Amanda Nogueira Brum Fontes

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• JOUET, AGATHE BRAET, SOFIE MARIJKE GAUDIN, CYRIL BISCH, GAËLLE VASCONCELLOS, SIDRA EPAMINONDAS NICACIO DE OLIVEIRA DO LIVRAMENTO, REBECCA EMMANUELA PRADO PALACIOS, YRNEH YADAMIS FONTES, AMANDA BRUM LUCENA, NORMA ROSA, PATRICIA MORAES, MILTON LA, KEVIN BADALATO, NELLY LENOIR, ESTEBAN FERRÉ, ALICE CLÉMENT, MARIE HASKER, EPCO GRILLONE, SILAHI HALIFA ABDOU, WIRDANE SAID, AOULADI ASSOUMANI, YOUNOUSSA ATTOUMANI, NISSAD LAURENT, YANNICK CAMBAU, EMMANUELLE DE JONG, BOUKE CATHERINE , et al. SUFFYS, PHILIP NOËL SUPPLY, PHILIP ; Hi-plex deep amplicon sequencing for identification, high-resolution genotyping and multidrug resistance prediction of Mycobacterium leprae directly from patient biopsies by using Deeplex Myc-Lep. EBIOMEDICINE , v. 93, p. 104649, 2023.

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Projetos de pesquisa

• 2014 - Atual

  Análise genética de isolados de Mycobacterium leprae: avaliação da dinâmica de transmissão da hanseníase e perfil de resistência às drogas componentes da poliquimioterapia em diferentes regiões Brasileiras, Descrição: Apesar da incidência de hanseníase no Brasil estar diminuindo, a doença infecciosa causada pelo Mycobacterium leprae ainda é um problema de saúde pública. Em 2011 foram registrados 30.298 novos casos no país. A importância no desenvolvimento de um projeto como este está relacionada ao fato de que pouco se sabe acerca dos mecanismos de transmissão da doença e o perfil de resistência às drogas administradas no tratamento da doença aqui no Brasil Outro fator relevanate desta proposta é que serão avaliados indivíduos procedentes de 4 das 5 regiões brasileiras. Desta forma, teremos uma perspectiva nacional dos dados acerca da variabilidade genética deste bacilo. Além disso, o desenho desta proposta beneficia este tipo de análise porque, diferentemente de estudos anteriores realizados, as informações clínicas e epidemiológicos de todos os pacientes avaliados estarão disponíveis. Desta forma, poderemos comparar os dados obtidos com base no genótipo do patógeno com as informações clínicas e epidemiológcas do hospedeiro. Assim, espera-se que seja possível identificar quais são os fatores de risco que estão associados à transmisão da doença em nível estadual e/ou nacional. Embora isolados de M. leprae resistentes a componentes da PQT tenham sido identificados esporadiamente, a real magnitude do problema, em especial em regiões endêmicas como as que serão avaliadas nesta proposta, ainda é amplamente desconhecida. Estudos recentes demonstram que isolados resistentes às drogas podem contribuir para o surgimento dos casos de recidiva no Brasil (Da Silva Rocha e col., 2012). Relatos de uma pesquisa realizada numa antiga colônia de isolamento de hansenianos, no estado do Pará, indicam uma situação alarmente de emergência e transmissão de cepa de M. leprae resistente aos componentes da PQT (comunicação oral, Marcelo Távora Mira). No entanto, não sabemos se estes achados estão apenas relacionados às condições especiais de isolamente, à endemicidade da área estudada ou se este pode ser atualmente um perfil de cepas circulantes em outros estados também endêmicos de nosso país. Por isso uma investigação acerca do perfil de resistência às drogas de isolados de diferentes áreas do país se faz extremamente necessária. Esta proposta tem caráter multicêntrico e envolve pesquisadores de diferentes estados do país com comprovado conhecimento em hanseníase. Os resultados gerados por esta proposta de pesquisa poderão subsidiar a reformulação das atuais políticas de controle da endemia ou estabelecer novos parâmetros para a sua prevenção em todo o país. Desta forma, esperamos auxiliar o SUS a alcançar a meta de redução no número de casos da doença no Brasil.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2013 - Atual

