Antônio Marinho da Silva Neto

Pós-doutorado

Formação complementar

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Áreas de atuação

Participação em eventos

Comissão julgadora das bancas

Foi orientado por

Produções bibliográficas

• SZCZEPANIAK, KRZYSZTOF ; BUKALA, ADRIANA ; DA SILVA NETO, ANTONIO MARINHO ; LUDWICZAK, JAN ; DUNIN-HORKAWICZ, STANISLAW . A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists. BIOINFORMATICS , v. 36, p. 5368-5376, 2020.

• SILVA NETO, ANTONIO MARINHO ; SILVA, SAMUEL REGHIM ; VENDRUSCOLO, MICHELE ; CAMILLONI, CARLO ; MONTALVÃO, RINALDO WANDER . A superposition free method for protein conformational ensemble analyses and local clustering based on a differential geometry representation of backbone. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS , v. 87, p. prot.25652-312, 2019.

• LUDWICZAK, JAN ; WINSKI, ALEKSANDER ; DA SILVA NETO, ANTONIO MARINHO ; SZCZEPANIAK, KRZYSZTOF ; ALVA, VIKRAM ; DUNIN-HORKAWICZ, STANISLAW . PiPred - a deep-learning method for prediction of -helices in protein sequences. Scientific Reports , v. 9, p. 6888, 2019.

• LUDWICZAK, JAN ; SZCZ'SNA, EWA ; DA SILVA NETO, ANTÔNIO MARINHO ; CIEPLAK, PIOTR ; KASPRZAK, ANDRZEJ A. ; JARMU'A, ADAM . Interactions between motor domains in kinesin-14 Ncd - a molecular dynamics study. Biochemical Journal , v. 476, p. 2449-2462, 2019.

• MARINHO DA SILVA NETO, ANTONIO ; MONTALVÃO, RINALDO WANDER ; BRUNESKA GONDIM MARTINS, DANYELLY ; DE LIMA FILHO, JOSÉ LUIZ ; CASTELLETTI, CARLOS HENRIQUE MADEIROS . A model of key residues interactions for HPVs E1 DNA Binding Domain-DNA interface based on HPVs residues conservation profiles and molecular dynamics simulations. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 01, p. 1-18, 2019.

• TIMMERS, LUÍS FERNANDO SARAIVA MACEDO ; NETO, ANTÔNIO M. S. ; MONTALVÃO, RINALDO W. ; BASSO, LUIZ A. ; SANTOS, DIÓGENES S. ; NORBERTO DE SOUZA, OSMAR . EPSP synthase flexibility is determinantto its function: computational molecular dynamics and metadynamics studies. JOURNAL OF MOLECULAR MODELING , v. 23, p. 197, 2017.

• MARINHO DA SILVA NETO, ANTÔNIO ; TORINI DE SOUZA, JULIANA ROBERTA ; ROMANELO, LARISSA ; CASSAGO, ALEXANDRE ; BALASCO SERRÃO, VITOR HUGO ; DEMARCO, RICARDO ; BRANDÃO-NETO, JOSÉ ; GARRATT, RICHARD CHARLES ; MUNIZ PEREIRA, HUMBERTO D? . Analysis of two Schistosoma mansoni Uridine Phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function. Biochimie (Paris. Print) , v. 125, p. 12-22, 2016.

• SILVA NETO, A. M. ; COELHO, M. R. C. D . PERFIL SÉRICO DE INTERLEUCINA 10 EM PACIENTES PERNAMBUCANOS PORTADORES DO HCV. In: XVII Congresso de Iniciação Científica da UFPE (XVII Conic); I Congresso de Iniciação em Desenvolvimento Tecnológico e Inovação da UFPE (I Coniti); V Jornada de Iniciação Científica da Fundaj (VJoic), 2009, Recife. Perfil Sérico de Interleucina 10 em pacientes pernambucanos portadores do HCV, 2009.

• SILVA NETO, A. M. ; Castelletti, C. H. M. ; MARTINS, D. B. G. ; LIMA FILHO, J. L. . E1 DNA binding domain structural features and carcinogenic power of Human papillomavirus: insights from homology models. In: Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2012, Petropolis. E1 DNA binding domain structural features and carcinogenic power of Human papillomavirus: insights from homology models, 2012. v. VI. p. 144.

