Tie Koide

Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2001), Doutora em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2006) com Pós-doutorado no Institute for Systems Biology, Seattle-EUA (2008). É docente do Departamento de Bioquímica e Imunologia - FMRP- USP, livre-docente em Bioquímica (2020). Atua na área de Microbiologia, Bioquímica e Biologia Molecular, com ênfase em Biologia Sistêmica, analisando dados de expressão gênica em larga escala e auxiliando no desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Áreas de interesse: regulação da expressão gênica, microbiologia, resposta a estresses ambientais, integração de dados em larga-escala para formulação de modelos preditivos da célula, RNAs não codificantes, organismos procarióticos, archaea, bioinformática.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)

2002 - 2006

Universidade de São Paulo
Título: Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais
Suely Lopes Gomes. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Xylella fastidiosa; microarranjos de DNA; bioinformática; estresse.

Graduação em Curso de Ciências Moleculares

1998 - 2001

Pró-reitoria de graduação
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

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Pós-doutorado

2020

Livre-docência. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Título: Identificação de novos RNAs na arquéia Halobacterium salinarum, Ano de obtenção: 2020., Palavras-chave: RNAs; arquéia; microbiologia; bioinformática., Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Sistêmica.

2006 - 2008

Pós-Doutorado. , Institute for Systems Biology, ISB, Estados Unidos. , Bolsista do(a): Institute for Systems Biology, ISB, Estados Unidos. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Sistêmica.

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Formação complementar

2017 - 2017

Módulo Básico de Desenvolvimento Docente em Ensino. (Carga horária: 40h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2010 - 2010

Advanced School on Biochemistry of Biofuels. (Carga horária: 60h). , SBBq & ASBMB & IUBMB, SBBQ, Brasil.

2009 - 2009

Microfluidics course. (Carga horária: 24h). , Institute for Systems Biology, ISB, Estados Unidos.

2004 - 2004

The Molecular Basis of Bacterial Stress Responses. (Carga horária: 90h). , Insituto de Biologia Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET) e HHMI, CONICET/HHMI, Argentina.

2002 - 2002

Molecular Biological Approaches to Bacterial Cell. (Carga horária: 70h). , Instituto de Ciências Biomédicas - USP, ICB - USP, Brasil.

2001 - 2001

Bioquímica do Envelhecimento. (Carga horária: 56h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Francês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Japonês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Pouco, Escreve Pouco.

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Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Sistêmica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Archaea.

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Organização de eventos

KOIDE, T. ; SEBOLELLA, A. ; CAMPOS, R. M. ; MENDES, V. . XVIII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2019. (Outro).

SEBOLELLA, A. ; KOIDE, T. ; VIEIRA, N. A. ; FERRARI, G. D. . XVII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2018. (Outro).

KOIDE, T. ; SEBOLELLA, A. ; COSTA, M. N. ; SANTANA, L. M. . XVI Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2017. (Outro).

KOIDE, T. ; SEBOLELLA, A. ; PALACIO, T. Z. ; COSTA, M. N. . XV Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2016. (Outro).

KOIDE, T. ; Vitor Marcel Faça ; Faria, A . XIV Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2015. (Outro).

GRACIANO, R. ; Vitor Marcel Faça ; KOIDE, T. . XIII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2014. (Outro).

KOIDE, T. ; Vitor Marcel Faça ; Lucena, M N . XII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2013. (Outro).

KOIDE, T. ; Silva, Roberto ; Lucena, M N . XI Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2012. (Outro).

Vencio, R. Z. N. ; KOIDE, T. ; Hashimoto, RF . II Workshop de Bioinformática. 2012. (Outro).

KOIDE, T. ; Silva, Roberto ; Lucena, M N . X Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2011. (Outro).

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Participação em eventos

5o Congresso de Graduação da USP. Modelos em papel para estudo de estruturas de proteínas em cursos introdutórios de Bioquímica. 2019. (Congresso).

31o Reunião de Genética de Microorganismos.Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. 2018. (Simpósio).

V Simpósio da Comissão de Graduação da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. 2018. (Simpósio).

I Workshop in Microbial Molecular Biology.Pervasive transcription in Archaea: new functional RNAs in a salt-loving extremophile.. 2017. (Oficina).

1st Workshop on Systems Microbiology: From genes and cells to whole environments.Overlapping regulatory signals in archaeal transcription. 2015. (Simpósio).

Seminários conjuntos dos programas de pós-graduação em Biologia Comparada e a e entomologia.Searching for biology's dark matter: insights from Archaea, the third domain of life. 2015. (Seminário).

Seminários CREBIO - 4o ciclo.Searching for biology's dark matter: insights from Archaea, the third domain of life. 2015. (Seminário).

I Simpósio de Genômica Funcional e Biologia Sistêmica de Microorganismos.Bioinformática e Biologia Sistêmica de Microorganismos. 2013. (Simpósio).

IV Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next generation sequencing.RNAs não-codificantes: identificação e estudos funcionais em organismos procariotos. 2013. (Seminário).

Cell Symposia - Functional RNAs.Searching for functional ncRNAs in the archaeon Halobacterium salinarum by genetic perturbation: Lsm chperone knockout strain transcriptome. 2012. (Simpósio).

iGEM Latin America 2012 ( International Genetically Engineered Machine competitio_.iGEM Latin America 2012 - Judge comitee. 2012. (Outra).

