ; BUENO, ADRIANA PASSOS ; ROSALES MITROWSKY, RAFAEL ANDRES ; CARRARO, DIRCE MARIA ; NUNES, DIANA NORONHA ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; SILVA, ISRAEL TOJAL DA . Deep Learning Predicts Underlying Features on Pathology Images with Therapeutic Relevance for Breast and Gastric Cancer. Cancers , v. 12, p. 3687, 2020.

  • NALI, LUIZ H. ; OLIVAL, GUILHERME S. ; SOUSA, FRANCIELLE T.G. ; DE OLIVEIRA, ANA CAROLINA S. ; MONTENEGRO, HORÁCIO ; DA SILVA, ISRAEL T. ; DIAS-NETO, EMAMNUEL ; NAYA, HUGO ; SPANGENBERG, LUCIA ; PENALVA-DE-OLIVEIRA, AUGUSTO C. ; ROMANO, CAMILA M. . Whole transcriptome analysis of multiple Sclerosis patients reveals active inflammatory profile in relapsing patients and downregulation of neurological repair pathways in secondary progressive cases. Multiple Sclerosis and Related Disorders , v. 44, p. 102243, 2020.

  • BRANCO, GABRIELA PEREIRA ; VALIERIS, RENAN ; POVOA, LUCAS VENEZIAN ; ARAÚJO, LUIZA FERREIRA DE ; FERNANDES, GUSTAVO RIBEIRO ; SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA DE ; AMORIM, MARIA GALLI DE ; FERREIRA, ELISA NAPOLITANO E ; SILVA, ISRAEL TOJAL DA ; NUNES, DIANA NORONHA ; DIAS-NETO, EMMANUEL . A comparison between SOLiD 5500XLand Ion Torrent PGM-derived miRNA expression profiles in two breast cell lines. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION) , v. 43, p. 1, 2020.

  • PIZZI, MELISSA POOL ; BARTELLI, THAIS FERNANDA ; PELOSOF, ADRIANE GRAICER ; CARIOCA-FREITAS, HELANO ; BEGNAMI, MARIA DIRLEI ; DE ABRANTES, LAIS LIE SENDA ; SZTOKFISZ, CLAUDIA ; VALIERIS, RENAN ; KNEBEL, FRANCIELE HINTERHOLZ ; VAZ COELHO, LUIZ GONZAGA ; DA COSTA JR, WILSON LUIZ ; COIMBRA, FELIPE JF ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; DE AMORIM, MARIA GALLI ; NUNES, DIANA NORONHA ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Identification of DNA mutations in gastric washes from gastric adenocarcinoma patients: possible implications for liquid biopsies and patient follow-up. INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER , v. 1, p. 1, 2019.

  • SCHIAVON, BEATRIZ NUNES ; CARVALHO, KATIA CANDIDO ; COUTINHO-CAMILLO, CLÁUDIA MALHEIROS ; BAIOCCHI, GLAUCO ; VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND, RODRIGO ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; DE BROT, LOUISE ; SOARES, FERNANDO AUGUSTO ; DA CUNHA, ISABELA WERNECK . miRNAs 144-3p, 34a-5p, and 206 are a useful signature for distinguishing uterine leiomyosarcoma from other smooth muscle tumors. Surgical and Experimental Pathology , v. 2, p. 1, 2019.

  • GARCIA-ROSA, SHEILA ; TRIVELLA, DANIELA BB ; MARQUES, VANESSA D ; SERAFIM, RODOLFO B ; PEREIRA, JOSÉ GC ; LORENZI, JULIO CC ; Molfetta, Greice A ; CHRISTO, PAULO P ; OLIVAL, GUILHERME S ; MARCHITTO, VANIA BT ; BRUM, DORALINA G ; SABEDOT, THAIS S ; NOUSHMEHR, HOUTAN ; FARIAS, ALESSANDRO S ; SANTOS, LEONILDA MB ; NOGUEIRA-MACHADO, JOSÉ A ; SOUZA, JORGE ES ; ROMANO, CAMILA M ; CONDE, RODRIGO M ; SILVA, IT. . A non-functional galanin receptor-2 in a multiple sclerosis patient. PHARMACOGENOMICS JOURNAL , v. 19, p. 72-82, 2019.

  • GALLI DE AMORIM, MARIA ; BRANCO, GABRIELA ; VALIERIS, RENAN ; TARCITANO, EMILIO ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; FERREIRA DE ARAÚJO, LUIZA ; NORONHA NUNES, DIANA ; DIAS-NETO, EMMANUEL . The impact of HER2 overexpression on the miRNA and circRNA transcriptomes in two breast cell lines and their vesicles. PHARMACOGENOMICS , v. 20, p. 493-502, 2019.

  • BOBROVNITCHAIA, IRINA ; VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND COUTO DUARTE, RODRIGO ; LIMA, JOAO PAULO ; FREITAS, HELANO CARIOCA ; BARTELLI, THAIS FERNANDA ; AMORIM, MARIA GALLI ; NORONHA NUNES, DIANA ; DIAS'NETO, EMMANUEL ; Silva, Israel Tojal . APOBEC-mediated DNA alterations: a possible new mechanism of carcinogenesis in EBV-positive gastric cancer. International Journal of Cancer , v. 1, p. 1, 2019.

  • FERREIRA, ELISA NAPOLITANO ; BRIANESE, RAFAEL CANFIELD ; DE ALMEIDA, RENAN VALIERIS BUENO ; DRUMMOND, RODRIGO DUARTE ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; CARRARO, DIRCE MARIA . Influence of BRCA1 Germline Mutations in the Somatic Mutational Burden of Triple-Negative Breast Cancer. Translational Oncology , v. 12, p. 1453-1460, 2019.

  • MARTINS, MÁRIO RINO ; ALMEIDA, RENATA SANTOS ; LUCENA-SILVA, NORMA ; COUTINHO-CAMILO, CLÁUDIA MALHEIROS ; TORJAL, ISRAEL ; DOS SANTOS, ROGÉRIO LUIZ ; MIRANDA-FURTADO, CRISTIANA LIBARDI ; RIOS, ÁLVARO FABRÍCIO LOPES ; TORRES, LEURIDAN CAVALCANTE ; BEGNAMI, MARIA DIRLEI F. S. . MicroRNA expression profiling provides novel insights into immune-related pathways involved in gastric cancer. MEDICAL ONCOLOGY , v. 36, p. 1, 2019.

