Maria Magdalena Rossi

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Produções bibliográficas

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• ROSSI, M. . Identificação de genes de resistência a patógenos em cana de açúcar. In: Sociedade Brasileira de Genética, 46 Congresso Nacional de Genética, 2000, Águas de Lindóia. Livro de resumos.

• ROSSI, M. ; CARRARI, F. ; PONCE, J. L. C. ; ROVERE, C. V. ; ESTRELLA, L. H. ; GUDESBLAT, G. ; IUSEM, N. . Análise do promotor de um gene modulado por ácido abscíssico pertencente à família multigênica Asr de tomate em sistemas homólogos e heterólogos. In: Plant and Animal Genome VI, 1998, San Diego. Livro de resumos, 1998.

• ROSSI, M. ; KALOSHIAN, I. ; KINSEY, M. ; ULLMAN, D. ; WILLIAMSON, V. . Caracterização da resistência ao afídio da batata mediada pelo gene Mi em tomate. In: Sociedade de Nematologistas, 37?a Congresso anual, 1998, Saint Louis. Livro de resumos.

• ROSSI, M. ; IUSEM, N. . Seqüência e caracterização de Asr2, membro de uma família de genes de Licopersicon esculentum induzíveis por ABA. Potencial utilização para o controle da expressão de transgenes. In: Congresso da Rede Latino-americana de Biotecnologia (REDBIO?95), 1995, Puerto Iguazú. Livro de resumos, 1995.

• ROSSI, M. ; IUSEM, N. . Seqüência e caracterização de Asr2, membro de uma família de proteínas cromossomais de Lycopersicon esculentum: homologia ao intron do gene da poligalacturonase. In: Sociedade Argentina de Investigações Bioquímicas (SAIB), 1994, Puerto Iguazú. Livro de resumos, 1994.

• ROSSI, M. ; IUSEM, N. . Clonagem de um gene de tomate induzível por estresse hídrico e maduração. In: Sociedade Argentina de Investigações Bioquímicas (SAIB), 1992, Vaquerias, Córdoba. Livro de resumos, 1992.

• ROSSI, M. ; IUSEM, N. ; ESCANDON, A. . Ensaios preliminares para a regeneração in vitro de algodão. In: Simpósio Argentino de Biotecnologia, 1991, Vaquerias, Córdoba. Livro de resumos, 1991.

• BRIZUELA, M. ; ZALLOCCHI, E. ; PALACIOS, R. ; BURGHARDT, A. ; MOM, M. ; ROSSI, M. ; LEWIS, S. . Origem híbrido de Prosopis burkarti. In: XII Congresso Argentino de Botânica, 1989. Livro de resumos, 1989.

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Proteínas regulatórias que atuam na comunicação entre a sinalização luminosa e a de jasmonato: caracterização de sua função molecular e seu impacto na qualidade das culturas, Descrição: O fitness das plantas depende da capacidade de lidar com múltiplos estímulos (a)bióticos ambientais como luz e outros organismos. Complexas redes de sinalização desencadeadas pela percepção desses estímulos, que envolvem a produção endógena de fitohormônios, reprogramam o metabolismo e padrão de desenvolvimento das plantas visando garantir a sobrevivência. Frequentemente, a percepção de estímulos antagônicos obrigam às plantas a decidir entre crescer ou se defender. A sinalização luminosa e por jasmonato (JA), fitohormônio associado ao stress, representam um ponto crucial conflitante entre os programas de crescimento e defesa. Desta forma, aprimorar o conhecimento sobre o papel e funcionamento de fatores comuns à sinalização por luz e JA é fundamental para viabilizar o desenvolvimento de estratégias que permitam desacoplar ambas respostas visando melhorar a produtividade e qualidade nutricional das culturas. Por meio da aplicação de técnicas de interação proteína-proteína de última geração, este projeto propõe avançar no entendimento do crosstalk entre esses dois estímulos. Especificamente, serão caracterizados membros da família de fatores de transcrição BBX utilizando tomateiro como espécie modelo. A compreensão da composição, dinâmica, funcionamento dos complexos de fatores de transcrição BBX permitirá identificar novos mecanismos envolvidos no crosstalk entre luz e JA e, desta forma, aprimorar a compreensão sobre a determinação de caracteres como produtividade e qualidade nutricional.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador / Alain Goossens - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2017 - 2019