• BASTOS, A. G. S. ; AMARAL, F. N. ; SILVA NETO, A. M. ; De-FARIAS, R. P. ; Figueiredo, F. M. ; SOBRAL FILHO, R. G. ; FERREIRA, M. V. ; Alves, C. R. M. S. ; Oliveira, V. F. ; MELO, M. M. M. . Prevalence of Adenovirus in Samples Received in the Public Health Network of Pernambuco in the Period from January to July of 2010. In: XXI Encontro Nacional de Virologia, 2010, Gramado. Virus Reviews & Resarch, 2010. v. 15. p. 150-151.

• AMARAL, F. N. ; De-FARIAS, R. P. ; Figueiredo, F. M. ; BASTOS, A. G. S. ; SILVA NETO, A. M. ; SOBRAL FILHO, R. G. ; Oliveira, V. F. ; NASCIMENTO, A. ; Silva, J. R. C. ; CAVALCANTI, B. ; MELO, M. M. M. . Evaluation of Performance Tests for Commercial Genotyping. In: XXI Encontro Nacional de VIrologia, 2010, Gramado. Virus Reviews and Research, 2010. v. 15. p. 150-150.

• SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; SILVA, J. L. A. ; Siqueira, E.R.F. ; Pereira, L.M. B. ; COELHO, M. R. C. D . EVALUATION OF INTERLEUKIN 10 IN HCV CARRIERS. In: XX Encontro Nacional de Virologia, 2009, Brasília. Virus Reviews & Research, 2009. v. 14. p. 155-156.

• SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; Siqueira, E.R.F. ; SILVA, J. L. A. ; COELHO, M. R. C. D . IL-10 Serum Levels In HCV Carriers. In: V Jornada Científica do LIKA; II Simpósio Nacional em Diagnóstico e Terapêutica Experimental; II Fórum Brasileiro de Genética em Neuropsiquiatria, 2009, Recife. SINATER 2009, 2009.

• SILVA NETO, A. M. ; Beltrão, M. F. S. ; Castelletti, C. H. M. ; LIMA FILHO, J. L. ; MARTINS, D. B. G. . Comparative analysis of homology web servers on E1 DNA binding domain from different human papillomavirus types. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• AMARAL, F. N. ; PESSOA, R. ; MOTA, F. ; SILVA NETO, A. M. ; FILHO, R. ; FELIX, V. ; NASCIMENTO, A. ; CRUZ, J. ; CAVALCANTI, B. ; MELO, M. . Evaluation of performance tests for commercial genotyping of Hepatitis C. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• COSTA, M. C. M. F. ; SILVA, A. C. ; SILVA NETO, A. M. ; MACHADO, C. V. ; AMARAL, F. N. ; SANTOS, T. A. R. ; JUNIOR, V. V. S. ; SENA, K. X. F. R. . AVALIAÇÃO in vitro DA ATIVIDADE ANTIMICROBIANA DE DIFERENTES ENXAGUANTES BUCAIS FRENTE À CANDIDA ALBICANS. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• FALCÃO, D. A. ; AROUCHA, D. ; SILVA NETO, A. M. ; Siqueira, E.R.F. ; Pereira, L.M. B. ; COELHO, M. R. C. D . NÍVEIS SÉRICOS DO TNF ALFA EM PORTADORES DO HCV. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; SILVA, J. L. A. ; Pereira, L.M. B. ; COELHO, M. R. C. D . EVALUATION OF IL-10 SERUM LEVELS IN HCV PATIENTS. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• SILVA NETO, A. M. ; AROUCHA, D. ; FALCÃO, D. A. ; SILVA, J. L. A. ; Siqueira, E.R.F. ; COELHO, M. R. C. D . IL-10 Serum Levels In HCV Carriers. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• COSTA, M. C. M. F. ; SILVA NETO, A. M. ; MACHADO, C. V. ; AMARAL, F. N. ; SANTOS, T. A. R. ; JUNIOR, V. V. S. ; SENA, K. X. F. R. . Avaliação in vitro da atividade antimicrobiana de diferentes enxaguantes bucais frente a Candida albicans. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• SILVA NETO, A. M. ; COELHO, M. R. C. D . PERFIL SÉRICO DE INTERLEUCINA 10 EM PACIENTES PORTADORES DO HCV. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2013 - 2017

