Ernesto Raúl Caffarena

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Produções bibliográficas

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• OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; CAFFARENA, E. R. ; SANTANNA, C. M. ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezer J. . Molecular modeling Study of the interaction profileof phosphodiesterase 4 and its inhibitors. In: II Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2004, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2004.

• LORENZO, A. C. ; CAFFARENA, E. R. . Niruriside: Um potencial composto antiviral contra a infecção pelo HIV-1. Estudo por Dinâmica Molecular da suas propriedades estruturais e de hidratação. In: IV Bienal de pesquisa da fundação Oswaldo Cruz, 2004, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2004.

• LORENZO, A. C. ; CAFFARENA, E. R. . Mechanical Properties of a Collagen-Like Molecule Studied By Steered Molecular Dynamics. In: V Congresso Ibero-americano de Biofísica., 2003, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2003.

• ROSSLE, Shaila ; CAFFARENA, E. R. ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, P. M. . Study Of T-Cell Receptor/Superantigen Interaction By Computational Analysis. In: V Congresso Ibero-americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2003.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Perturbación estructural del agua por sustancias no polares: efectos de la presión. In: Reunião anual da Asossiação de Física de Argentina, 2003, San Carlos de Bariloche. Livro de resumos, 2003.

• CAFFARENA, E. R. . Conformational and dynamical properties of niruriside in aqueous solution. A molecular dynamics approach. In: I Workshop de modelagem molecular da Amazônia, 2003, Belem do Pará. Livro de resumos, 2003.

• CAFFARENA, E. R. ; LORENZO, A. C. ; SCHECHTMAN, H. . Dinâmica Molecular forçada aplicada ao estudo de amostras de colágeno em solução. In: III Bienal de Pesquisa, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.

• BARBOSA, F. P. ; GOMES, L. P. ; CAFFARENA, E. R. . Docking Molecular de glicosaminoglicanos em amostras de colágeno. In: X Reunião Anual de iniciação Científica, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.

• GOMES, B. C. ; BISCH, Paulo M. ; CAFFARENA, E. R. . Interações lectinas ? carboidratos: Cálculos de constantes de afinidade utilizando o método computacional de perturbação termodinâmica. In: XXIII Jornada de Iniciação Científica e XIII Jornada de Iniciação Artística e Cultural. Universidade Federal do Rio de Janeiro, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.

• SILVA, A. W. S. ; CAFFARENA, E. R. ; BISCH, Paulo M. ; PASCUTTI, P. . Stochastic molecular dynamics of HIV type I protease complexed with DMP 323.. In: XXX Reunião Anual de Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2001, Caxambú - Minas Gerais. Livro de resumos, 2001.

• CAFFARENA, E. R. ; SILVA, A. W. S. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, P. M. . Simulations of large biological systems using stochastic boundary conditions and mean reaction field. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú - MG. Livro de resumos, 2001.

• LOUREIRO, P. A. ; CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Molecular Dynamics Simulation of a dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC) bilayer. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambu. Livro de resumos, 2001.

• CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, P. M. . Interpolation Methods Adapted to Stochastic Molecular Dynamics for Simulating complex Biological Systems. In: IV Congress of the Southern Cone, 2000, Campinas, São Paulo. Livro de resumos, 2000.

• ROSSLE, Shaila ; CAFFARENA, E. R. ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, P. M. . Stochastic Molecular Dynamics Simulations of interaction between the T-Cell receptor Cw3/1.1 and the Superantigen SEC2 in Aqueous Solution. In: IV Congress of the Southern Cone, 2000, Campinas. São Paulo. Livro de resumos, 2000.

• ORTMANS, I. ; CAFFARENA, E. R. ; BISCH, P. M. . Pressure unfolding of ARC repressor studied by Molecular Dynamics simulations. In: XXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999, São Lorenço, Minas Gerais. Livro de resumos, 1999.

