Diogo Antonio Tschoeke

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• NARDELI, SARAH MUNIZ ; ARGE, LUIS WILLIAN PACHECO ; ARTICO, SINARA ; DE MOURA, STÉFANIE MENEZES ; TSCHOEKE, DIOGO ANTONIO ; DE FREITAS GUEDES, FERNANDA ALVES ; GROSSI-DE-SA, MARIA FATIMA ; MARTINELLI, ADRIANA PINHEIRO ; ALVES-FERREIRA, MARCIO . Global gene expression profile and functional analysis reveal the conservation of reproduction-associated gene networks in Gossypium hirsutum. Plant Reproduction , v. 1, p. 1, 2024.

• GIL, C. O. P. ; PIRES, A. C. M. ; SCHMIDT, F. O. F. ; SANTOS, N. S. C. ; ALVES, P. C. ; OLIVEIRA, O. A. ; AVELINO-ALVES, D. ; NOBRE, F. F. ; DUARTE, G. G. ; THOMPSON, CRISTIANE C. ; DIAS, G. M. ; THOMPSON, FABIANO L. ; TSCHOEKE, DIOGO ANTONIO . Water quality in marine and freshwater environments: a metagenomics approach. Journal of Information and Data Management - JIDM , v. 15, p. 69-79, 2024.

• BACHA, LEONARDO ; DA SILVA BANDEIRA, MÁRCIO ; LIMA, VINÍCIUS SANTOS ; VENTURA, RODRIGO ; DE REZENDE, CARLOS E. ; OTTONI, ADACTO B. ; Tschoeke, Diogo ; COSENZA, CARLOS ; THOMPSON, CRISTIANE ; THOMPSON, FABIANO . Current Status of Drinking Water Quality in a Latin American Megalopolis. Water , v. 15, p. 165, 2023.

• THOMPSON, CRISTIANE ; GARCIA, GIZELE ; MASI, BRUNO P. ; FREITAS, THAMYRES ; PAZ, PEDRO H.C. ; LEAL, CAMILLE V. ; OTSUKI, KOKO ; Tschoeke, Diogo ; SALAZAR, VINICIUS ; SOARES, MARIA ; LOPES, GRASIELE ; BACHA, LEONARDO ; COSENZA, CARLOS ; VIEIRA, VERONICA V. ; BOTELHO, ANA CAROLINE N. ; DE OLIVEIRA, BRAULIO CHERENE VAZ ; DE REZENDE, CARLOS E. ; TEIXEIRA, LUCIA ; THOMPSON, FABIANO . Brumadinho dam collapse induces changes in the microbiome and the antibiotic resistance of the Paraopeba River (Minas Gerais, Brazil). SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 865, p. 161278, 2023.

• THOMPSON, CRISTIANE C. ; Tschoeke, Diogo ; COUTINHO, FELIPE H. ; LEOMIL, LUCIANA ; GARCIA, GIZELE D. ; OTSUKI, KOKO ; TURCQ, BRUNO J. ; MOREIRA, LUCIANE S. ; TURCQ, PATRÍCIA F. M. ; CORDEIRO, RENATO C. ; ASP, NILS E. ; THOMPSON, FABIANO L. . Diversity of Microbiomes Across a 13,000-Year-Old Amazon Sediment. MICROBIAL ECOLOGY , v. 1, p. 1, 2023.

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• THOMPSON, CRISTIANE ; BACHA, LEONARDO ; PAZ, PEDRO HENRIQUE C. ; DE ASSIS PASSOS OLIVEIRA, MARCELO ; OLIVEIRA, BRAULIO CHERENE VAZ ; OMACHI, CLAUDIA ; CHUEKE, CAROLINE ; DE LIMA HILÁRIO, MARCELA ; LIMA, MICHELE ; LEOMIL, LUCIANA ; FELIX-CORDEIRO, THAIS ; DA CRUZ, THALYA LOU CORDEIRO ; OTSUKI, KOKO ; VIDAL, LIVIA ; THOMPSON, MATEUS ; RIBEIRO E SILVA, RENAN ; CABEZAS, CARLOS MAURICIO VICUA ; VERÍSSIMO, BRUNO MARQUE ; ZAGANELLI, JOSÉ LUIZ ; TSCHOEKE, D. A. . Collapse of scallop Nodipecten nodosus production in the tropical Southeast Brazil as a possible consequence of global warming and water pollution. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 904, p. 166873, 2023.