  Geometria diferencial e teoria da informação aplicada a análise de ensembles conformacionais de proteínas., Descrição: Um dos maiores desafios atuais na biologia estrutural é como lidar com flexibilidade de proteínas. Além do desafio experimental, uma limitação teórica é a falta de uma linguagem matemática conveniente para representação do espaço conformacional de proteínas. As representações mais populares apresentam diversas limitações, que se refletem nas dificuldades associadas à análise de ensembles conformacionais. Nesse contexto, a aplicação de geometria diferencial (GD) e teoria da informação (TI) foi pouco explorada. Neste trabalho investigamos o uso de descritores de GD e TI como uma representação matemática do espaço conformacional de proteínas aplicada à análise de ensembles conformacionais. O cálculo dos descritores de GD consiste em representar o backbone de proteínas como curvas espaciais e caracterizá-las utilizando os seus valores de curvatura, , e torção, . Baseado nesses valores, definimos medidas de flexibilidade, de distância entre conformações e aplicamos uma estratégia de clustering para identificação de estados conformacionais. Para permitir a aplicação de TI, desenvolvemos um sistema de codificação desses descritores para expressar cada conformação por uma sequência de símbolos finitos. A partir dessas sequências, definimos uma medida da informação associada a um resíduo, R res , e a uma conformação, R conf . Para investigar sua eficácia, aplicamos os métodos propostos aos ensembles conformacionais de três sistemas testes: 1) Ubiquitina, 2) E1-DBD do HPV18 e 3) as etapas de formação do complexo c-Myb-KIX. A análise da representação por geometria diferencial se mostrou igualmente eficaz ou superior aos métodos comumente utilizados em todos os sistemas analisados. O método é especialmente útil para monitoramento de estabilidade de hélices e para análise de proteínas e regiões muito flexíveis, pois evita a necessidade de sobreposição estrutural. Os valores de R conf se apresentaram úteis para análise de processos de enovelamento e resíduos próximos a regiões funcionais tendem a apresentar maiores valores R res . No entanto, o papel desses resíduos é incerto e mais estudos são necessários para determinar se há e qual é seu real significado. Apesar disso, as medidas de informação se mostraram úteis para comparação de estados conformacionais e permitem levantar hipóteses testáveis em laboratório. Por fim, a representação por GD é computacionalmente conveniente, intuitiva, evita todas as limitações dos métodos popularmente utilizados e se mostrou eficaz para análise de ensembles conformacionais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Rinaldo Wander Montalvão - Coordenador.

• 2011 - 2013

  Caracterização Estrutural e Funcional da Uridina Fosforilase de Schistosoma mansoni, Descrição: A esquistossomose humana, doença causada pelo S. mansoni e com 6 milhões de infectados somente no Brasil, possui uma única estratégia terapêutica eficiente atualmente disponível. Esta se baseia na utilização de praziquantel e relatos de cepas resistentes à essa droga tem despertado o interesse da comunidade científica sobre o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas. Uma melhor caracterização dos processos metabólicos do parasita podem auxiliar nestas buscas. Diante desse contexto, nosso grupo tem trabalhado na caracterização estrutural e funcional das enzimas que compõem a via de salvação de purinas e pirimidinas deste parasita, com dez enzimas já caracterizadas. Uma das enzimas remanescentes é a uridina fosforilase (UP) (EC 2.4.2.3), cujo a qual o genoma do parasita apresenta duas isoformas, a smUPa e smUPb (92% de identidade entre elas). Com o objetivo de caracterizar estruturalmente estas enzimas, ambas foram obtidas via expressão heteróloga, purificadas e submetidas a ensaios de cristalização e co-cristalização (para obtenção das estruturas interagindo com diferentes ligantes). Após coleta de dados de difração de raio-x, processamento e refinamento adequado foram obtidas seis estruturas da smUPa (smUPaapo, smUPa+Timidina, smUPa+timina, smUPa+uracil, smUPa-5fluorouracil) e duas da smUPb (smUPbapo e smUPb+citrato). A análise das estruturas revela que as duas isoformas apresentam essencialmente a mesma estrutura, no entanto, apesar das poucas divergências em nível de sequência de aminoácidos, existem diferenças significativas entre os sítios ativos. A smUPa apresenta o sítio com as mesmas características de UPs conhecidas, em contrapartida a smUPb apresenta duas mudanças significativas que elimina a capacidade de interagir com a base nitrogenada (Q201L) e a cavidade que acomoda a base nitrogenada (G126D), o que torna as smUPs um caso único de isoformas de UP em um mesmo organismo conhecidas. É plausível que a smUPb não seja capaz de catalisar a fosforólise reversível da uridina, sendo ou um pseudogene ou alguma outra enzima com atividade catalítica diferente da UP. Para a completa caracterização destasenzimas, testes de atividade enzimática serão realizados e deverão auxiliar a determinar a real função da smUPb.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Richard Charles Garrat - Integrante / Humberto D'muniz Pereira - Coordenador., Número de produções C, T & A: 1

