Nicolas Carels

Possui graduação em Agronomia Geral - Faculte des Sciences Agronomiques de Gembloux (1984), doutorado em Genética Vegetal - Univerité Pierre et Marie Curie (Paris VI) (1999) e doutorado em Fitopatologia - Faculte des Sciences Agronomiques de Gembloux (1987), doutorado em Biotecnologia HEduBT (2000). Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: busca de padrões em genômica, Informação Mutua, cadeias de Markov, detecção automática de genes, tratamento de RNA-seq. No momento esta atuando principalmente no campo da bioinformática do câncer/// Graduated as an Agronomist from Faculté des Sciences Agronomiques de Gembloux (1984), PhD in Phytopathology from Faculté des Sciences Agronomiques de Gembloux (1987), in Plant Genetics from Univerité Pierre et Marie Curie (Paris VI) (1999) and in Biotechnology from HEduBT (2000). Has experience in Genetics (plant genotyping) and especially in Genomics (pattern search, mutual information, Markov chaines, automatic gene search and RNA-seq processing). At moment, he is mainly acting in the field of cancer bioinformatics.

Informações coletadas do Lattes em 15/01/2026

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Genética vegetal / PhD in Plant Genetics

1995 - 1999

Université Pierre et Marie Curie
Título: Organisation du génome des angiospermes / Genome organization of angiosperms
Orientador: Giorgio Bernardi
Bolsista do(a): Universite des reseaux d'expression Francaise, UREF, França. Palavras-chave: http://ebooks.ebookmall.com/ebook/188843-ebook.htm; Milho / Maize; Arabidopsis; Arroz / Rice; Centrifugação analitica / Analytic centrifugation; Composição em bases / Base composition. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genoma. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal. Setores de atividade: Agricultura, Pecuária, Produção Florestal, Pesca e Aqüicultura.

Doutorado em Fitopathologia / PhD in Phytopathology

1984 - 1987

Faculté des sciences agronomiques de Gembloux
Título: Contribution à l'étude des facteurs de résistance parmis les espèces de Beta, à l'égard de Cercospora beticola Sacc. / Contribution to the study of resistance factors to Cercospora beticola Sacc among the species of Beta
Orientador: Jean Semal
Bolsista do(a): Institut pour la Recherche Scientifique dans l'Industrie et l'Agriculture, IRSIA, Bélgica. Palavras-chave: http://www.bib.fsagx.ac.be/these/date/1991.html; Beterraba / Sugar beet; Cercosporiose / Leaf spot disease; Cercospora beticola; Calo autoregenerante / Autoregenerating callus; HPLC. Grande área: Ciências AgráriasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia. Setores de atividade: Produção Vegetal.

Graduação em Agronomia Geral / Graduation in Agronomy

1979 - 1984

Faculté des sciences agronomiques de Gembloux
Título: Utilisation des cultures in vitro en vue de la sélection de betteraves résistantes à Cercospora beticola Sacc. / Use of tissue culture for selective screening of sugar beet genotypes resistant to Cercospora beticola Sacc.
Orientador: Jean Semal

Curso técnico/profissionalizante

1976 - 1979

Ecole des Carrieres Electroniques

Pós-doutorado

2001

Pós-Doutorado. , Centro de Astrobiologia, CAB, Espanha. , Bolsista do(a): Instituto Nacional de Tecnica Aeroespacial, INTA, Espanha.

1992 - 1993

Pós-Doutorado. , Institut Jacques Monod, IJM, França. , Bolsista do(a): Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.

Formação complementar

2000 - 2000

Genome Analysis By High Throughput Techniques. (Carga horária: 48h). , European Molecular Biology Organization, EMBO, Alemanha.

1999 - 1999

Curso de Curta Duração. , European Association For Higher Education In Biotechnology, EDBT, Grã-Bretanha.

1997 - 1997

Curso de Curta Duração. , Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.

1996 - 1996

Curso de Curta Duração. , Centre de Cooperation Internationale En Recherche Agronomique Pour Le Devel, CIRAD, França.

1992 - 1993

Extensão universitária. , Ecole de Commerce Solvay, CEPAC, Bélgica.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Italiano

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Francês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Holandês

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformatica.

Grande área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Fitopatologia.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Ecologia / Subárea: Bioremediacao.

Organização de eventos

SILVA, F. A. B. ; CARELS, N. ; LOPES JPF ; SANTOS, M. T. . III International Course on Theoretical and Applied Aspects of Systems Biology - 2019. 2019. (Congresso).

SILVA, F. A. B. ; CARELS, N. ; Paes Silva Junior F . International Course on Theoretical and Applied Aspects of Systems Biology. 2017. (Congresso).

Participação em eventos

BrazmedChem. Structural characteriation of Hsp90b and molecular interactions with geldanamycin and tanespimycin: A computational study. 2023. (Congresso).

International course on theoretical and applied aspects of system biology.Translational research for a cancer therapy using bioinformatics. 2019. (Simpósio).

International course on theoretical and applied aspects of system biology.The challenge of translating system biology into targeted therapy of cancer. 2017. (Simpósio).

BIOMAT 2014.Entropy of protein networks in malignant cells of breast cancer and therapeutic treatment. 2014. (Simpósio).

BIOMAT 2013.Assessment of protein domain space through entropy based methods. 2013. (Simpósio).

BIOMAT 2012.The contribution of stop codon frequency and purine bias to the classification of coding sequences. 2012. (Simpósio).

BIOMAT 2011. The distribution of nucleotides according to triplet positions allows the classification of the coding frame.. 2011. (Congresso).

BIOMAT 2010.Universal features for coding DNA prediction. 2010. (Simpósio).

150 years of Darwin's evolutionary theory: a South American celebration. Universal features for the classification of coding and non-coding sequences. 2009. (Congresso).

54º Congresso Brasileiro de Genética. Construction and ESTs sequencing of a full length cDNA library from Jatropha curcas L. seeds: a strategic crop for large-scale biodiesel production. 2008. (Congresso).

VI Bienal de Pesquisa, Amazonia Evoluiçao e Diversidade.Metagenômica aplicada à doença de Chagas: desenvolvimento de metodologias para o estudo da flora intestinal do vetor. 2008. (Outra).

X-meeting. The Genome Comparison Project and the Protein World Database.. 2008. (Congresso).

Expert Group Meeting on Industrial Uses of Plants for the Production of Biomaterials.Adding value to biological resources in the southern Bahia. 2007. (Outra).

XLIII Congresso da sociedade Brasileira de Medicina Tropical. Profile of nucleotide substitution for pathogenicity diagnosis of Dengue virus (DENV). 2007. (Congresso).