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• DE MENEZES, TATIANE A. ; DE FREITAS, MAYANNE A.M. ; LIMA, MICHELE S. ; SOARES, ANA CAROLINA ; LEAL, CAMILLE ; DE S. BUSCH, MILEANE ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; DE O. VIDAL, LUCIANA ; ATELLA, GEORGIA C. ; KRUGER, RICARDO H. ; SETUBAL, JOÃO ; VASCONCELOS, AGNALDO A. ; M.DE MAHIQUES, MICHEL ; SIEGLE, EDUARDO ; ASP, NILS EDVIN ; COSENZA, CARLOS ; HAJDU, EDUARDO ; DE REZENDE, CARLOS E. ; THOMPSON, CRISTIANE C. ; THOMPSON, FABIANO L. . Fluxes of the Amazon River plume nutrients and microbes into marine sponges. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 1, p. 157474, 2022.

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• LIMA, MICHELE S. ; HAMERSKI, LIDILHONE ; SILVA, TATIANA A. ; DA CRUZ, MARIA LUÍZA R. ; VARASTEH, TOOBA ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; ATELLA, GEORGIA C. ; DE SOUZA, WANDERLEY ; THOMPSON, FABIANO L. ; THOMPSON, CRISTIANE C. . Insights on the biochemical and cellular changes induced by heat stress in the Cladocopium isolated from coral Mussismilia braziliensis. Frontiers in Microbiology , v. 13, p. 1, 2022.

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• FINTELMAN-RODRIGUES, NATALIA ; DA SILVA, ALINE P.D. ; DOS SANTOS, MONIQUE CRISTINA ; SARAIVA, FELIPE B. ; FERREIRA, MARCELO A. ; GESTO, JOÃO ; RODRIGUES, DANIELLE A.S. ; VALE, ANDRÉ M. ; DE AZEVEDO, ISACLAUDIA G. ; SOARES, VINÍCIUS C. ; JIANG, HUI ; TAN, HONGDONG ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; SACRAMENTO, CAROLINA Q. ; BOZZA, FERNANDO A. ; MOREL, CARLOS M. ; BOZZA, PATRÍCIA T. ; SOUZA, THIAGO MORENO L. . Genetic Evidence and Host Immune Response in Persons Reinfected with SARS-CoV-2, Brazil. EMERGING INFECTIOUS DISEASES , v. 27, p. 1446-1453, 2021.

• WALTER, JULINE MARTA ; DE OLIVEIRA, LOUISI SOUZA ; TSCHOEKE, DIOGO ANTONIO ; MEIRELLES, PEDRO MILET ; NEVES, MARIA HELENA CAMPOS BAETA ; BATISTA, DANIELA ; CARVALHO, ANA POLYCARPA ; SANTOS COSTA, RAFAELA DOS ; DOBRETSOV, SERGEY ; COUTINHO, RICARDO ; SWINGS, JEAN ; THOMPSON, CRISTIANE CARNEIRO ; THOMPSON, FABIANO L. . Metagenomic Insights Into Ecosystem Function in the Microbial Mats of a Large Hypersaline Coastal Lagoon System. FRONTIERS IN MARINE SCIENCE , v. 8, p. 1, 2021.

• BACHA, LEONARDO ; VENTURA, RODRIGO ; BARRIOS, MARIA ; SEABRA, JEAN ; Tschoeke, Diogo ; GARCIA, GIZELE ; MASI, BRUNO ; MACEDO, LARISSA ; GODOY, JOSE MARCUS DE O. ; COSENZA, CARLOS ; DE REZENDE, CARLOS E. ; LIMA, VINICIUS ; OTTONI, ADACTO B. ; THOMPSON, CRISTIANE ; THOMPSON, FABIANO . Risk of Collapse in Water Quality in the Guandu River (Rio de Janeiro, Brazil). MICROBIAL ECOLOGY , v. 1, p. 1, 2021.