III Bragfost - Brazilian-German Frontiers of Science and Technolog Symposiay.Integrating molecular information to understand life in extreme environments. 2012. (Simpósio).

XI Curso de Inverno em Bioquímica e Biologia Molecular.Biologia sistêmica de microorganismos. 2012. (Outra).

Bioinformática aplicada as ômicas.Transcriptômica. 2011. (Oficina).

Curso de Verão em bioinformática - Programa Interunidades USP.Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Seminário).

III Simpósio Brasileiro de genética molecular de Plantas.Regulatory Networks. 2011. (Simpósio).

Sao Paulo Advanced School of Astrobiology.Extremophile systems biology. 2011. (Outra).

Seminário do Programa de Pós-graduação em Ciências Biológicas - UEM.Desvendando a complexidade do transcritoma. 2011. (Seminário).

Seminários da sociedade de Pesquisas em Biologia Celular.Desvendando a complexidade do transcriptoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Seminário).

Seminários do Laboratório Nacional de Biociências.Desvendando a complexidade do transcritoma em procariotos. 2011. (Seminário).

Seminários do programa de pós graduação em biologia celular e tecidula.Biologia Sistêmica - desvendando a complexidade do transcriptoma. 2011. (Seminário).

Seminários Gerais do Departamento de Bioquímica - IQ -USP.Desvendando a complexidade do transcritoma em procariotos. 2011. (Seminário).

X Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular.Biologia Sistêmica: combinando 'omics"para o avanço da microbiologia. 2011. (Outra).

XL Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia molecular.Exploring transcriptomes at high resolution. 2011. (Simpósio).

27a Reunião de Genética de Microorganismos. Biologia Sistêmica: cominando 'omics' para o avanço da microbiologia. 2010. (Congresso).

56 Congresso Brasileiro de Genética. Desvendando a complexidade do transcriptoma: sequenciamento de nova geração aplicado ao extremófilo Halobacterium salinarum. 2010. (Congresso).

BIOEN workshop on Synthetic Biology. 2010. (Oficina).

Biologia de sistemas - programa de pós-graduação do Instituto Oswaldo Cruz.Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2010. (Seminário).

Brasil-Deutschland Systems Biology meeting.Systems Biology Networks. 2010. (Encontro).

II seminários avançados em Tecnologia de microarrays e next-generation sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein.Desvendando a complexidade do transcriptoma: tiling arrays. 2010. (Seminário).

IX Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia molecular.Biologia Sistêmica: combinando 'omics"para o avanço da microbiologia. 2010. (Seminário).

25o Congresso Brasileiro de Microbiologia. avaliação de resumos. 2009. (Congresso).

25o Congresso Brasileiro de Microbiologia. Avanços em microbiologia sistêmica. 2009. (Congresso).

5th International conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - Xmeeting. Towards mechanistic gene regulatory models. 2009. (Congresso).

5th International conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - Xmeeting. avaliação de posteres - Systems Biology and Networks. 2009. (Congresso).

Disciplina Genética molecular.Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Seminário).

Seminários de Bioquímica I - Programa de pós graduação em Bioquímica.Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Seminário).

Seminários em Bioinformática- ICB-UFMG.O papel do transcritoma em Biologia Sistêmica: microarrays e sequenciamento. 2009. (Seminário).

Systems Biology and Engineering.Transcriptome structure of Halobacterium salinarum. 2008. (Simpósio).

Systems Biology and the Environment.Transcriptome structure of Halobacterium salinarum. 2007. (Simpósio).

50a Congresso Brasileiro de Genética. Estudo da resposta ao choque térmico em Xylella fastidiosa utilizando microarrays.. 2005. (Congresso).

Joint Meeting of the Three Divisions of the International Union of the Microbiological Societies. Heat Shock Transcriptome of the Phytopathogen Xylella fastidiosa. 2005. (Congresso).

The Molecular Basis of Bacterial Stress Responses.Environmental stress response in the phytopathogen Xylella fastidiosa. 2004. (Outra).

VII Congresso do Departamento de Bioquímica da USP. 2004. (Congresso).

XXXIII Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Nutrição e esporte: uma abordagem bioquímica (curso). 2004. (Congresso).

XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular. DNA microarray-based comparison of two Xylella fastidiosa strains. 2003. (Congresso).

9 SIICUSP: Simpósio internacional de Iniciação Científica.Study of Xylella fastidiosa pathogenesis using DNA microarrays. 2001. (Simpósio).

I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa.Different approaches to obtain mutants of Xylella fastidiosa. 2001. (Simpósio).

V Congresso do Departamento de Bioquímica. 2001. (Congresso).

