Omar Julio Sosa

Possui graduação em Genética (Universidad Nacional de Misiones, 2010). Desenvolveu seu trabalho de conclusão de curso na área de Biología Molecular procurando optimizar técnicas para um melhor diagnóstico de estrongiloidíase. Completou o Doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (USP), trabalhando no Laboratório de Genômica e Expressão Gênica em Câncer do Instituto de Química (IQ-USP). Atua principalmente nos seguintes temas: Bioinformática, Transcriptômica, Genômica, Oncología e Biología Molecular.

Informações coletadas do Lattes em 04/11/2022

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2013 - 2019

Universidade de São Paulo
Título: Identificação e anotação funcional de novos transcritos com expressão alterada no câncer pancreático
Eduardo Moraes Rego Reis. Coorientador: João Carlos Setubal. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Bioinformática; Transcriptômica; Cancer; RNAs não codificadores.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Graduação em Licenciatura en Genética

2004 - 2010

Universidad Nacional de Misiones, UNaM
Título: Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones
Orientador: Carina Francisca Arguelles
Bolsista do(a): Comité Ejecutivo de Desarrollo e Innovación Tecnológica, CEDIT, Argentina.

Formação complementar

2017 - 2017

Workshop: Online teaching and learning and how to develop MOOCs. (Carga horária: 7h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2017 - 2017

Software and Data Carpentry instructor training course. (Carga horária: 40h). , University of California Davis, UCD, Estados Unidos.

2017 - 2017

Treinamento em Mendeley - Scopus - ScienceDirect. (Carga horária: 3h). , Instituto de Matemática e Estatística USP, IME-USP, Brasil.

2016 - 2016

UCLA Computational Genomics Summer Institute. (Carga horária: 40h). , University of California Los Angeles, UCLA, Estados Unidos.

2015 - 2015

Ferramentas de bioinformática aplicadas a RNA-Seq. (Carga horária: 80h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2014 - 2014

Working with the Human Genome Sequence. (Carga horária: 30h). , Wellcome Trust Sanger Institute, SANGER, Inglaterra.

2014 - 2014

Workshop Software Carpentry. (Carga horária: 14h). , Instituto de Matemática e Estatística USP, IME-USP, Brasil.

2013 - 2013

Decodificando o DNA não codificador. (Carga horária: 40h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2013 - 2013

Summer School in Computational Bio-Medicine. (Carga horária: 176h). , Universidad de Chile, UC, Chile.

2013 - 2013

Simpósio microRNA e câncer. (Carga horária: 8h). , Instituto de Ciencias Biomédicas, ICB, Brasil.

2013 - 2013

Modern topics in magnetic resonance. (Carga horária: 16h). , Instituto de Química, USP, IQ, Brasil.

2013 - 2013

Synthetic Biology for Biomass and Biofuels. (Carga horária: 24h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2011 - 2011

International Bioinformatics Workshop. (Carga horária: 30h). , Fundación Instituto Leloir, FIL, Argentina.

2011 - 2011

Enfermedades Tropicales. (Carga horária: 60h). , Universidad Nacional de Salta, UNSA, Argentina.

2010 - 2010

Bioestadística aplicada al diseño experimental. (Carga horária: 40h). , Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.

2010 - 2010

Introduction to Bioinformatics: Sequence analysis. (Carga horária: 24h). , Fundación Instituto Leloir, FIL, Argentina.

2010 - 2010

Procesos de infección viral. (Carga horária: 45h). , Universidad Nacional de Córdoba - Argentina, UNC, Argentina.

2009 - 2009

Genética de la conservación. (Carga horária: 30h). , Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.

2009 - 2009

Curso de Inglés TOEFL. (Carga horária: 100h). , Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.

2009 - 2009

El derecho a la vida y a la salud. (Carga horária: 24h). , Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.

2008 - 2008

Marcadores Moleculares: Análisis e Interpretación. (Carga horária: 30h). , Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.

