RAQUEL DIAS

Bacharel em ciências biológicas (2010), Mestre em ciência da computação (2012), atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformática, desenvolvimento de aplicações (C++ e Perl), e computação de alto desempenho para metagenômica, biologia molecular, e filogeografia. Atualmente cursando doutorado em microbiologia e ciencia celular na Universidade da Florida.

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Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em andamento em Microbiology and Cell Science

2012 - Atual

University of Florida
Orientador: Bryan Kolaczkowski
Coorientador: Eric Triplett. Bolsista do(a): Department of Microbiology and Cell Science.

Mestrado em Ciência da Computação

2010 - 2012

Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
Título: Otimização de ferramentas para pós-processmamento metagenômico,Ano de Obtenção: 2012
Orientador: César Augusto Fonticiella De Rose
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Palavras-chave: bioinformática; metagenômica; genética.Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento Paralelo e Distribuído. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: bioinformática. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Graduação em Ciências Biológicas

2004 - 2010

Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul

Ensino Médio (2º grau)

2001 - 2003

Colégio Adventista de Viamão

Ensino Fundamental (1º grau)

1993 - 2000

Escola Adventista de Santa Isabel

Formação complementar

2009 - 2009

Extensão universitária em VI PHARMA RS - CONGRESSO GAÚCHO DE FARMACÊUTICOS. , Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.

2008 - 2008

Extensão universitária em SBBQ-PABMB CONE SUL SYMPOSIUM. (Carga horária: 10h). , Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.

2008 - 2008

4TH INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C. (Carga horária: 10h). , Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.

2007 - 2007

Extensão universitária em BIOMAT 2007: INTERNACTIONAL SYMPOSUIM. (Carga horária: 10h). , Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.

2006 - 2006

Extensão universitária em VII SALÃO DE IC PUCRS. (Carga horária: 10h). , Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.

2005 - 2005

Extensão universitária em Curso De Extensão Em Genética Forense. (Carga horária: 40h). , Pontificia Univercidade Catolica do Rio Grande do Sul.

2005 - 2005

Extensão universitária em Semana Acadêmica Interdisciplinar - Biociências. (Carga horária: 30h). , Pontificia Univercidade Catolica do Rio Grande do Sul.

2005 - 2005

Arquitetura, Vis. e Manipulação de proteínas. (Carga horária: 3h). , Pontificia Univercidade Catolica do Rio Grande do Sul.

2005 - 2005

Oficina de Moldes e Réplicas. (Carga horária: 3h). , Pontificia Univercidade Catolica do Rio Grande do Sul.

2005 - 2005

Preparação de Material Zoológico. (Carga horária: 6h). , Pontificia Univercidade Catolica do Rio Grande do Sul.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Produções bibliográficas

