Roberto Kopke Salinas

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Produções bibliográficas

• Salinas, Roberto Kopke . The application of solution NMR spectroscopy to study dynamics of two-domain calcium-binding proteins. Journal of Magnetic Resonance Open , v. 16-17, p. 100120, 2023.

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• DE SOUZA DEGENHARDT, MAXIMILIA F. ; VITALE, PHELIPE A.M. ; ABIKO, LAYARA A. ; ZACHARIAS, MARTIN ; SATTLER, MICHAEL ; OLIVEIRA, CRISTIANO L.P. ; Salinas, Roberto K. . Molecular insights on CALX-CBD12 inter-domain dynamics from MD simulations, RDCs and SAXS. BIOPHYSICAL JOURNAL , v. 120, p. 3664-3675, 2021.

• LLONTOP, EDGAR E. ; CENENS, WILLIAM ; FAVARO, DENIZE C. ; SGRO, GERMÁN G. ; SALINAS R.K. ; Guzzo, Cristiane R. ; FARAH, S. C. . The PilB-PilZ-FimX regulatory complex of the Type IV pilus from Xanthomonas citri. PLoS Pathogens , v. 17, p. e1009808, 2021.

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• CARDOSO, MARCUS V.C. ; RIVERA, JOSE D. ; VITALE, PHELIPE A.M. ; DEGENHARDT, MAXIMILIA F.S. ; ABIKO, LAYARA A. ; OLIVEIRA, CRISTIANO L.P. ; Salinas, Roberto K. . CALX-CBD1 Ca2+-Binding Cooperativity Studied by NMR Spectroscopy and ITC with Bayesian Statistics. BIOPHYSICAL JOURNAL , v. 119, p. 337-348, 2020.

• SILVA DE SOUZA, ANACLETO ; RIVERA, JOSE DAVID ; ALMEIDA, VITOR MEDEIROS ; GE, PINGJU ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; FARAH, CHUCK SHAKER ; ULRICH, HENNING ; MARANA, SANDRO ROBERTO ; SALINAS R.K. ; GUZZO, C. R. . Molecular Dynamics Reveals Complex Compensatory Effects of Ionic Strength on the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Spike/Human Angiotensin-Converting Enzyme 2 Interaction. Journal of Physical Chemistry Letters , v. n, p. 10446-10453, 2020.

• SARAIVA, G. K. V. ; DE SOUZA, V. V. ; OLIVEIRA, L. C. ; NORONHA, M. L. C. ; MASINI, J. C. ; CHAIMOVICH, H. ; SALINAS R.K. ; FLORENZANO, F. H. ; CUCCOVIA, I. M. . Characterization of PMMA-b-PDMAEMA aggregates in aqueous solutions. COLLOID AND POLYMER SCIENCE , v. XX, p. 1-13, 2019.

• SGRO, GERMÁN G. ; OKA, GABRIEL U. ; Souza, Diorge P. ; CENENS, WILLIAM ; BAYER-SANTOS, ETHEL ; MATSUYAMA, BRUNO Y. ; BUENO, NATALIA F. ; DOS SANTOS, THIAGO RODRIGO ; Alvarez-Martinez, Cristina E. ; SALINAS R.K. ; FARAH, S. C. . Bacteria-Killing Type IV Secretion Systems. Frontiers in Microbiology , v. 10, p. 1-20, 2019.

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• SGRO, GERMÁN G. ; COSTA, TIAGO R. D. ; CENENS, WILLIAM ; Souza, Diorge P. ; CASSAGO, ALEXANDRE ; COUTINHO DE OLIVEIRA, LUCIANA ; SALINAS R.K. ; PORTUGAL, RODRIGO V. ; FARAH, S. C. ; WAKSMAN, GABRIEL . Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri. Nature Microbiology , v. 3, p. 1429-1440, 2018.

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• DA COSTA VASCONCELOS, FERNANDA NOGALES ; MACIEL, NIKOLAS KOSHIYAMA ; FAVARO, DENIZE CRISTINA ; DE OLIVEIRA, LUCIANA COUTINHO ; BARBOSA, ANGELA SILVA ; SALINAS R.K. ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; FARAH, CHUCK SHAKER ; GUZZO, C. R. . Structural and Enzymatic Characterization of a cAMP-Dependent Diguanylate Cyclase from Pathogenic Leptospira Species. JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY , v. 429, p. 2337-2352, 2017.