  Temperature extremes: the effect of high growth temperatures on vitamin E production and lipid remodeling in tomato, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador / Richard Haslam - Integrante., Financiador(es): Rothamsted research - Auxílio financeiro.

• 2016 - 2019

  Reprogramação genômica em híbridos de tomateiro com fenótipos transgressivos, Descrição: A heterose, também conhecida como vigor híbrido, é a superioridade apresentada por um híbrido sobre seus genitores a respeito de caracteres como taxa de crescimento, sucesso reprodutivo e produtividade. Embora a heterose tenha sido extensamente utilizada na agropecuária, tanto para o melhoramento de plantas quanto de animais, os mecanismos moleculares que a determinam não têm sido elucidados, dificultando o desenho racional de híbridos de forma rápida e eficiente. No entanto os dados coletados em diversas espécies permitem hipotetizar que alterações no estado epigenético, mediadas por mudanças no padrão de metilação do DNA, participem da determinação do vigor híbrido. Neste contexto, o presente projeto propõe abordar este tema utilizado como espécie modelo o tomateiro, Solanum lycopersicum, cujos frutos carnosos possuem grande importância agronômica e nutricional na dieta humana. Serão utilizados três híbridos e seus respectivos genitores, os quais têm sido obtidos e detalhadamente caracterizados fenotipicamente pelo grupo colaborador coordenado pela Profa. Mathilde Causse do INRA de Avignon, França. A caracterização genômica será realizada por meio da obtenção dos perfis de expressão gênica (RNAseq), de pequenos RNAs de interferência (siRNAs) e do metiloma; dados que serão analisados de forma integrada aos fenotípicos. Os resultados permitirão aumentar o entendimento sobre os mecanismos que determinam a heterose viabilizando, futuramente, a manipulação deste complexo fenômeno.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador / Bruno Silvestre Lira - Integrante / BERMÚDEZ, LUISA - Integrante / Giovanna Gramegna - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2016 - Atual

  Controle luminoso e hormonal da qualidade nutricional em Solanum lycopersicum, Descrição: Pelo seu alto consumo e perfil bioquímico, o fruto de tomate é um importante componente da dieta humana fornecendo quantidades significativas de compostos com atividade antioxidante, como carotenoides e tocoferóis. A biossíntese desses compostos nutracêuticos ocorre nos plastídios, de forma que o número e atividade plastidial incidem diretamente na qualidade nutricional dos frutos. A diferenciação e atividade plastidial estão estritamente controladas pela luz por meio de uma complexa cascata de sinalização da qual fazem parte os fitocromos, como receptores, e os fatores de interação com os fitocromos, como reguladores negativos das respostas controladas por esses fotorreceptores. A cascata culmina na ativação de fatores de transcrição como os genes GLKs (GOLDEN LIKE) que induzem o desenvolvimento plastidial e a expressão de transcritos nucleares necessários à fotossíntese. Adicionalmente, fitormônios e outros sinalizadores, incluindo espécies reativas de oxigênio ou nitrogênio, também influenciam a diferenciação de cloroplastos. Dentre esses, merece destaque o óxido nítrico (NO), responsável por ajustes no balanço hormonal em resposta a sinais luminosos percebidos via fitocromos. Neste contexto, o presente projeto propõe, por meio da aplicação de estratégias de genômica funcional e bioquímica, aprofundar o entendimento acerca do papel da luz, dos fitohormônios e do NO na regulação da diferenciação e atividade plastidial com o intuito de identificar genes e mecanismos que controlem o metabolismo de compostos nutracêuticos em tomateiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador / FRESCHI, LUCIANO - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2014 - 2016

