Gisele Vieira Rocha

Bacharel em Física pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), mestre e doutora pelo Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas do Instituto Oswaldo Cruz (CAPES 5 / BCS-Fiocruz), com doutorado sanduíche na École Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS-Paris-Saclay). Realizou pós-doutorado no Instituto Gonçalo Moniz (Fiocruz-BA) e no Centro de Biotecnologia e Terapia Celular (CBTC) do Instituto D'Or de Pesquisa e Ensino BA e Fiocruz-BA. Possui sólida experiência em modelagem computacional, com ênfase em dinâmica molecular, modos normais e análise de redes. Atualmente, dedica-se à análise de grandes volumes de dados ômicos, incluindo transcriptomas e proteomas, além da aplicação de aprendizado de máquina para integrar abordagens computacionais e biológicas. Seu trabalho visa a identificação de novos alvos terapêuticos no câncer e o reposicionamento de fármacos, combinando inteligência artificial e biologia de sistemas para impulsionar descobertas na área biomédica.

Informações coletadas do Lattes em 02/04/2026

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas

2016 - 2020

Fundação Oswaldo Cruz
Título: Caracterização do potencial alostérico da catepsina K baseado na comunicação intramolecular através de redes de correlação dinâmica
Orientador: em École Normale Supérieure de Cachan ( David Perahia)
com , Ano de obtenção: 2020. Leonardo Soares Bastos. Coorientador: Maurício Garcia de Souza Costa. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Alosteria; Modos Normais; Dinâmica Molecular; Catepsina K; Redes de Correlação Dinâmica.Grande área: Ciências Biológicas

Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas

2013 - 2015

Fundação Oswaldo Cruz
Título: Implementação de Cálculo de Potenciais de Superfície Molecular para a Estimativa de Drogabilidade, Ano de Obtenção: 2015
Floriano Paes Silva Júnior.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Drogabilidade; proteína-alvo; potenciais moleculares; Potencial Lipofílico Molecular; Potencial de doadores e aceptore de Hidrogênio.Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Fisica

2007 - 2012

Universidade Federal do Rio de Janeiro

Pós-doutorado

2021

Pós-Doutorado. , Instituto D'Or de Pesquisa e Ensino, IDOR, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação Maria Emília, FME, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Biotecnologia.

2021

Pós-Doutorado. , Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação Maria Emília, FME, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Francês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física.

Organização de eventos

ROCHA, G. V. ; TAVARES, T. V. ; HORACIO, E. C. A. . Special Interest Group: Machine Learning. 2021. (Congresso).

Participação em eventos

I Simpósio de Bioinformática da UEMA..Introdução à modelagem molecular aplicado ao desenvolvimento de fármacos. 2021. (Simpósio).

IV Escola Brasileira de Modelagem Moleclar. Characterization of the allosteric network in Cathepsin K by computational methods. 2017. (Congresso).

ISCB-LATIN AMERICA X-MEETING IN BIOINFORMATICS WHIT BSB AND SoiBio. Implementation of a method to calculate lipophilic and hydrogen bonding surface potentials for proteome-wide studies on the druggability of protein cavities. 2014. (Congresso).

VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.Cálculo de potenciais de superfície para cavidades de macromoléculas do proteoma de Tripanosoma cruzi.. 2014. (Encontro).

BSB & X-Meeting 2013. Implementation of a fast method for calculating electrostatic potential on protein cavities for proteome-wide studies.. 2013. (Congresso).

XXXIV Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica,Artística e Cultural.Algoritmos Genáticos aplicados à docagem proteína-ligante. 2012. (Outra).

XXXII IBERIAN LATIN-AMERICAN CONGRESS ON COMPUTATIONAL METHODS IN ENGINEERING. Algoritmos Evolutivos Aplicados à Docagem Ligante-Proteína. 2011. (Congresso).

XXXIII Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica, Artística e Cultural.Algoritmos Evolutivos na Docagem Proteínas-Ligantes. 2011. (Seminário).

Métodos Matemáticos em Biologia de Populações III.Relações de Facilitação. 2010. (Oficina).

XXXII Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica, Artística e Cultural.Magnetismo no Grafeno. 2010. (Seminário).

XXXI Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica.O Modelo de Hubbard e a Rede Honeycomb. 2009. (Seminário).

XXX Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica.O Modelo de Hubbard e a Rede Honeycomb. 2008. (Seminário).