• ABIKO, LAYARA AKEMI ; VITALE, PHELIPE M. ; FAVARO, DENIZE C. ; HAUK, PRICILA ; LI, DA-WEI ; YUAN, JIAQI ; Bruschweiler-Li, Lei ; Salinas, Roberto K. ; BRÜSCHWEILER, RAFAEL . Model for the allosteric regulation of the Na+/Ca2+ exchanger NCX. Proteins (Print) , v. 84, p. 580-590, 2016.

• OLIVEIRA, LUCIANACOUTINHO ; SOUZA, DIORGEPAULO ; OKA, GABRIELUMAJI ; LIMA, FILIPEDASILVA ; OLIVEIRA, RONALDOJUNIO ; FAVARO, DENIZECRISTINA ; WIENK, HANS ; BOELENS, ROLF ; FARAH, CHUCKSHAKER ; SALINAS, ROBERTOKOPKE . VirB7 and VirB9 Interactions Are Required for the Assembly and Antibacterial Activity of a Type IV Secretion System. STRUCTURE , v. 24, p. 1707-1718, 2016.

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• SOUZA, DIORGE P. ; OKA, GABRIEL U. ; ALVAREZ-MARTINEZ, CRISTINA E. ; BISSON-FILHO, ALEXANDRE W. ; DUNGER, GERMAN ; HOBEIKA, LISE ; CAVALCANTE, NAYARA S. ; ALEGRIA, MARCOS C. ; BARBOSA, LEANDRO R.S. ; SALINAS R.K. ; GUZZO, C. R. ; Farah, Chuck S. . Bacterial killing via a type IV secretion system. Nature Communications , v. 6, p. 6453, 2015.

• LIMA, FILIPE S. ; CUCCOVIA, IOLANDA M. ; HORINEK, DOMINIK ; AMARAL, LIA Q. ; RISKE, KARIN A. ; SCHREIER, SHIRLEY ; Salinas, Roberto K. ; BASTOS, ERICK L. ; PIRES, PAULO A. R. ; BOZELLI, JOSÉ CARLOS ; FAVARO, DENIZE C. ; RODRIGUES, ANA CLARA B. ; DIAS, LUÍS GUSTAVO ; EL SEOUD, OMAR A. ; CHAIMOVICH, HERNAN . Effect of Counterions on the Shape, Hydration, and Degree of Order at the Interface of Cationic Micelles: The Triflate Case. Langmuir , v. 29, p. 4193-4203, 2013.

• Guzzo, Cristiane R. ; DUNGER, GERMAN ; SALINAS R.K. ; FARAH, S. C. . Structure of the PilZ-FimXEAL-c-di-GMP Complex Responsible for the Regulation of Bacterial Type IV Pilus Biogenesis. Journal of Molecular Biology , v. 425, p. 2174-2197, 2013.

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• Souza, Diorge P. ; Andrade, Maxuel O. ; Alvarez-Martinez, Cristina E. ; Arantes, Guilherme M. ; Farah, Chuck S. ; Salinas, Roberto K. . A Component of the Xanthomonadaceae Type IV Secretion System Combines a VirB7 Motif with a N0 Domain Found in Outer Membrane Transport Proteins. PLoS Pathogens , v. 7, p. e1002031, 2011.

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• KALODIMOS, C. ; BONVIN, A. M. J. J. ; SALINAS R.K. ; WECHSELBERGER, R. ; BOELENS, R. ; KAPTEIN, R. . Plasticity in protein-DNA recognition: Lac repressor interacts with its natural operator O1 through alternative conformations of its DNA-binding domain. The EMBO Journal, v. 21, n.12, p. 2866-2876, 2002.

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• SALINAS R.K. ; CAMILO, C. M. ; Farah, CS ; EL-DORRY, H. ; CHAMBERGO, F. . NMR studies of a multiprotein bridging factor (TrMBF1) from Trichoderma reesei, and its interaction with TATA binding protein (TrTBP). In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindoia. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006.

