Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• OLIVEIRA, SIMONE G. DE ; JARDIM, Rodrigo ; KOTOWSKI, NELSON ; DÁVILA, ALBERTO M. R. ; SAMPAIO-FILHO, HÉLIO R. ; RUIZ, KARINA G. S. ; AGUIAR, FLÁVIO H. B. . The Dentin Microbiome: A Metatranscriptomic Evaluation of Caries-Associated Bacteria. Biomedicines , v. 13, p. 583, 2025.

• OLIVEIRA, SIMONE G. ; JARDIM, Rodrigo ; KOTOWSKI, NELSON ; DÁVILA, ALBERTO M.R. ; SAMPAIO-FILHO, HÉLIO R. ; RUIZ, KARINA G.S. ; AGUIAR, FLÁVIO H.B. . Differential expression reveals inflammatory response and oxidative stress genes in dentin caries. ARCHIVES OF ORAL BIOLOGY , v. 175, p. 106274, 2025.

• MORIYA, JÉSSICA CRISTINE K. ; SUNIGA, PAULA ADAS P. ; ARAÚJO, ANA CLARA L. ; SANTOS, MARIA GORETTI ; RIEGER, JULIANA S. G. ; MANTOVANI, CYNTHIA ; JARDIM, Rodrigo ; SILVA, MÁRCIO ROBERTO ; ARAÚJO, FLÁBIO R. ; SANTOS, LENITA R. . Detection of Burkholderia mallei in Microbiological Culture: A Comparative Analysis of PCR Primer Sets. PATHOGENS , v. 14, p. 766, 2025.

• SANTOS, ALANNA CALHEIROS ; COSTA, VANESSA DUARTE DA ; SILVA, LUCAS LIMA DA ; MIGUEL, JULIANA CUSTÓDIO ; JARDIM, Rodrigo ; DÁVILA, ALBERTO MARTÍN RIVERA ; PAULA, VANESSA SALETE DE ; MELGAÇO, JULIANA GIL ; LAGO, BARBARA VIEIRA DO ; VILLAR, LIVIA MELO . SARS-CoV-2 and dialysis: humoral response, clinical and laboratory impacts before vaccination. Brazilian Journal of Infectious Diseases , v. 28, p. 103735, 2024.

• DE OLIVEIRA, ANDRÉ R. ; DE TOLEDO RÓS, BÁRBARA ; JARDIM, Rodrigo ; KOTOWSKI, NELSON ; DE BARROS, ADRIANA ; PEREIRA, RICARDO H. G. ; ALMEIDA, NALVO FRANCO ; DÁVILA, ALBERTO M. R. . A comparative genomics study of the microbiome and freshwater resistome in Southern Pantanal. Frontiers in Genetics , v. 15, p. 1352801, 2024.

• LUZ, K. G. ; BEZERRA, F. R. ; SICOLO, M. A. ; SILVA, A. A. ; EGITO, A. A. ; SUNIGA, P. A. ; MORIYA, J. C. ; SANTOS, M. G. ; MANTOVANI, C. ; SILVA, J. S. ; ALMEIDA, NALVO FRANCO ; GUIMARAES, A. M. S. ; Dávila, A. M. R. ; JARDIM, R ; SANTOS, L. R. ; ARAUJO, F. R. . Clinical and Molecular Characterization of HumanBurkholderia malleiInfection, Brazil. EMERGING INFECTIOUS DISEASES (ONLINE) , v. 30, p. 2400, 2024.

• DE OLIVEIRA, SIMONE GOMES ; KOTOWSKI, NELSON ; SAMPAIO-FILHO, HELIO RODRIGUES ; AGUIAR, FLÁVIO HENRIQUE BAGGIO ; DÁVILA, ALBERTO MARTÍN RIVERA ; JARDIM, Rodrigo . Metalloproteinases in Restorative Dentistry: An In Silico Study toward an Ideal Animal Model. Biomedicines , v. 11, p. 3042, 2023.

