Reginaldo Massanobu Kuroshu

possui graduação em Bacharelado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Maringá (2005), mestrado em Biologia Computacional pela University of Tokyo (2008) e doutorado em Biologia Computacional pela University of Tokyo (2011). Atualmente é Professor Adjunto do Instituto de Ciência e Tecnologia, Universidade Federal de São Paulo. Tem experiência nas áreas de Bioinformática, Biologia Computacional e Ciência da Computação.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Computational Biology

2008 - 2011

University Of Tokyo
Título: Computational approaches for high-throughput sequencing and assembly of clone sequences
Orientador: Shinichi Morishita
Bolsista do(a): Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, MEXT, Japão.

Mestrado em Computational Biology

2006 - 2008

University Of Tokyo
Título: Short read multiclone shotgun assembly of full-length cDNAs,Ano de Obtenção: 2008
Orientador: Shinichi Morishita
Bolsista do(a): Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, MEXT, Japão.

Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação

2002 - 2006

Universidade Estadual de Maringá
Título: Indexação de Dados Biológicos
Orientador: Ricardo Rodrigues Ciferri

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Pós-doutorado

2012 - 2012

Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

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Formação complementar

2011 - 2011

Advanced Topics of Human Molecular Genetics. (Carga horária: 30h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2003 - 2003

Extensão universitária em Bioinformática. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual de Maringá, UEM, Brasil.

2003 - 2003

Bioinformática. (Carga horária: 6h). , Universidade Estadual de Maringá, UEM, Brasil.

2001 - 2003

Curso técnico em Informática. (Carga horária: 1310h). , Serviço Nacional de Aprendizagem Comercial - PR, SENAC/PR, Brasil.

2002 - 2002

Introdução à Linguagem Java. (Carga horária: 20h). , Universidade Estadual de Maringá, UEM, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Japonês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Biologia Computacional.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.

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Organização de eventos

Kuroshu, R.M. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SILVA, H. R. V. . II Curso de Inverno em Bioinformática. 2018. (Congresso).

FAZENDA, A. L. ; Kuroshu, R.M. . Semana da Computação 2018. 2018. (Congresso).

BERTON, L. ; MUSA, D. L. ; Kuroshu, R.M. . Semana da Computação 2017. 2017. (Congresso).

COSTA, E. A. ; SILVA, H. R. V. ; AONO, A. H. ; Kuroshu, R.M. . Genética, Genômica e Bioinformática. 2017. (Outro).

Kuroshu, R.M. ; COSTA, E. A. ; SILVA, H. R. V. ; AONO, A. H. . Curso de Inverno em Bioinformática. 2017. (Outro).

Kuroshu, R.M. . Maratona de Programação da Unifesp, III Semacomp. 2016. .

Kuroshu, R.M. . C++ para Resolução de Problemas. 2016. (Outro).

Kuroshu, R.M. ; AONO, A. H. ; RAMIRES, R. F. ; BARBOSA, L. A. . Curso Intensivo de Inverno para Maratona de Programação. 2016. (Outro).

Kuroshu, R.M. . Maratona de Programação da Unifesp, II Semacomp. 2015. .

Kuroshu, R.M. ; AONO, A. H. ; RAMIRES, R. F. ; BARBOSA, L. A. . Introdução à Lógica de Programação para Olimpíada Brasileira de Informática. 2015. (Outro).

Kuroshu, R.M. . Maratona de Programação da Unifesp, I Semacomp. 2014. .

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Participação em eventos

Maratona de Programação. Coach de equipes na 1a. fase. 2016. (Olimpíada).

X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology. Preliminary analysis of functional SNPs mining from GBS data using GATK in a sugarcane map population. 2016. (Congresso).

Maratona de Programação. Coach de equipe. 2015. (Olimpíada).

Maratona de Programação. Participação como técnico de equipes na 1a. fase e fase nacional.. 2014. (Olimpíada).

Maratona de Programação. Participação como técnico de equipe na 1a. fase.. 2013. (Olimpíada).

São Paulo School of Advanced Science - Advanced Topics in Human Molecular Genetics.Computational identification of structural variations with next-generation sequencers. 2011. (Oficina).

Bioinformatics in the Era of ?Genome Information Big Bang?.Cost-Effective Sequencing of Full-Length cDNA Clones Powered by a De Novo-Reference Hybrid Assembly. 2009. (Encontro).

The 8th International Workshop on Advanced Genomes - Expansion on Genome Science.Short read de novo-reference hybrid assembly for full-length cDNA sequencing with next-generation sequencers. 2009. (Simpósio).