DIAS, R. ; XAVIER, M.G. ; ROSSI, F.D. ; NEVES, M.V. ; LANGE, T.A.P. ; GIONGO, A. ; DE ROSE, C.A.F. ; TRIPLETT, E.W. . MPI-blastn and NCBI-TaxCollector: Improving metagenomic analysis with high performance classification and wide taxonomic attachment. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print) , v. 12, p. 140326000446009, 2014.
ZHALNINA, KATERYNA ; Dias, Raquel ; DE QUADROS, PATRICIA DÖRR ; DAVIS-RICHARDSON, AUSTIN ; CAMARGO, FLAVIO A. O. ; CLARK, IAN M. ; MCGRATH, STEVE P. ; HIRSCH, PENNY R. ; TRIPLETT, ERIC W. . Soil pH Determines Microbial Diversity and Composition in the Park Grass Experiment. Microbial Ecology , v. 69, p. 395-406, 2014.
ZHALNINA, KATERYNA V. ; Dias, Raquel ; LEONARD, MICHAEL T. ; DORR DE QUADROS, PATRICIA ; CAMARGO, FLAVIO A. O. ; DREW, JENNIFER C. ; FARMERIE, WILLIAM G. ; DAROUB, SAMIRA H. ; TRIPLETT, ERIC W. . Genome Sequence of Candidatus Nitrososphaera evergladensis from Group I.1b Enriched from Everglades Soil Reveals Novel Genomic Features of the Ammonia-Oxidizing Archaea. Plos One , v. 9, p. e101648, 2014.
DIAS, R. ; DE ROSE, CESAR A.F. ; GOMES, ANTONIO TADEU AZEVEDO ; FAGUNDES, NELSON J.R. . Optimizing the Execution of Statistical Simulations for Human Evolution in Hyper-threaded Multicore Architectures. Optimizing the Execution of Statistical Simulations for Human Evolution in Hyper-threaded Multicore Architectures , v. 26, p. 699-705, 2012.
Timmers, Luis Fernando Saraiva Macedo ; Caceres, Rafael Andrade ; Dias, Raquel ; Basso, Luiz Augusto ; Santos, Diogenes Santiago ; de Azevedo Jr, Walter Filgueira . Molecular modeling, dynamics and docking studies of Purine Nucleoside Phosphorylase from Streptococcus pyogenes. Biophysical Chemistry , v. 142, p. 7-16, 2009.
de Azevedo Junior, Walter Filgueira ; Dias, Raquel ; Macedo Timmers, Luis Fernando S. ; Pauli, Ivani ; Caceres, Rafael Andrade ; Pereira Soares, Milena Botelho . Bioinformatics Tools for Screening of Antiparasitic Drugs. Current Drug Targets (Print) , v. 10, p. 232-239, 2009.
CACERES, R ; SARAIVATIMMERS, L ; DIAS, R ; BASSO, L ; SANTOS, D ; DEAZEVEDOJR, W . Molecular modeling and dynamics simulations of PNP from Streptococcus agalactiae. Bioorganic & Medicinal Chemistry , v. 16, p. 4984-4993, 2008.
TIMMERS, L ; CACERES, R ; VIVAN, A ; GAVA, L ; DIAS, R ; DUCATI, R ; BASSO, L ; SANTOS, D ; DEAZEVEDOJR, W . Structural studies of human purine nucleoside phosphorylase: Towards a new specific empirical scoring function. Archives of Biochemistry and Biophysics , v. 479, p. 28-38, 2008.
de Azevedo Jr., Walter F. ; Dias, Raquel . Computational Methods for Calculation of Ligand-Binding Affinity. Current Drug Targets , v. 9, p. 1031-1039, 2008.
DIAS, R. ; de Azevedo Jr., Walter F. . Molecular Docking Algorithms. Current Drug Targets , v. 9, p. 1040-1047, 2008.
DIAS, R. ; Macedo Timmers, Luis Fernando S. ; Caceres, Rafael Andrade ; de Azevedo Jr., Walter Filgueira . Evaluation of Molecular Docking Using Polynomial Empirical Scoring Functions. Current Drug Targets , v. 9, p. 1062-1070, 2008.
de Azevedo Jr., Walter F. ; Dias, Raquel . Experimental Approaches to Evaluate the Thermodynamics of Protein- Drug Interactions. Current Drug Targets , v. 9, p. 1071-1076, 2008.
Barcellos, Guy B. ; Pauli, Ivani ; Caceres, Rafael Andrade ; Macedo Timmers, Luis Fernando Saraiva ; Dias, Raquel ; de Azevedo Jr, Walter Filgueira . Molecular Modeling as a Tool for Drug Discovery. Current Drug Targets , v. 9, p. 1084-1091, 2008.
de Azevedo Jr., Walter Filgueira ; Dias, Raquel . Evaluation of ligand-binding affinity using polynomial empirical scoring functions. Bioorganic & Medicinal Chemistry , v. 16, p. 9378-9382, 2008.
DIAS, R. ; ROSE, C. A. F. ; GOMES, A. T. A. ; Fagundes, N. J. R. . Optimizing the Execution of Statistical Simulations for Human Evolution in Hyper-threaded Multicore Architectures. In: 26th IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium, 2012, Shanghai, China. 11th IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology, 2012.
DIAS, R. ; ROSE, C. A. F. . Otimizações para Pipelines de Pós-processamento Metagenômico. In: Escola Regional de Alto, 2012, Erechim. Fórum de Pós-Graduação, 2012. p. 103-104.
DIAS, R. ; Testes De Paralelização Do Algoritmo De Determinação Do Número De Nusselt Em Arranjos De Tubos Cilíndricos Por Simulação Numérica Direta. In: XI Salão de Iniciação Científica da PUCRS, 2010, Porto Alegre, RS - Brasil. XI Salão de Iniciação Científica da PUCRS. Porto Alegre: PUCRS, 2010.
Timmers, L. F. F. M. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. ; Ducati, R. G. ; DIAS, R. ; Gava, M. L. ; Vivan, A. L. ; Caceres, R. A. . Estudo Estrutural Da Purina Nucleosídeo Fosforilase Humana E Uma Nova Função Escore Empírica Específica. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
DIAS, R. ; AZEVEDO, W. F. . IHBAS: Intermolecular Hydrogen Bond Assessment Software. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