Orientou

Eldsamira Mascarenhas

AVALIAÇÃO IN SILICO DO PERFIL DE EXPRESSÃO GÊNICA ENTRE HOMENS E MULHERES COM CÂNCER DE PULMÃO NÃO PEQUENAS CÉLULAS SUBTIPO ESCAMOSO; ; 2022; Dissertação (Mestrado em Pesquisa Clinica e Translacional) - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Maria Emília; Coorientador: Gisele Vieira Rocha;

Vanessa Dybal Bertoni

Identificação e Validação de Marcadores da Transição Epitélio-Mesenquimal em células tronco tumorais em tumores primários e metastáticos de mama; ; 2022; Dissertação (Mestrado em Pesquisa Clinica e Translacional) - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Maria Emília; Coorientador: Gisele Vieira Rocha;

Produções bibliográficas

DA SILVA, KÁTIA NUNES ; MARIM, FERNANDA MARTINS ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; COSTA-FERRO, ZAQUER SUZANA MUNHOZ ; FRANÇA, LUCIANA SOUZA DE ARAGÃO ; NONAKA, CAROLINA KYMIE VASQUES ; PAREDES, BRUNO DIAZ ; ROSSI, ERIK ARANHA ; LOIOLA, ERICK CORREIA ; ADANHO, CORYNNE STEPHANIE AHOUEFA ; CUNHA, RACHEL SANTANA ; SILVA, MAYCK MEDEIROS AMARAL DA ; CRUZ, FERNANDA FERREIRA ; COSTA, VIVIAN VASCONCELOS ; ZANETTE, DALILA LUCÍOLA ; ROCHA, CLARISSA ARAÚJO GURGEL ; AGUIAR, RENATO SANTANA ; ROCCO, PATRICIA RIEKEN MACEDO ; SOUZA, BRUNO SOLANO DE FREITAS . Functional heterogeneity of mesenchymal stem cells and their therapeutic potential in the K18-hACE2 mouse model of SARS-CoV-2 infection. Stem Cell Research & Therapy , v. 16, p. 15 (2025), 2025.
NONAKA, CAROLINA KYMIE VASQUES ; DE JESUS RIBEIRO, ADLAS MICHEL ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; DA HORA, HELENA SOUZA ; JUNIOR, ANTÔNIO AUGUSTO FONSECA ; LIMA, FERNANDA DE MACÊDO ; BASTOS, IASMIN NOGUEIRA ; TELES, SAMARA ALVES SA ; WEBER, THAMIRES GOMES LOPES ; COSTA, VANESSA FERREIRA ; COSTA-FERRO, ZAQUER SUZANA ; ROCHA, CLARISSA ARAÚJO GURGEL ; SARDI, SILVIA INÊS ; SOARES, GÚBIO ; MENDES, ANA VERENA ALMEIDA ; SOUZA, BRUNO SOLANO DE FREITAS . Assessing the Clinical Impact of the SARS-CoV-2 Gamma Variant on Intensive Care Unit Admissions: Insights from a Reference Hospital in Northeastern Brazil. Viruses-Basel , v. 16, p. 467, 2024.
CAVALCANTE, BRUNO RAPHAEL RIBEIRO ; FREITAS, RAÍZA DIAS ; SIQUARA DA ROCHA, LEONARDO DE OLIVEIRA ; SANTOS, ROBERTO DE SOUZA BATISTA DOS ; SOUZA, BRUNO SOLANO DE FREITAS ; RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; GURGEL ROCHA, CLARISSA ARAÚJO . In silico approaches for drug repurposing in oncology: a scoping review. Frontiers in Pharmacology , v. 15, p. 1, 2024.
SALES, CAROLINE BRANDI SCHLAEPFER ; DIAS, ROSANE BORGES ; DE FARO VALVERDE, LUDMILA ; BOMFIM, LARISSA M. ; SILVA, LAIS ALMEIDA ; DE CARVALHO, NANASHARA C. ; BASTOS, JORGE LUIZ ANDRADE ; TILLI, TATIANA MARTINS ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; SOARES, MILENA BOTELHO PEREIRA ; DE FREITAS, LUIZ ANTONIO RODRIGUES ; GURGEL ROCHA, CLARISSA A. ; BEZERRA, DANIEL P. . Hedgehog components are overexpressed in a series of liver cancer cases. Scientific Reports , v. 14, p. 19507 (2024), 2024.
COSTA-FERRO, ZAQUER SUZANA MUNHOZ ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; DA SILVA, KATIA NUNES ; PAREDES, BRUNO DIAZ ; LOIOLA, ERICK CORREIA ; SILVA, JOHNATAS DUTRA ; SANTOS, JOHN LENON DE SOUZA ; DIAS, ROSANE BORGES ; FIGUEIRA, CLÁUDIO PEREIRA ; DE OLIVEIRA, CAMILA INDIANI ; DE MOURA, LUDMILLA DAVID ; RIBEIRO, LÍGIA NUNES DE MORAIS ; DE PAULA, ENEIDA ; ZANETTE, DALILA LUCÍOLA ; ROCHA, CLARISSA ARAÚJO GURGEL ; ROCCO, PATRICIA RIEKEN MACEDO ; SOUZA, BRUNO SOLANO DE FREITAS . GMP-compliant extracellular vesicles derived from umbilical cord mesenchymal stromal cells: manufacturing and pre-clinical evaluation in ARDS treatment. CYTOTHERAPY , v. 26, p. 1013-1025, 2024.
CAVALCANTE, BRUNO RAPHAEL RIBEIRO ; FREITAS, RAÍZA DIAS ; SIQUARA DA ROCHA, LEONARDO DE OLIVEIRA ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; DE CARVALHO PACHÊCO, TÚLIO COSME ; PEREIRA RAMOS, PABLO IVAN ; GURGEL ROCHA, CLARISSA ARAÚJO . In silico approaches for drug repurposing in oncology: Protocol for a scoping review of existing evidence. PLoS One , v. 17, p. e0271002, 2022.
ROCHA, GISELE V. ; BASTOS, LEONARDO S. ; COSTA, MAURICIO G. S. . Identification of Potential Allosteric Binding Sites in Cathepsin K Based on Intramolecular Communication. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS , v. 88, p. 1675-1687, 2020.
SOARES, RAFAEL F. ; ANTUNES, DEBORAH ; SANTOS, LUCIANNA H. S. ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; BASTOS, LEONARDO SOARES ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA R. ; CAFFARENA, ERNESTO R. . Studying effects of different protonation states of His11 and His102 in ribose-5-phosphate isomerase of Trypanosoma cruzi : an example of cooperative behavior. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 37, p. 1-10, 2019.
ROCHA, G. V. ; PINA, J. L. S. ; GUIMARAES, S. ; de LIMA, Beatriz S. L. P. . Algoritmos Genéticos Aplicados à Docagem Proteína-Ligante. In: CILAMCE XXXII, 2011, Ouro Preto - MG. Book of Abstracts and Proceedings, 2011.
DYBAL, VANESSA ; CAVALCANTE, BRUNO R. ; ROCHA, GISELE V. ; GURGEL, CLARISSA . Abstract P6-13-01: EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION AND TUMOR STEM CELLS NETWORK IDENTIFICATION IN BREAST CARCINOMAS: IN SILICO STUDY. Cancer Research , 2023.
ROCHA, G. V. ; Maria Gabriela Tofalini ; RODRIGUES, M. ; CAVALCANTE, BRUNO R. ; SILVA, V. S. ; SOARES, M. B. P. ; SANTOS, B. S. F. ; DUARTE, A. ; GURGEL, CLARISSA . Machine Learning-Driven Drug Repositioning for Oral Squamous Cell Carcinoma: A Predictive Approach Using Affinity2Vec. 2025. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
ROCHA, G. V. . Tópicos em Bioinformática. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
ROCHA, G. V. . Tópicos em Bioinformática. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