• 2010 - 2011

  Estudo de modelagem in silico e expressão recombinante in vitro do domínio de ligação ao DNA da proteína E1 do papilomavírus humano, Descrição: As doenças causadas pelo Papilomavirus Humano (HPV) são uma fonte significativa de morbidade e mortalidade em todo o mundo e estão entre as doenças sexualmente transmissíveis de maior incidência. Os HPVs oncogênicos estão relacionados a 99,7% dos casos de câncer de colo de útero. A região nordeste ocupa o segundo lugar no ranking brasileiro de incidência do câncer do colo de útero, com cerca de 18 casos a cada 100.000 mulheres. Portanto, este é um problema importante de saúde pública e conhecer os aspectos biológicos de HPVs oncogênicos se faz necessário para entender melhor características clínicas e desenvolver novas abordagens que visem a diminuição dos danos à população. Uma das etapas essenciais para a manutenção de uma população viral no organismo hospedeiro é a replicação do genoma viral e, consequentemente, esta possui vários alvos em potenciais para o desenvolvimento de drogas antivirais. Experimentos in vitro demonstraram que a proteína E1 do HPV atua como helicase, fator de iniciação da replicação, e recruta fatores de replicação celulares para a origem de replicação viral. A E1 possui papel fundamental na regulação e promoção da replicação do genoma dos HPVs. Em conjunto com proteína viral E2, a E1 é capaz de adquirir especificidade de ligação pela origem de replicação do HPV e o Domínio de Ligação ao DNA (DBD) da E1 é essencial nesta etapa. O DBD possui organização estrutural altamente conservada entre os HPVs, porém, estudos estruturais por difração de raios X demonstraram diferenças entre HPV-18 e HPV-11 quanto às características envolvidas no reconhecimento do DNA. Não há relatos na literatura de outros estudos comparando características estruturais entre o DBD da E1 entre outros tipos de HPV. A análise da estrutura de outros HPVs, como os HPV-16 e -06, pode revelar aspectos estruturais que esclarecerão pormenores das diferenças na fase de replicação dos HPVs oncogênicos e não oncogênicos. Baseado nisso, propomos uma abordagem dessa questão por model. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Danyelly Bruneska Gondim Martins - Coordenador.

• 2008 - 2009

  Dosagem de Interleucina 10 (IL-10) em pacientes portadores do HCV, Descrição: Este projeto faz parte do projeto de doutorado ?Determinação do polimorfismo dos genes da interleucina 10 (IL-10) e fator de necrose tumoral (TNF-) em pacientes portadores do carcinoma hepatocelular causado pelo vírus da hepatite C? e visa levantar dados sobre o papel da IL-10 no desenvolvimento do carcinoma hepatocelular em pacientes portadores do vírus da hepatite C. O HCV não possui oncogênese conhecida e a integração do genoma viral no DNA da célula não parece ser possível, embora o RNA do HCV possa ser detectado no tumor. É possível que o desenvolvimento esteja relacionado com a resposta imune. O aumento da interleucina 10 foi relatado em pacientes com diferentes tumores, porem estudos do polimorfismo dos genes da IL-10 em pacientes com HCV-HCC são escassos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Prof. Dra. Maria Rosângela Duarte Coelho - Coordenador / Diego Arruda Falcão - Integrante / Dayse Aroucha - Integrante.

• 2008 - 2009

  Dosagem do Fator de Necrose Tumoral Alfa em pacientes portadores do HCV, Descrição: Este projeto faz parte do projeto de doutorado ?Determinação do polimorfismo dos genes da interleucina 10 (IL-10) e fator de necrose tumoral (TNF-) em pacientes portadores do carcinoma hepatocelular causado pelo vírus da hepatite C? e visa levantar dados sobre o papel do TNF no desenvolvimento do carcinoma hepatocelular em pacientes portadores do vírus da hepatite C. O TNF em altas concentrações séricas está associado à necrose de tumores in vivo. Porém, não existem dados sobre o perfil desta citocina neste tipo de paciente no Brasil.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Antonio Marinho da Silva Neto - Integrante / Prof. Dra. Maria Rosângela Duarte Coelho - Coordenador / Diego Arruda Falcão - Integrante.

Prêmios