• Feijoó, Matheus Pedra Puime ; JARDIM, Rodrigo ; D, SERGIO MANUEL SERRA ; CRUZ, A ; CAMPOS, MARIA LUIZA MACHADO . Nano-PROV: FAIRification workflow for generating nanopublications based on provenance and semantic enrichment. INTERNATIONAL JOURNAL OF METADATA, SEMANTICS AND ONTOLOGIES (PRINT) , v. 16, p. 138-151, 2023.

• SOTERO-MARTINS, ADRIANA ; MOURA, PRISCILA GONÇALVES ; CARVAJAL, ELVIRA ; ALMEIDA, THIAGO CORRÊA DE ; FONSECA, RODRIGO JARDIM MONTEIRO ; KOTOWSKI-FILHO, NELSON PEIXOTO . Identificação de cianobactérias na Lagoa Salgada por abordagem metagenômica, Rio de Janeiro, Brasil. Acta Brasiliensis , v. 6, p. 1, 2022.

• DA COSTA, VANESSA DUARTE ; WIGGERS, WILIAN JEAN ; IVANTES, CLAUDIA ALEXANDRA PONTES ; DA FONSECA, RODRIGO JARDIM MONTEIRO ; DÁVILA, ALBERTO MARTÍN RIVERA ; MOREIRA, OTACILIO C. ; FERREIRA, BEATRIZ IANDRA DA SILVA ; DE PAULA, VANESSA SALETE ; DA SILVA, LUCAS LIMA ; SANTOS, ALANNA CALHEIROS ; VILLAR, LIVIA MELO . Characteristics of COVID-19 Infection in a Hospitalized Autoimmune Hepatitis Patient. PATHOGENS , v. 11, p. 1054, 2022.

• CARRAMASCHI, ISABEL N. ; DOS S. B. FERREIRA, VÍTOR ; CHAGAS, THIAGO P.G. ; CORRÊA, LAIS L. ; PICÃO, RENATA C. ; DE C. QUEIROZ, MARGARETH M. ; RANGEL, KARYNE ; JARDIM, Rodrigo ; DA MOTA, FABIO F. ; ZAHNER, VIVIANE . Multidrug-resistant Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae carrying blaNDM-blaCTX-M15 isolated from flies in Rio de Janeiro, Brazil. Journal of Global Antimicrobial Resistance , v. 24, p. 1-5, 2021.

• OLIVEIRA, SIMONE G. ; NISHIYAMA, RAFAELA R. ; TRIGO, CLAUDIO A. C. ; MATTOS-GUARALDI, ANA LUIZA ; DÁVILA, ALBERTO M. R. ; JARDIM, Rodrigo ; AGUIAR, FLAVIO H. B. . Core of the saliva microbiome: an analysis of the MG-RAST data. BMC Oral Health , v. 21, p. 351, 2021.

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• FEIJOO, M. P. P. ; JARDIM, R ; CRUZ, S. M. S. ; Campos, M. L. M. . GAP: Enhancing Semantic Interoperability of Genomic Datasets and Provenance Through Nanopublications. COMMUNICATIONS IN COMPUTER AND INFORMATION SCIENCE (PRINT) , v. 1, p. 336, 2021.

• LIMA, LETÍCIA FERREIRA ; TORRES, ANDRÉ QUINTANILHA ; JARDIM, Rodrigo ; MESQUITA, RAFAEL DIAS ; SCHAMA, RENATA . Evolution of Toll, Spatzle and MyD88 in insects: the problem of the Diptera bias. BMC GENOMICS , v. 22, p. 1, 2021.

• SOTERO-MARTINS, ADRIANA ; FERRÃO-FILHO, ALOYSIO DA SILVA ; SANTOS, JOSÉ AUGUSTO ALBUQUERQUE DOS ; MOURA, PRISCILA GONÇALVES ; HANDAM, NATASHA BERENDONK ; KOTOWSKI-FILHO, NELSON PEIXOTO ; FONSECA, RODRIGO JARDIM MONTEIRO DA ; CARVAJAL, ELVIRA . Quality of raw water in the Guandu Basin of Rio de Janeiro state during water crisis of 2020. Revista Ambiente e Agua , v. 16, p. 1, 2021.