  Hanseníase em Pernambuco: suporte ao Diagnóstico e uma maior compreensão da transmissão da doença no estado., Descrição: A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica causada pelo Mycobacterium lepraea A falta de conhecimento do número de pessoas infectadas e assintomáticas, que podem exercer papel ativo na transmissão da hanseníase, obscurece os determinantes que influenciam na distribuição geográfica da doença. Os países com maiores coeficientes de prevalência encontram-se nas regiões menos desenvolvidas como Ásia, África e América Latina. No Brasil, em 2010, foram detectados 34.894 novos casos de hanseníase (www.portal.saude.gov.br). Deste total, 41% eram provenientes da região nordeste do país, sendo os estados do Maranhão, Bahia e Pernambuco os que demonstraram as maiores taxas. Em Pernambuco, a hanseníase assume proporções preocupantes. Desde a última década, vem sendo detectados mais de 2.500 casos novos da doença a cada ano, o que caracteriza um estado de alta endemicidade e de franca expansão da doença. A distribuição da endemia no estado, a exemplo do que ocorre no país, não se apresenta de forma homogênea. A capital Pernambucana tem 52,1% dos bairros considerados hiperendêmicos para hanseníase, ou seja, possuem incidência significativa (Boletim Trimestral de Hanseníase ? Secretária de Saúde, Ano 2010). Em 2010, foram notificados 839 casos novos de hanseníase sendo que 117 foram registrados em menores de 15 anos. Embora a faixa etária mais atingida pela endemia seja a adulta em fase produtiva, a detecção de novos casos em menores de 15 anos é preocupante pois este é um importante indicador de monitoramente da endemia para a transmissão ativa da doença. Este dado revela que adultos que convivem com os menores estão transmitindo a doença, uma vez que não são diagnosticados e portanto não tratados, mantendo desta forma a cadeia de contaminação da doença ativa. Após o sequenciamento do genoma de Mycobacterium leprae, inúmeros esforços foram feitos para detectar sequências no DNA deste microrganismo que fossem capazes de definir estirpes deste patógeno. Atualmente, VNTRs (do inglês, Variable number of tandem repeats) (Kimura e col., 2009) e SNPs (do inglês, Single nucleotide polymorphism) (Monot e col., 2005, 2009) têm sido utilizados com o objetivo de compreender a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença. Os resultados comprovam que a genotipagem utilizando os elementos anteriormente descritos é uma ferramenta importante para elucidar aspectos relativos à transmissão da hanseníase. Na presente proposta de projeto, a variabilidade genética de isolados de M. leprae, oriundos de amostras clínicas (esfregaços dérmicos provenientes de lâminas de baciloscopia) de pacientes hansenianos atendidos no Laboratório Municipal de Saúde Pública, será avaliada utilizando 16 VNTRs e três SNPs. Através deste estudo, esperamos verificar se há relação entre o genótipo do patógeno com características clínicas e epidemiológicas dos pacientes hansenianos avaliados, definir áreas e fatores de risco associados à ocorrência da doença e estudar a dinâmica da cadeia de transmissão da hanseníase no município do Recife. Uma maior compreensão acerca dos mecanismos de disseminação da hanseníase nesta população específica poderá subsidiar a reformulação das atuais políticas de controle da endemia ou estabelecer novos parâmetros para a sua prevenção.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Coordenador., Financiador(es): FACEPE - PPSUS - Auxílio financeiro.

• 2012 - Atual

  Estudo da variabilidade genética de isolados de Mycobacterium leprae e sua aplicação na epidemiologia molecular da Hanseníase na cidade do Recife/Pernambuco, Descrição: A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica causada pelo Mycobacterium leprae. Em Pernambuco, a doença assume proporções preocupantes. A região metropolitana do Recife concentra 55% dos casos. Após o sequenciamento do genoma de M. leprae, inúmeros esforços foram feitos na busca por sequências repetitivas com potencial para diferenciar isolados de M. leprae. Atualmente, VNTRs (Variable number of tandem repeats) e SNPs (Single nucleotide polymorphism) têm sido utilizados para explorar a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2009 - Atual

