André Luis Fonseca Faustino
Doutor em Bioinformática pela Universidade Federal do Rio Grande do Norte IMD (2018), sob a orientação do Dr. Sandro José de Souza; Mestre em Genética e Biologia Molecular pela Universidade Federal do Pará (2016); e Graduado em Ciências Biológicas (Licenciatura) pela Universidade Federal do Rio Grande do Norte (2013). Possui experiência em bioinformática aplicada ao estudo do câncer, com ênfase na caracterização de repertórios de células T e na priorização de antígenos tumorais para o desenvolvimento de alvos terapêuticos em imunoterapia. Atuou como Cientista de Dados no MD Anderson Cancer Center até 2024, sob a supervisão da Dra. Linghua Wang, desenvolvendo projetos voltados à padronização e automatização de análises de dados de célula única para a investigação do microambiente tumoral em dados humanos e em modelos murinos geneticamente modificados. Atualmente, é Professor Assistente da Universidade Federal do Rio Grande do Norte, atuando no Bacharelado em Inteligência Artificial, onde desenvolve atividades de ensino, pesquisa e formação de recursos humanos nas áreas de bioinformática, inteligência artificial aplicada às ciências da vida e análise de dados ômicos. É familiarizado com abordagens de aprendizagem de máquina e métodos estatísticos para integração de dados multimodais de célula única, incluindo single-cell RNA-seq, TCR-seq e transcriptômica espacial.
Informações coletadas do Lattes em 05/05/2026
Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Pós-graduação em Bioinformática
2016 - 2018
Universidade Federal do Rio Grande do Norte
Título: Bioinformática aplicada à oncologia: Estudos na prospecção de alvos terapêuticos, antígenos tumorais e na dinâmica de resistência a drogas
, Ano de obtenção: 2018. Sandro José de Souza. Coorientador: Junior Barrera. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Mestrado em Genética e Biologia Molecular
2014 - 2016
Universidade Federal do Pará
Título: INTEGRAÇÃO DE DADOS GENOMICOS NA IDENTIFICAÇÃO DE VIAS TUMORIGÊNICAS: UMA PERSPECTIVA DE BIOLOGIA DE SISTEMAS
, Ano de Obtenção: 2016.Sandro José de Souza.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Redes Biológicas; Câncer de Mama; Subtipos moleculares.
Graduação interrompida em 2020 em Ciência de Dados
2019 - Atual
Universidade Cruzeiro do Sul
Ano de interrupção: 2020
Pós-doutorado
2021 - 2022
Pós-Doutorado. , University of Houston System, UHSA, Estados Unidos. , Bolsista do(a): National Institutes of Health, NIH, Estados Unidos. , Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunogenética. , Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Medicina / Subárea: Clínica Médica / Especialidade: Cancerologia. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Antigenos tumorais.
2019 - 2021
Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): National Institutes of Health, NIH, Estados Unidos. , Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunogenética. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Evolução. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
2018 - 2019
Pós-Doutorado. , Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica / Especialidade: BIOINFORMÁTICA. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunogenética.
Formação complementar
2020 - 2020
Curso intensivo em Ciência de Dados. (Carga horária: 250h). , Awari School, AS, Brasil.
2013 - 2013
Extensão universitária em 13º Curso de Férias de Genética. (Carga horária: 35h). , Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
2013 - 2013
Desenvolvimento Web com PHP. (Carga horária: 67h). , 4Linux, 4LINUX, Brasil.
2013 - 2013
Aplicações do sequenciamento de nova geração. (Carga horária: 3h). , Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.
2013 - 2013
Proteômica & Espectrometria de Massa. (Carga horária: 22h). , Instituto de Bioinformática e Biotecnologia, I2BIO, Brasil.
2012 - 2012
Extensão universitária em Formação do Licen. no E. P. em Ciências e Biologia. (Carga horária: 22h). , Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
2012 - 2012
Introduction to Perl for Bioinformatics. (Carga horária: 3h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2012 - 2012
A Bioinformática no Século 21. (Carga horária: 22h). , Instituto de Bioinformática e Biotecnologia, I2BIO, Brasil.
2012 - 2012
Curso Prático Introdutório de Bioinformática. (Carga horária: 8h). , Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
2011 - 2011
Extensão universitária em 11º Curso de Férias de Genética. (Carga horária: 60h). , Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
2011 - 2011
De Novo Genome Assembly course. (Carga horária: 3h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2011 - 2011
II Curso de Bioinformática: Análise de dados mol.. (Carga horária: 75h). , Universidade Federal de Pernambuco, UFPE, Brasil.