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• MOURA, PRISCILA GONÇALVES ; ARANHA, FELIPE NICOLAU ; HANDAM, NATASHA BERENDONK ; MARTIN, LUIS EDUARDO ; SALLES, MARIA JOSÉ ; CARVAJAL, ELVIRA ; JARDIM, Rodrigo ; SOTERO-MARTINS, ADRIANA . Água de reúso: uma alternativa sustentável para o Brasil. ENGENHARIA SANITÁRIA E AMBIENTAL (ONLINE) , v. 25, p. 791-808, 2020.

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• DAVILA, ALBERTO ; TSCHOEKE, DIOGO ; NUNES, GISELE ; JARDIM, Rodrigo ; LIMA, JOANA ; DUMARESQ, ALINE ; GOMES, MONETE ; DE MATTOS PEREIRA, LEANDRO ; LOUREIRO, DANIEL ; STOCO, PATRICIA ; DE MATOS GUEDES, HERBERT ; DE MIRANDA, ANTONIO ; RUIZ, JERONIMO ; PITALUGA, ANDRÉ ; SILVA, FLORIANO ; PROBST, CHRISTIAN ; DICKENS, NICHOLAS ; MOTTRAM, JEREMY ; GRISARD, EDMUNDO . The Comparative Genomics and Phylogenomics of Leishmania amazonensis Parasite. Evolutionary Bioinformatics Online , v. 10, p. 131, 2014.

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• Feijoó, Matheus Pedra Puime ; JARDIM, Rodrigo ; da Cruz, Sergio Manuel S. ; CAMPOS, MARIA LUIZA M. . Evaluating FAIRness of Genomic Databases. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2020, v. , p. 128-137.

• FEIJOO, M. P. P. ; MARROQUIM, R. ; PAIVA, A. ; SANTOS, C. P. ; CUNHA, R. ; Jardim, R. ; CRUZ, S. M. S. . Análise Comportamental Apoiada em Vídeo Rastreamento. In: VI ESCOLA REGIONAL DE SISTEMAS DE INFORMAÇÃO DO RIO DE JANEIRO, 2020, Duque de Caxias. ANAIS DA VI ESCOLA REGIONAL DE SISTEMAS DE INFORMAÇÃO DO RIO DE JANEIRO. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2020.

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• JARDIM, Rodrigo ; Tschoeke, D. ; CUADRAT, R. ; Campos, M. L. M. ; JUNIOR, F. P. S. ; PROBST, C. M. ; CAVALCANTI, M. C. R. ; GRISARD, E. C. ; Dávila, A. M. R. . PROTOZOADB 2.0: A DEDICATED DATABASE FOR STORAGE AND ANALYSIS OF PROTOZOAN GENOMES. In: XXVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2011, Foz de Iguaçu. XXVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2011.

• Tschoeke, D. ; JARDIM, Rodrigo ; CUADRAT, R. ; COUTINHO, F. ; MATOSO, M. ; Dávila, A. M. R. . Comparative Genomics of Twenty-two Pathogenic Protozoa. In: XXVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2011, Foz de Iguaçu. XXVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2011.

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• JARDIM, Rodrigo ; Dávila, A. M. R. ; Campos, M. L. M. . Towards a web service infrastructure for a genomic pipeline and database on Protozoans. In: International Workshop on Genomic Databases IWGD'10, 2010, Búzios. International Workshop on Genomic Databases IWGD'10, 2010.

• Rona, L. D. P. ; JARDIM, Rodrigo ; Dávila, A. M. R. . Pipeline for Evolutionary Data ReconstructiOn (PEDRO). In: International Workshop on Genomic Databases IWGD'10, 2010, Búzios. International Workshop on Genomic Databases IWGD'10, 2010.

• MOTA, Guilherme Lucio Abelha ; AGUIAR, Rafael Alves ; BRITO, Jorge Luis Nunes e Silva ; RIBEIRO, João Araújo ; BERNARDO FILHO, Orlando ; BADOLATO, I. S. ; JARDIM, R ; BORBA, R. L. R. . E-Foto: Um commons educacional destinado a fotogrametria digital. In: Workshop de Software Livre, 2009, Porto Alegre. Anais da X WSL, 2009.

