João Victor da Silva Guerra

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Produções bibliográficas

• RIBEIRO-FILHO, HELDER V. ; COIMBRA, LAIS D. ; CASSAGO, ALEXANDRE ; ROCHA, REBECA P. F. ; GUERRA, JOÃO VICTOR DA SILVA ; DE FELICIO, RAFAEL ; CARNIELI, CAROLINA MORETTO ; LEME, LUIZA ; PADILHA, ANTONIO CLÁUDIO ; PAES LEME, ADRIANA F. ; TRIVELLA, DANIELA B. B. ; PORTUGAL, RODRIGO VILLARES ; LOPES-DE-OLIVEIRA, PAULO SÉRGIO ; MARQUES, RAFAEL ELIAS . Cryo-EM structure of the mature and infective Mayaro virus at 4.4- resolution reveals features of arthritogenic alphaviruses. Nature Communications , v. 12, p. 3038, 2021.

• GUERRA, JOÃO V. S. ; DIAS, MARIELI M. G. ; BRILHANTE, ANNA J. V. C. ; TERRA, MAIARA F. ; GARCÍA-ARÉVALO, MARTA ; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M. . Multifactorial Basis and Therapeutic Strategies in Metabolism-Related Diseases. Nutrients , v. 13, p. 2830, 2021.

• DE SÁ PEREIRA, BRUNA MARIA ; MONTALVÃO DE AZEVEDO, RAFAELA ; DA SILVA GUERRA, JOÃO VICTOR ; FARIA, PAULO A. ; SOARES-LIMA, SHEILA COELHO ; DE CAMARGO, BEATRIZ ; MASCHIETTO, MARIANA . Non-coding RNAs in Wilms? tumor: biological function, mechanism, and clinical implications. JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE-JMM , v. 99, p. 1043-1055, 2021.

• GUERRA, JOÃO VICTOR DA SILVA ; RIBEIRO-FILHO, HELDER VERAS ; JARA, GABRIEL ERNESTO ; BORTOT, LEANDRO OLIVEIRA ; PEREIRA, JOSÉ GERALDO DE CARVALHO ; LOPES-DE-OLIVEIRA, PAULO SÉRGIO . pyKVFinder: an efficient and integrable Python package for biomolecular cavity detection and characterization in data science. BMC BIOINFORMATICS , v. 22, p. 607, 2021.

• GUERRA, JOÃO VICTOR DA SILVA ; RIBEIROFILHO, HELDER VERAS ; BORTOT, LEANDRO OLIVEIRA ; HONORATO, RODRIGO VARGAS ; PEREIRA, JOSÉ GERALDO DE CARVALHO ; LOPES-DE-OLIVEIRA, PAULO SÉRGIO . ParKVFinder: A thread-level parallel approach in biomolecular cavity detection. Softwarex , v. 12, p. 100606, 2020.

• GUERRA, JOÃO V.S. ; OLIVEIRA-SANTOS, JOSÉ ; OLIVEIRA, DANYLLO F. ; LEAL, GABRIELA F. ; OLIVEIRA, JOÃO RICARDO M. ; COSTA, SILVIA S. ; KREPISCHI, ANA C.V. ; VIANNA-MORGANTE, ANGELA M. ; MASCHIETTO, MARIANA . DNA methylation fingerprint of monozygotic twins and their singleton sibling with intellectual disability carrying a novel KDM5C mutation. European Journal of Medical Genetics , v. 63, p. 103737, 2020.

• GUERRA, JOÃO VICTOR DA SILVA ; PEREIRA, BRUNA MARIA DE SÁ ; CRUZ, JÉSSICA GONÇALVES VIEIRA DA ; SCHERER, NICOLE DE MIRANDA ; FURTADO, CAROLINA ; MONTALVÃO DE AZEVEDO, RAFAELA ; OLIVEIRA, PAULO SERGIO LOPES DE ; FARIA, PAULO ; BORONI, MARIANA ; DE CAMARGO, BEATRIZ ; MASCHIETTO, MARIANA . Genes Controlled by DNA Methylation Are Involved in Wilms Tumor Progression. Cells , v. 8, p. 921, 2019.

• RIBEIRO FILHO, H.V. ; GUERRA, J.V. ; CAGLIARI, R. ; BATISTA, F.A.H. ; LE MAIRE, A. ; OLIVEIRA, P.S.L. ; FIGUEIRA, A.C.M. . Exploring the mechanism of PPAR phosphorylation mediated by CDK5. JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY , v. 207, p. 317-326, 2019.