  • BILLING, ANJA M ; DIB, SHAIMA S. ; BHAGWAT, ADITYA M. ; DA SILVA, ISRAEL T ; DRUMMOND, RODRIGO D ; HAYAT, SHAHINA ; AL-MISMAR, RASHA ; BEN HAMIDANE, HISHAM ; GOSWAMI, NEHA ; ENGHOLM-KELLER, KASPER ; LARSEN, MARTIN R. ; SUHRE, KARSTEN ; RAFII, ARASH ; GRAUMANN, JOHANNES . A Systems-Level Characterization of the Differentiation of Human Embryonic Stem Cells into Mesenchymal Stem Cells. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS , v. 1, p. mcp.RA119.001356, 2019.

  • BARTELLI, THAIS F. ; SENDA DE ABRANTES, LAIS L. ; FREITAS, HELANO C. ; THOMAS, ANDREW M. ; SILVA, JORDANA M. ; ALBUQUERQUE, GABRIELA E. ; ARAÚJO, LUIZA F. ; BRANCO, GABRIELA P. ; DE AMORIM, MARIA G. ; SERPA, MARIANNA S. ; TAKENAKA, ISABELLA K. T. M. ; SOUZA, DEBORAH T. ; MONÇÃO, LUCAS O. ; MODA, BRUNO S. ; VALIERIS, RENAN ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; BORGES, RODRIGO ; DRUMMOND, RODRIGO D. ; ALVES, FRANCISCO I. A. ; SILVA, IT. . Genomics and epidemiology for gastric adenocarcinomas (GE4GAC): a Brazilian initiative to study gastric cancer. APPLIED CANCER RESEARCH (ONLINE) , v. 39, p. 1, 2019.

  • RAMIREZ, MARCEL I. ; AMORIM, MARIA G. ; GADELHA, CATARINA ; MILIC, IVANA ; WELSH, JOSHUA A. ; FREITAS, VANESSA M. ; NAWAZ, MUHAMMAD ; AKBAR, NAVEED ; COUCH, YVONNE ; MAKIN, LAURA ; COOKE, FIONA ; VETTORE, ANDRE L. ; BATISTA, PATRICIA X. ; FREEZOR, ROBERTA ; PEZUK, JULIA A. ; ROSA-FERNANDES, LÍVIA ; CARREIRA, ANA CLAUDIA O. ; DEVITT, ANDREW ; JACOBS, LAURA ; SILVA, ISRAEL T. . Technical challenges of working with extracellular vesicles. Nanoscale , v. 10, p. 881-906, 2018.

  • COHN, LILLIAN B. ; DA SILVA, ISRAEL T. ; VALIERIS, RENAN ; HUANG, AMY S. ; LORENZI, JULIO C. C. ; COHEN, YEHUDA Z. ; PAI, JOY A. ; BUTLER, ALLISON L. ; CASKEY, MARINA ; JANKOVIC, MILA ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Clonal CD4+ T cells in the HIV-1 latent reservoir display a distinct gene profile upon reactivation. NATURE MEDICINE , v. 1, p. 1, 2018.

  • BATTIVELLI, EMILIE ; DAHABIEH, MATTHEW S ; ABDEL-MOHSEN, MOHAMED ; SVENSSON, J PETER ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; COHN, LILLIAN B ; GRAMATICA, ANDREA ; DEEKS, STEVEN ; GREENE, WARNER C ; PILLAI, SATISH K ; VERDIN, ERIC . Distinct chromatin functional states correlate with HIV latency reactivation in infected primary CD4+ T Cells. eLife , v. 7, p. 1, 2018.

  • CARNEIRO, THAISE ; KREPISCHI, ANA ; SOUZA DA COSTA, SILVIA ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; VIANNA-MORGANTE, ANGELA ; VALIERIS, RENAN ; EZQUINA, SUZANA ; BERTOLA, DEBORA ; OTTO, PAULO ; ROSENBERG, CARLA . Utility of trio-based exome sequencing in the elucidation of the genetic basis of isolated syndromic intellectual disability: illustrative cases. THE APPLICATION OF CLINICAL GENETICS , v. Volume 11, p. 93-98, 2018.

  • FEHRENBACHER, NICOLE ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; RAMIREZ, CRAIG ; ZHOU, YONG ; CHO, KWANG-JIN ; KUCHAY, SHAFI ; SHI, JIE ; THOMAS, SUSAN ; PAGANO, MICHELE ; HANCOCK, JOHN F. ; BAR-SAGI, DAFNA ; PHILIPS, MARK R. . The G protein-coupled receptor GPR31 promotes membrane association of KRAS. The Journal of Cell Biology , v. 216, p. jcb.201609096, 2017.

  • TEIXEIRA, ANDRE A ; MARCHIÒ, SERENA ; DIAS'NETO, EMMANUEL ; NUNES, DIANA N ; DA SILVA, ISRAEL T ; CHACKERIAN, BRYCE ; BARRY, MARC ; LAUER, RICHARD C ; GIORDANO, RICARDO J ; SIDMAN, RICHARD L ; WHEELER, COSETTE M ; CAVENEE, WEBSTER K ; PASQUALINI, RENATA ; ARAP, WADIH . Going viral? Linking the etiology of human prostate cancer to the PCA3 long noncoding RNA and oncogenic viruses. EMBO Molecular Medicine , v. 10, p. e201708072, 2017.

  • AMORIM, MARIA G. ; VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND, RODRIGO D. ; PIZZI, MELISSA P. ; FREITAS, VANESSA M. ; SINIGAGLIA-COIMBRA, RITA ; CALIN, GEORGE A. ; PASQUALINI, RENATA ; ARAP, WADIH ; SILVA, ISRAEL T. ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; NUNES, DIANA N. . A total transcriptome profiling method for plasma-derived extracellular vesicles: applications for liquid biopsies. Scientific Reports , v. 7, p. 1, 2017.

  • GARCIA-ROSA, SHEILA ; DE AMORIM, MARIA GALLI ; VALIERIS, RENAN ; MARQUES, VANESSA DACCACH ; LORENZI, JULIO CESAR CETRULO ; TOLLER, VANIA BALARDIN ; DO OLIVAL, GUILHERME SCIASCIA ; DA SILVA JÚNIOR, WILSON ARAÚJO ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; BARREIRA, AMILTON ANTUNES ; NUNES, DIANA NORONHA ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Exome sequencing of multiple-sclerosis patients and their unaffected first-degree relatives. BMC RESEARCH NOTES , v. 10, p. 1, 2017.