1st International Conference of the AB3C. A New Tool for Species Independent Gene Finding for Crinipellis Perniciosa Genome Annotation. 2005. (Congresso).

51º Congresso Brasileiro de Genética. Confeção de bibliotecas BAC de solos de landfarm, Mata Atlântica e mangue impactados com petróleo visando obtenção de genes com aplicações biotecnológicas. 2005. (Congresso).

51º Congresso Brasileiro de Genética. Estabelecimento de uma metodologia em bioinformática para análise comparativa da biodiversidade de metagenomas de solos. 2005. (Congresso).

Congresso de Tecnologia e Inovação da Bahia. Métodos para identificação de gene independente de espécie. 2005. (Congresso).

XXXVIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia. Caracterização Molecular da Resistência do cacaueiro (Theobroma cacao) a vassoura-de-bruxa. 2005. (Congresso).

55 Congresso Brasileiro de Botânica. PÓS GENÔMICA DA INTERAÇÃO PLANTA-PATÓGENO: estudo do caso Theobroma cacao -Crinipellis perniciosa. 2004. (Congresso).

IEEE Workshop on Machine Learning for Signal Processing.Finding Gene Promoters in the Genome of the Fungus Crinipellis perniciosa using Feed-Forward Neural Networks. 2004. (Simpósio).

Proceedings of the Fourth Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology.The Coding Measure Power of Average Mutual Information and Power Spectral Analysis. 2004. (Seminário).

Proceedings of the Fourth Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology.A Method for Gene Detection based on Maximum Likelihood and A-star. 2004. (Simpósio).

III Semana de Informática da UESC.Reconhecimento de Padrões de Promotores de Eucariotos Utilizando Redes Neuronais Feed-Forward. 2003. (Seminário).

Molecular Evolution. Gene space of maize, dream or reality?. 2002. (Congresso).

2 x 2 horas do curso na universidade.Genome organization in eukaryotes. 2001. (Outra).

TMR Network Meeting.The Platipus genome, a practical approach. 2000. (Seminário).

TMR Network Meeting.On ultracentrifugation techiques to study the genome organization of eukaryote. 1998. (Seminário).

Participação em bancas

Aluno: Fernando Henrique Silva

da Mota, Fabio Faria;CARELS, N.; Brandão, A. A.. Perfil genômico de isolados clinicos de Klebsiella pneumoniae produtora de carbapenemases. 2024. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Lara da Mata Aredes Riguetti

Escobar, P.C.; da Câmara, A.Cl. J.;Carels, N.; Roque, A. L. R.. Sequência de Direcionamento Nuclear em GP63 de Leishmania (Viannia) braziliensis. 2024. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Márcia da Silva Chagas

Ruiz, J.C.; Albano, R.M.; Siqueira, M.C.; SANTOS, M. T.;Carels, N.. ANÁLISES DE FENÓTIPOS ATRAVÉS DE BACIAS DE ATRAÇÃO DO MODELO BOOLEANO DA REDE DE REGULAÇÃO GÊNICA DA PSEUDOMONAS AERUGINOSA CCBH4851. 2023. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Sarah Hannah Lucius Lacerda de Góes Telles Carvalho Alves

Vellasco, M.M.B.R.V.; Leite, K.T.F.; Boroni, M.;CARELS, N.; da Silva I.T.. Agrupamento fuzzy aplicado à integração de dados multiômicas. 2020. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

Aluno: Christian Sagave Mazzocco de Almeida

Mesquita, R.D.; Toesche, D.A.; Ocana, K.; Mota, F.F.;CARELS, N.. Análise do perfil filogenético de enzimas isofuncionais não homologas entre cepas patogênicas de Escherichia coli. 2020. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Luiz Henrique Oliveira Ferreira

CASTRO, MCS; SILVA, F. A. B.;CARELS, N; SILVA, D.. Modelagem de rede de regulação celular aplicada ao câncer de mama. 2019. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro.

Aluno: Fernanda Cristina Medeiros de Oliveira

Parente TE; Tschoeke DA; Santos AR; Albano RM;Carels, N.. Identificação de enzimas análogas e especificas em Mycobacterium abscessus como possíveis alvos terapêuticos. 2019. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Eloah Aguiar Soares da Silva

Pessolani, M.C.V.; Escobar, P.C.; Alves-Ferreira, M.;CARELS, N.; Lima, L.M.. Analise do efeito de mutaçoes pontuais no fenotipo de acetilaçao da N-acetiltransferase 2 humana. 2019. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Thiago Castanheira Merigueti

CARELS, N.; Vicente ACP; Senger H; GUIMARÃES, AC.R.; de Menezes, Marcio Argollo. Identificação de alvos terapêuticos para a bactéria multiresistente P. aeruginosa CCBH4851 através da análise de redes metabólicas. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Leandro Cesar Monteiro

Carels, N.; GUIMARÃES, AC.R.; Tschoeke D.; Encinas L.S.P.; Silva, F.P.. GenoMycDB 2.0 - Atualização de Tecnologia e Ampliação de Escopo. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Flávio Luiz Engelke Fonseca

GUIMARÃES, AC.R.; da Mota, Fabio Faria;Carels, N.. Utilização de Métodos de Comparação de Sequências para a Detecção de Genes Taxonomicamente Restritos.. 2011. Dissertação (Mestrado em Biologia) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro.

Aluno: Domenico Sgariglia Orientadores:

Pedreira, C.E.; SILVA, F. A. B.; Xexeo, G.B.; Da Silva, G.Z.;Carels, N.; MELLO, C. E. R.. OPTIMIZING THERAPEUTIC TARGETS FOR BREAST CANCER USING BOOLEAN NETWORK MODELS. 2024. Tese (Doutorado em Engenharia) - Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de Enganharia.

Aluno: Amanda Leal Ferreira

Gomes L.H.F.; Scherer, N.;Carels, N.. Identificação de biomarcadores prognósticos em pacientes com diagnóstico de NIC 2. 2023. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA EM SAÚDE) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: RAYANE DA SILVA ABREU

TILLI, T. M.;CARELS, NICOLAS; Scherer, N.; Silva, F.P.; Chaves, C.B.P.. Identificação de aptâmeros com aplicação no diagnóstico de tumor de ovário. 2022. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.

Aluno: Fernando Medeiros Filho

SILVA JUNIOR, F. P.; Fujita, A.; Nakaya H. T. I.;Carels, N.; Albano RM. Identificação e caracterização de alvos terapêuticos para Pseudomonas aeruginosa através da análise de modelos integrados. 2021. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.

