João Pacífico Bezerra Neto
Biólogo, Doutor em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Pernambuco e Mestre em Genética pela mesma instituição, estando vinculado ao Laboratório de Genética e Biotecnologia Vegetal. Realizou doutorado sanduíche no Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LSCB) em Belvaux, Luxemburgo, onde trabalhou com a construção e enriquecimento de redes regulatórias gênicas, montagem e anotação de sequências, oriundas de plataformas de nova geração. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Bioinformática e Biologia Molecular. Atualmente, como pesquisador do Instituto de Ciências Biológicas (UPE), desenvolve trabalhos nas áreas de bioinformática de microorganismos, prospecção de genes de tolerância a estresses (bióticos e abióticos) em espécies vegetais, além de machine learning aplicado ao diagnóstico de doenças.
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Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas
2012 - 2016
Universidade Federal de Pernambuco
Título: Respostas transcricionais e estresse-induzidas em genótipos contrastantes de Glycine max (soja) e Vigna unguiculata (feijão-caupi).
Orientador: em Luxembourg Centre for Systems Biomedicine at University of Luxembourg ( Reinhard Schneider and Andriano Barbosa da Silva)
com Ana Maria Benko Iseppon. Coorientador: Valesca Pandolfi. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco, FACEPE, Brasil. Palavras-chave: Biotecnologia; Bioinformatics; Abiotc stress; Transcritome; System Biology; Computational Biology. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática. Setores de atividade: Agricultura, Pecuária, Produção Florestal, Pesca e Aqüicultura; Agricultura, Pecuária e Serviços Relacionados.
Mestrado em Genética
2010 - 2012
Universidade Federal de Pernambuco
Título: Caracterização Genética e Análise Evolutiva in Silico de Aquaporinas no Transcriptoma do Feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.), Ano de Obtenção: 2012
Ana Maria Benko Iseppon.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Grande área: Ciências BiológicasSetores de atividade: Agricultura, Pecuária e Serviços Relacionados.
Graduação em Ciências Biológicas/Bacharelado
2005 - 2009
Universidade Federal de Pernambuco
Título: Caracterização in silico e Análise Evolutiva de Aquaporinas no Genoma e Transcriptoma da Soja (Glycine max (L.) Merr.)
Orientador: Ana Maria Benko Iseppon
Pós-doutorado
2017
Pós-Doutorado. , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
2016 - 2017
Pós-Doutorado. , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Botânica / Subárea: Fisiologia Vegetal. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
Formação complementar
2017 - 2017
Extensão universitária em Bioinformatics with Python for Biologists. (Carga horária: 60h). , Rede InterSis de Biologia Computacional, INTERSIS, Brasil.
2017 - 2017
III Advanced School on Biomolecular Simulation. (Carga horária: 30h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2016 - 2016
Introduction to High Performance Computing in Bioinformatics Analysis. (Carga horária: 60h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.
2014 - 2014
Systems Biology Applied to Biotic and Abiotic Interactions. (Carga horária: 60h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.
2013 - 2013
Bioinformática estrutural e análises do proteoma. (Carga horária: 60h). , Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
2012 - 2012
Phylogeny, Biogeography and Spatial Modeling. (Carga horária: 65h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.
2003 - 2004
Técnico em Telecomunicações. , Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial/PE, SENAI/PE, Brasil.
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Aprendizagem de Máquina.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Genética Vegetal.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunologia.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Genética Humana e Médica.
Organização de eventos
Bezerra-Neto, João Pacifico . I Workshop de Transcriptômica de Stylosanthes scabra. 2018. (Outro).
Bezerra-Neto, João Pacifico ; Benko-Iseppon, A.M. . I Workshop de Transcriptômica de Stylosanthes scabra. 2018. (Outro).
Benko-Iseppon, A.M. ; Bezerra-Neto, J.P. . XXI Encontro de Genética do Nordeste. 2016. (Congresso).
Benko-Iseppon, A.M. ; Bezerra-Neto, J.P. . XX Encontro de Genética do Nordeste. 2014. (Congresso).
Abdelnoor, RV ; BENKO-ISEPPON, A. M. ; Bezerra-Neto, J.P. . II Reunião Científica do Consórcio GenoSoja. 2010. (Outro).
BENKO-ISEPPON, A. M. ; Onofre, A.V.C ; Amorim, L.L.B. ; Pandolfi, V. ; Pinage, D.S.B ; Cruz, G.A.S ; Azevedo, H.M.A. ; Belarmino, L.C. ; Soares-Cavalcanti, NM ; Bezerra-Neto, J.P. . 1st Brazilian-German Meeting of Plant Systems Biology and Bioenergy. 2010. (Congresso).
Participação em eventos
1st Brazilian-German Meeting of Plant Systems Biology and Bioenergy.In silico Characterization of Major Intrinsic Proteins in the Soybean Transcriptome (Glycine max (L.) Merr.). 2010. (Encontro).
1st Brazilian-German Meeting of Plant Systems Biology and Bioenergy. 2010. (Encontro).
I Workshop Pernambucano de Bioinformática. 2009. (Outra).
XVII CONIC. Caracterização in silico de aquaporinas no transcriptoma da soja. 2009. (Congresso).
