Antônio Marinho da Silva Neto

Meu interesse de pesquisa é a aplicação de ferramentas matemáticas e computacionais para desenvolver novas estratégias para resolver desafios de biomedicina e biotecnologia. Topicos de especial interesse incluem aplicação de geometria diferencial, teoria da informação, aprendizagem de máquinas e dinâmica molecular. Bacharel em Biomedicina (UFPE), Mestrado em Física Aplicada (opção Física Biomolecular) (USP) e Doutorado em Física Aplicada (opção Física Biomolecular) (USP).

Informações coletadas do Lattes em 25/04/2022

Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Física Aplicada (opção Biomolecular)

2013 - 2017

Instituto de Física de São Carlos - Universidade de São Paulo
Título: Geometria diferencial e teoria da informação aplicada a análise de ensembles conformacionais de proteínas
Prof. Dr. Glaucius Oliva. Coorientador: Prof. Dr. Rinaldo Wander Montalvão. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática.

Mestrado em Física Aplicada (opção Física Biomolecular)

2011 - 2013

Universidade de São Paulo
Título: Carcterização estrutural e funcional da Uridina Fosforilase de Schistosoma mansoni,Ano de Obtenção: 2013
Prof. Dr. Richard Charles Garratt.Coorientador: Humberto Pereira D'Muniz. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Física Biomolecular.Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em BIOMEDICINA

2007 - 2011

Universidade Federal de Pernambuco
Título: Análise in silico da estabilidade e flexibilidade do loop de ligação ao DNA do domínio de ligação ao DNA da proteína E1 de papillomavirus.
Orientador: Prof. Dra. Danyelly Bruneska Gondim Martins
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

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Pós-doutorado

2018 - 2020

Pós-Doutorado. , University of Warsaw, UW, Polônia. , Bolsista do(a): Foundation for Polish Science, FNP, Polônia. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biologia Estrutural. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Bioinformática.

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Formação complementar

2014 - 2014

Protein-Protein Docking. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2014 - 2014

Amostragem Estendida para calculos de Energia Livr. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2014 - 2014

Computational Structural Biology. (Carga horária: 40h). , European Molecular Biology Organization, EMBO/EMBL, Alemanha.

2013 - 2013

RapiData 2013. (Carga horária: 40h). , Brookhaven National Laboratory, BNL, Estados Unidos.

2012 - 2012

Dinâmica Molecular Básica. (Carga horária: 3h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2012 - 2012

Modelagem Comparativa e por Ab initio. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2010 - 2010

Dinâmica Molecular Básica. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2010 - 2010

IV Curso de Inverno de Bioinformática. (Carga horária: 33h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2010 - 2010

Métodos de Docking Receptor-Ligante. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2009 - 2009

Vacinas Recombinantes contra Papilomaviroses. (Carga horária: 8h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.

2009 - 2009

Técnicas Moleculares. (Carga horária: 4h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.

2009 - 2009

Química Forense. (Carga horária: 4h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.

2009 - 2009

I Biologia Molecular do HPV. (Carga horária: 60h). , DNA treinamentos, DNAT, Brasil.

2009 - 2009

English - Basic 2. (Carga horária: 60h). , Núcleo de Linguas e Culturas - UFPE, NLC-UFPE, Brasil.

2009 - 2009

Ciência e Tecnologia. (Carga horária: 15h). , Fundação Getúlio Vargas, FGV, Brasil.

2009 - 2009

English - Intermediate 1. (Carga horária: 60h). , Núcleo de Linguas e Culturas - UFPE, NLC-UFPE, Brasil.

2009 - 2009

Radiochemistry: Diagnosis and Therapy. (Carga horária: 15h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.

2008 - 2008

Extensão universitária em Biologia Molecular do Gene. (Carga horária: 54h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

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Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Estrutural.

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Participação em eventos

VI Simpósio Internacional de Diagnóstico e Terapeutica.Differential geometry based method for protein conformational ensemble clustering and analyses; HPV E1-DBD dynamics study as a test case.. 2015. (Simpósio).

