Reginaldo Massanobu Kuroshu

2012 - 2012

Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Japonês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Biologia Computacional.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.

KUROSHU, Reginaldo Massanobu ; FAZENDA, A. L. ; GARCIA, H. C. . Maratona de Programação da Unifesp (evento em X Congresso Acadêmico da Unifesp). 2024. .

SANTOS, S. R. B. ; OLIVEIRA, T. ; MUSA, D. L. ; Kuroshu, R.M. . Scomp - Semana da Computação 2020. 2020. (Outro).

Kuroshu, R.M. ; BERTON, L. ; SANTOS, S. R. B. . Maratona de Programação da Unifesp. 2020. .

Kuroshu, R.M. ; ESPOSITO, E. ; SOUSA, H. ; MIRANDA, D. A. . III Curso de Inverno em Bioinformática. 2020. (Outro).

Kuroshu, R.M. ; BERTON, L. ; SANTOS, S. R. B. . Maratona de Programação da Unifesp. 2019. .

Kuroshu, R.M. ; BERTON, L. ; SANTOS, S. R. B. . Semana da Computação 2019. 2019. (Congresso).

Kuroshu, R.M. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SILVA, H. R. V. . II Curso de Inverno em Bioinformática. 2018. (Congresso).

FAZENDA, A. L. ; Kuroshu, R.M. . Semana da Computação 2018. 2018. (Congresso).

Kuroshu, R.M. ; COSTA, E. A. ; SILVA, H. R. V. ; AONO, A. H. . Curso de Inverno em Bioinformática. 2017. (Outro).

BERTON, L. ; MUSA, D. L. ; Kuroshu, R.M. . Semana da Computação 2017. 2017. (Congresso).

COSTA, E. A. ; SILVA, H. R. V. ; AONO, A. H. ; Kuroshu, R.M. . Genética, Genômica e Bioinformática. 2017. (Outro).

Kuroshu, R.M. . Maratona de Programação da Unifesp, III Semacomp. 2016. .

Kuroshu, R.M. . C++ para Resolução de Problemas. 2016. (Outro).

Kuroshu, R.M. ; AONO, A. H. ; RAMIRES, R. F. ; BARBOSA, L. A. . Curso Intensivo de Inverno para Maratona de Programação. 2016. (Outro).

Kuroshu, R.M. . Maratona de Programação da Unifesp, II Semacomp. 2015. .

Kuroshu, R.M. ; AONO, A. H. ; RAMIRES, R. F. ; BARBOSA, L. A. . Introdução à Lógica de Programação para Olimpíada Brasileira de Informática. 2015. (Outro).

Kuroshu, R.M. . Maratona de Programação da Unifesp, I Semacomp. 2014. .

Maratona de Programação. Coach de equipes na 1a. fase. 2016. (Olimpíada).

X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology. Preliminary analysis of functional SNPs mining from GBS data using GATK in a sugarcane map population. 2016. (Congresso).

Maratona de Programação. Coach de equipe. 2015. (Olimpíada).

Maratona de Programação. Participação como técnico de equipes na 1a. fase e fase nacional.. 2014. (Olimpíada).

Maratona de Programação. Participação como técnico de equipe na 1a. fase.. 2013. (Olimpíada).

São Paulo School of Advanced Science - Advanced Topics in Human Molecular Genetics.Computational identification of structural variations with next-generation sequencers. 2011. (Oficina).

Bioinformatics in the Era of ?Genome Information Big Bang?.Cost-Effective Sequencing of Full-Length cDNA Clones Powered by a De Novo-Reference Hybrid Assembly. 2009. (Encontro).

The 8th International Workshop on Advanced Genomes - Expansion on Genome Science.Short read de novo-reference hybrid assembly for full-length cDNA sequencing with next-generation sequencers. 2009. (Simpósio).

The 31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan (BMB2008).High-throughput full-length cDNA sequencing by short-read multiclone assembl y using reference genomes. 2008. (Encontro).

The Biology of Genomes.Short read multiclone assembly accelerates sequencing full-length cDNA clones. 2008. (Encontro).

ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil.ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil. 2005. (Outra).

Desafio Sebrae.Desafio Sebrae. 2005. (Outra).

I JOLIM - Jornada Linux de Maringá.I JOLIM - Jornada Linux de Maringá. 2005. (Encontro).

LatinoWare Mercosul - Conferência Latinoamericana de Software Livre. LatinoWare Mercosul - Conferência Latinoamericana de Software Livre. 2005. (Congresso).

ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil.ACM International Collegiate Programming Contest (ACM-ICPC) within Brazil. 2004. (Outra).

V Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá.V Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá. 2003. (Encontro).