Participação em bancas
SOARES, C. E. A.;Bezerra-Neto, João Pacifico; Bakke, Ivonete Alves. Identificação e Caracterização de Genes de Aquaporinas em Cnidosculos quercifolius Pohl. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências Florestais) - Universidade Federal de Campina Grande.
Bezerra-Neto, João PacificoBENKO-ISEPPON, A. M.; FERREIRA NETO, J. R. C.. Análise estrutural e funcional de fatores de transcrição da família NAC em feijão-caupi (Vigna unguiculata). 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Pernambuco.
Calsa, T.; Benko-Iseppon, A.M.;Bezerra-Neto, João Pacifico. Caracterização proteômica e identificação de peptídeos associados com tolerância ao déficit hídrico em Stylosanthes scabra. 2018. Universidade Federal de Pernambuco.
Bezerra-Neto, João Pacifico; Benko-Iseppon, A.M.; Paiva, P.M.G.. Seleção de genes da classe PR para obtenção de peptídeos antimicrobianos (AMPs) a partir de plantas da família Fabaceae. 2017. Universidade Federal de Pernambuco.
Orientou
Fatores clínicos, laboratoriais e genéti cos associados a progressão aparaparesia espásti ca tropical/mielopati a associada a HTLV-1: umaabordagem baseada em técnicas de aprendizado de máquina; ; Início: 2023; Dissertação (Mestrado profissional em Biologia Celular e Molecular Aplicada) - Universidade de Pernambuco, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);
IDENTIFICAÇÃO DE GENES CODIFICANTES PARA MOLÉCULAS COM ATIVIDADE ANTIMICROBIANA (AMPs) EM ESPÉCIES DE BROMELIACEAE?, no PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIA E TECNOLOGIA AMBIENTAL, da UNIVERSIDADE DE PERNAMBUCO; Início: 2022; Dissertação (Mestrado profissional em Ciência e Tecnologia Ambiental para o Semiárido) - Universidade de Pernambuco; (Coorientador);
Identi fi cação e caracterização molecular de Peptí deos Anti microbianos(AMPs) de insetos para o desenho de biomléculas com potencial usobiotecnológico; ; Início: 2023; Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular Aplicada) - Universidade de Pernambuco, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);
Identificação e caracterização in silico de esnaquinas (Snakin) em Cenostigma pyramidale e Prosopis juliflora, leguminosas de ocorrência no semiárido nordestino; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Medicina) - Universidade de Pernambuco, Fundação de Amparo a Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco; ; (Orientador);
Diversidade e expressão diferencial de nodulinas precoces no transcriptoma de Stylosanthes scabra Vogel submetida a estresse abiótico; 2019; Dissertação (Mestrado em Agronomia ( Melhoramento Genético de Plantas)) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, ; Coorientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Regulação transcricional e diversidade de osmoprotetores em Stylosanthes scabra submetida a déficit hídrico; 2019; Dissertação (Mestrado em Agronomia ( Melhoramento Genético de Plantas)) - Universidade Federal Rural de Pernambuco, ; Coorientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Associação entre DC-SIGN, L-SIGN, TGF-b1, TIMP-1, MMP-1 e MMP-9, com a progressão da fibrose hepática e carcinoma hepatocelular em pacientes infectados pelo vírus da hepatite C (HCV); 2022; Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular Aplicada) - Universidade de Pernambuco, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Fatores de Transcrição: Modulação da Expressão e Interações Moleculares Sob Estresse; 2019; Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Pernambuco, ; Coorientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Expressão diferencial e respostas fisiológicas de Stylosanthes scabra sob déficit hídrico; 2019; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Pernambuco, ; Coorientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Fitorremediação: uma alternativa verde; 2014; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Perícia e Auditoria Ambiental) - Faculdade Frassinetti do Recife; Orientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Caracterização e Modelagem Estrutural in silico de Lectinas Vegetais em Espécies de Interesse Econômico; ; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal de Pernambuco; Orientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Identificação e Caracterização in silico de Moléculas com Atividade Antimicrobiana em Leguminosas do Semiárido Nordestino submetidas a estresses; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina) - Universidade de Pernambuco, Fundação de Amparo a Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco; ; Orientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Identificação, Caracterização e Expressão Diferencial de Elementos Transponíveis em Leguminosas sob estresse; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de Pernambuco, Fundação de Amparo a Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco; ; Orientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Prospecção e análise molecular de genes associados ao estresse salino em Angiospermas; ; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Pernambuco, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Mineração e caracterização in silico de genes candidatos envolvidos nas vias metabólicas de biossíntese e acúmulo de lipídios em Angiospermas; ; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Pernambuco, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: João Pacifico Bezerra Neto;
Produções bibliográficas
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SANTOS-SILVA, CARLOS ANDRÉ DOS ; FERREIRA-NETO, JOSÉ RIBAMAR COSTA ; AMADOR, VINÍCIUS COSTA ; BEZERRA-NETO, JOÃO PACÍFICO ; VILELA, LÍVIA MARIA BATISTA ; BINNECK, ELISEU ; RÊGO, MIRELI DE SANTANA ; DA SILVA, MANASSÉS DANIEL ; MANGUEIRA DE MELO, ANA LUIZA TRAJANO ; DA SILVA, RAHISA HELENA ; Benko-Iseppon, Ana Maria . From Gene to Transcript and Peptide: A Deep Overview on Non-Specific Lipid Transfer Proteins (nsLTPs). ANTIBIOTICS-BASEL , v. 12, p. 939, 2023.