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• SCHREIER, S. ; PERTINHEZ, T. A. ; SALINAS R.K. ; KRYBUS, R. ; NAKAIE, C. R. ; PAIVA, A. C. M. ; FRANZONI, L. ; SARTOR, G. ; SPISNI, A. . Conformational properties of extracellular and cytosolic loops of a G protein-coupled receptor. In: 17th International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, 1997, San Francisco, 1997.

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• PERTINHEZ, T. A. ; SALINAS R.K. ; FRANZONI, L. ; SARTOR, G. ; NAKAIE, C. R. ; CARVALHO, R. S. H. ; PAIVA, A. C. M. ; SPISNI, A. ; SCHREIER, S. . Structural features of a fragment of the first extra-cellular loop of the angiotensin II AT1 receptor. In: XXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 1996, Caxambu. Programa e resumos da XXV Reunião Anual da SBBq, 1996.

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• SPISNI, A. ; FRANZONI, L. ; SARTOR, G. ; NAKAIE, C. R. ; CARVALHO, R. S. H. ; PAIVA, A. C. M. ; SALINAS R.K. ; PERTINHEZ, T. A. ; SCHREIER, S. . NMR, CD and molecular modelling studies on the solution conformation of a fragment of the first extra-cellular loop of the angiotensin II AT1 receptor involved in hormone binding. In: 20th Conference of the International Society of Magnetic Resonance, ISMAR 95, 1995, Sidney, 1995.

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• DAVALOS, A. L. ; ECHEVERRI, J. D. R. ; FAVARO, D. C. ; OLIVEIRA, RONALDOJUNIO ; CARRETERO, G. P. B. ; LACERDA, C. ; Cuccovia, I.M. ; CARDOSO, M. V. C. ; Farah, CS ; Salinas, R. K. . Uncovering the association mechanism between two intrinsically flexible proteins. ACS Chemical Biology , 2024.

• Salinas, R. K. ; VITALE, P. M. ; ECHEVERRI, J. D. R. ; CARDOSO, M. V. C. . CALX-CBD1 Ca2+-binding cooperativity studied by NMR spectroscopy and ITC with Bayesian statistics. 2019. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• DEGENHARDT, M. F. S. ; VITALE, P. M. ; CARDOSO, M. V. C. ; ECHEVERRI, J. D. R. ; Salinas, R. K. . Solution NMR spectroscopy studies of the Na+/Ca2+ exchanger Ca2+-binding domains. 2019. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SALINAS R.K. . Characterization of the Ca2+ sensor domain of the Na+/Ca2+ exchanger by solution NMR spectroscopy. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. . The Type IV Secretion System (T4SS) subunits VirB7 and VirB9 contain two intrinsically disordered domains that form a rigid complex. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SALINAS R.K. . Solution NMR spectroscopy studies of the Na+/Ca2+ exchanger. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SALINAS R.K. . Solution NMR spectroscopy studies of the Na+/Ca2+ exchanger. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SALINAS R.K. . Structural biology of the Xanthomonas Type IV Secretion System using solution NMR spectroscopy. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SALINAS R.K. . Structural biology of the Xanthomonas citri Type IV Secretion System using solution NMR spectroscopy. 2018. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SALINAS R.K. . Estudos de fragmentos do trocador de Na+/Ca2+ por RMN em solução. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. . NMR studies of protein subunits of a bacterial killing type IV secretion system. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. . NMR studies of protein subunits of a bacterial killing type IV secretion system. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SALINAS R.K. . NMR studies of protein subunits of a bacterial killing Type IV Secretion System. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SALINAS R.K. . NMR Studies of Protein Subunits of a Bacterial Killing Type IV Secretion System. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SALINAS R.K. ; Farah, CS ; FAVARO, DENIZE C. ; SOUZA, D. P. ; OLIVEIRA, L. C. . NMR studies of protein subunits of a bacterial killing Type IV Secretion System. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• Salinas, R. K. . Dinâmica entre os domínios CBD1 e CBD2 do trocador de Na+/Ca2+ por medidas de relaxação de 15N e de acoplamentos dipolares residuais. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. ; ABIKO, L. A. . The inter-domain dynamics of CBD12 by 15N relaxation and residual dipolar couplings. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. ; ABIKO, L. A. . Orientation and dynamics between the two CA2+- binding domains of drosophilas's NA+/CA2+ exchanger by high-resolution NMR. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ABIKO, L. A. ; VITALE, P. M. ; FAVARO, D. C. ; OLIVEIRA, L. C. ; BRUSCHWEILER-LI, L. ; BRUSCHWEILER, R. ; SALINAS R.K. . NMR studies on the dynamic coupling between the two Ca2+-sensor domains of the Na+/Ca2+ exchanger of Drosophila melanogaster. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• OLIVEIRA, L. C. ; SOUZA, D. P. ; FAVARO, D. C. ; Salinas, R. K. ; Farah, CS . Estrutura, dinâmica e função de um sistema de secreção bacteriano por RMN em solução. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. ; SOUZA, D. P. ; OLIVEIRA, L. C. ; Farah, CS . NMR studies on the type IV secretion system of Xanthomonas citri. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. . Estrutura e Dinâmica de Proteínas por Ressonância Magnética Nuclear em Solução. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Salinas, R. K. ; BRUSCHWEILER, R. ; BRUSCHWEILER-LI, L. . Ca2+-binding modulates the dynamic coupling between the two calcium-binding domains in the Na+/Ca2+ exchanger. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SALINAS R.K. ; CAMILO, C. M. ; TOMASELLI, S. ; Farah, CS ; EL-DORRY, H. ; CHAMBERGO, F. . Solution structure of a domain from the transcriptional co-activator MBF1 of Trichoderma reesei. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2023 - Atual

  Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), Descrição: O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Marilis do Valle Marques - Integrante / sandro roberto marana - Integrante / Regina Lúcia Baldini - Integrante / Guzzo, Cristiane Rodrigues - Integrante / Marcio Vinicius Bertacini Dias - Integrante / DA-SILVA, A.M. - Integrante / FARAH, S.C. - Coordenador / GUEIROS FILHO, F.J. - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2020 - 2023

  Estudos estruturais acerca do trocador de Na+/Ca2+ (CALX) por espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear em solução, Descrição: Trocadores de Na+/Ca2+ (NCX) são proteínas da membrana plasmática que utilizam o gradiente eletroquímico do Na+ para remover Ca2+ do citosol. Eles são essenciais para a manutenção da homeostase de Ca2+ intracelular em diferentes tipos de células, particularmente em células excitáveis. CALX, o trocador de Na+/Ca2+ de Drosophila melanogaster, é encontrado em células sensoriais. Além de transportar Na+ e Ca2+, os trocadores NCX são regulados por estes íons. A regulação alostérica do CALX por Ca2+ é singular, uma vez que este trocador é inibido ao invés de ser ativado pela ligação de Ca2+ ao domínio sensor intracelular. O objetivo desta proposta é investigar a estrutura do CALX, e o mecanismo de regulação alostérica deste trocador. Como se trata de uma proteína de membrana, que combina domínios globulares com segmentos intrinsecamente desordenados, a abordagem utilizada será o estudo de fragmentos do trocador produzidos de forma recombinante. Nós vamos utilizar espectroscopia de RMN em solução como técnica principal. Os objetivos específicos são: i) estudar a estrutura e a funcionalidade do NCX da archaea Methanococcus janaschii (NCX-Mj) isolado na presença de detergentes; ii) investigar em detalhes atômicos o mecanismo de regulação alostérica do CALX por Ca2+ intracelular. Para atingir o último objetivo vamos estudar fragmentos do CALX por uma combinação de medidas de RMN em solução e calorimetria (ITC). Além disso vamos investigar a funcionalidade do CALX in célula utilizando medidas de imageamento de Ca2+.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4