  • ROSALES, RAFAEL A. ; DRUMMOND, RODRIGO D. ; VALIERIS, RENAN ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; DA SILVA, ISRAEL T. . signeR: An empirical Bayesian approach to mutational signature discovery. Bioinformatics , v. 1, p. btw572, 2016.

  • BRETON, GAËLLE ; ZHENG, SHIWEI ; VALIERIS, RENAN ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; SATIJA, RAHUL ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Human dendritic cells (DCs) are derived from distinct circulating precursors that are precommitted to become CD1c or CD141 DCs. The Journal of Experimental Medicine , v. 213, p. 2861-2870, 2016.

  • THOMAS, ANDREW M. ; JESUS, ELIANE C. ; LOPES, ADEMAR ; AGUIAR, SAMUEL ; BEGNAMI, MARIA D. ; ROCHA, RAFAEL M. ; CARPINETTI, PAOLA AVELAR ; CAMARGO, ANAMARIA A. ; HOFFMANN, CHRISTIAN ; FREITAS, HELANO C. ; SILVA, ISRAEL T. ; NUNES, DIANA N. ; SETUBAL, JOÃO C. ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology , v. 6, p. 1, 2016.

  • COHN, LILLIANB. ; SILVA, ISRAELT. ; OLIVEIRA, THIAGOY. ; ROSALES, RAFAELA. ; PARRISH, ERICAH. ; LEARN, GERALDH. ; HAHN, BEATRICEH. ; CZARTOSKI, JULIEL. ; MCELRATH, M.JULIANA ; LEHMANN, CLARA ; KLEIN, FLORIAN ; CASKEY, MARINA ; WALKER, BRUCED. ; SILICIANO, JANETD. ; SILICIANO, ROBERTF. ; JANKOVIC, MILA ; NUSSENZWEIG, MICHELC. . HIV-1 Integration Landscape during Latent and Active Infection. Cell (Cambridge) , v. 160, p. 420-432, 2015.

  • ROBBIANI, DAVIDEF. ; DEROUBAIX, STEPHANIE ; FELDHAHN, NIKLAS ; OLIVEIRA, THIAGOY. ; CALLEN, ELSA ; WANG, QIAO ; JANKOVIC, MILA ; SILVA, ISRAELT. ; ROMMEL, PHILIPPC. ; BOSQUE, DAVID ; EISENREICH, TOM ; NUSSENZWEIG, ANDRÉ ; NUSSENZWEIG, MICHELC. . Plasmodium Infection Promotes Genomic Instability and AID-Dependent B Cell Lymphoma. Cell (Cambridge) , v. 162, p. 727-737, 2015.

  • WANG, QIAO ; OLIVEIRA, THIAGO ; JANKOVIC, MILA ; SILVA, ISRAEL T. ; HAKIM, OFIR ; YAO, KAIHUI ; GAZUMYAN, ANNA ; MAYER, CHRISTIAN T. ; PAVRI, RUSHAD ; CASELLAS, RAFAEL ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. ; ROBBIANI, DAVIDE F. . Epigenetic targeting of activation-induced cytidine deaminase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , v. 111, p. 18667-18672, 2014.

  • FERREIRA, A.F. ; MOURA, L.G. ; Tojal, I. ; AMBRÓSIO, L. ; PINTO-SIMÕES, B. ; HAMERSCHLAK, N. ; CALIN, G.A. ; IVAN, C. ; COVAS, D.T. ; KASHIMA, S. ; CASTRO, F.A. . ApoptomiRs expression modulated by BCR-ABL is linked to CML progression and imatinib resistance. BLOOD CELLS MOLECULES AND DISEASES , v. 54, p. 47, 2014.

  • MALTA, TATHIANE MAISTRO ; Silva, Israel Tojal ; PINHEIRO, DANIEL GUARIZ ; DOS SANTOS, ANEMARIE RAMOS ; PINTO, MARIANA TOMAZINI ; PANEPUCCI, RODRIGO ALEXANDRE ; TAKAYANAGUI, OSVALDO MASSAITI ; TANAKA, YUETSU ; COVAS, DIMAS TADEU ; KASHIMA, SIMONE . Altered expression of degranulation-related genes in CD8+ T cells in HTLV-1 infection. AIDS Research and Human Retroviruses , v. 1, p. 130110034702004, 2013.

  • JANKOVIC, MILA ; FELDHAHN, NIKLAS ; OLIVEIRA, THIAGOY. ; SILVA, ISRAELT. ; KIEFFER-KWON, KYONG-RIM ; YAMANE, ARITO ; RESCH, WOLFGANG ; KLEIN, ISAAC ; ROBBIANI, DAVIDEF. ; CASELLAS, RAFAEL ; NUSSENZWEIG, MICHELC. . 53BP1 Alters the Landscape of DNA Rearrangements and Suppresses AID-Induced B Cell Lymphoma. Molecular Cell , v. 49, p. 1, 2013.

  • MOREIRA-NUNES, CAROLINE FA ; AZEVEDO, TEREZA CB ; BELTRÃO, ANA CS ; FRANCÊS, LARISSA TVM ; SOUSA, RODRIGO GMA ; Silva, Israel T ; SILVA, ARTUR ; Silva, Wilson A ; LEMOS, JOSÉ AR . Differentially expressed genes responsible for insensitivity of CD34+ cells to kinase inhibitors in patients with chronic myeloid leukemia. BMC PROCEEDINGS , v. 7, p. O1, 2013.

  • GARCIA, F. B. ; KASHIMA, S. ; RODRIGUES, E. S. ; SILVA, IT. ; MALTA, T. M. ; NICOLETE, L. D. DE FIGUEIREDO ; HADDAD, R. ; MORAES-SOUZA, H. ; COVAS, D. T. . Novel polymorphisms in the promoter region of the perforin gene among distinct Brazilian populations and their functional impact. International Journal of Immunogenetics (Print) , v. 41, p. n/a-n/a, 2013.

  • GARCIA, FERNANDA BERNADELLI ; KASHIMA, SIMONE ; RODRIGUES, EVANDRA STRAZZA ; Silva, Israel Tojal ; MALTA, TATHIANE MAISTRO ; NICOLETE, LARISSA DEADAME DE FIGUEIREDO ; COVAS, DIMAS TADEU ; MORAES-SOUZA, HELIO . Distribution of QPY and RAH haplotypes of granzyme B gene in distinct Brazilian populations. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical (Impresso) , v. 45, p. 496-499, 2012.