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MATOS, MITALLE KAREN DA SILVA ; Benko-Iseppon, Ana Maria ; Bezerra-Neto, João Pacifico ; FERREIRA-NETO, JOSÉ RIBAMAR COSTA ; WANG, YU ; LIU, HAI ; PANDOLFI, VALESCA ; AMORIM, LIDIANE LINDINALVA BARBOSA ; WILLADINO, LILIA ; DO VALE AMORIM, THIALISSON CAACI ; Kido, Ederson Akio ; VIANELLO, ROSANA PEREIRA ; TIMKO, MICHAEL P. ; BRASILEIRO-VIDAL, ANA CHRISTINA . The WRKY transcription factor family in cowpea: Genomic characterization and transcriptomic profiling under root dehydration. GENE , v. 823, p. 146377, 2022.
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FROSI, GABRIELLA ; FERREIRA'NETO, JOSÉ RIBAMAR COSTA ; BEZERRA'NETO, JOÃO PACÍFICO ; PANDOLFI, VALESCA ; SILVA, MANASSÉS DANIEL ; LIMA MORAIS, DAVID ANDERSON ; BENKO'ISEPPON, ANA MARIA ; SANTOS, MAURO GUIDA . Transcriptome of Cenostigma pyramidale roots, a woody legume, under different salt stress times. PHYSIOLOGIA PLANTARUM , v. 1, p. 1-18, 2021.
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FROSI, GABRIELLA ; FERREIRA-NETO, JOSÉ RIBAMAR COSTA ; BEZERRA-NETO, JOÃO PACÍFICO ; LIMA, LAÍS LUANA DE ; MORAIS, DAVID ANDERSON DE LIMA ; PANDOLFI, VALESCA ; Kido, Ederson Akio ; MAIA, LEONOR COSTA ; SANTOS, MAURO GUIDA ; Benko-Iseppon, Ana Maria . Reference genes for quantitative real-time PCR normalization of Cenostigma pyramidale roots under salt stress and mycorrhizal association. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION) , v. 44, p. e20200424, 2021.
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SANTOS-SILVA, CARLOS ANDRÉ DOS ; ZUPIN, LUISA ; OLIVEIRA-LIMA, MARX ; VILELA, LÍVIA MARIA BATISTA ; Bezerra-Neto, João Pacifico ; FERREIRA-NETO, JOSÉ RIBAMAR ; FERREIRA, JOSÉ DIOGO CAVALCANTI ; OLIVEIRA-SILVA, ROBERTA LANE DE ; PIRES, CAROLLINE DE JESÚS ; ABURJAILE, FLAVIA FIGUEIRA ; OLIVEIRA, MARIANNE FIRMINO DE ; Kido, Ederson Akio ; CROVELLA, SERGIO ; Benko-Iseppon, Ana Maria . Plant Antimicrobial Peptides: State of the Art, In Silico Prediction and Perspectives in the Omics Era. BIOINFORMATICS AND BIOLOGY INSIGHTS , v. 14, p. 117793222095273, 2020.
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SOARES-CAVALCANTI, NINA M. ; BELARMINO, LUIS C. ; KIDO, EDERSON A. ; WANDERLEY-NOGUEIRA, ANA C. ; Bezerra-Neto, João P. ; CAVALCANTI-LIRA, RAFAELA ; PANDOLFI, VALESCA ; NEPOMUCENO, ALEXANDRE L. ; ABDELNOOR, RICARDO V. ; NASCIMENTO, LEANDRO C. ; BENKO-ISEPPON, ANA M. . In silico identification of known osmotic stress responsive genes from Arabidopsis in soybean and Medicago. Genetics and Molecular Biology (Impresso) , v. 35, p. 315-321, 2012.
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Bezerra-Neto, João Pacifico . Genome-wide analysis of the MYB transcription factor superfamily in soybean. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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Piereck, B. ; Amorim, L.L.B. ; Belarmino, L.C. ; Bezerra-Neto, J.P. ; Onofre, A.V.C ; Brasileiro-Vidal, A. C. ; BENKO-ISEPPON, A. M. . IDENTIFICATION OD MUTATOR-LIKE TRANSPOSABLE ELEMENTS FROM COWPEA EXPRESSED SEQUENCES.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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Amorim, L.L.B. ; Santana, K. C. B. ; Gazzaneo, L. R. S. ; Pandolfi, V. ; Belarmino, L.C. ; Bezerra-Neto, J.P. ; Crovella, S. ; Kido, EA ; BENKO-ISEPPON, A. M. . SEQUENCE ANALYSIS AND HOMOLOGY MODELING OF THE FIRST DEFENSIN FROM Etlingera elatior. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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Bezerra-Neto, J.P. ; Amorim, L.L.B. ; Pandolfi, V. ; Santos, R. F. ; Lima, J. P. P. ; Silva, S. C. B. ; Belarmino, L.C. ; Kido, EA ; BENKO-ISEPPON, A. M. . AN OVERALL EVALUATION OF THE EXPRESSED REACTIVE OXYGEN SPECIES (ROS) GENES IN COWPEA.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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Araujo, G.I.R ; Bezerra-Neto, J.P. ; Belarmino, L.C. ; BENKO-ISEPPON, A. M. . THIONIN ENCODING GENES IN SOYBEAN: IDENTIFICATION AND EXPRESSION PROFILING IN RESPONSE TO BIOTIC AND ABIOTIC FACTORS.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
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CAVALCANTI-LIRA, R. ; Soares-Cavalcanti, NM ; Bezerra-Neto, J.P. ; BENKO-ISEPPON, A. M. . IN SILICO CHARACTERIZATION OF THE SOS (SALT OVERLY SENSITIVE) PATHWAY IN THE EXPRESSED GENOME OF THE SUGARCANE.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).
