Gisele Lopes Nunes

Bióloga pela Universidade Metodista de Piracicaba, mestre e doutora em Microbiologia Agrícola pela Escola Superior de Agricultura ?Luiz de Queiroz (ESALQ-USP) com doutorado sanduíche na University of California, Riverside (UCR-CA). No período de 2011-2018 atuou como pós doutoranda na Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ-RJ) pelo programa Biologia Computacional e Sistemas e no Instituto Tecnológico Vale (ITV-DS) em Bioinformática. Atualmente é pesquisadora em Bioinformática no grupo de Genômica Ambiental no Instituto Tecnológico Vale e tem como linhas de pesquisa genômica de plantas, vertebrados, invertebrados e microrganismos de ocorrência na Amazônia e áreas de sob mineração.

Informações coletadas do Lattes em 20/07/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Microbiologia Agrícola

2007 - 2011

Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz
Título: Diversidade e estrutura de comunidades bacterianas na filosfera e suas relações com a espécie vegetal e compostos orgânicos voláteis
Orientador: em Universidade da California Riverside ( David Crowley)
com , Ano de obtenção: 2011. Marcio Rodrigues Lambais. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Filosfera, terpenos, diversidade de Bactéria; seqüenciamento, GC/EM; Compostos orgânicos voláteis.Grande área: Ciências AgráriasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.

Mestrado em MICROBIOLOGIA AGRÍCOLA

2004 - 2007

Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz"
Título: Diversidade e estrutura de comunidades de Bacteria e Archaea em solo de mangue contaminado com hidrocarbonetos de petróleo
Orientador: Marcio Rodrigues Lambais
, Ano de Obtenção: 2007.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Mangue, Bacteria, Archaea, Diversidade microbiana; Seqüênciamento e DGGE.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Ecologia / Subárea: Ecologia de Ecossistemas.

Especialização em Bioecologia e Conservação

2003 - 2004

Universidade Metodista de Piracicaba
Título: Pilhas e baterias
Orientador: Simoni Godói

Graduação em Ciencias: Habilitação em Biologia

1999 - 2002

Universidade Metodista de Piracicaba

Pós-doutorado

2017

Pós-Doutorado. , Instituto Tecnológico Vale, ITVDS, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecuar. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.

2015 - 2016

Pós-Doutorado. , ASSOCIACAO INSTITUTO TECNOLOGICO VALE - ITV, ITV, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecuar. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.

2011 - 2013

Pós-Doutorado. , Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecular.

Formação complementar

2023 - 2023

Montagem de Genomas de Referência. (Carga horária: 30h). , Instituto Tecnológico Vale, ITV, Brasil.

2020 - 2020

Gestão de projetos tecnológicos e de inovação: Foco em resultados. (Carga horária: 16h). , ANPEI, ANPEI, Brasil.

2019 - 2019

Introdução à Sistemática Molecular. (Carga horária: 10h). , Instituto Tecnológico Vale, ITVDS, Brasil.

2019 - 2019

Train the trainer. (Carga horária: 16h). , European Bioinformatics Institute, EMBL, Inglaterra.

2018 - 2018

Microbial Genomics & Metagenomics Training. (Carga horária: 40h). , Joint Genome Institute, JGI, Estados Unidos.

2017 - 2017

II Course on Theoretical and Pratical Approaches to Metagenomics and Virall. (Carga horária: 30h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2017 - 2017

Técnicas para manipulação de dados de biodiversidade. (Carga horária: 8h). , Instituto Tecnológico Vale, ITVDS, Brasil.

2016 - 2016

Estudos de impacto ambiental. (Carga horária: 8h). , Instituto Tecnológico Vale, ITVDS, Brasil.

2012 - 2012

International Systems Biology Course. (Carga horária: 80h). , Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.

2012 - 2012

Introdução phyton. (Carga horária: 4h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2009 - 2009

Multivariada aplicada à ecologia do solo. (Carga horária: 40h). , Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", USP, Brasil.

2007 - 2007

Introdução ao programa Bionumerics. (Carga horária: 16h). , Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, USP, Brasil.

2005 - 2005

SAS Básico. (Carga horária: 16h). , Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, USP, Brasil.

2002 - 2002

Ecologia aplicada a saúde. (Carga horária: 3h). , Conselho Regional de Biologia 1ª Região, CRBIO1, Brasil.

2002 - 2002

Evolução molecular. (Carga horária: 3h). , Conselho Regional de Biologia 1ª Região, CRBIO1, Brasil.

2002 - 2002

Ecologia animal aplicada. (Carga horária: 2002h). , Universidade Metodista de Piracicaba, UNIMEP, Brasil.

2002 - 2002

DNA, os novos detetives. (Carga horária: 3h). , Conselho Regional de Biologia 1ª Região, CRBIO1, Brasil.

2001 - 2001

Iniciação à Biologia Marinha. (Carga horária: 30h). , Universidade Metodista de Piracicaba, UNIMEP, Brasil.

2000 - 2000

Baleias e Golfinhos. (Carga horária: 15h). , Universidade Metodista de Piracicaba, UNIMEP, Brasil.

1999 - 1999

Bioespeleologia. (Carga horária: 20h). , Universidade Metodista de Piracicaba, UNIMEP, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: BIOINFORMÁTICA.

Grande área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Ecologia microbiana.

Grande área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Fitossanidade/Especialidade: Microbiologia Agrícola.

Organização de eventos

NUNES, GISELE L. ; Oliveira, Renato ; ULIANO, M. . Workshop de Montagem de Genomas de Referência. 2023. (Outro).

Guilherme Corrêa de Oliveira ; NUNES, Gisele Lopes . CABANA Symposium: Bioinformatics and Biodiversity - Unlocking new tools for biodiversity research. 2019. (Congresso).

NUNES, Gisele Lopes . Diversidade e Processos Microbianos: acessando o inacessível. 2010. (Congresso).

NUNES, Gisele Lopes . I Orientação técnica para professores do ensino médio. 2010. (Congresso).

NUNES, Gisele Lopes . II Simpósio Científico dos Pós-Graduandos no Cena. 2009. (Outro).

NUNES, Gisele Lopes . III Worshop de Microbiologia e Biotecnologia. 2009. (Outro).

NUNES, Gisele Lopes ; Lambais ; Monteiro ; Morais ; Luchetta ; Crowley . Workshop "Diversidade Microbiana e a Qualidade Biológica do Solo (MOLDULO 1). 2007. (Outro).

NUNES, Gisele Lopes ; Morais ; Monteiro ; Luchetta ; Lambais ; Crowley . Workshop "Diversidade Microbiana e a Qualidade Biológica do Solo (MOLDULO 2). 2007. (Outro).

NUNES, Gisele Lopes . Microbiologia Agrícola e Biotecnologia. 2004. (Outro).

Participação em eventos

9th International Barcode of Life Conference. Advances in bioinformatics and computational bottlenecks for DNA barcoding and metabarcoding analysis. 2024. (Congresso).