The 31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan (BMB2008).High-throughput full-length cDNA sequencing by short-read multiclone assembl y using reference genomes. 2008. (Encontro).

The Biology of Genomes.Short read multiclone assembly accelerates sequencing full-length cDNA clones. 2008. (Encontro).

ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil.ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil. 2005. (Outra).

Desafio Sebrae.Desafio Sebrae. 2005. (Outra).

I JOLIM - Jornada Linux de Maringá.I JOLIM - Jornada Linux de Maringá. 2005. (Encontro).

LatinoWare Mercosul - Conferência Latinoamericana de Software Livre. LatinoWare Mercosul - Conferência Latinoamericana de Software Livre. 2005. (Congresso).

ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil.ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil. 2004. (Outra).

V Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá.V Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá. 2003. (Encontro).

IV Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá.IV Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá. 2002. (Encontro).

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Participação em bancas

Aluno: Paulo Eduardo Pinto Burke

QUILES, M. G.; CAMPOS, C.;KUROSHU, Reginaldo Massanobu; BASGALUPP, M.; RIBEIRO, C. H. C.. Representação de Células Completas Utilizando Redes Complexas. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Cláudio Benício Cardoso da Silva

SOUZA, A. P.; CANTAO, M. E.;Kuroshu, R.M.; MARGARIDO, G. R. A.; VITORELLO, C. B. M.. Análise do transcriptoma e de sequências genômicas de variedades comerciais de cana-de-açúcar. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Cláudio Benício Cardoso da Silva

SOUZA, A. P.; ZUCCHI, M. I.;Kuroshu, R.M.. Análise do transcriptoma e de sequências genômicas de variedades comerciais de cana-de-açúcar (banca prévia). 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Maria Augusta Crivelente Horta

SOUZA, A. P.; OLIVEIRA, L. G.;Kuroshu, R.M.. Análise de transcriptoma de Trichoderma harzianum para a bioprospecção de enzimas hidroliticas (banca de análise prévia). 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Léo Françoso dal Piccol Sotto

MELO, V. V.; CASALI, K. R.;Kuroshu, R.M.. Uso de Programação Kaizen com Programação Genética Linear-λ e Floresta Aleatória para a Construção Automática de Atributos e Classificação de Sinais Arrítmicos de Eletrocardiograma. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Vinícius Rosa Máximo

CONCEICAO, A. F.; MEIRA, L. A. A.;Kuroshu, R.M.. Detecção de Network Motifs. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Desiree Maldonado Carvalho

NASCIMENTO, M. C. V.; QUILES, M. G.;Kuroshu, R.M.. Maximização da Modularidade Ajustada por Redes Neurais. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Matemática Computacional) - Universidade Federal de São Paulo.

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Orientou

James Shiniti Nagai

A definir; Início: 2017; Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

HERIO ENIO DE SOUSA PAZ

A definir; Início: 2018; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Alexandre Hild Aono

Estudo e Aplicação do GATK (Genome Analysis Toolkit) para identificação de variações genéticas a partir de genotipagem por sequenciamento de uma população de cana-de-açúcar; Início: 2016; Iniciação científica (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Hugo Rody Vianna Silva

2016; Universidade Federal de São Paulo,; Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Estela Araújo Costa

2015; Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Reginaldo Massanobu Kuroshu;

James Shiniti Nagai

Modelagem e Análise de Vias Metabólicas Baseadas em Teoria dos Grafos; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Rafael Kiyoshi Ito

Análise comparativa entre abordagens de construção de transcriptomas: De Novo Assembly e Mapeamento com referência; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Bruno Carmônia de Matos

Integração das ferramentas Samtools e FreeBayes em um pipeline de identificação de variações genéticas a partir de genotipagem por sequenciamento de uma população de cana-de-açúcar; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

James Shiniti Nagai

Construção de sequências a partir de dados de genotipagem por sequenciamento de uma população de cana-de-açúcar utilizando a ferramenta Stacks; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Thiago Akinori Ykeda Sato

Aplicação da ferramenta Tassel para análise de dados de genotipagem por sequenciamento (GBS) para identificação de variações genéticas em uma população de cana-de-açúcar; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

James Shiniti Nagai

Estudo e implementação de métodos computacionais para estimativa de taxas de evolução molecular; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Rodrigo de Farias Ramires

Enisno e aprendizagem de programação - Maratona de Programação 2016; 2016; Orientação de outra natureza; (Engenharia de Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Rodrigo de Farias Ramires

Treinamento para Maratona de Programação 2015; 2015; Orientação de outra natureza; (Engenharia de Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Lucas de Alencar Barbosa