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Bezerra-Neto, João Pacifico . Banco de dados biológicos e Conceitos básicos de Linux. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
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Bezerra-Neto, João Pacifico . Respostas Fisiológicas e Moleculares de Plantas sob Estresse Abiótico. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
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Bezerra-Neto, João Pacifico . Noções Básicas em Bioinformática. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
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Bezerra-Neto, João Pacifico . Modelagem Molecular de Proteínas e Peptídeos. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
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2023 - Atual
Programa Estratégico para Diagnóstico da Infecção pelo HTLV e a Mielopatia Ligada ao HTLV(HAM): Integrando o Serviço do CISAM-UPE, Serviço de Infectologia e Cuidados Paliativos do HUOC-UPE (PROED-HTLV), Descrição: Aprovado pelo PROGRAMA ESTADUAL DE PESQUISA APLICADA AO SUS (edital FACEPE 19/2022) O HTLV é um retrovírus relacionado a doenças crônicas, debilitantes e, até o momento, sem terapias curativas. As vias de transmissão do HTLV incluem o contato parenteral, transfusões de sangue, relações sexuais sem o uso de preservativo e transmissão pela amamentação. O diagnóstico confirmatório para infecção pode ser realizado por testes de amplificação do genoma proviral pela técnica de reação em cadeia da polimerase ou polymerase chain reaction (PCR). Uma variação da técnica é a PCR em tempo real que garante mais especificidade e permite também a quantificação. A padronização e estruturação de uma rede para a confirmação da infecção e a discriminação entre HTLV 1 e 2 seria de grande valia. O Instituto de Ciências Biológicas (ICB) e o HUOC-UPE vêm conduzindo pesquisas e oferecendo serviço médico no contexto do HTLV desde 2008, quando o HEMOPE, na figura da Dra. Paula Loureiro, passou a referenciar o HUOC-UPE para essa função. Apesar das dificuldades para desenvolvimento de pesquisas diversas dissertações e Teses foram desenvolvidas na UPE, UFPE ou em colaboração com o Instituto Aggeu Magalhães-FIOCRUZ. Em meio a essa dificuldade surgem novos desafios. Agora, o CISAM-UPE, maternidade do complexo hospitalar da UPE, irá iniciar a triagem pré-natal para o HTLV. Desta forma, as duas unidades estão empenhadas em ampliar a capacidade para diagnóstico confirmatório dentro do CH-HUOC-UPE contribuindo para o controle da infecção e monitoramento da progressão da doença propondo o desenvolvimento de uma plataforama digital para armazenamento e fluxo dos dados e também a fundamentação de um programa de orientação específico para mitigar o efeito da progressão da doença sobre a capacidade funcional e dor. Devido a expertise que adquirimos durante 13 anos de estudos da imunologia e imunogenética do HTLV e acompanhamento clínico das pessoas vivendo com HTLV (PVHTLV) reunirmos nossos esforços para criar uma rede digital de dados para armazenar dados sobre o fluxo do diagnóstico e monitoramento e intervenção. O fomento irá fortalecer estudos desenvolvidos pelos programas de pós-graduação do Instituto de Ciências Biológicas e da Faculdade de Ciências Médicas da UPE, gerando novas tecnologias e formando pessoal nessa área estratégica. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Coordenador / Adauto Gomes Barbosa Neto - Integrante / Patrícia Muniz Mendes Freire de Moura - Integrante / Matheus Azevedo Bomfim - Integrante / Luydson Richardson Silva Vasconcelos - Integrante / Tatiana Lins Carvalho - Integrante / PEDRO AUGUSTO SAMPAIO ROCHA-FILHO - Integrante / Eliane Campos Coimbra - Integrante / Sandra Trindade Low - Integrante / Ana Karla Ferrer Soares - Integrante / Paula Loureiro - Integrante / Maria Benita Alves da Silva Spinelli - Integrante / Rafael de Freitas e Silva - Integrante / Ulisses Montarroyos - Integrante / José Anchieta de Brito - Integrante / Paula Machado Ribeiro Magalhães - Integrante / Vinicius Vianney Feitosa Pereira - Integrante / Ana Patrícia Bastos Ferreira - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo a Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco. - Outra.