Advanced School in Biomolecular Simulation.Differential Geometry Approach for Protein Conformational Analyses. 2014. (Simpósio).

IV Semana do Instituto de Física de São Carlos. A differential geometry approach for ensemble analyses. 2014. (Congresso).

VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. A differential geometry approach for ensemble analyses. 2014. (Congresso).

I Braszilian-German Meeting of Plant System Biology and Bioenergy. 2010. (Encontro).

V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.Comparative analysis of homology web servers on E1 DNA binding domain from different human papillomavirus types. 2010. (Outra).

1 Encontro Brasileiro para Inovação Terapêutica. 2009. (Encontro).

II Simpósio de Inovação em Ciências Biológicas. 2009. (Simpósio).

IV Simpósio: Laser e suas Aplicações. 2009. (Simpósio).

V Jornada Científica do LIKA; II Simpósio Nacional em Diagnóstico e Terapêutica Experimental; II Fórum Brasileiro de Genética em Neuropsiquiatria.IL-10 Serum Levels In HCV Carriers. 2009. (Simpósio).

XVII Congresso de Iniciação Científica da UFPE (XVII Conic); I Congresso de Iniciação em Desenvolvimento Tecnológico e Inovação da UFPE (I Coniti); V Jornada de Iniciação Científica da Fundaj (VJoic). Perfil Sérico da Interleucina 10 em pacientes portadores pernambucanos portadores do HCV. 2009. (Congresso).

I Simpósio Pernambucano de Biossegurança. 2008. (Simpósio).

I Semana Pernambucana de Análises Clínicas. 2007. (Outra).

XIV Semana de Biomedicina. 2007. (Congresso).

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Comissão julgadora das bancas

Jorge Chahine

Montalvão RW; Coutinho KR; Muniz JRC; Freitas LCG;CHAHINE, J.. Geomtria Diferencial e Teoria da Informação aplicada a analise de ensembles conformacionais de proteinas. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Física Básica) - Instituto de Física de São Carlos - USP.

Richard Charles Garratt

GARRATT, R. C.. Agrupamento de estruturas de proteínas baseado em descritores de geometria diferencia. 2016 - Instituto de Física de São Carlos.

Luiz Carlos Gomide Freitas

CHAHINE, J.; COUTINHO, K.; MUNIZ, J.; MONTALVAO, R.;Freitas, LCG. Geometria Diferencial e Teoria da Informação aplicada a analise de ensembles conformacionais de proteinas.. 2017. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada - Instituto de Física de São Carlos/USP/SÃO CA) - Universidade de São Paulo.

Marcos Roberto de Mattos Fontes

GARRATT, Richard C.FONTES, M. R. M.; FARAH, S. C.. Caracterização estrutural da Uridina Fosforilase de Schistosoma mansoni. 2013. Dissertação (Mestrado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

João Renato Carvalho Muniz

MONTALVAO, R.W.; Freitas, L. C. G.;MUNIZ, J. R. C.; CHAHINE, J.; COUTINHO, K. R.. Geometria diferencial e teoria da informação aplicada a análise de ensembles conformacionais de proteínas. 2017. Tese (Doutorado em Física Aplicada - Opção: Física Biomolecular) - Instituto de Física de São Carlos (IFSC), Universidade de São Paulo (USP).

João Renato Carvalho Muniz

MUNIZ, J. R. C.; Garratt, R. C.; COUTINHO, K. R.. A Differential Geometry Approach for Protein Conformational Analyses and Clustering. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Física Aplicada - Opção: Física Biomolecular) - Instituto de Física de São Carlos (IFSC), Universidade de São Paulo (USP).

Waslon Terllizzie Araújo Lopes

LIMA, A. P. D.VASCONCELOS JÚNIOR, C. A. V.LOPES, W. T. A.. Handoff em Sistemas de Comunicações Móveis Celulares. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Elétrica) - ÁREA1 - Faculdade de Ciência e Tecnologia.