9th International Barcode of Life Conference. Metagenomics of plant roots associated with ferruginous caves in the Eastern Amazon. 2024. (Congresso).

9th International Barcode of Life Conference. 2024. (Congresso).

Workshop Definindo espécies e projetos-piloto no âmbito do projeto Genômica da Biodiversidade Brasileira (GBB).Referências Genômicas da Biodiversidade Brasileira em BD públicos. 2023. (Encontro).

Workshop de Metabarcoding, Barcoding e Metagenômica.Bancos de dados e análises de DNA metabarcoding. 2023. (Encontro).

X-meeting. Genomica da Biodiversidade Brasileira. 2023. (Congresso).

X-Meeting. High-quality vertebrate genome assembly. 2023. (Congresso).

44° Congresso da AZAB. Mesa-redonda ?Integração In Situ e Ex Situ?. 2021. (Congresso).

BRC16/19 and SAMBA International Meeting - Biodiversity monitoring and mapping. 2021. (Encontro).

Oficina sobre Diagnóstico, Monitoramento e Manejo de Ciclídeos Exóticos em Unidade de Conservação.Prós e contras e perspectivas do monitoramento de espécies invasoras com DNA ambienta. 2021. (Oficina).

X-meeting Xperience. Treine o Treinador - EMBL. 2020. (Congresso).

CABANA Symposium: Bioinformatics and Biodiversity - Unlocking new tools for biodiversity research. 2019. (Encontro).

IV Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática. 2019. (Simpósio).

III Congreso Colombiano de Bioquímica y Biología Molecular - C2B2. Fijación biológica de nitrógeno como función importante de la comunidad microbiana en la filosfera de bambú en la selva atlántica brasilera. 2018. (Congresso).

29º Congresso Brasileiro de Microbiologia. MICROBIOME OF CAVES FROM SERRA DOS CARAJÁS ? PA, BRAZIL. 2017. (Congresso).

7th International Barcode of Life Conference. Development of DNA barcodes for the identification of plants from Amazonian metalliferous rocky outcrops. 2017. (Congresso).

III Encontro Regional Sobre Biodiversidade e Biologia de Organismos Neotropicais - III BIOBON.Botânica nas cavernas: investigações usando ?DNA barcoding? e anatomia. 2017. (Encontro).

II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática. 2017. (Simpósio).

XXXVI Congresso Brasileiro de Solo. Microbial diversity in the sediment of a lateritic crust lake. 2017. (Congresso).

Workshop de Bolsistas ITVDS.Códigos de barra de DNA. 2016. (Simpósio).

Workshop sobre códigos de barras de DNA. 2016. (Outra).

Workshop sobre Geomicrobiologia. 2016. (Simpósio).

Meta-omics and Bioinformatics I. 2014. (Simpósio).

Programa de Verão LNCC. 2012. (Simpósio).

9th International Symposium on the Microbiology of Aerial Plant Surfaces. 2010. (Congresso).

Diversidade e Processos Microbianos: acessando o inacessível. 2010. (Seminário).

I Orientação técnica para professores do ensino médio.Tecnologia de manipulação do DNA. 2010. (Simpósio).

V Encontro Nacional de Pós-graduação e VII Forum dos Cordenadores dos Programas de Microbiologia da ärea de Ciências Agrárias I. 2010. (Encontro).

25 Congresso Brasileiro de Microbiologia. Comunidades bacterianas na filosfera de plantas agrícolas e epécies arbóreas na Mata Atlântica. 2009. (Congresso).

III Worshop de Microbiologia e Biotecnologia.ERA ÔMICA: da genômica à Proteômica. 2009. (Simpósio).

II Simpósio Científico dos Pós-Graduandos no Cena. 2009. (Simpósio).

III Encontro Nacional de Pós-Graduação em Microbiologia- V Fórum dos Coordenadores dos Programas de MIcrobiologia da Área de Ciências Agrárias. 2008. (Encontro).

XI Encontro Nacional de Microbiologia Ambiental e X simpósio Brasieliro de Microbiologia do Solo.Diversidade genética bacteriana na filosfera de cana-de-açúcar e plantas nativas da Mata Atlântica. 2008. (Encontro).

Excursão técnica pedológica na região dos Campos de Cima da Serra, RS (XXXI Congresso Brasileiro de Ciência do Solo). 2007. (Congresso).

II ENCONTRO NACIONAL DE PÓS-GRADUAÇÃO E IV FORUM DOS COORDENADORES DOS PROGRAMAS DE MICROBIOLOGIA DA ÁREA DE CIÊNCIAS AGRÁRIAS.INFLUÊNCIA DOS HIDROCARBONETOS NA DIVERSIDADE E NA ESTRUTURA DE COMUNIDADES DE BACTÉRIAS EM SOLO DE MANGUE CONTAMINADO COM PETRÓLEO. 2007. (Encontro).

Workshop "Diversidade Microbiana e a Qualidade Biológica do Solo (MOLDULO 1). 2007. (Outra).

Workshop " Diversidade Microbiana e a Qualidade Biológica do solo" (MODULO 1).DNA sequencing pipeline. 2007. (Simpósio).

Workshop " Diversidade Microbiana e a Qualidade Biológica do solo" (MODULO 1).DGGE Image Analisys. 2007. (Simpósio).

Workshop " Diversidade Microbiana e a Qualidade Biológica do solo" (MODULO2).DNA sequencing pipeline. 2007. (Outra).

Workshop " Diversidade Microbiana e a Qualidade Biológica do solo" (MODULO2).DGGE image analisys. 2007. (Outra).

XXXI Congresso Brasileiro de Ciência do Solo. Diversidade e estrutura de comunidades de bactéria em solo de mangue (Rio Iriri-SP) contaminado com petróleo. 2007. (Congresso).

FERTBIO. Diversidade de bacteria e Archaea em solo de mangue contaminado com petróleo. 2006. (Congresso).

I Encontro Nacional de Pós-graduação e III Forum dos Cordenadores dos Programas de Microbiologia da ärea de Ciências Agrárias I.Diversidade Microbiana em Perfil de Mangue Contaminado com Petróleo. 2006. (Encontro).

II Ciclo de palestras do programa de pós-graduação em microbiologia agrícola. 2006. (Seminário).

Fontes de contaminação e remediação de solos contaminados. 2005. (Encontro).

II Workshop de Microbiologia e Biotecnologia. 2005. (Simpósio).

I Simpósio de Microbiologia e biotecnologia. 2005. (Simpósio).

I Worshop de Microbiologia e Biotecnologia.Biotecnologia na agricultura. 2004. (Simpósio).

Microbiologia Agrícola e Biotecnologia.Microbiologia na recuperação de ambientes contaminados. 2004. (Simpósio).

13o Encontro de Biólogos do CRBio-1 (SP, MT, MS). 2002. (Congresso).

2a Feira de Extensão Universitária de Piracicaba e Mostra de Biotecnologia.Sequenciamento da Xantomonas Campestri. 2002. (Simpósio).

I Semana de Reunião de Biologia - I SERBIO. 2002. (Encontro).