Aluno: Rangeline Azevedo da Silva

Carels, N.; Caffarena, E.R.; Toesche, D.A.. MINERAÇÃO IN SILICO DE ENZIMAS ANÁLOGAS ESSENCIAIS NOS GENOMAS DE PATÓGENOS BACTERIANOS E FÚNGICOS DE Glycine max, Zea mays E Solanum lycopersicum. 2018. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Lia Lima Gomes

Santos L.M.L.; de Miranda S.S.; Morães M.O.; Ribeiro M.A.;Carels, N.. Caracterização fenotípica e gentílica de Mycobacterium tuberculosos Beijing do tipo ancestral e moderno. 2016. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Reinaldo Viana Alvares

MONDAINI, R. P.; de Farias, R.C.; Mondaini, L.;Carels, N.. Algoritmos de Stemming e Aplicações na Bioinformática. 2013. Tese (Doutorado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Márcia da Silva Chagas

CARELS, N.; SILVA, F. A. B.; Lopes F. Análise de fenótipos de virulência através de atratores do modelo Booleano da rede de regulação gênica de virulência da Pseudomonas aeruginosa CCBH 4851. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Scherer, N. M.;Carels, N.. Identificação de aptâmeros com aplicação no diagnóstico diferencial de tumor de ovário. 2021. Instituto Oswaldo Cruz.

ANTUNES, LUIS CAETANO M.; Fujita, A.;CARELS, N.. Identificaçao de alvos terapêuticos no clone endêmico brasileiro de Pseudomonas aeruginosa (ST277) através da analise de modelos integrados. 2019. Fundação Oswaldo Cruz.

Orientou

Ana Claudia Souza Servalo

Análise computacional das interações da fusicocina e de seus derivados obtidos por IA com a proteína 14-3-3β (YWHAB) no contexto do câncer de mama; 2025; Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, ; Orientador: Nicolas Carels;

Luís Zacarias do Amaral

Atracamento Molecular Virtual Assistido por Dados Experimentais; 2016; Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, ; Orientador: Nicolas Carels;

Kleber Alves Gomes

Identificação de genes envolvidos na biossíntese de ácidos graxos e desenvolvimento de marcadores microssatélites no pinhão-manso (Jatropha curcas L; ) visando sua utilização na produção de biodiesel / Identification of genes involved in the biosynthesis of fatty acids and development of microsatellite markers in physic nut (Jatropha curcas L; ) aiming their use in biodiesel production; 2009; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Santa Cruz, ; Coorientador: Nicolas Carels;

Ramon Vidal Oliveira

Identificação de genes eucariotas independentemente da especie de origem; 2006; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Santa Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia; Coorientador: Nicolas Carels;

Pascal Hatey

As propriedades de composição em bases das seqüências codificantes de plantas; 1996; Dissertação (Mestrado em Genética) - Université Paris Diderot, ; Coorientador: Nicolas Carels;

Abdelali Barakat

Organisação do genoma do milho; 1994; Dissertação (Mestrado em Genética) - Université Paris Diderot, ; Coorientador: Nicolas Carels;

Débora Passos de Mattos Menezes

Caracterização proteômica de trato digestivo de triatomíneos: aspectos da modulação do sistema imune humoral de Rhodnius prolixus infectado por Trypanosoma cruzi; 2021; Tese (Doutorado em CIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal Fluminense, ; Coorientador: Nicolas Carels;

Alessandra Jordano Conforte

Caracterização de alvos terapêuticos e modelagem de rede de sinalização no contexto da medicina personalizada do câncer; 2020; Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, ; Orientador: Nicolas Carels;

Larissa Catharina Costa

Busca de alvos proteicos para desenvolvimento de inibidores enzimáticos em sistemas hospedeiro-parasito; 2017; Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Nicolas Carels;

Simona Scala

As propriedades genômicas da diatome Phaeodactylum tricornutum; 2002; Tese (Doutorado em Genética) - Università degli Studi di Messina, ; Coorientador: Nicolas Carels;

Abdelali Barakat

Organisação do genoma das Graminae; 1998; Tese (Doutorado em Genética) - Université de Paris X, Nanterre, ; Coorientador: Nicolas Carels;

Júlia Badaró Mendonça

Estratégia experimental para identificar potenciais alvos de diagnóstico e tratamento do cäncer de mama; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - IBMR; Orientador: Nicolas Carels;

Roberto Santos de Araújo

Estudo do polimorfismo de seqüência no virus da Dengue; 2007; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - Universidade Estadual de Santa Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia; Orientador: Nicolas Carels;

Ramon Vidal Oliveira

A medida da função codificante do DNA por Informação Mutua e análise de Fourier; 2004; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Santa Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia; Orientador: Nicolas Carels;

Luciana Matos

Deteção de genes por maximo de verosemelhança e A-star; 2004; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Santa Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia; Orientador: Nicolas Carels;

João Vitor Oliveira Rodrigues

Processo de parametrização para seleção de ligantes para determinados alvos proteicos via aprendizado de máquina; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Federal Fluminense, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Nicolas Carels;

Produções bibliográficas

  • Sgariglia, Domenico ; CARNEIRO, FLAVIA RAQUEL GONÇALVES ; VIDAL DE CARVALHO, LUIS ALFREDO ; PEDREIRA, CARLOS EDUARDO ; CARELS, NICOLAS ; BARBOSA DA SILVA, FABRICIO ALVES . OPTIMIZING THERAPEUTIC TARGETS FOR BREAST CANCER USING BOOLEAN NETWORK MODELS. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY , v. 110, p. 108022, 2024.

  • CARELS, N. ; DA SILVA, GILBERTO FERREIRA ; LIMA, CARLYLE RIBEIRO ; da Silva, F. S. ; Magalhães, Milena ; Lemos, A. E. G. . Bioinformatics of infectious and chronic diseases at the Center for Technological Development in Health of Fiocruz. Journal of Information and Data Management - JIDM , v. 15, p. 1-10, 2024.

  • JUNIOR , MARCOS GUILHERME VIEIRA ; CÔRTES, ADRIANO MAURÍCIO DE ALMEIDA ; CARNEIRO, FLÁVIA RAQUEL GONÇALVES ; CARELS, NICOLAS ; SILVA, FABRÍCIO ALVES BARBOSA DA . Unveiling the Dynamics behind Glioblastoma Multiforme Single-Cell Data Heterogeneity. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 25, p. 4894, 2024.

  • Carels, N. . Assessing RNA-Seq Workflow Methodologies Using Shannon Entropy. BIOLOGY , v. 37, p. 482, 2024.