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2021 - Atual
Bioinformática na Integração de Dados Multi-ômicos em Plantas do Semiárido Nordestino: Caracterização de Alvos Moleculares relacionados à Estresses, Descrição: A capacidade de adaptação das plantas a condições ambientais adversas inicia-se com a percepção do estresse, levando à transmissão e ao processamento de sinais para geração de respostas mediadas por fitormônios, mensageiros secundários, fatores de transcrição, proteínas sinalizadoras e moléculas de defesa. Neste contexto, baseando-se em uma abordagem de ?multi-omics? (multi-ômica), o projeto busca integrar dados oriundos de sequenciamento de genoma e/ou transcriptoma, por exemplo, para prospecção de genes e vias regulatórias associadas a resposta vegetal frente estresses bióticos e abióticos, a partir de dados disponíveis nos repositórios e de novas ferramentas computacionais. Assim, a partir de diferentes ômicas, pretende-se desvendar os principais genes e seus pontos de convergência de regulação, bem como genes com potencial biotecnológico, tais como os Peptídeos Antimicrobianos (AMPs). Portanto, visa a identificação de genes únicos das plantas analisadas, a caracterização de moléculas com potencial terapêutico, bem como a proposição de genes com potencial aplicação no desenvolvimento de variedades mais resistentes, melhorando a produtividade e por consequência lucratividade, geração de emprego e renda para o semiárido nordestino.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Coordenador / Valesca Pandolfi - Integrante / Ferreira Neto, José Ribamar Costa - Integrante / Benko-Iseppon, Ana Maria - Integrante / Rita de Cássia de Moura - Integrante / Fábio Sérgio Barbosa da Silva - Integrante / Geyner Alves dos Santos Cruz - Integrante / Adauto Gomes Barbosa Neto - Integrante / Igor Costa de Amorim - Integrante / Carlos André dos Santos Silva - Integrante / Roberta Lane de Oliveira Silva - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco - Auxílio financeiro.
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2020 - Atual
Big-Data e Computação em Nuvem na Identificação de Substâncias Bioativas Inspiradas na Flora da Caatinga e da Mata Atlântica, Descrição: rojeto aprovado na linha temática 05 (Biotecnologia). O projeto visa ao entendimento das relações planta-patógeno, planta-microbiota (inclusive simbiontes) e planta-ambiente, avaliando seu potencial biotecnológico a partir da prospecção de transcriptomas e genomas de organismos gerados pelo nosso grupo, com ênfase em espécies altamente adaptadas às condições estressantes do Nordeste Brasileiro. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Valesca Pandolfi - Integrante / Ana Christina Brasileiro-Vidal - Integrante / Marx Oliveira de Lima - Integrante / José Ribamar Costa Ferreira Neto - Integrante / Roberta Lane de Oliveira Silva - Integrante / Ana Maria Benko Iseppon - Coordenador / Carolline de Jesús Pires - Integrante / Flavia Aburjaile - Integrante / DE ARAÚJO, FLÁVIA CZEKALSKI - Integrante / BATISTA VILELA, LÍVIA MARIA - Integrante / Carlos André dos Santos Silva - Integrante.
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2020 - Atual
Rationally Designed Antimicrobial Peptides against SARS-CoV-2, Descrição: O projeto pretende projetar peptídeos antimicrobianos (com base em dados ômicos de plantas) para a obtenção de possíveis candidatos para o desenvolvimento de um fármaco terapêutico contra o SARS-CoV-2. Envolve abordagens computacionais, como modelagem, dinâmica e docagem molecular, predição de atividade (machine learning), entre outros. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Marx Oliveira de Lima - Integrante / Ana Maria Benko Iseppon - Coordenador / Flavia Aburjaile - Integrante / Carlos André dos Santos Silva - Integrante / AMADOR, VINÍCIUS COSTA - Integrante.
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2020 - Atual
PlatMAMP - Plataforma para o desenvolvimento racional de peptídeos anti-Sars-CoV-2, Descrição: Projeto aprovado no edital CAPES ? Fármacos e Imunologia - Edital n 11/2020, na área temática "Bioinformática". Área de ação: Desenvolvimento de protótipos de fármacos antivirais e suas formulações farmacêuticas. Envolve o desenho racional de um peptídeo antimicrobiano inspirado em moléculas de plantas nativas e subespontâneas do Brasil.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Valesca Pandolfi - Integrante / Ana Christina Brasileiro-Vidal - Integrante / Sergio Crovella - Integrante / Ana Maria Benko Iseppon - Coordenador / Flavia Aburjaile - Integrante / SAKAMOTO, TETSU - Integrante / Ronald Rodrigues de Moura - Integrante / Valdir de Queiroz Balbino - Integrante / Lucas André Cavalcanti Brandão - Integrante / Roberto Dias Lins Neto - Integrante.