• PEREIRA, B. M. S. ; GUERRA, J. V. S. ; SCHERER, N. M. ; FURTADO, C. ; Azevedo, R. M. ; FARIA, P. A. ; BORONI, M. ; CAMARGO, B. ; MASCHIETTO, M. . Genes Controlled by DNA Methylation are Involved with Formation of Metastasis in Wilms Tumor. In: 51st Congress of the International Society of Paediatric Oncology (SIOP), 2019, Lyon. Abstracts from the 51st Congress of the International Society of Paediatric Oncology (SIOP) Lyon, France, October 23-26, 2019, 2019. v. 66. p. 375.

• PEREIRA, B. M. S. ; GUERRA, J. V. S. ; LIMA, S. C. S. ; SCHERER, N. M. ; FURTADO, C. ; Azevedo, R. M. ; FARIA, P. A. ; BORONI, M. ; CAMARGO, B. ; MASCHIETTO, M. . Genes controlled by DNA methylation are involved with Wilms tumor progression. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. 2018 International Congress of Genetics. FOZ DO IGUAÇU: SOCIEDADE BRASILEIRA DE GENÉTICA, 2018.

• GUERRA, J. V. S. ; Azevedo, R. M. ; FARIA, P. A. ; CAMARGO, B. ; MASCHIETTO, M. . Changes in DNA Methylation May be Associated with Progression of Wilms Tumors. In: 49th Congress of the International Society of Paediatric Oncology (SIOP), 2017, Washington. Pediatric Blood & Cancer, 2017. v. 6. p. 405.

• GUERRA, J. V. S. ; SANTOS, J. ; FERRAZ, G. ; OLIVEIRA, D. F. ; KREPISCHI, A. C. V. ; VIANNA-MORGANTE, A. M. ; MASCHIETTO, M. . Germline KDM5C mutation associated with X-linked intellectual disability results in disruption of methylation profiling. In: Brazilian-International Congress of Genetics, 2016, Caxambu. Genética 2016 - Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2016.

• GUERRA, J. V. S. ; Azevedo, R. M. ; FARIA, P. A. ; CAMARGO, B. ; MASCHIETTO, M. . Characterization of methylation profile during progression of Wilms tumors. In: XXIV Congresso de Iniciação Científica da UNICAMP, 2016, Campinas. XXIV Congresso de Iniciação Científica da UNICAMP. Campinas: UNICAMP, 2016.

• GUERRA, J. V. S. ; COSTA, A. C. ; ANDRADE, R. R. . AVALIAÇÃO DA HIDRÓLISE ENZIMÁTICA DE BAGAÇO PRÉ-TRATADO COM PERÓXIDO DE HIDROGÊNIO ALCALINO CONSIDERANDO ALTAS CARGAS DE SÓLIDOS. In: X Congresso Brasileiro de Engenharia Química em Iniciação Científica, 2013, Vassouras (RJ). X Congresso Brasileiro de Engenharia Química em Iniciação Científica, 2013.

• GUERRA, J. V. S. ; Azevedo, R. M. ; FARIA, P. A. ; CAMARGO, B. ; MASCHIETTO, M. . CHARACTERIZATION OF METHYLATION PROFILE DURING PROGRESSION OF WILMS TUMORS. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• GUERRA, J. V. S. ; SANTOS, J. ; FERRAZ, G. ; OLIVEIRA, D. F. ; KREPISCHI, A. C. V. ; VIANNA-MORGANTE, A. M. ; MASCHIETTO, M. . GERMLINE KDM5C MUTATION ASSOCIATED WITH X-LINKED INTELLECTUAL DISABILITY RESULTS IN DISRUPTION OF METHYLATION PROFILING. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• GUERRA, J. V. S. ; ANDRADE, R. R. ; COSTA, A. C. . MODELAGEM MATEMÁTICA DA HIDRÓLISE ENZIMÁTICA DE BAGAÇO PRÉ-TRATADO COM PERÓXIDO DE HIDROGÊNIO ALCALINO COM ALTAS CARGAS DE SÓLIDOS. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• GUERRA, J. V. S. ; ANDRADE, R. R. ; COSTA, A. C. . AVALIACAO DA HIDROLISE ENZIMATICA DE BAGACO PRE- TRATADO COM PEROXIDO DE HIDROGENIO ALCALINO CONSIDERANDO ALTAS CARGAS DE SOLIDOS. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Projetos de pesquisa