  • MEREDITH, M. M. ; LIU, K. ; KAMPHORST, A. O. ; IDOYAGA, J. ; YAMANE, A. ; GUERMONPREZ, P. ; RIHN, S. ; YAO, K.-H. ; SILVA, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. ; SKOKOS, D. ; CASELLAS, R. ; NUSSENZWEIG, M. C. . Zinc finger transcription factor zDC is a negative regulator required to prevent activation of classical dendritic cells in the steady state. The Journal of Experimental Medicine , v. 209, p. 1583-1593, 2012.

  • GORDO, SHEILA MC ; Pinheiro, Daniel G ; MOREIRA, EDITH CO ; RODRIGUES, SIMONE M ; POLTRONIERI, MARLI C ; DE LEMOS, ORIEL F ; DA SILVA, ISRAEL ; RAMOS, ROMMEL TJ ; SILVA, ARTUR ; SCHNEIDER, HORACIO ; Silva, Wilson A ; SAMPAIO, IRACILDA ; DARNET, SYLVAIN . High-throughput sequencing of black pepper root transcriptome. BMC Plant Biology (Online) , v. 12, p. 168, 2012.

  • RODINI, C. O. ; XAVIER, F. C. A. ; PAIVA, K. B. S. ; DESTRO, M. F. S. S. ; MOYSES, R. A. ; MICHALUARTE, P. ; CARVALHO, M. B. ; Head Neck Genome Project/GENCAPO ; TAJARA, E. H. ; OKAMOTO, O. K. ; NUNES, F. D. . Homeobox gene expression profile indicates HOXA5 as a candidate prognostic marker in oral squamous cell carcinoma. International Journal of Oncology , v. 40, p. 1180-1188, 2012.

  • Galante, P. A. F. ; Parmigiani, R. B. ; Zhao, Q. ; Caballero, O. L. ; de Souza, J. E. ; Navarro, F. C. P. ; Gerber, A. L. ; Nicolas, M. F. ; Salim, A. C. M. ; Silva, A. P. M. ; Edsall, L. ; Devalle, S. ; Almeida, L. G. ; Ye, Z. ; Kuan, S. ; PINHEIRO, D. G. ; Tojal, I. ; Pedigoni, R. G. ; de Sousa, R. G. M. A. ; Oliveira, T. Y. K. . Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research , p. 1, 2011.

  • BOING, A. F. ; ANTUNES, J. L. F. ; CARVALHO, M. B. ; GOIS FILHO, J. F. ; KOWALSKI, L. P. ; MICHALUART, P. ; Head Neck Genome Project/GENCAPO ; ELUF-NETO, J. ; BOFFETTA, P. ; WUNSCH-FILHO, V. . How much do smoking and alcohol consumption explain socioeconomic inequalities in head and neck cancer risk?. Journal of Epidemiology and Community Health (1979) , v. 65, p. 709-714, 2011.

  • SILVA, IT. ; Vêncio, Ricardo ZN ; Oliveira, Thiago YK ; Molfetta, Greice A ; Silva, Wilson A . ProbFAST: Probabilistic Functional Analysis System Tool. BMC Bioinformatics , v. 11, p. 161, 2010.

  • Rodrigues-Lisoni, Flavia C ; Peitl, Paulo ; Vidotto, Alessandra ; Polachini, Giovana M ; Maniglia, Jose V ; Carmona-Raphe, Juliana ; Cunha, Bianca R ; Henrique, Tiago ; Souza, Caique F ; Teixeira, Rodrigo AP ; Fukuyama, Erica E ; Michaluart, Pedro ; de Carvalho, Marcos B ; Oliani, Sonia M ; Gencapo, Head and Neck Genome Project ; Tajara, Eloiza H ; da Silva IT . Genomics and proteomics approaches to the study of cancer-stroma interactions. BMC Medical Genomics , v. 3, p. 14, 2010.

  • Kashima, S. ; Rodrigues, E. S. ; Azevedo, R. ; da Cruz Castelli, E. ; Mendes-Junior, C. T. ; Yoshioka, F. K. N. ; da Silva, I. T. ; Takayanagui, O. M. ; Covas, D. T. . DC-SIGN (CD209) gene promoter polymorphisms in a Brazilian population and their association with human T-cell lymphotropic virus type 1 infection. Journal of General Virology (Print) , v. 90, p. 927-934, 2009.

  • Almeida, LM. ; Amaral, MEJ. ; SILVA, IT. ; da Silva, WA Jr. ; Riggs, PK. ; Carareto, CM. . Report of a chimeric origin of transposable elements in a bovine-coding gene.. Genetics and Molecular Research , v. 7, p. 107-116, 2008.

  • Silveira, Nelson JF ; Varuzza, Leonardo ; Machado-Lima, Ariane ; Lauretto, Marcelo S ; Pinheiro, Daniel G ; Rodrigues, Rodrigo V ; Severino, Patricia ; Nobrega, Francisco G ; da Silva, IT. ; Gencapo, Head and Neck Genome Project ; Silva Jr, Wilson A ; de B Pereira, Carlos A ; Tajara, Eloiza H . Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC Medical Genomics , v. 1, p. 56, 2008.

  • Severino, P. ; Alvares, AM. ; Michaluart, P Jr. ; Okamoto, OK. ; Nunes, FD. ; Moreira-Filho, CA. ; Tajara, EH. ; Cury, PM. ; Frizzera, APZ. ; da Silva IT ; Head and Neck Genome Project GENCAPO . Global gene expression profiling of oral cavity cancers suggests molecular. BMC Research Notes , v. 1, p. 1-9, 2008.

  • Alves, V A F ; Nonogaki, S ; Cury, P M ; Wünsch-Filho, V ; de Carvalho, M B ; Michaluart-Júnior, P ; Moyses, R A ; Curioni, O A ; Figueiredo, D L A ; Scapulatempo-Neto, C ; Parra, E R ; Polachini, G M ; Silistino-Souza, R ; Oliani, S M ; Silva-Júnior, W A ; Nobrega, F G ; Cury, PM. ; de Carvalho MB. ; Dias-Neto, ED. ; da Silva, IT. . Annexin A1 subcellular expression in laryngeal squamous cell carcinoma. Histopathology (Oxford. Print) , v. 53, p. 715-727, 2008.

  • Almeida, Luciane M. ; Silva, Israel T. ; Silva Jr., Wilson A. ; Castro, Juliana P. ; Riggs, Penny K. ; Carareto, Claudia M. ; Amaral, M. Elisabete J. . The contribution of transposable elements to Bos taurus gene structure. Gene (Amsterdam) , v. 390, p. 180-189, 2007.