Kaline Rabelo Coutinho

Coutinho, Kaline; G. Oliva; MONTALVAO, R. W.. "Geometria diferencial e teoria da informação aplicada a análise de ensembles conformacionais de proteínas", em 19/12/2017. 2017. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

Kaline Rabelo Coutinho

Coutinho, Kaline; MONTALVAO, R. W.. ?A Differential Geometry Approach For Protein Conformational Analyses And Clustering?, 28/01/2016. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

Nataly Amorim de Santana

MARTINS, D.B.G.; HERNANDES, M. Z.;SANTANA, N. A.. Análise in silico da estabilidade e flexibilidade do loop de ligação ao DNA do domínio de ligação ao DNA da proteína E1 de Papillomavirus humano. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal de Pernambuco.

Carlos Henrique Madeiros Castelletti

CASTELLETTI, H.. Análise in silico da estabilidade e flexibilidade do loop de ligação ao DNA do domínio de ligação ao DNA da rpoteína E1 de Papilomavírus humano. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal de Pernambuco.

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Foi orientado por

Rinaldo Wander Montalvão

Determinação de Complexos entre Proteínas e Ligantes usando Dados Experimentais Esparsos; Início: 2013; Tese (Doutorado em Física Biomolecular e Computacional) - Instituto de Física de São Carlos - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Richard Charles Garratt

Biologia estrutural da via de salvação de purinas; 2013; Dissertação (Mestrado em Física Biomolecular) - Instituto de Física de São Carlos,; Orientador: Richard Charles Garratt;

Danyelly Bruneska Gondim Martins

ANÁLISE IN SILICO DA ESTABILIDADE E FLEXIBILIDADE DO LOOP DE LIGAÇÃO AO DNA DO DOMÍNIO DE LIGAÇÃO AO DNA DA PROTEINA EI DE PAPILOMAVIRUS HUMANO; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal de Pernambuco; Orientador: Danyelly Bruneska Gondim Martins;

Danyelly Bruneska Gondim Martins

Estudo de modelagem in silico e expressão de recombinante in vitro do dominio de Ligação ao DNA da proteína E1 do papilomavírus humano; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal de Pernambuco, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Danyelly Bruneska Gondim Martins;

Waslon Terllizzie Araújo Lopes

Handoff em Sistemas de Comunicações Móveis Celulares; 2008; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia Elétrica) - ÁREA1 - Faculdade de Ciência e Tecnologia; Orientador: Waslon Terllizzie Araújo Lopes;

Claudia Alves de Oliveira

Turismo sustentável no Parque Armando Holanda Cavalcanti: limites e perspectivas; 2006; 79 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Turismo) - Universidade Federal de Pernambuco; Orientador: Cláudia Alves de Oliveira;

Carlos Henrique Madeiros Castelletti

Dinâmica Molecular do Domínio de Ligação ao DNA da Proteína E1 de Papillomavirus Humano; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal de Pernambuco; Orientador: Carlos Henrique Madeiros Castelletti;

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Produções bibliográficas

  • SZCZEPANIAK, KRZYSZTOF ; BUKALA, ADRIANA ; DA SILVA NETO, ANTONIO MARINHO ; LUDWICZAK, JAN ; DUNIN-HORKAWICZ, STANISLAW . A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists. BIOINFORMATICS , v. 36, p. 5368-5376, 2020.

  • SILVA NETO, ANTONIO MARINHO ; SILVA, SAMUEL REGHIM ; VENDRUSCOLO, MICHELE ; CAMILLONI, CARLO ; MONTALVÃO, RINALDO WANDER . A superposition free method for protein conformational ensemble analyses and local clustering based on a differential geometry representation of backbone. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS , v. 87, p. prot.25652-312, 2019.