2022 - Atual

Perfil de Expressão Gênica na Resistência Terapêutica do Câncer de Cólon e sua Relação com o Microambiente Tumoral, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Vieira Rocha - Integrante / Clarissa Araújo Gurgel Rocha - Coordenador / Priscila Doria - Integrante.
2021 - Atual

Celulas-tronco pluripotentes induzidas e organoides cerebrais como ferramentas para o estudo de variantes patog#8192;nicas do gene SCN2A no neurodesenvolvimento e na fisiopatologia dos transtornos do espectro autista, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Vieira Rocha - Integrante / Bruno Solano de Freitas Santos - Coordenador / Carolina Kymie Vasques Nonaka - Integrante / Bruno Diaz Paredes - Integrante.
2020 - Atual

Heterogeneidade funcional das células-tronco mesenquimais e fatores preditores de potencial imunomodulatório de relevância para o desenvolvimento de terapias celulares, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Vieira Rocha - Integrante / Zaquer Costa Ferro - Integrante / Kátia Silva - Integrante / SOUZA, BRUNO SOLANO DE FREITAS - Coordenador.
2020 - Atual

Big Data, DrugBank e Plataforma de ensaios 3D (esferóides) para a validação do reposicionamento de fármacos para o tratamento oncológico, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Vieira Rocha - Integrante / DYBAL, VANESSA - Integrante / GURGEL, CLARISSA - Coordenador.

Prêmios

2017

Menção Honrosa, IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular.

Histórico profissional

Endereço profissional

Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz. , Fundação Oswaldo Cruz, Manguinhos, 21040900 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil - Caixa-postal: 68528, Telefone: (21) 25984242

Experiência profissional

2021 - Atual

Instituto D'Or de Pesquisa e Ensino

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2020 - Atual

Centro de Biotecnologia e Terapia Celular

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2020 - Atual

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2010 - 2012

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluna pesquisadora

Outras informações:
Aluna de Graduação (Física-Bacharelado) orientada pelas professoras Solange Guimarães e Beatriz de Souza Pires de Lima. Projeto: Algoritmos Genáticos aplicados à docagem proteína-ligante.

2008 - 2010

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluna pesquisadora

Outras informações:
Aluna de graduação (Bacharelado em Física) orientada pela professora Thereza Cristina Lacerda Paiva. Projeto: Diagrama de fases para o modelo de Hubbard na rede honeycomb.

2013 - Atual

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: Doutorado, Enquadramento Funcional: Pesquisa e Desenvolvimento, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

07/2021
Pesquisa e desenvolvimento, Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz - BA.Linhas de pesquisa

2024 - 2025

Universidade Federal da Bahia

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor substituto, Carga horária: 20

2021 - 2024

Fundação Maria Emília

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-doutorado, Carga horária: 40