  • Chiromatzo, AO. ; Oliveira, TYK. ; Pereira, GSP. ; Costa, AY. ; Montesco, CAE.v ; Gras DE ; Yosetake, F. ; Vilar, JB. ; Cervato, MC. ; Prado, PRR. ; Cardenas, RGCCL. ; Cerri, R. ; Borges, RL. ; Lemos, RN. ; Alvarenga, SM. ; Perallis, VRC. ; Pinheiro, DG. ; da Silva IT ; Brandao, RM. ; Cunha, MAV. . miRNApath: a database of miRNAs, target genes and metabolic pathways. Genetics and Molecular Research , v. 6, p. 859-865, 2007.

  • de Vasconcelos, A. T. R. ; Guimaraes, ACR. ; Castelletti, CHM. ; Caruso, CS. ; Ribeiro, C. ; Yokaichiya, F. ; Armoa, GRG. ; Pereira, GSP. ; da Silva, IT. ; Schrago, CG. ; Fernandes, ALV. ; da Silveira, AR. ; Carneiro, AG. ; Gramkow, D. ; Lima, FJ.v ; Correa, LGG. ; Mudado, MA. ; Nehab-Hess, P. ; Souza, R. ; Correa, RL. . MamMiBase: a mitochondrial genome database for mammalian phylogenetic studies. Bioinformatics (Oxford) , v. 21, p. 2566-2567, 2005.

  • Brentani, H. ; Camargo, AA. ; Cabalero, OL. ; da Silva, AM ; da Silva, WA Jr. ; Dias Neto, E. ; Grivet, M. ; Gruber, A. ; Guimaraes, PE. ; Hide, W. ; Iseli, C. ; Jongeneel, CV. ; Kelso, J. ; Nagai, MA. ; Ojopi, EP. ; Osorio, EC. ; Reis, EMR. ; Riggins, GJ. ; Simpson, AJ ; de Souza, S. . The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , v. 100, p. 13418-13423, 2003.

  • SILVA, IT. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . BesTags : An Approach to Select Gene Specific Regions for Expression Analysis. In: 1st International Conference of The AB3C, 2005, Caxambu - MG. 1st International Conference of The AB3C, 2005.

  • Valente V ; Maia, R. M. ; Kodama, K. R. ; Molfetta G.A. ; Zanette, D. L. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, IT. ; PINHEIRO, D. G. ; Pereira, G. P. S ; Paco-Larson ML ; ZAGO, M. A. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . Itenfication of expressed sequence tags reresenting putative human micro-rna transcripts. In: IV São Paulo Research Conference Cancer totay from Molecular Biology to treatment, 2005. IV São Paulo Research Conference Cancer totay from Molecular Biology to treatment, 2005.

  • HOLANDA, A. J. ; SILVA, IT. ; COSTA, M. C. R. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; GUIMARAES, P. E. M. ; DIAS NETO, Emmanuel ; ZAGO, M. A. . Identificação de Polimorfismos de Nucleotídeos Únicos (SNPs) em Regiões Codificadoras de Genes Humanos. In: VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002, Natal. VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002.

  • Israel T Silva ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JR, W. A. . A computational approach to identify transposable element insertions in cancer cells. In: Beyond the Genome 2011, 2011, Rockville. A computational approach to identify transposable element insertions in cancer cells, 2011.

  • Garcia, FB ; Kashima, S ; da Silva IT ; Malta, TM ; Nicolette, LDF ; Covas, DT ; Moraes-Souza, H . Novos Polimorfismos na Região Promotora do Gene da Perforina em Grupos Populacionais Brasileiros. In: IV Encontro de Pesquisadores/III Seminário de Iniciação Científica, 2009, Belo Horizonte. Novos Polimorfismos na Região Promotora do Gene da Perforina em Grupos Populacionais Brasileiros, 2009.

  • Rodrigues, EV ; Kashima, S ; Malta, TM ; Figueiredo, LD ; Garcia, FB ; da Silva IT ; Takayanagui, OM ; Covas, DT . Perforin and Granzyme B Gene Variations and Their Association with the Progression of the Disease in HTLV-1 Infected Individuals. In: 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009, Salvador. Perforin and Granzyme B Gene Variations and Their Association with the Progression of the Disease in HTLV-1 Infected Individuals, 2009.

  • Nicolette, LDF ; Zanette, DL ; Covas, DT ; da Silva IT ; Takayanagui, OM ; Azevedo, R. ; Kashima, S ; Malta, TM . Deregulation of HSA-MIR-125b in Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 Infection. In: 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009. 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses.

  • Malta, TM ; Santos, ARD ; Pinheiro, DG. ; Covas, DT ; da Silva IT ; Nicolette, LDF ; Takayanagui, OM ; Azevedo, R. ; Panepucci, RA ; Kashima, S . Identification of Actived Genes in CD8+ T Cells Isolated From HTLV-1 Infected Individuals. In: 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009, Slavador. Identification of Actived Genes in CD8+ T Cells Isolated From HTLV-1 Infected Individuals, 2009.

  • Malta, TM ; da Silva IT ; Pinheiro DG ; Panepucci, RA ; Azevedo, R. ; Nicolette, LDF ; Santos, ARD ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Kashima, S . Incresead Expression of Cytolytic Genes in Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Patients with HAM/TSP. In: 7th International Congress of Pharmaceutical Sciences, 2009, Ribeirão Preto. Incresead Expression of Cytolytic Genes in Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Patients with HAM/TSP, 2009.

  • Malta, TM ; Rodrigues, ES ; da Silva IT ; Pinheiro, DG. ; Panepucci, RA ; Azevedo, R. ; Garcia, FB ; Nicolette, LDF ; Santos, ARD ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Kashima, S . Expressão Elevada de Moléculas Citolíticas e Correlação com SNPs em Pacientes Infectados pelo Vírus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1 (HTLV-1) com HAM/TS. In: 10o Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina, 2009, Ribeirão Preto. Expressão Elevada de Moléculas Citolíticas e Correlação com SNPs em Pacientes Infectados pelo Vírus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1 (HTLV-1) com HAM/TS, 2009.

  • Ferreira, AF ; Silva-Júnior, W A ; da Silva IT ; Simões, BP ; Zanichelli, MA ; Colassanti, MD ; Hamerschlak, N ; Amarante-Mendes, G ; Covas, DT ; Kashima, S ; Souza, AM ; Castro, FA . MicroRNA Expression in BCR-ABL Cells: Association to Apoptosis Resistance and CML Physiopathology. In: Congresso Brasileiro de Hematologia e Hemoterapia, 2009, Florianópolis. MicroRNA Expression in BCR-ABL Cells: Association to Apoptosis Resistance and CML Physiopathology, 2009.