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• APPOLINARIO, LUCIANA R. ; Tschoeke, Diogo ; CALEGARIO, GABRIELA ; BARBOSA, LUIZ HENRIQUE ; MOREIRA, MANUEL A. ; ALBUQUERQUE, ANA LUIZA S. ; THOMPSON, CRISTIANE C. ; THOMPSON, FABIANO L. . Oil leakage induces changes in deep-sea sediments of Campos Basin (Brazil). SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 1, p. 139556, 2020.

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• VIDAL, LIVIA M. R. ; VENAS, TAINÁ M. ; GONÇALVES, ALINE R. P. ; MATTSSON, HANNAH K. ; SILVA, RAPHAEL V. P. ; NÓBREGA, MARIA S. ; AZEVEDO, GUSTAVO P. R. ; GARCIA, GIZELE D. ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; VIEIRA, VERÔNICA V. ; THOMPSON, FABIANO L. ; THOMPSON, CRISTIANE C. . Rapid screening of marine bacterial symbionts using MALDI-TOF MS. ARCHIVES OF MICROBIOLOGY , v. 1, p. 1, 2020.

• TSCHOEKE, DIOGO A. ; COUTINHO, FELIPE H. ; LEOMIL, LUCIANA ; CAVALCANTI, GISELLE ; SILVA, BRUNO S. ; GARCIA, GIZELE D. ; DOS ANJOS, LEANDRO CANDEIA ; NASCIMENTO, LARISSA BORGES ; MOREIRA, LUCIANE S. ; OTSUKI, KOKO ; CORDEIRO, RENATO C. ; REZENDE, CARLOS E. ; THOMPSON, FABIANO L. ; THOMPSON, CRISTIANE C. . New bacterial and archaeal lineages discovered in organic rich sediments of a large tropical Bay. Marine Genomics , v. 1, p. 100789, 2020.

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• CALEGARIO, GABRIELA ; FREITAS, LUCAS ; APPOLINARIO, LUCIANA REIS ; VENAS, TAINA ; ARRUDA, TATIANE ; OTSUKI, KOKO ; MASI, BRUNO ; OMACHI, CLAUDIA ; MOREIRA, ANA PAULA ; SOARES, ANA CAROLINA ; REZENDE, CARLOS E. ; GARCIA, GIZELE ; Tschoeke, Diogo ; THOMPSON, CRISTIANE ; THOMPSON, FABIANO L. . Conserved rhodolith microbiomes across environmental gradients of the Great Amazon Reef. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 7, p. 143411, 2020.

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• VIDAL, LIVIA M. R. ; GONÇALVES, ALINE ; VENAS, TAINÁ M. ; CAMPEÃO, MARIANA E. ; CALEGARIO, GABRIELA ; WALTER, JULINE M. ; SILVA, BRUNO S. ; GARCIA, GIZELE D. ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; SWINGS, JEAN ; THOMPSON, FABIANO L. ; THOMPSON, CRISTIANE C. . Halomonas coralii sp. nov. Isolated from Mussismilia braziliensis. CURRENT MICROBIOLOGY , v. 1, p. 1, 2019.

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• AZEVEDO, GUSTAVO P. R. ; PAZ, PEDRO H. C DA ; MATTSSON, HANNAH K. ; MOREIRA, ANA PAULA B. ; LEOMIL, LUCIANA ; CALEGÁRIO, GABRIELA ; APPOLINARIO, LUCIANA ; VIDAL, LÍVIA ; SILVA, BRUNO S. ; TONON, LUCIANE A. CHIMETTO ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; GARCIA, GIZELE D. ; THOMPSON, FABIANO L. ; THOMPSON, CRISTIANE C. . [PROVISIONAL] Genome sequence of Shewanella corallii strain A687 isolated from pufferfish (Sphoeroides spengleri). GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION) , v. 1, p. 1, 2019.

• AZEVEDO, GUSTAVO P. R. ; MATTSSON, HANNAH K. ; APPOLINARIO, LUCIANA R. ; CALEGARIO, GABRIELA ; LEOMIL, LUCIANA ; WALTER, JULINE M. ; CAMPEÃO, MARIANA ; TONON, LUCIANE A. CHIMETTO ; MOREIRA, ANA PAULA B. ; VIDAL, LIVIA ; VIEIRA, VERÔNICA V. ; OTSUKI, KOKO ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; SWINGS, JEAN ; THOMPSON, FABIANO L. ; THOMPSON, CRISTIANE C. . Enterovibrio baiacu sp. nov.. CURRENT MICROBIOLOGY , v. 1, p. 1, 2019.