Introdução a Lógica de Programa para OBI; 2015; Orientação de outra natureza; (Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Rodrigo de Farias Ramires

Suporte para Melhoria da Aprendizagem das UCs Relacionadas à Área de Ciência da Computação nos Bacharelados Ofertados pelo Instituto de Ciência e Tecnologia; 2014; Orientação de outra natureza; (Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

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Foi orientado por

Cristina Dutra de Aguiar Ciferri

Armazenamento e Recuperação de Dados Biológicos em Memória Secundária; 2005; 50 f; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Maringá; Orientador: Cristina Dutra de Aguiar Ciferri;

Igor Polikarpov

2013; Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Igor Polikarpov;

Ricardo Rodrigues Ciferri

Armazenamento e Recuperação de Dados Biológicos em Memória Secundária; 2004; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Maringá; Orientador: Ricardo Rodrigues Ciferri;

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Produções bibliográficas

  • CRUCELLO, A. ; SFORCA, D. A. ; HORTA, M. A. C. ; SANTOS, C. A. ; VIANA, A. J. C. ; BELOTI, L. L. ; TOLEDO, M. A. S. ; VINCENTZ, M. ; Kuroshu, R.M. ; SOUZA, A. P. . Analysis of Genomic Regions of Trichoderma harzianum IOC-3844 Related to Biomass Degradation. Plos One , v. 10, p. e0122122, 2015.

  • ROSSI, D. ; Kuroshu, R.M. ; ZANELLI, C. F. ; VALENTINI, S. R. . eIF5A and EF-P: two unique translation factors are now traveling the same road. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA , v. 5, p. n/a-n/a, 2014.

  • HORTA, M. A. C. ; VICENTINI, R. ; DELABONA, P. S. ; LABORDA, P. ; CRUCELLO, A. ; FREITAS, S. ; Kuroshu, R.M. ; POLIKARPOV, I. ; PRADELLA, J. G. C. ; SOUZA, A. P. . Transcriptome Profile of Trichoderma harzianum IOC-3844 Induced by Sugarcane Bagasse. Plos One , v. 9, p. e88689, 2014.

  • Kuroshu, R.M. . Nonoverlapping Clone Pooling for High-Throughput Sequencing. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print) , v. 10, p. 1091-1097, 2013.

  • KUROSHU, Reginaldo Massanobu ; Watanabe,, Junichi ; Sugano, Sumio ; Morishita, Shinichi ; Suzuki, Yutaka ; Kasahara, Masahiro . Cost-Effective Sequencing of Full-Length cDNA Clones Powered by a De Novo-Reference Hybrid Assembly. Plos One , v. 5, p. e10517, 2010.

  • Saito, T. L. ; Yoshimura, J. ; Sasaki, S. ; Ahsan, B. ; Sasaki, A. ; Kuroshu, R. ; Morishita, S. . UTGB toolkit for personalized genome browsers. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 25, p. 1856-1861, 2009.

  • The International Silkworm Genome, ; Kuroshu, Reginaldo M. . The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori. Insect Biochemistry and Molecular Biology , v. 38, p. 1036-1045, 2008.

  • NAGAI, J. S. ; SOUSA, H. ; AONO, A. H. ; LORENA, A. C. ; Kuroshu, R.M. . Gene Essentiality Prediction Using Topological Features From Metabolic Networks. In: 7th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2018, São Paulo, Brasil.. 2018 Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2018.

  • Kuroshu, Reginaldo M. . Non-overlapping clone pooling for high-throughput sequencing. In: the ACM Conference, 2012, Orlando. Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine - BCB '12. New York: ACM Press. p. 84.

  • CIFERRI, Ricardo Rodrigues ; NAKANO, Mônica ; CIFERRI, Cristina Dutra de Aguiar ; KUROSHU, Reginaldo Massanobu ; BARIVIERA, José Júnior Lombardi ; SILVA, Nielder Tarsus Honorato da . Investigando o Desempenho da Estrutura de Indexação MRS com base na Geração de Genomas Sintéticos. In: Conferencia Latinoamericana de Informática (CLEI), 2006, Santiago do Chile. Anais da XXXII Conferencia Latinoamericana de Informática, 2006. p. 299.1-12.

  • Kuroshu, Reginaldo M. . Computational variation finding from short read data. In: São Paulo School of Advanced Science - Advanced Topics in Human Molecular Genetics, 2011, Campinas. São Paulo School of Advanced Science - Advanced Topics in Human Molecular Genetics, 2011.