  Caracterização epidemiológica, clínica e avaliação de estratégias de intervenção em duas áreas endêmicas de hanseníase, Descrição: Caracterização epidemiológica de agregados (clusters) de casos de hanseníase; estimativas de prevalência oculta; Determinantes do diagnóstico tardio/obstáculos ao diagnóstico da hanseníase; Investigação em serviços de saúde das áreas prioritárias; Vigilância de contatos de casos de hanseníase; Epidemiologia molecular (população de casos de hanseníase e de sadios); Caracterização clínica e epidemiológica do comprometimento neural nos casos de hanseníase; Resistência medicamentosa da hanseníase. Estratégias de informação, educação e comunicação para o controle. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Integrante / Milton Ozório Moraes - Integrante / Marcos da Cunha Lopes Virmond - Coordenador / Marcelo Mira - Integrante / Marília Brasil Xavier - Integrante / Neusa Maria Broch Coelho - Integrante / Ida Maria foschiani Dias-Baptista - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Genética do Hospedeiro e do M. leprae no desenvolvimento dos fenótipos da resposta imune na hanseníase, Descrição: estudo da relação entre composição genética do hospedeiro, de M. leprae e da forma clínica da hanseníase.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Integrante / Philip Noel Suffys - Integrante / Milton Ozório Moraes - Integrante / Harrison Magdinier Gomes - Integrante / Adalberto Rezende dos Santos - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Estudos clínico-epidemiológicos da hanseníase em área endêmica do Nordeste Brasileiro, Descrição: O objetivo do projeto é realizar os seguintes estudos que preencham lacunas importantes no conhecimento da epidemiologia da hanseníase. Dentre estes estudos citam-se: Estudo 1 Estudo sobre a transmissão de M. leprae e dos marcadores preditivos de susceptibilidade aos estados reacionais e dos fatores de risco para dano neural nas reações hansênicas em pacientes submetidos a dois esquemas terapêuticos diferentes (MDT-U e MDT-R) para hanseníase; Estudo 2 Estudo de biodisponibilidade de uma formulação de talidomida, comprimido de 100mg da Fundação Ezequiel Dias - FUNED (formulação teste) versus uma formulação de talidomida comprimido de 100 mg do produto Thalomid®, da Celgene Corporation (USA) e versus uma formulação de 100 mg de Thalidomide;, da Laphal (França) em voluntários com diagnóstico de hanseníase... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Integrante / Philip Noel Suffys - Integrante / Adalberto Rezende dos Santos - Integrante / Lígia Regina Franco Sansigolo Kerr - Coordenador / Cristiane Cunha Frota - Integrante / Guilherme Loureiro Werneck - Integrante / Carl Kendall - Integrante / Maurício Lima Barreto - Integrante.

• 2007 - 2011

  Genotipagem de isolados de Mycobacterium leprae de pacientes hansenianos do Brasil, Descrição: A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica, causada pelo Mycobacterium leprae. Após o sequenciamento do genoma deste patógeno, inúmeros esforços têm sido feitos na busca por sequências repetitivas com potencial para diferenciar isolados de M. leprae. Atualmente, VNTRs têm sido utilizados com o objetivo de compreender a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença. Além disso, SNPs também têm contribuído para elucidar aspectos referentes à disseminação da hanseníase pelo mundo. Neste estudo, a variabilidade genética de 292 isolados de M. leprae oriundos de amostras clínicas de pacientes hansenianos das regiões norte, nordeste e sudeste do país foi avaliada utilizando 16 VNTRs e três SNPs. O polimorfismo dos diferentes VNTRs foi determinado através de MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) utilizando FLA (Fragment lenght analysis), enquanto que os SNPs foram analisados através de PCR-RFLP e/ou sequenciamento. O poder discriminatório dos 16 VNTRs foi de 0.999, sendo que as repetições de dinucleotídeos AT e o trinucleotídeo GAA21 apresentaram os maiores índices de discriminação alélica. Além da genotipagem de isolados de M. leprae de biópsias de pele, material de linfa fixado em lâmina de baciloscopia também foi utilizado como uma fonte alternativa para obtenção de DNA deste bacilo. Com relação à genotipagem por SNP, foi possível observar a predominância do genótipo 3, associado à população européia, em Rondônia, Rio de Janeiro e São Paulo. Já o genótipo 4, oriundo da África Ocidental, foi predominante em Pernambuco e Fortaleza. A presença dos diferentes genótipos e sua predominância em determinadas áreas corroboram com o processo de colonização do país que se reflete na atual composição étnica da população brasileira. Com base nos perfis obtidos através dos VNTRs e SNPs, foram identificados seis grupos geneticamente idênticos: quatro do Ceará, um de Rondônia e outro formado entre amostras de Minas Gerais e São Paulo. Nenhuma associação entre os pacientes enquadrados nos grupos da região norte e sudeste do país foi estabelecida. Todavia, foi possível observar que os grupos foram formados entre indivíduos oriundos de mesmo estado ou região geográfica. Com relação aos grupos formados entre as amostras do Ceará, associações entre o gênero masculino e o local de origem das amostras foram estabelecidas com base nos genótipos de M. leprae, sugerindo que estes seriam fatores de risco para a transmissão da hanseníase. Neste estudo, também foi possível avaliar amostras de pacientes com hanseníase recidiva para quatro VNTRs e os achados sugerem que estes pacientes foram re-infectados ou que houve mudança da população bacteriana durante a recidiva da doença. Os resultados comprovam que a genotipagem de M. leprae é uma ferramenta importante na elucidação de aspectos relativos à transmissão e disseminação da doença pelo mundo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

• 2007 - Atual

  The leprosy bacillus: from genotype to phenotype tools, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Integrante / Philip Noel Suffys - Integrante / Patrick J. Brennan - Coordenador / Varalakshmi D. Vissa - Integrante / Maria Cristina Vidal Pessolani - Integrante.