  • LUDWICZAK, JAN ; WINSKI, ALEKSANDER ; DA SILVA NETO, ANTONIO MARINHO ; SZCZEPANIAK, KRZYSZTOF ; ALVA, VIKRAM ; DUNIN-HORKAWICZ, STANISLAW . PiPred - a deep-learning method for prediction of -helices in protein sequences. Scientific Reports , v. 9, p. 6888, 2019.

  • LUDWICZAK, JAN ; SZCZ'SNA, EWA ; DA SILVA NETO, ANTÔNIO MARINHO ; CIEPLAK, PIOTR ; KASPRZAK, ANDRZEJ A. ; JARMU'A, ADAM . Interactions between motor domains in kinesin-14 Ncd - a molecular dynamics study. Biochemical Journal , v. 476, p. 2449-2462, 2019.

  • MARINHO DA SILVA NETO, ANTONIO ; MONTALVÃO, RINALDO WANDER ; BRUNESKA GONDIM MARTINS, DANYELLY ; DE LIMA FILHO, JOSÉ LUIZ ; CASTELLETTI, CARLOS HENRIQUE MADEIROS . A model of key residues interactions for HPVs E1 DNA Binding Domain-DNA interface based on HPVs residues conservation profiles and molecular dynamics simulations. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 01, p. 1-18, 2019.

  • TIMMERS, LUÍS FERNANDO SARAIVA MACEDO ; NETO, ANTÔNIO M. S. ; MONTALVÃO, RINALDO W. ; BASSO, LUIZ A. ; SANTOS, DIÓGENES S. ; NORBERTO DE SOUZA, OSMAR . EPSP synthase flexibility is determinantto its function: computational molecular dynamics and metadynamics studies. JOURNAL OF MOLECULAR MODELING , v. 23, p. 197, 2017.

  • MARINHO DA SILVA NETO, ANTÔNIO ; TORINI DE SOUZA, JULIANA ROBERTA ; ROMANELO, LARISSA ; CASSAGO, ALEXANDRE ; BALASCO SERRÃO, VITOR HUGO ; DEMARCO, RICARDO ; BRANDÃO-NETO, JOSÉ ; GARRATT, RICHARD CHARLES ; MUNIZ PEREIRA, HUMBERTO D? . Analysis of two Schistosoma mansoni Uridine Phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function. Biochimie (Paris. Print) , v. 125, p. 12-22, 2016.

  • SILVA NETO, A. M. ; COELHO, M. R. C. D . PERFIL SÉRICO DE INTERLEUCINA 10 EM PACIENTES PERNAMBUCANOS PORTADORES DO HCV. In: XVII Congresso de Iniciação Científica da UFPE (XVII Conic); I Congresso de Iniciação em Desenvolvimento Tecnológico e Inovação da UFPE (I Coniti); V Jornada de Iniciação Científica da Fundaj (VJoic), 2009, Recife. Perfil Sérico de Interleucina 10 em pacientes pernambucanos portadores do HCV, 2009.

  • SILVA NETO, A. M. ; Castelletti, C. H. M. ; MARTINS, D. B. G. ; LIMA FILHO, J. L. . E1 DNA binding domain structural features and carcinogenic power of Human papillomavirus: insights from homology models. In: Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2012, Petropolis. E1 DNA binding domain structural features and carcinogenic power of Human papillomavirus: insights from homology models, 2012. v. VI. p. 144.

  • BASTOS, A. G. S. ; AMARAL, F. N. ; SILVA NETO, A. M. ; De-FARIAS, R. P. ; Figueiredo, F. M. ; SOBRAL FILHO, R. G. ; FERREIRA, M. V. ; Alves, C. R. M. S. ; Oliveira, V. F. ; MELO, M. M. M. . Prevalence of Adenovirus in Samples Received in the Public Health Network of Pernambuco in the Period from January to July of 2010. In: XXI Encontro Nacional de Virologia, 2010, Gramado. Virus Reviews & Resarch, 2010. v. 15. p. 150-151.