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  • VIEIRA JUNIOR, MARCOS GUILHERME ; DE ALMEIDA CÔRTES, ADRIANO MAURÍCIO ; GONÇALVES CARNEIRO, FLÁVIA RAQUEL ; CARELS, NICOLAS ; SILVA, FABRÍCIO ALVES BARBOSA DA . A method for in silico exploration of potential glioblastoma multiforme attractors using single-cell RNA sequencing. Scientific Reports , v. 14, p. 26003, 2024.

  • ADEL, SARAH ; CARELS, NICOLAS . Plant Tolerance to Drought Stress with Emphasis on Wheat. PLANTS , v. 12, p. 2170, 2023.

  • CARELS, NICOLAS ; Sgariglia, Domenico ; JUNIOR, MARCOS GUILHERME VIEIRA ; LIMA, CARLYLE RIBEIRO ; CARNEIRO, FLÁVIA RAQUEL GONÇALVES ; SILVA, GILBERTO FERREIRA DA ; SILVA, FABRICIO ALVES BARBOSA DA ; SCARDINI, RAFAELA ; TUSZYNSKI, JACK ADAM ; ANDRADE, CECILIA VIANNA DE ; MONTEIRO, ANA CAROLINA ; MARTINS, MARCEL GUIMARÃES ; SILVA, TALITA GOULART DA ; FERRAZ, HELEN ; FINOTELLI, PRISCILLA VANESSA ; BALBINO, TIAGO ALBERTINI ; PINTO, JOSÉ CARLOS . A Strategy Utilizing Protein-Protein Interaction Hubs for the Treatment of Cancer Diseases. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 24, p. 16098, 2023.

  • BARBOSA-SILVA, ADRIANO ; Magalhães, Milena ; DA SILVA, GILBERTO FERREIRA ; da Silva, Fabricio Alves Barbosa ; CARNEIRO, FLÁVIA RAQUEL GONÇALVES ; CARELS, NICOLAS . A Data Science Approach for the Identification of Molecular Signatures of Aggressive Cancers. Cancers , v. 14, p. 2325, 2022.

  • CHAVES, OTÁVIO AUGUSTO ; LIMA, CARLYLE RIBEIRO ; FINTELMAN-RODRIGUES, NATALIA ; SACRAMENTO, CAROLINA Q. ; DE FREITAS, CAROLINE S. ; VAZQUEZ, LEONARDO ; TEMEROZO, JAIRO R. ; ROCHA, MARCO E.N. ; DIAS, SUELEN S.G. ; CARELS, NICOLAS ; BOZZA, PATRÍCIA T. ; CASTRO-FARIA-NETO, HUGO CAIRE ; SOUZA, THIAGO MORENO L. . Agathisflavone, a natural biflavonoid that inhibits SARS-CoV-2 replication by targeting its proteases. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 222, p. 1015-1026, 2022.

  • LECHUGA, G. C. ; Souza-Silva F. ; SACRAMENTO, C. Q. ; TRUGILHO, M. R. O. ; VALENTE, R. H. ; NAPOLEAO-PEGO, P. ; DIAS, S. S. G. ; FINTELMAN-RODRIGUES, N. ; TEMEROZO, J. R. ; CARELS, N. ; ALVES, C. R. ; PEREIRA, M. C. S. ; Provance, D. W. Jr. ; SOUZA, T. M. L. ; DE-SIMONE, S. G. . SARS-CoV-2 Proteins Bind to Hemoglobin and Its Metabolites. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 22, p. 9035-20, 2021.

  • Sgariglia, Domenico ; Conforte, Alessandra Jordano ; Pedreira C. E. ; Vidal C. L. A. ; GONCALVES, C. F. R. ; Carels, N. ; SILVA, FABRICIO ALVES BARBOSA DA . Data-Driven Modeling of Breast Cancer Tumors Using Boolean Networks. Frontiers in Big Data , v. 4, p. 1-13, 2021.

  • PIRES, JORGE GUERRA ; DA SILVA, GILBERTO FERREIRA ; WEYSSOW, THOMAS ; Conforte, Alessandra Jordano ; PAGNONCELLI, DANTE ; da Silva, Fabricio Alves Barbosa ; CARELS, NICOLAS . Galaxy and MEAN Stack to Create a User-Friendly Workflow for the Rational Optimization of Cancer Chemotherapy. Frontiers in Genetics , v. 12, p. 155-181, 2021.

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  • FINTELMAN-RODRIGUES, NATALIA ; SACRAMENTO, C. Q. ; LIMA, CARLYLE RIBEIRO ; SOUZA DA SILVA, FRANKLIN ; FERREIRA, ANDRÉ C. ; MATTOS, MAYARA ; DE FREITAS, CAROLINE S. ; CARDOSO SOARES, VINICIUS ; DA SILVA GOMES DIAS, SUELEN ; TEMEROZO, JAIRO R. ; PRAÇA, M.M. ; MATOS, ALINE R. ; BOZZA, FERNANDO A. ; CARELS, N. ; ALVES, CARLOS ROBERTO ; SIQUEIRA, MARILDA M. ; BOZZA, PATRÍCIA T. ; SOUZA, THIAGO MORENO L. . Atazanavir, Alone or in Combination with Ritonavir, Inhibits SARS-CoV-2 Replication and Proinflammatory Cytokine Production. ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY , v. 64, p. e00825-20, 2020.

  • GUMIEL, MARCIA ; MATTOS, DEBORA PASSOS DE ; VIEIRA, CECÍLIA STAHL ; MORAES, CAROLINE SILVA ; Moreira, Carlos José de Carvalho ; GONZALEZ, MARCELO SALABERT ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; WAGHABI, MARIANA ; AZAMBUJA, PATRICIA ; CARELS, NICOLAS . Proteome of the Triatomine Digestive Tract: From Catalytic to Immune Pathways; Focusing on Annexin Expression. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES , v. 7, p. 1-23, 2020.

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  • CONFORTE, ALESSANDRA J. ; TUSZYNSKI, JACK ADAM ; SILVA, FABRICIO ALVES BARBOSA DA ; CARELS, NICOLAS . Signaling Complexity Measured by Shannon Entropy and Its Application in Personalized Medicine. Frontiers in Genetics , v. 10, p. 1-14, 2019.

  • Catharina, Larissa ; CARELS, NICOLAS . Specific enzyme functionalities of Fusarium oxysporum compared to host plants. GENE , v. 676, p. 219-226, 2018.

