Rommel Thiago Jucá Ramos

Engenheiro de Computação, Mestre e Doutor em Genética e Biologia Molecular (Bioinformática) - UFPA. Atualmente é professor Associado III da Faculdade de Biotecnologia (ICB/UFPA). Orientador nos Programas de Pós-graduação: Bioinformática - UFMG (CAPES 7), Genética e Biologia Molecular - UFPA (CAPES 6), Biotecnologia - UFPA (CAPES 5) e Engenharia Elétrica - UFPA (CAPES 5) na área de inteligência computacional. A principal linha de pesquisa está relacionada a área monitoramento do meio ambiente, através de métodos moleculares como genômica e metagenômica, ao uso de sensores no contexto de Internet of Things (IoT) além de desenvolver softwares. Membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências (2018-2022) e Coordenador da Área de Genética de Microrganismos e Bioinformática da Sociedade Brasileira de Microbiologia (SBM) de 2020-2023. Já orientou 21 projetos de iniciação científicas, 10 trabalhos de conclusão de curso, 14 dissertações e 5 teses. Supervisionou 4 estágios de pós-doutoramento, e atualmente supervisiona 2 pós-doutorandas. Atua junto a Fundação Guamá em projetos de pesquisa e Inovação na área de Biotecnologia e TIC.

Informações coletadas do Lattes em 17/09/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular

2011 - 2012

Universidade Federal do Pará
Título: Pipeline para obtenção de genomas bacterianos por sequenciamento semicondutor (Grau de doutor obtido com louvor)
Artur Luiz da Costa da Silva. Palavras-chave: Bioinformática; montagem de genomas; Sequenciador semi-condutor.

Mestrado em Genética e Biologia Molecular

2008 - 2011

Universidade Federal do Pará
Título: Desenvolvimento de um suite de aplicativos computacionais para suporte à montagem de genomas bacterianos a partir de leituras curtas
, Ano de Obtenção: 2011.Artur Luiz da Costa da Silva.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Bioinformática; Biologia molecular; Genoma; Qualidade de sequências.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Linguagens de Programação. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.

Especialização em Gerência de Projetos de Softwares

2007 - 2008

Universidade Federal do Pará
Título: Garantia da Qualidade na Engenharia de Requisitos
Orientador: Arnaldo José de Miranda

Especialização em Redes de Computadores

2002 - 2003

Universidade Federal do Pará
Título: Acesso a uma base de dados via web
Orientador: Francisco Edson Rocha

Graduação em Engenharia de Computação

2003 - 2007

Faculdade Estácio de Belém, Estácio Belém
Título: Arquitetura para um SMA no contexto de um ambiente de treinamento em SQL
Orientador: Silvana Rossy Brito

Graduação em Analista de Sistemas

2000 - 2002

Universidade da Amazônia

Formação complementar

2009 - 2009

Extensão universitária em V Curso de Verão em Bioinformárica. (Carga horária: 70h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2008 - 2008

Curso de Implementador MPS-BR. (Carga horária: 24h). , Núcleo Softex Campinas, SOFTEX CAMPINAS, Brasil.

2008 - 2008

Análise de Pontos de Função: Fundamentos. (Carga horária: 8h). , FATTO, FATTO, Brasil.

2008 - 2008

Capacitação Análise de Pontos de Função. (Carga horária: 16h). , FATTO, FATTO, Brasil.

2007 - 2007

Curso de Introdução ao MPS-BR. (Carga horária: 16h). , Sociedade para Promoção da Excelência do Software Brasileiro, SOFTEX, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Computacional.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genomica Computacional.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica e Metagenômica.

Organização de eventos

AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Ramos, R. T. J. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. ; CERDEIRA, L. T. ; ALMEIDA, S. S. . Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração NGS-SOLiD. 2010. (Outro).

SILVA, A. ; Ruiz, J. C. ; ALMEIDA, S. S. ; AZEVEDO, V. ; CUADROS, S. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; DFONSECA, V. ; OLIVEIRA, G. C. ; Orellana, Sara Cuadros ; Resende, D. ; SOARES, S. . Workshop Bioinformática. 2009. (Outro).

Participação em eventos

IV Simpósio Norte Nordeste de Bioinformática.Metagenômica da água: meio ambiente e saúde humana e animal. 2019. (Simpósio).

Gene Time Conference 2018.Da montagem de genomas à integração de dados biológicos. 2018. (Seminário).

II Genética em Foco.Montagem de genomas e integração de dados biológicos, um desafio para a biologia computacional. 2018. (Seminário).

I SEMANA TECNOLÓGICA DE INFORMÁTICA DE PARAGOMINAS.BIOLOGIA COMPUTACIONAL - CONCEITOS E APLICAÇÕES. 2017. (Seminário).

24nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology.GapBlaster - A graphical gap filler for prokaryote genomes. 2016. (Encontro).

23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. The Mithocondrial Genome Assembly of Buffalo from the Marajó island (Brazil). 2015. (Congresso).

Dia do profissional de Informática.Bioinformática: computação aplicada à resolução de problemas biológicos. 2015. (Outra).

22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. B4D - Blast2GO for Dummies. 2014. (Congresso).

International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering. The impact of quality filter for RNA-Seq data over differential expression profile. 2014. (Congresso).

ISCB-Latin American. The impact of quality filter for RNA-Seq based reference over differential gene expression for prokaryotes. 2014. (Congresso).

ISCB-Latin American. 2014. (Congresso).

59o Congresso Brasileiro de Genética. High Efficiency of a mate-paired library from semiconductor sequencer for microbial de novo genome assmebly. 2013. (Congresso).

II Simpósio de Biotecnologia da UFBA.I Simpósio de Genômica Funcional e Biologia Sistêmica de Microrganismos. 2013. (Simpósio).

Primeiro Simpósio Brasileiro de Ensino, Pesquisa e extensão em Bioinformática.Desafios para analise transcriptomica de procariotos. 2013. (Simpósio).

V Semana Acadêmica de Biotecnologia.Perspectivas em Bioinformática. 2013. (Outra).

X-meeting. 2013. (Congresso).

28⁰ Reunião de Genética de Microrganismos. 2012. (Outra).

58⁰ Congresso Brasileiro de Genética. Methanogenesis from genomic perspective - Bioinformatic Challenges. 2012. (Congresso).

Centro Argentino Brasileiro de Biotecnologia (CABBIO).De Los Genes a Las Proteínas: Introducción al Análisis Global de Expresión Génica. 2012. (Simpósio).

Curso de Verão em Bioinformática Estrutural (UFMG). 2012. (Outra).

RNASeq (UFMG). 2012. (Outra).

26 Congresso Brasileiro de Microbiologia. Genomas procariotos: next gen e bioinformática em parceria com Applied Biosystens. 2011. (Congresso).

Life Technologies - Next Gen Sequencing Experience.De novo assembly tools. 2011. (Encontro).

Workshop de Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos.Workshop de Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos. 2011. (Outra).

X-meeting. De novo Genome Assembly. 2011. (Congresso).

Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia. 2010. (Encontro).

Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia.Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração NGS-SOLiD: Sequenciamento, montagem e anotação de um genoma bacteriano. 2010. (Encontro).

Congresso Brasileiro de MicroBiologia. Sequenciamento dos genomas de linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando a plataforma SOLiD.. 2009. (Congresso).

Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática.A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. 2009. (Simpósio).

V Curso de Verão em Bioinformática - FMRP/USP. 2009. (Oficina).

Workshop de Bioinformática -Applied Biosystems do Brasil. 2009. (Outra).

Workshop Sobre Sequenciamento de Nova Geração, IRR - FIOCRUZ. 2009. (Outra).

X-meeting 2009. Short Read and Bacterial Genome Assembly: a corynebacterium experience.. 2009. (Congresso).

Curso de Implementador MPS-BR.Implementador MPS-BR. 2007. (Outra).

Curso de introdução ao MPS-BR.Curso de introdução ao MPS-BR. 2007. (Outra).

Simpósio Brasileiro de Qualidade de Software. 2007. (Simpósio).

Participação em bancas

Aluno: PATRICIA NASCIMENTO DA SILVA

CARNEIRO, A. R.; SILVA, E. O.;Cruz, A. C. R.Rommel TJ Ramos. Caracterização de Exossomas secretados por macrófagos derivados de THP-1 em infecção in vitro por Corynebacterium pseudotuberculosis. 2019. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Rafael Cabus Gantois Santos

Azevedo, VascoTiwari, S.; OLIVEIRA, C. J. F.;SOARES, S. C.RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA. An in silico Identification of putative vaccine and drug targets in Chlamydophila pneumoniae: a reverse vaccinology and subtractive genomics based approach. 2019. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Ailton Lopes de Souza

BARAÚNA, RAFAEL A.; MORAES, J. M.; FOLADOR, ADRIANA R. C.; RAMOS, R. T. J.. PhageWeb - Interface web para rápida identificação e caracterização de profagos em genomas bacterianos. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Ana Judith Pires Garcia Quaresma

LIMA, K. V. B.; COSTA, A. R. F.; SOUSA, M. S.; VIEIRA, J. L. F.; QUARESMA, J. A. S.;Ramos, R. T. J.. Caracterização fenotípica e molecular da resistência a claritromicina em Mycobacterium abscessos isolados no estado do Pará. 2018. Dissertação (Mestrado em BIOLOGIA PARASITÁRIA NA AMAZÔNIA) - Universidade do Estado do Pará.

Aluno: Roberta Rezende de Castro

SCHNEIDER, M. P. C.; SILVA, A. L. C.; FIORI, M.; RAMOS, R. T. J.. Genes biosintéticos e sistemas CRISPR-Cas em Synechocystis salina LEGE 0699 a parir do genoma isolado de minimetagenoma. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Bruno Dustan Andrade de Souza

MOREIRA, F. C.; SANTOS, A. K. C. R.; LOPES, K. P.;RAMOS, R.T.J.. GUIwebSeq: sistema em ambiente web para análise de dados de RNA-seq. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: André de Souza Santos

PACHECO, L. G. C.;AZEVEDO, V.; CASTRO, T. L. P.;RAMOS, R.T.J.ABURJAILE, F. F.. As bases genômicas para os perfis bioquímicos variáveis obtidos em testes de identificação de patógenos emergentes do gênero Corynebacterium (searching whole genome sequences for biochemical identification features of emerging and reemerging pathogenic Corynebacterium species). 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: José Flávio de Souza Dias Junior

ALVES, R.; SALES JUNIOR, C. S.;JUCA RAMOS, ROMMEL; KAWASAKI, REGIANE; OHASHI, O.. Uma abordagem baseada em módulos para análise de perfis de expressão diferencial de genomas completos. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Larissa Maranhão Dias

CARNEIRO, A. R.SANTOS, A. V.; DAS GRAÇAS, DIEGO A;Ramos, Rommel T. J.. Estudo de genômica comparativa de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 226 (biovar ovis). 2015. Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Jorianne Thyeska Castro Alves

Carneiro,Adriana RSILVA, A.Rafael BaraúnaRamos, Rommel T. J.. Perfil de expressão diferencial de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 258 submetida à condição de estresse ácido in vitro. 2015. Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Jaqueline Conceição Meireles Gomes

Carneiro,Adriana RRafael Baraúna; AZEVEDO, J. S. N.;Ramos, R. T. J.. Montagem e Análise Comparativa do genoma da bactéria psychrobacter sp ENNN9_III. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Adriano Marques Viegas

Darnet S.; BARAÚNA, RAFAEL A;Schneider, MPC.RAMOS, ROMMEL T. Otimização da montagem de novo de transcriptoma de plantas não modelo. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Diego César Batista Mariano

AZEVEDO, V.; Miguel Ortega; REIS, S.;JUCA RAMOS, ROMMEL. SIMBA: uma ferramenta web para gerenciamento de montagem de genomas bacterianos. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Rafael Ribeiro Barata

AGUIAR, D. C. F.; SOUZA, C. R. B.;Ramos, Rommel Thiago Jucá; GONCALVES, E. C.. Análise genômica do microbioma cultivável endofítico dr frutos de dendê. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Adonney Allan de Oliveira Veras

SILVA, A.Carneiro,Adriana R; SANTOS, A. K. R.;Ramos, Rommel Thiago J. AutoAssemblyD: Software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML. 2014. Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Mariana Passos Santana

Azevedo, VascoPINTO, A. C.Ramos, Rommel Thiago Jucá; SORIANI, F. M.;Carneiro,Adriana R. Análise transcricional de Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi, linhagem 258, a partir de montagem ab initio: enfoque nos processos biológicos dos stimulons ácido, térmico e osmótico. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Daniel Rios Garza

MORAIS, L. L. C. S.; NUNES, M.;Ramos, Rommel Thiago Jucá; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.; MARINHO, A. N. R.. Estudo da relação entre lisogenia e diversificação ecotípica mediada por fagos na evolução rápida do vibrio cholerae. 2014. Dissertação (Mestrado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas.

Aluno: ANDRÉ MAURÍCIO RIBEIRO DOS SANTOS

SOUZA, S. J.; SCHNEIDER, I.; Darnet S.;Ramos, Rommel T.J.. Diversidade de indels em sítios de ligação de fatores de transcrição (TFBS) humanos. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Daniel Rios Garza

MORAIS, L. L. C. S.; NUNES, M.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.;Ramos, Rommel T. J.. Estudo da relação entre lisogenia e diversificação ecotípica na evolução rápida do Vibrio cholerae. 2014. Dissertação (Mestrado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas.

Aluno: Maíse Gomes Queiroz

MCCULLOCH, J.; MORAIS, L. L. C. S.; LIMA, K. V. B.; RAMOS, R. T. J.. Estudo e caracterização dos elementos genéticos móveis que conferem resistência às carbapenemas de Klebsiella pneumoniae. 2013. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Siomar de Castro Soares

Azevedo, VascoGÓES-NETO, ARISTÓTELES; FIGUEIREDO, HENRIQUE CÉSAR PEREIRA;Tiwari, S.RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA. Pan-genomics applications in taxonomy, probiotic and theraupeutics. 2019. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: ANDRÉ MAURÍCIO RIBEIRO DOS SANTOS

RAMOS, R. T. J.; SOUZA, S. J.; GUERREIRO, J. F.; ARAUJO, G. S.; OLIVEIRA, G. C.. VARIABILIDADE GENÉTICA HUMANA: APLICAÇÕES POPULACIONAIS, FUNCIONAIS E MÉDICAS. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Marcos de Barros Braga

SILVA, A. L. C.; MOREIRA, F. C.; BARAUNA, R. A.; GUIMARÃES, L. C.;RAMOS, R.T.J.. UMA NOVA ABORDAGEM PARA DETECÇÃO E ELIMINAÇÃO DE REDUNDÂNCIA EM CONTIGS NGS NA FINALIZAÇÃO DE GENOMAS PROCARIOTOS UTILIZANDO BLOOM FILTER E LSH. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Priscila di Paula Bessa Santana

MIRANDA, M.; OHASHI, O.; CORDEIRO, M.; ALMEIDA, N. N. C.;JUCA RAMOS, ROMMEL. Perfil Transccriptômico de oócitos maturados e blastocistos de búfalo (Bubalus bubalis) produzidos in vitro. 2017. Tese (Doutorado em Ciência Animal) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Adonney Allan de Oliveira Veras

FOLADOR, A. R. C.;GUIMARAES, L. C.; BARAUNA, R. A.; GRACAS, D. A.;Ramos, R. T. J.. Nova abordagem para viabilizar análises pangenômicas a partir de genomas não finalizados. 2017. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Luis Carlos Guimarães

Azevedo, VascoSOARES, S. C.Rommel TJ Ramos; GRUBER, A.; FERNANDES, G. R.; Miguel Ortega. Comparative genomics and pan-genomics study of genus corynebacterium. 2015. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Larissa Luz Gomes

SANTOS, A. K. R.; BURBANO, R. M. R.; MOREIRA, F. C.; SANTANA, A. L.;Ramos, Rommel Thiago J. Perfil de expressão diferenciada de miRNA no câncer gástrico usando rede neurais artificiais self organizing-maps (SOM). 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Carlos Murilo Tenório Maciel

Schneider H.;SILVA, A.; Darnet, Sylvain; Sampaio I. M;Ramos, Rommel Thiago J. Transcriptomas do macrobrachium amazonicum desenvolvido no sequenciador Ion Torrent TM. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Henrique Velloso Ferreira Melo

Miguel Ortega; RODRIGUES, M. R.; Lobo, Francisco P.; BLEICHER, L.;Ramos, Rommel Thiago Jucá. Ferramentas e serviços online para a análise da origem cladística de genes e vias metabólicas. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Fabiano Cordeiro Moreira

SANTOS, A. K. R.; SANTOS, S. E. B.; ASSUMPCAO, P. P.; SCHNEIDER, I.; SOUZA, S. J.;Ramos, Rommel T.J.. Análise in silico da expressão diferencial de microRNAs no câncer gástrico. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Rafael Azevedo Baraúna

SILVA, A.pellizari, V. H.; Darnet S.;Carneiro,Adriana RRommel TJ. Proteoma diferencial e caracterização da proteína reguladora da síntese de ácidos graxos em Exiguobacterium antarticum b7. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Diego Assis da Graças

SILVA, A.pellizari, V. H.; SANTOS, A. K. R.; AZEVEDO, J. S. N.;Rommel TJ Ramos. Micro-organismos no reservatório da usina hidrelétrica de Tucuruí: diversidade genética e genômica. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Danielle Costa Carrara Couto

Schneider, Maria Paula C.; FIORI, M.; XAVIER, L.;Carneiro, Adriana RibeiroRamos, Rommel T. J.. Predição de produtos naturais utilizando técnicas de mineração de dados e um banco de dados integrado de genômica comparativa sobre cianobactérias: cianobr. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Amjad Ali

Azevedo, Vasco Ariston Carvalho; Lobo, Francisco P.; Miguel Ortega; VILELA, L. F. F.;Thiago Jucá Ramos, Rommel. Comparative Microbial Genomics: Pangenomics and Pathogenomics of Corynebacterium, Campylobacter and Helicobacter. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Syed Shah Hassan

Azevedo, Vasco Ariston Carvalho; FERREIRA, R. S.; ARNI, R. K.;Ramos, Rommel Thiago Jucá; SANTORO, M. M.; SORIANI, F. M.; BLEICHER, L.. Modelome Derived Intra-Species Broad Spectrum Drug and Vaccine Targets Identification in the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Siomar de Castro Soares

AZEVEDO, V.; Tauch, Andreas; LELOIR, Y.; SETUBAL, J.; DURHAM, A.;Ramos, RT; Miguel Ortega. Pan-genomics analyses of pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis and characterization of the biovars ovis and equi thrugh comparative genomics. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: André Luiz Alves de Sá

SCHNEIDER, M. P. C.; Schneider H.; SOUZA, M. N. V.; RAMOS, R. T. J.. Caracterização estrutural e diversidade do MHC do Peixe-Boi. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: FABRICIO ALMEIDA ARAUJO

GUIMARAES, L. C.; MIRANDA, M. S.; BARAUNA, R. A.;RAMOS, R.T.J.. Genômica comparativa do búfalo brasileiro. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Rafael Ribeiro Barata

NUNES, M. R. T.; SILVA, S. H. M.; CARVALHO, V. L.;RAMOS, R.T.J.. Identificação e caracterização genômica dos micovírus de fungos obtidos em amostras de solo no Pará, Brasil. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Virologia) - Instituto Evandro Chagas.

Aluno: Alyne Cristina Sodré Lima

SILVA, A. L. C.; BARAUNA, R. A.;GUIMARAES, L. C.; RAMOS, R. T. J.. Identificação in silico e caracterização do agrupamento do gene TOX em Corynebacterium pseudoturbeculosis. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Leonardo Jacomo Valadares

ASSUMPCAO, P. P.; BRITO, C. M.; DEMACHKI, S.;RAMOS, R.T.J.. Identificação por sequenciamento WHOLE METAGENOMIC SHOTGUN de agentes infecciosos no bioma do colo uterino em pacientes com câncer do colo do útero. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em ONCOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Adonney Allan de Oliveira Veras

Thiago Jucá Ramos, RommelCarneiro,Adriana RRafael Baraúna; GUIMARÃES, LUIS CARLOS. Desenvolvimento de pipeline para finalização de genomas eucariotos com abordagens de Big Data. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Adonney Allan de Oliveira Veras

FOLADOR, A. R. C.;GUIMARAES, L. C.; BARAUNA, R. A.;RAMOS, R.T.J.. Desenvolvimento de abordagem computacional para análise comparativa de genomas não finalizados. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Janaína Mota de Vasconcelos

GUERREIRO, J. F.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.;RAMOS, ROMMEL T; MAIA, M. H. T.. Emergência e potencial propagação do Chikungunya Vírus (Chikv) no Brasil. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Pablo Caracciolo Gomes de Sá

Ramos, Rommel TJ; Darnet, Sylvain; OLIVEIRA, E. H. C.. Montagem do genoma do sabiá-laranjeira (Turdus Rufiventris): a ave símbolo do Brasil. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Janaína Mota de Vasconcelos

SENA, L.; SANTOS, E.; NUNES, M.;Ramos, R. T. J.. Epigenética das células Natural Killer primárias na resposta imune inata na febre da dengue. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Eudes Guilherme Vieira Barbosa

Miguel Ortega; Lobo, Francisco P.;Ramos, Rommel Thiago Jucá. On the limits of Computactional functional genomics for bacterial lifestyle prediction. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Priscila di Paula Bessa Santana

MIRANDA, M.;Carneiro, Adriana RibeiroRamos, Rommel T. J.; SARAIVA, N. Z.. Perfil transcriptômico de embriões bubalinos pré-implantacionais produzidos in vitro e in vivo. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência Animal) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: LAYANNA FREITAS DE OLIVEIRA

BURBANO, R. M. R.;Vasconcelos P.; VALLINOTO, A. C. R.;Ramos, Rommel T. J.. Perfil epigenético circulante durante a infecção pelo Dengue vírus, identificado por RNA-Seq. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Thiago Mafra Batista

Ramos, Rommel; BARTHOLOMEU, D. C.; Lobo, Francisco P.. Sequenciamento de novo, montagem e análise dos genomas da cepa probiótica Saccharomyces boulardii e da cepa Saccharomyces cerevisiae UFMG A-905, uma possível levedura probiótica. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Diogo Marinho Almeida

SILVA, A.CARNEIRO, A. R.; RAMOS, R. T. J.. Métodos Computacionais para biologia de sistemas: alinhamento e simulação de redes biológicas. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Ingrid Paola Canto Gomes de Oliveira

COSTA, A. R. F.; SILVA, S. H. M.;Ramos, R. T. J.. INVESTIGAÇÃO DOS MECANISMOS DE RESISTÊNCIA AOS MACROLÍDEOS EM ISOLADOS CLÍNICOS DE MYCOBACTERIUM ABSCESSUS A PARTIR DE SEQUENCIAMENTO DE NOVA GERAÇÃO E SUAS APLICAÇÕES EM SAÚDE PÚBLICA. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Epidemiologia e Vigilância em Saúde) - Instituto Evandro Chagas.

Aluno: Yan Patrick de Moraes Pantoja

FOLADOR, A. R. C.;GUIMARAES, L. C.RAMOS, R.T.J.. Desenvolvimento de uma plataforma web para análises de genômica comparativa. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Nelielma Garcia de Oliveira Prestes

Cruz, A. C. R.; MARTINS, L. C.;RAMOS, R.T.J.. Estudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de vertebrados em mamíferos não voadores procedentes do Município de Viseu, no Estado do Pará-Brasil. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Virologia) - Instituto Evandro Chagas.