II Encontro de Estudantes de Biologia. 2000. (Encontro).

I Encontro de Estudantes de Biologia. 1999. (Encontro).

Participação em bancas

Aluno: Danielly Cristina Marques de Castro

BARAUNA, R. A.;NUNES, Gisele Lopes. Abordagem metabarcoding como método de avaliação da qualidade microbiológica da água e balneabilidade em áreas de influência do Terminal Marítimo Ponta da Madeira, Baía de São Marcos em São Luís - MA. 2023. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Lucimara Guedelha da Costa

NUNES, Gisele Lopes. CARACTERIZAÇÃO GENÉTICA DE Gonatodes eladioi NASCIMENTO, ÁVILA-PIRES & CUNHA, 1987 (SQUAMATA: SPHAERODACTYLIDAE) NA REGIÃO DA SERRA DOS CARAJÁS. 2023. Dissertação (Mestrado em BIODIVERSIDADE E EVOLUÇÃO) - Museu Paraense Emílio Goeldi.

Aluno: ADRIANNE SACHA DA COSTA SARAIVA

NUNES, GISELE L.. MONITORAMENTO MOLECULAR DE ISOETES CANGAE EM UM PROGRAMA DE REINTRODUÇÃO NAS LAGOAS DE CARAJÁS. 2022. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Gabriel Costa Matos

NUNES, Gisele Lopes. CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR E RELAÇÕES FILOGENÉTICAS DE ERIOCAULACEAE POR MEIO DE ANÁLISES DE GENOMAS PLASTIDIAIS COM ÊNFASE EM ESPÉCIES DE CANGAS DA SERRA DOS CARAJÁS. 2022. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Danielly Cristina Marques de Castro

NUNES, GISELE L.. Avaliação da qualidade da água e balneabilidade em áreas de influência do terminal marítimo ponta da madeira, Baía de São Marcos em São Luís ? MA: uma abordagem metabarcoding. 2021. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Mateus Sousa Almeida

NUNES, Gisele Lopes; PIRES, E. S.. IDENTIFICAÇÃO DE FUNGOS NO SOLO DE FITOFISIONOMIAS SOBRE CANGA FERRÍFERA E SUA CATEGORIZAÇÃO EM GUILDAS FUNCIONAIS. 2020. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Carlos Alexandre Rocha da Costa

NUNES, Gisele Lopes; Roberto Lisboa Cunha; Marcelo Murad Magalhães. MECANISMOS MOLECULARES ENVOLVIDOS NA ADAPTAÇÃO DE I. cangae A DIFERENTES CONDIÇÕES EDÁFICAS. 2020. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Aplicada à Agropecuária) - Universidade Federal Rural da Amazônia.

Aluno: Anderson Miguel Teixeira Feitosa

NUNES, GISELE L.. Estudo da Diversidade de Cianobactérias Provenientes do Lago das Três Irmãs Localizado na Canga Amazônica da Serra dos Carajás/Pará. 2020. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Luciano de Almeida Alves

BITENCOURT, J. A. P.;NUNES, Gisele Lopes. Testes em Resíduo de Estereil e Minério para Prevenção na Geração de Drenagem Ácida na Mina do Sossego, Carajás - Pará. 2018. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Lana Patricia da Silva Fonseca

BITENCOURT, J. A. P.;NUNES, Gisele Lopes. Diversidade funcional da microbiota de solos das cavernas de Carajás. 2018. Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: VITÓRIA CATARINA CARDOSO MART

NUNES, Gisele Lopes; Bento, D; BARAUNA, R. A.. Metagenômica de raízes de plantas associadas a cavernas ferruginosas da Serra dos Carajás. 2023. Exame de qualificação (Doutorando em BIODIVERSIDADE E EVOLUÇÃO) - Museu Paraense Emílio Goeldi.

Aluno: ANA RAQUEL GOMES FARIA

NUNES, GISELE L.. ASPECTOS MICROBIOLÓGICOS E NUTRICIONAIS RELACIONADOS À DIETA DE LOBOS-GUARÁ (Chrysocyon brachyurus ? CARNIVORA: CANIDAE) NO CERRADO, OBTIDOS PELO MÉTODO DNA METABARCODING.. 2022. Exame de qualificação (Doutorando em Ecologia e Recursos Naturais) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

Aluno: Fernanda Valente Penner

NUNES, Gisele Lopes; CARVALHO, D. C.; ARGOLO, L. A.. COMPARAÇÃO DE DOIS MARCADORES MOLECULARES DISTINTOS PARA O MONITORAMENTO DE ÁREAS DE RECUPERAÇÃO. 2023. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Lucimara Guedelha da Costa

NUNES, Gisele Lopes. CARACTERIZAÇÃO GENÉTICA DE Gonatodes eladioi NASCIMENTO, ÁVILA-PIRES & CUNHA, 1987 (SQUAMATA: SPHAERODACTYLIDAE) NA REGIÃO DA SERRA DOS CARAJÁS. 2022.

Aluno: Paulo Henrique De Oliveira Costa

Ramos, Silvio;NUNES, Gisele Lopes. DIVERSIDADE MICROBIANA NA RIZOSFERA DE MIMOSA ACUSTITIPULA E DIOCLEA APURENSIS EM ÁREAS NATIVAS E DE RECUPERAÇÃO. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: KEYVILLA DA COSTA AGUIAR

CALDEIRA, CECÍLIO;NUNES, Gisele Lopes. CRESCIMENTO E DESENVOLVIMENTO DE ISOETES CANGAE EM DIFERENTES SUBSTRATOS. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Anderson Miguel Teixeira Feitosa

NUNES, Gisele Lopes; Rafael Borges Valadares. Estudo da Diversidade de Cianobactérias Provenientes da Canga Amazônica, Lago das Três Irmãs ? Serra dos Carajás/Pará. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Aluno: Aline Madeira Marques Saraiva

NUNES, Gisele Lopes; GASTAUER, M.. Identificação de genes e proteínas envolvidos na ciciarem de nitriogênio em solos de Cangas da Serras dos Carajás. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale.