  • AMARAL, F. N. ; De-FARIAS, R. P. ; Figueiredo, F. M. ; BASTOS, A. G. S. ; SILVA NETO, A. M. ; SOBRAL FILHO, R. G. ; Oliveira, V. F. ; NASCIMENTO, A. ; Silva, J. R. C. ; CAVALCANTI, B. ; MELO, M. M. M. . Evaluation of Performance Tests for Commercial Genotyping. In: XXI Encontro Nacional de VIrologia, 2010, Gramado. Virus Reviews and Research, 2010. v. 15. p. 150-150.

  • SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; SILVA, J. L. A. ; Siqueira, E.R.F. ; Pereira, L.M. B. ; COELHO, M. R. C. D . EVALUATION OF INTERLEUKIN 10 IN HCV CARRIERS. In: XX Encontro Nacional de Virologia, 2009, Brasília. Virus Reviews & Research, 2009. v. 14. p. 155-156.

  • SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; Siqueira, E.R.F. ; SILVA, J. L. A. ; COELHO, M. R. C. D . IL-10 Serum Levels In HCV Carriers. In: V Jornada Científica do LIKA; II Simpósio Nacional em Diagnóstico e Terapêutica Experimental; II Fórum Brasileiro de Genética em Neuropsiquiatria, 2009, Recife. SINATER 2009, 2009.

  • SILVA NETO, A. M. ; Beltrão, M. F. S. ; Castelletti, C. H. M. ; LIMA FILHO, J. L. ; MARTINS, D. B. G. . Comparative analysis of homology web servers on E1 DNA binding domain from different human papillomavirus types. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • AMARAL, F. N. ; PESSOA, R. ; MOTA, F. ; SILVA NETO, A. M. ; FILHO, R. ; FELIX, V. ; NASCIMENTO, A. ; CRUZ, J. ; CAVALCANTI, B. ; MELO, M. . Evaluation of performance tests for commercial genotyping of Hepatitis C. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • COSTA, M. C. M. F. ; SILVA, A. C. ; SILVA NETO, A. M. ; MACHADO, C. V. ; AMARAL, F. N. ; SANTOS, T. A. R. ; JUNIOR, V. V. S. ; SENA, K. X. F. R. . AVALIAÇÃO in vitro DA ATIVIDADE ANTIMICROBIANA DE DIFERENTES ENXAGUANTES BUCAIS FRENTE À CANDIDA ALBICANS. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • FALCÃO, D. A. ; AROUCHA, D. ; SILVA NETO, A. M. ; Siqueira, E.R.F. ; Pereira, L.M. B. ; COELHO, M. R. C. D . NÍVEIS SÉRICOS DO TNF ALFA EM PORTADORES DO HCV. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; SILVA, J. L. A. ; Pereira, L.M. B. ; COELHO, M. R. C. D . EVALUATION OF IL-10 SERUM LEVELS IN HCV PATIENTS. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; SILVA, J. L. A. ; Siqueira, E.R.F. ; COELHO, M. R. C. D . IL-10 Serum Levels In HCV Carriers. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • COSTA, M. C. M. F. ; SILVA NETO, A. M. ; MACHADO, C. V. ; AMARAL, F. N. ; SANTOS, T. A. R. ; JUNIOR, V. V. S. ; SENA, K. X. F. R. . Avaliação in vitro da atividade antimicrobiana de diferentes enxaguantes bucais frente a Candida albicans. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • SILVA NETO, A. M. ; COELHO, M. R. C. D . PERFIL SÉRICO DE INTERLEUCINA 10 EM PACIENTES PORTADORES DO HCV. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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Outras produções

FleXgeo. 2017.