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• MEIRELLES, PEDRO MILET ; SOARES, ANA CAROLINA ; OLIVEIRA, LOUISI ; LEOMIL, LUCIANA ; APPOLINARIO, LUCIANA REIS ; FRANCINI-FILHO, RONALDO BASTOS ; DE MOURA, RODRIGO LEÃO ; DE BARROS ALMEIDA, RENATO TENAN ; SALOMON, PAULO S. ; AMADO-FILHO, GILBERTO MENEZES ; KRUGER, RICARDO ; SIEGLE, EDUARDO ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; KUDO, ISAO ; MINO, SAYAKA ; SAWABE, TOMOO ; THOMPSON, CRISTIANE C. ; THOMPSON, FABIANO L. . Metagenomics of Coral Reefs Under Phase Shift and High Hydrodynamics. Frontiers in Microbiology , v. 9, p. 1/2203, 2018.

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• DÁVILA, Alberto Mr ; WAGNER, Glauber ; MENDES, P. N. ; LIBERMAN, F. ; SATAKE, T. ; TSCHOEKE, D. A. ; KARY, ; CURY, J. C. ; HELD, V. V. . ProtozoaDB: towards an integrated database for the mining of protozoan genomes. In: International Workshop on Genomic Databases (IWGD'07), 2007, Angra dos Reis. International Workshop on Genomic Databases (IWGD'07), 2007.

• GRISARD, Edmundo C ; STOCO, Patricia H ; SINCERO, T. C. ; SANTOS, E. B. ; RODRIGUES, Juliana B ; TSCHOEKE, D. A. ; SNOEIJER, Cristiane Q ; FRAGOSO, S. P. ; GOLDENBERG, S. ; STEINDEL, Mário . Projeto transcriptoma do Trypanosoma rangeli.. In: Workshop: Avaliação pós-genômica da expressão gênica de parasitos, 2007, Curitiba. Workshop: Avaliação pós-genômica da expressão gênica de parasitos, 2007.

• SANTOS, E. B. ; SINCERO, T. C. ; STOCO, Patricia H ; TSCHOEKE, D. A. ; MOTA, S. C. A. ; PACHECO, Letícia K ; GOMES, S. A. O. ; STEINDEL, Mário ; GRISARD, Edmundo C . Molecular studies on Trypanosoma rangeli Protein Tyrosine Phosphatase (PTP). In: XXII Reunião da Sociedade de Protozoologia e XXXIII Reunião para Pesquisa Básica em Doença de Chagas, 2006, Caxambu, MG. XXII Reunião da Sociedade de Protozoologia e XXXIII Reunião para Pesquisa Básica em Doença de Chagas, 2006.

• LANGER JUNIOR, J. R. ; TSCHOEKE, D. A. ; WAGNER, Glauber ; JUCA, H. C. L. ; BURATTINI, I. O. ; STEINDEL, Mário ; GRISARD, Edmundo C . Desenvolvimento e implementação de um sistema de acompanhamento de leishmanioses humanas em Santa Catarina. In: X Congresso Brasileiro de Informática em Saúde CBIS, 2006, Florianópolis, SC. X Congresso Brasileiro de Informática em Saúde CBIS, 2006.

• ANTUNES, P. C. ; SANTOS, L. G. R. O. ; TSCHOEKE, D. A. ; GRAIPEL, M. E. . Plataformas flutuantes para captura de pequenos mamíferos semi-aquáticos. In: I Congresso Sul-americano de Mastozoologia, 2006, Gramado, RS. I Congresso Sul-americano de Mastozoologia, 2006.

• MACARINNI, T. ; ASSIS, A. L. ; MARQUES, R. ; TSCHOEKE, D. A. . DESAFIOS E RECOMPENSAS DE UMA PRIMEIRA EXPERIÊNCIA COMO PROFESSOR EM UMA ESCOLA ESTADUAL DE SANTA CATARINA. In: Segundo Encontro Regional Sul de Ensino de Biologia, 2006, Florianópolis - SC. Anais do Segundo Encontro Regional Sul de Ensino de Biologia, 2006.