• 2016 - 2019

  Estudos estruturais acerca do trocador de Na+/Ca2+ e de proteínas do vírus Zika por espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear em solução, Descrição: O objetivo deste projeto de pesquisa é dar continuidade a estudos estruturais e mecanísticos acerca do trocador de Na+/Ca2+ (NCX) utilizando para isso Ressonância Magnética Nuclear (RMN) em solução. O NCX é um dos principais mecanismos de extrusão de Ca2+ intracelular em células cardíacas. Além de transportar Na+ e Ca2+, o NCX também é regulado por estes íons. O NCX é uma proteína grande, com cerca de 950 amino ácidos que formam um grande domínio transmembranar, domínios citosólicos e regiões desordenadas. Este caráter multifacetado faz com que a caracterização estrutural do NCX seja uma tarefa difícil. Além disso, o mecanismo de regulação alostérica por Ca2+ e Na+ permanece desconhecido. Com base em estudos de RMN dos domínios solúveis do NCX de Drosophila melanogaster, CALX, propusemos um modelo para o mecanismo de regulação alosterica do NCX e do CALX (Abiko et al., 2016). Esta proposta pretende dar continuidade a estes estudos, testar diferentes aspectos deste modelo, e iniciar a caracterização estrutural das porções transmembranares. Além disso, pretende-se estudar a proteína do envelope do vírus Zika. Esta proteína desempenha papel essencial no mecanismo de reconhecimento das células infectadas e no processo de fusão de membranas, permitindo a entrada do vírus na célula. Espera-se que estes estudos contribuam para a compreensão da biologia e da patogenicidade deste vírus, e desta forma contribuam também para o desenvolvimento de drogas antivirais no futuro.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Coordenador / Tomaselli, Simona - Integrante / VITALE, PHELIPE M. - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 6

• 2016 - 2018

  Estudos estruturais acerca do trocador de Na+/Ca2+ e de proteínas do vírus Zika por espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear em solução, Descrição: O objetivo deste projeto de pesquisa é dar continuidade a estudos estruturais e mecanísticos acerca do trocador de Na+/Ca2+ (NCX) utilizando para isso Ressonância Magnética Nuclear (RMN) em solução. O NCX é um dos principais mecanismos de extrusão de Ca2+ intracelular em células cardíacas. Além de transportar Na+ e Ca2+, o NCX também é regulado por estes íons. O NCX é uma proteína grande, com cerca de 950 amino ácidos que formam um grande domínio transmembranar, domínios citosólicos e regiões desordenadas. Este caráter multifacetado faz com que a caracterização estrutural do NCX seja uma tarefa difícil. Com base em estudos de RMN dos domínios solúveis do NCX de Drosophila melanogaster, CALX, propusemos um modelo para o mecanismo de regulação alosterica do NCX e do CALX (Abiko et al. (2016) Proteins. doi:10.1002/prot.25003). Esta proposta pretende dar continuidade a estes estudos, e iniciar a caracterização estrutural das porções transmembranares necessária para testar diferentes aspectos do modelo. Além disso, pretende-se estudar proteínas do vírus da Zika que desempenham papel essencial nos mecanismos de entrada e replicação do vírus nas células. As proteínas de interesse são a glicoproteína do envelope (E), a proteína NS1 que interage com o sistema imune, e NS2B-NS3pro, a protease do vírus. Se houver tempo, pretende-se utilizar técnicas de transferência de saturação (STD) para testar diferentes ligantes que possam funcionar como inibidores de entrada do vírus ou replicação. Espera-se que estes estudos contribuam para uma maior compreensão da biologia e patogenicidade deste vírus, e para o desenvolvimento de drogas antivirais de amplo espectro no futuro.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Coordenador / Tomaselli, Simona - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3

