Marissa Lima

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Projetos de pesquisa

• 2021 - Atual

  Vigilância, análise temporal e epidemiologia espacial de variantes de preocupação do Sars-CoV-2 no município de São Paulo, Descrição: A disponibilidade de técnicas de sequenciamento de genoma viral e projeções por meio de modelos matemáticos, estatísticos e computacionais permitem acompanhar a emergência e disseminação de doenças infecciosas em escala local e global. Desde o primeiro caso confirmado de infecção pelo SARS-CoV-2, essas técnicas e análises são responsáveis por um monitoramento ativo e contínuo da evolução epidemiológica na população humana. Essas projeções dependem diretamente da vigilância epidemiológica e clínica com dados reais de casos confirmados e genomas sequenciados. Em especial, no caso do SARS-CoV-2 o surgimento e disseminação das chamadas "variantes de preocupação" demandam uma vigilância ativa, principalmente em áreas de alta densidade populacional como é o caso do município de São Paulo. Diferentes análises tem demonstrado que essas variantes podem ter maior transmissibilidade, virulência e letalidade do que a linhagem original do SARS-CoV-2. Por exemplo, para a variante Gamma, identificada originalmente no Amazonas, há dados e simulações que sugerem que sua transmissibilidade seja mais do que duas vezes maior e com maior possibilidade de reinfecção, resultando em uma demanda hospitalar sem precedentes como a ocorrida em Manaus. Além dessa, outras variantes que possam surgir ou serem recebidas em municípios como São Paulo podem ser disseminadas para todo o território brasileiro facilmente. Por meio da genotipagem e sequenciamento de amostras representativas distribuídas pelas Coordenadorias Regionais de Saúde do município de São Paulo é possível georreferenciar os casos construindo mapas de calor para identificar os padrões espaciais de emergência, fazendo um acompanhamento em tempo real dos dados de vigilância epidemiológica e classificando-os em um banco de dados discriminado por regiões do município. Com a construção de modelos compartimentais e estruturados por idade é possível utilizar modelos matemáticos de disseminação de doenças infecciosas que levem em conta a demografia, os padrões sociais de contato e a mobilidade humana para simular o comportamento espaço-temporal futuro das variantes de preocupação. A análise de séries temporais e projeções por meio desses dados servem para nortear ações em saúde pública, sendo possível desenvolver um sistema robusto de coleta, análise e vigilância epidemiológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marissa Lima - Integrante / Amanda Miyuki Hidifira - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Coordenador / Wesley Francis Costa Cota - Integrante / Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza - Integrante / Pâmela dos Santos Andrade - Integrante / Bianca Costa Silva - Integrante / Raissa Heloisa de Araujo Eliodoro - Integrante.

• 2021 - Atual

  CADDE-Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus, Descrição: Recentemente, o Brasil tem sido afetado por epidemias de arbovírus inesperadas de vírus Zika, Chikungunya, dengue e febre amarela. O enorme ônus econômico do Zika (R $ 1 bilhão) e a presença generalizada de vetores de mosquitos no Brasil destacam a necessidade de previsões precisas da disseminação de doenças, particularmente em regiões grandes e densamente povoadas. Esta Parceria Reino Unido-Brasil irá melhorar e expandir uma excelente colaboração existente, com o objetivo de antecipar e prevenir futuras epidemias de arbovírus no Brasil. Nossas questões de pesquisa incluem: 1) Quais arboviros circulam em humanos, mosquitos e populações de reservatórios no Brasil? 2) Onde e como os arbovírus persistem durante períodos não epidêmicos? 3) Quais são as implicações da diversidade genética dos arbovírus circulantes? 4) Que fatores convertem uma nova introdução em populações humanas em uma epidemia e qual a melhor forma de responder? A vigilância ativa em vetores e reservatórios será combinada com pesquisas de soroprevalência em doadores de sangue para caracterizar a dinâmica arboviral, a genômica, a transmissão e a imunidade. Novos protocolos de sequenciamento de genoma portátil e análises epidemiológicas em tempo real serão realizados para arbovírus relevantes. A unificação das informações em genômica e epidemiologia fortalecerá a base de evidências para ações de saúde pública e fortalecerá a capacidade do sistema de saúde brasileiro em resposta a doenças arbovirais emergentes... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marissa Lima - Integrante / Amanda Miyuki Hidifira - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Coordenador / Pâmela dos Santos Andrade - Integrante / Bianca Costa Silva - Integrante / Raissa Heloisa de Araujo Eliodoro - Integrante / Camila Alves Maia da Silva - Integrante / Lucas Augusto Moyses - Integrante / Jaqueline Goes de Jesus - Integrante / Ingra Morales Claro - Integrante / NUNO FARIA - Integrante.