  • Malta, TM ; da Silva IT ; Pinheiro, DG. ; Panepucci, RA ; Azevedo, R. ; Santos, ARD ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Haddad, SK . Gene Expression Profile CD8+ T-cells Isolated from Human T-cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Infected Individuals. In: X Simpósio Internacional sobre HTLV no Brasil, 2008, Rio de Janeiro. Gene Expression Profile CD8+ T-cells Isolated from Human T-cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Infected Individuals, 2008. v. 12. p. 3-3.

  • Nicolette, LDF ; Azevedo, R. ; da Silva IT ; Zanette, DL ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Haddad, SK . Identification of Human MicroRNA in Tax Region of The Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1). In: X Simpósio Internacional sobre HTLV no Brasil, 2008, Rio de Janeiro. The Brazilian Journal of Infectious Diseases, 2008. v. 12. p. 03-03.

  • Andrade, AVG ; Orellana, MD ; Kashima, S ; Palma, PVB ; Solano, KR ; Caruso, CS. ; Azevedo, R. ; da Silva IT ; Peres, LC ; Neder, L ; Covas, DT . Morfologia, Fenótipo, Potencial Proliferativo e Expressão Gênica de Células Mesenquimais Estromais Multipotentes Obtidas da Medula Óssea do Adulto, da Veia do Cordão Umbilical e de Diversos Tecidos Fetais. In: Congresso Brasileiro de Hematologia e Hemoterapia, 2008, São Paulo. Morfologia, Fenótipo, Potencial Proliferativo e Expressão Gênica de Células Mesenquimais Estromais Multipotentes Obtidas da Medula Óssea do Adulto, da Veia do Cordão Umbilical e de Diversos Tecidos Fetais, 2008.

  • SILVA, IT. . Mining SNPs from ESTs. In: 3rd International Conference of Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. 3rd International Conference of Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

  • Almeida LM ; SILVA, IT. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; Carareto CM ; Amaral ME . First analysis of the presence of transposable elements in Bos taurus coding gene. In: 1st International Conference/Workshop - Genomic Impact Of Eukaryotic Transposable Elements, 2006, California. First analysis of the presence of transposable elements in Bos taurus coding gene, 2006.

  • SILVA, IT. ; BARRERA, J. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . ClusterMining: A framework to clustering and analysis of gene expression data. In: 1st International Conference of the AB3C / X-meeting, 2005, Caxambu. 1st International Conference of the AB3C, 2005.

  • VALENTE, V. ; Maia, R. M. ; Kodama, K. R. ; Molfetta, G. A. ; Zanette, D. L. ; Santos, A. R. D. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, IT. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . Identification of expressed sequence tags representing putative human micro-RNA transcripts. In: IV São Paulo Research Conference Cancer Today, 2005, São Paulo. IV São Paulo Research Conference Cancer Today, 2005.

  • SILVA, IT. ; PINHEIRO, D. G. ; CUNHA, M. A. V. ; BRANDAO, R. M. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . SNPMining: Mining Single Nucleotide Polymorphism in ESTs. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

  • PINHEIRO, D. G. ; SILVA, IT. ; FACELI, K. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . H2G: A Tool to Identify Hyper and Hypo Expressed Genes on SAGE datasets. In: nternational Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. nternational Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

  • PINHEIRO, D. G. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, IT. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . Sistema Genérico de Anotação de ESTs. In: VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002, Natal. VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002.

  • COSTA, M. C. R. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; HOLANDA, A. J. ; SILVA, IT. ; ULIANA, R. ; SOUZA, S. J. ; DIAS NETO, Emmanuel ; SIMPSON, A. J. G. ; ZAGO, M. A. . Identification of Coding Single Nucleotide Polymorphisms (cSNPs) in Genes Expressed in Tumoral Cells Using the HCGP-ORESTES Database. In: Brazilian International Genome Conference, 2001, Angra dos Reis. Brazilian International Genome Conference, 2001.

  • COSTA, M. C. R. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; HOLANDA, A. J. ; SILVA, IT. ; DIAS NETO, Emmanuel ; SIMPSON, A. J. G. ; ZAGO, M. A. . Identificação de Polimorfismos de Base Única (SNPs) na Região Codificadora de Genes Expressos em Células Tumorais Utilizando um Banco de Dados de ORESTES. In: 46 Congresso nacional de Genética, 2000, Águas de Lindóia. Genetics and Molecular Biology, 2000.

  • SILVA, ISRAEL T. . Medicina personalizada e análise de transcriptomas e genomas humanos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SILVA, ISRAEL T. . Linha de Pesquisa em Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Israel T Silva . Como a Bioinformática pode ajudar a compreender o câncer. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Israel T Silva . Linhas de Pesquisa em Bioinformática. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Israel T Silva . Bioinformatics analysis to detect additional sources of genomic instability in Lymphoma. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SILVA, IT. . Ferramentas de Bioinformática para identificação de transcritos híbridos ( trans-splicing ). 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SILVA, IT. . SNPIndex: Um Aplicativo para Triagem de Mutações. 2003. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

Outras produções

SILVA, IT. ; Oliveira, TYK. ; Vêncio, RZN ; Molfetta, G. A. ; SILVA JR, W. A. . ProbFAST: Probabilistic Functional Analysis System Tool. 2010.

SILVA, IT. ; BARRERA, J. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . ClusterMining: A framework to clustering and analysis of gene expression data. 2005.

SILVA, IT. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . SNPMining: Search Engine Single Nucleotide Polymorphism. 2004.

SILVA, IT. ; BRANDAO, R. M. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . BesTags: A Bioinformatic Approach to Select Gene Regions as Tags for Expression Analysis.. 2004.

SILVA, IT. . MamMiBase: a mitochondrial genome database for mammalian phylogenetic studies. 2003.

SILVA, IT. ; CUNHA, M. A. V. ; PINHEIRO, D. G. ; HOLANDA, A. J. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . SNPIndex : Automated Pipeline for reliable SNP detection. 2002.

SILVA, IT. . 12 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP. 2004.

SILVA, IT. . Introdução à Programação Perl - Tipos e Estrutura de Dados. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

SILVA, IT. . Uma Abordagem Computacional para Identificação de SNPs ( Single Nucleotide Polymorphism). 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

SILVA, IT. . Identificação de SNPs. 2001. .