• STOCO, Patricia H ; RODRIGUES, Juliana B ; ROTAVA, Gianinna ; WAGNER, Glauber ; SNOEIJER, Cristiane Q ; PACHECO, Letícia K ; KOERICH, Leonardo B ; TSCHOEKE, D. A. ; STEINDEL, Mário ; DÁVILA, Alberto Mr ; GRISARD, Edmundo C . Anotação Parcial do Transcriptoma de Trypanosoma rangeli utilizando a plataforma GARSA (GENOME ANALYSIS RESOURCES OF SEQUENCE ANNOTATION). Revista de Patologia Tropical , v. 34, 2005.

• TSCHOEKE, DIOGO A. . Biotecnologia Dourada - Bioinformática. 2021. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• TSCHOEKE, DIOGO A. . (Meta)genômica como ferramenta de vigilância e estudo de ambientes. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A. . Novas aproximações da Bioinformática na Saúde. 2020. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• TSCHOEKE, DIOGO A. ; Wagner, G. . Desvendando o mundo invisível usando a metagenômica: definições e aplicações em pesquisa. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A. . Biologia e Inteligência (nem tanto) Artificial. Como elas conversam?. 2020. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• TSCHOEKE, DIOGO A . Identificação de novos vírus no ambiente aquático. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A . Bioinformática e Metagenômica, desvendando o mundo não cultivável. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A . Metagenômica, desvendando o mundo não cultivável. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A . Viromas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A. ; BELLOZE, K. . Decodificando o DNA através do uso da Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A. . Decodificando o DNA através do uso da Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A. . Utilização da Bioinformática na Análise de Genomas de Procariotos e Eucariotos. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• TSCHOEKE, DIOGO A. ; SOUZA, D. L. . Introdução à Bioinformática, Histórico e Definições? e Aplicações da Bioinformática no estudo de parasitoses. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RONA, L. D. P. ; GRISARD, Edmundo C ; MILETTI, L. C. ; WAGNER, Glauber ; MIGUELAO, T. R. ; TSCHOEKE, D. A. ; MEUREN, L. M. ; OLIVEIRA, J. A. L. ; PITALUGA, A. N. ; Davila, A. M. R. . Desenvolvimento e Validação de um Sistema Integrado para Diagnóstico e Genotipagem de Protozoários Patogênicos de Interesse Veterinário. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CRUZ, S. M. S. ; CAMPOS, M. L. M. ; DÁVILA, Alberto Mr ; BATISTA, V. ; SILVA, E. ; OLIVEIRA, F. T. ; CUADRAT, R. ; TSCHOEKE, D. A. ; MATTOSO, M. . OrthoSearch: A Scientific Workflow Approach to Detect Distant Homologies on Protozoans. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Relações entre variáveis biomecânicas da regeneração muscular após dano induzido por exercícios excêntricos, polimorfismos associados ao desempenho esportivo e expressão do mRNA, Descrição: Chamada CNPq/MCTI/FNDCT N 18/2021 - Faixa B - Grupos Consolidados Esta proposta investigará relações entre variáveis biomecânicas associadas ao dano e regeneração muscular causado por contrações excêntricas, variações genotípicas e a expressão do mRNA. Microlesões causadas pela contração muscular excêntrica estão envolvidas no processo de ganho de massa e força muscular. Esse processo passa por diversas fases, que podem ser avaliadas por medidas biomecânicas. Nossos achados em pesquisas anteriores mostraram grande variabilidade entre indivíduos nessa resposta ao dano excêntrico. Com base na literatura sobre genética e desempenho esportivo, nossa hipótese é que existe uma relação entre a variabilidade da resposta biomecânica à lesão e regeneração muscular e polimorfismos de alguns genes, em especial o ACTN3, tendo em vista os efeitos dos seus múltiplos genótipos na força muscular, nas propriedades mecânicas do músculo, em marcadores inflamatórios e na propensão a lesões musculoesqueléticas. Além de verificar essa hipótese, investigaremos o perfil de expressão do mRNA, quantificando a expressão dos genes e vias metabólicas recrutadas ao longo do processo de lesão e regeneração. Com esse trabalho, verificaremos ainda se exames de US e EMG são possíveis indicadores de variações genéticas relacionadas ao dano e regeneração muscular. A amostra experimental será pareada a partir dos genótipos do ACTN3. O protocolo de dano muscular do bíceps braquial empregará flexões excêntricas de cotovelo no dinamômetro isocinético. Página 2 / 6 Serão feitas medições de escala de dor, elastografia, intensidade de eco US, torque articular, HD-EMG, estimulação elétrica e coleta de sangue antes, logo após e 24h e 72h depois da lesão. Será feita extração de mRNA do sangue, bem como sequenciamento de DNA para estudo de GWAS, e marcadores inflamatórios. Serão feitas ainda análises de alinhamento, cálculo de expressão e anotação gênica. As relações entre variáveis biomecânicas e genéticas serão avaliadas por meio de análises estatísticas descritivas, bi e multivariadas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Coordenador / Luciano Luporini Menegaldo - Integrante / Liliam F Oliveira - Integrante / TAIAN M VIEIRA - Integrante / THIAGO MATTA - Integrante / Helio Cabral - Integrante.