8 SIICUSP.DNA microarrays as a tool to understand molecular mechanisms of Xylella. 2000. (Simpósio).

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Participação em bancas

Aluno: Greicy Kelly Bonifácio Pereira

da Silva Neto, Jose F;KOIDE, T.; SILVA, L. L. P.; BERTOLINI, M. C.. O papel de uma serina/treonina fosfatase do tipo eucariótico na virulência de Chromobacterium violaceum. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rodolfo Alvarenga Ribeiro

MARQUES, MARILIS V.;KOIDE, T.; de souza RF; OLIVEIRA, J. C. F.. Caracterização da DEAD-box RNA helicase CC1478 em Caulobacter crescentus e sua regulação. 2018. Dissertação (Mestrado em microbiologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gustavo Pereira de Almeida

PEREIRA, G. A. G.; KOBARG, J.;KOIDE, T.. Análise do papel da via de sinalização sensível à rapamicina na expressão gênica e multiplicação celular de Chlamydomonas reinhardtii. 2012. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Patricia Alves de Castro

Goldman, GH;KOIDE, T.; Berreta e Silva, AA. Identificação de mecanismos de letalidade da própolis em Saccharomyces cerevisiae e Candida albicans. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vitor Hugo Louzada Patricio

Hashimoto, RF;KOIDE, T.; Lemke, Ney. Canalização: fenótipos robustos como conseqüência de características da rede de regulação gênica. 2011. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gustavo Jacomini Tibério

Hartfelder, KH; Larson, Maria Luisa Paço; NASCIMENTO, F. S.;KOIDE, T.; NUNES, F. M. F.. "Análise funcional do RNA não-codificador longo lncov1 e seu parceiro de interação tudor-SN, no contexto do desenvolvimento casta-específico do ovário de Apis mellifera". 2018. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gilberto Hideo Kaihami

SCHECHTMAN, D;KOIDE, T.; Meireles, DA;da Silva, A.M.; FARAH, S. C.. Novos reguladores de resposta envolvidos na virulência de Pseudomonas aeruginosa. 2018. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Éverton Edésio Diniz Silva

NAVARRO, M. V. A. S.;KOIDE, T.. Estudos sobre a regulação dos transdutores de sinal PA0847 e HsbD de Pseudomonas aeruginosa e sobre sistemas GGDEF e EAL em tandem. 2018. Tese (Doutorado em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Felipe Freitas de Castro

CRUZ, A. K.; TOSI, L. R. O.;KOIDE, T.; SCHENKMAN, S.; Thiemann, Otavio Henrique. Investigação de RNAs não codificadores envolvidos em controle de expressão gênica em Leishmania. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Monica Cristina Terrão

Cruz, Angela Kaysel;Koide, Tie; Probst, CM; TEIXEIRA, S. M. R.; ELIAS-SABBAGA, M. C. Q. B.. Investigação de mecanismos e elementos envolvidos no processo de regulação de expressão gênica em Leishmania. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rodrigo Ferracine Rodrigues

Silva, CL;KOIDE, T.; Santos, IKFM; Vasconcelos, ATR; de Almeida, MGB. Caracterização da expressão gênica e prospecção de biomarcadores induzidos pela associação entre o biofármaco DNAhsp65 e as drogas convencionais no tratamento da tuberculose experimental. 2012. Tese (Doutorado em Imunologia Básica e Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Marcio Luis Acencio

KOIDE, T.; Lemke, Ney; Mombach, J.C. M; de Oliveira, Deilson Elgui; Fontes, Marcos Roberto de M. Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humandos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão a matriz extracelular. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Fernanda Carvalho Humann

Hartfelder, KH;KOIDE, T.; Larson, Maria Luisa Paço. Expressão gênica diferencial no contexto da morte celular programada no desenvolvimento dos ovários em rainhas e operárias de Apis mellifera. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Elton José Rosa de Vasconcelos

Tosi, L;KOIDE, T.; Monesi, N; Gruber, A; Bartholomeu, DC. Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Karina Nogueira Zeviane

Cruz, Angela Kaysel;KOIDE, T.; Thiemann, Otavio Henrique; Larson, Maria Luisa Paço; Goldman, Maria Helena de Souza. Estudo de RNA regulatório em Leishmania major. 2010. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Renato Elias Rodrigues de Souza Santos

MONESI, N.; ANDRADE, W. A. C.;KOIDE, T.. Mecanismos de imunidade nutricional na relação bactéria-hospedeiro. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Natália Melquie Monteiro Teles

KOIDE, T.; da Silva Neto, Jose F; TOSI, L. R. O.. A participação de RNAs não codificadores durante o desenvolvimento.. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Silvia de Almeida Scarcella

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. HAP2: uma proteína de fusão de gametas. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Luana de Fátima Alves

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. Técnicas de análise de interação proteína-proteína: aplicações na reconstrução de interações em redes de sinalização. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Malena Martínez Pérez

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. Adoçantes artificiais não calóricos: uma outra visão. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thiago Machado Pasin

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. Influência do microbioma gastrointestinal e ciclo circadiano no desenvolvimento e progressão da doença de Alzheimer. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lucas Lorenzon

da Silva Neto, Jose F;KOIDE, T.SILVA-ROCHA, R.. Functional study of the putative arginine methyltransferases of Leishmania braziliensis. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gustavo Jacomini Tibério

KOIDE, T.; NUNES, F. M. F.; HANNA, E.. Expression and regulation of lncov1, a long non-coding RNA 2 involved in worker sterility of honeybees. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Elaine Vieira Santos

Baqui MA;KOIDE, T.; Gagliardi TB. Characterization of the protein LmRad1 in the replicative stress response in Leishmania. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Éverton Edésio Dinis Silva