• CAFFARENA, E. R. ; BISCH, P. M. . Hydration of specific binding lectin carbohydrates. Molecular Dynamics Simulations. In: XXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999, São Lourenço, Minas Gerais. Livro de resumos, 1999.

• CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Simulação por Dinâmica Molecular aplicada a biomoléculas. In: XIV Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental, 1999, Caxambú, Minas Gerais. Livro de resumos, 1999.

• RUDERMAN, G. ; MOGILNER, I. G. ; CAFFARENA, E. R. ; TOLOSA, E. J. . Estabilidad de la triple hélice en muestras colagénicas. In: XXVI Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1998, La Plata, Buenos Aires. Livro de resumos, 1998.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Hidratación de mezcla anomérica concentrada de glucosa en estados vítreos y gomoso. Simulacion por Dinámica Molecular. In: XXVIO Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1998, La Plata, Argentina. Livro de resumos, 1998.

• CARLEVARO, C. M. ; CAFFARENA, E. R. ; VERICAT, F. ; GRIGERA, J. R. . Simulación de Xilitol en Agua mediante Dinámica Molecular con Actualización de Cargas Parciales Atómicas. In: 82 Reunión Anual de Fisica Argentina, 1997, San Luis, San Luis, 1997.

• CAFFARENA, E. R. ; KALKO, S. G. ; CARLEVARO, C. M. ; GRIGERA, J. R. . Modelling by Molecular Dynamics of Systems of Biological Interest. In: Satellite Workshop of the III Iberoamerican Congress of Biophysics: Ion Channel. From Models to Desease, 1997, Buenos Aires. Abstract book, 1997.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . A comparative study of the structural charcateristics of different glycosidase inhibitors. In: III Iberoamerican Congress of Biophysics, 1997, Buenos Aires. Abstract book, 1997.

• XAMMAR, J. R. ; CAFFARENA, E. R. ; TOLOSA, E. J. ; GRIGERA, J. R. . Hydrofobic effect: an old unsolver problem. In: III Iberoamerican Congress of Biophysics, 1997, Buenos Aires, 1997.

• MOGILNER, I. ; RUDERMAN, G. ; CAFFARENA, E. R. ; TOLOSA, E. J. . Thermal denaturation of collagen by a true alternative ultraviolet spectroscopic method. In: III Iberoamerican Congress of Biophysics, 1997, Buenos Aires. Abstract book, 1997.

• PANTANO, S. ; GUIDUGLI, S. ; BENEGAS, J. ; CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Polyacrilic acid: A molecular Dynamics Simulation. In: First Latin American School of Complex Systems, 1997, San Luis, San Luis. Abstract book, 1997.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Transiciones Vítreas en Soluciones Acuosas de Glucosa. Simulación por Dinámica Molecular. In: Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1996, San Carlos de Bariloche, Rio N. Livro de resumos, 1996.

• CARLEVARO, C. M. ; CAFFARENA, E. R. ; VERICAT, F. ; GRIGERA, J. R. . Efecto del xilitol en la estructura y dinamica del agua. In: XXV Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1996, San Carlos de Bariloche, Rio N. Livro de resumos, 1996.

• RUDERMAN, G. ; CAFFARENA, E. R. ; MOGILNER, I. G. ; TOLOSA, E. J. . Puentes de Hidrógeno en Soluciones Acuosas de Ácido Acético. estudio de espectroscopía UV, Viscosidad y Dinámica Molecular. In: XXV Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1996, San Carlos de Bariloche, Rio N. Livro de resumos, 1996.

• DONNAMARIA, M. C. ; CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Propiedades de hidratación de los ácidos ascórbico e dehidroascórbico. Simulación por Dinámica Molecular. In: XXV Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1996, San Carlos de Bariloche, Rio N, 1996.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Glass Transition and unfrozen water in solutions of monosaccharides - Molecular Dynamics Simulations. In: IV International Satellite Meeting on CONFORMATIONAL STUDIES OF CARBOHYDRATES, 1996, La Thuile, Aosat, 1996.

