César Manuel Vargas Benítez

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Produções bibliográficas

• HATTORI, L. T. ; GUTOSKI, M. ; BENITEZ, C. M. V. ; Luiz Fernando Nunes ; LOPES, H. S. . A benchmark of optimally folded protein structures using integer programming and the 3D-HP-SC model. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY , v. 84, p. 107192-8, 2020.

• HATTORI, L. T. ; PINHEIRO, B.A. ; FRIGORI, R. B. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . PathMolD-AB: Spatiotemporal Pathways of Protein Folding using Parallel Molecular Dynamics with a Coarse-Grained Model. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY , v. 88, p. 107301, 2020.

• BENITEZ, C. M. V. ; Parpinelli, R.S. ; Cordeiro, J. ; LOPES, H. S. . Performance Analysis of Swarm Intelligence Algorithms for the 3D-AB off-lattice Protein Folding Problem. Journal of Multiple-Valued Logic and Soft Computing , v. 22, p. 267-286, 2014.

• BENITEZ, C. M. V. ; Scalabrin, M. ; Parpinelli, R.S. ; LOPES, H. S. . Population-based harmony search using GPU applied to protein structure prediction. International Journal of Computational Science and Engineering , v. 9, p. 106, 2014.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Ab-Initio Protein Folding Using Molecular Dynamics and a Simplified Off-Lattice Model. Journal of Bionanoscience , v. 7, p. 391-402, 2013.

• BENITEZ, C. M. V. ; Parpinelli, R.S. ; LOPES, H. S. . Parallelism, hybridism and coevolution in a multi-level ABC-GA approach for the protein structure prediction problem. Concurrency and Computation , v. 24, p. 635-646, 2012.

• BENITEZ, C. M. V. ; Scalabrin, M. ; ERIG, C. R. ; LOPES, H. S. . Reconfigurable Hardware Computing for Accelerating Protein Folding Simulations Using the Harmony Search Algorithm and the 3D-HP-Side Chain Model. Lecture Notes in Computer Science , v. 7017, p. 363-374, 2012.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Protein Structure Prediction With The 3D-HP Side-Chain Model Using a Master-Slave Parallel Genetic Algorithm. Journal of the Brazilian Computer Society (Impresso) , v. 16, p. 69-78, 2010.

• WEINERT, W.R. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. ; ERIG, C. R. . Simulation of the dynamic behavior of one-dimensional cellular automata using reconfigurable computing. Lecture Notes in Computer Science , v. 4419, p. 385-390, 2007.

• Vargas Benítez, César Manuel ; Weinert, Wagner ; Lopes, Heitor Silvério . Gene Expression Programming for Evolving Two-Dimensional Cellular Automata in a Distributed Environment. Studies in Computational Intelligence. 1ed.Heidelberg: Springer International Publishing, 2015, v. 570, p. 107-117.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Molecular Dynamics for Simulating the Protein Folding Process Using the 3D AB Off-Lattice Model. In: Souto, Marcilio C. and Kann, Maricel G.. (Org.). Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 1ed.Berlin Heidelberg: Springer, 2012, v. 7409, p. 61-72.

• BENITEZ, C. M. V. ; Parpinelli, R.S. ; LOPES, H. S. . Parallel Approaches for the Artificial Bee Colony Algorithm. In: Bijaya Ketan Panigrahi; Yuhui Shi; Meng-hiot Lim. (Org.). Handbook of Swarm Intelligence ? Concepts, Principles and Applications Series on Adaptation, Learning, and Optimization. n.aed.Berlin: SPRINGER, 2011, v. 8, p. 329-346.

• BENITEZ, C. M. V. ; Chidambaram, C. ; Hembecker, F. ; LOPES, H. S. . A comparative study of machine learning and evolutionary computation approaches for protein secondary structure classification. In: Heitor Silverio Lopes, Leonardo Magalhães Cruz. (Org.). Bioinformatics. 0ed.Rijeka-Croatia: Intech, 2011, v. v, p. 239-258.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Parallel Artificial Bee Colony Algorithm Approaches for Protein Structure Prediction Using the 3DHP-SC Model. Studies in Computational Intelligence. N/Aed.Heidelberg: Springer-Verlag, 2010, v. 315, p. 255-264.

• FABRI, L. D. ; HATTORI, L. T. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . A molecular dynamics approach to protein aggregation using the 3D-AB off-lattice model.. In: Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2019, Pato Branco. Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2019.

• PINHEIRO, B.A. ; HATTORI, L. T. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Study of the folding pathway of globular proteins using molecular dynamics with the coarse-grained model. In: Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2019, Pato Branco. Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR. Curitiba, 2019. v. 24.

• BERNO, B. C. S. ; ALBINI, L. A. ; TASSO, V. C. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Gene Expression Programming Approach for Vehicle Body Segmentation and Color Recognition. In: Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, 2019, Belém. Anais do XIV Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, 2019. p. 1-8.