IV Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá.IV Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá. 2002. (Encontro).

SOUZA, A. P.; PADILHA, L.;KUROSHU, Reginaldo Massanobu. Gene coexpression networks provide deeper insights into sucrose accumulation in sugarcane cultivars.. 2021. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

QUILES, M. G.; CAMPOS, C.;KUROSHU, Reginaldo Massanobu; BASGALUPP, M.; RIBEIRO, C. H. C.. Representação de Células Completas Utilizando Redes Complexas. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

QUILES, M. G.; NASCIMENTO, M. C. V.; FREITAS, V. L. S.;KUROSHU, Reginaldo Massanobu; VERRI, F. A. N.. M. Gouvêa. Caracterização de Redes Complexas por dinâmica de partículas. 2022. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

SOUZA, A. P.; CANTAO, M. E.;Kuroshu, R.M.; MARGARIDO, G. R. A.; VITORELLO, C. B. M.. Análise do transcriptoma e de sequências genômicas de variedades comerciais de cana-de-açúcar. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

SOUZA, A. P.; OLIVEIRA, L. G.;Kuroshu, R.M.. Análise de transcriptoma de Trichoderma harzianum para a bioprospecção de enzimas hidroliticas (banca de análise prévia). 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

SOUZA, A. P.; ZUCCHI, M. I.;Kuroshu, R.M.. Análise do transcriptoma e de sequências genômicas de variedades comerciais de cana-de-açúcar. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

VINCENTZ, M.;Kuroshu, R.M.; PADILHA, L.. Gene coexpression networks for the identification of gene expression profiles related to sucrose storage in sugarcane. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

QUILES, M. G.; ZORZAL, E. R.;Kuroshu, R.M.. Avaliação de Redes Recorrentes na Detecção de Falhas em Turbinas Eólicas. 2025. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

SANTOS, S. R. B.; OLIVEIRA, A. M.; MUSA, D. L.;Kuroshu, R.M.. Desenvolvimento de um Escalonador de Tarefas Multiagente para Montagem Autônoma de Peças usando Aprendizado por Reforço. 2023. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

BRITO, M. S.; ZELANIS, A.;Kuroshu, R.M.. Desenvolvimento de plataforma digital integrada para avanços em cana-de-açúcar. 2023. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Paulo.

BERTON, L.;KUROSHU, Reginaldo Massanobu; GARCIA, K.. Detecção de Palavras Chaves via Redes Complexas e Word Embeddings. 2022. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

ZELANIS, A.; CAMPOS, C.;Kuroshu, R.M.. Analise de secretoma tumoral por redes de correlação. 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Paulo.

MUSA, D. L.; FAZENDA, A. L.;Kuroshu, R.M.. Avaliação do uso de Hadoop e MapReduce para aumento de eficiência no gerenciamento de dados biológicos. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

MUSA, D. L.;Kuroshu, R.M.; STRINGHINI, D.. Banco de dados não-relacionais aplicados a dados biológicos. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

MARTINS, C. B.;Kuroshu, R.M.; MARIANO, F. Q.. Desenvolvimento de Aplicativo R/Shiny para Auxílio na Visualização e Análise de Indicadores de Saúde no Estado de São Paulo. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

BERTON, L.; VEGA-OLIVEROS, D. A.;Kuroshu, R.M.. Data Augmentation via Generative Adversarial Networks aplicado em classificação de imagens.. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

FAZENDA, A. L.;Kuroshu, R.M.; CONCEICAO, A. F.. Desenvolvimento de uma Ferramenta para Análise de Diversidade Genética com Marcadores Moleculares Utilizando Programação de Alto Desempenho. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

ZELANIS, A.;Kuroshu, R.M.; SOARES, S. G.. Análise de redes de interação de proteínas em linhagens celulares de melanoma. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Paulo.

MELO, V. V.; CASALI, K. R.;Kuroshu, R.M.. Uso de Programação Kaizen com Programação Genética Linear-λ e Floresta Aleatória para a Construção Automática de Atributos e Classificação de Sinais Arrítmicos de Eletrocardiograma. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

CONCEICAO, A. F.; MEIRA, L. A. A.;Kuroshu, R.M.. Detecção de Network Motifs. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

NASCIMENTO, M. C. V.; QUILES, M. G.;Kuroshu, R.M.. Maximização da Modularidade Ajustada por Redes Neurais. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Matemática Computacional) - Universidade Federal de São Paulo.