• MOTA, Guilherme Lucio Abelha ; RIBEIRO, João Araújo ; BRITO, Jorge Luis Nunes e Silva ; BORBA, R. L. R. ; JARDIM, Rodrigo ; COELHO FILHO, Luiz Carlos Teixeira ; AGUIAR, Rafael Alves ; BADOLATO, I. S. . E-Foto project and the research to implement a GNU/GPL opensource educational digital photogrammetric workstation. In: Internacional Opensource Geospacial Research Symposium, 2009, Nantes. OGRS 2009 - Abstract proceedings, 2009.

• MOTA, Guilherme Lucio Abelha ; SANTOS, N. ; BRITO, Jorge Luis Nunes e Silva ; RIBEIRO, João Araújo ; BERNARDO FILHO, Orlando ; SANTOS, E. M. ; JARDIM, Rodrigo ; BORBA, R. L. R. . A Estação Fotogramétrica Digital educacional livre E-FOTO e seu impacto na formação de recursos humanos. In: XIV Simpósio Brasileiro de Sensoriamento Remoto, 2009, Natal. Anais do XIV Simpósio Brasileiro de Sensoriamento Remoto, 2009.

• OCAÑA, KARY ACS ; F da Silva ; Jardim, R. ; Dávila, A. M. R. . ARPA: AUTOMATIC RECONSTRUCTION OF PHYLOGENOMIC ANALYSIS. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2009, Angra dos Reis. 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2009.

• JARDIM, Rodrigo ; Pablo N. Mendes ; Dávila, A. M. R. ; Sheth, A. P. . International Workshop on Genomic Databases IWGD'10. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• JARDIM, Rodrigo ; BRITO, Jorge Luis Nunes e Silva ; BERNARDO FILHO, Orlando ; MOTA, Guilherme Lucio Abelha . Projeto E-Foto: Estação de Fotogrametria Digital. 2007. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• Jardim, R. . Estudo de reposicionamento de fármacos para doenças negligenciadas causadas por protozoários através da integração de bases de dados biológicas usando Web Semântica 2013 (Tese).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Microbioma da matéria escura, Descrição: Estudo da matéria escura do microbioma intestinal em cânceres.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca - Coordenador / Rebeca Marinho - Integrante.

• 2019 - Atual

  Metatranscriptoma dentinário - estudo das metaloproteinases (MMPs) e seus inibidores, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Simone Gomes de Oliveira em 16/08/2021., Descrição: A importância da ação das enzimas matriz metaloproteinases (MMPs) no substrato dentinário e seu impacto na qualidade adesiva tem sido objeto de estudo nas últimas décadas. No entanto, a caracterização de sua expressão em condições comumente observadas na clínica odontológica ainda não foi investigada. O objetivo deste projeto é estudar a expressão diferencial de MMPs, seus inibidores teciduais (TIMPs) e de proteases bacterianas por metatranscriptômica de dentes hígidos, com lesões cariosas e tratados endodonticamente de adultos acima de 50 anos e adultos jovens (entre 18 a 24 anos). Para isso, será realizado o isolamento, a quantificação e o sequenciamento do RNA da polpa, pré-dentina e dentina de 14 grupos (n=5), seguido da avaliação da qualidade do sequenciamento e limpeza e remoção de adaptadores. As sequências de RNAs de MMPs e TIMPs serão identificadas quanto à similaridade. Serão realizadas a clusterização por Unidade Taxonômica Operacional (OTU?s) e as análises de riqueza, abundância e diversidade, de expressão diferencial das enzimas e a análise funcional dos genes transcritos. Os resultados esperados visam identificar e caracterizar a expressão das MMPs e seus inibidores em condições observadas na clínica odontológica, contribuindo para apontar estratégias capazes de minimizar a degradação promovida pelas MMPs.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca - Integrante / Simone Gomes de Oliveira - Coordenador / Flávio Costa dos Santos - Integrante / Alberto Martin Rivera Dávila - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2015 - 2024