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Projetos de pesquisa

  • 2021 - Atual

    Estudo computacional de derivados ativos para o câncer de mama, Descrição: No contexto da aplicação da medicina de precisão para a medicina translacional, o Laboratório de Modelagem de Sistemas Biológico (LMSB) do Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde (CDTS, Fiocruz) vem desenvolvendo uma abordagem envolvendo bioinformática e biologia computacional para o tratamento do câncer (cujo impato no Brasil é de 600.000 novos casos por ano segundo os dados do INCA). Esta abordagem é baseada no diagnóstico de alvos terapêuticos resultando da integração de dados de interatoma e de transcriptoma (RNA-seq) (doi: 10.1371/journal.pone.0115054). Segundo a estratégia, bastaria inativar ~5 alvos da rede de sinalização para desarticula-la e encaminhar as células malignas para morte celular. O princípio é de alvejar as proteínas da rede de sinalização que são reguladas positivamente no contexto maligno e que têm o maior potencial de estabelecer conexões físicas com as vizinhas (hubs). Neste sentido, o processo pode ser considerado como estratégia de teranóstico (diagnóstico orientado para terapêutica) no contexto da medicina de precisão (ou personalizada). O conceito, que foi validado in vitro (doi:10.18632/oncotarget.11055), continua sendo desenvolvido a nível de modelagem computacional e foi registrado no INPI (BR1020150308191) para pedido de proteção intelectual em vista de ser levado para a sociedade na forma de uma startup prestadora de serviço (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3). A validação in vitro do processo foi feita por RNA interferência (RNAi) que tem especificidade de ~100% para o alvo considerado, contudo a tecnologia de RNAi não é ainda factível à nível clínico e a inativação de alvos intracelulares por anticorpo não é tampouco factível no curto prazo. A abordagem mais razoável no curto prazo para levar a tecnologia para a sociedade é o reposicionamento de fármacos. Esta atividade começa tipicamente pela modelagem molecular dos alvos proteicos para fins de varreduras de inibidores via atracamento molecular in silico. É esta abordagem que constitui o presente pedido de acesso à plataforma SINAPAD já que o painel de alvos atualmente identificados chega perto de 190.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / LIMA, CARLYLE - Integrante., Financiador(es): Fundação Oswaldo Cruz - Outra.

  • 2020 - Atual

    Inibidores multi-alvos para proteases de Leishmania spp. com potencial leishmanicida (APQ1/2019), Descrição: Proteases são alvos de relevante importância na busca de novos fármacos contra leishmanioses baseados na inibição destas enzimas. Nosso plano de trabalho prevê o desenho e avaliação de compostos inibidores multi-alvos que atuem nas proteases de Leishmania spp. No desenho experimental proposto, as estruturas químicas de inibidores de proteases serão selecionadas a partir dos compostos descrito na literatura e nos bancos de dados (http://zinc15.docking.org/, https://www.ebi.ac.uk/chembl/, https://pdsp.unc.edu/databases/kidb.php e https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Os ensaios in silico serão realizados para propor as estruturas químicas de compostos com diferentes grupos farmacofóricos, elaborar os compostos muit-alvos assim que determinar as propriedades físico-química e ADMET no FAFDrugs4. Em seguida, as estruturas tridimensionais das proteases serão avaliadas por docking e dinâmica molecular frente ao modo de ligação dos compostos. Posteriormente, os compostos remanescentes dos ensaios in silico serão sintetizados e avaliados quanto a toxicidade para macrófagos murinos. Em seguida, ensaios enzimáticos qualitativos (SDS-PAGE-enzimograma) e quantitativos (substratos sintéticos) serão realizados para demonstrar a propriedade inibitória dos compostos multi-alvos sobre a atividade proteolítica das proteases. Estes ensaios serão executados em extratos solúveis de proteínas totais do parasito. A ação dos compostos multi-alvos também será avaliada sobre infecção in vitro dos macrófagos por Leishmania spp. determinando-se o efeito sobre o índice de infecção in vitro. Também será determinado o efeito dos compostos sobre a viabilidade das formas promastigotas e amastigotas por meio da determinação da concentração inibitória (IC10, IC50 e IC90), por detecção de ATP com o reagente CellTiter-Glo®.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / Franklin Souza-Silva - Integrante.

  • 2020 - Atual

    Validação in vitro e in vivo de alvos proteicos identificados a partir de redes de sinalização para o tratamento personalizado do câncer, Descrição: As atuais abordagens moleculares em grande escala constituem avanços importantes para estudos de mudanças da expressão gênica na carcinogênese. A melhor compreensão da biologia dos tumores no contexto da oncologia estratificada, que pode ser definida como a identificação da heterogeneidade intra- e inter-tumoral, levou a considerar que cada tumor é único. Com base nisso, nosso grupo delineou uma estratégia, já comprovada in vitro, para a seleção otimizada de proteínas-alvo com enfoque no desenvolvimento da terapêutica oncológica tendo como modelo o cancer de mama. O presente projeto apresenta a validação dessa estratégia in vivo como objetivo principal. A validação pré-clínica permitirá validar a tecnologia de teranóstico em vista do reposicionamento de fármaco por ensaio clínico em pacientes sofrendo de câncer de mama. A validação in vivo se dará por RNAi e análise do fenótipo resultante das células malignas transformadas por transdução viral com shRNA para os genes previamente identificados e injetadas em camundongo. A efetividade do silenciamento por shRNA será avaliada para mimetizar o experimento que já foi realizado in vitro com siRNA. Este passo é o último para estabelecer colaborações com outros operadores para efectivar um ensaio clínico.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / Davy Rapozo - Integrante / Flavia Carneiro - Integrante / Marcelo Bello - Integrante., Financiador(es): Fundação Oswaldo Cruz - Auxílio financeiro.

  • 2019 - Atual

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: A presente proposta tem como objetivo apresentar tecnologia em saúde desenvolvida com a finalidade de oferecer aos pacientes com câncer de mama um diagnóstico personalizado do seu tipo de câncer, por meio de análises do perfil genético do indivíduo e, ao mesmo tempo, indicar o melhor tratamento entre os disponíveis no mercado. Os recursos de diagnóstico e indicação terapêutica, quando estabelecidos em conjunto, recebem o nome de teranóstico. O teranóstico pode ser utilizado no mercado nacional e internacional, público e privado. Foi desenvolvido para ser aplicado a pacientes com qualquer tipo de tumor sólido e está validado in vitro, ou seja, testado em linhagens celulares tumorais e não-tumorais com resultados de máxima eficiência, para o câncer de mama. Essa tecnologia permite a indicação de terapia mais precisa, o que significa, em termos de benefícios diretos, mais chance de cura, menos efeitos colaterais e melhor sobrevida para os pacientes. O fomento atende o edital "E_07/2016 - Apoio ao Empreendedorismo e Formação de START-UPS EM SAÚDE HUMANA do RJ" pela Faperj.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / Fabricio Alves Barbosa da Silva - Integrante / Martha Oliveira - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2013 - Atual