  Desvendando a regulação do metabolismo de vitamina E em Solanum lycopersicum, Descrição: Desvendando a regulação do metabolismo de vitamina E em Solanum lycopersicum Chamada FAPESP?CONICET 2013 Processos Associados: Auxílio Regular: 12/12531-8 Bolsa de doutorado 11/50434-1. Responsável brasileiro: Profa. Dra. Maria Magdalena Rossi Laboratório de Genética Molecular de Plantas Departamento de Botânica Instituto de Biociências - Universidade de São Paulo Responsável argentino: Prof. Dr. Fernando Carrari Universidad de Buenos Aires Facultad de Agronomía Cátedra de Biologia Aplicada y Alimentos. Junho 2013 RESUMO Além de uma cultura de grande importância econômica e nutricional, o tomateiro (Solanum lycopersicum) é uma espécie modelo para estudos de fisiologia vegetal. Tanto o fruto fresco quanto os produtos derivados do tomate constituem fonte de diversos antioxidantes, incluindo a vitamina E (VTE). O entendimento dos mecanismos responsáveis pela síntese, transporte e acúmulo da VTE em plantas é de grande interesse devido sua importância nutricional, para a saúde humana, e fisiológica, para o desenvolvimento do organismo vegetal. Em 2011, nosso grupo de pesquisa identificou todos os genes da rota biossintética de VTE no tomateiro assim como 12 loci para caracteres quantitativos (QTL) relacionados ao seu conteúdo em frutos maduros. A análise integrada de dados metabólicos, genômicos e genéticos resultou na proposição de 16 genes candidatos como possíveis determinantes genéticos dos QTL mapeados. Entre eles, destacam-se alguns genes que codificam enzimas da rota biossintética, um possível transportador de VTE e genes relacionados à defitilação de clorofila. A degradação de clorofila é um dos processos bioquímicos característicos do amadurecimento do tomate e há evidencias da existência de um crosstalk com o metabolismo de VTE, já que o fitol liberado poderia ser utilizado como precursor da cauda poliprenílica da VTE. Neste contexto, o presente projeto visa aferir o papel de genes envolvidos na biossíntese e transporte de tococromaóis, assim como regulatórios da degradação de clorofila e do amadurecimento, no acúmulo de VTE no tomateiro. Para atingir o objetivo propõem-se duas estratégias: i) identificação e avaliação fenotípica de mutantes e, ii) Caracterização funcional do putativo transportador de VTE.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2014 - 2016

  Manipulação da senescência foliar e da degradação da clorofila visando o melhoramento da produtividade e da qualidade nutricional, Descrição: A senescência foliar se inicia no momento no qual a folha apresenta o maior potencial fotossintético e durante sua progressão ocorre o declínio da atividade fotoquímica pela degradação da maquinaria fotossintética e a realocação de nutrientes para outras regiões da planta. Diversas evidências indicam que o retardo da senescência, mantendo a produção de fotoassimilados ativa por maiores períodos, pode resultar no aumento da produtividade da planta tornando-se um caráter de grande de interesse agronômico. A degradação de clorofila também se mostra um processo cuja manipulação é interessante para o aprimoramento da qualidade nutricional das culturas. A defitilação da clorofila libera fitol, o qual é um precursor direto para a síntese de tocoferóis, compostos com atividade de vitamina E. A vitamina E é um poderoso antioxidante que atua na proteção de pigmentos, proteínas e ácidos graxos poli-insaturados do aparato fotossintético contra espécies reativas de oxigênio (ROS) geradas durante a fotossíntese. Já na saúde humana, a vitamina E tem demonstrado participar na prevenção de doenças cardiovasculares, câncer de mama e proteção contra o estresse oxidativo induzido por nicotina. A maior parte dos estudos de ambos os processos utilizam a planta modelo Arabidopsis thaliana ou gramíneas, tornando escassas as informações relativas a plantas com frutos carnosos. Neste sentido, Solanum lycopersicum é um excelente modelo de estudo não apenas pela disponibilidade de recursos genético e genômicos, mas também pela importância agronômica e nutricional desta espécie. Desta forma, o presente projeto pretende estudar a dinâmica destes dois processos em tomateiro por meio da avaliação do efeito do atraso no início da senescência na fisiologia da planta e, da caracterização funcional de enzimas defitiladoras da clorofila e fitol quinase (envolvida na reciclagem do fitol). Os resultados aumentarão o nosso conhecimento sobre as bases genéticas de caracteres de interesse agronômico possibilitando o desenvolvimento de novas estratégias para o melhoramento vegetal.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2013 - 2016