• RUDERMAN, G. ; CAFFARENA, E. R. ; MOGILNER, I. . Estudio de Muestras Colagénicas por Espectroscopia en la Región Ultravioleta. In: XXIV Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1995, Bahia Blanca, Buenos Aires. Livro de resumos, 1995.

• DONNAMARIA, M. C. ; CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Propiedades Estructurales del ácido ascórbico. Simulación por Dinámica Molecular. In: XXIV Reunión de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1995, Bahia Blanca, Buenos Aires. Livro de resumos, 1995.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Descenso Crioscópico y Temperatura de Fusión en Soluciones Congeladas de Monosacáridos. Simulación por Dinámica Molecular. In: 80 Reunión Anual de la Asociación Física Argentina, 1995, San Carlos de Bariloche, Rio N. Livro de resumos, 1995.

• BOLZICCO, V. B. ; CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Determinación de la cantidad de agua no congelable en soluciones acuosas de monosacáridos por métodos dieléctricos. In: 80a Reunión Anual de la Asociación Física Argentina, 1995, San Carlos de Bariloche, Rio N. Livro de resumos, 1995.

• GRIGERA, J. R. ; CAFFARENA, E. R. . Molecular Dynamics Simulation of Phase Transitions of Systems of Anisotropic Molecules. In: II Workshop Latino Americano sobre Fluídos Complexos e suas Aplicações, 1995, Serra Negra. Abstract book, 1995.

• GRIGERA, J. R. ; CAFFARENA, E. R. . Phase Transitions of carbohydrates studied by Molecular Dynamics. In: March Meeting American Chemical Society, 1995, Anaheim, 1995.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Solid-Liquid Glass Transitions in glucose studied by Molecular Dynamics Simulations. In: 209th ACS National Meeting, 1995, Anaheim, CA. Abstract book, 1995.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Transición Vítrea de Beta-D-glucosa - Dinámica Molecular. In: XXIII Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1994, Villa Giardino, Córdoba. Livro de resumos, 1994.

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Propiedades Dieléctricas de Oligosacáridos. In: XXII Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Biofísica, 1993, Maciel, Santa Fé. Livro de resumos, 1993.

• BAREL, V. A. ; JESUS, J. B. ; TORRES, PEDRO HENRIQUE MONTEIRO ; BATISTA, PAULO RICARDO ; CAFFARENA, ERNESTO ; RODRIGUES, C. R. ; DIAZ, N. C. C. ; SOUZA, A. M. . Potential Binding Sites and Inhibitors of the RNA-Dependent RNA-Polymerase Domain of the Zika Virus NS5 Protein. COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE , 2023.

• CAFFARENA, E . Unleashing Molecular Insights with Combined Constant pH Molecular Dynamics and Free Energy Calculations. 2023. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CAFFARENA, ERNESTO . Lessons from computational experiments by combining CpHMD and Free energy calculations. 2023. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CAFFARENA, E. R. . A positive contribution From the neighbourhood. The relevance of simulating at constant pH. 2023. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CAFFARENA, ERNESTO . Como a Dinâmica Molecular a pH constante desvenda novas perspectivas para cálculos computacionais de energia livre?. 2023. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MARTINS, R. S. ; TORRES, P. H. M. ; REIS, J. R. ; CAFFARENA, E. R. . Evaluation of the interaction between GabaA receptor and metallocompounds derived from diazepam in silico. 2019. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CAFFARENA, E. R. . Métodos de amostragem melhrada para o cálculo computacional de energia livre. Aplicação a doenças negligenciadas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• CAFFARENA, E. R. . Estudo computacional da interação entre as proteínas do MHC e epítopos derivados da extensão terminal da cisteíno-proteinase B de Leishmania amazonensis: Revelações através da Metadinâmica. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• CAFFARENA, E. R. . Introdução à Dinâmica Molecular. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Dinâmica Molecular aplicada ao estudo de sistemas biológicos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Métodos de Predição de Estruturade produtos de sequenciamento e análise estrutural. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Exemplo de como trabalhar com baixa identidade de sequencias de proteínas. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. ; MARTINS, J. H. . Estudo de Proteínas Selecionadas aplicando o software Modeller. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Aplicações da modelagem molecular a sistemas biológicos. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• CAFFARENA, E. R. . Modelagem Molecular de Proteínas - Dinâmica Molecular. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Cálculo da energia livre de interação entre biomoléculas. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Mini curso prático sobre Método LIE (Linear Interaction Energy) para cálculo de energia livre. 2008. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CAFFARENA, E. R. . Cálculo de Energia Livre utilizando Dinâmica Molecular. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Searching for APRIL inhibitors. 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• CAFFARENA, E. R. ; MARTINS, J. H. . Molecular Modeling of integrins. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• CAFFARENA, E. R. . Bioinformática e suas aplicabilidades. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. . Dinamica Molecular. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAFFARENA, E. R. ; GRIGERA, J. R. . Aplicación de la Dinámica Molecular a Sistemas Biológicos. 1998. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2023 - Atual