Aluno: Ailton Lopes de Sousa

BARAUNA, R. A.; MORAES, J. M.;RAMOS, R.T.J.. PhageWeb - Interface web para rápida identificação e caracterização de profagos em genomas bacterianos. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Glen Jasper Yupanqui Garcia

CARNEIRO, A. R.; GRACAS, D. A.; RAMOS, R. T. J.. Desenvolvimento de um pipeline para análises de metagenomas da UHE de Tucuruí com a plataforma de sequenciamento ion torrent. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Sônia Robledo Ferreira

Schneider, MPC.; XAVIER, L.;Ramos, R. T. J.. Detecção de Cianotoxinas em ambientes oligotróficos e eutróficos de Macapá-AP. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Fabrício Almeida de Araújo

Darnet S.;SILVA, A.RAMOS, ROMMEL T. Estudo da influência da Qualidade do Sequenciamento em Next-generation mapping em plantas. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Luciano Chaves Franco Filho

SILVA, A.; CARNEIRO, ADRIANA;Rommel T. J. Ramos. Análise pan-genômica do gênero Desulfovibrio. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: ANDRÉ MAURÍCIO RIBEIRO DOS SANTOS

Ramos, Rommel Thiago Jucá; Darnet S.. Diversidade de INDELS em sítios de ligação de fatores de transcrição humanos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Jaqueline Conceição Meireles Gomes

Carneiro,Adriana RSILVA, A.Rommel TJ. Montagem e análise comparativa do genoma da bactéria psicrotrófica psychrobacter sp. ennn9_III. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Adriano Marques Viegas

Darnet S.;SILVA, A.Ramos, Rommel T. J.. Montagem de novo híbrida de transcriptoma de planta não modelo. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Kenny da Costa Pinheiro

Rommel TJ; SENA, C.;Carneiro,Adriana R. Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Rafael Ribeiro Barata

MCCULLOCH, J.; Darnet S.;Ramos, Rommel Thiago Jucá. Análise Genômica do Microbioma Cultivável Endofítico de Frutos de Dênde (Elaeis guineenses Hacq.). 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: David Klemerson da Silva

NUNES, M.;Ramos, Rommel Thiago Jucá; GONCALVES, E.. Predição in silico de microRNAs de Cianobactérias. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Wendel de Oliveira Castro

SILVA, A.; Darnet S.; RAMOS, R. T. J.. Draft da montagem de novo de Haloferax volcanii. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Andréia do Socorro de Sousa Silva

SILVA, A.CARNEIRO, A. R.; RAMOS, R. T. J.. Montagem e Anotação do Genoma da Corynebacterium Ulcerans FRC58. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Amália Raiana Fonseca Lobato

Ramos, R. T. J.; FOLADOR, ADRIANA R. C.; CAVALCANTE, ANA LIDIA QUEIROZ. Caracterização de sequencias provenientes de profagos em genomas de corynebacterium pseudoturbeculosis. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Dhara Yasmim de Freitas

BARAUNA, R. A.; GRACAS, D. A.;Ramos, R. T. J.. Isolamento, identificação e caracterização de bactéria multirresistente a antibióticos isolada do lago água preta, Belém-PA. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Sávio de Souza Costa

FOLADOR, A. R. C.;GUIMARAES, L. C.RAMOS, R.T.J.. Análise da expressão de genes de reparo de DNA em Corynebacterium pseudoturbeculosis em resposta a condições de estresse abiótico. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Fabio Malcher Miranda

RAMOS, R.T.J.; SAMPAIO NETO, N. C.;CARNEIRO, A. R.. Desenvolvimento de um programa de computador GAPBLASTER: uma ferramenta gráfica para fechamento de GAPs em genomas procariotos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Diego Freira Barreto

CARNEIRO, A. R.; ALVES, J. T. C.; BARAUNA, R. A.;RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA. Caracterização genética de Klebsiella sp. linhagem c28, cepa multirresistente a antibióticos de último recurso isolado no lago água preta, manancial de Belém,Pará. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Ailton Lopes de Sousa

RAMOS, R.T.J.; PIRES, Y. P.;GUIMARAES, L. C.. Ambiente computacional para identificação e caracterização de fagos em genomas bacterianos. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: EDUARDO LEÃO DE ALMEIDA

XAVIER, L.; NASCIMENTO, L. A. S.;Ramos, R. T. J.. Identificação e Caracterização in silico de novas enzimas alfa-amilase obtidas a partir do DNA metagenômico da microbiota endofítica do mesocarpo do fruto de elaeis guineesis jacq. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Davi Toshio Inada

NUNES, M.;Ramos, R. T. J.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.. Montagem genômica de quatro novos vírus sequenciados por pirosequenciamento, através da utilização de abordagem de novo. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Ana Lídia Queiroz Cavalcante

Carneiro,Adriana RRamos, Rommel T. J.; GRAÇAS, DIEGO A. Perfil de expressão diferencial de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 258 submetida à condição de estresse térmico. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: GEOVANI DE OLIVEIRA RIBEIRO

MORAIS, L. L. C. S.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.;Ramos, Rommel T. J.. Ferramentas filogenômicas para predição de dados epidemiológicos de Vibrio cholerae. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Acácio Freitas Nogueira

SCHNEIDER, I.; MIRANDA, M.;Ramos, Rommel T.J.. Clonagem do elemento cis-regulatório CsC de Callorhinchus milii e Homo sapiens. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Daniel Rios Garza

MORAIS, L. L. C. S.;Ramos, Rommel Thiago J; MCCULLOCH, J.. Genética e Dinâmica Evolutiva do Vibrio Cholerae na Amazônia. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Eriston Ramos / Oziel Ramos

CARNEIRO, C.;Ramos, Rommel Thiago Jucá; AMORIN, F.. Jogos de Matemática da sŕie Gcompris na formação docente do 1º ciclo do ensino fundamental da escola municipal de ensino fundamental professora Elza Maria Corrêa Dantas. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

Aluno: Andrea Abreu e Maryan Rodrigues

GOMES, M.;Ramos, Rommel T.J.; MAIA, A.. Inclusão digital nas escolas de educação infantial do município de Capitão Poço. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

Aluno: José Soares e Tancredo Almeida

MAIA, A.;Ramos, Rommel TJ; HELY, M.. Proposta de um sistema para automatizar rotinas administrativas escolares. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

Aluno: Francisca Andreia Oliveira e Maria Verônica

CARNEIRO, C.;Ramos, Rommel Thiago Jucá; AMORIN, F.. A receptividade dos professores do ensino fundamental em relação ao laboratório de informática em três escolas de Capitão Poço. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

Aluno: Rosilene Lima de Souza

SILVA, H. A. N.;Ramos, Rommel Thiago Jucá. Informática na Educação: uma proposta para a grade curricular no ensino fundamental maior (6º ano ao 9º ano) no município de Garrafão do Norte. 2013 - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

Aluno: YAISA GOMES DE CASTRO

SANTOS, A. V.; Darnet S.; RAMOS, R. T. J.. Predição de Genes de resistência em pimenteira-do-reino. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Alex Ranieri Jerônimo Lima

GONCALVES, E. C.; RAMOS, R. T. J.; FRANCES, R. S. K.; COUTO, D. C. C.. Análise genômica de cianobactéria em cultura não axênica. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

Aluno: Ellen Sarah, Hugo Talisman e José Afonso

COSTA, Danielle Fonseca; SILVA, Osiel Marlon Negrão da;Ramos, Rommel. ITV: Protótipo de aplicação interativa para TV Digital baseado em um reality show utilizando o middleware Ginga. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Adam dos Santos, Andre Franco, Bruce Ferreira e Jose Tadeu

Ramos, Rommel; HAGE FILHO, A. J.; SILVA, Osiel Marlon Negrão da. Automaçao de vestibulares com agendamento de prova eletronica informatizada: um estudo de caso FEAPA. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Luciana Matos, Mário Sousa,Orlando Soares e Roberto Ferreira

SARMANHO NETO, M.;Ramos, R. T. J.; HAGE FILHO, A. J.. A importância da implantação de um sistema especialista para gerenciamento de energia elétrica na empresa de processamento de dados do Estado do Pará - PRODEPA. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Fredson Silva Pinto e Rafael Salles

HAGE FILHO, A. J.;Ramos, R. T. J.; SILVA, Osiel Marlon Negrão da. Compras Coletivas: um estudo de caso na construção de um sistema. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Felipe Bastos Penin e Jhemeson Clyff Farias da Luz

COSTA, Danielle Fonseca; DAMASCENO, R. R.;Ramos, R. T. J.. Imaginário Amazônico ? Realidade Aumentada Aplicada a Jogos Educacionais Utilizando o Lendário Amazônico. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Kenny C

SILVA, Osiel Marlon Negrão da;Ramos, R. T. J.; COSTA, Danielle Fonseca. P. Ramos, Aline C. M. Piteiro e Clésio O. Alves.Ferramenta GED para Hospital: Proposta de Desenvolvimento de uma Ferramenta GED para o Controle de Prontuários Médicos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Marcos Barros, Ítalo Sarraf, Antônio Leite e Lenisson Costa

HAGE FILHO, A. J.; NASCIMENTO, M. G.;Ramos, R. T. J.. Proposta para o Desenvolvimento de um Projeto de um Sistema de Informação para Gerenciamento de Ferramentas de Apoio a Profissionais Liberais. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Julio R

FREIRE, J. A. S. S.; COSTA, Danielle Fonseca;Ramos, R. T. J.. C. Mota, Everson C. R. Santana.Sistema Gerencial Inteligente para Coorperativas: Proposta de Desenvolvimento de um Sistema Gerencial Inteligente para Cooperativas Utilizando Técnicas de Inteligência Artificial. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Aluno: Jorge Cecílio,Fernando Júnior,Aline Pereira,Thiago Oliveira

HAGE FILHO, A. J.; FREIRE, J. A. S. S.;Ramos, R. T. J.. Proposta de Implementação de um DatawareHouse para Faculdades. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

Ramos, R. T. J.. Autorização do curso de Redes de Computadores. 2007. Faculdade de Castanhal.

Orientou

ANA LUZIA LEITE FERNANDES

Bioprospecçãp de patotipos de de E; coli cirlculantes no Rio Cereja em Brangança; Início: 2025; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

VALERIA ALVES CHAVES

Metagenômica Comparativa em diferentes manejos de pimenta; Início: 2024; Dissertação (Mestrado profissional em Biotecnologia Aplicada à Agropecuária) - Universidade Federal Rural da Amazônia; (Orientador);

ELTON COSTA FRANCO ANTUNES

Desenvolvimento de uma plataforma para caracterização de plasmídeos em dados metagenômicos com algoritmos de inteligência computacional; Início: 2023; Dissertação (Mestrado profissional em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

CLAUDIA MARIA REYES GUTIERREZ

Avaliação do potencial da atividade lítica de Fagos contra Pseudomonas isolados de águas com diferentes graus de impacto antropogênico; Início: 2023; Dissertação (Mestrado profissional em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará; (Orientador);

DARALYNS BORGES MACEDO

Identificação de patógenos de peixes em amostras de rios da amazônia para fins de prevenção de doenças; Início: 2025; Tese (Doutorado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará; (Orientador);

DAVID TAVARES MARTINS

Exploração do viroma de rios Amazônicos com foco em biomarcadores de poluição; Início: 2024; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

SANDY INGRID AGUIAR ALVES

Monitoramento ambiental com abordagens moleculares e bioinformática; Início: 2024; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

VICTOR BENEDITO COSTA FERREIRA

Plataforma Integrada para processamento de dados metagenômicos e busca de padrões; Início: 2023; Tese (Doutorado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará; (Orientador);

CARLOS WILLIAN DIAS DANTAS

IDENTIFICAÇÃO DE FAGOS PARA O COMBATE A BACTÉRIAS RESISTENTES A ANTIBIÓTICOS A PARTIR DA DADOS METAGENÔMICOS; Início: 2021; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

OSCAR VICTOR CARDENAS ALEGRIA

Início: 2024; Universidade Federal do Pará;

DARALYNS BORGES MACEDO

Estudo de SSR no melhoramento genético em Brycon orbignyanus; 2023; Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

THAIS MAYARA CASTRO DOS ANJOS

Bioprospecção de genótipos associados a biorremediação em dados metagenômicos; 2023; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, ; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

DAVID TAVARES MARTINS

Análise de Viroma de amostras de água e sua relação com as atividades socioeconômicas na Amazônia; 2022; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

THAIS AZEVEDO CARDOSO

Avaliação de elementos repetitivos em espécies de primatas; 2022; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, ; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

SANDY INGRID AGUIAR ALVES

DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA WEB PARA A IDENTIFICAÇÃO E ANÁLISE EM LARGA ESCALA DE MICROSSATÉLITES COMO POTENCIAIS MARCADORES EM AGENTES INFECCIOSOS; 2022; Dissertação (Mestrado em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários) - Universidade Federal do Pará, SECTET - Governo do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Victor Benedito

DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA WEB PARA MONTAGEM DE DADOS METAGENOMICOS E REALIZAÇÃO DE ANÁLISES FUNCIONAIS; 2021; Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, ; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Wylerson Guimarães Nogueira

Identificação computacional de alvos de drogas e candidatos a vacinas em Mycoplasma genitalium; 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Sebastião Rodrigues da Costa Neto

SEBASTIAO RODRIGUES DA COSTA NETO; 2020; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Jailton Wagner Rodrigues Tavares

Avaliação de parâmetros físico-químicos de água por inteligência computacional quanto ao ganho de peso na piscicultura; 2020; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, ; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Glen Jasper Yupanqui Garcia

Desenvolvimento de pipeline para montagem de dados metagenômicos; 2018; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Ailton Lopes de Sousa

Ambiente Computacional para caracterização e identificação de fagos em genomas bacterianos; 2018; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Fabio Malcher Miranda

Aprimorando montagens metagenômicas através do particionamento de dados de sequenciamento pelo conteúdo GC; 2018; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Amália Raiana Fonseca Lobato

Bioprospecção de genomas de bacterianos e de arqueas a partir do metagenoma de águas no lago bolonha na cidade de belém do pará; 2018; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

CARLOS WILLIAN DIAS DANTAS

Identificação de candidatos a biomarcadores do desenvolvimento do câncer oral a partir da análise do mirnoma obtido por plataformas de sequenciamento de alto rendimento; 2018; Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Yan Patrick de Moraes Pantoja

Desenvolvimento de uma plataforma wev para aprimoramento de análises de pan-genoma a partir da melhoria da montagem de genomas; 2017; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

EDIAN FRANKLIN FRANCO DE LOS SANTOS

Abordagem computacional para a identificação de candidatos a genes housekeeping por meio de técnicas de aprendizado de máquina em dados de RNA-seq de Corynebacterium pseudotuberculosis; 2015; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Kenny da Costa Pinheiro

Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração; 2015; Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, ; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Wendel de Oliveira Castro

Montagem do genoma de Haloferax sp; ; 2014; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Wylerson Guimarães Nogueira

Caracterização do resistoma de rios da Amazônia para fins de monitoramento do impacto ambiental dos protocolos anti-COVID-19; 2021; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Ana Lídia Cavalcante

Transcriptoma diferencial da infecção de linhagem celular de macrófagos de murino por Corynebacterium pseudotuberculosis; 2017; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, ; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

EDIAN FRANKLIN FRANCO DE LOS SANTOS

Caracterização de microRNAs como possíveis marcadores de infecção por Corynebacterium pseudotuberculosis em linhagens celulares de murino através de técnicas de aprendizado de máquina; 2017; Tese (Doutorado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

FABRICIO ALMEIDA ARAUJO

Aplicação de técnicas de data mining na classificação de genes co-regulados no grupo CMNR (Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia e Rodococcus); 2016; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Kenny da Costa Pinheiro

Avaliação do viés GC em montagem de genomas procariotos para a redução de gaps; 2015; Tese (Doutorado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, ; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Adonney Allan de Oliveira Veras

Nova abordagem para viabilizar análises pan-genômicas a partir de genomas não finalizados; 2014; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

OSCAR VICTOR CARDENAS ALEGRIA

2023; Universidade Federal do Pará, ; Rommel Thiago Juca Ramos;

Jonas Elias Castro da Rocha

2023; Universidade Federal do Pará, ; Rommel Thiago Juca Ramos;

Renato da Silva Bandeira

2022; Universidade Federal do Pará, ; Rommel Thiago Juca Ramos;

Luis Carlos Guimarães

2017; Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Rommel Thiago Juca Ramos;

Daanilo José Serrão Conceição

Identificação de marcadores microbiológicos de impacto antropogênico com base na correlação entre parâmetros físico-químicos e microbiológicos; 2025; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Telecomunicações) - Universidade Federal do Pará, FUNDACAO AMAZONIA DE AMPARO A ESTUDOS E PESQUISAS - FAPESPA; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

SANDY INGRID AGUIAR ALVES

IDENTIFICAÇÃO E CARACTERIZAÇÃO DE PADRÕES MICROSSATÉLITES EM GENOMAS DE Corynebacterium pseudotuberculosis; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Wylerson Guimarães Nogueira

Predição in silico de alvos antigênicos em pan-exoproteoma de Corynebacterium pseudotuberculosis; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Sávio de Souza Costa

Análise da expressão de genes de reparo de DNA em Corynebacterium pseudoturbeculosis em resposta a condições de estresse abiótico; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Ailton Lopes de Sousa

Ambiente computacional para indentificação e caracterização de fagos em genomas bacterianos; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Fabio Malcher Miranda

DESENVOLVIMENTO DO PROGRAMA DE COMPUTADOR GAPBLASTER: UMA FERRAMENTA GRÁFICA PARA FECHAMENTO DE GAPS EM GENOMAS PROCARIOTOS; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Paulo Miranda

Desenvolvimento de um pipeline para análise de metagenomas com dados de sequenciadores high-throughput; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

WILLIAM DOS SANTOS

Avaliação dos algoritmos aplicados a correção de erros de sequenciamento; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Kezia Mota e Nádia Sulivan

Proposta de software para o controle financeiro de uma instituição religiosa; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Elaine Vaz, Pedro Fernando Marinho e Wendell de Oliveira

Desenvolvimento de um software com processamento distribuído para avaliação de qualidade de dados produzidos por sequenciadores de nova geração; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Edriely Carrera, Francinéia Soares, Jorge Luís e Julio Cesar

Proposta de desenvolvimento de um sistema web utilizando a tecnologia joomla: Estudo de caso da panificadora Médice; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Maria Eduarda Ferreira Ferreira

Desenvolvimento de uma plataforma web para montagem de metagenomas; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Bioprocessos) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

SANDY INGRID AGUIAR ALVES

Identificação e caracterização de padrões de microssatélites em dados metagenômicos oriundos de Recursos Hídricos Amazônicos por abordagem One Health; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Lucas Darvio Pastana Leite

Caracterização matéria obscura microbiana através de técnicas de aprendizado profundo; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Biomédica) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

SANDY INGRID AGUIAR ALVES

Identificação e caracterização de possíveis marcadores microssatélites em genomas de Corynebacterium pseudotuberculosis; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Dener Maués Negrão

Desenvolver uma plataforma Web para análise comparativa de genomas não finalizados; ; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

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Análise de expressão de genes de antígenos durante a infecção de linhagens celulares de murino por Corynbacterium pseudotuberculosis; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade do Estado do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Amália Raiana Fonseca Lobato

Predição e caracterização in silico de sequências homólogas a família ESAT-6 em Corynebacterium pseudotuberculosis; ; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Ludmila Ferreira

Identificação de ncRNAs em banco de dados de câncer; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Amália Raiana Fonseca Lobato

Predição e caracterização in silico de sequências homólogas a família ESAT-6 em Corynebacterium pseudotuberculosis; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Yan Patrick de Moraes Pantoja

Aplicativo Web para análises Pan-Genômicas; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Computação) - Faculdade Estácio de Belém, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Amália Raiana Fonseca Lobato

Caracterização de componentes genéticos provenientes de bacteriófagos transferidos horizontalmente entre linhagens da espécie bacteriana Corynebacterium pseudotuberculosis; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Amália Raiana Fonseca Lobato

Caracterização de componentes genéticos provenientes de bacteriófagos transferidos horizontalmente entre linhagens da espécie bacteriana Corynebacterium pseudotuberculosis; ; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Amália Raiana Fonseca Lobato

Caracterização de componentes genéticos provenientes de bacteriófagos transferidos horizontalmente entre linhagens da espécie bacteriana Corynebacterium pseudotuberculosis; ; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Luciana Lima Brito

Desenvolvimento de um software para identificação de sequências redundantes oriundas da montagem de novo de dados transcriptômicos; ; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Tássia Alana Alves Ferreira

Criação de um genome browser para corynebacterium pseudotuberculosis e integração das informações de ontologia de genes; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Diego Magalhães de Melo

Desenvolver um algoritmo para a montagem de genomas sequenciados pela plataforma Ion Torrent Pgm; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência da Computação) - Centro Universitário do Estado do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Ehilton Kazuo Chiba Yoshidome

Desenvolvimento de um software para identificação de sequências redundantes oriundas da montagem de novo de dados transcriptômicos; ; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Mateus Pinto Rodrigues

Desenvolvimento de um software para identificação dos genes housekeeping de Corynebacterium pseudotuberculosis 258 com base no perfil de expressão; ; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, FUNDACAO AMAZONIA DE AMPARO A ESTUDOS E PESQUISAS - FAPESPA; Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos;