NASCIMENTO, A. S.;KOIDE, T.; FARAH, S. C.. Estudos estruturais, bioquímicos e fenotípicos sobre os receptores CHASE bacterianos associados a domínios GGDEF/EAL. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eriston Vieira Gomes

Gomes, M. D.Koide, Tie; Kress, M. Estresse oxidativo e esclerose lateral amiotrófica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Silveli Suzuki

KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Chaperonas e doenças conformacionais. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Patricia Alves de Castro

KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Metabolismo secundário em fungos. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Amanda Tomie Ouchida

KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Riboswitches: estrutura mecanismos e aplicações. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: André Lima Queiroz

KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Engenharia Genética: Sistema CRISPR/Cas9. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gabriela N

KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Solano Canchaya. CÉLULAS TRONCO, UMA BREVE HISTORIA DA PLURIPOTENCIA. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: José Vicente Gomes-Filho

KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Mecanismos de Reparo de DNA. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mariana Lopes Grassi

KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Autofagia: da homeostase à morte celular, uma estratégia terapêutica para doenças neurodegenerativas ? doença de Huntington. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Monica Cristina Terrão

Tosi, L;KOIDE, T.; da Silva, JAC. Investigation of cis elements involved in regulation of gene expression in Leishmania. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Tiago Rodrigues Ferreira

Koide, Tie; TOSI, L. R. O.; BASSO, L. R.. Functional analysis of arginine methyltransferase PRMT7 homolog in Leishmania major. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fernanda Gomes Cardoso

KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Tecnologias de sequenciamento de DNA de nova geração: princípios e aplicações. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Malson Neilson de Lucena

KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Doença de alzheimer e homeostase proteica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Cristina Colabardini

KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Mecanismos regulatórios desencadeados por glicose em Saccharomyces cerevisiae. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Letícia Magalhães Arruda

KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Canalização metabólica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Nilmar Silvio Moretti

KOIDE, T.; Monesi, N; de Toledo. JS. Mecanismos epigenéticos no controle da expressão gênica. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Maria Fernanda Bandeira de Melo Galetti

Wunderlich, G;KOIDE, T.; Balidini, RL. Efeitos da temperatura e da alimentação sanguínea sobre o perfil de expressão gênica de Rickettsia rickettsii durante a infecção do carrapato-vetor Amblyomma aureolatum. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ricardo Ruiz Mazzon

KOIDE, T.. Caracterização de genes de Caulobacter crescentus importantes para a sobrevivência em baixas temperaturas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Elton José Rosa de Vasconcelos

Tosi, L;KOIDE, T.; Junior, W.A.S.. Ferramentas computacionas: respondendo e formulando perguntas biológicas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Hugo Juarez Vieira Pereira

KOIDE, T.Gomes, M. D.; Silveira, L.R.. proteomica - histórico, conceitos, aplicações e limitações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lucas Tabajara Parreiras e Silva

KOIDE, T.Gomes, M. D.; Silveira, L.R.. Expressão heteróloga de proteínas: técnicas e aplicações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Larissa Favaro Marchi

KOIDE, T.; Giglio, J.G.. Role of interferon gamma on immune phagocytosis and production of reactive oxygen species by mouse polymorphonuclear cells. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: André Luís Balico da Silva

KOIDE, T.; ALMEIDA, F. B.; RODRIGUES, V.. Lipidios. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Glaucia Maria de Almeida

KOIDE, T.; ALMEIDA, F. B.; RODRIGUES, V.. Enzimas. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Karine Emanuelle da Silva

KOIDE, T.; ALMEIDA, F. B.; RODRIGUES, V.. Fosforilação oxidativa. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Paula de Assis

KOIDE, T.; SEBOLELLA, A.; Ribeiro, L. Membranas biológicas. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Guilherme Marcelino Viana de Siqueira

KOIDE, T.; SEBOLELLA, A.; Ribeiro, L. Proteínas. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Jéssica De Moura Soares

KOIDE, T.; SEBOLELLA, A.; Ribeiro, L. Ácidos Nucleicos. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Kauan Ribeiro de Sena Gomes

KOIDE, T.; SEBOLELLA, A.; Ribeiro, L. Enzimas. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mariana de Souza Rocha

KOIDE, T.; SEBOLELLA, A.; Ribeiro, L. Enzimas. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mariana Taíse Zerbini

KOIDE, T.; SEBOLELLA, A.; Ribeiro, L. Ácidos Nucleicos. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Sarah Capelupe Simões

KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Carboidratos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Carla Medeiros

KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Carboidratos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Camila Pederiva Rossignoli

KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Metabolismo de carboidratos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mariana do Nascimento Costa

KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Lipídeos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mirian Molnar Rodrigues

MARQUES, M. V.;KOIDE, T.. Estudo do papel de duas ferritinas no metabolismo de ferro de Caulobacter crescentus. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em microbiologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Pedro Santoro Perez

KOIDE, T.; Lopes, FM; de Carvalho, ACPLF. Uma Abordagem para a Indução de Árvores de Decisão voltada para Dados de Expressão Gênica. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Andreia Gutierrez Maria

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Membranas biológicas. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Barbara de Castro P

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Figueireido. integração Metabólica. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fernanda Gomes Cardoso

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Carboidratos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lucas Benicio Campos

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Fosforilação oxidativa. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Malson Neilson de Lucena

KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Metabolismo de carboidratos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Marina Rodrigues Barbosa

KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Metabolismo de carboidratos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Telma Cristina Saito

KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Fosforilação oxidativa. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Silveli Suzuki

KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Carboidratos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Juliana da Silva Santos

KOIDE, T.. Identificação de fatores de transcrição e sinais celulares que regulam a expressão do gene cspC de Caulobacter crescentus. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fernanda Santos de Oliveira

SILVA, L. L. P.; Russo, E.;KOIDE, T.. Avaliação da expressão de proteínas de Chikungunya em células S2 (Drosophila melanogaster). 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Tarcísio Giroldo Siqueira

Vencio, R. Z. N.; GUTIERREZ, J. M.;KOIDE, T.. Expressão Gênica no Cérebro Autista: Reanálise de Dados Públicos em Busca de Robustez no Aprendizado de Máquina Não-supervisionado. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Daniele Enriquetto Mascarelli

SILVA, L. L. P.; Russo, E.;KOIDE, T.. Purificação e peguilação do Fator Estimulador de Colônia de Granulócitos humano recombinante (rhG- CSF). 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ananda Sanches Medeiros

Larson, Maria Luisa Paço;KOIDE, T.; Tosi, L. Calibrating transcriptional activity using constitutive synthetic promoters in mutants for global regulators in Escherichia coli.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Angela Poletto

Larson, Maria Luisa Paço;KOIDE, T.; TOSI, L. R. O.. Análise da modulação de expressão de uma aminoacil tRNA-proteina transferase putativa de Leishmania major sob diferentes condições de estresse.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Júlia Aparecida Alves

Larson, Maria Luisa Paço;KOIDE, T.; TOSI, L. R. O.. Estudo da função do fator de transcrição da família MarR CV3905 de Chromobacterium violaceum.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.

Koide, Tie; Reis EMR;Durham, A.M.; Costa FTM; ALMEIDA, R. M. C.. Concurso para Professor Doutor, área de bioinformática, Depto de genética, evolução e bioagentes - Insituto de Biologia. 2015.

Zamboni, DS; Bonato, VLD;KOIDE, T.. Professor Doutor - processo seletivo simplificado - Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes patogênicos. 2013.

Winter, CE; MARQUES, M. V.;VENCIO, R.KOIDE, T.. Concurso para Provimento de 1 cargo de Prof. Doutor do Departamento de Microbiologia (Disciplina BMM 3902 - Bioinformática e Biologia de Sistemas aplica a microbiologia). 2011. Instituto de Ciências Biomédicas - USP.

Garrat, RC;KOIDE, T.; Almeida, MS. Comissão julgadora - Professor Adjunto - Ciências Biológicas - Genômica Comparativa. 2011. Universidade Federal do ABC.

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Comissão julgadora das bancas

Márcio Rodrigues Lambais

GOMES, S. L.; SOUZA, G. M.; REIS, E. M. R.; FERREIRA, L. C. S.;LAMBAIS, M. R.. Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais. 2006. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Frederico José Gueiros Filho

GUEIROS-FILHO, F. J.. Análise global da expressão gênica de Xyllela fastidiosa submetida a estresses ambientais. 2005. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Eduardo Moraes Rego Reis

REIS, EM; SOUZA, Gláucia Mendes; FERREIRA, Luis Carlos de Souza; LAMBAIS, Marcio Rodrigues; GOMES, Suely Lopes. Análise Global da Expressão Gênica de Xylella fastidiosa Submetida a Estresses Ambientais. 2006. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

ELIANA GERTRUDES DE MACEDO LEMOS

GOMES, S.L.; COLEPICOLO NETO, P.; SOUZA, G. M.; FERREIRA, L. C. S.; LAMBAIS, M. R.; GUEIROS FILHO, F. J.; REIS, E. M. R.; OLIVEIRA, Julio Cezar Franco de;Lemos E.G.. Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais. 2006. Tese (Doutorado em Química) - Universidade de São Paulo - Instituto de Química.

Paolo Di Mascio

DI MASCIO, P.. Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química -USP.

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Orientou

Evelyn Ayumi Onga

Proteínas alternativas traduzidas a partir de intraRNAs; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti

Utilização de ferramentas de bioinformática para estudo de RNAs não-codificantes; Início: 2016; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Júlia Pimentel Prado

Ensaios de sobrevivência em mutantes de Halobacterium salinarum; Início: 2019; Iniciação científica (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Beatriz Adas Picinato

Aspectos moleculares da resposta à radiação UV de Halobacterium salinarum NRC-1; Início: 2019; Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Vinícius Henrique Franceschini dos Santos

Estudo da instabilidade genômica de Halobacterium salinarum NRC-1 via sequenciamento de reads longas; ; Início: 2018; Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, pró reitoria graduação usp; (Orientador);

Rhuan Carlos Maduro

Curvas de crescimento de H; salinarum; Início: 2018; Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

João Paulo Pereira de Almeida

RNAs antisense em H; salinarum; 2016; Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Tie Koide;

Marjorie Cornejo Pontelli

Implementação de ferramentas moleculares para a manipulação genética da haloarchaea Halobacterium salinarum; ; 2012; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Tie Koide;

Junier Marrero Gutiérrez

Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855; 2015; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Tie Koide;