Projetos de pesquisa

  • 2016 - 2018

    Retrotransposons e enzimas de edição de ácidos nucléicos: ativação, eventos somáticos e associação com o câncer, Descrição: Os retrotransponíveis ou elementos móveis (MEs), representam uma constante ameaça à integridade do genoma hospedeiro pela sua capacidade mutagênica. Como mecanismo que busca assegurar esta integridade, um conjunto de enzimas de edição de ácidos nucléicos atua para inibir a atividade deletéria desses MEs. No entanto, este mesmo mecanismo de proteção à integridade do genoma, acaba sendo uma fonte crônica de danos pois é capaz de induzir mutações no DNA. A relação entre a ativação dos MEs e as mutações colaterais resultantes destas enzimas ainda não é totalmente esclarecida e precisa ser melhor explorada. Este projeto visa identificar e fornecer informações críticas para deduzir os agentes prejudiciais ao DNA, mecanismos moleculares casuais e, portanto, sugerir alvos terapêuticos adicionais para evitar eventos mutacionais desta natureza. Para alcançar esse objetivo, estruturaremos uma abordagem integrativa para interrogar o transcriptoma de 75 linhagens celulares, genoma e exoma total de 207 amostras (normal vs tumor) de pacientes com linfoma. No final, prentendemos expandir nosso conhecimento a respeito dos danos molelulares, apontando para novas alterações genômicas determinantes durante a formação e progressão nos tumores de células B.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Coordenador / DIAS NETO, Emmanuel - Integrante / ROSALES, RAFAELA. - Integrante / Rodrigo Drummond Couto Duarte - Integrante / Diana Noronha Nunes - Integrante / Renan Valieris Bueno de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2016 - Atual

    Epidemiologia e Genômica de Adenocarcinomas Gástricos no Brasil, Descrição: O adenocarcinoma gástrico (AdG) é um dos tumores com maiores índices de mortalidade. Apesar de possuir patogenia bem determinada, o conhecimento atual dos mecanismos moleculares que promovem sua gênese e evolução ainda não se traduziu em impacto significante sobre o diagnóstico, tratamento ou novas modalidades terapêuticas que fossem capazes de alterar o curso natural da doença. Este projeto visa aumentar de modo significativo o conhecimento acerca desta patologia, com enfoque na população brasileira, atualizando a sua epidemiologia. Agregaremos informação multidisciplinar relativa a novos agentes etiológicos e buscaremos alterações moleculares da doença familiar ou de ocorrência em idades precoces, investigando marcadores de resposta à quimioterapia neoadjuvante e pesquisando fatores relacionados ao prognóstico e diversidade de seus diferentes tipos histopatológicos - sempre buscando obter algum impacto no diagnóstico e na terapia dos pacientes. Para tal, estruturamos uma rede colaborativa envolvendo centros em São Paulo, Fortaleza, e Belém, onde coletaremos dados epidemiológicos detalhados de mais de 2000 pessoas. Para as amostras do AC Camargo além dos questionários, coletaremos fluidos biológicos e tecidos que serão analisados com técnicas modernas de patologia, metagenômica, genômica, epigenômica. Analisaremos vesículas extracelulares e células tumorais circulantes e todos os dados serão avaliados dentro de um contexto de ancestralidade genômica, fundamental para uma população miscigenada como a brasileira. Nosso objetivo final é contribuir para que os pacientes desta doença, com desfecho atual quase sempre letal, tenham tratamento mais eficiente.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Integrante / DIAS NETO, Emmanuel - Coordenador / Maria Isabel Alves de Souza Waddington Achatz - Integrante / Ana Cristina Victorino Krepischi - Integrante / Diana Noronha Nunes - Integrante / Maria Paula Curado - Integrante / ADRIANE GRAICER PELOSOF - Integrante / Daniel Diniz de Carvalho - Integrante / Danielle Queiroz Calcagno - Integrante / Dirce Maria Carraro - Integrante / Eduardo Martín Tarazona Santos - Integrante / Elisa Napolitano e Ferreira - Integrante / Felipe José Fernandez Coimbra - Integrante / Fernando Augusto Soares - Integrante / Helano Carioca Freitas - Integrante / Jorge Estefano Santana de Souza - Integrante / João Carlos Setubal - Integrante / Ludmilla Thomé Domingos Chinen - Integrante / Luiz Gonzaga Vaz Coelho - Integrante / Maria Dirlei Ferreira de Souza Begnami - Integrante / Michele Christine Landemberger - Integrante / Paulo Pimentel de Assumpção - Integrante / Rodrigo Drummond Couto Duarte - Integrante / Rodrigo Fernandes Ramalho - Integrante / Rommel Mario Rodríguez Burbano - Integrante / Ronaldo de Albuquerque Ribeiro - Integrante / Samia Demachki - Integrante / Sandro José de Souza - Integrante / Silvia Regina Rogatto - Integrante / Tiago Góss dos Santos - Integrante / Vilma Regina Martins - Integrante / Wilson Luiz da Costa Junior - Integrante.

  • 2009 - 2011

    Rede GENOPROT: Oncogenômica aplicada à terapia de carcinomas de cabeça e pescoço, Descrição: Edital MCT/CNPq/CT-AGRO/CT-BIOTEC no. 42/2009 - Rede GENOPROT Desenvolvimento de pesquisas conjuntas, especificamente relacionadas com a busca de biomarcadores de diagnóstico, prognóstico e que possam também ser usados como alvos terapêuticos aplicado ao tratamento de carcinomas de cabeça e pescoço. O estudo focalizará na análise dos mecanismos genéticos e epigenéticos que regulam o transcriptoma e o secretoma em carcinomas de cabeça e pescoço... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Integrante / Silva Jr, Wilson A - Coordenador / Pinheiro, DG. - Integrante / Panepucci, RA - Integrante / Andrea Kely Ribeiro dos Santos - Integrante / Luciano Neder - Integrante / josé Cesar Rosa - Integrante / Rui Celso M. Mamede - Integrante / David Livingstone Alves Figueiredo - Integrante / Jose Eduardo Tanus dos Santos - Integrante.