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Projetos de pesquisa

  • 2013 - 2017

    Geometria diferencial e teoria da informação aplicada a análise de ensembles conformacionais de proteínas., Descrição: Um dos maiores desafios atuais na biologia estrutural é como lidar com flexibilidade de proteínas. Além do desafio experimental, uma limitação teórica é a falta de uma linguagem matemática conveniente para representação do espaço conformacional de proteínas. As representações mais populares apresentam diversas limitações, que se refletem nas dificuldades associadas à análise de ensembles conformacionais. Nesse contexto, a aplicação de geometria diferencial (GD) e teoria da informação (TI) foi pouco explorada. Neste trabalho investigamos o uso de descritores de GD e TI como uma representação matemática do espaço conformacional de proteínas aplicada à análise de ensembles conformacionais. O cálculo dos descritores de GD consiste em representar o backbone de proteínas como curvas espaciais e caracterizá-las utilizando os seus valores de curvatura, , e torção, . Baseado nesses valores, definimos medidas de flexibilidade, de distância entre conformações e aplicamos uma estratégia de clustering para identificação de estados conformacionais. Para permitir a aplicação de TI, desenvolvemos um sistema de codificação desses descritores para expressar cada conformação por uma sequência de símbolos finitos. A partir dessas sequências, definimos uma medida da informação associada a um resíduo, R res , e a uma conformação, R conf . Para investigar sua eficácia, aplicamos os métodos propostos aos ensembles conformacionais de três sistemas testes: 1) Ubiquitina, 2) E1-DBD do HPV18 e 3) as etapas de formação do complexo c-Myb-KIX. A análise da representação por geometria diferencial se mostrou igualmente eficaz ou superior aos métodos comumente utilizados em todos os sistemas analisados. O método é especialmente útil para monitoramento de estabilidade de hélices e para análise de proteínas e regiões muito flexíveis, pois evita a necessidade de sobreposição estrutural. Os valores de R conf se apresentaram úteis para análise de processos de enovelamento e resíduos próximos a regiões funcionais tendem a apresentar maiores valores R res . No entanto, o papel desses resíduos é incerto e mais estudos são necessários para determinar se há e qual é seu real significado. Apesar disso, as medidas de informação se mostraram úteis para comparação de estados conformacionais e permitem levantar hipóteses testáveis em laboratório. Por fim, a representação por GD é computacionalmente conveniente, intuitiva, evita todas as limitações dos métodos popularmente utilizados e se mostrou eficaz para análise de ensembles conformacionais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Rinaldo Wander Montalvão - Coordenador.

  • 2011 - 2013

    Caracterização Estrutural e Funcional da Uridina Fosforilase de Schistosoma mansoni, Descrição: A esquistossomose humana, doença causada pelo S. mansoni e com 6 milhões de infectados somente no Brasil, possui uma única estratégia terapêutica eficiente atualmente disponível. Esta se baseia na utilização de praziquantel e relatos de cepas resistentes à essa droga tem despertado o interesse da comunidade científica sobre o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas. Uma melhor caracterização dos processos metabólicos do parasita podem auxiliar nestas buscas. Diante desse contexto, nosso grupo tem trabalhado na caracterização estrutural e funcional das enzimas que compõem a via de salvação de purinas e pirimidinas deste parasita, com dez enzimas já caracterizadas. Uma das enzimas remanescentes é a uridina fosforilase (UP) (EC 2.4.2.3), cujo a qual o genoma do parasita apresenta duas isoformas, a smUPa e smUPb (92% de identidade entre elas). Com o objetivo de caracterizar estruturalmente estas enzimas, ambas foram obtidas via expressão heteróloga, purificadas e submetidas a ensaios de cristalização e co-cristalização (para obtenção das estruturas interagindo com diferentes ligantes). Após coleta de dados de difração de raio-x, processamento e refinamento adequado foram obtidas seis estruturas da smUPa (smUPaapo, smUPa+Timidina, smUPa+timina, smUPa+uracil, smUPa-5fluorouracil) e duas da smUPb (smUPbapo e smUPb+citrato). A análise das estruturas revela que as duas isoformas apresentam essencialmente a mesma estrutura, no entanto, apesar das poucas divergências em nível de sequência de aminoácidos, existem diferenças significativas entre os sítios ativos. A smUPa apresenta o sítio com as mesmas características de UPs conhecidas, em contrapartida a smUPb apresenta duas mudanças significativas que elimina a capacidade de interagir com a base nitrogenada (Q201L) e a cavidade que acomoda a base nitrogenada (G126D), o que torna as smUPs um caso único de isoformas de UP em um mesmo organismo conhecidas. É plausível que a smUPb não seja capaz de catalisar a fosforólise reversível da uridina, sendo ou um pseudogene ou alguma outra enzima com atividade catalítica diferente da UP. Para a completa caracterização destasenzimas, testes de atividade enzimática serão realizados e deverão auxiliar a determinar a real função da smUPb.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Richard Charles Garrat - Integrante / Humberto D'muniz Pereira - Coordenador., Número de produções C, T & A: 1