Produções bibliográficas

SILVERIO, MYLLENA PEREIRA ; SCHULTZ, JÚNIA ; PARISE, MARIANA T. D. ; PARISE, DOGLAS ; VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; NOGUEIRA, WYLERSON ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; GÓES-NETO, ARISTOTELES ; AZEVEDO, VASCO ARISTON DE CARVALHO ; BRENIG, BERTRAM ; BONELLI, RAQUEL REGINA ; ROSADO, ALEXANDRE SOARES . Genomic and phenotypic insight into antimicrobial resistance of Pseudomonas fluorescens from King George Island, Antarctica. Frontiers in Microbiology , v. 16, p. 1, 2025.
MARQUES DA SILVA, WANDERSON ; SMITH, LIBIA YAEL ; ABURJAILE, FLAVIA FIGUEIRA ; LARZABAL, MARIANO ; ALVES, SANDY INGRID AGUIAR ; FARACE, PABLO ; DANTAS, CARLOS WILLIAN ; COSTA, MATEUS MATIUZZI ; BRENIG, BERTRAM ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Azevedo, Vasco ; CATALDI, ANGEL . Whole-Genome Sequence Reveals Genetic Determinants of the Colonization of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli O22:H8 Isolates in Cattle. CURRENT MICROBIOLOGY , v. 82, p. 1, 2025.
MARTINS, DAVID TAVARES ; ALEGRIA, OSCAR VICTOR CARDENAS ; DANTAS, CARLOS WILLIAN DIAS ; DE LOS SANTOS, EDIAN FRANKLIN FRANCO ; PONTES, PAULO RÓGENES MONTEIRO ; CAVALCANTE, ROSANE BARBOSA LOPES ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . CrAssphage distribution analysis in an Amazonian river based on metagenomic sequencing data and georeferencing. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (ONLINE) , v. 1, p. 1, 2025.
SEVERINO, N. ; REYES, C. ; FERNANDEZ, Y. ; AZEVEDO, V. ; FRANCISCO, L. E. ; Ramos, R. T. J. ; MAROTO-MARTIN, L. O. ; FRANCO, E. F. . Bacterial Foodborne Diseases in Central America and the Caribbean: A Systematic Review. MICROBIOLOGY RESEARCH , v. 16, p. 1010010, 2025.
TAVARES, TAYNARA CRISTINA SANTOS ; PINTO, LÍVIA FREITAS DA SILVA ; CARDENAS-ALEGRIA, OSCAR VICTOR ; DANTAS, CARLOS WILLIAM DIAS ; SILVA, SANDRO PATROCA DA ; RIBEIRO CRUZ, ANA CECÍLIA ; DO RÊGO, ANÍBAL COUTINHO ; ROGEZ, HERVÉ LOUIS GHISLAIN ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; FATURI, CRISTIAN ; NUNES, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO . Characterization of antibiotic resistance genes in soils from agroecosystems of the Brazilian Amazon. Frontiers in Microbiology , v. 16, p. 1, 2025.
DE SOUZA LIMA, EWERTON ; DE OLIVEIRA FILHO, RUY BRAYNER ; MALTA, KARLA CAMPOS ; PIRES, ISABELLE CAROLINE ; ROSA, DANILLO SALES ; CHIDEROLI, ROBERTA TORRES ; ABURJAILE, FLAVIA FIGUEIRA ; DE JESUS SOUSA, THIAGO ; Ramos, R. T. J. ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; de Castro Soares, Siomar ; BRENIG, BERTRAM ; AZEVEDO, V. ; DA COSTA, MATEUS MATIUZZI ; DE CARVALHO FERNANDES, ARTUR CEZAR . First case report of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi in semiarid region of Brazil. BRAZILIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY , v. 39, p. 1010010, 2025.
LOPES, CASSIANE ELISABETE ; WEYH, TAINARA SOARES ; MONI, CAMILA AZEVEDO ; DIAS, MARIA EDUARDA ; GOMES, TANIA APARECIDA TARDELLI ; DA COSTA, MATEUS MATIUZZI ; Ramos, R. T. J. ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; AZEVEDO, V. ; BRENIG, BERTRAM ; SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI . Comparative genetic and pathogenic approaches of Escherichia coli isolated simultaneously from pyometra and urine of bitches. VETERINARY RESEARCH COMMUNICATIONS , v. 48, p. 101010, 2024.
DO NASCIMENTO SOUSA, SUANIA MARIA ; LIMA, ALYNE CRISTINA SODRÉ ; GONÇALVES DE MOURA, VITÓRIA ALMEIDA ; MATEUS, JACKELINE ROSSETTI ; DOS SANTOS MADEIRA, LUCIMAR DI PAULA ; PORTELA, RICARDO WAGNER ; VIANA, RINALDO BATISTA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SELDIN, LUCY ; ROGEZ, HERVE LOUIS GHISLAIN ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR LUIZ ; MARQUES, JOANA MONTEZANO . Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis strains isolated from small ruminants herds from the Brazilian Amazon present clonal genomic profile. SMALL RUMINANT RESEARCH , v. 233, p. 107227, 2024.
MACEDO, DARALYNS B. ; VIANA, JEANDERSON S. ; COELHO, HENDRYA JULIANNY P. ; COSTA, CAIO VITOR C. ; COSTA, DÁRCIA GABRIELA B. DA ; SANTOS, ÁDRIA D. DOS ; CORREA, REGIANNE M.S. ; RAMOS, ROMMEL THIAGO J. ; RODRIGUES, MARÍLIA DANYELLE N. . Arapaima gigas stocks have declined drastically in the lower Tocantins River in the Amazon Microregion. ANAIS DA ACADEMIA BRASILEIRA DE CIÊNCIAS , v. 96, p. 1, 2024.
DANTAS, CARLOS WILLIAN DIAS ; DA COSTA NETO, SEBASTIÃO RODRIGUES ; ALVES, SANDY INGRID AGUIAR ; DA COSTA PINHEIRO, KENNY ; DE LOS SANTOS, EDIAN FRANKLIN FRANCO ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . SATIN: a micro and mini satellite mining tool of total genome and coding regions with analysis of perfect repeats polymorphism in coding regions. BMC BIOINFORMATICS , v. 25, p. 1, 2024.
MIRANDA, FÁBIO M. ; AZEVEDO, VASCO C. ; Ramos, Rommel J. ; RENARD, BERNHARD Y. ; PIRO, VITOR C. . Hitac: a hierarchical taxonomic classifier for fungal ITS sequences compatible with QIIME2. BMC BIOINFORMATICS , v. 25, p. 228, 2024.
CRUZ, THALITA PPS ; AZEVEDO, FRANCISCO KSF ; PEPATO, MARCO A ; RIZZO, PAULA S ; SOUTO, FRANCISCO JD ; BRENIG, BERTRAM ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; Soares, Siomar C ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; COSTA, MATEUS M ; BROETTO, LEONARDO ; NAKAZATO, LUCIANO ; DUTRA, VALÉRIA . Whole-genome sequencing analysis of multidrug-resistant Serratia marcescens isolates in an intensive care unit in Brazil. Journal of Infection in Developing Countries , v. 18, p. 726-731, 2024.
CARDENAS-ALEGRIA, OSCAR VICTOR ; FERREIRA, VICTOR BENEDITO COSTA ; NOGUERA, WYLERSON GUIMARÃES ; MARTINS, DAVID TAVARES ; MARTINS NETO, ARTUR PEDRO ; MONTEIRO PONTES, PAULO RÓGENES ; LOPES CAVALCANTE, ROSANE BARBOSA ; AGUIAR ALVES, SANDY INGRID ; LUIZ DA COSTA DA SILVA, ARTUR ; GOMES COSTA, ROSILENE ; FRANCO DE LOS SANTOS, EDIAN FRANKLIN ; AZEVEDO, VASCO ARISTON DE CARVALHO ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA . Microbiome analyses of the Uraim River in the Amazon and georeferencing analyses to establish correlation with anthropogenic impacts of land use. FRONTIERS IN ENVIRONMENTAL SCIENCE , v. 12, p. 1, 2024.
SOARES PEREIRA, LEONN MENDE ; FERREIRA, RAFAELLA DO NASCIMENTO ; AZEVEDO, VÂNIA NAKAUTH ; FREITAS QUEIROZ, MARIA ALICE ; DIAS DANTAS, CARLOS WILLIAN ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; PATROCA DA SILVA, SANDRO ; DA COSTA, CARLOS ARAÚJO ; SOUSA, MAISA SILVA DE ; VIEIRA CAYRES VALLINOTO, IZAURA MARIA ; Cruz, Ana Cecília Ribeiro ; ROSÁRIO VALLINOTO, ANTONIO CARLOS . RNAseq-differentiated gene expression profile of people living with HTLV-1 in the Brazilian Amazon region: a pilot study. Frontiers in RNA Research , v. 2, p. 1, 2024.
SANTANA, PRISCILA DI PAULA BESSA ; PINHEIRO, KENNY DA COSTA ; PEREIRA, LINO CÉSAR DE SOUZA ; ANDRADE, SORAYA SILVA ; ABURJAILE, FLÁVIA FIGUEIRA ; RAMOS, PRISCILLA DO CARMO DE AZEVEDO ; SOUZA, EDUARDO BAIA DE ; COSTA, NATHALIA NOGUEIRA DA ; CORDEIRO, MARCELA DA SILVA ; SANTOS, SIMONE DO SOCORRO DAMASCENO ; MIRANDA, MOYSÉS DOS SANTOS ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SILVA, ARTUR LUIZ DA COSTA DA . RNA sequencing and gene co-expression network of in vitro matured oocytes and blastocysts of buffalo. ANIMAL REPRODUCTION , v. 21, p. 1, 2024.
ALVES, SANDY INGRID AGUIAR ; DANTAS, C. W. D. ; MACEDO, DARALYNS BORGES ; Ramos, R. T. J. . What are microsatellites and how to choose the best tool: a user-friendly review of SSR and 74 SSR mining tools. Frontiers in Genetics , v. 15, p. 01-28, 2024.
MACEDO, DARALYNS BORGES ; DOS ANJOS, THAIS MAYARA CASTRO ; DE LOS SANTOS, EDIAN FRANKLIN FRANCO ; RODRIGUES, MARÍLIA DANYELLE NUNES ; ALEGRIA, OSCAR VICTOR CARDENAS ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . New perspectives on metagenomic analysis for pathogen monitoring in sustainable freshwater aquaculture production: a systematic review. Frontiers in Freshwater Science , v. 2, p. 1-5, 2024.
DANTAS, CARLOS WILLIAN DIAS ; MARTINS, DAVID TAVARES ; NOGUEIRA, WYLERSON GUIMARÃES ; ALEGRIA, OSCAR VICTOR CARDENAS ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . Tools and methodology to in silico phage discovery in freshwater environments. Frontiers in Microbiology , v. 15, p. 1, 2024.
JESUS, HENDOR N. R. ; RAMOS, JULIANA N. ; ROCHA, DANILO J. P. G. ; ALVES, DANIELE A. ; SILVA, CAROLINA S. ; CRUZ, JOÃO V. O. ; VIEIRA, VERÔNICA V. ; SOUZA, CASSIUS ; SANTOS, LOUISY S. ; NAVAS, JESUS ; Ramos, Rommel T. J. ; Azevedo, Vasco ; AGUIAR, ERIC R. G. R. ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Pacheco, Luis G. C. . The pan-genome of the emerging multidrug-resistant pathogen Corynebacterium striatum. FUNCTIONAL & INTEGRATIVE GENOMICS , v. 23, p. 1, 2023.
MAIA, JOSÉ CLEVES DA SILVA ; SILVA, GABRIEL AMORIM DE ALBUQUERQUE ; CUNHA, LETÍCIA STHEFFANY DE BARROS ; GOUVEIA, GISELE VENERONI ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; BRENIG, BERTRAM ; ARAÚJO, FABRÍCIO ALMEIDA ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Ramos, R. T. J. ; SOARES, SIOMAR CASTRO ; AZEVEDO, V. ; COSTA, MATEUS MATIUZZI DA ; GOUVEIA, JOÃO JOSÉ DE SIMONI . Genomic Characterization of Aeromonas veronii Provides Insights into Taxonomic Assignment and Reveals Widespread Virulence and Resistance Genes throughout the World. ANTIBIOTICS-BASEL , v. 12, p. 1039, 2023.
BONNELLY, ROBERTO ; QUEIROZ CAVALCANTE, ANA LIDIA ; CALDERON, VICTOR V. ; Baraúna, Rafael Azevedo ; Jucá Ramos, Rommel Thiago ; RODRÍGUEZ-RODRÍGUEZ, YASET ; DE FRANCISCO, LUIS ENRIQUE RODRÍGUEZ ; MAROTO MARTÍN, LUIS ORLANDO ; PERDOMO, OMAR PAINO ; FRANCO DE LOS SANTOS, EDIAN FRANKLIN . Beta-Lactam Susceptibility Profiles of Bacteria Isolated from the Ozama River in Santo Domingo, Dominican Republic. Sustainability , v. 15, p. 5109, 2023.
MARTINS BALBINOT, KAROLYNY ; ALMEIDA LOUREIRO, FELIPPE JOSÉ ; CHEMELO, GIORDANNA PEREIRA ; ALVES MESQUITA, RICARDO ; CRUZ RAMOS, ALINE MARIA PEREIRA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR LUIZ ; DE MENEZES, SÍLVIO AUGUSTO FERNANDES ; DA SILVA KATAOKA, MARIA SUELI ; ALVES JUNIOR, SERGIO DE MELO ; VIANA PINHEIRO, JOÃO DE JESUS . Immunoexpression of stem cell markers SOX-2, NANOG AND OCT4 in ameloblastoma. PeerJ , v. 11, p. e14349, 2023.
LOBATO, AMALIA RAIANA FONSECA ; ALVES, SANDY INGRID AGUIAR ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; RODRIGUES, YAN CORRÊA ; BRASILIENSE, DANIELLE MURICI . Genomic analysis of Klebsiella pneumoniae high-risk clone ST11 co-harboring MCR-1.27 and KPC-2 recovered at a pediatric oncologic hospital in the Brazilian Amazon region. Journal of Global Antimicrobial Resistance , v. 33, p. 279-282, 2023.
DOS SANTOS RIBEIRO, PRISCYLA ; CARVALHO, NATÁLIA BARBOSA ; ABURJAILE, FLÁVIA ; SOUSA, THIAGO ; VERÍSSIMO, GRACIETE ; GOMES, TALITA ; NEVES, FÁBIO ; BLANCO, LUIZA ; LIMA, JOÃO ANTONIO ; DE OLIVEIRA, DAIANA ; JAISWAL, ARUN KUMAR ; BRENIG, BERTRAM ; Soares, Siomar ; Ramos, Rommel ; MATIUZZI, MATEUS ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; FIGUEIRA, CLÁUDIO PEREIRA ; COSTA, FEDERICO ; RISTOW, PAULA ; Azevedo, Vasco ; et.al . Environmental Biofilms from an Urban Community in Salvador, Brazil, Shelter Previously Uncharacterized Saprophytic Leptospira. MICROBIAL ECOLOGY , v. 1, p. 1, 2023.
ALVES, SANDY INGRID AGUIAR ; FERREIRA, VICTOR BENEDITO COSTA ; DANTAS, CARLOS WILLIAN DIAS ; SILVA, ARTUR LUIZ DA COSTA DA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . EasySSR: a user-friendly web application with full command-line features for large-scale batch microsatellite mining and samples comparison. Frontiers in Genetics , v. 14, p. 1, 2023.
PEREIRA, CARINE RODRIGUES ; KATO, RODRIGO BENTES ; ARAÚJO, FABRÍCIO ALMEIDA ; DA SILVA, ALESSANDRA LIMA ; DOS SANTOS, ROSELANE GONÇALVES ; DE JESUS SOUSA, THIAGO ; NEIA, RAQUEL COSTA ; DA SILVA, SAULO BRITTO ; WILLIAMSON, CHARLES H.D. ; GILLECE, JOHN ; LAGE, ANDREY PEREIRA ; O'CALLAGHAN, DAVID ; PICKARD, DEREK ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; DE CARVALHO AZEVEDO, VASCO ARISTON ; FOSTER, JEFFREY T. ; DORNELES, ELAINE MARIA SELES . Genomic investigation of antimicrobial resistance in Brucella abortus strains isolated from cattle in Brazil. GENE REPORTS , v. 31, p. 101777, 2023.
BONNELLY, ROBERTO ; CALDERON, VICTOR V. ; ORTIZ, IRENE ; OVANDO, ARGENY ; PINALES, CONFESORA ; LARA, WILLY ; MATEO-PEREZ, SANTO E. ; CARDENAS-ALEGRIA, OSCAR ; RAMOS, ROMMEL T. ; RODRÍGUEZ-RODRÍGUEZ, YASET ; MARTÍN, LUIS O. MAROTO ; FRANCO, EDIAN F. . Comparison of Two Bacterial Characterization Techniques for the Genomic Analysis of River Microbiomes. Applied Microbiology , v. 3, p. 1037-1045, 2023.
VIDAL AMARAL, JOÃO RICARDO ; Jucá Ramos, Rommel Thiago ; ALMEIDA ARAÚJO, FABRÍCIO ; BENTES KATO, RODRIGO ; FIGUEIRA ABURJAILE, FLÁVIA ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; MATIUZZI DA COSTA, MATEUS ; Azevedo, Vasco ; BRENIG, BERTRAM ; SOARES DE OLIVEIRA, SELMA ; SOARES ROSADO, ALEXANDRE . Bacteriocin Producing Streptococcus agalactiae Strains Isolated from Bovine Mastitis in Brazil. Microorganisms , v. 10, p. 588, 2022.
NOGUEIRA, WYLERSON GUIMARÃES ; GOIS, BRUNA VERÔNICA AZEVEDO ; PINHEIRO, KENNY DA COSTA ; ARAGÃO, ANDRESSA DE OLIVEIRA ; QUEIROZ, ANA LÍDIA CAVALCANTE ; SILVA, ARTUR LUIZ DA ; FOLADOR, ADRIANA CARNEIRO ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . Viral Metagenomics Reveals Widely Diverse Viral Community of Freshwater Amazonian Lake. FRONTIERS IN PUBLIC HEALTH , v. 10, p. 1, 2022.
FORTUNATO COSTA, KELLE ; ALMEIDA ARAÚJO, FABRÍCIO ; Morais, Jefferson ; LISBOA FRANCES, CARLOS RENATO ; Ramos, Rommel T. J. . Text mining for identification of biological entities related to antibiotic resistant organisms. PeerJ , v. 10, p. e13351, 2022.
DA SILVA, MARIANA BARBALHO FARIAS ; DA MOTA, FABIO FARIA ; JURELEVICIUS, DIOGO ; DE CARVALHO AZEVEDO, VASCO ARISTON ; DA COSTA, MATEUS MATIUZZI ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; ROSADO, ALEXANDRE SOARES ; SELDIN, LUCY . Genomic analyses of a novel bioemulsifier-producing Psychrobacillus strain isolated from soil of King George Island, Antarctica. Polar Biology , v. 45, p. 691-701, 2022.
SCHULTZ, JÚNIA ; PARISE, MARIANA TEIXEIRA DORNELLES ; PARISE, DOGLAS ; MEDEIROS, LAENNE G. ; SOUSA, THIAGO J. ; KATO, RODRIGO B. ; UETANABARO, ANA PAULA TROVATTI ; ARAÚJO, FABRÍCIO ; Ramos, R. T. J. ; de Castro Soares, Siomar ; BRENIG, BERTRAM ; AZEVEDO, V. ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; ROSADO, ALEXANDRE S. . Unraveling the Genomic Potential of the Thermophilic Bacterium Anoxybacillus flavithermus from an Antarctic Geothermal Environment. Microorganisms , v. 10, p. 1673, 2022.
PEREIRA, CARINE RODRIGUES ; DE JESUS SOUSA, THIAGO ; LIMA DA SILVA, ALESSANDRA ; GONÇALVES DOS SANTOS, ROSELANE ; MINHARRO, SÍLVIA ; COSTA CUSTÓDIO, DIRCEIA APARECIDA ; PICKARD, DEREK J. ; O?CALLAGHAN, DAVID ; FOSTER, JEFFREY T. ; de Castro Soares, Siomar ; Juca Ramos, Rommel Thiago ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; MATIUZZI DA COSTA, MATEUS ; LAGE, ANDREY PEREIRA ; Azevedo, Vasco ; SELES DORNELES, ELAINE MARIA . First report and whole-genome sequencing of Pseudochrobactrum saccharolyticum in Latin America. MICROBES AND INFECTION , v. 5, p. 105018, 2022.
PINHEIRO, KENNY DA COSTA ; GOIS, BRUNA VERÔNICA AZEVEDO ; NOGUEIRA, WYLERSON GUIMARÃES ; ARAÚJO, FABRÍCIO ALMEIDA ; QUEIROZ, ANA LÍDIA CAVALCANTE ; CARDENAS-ALEGRIA, OSCAR ; DA SILVA, ARTUR LUIZ DA COSTA ; JÚNIOR, ANTÔNIO MÁRCIO GOMES MARTINS ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . In silico approach to identify microsatellite candidate biomarkers to differentiate the biovar of Corynebacterium pseudotuberculosis genomes. Frontiers In Bioinformatics , v. 2, p. 1, 2022.
JESUS, HENDOR N. R. ; ROCHA, DANILO J. P. G. ; Ramos, R. T. J. ; Silva, Artur ; BRENIG, BERTRAM ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; COSTA, MATEUS M. ; Soares, Siomar C. ; AZEVEDO, V. ; AGUIAR, ERIC R. G. R. ; MARTÍNEZ-MARTÍNEZ, LUIZ ; OCAMPO, ALAIN ; ALIBI, SANA ; DORTA, ALEXIS ; Pacheco, Luis G. C. ; NAVAS, JESUS . Pan-genomic analysis of Corynebacterium amycolatum gives insights into molecular mechanisms underpinning the transition to a pathogenic phenotype. Frontiers in Microbiology , v. 13, p. 1010100, 2022.
CARDENAS ALEGRIA, OSCAR ; PIRES QUARESMA, MARIELLE ; DIAS DANTAS, CARLOS WILLIAN ; SILVA GUEDES LOBATO, ELAINE MARIA ; DE OLIVEIRA ARAGÃO, ANDRESSA ; PATROCA DA SILVA, SANDRO ; COSTA BARROS DA SILVA, AMANDA ; RIBEIRO CRUZ, ANA CECÍLIA ; Ramos, R. T. J. ; CARNEIRO, A. R. . Impacts of soybean agriculture on the resistome of the Amazonian soil. Frontiers in Microbiology , v. 13, p. 1-16, 2022.
CARDENAS-ALEGRIA, OSCAR VICTOR ; DANTAS, CARLOS WILLIAN DIAS ; SILVA GUEDES LOBATO, ELAINE MARIA ; DA SILVA, SANDRO PATROCA ; MORAES, CÁSSIA DE SOUSA ; Cruz, Ana Cecília Ribeiro ; Ramos, R. T. J. ; CARNEIRO, A. R. . Influence of soil management for soybean production under microbial diversity in amazon soils. FRONTIERS IN ENVIRONMENTAL SCIENCE , v. 10, p. 1-16, 2022.
SILVA, SHEILA DA ; GUEDES, FERNANDA ALVES DE FREITAS ; AMARAL, JOÃO RICARDO VIDAL ; RIBEIRO, JOSÉ ROBERTO DE ASSIS ; SOUZA, YURI PINHEIRO ALVES DE ; FREITAS-ALMEIDA, ÂNGELA CORREA DE ; THOMPSON, FABIANO LOPES ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; WHITELEY, ANDREW STEVEN ; MACRAE, ANDREW ; OLIVEIRA, SELMA SOARES DE . Aeromonas allosaccharophila Strain AE59-TE2 Is Highly Antagonistic towards Multidrug-Resistant Human Pathogens, What Does Its Genome Tell Us?. Life-Basel , v. 12, p. 1492, 2022.
CARVALHO, RODRIGO ; ABURJAILE, FLAVIA ; CANARIO, MARCUS ; NASCIMENTO, ANDRÉA M. A. ; CHARTONE-SOUZA, EDMAR ; DE JESUS, LUIS ; ZAMYATNIN, ANDREY A. ; BRENIG, BERTRAM ; Barh, Debmalya ; GHOSH, PREETAM ; GOES-NETO, ARISTOTELES ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C. P. ; Soares, Siomar ; Ramos, Rommel ; Pinto, Anne ; Azevedo, Vasco . Genomic Characterization of Multidrug-Resistant Escherichia coli BH100 Sub-strains. Frontiers in Microbiology , v. 11, p. 1-6, 2021.
BRAGA, MARCUS DE BARROS ; FERNANDES, RAFAEL DA SILVA ; SOUZA, GILBERTO NERINO DE ; ROCHA, JONAS ELIAS CASTRO DA ; DOLÁCIO, CÍCERO JORGE FONSECA ; TAVARES, IVALDO DA SILVA ; PINHEIRO, RAPHAEL RODRIGUES ; NORONHA, FERNANDO NAPOLEÃO ; RODRIGUES, LUANA LORENA SILVA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; CARNEIRO, ADRIANA RIBEIRO ; BRITO, SILVANA ROSSY DE ; DINIZ, HUGO ALEX CARNEIRO ; BOTELHO, MARCEL DO NASCIMENTO ; VALLINOTO, ANTONIO CARLOS ROSÁRIO . Artificial neural networks for short-term forecasting of cases, deaths, and hospital beds occupancy in the COVID-19 pandemic at the Brazilian Amazon. PLoS One , v. 16, p. e0248161, 2021.
CALDERÓN, VÍCTOR V. ; BONNELLY, ROBERTO ; DEL ROSARIO, CAMILA ; DUARTE, ALBERT ; BARAÚNA, RAFAEL ; RAMOS, ROMMEL T. ; PERDOMO, OMAR P. ; RODRIGUEZ DE FRANCISCO, LUIS E. ; FRANCO, EDIAN F. . Distribution of Beta-Lactamase Producing Gram-Negative Bacterial Isolates in Isabela River of Santo Domingo, Dominican Republic. Frontiers in Microbiology , v. 11, p. 1, 2021.
ARAÚJO, SUSANA ; TACÃO, MARTA ; BARAÚNA, RAFAEL ; Ramos, Rommel ; Silva, Artur ; HENRIQUES, ISABEL . Genome analysis of two multidrug-resistant Escherichia coli O8:H9-ST48 strains isolated from lettuce. GENE , v. 785, p. 145603, 2021.
ARAÚJO, S. ; SOUSA, M. ; TACÃO, M. ; BARAÚNA, R.A. ; Silva, A. ; Ramos, R. ; ALVES, A. ; MANAIA, C.M. ; HENRIQUES, I. . Carbapenem-resistant bacteria over a wastewater treatment process: Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in untreated wastewater and intrinsically-resistant bacteria in final effluent. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 782, p. 146892, 2021.
FRANCO, EDIAN F. ; RANA, PRATIP ; CRUZ, ALINE ; CALDERÓN, VÍCTOR V. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, Rommel T. J. ; GHOSH, PREETAM . Performance Comparison of Deep Learning Autoencoders for Cancer Subtype Detection Using Multi-Omics Data. Cancers , v. 13, p. 2013, 2021.
OLIVEIRA DE ALMEIDA, MARCELLE ; CARVALHO, RODRIGO ; FIGUEIRA ABURJAILE, FLAVIA ; MALCHER MIRANDA, FABIO ; CANÁRIO CERQUEIRA, JANAÍNA ; BRENIG, BERTRAM ; GHOSH, PREETAM ; Ramos, Rommel ; KATO, RODRIGO BENTES ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco ; CANÁRIO VIANA, MARCUS VINICIUS . Characterization of the first vaginal genomes isolated in Brazil. PeerJ , v. 9, p. e11079, 2021.
FELICE, ANDREI G. ; ALVES, LEANDRO G. ; FREITAS, ALISSA S. F. ; RODRIGUES, THAÍS C. V. ; JAISWAL, ARUN K. ; Tiwari, Sandeep ; GOMES, LUCAS G. R. ; MIRANDA, FÁBIO M. ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; OLIVEIRA, LETÍCIA C. ; OLIVEIRA, CARLO J. ; SOARES, SIOMAR D. C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. . Pan-genomic analyses of 47 complete genomes of the genus and prediction of new vaccine targets and virulence factors of the species. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 39, p. 1-15, 2021.
RODRIGUES, DIEGO LUCAS NERES ; MORAIS-RODRIGUES, FRANCIELLY ; HURTADO, RAQUEL ; DOS SANTOS, ROSELANE GONÇALVES ; COSTA, DANIELA CAMARGOS ; Barh, Debmalya ; GHOSH, PREETAM ; ALZAHRANI, KHALID J. ; SOARES, SIOMAR CASTRO ; Ramos, Rommel ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; Azevedo, Vasco ; ABURJAILE, FLÁVIA FIGUEIRA . Pan-Resistome Insights into the Multidrug Resistance of Acinetobacter baumannii. ANTIBIOTICS-BASEL , v. 10, p. 596, 2021.
NOGUEIRA, WYLERSON G. ; JAISWAL, ARUN KUMAR ; Tiwari, Sandeep ; Ramos, Rommel T.J. ; GHOSH, PREETAM ; Barh, Debmalya ; Azevedo, Vasco ; SOARES, SIOMAR C. . Computational identification of putative common genomic drug and vaccine targets in Mycoplasma genitalium. GENOMICS , v. 113, p. 2730-2743, 2021.
FELICE, ANDREI G. ; SANTOS, LEONARDO N. Q. ; KOLOSSOWSKI, IAN ; ZEN, FELIPE L. ; ALVES, LEANDRO G. ; RODRIGUES, THAÍS C. V. ; PRADO, LIGIA C. S. ; JAISWAL, ARUN K. ; Tiwari, Sandeep ; MIRANDA, FÁBIO M. ; Ramos, Rommel T. J. ; Azevedo, Vasco ; OLIVEIRA, CARLO J. F. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; SOARES, SIOMAR C. . Comparative genomics of Bordetella pertussis and prediction of new vaccines and drug targets. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics , v. 1, p. 1-17, 2021.
CRUZ, EDUARDO LUIS DE SOUZA ; LOUREIRO, FELIPPE JOSÉ ALMEIDA ; SILVA, ARTUR LUIZ DA COSTA DA ; Ramos, Rommel Thiago ; KATAOKA, MARIA SUELI DA SILVA ; PINHEIRO, JOÃO DE JESUS VIANA ; ALVES JÚNIOR, SÉRGIO DE MELO . Gene expression in cell lines from human ameloblastoma immortalized using hTERT and HPV16-E6/E7. Oral Diseases , v. 1, p. 1, 2021.
SOUZA JR., GILBERTO NERINO DE ; BRAGA, MARCUS DE BARROS ; RODRIGUES, LUANA LORENA SILVA ; FERNANDES, RAFAEL DA SILVA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; CARNEIRO, ADRIANA RIBEIRO ; BRITO, SILVANA ROSSY DE ; DOLÁCIO, CÍCERO JORGE FONSECA ; TAVARES JR., IVALDO DA SILVA ; NORONHA, FERNANDO NAPOLEÃO ; PINHEIRO, RAPHAEL RODRIGUES ; DINIZ, HUGO ALEX CARNEIRO ; BOTELHO, MARCEL DO NASCIMENTO ; VALLINOTO, ANTONIO CARLOS ROSÁRIO ; ROCHA, JONAS ELIAS CASTRO DA . Boletim COVID-PA: relatos sobre projeções baseadas em inteligência artificial no enfrentamento da pandemia de COVID-19 no estado do Pará. EPIDEMIOLOGIA E SERVIÇOS DE SAÚDE , v. 30, p. 1, 2021.
BRAGA, MARCUS ; ARAUJO, FABRÍCIO ; FRANCO, EDIAN ; PINHEIRO, KENNY ; SILVA, JAKELYNE ; MAUÉS, DENNER ; NETO, SEBASTIAO ; POMPEU, LUCAS ; GUIMARAES, LUIS ; Carneiro, Adriana ; HAMOY, IGOR ; Ramos, Rommel . Bioinformatics on the Road: Taking Training to Students and Researchers Beyond State Capitals. Frontiers in Education , v. 6, p. 1, 2021.
SILVEIRA, SARAH MEDEROS DA ; SILVA, SHEILA DA ; MACRAE, ANDREW ; Ramos, Rommel T. J. ; ARAÚJO, FABRÍCIO A. ; SCHULTZ, JÚNIA ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; COSTA, MATEUS MATIUZZI DA ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; AZEVEDO, VASCO A. C. ; ABURJAILE, FLÁVIA F. ; BRENIG, BERTRAM ; ROSADO, ALEXANDRE S. ; OLIVEIRA, SELMA SOARES DE . Genome Sequence of Pseudomonas sp. Strain LAP_36, A Rhizosphere Bacterium Isolated from King George Island, Antarctica. Microbiology Resource Announcements , v. 10, p. 1, 2021.
VALLADARES, KATHERINE JULISSA PALMA ; BALBINOT, KAROLYNY MARTINS ; LOPES DE MORAES, ANTONIA TAIANE ; KATAOKA, MARIA SUELI DA SILVA ; RAMOS, ALINE MARIA PEREIRA CRUZ ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; DA SILVA, ARTUR LUIZ DA COSTA ; MESQUITA, RICARDO ALVES ; NORMANDO, DAVID ; ALVES JÚNIOR, SÉRGIO DE MELO ; PINHEIRO, JOÃO DE JESUS VIANA . HIF-1α Is Associated with Resistance to Hypoxia-Induced Apoptosis in Ameloblastoma. INTERNATIONAL JOURNAL OF DENTISTRY (ONLINE) , v. 2021, p. 1-10, 2021.