Implementação de um Pipeline Computacional de Bioinformática para o estudo de Bacteriófagos de Klebsiella Pneumoniae; Início: 2025; Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo; (Orientador);

Análise de sequências de fagos para o desenvolvimento de banco de dados e sistema de predição da eficácia em fagoterapia; Início: 2024; Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo; (Orientador);

Análises in silico e validações envolvendo o gene NIBAN1 no câncer de tireoide; 2022; Dissertação (Mestrado em Biologia Estrutural e Funcional) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Avaliação de métodos de alinhamento global em dados metagenômicos sobre obesidade; 2019; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Active querying in constrained clustering; 2022; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

2016; Universidade Federal de São Paulo, ; Reginaldo Massanobu Kuroshu;

2015; Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Comparação de Métodos de Active-Querying e Agrupamento com Restrição Aplicados a Dados de RNA-seq de Câncer de Mama; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Modelagem e Análise de Vias Metabólicas Baseadas em Teoria dos Grafos; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Análise comparativa entre abordagens de construção de transcriptomas: De Novo Assembly e Mapeamento com referência; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Avaliação de técnicas de aprendizado de máquina supervisionado na classificação de obesidade; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Integração das ferramentas Samtools e FreeBayes em um pipeline de identificação de variações genéticas a partir de genotipagem por sequenciamento de uma população de cana-de-açúcar; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Mineração e avaliação de marcadores SNPs utilizando técnicas de seleção de atributos; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Construção de sequências a partir de dados de genotipagem por sequenciamento de uma população de cana-de-açúcar utilizando a ferramenta Stacks; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Desenvolvimento de um pipeline automatizado para identificação de variações genéticas a partir de Genotipagem por Sequenciamento utilizando o GATK; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Aplicação da ferramenta Tassel para análise de dados de genotipagem por sequenciamento (GBS) para identificação de variações genéticas em uma população de cana-de-açúcar; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Estudo e implementação de métodos computacionais para estimativa de taxas de evolução molecular; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Enisno e aprendizagem de programação - Maratona de Programação 2016; 2016; Orientação de outra natureza; (Engenharia de Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Treinamento para Maratona de Programação 2015; 2015; Orientação de outra natureza; (Engenharia de Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Introdução a Lógica de Programa para OBI; 2015; Orientação de outra natureza; (Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Suporte para Melhoria da Aprendizagem das UCs Relacionadas à Área de Ciência da Computação nos Bacharelados Ofertados pelo Instituto de Ciência e Tecnologia; 2014; Orientação de outra natureza; (Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Kuroshu, Reginaldo M. ; Kasahara, Masahiro ; Suzuki, Yutaka ; Morishita, Shinichi . MuSICA. 2009.

CURIONI, S. ; Kuroshu, R.M. . Empreendedorismo no Vale do Silício. 2020. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

Kuroshu, R.M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; BRANDAO, M. M. ; PEREIRA, A. A. . Aplicações e Desafios da Bioinformática. 2017. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

Kuroshu, R.M. ; Costa, Estela Araujo . Perpectivas - Sequenciamento de DNA da cana-de-açúcar. 2015. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

Kuroshu, R.M. . Método computacional aprimora sequenciamento de DNA. 2014. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

Kuroshu, R.M. . Curso de Inverno em Bioinformática. 2017. (Site).

Kuroshu, R.M. ; REZENDE, J. C. ; SOUSA, H. ; MIRANDA, D. A. . Minicurso prático de bioinformática: terminal Linux e dados de sequências biológicas. 2020. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Kuroshu, R.M. ; REZENDE, J. C. ; SOUSA, H. ; MIRANDA, D. A. . Minicurso prático de bioinformática: alinhamento e visualização de sequências. 2020. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Kuroshu, R.M. ; AONO, A. H. ; COSTA, E. A. . Ferramentas de Bioinformática para análise metagenômica em estudos de microbiota intestinal. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; Kuroshu, R.M. ; SATO, T. A. ; SILVA, H. R. V. . Introdução à utilização da linha de comando em Linux e ferramentas para análise de dados de sequenciamento genômico. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Kuroshu, R.M. . Curso Intensivo de Inverno para Maratona de Programação: Backtracking e Algoritmos Gulosos. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2018

Menção honrosa de trabalho apresentado por orientado de IC Alexandre Hild Aono no IV Congresso Acadêmico Unifesp, Universidade Federal de São Paulo.

2018

Melhor trabalho na área apresentado por orientado de IC Alexandre Hild Aono no XIV Curso de Inverno de Genética, Funep, FCAV-Unesp.

2005

11º lugar entre 155 equipes no ACM International Collegiate Programming Contest within Brazil, ACM/SBC.

2005

Campeão Estadual Paranaense do Desafio Sebrae 2005, SEBRAE.

2004

11º lugar entre 161 equipes no ACM International Collegiate Programming Contest within Brazil, ACM/SBC.