  • 2010 - 2011

    Estudo de modelagem in silico e expressão recombinante in vitro do domínio de ligação ao DNA da proteína E1 do papilomavírus humano, Descrição: As doenças causadas pelo Papilomavirus Humano (HPV) são uma fonte significativa de morbidade e mortalidade em todo o mundo e estão entre as doenças sexualmente transmissíveis de maior incidência. Os HPVs oncogênicos estão relacionados a 99,7% dos casos de câncer de colo de útero. A região nordeste ocupa o segundo lugar no ranking brasileiro de incidência do câncer do colo de útero, com cerca de 18 casos a cada 100.000 mulheres. Portanto, este é um problema importante de saúde pública e conhecer os aspectos biológicos de HPVs oncogênicos se faz necessário para entender melhor características clínicas e desenvolver novas abordagens que visem a diminuição dos danos à população. Uma das etapas essenciais para a manutenção de uma população viral no organismo hospedeiro é a replicação do genoma viral e, consequentemente, esta possui vários alvos em potenciais para o desenvolvimento de drogas antivirais. Experimentos in vitro demonstraram que a proteína E1 do HPV atua como helicase, fator de iniciação da replicação, e recruta fatores de replicação celulares para a origem de replicação viral. A E1 possui papel fundamental na regulação e promoção da replicação do genoma dos HPVs. Em conjunto com proteína viral E2, a E1 é capaz de adquirir especificidade de ligação pela origem de replicação do HPV e o Domínio de Ligação ao DNA (DBD) da E1 é essencial nesta etapa. O DBD possui organização estrutural altamente conservada entre os HPVs, porém, estudos estruturais por difração de raios X demonstraram diferenças entre HPV-18 e HPV-11 quanto às características envolvidas no reconhecimento do DNA. Não há relatos na literatura de outros estudos comparando características estruturais entre o DBD da E1 entre outros tipos de HPV. A análise da estrutura de outros HPVs, como os HPV-16 e -06, pode revelar aspectos estruturais que esclarecerão pormenores das diferenças na fase de replicação dos HPVs oncogênicos e não oncogênicos. Baseado nisso, propomos uma abordagem dessa questão por model. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Danyelly Bruneska Gondim Martins - Coordenador.

  • 2008 - 2009

    Dosagem de Interleucina 10 (IL-10) em pacientes portadores do HCV, Descrição: Este projeto faz parte do projeto de doutorado ?Determinação do polimorfismo dos genes da interleucina 10 (IL-10) e fator de necrose tumoral (TNF-) em pacientes portadores do carcinoma hepatocelular causado pelo vírus da hepatite C? e visa levantar dados sobre o papel da IL-10 no desenvolvimento do carcinoma hepatocelular em pacientes portadores do vírus da hepatite C. O HCV não possui oncogênese conhecida e a integração do genoma viral no DNA da célula não parece ser possível, embora o RNA do HCV possa ser detectado no tumor. É possível que o desenvolvimento esteja relacionado com a resposta imune. O aumento da interleucina 10 foi relatado em pacientes com diferentes tumores, porem estudos do polimorfismo dos genes da IL-10 em pacientes com HCV-HCC são escassos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Prof. Dra. Maria Rosângela Duarte Coelho - Coordenador / Diego Arruda Falcão - Integrante / Dayse Aroucha - Integrante.