Orientou

Cesar de Sa Carvalho Neto

Dinâmica populacional e diversidade de jacarés e quelônios das lagoas da Serra Sul, Floresta Nacional de Carajás; Início: 2021; Dissertação (Mestrado profissional em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale; (Orientador);

VITORIA ALMEIDA GONCALVES DE MOURA

Potencial de biossolubilização de rochas por comunidades bacterianas isoladas da Canga da Serra dos Carajás; 2024; Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Renata Sena Cardoso

INVENTÁRIO DA FAUNA CAVERNÍCOLA DE CARAJÁS PELO USO DE MARCADORES MOLECULARES E BUSCA ATIVA; 2020; Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale, FADESP; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Amanda Manuelly da Silva Oliveira

DIVERSIDADE TAXONÔMICA E FUNCIONAL DAS COMUNIDADES MICROBIANAS EM CAVIDADES FERRUGINOSAS DA FLONA DE CARAJÁS; 2019; Dissertação (Mestrado em Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr) - Instituto Tecnológico Vale, FADESP; Coorientador: Gisele Lopes Nunes;

John Jairo Saldarriaga Ausique

Caracterização das comunidades de microrganismos associados ao mesêntero de Diatraea saccharalis e Spodoptera frugiperda; 2010; Dissertação (Mestrado em Entomologia) - Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Gisele Lopes Nunes;

Ana Carolina Pavan

2024; Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Gisele Lopes Nunes;

Leandro de Mattos Pereira

2022; Instituto Tecnológico Vale, Fundep; Gisele Lopes Nunes;

Bruno Marques Silva

API para acesso a bancos de dados biológicos, criação de scripts e algoritmos para automatizar buscar de informações; 2024; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Fernanda de Jesus Trindade

estrutura populacional, inferências demográficas, avaliação de fluxo gênico de anfíbios; 2024; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Adriano Oliveira Maciel

Guia de Anfíbios do Sudeste do Pará; 2024; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Romildo Oliveira Souza Junior

GenRefBr - Plataforma genômica; 2024; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Michele Molina Melo

Referências genômicas de espécie da herpetofauna; 2024; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

ALESSANDRA CAVALCANTE GUIMARÃES

Status taxonômico de E; carajasensis; 2024; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Bruno Marques Silva

Mineração de dados biológicos utilizando bancos de dados públicos, montagem de genomas, desenvolvimento de pipelines; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Fernanda de Jesus Trindade

estrutura populacional, inferências demográficas, avaliação de fluxo gênico de répteis; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Romildo Oliveira Souza Junior

Seqmanager - API para controle de sequenciamento; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Cássia de Carvalho Teixeira

Modelagem preditiva de espécies da Herpetofauna das Cangas do Mosaico de Carajás; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Leandro Lopes de Magalháes

DNA metabarcoding com foco em espécies da Hepetofauna; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Louise Teixeira Cerdeira

ITVBIOBASE portal web; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Tecnológico Vale, Instituto Tecnológico Vale; Orientador: Gisele Lopes Nunes;

Produções bibliográficas

HERNANDEZ GARCIA, ANDREA ; VIGNALE, FEDERICO A ; MODENUTTI, CARLOS P ; SOSA, EZEQUIEL J ; DEFELIPE, LUCAS A ; OLIVEIRA, RENATO ; NUNES, GISELE L ; ACEVEDO, RAÚL M ; BURGUENER, GERMAN F ; ROSSI, SEBASTIAN M ; ZAPATA, PEDRO D ; MARTI, DARDO A ; SANSBERRO, PEDRO ; OLIVEIRA, GUILHERME ; CATANIA, EMILY M ; SMITH, MADELINE N ; DUBS, NICOLE M ; NAIR, SATISH ; BARKMAN, TODD J ; TURJANSKI, ADRIAN G ; et.al . Yerba mate (Ilex paraguariensis) genome provides new insights into convergent evolution of caffeine biosynthesis. eLife , v. 14, p. e104759, 2025.
LILIAN DANTAS CAVALCANTE, RENATA ; SANTOS SILVA, CAIO ; FERREIRA VIDAL, AMANDA ; SOARES PIRES, ÉDER ; Lopes Nunes, Gisele ; FOGAÇA DE ASSIS MONTAG, LUCIANO ; OLIVEIRA, GUILHERME ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA ; SANTOS, SIDNEY ; JOSÉ DE SOUZA, SANDRO ; ESTEFANO DE SANTANA SOUZA, JORGE ; SAKAMOTO, TETSU . The complete mitogenome of Amazonian Brachyplatystoma filamentosum and the evolutionary history of body size in the order Siluriformes. Scientific Reports , v. 15, p. 9873, 2025.
MOLINA, MICHELE ; OLIVEIRA, GUILHERME ; OLIVEIRA, RENATO R. M. ; NUNES, GISELE L. ; PIRES, EDER S. ; PROUS, XAVIER ; RIBEIRO, MARIANE ; VASCONCELOS, SANTELMO . Complete mitochondrial genomes of three vulnerable cave bat species and their phylogenetic relationships within the order Chiroptera. PLoS One , v. 19, p. e0308741, 2024.
VILAÇA, SIBELLE TORRES ; VIDAL, AMANDA F. ; PAVAN, ANA CAROLINA D?OLIVEIRA ; SILVA, BRUNO MARQUES ; CARVALHO, CAROLINA S. ; POVILL, CINTIA ; LUNA-LUCENA, DANIELLE ; NUNES, GISELE L. ; FIGUEIRÓ, HENRIQUE VIEIRA ; MENDES, IZABELA SANTOS ; BITTENCOURT, JOSE AUGUSTO P. ; CÔRTES, LARA GOMES ; COSTA CANESIN, LUCAS EDUARDO ; OLIVEIRA, RENATO R.M. ; DAMASCENO, ROBERTA P. ; VASCONCELOS, SANTELMO ; BARRETO, SILVIA B. ; TAVARES, VALERIA ; OLIVEIRA, GUILHERME ; MARTINS, AMELY BRANQUINHO ; et.al . Leveraging genomes to support conservation and bioeconomy policies in a megadiverse country. Cell Genomics , v. 4, p. 100678, 2024.
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Outras produções

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Oliveira, Renato ; SILVA, BRUNO MARQUES ; TRINDADE, F. J. ; NUNES, GISELE L. . Pipeasm: a tool for automated large chromosome-scale genome assembly and evaluation. 2024.

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GUIMARÃES, JOSÉ TASSO F. ; SAHOO, P. K. ; ALVES, R. ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR M. ; SILVA, M. S. ; NUNES, GISELE L. ; Guilherme Corrêa de Oliveira . Avaliação comparativa das características gerais das lagoas do Violão, Amendoim e Três Irmãs, Serra Sul de Carajás. 2019. (Relatório de pesquisa).

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NUNES, Gisele Lopes . Estudos metagenômicos das lagoas de Canga do Platô da Serra Sul. 2016. (Pará).

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DAVILA, A. M. R. ; NUNES, Gisele Lopes . Curso de treinamento para uso do Stingray. 2011. .

NUNES, Gisele Lopes . I Orientação Técnica para Professores do Ensino Médio. 2010. .