AZEVEDO, W. F. ; DIAS, R. . ProtLigSCORE: protein ligand affinity assesment software. 2009.

DIAS, R. ; AZEVEDO, W. F. . POLSCORE: Polynomial Empirical Scoring Functions. 2008.

DIAS, R. ; AZEVEDO, W. F. . IHB: Intermolecular Hydrogen Bond Assess Software. 2007.

Projetos de pesquisa

2010 - 2010

Determinação do número de Nusselt em arranjos de tubos cilíndricos por simulação numérica direta, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Raquel Dias - Integrante / Jorge Hugo Silvestrini - Coordenador.
2010 - Atual

Caracterização de perfis de carga de trabalho, Descrição: Levantamento de uso de centros computacionais de alto desempenho (CENAPADs) para obtenção de cracterísticas de uso para otimizar as políticas de gerenciamento de recursos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Raquel Dias - Integrante / Cesar Augusto F. De Rose - Integrante / Antônio Tadeu Azevedo Gomes - Coordenador.

Projetos de desenvolvimento

2009 - 2010

Desenvolvimento e avaliação de aplicativos paralelos para Laboratório de Alto Desempenho, Descrição: Instalação, desenvolvimento e avaliação de aplicativos paralelos, com aplicações em diversas áreas, como biologia (filogenética), engenharia (dinâmica de fluidos), etc.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Raquel Dias - Integrante / Jorge Hugo Silvestrini - Integrante / Sandro Bonatto - Integrante / Cesar Augusto F. De Rose - Coordenador.
2009 - 2010

Desenvolvimento e avaliação de aplicativos paralelos para Laboratório de Alto Desempenho, Descrição: Instalação, desenvolvimento e avaliação de aplicativos paralelos, com aplicações em diversas áreas, como biologia (filogenética), engenharia (dinâmica de fluidos), etc.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Raquel Dias - Integrante / Jorge Hugo Silvestrini - Integrante / Sandro Bonatto - Integrante / Cesar Augusto F. De Rose - Coordenador.
2009 - 2010

Desenvolvimento e avaliação de aplicativos paralelos para Laboratório de Alto Desempenho, Descrição: Instalação, desenvolvimento e avaliação de aplicativos paralelos, com aplicações em diversas áreas, como biologia (filogenética), engenharia (dinâmica de fluidos), etc.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Raquel Dias - Integrante / Jorge Hugo Silvestrini - Integrante / Sandro Bonatto - Integrante / Cesar Augusto F. De Rose - Coordenador.

Histórico profissional

Experiência profissional

2010 - 2010

Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul

Vínculo: CNPq, Enquadramento Funcional: paralelização e otimização de software, Carga horária: 30

Outras informações:
Estágio voluntário de iniciação científica em colaboração com o laboratório de genética da PUCRS, sob coorientação do Prof. Sandro Bonatto.

2010 - Atual

Laboratório Nacional de Computação Científica

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 30, Regime: Dedicação exclusiva.