• 2014 - 2016

  Estrutura e dinâmica do trocador Na+/Ca2+ de Drosophila melanogaster, Descrição: Trocadores de Na+/Ca2+ (NCX) utilizam o gradiente eletroquímico do Na+ para promover o transporte de Ca2+ para fora da célula. Além de transportar Na+ e Ca2+, os NCX também são regulados por estes íons. Assim, a ligação de Ca2+ aos domínios citoplasmáticos CBD1 (calcium-binding domain 1) e CBD2 (calcium-binding domain 2) ativa o transporte através da membrana. O trocador de Drosophila melanogaster, CALX, possui comportamento anômalo pois é inibido pela ligação de Ca2+ em CBD1; no CALX, o domínio CBD2 não liga Ca2+. O objetivo desta proposta de pesquisa é investigar do ponto de vista estrutural o mecanismo pelo qual a ligação de Ca2+ em CBD1 inibe a atividade do CALX. Para isto, pretende-se utilizar Ressonância Magnética Nuclear (RMN) em solução para estudar a estrutura e a dinâmica de construções contendo os dois domínios, CBD1 e CBD2, na ausência e presença de Ca2+. Até este momento não há informações estruturais detalhadas ou de dinâmica sobre os domínios transmembranares de um trocador de Na+/Ca2+ eucariótico. Pretende-se desenvolver um protocolo para expressão e purificação de construções que correspondem aos dois domínios transmembranares do CALX e às regiões XIP e r-loop. Espera-se obter amostras enriquecidas com 15N e adquirir espectros de correlação 1H-15N para avaliar a adequação das construções para estudos de RMN em solução.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Coordenador / Layara Akemi Abiko - Integrante / Phelipe Mariano Vitale - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4

• 2011 - 2018

  Sinalização por c-di-GMP e o Sistema de Secreção de Macromoléculas do Tipo IV em Xanthomonas citri, Descrição: Neste projeto pretendemos empregar métodos de Biologia Estrutural (cristalografia, RMN, SAXS, simulações moleculares), produzir e caracterizar nocautes gênicos, estudar a enzimologia e a expressão gênica de sistemas relacionados ao metabolismo do segundo mensageiro c-di-GMP, e ao Sistema de Secreção do Tipo IV de Xanthomonas citri. Este projeto temático é de autoria do Prof. Shaker Chuck Farah (IQ-USP). Eu participo do projeto oficialmente com Pesquisador Principal, sendo responsável, principalmente, pelos estudos de RMN.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Shaker Chuck Farah - Coordenador / Arantes, Guilherme M. - Integrante / Luciana Coutinho de Oliveira - Integrante / Angie Lizeth Davalos - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4

• 2006 - 2011

  Centro Emergente em RMN de Biomoléculas, Descrição: Este projeto de Jovem Pesquisador da FAPESP envolve o uso de técnicas modernas de RMN aplicadas à solução de estruturas de macromoléculas biológicas e ao estudo de interações entre elas. Também envolve o uso de estratégias computacionais, em especial docking e dinâmica molecular, como ferramentas complementares aos estudos experimentais. Entre os sistemas em interesse estão proteínas relacionadas à patogenicidade de Xanthomonas citri e a tropomiosina de músculo esquelético. Com relação a Xanthomonas a idéia é compreender ao nível molecular e atômico como funcionam os processos que podem levar à patogenicidade. A escassez de grupos no país empregando RMN para estudar a estrutura de biomoléculas em solução justifica o apoio à criação deste Centro Emergente em RMN de Biomoléculas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 6

Projetos de desenvolvimento

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

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  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

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  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

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  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

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  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

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  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2014

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx), Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos (INCT-FCx) possui a missão de agregar profissionais das áreas da física, química, biologia, imunologia, medicina, odontologia e matemática em torno de problemas que requeiram abordagem multidisciplinar. As atividades de pesquisa centram-se em torno de cristais líquidos, colóides magnéticos, e fluídos de interesse biológico, em particular lipoproteínas. A minha participação neste projeto é como membro colaborador. Eu contribuo trazendo experiência em espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN). Técnicas de RMN são especialmente poderosas para a caracterização da interação entre proteínas e membranas biológicas do ponto de vista conformacional e de dinâmica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Roberto Kopke Salinas - Integrante / Antônio Martins Figueiredo Neto - Coordenador / Luis Juliano Neto - Integrante / Francisco Antonio Helfenstein Fonseca - Integrante / Iolanda Midea Cuccovia - Integrante / Lia Queiroz do Amaral - Integrante / Luiz Roberto Evangelista - Integrante / Niels Olsen Saraiva Camara - Integrante / Sylvio Roberto Accioly Canuto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.