Rosa, M I F P S ; NUNES, Gisele Lopes . Monitoria - disciplina Química Geral II. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Projetos de pesquisa

2023 - Atual

Genômica da Biodiversidade Brasileira (GBB), Descrição: O projeto Genômica da Biodiversidade Brasileira (GBB) é uma parceria entre o Instituto Tecnológico Vale (ITV) e o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio), com o objetivo de mapear o genoma de espécies da fauna e flora brasileiras, com foco em espécies ameaçadas de extinção, exóticas invasoras ou de interesse bioeconômico. A iniciativa prevê a produção de 80 genomas de referência, 5000 genomas resequenciados e 1600 genomas organelares até 2027, além do desenvolvimento de protocolos de amostragem utilizando DNA ambiental e metabarcoding.Os dados gerados serão fundamentais para o desenho de estratégias de conservação em todos os biomas brasileiros, auxiliando na tomada de decisão dos órgãos envolvidos. O projeto também foca na identificação de biomas e espécies prioritárias para amostragem, com o objetivo de mapear a diversidade genética e entender os processos que influenciam a variabilidade genética das populações e a extinção de espécies.Além disso, o GBB visa consolidar uma rede colaborativa de pesquisadores, tanto do ITV e ICMBio quanto de outras instituições, promovendo a capacitação de profissionais a partir da implementação de protocolos para as diversas etapas dos estudos genômicos.Saiba mais em https://www.itv.org/projeto-genomica-da-biodiversidade-brasileira. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante / Alexandre Aleixo - Integrante / VIDAL, AMANDA - Integrante / Sibelle Vilaça - Integrante / Amely Martins - Integrante / Lara Côrtes - Integrante / Marius Belluci - Integrante / Thomas Christensen - Integrante / Renata Rossato - Integrante / Luanne Lima - Integrante / Daniel Kantek - Integrante / Diego Bento - Integrante., Financiador(es): Instituto Tecnológico Vale - Auxílio financeiro.
2021 - 2023

AmaZoomics: Leveraging genomics for the conservation of Amazon fauna, Descrição: AmaZoomics seeks to bring together a Zoo, a Research Institute, and several national and international Universities, to consolidate Vale?s zoo-botanical park as a leading research and education center concerned with the conservation of Amazon biodiversity. The project intends to generate baseline genetic information and implement a conservation genetic program targeting threatened Amazon biodiversity, and comprises three main objectives: 1) Assemble the genomes of threatened Amazon birds and mammals; 2) Establish a conservation genetics research program to assess conservation status and help manage wild and captive populations of threatened Amazon species; and 3) Establish a tissue/DNA bank for native species. Overall, the project will set the basis for future conservation, genetic management, and monitoring programs, as well as help identify possible biotechnological applications of Amazon biodiversity. Importantly, the project strengthens Vale?s commitment with its Strategic Biodiversity Plan. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante / DALAPICOLLA, JERONYMO - Integrante / Alexandre Aleixo - Integrante.
2021 - 2022

Estudos genômicos da canga, cavidades e floresta de Carajás, Descrição: Projeto de mobilidade para trazer e enviar ao exterior estudantes e pesquisadores.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Coordenador / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante / ALVES, RONNIE - Integrante / PIRES, EDER - Integrante.
2021 - Atual

Genômica da Herpetofauna do Sudeste do Pará, Descrição: Compreender a biodiversidade de uma área é o primeiro passo para estabelecer programas de conservação, principalmente no que se refere à herpetofauna, considerando que cerca de 4% dos anfíbios e 9% dos répteis brasileiros estão ameaçados de extinção. Os inventários da biodiversidade vão além da elaboração de uma lista de espécies de uma determinada região, eles podem embasar a elaboração de novas hipóteses biológicas, descrição de novas espécies e constituir informações essenciais para responder e compreender problemas em conservação, ecologia, etologia e evolução, além de identificar o grau de endemismo regional e enriquecer coleções científicas com material testemunho. Também são importantes para a conservação e identificação do status atual do meio ambiente, uma vez que a ocorrência de espécies bioindicadoras (oportunistas ou vulneráveis) pode ser usada para determinar os efeitos das perturbações ambientais na área e, portanto, abrir uma maneira de intervenções eficientes e políticas de conservação. Esta proposta visa ampliar o conhecimento sobre a herpetofauna do sudeste do Pará, especificamente no entorno do mosaico de unidades de conservação da Serra dos Carajás, incluindo espécimes depositados em coleções científicas do Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG) e material a ser coletado em campo. O objetivo deste projeto é gerar conhecimento genético e taxonômico de anfíbios e répteis Squamata (serpentes, lagartos e anfisbenas) e disponibilizar em bancos de dados públicos. O material produzido constituirá um banco de DNA e de tecido com inestimável valor para a sociedade, academia e para empresa, pois preencherá lacunas de conhecimento e poderá embasar futuras ações de conservação.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / OLIVEIRA, GUILHERME - Integrante / Leticia Guimaraes - Integrante / Ana Lúcia da Costa Prudente - Integrante / Cesar de Sa Carvalho Neto - Integrante.
2021 - Atual

SAMBA - Scaling Advanced Methods for Biodiversity Assessments, Descrição: SAMBA is a project that establishes a world-class educational and research exchange program between Norway and Brazil consisting of research exchanges, workshops and courses with dual accreditation, and internships at multiple postgraduate levels with links to industry.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / OLIVEIRA, GUILHERME - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Jonathan Ready - Integrante / Hugo Boer - Integrante.
2019 - 2022

Genômica para estudo e monitoramento da biodiversidade e serviços ecossistêmicos - Genômica BSE, Descrição: O projeto visa a contribuir com a estudos genéticos e genômicos sobre a biodiversidade de Carajás para resolver questões principalmente sobre a determinação de espécies da fauna e flora, bem como para o desenvolvimento de métodos para o levantamento e monitoramento ambiental. Para este fim, serão aplicadas ferramentas de genômica de última geração acopladas a análises computacionais detalhadas dos dados. Referências genéticas serão estabelecidas e ampliadas, com foco principal em DNA barcodes, genomas plastidiais e mitocondriais e genomas nucleares completos. O nível de profundidade da informação gerada seguirá o nível de importância e interesse do grupo taxonômico em questão, variando desde o uso de referências genéticas simples até genomas nucleares completos, como no caso do jaborandi, também considerando as necessidades de cumprimento de condicionantes ambientais para o licenciamento de áreas de interesse para a Vale. Os estudos genômicos a serem realizados contribuirão com a viabilização do estabelecimento de espécies endêmicas da região como modelos genômicos e assim beneficiar o planejamento de conservação das espécies com todo o ferramental molecular disponível. Adicionalmente, as assinaturas moleculares dos ambientes de conservação ou impactados contribuirão para a geração de perfis de assinatura que serão úteis para o monitoramento da biodiversidade de áreas de interesse. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Coordenador / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante / Mariana Dias - Integrante / Eder Soares Pires - Integrante / Renato Renison Moreira Oliveira - Integrante / Mauricio T.C. Watanabe - Integrante / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante / Paulo Henrique de Oliveira costa - Integrante / Marx O. de Lima - Integrante.
2019 - 2020