ZUVANOV, LUÍZA ; BASSO GARCIA, ANA LETYCIA ; CORRER, FERNANDO HENRIQUE ; BIZARRIA, RODOLFO ; FILHO, AILTON PEREIRA DA COSTA ; DA COSTA, ALISSON HAYASI ; THOMAZ, ANDRÉA T. ; PINHEIRO, ANA LUCIA MENDES ; RIAÑO-PACHÓN, DIEGO MAURICIO ; WINCK, FLAVIA VISCHI ; ESTEVES, FRANCIELE GREGO ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; CASAGRANDE, GIOVANNA MARIA STANFOCA ; FRAJACOMO, HENRIQUE CORDEIRO ; MARTINS, LEONARDO ; CAVALHEIRO, MARIANA FEITOSA ; GRACHET, NATHALIA GRAF ; DA SILVA, RANIERE GAIA COSTA ; CERRI, RICARDO ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; et.al . The experience of teaching introductory programming skills to bioscientists in Brazil. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY (ONLINE) , v. 17, p. e1009534, 2021.
ARAGÃO, ANDRESSA O. ; BLANCO, IAGO R. ; SOUZA, LUCIANA P.S. ; Ramos, R. T. J. ; GUIMARÃES, L. C. ; SILVA, ARTUR L. ; AZEVEDO, VASCO A.C. ; ARAÚJO, CARLOS LEONARDO A. ; FOLADOR, ADRIANA R.C. . Proteins from the core genome of Corynebacterium ulcerans respond for pathogenicity and reveal promising vaccine targets for diphtheria. MICROBIAL PATHOGENESIS , v. 161, p. 105263, 2021.
ALVES, JORIANNE ; DIAS, LARISSA ; MATEUS, JACKELINE ; MARQUES, JOANA ; GRAÇAS, DIEGO ; Ramos, Rommel ; SELDIN, LUCY ; HENRIQUES, ISABEL ; Silva, Artur ; FOLADOR, ADRIANA . Resistome in Lake Bolonha, Brazilian Amazon: Identification of Genes Related to Resistance to Broad-Spectrum Antibiotics. Frontiers in Microbiology , v. 11, p. 1, 2020.
LANNES-COSTA, PAMELLA SILVA ; Baraúna, Rafael Azevedo ; RAMOS, JULIANA NUNES ; VERAS, JOÃO FLAVIO CARNEIRO ; CONCEIÇÃO, MARCOS VINÍCIUS REIS ; VIEIRA, VERÔNICA VIANA ; DE MATTOS-GUARALDI, ANA LUIZA ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; DORAN, KELLY S. ; Silva, Artur ; NAGAO, PRESCILLA EMY . Comparative genomic analysis and identification of pathogenicity islands of hypervirulent ST-17 Streptococcus agalactiae Brazilian strain. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION , v. 1, p. 104195, 2020.
AQUIME, JOÃO RAFAEL HABIB SOUZA ; ZAMPIERI, LARA CAROLINA D?ARAÚJO PINTO ; KATAOKA, MARIA SUELI DA SILVA ; RIBEIRO, NELSON ANTONIO BAILÃO ; JAEGER, RUY GASTALDONI ; DA SILVA, ARTUR LUIZ ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; ALVES JÚNIOR, SÉRGIO DE MELO ; PINHEIRO, JOÃO DE JESUS VIANA . Metallothionein Expression and its Influence on the In Vitro Biological Behavior of Mucoepidermoid Carcinoma. Cells , v. 9, p. 157, 2020.
ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRITO, S. R. ; FOLADOR, A. R. C. ; THIAGO JUCA RAMOS, ROMMEL ; BRAGA, M. B. ; BOTELHO, M. N. . REDES NEURAIS ARTIFICIAIS NA PREVISÃO DE CONTÁGIO E ÓBITOS POR COVID-19: UM ESTUDO NOESTADO DO PARÁ, BRASIL. INTERNATIONAL JOURNAL OF DEVELOPMENT RESEARCH , v. 10, p. 35416-35421, 2020.
FRANCO, EDIAN F. ; RANA, PRATIP ; QUEIROZ CAVALCANTE, ANA LIDIA ; DA SILVA, ARTUR LUIZ ; CYBELLE PINTO GOMIDE, ANNE ; CARNEIRO FOLADOR, ADRIANA R. ; Azevedo, Vasco ; GHOSH, PREETAM ; T. J. Ramos, Rommel . Co-Expression Networks for Causal Gene Identification Based on RNA-Seq Data of Corynebacterium pseudotuberculosis. Genes , v. 11, p. 794, 2020.
ROCHA, DANILO J.P. ; Azevedo, Vasco ; BRENIG, BERTRAM ; Silva, Artur ; BLOM, JOCHEN ; RAMOS, ROMMEL T. ; AGUIAR, ERIC R.G. ; CHAPARTEGUI-GONZÁLEZ, ITZIAR ; FERNÁNDEZ-MARTÍNEZ, MARTA ; MARTÍNEZ-MARTÍNEZ, LUIS ; PACHECO, LUIS G.C. ; NAVAS, JESÚS . Whole genome sequencing reveals misidentification of a multidrug-resistant urine clinical isolate as Corynebacterium urealyticum. Journal of Global Antimicrobial Resistance , v. 23, p. 16-19, 2020.
BRAGA, M. B. ; PINHEIRO, K. C. ; ARAÚJO, FABRÍCIO ALMEIDA ; MIRANDA, FÁBIO MALCHER ; SILVA, A. ; Ramos, Rommel T.J. . Redundancy Treatment of NGS Contigs in Microbial Genome Finishing with Hashing-Based Approach. Lecture Notes in Computer Science , v. 12558, p. 13, 2020.
RUENDA, E. J. ; Ramos, Rommel T.J. ; SANTOS, E. F. L. ; BELO, O. ; MORAES, J. M. . One-Class SVM to Identify Candidates to Reference Genes Based on the Augment of RNA-seq Data with Generative Adversarial Networks. Lecture Notes in Computer Science , v. 12249, p. 704, 2020.
FREITAS, DHARA Y. ; ARAÚJO, SUSANA ; FOLADOR, ADRIANA R. C. ; Ramos, Rommel T. J. ; AZEVEDO, JULIANA S. N. ; TACÃO, MARTA ; Silva, Artur ; HENRIQUES, ISABEL ; BARAÚNA, RAFAEL A. . Extended Spectrum Beta-Lactamase-Producing Gram-Negative Bacteria Recovered From an Amazonian Lake Near the City of Belém, Brazil. Frontiers in Microbiology , v. 10, p. 1, 2019.
ARAÚJO, CARLOS LEONARDO ; ALVES, JORIANNE ; NOGUEIRA, WYLERSON ; PEREIRA, LINO CÉSAR ; GOMIDE, ANNE CYBELLE ; Ramos, Rommel ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; FOLADOR, ADRIANA . Prediction of new vaccine targets in the core genome of Corynebacterium pseudotuberculosis through omics approaches and reverse vaccinology. GENE , v. 1, p. 1, 2019.
RANA, PRATIP ; FRANCO, EDIAN F. ; RAO, YUG ; SYED, KHAJAMOINUDDIN ; Barh, Debmalya ; Azevedo, Vasco ; Ramos, Rommel T. J. ; GHOSH, PREETAM . Evaluation of the Common Molecular Basis in Alzheimer?s and Parkinson?s Diseases. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 20, p. 3730, 2019.
SANTANA, PRISCILA DI PAULA BESSA ; SILVA, ARTUR LUIS DA COSTA DA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; GONÇALVES, ARNALDO ALGARANHAR ; COSTA, NATHALIA NOGUEIRA DA ; RAMOS, PRISCILLA DO CARMO AZEVEDO ; SILVA, THIAGO VELASCO GUIMARÃES ; CORDEIRO, MARCELA DA SILVA ; SANTOS, SIMONE DO SOCORRO DAMASCENO ; OHASHI, OTÁVIO MITIO ; MIRANDA, MOYSÉS DOS SANTOS . Contributions of RNA-seq to improve in vitro embryo production (IVP). ANIMAL REPRODUCTION , v. 16, p. 249-259, 2019.
SOUSA, THIAGO DE JESUS ; PARISE, DOGLAS ; PROFETA, RODRIGO ; PARISE, MARIANA TEIXEIRA DORNELLES ; GOMIDE, ANNE CYBELLE PINTO ; KATO, RODRIGO BENTOS ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CESAR PEREIRA ; Ramos, Rommel ; BRENIG, BERTRAM ; COSTA DA SILVA, ARTUR LUIZ DA ; GHOSH, PREETAM ; Barh, Debmalya ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; Azevedo, Vasco . Re-sequencing and optical mapping reveals misassemblies and real inversions on Corynebacterium pseudotuberculosis genomes. Scientific Reports , v. 9, p. 16387, 2019.
SANTOS, E. F. L. ; MAUÉS, DENER ; ALVES, R. ; GUIMARÃES, L. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ghosh, P. ; MORAES, J. M. ; Ramos, Rommel T.J. . A Clustering Approach to Identify Candidates to Housekeeping Genes Based on RNA-seq Data. Lecture Notes in Computer Science , v. 11347, p. 83, 2019.
ESLABAO, M. ; KREMER, F. S. ; Ramos, R. T. J. ; Silva, A. ; AZEVEDO, V. ; PINTO, L. S. ; SILVA, E. F. ; DELLAGOSTIN, O. A. . Genome of Leptospira borgpetersenii strain 4E, a highly virulent isolate obtained from Mus musculus in southern Brazil. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ , v. 113, p. 137-141, 2018.
ARAUJO, FABRICIO ALMEIDA ; Barh, Debmalya ; Silva, Artur ; Guimarães, Luis ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA . GO FEAT: a rapid web-based functional annotation tool for genomic and transcriptomic data. Scientific Reports , v. 8, p. 1794-1797, 2018.
FERREIRA, DALILA SOUZA SANTOS ; KATO, RODRIGO BENTES ; MIRANDA, FÁBIO MALCHER ; DA COSTA PINHEIRO, KENNY ; FONSECA, PAULA LUIZE CAMARGOS ; TOMÉ, LUIZ MARCELO RIBEIRO ; VAZ, ALINE BRUNA MARTINS ; BADOTTI, FERNANDA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; BRENIG, BERTRAM ; DE CARVALHO AZEVEDO, VASCO ARISTON ; BENEVIDES, RAQUEL GUIMARÃES ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES . Draft genome sequence of Trametes villosa (Sw.) Kreisel CCMB561, a tropical white-rot Basidiomycota from the semiarid region of Brazil. DATA IN BRIEF , v. 1, p. 1, 2018.
DIAS, LARISSA M ; FOLADOR, ADRIANA R C ; OLIVEIRA, AMANDA M ; RAMOS, ROMMEL T J ; Silva, Artur ; BARAÚNA, RAFAEL A . Genomic Architecture of the Two Cold-Adapted Genera Exiguobacterium and Psychrobacter: Evidence of Functional Reduction in the Exiguobacterium antarcticum B7 Genome. Genome Biology and Evolution , v. 10, p. 731-741, 2018.
VERAS, ALLAN ; ARAUJO, FABRICIO ; PINHEIRO, KENNY ; Guimarães, Luis ; Azevedo, Vasco ; Soares, Siomar ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR ; Ramos, Rommel . Pan4Draft: A Computational Tool to Improve the Accuracy of Pan-Genomic Analysis Using Draft Genomes. Scientific Reports , v. 8, p. 9670, 2018.
SANTOS, ANDRÉ S. ; RAMOS, ROMMEL T. ; Silva, Artur ; Hirata, Raphael ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Meyer, Roberto ; Azevedo, Vasco ; FELICORI, LIZA ; Pacheco, Luis G. C. . Searching whole genome sequences for biochemical identification features of emerging and reemerging pathogenic Corynebacterium species. Functional & Integrative Genomics , v. 18, p. 593-610, 2018.
RAMOS, J. N. ; RODRIGUES, I. S. ; BAIO, P. V. P. ; VERAS, J. F. C. ; Ramos, R. T. J. ; PACHECO, L. G. C. ; AZEVEDO, V. ; Hirata Júnior, Raphael ; MARIN, M. A. ; GARALDI, ANA LUIZA M. ; VIEIRA, VERONICA V. . Genome sequence of a multidrug-resistant Corynebacterium striatum isolated from bloodstream infection from a nosocomial outbreak in Rio de Janeiro, Brazil. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz , v. 113, p. e180051, 2018.
SOUSA, AILTON LOPES DE ; MAUÉS, DENER ; LOBATO, AMÁLIA ; FRANCO, EDIAN F. ; PINHEIRO, KENNY ; ARAÚJO, FABRÍCIO ; PANTOJA, YAN ; COSTA DA SILVA, ARTUR LUIZ DA ; Morais, Jefferson ; Ramos, Rommel T. J. . PhageWeb - Web Interface for Rapid Identification and Characterization of Prophages in Bacterial Genomes. Frontiers in Genetics , v. 9, p. 1-7, 2018.
MIRANDA, FÁBIO MALCHER ; Batista, Cassio ; SILVA, A. ; MORAES, J. M. ; SAMPAIO NETO, N. C. ; Ramos, Rommel T.J. . Improving Metagenomic Assemblies Through Data Partitioning: A GC Content Approach. Lecture Notes in Computer Science , v. 10813, p. 415, 2018.
BARAÚNA, RAFAEL A. ; RAMOS, ROMMEL T. J. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; PINHEIRO, KENNY C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; VIANA, MARCUS V. C. ; GUIMARÃES, L. C. ; EDMAN, JUDY M. ; SPIER, SHARON J. ; Ramos, R. T. J. ; Silva, Artur . Assessing the Genotypic Differences between Strains of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi through Comparative Genomics. Plos One , v. 12, p. e0170676, 2017.
BARAÚNA, RAFAEL A. ; Ramos, R. T. J. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; DE SÁ, PABLO H. C. G. ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; DAS GRAÇAS, DIEGO A. ; Carneiro, Adriana R. ; EDMAN, JUDY M. ; SPIER, SHARON J. ; AZEVEDO, V. ; Silva, Artur . Genomic analysis of four strains of Corynebacterium pseudotuberculosis bv. Equi isolated from horses showing distinct signs of infection. Standards in Genomic Sciences , v. 12, p. 10101000-10101000, 2017.
ARAÚJO, FABRÍCIO ALMEIDA ; MARQUES, JOANA MONTEZANO ; DE MOURA, VITÓRIA ALMEIDA GONÇALVES ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; ANDRADE, SORAYA SILVA ; LIMA, ALYNE CRISTINA SODRÉ ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . Draft Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain PA07 Biovar ovis , Isolated from a Sheep Udder in Amazonia. Genome Announcements , v. 5, p. e00040-17, 2017.
VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Ramos, Rommel ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; SELIM, SALAH ABDEL KARIM ; SALAHELDEAN, MOHAMMAD ; Silva, Artur ; WATTAM, ALICE R. ; Azevedo, Vasco . Comparative genomic analysis between Corynebacterium pseudotuberculosis strains isolated from buffalo. PLoS One , v. 12, p. e0176347, 2017.
PANTOJA, YAN ; PINHEIRO, KENNY ; VERAS, ALLAN ; ARAÚJO, FABRÍCIO ; LOPES DE SOUSA, AILTON ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . PanWeb: A web interface for pan-genomic analysis. PLoS One , v. 12, p. e0178154, 2017.
COSTA, WANA L. O. ; ALVES, JORIANNE T. C. ; DIAS, LARISSA M. ; ARAÚJO, CARLOS LEONARDO DE ARAGÃO ; MORAIS, EZIQUIEL ; SILVA, ANDRÉ G. M. ; ANDRADE, SORAYA S. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; FOLADOR, ADRIANA R. C. . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis PA04, Isolated from the Lymph Node of a Sheep in the Amazon, Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS , v. 5, p. e00202-17, 2017.
SANTOS, CAROLINA S. ; RAMOS, JULIANA N. ; VIEIRA, VERONICA V. ; PINHEIRO, CARINA S. ; Meyer, Roberto ; ALCANTARA-NEVES, NEUZA M. ; RAMOS, ROMMEL T. ; Silva, Artur ; Hirata, Raphael ; FELICORI, LIZA ; DE ALEGRÍA PUIG, CARLOS RUIZ ; NAVAS, JESÚS ; Azevedo, Vasco ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; PACHECO, LUIS G.C. . Efficient differentiation of Corynebacterium striatum , Corynebacterium amycolatum and Corynebacterium xerosis clinical isolates by multiplex PCR using novel species-specific primers. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS , v. 142, p. 33-35, 2017.
BUSCARDO, ERIKA ; GEML, JÓZSEF ; SCHMIDT, STEVEN K. ; SILVA, ARTUR L. C. ; Ramos, Rommel T. J. ; BARBOSA, SILVANIRA M.R. ; ANDRADE, SORAYA S. ; COSTA, RICARDO DALLA ; SOUZA, ANETE P. ; FREITAS, HELENA ; CUNHA, HILLÂNDIA B. ; NAGY, LASZLO . Of mammals and bacteria in a rain forest: temporal dynamics of soil bacteria in response to simulated N pulse from mammalian urine. FUNCTIONAL ECOLOGY , v. 1, p. 1, 2017.
GOMIDE, ANNE CYBELLE PINTO ; DE SÁ, PABLO GOMES ; CAVALCANTE, ANA LIDIA QUEIROZ ; DE JESUS SOUSA, THIAGO ; GOMES, LUCAS GABRIEL RODRIGUES ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO . Heat shock stress: Profile of differential expression in Corynebacterium pseudotuberculosis biovar Equi. GENE , v. 645, p. 124-130, 2017.
MARQUES, JOANA MONTEZANO ; DE MOURA, VITÓRIA ALMEIDA GONÇALVES ; LIMA, ALYNE CRISTINA SODRÉ ; PAIXÃO, CARLA THAIS MOREIRA ; LOBATO, AMÁLIA RAIANA FONSECA ; ALVES, JORIANNE THYESKA CASTRO ; GUARALDI, ANA LUIZA DE MATTOS ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO ; Ramos, Rommel T. J. ; Silva, Artur . Draft Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain PA06 Isolated from a Subauricular Abscess in an Ovine Host. GENOME ANNOUNCEMENTS , v. 5, p. e00083-17, 2017.
LIMA, ALYNE CRISTINA SODRÉ ; DE MOURA, VITÓRIA ALMEIDA GONÇALVES ; PINHEIRO, KENNY DA COSTA ; PAIXÃO, CARLA THAIS MOREIRA ; DA COSTA, WANA LAILAN OLIVEIRA ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO ; GUARALDI, ANA LUIZA DE MATTOS ; Ramos, Rommel T. J. ; Silva, Artur ; MARQUES, JOANA MONTEZANO . Draft Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain PA05 Isolated from an Ovine Host in Pará State, Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS , v. 5, p. e00082-17, 2017.
ALVES, JORIANNE T. C. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q. ; DE SÁ, PABLO H. C. G. ; DIAS, LARISSA M. ; Guimarães, Luis C. ; MORAIS, EZEQUIEL ; SILVA, ANDRÉ G. M. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, Rommel T. J. ; Silva, Artur ; Carneiro, Adriana R. . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain PA01, Isolated from Sheep in Pará, Brazil. Genome Announcements , v. 4, p. e01664-15, 2016.
DIAS, L. M. ; ALVES, J. T. C. ; VERAS, A. A. O. ; BARÚNA, RAFAEL A. ; DE SA, P. H. C. G. ; SPIER, S. J. ; Edman, J. ; LUIS GUIMARAES ; ROCHA, F. ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Carneiro,Adriana R . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 226, Isolated from the Abscess of a Goat in California. Genome Announcements , v. 4, p. 1, 2016.
GUIMARÃES, L. C. ; LOPES, THIAGO ; Ramos, R. T. J. ; CARNEIRO, ADRIANA RIBEIRO ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA QUEIROZ ; BARRETO, DIEGO ; DE SÁ, PABLO CARACCIOLO GOMES ; VERAS, ADONNEY ALLAN OLIVEIRA ; ROCHA, FLÁVIA SOUZA ; BAGANO, PRISCILLA ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; LEAL, CARLOS AUGUSTO ; CARVALHO, ALEX FIORINI ; BIZET, CHANTAL ; GUISO, NICOLE ; BADELL, EDGAR ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CÉSAR PEREIRA ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; et.al . Draft Genome Sequences of Two Pathogenic Corynebacterial Species Isolated from Cows. Journal of Genomics , v. 4, p. 7-9, 2016.
Guimarães, Luis C. ; VIANA, MARCUS V. C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; MARIANO, DIEGO C. B. ; VERAS, ADOONEY A. O. ; SÁ, PABLO H. C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; VILAS BOAS, PRISCILLA C. B. ; Soares, Siomar C. ; BARBOSA, MARIA S. ; Guiso, Nicole ; BADELL, EDGAR ; Carneiro, Adriana R. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Strain 04-3911, Isolated from Humans. Genome Announcements , v. 4, p. e00171-16, 2016.
LEÃO, TIAGO ; GUIMARÃES, PEDRO IVO ; DE MELO, ALINE GRASIELLE COSTA ; Ramos, R. T. J. ; LEÃO, PEDRO NUNO ; SILVA, A. ; FIORE, MARLI FATIMA ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz . Draft Genome Sequence of the N -Fixing Cyanobacterium CENA21, Isolated from the Brazilian Amazon Floodplain. Genome Announcements , v. 4, p. e00189-16, 2016.
Guimarães, Luis C. ; VIANA, MARCUS V. C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; MARIANO, DIEGO C. B. ; VERAS, ADOONEY A. O. ; SÁ, PABLO H. C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; VILAS BOAS, PRISCILLA C. B. ; Soares, Siomar C. ; BARBOSA, MARIA S. ; Guiso, Nicole ; BADELL, EDGAR ; Carneiro, Adriana R. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Toxigenic Strain 04-7514, Isolated from a Dog in France. Genome Announcements , v. 4, p. e00172-16, 2016.
ARAÚJO, CARLOS LEONARDO DE A. ; DIAS, LARISSA M. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; ALVES, JORIANNE T. C. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q. ; DOWSON, CHRISTOPHER G. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; Carneiro, Adriana R. . Whole-Genome Sequence of 262 Biovar Isolated from Cow Milk. Genome Announcements , v. 4, p. e00176-16, 2016.
SANTOS, LEONARDO N. ; SILVA, EDUARDO S. ; SANTOS, ANDRÉ S. ; DE SÁ, PABLO H. ; RAMOS, ROMMEL T. ; Silva, Artur ; COOPER, PHILIP J. ; BARRETO, MAURÍCIO L. ; LOUREIRO, SEBASTIÃO ; PINHEIRO, CARINA S. ; ALCANTARA-NEVES, NEUZA M. ; PACHECO, LUIS G.C. . De novo assembly and characterization of the Trichuris trichiura adult worm transcriptome using Ion Torrent sequencing. Acta Tropica , v. 159, p. 132-141, 2016.
MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA ; SOUSA, THIAGO DE JESUS ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Barh, Debmalya ; ROCHA, FLÁVIA ; PINTO, ANNE CYBELLE ; HASSAN, SYED SHAH ; SARAIVA, TESSÁLIA DINIZ LUERCE ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; DE CARVALHO, ALEX FIORINI ; LEAL, CARLOS AUGUSTO GOMES ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CÉSAR PEREIRA ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho . Whole-genome optical mapping reveals a mis-assembly between two rRNA operons of Corynebacterium pseudotuberculosis strain 1002. BMC Genomics , v. 17, p. 315, 2016.
DE SÁ, PABLO H. C. G. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, ADONNEY ; DE MELO, DIEGO MAGALHÃES ; Soares, Siomar ; PINHEIRO, KENNY ; Guimarães, Luis ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . GapBlaster-A Graphical Gap Filler for Prokaryote Genomes. PLoS One , v. 11, p. e0155327, 2016.
Guimarães, Luis C. ; VIANA, MARCUS V. C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; MARIANO, DIEGO C. B. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; SÁ, PABLO H. C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; VILAS BOAS, PRISCILLA C. B. ; SOARES, SIOMAR C. ; BARBOSA, MARIA S. ; Guiso, Nicole ; BADELL, EDGAR ; Azevedo, Vasco ; Ramos, Rommel T. J. ; Silva, Artur . Draft Genome Sequence of Toxigenic Strain 03-8664 Isolated from a Human Throat. Genome Announcements , v. 4, p. e00719-16, 2016.
KAWASAKI, REGIANE ; BARAÚNA, RAFAEL A. ; Silva, Artur ; CAREPO, MARTA S. P. ; OLIVEIRA, RUI ; MARQUES, RODOLFO ; Ramos, Rommel T. J. ; SCHNEIDER, MARIA P. C. . Reconstruction of the Fatty Acid Biosynthetic Pathway of B7 Based on Genomic and Bibliomic Data. BIOMED RES INT , v. 2016, p. 1-9, 2016.
MUGE, GABRIEL R. S. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; DE SÁ, PABLO H. C. G. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA QUEIROZ ; ALVES, JORIANNE THYESKA CASTRO ; MORAIS, EZEQUIEL ; SILVA, ANDRÉ G. M. ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; Azevedo, Vasco ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . Genome Sequence of Strain PA02 Isolated from an Ovine Host in the Amazon. Genome Announcements , v. 4, p. e00838-16, 2016.
MARIANO, DIEGO C. B. ; PEREIRA, FELIPE L. ; AGUIAR, EDGAR L. ; OLIVEIRA, LETÍCIA C. ; BENEVIDES, LEANDRO ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; FOLADOR, EDSON L. ; SOUSA, THIAGO J. ; GHOSH, PREETAM ; Barh, Debmalya ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C. P. ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. ; AZEVEDO, VASCO A. C. . SIMBA: a web tool for managing bacterial genome assembly generated by Ion PGM sequencing technology. BMC Bioinformatics , v. 17, p. 65-72, 2016.
GUIMARAES, L. C. ; SOARES, S. C. ; Trost, Eva ; BLOM, J. ; RAMOS, R.T.J. ; SILVA, A. ; Barh, Debmalya ; AZEVEDO, V. . Genome informatics and vaccine targets in Corynebacterium urealyticum using two whole genomes, comparative genomics, and reverse vaccinology. BMC Genomics , v. 16, p. S7, 2015.
NALLURI, J. J. ; KAMAPANTULA, B. K. ; BARH, D. ; JAIN, N. ; BHATTACHARYA, A. ; ALMEIDA, S. S. ; RAMOS, R.T.J. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. ; Ghosh, P. . DISMIRA: Prioritization of disease candidates in miRNA-disease associations based on maximum weighted matching inference model and motif-based analysis. BMC Genomics , v. 16, p. S12, 2015.
DE OLIVEIRA VERAS, ADONNEY ALLAN ; DA SILVA, MIRIAM LOPES ; GOMES, JAQUELINE CONCEIÇÃO MEIRELES ; DIAS, LARISSA MARANHÃO ; DE SÁ, PABLO CARACCIOLO GOMES ; ALVES, JORIANNE THYESKA CASTRO ; CASTRO, WENDEL ; MIRANDA, FÁBIO ; KAZUO, EHILTON ; MARINHO, DIOGO ; RODRIGUES, MATEUS ; FREIRE, MATHEUS ; ZAHLOUTH, RAMIRO ; RENAN, WENDEL ; LOPES, THIAGO SOUZA ; MATTÉ, MARIA HELENA ; DA SILVA MAYER, CINTIA CAROLINA ; DE ALMEIDA VASCONCELOS BARBONI, SUZI ; MATTÉ, GLAVUR ROGÉRIO ; Ramos, R. T. J. ; et.al . Draft Genome Sequences of Vibrio fluvialis Strains 560 and 539, Isolated from Environmental Samples. Genome Announcements , v. 3, p. e01344-14, 2015.
Ali, Amjad ; NAZ, ANAM ; Soares, Siomar C ; BAKHTIAR, MARRIAM ; Tiwari, Sandeep ; HASSAN, SYED S ; HANAN, FAZAL ; Ramos, R. T. J. ; PEREIRA, ULISSES ; Barh, Debmalya ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CÉSAR PEREIRA ; USSERY, DAVID W. ; MIYOSHI, Anderson ; SILVA, A. ; Azevedo, Vasco . Pan-Genome Analysis of Human Gastric Pathogen : Comparative Genomics and Pathogenomics Approaches to Identify Regions Associated with Pathogenicity and Prediction of Potential Core Therapeutic Targets. BIOMED RES INT , v. 2015, p. 1-17, 2015.
BENEVIDES, LEANDRO DE JESUS ; VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA ; ROCHA, FLÁVIA DE SOUZA ; BAGANO, PRISCILLA CAROLINNE ; FOLADOR, EDSON LUIZ ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; LEAL, CARLOS AUGUSTO GOMES ; CARVALHO, ALEX FIORINI ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; Carneiro, Adriana ; Ramos, R. T. J. ; BADELL-OCANDO, EDGAR ; Guiso, Nicole ; SILVA, A. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Azevedo, Vasco ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS . Genome Sequence of Corynebacterium ulcerans Strain FRC11. Genome Announcements , v. 3, p. e00112-15, 2015.
DE SÁ, PABLO H.C.G. ; VERAS, ADONNEY A.O. ; Carneiro, Adriana R. ; PINHEIRO, KENNY C. ; Pinto, Anne C. ; Soares, Siomar C. ; SCHNEIDER, MARIA P.C. ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T.J. . The impact of quality filter for RNA-Seq. Gene (Amsterdam) , v. 563, p. 165-171, 2015.
CARLOS GUIMARAES, LUIS ; BENEVIDES DE JESUS, LEANDRO ; VINICIUS CANARIO VIANA, MARCUS ; Silva, Artur ; THIAGO JUCA RAMOS, ROMMEL ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; Azevedo, Vasco . Inside of the Pan-Genome - Methods and Software Overview. Current Genomics , v. 16, p. 1-1, 2015.
MARIANO, DIEGO CB ; PEREIRA, FELIPE L ; GHOSH, PREETAM ; Barh, Debmalya ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CP ; Silva, Artur ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. . MapRepeat: an approach for effective assembly of repetitive regions in prokaryotic genomes. Bioinformation (Online) (Chennai) , v. 11, p. 276-279, 2015.
SOUSA, THIAGO JESUS ; MARIANO, DIEGO ; PARISE, DOGLAS ; PARISE, MARIANA ; VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; BENEVIDES, LEANDRO JESUS ; ROCHA, FLÁVIA ; BAGANO, PRISCILLA ; Ramos, Rommel ; Silva, Artur ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Almeida, Sintia ; Azevedo, Vasco . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 12C. Genome Announcements , v. 3, p. e00759-15, 2015.