2011 - 2011
Reactome Pratical course. (Carga horária: 3h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2011 - 2011
Introdução à Bioinformática. (Carga horária: 60h). , Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Rio Grande do Norte, IFRN, Brasil.
2011 - 2011
Filogenia Molecular. (Carga horária: 60h). , Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Transcriptômica de única célula.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Repertório e biologia de celula T.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Antigenos tumorais.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Transcriptômica espacial.
Participação em eventos
American Association for Cancer research. Scratch: A highly modular pipeline for single-cell cancer research. 2023. (Congresso).
3rd Annual GCC Single Cell Omics Symposium.Distinguishing Private and Public T-cell Repertoires from Pan-cancer Single-cell Datasets: Thoughts about T-cell Shareability and Antigen-specificity. 2022. (Simpósio).
Society for Immunotherapy of Cancer. Crossdome: An interactive R package to predict T-cell cross-reactivity risk on immunopeptidomics databases. 2022. (Congresso).
X-meeting. A bioinformatics approach to cancer vaccines prioritization based cancer-testis antigens in melanoma. 2019. (Congresso).
III Simposio Norte e Nordeste de Bioinformatica.An association between rna-binding proteins expression and drug response in tp53 genotypes. 2018. (Simpósio).
12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. An intuitive network-based approach to investigate clinical features among breast cancer subtypes. 2016. (Congresso).
BIOLOGIA SISTÊMICA DO CÂNCER. 2014. (Encontro).
Simpósio sobre Redes Biológicas. 2013. (Simpósio).
8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting. Genomic integrity in metagenomic libraries from distinct brazilian biomes. 2012. (Congresso).
Insights on Genetics. 2012. (Simpósio).
7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. MANGABA: Metagenomic ANnotation and storaGe datABAse. 2011. (Congresso).
International Workshop on Genomics of Health and Diseases.Identification of genes related to the synthesis of biosurfactants in metagenomic libraries. 2011. (Encontro).
62ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência. 2010. (Outra).
IX Simpósio do Centro de Biociências. 2010. (Simpósio).
II Seminário sobre Biodiversidade do DBEZ-UFRN. 2009. (Seminário).
I Simpósio Brasileiro do Potencial Energético das Microalgas. 2009. (Simpósio).
I Simpósio em Psicobiologia: Do Cérebro ao Comportamento. 2009. (Simpósio).
VIII Simpósio do Centro de Biociências XI Mostra Científica do Centro de Biociências III Semana de Aquicultura IV Semana de Biomedicina. 2009. (Simpósio).
Produções bibliográficas
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CONEV, ANJA ; RIGO, MAURICIO MENEGATTI ; DEVAURS, DIDIER ; FONSECA, ANDRÉ FAUSTINO ; KALAVADWALA, HUSSAIN ; DE FREITAS, MARTIELA VAZ ; CLEMENTI, CECILIA ; ZANATTA, GEANCARLO ; ANTUNES, DINLER AMARAL ; KAVRAKI, LYDIA E . EnGens: a computational framework for generation and analysis of representative protein conformational ensembles. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS , v. 24, p. 1, 2023.
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DESAI, POONAM N. ; WANG, BOFEI ; FONSECA, ANDRE ; BORGES, PAMELLA ; JELLOUL, FATIMA ZAHRA ; REVILLE, PATRICK K. ; LEE, ERIC ; LY, CHRISTOPHER ; BASI, AKSHAY ; ROOT, JESSICA ; BARAN, NATALIA ; POST, SEAN M. ; DENG, QING ; SUN, HANXIAO ; HARMANCI, ARIF O. ; BURKS, JARED K. ; GOMEZ, JAVIER A. ; DINARDO, COURTNEY D. ; DAVER, NAVAL G. ; ALATRASH, GHEATH ; et.al . Single-Cell Profiling of CD8+ T Cells in Acute Myeloid Leukemia Reveals a Continuous Spectrum of Differentiation and Clonal Hyperexpansion. Cancer Immunology Research , v. 11, p. 1011-1028, 2023.
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DE SOUSA LEAL, ANGÉLICA MARIA ; DE AZEVEDO MEDEIROS, LÁZARO BATISTA ; MUÑOZ-CADAVID, CESAR ORLANDO ; DE PAULA OLIVEIRA, RIVA ; DE SOUZA TIMÓTEO, ANA RAFAELA ; DE OLIVEIRA, ANA HELENA SALES ; LUIS FONSECA FAUSTINO, ANDRÉ ; DA SILVA, VANDECLÉCIO LIRA ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; BRAZ PETTA LAJUS, TIRZAH ; DE MELO CAMPOS, JULLIANE TAMARA ARAÚJO ; AGNEZ-LIMA, LUCYMARA FASSARELLA . XPA deficiency affects the ubiquitin-proteasome system function. DNA REPAIR , v. 94, p. 102937, 2020.