José Vicente Gomes-Filho

RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1; 2013; Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Lívia Soares Zaramela

Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum; 2011; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Felipe ten Caten

A transcrição pervasiva na archaea Halobacteriu salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos; 2011; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Rafael Silva Rocha

Novas ferramentas genéticas para Archaea: validação funcional e modelagem da rede regulatória de RNA não codificantes de Halobacterium salinarum; 2013; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Tie Koide;

Gilvan Pessoa Furtado

Identificação de pequenas proteínas e peptídeos no extremófilo Halobacterium salinarum: discriminando RNAs não-codificantes de pequenas ORFs; 2013; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Tie Koide;

Valéria Cristina da Silva Italiani

Caracterização de RNAs não-codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum; 2010; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Tie Koide;

ANDRÉ BORDINASSI MEDINA

Identificação e caracterização in silico de pequenas proteínas na archaea Halobacterium salinarum; 2015; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Catarina dos Santos Gomes

Anotação de RNAs não-codificantes associados a elementos de inserção em Halobacterium salinarum; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, pró reitoria graduação usp; Orientador: Tie Koide;

Vinícius Henrique Franceschini dos Santos

Estudo da RNaseR em Halobacterium salinarum NRC-1: criação de linhagem knockout, avaliação fenotípica e análise filogenética; 2016; Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Tie Koide;

Stella Kyomen

Caracterização fenotípica de linhagens de H; salinarum NRC-1 superexpressando diferentes RNAs não-codificantes; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Victor Ramos

Mapeamento e caracterização in silico de RNAs circulares em Halobacterium salinarum; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Polyana Garcia

Análise da atividade de promotores em H; salinarum; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Andre Medina

Identificação de pequenos peptídeos em H; salinarum utilizando tag cromossomal; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Ryerson Mota

Padronização de microscopia para análise fenotípica do extremófilo Halobacterium salinarum; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá; Orientador: Tie Koide;

Andrea Oshima de Aguiar

Construção de linhagem knockout para um RNA não-codificante da família HgcC em Halobacterium salinarum e avaliação fenotípica; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Victória Maruyama Spagni

Construção de linhagem knockout para Lsm, uma proteína ligante a RNA de H; salinarum NRC-1; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

José Vicente Gomes Filho

Introdução a análise de dados em Biologia Sistêmica utilizando Gaggle; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Catharina Gomes Bermal

Curva de crescimento de H; salinarum e técnicas de Biologia Molecular; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Giovanna Petrilli

Utilização do arcabouço de software Gaggle para análise de dados de expressão gênica; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Natália Yumi Noronha

Análise global da expressão gênica do mutante Lsm de Halobacterium salinarum; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

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Foi orientado por

Rita de Cássia Garcia Simão

Isolamento do gene codificando CaMKII de Blastocladiella emersonii; 2000; Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo; Orientador: Rita de Cássia Garcia Simão;

Suely Lopes Gomes

Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais; 2006; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Suely Lopes Gomes;

Suely Lopes Gomes

Construção de microarranjos de DNA de Xylella fastidiosa; 2001; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Suely Lopes Gomes;

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Produções bibliográficas

  • DE ALMEIDA, JOÃO PAULO PEREIRA ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; CATEN, FELIPE TEN- ; GOMES-FILHO, JOSÉ VICENTE ; Koide, Tie . The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. Genes , v. 10, p. 280, 2019.

  • SILVA, LARISSA G. ; LORENZETTI, ALAN P.R. ; RIBEIRO, RODOLFO A. ; ALVES, INGRID R. ; LEADEN, LAURA ; GALHARDO, RODRIGO S. ; Koide, Tie ; MARQUES, MARILIS V. . OxyR and the hydrogen peroxide stress response in Caulobacter crescentus. GENE , v. 700, p. 70-84, 2019.

  • LEADEN, LAURA ; SILVA, LARISSA G. ; RIBEIRO, RODOLFO A. ; DOS SANTOS, NAARA M. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; ALEGRIA, THIAGO G. P. ; SCHULZ, MARIANE L. ; MEDEIROS, MARISA H. G. ; Koide, Tie ; MARQUES, MARILIS V. . Iron Deficiency Generates Oxidative Stress and Activation of the SOS Response in Caulobacter crescentus. Frontiers in Microbiology , v. 9, p. 1, 2018.

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Outras produções

KOIDE, T. ; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N. . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system.. 2006.

Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; PEREIRA, CA . BayGO: Bayesian analysis of ontology term enrichment in microarray data.. 2006.

Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. . HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies.. 2005.

Koide, Tie ; Pontelli, MC ; GOMES-FILHO, J. V. . Extremófilos: vivendo no limite!. 2013. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

Pontelli, MC ; KOIDE, T. . A vida em ambientes extremos: biologia molecular de extremófilos. 2013. (Site).