• 2006 - 2010

  Avaliação da transmissão do Mycobacterium leprae e definição de estratégias para a identificação de indivíduos em risco de desenvolver hanseníase em comunicantes, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Integrante / Philip Noel Suffys - Integrante / Maria Cristina Vidal Pessolani - Coordenador.

• 2006 - Atual

  Selection of VNTR markers for M. leprae typing, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Philip Noel Suffys em 10/09/2014., Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Integrante / Philip Noel Suffys - Coordenador / Adalberto Rezende dos Santos - Integrante., Financiador(es): New York Community Trust - Auxílio financeiro.

• 2005 - Atual

  Variabilidade Genética de isolados de M. leprae, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Philip Noel Suffys em 10/09/2014., Descrição: Avaliação de SNPs e VNTRs em isolados de M. leprae obtidos de pacientes de diferentes estados do Brasil com o objetivo de avaliar a variabilidade genética biogeográfica, definir caminhos de transmissão, estudar marcadores genéticos e desenvolver métodos de tipagem, buscar fatores de risco para transmissão, associar genótipos do bacilo com a forma da doença ou reação, estudar filogenia de M. leprae.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Integrante / Philip Noel Suffys - Coordenador / Lígia Regina Franco Sansigolo Kerr - Integrante / Norma Lucena Cavalcanti Licinio da Silva - Integrante / Ida Maria foschiani Dias-Baptista - Integrante., Financiador(es): World Health Organization - Auxílio financeiro.

• 2003 - 2005

  Estudo da variabilidade genética em isolados de Mycobacterium leprae e sua aplicação na epidemiologia molecular da hanseníase, Descrição: A Hanseníase é uma doença infecciosa crônica causada pelo Mycobacterium leprae. Após uma considerável redução do número de casos registrados nos últimos 15 anos, a doença continua a ser um grande problema de saúde pública em alguns países em desenvolvimento, nos quais não foi verificada redução nas taxas de detecção de novos casos. M. leprae apresenta pequeno polimorfismo genético e até o momento não havia sido possível caracterizar diferentes ?cepas? deste microrganismo. Todavia, o seqüenciamento completo de seu genoma nos forneceu subsídios para uma ampla procura de seqüências potencialmente polimórficas. Após análises in silico, um total de 11 repetições de número variável, compostas por dois, três ou mais nucleotídeos, foram identificadas. Estas repetições encontram-se distribuídas no cromossomo, localizando-se em pseudogenes e em segmentos intergênicos. Inicialmente, foram desenvolvidos iniciadores para amplificar os loci contendo as repetições (AT)n, (GTA)n, (TA)n e (GAA)n. O número de cópias de cada uma destas repetições foi determinado através de amplificação por PCR, análise em gel e seqüenciamento. Para avaliar a estabilidade destes possíveis marcadores, um total de 12 isolados de M. leprae provenientes de pacientes multibacilares de diferentes regiões dos Estados Unidos, Brasil, México e Filipinas, bem como amostras de tatus e macacos naturalmente infectados foram analisados. Estes isolados têm sido inoculados em coxim plantar de camundongos e em tatus durante diferentes períodos de tempo. Após avaliar a estabilidade e a variabilidade destas repetições, 89 amostras clínicas (biópsias de nervo, biópsias de pele e esfregaços dérmicos) provenientes de pacientes do município do Rio de Janeiro foram analisadas. O número de cópias encontrado no locus GAA21 variou de 9 a 18 cópias, no locus AT17 de 9 a 20 cópias, no locus GTA9 de 7 a 21 cópias e no locus TA18 de 9 a 30 cópias. Os isolados avaliados até o momento, combinando os diferentes loci polimórficos, apresentaram genótipos únicos, o que sugere uma variabilidade genética considerável. Posteriormente, as condições de amplificação para mais 7 loci, sendo TA-CATA-TA (3-3-6), AT (7), AT-TA-AT-TA (2-4-2-8), AC (8), TA (9), AC (9) and CAC (6) foram otimizadas. No entanto, a variabilidade genética destes novos VNTRs ainda não foi verificada. Dados recentes da literatura demonstram que a utilização deste tipo de marcador genético poderia aumentar nosso conhecimento sobre a interação patógeno-hospedeiro, transmissão e epidemiologia da hanseníase.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Amanda Nogueira Brum Fontes - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.