  • 2008 - 2011

    Análise anátomo-funcional do genoma de uma linhagem de carcinoma ductal de mama, Descrição: A combinação dos dados de expressão e da estrutura genômica das células tumorais pode elucidar pontos obscuros sobre os mecanismos genéticos associados com a progressão tumoral. Deste modo, propomos neste projeto a montagem completa e anotação do genoma de uma linhagem de carcinoma de mama e de uma linhagem normal linfóide, seguido da análise anatômica e de expressão para identificar biomarcadores ou vias metabólicas que possam auxiliar no diagnóstico, na classificação e no tratamento do câncer de mama... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Integrante / Pinheiro DG - Integrante / Silva Jr, WA. - Coordenador / Pinheiro, DG. - Integrante / Panepucci, RA - Integrante / Adriana Aparecida Marques - Integrante / Dalila L. Zanette - Integrante / Anemari R. D. Santos - Integrante / Gislaine da Silva Pimentel Pereira - Integrante / Thiago Yukio K Oliveira - Integrante / Meire Vieira de Carvalho Tarlá - Integrante / Carla Martins Kaneto - Integrante / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Cristiane Ayres Ferreira - Integrante.

  • 2003 - 2005

    Uma abordagem de BioInformática para selecionar regiões gênicas como alvos de análise de Microarray., Descrição: Desenvolvimentos de aplicativos para análise de sequências alvos para Microarray.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Integrante / Wilson Araújo da Silva Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2002 - 2003

    Genome Data Mining, Descrição: O projeto desenvolvido para criar uma plataforma contendo com conjunto de aplicativos destinados a analisar dados de seqüência de DNA gerados pelo nosso grupo e de seqüências provenientes de banco de dados públicos. Os aplicativos desenvolvidos estão disponíveis no site: http://gdm.fmrp.usp.br. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Integrante / Silva Jr, WA. - Coordenador / Pinheiro, DG. - Integrante / Brandao, RM. - Integrante / Cunha, MAV. - Integrante.

  • 2001 - 2002

    Laboratório Associado de Bioinformática no Programa Humano do câncer, Descrição: O projeto tinha como objetivo principal identificar genes com expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais. Tais genes podem ser caracterizados como excelentes alvos terapêuticos. O método usado para analisar o perfil de expressao gênica foi o SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). O projeto tinha tambem o compromisso de consolidar o grupo de bioinformática motivando os alunos a desenvolverem ferramentas para facilitar as análises de expressão gênica. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Integrante / Silva Jr, WA. - Coordenador / Pinheiro, DG. - Integrante.

Prêmios

2019

Joint Excellence in Science and Humanities (JESH), Austrian Academy of Sciences.

2010

Prêmio Jovem Geneticista 2010 - menção honrosa, Sociedade Brasileira de Genética & GE Healthcare Life Sciences.

2006

Prêmio Jovem Geneticista 2007/ GE Healthcare Live Sciences, Sociedade Brasileira de Genética e GE Healthcare.

2005

Young Investigator Award for Excellence in Research, IV São Paulo Research Conference Cancer today, from Molecular Biology for treatment.

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Fundação Antônio Prudente, Hospital AC Camargo, Centro Internacional de Pesquisa. , Rua Taguá, 440, Liberdade, 01508010 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 21895000, Ramal: 2973, URL da Homepage:

Experiência profissional

2015 - Atual

Fundação Antônio Prudente

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico Sênior, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 04/2015

    Pesquisa e desenvolvimento, Hospital AC Camargo, Centro Internacional de Pesquisa.,Linhas de pesquisa

  • 11/2016 - 12/2016

    Ensino, Oncologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática aplicada ao estudo da genômica do câncer

  • 09/2015 - 11/2015

    Ensino, Oncologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática Aplicada ao Estudo da Genômica do Câncer

2015 - Atual

Rockefeller University

Vínculo: Member of the Adjunct Faculty, Enquadramento Funcional: Member of the Adjunct Faculty

2014 - 2015

Rockefeller University

Vínculo: Research Associate, Enquadramento Funcional: Research Associate, Carga horária: 35, Regime: Dedicação exclusiva.

2012 - 2014

Rockefeller University

Vínculo: Postdoctoral Associate, Enquadramento Funcional: Postdoctoral Associate, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2008 - 2011

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Pesquisador Técnico Científico, Carga horária: 40

2005 - 2008

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Especialista em Bioinformática, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2003 - 2004

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Treinamento Tecnológico, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2001 - 2003

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor, Carga horária: 40

Atividades

  • 01/2005 - 03/2008

    Estágios , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto.,Estágio realizado, Paricipação em projetos de pesquisa envolvendo planejamento e desenvolvimento de softwares, modelagem e gerenciamento de dados, apllicação de ferramentas computacionais de Bioinformática na análise de dados biolõgicos.

  • 01/2003 - 12/2004

    Estágios , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto.,Estágio realizado, Participação em Projetos de Pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular. Bolsa:Treinamento Técnico (FAPESP/TT-4).

  • 06/2001 - 01/2003

    Estágios , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto.,Estágio realizado, Atividades de pesquisa e desenvolvimento realizado no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular.

2011 - 2011

Centro Universitário Barão de Mauá

Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Universitário, Carga horária: 14

2010 - 2010

Centro Universitário Barão de Mauá

Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 6

2010 - 2010

Centro Universitário Barão de Mauá

Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Universitário, Carga horária: 12

2010 - 2010

Centro Universitário Barão de Mauá

Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Universitário, Carga horária: 14

2007 - 2007

Centro Universitário Barão de Mauá

Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 6

2006 - 2006

Centro Universitário Barão de Mauá

Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 30

Atividades

  • 02/2011 - 12/2011

    Ensino, Tecnologia em análise e Desenvolvimento de Sistema, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Sistemas Operacionais

  • 02/2011 - 12/2011

    Ensino, Sistemas para Internet, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Sistemas Operacionais

  • 02/2011 - 12/2011

    Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Estrutura de Dados e Algoriitmos, Hipermídia, Laboratório de Computação, Matemática Discreta, Projeto e Construção de Compiladores

  • 08/2010 - 08/2010

    Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Matemática Discreta, Projeto e Construção de Compiladores, Linguagem de Programação II, Hipermídia

  • 02/2010 - 06/2010

    Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Hipermídia, Linguagem de Programação II, Projeto e Construção de Compiladores

  • 02/2010 - 02/2010

    Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática

  • 09/2007 - 10/2007

    Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática, Biotecnologia

  • 07/2006 - 08/2006

    Ensino, Genética Humana, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática

2007 - 2007

UNIVERSIDADE DE FRANCA

Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 8

2006 - 2006

UNIVERSIDADE DE FRANCA

Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 8

Atividades

  • 05/2007 - 05/2007

    Ensino, Biologia Molecular e Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática

  • 06/2006 - 06/2006

    Ensino, Biologia Molecular e Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática

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