  • Kuroshu, Reginaldo M. ; Kasahara, Masahiro ; Watanabe,, Junichi ; Sugano, Sumio ; Suzuki, Yutaka ; Morishita, Shinichi . Short read de novo-reference hybrid assembly for full-length cDNA sequencing with next-generation sequencers. In: The 8th International Workshop on Advanced Genomics - Expansion of Genome Science, 2009, Tokyo. The 8th International Workshop on Advanced Genomics - Expansion of Genome Science, 2009.

  • KUROSHU, Reginaldo Massanobu ; Kasahara, Masahiro ; Sekimori, Etsuko ; Watanabe,, Junichi ; Sugano, Sumio ; Suzuki, Yutaka ; Morishita, Shinichi . Short read multiclone assembly accelerates sequencing full-length cDNA clones. In: The Biology of Genomes, 2008, New York. The Biology of Genomes. New York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2008.

  • Kuroshu, Reginaldo M. ; Kasahara, Masahiro ; Watanabe,, Junichi ; Sugano, Sumio ; Suzuki, Yutaka ; Morishita, Shinichi . High-throughput full-length cDNA sequencing by short-read multiclone assembl y using reference genomes. In: The 31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, 2008, Kobe. The 31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, 2008.

  • KUROSHU, Reginaldo Massanobu ; CIFERRI, Ricardo Rodrigues ; NAKANO, Mônica . Estudo e Implementação da Estrutura de Indexação MRS. In: XIV Encontro Anual de Iniciação Científica, 2005, Guarapuava. XIV EAIC, 2005.

  • Kuroshu, R.M. . Introdução à Bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; SILVA, H. R. V. ; NAGAI, J. S. ; SOUZA, A. P. ; Kuroshu, R.M. . Preliminary analysis of functional SNPs mining from GBS data using GATK in a sugarcane map population. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • NAGAI, J. S. ; SILVA, H. R. V. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; SOUZA, A. P. ; Kuroshu, R.M. . GBS data from a population of modern sugarcane variety reveals duplicate genes retained by breeding process. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Kuroshu, Reginaldo M. . Cost-effective sequencing of full-length cDNA clones powered by a de novo-reference hybrid assembly. 2009. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • Kuroshu, Reginaldo M. . Computational approaches for high-throughput sequencing and assembly of clone sequences 2011 (Tese de doutorado).

  • Kuroshu, Reginaldo M. . Short read multiclone shotgun assembly of full-length cDNAs 2008 (Dissertação de mestrado).

  • KUROSHU, Reginaldo Massanobu . Indexação de Dados Biológicos 2005 (Trabalho de Graduação).

  • KUROSHU, Reginaldo Massanobu . Armazenamento e Recuperação de Dados Biológicos em Memória Secundária 2004 (Projeto de Iniciação Científica).

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Outras produções

Kuroshu, Reginaldo M. ; Kasahara, Masahiro ; Suzuki, Yutaka ; Morishita, Shinichi . MuSICA. 2009.

Kuroshu, R.M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; BRANDAO, M. M. ; PEREIRA, A. A. . Aplicações e Desafios da Bioinformática. 2017. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

Kuroshu, R.M. . Método computacional aprimora sequenciamento de DNA. 2014. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; Kuroshu, R.M. ; SATO, T. A. ; SILVA, H. R. V. . Introdução à utilização da linha de comando em Linux e ferramentas para análise de dados de sequenciamento genômico. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Kuroshu, R.M. . Curso Intensivo de Inverno para Maratona de Programação: Backtracking e Algoritmos Gulosos. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

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Projetos de pesquisa

  • 2014 - Atual

    Biologia computacional na análise de variação genética, Descrição: Este projeto tem como objetivo formar recursos humanos em uma temática multidisciplinar envolvendo a biologia computacional e genética, visando a preparação de profissionais que possam contribuir para a inclusão do País na fronteira moderna da pesquisa mundial nesta área.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (31) . , Integrantes: Reginaldo Massanobu Kuroshu - Integrante / Renato Vicentini - Integrante / Anete Pereira Souza - Coordenador / Michel Vincentz - Integrante / Sérgio Furtado dos Reis - Integrante / Antonio Augusto Franco Garcia - Integrante / Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Integrante / Maria Imaculada Zucchi - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3