  From Comparative genomics to Phylogenomics: uncovering the genomic complexity and evolutionary adaptations of twenty species of protozoa, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Maria Luiza Machado Campos em 06/08/2017., Descrição: The proposal aims to study the evolutionary relationships of Protozoa of Tropical Neglected Diseases, using the phylogenomic approach on 20 Kinetoplastid and Diplomonad genomes of basal kinetoplastid lineages such as Endotrypanum, Herpetomonas, Trypanosoma desterrensis, Trypanoplasma and Azumiobodo hoyamushi and diplomonads including other Giardinae, Hexamitinae and Retortaminidae. It also aims to infer the evolutionary relationships (Phylome) of all proteins of the genomes of these species. Objectives can be highlighted as follows:1) Use Illumina sequencer (HiSEQ 2500) available at Fiocruz (Brazil) andPacific Biosciences RS single molecule sequencer (PacBio) available at TGAC (UK) to sequence the genomes of the above-mentioned Kinetoplastida.2) Undertake RNAseq for each species facilitating semi-automatic (re)annotations (based on phylogenetic similarity and not only on the genomes of Protozoa) 3) Infer the genomic complexity and the evolutionary adaptations for parasitic lifestyle. 4) Establish sustainable collaborations between UK and Brazilian researchers that will lead to publications of the investigations.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca - Integrante / Alberto Martin Rivera Dávila - Integrante / Sergio Manuel Serra da Cruz - Integrante / CAMPOS, MARIA LUIZA M. - Coordenador / Matt Clark - Integrante / Kevin Tyler - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

• 2007 - 2013

  Identificação e análise de alvos para desenvolvimento de fármacos e diagnósticos usando uma abordagem integrada de biologia de sistemas, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alberto Martín Rivera Dávila em 26/08/2013., Descrição: Identificação e análise de alvos para desenvolvimento de fármacos e diagnósticos usando uma abordagem integrada de biologia de sistemas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca - Integrante / Alberto Martin Rivera Dávila - Coordenador.

• 2005 - 2008

  Projeto e-Foto - Fotogrametria Digital, Descrição: Desenvolvimento de uma Estação Fotogramétrica Educacional gratuita. A idéia por trás do projeto e-foto é oferecer um conjunto simples de programas que possam ajudar os estudantes a compreenderem os princípios por trás da Fotogrametria. O projeto é baseado em dois princípios (pilares): liberdade e auto-aprendizado. A idéia final é levar os estudantes a entender por completo os princípios por trás da Fotogrametria - lendo o e-book, usando os programas, observando seu código fonte e até mesmo modificando-o, ou desenvolvendo novos módulos sobre ele.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca - Integrante / Jorge Luís Nunes e Silva Brito - Coordenador / Orlando Bernardo Filho - Integrante / Luiz Carlos Teixeira Coelho Filho - Integrante / João Araújo Ribeiro - Integrante / Guilherme Lúcio Abelha Mota - Integrante / Marcelo Teixeira Silveira - Integrante / Francisco José da Cunha Silveira - Integrante / Flávio Costa dos Santos - Integrante / Francisco José Sepúlveda Fernández - Integrante / Rodrigo Ernesto Araya Araya - Integrante / Rafael Paz Silva - Integrante / Adriana Braga da Silva - Integrante / Gustavo Jales Sokal - Integrante / Maria Elisabeth Nascimento da Silva - Integrante., Financiador(es): Instituto Militar de Engenharia - Cooperação / Universidade do Estado do Rio de Janeiro - Remuneração / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2

• 1998 - 1998

  Bioindicadores Ambientais - Ilha Grande, Rio de Janeiro, Descrição: Levantamento de dípteros sinantrópicos existentes em localidade da Ilha Grande avaliando seus respectivos potenciais na função de indicadores biológicos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca - Integrante / Simone Gomes de Oliveira - Integrante / Josimar Ribeiro de Almeida - Coordenador., Financiador(es): Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Universidade do Estado do Rio de Janeiro - Remuneração.

Prêmios