Definição de áreas de influência em cavernas: os mesmos métodos são aplicáveis em diferentes litologias?, Descrição: As cavernas apresentam características ambientais peculiares quando comparadas ao meio epígeo, como a ausência permanente de luz e a tendência à estabilidade ambiental. Estas condições são essenciais para o estabelecimento das populações que transitam no ambiente subterrâneo e permitem a ocorrência de uma fauna característica, com espécies muitas vezes especializadas à vida subterrânea - espécies troglóbias e troglófilas. A relação das cavidades com o ambiente epígeo, porém, é evidente ao se observar que a maior parte da fauna cavernícola presente em cavidades nas regiões tropicais é composta por espécies troglófilas. Assim, as diferentes características da paisagem epígea poderão alterar os padrões climáticos locais, afetando o equilíbrio ambiental característico das cavernas. A iluminação limitada e consequente ausência de fotossíntese evidencia a importância dos recursos orgânicos alóctones para a manutenção da fauna subterrânea. A delimitação de áreas externas para a conservação da vida nas cavernas é, portanto, essencial para a manutenção dos seus recursos tróficos. No Brasil, a preservação das áreas adjacentes às cavidades e que influenciam em seu equilíbrio foi incluída no arcabouço jurídico para o licenciamento ambiental em empreendimentos potencialmente causadores de impactos negativos irreversíveis. Porém, os parâmetros utilizados para o estabelecimento dessa área são arbitrários e subjetivos. Assim, esse estudo pretende, a partir de coletas de dados em campo e análises ecológicas e moleculares, investigar o funcionamento das cavernas dentro do contexto do ecossistema e os limites físicos das áreas de influência das mesmas em três diferentes litologias, ajudando assim a embasar cientificamente a legislação que rege o licenciamento ambiental brasileira. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Coordenador / RONNIE CLEY DE OLIVEIRA ALVES - Integrante / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante.
2018 - 2021

CABANA Project, Descrição: The Cabana Project will address the slow implementation of data-driven biology in Latin-American countries, which have invested in genomics and bioinformatics but have an urgent lack of skills to make full use of the technology. The programme implement a sustainable capacity-building programme focusing on three challenges of relevance in Latin America: communicable disease, sustainable food production and protection of biodiversity. This will accelerate use of bioinformatics in lead institutions in the region, which will become hubs in a pan-Latin-American bioinformatics network. The consortium of ten partners in six Latin American countries (Argentina, Brazil, Colombia, Costa Rica, Mexico, Peru and Venezuela) will be nucleate and nurture expertise within and beyond their national boundaries, and forge collaborations with UK-based scientists that outlive the project.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante.
2018 - Atual

Monitoramento da biodiversidade por metabarcoding, Descrição: Extraordinárias reservas de ferro são encontradas na região amazônica, especificamente em Carajás, sob áreas ricas no mineral. Estas áreas são chamadas de Canga. A Canga é habitada por espécies de plantas ainda pouco conhecidas mas extremamente importantes em levantamentos de biodiversidade para fins de estabelecimento ou expansão de áreas de mineração. Desta forma, é extremamente importante que seja produzido conhecimento científico que gere uma sólida base para a tomada de decisões. Esta proposta expande atividades para incluir plantas de Canga em coleções científicas já em andamento. O objetivo deste projeto é gerar conhecimento genético de plantas de Canga e adicionar dados genômicos (cloroplasto e nuclear) sobre estas plantas. Vamos também avaliar o uso de metabarcoding que permite a análise de biodiversidade de forma maciça em um único teste. Como resultados poderemos ter um perfil de cada área de Canga, gerar perfis taxonômicos dos diversos ambientes e compará-los e estudar o fluxo de genes entre as populações. O material produzido constituirá um banco de DNA de inestimável valor para a empresa pois viabiliza auditorias e estudos adicionais no futuro. A digitalização da informação permitirá também a comparação entre áreas ou espécimes de maneira imediata. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (2) . , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Coordenador / RONNIE CLEY DE OLIVEIRA ALVES - Integrante / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante / CALDEIRA, CECÍLIO - Integrante.
2017 - 2020

Ferramentas genômicas para o estudo da biodiversidade na região de Carajás, Descrição: Uso de ferramentas genômicas e computacionais para o estudo da biodiversidade de Carajás. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (4) . , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Coordenador / RONNIE CLEY DE OLIVEIRA ALVES - Integrante / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante.
2017 - 2020

Biodiversidade em platôs de altitude da região de Carajás, Descrição: Bolsa de produtividade em pesquisa. Estudo da biodiversidade de Carajás com abordagens moleculares: DNA barcodes, metabarcodes, metagenômica, genômica e transcriptomica. Desenvolvimento de bancos de dados e ferramentas de bioinformática... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / OLIVEIRA, GUILHERME - Coordenador / Santelmo Vasconcelos - Integrante / RONNIE CLEY DE OLIVEIRA ALVES - Integrante / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante / VALADARES, RAFAEL - Integrante.
2017 - Atual

Cavidades 4.0, Descrição: O Brasil possui algumas das maiores reservas de minério de ferro do mundo. Como consequência também apresenta um grande potencial espeleológico em cavidades nessa litologia .As cavernas ferríferas abrigam uma fauna peculiar e merecedora de atenção especial. A caracterização da fauna de cavernas é mandatória para processos com vista a desenvolver ou expandir uma área de operação assim como para desenvolvimento de programas de consercação. Este projeto é focado em estudos genéticos de espécies que habitam esses ambinetes e são ditas sensíveis por serem raras, endêmicas ou novas. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / OLIVEIRA, GUILHERME - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Xavier Prous - Integrante / Thadeu Pietrobon - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Eder Soares Pires - Integrante / Rodolfo Jaffé - Integrante / José Augusto Pires Bitencourt - Integrante / ALVES, RONNIE - Integrante / DIAS, MARIANA - Integrante / Leonardo Carreira Trevelin - Integrante.
2015 - 2020

Códigos de barra de DNA para a classificação da fauna de invertebrados cavernícolas, Descrição: O estabelecimento ou expansão de atividades de mineração requerem um detalhado levantamento da fauna e flora que habitam as áreas de interesse. Especial atenção é dada a cavidades. As cavidades são habitats distintos em muitos casos colonizados por espécies que apresentam adaptações particulares, conhecidas como troglomórficas. Entre as espécies troglomórficas estão aquelas que habitam exclusivamente o ambiente cavernícola, os troglóbios. Os troglóbios merecem especial atenção, pois dentre outros atributos biológicos de cavernas, a existência de espécies endêmicas, raras ou ameaçadas é de especial interesse. Portanto, a determinação de quais espécies e se são troglomórficas ou troglóbias é de central interesse. Porém, a taxonomia de invertebrados de cavernas é um trabalho de difícil realização desde a sua captura até a classificação taxonômica. A classificação taxonômica é dificultada pelo pequeno número de taxonomistas clássicos existentes, o detalhado e demorado processo de uso de chaves de classificação, lacunas existentes no espaço taxonômico em estudo, poucos caracteres informativos na espécie em estudo, impossibilidade de caracterização de formas larvais ou jovens e o grande volume de espécimes a serem estudados, entre outros problemas. Com o objetivo de ajudar a diminuir os problemas apontados, novas abordagens têm sido propostas. O uso massivo de código de barras de DNA tem viabilizado o rápido levantamento da fauna e flora. O processo utiliza de pequenas regiões genômicas que permitem a distinção entre espécies. Hoje o banco mundial de códigos de barras (BOLD System) conta com mais de cinco milhões de entradas. O projeto proposto prevê o uso intenso das novas abordagens de base genética e digital para a descrição de espécies e as relações evolutivas entre elas. Iremos empregar códigos de barra de DNA intensamente para a descrição de espécimes coletados nas cavidades do Brasil com especial ênfase nas espécies da região de Carajás e nas de difícil classificação por métodos tradicionais. No conjunto os dados irão avançar significativamente o conhecimento sobre invertebrados que habitam cavernas no Brasil, contribuir com a precisão da descrição taxonômica, gerar conhecimento científico de alto valor e alinhado com as mais recentes abordagens e impactar no modo como levantamentos da biodiversidade são realizados e prover informações e metodologias objetivas para pesquisadores e stakeholders em projetos de mineração... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / CARVALHO, NELSON - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Xavier Prous - Integrante / Thadeu Pietrobon - Integrante / Iuri Brandi - Integrante / Robson Zampaulo - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Antonio Domingos Brescovit - Integrante / Leila Aparecida Souza - Integrante / Douglas Zeppelini Filho - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2015 - Atual