• 2019 - Atual

  Prospecção de Antimicrobianos utilizando aprendizado de máquina, Descrição: A partir da biodiversidade de biomas é possível desenvolver novos medicamentos para o tratamento de infecções microbianas. Gerando a necessidade de projetos inovadores que permitam a descoberta de novos microrganismos e genes com aplicação em saúde pública. Além da utilização de metodologias de mineração de dados que possam ser empregadas no tratamento de doenças que acometem nossa população. Nesse contexto, a metagenômica surge como método capaz de contribuir para o estudo e conhecimento da taxonomia, fisiologia e genética de microrganismos ainda não cultiváveis (patogênicos ou não), apresentando-se inclusive como uma alternativa para a descoberta de novas enzimas, antibióticos e vias metabólicas. Pois, a subutilização e o uso excessivo de antibióticos geram uma incessante pressão seletiva sobre os genes relacionados com a resistência. A falta de novos agentes antibacterianos em desenvolvimento para infecções por bactérias multirresistentes é uma preocupação crescente. Uma estratégia importante no desenho de drogas auxiliadas por computador é o aprendizado de máquina que combina elementos de diversas disciplinas, como estatística, teoria da informação e probabilidade. Como, por exemplo: o desenho de agentes antimicrobianos (bacterianos/fúngicos) usando métodos baseados em ligantes e receptores para selecionar compostos candidatos. Desta maneira objetivamos identificar genes de resistência a antimicrobianos, genes produtores de antibióticos e microrganismos patogênicos em metagenomas públicos utilizando abordagens de bioinformática e de aprendizado de máquina. Esperamos explorar, identificar e caracterizar os perfis dos ambientes onde é possível encontrar microrganismos patogênicos bem como obter maiores informações e evidências sobre a evolução dos genes em patógenos que apresentam resistência, além da dispersão e emergência desses organismos no ambiente, reservatórios e o papel do microbioma no contexto da saúde humana. Integrando as temáticas da biodiversidade, genômica, pós-genômica, metagenômica, saúde e aprendizado de máquina. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Coordenador / Dhara Avelino Ferreira Alves da Silva - Integrante., Financiador(es): FAPERJ - Auxílio financeiro.

• 2019 - Atual

  Mineração do resistoma (genes de resistência a antibióticos) e de genes produtores de antibióticos em metagenômas públicos utilizando predição padrão e aprendizado de máquina, Descrição: Mineração do resistoma (genes de resistência a antibióticos) e de genes produtores de antibióticos em metagenômas públicos utilizando predição padrão e aprendizado de máquina. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Coordenador / Glauber Wagner - Integrante / THOMPSON, CRISTIANE C. - Integrante / THOMPSON, FABIANO L - Integrante / SOUZA, THIAGO MORENO L. - Integrante / Milene Dias Miranda - Integrante / GARCIA, GIZELE D. - Integrante / APPOLINARIO, LUCIANA REIS - Integrante / Flavio Fonseca Nobre - Integrante / Rosimary Terezinha de Almeida - Integrante / Letícia Martins Raposo - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2019 - Atual

  Ecogenômica e a saúde de sistemas marinhos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fabiano Lopes Thompson em 21/01/2019., Descrição: Ecogenômica e a saúde de sistemas marinhos. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Cristiane C Thompson - Integrante / Fabiano L Thompson - Coordenador.