2007 - 2007

Los nuevos métodos de análisis de ADN en Justicia. (Carga horária: 10h). , Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.

2007 - 2007

Introducción a las Enfermedades Infecciosas. (Carga horária: 12h). , Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.

Organização de eventos

SILVA, D. ; ORPINELLI, F. ; SOSA, O. J. ; AMGARTEN, D. ; MOURA, L. . Curso de verão em Bioinformática. 2015. (Outro).

VOGLER, R. ; SOSA, O. J. . I Taller para la Prevención, Monitoreo y Control del Caracol Gigante Africano (Achatina fulica) en Argentina. 2010. (Outro).

Participação em eventos

El CEDIT va a la escuela.Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones. 2011. (Seminário).

Jornada de Iniciación en la Investigación - CEDIT.Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones. 2011. (Outra).

Primeras Jornadas de Divulgación y Educación Científica. 2010. (Outra).

Jornadas Darwinianas ?A 200 aos del nacimiento de Darwin evocamos la teoría de la evolución?. 2009. (Outra).

XXXVIII Congreso Argentino de Genética. 2009. (Congresso).

XXXVII Congreso Argentino de Genética. 2008. (Congresso).

II Jornadas Nacionales de Estudiantes de Biología. 2007. (Outra).

Jornada de Iniciación en la Investigación - CEDIT.Genotipificación de Strongyloides stercoralis en materia fecal de población pediátrica de Posadas - Misiones. 2007. (Outra).

Orientou

M

Natalia Coutouné; Variabilidade genética em populações de Heliconius hermathena (Nymphalidae, Heliconiinae) estimada com DNA mitocondrial e genotipificação por sequenciamento; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Licenciatura en Genética) - Universidad Nacional de Misiones; Orientador: Omar Julio Sosa;

Produções bibliográficas

  • SOSA, O. J. ; PAIXAO, V. F. ; Pellegrina D. ; BERTOLDI, E. R. M. ; J. C. Setubal ; REIS, E. M. R. . The transcriptional landscape of protein-coding and long noncoding RNAs in pancreatic adenocarcinoma revealed by total RNAseq analysis of matched tumor and nontumor patient samples. In: AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, 2018, Boston. AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, 2018, 2018. p. 035.

  • SOSA, O. J. ; PAIXAO, V. F. ; J. C. Setubal ; REIS, E. M. R. . Bioinformatic analysis of RNASeq data to search for novel diagnostic/prognostic biomarkers of pancreatic ductal adenocarcinoma. In: AACR Annual Metting, 2016, New Orleans. AACR Annual Meeting 2016 abstract book, 2016.

  • Oliveira, Karina G ; SOSA, O. J. ; SUZUKI, A M ; Morales, A ; Brito, L ; Yamamoto, G ; REIS, E. M. R. ; MARIA, P. . Global gene expression analysis by RNAseq on neural progenitor cells from autistic individuals. In: 13rd annual meeting International Society for Stem Cell Research, 2015, Stockholm. iPS cells: Disease modeling, 2015.

  • SOSA, O. J. ; SOSA, L. N. ; GALARZA, F. ; ARGUELLES, C. F. . Genetic characterization of Strongyloides stercoralis, ethiologic agent of a disease underestimated in latinamerica. In: 14 Congreso Latinoamericano de Genética (ALAG) y 39 Congreso Argentino de Genética, 2010, Via del Mar. XIV Congreso Latinoamericano de Genética, 2010. p. 410.