Genômica e Bioinformática aplicadas a estudos de invertebrados troglóbios e troglomórficos de cavernas ferruginosas (TrogloGen), Descrição: Projetos que fazem uso de recursos naturais requerem o levantamento da fauna da área pretendida. Especial atenção é dada a cavidades. As cavidades são habitats distintos em muitos casos colonizados por espécies que apresentam adaptações particulares, conhecidas como troglomórficas, que viabilizam a vida neste ambiente. Entre as espécies troglomórficas estão aquelas que habitam exclusivamente o ambiente cavenícola, os troglóbios. Os troglóbios merecem especial atenção, pois o estudo da biodiversidade representada por eles impacta diretamente as intenções de instalação ou expansão de novos negócios, caso as espécies sejam novas, raras ou endêmicas. O levantamento de troglóbios nos ambientes de interesse da empresa, tanto para exploração, quanto para a preservação é um trabalho árduo de captura dos espécimes seguido da difícil tarefa de classificação taxonômica. A classificação taxonômica é dificultada pelo pequeno número de taxonomistas clássicos existentes, o detalhado e demorado processo de uso de chaves de classificação, lacunas existentes no espaço taxonômico em estudo, poucos caracteres informativos na espécie em estudo, impossibilidade de caracterização de formas larvais ou jovens e o grande volume de espécimes a serem estudados, entre outros problemas. Com o objetivo de ajudar a diminuir os problemas apontados, novas abordagens têm sido propostas. O uso massivo de código de barras de DNA tem viabilizado o rápido levantamento da fauna e flora. O processo utiliza de pequenas regiões genômicas que permitem a distinção entre espécies. Hoje o banco mundial de códigos de barras (BOLD System) conta com mais de cinco milhões de entradas. O uso de códigos de barra de DNA e taxonomia clássica recentemente foi utilizado para a descrição de um grande número de espécies em um único esforço. Esta abordagem foi chamada de turbo taxonomy. Em alguns casos uma maior resolução da taxonomia de espécies de interesse, e estudos evolucionários mais detalhados, requerem maior resolução que é obtida com tecnologias genômicas. O estudo dos genomas mitocondriais e nucleares permitem avanços na compreensão dos processos evolutivos das espécies que até recentemente não poderiam ser abordados. Além disso, a biologia atravessa uma fase de transição em que avanços significativos são obtidos com o uso massivo de dados digitais. No caso de descrição das relações entre espécies os dados são morfológicos (imagens) e genéticos (genomas e perfil de expressão dos genes, transcriptomas). O conjunto de dados, agregados à descrição de espécies descreve um cibertipo. A disponibilização de dados em bancos públicos possibilita ainda que pesquisadores de todo o mundo agreguem informações aos cibertipos. As novas abordagens que fazem uso massivo de dados genéticos e digitais revelam um novo paradigma para a biologia. O projeto proposto prevê o uso intenso das novas abordagens de base genética e digital para a descrição de espécies e as relações evolutivas entre elas. Iremos empregar códigos de barra de DNA intensamente para a descrição de espécimes coletados nas cavidades. Além disso, iremos fazer uma análise detalhada dos troglóbios mais sensíveis para a operação da empresa: selecionados gêneros das ordens Coleoptera e Isopoda. Os estudos mais profundos serão realizados com o sequenciamento dos genomas mitocondriais de 24 espécies (ou morfotipos) e de quatro genomas e transcriptomas de espécies descritas e quatro outros de espécies próximas mas não descritas. No conjunto os dados irão avançar significativamente o conhecimento sobre troglóbios de interesse da Vale, contribuir com a precisão da descrição taxonômica, gerar conhecimento científico de alto valor e alinhado com as mais recentes abordagens e impactar no modo como levantamentos da biodiversidade são realizados e prover informações e metodologias objetivas para auxílio na tomada de decisão.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / ÑANCUCHEO, IVAN - Integrante / CARVALHO, NELSON - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Thadeu Pietrobon - Integrante / Iuri Brandi - Integrante / Robson Zampaulo - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante / Mariane Ribeiro - Integrante., Financiador(es): Vale S.A. - Auxílio financeiro.
2015 - Atual

Tecnologia genômica e bioinformática para o estudo de biodiversidade de plantas na Canga, Descrição: Extraordinárias reservas de ferro são encontradas na região amazônica, especificamente em Carajás, sob áreas ricas no mineral. Estas áreas são chamadas de Canga. A Canga é habitada por espécies de plantas ainda pouco conhecidas mas extremamente importantes em levantamentos de biodiversidade para fins de estabelecimento ou expansão de áreas de mineração. Desta forma, é extremamente importante que seja produzido conhecimento científico que gere uma sólida base para a tomada de decisões. Esta proposta expande atividades para incluir plantas de Canga em coleções científicas já em andamento. O objetivo deste projeto é gerar conhecimento genético de plantas de Canga e adicionar dados genômicos (cloroplasto e nuclear) sobre estas plantas. Vamos também avaliar o uso de metabarcoding que permite a análise de biodiversidade de forma maciça em um único teste. Como resultados poderemos ter um perfil de cada área de Canga, gerar perfis taxonômicos dos diversos ambientes e compará-los e estudar o fluxo de genes entre as populações. O material produzido constituirá um banco de DNA de inestimável valor para a empresa pois viabiliza auditorias e estudos adicionais no futuro. A digitalização da informação permitirá também a comparação entre áreas ou espécimes de maneira imediata. Será também produzido, ao final do projeto um manual sobre a produção e uso dos dados de forma a subsidiar as atividades de prospecção ambiental da empresa... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / ÑANCUCHEO, IVAN - Integrante / OLIVEIRA, RENATO - Integrante / CARVALHO, NELSON - Integrante / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante / Bruno Simões - Integrante / Vera Imperatriz Fonseca - Integrante / Tereza Cristina Giannini - Integrante / Ana Giulietti - Integrante / Rodolfo Jaffé - Integrante / Carla Lima - Integrante., Financiador(es): Vale S.A. - Auxílio financeiro.
2015 - Atual