  Estudos in silico da interação de peptídeos bioativos em membranas biológicas e receptores específicos, Descrição: Os peptídeos bioativos são definidos como fragmentos específicos de proteínas que têm um impacto positivo nas funções do organismo e desempenham um papel regulador das funções metabólicas dos organismos vivos. São considerados a nova geração de reguladores biologicamente ativos e atuam como mediadores mais comuns das interações célula-célula (1,2), com implicações na saúde humana para a melhoria e solução de determinadas patologias. O projeto presente é dividido em 2 subprojetos relacionados à ação de peptídeos interagindo com receptores de membrana ou modificando as propriedades dela. O primeiro deles está relacionado com a otimização in silico do neuropeptídeo VIP na interação com receptores de membrana VPAC1, VPAC2 e PAC1, com ação terapêutica multialvo contra a COVID-19 e à infecção por HIV. O peptídeo VIP é um neuropeptídeo da família do glucagon que desempenha funções nos sistemas nervoso central e periférico, endócrino e imune, com importantes características regulatórias e anti-inflamatórias. O segundo projeto visa ao estudo da oxidação lipídica e seu efeito na amiloidogênese de células pancreáticas. O polipeptídeo amiloide das ilhotas pancreáticas é um hormônio das células beta pancreáticas secretado conjuntamente com a insulina, que ao produzir amiloidogênese, contribuiria para a etiologia da Diabetes tipo 2.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador.

• 2023 - Atual

  Aplicação de dinâmica molecular high-throughput e técnicas de amostragem avançada no planejamento de biofármacos e fármacos sintéticos, Descrição: No presente projeto, propomos o aprimoramento de metodologias computacionais, com potencial de aplicação a alvos diversos, assim como o desenvolvimento e aplicação de outras do estado da arte para planejamento de possíveis fármacos de origem sintética e de biofármacos. Nossa proposta de desenvolvimento metodológico será focada em dois aspectos: (i) melhor caracterização de alvos moleculares, permitindo novas estratégias de desenvolvimento de ligantes, e (ii) aprimoramento de metodologias para cálculo de variação de energia livre de ligação.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante / Rafaela Salgado Ferreira - Integrante / Deborah Antunes dos Santos - Integrante / Alessandro Silva Nascimento - Integrante / Lucas Bleicher - Integrante / GUIMARÃES, ANA CAROLINA R. - Integrante / MARTINS, LUAN C - Integrante / Vinicius Maltarollo - Integrante / Marcell Arruda - Integrante.