Baliga, N.S. ; Bare, J.C. ; Kaur, A. ; KOIDE, T. ; Marzolf, B. ; Pan, Min ; Pang, W.L. ; Reiss, D.J. ; Schmid, A.K. . Introduction to Systems Biology. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

Baliga, Nitin S ; Bare, J.C. ; KOIDE, T. ; Kaur, Amardeep ; Pan, M. ; Pang, Wyming L ; Reiss, David J . Introduction to Systems Biology. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

TORRES, B. B. ; CARVALHO, A. Z. ; Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; da Silva, F. H. L. ; Ribichich, K.F. ; Rodrigues, L.O. ; Miyamoto, S. ; KOIDE, T. . Nutrição e Esporte: Uma abordagem bioquímica. 2006. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Apostila ou Roteiro de aula, Revista Brasileira de Ensino de Bioquímica e Biologia Molecular).

KOIDE, T. ; Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; Miyamoto, S. ; Ribichich, K.F. ; Tejada, E.C.S ; Silva, F.H.L. ; Torres, B.B. ; Mariano, A.G. . Nutrição e Esporte: Uma abordagem bioquímica. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; CARVALHO, A. Z. ; KOIDE, T. ; Miyamoto, S. ; Ribichich, K.F. ; Rodrigues, L.O. ; Silva, F.H.L. ; Torres, B.B. . Nutrição e Esporte: uma abordagem bioquímica. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

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Projetos de pesquisa

  • 2016 - 2018

    O transcritoma antisense da Archaea halofílica Halobacterium salinarum, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio em 19/02/2016., Descrição: A hipótese da transcrição pervasiva, onde todo o DNA de um organismo está associado a pelo menos um transcrito, tem se fortalecido com a aquisição massiva de dados de transcritoma. Uma questão importante que surge neste contexto é a funcionalidade e regulação desses transcritos na rede de regulação gênica de um dado organismo, principalmente de transcritos antisense a genes anotados. Neste projeto de pesquisa, utilizaremos a archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1 como um modelo para estudo do transcritoma antisense de archaeas e da sua influência na regulação pós-transcricional. Membro do terceiro domínio da vida, este microorganismo com características bioquímicas únicas tem sido utilizado como modelo em Biologia Sistêmica, com redes de regulação gênica construídas focados em genes que codificam proteínas. Neste projeto, utilizaremos abordagens experimentais associadas a utilização de ferramentas de bioinformática para identificar com precisão o transcritoma antisense de H. salinarum, estudar a sua regulação mediante estresses ambientais e a influência de RNAses. A integração de dados em larga escala utilizando abordagens de Biologia Sistêmica deverão permitir a formulação de hipóteses a respeito de RNAs antisense específicos que serão validadas experimentalmente através da superexpressão desses RNAs e avaliação fenotípica. Assim, este projeto deverá contribuir para a compreensão da rede de regulação gênica pós-transcricional em archaeas, consolidando a utilização de abordagens sistêmicas para elucidar a ainda incipiente biologia do terceiro domínio da vida.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2015 - 2018

    O Sistema de Secreção do tipo VI de Xanthomonas citri pv citri: função, regulação e substratos secretados, Descrição: Os sistemas de secreção do tipo VI (SSVI) de bactérias são complexos proteicos que atravessam o envelope bacteriano, promovendo a translocação de proteínas para o interior de células-alvo. Os SSVI foram descobertos recentemente e diversos estudos sobre a estrutura do complexo de proteínas e seu mecanismo de ação demonstram semelhanças com a maquinaria de injeção de DNA nas células bacterianas por bacteriófagos, especialmente o fago T4. Os SSVI exercem papel essencial na virulência em espécies de bactéria e podem atuar também na competição entre micro-organismos, secretando toxinas para bactérias vizinhas e aumentando o fitness da espécie que os possui. A infecção de citros por Xanthomonas citri pv citri (Xac) causa o cancro cítrico, doença responsável por grandes prejuízos à agricultura no Brasil. O genoma de Xac codifica um SSVI completo, dividido em dois grupamentos gênicos, separados por 10 genes. Este projeto visa a realizar um estudo funcional do SSVI de Xac, utilizando técnicas de genética bacteriana e biologia molecular. Para isso, cepas mutantes em genes essenciais do SSVI serão caracterizadas fenotipicamente e a expressão de genes que codificam seus componentes será analisada em diferentes condições. A identificação de substratos do SSVI será realizada pela análise do secretoma de cepas que apresentam atividade alterada de seus componentes. Dois fatores sigma alternativos codificados por genes localizados entre os dois grupamentos gênicos do SSVI também serão caracterizados, através de análise por transcriptoma de cepas que expressam altos níveis destas proteínas regulatórias e estudos fenotípicos de cepas mutantes. Os resultados obtidos contribuirão para a compreensão dos mecanismos de atuação dos SSVI e da fisiologia e patogenicidade de Xac.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Tie Koide - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Coordenador / Ana Stella Menegon Degrossoli - Integrante.