Deciphering Amazon endemic plants with omics tools. Utilizing Bioinformatics for faster description of endemic plant species., Descrição: The focus of the activities is in genomic studies of Amazonian plants. The Amazon is well known for its enormous biodiversity¬. We are, however, currently facing globally a situation where the rate of species extinction is higher than that of new species description. The description of new species traditionally requires close and lengthy studies by taxonomists which is currently not in agreement with the need to describe the existing biodiversity. This situation is known as taxonomic impediment. To contribute to revert this situation, researchers have added the heavy use of molecular tools such as DNA barcodes, mitochondrial and chloroplast genome sequencing and transcriptomics and genomics. This project aims at the implementation of streamlined genomics and bioinformatics tools for the description of new plant species in the Amazon. We will have workshops to disseminate best practices and provide training and decide on best practices for bioinformatics analysis, implement analysis pipelines and test these pipelines in selected examples... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / Santelmo Vasconcelos - Integrante / Rafael Borges Valadares - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante / Larissa Lopes Silva - Integrante / Bent Petersen - Integrante / Thomas Sicheritz-‐Pontén - Integrante / Tom Gilbert - Integrante / Birger Lindberg Møller - Integrante., Financiador(es): Danish Agency for Science, Technology and Innovation - Auxílio financeiro.
2011 - 2013

CIG-Centro Interdisciplinar de Genotipagem, Descrição: Este projeto visa o desenvolvimento e a validação de um sistema integrado de genotipagem de protozoários patogênicos, usando uma abordagem interdisciplinar envolvendo metodologias de biologia molecular (PCR multiplex e sequenciamento), bioinformática (análises de evolução e filogenia molecular) e ciências da informação e computação (tecnologias de bancos de dados, ontologias, metadados, workflows científicos e serviços web).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / Alberto Martin Rivera Dávila - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2009 - Atual

Diversidade microbiana na filosofia e solo da Mata Atlântica, Descrição: Em trabalhos anteriores desenvolvidos em nosso laboratório foi observado que diferentes espécies vegetais selecionam comunidades bacterianas distintas, e que cada espécie vegetal pode abrigar um número apreciável de espécies bacterianas desconhecidas na filosfera. Nossa estimativa é de que a Mata Atlântica possa conter entre 2 e 13 milhões de novas espécies bacterianas somente na filosfera. Em outro trabalho desenvolvido em uma parcela permanente de 10 ha no Parque Estadual de Carlos Botelho foi observado que as estruturas das comunidades bacterianas da filosfera de plantas mais próximas filogeneticamente são mais similares entre si do que as estruturas das comunidades de plantas mais distantes filogeneticamente. Outro dado interessante é que, mesmo considerando-se a variabilidade espacial da estrutura das comunidades de bactérias da filosfera de plantas da mesma espécie localizadas em diferentes posições geográficas na parcela permanente, essa variação é menor do que aquela observada entre indivíduos de espécies diferentes. Esses dados sugerem que as populações bacterianas na filosfera são selecionadas pela espécie vegetal, e que cada espécie vegetal possui uma comunidade bacteriana única na filosfera. A análise das comunidades bacterianas associadas à casca das mesmas espécies arbóreas revelou menor riqueza de espécies, com dominância de poucos gêneros, quando comparado à filosfera, e uma estrutura de comunidade igualmente determinada pela espécie vegetal. Já, o solo sob a copa das árvores amostradas apresentou comunidades bacterianas com maior riqueza de espécies, em relação à filosfera e casca, mas menor variabilidade espacial na floresta e menor dependência em relação à espécie vegetal sob a copa da qual a amostra foi coletada. No geral, esses dados apontam para um novo paradigma na ecologia microbiana: a diversidade microbiana associada às superfícies das plantas pode ser tão elevada quanto aquela observada no solo, considerado o ambiente com maior diversidade. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Integrante / Crowley, David - Integrante / Marcio Rodrigues Lambais - Coordenador / Marli de Fatima Fiori - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2001 - 2002

Agronomical & environmental genomics, Descrição: Este projeto ?Agronomical & Environmental Genomes?, dentro do programa ONSA-FAPESP, visa sequenciar vários micro-organismos de importância na agricultura e meio ambiente durante o período de 2 anos. Inicialmente estão previstos o sequenciamento de dois patógenos de planta: Xylella fast. da uva, e Leifsonia xyli subsp. xyli da cana-de-açúcar. (AU). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gisele Lopes Nunes - Coordenador / Rachel Gomes Balan - Integrante / Luiz Lehmann Coutinho - Integrante.

Prêmios

2018

Prêmio MAIS Bio, Vale.

2016

Bolsista destaque, Instituto Tecnológico Vale.

2008

Diversidade genética bacteriana na filosfera de cana-de-açúcar e plantas nativas da Mata Atântica, ENAMA-Universidade Federal do Ceará.

Histórico profissional

Endereço profissional

Instituto Tecnológico Vale. , Rua Boaventura da Silva, 955, Nazaré, 66055090 - Belém, PA - Brasil, Telefone: (91) 32135400, URL da Homepage:

Experiência profissional

2021 - Atual

Universitetet i Oslo

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2018 - 2021

European Bioinformatics Institute

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2015 - 2018

Associacao Instituto Tecnologico Vale - Itv

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós doutorado, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Pós doutoramento em Bioinformática. Atualmente trabalho com análise de dados genéticos e metagenômicos

2011 - 2013

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Pós doutoramento em Biologia Computacional e Sistemas pelo programa CAPES-PNPD. Durante este período trabalhou com anotação de genoma, análise de dados metagenômicos (NSG) e genotipagem.

Atividades

05/2011 - 05/2013
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto Oswaldo Cruz.,Linhas de pesquisa

2007 - 2011

Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz"

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 50, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Doutorado em Ciências (Área de concentração em Microbiologia Agrícola) pela ESALQ-USP. Bolsista CNPQ

2004 - 2007

Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz"

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrado, Carga horária: 50, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Mestrado em Agronomia (Área de concentração em Microbiologia Agrícola) pela ESALQ-USP. Bolsista CAPES

2000 - 2002

Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz"

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsita de treinamento técnico Fapesp, Carga horária: 20

Outras informações:
Participação nos projetos genomas-FAPESP da Xanthomonas, Leifsonia xyli, Leptospira interrogans, Eucalipto e Bovino

Atividades

08/2004 - 01/2007
Pesquisa e desenvolvimento, ESALQ-USP.,Linhas de pesquisa

2003 - 2003

Escola Estadual Dr Jorge Coury

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor ACT, Carga horária: 40

Outras informações:
Professor de Biologia (Ensino Médio), Ciências (Ensino Fundamental)

2018 - Atual

Instituto Tecnológico Vale

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Assistente A, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

01/2019
Ensino, Mestrado profissional em Uso sustentável de recursos naturais em regiões tr, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Genômica e Bioinformática, Montagem e Anotação de Genomas Plastidiais e Mitocondriais, Microbiologia Ambiental
10/2018
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto Tecnológico Vale.,Linhas de pesquisa