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2019 - 2023
Computational approaches to decipher plant biotic and abiotic interactions based on omics data, Descrição: O projeto visa estruturar e implementar uma rede franco-brasileira de bioinformática e biologia computacional, que deve integrar e fornecer estruturas computacionais de acesso aberto e multiusuário, capazes de desenvolver pesquisas nas áreas de bioinformática e biologia computacional, com base em dados ômicos de plantas tropicais, com foco no entendimento de moléculas envolvidas em interações abióticas e bióticas (incluindo microbiota, com ênfase em simbiontes e fitopatógenos). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / José Ribamar Costa Ferreira Neto - Integrante / Roberta Lane de Oliveira Silva - Integrante / Ana Maria Benko Iseppon - Coordenador / Flavia Aburjaile - Integrante / BATISTA VILELA, LÍVIA MARIA - Integrante / Carlos André dos Santos Silva - Integrante / Vasco Carvalho Azevedo - Integrante.
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2019 - 2023
Bioinformática, Ômicas e Biotecnologia Aplicadas ao Feijão-Caupi visando à Resistência contra Patógenos e Pragas, Descrição: O projeto se baseia no Cowpea Genomics Consortium CpGC coordenado pela nosso grupo que dispõe de um banco de dados moleculares associados a dados transcriptômicos e genômicos de feijão-caupi sob diferentes condições de estresse (seca e inoculação por CABMV e CPSMV). No conjunto, as estratégias deste projeto visam fornecer subsídios para o melhoramento do feijão-caupi e fazer uso de ferramentas de biotecnologia na geração de plantas resistentes às principais doenças e pragas da cultura em nosso país. Aplicações agrícolas, a saber: (1) geração e análise de genomas e transcriptomas do feijão-fradinho (Vigna unguiculata) especialmente visando ao melhoramento quanto à resistência a viroses e tolerância à seca (2) construção de um mapa de ligação do feijão-caupi, necessário para o entendimento da resistência às viroses em questão; (3) obtenção de, no mínimo, uma planta transgênica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Valesca Pandolfi - Integrante / Ana Christina Brasileiro-Vidal - Integrante / Roberta Lane de Oliveira Silva - Integrante / Ana Maria Benko Iseppon - Coordenador / KIDO, EDERSON - Integrante / Ferreira Neto, José Ribamar Costa - Integrante / Flavia Aburjaile - Integrante / DA COSTA, ANTONIO FELIX - Integrante.
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2019 - 2022
Inferências Genômicas e Biotecnológicas aplicadas às Plantas do Nordeste Brasileiro, Descrição: O projeto avaliará o potencial biotecnológico de categorias moleculares específicas, incluindo peptídeos antimicrobianos, fatores de transcrição e genes responsivos à seca e à salinidade ou da resposta cruzada em plantas. Os estudos incluirão prospecção de transcriptomas já gerados pelo nosso grupo a partir de espécies altamente adaptadas às condições estressantes do nordeste Brasileiro, incluindo uma leguminosa arbórea conhecida popularmente como Catingueira (Cenostigma pyramidallis, considerada a planta-símbolo da caatinga), uma leguminosa arbustiva do semiárido (Stylosanthes scabra), além de uma espécie amplamente usada na medicina popular (Calotropis procera, Apocynaceae). Todas as três espécies chamam a atenção pelas condições extremas de estresse que conseguem suportar, sendo consideradas potenciais doadoras de genes/proteínas bioativas. Também dispomos de transcriptomas de plantas cultivadas, como a videira (Vitis vinifera), o feijão-caupi (Vigna unguiculata) e a soja (Glycine max), sob condições de estresse biótico (interação com bactéria, vírus e fungo, respectivamente) e abiótico (déficit hídrico e salinidade). Os transcriptomas já foram processados, anotados e ancorados em genomas de referência (quando disponíveis), estando esses dados e os proteomas conceituais disponíveis em plataformas multiusuários. Também sequenciamos genomas completos de 60 espécies bacterianas dos gêneros Xanthomonas e Acidovorax, cujas ilhas de patogenicidade e virulência estão sendo identificadas para docagem de seus efetores contra genes de resistência de plantas em estudo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Ana Christina Brasileiro-Vidal - Integrante / José Ribamar Costa Ferreira Neto - Integrante / Mauro Guida dos Santos - Integrante / Silvany de Sousa Araújo - Integrante / Ana Maria Benko Iseppon - Coordenador / Flavia Aburjaile - Integrante / Valdir de Queiroz Balbino - Integrante / Vasco Carvalho Azevedo - Integrante / Natoniel Franlin de Melo - Integrante / Reginaldo de Carvalho - Integrante.
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2014 - Atual
Estudo das respostas fisiológicas, genéticas e bioquímicas a estresses abióticos em plantas cultivadas e nativas da Caatinga., Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Maria Benko Iseppon em 12/08/2016., Descrição: Plantas da Caatinga apresentam diferentes estratégias de vida para lidar com fatores de estresses abióticos, podendo ser úteis como fonte de genes para a adaptação e/ou mitigação de culturas agronômicas para a tolerância à seca. No entanto, informações sobre os tipos de mecanismos de tolerância à seca existentes em plantas da Caatinga são ainda escassas. No presente projeto é proposta a identificação de mecanismos ecofisiológicos e bioquímicos para a caracterização da tolerância a estresses abióticos, estudando-se também o papel de genes potencialmente envolvidos na tolerância à seca e à salinidade, em plantas da Caatinga e em culturas de interesse econômico para a região Nordeste, avaliando seu potencial para uso biotecnológico na geração de plantas tolerantes a estresses abióticos. A colaboração entre a Universidade Federal de Pernambuco e a Embrapa Semiárido neste projeto reforça uma colaboração regional já formalizada em projetos de pesquisa e reúne esforços na linha de pesquisa de Genética e Fisiologia Vegetal para o entendimento de mecanismos de tolerância a estresses abióticos e identificação de genes associados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Ana Maria Benko-Iseppon - Coordenador.