  Aprimoramento da qualidade nutricional de tomate: caracterização funcional de genes alvo para o aumento do conteúdo de vitamina E, Descrição: Além de uma cultura de grande importância econômica e nutricional, o tomateiro (Solanum lycopersicum) é um relevante modelo de estudo para estudos de fisiologia vegetal. Tanto o fruto fresco quanto os produtos derivados do tomate constituem fonte de diversos antioxidantes, incluindo a vitamina E (VTE). O entendimento dos mecanismos responsáveis pela síntese, transporte e acúmulo da VTE em plantas é de grande interesse devido sua importância nutricional para a saúde humana e fisiológica para o desenvolvimento do organismo vegetal. Em estudo anterior, loci para caracteres quantitativos (QTL) relacionados ao conteúdo de VTE em frutos maduros foram determinados a partir da realização de um perfil metabólico das diferentes isoformas de tocoferol (, , e ) em uma população de linhagens introgredidas (ILs) de S. pennellii. A análise integrada de dados metabólicos, genômicos e genéticos resultou na proposição de 16 loci candidatos que poderiam explicar as mudanças no conteúdo de tocoferol nas ILs. Em conjunto, esses resultados representam um importante passo para o entendimento dos componentes genéticos envolvidos na determinação da variação natural do conteúdo de VTE em frutos de tomate, uma vez que fornece uma vasta plataforma de dados para estudos funcionais que irão contribuir para elucidação da regulação da biossíntese de tococromanóis na espécie. Nesse sentido, o objetivo do presente projeto é aprofundar o entendimento do impacto de três grupos de genes candidatos na biossíntese e acúmulo de VTE, por meio de análises funcionais. Este estudo propõe para cada um dos genes: (i) realizar um perfil transcricional dos alelos cultivado e selvagem, assim como avaliar o impacto da presença dos alelos selvagens na expressão do resto dos genes da rota biossíntética de VTE; (ii) determinar a localização subcelular das proteínas e; (iii) aferir o efeito do silenciamento gênico sob o conteúdo de VTE utilizando o sistema de VIGS (Virus Induced Gene Silencing). Os resultados a serem obtidos permitirão estabelecer estratégias para a manipulação do metabolismo de forma de aprimorar o valor nutricional do tomate.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2012 - 2014