• 2019 - Atual

  Microbioma da pele como ferramenta na identificação humana no contexto da Segurança Pública, Descrição: Microbioma da pele como ferramenta na identificação humana no contexto da Segurança Pública. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Fabiano L Thompson - Coordenador / THOMPSON, CRISTIANE - Integrante / Livia Maria Rubem Vidal - Integrante.

• 2016 - Atual

  Genomica Microbiana Marinha, Descrição: Emergentes FAPERJ. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Louisi Souza de Oliveira - Integrante / THOMPSON, CRISTIANE - Coordenador / Eidy O. Santos - Integrante / Gizele Garcia Duarte - Integrante / Lohengrin Fernandes - Integrante.

• 2016 - Atual

  Predição e caracterização genômica e funcional de novos genes contendo small ORFs codificantes em arthrópodes, Descrição: Abordagens de predição gênica tradicionalmente consideram um limite estimado acima de 300 nucleotídeos (100 códons) para que tais genes sejam considerados como possíveis sequências verdadeiras, logo uma abordagem genômica relativamente recente é o estudo das pequenos quadros abertos de leitura, em inglês, small open reading frames (small ORFs), ORFs contendo 100 códons ou menos que possuem papéis regulatórios vitais em um vasto número de espécies conhecidas. Durante muito tempo, houve um consenso na ciência sobre a concentração de estudos focados em ORFs verdadeiras com mais de 100 códons, pois se acreditava que small ORFs, quando expressas, não codificariam peptídeos funcionais, entretanto, com a descoberta de pequenos peptídeos biologicamente ativos a codificados por small ORFs, este campo de estudo tem se tornado cada vez mais relevante e necessário dentro da genômica. Logo, tal estudo visa montar um banco de dados de possíveis small ORFs em Aedes aegypti, Tribolium castaneum e Rhodnius prolixus através da utilização de ferramentas de bioinformáticas, caracterizando sequências pontuais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Diego Guerra de Almeida - Integrante / Alessandra S. Alvarenga - Integrante / Lupis Ribeiro Gomes Neto - Integrante / Rodrigo Nunes da Fonseca - Coordenador.

• 2015 - Atual

  ANALISE DA SINALIZAÇÃO DA GP120 DO HIV SOBRE A REGULAÇÃO POSITIVA DO FATOR DE RESTRIÇÃO ANTIVIRAL IFITM3, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Coordenador / Fabiano L Thompson - Integrante / Louisi Souza de Oliveira - Integrante / LEOMIL, LUCIANA - Integrante / SOUZA, THIAGO MORENO L. - Integrante / Dumith Chequer Bou-Habib - Integrante / Marilda M. Siqueira - Integrante / Natalia Fintelman-Rodrigues - Integrante / André Ferreira dos Santos - Integrante / Juliana Melgaço - Integrante / Emília Teodoro - Integrante / Natália Ferme - Integrante / Flávia Barreto - Integrante / Nieli da Costa Farias - Integrante / Milene Dias Miranda - Integrante., Financiador(es): FAPERJ - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2013