• HATTORI, L. T. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . A Novel Approach to Protein Folding Prediction based on Long Short-Term Memory Networks: A Preliminary Investigation and Analysis. In: IEEE World Congress on Computational Intelligence, 2018, Rio de Janeiro, Brazil. Proceedings of IEEE WCCI. Piscataway: IEEE Press, 2018.

• HATTORI, L. T. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . A Deep Bidirectional Long Short-Term Memory Approach Applied to the Protein Secondary Structure Prediction Problem. In: 4th IEEE Latin American Conference on Computational Intelligence LA-CCI, 2017, Arequipa. Proceedings of the 4th IEEE LA-CCI. NJ: IEEE Press, 2017.

• AQUINO, M. R. ; RIBEIRO, M. ; GUTOSKI, M. ; BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . A Gene Expression Programming Approach for Evolving Multi-Class Image Classifiers. In: 4th IEEE Latin American Conference on Computational Intelligence LA-CCI, 2017, Arequipa. Proceedings of 4th IEEE LA-CCI. Piscataway. NJ: IEEE Press, 2017.

• BENÍTEZ, CÉSAR M.V. ; PARPINELLI, RAFAEL STUBS ; Lopes, Heitor Silvério . An Ecologically-inspired Parallel Approach Applied to the Protein Structure Reconstruction from Contact Maps. In: the 2016, 2016, Denver. Proceedings of the 2016 on Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion - GECCO '16 Companion, 2016. p. 1299-1306.

• BENITEZ, C. M. V. ; Parpinelli, R.S. ; LOPES, H. S. . A Heterogeneous Parallel Ecologically-inspired Approach Applied to the 3D-AB off-lattice Protein Structure Prediction Problem. In: BRICS-CCI & CBIC 2013, 2013, Porto de Galinhas, Brazil. Proceedings of BRICS-CCI & CBIC, 2013.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Hierarchical Parallel Genetic Algorithm applied to the three-dimensional HP Side-Chain Protein Folding Problem. In: 2010 IEEE Conference on Systems, Man and Cybernetics (SMC2010), 2010, Istanbul. 2010 IEEE Conference on Systems, Man and Cybernetics (SMC2010), 2010. v. 0. p. 2669-2676.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . A Parallel Genetic Algorithm for Protein Folding Prediction Using the 3DHP Side Chain Model. In: 2009 IEEE Congress on Evolutionary Computation (IEEE CEC 2009), 2009, Trondheim, Norway. Proceedings of IEEE Congress on Evolutionary Conference, 2009. p. 1297-1304.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Algoritmo genético aplicado à predição da estrutura de proteínas utilizando o modelo 3D-HP Side Chain. In: ENIA - VII Encontro Nacional de Inteligência Artificial, 2009, Bento Gonçalves, RS. ENIA - VII Encontro Nacional de Inteligência Artificial, 2009.

• BENITEZ, C. M. V. ; WEINERT, W.R. ; LOPES, H. S. . Lógica reconfigurável para autômatos celulares 2007. In: XI Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica (PIBIC), 2007, Curitiba. Anais do XI Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica (PIBIC), 2007. v. v.1.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. ; RODRIGUES, R. ; ERIG, C. R. . Modelagem, simulação e controle de motor DC em lógica reconfigurável por hardware.. In: X Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica (PIBIC), 2005, Curitiba. Anais do X Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica (PIBIC), 2005. v. 1. p. 29-32.

• Meira, A.C. ; BENITEZ, C. M. V. . A Parallel Bioinspired approach to the Protein Folding Problem using a coarse-grained model. In: X-Meeting 2017, 2017, São Pedro - SP. 13th International Conference of the AB3C, 2017.

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Um Algoritmo Genético Paralelo Hierárquico Aplicado ao Problema de Dobramento de Protenas com Modelo Tridimensional. In: 1a Escola Luso-Brasileira de Computação Evolucionária (ELBCE), 2009, Belo Horizonte. Brasil. 1a Escola Luso-Brasileira de Computação Evolucionária (ELBCE), 2009.

• BENITEZ, C. M. V. . O Problema de Dobramento de Proteínas: um dos problemas mais importantes não resolvidos pela ciência e o papel da Ciência da Computação. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BENITEZ, C. M. V. ; WEINERT, W.R. ; LOPES, H. S. . Gene Expression Programming for evolving two-dimensional Cellular Automata in a distributed environment. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Molecular Dynamics for Simulating the Protein Folding Process Using the 3D AB Off-Lattice Model. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BENITEZ, C. M. V. ; LOPES, H. S. . Um Algoritmo Genetico Paralelo Hierarquico Aplicado ao Problema de Dobramento de Protenas com Modelo Tridimensional. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2017 - 2020

  Inteligência Computacional e Computação Paralela Aplicadas ao Problema de Dobramento de Proteínas, Descrição: O Problema de Dobramento de Proteínas (PDP) é considerado um dos desafios abertos mais importantes da Biologia e Bioinformática. Esta proposta descreve as atividades de pesquisa a serem desenvolvidas no Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica e Informática Industrial (CPGEI) da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) com a coordenação do proponente, Prof. Dr. César Manuel Vargas Benítez. Propõe-se o estudo do Problema de Dobramento de Proteínas (PDP), agregação de proteínas e a aplicação de abordagens de Inteligência Computacional, Computação Paralela e Dinâmica Molecular à predição de pathways (ou caminhos) de dobramento de proteínas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: César Manuel Vargas Benitez - Coordenador / heitor silverio lopes - Integrante / Rafael Bertolini Frigori - Integrante / Leandro Takeshi Hattori - Integrante / Lia Ayumi Takiguchi - Integrante / Andrey Cabral Meira - Integrante / Lucas Destefani Fabri - Integrante / Bruna Pinheiro - Integrante / Miguel Ferreira Chagas Neto - Integrante.