  Caracterização funcional de genes alvo para o aprimoramento do conteúdo de vitamina E em Solanum lycopersicum, Descrição: Além de uma cultura de grande importância econômica e nutricional, o tomateiro (Solanum lycopersicum) é um relevante modelo de estudo para estudos de fisiologia vegetal. Tanto o fruto fresco quanto os produtos derivados do tomate constituem fonte de diversos antioxidantes, incluindo a vitamina E (VTE). O entendimento dos mecanismos responsáveis pela síntese, transporte e acúmulo da VTE em plantas é de grande interesse devido sua importância nutricional para a saúde humana e fisiológica para o desenvolvimento do organismo vegetal. Em estudo anterior, loci para caracteres quantitativos (QTL) relacionados ao conteúdo de VTE em frutos maduros foram determinados a partir da realização de um perfil metabólico das diferentes isoformas de tocoferol (, , e ) em uma população de linhagens introgredidas (ILs) de S. pennellii. A análise integrada de dados metabólicos, genômicos e genéticos resultou na proposição de 16 loci candidatos que poderiam explicar as mudanças no conteúdo de tocoferol nas ILs. Em conjunto, esses resultados representam um importante passo para o entendimento dos componentes genéticos envolvidos na determinação da variação natural do conteúdo de VTE em frutos de tomate, uma vez que fornece uma vasta plataforma de dados para estudos funcionais que irão contribuir para elucidação da regulação da biossíntese de tococromanóis na espécie. Nesse sentido, o objetivo do presente projeto é aprofundar o entendimento do impacto de três grupos de genes candidatos na biossíntese e acúmulo de VTE, por meio de análises funcionais. Este estudo propõe para cada um dos genes: (i) realizar um perfil transcricional dos alelos cultivado e selvagem, assim como avaliar o impacto da presença dos alelos selvagens na expressão do resto dos genes da rota biossíntética de VTE; (ii) determinar a localização subcelular das proteínas e; (iii) aferir o efeito do silenciamento gênico sob o conteúdo de VTE utilizando o sistema de VIGS (Virus Induced Gene Silencing). Os. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2010 - 2013

  Utilização de fontes selvagens de germoplasma para aplicações biotecnológicas: caracterização de genes de Solanum pennellii para o melhoramento de tomate, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2010 - 2012