  • GRIESI-OLIVEIRA, K. ; FOGO, M. S. ; PINTO, B. G. G. ; ALVES, A. Y. ; SUZUKI, A. M. ; MORALES, A. G. ; EZQUINA, S. ; SOSA, O. J. ; SUTTON, G. J. ; SUNAGA-FRANZE, D. Y. ; BUENO, A. P. ; SEABRA, G. ; SARDINHA, L. ; COSTA, S. S. ; ROSENBERG, C. ; ZACHI, E. C. ; SERTIE, A. L. ; MARTINS-DE-SOUZA, D. ; REIS, E. M. ; VOINEAGU, I. ; PASSOS-BUENO, M. R. . Transcriptome of iPSC-derived neuronal cells reveals a module of co-expressed genes consistently associated with autism spectrum disorder. Molecular Psychiatry , 2020.

  • SOSA, O. J. . Profissão: cientista. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SOSA, O. J. . Introdução às tecnologias de sequenciamento de DNA e bioinformática. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SOSA, O. J. . Identificação de novos genes relacionados com câncer pancreático: perspectiva desde a bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SOSA, O. J. . Aplicação de bioinformática para a identificação de marcadores moleculares em câncer pancreático. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SOSA, O. J. . Aplicação de bioinformática na saúde. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • SOSA, O. J. . Genômica e bioinformática. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SOSA, O. J. . Análise do transcritoma de tumores pancreáticos a partir de dados de RNA-seq. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SOSA, O. J. . Estrongilaidíase: optimização de um método molecular para o diagnóstico sensível e específico desta parasitose endmica em Misiones, Argentina. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

SOSA, O. J. . Mestrado em Genética Humana. Universidad Montrer. 2013.

SOSA, O. J. . Bioinformática na era do sequenciamento de nova geração. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

SOSA, O. J. . Diferenciación sexual y sus alteraciones. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Desenvolvimento de conteúdo).

SOSA, O. J. . Genética de poblaciones y bioestadística. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Desenvolvimento de conteúdo).

SOSA, O. J. . Introducción a la genética. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Desenvolvimento de conteúdo).

Projetos de pesquisa

  • 2013 - Atual

    Busca de alvos moleculares para o diagnóstico do adenocarcinoma de pâncreas através do sequenciamento com alta-resolução do exoma e transcriptoma de amostras clínicas, Descrição: Descrição: O advento das tecnologias de nova geração para sequenciamento de DNA/RNA (NGS) abriu a possibilidade de análise de alterações no genoma e transcriptoma com um grau de resolução sem precedentes. Nos próximos anos pretendemos aplicar essas abordagens para identificar alterações somáticas e transcricionais associadas com a transformação maligna e progressão do adenocarcinoma do pâncreas, com potencial uso diagnóstico e/ou terapêutico.Iremos desenvolver e otimizar métodos para a análise molecular em escala genômica de amostras biológicas de pâncreas obtidas através de ecoendoscopia por aspiração com agulha fina guiada por ultrasom (EUS-FNA). A técnica de EUS-FNA permite a obtenção de amostras clínicas de tumores de pâncreas e lesões pré-malignas de pequeno tamanho e de difícil diagnóstico através dos métodos atuais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Omar Julio Sosa - Coordenador / Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Ester Risério Matos Bertoldi - Integrante / José Celso Ardengh - Integrante.

  • 2010 - 2012

    Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones, Descrição: Strongyloides stercoralis é um parasita que infeta a aprosimadamente 100 milhões de pessoas no mundo, embora este número pode estar sendo subestimado debido a su dificil diagnóstico. O objetivo deste trabalho foi identificar S. stercoralis usando os atributos de sensibilidade e especificidade das técnicas de biología molecular. O estudo foi feito no estado de Misiones (Argentina), os vermes foram isolados e vários métodos de extração de DNA foram otimizados. Foi amplificada uma região do gene COI e sequenciada posteriormente, confirmando a presença de S. stercoralis nas amostras analizadas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Omar Julio Sosa - Integrante / Fabián Galarza - Integrante / Carina Francisca Arguelles - Coordenador.