• 2023 - Atual

  The Global Health Network Latin America the Caribbean, Descrição: Tem por objetivo melhorar a base de competências das equipes locais de pesquisa em saúde da ALC na área de países emergentesdoenças infecciosas, conectando excelência; usando uma abordagem conjunta regional e baseada na web paramobilização de conhecimento, iniciativas educacionais e aprendizagem tácita.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Marcelo Ferreira da Costa Gomes - Integrante / Cristiani Vieira Machado - Integrante / Ezequiel Garcia Elorrio - Integrante / Lyda Osorio - Integrante / Hector Garcia - Integrante / Julio Arturo Canario - Integrante / Jackeline Alger - Integrante / Trudie Lang - Integrante.

• 2023 - Atual

  Desenvolvimento de um complexo anticorpo-fármaco nao internalizante para oncoterapia usando imunomoduladores como payload, Descrição: O câncer é uma das classes de doença mais letais no mundo, com a previsão de aumento em 70 no número de mortes derivadas de neoplasias nos próximos 20 anos. A seriedade destas doenças decorre da heterogeneidade tumoral, conferindo um perfil proteômico distinto ao tumor, que pode ser explorado como forma de tratamento. Os conjugados anticorpo-fármaco (ADC) emergem como uma terapia capaz de combinar a precisão dos anticorpos com a potência das drogas citotóxicas, direcionando estas seletivamente ao tumor e reduzindo os seus efeitos adversos. Apesar do sucesso recente dos ADCs no tratamento do câncer, existem desafios como a heterogeneidade farmacocinética, efeitos colaterais adversos causados pela toxicidade do fármaco e/ou o anticorpo, baixa penetração nos tumores sólidos, necessidade da internalização do ADC para a liberação correta da carga útil (payload) e resistência tumoral. Desta forma, propomos construir um ADC não- internalizante mirando a Gal-3BP, proteína secretada associada à metástase, como alvo do anticorpo para entregar uma pequena molécula não-citotóxica moduladora da PD-L1, receptor envolvido na inibição das células-T. Enquanto a Gal-3BP, cuja modulação controla a progressão do câncer, se mostrou um alvo eficaz para direcionamento na nova classe de ADCs não-internalizantes, a PD-L1 é um alvo validado para a imunoterapia, e emerge como uma alternativa para os alvos intracelulares STING e TLRs já em uso em ADCs imunoestimulantes. Assim, almejamos produzir e avaliar in vitro uma prova de conceito de ADC constituída do anticorpo SP2 e a molécula CHEMBL5072692, conhecidos moduladores de Gal-3BP e PD-L1, respectivamente. Modificações a serem propostas in silico para otimização das propriedades farmacodinâmicas das porções também serão avaliadas in vitro. Pretendemos obter um ADC não-internalizante modulador de alvo extracelular, com função duplamente imunoterápica, abrindo um novo caminho para o desenvolvimento de terapias oncológicas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / João Herminio Martins da Silva - Coordenador / Beatriz Chaves - Integrante / Geraldo Sartori - Integrante / Alejandro Buschiazzo - Integrante / Caroline Pereira Bittencourt Passaes - Integrante / Dayane Alves Costa - Integrante / Patrick England - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2021 - Atual

  Otimização dos neuropeptídeos VIP e PACAP na interação com receptores específicos das células alvo do SARS-CoV-2, para controle da resposta inflamatória exacerbada e inibição da replicação viral, Descrição: Estudos recentes mostraram que os neuropeptídeos VIP e PACAP são capazes de inibir a replicação do gene SARS-CoV-2 em monócitos humanos, impedindo a produção viral. Esses peptídeos já se mostraram ativos na redução da produção viral em macrófagos primários humanos infectados com HIV-1, afetando a produção de partículas do vírus ao se ligarem a seus receptores nas membranas das células infectadas. Consequentemente, ambos neuropeptídeos têm sido considerados agentes terapêuticos promissores para tratamento da COVID-19, dada sua capacidade de produzir citocinas pró-inflamatórias e inibir a replicação viral. Nesse projeto propomos a otimização dos peptídeos VIP e PACAP para interação com seus receptores celulares VPAC1, PAC1 e PAC2, levando em conta as variações polimórficas. Pretendemos obter modelos de peptídeos derivados do VIP e PACAP com maior afinidade para os diversos receptores (PACA1, PAC1 e PAC2) e seus variantes polimórficas com o objetivo de estabelecer uma terapia multi-target.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Ana Carolina Ramos Guimarães - Integrante / Lucianna Helene Santos - Integrante / Deborah Antunes dos Santos - Integrante / Fernando Augusto Teixeira Pinto Meireles - Integrante / Jairo Temerozo - Integrante / Dumith Bou Habib - Integrante., Financiador(es): FAPERJ - Bolsa.