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2014 - Atual
Rede InterSys: Biologia Sistêmica no Estudo de Função Gênica em Interações Bióticas., Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Maria Benko Iseppon em 12/08/2016., Descrição: O projeto envolve nove instituições e 17 subprojetos. Pretende estabelecer a rede INTERSYS, voltada para a formação de pessoal e geração de conhecimento científico de alto nível envolvendo interações bióticas a partir de abordagens multidisciplinares de biologia sistêmica (ômicas, biologia celular e bioinformática) através da integração de grupos nacionais e internacionais experientes.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Ana Maria Benko-Iseppon - Coordenador / Sergio Crovella - Integrante.
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2010 - 2015
Mapeamento, Identificação e Validação de Genes a partir do Transcriptoma do Feijão-Caupi (Vigna unguiculata)., Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Maria Benko Iseppon em 12/08/2016., Descrição: O feijão-caupi (Vigna unguiculata) apresenta-se como a principal fonte de proteínas da população do nordeste do Brasil, bem como de vários países da África, tratando-se de uma das leguminosas que menos beneficiaram dos avanços da biotecnologia. Uma ampla gama de genes potencialmente úteis ao melhoramento da cultura encontra-se disponível, tendo sido obtida através de projeto de nosso grupo (edital RENORBIO: Genômica Estrutural e Funcional do Feijão-Caupi), tendo gerado cerca de 21 milhões de sequências sob diversas condições, com ênfase para contrastes sob estresse abiótico (salinidade) e sob as duas principais infecções virais mais importantes para a cultura do feijão-caupi no Brasil. A proposta pretende propiciar o máximo aproveitamento aos dados obtidos até o momento, mantendo o intercâmbio entre os principais grupos atuantes no estudo e melhoramento do feijão-caupi. Inclui a identificação e validação de genes candidatos e também de QTLs potencialmente úteis para fins de melhoramento desta cultura a partir da integração de genes validados dos estudos prévios de transcriptoma e estratégias de mapeamento, de modo a propiciar a rápida conversão dos dados gerados em benefício da cultura vegetal em tela. O mapeamento terá imediata aplicação para o melhoramento convencional, sendo esta estratégia complementada por inferências biotecnológicas, incluindo cultivo, transformação e regeneração in vitro.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Ana Maria Benko-Iseppon - Coordenador.
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2009 - 2012
Plataforma genômica de leguminosas tropicais visando resistência à seca., Descrição: A idéia principal desta plataforma é o desenvolvimento de ferramentas genômicas aplicáveis ao desenvolvimento de cultivares melhoradas das leguminosas mais importantes para países tropicais: feijão-comum, feijão-caupi, soja e amendoim. Por meio da genômica comparativa, a determinação da sintenia gênica entre estas quatro leguminosas poderá facilitar a utilização dos recursos genômicos já existentes, ampliar a utilização de mapas genéticos já gerados (através da transferência de informação de uma espécies para outra) ajudando na previsão da localização de genes de interesse em uma espécie com base no conhecimento já existente da outra. Esta proposta visa gerar marcadores, ferramentas de bioinformática e métodos robustos de desenvolvimento de marcadores relacionados com a resistência a seca, que possibilitem a criação de uma estrutura de genética comparativa entre feijão comum, amendoim, soja e caupi, promovendo a interseção entre os grupos de pesquisa que trabalham com cada uma das quatro espécies. O presente projeto optou pelo estudo de leguminosas tropicais de importância agronômica que estejam filogeneticamente perto o suficiente de seus parentes mais estudados em termos de genética e genômica (Lotus e Medicago), para poderem usufruir dos avanços já alcançados nessas espécies. Além disso, é importante que as espécies a serem incluídas no projeto já tenham desenvolvido um arcabouço genético (mapas genéticos, marcadores moleculares, bibliotecas BAC, entre outros), para que as associações de regiões sintênicas entre os genomas possam ser identificadas no prazo determinado de três anos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Coordenador / Ana Maria Benko-Iseppon - Integrante / Rosana V. Brondani - Integrante.