    Exploração da informação metabólica em plantas (APQ1/FAPERJ 2013), Descrição: O projeto proposto contempla a reconstrução do metabolismo secundário em plantas com particular enfoque na comparação no pinhão-manso (Jatropha curcas L) como representante da Euphorbiaceae em comparação com Arabidopsis. A Euphorbiaceae constitui uma família importante para as propriedades medicinais, em particular para a síntese dos terpenóides o que é particularmente interessante para o desenvolvimento de fármacos. A reconstrução metabólica é necessária para entender melhor como se pode aproveitar o metabolismo das plantas para a produção de medicamentos. A comparação com Arabidopsis permitira utilizar o conhecimento acumulado com esta espécie modelo de forma a encorar hipóteses em relação à metbólitos secundários do pinhão-manso pelo qual a sequência completa do genoma esta disponível online. Por outro lado, iremos testar o conhecimento que acumulamos na escolha de alvos moleculares para desenvolvimento de fármaco no contexto de parasitose humanas para assessorar a busca de inibidores contra a fusariose do pinhão-manso, uma doença que ameaça o cultivo desta importante planta oleaginosa para o futuro da economia dos biocombustiveis no país. Esta estratégia envolve o uso de técnicas de biologia computacional de ultima geração (acoplamento in silico e dinâmica molecular) no contexto da conversa molecular que é comum a todos os seres vivos. /// The proposed project includes the reconstruction of secondary metabolism in plants with particular focus on the comparison of Physic Nut (Jatropha curcas L.), as representative of the Euphorbiaceae, with Arabidopsis. The family Euphorbiaceae is important for its medicinal properties, particularly for the synthesis of terpenoids, which are particularly interesting for drug development. The metabolic reconstruction is necessary to understand how one can take advantage of the plant metabolism for drug production. The comparison with Arabidopsis will allow the use of the knowledge gained with this model species to propose hypotheses regarding Physic Nut metabolites for which the complete genome sequence is available online. Moreover, we will test the knowledge we have accumulated in choosing molecular targets for drug development in the context of human parasitosis to assist the search for inhibitors against Fusarium jatropha, a disease that threatens the cultivation of this important oilseed plant for economic future of biofuels in Brazil. This strategy involves the use of modern computational biology techniques (in silico docking and molecular dynamics) in the molecular context common to all living beings.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / Ana Carolina R. Guimarães - Integrante.

  • 2012 - 2014

    Investigação do papel das proteínas do tubo digestivo dos triatomíneos em relação a T. cruzi, Descrição: O impacto da doença de Chagas no Brasil é ainda importante apesar dos progressos que foram obtidos em relação ao seu controle nos últimos anos. O estudo da relação parasitária do protozoário Trypanosoma cruzi (T. cruzi), agente causador da doença foi, por evidência, muito mais estudado no hospedeiro humano e no modelo murino que no hospedeiro invertebrado: o triatomíneo. Desde 2008, estudos do grupo concentram-se na caracterização do ambiente bioquímico no tubo digestivo do triatomíneo no qual T. cruzi se encontra, em vista de identificar determinantes da relação parasitária neste sistema. Inicialmente, caracterizamos as principais bactérias endosimbióticas envolvidas na replicação parasitária. Atualmente, estamos finalizando a caracterização dos principais determinantes químicos de baixo peso molecular. O propósito deste projeto é analisar o potencial de efetor protéicos como determinante do sucesso na maturação e proliferação do T. cruzi no seu hospedeiro invertebrado. O conhecimento adquirido no contexto deste projeto permitirá também a interpretar o possível papel de proteínas do proteoma do intestino do triatomíneo na relação parasitária do T. cruzi com o triatomíneo. ||| The impact of Chagas disease in Brazil is still an important matter of concern despite the progress that has been obtained in relation to its control in recent years. The study of the parasitic protozoan Trypanosoma cruzi (T. cruzi), the causative agent of the disease is obviously much more investigated in the human host and in a murine model that in the invertebrate host: the triatomine. Since 2008, our group focused on the characterization of the biochemical environment in the gut of the triatomine in which T. cruzi may thrive, in order to identify determinants of parasitic relationship in this system. Initially, we characterize the main bacteria involved in endosimbióticas parasite replication. We are currently finalizing the characterization of the main determinants of low molecular weight. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / Patrícia Azambuja Penna - Integrante / WAGHABI, M.C. - Integrante / José Rodrigues Coura - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2008 - 2011

    Desenvolvimento de metodologias para o estudo da metagenômica do vetor da deonça de Chagas / Mtagenomics of the Chagas disease vector, Descrição: A metagenômica do tubo digestivo de triatomíneos (Triatoma brasiliensis) será investigada com a finalidade de detectar bactérias potencialmente antagonistas do T. cruzi, agente da doença de Chagas. Triatomíneos da caatinga serão coletados e separados em dois grupos: infectados ou não-infectados por T. cruzi. O rDNA 16S das bactérias do tubo digestivo dos insetos vetores será amplificado e seqüenciado para ser caracterizado qualitativamente e quantitativamente. A caracterização qualitativa será obtida pelo alinhamento com as 400.000 seqüências de rDNA 16S disponíveis no banco de dados RDP. Isto permitirá a determinação da distância filogenética com os táxons mais próximos. A estatística das seqüências por táxons permitira a caracterização quantitativa. Um panorama preliminar será obtido através caracterização por DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). |||| The metagenomics of the intestinal tract from triatomine (Triatoma brasiliensis) is being investigated with the purpose of detecting bacteria antagonist of T. cruzi, the agent of Chagas disease. Triatomines from caatinga were collected and divided in two groups, i.e. infected or not by T. cruzi. The 16S rDNA from intestinal tract bacteria Will be amplifiec by PCR and sequenced. The qualitative characterization will be obtained by the alignement with the >400 000 sequences from RDP. This will allow to find the phylogenetic distance with the nearest taxons. A preliminary overview of metagenomics complexity will be obtained throug DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / Fábio Faria da Mota - Integrante / Fernando Ariel Genta - Integrante / Marcelo Alves Ferreira - Integrante / de Miranda - Integrante / Marli Maria Lima - Integrante / Elói de Souza Garcia - Integrante / Patrícia Azambuja Penna - Integrante.