  • 2012 - 2013

    Montagem e análise de transcriptomas e metatranscriptomas de fungos lignoceluloliticos, Descrição: O aproveitamento de biomassa vegetal para produção de produtos como biocombustíveis é de grande interesse para se reduzir o uso de combustíveis fósseis. Apesar de existirem processos bioquímicos baseados em coquetéis de enzimas capazes de extrair os açúcares dos polisacarídeos que compõem a biomassa de plantas, esses processos ainda não são capazes de quebrar a estrutura lignocelulósica eficientemente. Com o objetivo de analisar como consórcios microbianos na natureza conseguem degradar a lignocelulose, este projeto propõe a aplicação de métodos metatranscriptômicos e proteômicos de microorganismos celulolíticos para a descoberta de novas enzimas e proteínas para a digestão da lignocelulose. Estudos metagenômicos recentes, que se limitam a buscar por similaridades com sequências conhecidas, não são capazes de identificar novas enzimas que não compartilham similaridades com sequências conhecidas. Portanto, esta proposta foca-se no estudo de métodos e estratégias para montagem de transcriptomas e metatranscriptomas sequenciados com sequenciadores de DNA de segunda geração. Serão feitas também análises de sequências para identificar transcritos candidatos para expressão de proteínas de interesse.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Reginaldo Massanobu Kuroshu - Integrante / Igor Polikarpov - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

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Prêmios

2005

11º lugar entre 155 equipes no ACM International Collegiate Programming Contest within Brazil, ACM/SBC.

2005

Campeão Estadual Paranaense do Desafio Sebrae 2005, SEBRAE.

2004

11º lugar entre 161 equipes no ACM International Collegiate Programming Contest within Brazil, ACM/SBC.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade Federal de São Paulo, Instituto de Ciência e Tecnologia. , Rua Talim, 330, Jardim Aeroporto, 12231280 - São José dos Campos, SP - Brasil, Telefone: (12) 33099607

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Experiência profissional

  • 2014 - Atual

    Universidade Estadual de Campinas

    Vínculo: , Enquadramento Funcional:

  • 2012 - 2012

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2012 - Atual

    Universidade Federal de São Paulo

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 10/2018

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, Instituto de Ciência e Tecnologia.,Cargo ou função, Membro titular da Congregação do ICT-Unifesp.

    • 02/2018

      Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática Avançada

    • 01/2018

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, .,Cargo ou função, Membro titular da Comissão de Avaliação do Estágio Probatório (CAEP).

    • 06/2017

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, Instituto de Ciência e Tecnologia.,Cargo ou função, Membro titular do Núcleo Docente Estruturante (NDE) do Bacharelado em Ciência da Computação.

    • 11/2016

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, Instituto de Ciência e Tecnologia.,Cargo ou função, Membro suplente da Comissão de Curso da Engenharia de Computação.

    • 03/2014

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Análise de Algoritmos e Estruturas de Dados, Seminários

    • 08/2013

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, Instituto de Ciência e Tecnologia.,Cargo ou função, Comissão de Assuntos Internacionais.

    • 05/2013

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Algoritmos e Estruturas de Dados II, Algoritmos em Bioinformática, Desafios de Programação, Projeto e Análise de Algoritmos, Teoria dos Grafos

    • 05/2013

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Algoritmos e Estruturas de Dados, Algoritmos e Estruturas de Dados II, Projeto e Análise de Algoritmos, Teoria dos Grafos

    • 06/2018 - 06/2018

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, Instituto de Ciência e Tecnologia.,Cargo ou função, Membro da Comissão de Avaliação PIBIC 2018.

    • 08/2014 - 07/2016

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, .,Cargo ou função, Comissão de Curso de Graduação em Ciência da Computação (membro suplente)..

    • 12/2014 - 04/2015

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, .,Cargo ou função, Membro da Comissão Interna do Congresso Acadêmico da UNIFESP/2015.

  • 2008 - 2009

    University Of Tokyo

    Vínculo: Estudante, Enquadramento Funcional: Monitor

    Atividades

    • 01/2008 - 12/2009

      Outras atividades técnico-científicas , School of Science, School of Science.,Atividade realizada, Monitoria em Bioinformatics Practical Class 1 (graduação).

  • 2002 - 2005

    Universidade Estadual de Maringá

    Vínculo: Acadêmico, Enquadramento Funcional: Graduação, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 07/2005 - 12/2005

      Estágios , Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós graduação, .,Estágio realizado, Desenvolvimento de software e suporte técnico.

    • 05/2005 - 12/2005

      Outras atividades técnico-científicas , Centro de Tecnologia, Centro de Tecnologia.,Atividade realizada, Projeto de Ensino - Preparação para Maratona de Programação.

    • 07/2004 - 01/2005

      Outras atividades técnico-científicas , Centro de Tecnologia, Centro de Tecnologia.,Atividade realizada, Monitoria da Disciplina Engenharia de Software I.