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FONSECA, ANDRÉ L. ; MINNICELLI, C. F. ; DA FONSÊCA, MARBELLA M. ; MEDEIROS, I. ; SILVA, R. C. B. ; DE SOUZA, JORGE ; AGNEZ-LIMA, L. F. . Molecular diagnosis of metabolic pathways: from in silico prediction based on genome to in vitro verification. In: III Simpósio de Norte e Nordeste de Bioinformática, 2018, Recife. III Simpósio de Norte e Nordeste de Bioinformática, 2018. v. III.
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FLORENTINO, L. C. ; ALMEIDA, R. V. M. ; FONSECA, ANDRÉ L. ; DE SOUZA, SANDRO ; LIMA, J. P. M. S. . Consequência estrutural das mutações associadas ao câncer. In: II Simpósio de Norte e Nordeste de Bioinformática, 2017, Belém. II Simpósio de Norte e Nordeste de Bioinformática, 2017. v. II.
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DA SILVA, VANDECLÉCIO L. ; FONSECA, ANDRÉ L. ; DE SOUZA, SANDRO J. ; DE SOUZA, JORGE E. S. . Parallel-simMut - pacote R para simulação de enriquecimento de mutação. In: II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017, Belém. II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017. v. II.
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COELHO, A. C. M. F. ; FONSECA, ANDRÉ L. ; DE SOUZA, SANDRO J. . Estratificação de amostras baseada nos status BRCA1/BRCA2 revela novos alvos em câncer de ovário. In: II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017, Belém. II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017. v. II.
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REIS, C. F. ; DALMOLIN, R. J. S. ; FONSECA, ANDRÉ L. ; DE SOUZA, SANDRO J. . 11.000 Sinônimos! Mas nem tanto.... In: II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017, Belém. II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017. v. II.
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LINS, P. B. R. ; FONSECA, ANDRÉ L. ; SUAREZ-KURTZ, G. ; DE SOUZA, SANDRO J. . A influência de SNPs na regulação da expressão de genes com interesse farmacológico. In: II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017, Belém. II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, 2017. v. II.
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SILVA, V. L. ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, A. M. ; FONSECA, ANDRE F ; MOREIRA, F. C. ; BURBANO, R. ; ASSUMPCAO, P. ; SANTOS, S. ; DE SOUZA, SANDRO J. ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, A. . Characterization of piRNA in the non-cancer gastric tissue. In: 60º CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 2014, Guarujá. 60º CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 2014.
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ARAUJO, S. C. S. ; SILVA, U. B. ; NICOLINI, F. ; PACCHIONI, R. G. ; MELO, A. J ; FAUSTINO, A. L. F. ; Tatiana ; AGNEZ-LIMA, L. F. . Identification of genes related to salinity in metagenomic banks in Northeast Brazil. In: International Workshop on Genomics of Health and Diseases, 2011. International Workshop on Genomics of Health and Diseases, 2011.
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MEDEIROS, L. A. ; Tatiana ; SILVA, R. C. B. ; SILVA, U. B. ; PACCHIONI, R. G. ; MELO, A. J ; ARAUJO, S. C. S. ; FAUSTINO, A. L. F. ; NICOLINI, F. ; AGNEZ-LIMA, L. F. . Selection of clones in metagenomics libraries involved in tolerance to metals. In: International Workshop on Genomics of Health and Diseases, 2011. International Workshop on Genomics of Health and Diseases, 2011.