  • 2006 - 2008

    Os ESTs pela melhora da produtividade de óleo do pinhão-manso pelo biodiesel / ESTs from seeds to assist the selective breeding of Jatropha curcas L. for oil and active compounds, Descrição: Caracterizamos uma biblioteca de cDNA a partir de sementes de Jatropha curcas L. em três estádios de maturação dos frutos antes de amarelecimento. Seqüenciamos um total de 2200 clones e obtevemos 931 ESTs após limpeza e controle de qualidade, ou seja, 140 contigs e 791 singletons com PHRED qualidade maior de 10. Encontramos baixos níveis de redundância entre as seqüências e uma cobertura metabólica extensiva comparando a homologia com GO. Após a comparação de 5841 de EST não-redundante de um total de 13193 reads no GenBank com KEGG, identificamos tags entre os ácidos graxos, terpenos, alcalóides, quinonas e as vias de biosíntese de hormônios que pode ajudar ao melhoramento de J. curcas para características agronômicas de importância econômica. A utilidade potencial da informação para a criação seletiva de J. curcas é discutida na base de resultados de qRT-PCR. |||| The characterization of a cDNA library from seeds of Jatropha curcas L. at three stages of fruit maturation before yellowing has been carried out. We sequenced a total of 2200 clones and obtained 931 ESTs after trimming and quality control, i.e., 140 contigs and 791 singlets with PHRED quality higher than 10. We found low levels of sequence redundancy and extensive metabolic coverage by homology comparison to GO. After comparison of 5841 non-redundant EST from a total of 13193 reads from GenBank with KEGG, we identified tags among the fatty acid, terpene, alkaloid, quinone and hormone pathways of biosynthesis that could assist the breeding of J. curcas for traits of economical importance. The potential utility of this information for the selective breeding of J. curcas is discussed in relation to results from qRT-PCR.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador.

Projetos de desenvolvimento

  • 2016 - 2016

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: Este projeto foi um dos oito selecionados pela Faperj (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3) dentre 30 para a criação de uma startup que teria se dedicado à comercialização de uma técnica teranóstica para câncer de mama. No entanto, o projeto não pôde ser realizado porque a concessão da verba nunca foi efetivada pela Faperj devido à enorme crise econômica do estado do Rio de Janeiro que começou naquela época (2015-2016).. , Situação: Desativado; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Especialização: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / TILLI, TATIANA - Integrante / Martha Oliveira - Integrante / Renata Curi - Integrante / Edson Gonzaga Junior - Integrante / Jack Tuszynski - Integrante.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2016 - 2016

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: Este projeto foi um dos oito selecionados pela Faperj (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3) dentre 30 para a criação de uma startup que teria se dedicado à comercialização de uma técnica teranóstica para câncer de mama. No entanto, o projeto não pôde ser realizado porque a concessão da verba nunca foi efetivada pela Faperj devido à enorme crise econômica do estado do Rio de Janeiro que começou naquela época (2015-2016).. , Situação: Desativado; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Especialização: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / TILLI, TATIANA - Integrante / Martha Oliveira - Integrante / Renata Curi - Integrante / Edson Gonzaga Junior - Integrante / Jack Tuszynski - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2016 - Atual

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: Este projeto foi um dos oito selecionados pela Faperj (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3) dentre 30 para a criação de uma startup dedicada à comercialização de uma técnica teranóstica para câncer de mama. O projeto esta sendo fomentado pela Faperj desde o final de 2018 e esta em andamento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Especialização: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / TILLI, TATIANA - Integrante / Fabricio Alves Barbosa da Silva - Integrante / Flavia Carneiro - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2016 - Atual

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: Este projeto foi um dos oito selecionados pela Faperj (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3) dentre 30 para a criação de uma startup dedicada à comercialização de uma técnica teranóstica para câncer de mama. O projeto esta sendo fomentado pela Faperj desde o final de 2018 e esta em andamento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Especialização: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / TILLI, TATIANA - Integrante / Fabricio Alves Barbosa da Silva - Integrante / Flavia Carneiro - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2016 - Atual

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: Este projeto foi um dos oito selecionados pela Faperj (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3) dentre 30 para a criação de uma startup dedicada à comercialização de uma técnica teranóstica para câncer de mama. O projeto esta sendo fomentado pela Faperj desde o final de 2018 e esta em andamento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Especialização: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / TILLI, TATIANA - Integrante / Fabricio Alves Barbosa da Silva - Integrante / Flavia Carneiro - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2016 - Atual

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: Este projeto foi um dos oito selecionados pela Faperj (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3) dentre 30 para a criação de uma startup dedicada à comercialização de uma técnica teranóstica para câncer de mama. O projeto esta sendo fomentado pela Faperj desde o final de 2018 e esta em andamento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Especialização: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / TILLI, TATIANA - Integrante / Fabricio Alves Barbosa da Silva - Integrante / Flavia Carneiro - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2024 - Atual

    Validação in vivo da terapia baseada em hub: etapa preliminar para ensaio clínico, Descrição: Embora a prática clínica esteja cada vez mais personalizada, ainda depende de um método "one-size-fits-all", onde grandes coortes de pacientes são avaliadas com base em diagnósticos de mutações gênicas específicas. Como resultado, pacientes que não seguem o comportamento padrão podem sofrer gravemente com o tratamento, chegando a óbito sem obter benefícios significativos. Uma alternativa seria um diagnóstico baseado na expressão gênica, ao invés de mutações. A superexpressão de certos genes pode ser necessária para a manutenção do tumor em seu ambiente. Focando nos genes diferencialmente expressos, é possível maximizar o benefício para o paciente, especialmente com medicamentos já aprovados, e ainda mais se os alvos tiverem funções essenciais para as células malignas. No entanto, esta abordagem diagnóstica é delicada. Existe, porém, uma solução cujo mérito precisa ser validado: alvejar proteínas que atuem como concentradoras do tráfego de sinalização nas células malignas. A expectativa é que a inibição destas proteínas leve as células malignas à morte celular, sem afetar os tecidos saudáveis. Portanto, este projeto visa silenciar RNAm de hubs de câncer de mama em um modelo animal imunocompetente. Trata-se de uma validação pré-clínica, realizada em parceria com o Grupo COI, interessado em avaliar esta abordagem em nível clínico.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / Ana Carolina dos Santos Monteiro - Integrante / James Chester Aranibar Crespo - Integrante., Financiador(es): Sociedade Brasileira de Oncologia Clínica - Auxílio financeiro.

  • 2016 - Atual

    Desenvolvimento de um produto de diagnóstico molecular para auxiliar o tratamento do câncer de mama, Descrição: Este projeto foi um dos oito selecionados pela Faperj (http://www.faperj.br/?id=3401.3.3) dentre 30 para a criação de uma startup dedicada à comercialização de uma técnica teranóstica para câncer de mama. O projeto esta sendo fomentado pela Faperj desde o final de 2018 e esta em andamento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Especialização: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Nicolas Carels - Coordenador / TILLI, TATIANA - Integrante / Fabricio Alves Barbosa da Silva - Integrante / Flavia Carneiro - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

Prêmios

2000

Doutorato Europeo em Biotecnologia / European Doctorate in Biotechnology, The European Association for Higher Education in Biotechnology (HEduBT).