  • 2008 - 2009

    Dosagem do Fator de Necrose Tumoral Alfa em pacientes portadores do HCV, Descrição: Este projeto faz parte do projeto de doutorado ?Determinação do polimorfismo dos genes da interleucina 10 (IL-10) e fator de necrose tumoral (TNF-) em pacientes portadores do carcinoma hepatocelular causado pelo vírus da hepatite C? e visa levantar dados sobre o papel do TNF no desenvolvimento do carcinoma hepatocelular em pacientes portadores do vírus da hepatite C. O TNF em altas concentrações séricas está associado à necrose de tumores in vivo. Porém, não existem dados sobre o perfil desta citocina neste tipo de paciente no Brasil.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Prof. Dra. Maria Rosângela Duarte Coelho - Coordenador / Diego Arruda Falcão - Integrante.

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Prêmios

2015

Melhor apresentação oral do VI SINATER (Simpósio Internacional de Diagnóstico e Terapêutica), Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami - Universidade Federal de Pernambuco.

Histórico profissional

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Experiência profissional

2013 - 2017

Universidade de São Paulo

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2020 - 2021

Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami

Vínculo: Contrato Curto, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de Software de Pesquisa, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Desenvolver e automatizar pipeline de análises de dados de genomas virais

2018 - 2020

University Of Warsaw

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Desenvolvimento de algoritmos de análise de estruturas de proteinas

2013 - 2017

Instituto de Física de São Carlos - Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2011 - 2013

Instituto de Física de São Carlos - Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de Mestrado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2010 - 2011

Universidade Federal de Pernambuco

Vínculo: Aluno Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Bolsista de Iniciação Científica vinculada à PROPESQ/UFPE do Laboratório Biologia Molecular e Informática Aplicada a Saúde do LIKA-UFPE, onde desenvolve o projeto "Estudos de Modelagem in silico e Expressão Recombinante in vitro do Domínio de Ligação ao DNA da Proteína E1 de Papilomavírus Humano", sob orientação da Prof. Dra. Danyelly Bruneska Gondim Martins.

2009 - 2010

Universidade Federal de Pernambuco

Vínculo: Bolsista PIBIC/CNPq/UFPE, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Bolsista de Iniciação Científica vinculado à PROPESQ/UFPE do Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami (LIKA) - UFPE, onde desenvolve o projeto "Detecção da infecção pelo citomegalovírus humano (CMVH) através da PCR em tempo real em pacientes transplantados renais", sob orientação da Profa. Dra. Maria Rosângela Cunha Duarte Coêlho

2009 - 2010

Universidade Federal de Pernambuco

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 12

Outras informações:
Monitor vinculado à PROACAD/UFPE da disciplina Genética Humana I (Departamento de Genética - UFPE), ministrada aos cursos de Biomedicina, Enfermagem e Farmácia ; sob orientação da Professora Mônica Waléria Pinto de Carvalho

2008 - 2009

Universidade Federal de Pernambuco

Vínculo: Bolsista PIBIC/CNPq/UFPE, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Bolsista de Iniciação Científica vinculado à PROPESQ/UFPE do Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami (LIKA) - UFPE, onde desenvolve o projeto "Determinação da Interleucina-10 em pacientes portadores do hepatocarcinoma celular causado pelo vírus da hepatite C", sob orientação da Profa. Dra. Maria Rosangela Cunha Duarte Coêlho

Atividades

  • 10/2010 - 10/2010

    Extensão universitária , Laboratório de Imunopatologia Keizo Asami.,Atividade de extensão realizada, Monitor da Caravana da Ciencia I durante a VII semana Nacional de Ciência e Tecnologia.

  • 10/2009 - 11/2009

    Extensão universitária , Centro de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Biofísica.,Atividade de extensão realizada, Confecção e monitoria da Oficina.

2010 - 2011

LABORATORIO CENTRAL DE PERNAMBUCO

Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20

Outras informações:
Estagiário do Laboratório de Virologia do Laboratório Central de Pernambuco.