PACHECO, L. G. C. ; GUARALD, A. L. M. ; SANTOS, C. S. ; VERAS, A. A. O. ; GUIMARAES, L. C. ; ABREU, V. ; PEREIRA, F. L. ; SOARES, SIOMAR C. ; DORELLA, F. A. ; CARVALHO, A. F. ; LEAL, C. G. ; FIGUEIREDO, H. C. P. ; RAMOS, J. N. ; VIEIRA, V. V. ; FARFOUR, E. ; GUISO, N. ; HIRATA JR, R. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. ; et.al . Draft Genome Sequences of Two Species of -Difficult-to-Identify- Human-Pathogenic Corynebacteria: Implications for Better Identification Tests. Journal of Genomics , v. 3, p. 82-84, 2015.
GUIMARÃES, PEDRO IVO ; LEÃO, TIAGO FERREIRA ; DE MELO, ALINE GRASIELLE COSTA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Silva, Artur ; FIORE, MARLI FATIMA ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz . Draft Genome Sequence of the Picocyanobacterium sp. Strain GFB01, Isolated from a Freshwater Lagoon in the Brazilian Amazon. Genome Announcements , v. 3, p. e00876-15, 2015.
Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Guimarães, Luis C. ; SANTOS, CAROLINA S. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; Carneiro, Adriana R. ; Soares, Siomar C. ; RAMOS, JULIANA N. ; SOUZA, CASSIUS ; VIEIRA, VERONICA V. ; Hirata, Raphael ; Azevedo, Vasco ; Pacheco, Luis G. C. ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . Draft Genome Sequence of Corynebacterium striatum 1961 BR-RJ/09, a Multidrug-Susceptible Strain Isolated from the Urine of a Hospitalized 37-Year-Old Female Patient. Genome Announcements , v. 3, p. e00869-15, 2015.
DE SÁ, PABLO H.C.G. ; VERAS, ADONNEY A.O. ; Carneiro, Adriana R. ; BARÚNA, RAFAEL A. ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; PINHEIRO, KENNY C. ; Pinto, Anne C. ; SOARES, SIOMAR C. ; SCHNEIDER, MARIA P.C. ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T.J. . Corynebacterium pseudotuberculosis RNA-seq data from abiotic stresses. Data in Brief , v. 5, p. 963-966, 2015.
SOARES, SIOMAR C. ; GEYIK, HAKAN ; Ramos, Rommel T.J. ; DE SÁ, PABLO H.C.G. ; BARBOSA, EUDES G.V. ; Baumbach, Jan ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C.P. ; MIYOSHI, Anderson ; Tauch, Andreas ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco . GIPSy: genomic island prediction software. Journal of Biotechnology , v. 1, p. 1, 2015.
GOMES DE SÁ, PABLO ; VERAS, ADONNEY ; FONTANA, CARLA SUERTEGARAY ; ALEIXO, ALEXANDRE ; BURLAMAQUI, TIBÉRIO ; MELLO, CLAUDIO VIANNA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; Ramos, Rommel ; SCHNEIDER, MARIA ; Silva, Artur . The assembly and annotation of the complete Rufous-bellied thrush mitochondrial genome. Mitochondrial DNA , v. 1, p. 1-2, 2015.
CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q. ; DIAS, LARISSA M. ; ALVES, JORIANNE T. C. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; Guimarães, Luis C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; GALA-GARCÍA, ALFONSO ; RETAMAL, PATRICIO ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; Silva, Artur ; Carneiro, Adriana R. . Complete Genome Sequence of Strain E19, Isolated from a Horse in Chile. Genome Announcements , v. 3, p. e01385-15, 2015.
SILVA, A. D. S. D. S. ; BARAUNA, R. A. ; DE SA, P. C. G. ; DAS GRACAS, D. A. ; Carneiro, A. R. ; THOUVENIN, M. ; Azevedo, V. ; BADELL, E. ; GUISO, N. ; DA SILVA, A. L. D. C. ; Ramos, R. T. J. . Draft Genome Sequence of Corynebacterium ulcerans FRC58, Isolated from the Bronchitic Aspiration of a Patient in France. Genome Announcements , v. 2, p. e01132-13-e01132-13, 2014.
PINTO, ANNE CYBELLE ; DE SÁ, PABLO HENRIQUE ; RAMOS, ROMMEL T ; BARBOSA, SILVANIRA ; BARBOSA, HIVANA P ; RIBEIRO, ADRIANA CARNEIRO ; SILVA, WANDERSON MARQUES ; ROCHA, FLÁVIA SOUZA ; SANTANA, MARIANA PASSOS ; DE PAULA CASTRO, THIAGO LUIZ ; Miyoshi, Anderson ; SCHNEIDER, MARIA P ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco . Differential transcriptional profile of Corynebacterium pseudotuberculosis in response to abiotic stresses. BMC Genomics , v. 15, p. 14, 2014.
BARBOSA, E. G. V. ; ABURJAILE, F. F. ; Ramos, R. T. J. ; CARNEIRO, A. R. ; Le Loir, Y. ; Baumbach, Jan ; Miyoshi, A. ; Artur Luiz da Costa da Silva ; AZEVEDO, V. . Value of a newly sequenced bacterial genome. World Journal of Biological Chemistry , v. 5, p. 161-168, 2014.
CARVALHO, DAIANE M. ; DE SÁ, PABLO H. ; Castro, Thiago L. P. ; CARVALHO, RODRIGO D. ; Pinto, Anne ; GIL, DANILO J. P. ; BAGANO, PRISCILLA ; BASTOS, BRUNO ; COSTA, LILIA F. M. ; Meyer, Roberto ; SILVA, A. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; Pacheco, Luis G. C. . Reference genes for RT-qPCR studies in Corynebacterium pseudotuberculosis identified through analysis of RNA-seq data. Antonie van Leeuwenhoek (Gedrukt) , v. NA, p. NA, 2014.
CASTRO, W. D. O. ; TORRES-BALLESTEROS, A. M. ; NAKAYAMA, C. R. ; MELO, I. S. ; pellizari, V. H. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . Draft Genome Sequence of Haloferax sp. Strain ATB1, Isolated from a Semi-Arid Region in the Brazilian Caatinga. Genome Announcements , v. 2, p. e00812-14-e00812-14, 2014.
FALCÃO, ALINE SEMBLANO CARREIRA ; KATAOKA, MARIA SUELI DA SILVA ; RIBEIRO, NÉLSON ANTONIO BAILÃO ; DINIZ, JOSÉ ANTONIO PICANÇO ; ALVES, SÉRGIO MELO ; RIBEIRO, ANDRÉ L. RIBEIRO ; SIQUEIRA, ADRIANE SOUSA DE ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. ; FREITAS, VANESSA M. ; JAEGER, RUY G. ; PINHEIRO, JOÃO J. V. . A Novel Cell Line Derived from Pleomorphic Adenoma Expresses MMP2, MMP9, TIMP1, TIMP2, and Shows Numeric Chromosomal Anomalies. Plos One , v. 9, p. e105231, 2014.
OLIVEIRA, L. C. ; SARAIVA, T. D. L. ; SOARES, S. C. ; Ramos, R. T. J. ; SA, P. H. C. G. ; CARNEIRO, A. R. ; MIRANDA, F. ; FREIRE, M. ; RENAN, W. ; JUNIOR, A. F. O. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; SOUZA, B. M. ; CASTRO, C. P. ; Diniz, C. A. A. ; ROCHA, C. S. ; MARIANO, D. C. B. ; DE AGUIAR, E. L. ; FOLADOR, E. L. ; Barbosa, E. G. V. ; et.al . Genome Sequence of Lactococcus lactis subsp. lactis NCDO 2118, a GABA-Producing Strain. Genome Announcements , v. 2, p. e00980-14-e00980-14, 2014.
BARBOSA, HIVANA P ; BARAÚNA, RAFAEL A ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Rommel TJ ; NOBREGA, F. ; NUNES, C. ; GRAÇAS, DIEGO A ; Carneiro,Adriana R ; SANTOS, D. M. ; PIMENTA, A. M. ; CAREPO, M. ; Azevedo, Vasco ; pellizari, V. H. ; SCHNEIDER, MARIA PAULA ; SILVA, A. . Omics profiles used to evaluate the gene expression of Exiguobacterium antarcticum B7 during cold adaptation. BMC Genomics , v. 15, p. 986, 2014.
DE SA, P. C. G. ; DA SILVA, M. L. ; Carneiro, A. R. ; GOMES, J. C. M. ; DIAS, L. M. ; ALVES, J. T. C. ; DE OLIVEIRA VERAS, A. A. ; BARAUNA, R. A. ; DAS GRACAS, D. A. ; MATTE, M. H. ; SATO, M. I. Z. ; HACHICH, E. M. ; MATTE, G. R. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Non-O1 and Non-O139 Vibrio cholerae Strain VCC19. Genome Announcements , v. 2, p. e01094-14-e01094-14, 2014.
BARAUNA, R. A. ; Guimaraes, L. C. ; VERAS, A. A. O. ; DE SA, P. H. C. G. ; GRACAS, D. A. ; PINHEIRO, K. C. ; SILVA, A. S. S. ; FOLADOR, E. L. ; BENEVIDES, L. J. ; VIANA, M. V. C. ; Carneiro, A. R. ; Schneider, M. P. C. ; SPIER, S. J. ; EDMAN, J. M. ; Ramos, R. T. J. ; Azevedo, V. ; SILVA, A. . Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis MB20 bv. equi Isolated from a Pectoral Abscess of an Oldenburg Horse in California. Genome Announcements , v. 2, p. e00977-14-e00977-14, 2014.
VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; PINHEIRO, K. C. ; DAS GRAÇAS, DIEGO A ; Rafael Baraúna ; Schneider, MPC. ; AZEVEDO, V. ; Ramos, R. T. J. ; Artur Luiz da Costa da Silva . Efficiency of Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31 Genome Assembly with the Hi-Q Enzyme on an Ion Torrent PGM Sequencing Platform. Journal of Proteomics & Bioinformatics , v. 7, p. 374-378, 2014.
GRAÇAS, Diego Assis das ; Ramos, R. T. J. ; SÁ, PABLO GOMES ; Baraúna, Rafael Azevedo ; GHILARDI JR., RUBENS ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . Semiconductor Sequencing Reveals the Diversity of Bacterial Communities in an Amazonian Reservoir. Aquatic Science and Technology , v. 3, p. 18, 2014.
Barh, D. ; Carneiro, Adriana R ; RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho . Exoproteome and Secretome Derived Broad Spectrum Novel Drug and Vaccine Candidates in Vibrio cholerae Targeted by Piper betel Derived Compounds. Plos One , v. 8, p. e52773, 2013.
Castro, Thiago L. P. ; Seyffert, Núbia ; RAMOS, R. T. J. ; Carneiro, Adriana R ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Ion Torrent-based transcriptional assessment of a Corynebacterium pseudotuberculosis equi strain reveals denaturing high-performance liquid chromatography a promising rRNA depletion method. Microbial Biotechnology (Online) , v. 1, p. n/a-n/a, 2013.
SOARES, S. ; SANTOS, A. R. ; ALMEIDA, S. S. ; GUIMARÃES, L. C. ; RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . The Pan-Genome of the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis Reveals Differences in Genome Plasticity between the Biovar ovis and equi Strains. Plos One , v. 8, p. e53818, 2013.
LEÃO, SYLVIA CARDOSO ; MATSUMOTO, CRISTIANNE KAYOKO ; CARNEIRO, ADRIANA ; Ramos, Rommel Thiago ; NOGUEIRA, CHRISTIANE LOURENÇO ; JUNIOR, JAMES DALTRO LIMA ; LIMA, KARLA VALÉRIA ; LOPES, MARIA LUIZA ; Schneider, Horacio ; AZEVEDO, VASCO ARISTON ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR . The Detection and Sequencing of a Broad-Host-Range Conjugative IncP-1β Plasmid in an Epidemic Strain of Mycobacterium abscessus subsp. bolletii. Plos One , v. 8, p. e60746, 2013.
Barh, Debmalya ; Gupta, Krishnakant ; Jain, Neha ; KHATRI, G. ; LEON-SICAIROS, N. ; CANIZALEZ-ROMAN, A. ; Tiwari, S. ; VERMA, A. ; RAHANGDALE, S. ; Hassan, Syed S. ; SANTOS, A. R. ; ALI, A. ; Guimarães, Luis C. ; Ramos, R. T. J. ; DEVARAPALLI, P. ; BARVE, N. ; Bakhtiar, Syeda M. ; KUMAVATH, R. ; Ghosh, P. ; MIYOSHI, A. ; et.al . Conserved host?pathogen PPIs? Globally conserved inter-species bacterial PPIs based conserved host-pathogen interactome derived novel target in C. pseudotuberculosis, C. diphtheriae, M. tuberculosis, C. ulcerans, Y. pestis, and E. coli targeted by Piper betel compounds. INTEGR BIOL-UK , v. 1, p. 01-15-15, 2013.
ASSIS DAS GRACAS, D. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; VIEIRA ARAUJO, A. C. ; ZAHLOUTH, R. ; RIBEIRO CARNEIRO, A. ; SOUZA LOPES, T. ; AZEVEDO BARAUNA, R. ; Azevedo, V. ; CRUZ SCHNEIDER, M. P. ; PELLIZARI, V. H. ; SILVA, A. . Complete Genome of a Methanosarcina mazei Strain Isolated from Sediment Samples from an Amazonian Flooded Area. Genome Announcements , v. 1, p. e00271-13-e00271-13, 2013.
Ramos, Rommel Thiago Jucá ; CARNEIRO, ADRIANA ; SÁ, P. H. C. G. ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, Debmalya ; SILVA, A. . Graphical contig analyzer for all sequencing platforms (G4ALL): a new stand-alone tool for finishing and draft generation of bacterial genomes. BIOINFORMATION (ONLINE) (CHENNAI) , v. 9, p. 599-604, 2013.
Ramos, R. T. J. ; PEREIRA, ULISSES DE PÁDUA ; SANTOS, A. R. ; Hassan, Syed S. ; ABURJAILE, F. F. ; SOARES, S. C. ; Carneiro,Adriana R ; GUIMARAES, L. C. ; ALMEIDA, S. S. ; DINIZ, C. ; MATTOS, S. V. M. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; ALI, A. ; Bakhtiar, Syeda M. ; Dorella, F. A. ; Zerlotini, Adhemar ; ARAUJO, F. M. G. ; LEITE, L. R. ; Guilherme Correa de Oliveira ; MIYOSHI, A. ; et.al . Complete genome sequence of Streptococcus agalactiae strain SA20-06, a fish pathogen associated to meningoencephalitis outbreaks. Standards in Genomic Sciences , v. 8, p. 188-197, 2013.
MARINHO ALMEIDA, D. ; DINI-ANDREOTE, F. ; CAMARGO NEVES, A. A. ; Ramos, R. T. J. ; ANDREOTE, F. D. ; CARNEIRO, A. R. ; OLIVEIRA DE SOUZA LIMA, A. ; CARACCIOLO GOMES DE SA, P. H. ; RIBEIRO BARBOSA, M. S. ; ARAUJO, W. L. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Methylobacterium mesophilicum Strain SR1.6/6, Isolated from Citrus sinensis. Genome Announcements , v. 1, p. e00356-13-e00356-13, 2013.
FIORI, M. ; ALVARENGA, D. ; VARANI, A. ; HOFF-RISSETI, C. ; CRESPIM, E. ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SILVA, A. ; SCHAKER, P. ; HECK, K. ; RIGONATO, J. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz . Draft Genome Sequence of the Brazilian Toxic Bloom-Forming Cyanobacterium Microcystis aeruginosa Strain SPC777. Genome Announcements , v. 1, p. e00547-13-e00547-13, 2013.
VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . AutoAssemblyD: a graphical user interface system for several genome assemblers. Bioinformation print , v. 9, p. 840-841, 2013.
PEREIRA, U.P. ; SOARES, S.C. ; BLOM, J. ; LEAL, C.A.G. ; RAMOS, R.T.J. ; GUIMARÃES, L.C. ; OLIVEIRA, L.C. ; ALMEIDA, S.S. ; HASSAN, S.S. ; SANTOS, A.R. ; Miyoshi, A. ; SILVA, A. ; Tauch, A. ; Barh, D. ; Azevedo, V. ; FIGUEIREDO, H.C.P. . In silico prediction of conserved vaccine targets in Streptococcus agalactiae strains isolated from fish, cattle, and human samples. Genetics and Molecular Research , v. 12, p. 2902-2912, 2013.
DORELLA, FERNANDA A ; GALA-GARCIA, ALFONSO ; PINTO, ANNE C ; SARROUH, BOUTROS ; ANTUNES, CAMILA A ; RIBEIRO, DAYANA ; ABURJAILE, FLÁVIA ; FIAUX, KARINA K ; Guimarães, Luis C ; SEYFFERT, NUBIA ; EL-AOUAR, RACHID A ; SILVA, RENATA ; HASSAN, SYED S ; CASTO, THIAGO LP ; MARQUES, WANDERSON S ; Ramos, Rommel ; CARNEIRO, ADRIANA ; SÁ, PABLO DE ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco ; et.al . Progression of 'OMICS' methodologies for understanding the pathogenicity of Corynebacterium pseudotuberculosis: the Brazilian experience. Computational and Structural Biotechnology Journal , v. 6, p. 1-7, 2013.
LEAO, S. C. ; MATSUMOTO, C. K. ; VIANA-NIERO, C. ; Ramos, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; Barbosa, M. S. ; LIMA, K. V. B. ; LOPES, M. L. ; Azevedo, V. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Mycobacterium abscessus subsp. bolletii INCQS 00594. Genome Announcements , v. 1, p. e00896-13-e00896-13, 2013.
Carneiro, A. R. ; Juca Ramos, R. T. ; BARAUNA, R. A. ; DE SA, P. H. ; MARINHO ALMEIDA, D. ; BARBOSA, S. ; PEREIRA, A. ; ALVES, A. ; EGAS, C. ; CORREIA, A. ; HENRIQUES, I. ; Silva, A. . Draft Genome Sequence of Serratia fonticola LMG 7882T Isolated from Freshwater. Genome Announcements , v. 1, p. e00971-13-e00971-13, 2013.
Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; BARBOSA, SILVANIRA ; VARUZZA, LEONARDO ; ORABONA, GUILHERME ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, MARIA PAULA ; Silva, Artur . High efficiency application of a mate-paired library from Next-Generation Sequencing to PostLight sequencing: Corynebacterium pseudotuberculosis as a case study for microbial de novo genome assembly. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS , v. 95, p. 441-447, 2013.
HENRIQUES, I. ; Juca Ramos, R. T. ; BARAUNA, R. A. ; DE SA, P. H. ; MARINHO ALMEIDA, D. ; Carneiro, A. R. ; BARBOSA, S. ; PEREIRA, A. ; ALVES, A. ; SAAVEDRA, M. J. ; EGAS, C. ; SILVA, A. ; CORREIA, A. . Draft Genome Sequence of Serratia fonticola UTAD54, a Carbapenem-Resistant Strain Isolated from Drinking Water. Genome Announcements , v. 1, p. e00970-13-e00970-13, 2013.
Ramos, Rommel ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, D. ; SILVA, A. . Simplifier: the web tool to eliminate redundant NGS contigs. Bioinformation (Online) (Chennai) , v. 8, p. 996-999, 2012.
Azevedo, Vasco ; D'Afonseca, V ; Ali, ; Santos, Anderson ; Pinto, ; Magalhães, ; Faria, ; Barbosa, ; Guimarães, ; Eslabão, ; Almeida, ; Abreu, ; Neto, ; Carneiro, ; Cerdeira, Louise ; Ramos, Rommel ; Hirata-Jr, ; Mattos-Guaraldi, AL ; Trost, ; Tauch, ; et.al . Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. Open Access Bioinformatics , v. 2012:4, p. 1-13, 2012.
Soares, Siomar C. ; Abreu, Vinícius A. C. ; Ramos, Rommel T. J. ; Cerdeira, Louise ; Silva, Artur ; Baumbach, Jan ; Trost, Eva ; Tauch, Andreas ; Hirata, Raphael ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. Plos One , v. 7, p. e30848, 2012.
Lopes, T. ; Silva, A. ; Ramos, R. T. J. ; Carneiro, A. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. S. ; dos Santos, A. R. ; Lima, A. R. J. ; Guimaraes, L. C. ; Barbosa, E. G. V. ; Ribeiro, D. ; Fiaux, K. K. ; Diniz, C. A. A. ; de Abreu, V. A. C. ; de Almeida, S. S. ; Hassan, S. S. ; Ali, A. ; Bakhtiar, S. M. ; Aburjaile, F. F. ; PINTO, A. C. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp267, Isolated from a Llama. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 3567-3568, 2012.
Ramos, R. T. J. ; PINTO, A. C. ; SILVA, W. M. ; Rocha, F. ; BARBOSA, M. S. R. ; Miyoshi, Anderson ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Silva, Artur ; AZEVEDO, V. . The core stimulon of Corynebacterium pseudotuberculosis strain 1002 identified using ab initio methodologies. Integrative Biology , v. 4, p. 1-5, 2012.
SANTOS, A. R. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; PINTO, A. C. ; Barh, D. ; Barbosa, E. G. V. ; ABURJAILE, F. ; Dorella, Fernanda A. ; Rocha, F. ; GUIMARÃES, L. C. ; Ramos, R. T. J. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; Pereira U. ; ABREU, V. ; Silva, Artur ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . The Corynebacterium pseudotuberculosis in silico predicted pan-exoproteome. BMC Genomics , v. 13, p. S6, 2012.
Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, R. T. J. ; Cruz, A. C. R. ; Vasconcelos P. . Molecular characterisation of dengue virus type 1 reveals lineage replacement during circulation in Brazilian territory. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso) , v. 107, p. 805-812, 2012.
Ramos, R. T. J. ; Pethick ; Lainson, A. F. ; Flockhart, A. ; Smith, D. G. E. ; Donachie, W. ; CERDEIRA, L. T. ; SILVA, A. ; BOL, E. ; Lopes, T. S. ; Barbosa, M. S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. ; ALMEIDA, S. S. ; GUIMARÃES, L. C. ; ABURJAILE, F. ; ABREU, V. ; Ribeiro, D. ; Fiaux K. ; et.al . Complete Genome Sequences of Corynebacterium pseudotuberculosis Strains 3/99-5 and 42/02-A, Isolated from Sheep in Scotland and Australia, Respectively. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 4736-4737, 2012.
SÁ, P. H. C. G. ; PINTO, A. C. ; Ramos, R. T. J. ; COIMBRA, N.A.R ; BARAÚNA, R. A ; MELO, H. P. B. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; LIMA, A. R. J ; SANTOS, A. V. ; AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, D. ; SILVA, A. . FunSys: Software for functional for functional analysis of prokariotyc transcriptome and proteome. Bioinformation (Online) (Chennai) , v. 8, p. 529-531, 2012.
Ramos, R. T. J. ; Carneiro, Adriana R ; MELO, H. P. B. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, D. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Quality of prokaryote genomes assembly: Indispensable issues of factors affecting prokaryote genome assembly quality. Gene (Amsterdam) , v. 12, p. 1-2, 2012.
Pethick, F. E. ; Lainson, A. F. ; Yaga, R. ; Flockhart, A. ; Smith, D. G. E. ; Donachie, W. ; Cerdeira, L. T. ; SILVA, A. ; Bol, E. ; Lopes, T. S. ; Barbosa, M. S. ; Pinto, A. C. ; dos Santos, A. R. ; Soares, S. C. ; Almeida, S. S. ; Guimaraes, L. C. ; Aburjaile, F. F. ; Abreu, V. A. C. ; Ramos, R. T. J. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 1/06-A, Isolated from a Horse in North America. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 4476-4476, 2012.
Hassan, S. S. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; RAMOS, R. T. J. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho ; SILVA, A. . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp162, Isolated from Camel. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 5718-5719, 2012.
Ali, Amjad ; Soares, Siomar C. ; Santos, Anderson R. ; Guimarães, Luis C. ; Barbosa, Eudes ; Almeida, Sintia S. ; Abreu, Vinícius A.C. ; Carneiro, Adriana R. ; Ramos, Rommel T.J. ; Bakhtiar, Syeda M. ; Hassan, Syed S. ; Ussery, David W. ; On, Stephen ; Silva, Artur ; Schneider, Maria P. ; Lage, Andrey P. ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco . Campylobacter fetus subspecies: Comparative genomics and prediction of potential virulence targets. Gene (Amsterdam) , v. 508, p. 145-156, 2012.
Casseb, S.M.M. ; Cardoso, J.F. ; Ramos, R. ; Carneiro, A. ; Nunes, M. ; Vasconcelos, P.F.C. ; SILVA, A. . Optimization of dengue virus genome assembling using GSFLX 454 pyrosequencing data: evaluation of assembling strategies. Genetics and Molecular Research , v. 11, p. 3688-3695, 2012.
Gordo, Sheila M C ; Pinheiro, Daniel G ; Moreira, Edith CO ; Rodrigues, Simone M ; Poltronieri, Marli C ; De Lemos, Oriel F ; da Silva, Israel Tojal ; Ramos, Rommel TJ ; Silva, Artur ; Schneider, Horacio ; Silva, Wilson A ; Sampaio, Iracilda ; Darnet, Sylvain . High-throughput sequencing of black pepper root transcriptome. BMC Plant Biology (Online) , v. 12, p. 168, 2012.
Carneiro, A. R. ; Ramos, R. T. J. ; DALL'AGNOL, H. ; Pinto, A. C. ; de Castro Soares, S. ; SANTOS, A. R. ; Guimaraes, L. C. ; Almeida, S. S. ; BARAUNA, R. A. ; DAS GRACAS, D. A. ; FRANCO, L. C. ; Ali, A. ; Hassan, S. S. ; NUNES, C. I. P. ; Barbosa, M. S. ; Fiaux, K. K. ; Aburjaile, F. F. ; Barbosa, E. G. V. ; Bakhtiar, S. M. ; VILELA, D. ; et.al . Genome Sequence of Exiguobacterium antarcticum B7, Isolated from a Biofilm in Ginger Lake, King George Island, Antarctica. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6689-6690, 2012.
SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. ; RIBEIRO CARNEIRO, A. ; CYBELLE PINTO, A. ; de Castro Soares, S. ; RODRIGUES SANTOS, A. ; SILVA ALMEIDA, S. ; Guimaraes, L. C. ; FIGUEIRA ABURJAILE, F. ; VIEIRA BARBOSA, E. G. ; ALVES DORELLA, F. ; SOUZA ROCHA, F. ; SOUZA LOPES, T. ; KAWASAKI, R. ; GOMES SA, P. ; DA ROCHA COIMBRA, N. A. ; TEIXEIRA CERDEIRA, L. ; SILVANIRA BARBOSA, M. ; CRUZ SCHNEIDER, M. P. ; Miyoshi, A. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31, Isolated from an Egyptian Buffalo. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6663-6664, 2012.
Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; Carneiro, A. R. ; Pinto, A. C. ; Soares, S. d. C. ; SANTOS, A. R. ; Almeida, S. S. ; Guimaraes, L. C. ; Aburjaile, F. F. ; Barbosa, E. G. V. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. S. ; Cerdeira, L. T. ; Barbosa, M. S. ; Tauch, A. ; Edman, J. ; Spier, S. ; Miyoshi, A. ; Schneider, M. P. C. ; Azevedo, V. ; et.al . Genome Sequence of the Corynebacterium pseudotuberculosis Cp316 Strain, Isolated from the Abscess of a Californian Horse. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6620-6621, 2012.
Soares, Siomar C. ; Trost, Eva ; Ramos, Rommel T.J. ; Carneiro, Adriana R. ; Santos, Anderson R. ; Pinto, Anne C. ; Barbosa, Eudes ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Ali, Amjad ; DINIZ, CARLOS A.A. ; Hassan, Syed S. ; FIAUX, KARINA ; Guimarães, Luis C. ; Bakhtiar, Syeda M. ; PEREIRA, ULISSES ; Almeida, Sintia S. ; Abreu, Vinícius A.C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; Dorella, Fernanda A. ; Miyoshi, Anderson ; et.al . Genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 and prediction of antigenic targets to improve biotechnological vaccine production. Journal of Biotechnology , v. 1, p. 1, 2012.
Hassan, S. S. ; GUIMARÃES, L. C. ; Pereira U. ; Bakhtiar, Syeda M. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis strain P54B96 isolated from antelope in South Africa obtained by rapid next generation sequencing technology. STAND GENOMIC SCI , p. 2, 2012.
GRAÇAS, DIEGO A ; JESUS, EDERSON C ; FILHO, LUCIANO C F ; JR, RUBENS GUILHARDI ; BARBOSA, MARIA SR ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; LEÃO, TIAGO F ; BARAÚNA, RAFAEL A ; Schneider, Maria PC ; Silva, Artur . Changes in Microbial Communities along a Water Column in an Amazonian Flooded Area. Aquatic Science and Technology , v. 1, p. 1-2, 2012.
Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; SANTOS, ANDERSON RODRIGUES DOS ; Almeida, Sintia ; Guimarães, Luis ; FIGUEIRA, FLÁVIA ; Barbosa, Eudes ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur . Tips and tricks for the assembly of a Corynebacterium pseudotuberculosis genome using a semiconductor sequencer. Microbial Biotechnology (Online) , v. n/a, p. n/a-n/a, 2012.
Ruiz, Jerônimo C. ; D'Afonseca, Vívian ; Silva, Artur ; Ali, Amjad ; Pinto, Anne C. ; Santos, Anderson R. ; Rocha, Aryanne A. M. C. ; Lopes, Débora O. ; Dorella, Fernanda A. ; Pacheco, Luis G. C. ; Costa, Marcília P. ; Turk, Meritxell Z. ; Seyffert, Núbia ; Moraes, Pablo M. R. O. ; Soares, Siomar C. ; Almeida, Sintia S. ; Castro, Thiago L. P. ; Abreu, Vinicius A. C. ; Trost, Eva ; Ramos, R. T. J. ; et.al . Evidence for Reductive Genome Evolution and Lateral Acquisition of Virulence Functions in Two Corynebacterium pseudotuberculosis Strains. Plos One , v. 6, p. e18551, 2011.
Cerdeira, Louise Teixeira ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; de Almeida, Sintia Silva ; D´Afonseca, Vivian ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Baumbach, Jan ; Tauch, Andreas ; McCulloch, John Anthony ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho ; Silva, Artur . Rapid hybrid de novo assembly of a microbial genome using only short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis I19 as a case study. Journal of Microbiological Methods , p. xx-xx, 2011.