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Fundação Oswaldo Cruz, IOC. , Av. Brasil, 4365, Manguinhos, 21040900 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil, Telefone: (021) 38658142, Fax: (021) 25903495, URL da Homepage:

Experiência profissional

2014 - Atual

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador titular, Carga horária: 40

Outras informações:
Acoplamento molecular

2014 - Atual

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador titular, Carga horária: 40

Outras informações:
Cancer

2013 - Atual

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador titular, Carga horária: 40

Outras informações:
Reconstrução metabolica e metabolismo secundario em plantas para fins de desenvolvimento de farmacos

2012 - Atual

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador / Scientist, Carga horária: 45, Regime: Dedicação exclusiva.

2011 - 2012

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Pesquisador / Scientist, Regime: Dedicação exclusiva.

2008 - 2010

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador / Scientist, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
- Investigação da metagenômica do barbeiro vetor da doença de Chagas / Metagenomics of triatomines, vectors of Chagas disease. - Investigação de ferramentas para busca automática de genes em genoma sem treinamento previo / Investigation of automatic classification of coding ORFs without training. - Investigação da relação entre metabolitos secundários e genômica / Looking for relationship between drugs from natural products and genomics, i.e. chemogenomics.

Atividades

  • 12/2016

    Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde.Linhas de pesquisa

  • 04/2014

    Pesquisa e desenvolvimento, Presidência da Fiocruz.Linhas de pesquisa

  • 04/2014

    Pesquisa e desenvolvimento, Presidência da Fiocruz.Linhas de pesquisa

  • 04/2014

    Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde.Linhas de pesquisa

  • 04/2014

    Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde.Linhas de pesquisa

  • 04/2014

    Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde.Linhas de pesquisa

  • 06/2012

    Pesquisa e desenvolvimento, Bioinformática, Genômica Funcional e Bioinformática.Linhas de pesquisa

  • 03/2012

    Pesquisa e desenvolvimento, Bioinformática, Genômica Funcional e Bioinformática.Linhas de pesquisa

  • 12/1997

    Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde.Linhas de pesquisa

  • 12/2013 - 12/2017

    Pesquisa e desenvolvimento, Presidência da Fiocruz.Linhas de pesquisa

  • 08/2010 - 04/2017

    Pesquisa e desenvolvimento, Presidência da Fiocruz.Linhas de pesquisa

  • 01/2012 - 10/2013

    Pesquisa e desenvolvimento, Presidência da Fiocruz.Linhas de pesquisa

  • 02/2008 - 01/2010

    Pesquisa e desenvolvimento, Bioinformática, Genômica Funcional e Bioinformática.Linhas de pesquisa

1998 - 2001

Stazione Zoologica 'Anton Dohrn'

Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Pequisador Nível 1 / Scientist, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Pesquisa sobre a organização do genoma das plantas e dos mamíferos por meio da Biologia Molecular (ultracentrifugação analítica, hibridação Southern, PCR) e da Bioinformática (UNIX, PERL, C, GeneBank...) / Investigations on the organization of plant and mammal genomes through Molecular Biology (analytic ultracentrifugation, Southern hybridization, PCR) and Bioinformatics (UNIX, Perl, C, GenBank, ...).

Atividades

  • 05/1998 - 05/2001

    Pesquisa e desenvolvimento, Evolucao Molecular/Bioinformatica.Linhas de pesquisa

1994 - 1998

Institut Jacques Monod

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2002 - 2003

Centro de Astrobiologia

Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador / Scientist, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Pesquisa sobre a origem da vida, analise do genoma das bacteria hipertermofilas por meio da bioinformática / Investigation on the origin of life, genome analysis in hyperperthermophile bacteria through bioinformatics

Atividades

  • 01/2002 - 01/2003

    Pesquisa e desenvolvimento, Bioinformática.Linhas de pesquisa

2003 - 2006

Universidade Estadual de Santa Cruz

Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador / Scientist, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Pipeline de processamento de EST, anotação de EST de bibliotecas de interação entre cacau e vassoura-de-bruxa e entre siringueira e Microcyclus ulei, busca do genes da via de bioissíntese dos acidos graxos em bibliotecas de cDNA do pinhão-manso, investigação de algoritmos de classificação automática (cadeias de Markov, algoritmo de Viterbi, Informação Mutua) / EST processing pipeline, search for genes of fatty acid synthesis in cDNA libraries of Physic Nut, interaction libraries of cDNA between cacao x witch's broom disease and between Hevea x Microcyclus ulei, investigation of classification algorithms (Markov chains, Viterbi, Mutual Information).

Atividades

  • 03/2003 - 03/2007

    Pesquisa e desenvolvimento, Laboratório de Genômica e Expressão Gênica, bioinformatica.Linhas de pesquisa

  • 03/2005 - 07/2005

    Ensino, Bioinformática, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática

1987 - 1990

International Chemical Industry

Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Resonsável RFLP / Genetic mapping, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Desenvolvimento dum mapa genético da beteraba com marcadores RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). 80 marcadores foram mapeados e são ainda usados nos programas de melhoramento genético da empresa / Development of the first working genetic map of sugar beet. 80 RFLP markers were generated, mapped on a F2 cross and are still in use in the genetic breeding programs from the company.

Atividades

  • 09/1987 - 09/1990

    Pesquisa e desenvolvimento, Semente/Genetica Molecular.Linhas de pesquisa

1994 - 1995

Ecosystem Engineering

Vínculo: Engenheiro de pesquisa, Enquadramento Funcional: Gerencia de pesquisa / Science Manager, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
- Constitução dum laboratorio de pesquisa pelo diagnostico qualitativo, por cromatografia em fase gasosa e quantitativo por espectrometria infravermelha, da presença de hidrocarbonetos na água e nos solos / Setting up of a laboratory of research and diagnosis oil spoilage of environment samples by gas chromatography and infra-red spectrometry. - Desenvolvimento de uma técnica de bioremediação por compostage de terras contaminadas por hidrocarbonetos / Development of a technique of oil spoilage bioremediation through Land Farming Eco-System Engineering s.a. (ESE), Bruxelas, Bélgica

Atividades

  • 09/1995 - 09/1995

    Treinamentos ministrados , Bioremediacao.Treinamentos ministrados, Cromatografía em fase gasosa

  • 09/1994 - 09/1995

    Pesquisa e desenvolvimento, Bioremediacao/Bioquimica.Linhas de pesquisa

Propriedade Intelectual

Patentes (3)