• 2013 - Atual

  Predição de pathways de dobramento de proteínas com processamento paralelo, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Heitor Silvério Lopes em 19/10/2015., Descrição: Este trabalho tem por objetivo desenvolver e aplicar um método computacional baseado emFísica Computacional, Computação Evolucionária e Computação Paralela para o problema de dobramento de proteínas e, particularmente, para a descoberta do comportamento temporal assumido pela cadeia de aminoácidos de uma proteína ao se dobrar para a sua conformação nativa.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: César Manuel Vargas Benitez - Integrante / heitor silverio lopes - Coordenador., Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - Atual

  Sistemas bio-inspirados aplicados na resolução de problemas complexos, Descrição: O objetivo deste projeto é a pesquisa e desenvolvimento de técnicas computacionais bio-inspiradas e suas aplicações em problemas de engenharia e ciência da computação. As principais técnicas a serem utilizadas neste projeto são as inseridas nas áreas de computação evolucionária e inteligência de enxames. Por serem abordagens populacionais, ou seja, compostas por um conjunto de soluções candidatas, este projeto visa também explorar o uso de arquiteturas paralelas como clusters e unidades de processamento gráfico para aumentar a eficiência computacional na resolução de problemas complexos. Alguns exemplos de problemas a serem abordados são o dobramento de proteínas, problemas de engenharia estrutural, projeto de filtros digitais e problemas combinatoriais, entre outros. Outro objetivo específico deste projeto é o estudo e definição de estratégias para trabalhar estas técnicas bio-inspiradas de maneira híbrida e/ou cooperativa.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . , Integrantes: César Manuel Vargas Benitez - Integrante / heitor silverio lopes - Coordenador / Rafael stubs parpinelli - Integrante / Marlon Scalabrin - Integrante / Daniel Rossato - Integrante / Fabio Teodoro - Integrante / ROBERTO OLIVEIRA SANTOS - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 12

• 2005 - Atual

  Desenvolvimento de algoritmos para bioinformática utilizando lógica reconfigurável por hardware, Descrição: CNPQ 506479/2004-8. Este projeto propõe o desenvolvimento de algoritmos baseados em lógica reconfigurável por hardware. Serão explorados a modularidade, o paralelismo e a capacidade de processamento inerentes a projetos baseados em lógica reconfigurável, aplicando estas características em problemas relevantes da Tecnologia da Informação. Particularmente, pretende-se aplicar esta tecnologia a dois problemas relevantes e de alta complexidade da área de bioinformática: alinhamento múltiplo de proteínas e determinação da estrutura de proteínas utilizando o modelos Hidrofóbico-Polar (32D/3D).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . , Integrantes: César Manuel Vargas Benitez - Integrante / heitor silverio lopes - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2005 - Atual

  Desenvolvimento de técnicas computacionais avançadas para a predição da estrutura de proteínas, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Heitor Silvério Lopes em 26/03/2015., Descrição: CNPQ 402018/2003-6. O objetivo do projeto é desenvolver algoritmos heurísticos, baseados em computação evolucionária, para a determinação da estrutura de proteínas, através de modelos de treliça bi e tridimensionais. Mais especificamente, pretende-se estudar os modelos de treliça 2D e 3D e aplicar algoritmos genéticos (AG), otimização por colônias de formigas (ACO) e otimização por enxame de partículas (PSO), linguagens formais e autômatos celulares ao problema de folding de proteínas propondo soluções melhoradas através da hibridização com métodos de busca local. Posteriormente, serão estabelecidas métricas para a comparação do desempenho dos modelos propostos com estruturas proteicas conhecidas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (2) . , Integrantes: César Manuel Vargas Benitez - Integrante / Wagner Weinert - Integrante / heitor silverio lopes - Coordenador / Marcos Paulo Scapin - Integrante / Mauricio Perretto - Integrante / Ernesto Luis Malta Rodrigues - Integrante / Nórton Jody Murata - Integrante / Lauro César Galvão - Integrante / Luiz Fernando Nunes - Integrante / Carlos Raimundo Erig Lima - Integrante / Cristiano Jory - Integrante / Ohara Kerusauskas Rayel - Integrante / Guilherme Munhoz Ferreira Pereira - Integrante / Nilton Barbosa Armstrong Júnior - Integrante / Reginaldo Bitello - Integrante / Leonardo Gomes Tavares - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

Prêmios