• 2018 - 2021

  Detecção e caracterização de cavidades proteicas através de computação paralela e descritores moleculares, Descrição: A prospecção e caracterização de sítios de ligação são tarefas essenciais na análise estrutural de proteínas, permitindo uma melhor compreensão das complexas interações macromoleculares. Características topológicas e físico-químicas apresentadas na interface de contato ditam as funções das proteínas. O avanço da proteômica na última década tem trazido à tona um repositório praticamente inesgotável de possíveis alvos para fármacos e o desenvolvimento de métodos computacionais para prospecção e caracterização de sítios de ligação em proteínas é essencial para descoberta e melhoramento de fármacos além de para aprofundar os conhecimentos acerca da função de uma determinada proteína. Os programas desenvolvidos para prospecção de cavidades são divididos em três categorias de acordo com o método aplicado: geométricos, energéticos ou evolutivos, além de combinações dos mesmos. O programa KVFinder, desenvolvido em nosso laboratório, utiliza uma abordagem geométrica, tem código livre e aberto e é distribuído gratuitamente. Com a finalidade de garantir máxima usabilidade foi desenvolvida uma interface gráfica para o software de visualização PyMOL. A prospecção é feita através de voxels, aplicando-se um sistema de dupla sonda, resultando na inserção da proteína a ser analisada em duas grades tridimensionais distintas, que ao final são subtraídas para a caracterização das cavidades. A implementação atual do KVFinder é baseada em computação serial e a natureza geométrica do algoritmo gera uma alta demanda por recursos computacionais. Esta proposta de pesquisa visa melhorar o programa KVFinder com a obtenção dos seguintes objetivos: 1) Criação de uma versão paralela do software, desde que que as operações matriciais do algoritmo podem ser aplicadas em cada voxel de maneira independente; 2) Utilização de características físico-químicas para identificar cavidades relevantes e guiar o desenho racional de fármacos, Uma vez que as interações de uma cavidade são são regidas por essas características, que ao final, determinam a função biológica da proteína; 3) Criação de uma rotina para a avaliação de cavidades em uma trajetória obtida por simulação de dinâmica molecular. Desde que compreende-se que a dinâmica das cavidades é uma componente essencial para o entendimento de suas interações, pois a flexibilidade estrutural permite a adaptação das proteínas aos ligantes faz com que a avaliação dinâmica das modificações topológicas das cavidades seja extremamente relevante, aliado ao fato de que a paralelização do algoritmo obtida no objetivo 1 torna este objetivo exequível e; 4) A implementação e distribuição do KVFinder como uma plataforma web e como um web service, possibilitando a análise de dados de larga escala para o usuário não especializado em bioinformática. Por exemplo, a prospecção e caracterização de sítios de ligação em várias proteínas de uma mesma família ou grupo, com o objetivo de encontrar a conservação desses sítios, se tornaria plausível a pesquisadores da comunidade sem experiência em programação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Victor da Silva Guerra - Integrante / PAULO SÉRGIO LOPES DE OLIVEIRA - Coordenador / RODRIGO VARGAS HONORATO - Integrante / JOSÉ GERALDO DE CARVALHO - Integrante.

• 2016 - 2016

  Caracterização dos padrões de metilação durante a progressão tumoral de tumores de Wilms, Descrição: Os tumores de Wilms são tumores embrionários, que apresentam heterogeneidade morfolológica, com três componentes, blastematoso, epitelial e estromal. Mutações em genes conhecidos, como WT1, CTNNB1, WTX, DROSHA, SIX2, MYCN, TP53, e outros em menor proporção se sobrepõem e são encontrados em 30% dos casos analisados. Por outro lado, a perda do imprinting em 11p15, resultando na super-expressão de IGF2 é encontrada em cerca de 70% dos casos. Isoladamente, nenhuma das alterações é capaz de formar tumores em modelos animais. A metilação é associada com a plasticidade celular, ou seja, a capacidade de uma célula se adaptar às diferentes condições. A hipermetilação do promotor de CDH1 é responsável pela repressão da expressão de caderina-E, sendo este considerado como o primeiro passo do processo de transição epitélio-mesenquima associado com a formação de metástase. O objetivo deste projeto é caracterizar os perfis de metilação em tumores de Wilms, respectivos normais e metástases pulmonares em busca dos mecanismos envolvidos com a formação de metástases. Estas amostras vieram em uma colaboração com o Instituto Nacional do Câncer (INCA), Rio de Janeiro. Para tanto, será utilizada a lâmina HM450K BeadChip (Illumina), que interroga cerca de 485,000 sítios CpGs, em amostras parafinadas para permitir uma melhor caracterização morfológica das células que serão avaliadas. Para identificar as alterações de metilação, serão usados pacotes de análise de metilação disponíveis no Bioconductor (www.bioconductor.org).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: João Victor da Silva Guerra - Integrante / Mariana Maschietto - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2015 - 2015