  • 2007 - 2008

    Genotipificación Molecular de Strongyloides stercoralis en materia fecal de nios con strongyloidiosis de Posadas ? Misiones, Descrição: O objetivo deste trabalho foi a caracterização genética de S. stercoralis, a população analizada correspondeu a crianças de bairros periféricos da cidade de Posadas (Argentina), que apresentaram necessidades básicas insatisfeitas. Vermes foram isolados e distintos protocolos de extração de DNA foram usados para posteriores análises moleculares. Os resultados parasitológicos mostraram que de 70 amostras de fezes analisadas todas elas foram infectadas com helminhos, protozoários ou ambos, enquanto apenas 5 com Strongyloides.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Omar Julio Sosa - Integrante / Laura Natalia Sosa - Integrante / Carina Francisca Arguelles - Coordenador / Jorge Deschuster - Integrante.

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Instituto de Química. , Avenida Professor Lineu Prestes, Butantã, 05508000 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30912173

Experiência profissional

2013 - 2019

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2015 - 2015

Universidade de São Paulo

Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6

Outras informações:
Monitor da Disciplina "Biologia Molecular" do Instituto de Química da USP (primeiro ano Medicina)

2015 - 2015

Universidade de São Paulo

Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6

Outras informações:
Monitor da disciplina "Biologia Molecular Computacional" (Instituto de Química, USP)

2014 - 2014

Universidade de São Paulo

Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 40

Outras informações:
Monitor do "IX Curso de Inverno Temas Avançados de Bioquímica e Biologia Molecular", realizado pelo Departamento de Bioquímica do Insituto de Química da USP

2014 - 2014

Universidade de São Paulo

Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6

Outras informações:
Monitor da Disciplina "Expressão Gênica" do Instituto de Química da USP

2020 - 2020

Universidad Montrer

Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor do Mestrado em Genética Humana

Outras informações:
Professor do Mestrado em Genética Humana (e-Learning) na disciplina "Alterações autossômicas recessivas"

2013 - 2014

Universidad Montrer

Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor do Mestrado em Genética Humana, Carga horária: 10

Outras informações:
Disciplinas ministradas no Mestrado em Genética Humana: -Introducción a la Genética -Genética de Poblaciones y Bioestadística

2010 - 2012

Universidad Nacional de Misiones, UNaM

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Bolsista do CEDIT (Comité Ejecutivo de Desarrollo e Innovación Tecnológica) com o projeto ?Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones?, desenvolvido no Laboratorio de Genética Molecular da FCEQyN

2009 - 2012

Universidad Nacional de Misiones, UNaM

Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitoria eleita por concurso, Carga horária: 8

Outras informações:
Monitor Adscripto ad-honorem (Dedicação simple) da Disciplina "Microbiología e Inmunología" da Universidad Nacional de Misiones (FCEQyN) para o curso de Licenciatura em Genética

2007 - 2008

Universidad Nacional de Misiones, UNaM

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Colaborador, Carga horária: 20

Outras informações:
Bolsista do CIDeT (Centro de Investigación y Desarrollo Tecnológico) com o projeto ?Genotipificación Molecular de Strongyloides stercoralis en materia fecal de nios con strongyloidiosis de Posadas, Misiones?

2017 - 2017

University of California Davis

Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 40

Outras informações:
Teacher assistant: "Data Intensive Biology Summer Institute". Two week workshop that covered foundational bioinformatics tools and topics, including command-line workflow, Bash, R, markdown, Github, automation, and cloud computing, as well as tutorials for RNA-seq, de novo transcriptome, genome and metagenome assembly, annotation, variant calling, genome-wide association, and ChIP-seq.

2019 - 2019

Sagah Soluções Educacionais Integradas

Vínculo: Professor conteudista, Enquadramento Funcional: Professor conteudista

Outras informações:
Desenvolvedor de conteúdo na modalidade EAD para as disciplinas: "Vírus, Viroides e Príons", "Mecanismos microbianos de patogenicidade", "Metabolismo e crescimento microbiano"