• 2019 - 2022

  Caracterização in silico do mecanismo funcional das enzimas ribose 5-phosphate isomerase (R5PI) de Trypanosoma cruzi e humana para o combate à doença de Chagas, Descrição: A doença de Chagas é uma doença potencialmente fatal causada pelo parasita protozoário Trypanosoma cruzi. Em 2010, a Organização Mundial de Saúde (OMS) estimou que cerca de 7 a 8 milhões de pessoas em todo o mundo estavam infectadas com T. cruzi, resultando em mais de 50.000 mortes por ano. A maioria dos casos é encontrada em países da América Latina onde a doença é endêmica, com disseminação substancial nos Estados Unidos, no Canadá e em muitos países europeus e alguns países do Pacífico Ocidental. Atualmente, não existem vacinas para controlar esta enfermidade e os dois fármacos disponíveis no mercado são inadequados devido à gravidade dos efeitos colaterais além do substancial custo para o tratamento da doença. Esse conjunto de desvantagens torna crucial o desenvolvimento de novos fármacos, mais seguros e efetivos, no tratamento da doença de Chagas. Visto que a utilização da abordagem de planejamento auxiliado por computador diminui o custo e o tempo na busca por possíveis inibidores de uma enzima, a correta caracterização do sítio catalítico e a elucidação do processo de complexação são cruciais para a busca de novos inibidores. Nesse sentido, a enzima ribose 5-phosphate isomerase (R5PI) já tem sido alvo de inibidores em outros organismos dada a sua relevância na via das pentoses. Indícios sobre o mecanismo de ação da R5PI em outras espécies têm sido reportados e servem de guia para desvendar o associado ao de T. cruzi e comparar com o relacionado à catálise no hospedeiro humano. Apesar do mecanismo de ação desta enzima já ter sido proposto ainda não se sabe claramente o estado de protonação de resíduos importantes que participam da catálise e as constantes de afinidade do processo são desconhecidas. No projeto se propõe o estudo do mecanismo de ação das proteínas R5PI do T. cruzi e humana mediante o uso de diferentes técnicas computacionais (dinâmica molecular, metadinâmica, dinâmica molecular a PH constante, QM/MM) para desvendar o processo reversível de transformação entre ribose-5-fosfato e ribulose-5-fosfato identificando os passos intermediários e determinando as energias de ativação associadas ao processo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador.

• 2019 - Atual

  Rede de Teoria, Modelagem e Simulação de Materiais para Nanotecnologia, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Fernando Lázaro Freire Junior - Integrante / Rodrigo Barbosa Capaz - Integrante.

• 2017 - 2019

  Apoio Emergencial para os Programas e Cursos de Pós-graduação Stricto Sensu do Estado do Rio de Janeiro - 2017., Descrição: O objetivo do projeto é dar suporte às atividades do programa, estimulando a realização das atividades científicas com apoio para professores e estudantes do programa.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador.

• 2017 - 2018

  Prospecção de substancias citotóxicas para Trypanosoma cruzi como alvos para quimioterapia da doença de Chagas: Abordagens in sílico e in vitro, Descrição: Apoio a projetos de Pesquisa / PAPES VII ? FIOCRUZ CNPq. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Ana Carolina Ramos Guimarães - Coordenador.