Stynen, A. P. R. ; Lage, A. P. ; Moore, R. J. ; Rezende, A. M. ; de Resende, V. D. d. S. ; Ruy, P. d. C. ; Daher, N. ; Resende, D. d. M. ; de Almeida, S. S. ; Soares, S. d. C. ; de Abreu, V. A. C. ; Rocha, A. A. C. M. ; dos Santos, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; Costa, D. F. ; Dorella, F. A. ; MIYOSHI, A. ; de Lima, A. R. J. ; Campos, F. D. d. S. ; Ramos, R. T. J. ; et.al . Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 5871-5872, 2011.
CERDEIRA, L. T. ; PINTO, A. C. ; Schneider, M. P. C. ; de Almeida, S. S. ; dos Santos, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; Ali, A. ; Barbosa, M. S. ; Carneiro, A. R. ; Ramos, R. T. J. ; de Oliveira, R. S. ; Barh, D. ; Barve, N. ; Zambare, V. ; Belchior, S. E. ; Guimaraes, L. C. ; de Castro Soares, S. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. S. ; de Abreu, V. A. C. ; et.al . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis PAT10 Strain Isolated from Sheep in Patagonia, Argentina. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 6420-6421, 2011.
CERDEIRA, L. T. ; Schneider, M. P. C. ; PINTO, A. C. ; de Almeida, S. S. ; dos Santos, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; Ali, A. ; Aburjaile, F. F. ; de Abreu, V. A. C. ; Guimaraes, L. C. ; Soares, S. d. C. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. S. ; BOL, E. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; LOPES, T. S. ; Barbosa, M. S. ; Carneiro, A. R. ; Juca Ramos, R. T. ; Coimbra, N. A. d. R. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain CIP 52.97, Isolated from a Horse in Kenya. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 7025-7026, 2011.
Ramos, Rommel TJ ; Carneiro, Adriana R ; Baumbach, Jan ; Azevedo, Vasco ; Schneider, Maria PC ; Silva, Artur . Analysis of quality raw data of second generation sequencers with Quality Assessment Software. BMC RESEARCH NOTES , v. 4, p. 130, 2011.
Silva, A. ; Schneider, M. P. C. ; Cerdeira, L. ; Barbosa, M. S. ; Ramos, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; Santos, R. ; Lima, M. ; ALMEIDA, S. S. ; SANTOS, A. R. ; Soares, S. C. ; PINTO, A. C. ; Ali, A. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. ; de Abreu, V. A. C. ; Shpigel, N. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis I-19, strain isolated from Israel Bovine mastitis. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 323-324, 2010.
MARIANO, D. C. B. ; Ramos, Rommel Thiago J ; Azevedo, Vasco . Montagem e finalização de genomas procariotos com mapeamento óptico. 1. ed. Saarbrücken: Novas Edições Acadêmicas, 2016. v. 1. 76p .
VERAS, A. A. O. ; SILVA, A. ; Ramos, Rommel T.J. . AutoAssemblyD. 1. ed. Lisboa: Novas Edições Acadêmicas, 2014. 64p .
Roukos, Dimitrios H ; Silva, Artur ; Carneiro, Adriana R ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Guimarães, Luis C ; Ramos, Rommel TJ ; Castro, Thiago LP ; Abreu, Vinicius ; Silva, Wanderson M ; Schneider, Paula ; Azevedo, Vasco . Next-Generation Sequencing & Molecular Diagnostics. 1. ed. Future Medicine Ltd, 2013.
Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . Montagem de Genomas Bacterianos. 1. ed. Espanha: Acadêmica Espanhola, 2012.
Ribeiro, Bruna Ferreira Sampaio ; RODRIGUES, DIEGO LUCAS NERES ; Ariute, Juan Carlos ; Dias, Mariana Vieira ; NOGUEIRA, WYLERSON G. ; Ramos, Rommel T.J. ; Benko-Iseppon, Ana Maria ; Guedes, Maria Isabel Maldonado Coelho ; ABURJAILE, FLÁVIA FIGUEIRA . Bioinformatics approach to design peptide vaccines for viruses. Reverse Vaccinology. 1ed.: Elsevier, 2024, v. , p. 265-287.
NOGUEIRA, WYLERSON G. ; Ramos, Rommel T.J. . Databases and web server for conducting reverse vaccinology. Reverse Vaccinology. 1ed.: Elsevier, 2024, v. , p. 117-135.
RAMOS, ROMMEL T J ; PANTOJA, Y. ; PINHEIRO, K. C. . Bioinformatics approaches applied in Pan-genomics and their challenges. Pan-genomics: Applications, Challenges, and Future Prospects. 1ed.Amsterdã: Academic Press, 2020, v. , p. 1-.
de Oliveira Veras, Adonney A. ; DE SÁ, PABLO H.C.G. ; DA COSTA PINHEIRO, KENNY ; Barh, Debmalya ; Azevedo, Vasco ; Jucá Ramos, Rommel Thiago ; da Costa da Silva, Artur L. . Computational Techniques in Data Integration and Big Data Handling in Omics. Omics Technologies and Bio-Engineering. 1ed.London: Elsevier, 2018, v. 1, p. 209-222.
Gomes de Sa, P. H. C. ; GUIMARÃES, L. C. ; VERAS, ADONNEY ALLAN OLIVEIRA ; BARH, D. ; Azevedo, Vasco ; SILVA, A. ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . Next-Generation Sequencing and Data Analysis: Strategies, Tools, Pipelines and Protocols. Next-Generation Sequencing and Data Analysis: Strategies, Tools, Pipelines and Protocols. 1ed.London: Elsevier, 2017, v. 1, p. 191-203.
Thiago Jucá Ramos, Rommel ; VERAS, ADONNEY ALLAN OLIVEIRA ; Carneiro,Adriana R ; GRAÇAS, Diego Assis das ; ALMEIDA, D. M. ; FILHO, LUCIANO C F ; RODRIGUES, MATEUS ; Gomes de Sa, P. H. C. ; BARAÚNA, RAFAEL A ; LEÃO, TIAGO ; SILVA, A. . Anotação de Genoma: Fundamentos e Aplicações das Análises in Silico In: Biotecnologia Aplicada a Saúde Fundamentos e Aplicações. Anotação de Genoma: Fundamentos e Aplicações das Análises in Silico In: Biotecnologia Aplicada a Saúde Fundamentos e Aplicações. 1ed.São Paulo: São Paulo, 2015, v. , p. 717-755.
BRAGA, M. B. ; VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; DAS GRAÇAS, DIEGO A ; Rafael Baraúna ; ALVES, JORIANNE THYESKA CASTRO ; PINHEIRO, K. C. ; AZEVEDO, V. ; Schneider, MPC. ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SILVA, A. . Omics Technologies Applied to Prokaryotes. Omics Technologies Applied to Prokaryotes. 1ed.Hauppauge: Nova Science Publisher, 2015, v. 16, p. 1-.
GRAÇAS, DIEGO A ; FERREIRA, R. S. ; FILHO, LUCIANO C F ; LEÃO, TIAGO F ; Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; CARNEIRO, A. R. ; MEIRELES, J. ; PINHEIRO, K. C. ; SILVA, A. ; Ramos, RT . The Use of Ion Torrent PGM for Bacterial Diversity Analyses: The Study Case of Five Brazilian Hydroelectric Reservoirs. Metagenomics: Methods, Applications and Perspectives. 1ed.Hauppauge: Nova Science Publishers, 2014, v. 1, p. 1-15.
Silva, Artur ; Ramos, Rommel ; CARNEIRO, ADRIANA ; Almeida, Sintia ; De Abreu, Vinicius ; Santos, Anderson ; Soares, Siomar ; Pinto, Anne ; Guimarães, Luis ; Barbosa, Eudes ; Schneider, Paula ; Miyoshi, Anderson . Next-Generation Sequencing and Assembly of Bacterial Genomes. Next-Generation Sequencing and Assembly of Bacterial Genomes. 1ed.Cleveland: CRC Press, 2013, v. , p. 367-383.
SOARES, S. C. ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SILVA, W. M. ; OLIVEIRA, L. C. ; AMORIN, L. G. ; Hirata, Raphael ; MATTOS-GUARALDI, A. ; Miyoshi, A. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Corynebacterium pathogenic species in next-generation genomic era: the use of EDGAR and PIPS software and the importance of pathogenicity islands identification in pan-genomic analyses of pathogenic species. Microbial pathogens and strategies for combating them: science, technology and education. 1ed.Badajoz: Formatex Research Center, 2013, v. 3, p. 1584-1599.
AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . Manual Prático - Teórico Sequenciamento, montagem e anotação de Genomas Bactérianos. Mysql: banco de dados para organizar e interpretar seus dados. Viçosa: UFV, 2011, v. 2, p. -.
AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Silva, Artur ; Ramos, R. T. J. . Manual Prático - Teórico Sequenciamento, montagem e anotação de Genomas Bactérianos. Montagem, geração de scaffolds e finalização de genomas procratiotos in silico. 1ed.Viçosa: UFV, 2011, v. , p. -.
AZEVEDO, V. ; ABREU, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. ; ALI, A. ; PINTO, A. C. ; Rocha, Aryanne A. M. C. ; Barbosa, E. G. V. ; Ramos, Rommel ; CERDEIRA, L. T. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. . Whole Genome Annotation: In Silico Analysis. Bioinformatics - Trends and Methodologies. 1ed.Croácia: InTech, 2011, v. 1, p. 679-704.
SOARES, S. ; Rocha, Aryanne A. M. C. ; Barbosa, E. G. V. ; GUIMARÃES, L. C. ; ALMEIDA, S. S. ; MIYOSHI, A. ; Ramos, Rommel ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; CERDEIRA, L. T. ; ALI, A. ; SANTOS, A. R. ; ABREU, V. ; PINTO, A. C. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Plasticidade genômica e evolução bacteriana. Microbiologia in Foco, p. 31 - 38, 01 nov. 2011.
Ruiz, J. C. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; Resende, D. ; CERDEIRA, L. T. ; Ramos, Rommel ; Orellana, Sara Cuadros ; ALMEIDA, S. S. . Segunda revolução genômica: Utilização de sequenciadores de nova geração. Microbiologia in Foco, p. 15 - 18, 01 nov. 2009.
Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; BARAÚNA, RAFAEL A ; CARNEIRO, ADRIANA ; ASSIS DAS GRACAS, D. ; ALMEIDA, D. M. ; AZEVEDO, V. ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . B4D - Blast2GO for Dummies. In: 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014, Boston. 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014.
Cibelle E. ; Maysa S. ; Ramos, R. T. J. ; Darnet S. ; Sampaio I. M . Sequencing of a library of fragments of the Fusarium solani f.sp.piperis interaction with Piper nigrum.L using the SOLiD platform. In: X-meeting, 2011, Florianópolis. X-meeting, 2011.
Maysa S. ; Cibelle E. ; Ramos, R. T. J. ; Darnet S. ; Schneider H. . De novo transcriptome assembly of plant piper nigrum L.. In: X-meeting, 2011, Florianópolis. X-meeting 2011, 2011.
Ramos, R. T. J. ; DFONSECA, V. ; CERDEIRA, L. T. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; SILVA, R. R. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; OLIVEIRA, G. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ruiz, J. C. . Short Read and Bacterial Genome Assembly: a corynebacterium experience.. In: X-Meeting, 2009, Angra dos Reis. SHORT READS AND BACTERIAL GENOME ASSEMBLY: A CORYNEBACTERIUM EXPERIENCE., 2009.
Gomes de Sa, P. H. C. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, A. A. O. ; MUGE, GABRIEL R. S. ; BRAGA, M. B. ; PANTOJA, Y. ; SOARES, S. C. ; PINHEIRO, K. C. ; GUIMARAES, L. C. ; Azevedo, Vasco ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . GapBlaster - A graphical gap filler for prokaryote genomes. In: Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2016, Orlando. Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2016.
DE JESUS SOUSA, THIAGO ; PARISE, DOGLAS ; MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA ; COSTA, DANIELA ARRUDA ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; FIGUEIREDO, H. C. P. ; SILVA, A. ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; AZEVEDO, V. . Detection and correction miss-assemblies in genome of Corynebacterium pseudoturbeculosis. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Genes and Genomics, 2016.
ABURJAILE, F. F. ; LOBATO, A. R. F. ; GUIMARAES, L. C. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q. ; PINHEIRO, K. C. ; VERAS, A. A. O. ; Baraúna, Rafael Azevedo ; SILVA, A. ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA . Characterization of phage sequences on Corynebacterium pseudotuberculosis genomes. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Genes and Genomics, 2016.
VIANA, M. V. C. ; PARISE, DOGLAS ; SOUSA, THIAGO DE JESUS ; BENEVIDES, L. J. ; MARIANO, DIEGO ; Rocha, F. S. ; BAGANO, PRISCILLA ; GUIMARAES, L. C. ; PEREIRA, F. L. ; Dorella, F. A. ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; Silva, A. ; SELIM, S. A. K. ; SALAHELDEAN, MOHAMMAD ; FIGUEIREDO, H. C. P. ; Azevedo, Vasco . Complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis 33. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Genes and Genomics, 2016.
PANTOJA, Y. ; VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Carneiro, A. R. ; SILVA, A. ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . Characterization of pathogenicity islands of 15 genome of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi. In: X-meeting 2015, 2015, São Paulo. X-meeting 2015, 2015.
BARAÚNA, RAFAEL A ; MAUES, D. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA QUEIROZ ; Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; GRAÇAS, Diego Assis das ; VINICIUS CANARIO VIANA, MARCUS ; BENEVIDES DE JESUS, LEANDRO ; SCHNEIDER, MARIA PAULA ; Ramos, Rommel Thiago J ; SPIER, S. ; AZEVEDO, VASCO ARISTON ; SILVA, A. . GENOME SEQUENCING OF TWELVE STRAINS OF THE ANIMAL PATHOGEN CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS BV. EQUI. In: 28o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015, São Paulo. 28o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015.
VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Carneiro,Adriana R ; SILVA, A. ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . The Mithocondrial Genome Assembly of Buffalo from the Marajó island (Brazil). In: ISMB 2015, 2015, Dublin. ISMB 2015, 2015.
Gomes de Sa, P. H. C. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, A. A. O. ; PINHEIRO, K. C. ; GUIMARAES, L. C. ; AZEVEDO, VASCO ARISTON ; SILVA, A. ; Ramos, Rommel Thiago J . GapBlaster - A graphical gap filler for prokaryote genomes.. In: X-meeting 2015, 2015, São Paulo. X-meeting 2015, 2015.
Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; BARAÚNA, R. A ; GRAÇAS, DIEGO A ; Carneiro,Adriana R ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, Rommel T.J. . GO4D - Gene Ontology for Dummies. In: 23nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014, Boston. 23nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014.
VERAS, A. A. O. ; SÁ, P. H. C. G. ; VARUZZA, L. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . High performance of genome assembly Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31 with HiQ enzyme. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
PINHEIRO, K. C. ; SÁ, P. H. C. G. ; VERAS, A. A. O. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; RAMOS, R.T.J. . GC bias versus sequencing platforms: hypothesis and ways to evaluate, using Corynebacterium pseudotuberculosis as model. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
SÁ, P. H. C. G. ; VERAS, A. A. O. ; CARNEIRO, A. R. ; PINHEIRO, K. C. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. C. ; Schneider, M. P. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . The impact of quality filter for RNA-Seq based reference over differential gene expression for prokaryotes. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
NALLURI, J. ; KAMAPANTULA, B. ; BARH, D. ; AZEVEDO, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. ; JAIN, N. ; BHATTACHARYA, A. ; Ghosh, P. . Prioritization of disease candidates in miRNA-disease associations based on maximum weighted matching inference model and motif-based analysis. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
MARIANO, D. C. B. ; OLIVEIRA, L. C. ; FOLADOR, E. L. ; AGUIAR, E. L. ; BENEVIDES, L. ; PEREIRA, F. L. ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. . Simba: a web tool for complete assembly of bacterial genomes. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
Pacheco, Luis G. C. ; SANTOS, A. ; SANTOS, C. ; MATTOS-GUARALDI, A. ; Hirata, Raphael ; ABREU, V. ; AZEVEDO, V. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . A Bioinformatics Approach for Understanding the High Biochemical Variability between Isolates of Emerging Corynebacterial Pathogens. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
GUIMARAES, L. C. ; AZEVEDO, V. ; SOARES, S. C. ; Trost, Eva ; BLOM, J. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; BARH, D. . Genome informatics and vaccine targets in C. urealyticum using two whole genomes, comparative genomics, and reverse vaccinology. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
SANTANA, MARIANA PASSOS ; PINTO, A. C. ; Ramos, R. T. J. ; SÁ, P. H. C. G. ; ABURJAILE, F. ; CARNEIRO, A. R. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Transcriptional analysis of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 from ab initio assembly. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
ABURJAILE, F. ; BENEVIDES, L. ; VIANA, M. ; Ramos, R. T. J. ; FALENTIN, H. ; LOIR, Y. L. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Funcional genomics of Propionibacterium freudereichii. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.
Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Carneiro, A. R. ; SOARES, S. C. ; BARBOSA, M. S. R. ; VARUZZA, L. ; ORABONA, G. ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . High Efficiency of a mate-paired library from semiconductor sequencer for microbial de novo genome assmebly. In: 59o Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. High Efficiency of a mate-paired library from semiconductor sequencer for microbial de novo genome assmebly, 2013.
Leao, SC ; Carneiro, Adriana R ; Ramos, R. T. J. ; MATSUMOTO, CK ; SILVA, A. . Description of a broad-host range conjugative incp-1 plasmid in an epidemic strain of Mycobacterium abscessus subsp. Bolletii. In: International Congress Tuberculosis, Leprosy and Mycobacteriosis: back to biblical times, today solutions, 2012, Bucaramanga. Médicas UIS, 2012.
Ramos, Rommel ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; LIMA, A. R. J ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . G4ALL: um software para análise de contigs e geração de scaffold de genomas bacterianos. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. G4ALL: um software para análise de contigs e geração de scaffold de genomas bacterianos, 2011.
LIMA, A. R. J ; Ramos, Rommel ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Geração do draft do genoma de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 162 a partir de metodologias ab initio. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Geração do draft do genoma de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 162 a partir de metodologias ab initio, 2011.
Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, Rommel ; BARAÚNA, R. A ; MELO, H. P. B. ; CAREPO, M. ; PELLIZARI, V. H. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . Montagem e análise comparativa do genoma da bactéria psicrotrófica Exiguobacterium antarcticum linhagem B7. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Montagem e análise comparativa do genoma da bactéria psicrotrófica Exiguobacterium antarcticum linhagem B7, 2011.
PINTO, A. C. ; SÁ, P. H. C. G. ; Ramos, Rommel ; BARBOSA, M. S. R. ; SILVA, W. M. ; Rocha, F. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; MIYOSHI, A. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Análise de expressão diferencial, em meio simulando acidez de macrófago, em Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando RNAseq. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Análise de expressão diferencial, em meio simulando acidez de macrófago, em Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando RNAseq, 2011.
SÁ, P. H. C. G. ; PINTO, A. C. ; Ramos, Rommel ; SANTOS, A. V. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . DBTransProt ? Um Banco de Dados para Integração de Dados de Transcriptoma e Proteoma. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. DBTransProt ? Um Banco de Dados para Integração de Dados de Transcriptoma e Proteoma, 2011.
GUIMARÃES, L. C. ; SILVA, N. F. ; Ramos, Rommel ; SOUZA, B.M. ; MIYOSHI, A. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; ALVES, C. N. ; SILVA, A. ; J. Lameira ; AZEVEDO, V. . Modelagem por Homologia do proteoma predito de três linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis e Dinâmica Molecular da Metaloendopeptidase deste organismo. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Modelagem por Homologia do proteoma predito de três linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis e Dinâmica Molecular da Metaloendopeptidase deste organismo, 2011.
GUIMARÃES, L. C. ; Ramos, Rommel ; SANTOS, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; ABREU, V. ; AZEVEDO, V. . Molecular Dynamics of metelloendopeptidase from Corynebacterium pseudotuberculosis. In: X-meeting, 2011, Florianópolis. Molecular Dynamics of metelloendopeptidase from Corynebacterium pseudotuberculosis, 2011.
SOARES, S. ; ABREU, V. ; Ramos, R. T. J. ; Barbosa, E. G. V. ; ABURJAILE, F. ; Fiaux K. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. In: X-Meeting, 2011, Florianópolis. PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software, 2011.
CERDEIRA, L. T. ; Carneiro, A. R. ; Ramos, R. T. J. ; DFONSECA, V. ; Ruiz, J. C. ; AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . De novo assembly of Corynebacterium pseudotuberculosis genomes using short reads obtained from mate-paired libraries. In: 18TH Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2010, Boston. ISMB 2010, 2010.
Resende, D. ; REIS, A. ; OLIVEIRA, N. J. D. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; TORRIERI, R. ; RUY, P. ; BATISTA, I. C. A. ; Ruiz, J. C. . A Survey on epitope prediction methods for parasites genomes. In: 18TH Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2010, Boston. ISMB2010, 2010.
SOARES, S. ; ABREU, V. ; MCCULLOCH, J. ; DFONSECA, V. ; RAMOS, R. T. J. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; ALMEIDA, S. S. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. In: X-Meeting 2010, 2010, Ouro Preto. X-meeting2010, 2010.
Ramos, R. T. J. ; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; PINTO, A. C. ; Resende, D. ; CERDEIRA, L. T. ; Orellana, Sara Cuadros ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. ; SILVA, A. . Sequenciamento dos genomas de linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando a plataforma SOLiD.. In: Congresso Brasileiro de MicroBiologia, 2009, Porto de Galinhas. Congresso de Microbiologia 2009, 2009.
Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; Resende, D. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. ; SANTOS, A. R. ; SILVA, R. R. ; CUADROS, S. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; J. Lameira ; OLIVEIRA, G. C. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. . A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.
DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; Resende, D. ; OLIVEIRA, G. C. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; Orellana, Sara Cuadros ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; Ruiz, J. C. ; AZEVEDO, V. . Comparative genomics between Corynebacterium pseudotuberculosis strains. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.
SOARES, S. ; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; Ramos, R. T. J. ; Resende, D. ; Orellana, Sara Cuadros ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. . Pathogenicity islands in bacteria:A next generation sequence approach overview of Corynebacterium genomes. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.
Resende, D. ; Ruiz, J. C. ; OLIVEIRA, N. J. D. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; BATISTA, I. C. A. ; Corrêa-Oliveira, R. . Reverse vaccinology: a new approach for de-signing a vaccine against canine visceral leishmaniasis. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.
Ramos, R. T. J. . Bioinformática na Fronteira do Conhecimento. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Ramos, Rommel Thiago Jucá . Methanogenesis from genomic perspective - Bioinformatic Challenges. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Ramos, R. T. J. . Bioinformática aplicada a análise de dados de sequenciadores de nova geração. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Ramos, Rommel . De novo assembly tools. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Ramos, Rommel ; CERDEIRA, L. T. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Genomas procariotos: next gen e bioinformática em parceria com Applied Biosystens. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Ramos, Rommel . Bioinformática. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Ramos, Rommel . Bioinformática na Fronteira do conhecimento. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Ramos, Rommel ; CERDEIRA, L. T. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . De novo Genome Assembly. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Ramos, R. T. J. . Tratamento de Sequências genômicas e finalização de montagens utilizando NGS. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; Resende, D. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. ; SANTOS, A. R. ; SILVA, R. R. ; Orellana, Sara Cuadros ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; J. Lameira ; OLIVEIRA, G. C. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. . A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções

Gomes de Sa, P. H. C. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, A. A. O. ; DE MELO, DIEGO MAGALHÃES ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . GapBlaster?A Graphical Gap Filler for Prokaryote Genomes. 2016.

Ramos, R. T. J. . Simplifier. 2011.

PINTO, A. C. ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . CoreStimulon. 2011.

Ramos, R. T. J. . Quality Assessment. 2009.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . RELATÓRIO TÉCNICO 03 - Boletim Covid PA - 17-02-2021 (DOI:10.13140/RG.2.2.22699.36649). 2021.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 14 (DOI:10.13140/RG.2.2.10535.88484). 2021.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRITO, S. R. ; BRAGA, M. B. ; Ramos, Rommel TJ ; Carneiro,Adriana R ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 01 (DOI:10.13140/RG.2.2.28930.09924). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRITO, S. R. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; BRAGA, MARCUS DE BARROS ; CARNEIRO, ADRIANA ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 02 (DOI:10.13140/RG.2.2.19019.41768). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; CARNEIRO, A. R. ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 04 (D.O.I. 10.13140/RG.2.2.17078.73283). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; FOLADOR, A. R. C. ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 05 (D.O.I. 10.13140/RG.2.2.32722.17606). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA, GILBERTO NERINO DE ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 06 (DOI: 10.13140/RG.2.2.32043.87847). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; CARNEIRO, A. R. ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 07 (DOI: 10.13140/RG.2.2.28896.51205). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 08 (DOI: 10.13140/RG.2.2.21900.54401). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 09 (DOI: 10.13140/RG.2.2.32931.48169). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 10 (DOI: 10.13140/RG.2.2.33865.36967). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 11 (DOI: 10.13140/RG.2.2.20638.56646). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; BRAGA, M. B. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 12 (DOI: 10.13140/RG.2.2.33187.89124). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; BRAGA, M. B. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 13 (DOI: 10.13140/RG.2.2.34731.26406). 2020.

ROCHA, J. E. C. ; SOUZA JUNIOR, G. N. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; BRAGA, MARCUS DE BARROS ; Carneiro,Adriana R ; BRITO, S. R. ; BOTELHO, M. N. . Boletim Covid PA - No 03 (DOI:10.13140/RG.2.2.28722.02247). 2020.

Ramos, Rommel T.J. . Montagem e Anotação de Genomas. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Ramos, Rommel . SQL Server. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Ramos, R. T. J. . SQL Server. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Miguel Ortega ; Ramos, R. T. J. . Workshop de Montagem e Anotação de Genomas - Prática de banco de dados Mysql. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Ramos, R. T. J. . JAVA - Introdução. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Ramos, R. T. J. . Introdução a Banco de Dados. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

2025 - Atual

Bioprospecção da biodiversidade Amazônica na comunidade Tembé e seu potencial biotecnológico no contexto do desenvolvimento sustentável e preservação do meio ambiente, Descrição: Bactérias, fungos, vírus e pequenos animais desempenham papeis fundamentais na manutenção do equilíbrio dos ecossistemas. Esses organismos microscópicos podem, ainda, apresentar potencial biotecnológico para aplicações em biorremediação, produção de antimicrobianos e de outras moléculas para aplicação nos mais diversos setores, além de indicar possíveis impactos ambientais que podem comprometer a saúde do sistema. A presente proposta visa descrever, de forma transdisciplinar, a diversidade de microrganismos em amostras representativas do ecossistema amazônico, incluindo águas fluviais, solos de mata e de produção agrícola, e de peixes consumidos pela comunidade indígena Tembé. O rio Uraim, que banha as imediações da aldeia, é impactado pelas regiões urbanizadas à montante e, assim, a avaliação da microbiota será realizada frente à mensuração do impacto antropogênico por meio de diversas análises físico-químicas e biológicas, de amostras de água e sedimento do rio, peixes e solos, além de georreferenciamento para registro dos índices de uso de solos. O conhecimento tradicional será capitalizado para guiar a escolha dos pontos de amostragem, visando avaliar a diversidade de ambientes e prospectar microrganismos com potencial biotecnológico. A abordagem envolverá técnicas como metagenômica, culturômica para vírus, bactérias e fungos, caracterização fenotípica, genotípica e estrutural dos organismos identificados, e integração dos resultados com abordagens computacionais baseadas em aprendizado de máquina. Esse estudo abrangente nos permitirá prospectar e apontar soluções para estimular práticas sustentáveis de manutenção ou recuperação do capital natural, promover a bioeconomia, e identificar potenciais indicadores de impactos ambientais na região.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (7) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Adriana Ribeiro Carneiro - Integrante / Marcus de Barros Braga - Integrante / Joana Montezano Marques - Integrante / ARAUJO, FABRICIO - Integrante / ANA ROBERTA FUSCO DA COSTA - Integrante / SOARES, SIOMAR CASTRO - Integrante / COSTA, MATEUS MATIUZZI DA - Integrante / Jailton Wagner Rodrigues Tavares - Integrante / ALEGRIA, OSCAR VICTOR CARDENAS - Integrante / MONTEIRO PONTES, PAULO RÓGENES - Integrante / LOPES CAVALCANTE, ROSANE BARBOSA - Integrante / Renata Cristina Picao - Integrante / André Luis Souza dos Santos - Integrante / Eloiza Helena Campana - Integrante / Gabriela Bergiante Kraychete - Integrante / Gilmar Perbiche Neves - Integrante / Juliana Reis Cortines - Integrante / Liliane Afonso de Oliveira - Integrante / Marília Danyelle Nunes Rodrigues - Integrante / Raquel Regina Bonelli - Integrante / René Jean Marie Poccard Chapuis - Integrante / Ricardo Jorge Amorim de Deus - Integrante / Ana Judith Pires Garcia Quaresma - Integrante / Dennys Monteiro Girao - Integrante / Larissa Alvarenga Batista Botelho - Integrante / Nayara Andreo - Integrante / Wellington Felipe da Costa - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / FUNDACAO AMAZONIA DE AMPARO A ESTUDOS E PESQUISAS - FAPESPA - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2025 - Atual

Bioprospecção dos microrganismos para a caracterização do potencial biotecnológico em ambientes impactados e seu reflexo na sustentabilidade no Estuário do Rio Caeté em Bragança-PA, Descrição: A região norte possui baixos índices de saneamento básico e políticas públicas em prol da qualidade das águas, assim, seus corpos hídricos sofrem constantemente dos efeitos da poluição urbana e das atividades econômicas, como exploração mineral, agricultura e pecuária que geram resíduos que têm como destino os rios. Contudo, os rios são fonte de subsistência para as populações ribeirinhas e tradicionais e também são os locais para as atividades recreativas, deixando estas comunidades sujeitas a contato com águas impróprias para uso, que podem gerar problemas de saúde pública. Além disto, estes ambientes impactados podem conter em suas comunidades microbianas mecanismos biotecnológicos capazes de garantir a sobrevivência destes microrganismos em condições de estresse. As áreas estuarinas da região de Bragança-PA são impactadas pela falta de saneamento básico, e atividades com a pesca e coleta de crustáceos estão presentes no cotidiano da população, assim o impacto antropogênico nestes habitats pode comprometer a subsistência das comunidades, além disto o potencial biotecnológico dos microrganismos desta região e sua adaptabilidade aos impactos ambientais é pouco explorado. Assim, este projeto tem por objetivo o monitoramento da região estuarina de Bragança-PA, através de georreferenciamento, do sequenciamento de DNA de amostras de água e sedimento para avaliação da diversidade, de análises físico-químicas, e da avaliação do potencial biotecnológico dos microrganismos e possíveis relações com impactos antropogênicos relacionados a poluição com lixo. Esses dados serão avaliados por meio de técnicas de visão computacional em conjunto com análises das imagens da região da coleta para avaliar reflexos do impacto antropogênico, em uma região de mangue da amazônia, de maneira a buscar formas de monitorar e identificar os fatores que podem estar gerando estes efeitos, a fim de dar suporte à tomada de decisões do Estado.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Marcus de Barros Braga - Integrante / Edian Franklin de Los Santos - Integrante / GOES-NETO, ARISTOTELES - Integrante / ROSADO, ALEXANDRE S. - Integrante / LISBOA FRANCES, CARLOS RENATO - Integrante / Diego Cardoso Estumano - Integrante / Juliana Araripe Gomes da Silva - Integrante / Mateus Matiuzzi da Costa - Integrante / Paulo Rógenes Monteiro Pontes - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2021 - Atual

Monitoramento de rios da Amazônia quanto a multirresistência a antimicrobianos em função de ações antrópicas e dos protocolos de COVID, Descrição: Este projeto tem por objetivo o monitoramento de corpos hídricos do Estado do Pará a fim de identificar possíveis bactérias multirresistentes em amostras ambientais; no intestino de peixes coletados no mesmo ponto, por uma abordagem de saúde única através de métodos de sequenciamento de alto rendimento com uso de metagenômica, com métodos de inteligência computacional para pré-processar e integrar os dados com análises físico-químicas e ecológicas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Adriana Ribeiro Carneiro - Integrante / Marcus de Barros Braga - Integrante / Edian Franklin de Los Santos - Integrante / Igor Hamoy - Integrante / NOGUEIRA, WYLERSON G. - Integrante / ALMEIDA ARAÚJO, FABRÍCIO - Integrante / Carlos Willian Dias Dantas - Integrante / Bruno da Silveira Prudente - Integrante / Jailton Wagner Rodrigues Tavares - Integrante / Daniele Barbosa de Almeida Medeiros - Integrante., Financiador(es): Secretaria de Ciência, Tecnologia e Educação do Estado do Pará - Auxílio financeiro.
2020 - 2024

Mapeo de resistomas en los ríos Yaque del Norte y Yaque del Sur y sus implicaciones para la salud humana., Descrição: The study of microbial diversity and its metabolism, as well as its mechanisms for antibiotic resistance, is an emerging frontier of the biological, environmental and biotechnological sciences. New genetic techniques such as New Generation Sequencing and Metagenomics allow investigators access to the microbial genetic patrimony, in addition to evaluation and mapping of the existing microbial diversity in studied habitats. In the city of Santo Domingo, watersheds from the main rivers in the Dominican Republic. These affluent are being used habitually by the neighboring communities. In their trajectories, these rivers exhibit several regions that directly or indirectly contact uncontrolled urban growth and highly industrialized zones. Anthropic action comes from the nearby city and neighborhoods, as well as industries contributing to landfill the main watersheds, which can be translated into serious health problems for marine species, and could bring problematic human pathologies, both of which could possibly be avoided if the right approach is taken. The purpose of this inquiry is the characterization of the microbial diversity present in these zones, identify their resistomes and transference mechanisms for antibiotic resistance between the environment and human populations. The comprehension of the microbial communities will allow the development of effective strategies and methodologies in favor of safekeeping a healthy environment, to which adjoining populace will have access with exposure to a microorganism capable of impairing their quality of life. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / FRANCO, EDIAN F. - Coordenador.
2020 - Atual

Estimativa da qualidade da água na bacia de Yaque del Norte através de uma rede de sensores móveis de baixo custo., Descrição: A proposta parte de duas questões fundamentais: qual o impacto das ações antrópicas na qualidade das águas do rio Yaque del Norte? 2) Qual o impacto das mudanças climáticas na disponibilidade e qualidade da água na bacia do rio Yaque del Norte? As respostas a essas perguntas são de extrema importância devido a suas implicações em termos de gestão abrangente dos recursos hídricos, gestão da qualidade ambiental e adaptação às mudanças climáticas na República Dominicana. Para responder a essas perguntas, são propostas estratégias metodológicas e tecnológicas que incluem: 1) monitoramento da qualidade da água com sensores remotos de baixo custo, 2) estimativa do impacto das mudanças climáticas na qualidade da água através dos dados coletados e 3 ) Estabelecimento de uma rede de monitoramento da qualidade da água na bacia. Além disso, a análise dos dados será realizada usando técnicas de aprendizado de máquina para identificar padrões e inter-relações relevantes nos dados, o que reduzirá o impacto das mudanças climáticas e melhorará a qualidade desse importante rio. As informações coletadas integrarão a plataforma web do Observatório de Mudanças Climáticas e Resiliência do INTEC. A disponibilidade de informações para fins de pesquisa, formulação de políticas públicas, tomada de decisão e treinamento da comunidade científica e acadêmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / FRANCO, EDIAN F. - Integrante.
2018 - 2024

Ações em biotecnologia, ômicas e bioinformática para o fortalecimento do agronegócio na Amazônia, Descrição: O estado do Pará é o maior produto de palma de óleo do Brasil, esta cadeia produtiva é centrado na palma de óleo africana e do seu hibrido, porém não existem estudos que caracterizem suas diferenças genéticas que podem levar ao incremento na produção de óleo e utilização na nutrição animal.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Vasco - Integrante / Luís Carlos Guimarães - Integrante / Jefferson Magalhães de Moraes - Integrante / NELSON CRUZ SAMPAIO NETO - Integrante / Igor Hamoy - Coordenador / Bianchi Serique - Integrante / Roberto Lisboa Cunha - Integrante / ELISA FERREIRA MOURA CUNHA - Integrante / GISELE BARATA DA SILVA - Integrante / EDNALDO DA SILVA FILHO - Integrante / MARIA DO SOCORRO PADILHA DE OLIVEIRA - Integrante / REGINALDO ALVES FESTUCCI BUSELLI - Integrante / LUCIANA GATTO BRITO - Integrante / PRISCILA DI PAULA BESSA SANTANA - Integrante / RAFAEL BORGES DA SILVA VALADARES - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2018 - 2021