  • 2014 - 2018

    SISTEMAS REGULATÓRIOS DA RESPOSTA BACTERIANA A ESTRESSES, Descrição: A percepção de sinais ambientais é crucial para a célula modificar seu padrão de expressão gênica para enfrentar mudanças no ambiente. À medida que a população aumenta, as células enfrentam uma redução progressiva da disponibilidade de nutrientes que traz a necessidade de responder adequando os sistemas metabólicos para permanecer em situação de carência prolongada. O principal objetivo deste projeto é identificar os sinais ambientais, os sistemas de transdução de sinais e os mecanismos regulatórios importantes para a resposta a estresses na bactéria oligotrófica Caulobacter crescentus. Esta bactéria Gram-negativa aquática está adaptada a viver em ambientes com baixíssimo teor nutricional, e possui um ciclo de desenvolvimento com um passo de diferenciação celular, não usual em bactérias. A manutenção da funcionalidade dos RNAs celulares sob situações de estresse é garantida pela indução de proteínas que modulam a transcrição, tradução e turnover dos RNAs. As proteínas de choque frio (CSP) são induzidas em baixa temperatura e/ou em fase estacionária, e atuam como chaperones de RNA, permitindo a tradução nestas condições, e também agindo como reguladoras da expressão gênica. Outro sistema importante para esta resposta é constituído pelas RNA helicases da família DEAD, que são responsáveis por desfazer as estruturas secundárias nos RNAs, auxiliando a tradução. Estas enzimas também atuam junto ao sistema de degradação dos RNAs (degradossomo), e na montagem de estruturas riboproteicas, como os ribossomos. Este projeto pretende avaliar os sistemas regulatórios que controlam a expressão gênica das CSPs, e o papel de cada RNA helicase DEAD na resposta a estresses. As bactérias aeróbias também têm que responder a um aumento na concentração de espécies reativas de oxigênio, que ocorre especialmente quando a população entra em fase estacionária. A homeostase de ferro e de outros metais redox-ativos é um ponto importante no controle do estresse oxidativo, e deve ser estritamente regulada por diversos mecanismos. Além dos reguladores Fur e OxyR, pequenos RNAs regulatórios exercem controle sobre a expressão dos genes do metabolismo de ferro, e serão estudados neste projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Tie Koide - Integrante / Marilis do Valle Marques - Coordenador / Phillip Klebba - Integrante / Ben Francesco Luisi - Integrante / Angel Alfonso Aguirre Durán - Integrante / Carolina Antunes do Prado Tavares da Silva - Integrante / Juliana da Silva Santos - Integrante.

  • 2013 - 2015

    New genetic tools for Archaea: functional characterization and modeling of the non-coding RNA regulatory network of Halobacterium salinarum, Descrição: Organisms from the Archaea domain are excellent models to investigate the different strategies used by living cells to thrive in extreme niches. The current proposal has as the main goal the investigation of the gene regulatory network of the model organism Halobacterium salinarum NRC-1. First, a new set of modular genetic tools will be developed to improve the capability to genetically manipulate this organism. Second, the regulatory role and the molecular mechanism of action of new non-coding RNAs (ncRNAs) will be investigated in H. salinarum. Finally, the newly in vivo generated information will be integrated with pre-existing knowledge in order to implement a computational model of the regulatory network in H. salinarum taking into account the interplay of both general transcriptional factors (GTFs) and ncRNAs. This integrative approach attempts to get insight into the molecular mechanisms used by this organism to adapt to environmental signals. The model predictions will be validated in vivo using pre-existing and newly implemented genetic tools. The expected results from this project would allow enhancing our knowledge about the adaptation mechanism used by this organism to thrive under hash environments, with high relevance for new biotechnological applications.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Rafael Silva-Rocha - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2013 - 2015

    Estruturoma de RNAs em Halobacterium salinarum: abordagens computacionais aliadas a validação experimental através de metodologias de footprinting, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio em 22/02/2014., Descrição: Estrutura implica função. No universo das biomoléculas, esse é um paradigma amplamente aceito. Porém, quando o foco é o transcritoma, a configuração estrutural é uma camada de informação que ainda é pouco considerada. A partir do reconhecimento das diferentes funções desempenhadas pelos RNAs, é fundamental que sua estrutura seja desvendada para que seja possível a compreensão de como essas biomoléculas atuam em diversos processos cruciais para a existência e manutenção dos sistemas biológicos, como armazenamento, transporte, além de atividades de catálise e regulação. No presente Projeto de Pesquisa, propõe-se realizar a modelagem in silico em larga escala da estrutura de todos os RNAs (RNA Estruturoma), utilizando como organismo de estudo o extremófilo Halobacterium salinarum. A partir da modelagem, será possível classificar essas moléculas em grupos estruturais, além de investigar a correlação entre esses agrupamentos e informações sobre função e regulação do transcritoma. Para a validação das predições in silico, propõe-se a utilização de metodologias de footprinting para o mapeamento estrutural in vitro e in vivo de alguns RNAs candidatos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador / Eliane Traldi - Integrante / Marcos Vicente de Albuquerque Salles Navarro - Integrante / Fernando Barroso - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2015

    Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: papel dos RNAs não codificantes ao modelo global de regulação gênica, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante / Nitin Baliga - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do HCFMRP - Auxílio financeiro.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. , Avenida dos Bandeirantes, 3900, Monte Alegre, 14049900 - Ribeirão Preto, SP - Brasil, Telefone: (16) 32153107, Fax: (16) 36336840

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Experiência profissional

2009 - Atual

Universidade de São Paulo

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 03/2010

    Ensino, Ciências Biológicas (Bioquímica), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, RBQ-5734 Seminários de Bioquímica I, RBQ-5741 Tópicos em Bioquímica Contemporânea I, RBQ-5744 Seminários de Bioquímica II, RBQ5781-1 Bases Moleculares da Regulação Gênica

  • 02/2010

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