  Identificação, caracterização e estudo funcional de genes envolvidos no conteúdo de metabólitos de interesse nutricional e industrial no fruto de tomate, Descrição: O grupo de pesquisa do Laboratório de Genética Molecular de Plantas do IB-USP trabalha desde 2006 na identificação de genes que determinam o conteúdo de açúcares, ácidos orgânicos, aminoácidos e vitamina E (-tocoferol) no fruto de tomate a partir da caracterização fenotípica de linhagens introgredidas (ILs) de S. pennellii num fundo genético de S. lycopersicum. Bermúdez et al. (2008) identificaram e caracterizaram 127 genes candidatos possivelmente envolvidos nas mudanças observadas entre as ILs e S. lycopersicum através da clonagem e sequenciamento dos alelos de ambas as espécies. Em particular, a partir dos resultados obtidos no contexto do Auxilio Regular FAPESP 08/50946-0 (vigente até 30/06/2010), quatro desses genes se apresentam particularmente interessantes: um gene de galacturonosil transferase, uma chaperona DnaJ, um gene que codifica para uma lisina decarboxilase e um transportador de tocoferol. Para testar a hipótese do envolvimento destes genes nos caracteres metabólicos, estudados foram obtidas plantas transgênicas expressando uma construção para desencadear o silenciamento dos mesmos. O presente projeto pretende dar continuidade aos estudos realizados caracterizando genotípica e fenotípicamente as plantas transgênicas. Além disso, propõe a identificação, clonagem e caracterização de genes envolvidos no metabolismo da vitamina E através da comparação entre os alelos de S. pennellii e S. lycopersicum. Desta maneira, os dados gerados contribuirão para aprimorar o entendimento dos fatores regulatórios subjacentes do metabolismo que determinam a composição química de um fruto de grande importância industrial e nutricional.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Identificação e caracterização de genes determinantes de mudanças metabólicas de interesse no fruto de tomate, Descrição: A introdução de germoplasma selvagem tem se apresentado como uma importante fonte de diversidade para o melhoramento vegetal. Diversos genes de resistência já foram identificados em espécies selvagens de tomate e incorporados às variedades comerciais de Solanum lycopersicum. Mas, recentemente, esta estratégia se revelou para caracteres de interesse agronômico no que respeita à composição metabólica de frutos. Em 2006, Schauer et al. identificaram 889 loci metabólicos quantitativos (QMLs, quantitative metabolic loci) e 326 loci associados a rendimento (YALs, yield-associated loci) distribuídos ao longo do genoma de tomate em linhagens introgredidas de Solanum pennellii. Um subgrupo destes caracteres, relacionados ao conteúdo de aminoácidos, ácidos orgânicos e açúcares, localizados em 16 regiões genômicas, foi estudado por Bermudez et al. (submetido, ver anexo) sendo caracterizados 127 genes candidatos que poderiam estar envolvidos nas mudanças metabólicas observadas. O presente projeto pretende aprofundar o estudo destas regiões abordando duas estratégias. A primeira é a construção de um mapa físico a partir do ordenamento de clones de BAC e COS que permita avaliar o grau de colinearidade das regiões ortólogas de ambas as espécies. Isto será complementado com o sequenciamento de alguns clones para a realização de uma análise comparativa mais detalhada. A segunda estratégia visa à análise funcional de alguns dos genes candidatos identificados para acrescentar evidências que fortaleçam as suas candidaturas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (0) Doutorado: (2) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Utilização de fontes selvagens de germoplasma para aplicações biotecnológicas: caracterização de genes de Solanum pennellii para o melhoramento de tomate, Descrição: A introdução de germoplasma selvagem tem se apresentado como uma importante fonte de diversidade para o melhoramento vegetal. Diversos genes de resistência já foram identificados em espécies selvagens de tomate e incorporados às variedades comerciais de Solanum lycopersicum. Mas, recentemente, esta estratégia se revelou para caracteres de interesse agronômico no que respeita à composição metabólica de frutos. Em 2006, Schauer et al. identificaram 889 loci metabólicos quantitativos (QMLs, quantitative metabolic loci) e 326 loci associados a rendimento (YALs, yield-associated loci) distribuídos ao longo do genoma de tomate em linhagens introgredidas de Solanum pennellii. Um subgrupo destes caracteres, relacionados ao conteúdo de aminoácidos, ácidos orgânicos e açúcares, localizados em 16 regiões genômicas, foi estudado por Bermudez et al. (2008) sendo caracterizados 127 genes candidatos que poderiam estar envolvidos nas mudanças metabólicas observadas. O presente projeto pretende aprofundar o estudo de 14 destes genes associados a mudanças no conteúdo de açúcares, aminoácidos, vitaminas C e E, e ácidos graxos observadas entre S. lycopersicum e S. pennellii através de ferramentas de genômica funcional; com o fim último de identificar genes alvos para o melhoramento da qualidade nutricional de tomate.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2007 - 2010

  Caracterização genômica e funcional de transposons Mutator em cana de açúcar, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2006 - 2011

  High Quality Solanaceous Crops for Consumers, Processors and Producers by Exploration of Natural Biodiversity, Descrição: A introdução de germoplasma selvagem tem se apresentado como uma importante fonte de diversidade para o melhoramento vegetal. Diversos genes de resistência já foram identificados em espécies selvagens de tomate e incorporados às variedades comerciais de Solanum lycopersicum. Mas, recentemente, esta estratégia se revelou para caracteres de interesse agronômico no que respeita à composição metabólica de frutos. Em 2006, Schauer et al. identificaram 889 loci metabólicos quantitativos (QMLs, quantitative metabolic loci) e 326 loci associados a rendimento (YALs, yield-associated loci) distribuídos ao longo do genoma de tomate em linhagens introgredidas de Solanum pennellii. Um subgrupo destes caracteres, relacionados ao conteúdo de aminoácidos, ácidos orgânicos e açúcares, localizados em 16 regiões genômicas, vem sendo estudado pelo nosso laboratório e têm sido caracterizados 127 genes candidatos que poderiam estar envolvidos nas mudanças metabólicas observadas. O presente projeto pretende aprofundar o estudo destas regiões abordando duas estratégias. A primeira é a construção de um mapa físico a partir do ordenamento de clones de BAC e COS que permita avaliar o grau de colinearidade das regiões ortólogas de ambas as espécies. Isto será complementado com o sequenciamento de alguns clones para a realização de uma análise comparativa mais detalhada. A segunda estratégia visa à análise funcional de alguns dos genes candidatos identificados para acrescentar evidências que fortaleçam as suas candidaturas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador.