Projetos de pesquisa
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2014 - Atual
REDE DE PESQUISA EM GENÔMICA POPULACIONAL HUMANA, Descrição: Descrição: O projeto "Rede de pesquisa em genômica populacional humana", propõe o desenvolvimento de uma rede de biologia computacional baseado no estudo do genoma de populações humanas da Amazônia, obtidos por meio de plataforma NGS (Sequenciamento Nova Geração). Este permitirá: uma melhor compreensão da variabilidade genética de populações tradicionais da região Amazônica; o estudo da variabilidade dos sítios de ligação de fatores transcricionais humanos; o conhecimento de mecanismos envolvidos no câncer gástrico; e o desenvolvimento de sistemas inteligentes (área computacional) aplicados à descoberta de padrões biológicos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (11) / Mestrado acadêmico: (12) / Doutorado: (9) . , Integrantes: André Luís Fonseca Faustino - Coordenador / Vandeclécio Lira da Silva - Integrante / Andre Mauricio Ribeiro dos Santos - Integrante / Andrea Kely Campos Ribeiro dos Santos - Integrante / Ney Pereira Carneiro dos Santos - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Igor Guerreiro Hamoy - Integrante / Rommel Mario Rodriguez Burbano - Integrante / Paulo Pimentel de Assumpção - Integrante / Larissa Luz Gomes - Integrante / Sylvain Henri Darnet - Integrante / Pablo D. Pinto - Integrante / Mariane R. Fernandes - Integrante / Darlen C. Carvalho - Integrante / Cristina Duarte Valente - Integrante / Monica Baraúna Assumpção - Integrante / Carolina Baraúna Assumpação - Integrante / Aline M. P. Cruz - Integrante / Vinicius A. Sortica - Integrante / Adamo L. Santana - Integrante / Milene Raiol de Moraes - Integrante / Natalle do Socorro da Costa Freitas - Integrante / Fabiano Cordeiro Moreira - Integrante / Debora C R O Fernandes - Integrante / Sidney Santos - Integrante / Igo Paixão Medeiros - Integrante / Ana Virginia Van Den Berg - Integrante / Giovanna Cavalcante - Integrante / Marcos Antonio Amador - Integrante / Amanda F. Vidal - Integrante / Sandro José Souza - Integrante / Ana Paula Schaan - Integrante / Rommel Thiago Jucá Ramos - Integrante / Vivian Nogueira Silberg - Integrante / Beatriz Stransky Ferreira - Integrante / Adalberto Barreto da Rocha Klautau Jr. - Integrante / Roberto Célio Limão de Oliveira - Integrante / Ronaldo de Freitas Zampolo - Integrante / Claudio Alex Jorge da Rocha - Integrante / Iguaracy Pinheiro de Sousa - Integrante / Fabio Manoel França - Integrante / Armando Maciel Toda - Integrante / Geraldo Ishak - Integrante / Roberta Borges Andrade - Integrante / Gloria Tatiana Sandoval Vinasco - Integrante / Rebeca Lais da Silva Cruz - Integrante / Lais Costa dos Reis - Integrante / Arthur Ribeiro dos Santos - Integrante / Diego Marques da Costa Santos - Integrante / Tânia Carlice Lopes Pereira dos Reis - Integrante / Cintia Helena Braga da Silva - Integrante / Lucas Cauê Bezerra Santos - Integrante / Gleyce Fonseca Cabral - Integrante / Gilderlânio Santana de Araújo - Integrante.
Prêmios
2012
DNA Repair from metagenomics libraries, Sociedade Brasileira de Biotecnologia.
2011
Functional characterization of a new dna repair enzyme from metagenomic library, Sociedade Brasileira de Genética.
Histórico profissional
Experiência profissional
2012 - 2013
Instituto de Bioinformática e BiotecnologiaVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20
2025 - Atual
Universidade Federal do Rio Grande do NorteVínculo: Servidor público, Enquadramento Funcional: Professor assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2018 - 2019
Universidade Federal do Rio Grande do NorteVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador de Pos-doutorado, Carga horária: 40
2016 - 2018
Universidade Federal do Rio Grande do NorteVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista de Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2010 - 2012
Universidade Federal do Rio Grande do NorteVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20
2017 - 2018
University Of California San DiegoVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 10
2022 - Atual
The University of Texas MD Anderson Cancer CenterVínculo: Servidor público, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Carga horária: 40
Atividades
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12/2022
Pesquisa e desenvolvimento, Department of Genomic Medicine.Linhas de pesquisa
2021 - 2022
University of Houston SystemVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador de Pos-doutorado, Carga horária: 40
Atividades
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04/2021 - 12/2022
Pesquisa e desenvolvimento, University of Houston - Main Campus.Linhas de pesquisa
2019 - 2021
Universidade de São PauloVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador de Pos-doutorado, Carga horária: 40
2020 - 2020
Universidade de São PauloVínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor convidado, Carga horária: 4
Outras informações:
Ministrou/colaborou com aulas teóricas na disciplina, BIP 5702 Escrita Científica no Instituto de Biociências
Atividades
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09/2019 - 04/2021
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Biociências.Linhas de pesquisa
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03/2020 - 04/2020
Ensino, Programa de Pós-graduação da Zoologia, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, BIP 5702 Escrita Científica
2014 - 2016
Universidade Federal do ParáVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista de Mestrado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
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Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todos os processos de André Luis Fonseca Faustino e sempre que o nome aparecer em publicações dos Diários Oficiais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário
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