  CNPQ - MAPA - 578730/2008-1 - Desenvolvimento e Validação de um Sistema Integrado para Diagnóstico e Genotipagem de Protozoários Patogênicos de Interesse Veterinário, Descrição: O presente projeto visa o desenvolvimento e validação de um sistema integrado de genotipagem de protozoários patogênicos, usando uma abordagem multidisciplinar envolvendo metodologias de biologia molecular (PCR multiplex, Rolling Circle Amplification [RCA] e seqüenciamento), bioinformática (análises de evolução e filogenia molecular) e ciências da informação e computação (tecnologias de bancos de dados, ontologias, metadados, workflows científicos e serviços web). Noventa e seis genes ortólogos comuns aos protozoários serão identificados e usados como marcadores para genotipagem, visando obter uma caracterização intra-específica mais acurada de, Eimeria spp., Trypanosoma evansi e Trypanosoma vivax. Todos os dados das genotipagens serão disponibilizados publicamente, bem como o sistema on-line de submissão e análise de seqüências, proporcionando à comunidade científica um sistema completo, flexível e amigável para análise e genotipagem de protozoários patogênicos. O objetivo principal é ter, num prazo de 24 meses, um sistema completo de diagnóstico e genotipagem que possa ser aprimorado/adequado para ter aplicabilidade em vigilância em curto prazo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Glauber Wagner - Coordenador / Kary A C S Ocana - Integrante / Juliano C cury - Integrante / Rafael Cuadrat - Integrante / Fabio Bernardo da Silva - Integrante / Luiz Cláudio Miletti - Integrante / Silvana Sant'Ana de Souza - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2009

  FAPERJ - E-26/111.625/2008 Desenvolvimento e Validação de um Sistema Integrado para Genotipagem de Protozoários Patogênicos Utilizando-se Genes Ortólogos, Descrição: O presente projeto visa o desenvolvimento e validação de um sistema integrado de genotipagem de protozoários patogênicos, usando uma abordagem multidisciplinar envolvendo metodologias de biologia molecular (PCR multiplex, Rolling Circle Amplification [RCA] e sequenciamento), bioinformática (análises de evolução e filogenia molecular) e ciências da informação e computação (tecnologias de bancos de dados, ontologias, metadados, workflows científicos e serviços web). Noventa e seis genes ortólogos comuns aos protozoários serão identificados e usados como marcadores para genotipagem, visando obter uma caracterização intra-específica mais acurada de T. cruzi, L. braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum e P. vivax. Todos os dados das genotipagens serão disponibilizados publicamente, bem como o sistema on-line de submissão e análise de seqüências, proporcionando à comunidade científica um sistema completo, flexível e amigável para análise e genotipagem de protozoários patogênicos. O objetivo principal é ter num prazo máximo de 12 meses um sistema completo de genotipagem que possa ser aprimorado/adequado para ter aplicabilidade clinica a curto prazo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Alberto MR Dávila - Integrante / Juliano C cury - Coordenador / Maria Luiza Machado Campos - Integrante / Joana Afonso Lima de Oliveira - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

• 2007 - 2008

  Ortho-HMM: Desenvolvimento de um novo sistema de detecção de ortólogos para anotação funcional., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Alberto MR Dávila - Coordenador.

• 2004 - 2004

  Projeto ParaBioinf, Descrição: Descrição: O Laboratório de Bioinformática da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) conta com um cluster completamente estruturado, sendo administrado em conjunto pelo Laboratório de Integração de Software e Hardware (LISHA) e pelo Laboratório de Protozoologia, ambos da UFSC. Atualmente, o Laboratório de Protozoologia desenvolve diversas atividades de pesquisa biológica, incluindo três projetos genoma, necessitando constantemente de recursos computacionais. Assim, a interação destes grupos será extremamente frutífera no sentido de aprimorar os recursos de bioinformática. Neste contexto, é necessário o aprimoramento do recém criado grupo multidisciplinar de pesquisa em bioinformática, o qual voltado especificamente ao desenvolvimento de aplicações paralelas na área. Atualmente, o LISHA dispõe de uma equipe com conhecimento em softwares paralelos, e conta um projeto para a paralelização de aplicação de bioinformática específica. Porém, ater-se a uma única aplicação não é suficiente, pois muito mais aplicações podem beneficiar-se da paralelização uma vez que os recursos de hardware estão disponíveis. Desta maneira, um grupo com o treinamento adequado nas tecnologias atuais de bioinformática poderá preencher a lacuna formada pela falta de softwares paralelos para clusters na área de bioinformática. Além disso, o Estado de Santa Catarina conta atualmente com poucos projetos de bioinformática que sejam especificamente na área de TI. O grupo de pesquisa também servirá como agente disseminador do conhecimento regional, através da disponibilização de um servidor público com as aplicações necessárias para a pesquisa na área... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Mário Steindel - Integrante / Edmundo C Grisard - Coordenador / Daniel Haeser - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

Prêmios