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2008 - 2011
GenoSoja - Consórcio Nacional para Estudos do Genoma da Soja., Descrição: Trata-se de projeto institucional amplo que pretende associar ao melhoramento genético da soja, as modernas técnicas da biotecnologia. Caberá ao grupo da UFPE, o desenvolvimento para posterior sequenciamento e bioinformática, de bibliotecas SuperSAGE com vistas ao estudo do estresse hídrico (coord: Kido, EA). Está prevista atuação nos seguintes sub-projetos: PROJETO COMPONENTE (PC3) - TRANSCRIPTOMA: visa identificar e caracterizar a expressão de genes e fatores de regulação relacionados com os processos de resposta a estresses abióticos e bióticos em soja, com ênfase a estudos em déficit hídrico, ferrugem asiática da soja, e nematóides. PROJETO COMPONENTE (PC6) - BIOINFORMÁTICA: visa criar um banco de dados com todas as informações geradas no âmbito do projeto, bem como a integração com dados gerados por Instituições de outros países (ex: estudo de sintenia em leguminosas). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Maria Benko Iseppon - Integrante/Tercilio Calsa Junior - Integrante/Valesca Pandolfi - Integrante/Ricardo Vilela Abdelnoor - Coordenador/Elizeu Binneck - Integrante/Alexandre Lima Nepomuceno - Integrante/Francismar Correa Marcelino - Integrante/Maria de Fátima Grossi de Sá - Integrante/Ederson Akio Kido - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro/Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária Cooperação/ Universidade Federal de Pernambuco - Cooperação/Universidade Estadual de Campinas - Cooperação/Universidade Federal de Viçosa - Cooperação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Ana Maria Benko-Iseppon - Integrante / ABDELNOOR, RICARDO V. - Coordenador.
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2006 - 2011
Genômica Estrutural, Funcional e Comparativa da Leguminosa Modelo Vigna unguiculata., Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Maria Benko Iseppon em 12/08/2016., Descrição: O projeto pretende organizar uma rede de laboratórios da região nordeste do Brasil visando desenvolver um programa de análise genômica funcional, estrutural e comparativa em Vigna unguiculata, com o intuito de tornar o feijão-caupi uma cultura altamente produtiva e rentável no futuro, constituindo-se em uma fonte de renda e desenvolvimento no Nordeste brasileiro. Para isso, serão utilizadas ferramentas de genômica expressa (EST e SAGE), relacionadas a diversos aspectos de maior importância para o melhoramento da citada cultura, associadas a técnicas modernas de mapeamento genético assistido por marcadores moleculares. Adicionalmente, pretende-se estabelecer protocolos eficientes para a transformação e regeneração de indivíduos estáveis expressando genes importantes para o rápido melhoramento desta cultura com metodologias biotecnológicas. Além disso, objetiva-se também estabelecer um protocolo de regeneração de plantas via embriogênese somática e a posterior utilização deste protocolo para a obtenção de linhagens transgênicas com características de tolerância à seca. Finalmente a proposta da rede NORDEST foi desenhada de modo a colaborar com a concretização da Rede Nordestina de Biotecnologia (RENORBIO), através da integração dos laboratórios e dos programas de pós-graduação, fomentando assim a formação de pessoal em todos os níveis.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: João Pacifico Bezerra Neto - Integrante / Ana Maria Benko-Iseppon - Coordenador.
Prêmios
2014
Menção Honrosa na área de Genômica, Bioinformática e Biologia de Sistemas, XX Encontro de Genética do Nordeste, Campina Grande, PB, Brasil..
2009
Prêmio CONIC-UFPE, 1º Lugar em Ciências da Vida, Universidade Federal de Pernambuco.
Histórico profissional
Endereço profissional
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Universidade de Pernambuco, Instituto de Ciências Biológicas. , Rua Arnóbio Marques, 310, Santo Amaro, 50100130 - Recife, PE - Brasil, Telefone: (81) 31833300, URL da Homepage:
Experiência profissional
2016 - 2020
Universidade Federal de PernambucoVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de Pós-doutorado Jr, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2005 - 2016
Universidade Federal de PernambucoVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estudante, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
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06/2008
Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Ciências Biológicas, Departamento de Genética.,Linhas de pesquisa
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01/2017
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Tópicos Especiais III
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02/2016 - 12/2016
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Genética Mendeliana
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01/2016
Ensino, Biologia Vegetal, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Solo-Planta-Atmosfera
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01/2016
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Introdução à Bioinformática e Biologia de Sistemas
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01/2014
Ensino, Biologia Vegetal, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Relações Solo-Água-Planta-Atmosfera
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01/2013
Ensino, Ciências Biológicas/Bacharelado, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Citogenética
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07/2012 - 11/2012
Ensino, Biologia Vegetal, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Relações Solo-Água-Planta-Atmosfera
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06/2008 - 12/2009
Estágios , Centro de Ciências Biológicas, Departamento de Genética.,Estágio realizado, Bioinformática.
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02/2008 - 06/2008
Estágios , Centro de Ciências Biológicas, Departamento de Genética.,Estágio realizado, Citogenética Humana.
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02/2007 - 08/2007
Estágios , Centro de Ciências Biológicas, Departamento de Zoologia.,Estágio realizado, Biologia e Ecologia de Escorpiões.
2020 - Atual
Universidade de PernambucoVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Biólogo, Carga horária: 30
Atividades
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01/2024
Ensino, Biologia Celular e Molecular Aplicada, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática
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04/2020
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Ciências Biológicas.,Linhas de pesquisa
2024 - 2024
Escola De Aplicação Do RecifeVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor de Biologia, Carga horária: 26
Criando um monitoramento
Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todos os processos de João Pacífico Bezerra Neto e sempre que o nome aparecer em publicações dos Diários Oficiais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário
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