• 2005 - 2014

  Projeto 1, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2004 - 2008

  Caracterização genômica e funcional de transposons Mutator em cana de açúcar, Descrição: Os elementos de transposição (TEs) constituem parte importante do material genético dos eucariontes, podendo representar desde 45 % em humanos até 50-80 % no genoma de gramíneas. No banco de dados do SUCEST, foi encontrado um abundante espectro de TEs sendo expressos. O elemento mais freqüente foi o transposon MuDR. Resultados obtidos em nosso laboratório revelaram que existem pelo menos três classes destes transposons em plantas e que estas existiam previamente à divergência entre mono e dicotiledôneas. Dentro de cada uma das classes são mantidas as relações filogenéticas entre as espécies. Cada classe apresenta padrões de inserção genômica, assim como freqüência de ?stop codons? e ?frame shifts? distintos, estas observações sugerem diferenças nos níveis de atividade dos elementos. Neste contexto, este projeto visa a clonagem de elementos MuDR de cana de açúcar para sua posterior caracterização genômica e funcional, sendo os objetivos específicos: a clonagem de pelo menos um elemento MuDR para cada uma das três classes identificadas, caracterização estrutural dos elementos clonados (introns, exons, TIRs, etc), caracterização das regiões flanqueadoras, avaliação do número de cópias, identificação da contribuição dos parentais do híbrido, e o estudo da expressão dos elementos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2004 - 2008

  Elementos de transposição e seu impacto no genoma de bactérias e plantas, Descrição: Elementos de transposição são seqüências genéticas móveis responsáveis em parte por gerar variabilidade genética. Variabilidade esta gerada como conseqüência de capacidade intrínseca de mudar de lugar nos genomas em que se encontram associados. Este projeto pretende analisar o impacto destes elementos em genomas de plantas e em bactérias. A abordagem experimental será diversificada uma vez que elementos distintos e com conhecimento inerente heterogêneo são a base deste projeto. Em plantas, daremos continuidade aos trabalhos iniciados pelo grupo quando do isolamento e caracterização do retrotransposon Retrolyc1 e o estudo estará centrado no controle da expressão do elemento em nível transcricional. Ainda no contexto de Solanaceae, iniciaremos uma busca por retroelementos em plantas silvestres e cultivadas de Solanum dando ênfase ao estudo do polimorfismo de inserção associado à ploidia e domesticação das espécies selecionadas. A partir do projeto SUCEST foram identificadas 21 famílias de elementos de transposição presentes e expressos no genoma de cana de açúcar. Pretendemos aprofundar os estudos em quatro destas famílias sendo elas a família dos transposons do tipo Mu e hAT, assim como dos retroelementos Tnt1 e Hopscotch. De um lado, será avaliada a atividade de transposição destes elementos e também a contribuição dos progenitores em elementos de transposição na constituição do genoma híbrido de cana de açúcar. A função integrase é uma atividade protéica associada ao corte da cadeia fosfodiéster da molécula de DNA e é comum as transposases, recombinases e integrases, sendo que o que as diferencia é o modo em que o corte é efetivamente gerado na molécula. Neste contexto a ampliação dos estudos do grupo para incluir integrases presentes nos genomas bacterianos tem como objetivo a comparação do conteúdo em integrases e das regiões associadas de quatro linhagens de Xylella fastidiosa. A avaliação da contribuição genética de cada uma das regiões associadas às integrases. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Maria Magdalena Rossi - Integrante / VAN SLUYS, Marie-Anne - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

Prêmios