Prospecção da resistência a antibióticos y diversidade microbiana nos afluentes circundantes da Cidade de Santo Domingo, através de técnicas de metagenómica y NGS, Descrição: objetivo desta pesquisa é caracterizar a diversidade microbiana, assim como identificar e caracterizar a resistência e mecanismos de transferência de resistência a antibióticos entre o ambiente e o homem, nos rios que circundam a cidade Santo Domingo na Republica Dominicana. O entendimento das comunidades microbianas permitirá o desenvolvimento de estratégias e metodologias com o objetivo de reduzir o impacto e os riscos que as bactérias resistentes a antibióticos podem causar.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Edian Franklin Franco de los santos - Coordenador.
2017 - 2020

Estudo do Interatoma de Corynebacterium pseudotuberculosis em linhagem celular de Mus musculus, Descrição: Universal 01/2016 - Faixa B. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Vasco - Integrante / Pacheco, Luis G. C. - Integrante / Flavia Aburjaile - Integrante / BARAUNA, R. A. - Integrante / Artur Luiz Da Costa da Silva - Integrante / Siomar Castro Soares - Integrante / Adriana R Carneiro - Integrante / Luís Carlos Guimarães - Integrante / Adonney Allan de Oliveira Veras - Integrante / kenny C Pinheiro - Integrante / Yan Pantoja - Integrante / LOPES DE SOUSA, AILTON - Integrante / Jefferson Magalhães de Moraes - Integrante / Amalia Raiana Fonseca Lobato - Integrante / Gabriel Rosa Santos Muge - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1
2015 - 2019

ARTEMan:Transferência de resistência a antibióticos entre o Ambiente e o Homem, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 06/08/2015., Descrição: Projeto de cooperação internacional FCT CAPES Edital CAPES-FCT 039/2014. Universidade de Aveiro Profa. Dra. Isabel da Silva Henriques.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Adriana R Carneiro - Integrante / Isabel da Silva Henriques - Integrante / Baraúna, Rafael Azevedo - Integrante.
2015 - 2018

Identificação de Proteínas Efetoras do Sistema de Secreção Tipo VII de Corynebacterium pseudotuberculosis sob condições de estresse biologicamente relevantes e avaliação dos seus papéis nos mecanismos de interação com o hospedeiro, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 06/08/2015., Descrição: A linfadenite caseosa é uma enfermidade crônica causada por bactérias Gram-positivas, intracelulares facultativas, da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, que acomete pequenos ruminantes. Essa bactéria pode infectar tanto animais de importância econômica (por ex. caprinos, ovinos, bovinos e equinos) quanto animais silvestres e o homem. A patologia é caracterizada pela presença de granulomas nos linfonodos viscerais e superficiais, ocasionando grandes perdas econômicas decorrente da condenação de carcaças, pele e reprodutividade reduzida. No Brasil, estimativas demonstram que a maior parte dos rebanhos esteja infectada, fato esse que é agravado pela inexistência de métodos profiláticos satisfatórios para o controle da LC. Ainda há um conhecimento restrito sobre os determinantes moleculares de virulência de C. pseudotuberculosis, bem como sobre o controle da sua expressão gênica. Sabe-se que durante o processo infeccioso, essa bactéria é exposta a uma gama de diferentes ambientes, desde o ponto de entrada no hospedeiro, passando pelo sistema linfático, até a replicação intracelular dentro de macrófagos e o estabelecimento de lesões. Dessa forma, a resposta bacteriana aos estresses intracelulares representa um importante fator atuante nesse processo. Muitas proteínas secretadas por agentes patogênicos são liberadas ou "injetadas" às células hospedeiras para modificar a fisiologia celular e promover a colonização com o auxílio de proteínas efetoras e toxinas. Uma maquinaria de secreção específica das bactérias Gram-positivas é o sistema do tipo VII (T7SS), que tem sido amplamente descrito em M. tuberculosis por ser constituído de três proteínas essenciais para a virulência desta bactéria. Há relatos da presença desse sistema nas corinebactérias, mas não tem sido estudado profundamente até o momento. Nesse contexto, o objetivo deste projeto é identificar e avaliar as proteínas efetoras (PEs) do T7SS de C. pseudotuberculosis, levando em consideração as condições do ambiente intracelular. Para isso, iremos submeter a bactéria à condições de estresse e identificar as proteínas diferencialmente expressas. Paralelamente, serão geradas linhagens mutantes para PEs do T7SS para avaliar a viabilidade dos macrófagos infectados com essas linhagens. Finalmente, iremos avaliar a persistência da enfermidade em camundongos após a infecção com as linhagens mutantes, assim como a produção de citocinas. Esperamos que através desse projeto novas PEs importantes para a virulência de C. pseudotuberculosis sejam identificadas sob condições de estresse, e assim possamos avançar nossos estudos na busca por métodos mais eficazes para controlar as doenças causadas por esse patógeno. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / SEYFFERT, NUBIA - Integrante., Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro.
2014 - 2019

Rede de Cooperação Acadêmica em Genômica Funcional e Biologia De Sistemas de Microrganismos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 11/08/2015., Descrição: EDITAL N 071/2013 - PROGRAMA NACIONAL DE COOPERAÇÃO ACADÊMICA - PROCAD.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Vasco - Integrante / Adriana R Carneiro - Integrante / Andrea Kelly Ribeiro dos Santos - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2014 - 2018

O genoma do búfalo do Marajó, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 06/08/2015., Descrição: Recentes avanços na biologia molecular tem levado a uma rápida obtenção de genomas completos de animais domésticos. Em relação a genômica aplicada a pecuária foram identificadas regiões gênicas ligadas a produção e qualidade do leite e queijo, a incidência de doenças hereditárias, resistência e susceptibilidade a verminose, maciez e marmoreio da carne, ganho de peso, entre outras. A tendência é um aumento na geração de novas informações sobre regiões gênicas e genes que possam influenciar na produção, saúde e qualidade das populações de animais criadas para alimentação humana. Estas informações tiveram um grande impacto no delineamento de novas opções tecnológicas para os sistemas produtivos, destacando-se as associadas ao melhoramento genético. Os programas de melhoramento genético animal estão baseados na correta identificação de animais superiores, que serão os progenitores das futuras gerações. Técnicas reprodutivas, tais como inseminação artificial e transferência de embriões, vêm sendo utilizadas pelos pesquisadores para aumentar o número de progênies de animais geneticamente superiores. Em 2008 o Governo do Pará implanta sua Rede Genoma consolidando a competência em Genômica e Bioinformática na Região Amazônica. Esta ação governamental visa a oferta de serviços biotecnológicos que atendam à demanda da sociedade paraense e da região. Atividades de pesquisa e ensino desenvolvidas na Rede Genoma Pará permitiram a criação de um núcleo atuante em Genômica e Bioinformática no Brasil, que hoje conta com 51 projetos de sequenciamento de micro-organismos no NCBI, fazendo deste programa de pesquisa o maior colaborador latino americano junto ao NCBI. Um outro feito que merece destaque foi a recente publicação do primeiro genoma de um ameríndio realizado integralmente na UFPA.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Silvanira - Integrante / Adriana R Carneiro - Integrante., Financiador(es): FUNDACAO AMAZONIA DE AMPARO A ESTUDOS E PESQUISAS - FAPESPA - Auxílio financeiro.
2014 - 2016

Estudo do interatoma e exossoma em Corynebacterium pseudotuberculosis para pesquisa de novos alvos terapêuticos, Descrição: Micro-organismos do gênero Corynebacterium são classificados no grupo CMNR, do qual também fazem parte os gêneros Mycobacterium, Nocardia e Rhodococcus. Este compreende um dos grupos mais importantes do domínio bactéria, pois contém espécies de interesse médico, veterinário e biotecnológico (Khamis et al., 2004; Dorella et al., 2006). Dentre estas espécies podemos destacar o patógeno de animais Corynebacterium pseudotuberculosis, que é o agente etiológico da linfadenite caseosa (CLA caseous lymphadenitis), uma doença que acomete principalmente ovinos e caprinos ao redor de todo o mundo (Dorella et al., 2006). Mundialmente, o Agronegócio vem sofrendo perdas consideráveis em decorrência da infecção provocada pela bactéria patogênica C. pseudotuberculosis em seus diferentes hospedeiros. Esta bactéria foi inicialmente identificada como micro- organismo causador da linfadenite caseosa em caprinos e ovinos, porém também já foi isolada de outras espécies, como camelídeos, bovinos, bubalinos, equinos causando linfangite ulcerativa e até em humanos (Yeruham et al., 2004; Williamson, 2001; Selim, 2001), e ainda não existem soluções para combater eficientemente as doenças provocadas por este micro-organismo. O Brasil tornou-se referência na análise molecular desta espécie, e até junho de 2013, 15 linhagens de C. pseudotuberculosis foram isoladas e tiveram seus genomas sequenciados e analisados, revelando importantes características da espécie e agregando novos conhecimentos a cerca da problemática econômica e biológica da C. pseudotuberculosis (Soares et al., 2013). A linfadenite caseosa, caracteriza-se pela formação de abscessos contendo pus de coloração amarelo esverdeado e consistência viscosa. Pode ocorrer sob duas formas clínicas, uma superficial que acomete os linfonodos palpáveis (LC externa), e outra forma visceral que acomete os linfonodos internos (LC visceral) e órgãos como pulmão, rim, fígado (Dorella et al., 2006). O tratamento é feito principalmente pelo uso de antibióticos, porém apresenta um custo elevado e é pouco eficaz, uma vez que as drogas não penetram na cápsula dos abscessos. Por isso a importância de se desenvolver uma vacina potente, segura e realmente protetora. Algumas vacinas já vêm sendo pesquisadas, inclusive de DNA, mas o resultado ainda não é satisfatório (Dorella et al., 2006; Baird & Fontaine, 2007). O diagnóstico da linfadenite caseosa é principalmente clínico. Observa-se no animal acometido, a formação de grandes caroços, geralmente na cabeça, mandíbula e pescoço. Por ser contagiosa, a doença propaga-se nos rebanhos principalmente pelo contato direto entre animais. Em alguns casos, a infecção produz poucos sintomas evidentes, permanecendo indetectável até que um exame post-mortem seja realizado. Assim, o diagnóstico clínico tardio é um dos principais problemas (Alves & Pinheiro, 2000). Quando se verifica a lesão nodular (o caroço), o animal já pode estar francamente comprometido, com perda de peso e do rendimento da produção de carne e/ou leite. Neste caso a única solução, para evitar a propagação, é o descarte de animais acometidos, inclusive a carcaça, não havendo sequer o aproveitamento do couro (Veschi, 2005). O tamanho e a severidade da lesão dependem do número inicial de microrganismo que penetraram no tecido do hospedeiro, da velocidade de multiplicação do microrganismo e da susceptibilidade do hospedeiro em se defender da bactéria, entretanto isso parece ter pouca relação com a duração da infecção. A patogenia tem início quando bactérias penetram no organismo, se multiplicam e são fagocitadas. A sobrevivência intracelular em fagócitos é o principal fator para a disseminação e a eventual formação dos abscessos, que é mediado pelos fatores de virulência (Jolly, 1966).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Adriana Ribeiro Carneiro - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2013 - 2018

Rede de cooperação acadêmica para o estudo e desenvolvimento de ferramentas para a genômica estrutural e funcional, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Vasco Ariston de Carvalho Azevedo em 13/08/2014., Descrição: CAPES Edital nº 51/2013 BIOLOGIA COMPUTACIONAL. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Vasco - Coordenador / CARNEIRO, ADRIANA - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2013 - 2017

A Vida Microbiana na Criosfera Antártica: Mudanças Climáticas e Bioprospecção (MICROSFERA), Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 07/01/2014., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Vivian Pellizari - Integrante / Adriana R Carneiro - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - 2016

CoryDB - um ambiente computacional para integração de estudos genômicos e transcriptômicos de Corynebacterium pseudotuberculosis, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (8) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Anne Cybelle Pinto - Integrante / Pacheco, Luis G. C. - Integrante / Schneider, Maria P. - Integrante / RIBEIRO CARNEIRO, A. - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Pablo Henrique Caracciolo Gomes de Sá - Integrante / Joana Montezano Marques - Integrante.
2013 - 2016

Análise Pangenômica de Corinebactérias Patogênicas Emergentes, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 07/01/2014., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Anne Cybelle Pinto - Integrante / Barauna - Integrante / Thiago Lopes - Integrante / CARNEIRO, ADRIANA - Integrante / GRAÇAS, DIEGO A - Integrante / FILHO, LUCIANO C F - Integrante / Pablo Henrique Caracciolo Gomes de Sá - Integrante / Fernanda Alves Dorella - Integrante / Adonney Allan de Oliveira Veras - Integrante.
2013 - 2016

Avaliação do Potencial de Biorremediação da Amazônia Atlântica pela Indústria de Petróleo, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 11/08/2015., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Vivian Pellizari - Integrante / Adriana R Carneiro - Integrante.
2013 - 2016

Análise do perfil transcricional de Corynebacterium pseudotuberculosis biotipo equi sob condições de estresses ambientais, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Vasco - Integrante / Anne Cybelle Pinto - Integrante / Adriana R Carneiro - Coordenador.
2013 - 2016

Reconstrução e Modelagem de Vias Metabólicas em Escala de Genoma da Cianobacteria Microcystis aeruginosa SPC777, Descrição: O projeto visa Identificar vias metabólicas da Microcystis aeruginosa SPC77 a partir do genoma completo do micro-organismo, desenvolver modelo in silico da Microcystis aeruginosa SPC77 e usar este modelo para identificar produtos de interesse biotecnológico bem como melhorar a sua produtividade.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Maria Paula Cruz Schneider - Coordenador.
2011 - 2014

Genes Biossintéticos e produtos naturais bioativos de cianobactérias da Amazônia: Fronteiras em biotecnologia, Descrição: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico-CNPq Convênio CNPq/Rede Bionorte R$ 1.0.13.014,10. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Paula Schnneider - Coordenador.
2011 - 2013

Implantação de tecnologias para produção de proteínas recombinantes no Laboratório de Engenharia Biológica do PCT-Guamá, Descrição: Fapespa R$ 119.623,00. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador.
2011 - 2013

Genética aplicada ao monitoramento e conservação da ictiofauna, Descrição: Norte Energia AS R$ 1.000.063,10. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador.
2011 - 2013

Análise da genômica funcional de Corynebacterium pseudotuberculosis biotipos ovis e equi sob diferentes condições de estresse biologicamente relevantes, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 14/05/2013., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Vasco - Integrante / Anne Cybelle Pinto - Integrante / Wanderson Marques Silva - Integrante / CARNEIRO, ADRIANA - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2010 - 2014

Genoma de aves brasileiras, filogenômica, especiação, conservação e redes gênicas neurais ligadas ao canto (Beija-flor e sabiá) e imitação da fala (Papagaios) - Sisbioaves, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Schneider, Maria Paula C. - Coordenador / Maria Sueli Felipe - Integrante / Claudio Mello - Integrante / Evonnildo Gonçalves - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - 2012

Núcleo Amazônico de Excelência em Genômica de Microorganismos, Descrição: CNPq/Fapespa R$ 629.719,34. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / FUNDACAO AMAZONIA DE AMPARO A ESTUDOS E PESQUISAS - FAPESPA - Auxílio financeiro.
2008 - 2012

Rede Paraense de Genômica e Proteômica, Descrição: Fapespa R$ 1.999.922,40. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (30) / Doutorado: (10) . , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador., Financiador(es): FUNDACAO AMAZONIA DE AMPARO A ESTUDOS E PESQUISAS - FAPESPA - Auxílio financeiro.
2008 - 2012

Rede de cooperação acadêmica para o estudo da biodiversidade microbiana Amazônica e suas aplicações biotecnológicas, Descrição: PROCAD/CAPES R$ 300.000,00. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador.

Prêmios

2023

Bolsa de Produtividade CNPq nivel PQ1D, CNPq.

2019

Bolsa de Produtividade CNPq nivel PQ1D, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

2018

Membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências (2018-2022), Academia Brasileira de Ciências.

2010

Professor Homenageado ( Redes de Computadores), Faculdade de Castanhal.

2010

Paraninfo da turma de Redes de Computadores 5SIN1, Faculdade de Castanhal.

Histórico profissional

Endereço profissional

Universidade Federal do Pará, Instituto de Ciências Biológicas, Centro de Genômica e Biologia de Sistemas. , Rua Augusto Corrêa, 01, Guamá, 66075970 - BELEM, PA - Brasil, Telefone: (91) 32018426, URL da Homepage:

Experiência profissional

2020 - Atual

Ministerio de Educación Superior, Ciencia y Tecnología

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2018 - Atual

Instituto Tecnológico de Santo Domingo

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2018 - Atual

Universidade Federal Rural da Amazônia

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2012 - 2013

Fundação de Apoio à Educação Tecnológica, Pesquisa e Extensão do CEFET/PA

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Professor PARFOR

Atividades

07/2013 - 08/2013
Ensino, Computação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Gerência de Projetos
01/2013 - 01/2013
Ensino, Computação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Gerência de Projetos
09/2012 - 09/2012
Ensino, Computação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Engenharia de Softwares Educacionais

2020 - Atual

Universidade Federal do Pará

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Diretor da Faculdade de Biotecnologia, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2017 - Atual

Universidade Federal do Pará

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto IV, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2017 - 2019

Universidade Federal do Pará

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2015 - 2017

Universidade Federal do Pará

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto II, Regime: Dedicação exclusiva.

2013 - 2015

Universidade Federal do Pará

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto I, Regime: Dedicação exclusiva.

2012 - 2013

Universidade Federal do Pará

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente I, Regime: Dedicação exclusiva.

2008 - 2012

Universidade Federal do Pará

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Estudante, Carga horária: 40

Outras informações:
Realização de projeto de bioinformática: montagem de genomas e anotação com dados do sequenciador SOLID.

Atividades

01/2020
Direção e administração, Instituto de Ciências Biológicas, Faculdade de Biotecnologia.Cargo ou função, Diretor.
03/2016
Direção e administração, Instituto de Ciências Biológicas.Cargo ou função, Coordenador da Especialização lato sensu em Biologia Computacional (UFPA Portaria 4367/2015).
06/2013
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biológicas, Biotecnologia.Cargo ou função, Membro do Núcleo Docente Estruturante.
10/2008
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Ciências Biológicas, Laboratório de Polimorfismo de DNA.Linhas de pesquisa
02/2015 - 07/2015
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Aspectos Gerais de Bioprospecção
02/2015 - 07/2015
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Programação para Bioinformática
06/2015 - 06/2015
Ensino, Genética e Biologia Molecular, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Algoritmos em Bioinformática
08/2014 - 12/2014
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
08/2014 - 12/2014
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Seminários Temáticos Regionais
11/2014 - 11/2014
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Abordagens de Bioinformática para análises transcriptômicas
02/2014 - 07/2014
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioprospecção, Simulação Computacional de Aminoácidos e Proteínas
06/2014 - 06/2014
Ensino, Genética e Biologia Molecular, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Algoritmos em Bioinformática
06/2014 - 06/2014
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
12/2013 - 12/2013
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Abordagens de Bioinformática para análises transcriptômicas
08/2013 - 12/2013
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
08/2013 - 08/2013
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Seminários Temáticos Regionais
03/2013 - 08/2013
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
03/2013 - 08/2013
Ensino, Biomedicina, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
03/2013 - 08/2013
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioprospecção, Simulação Computacional de Aminoácidos e Proteínas
06/2013 - 06/2013
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
11/2012 - 02/2013
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
11/2012 - 02/2013
Ensino, Biomedicina, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
11/2012 - 02/2013
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Seminários Temáticos Regionais
04/2012 - 10/2012
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática
02/2012 - 07/2012
Ensino, Biotecnologia, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioprospecçãob, Simulação Computacional de Aminoácidos e Proteínas
03/2012 - 05/2012
Ensino, Biomedicina, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Bioinformática

2010 - 2012

Faculdade de Estudos Avançados do Pará

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 8

Atividades

08/2011 - 01/2012
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Algoritmos, Estrutura de Dados II, Sistemas Distribuídos
08/2010 - 12/2011
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Análise e Projeto de Sistemas III
02/2011 - 07/2011
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Análise e Projeto de Sistemas III, Organização e Arquitetura de Computadores
03/2010 - 07/2010
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Análise e projeto de Sistemas III, Projeto de Banco de dados

2011 - 2011

Universidade do Estado do Pará

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor

Atividades

01/2011 - 01/2011
Ensino, BIOLOGIA PARASITÁRIA NA AMAZÔNIA, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Biologia Molecular de Arbovírus

2010 - 2010

Faculdade Ideal

Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: horista, Carga horária: 30

Atividades

08/2010 - 08/2010
Ensino, Gestão de TI, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Gestão de Projetos

2009 - 2009

Centro de Pesquisas René Rachou, CPqRR

Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Colaborador, Carga horária: 40

Outras informações:
O projeto visa a implementação de um pipeline para análise e montagem de genomas bacterianos sequenciados com tecnologias de next-generation (principalmente o SOLiD) e a realização da montagem e anotação de genomas de forma 'ab initio'. Projeto realizado em parceria com o Laboratório de Polimorfismo de DNA da Universidade Federal do Pará. Coordenadores do projeto: Prof. Dr. Artur Silva e Prof. Dr. Vasco Azevedo e Prof. Dr. Jerônimo Ruiz.

2007 - 2008

Faculdade de Castanhal

Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Horista, Carga horária: 32

Atividades

02/2009 - 07/2009
Ensino, Redes de Computadores, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Programação orientada à objetos, Programação para administradores de redes
08/2008 - 12/2008
Ensino, Redes de Computadores, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Programação orientada à objetos, Programação para administradores de redes
08/2008 - 12/2008
Ensino, Ciências Contábeis, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Informática
08/2008 - 12/2008
Ensino, Agronegócios, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Informática
02/2008 - 07/2008
Ensino, Redes de Computadores, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Programação para administradores de redes, Algoritmos e Lógica de Programação
02/2008 - 07/2008
Ensino, Agronegócios, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Informática
02/2008 - 07/2008
Ensino, Ciências Contábeis, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Informática
09/2007 - 12/2007
Ensino, Redes de Computadores, Nível: GraduaçãoDisciplinas ministradas, Algoritmos e Lógia de Programação

2007 - 2008

JD Consultores

Vínculo: Funcionário, Enquadramento Funcional: Analista de Suporte, Carga horária: 40

Outras informações:
Suporte ao sistema de pagamento brasileiro - SPB do banco da Amazônia. Suporte a infra-estrutura do SPB: rede de computadores, banco de dados Sql server 2005 e aos usuários do sistema.

2007 - 2009

Edukanet Desenvolvimento e Comércio de Software

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor

2003 - 2007

Universidade da Amazônia

Vínculo: Funcionário, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 44

Outras informações:
Desenvolvimento de sistemas para uso acadêmico: processo seletivo, colação de grau, dentre outros. Utilizando linguagem JAVA, delphi, asp , e padrões de projeto: Struts, DAO. Suporte ao banco de dados SQL Server: manutenção e administração;

2002 - 2003

Universidade da Amazônia

Vínculo: Funcionário, Enquadramento Funcional: Programador, Carga horária: 44

Outras informações:
Desenvolvimento de softwares com Active Server Pages, delphi e visual basic e banco de dados SQL Server.

2000 - 2002

Xerox do Brasil

Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20

Outras informações:
Atuando no suporte equipamentos Xerox que possuiam conectividade. Executando trabalho de pré-venda junto aos Analistas da Empresa. Participando de treinamentos de vendas: Bayer Focused Selling. Desenvolvimento de logomarcas da Filial Belém, e vencedor na criação da marca da região norte. Colaboração no desenvolvimento de formulários PCL e Postgree para os clientes da empresa. Conhecimentos em Gerenciamento Eletrônico de Documentos.

2001 - 2002

Serviço Social da Indústria

Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estágio, Carga horária: 20

Outras informações:
Dentre as atividades realizadas destacan-se o suporte ao usuário quanto ao uso de softwares e ao desenvolvimento de sistemas para utilização interna. Foi desenvolvido um software de gerência de atendimentos odontológicos e gerência de atividades( modalidades esportivas oferecidas). A adminitração da rede de computadores no Centro de Atendimento ao traablhados - CAT, também foi feita com minha participação.

2018 - Atual

Universidade Federal de Minas Gerais

Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: Professor Permanente, Carga horária: 5

Outras informações:
Membro Permanente do Programa de Pós-graduação em Bioinformática

2025 - Atual

Fundação de Ciência e Tecnologia Guamá

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador associado

Outras informações:
O Laboratório de Simulação e Biologia Computacional (SIMBIC) do qual faço parte da coordenação atua em projetos de pesquisa, extensão e inovação nas áreas de biotecnologia e Tecnologia da Informação e Computacação com o Parque de Ciência e Tecnologia Guamá, gerenciado pela Fundação Guamá.