• 2021 - Atual

  Unifying COVID-19 Genomics, Serology and Epidemiology in Brazil (COSERGE), Descrição: To accelerate national research, identify groups at risk, and optimize vaccine allocation in most vulnerable groups, we propose establishing a research programme focused on accelerating generation, analysis and sharing of paired genomic, serological and epidemiological data. Notably, this strategy will help to monitor the emergence of novel VOC that have the potential to derail vaccine plans. Our proposal will strengthen the use of science in improving public health by using genomic surveillance, and will enhance the capacity of Brazil's healthcare system to respond to ongoing and forthcoming pandemics. The COSERGE Project proposes to cover three main objectives: (1) Development of a unified model to jointly analyse genomic, epidemiological and serological data, both retrospective and in real-time, using coalescent and birth-death phylogenetic analyses and multi-category mathematical modelling approaches. These models will rapidly estimate VOC transmissibility, immune escape and disease severity across study sites; (2) Implementation of harmonized sequencing protocols and bioinformatic pipelines via MRC-Climb and MAJORA platforms used by CoG-UK through capacity-building and technology-transfer initiatives. This will generate representative genomic datasets from well characterized residual samples from study sites across the country; (3) Transparent curated data sharing in real-time through dedicated platforms (GitHub, GISAID, NCBI) to ensure the maximum benefit of the previous objectives (1-2), with the aim to improve preparedness of the Latin American healthcare systems to future pandemics... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marissa Lima - Integrante / Amanda Miyuki Hidifira - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Coordenador / Bianca Costa Silva - Integrante / Raissa Heloisa de Araujo Eliodoro - Integrante / Camila Alves Maia da Silva - Integrante / Lucas Augusto Moyses - Integrante / Jaqueline Goes de Jesus - Integrante / Ingra Morales Claro - Integrante.

• 2019 - 2020

  '' Caracterização fenotípica de espécies bacterianas isoladas de cães atendidos no hospital veterinário da Universidade Santo Amaro.'', Descrição: Trabalho de pesquisa realizado com orientação da Professora Dra. Denise Yamamoto. A pesquise teve como principal fundamento a busca pela resistência das bactérias isoladas aos antimicrobianos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Marissa Lima - Integrante / Denise Yamamoto - Coordenador / Edilson Junior - Integrante.

• 2018 - Atual

  Efeitos dos perfeis imunogênicos do complexo principal de histocompatibilidade de saguis (Callithrix spp.) silvestres híbridos e não-híbridos na sua susceptibilidade a infecções por arbovírus, Descrição: Introduções não intencionadas de fatores biológicos exóticos pelas mudanças ambientais antropogênicas trazem, geralmente, consequências biológicas e sociais sérias. Estes processos tornam-se entrelaçados se os híbridos se transformarem em reservatórios de arbovírus. Como a composição misturada de genes imunes de híbridos, especificamente do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC), de Classe I, afeta a susceptibilidade híbrida a doenças patogênicas? Um estudo de hibridização humana sugere que a introgressão genética dá aos híbridos uma vantagem seletiva imunológica, mas esses estudos são poucos. O Brasil foi impactado por surtos de arbovírus de dengue, chikungunya e Zika. Híbridos do gênero Callithrix de primatas ocorrem em muitas regiões brasileiras altamente urbanizadas de surtos de arbovírus, e as espécies parentes híbridas são transportadoras ou suscetíveis a infecções por arbovírus. Aqui, propomos a adoção de tecnologia de seqüenciamento portátil e emergente para testar a hipótese de que os híbridos de Callithrix possuem uma vantagem seletiva para a susceptibilidade a doenças infecciosas usando uma região do MHC, Classe I, chamada Caja-G/F que possui genes altamente polimorficos. Além disso, investigaremos a diversidade, a seleção natural e a introgressão genética no nível genômico e o segmento Caja-G/F em Callithrix selvagem híbridos e não híbrido. Ao usar esse segmento inteiro, este estudo aproveita poderosamente o potencial da região do MHC como um pilar dos estudos de evolução e revigora uma mudança de paradigma na forma como uma região genômica tão importante é estudada. Além disso, este projeto será o primeiro a aplicar tecnologia de seqüência portátil de ponta para estudar a biodiversidade, a evolução e a saúde da vida selvagem de mamíferos - uma noção que democratiza a geração de dados genômicos. Finalmente, os resultados do projeto estimularão a inovação no monitoramento de doenças zoonóticas brasileiras e globais através de melhorias em modelos matemáticos de transmissão de doenças e diretrizes de saúde pública... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marissa Lima - Integrante / Joanna Malukiewicz - Coordenador.