• 2017 - Atual

  Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em NeuroImunoModulação (INCT-NIM), Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Wilson Savino em 22/06/2018., Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em NeuroImunoModulação (INCT-NIM) se insere no Programa de INCT, integrando o conhecimento nas áreas de Imunologia, Endocrinologia, Metabolismo e Neurociência, tanto em condições fisiológicas, quanto patológicas. Sediado no Instituto Oswaldo Cruz (Rio de Janeiro), o INCT-NIM, compreende 15 Grupos de Pesquisa, distribuídos em 11 Instituições, localizadas em 10 Estados da Federação, abrangendo todas as regiões geográficas do País. Além disso, será internacionalizado através de cooperação Sul-Sul e Norte-Sul, assegurada com vários países.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wilson Savino - Coordenador / João Herminio Martins da Silva - Integrante / Daniela Areas Mendes da Cruz - Integrante / Carla Freire Celedonio Fernandes - Integrante / Juliana de Meis - Integrante / Claudio Tadeu Daniel Ribeiro - Integrante / Bernardo Galvão Castro - Integrante.

• 2016 - 2017

  Apoio Emergencial para os Programas e Cursos de Pós-graduação Stricto Sensu do Estado do Rio de Janeiro - 2015., Descrição: O objetivo do projeto é dar suporte às atividades do programa, estimulando a realização das atividades científicas com apoio para professores e estudantes do programa.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador.

• 2016 - Atual

  Pesquisa de novos efetores alostéricos para proteínas envolvidas na sinalização celular: do uso de simulações computacionais à proposta de potenciais fármacos moduladores, Descrição: CAPES/COFECUB Edital #16/2016 Coordenador França: Dr. Nicolas Floquet. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Paulo M. Bisch - Coordenador / Pedro Pascutti - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante / Nicolas Floquet - Integrante / Paulo Ricardo Batista - Integrante / David Perahia - Integrante.

• 2015 - 2018

  Planejamento racional de inibidores seletivos contra alvos relacionados a doenças infecciosas, Descrição: O projeto envolve o desenvolvimento e utilização de vários métodos teóricos-computacionais, visando o estudo estrutural e funcional de biomoléculas. Os métodos computacionais incluem a Modelagem Molecular e métodos de Bioinformática, aplicados a diversos sistemas biológicos associados a diferentes patologias como AIDS, leishmaniose e câncer. No presente projeto se abordará o estudo de diferentes sistemas de interesse biológico mediante projetos de trabalhos que podem ser associados a duas linhas de pesquisa principais: (1) Reconhecimento molecular, virtual screening, desenho racional de fármacos e (2) Modelagens Matemática e Computacional. Na primeira linha de pesquisa se destacam os seguintes subprojetos: (i) Planejamento racional de novos inibidores das enzimas protease e transcriptase reversa do vírus HIV-1 para o tratamento da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida Humana (AIDS). (ii) Planejamento racional de fármacos aplicado à busca e otimização de compostos inibidores de Cruzaína e Rodesaína para tratamento da doença de Chagas. (iii) Modelagem Comparativa de Metalo proteinases de Leishmania (Viannia) braziliensis. Os subprojetos (iv) Melhoramento de Funções de Pontuação em Virtual Screening usando uma técnica de Deep Learning e (v) Modelagem Matemática e Molecular de Candidatos a Riboswitches no Genoma Humano se agrupam na segunda linha.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Ana Carolina Ramos Guimarães - Integrante / Rafaela Salgado Ferreira - Integrante / Fabio Passetti - Integrante.

• 2015 - Atual

  Caracterização computacional das interações das integrinas da família Beta1 não possuidoras do domínio-I com ligantes específicos como suporte ao desenvolvimento de fragmentos scfv para a terapia de doenças associadas à migração e proliferação celulares, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) João Hermínio Martins da Silva em 23/06/2018., Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wilson Savino - Integrante / João Herminio Martins da Silva - Coordenador / Marcia Arissawa - Integrante / Marcela Helena Gambim Fonseca - Integrante.