  Caracterização dos padrões de metilação durante a progressão tumoral de tumores de Wilms, Descrição: Baseado no avanço das técnicas baseadas em microarray, plataformas robustas de metilação são capazes de medir quantitativamente a metilação do DNA. A detecção de genes aberrantemente metilados ao longo do genoma pode indicar possíveis candidatos a marcadores prognósticos ou terapêuticos, visto que a hipermetilação em promotores gênicos é relacionada ao silenciamento transcricional e sua ocorrência nos genes supressores tumorais está associada à iniciação e progressão de diversos tumores. Muitos estudos têm explorado a identificação de alterações na metilação do DNA como biomarcadores na detecção precoce de doenças, ferramentas alternativas para classificação tumoral, e biomarcadores preditivos da resposta ao tratamento. Para contribuir para a melhoria do conhecimento dos fatores associados com a progressão dos TWs, este projeto visa investigar o perfil de metilação global em amostras de tecido tumoral e normal de crianças portadoras de TW.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: João Victor da Silva Guerra - Integrante / Mariana Maschietto - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2014 - 2015

  Preparação de hidrogéis funcionais para detecção de fibras amilóides, Descrição: O projeto consiste na síntese e caracterização de polímeros hidrogéis como, por exemplo, scaffolds de engenharia de tecidos (engenharia genética) e superfícies diagnosticas para fibras amiloides. Interagindo com o grupo de pesquisa do professor Luke Andrew Connal, as atividades foram desenvolvidas com intuito de encontrar uma rota de síntese polimérica para o composto Congo Vermelho, o qual tem sido apontado como um inibidor da formação de fibras amilóides.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: João Victor da Silva Guerra - Integrante / Luke Andrew Connal - Coordenador.

• 2013 - 2014

  Modelagem matemática da hidrólise enzimática de bagaço pré-tratado com peróxido de hidrogênio alcalino considerando altas cargas de sólidos, Descrição: O trabalho teve como objetivo estudar a modelagem matemática da hidrólise enzimática do bagaço de cana-de-açúcar submetido ao pré-tratamento com peróxido de hidrogênio alcalino com altas cargas de sólidos. Em um trabalho anterior, Moreira Neto (2011) desenvolveu um modelo para hidrólise considerando baixas concentrações de sólidos. Pesquisas atuais têm mostrado que para atingir viabilidade econômica, a etapa de hidrólise deve ser realizada em concentrações superiores de sólidos. Desta forma, no projeto realizou-se a modelagem cinética da hidrólise enzimática utilizando dados experimentais considerando concentrações de sólidos mais altas (10%) e usando dados experimentais obtidos no projeto de iniciação científica (Avaliação da hidrólise enzimática de bagaço pré-tratado com peróxido de hidrogênio alcalino considerando altas cargas de sólidos, bolsa PIBIC 08/2012 a 07/2013, João Victor da Silva Guerra). Para esta finalidade foi utilizado o modelo de Moreira Neto (2011), e os parâmetros foram reestimados para representar condições com altas concentrações de sólidos. Os bagaços utilizados na hidrólise foram obtidos a partir do pré-tratamento para uma carga de sólidos de 15%, variando a temperatura reacional e as concentrações de peróxido de hidrogênio. Para a estimativa simultânea dos parâmetros cinéticos do modelo será utilizado o algoritmo genético (AG) Pikaia, desenvolvido em linguagem Fortran.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: João Victor da Silva Guerra - Integrante / ALINE CARVALHO DA COSTA - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2012 - 2013

  Avaliação da hidrólise enzimática de bagaço pré-tratado com peróxido de hidrogênio alcalino considerando altas cargas de sólidos, Descrição: No projeto avaliou-se as condições de pré-tratamento considerando 15% de sólidos na etapa de pré-tratamento e 10% de sólidos na etapa de hidrólise enzimática. Para a análise, foi realizado um planejamento fatorial 2^2+ponto central variando a concentração de peróxido (4%, 6%, 8%) e a temperatura (25oC, 50oC, 75oC) durante o pré-tratamento, e mantendo a carga enzimática fixa em 10 FPU/g bagaço de celulase e 25 CBU/g bagaço de -glicosidase. A resposta avaliada foi o rendimento em glicose obtido após a hidrólise enzimática. A análise dos dados obtidos usando o software Statistica foi realizada para determinar a influência dos fatores do pré-tratamento no rendimento obtido na etapa de hidrólise e determinou-se a necessidade de novos ensaios para otimização das condições de pré-tratamento.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: João Victor da Silva Guerra - Integrante / ALINE CARVALHO DA COSTA - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

Prêmios