• 2014 - Atual

  Criando enzimas mais eficientes para a produção de biocombustíveis usando ferramentas computacionais, Descrição: E-26/110.568/2014. FAPERJ. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wanderley de Souza - Integrante / Batista, Paulo R. - Coordenador / Pascutti, Pedro G - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante.

• 2014 - Atual

  Reengenharia de Celulases por métodos computacionais para a melhoria da produção de biocombustíveis de segunda geração, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Paulo Ricardo Batista em 24/06/2018., Descrição: Apoio a Projetos de Pesquisa / MCTI/CNPQ/Universal 14/2014 - Faixa A. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Pedro Pascutti - Integrante / Wanderley de Souza - Integrante / Fernandes, Tácio Vinício Amorim - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante / Paulo Ricardo Batista - Coordenador.

• 2013 - 2015

  Estudo de compostos com potencial farmacológico e vacinal no controle do ciclo de transmissão da Leishmania sp.: Uma abordagem computacional, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / BATISTA, Paulo Ricardo - Integrante / Franklin Souza da Silva - Integrante / Carlos Roberto Alves - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante / artur brandt - Integrante.

• 2012 - 2016

  Mineração de textos para a confirmação de interações intermoleculares (proteína-proteína e proteína-ligante) em doenças negligenciadas, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Oswaldo Gonçalves Cruz - Integrante / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Amanda Sutter de Oliveira Hammes - Integrante / Antônio Basílio de Miranda - Integrante / Milene Pereira Guimarães de Jezuz - Integrante / Artur Antônio Melo de Lira Brandt - Integrante.

• 2007 - 2010

  Modelagem molecular de interações entre proteinas e moléculas bioativas. Desenho Racional de Compostos Protótipos, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Wilson Savino - Integrante / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Michael Hahne - Integrante / CUNICO, Wilson - Integrante / GOMES, Claudia Regina Brandão - Integrante / Carlos Roberto Alves - Integrante.

• 2007 - 2009

  Identification and evaluation of potential APRIL antagonists., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Wilson Savino - Integrante / Jorge Hernández Fernández - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Michael Hahne - Integrante., Financiador(es): Fundação Oswaldo Cruz - Auxílio financeiro.

• 2006 - 2008

  Estratégias Racionais para a Identificação de Alvos Terapêuticos e o Desenvolvimento de uma Quimioterapia Antiparasitária, Descrição: Edital/MCT/CNPq/MS-SCTIE-DECIT 25/2006. Processo: 410544/2006-0. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wanderley de Souza - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2005 - 2007

  Interações Receptor-Ligante. Complexo integrina-colágeno e inibidores específicos, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Shaila Rossle - Integrante / Alicia Claudia Lorenzo - Integrante / João Herminio Martins - Integrante / Wilson Savino - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Nacional de La Plata - Cooperação.

• 2002 - 2005

  Desenvolvimento de Metodologias de Docking Acopladas à Computação de Alto Desempenho Visando o desenho racional de Compostos Bioativos, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Paulo Mascarello Bisch - Integrante / Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Shaila Rossle - Integrante / Alan W. Sousa da Silva - Integrante / Araken dos Santos Wernek - Integrante / Eliezer J. Barreiro - Integrante / Mauricio Rebello Sant'anna - Integrante / Luiz Bevilacqua - Coordenador / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Renato Simões Silva - Integrante / Hélio José Correa Barbosa - Integrante / Fernanda Maria Pereira Raupp - Integrante / Carlos Cristiano - Integrante / Ricardo Amorim Abreu - Integrante / Alcino Dall'Igna Júnior - Integrante / Mônica da Luz Carvalho - Integrante / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Cláudio Struchiner - Integrante / Kléber Carlos Mundim - Integrante / Diego Henry BARRETO GOMES - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

Prêmios