Ariane Ferreira Nunes Alves

Possui graduação em Biologia pela Universidade de São Paulo (2010), mestrado (2013) e doutorado (2017) em Bioquímica pelo Instituto de Química - Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Bioquímica, com ênfase em Bioquímica Computacional.

Informações coletadas do Lattes em 07/06/2024

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Bioquímica

2013 - 2017

Instituto de Química - Universidade de São Paulo
Título: Simulações computacionais de desenovelamento de proteína e complexação de ligantes com amostragem aumentada
Orientador: em University of Pittsburgh ( Daniel M. Zuckerman)
com Guilherme Menegon Arantes. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Grande área: Ciências Biológicas

Mestrado em Bioquímica

2011 - 2013

Instituto de Química - Universidade de São Paulo
Título: Um método computacional para estimar aﬁnidades entre proteínas ﬂexíveis e pequenos ligantes,Ano de Obtenção: 2013
Guilherme Menegon Arantes.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Biologia

2006 - 2010

Universidade de São Paulo
Título: Atividade farmacológica da nitrosamina do tabaco N-nitrosonornicotina sobre o receptor nicotínico de subtipo alfa3beta4
Orientador: Alexander Henning Ulrich
com Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

Pós-doutorado

2018

Pós-Doutorado. , Heidelberg Institute for Theoretical Studies, HITS, Alemanha. , Bolsista do(a): CellNetworks, CELLNETWORKS, Alemanha.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Francês

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.

Organização de eventos

NUNES-ALVES, ARIANE . V Encontro da Pós-Graduação IQ-USP. 2015. (Outro).

Participação em eventos

Computational Advances in Drug Discovery. Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug molecules. 2019. (Congresso).

Hünfeld 2019: Workshop on Computer Simulation and Theory of Macromolecules.Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug molecules. 2019. (Outra).

Towards Simulating Cell Membranes: Closer to Reality. 2019. (Simpósio).

22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (EuroQSAR). Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. 2018. (Congresso).

Biological Diffusion and Brownian Dynamics Brainstorm 4 (BDBDB4). Effects of macromolecular crowding on substrate diffusion rates. 2018. (Congresso).

Center for Modelling and Simulation in the Biosciences (BIOMS) Symposium 2018.Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. 2018. (Simpósio).

Gordon Research Conference on Computational Chemistry. Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. 2018. (Congresso).

Gordon Research Seminar on Computational Chemistry. Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. 2018. (Congresso).

61st Annual Meeting of the Biophysical Society. Weighted ensemble of pathways for ligand unbinding from T4 lysozyme. 2017. (Congresso).

Annual Molecular Biophysics and Structural Biology (MBSB) Research Symposium. 2016. (Simpósio).

Gordon Research Conference on Computational Chemistry. Forced unfolding coupled to covalent bond cleavage investigated by steered molecular dynamics. 2016. (Congresso).

Hands-on Workshop on Computational Biophysics.Ligand-receptor affinities computed by an adapted linear interaction model and by protein conformational averaging. 2016. (Outra).

III Escola Brasileira de Modelagem Molecular (EBMM).Metalloprotein mechanical unfolding investigated by steered molecular dynamics. 2015. (Outra).

1st Symposium on Current Topics in Molecular Biophysics. 2014. (Simpósio).

58th Annual Meeting of the Biophysical Society. A computational method including protein flexibility to estimate affinities with small ligands. 2014. (Congresso).

pDynamo Workshop e Simpósio ?Molecular Simulation?.The role of protein flexibility in the binding of small molecules. 2013. (Simpósio).

XLII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. The role of protein flexibility in the binding of small molecules. 2013. (Congresso).

XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Computational Method to Cluster Complexes of Small Ligands and Flexible Proteins. 2012. (Congresso).

Hands-on Course: Coarse Grain Methods for Biomolecular Simulations.Role of protein flexibility in the binding of small ligands. 2011. (Outra).

XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. A procedure to cluster complexes of small ligands and flexible proteins. 2011. (Congresso).

12th Annual Meeting of the Society for Research on Nicotine and Tobacco - Europe. Tobacco Nitrosamine N-nitrosonornicotine as Inhibitor of Rat Nicotinic Acetylcholine Receptors. 2010. (Congresso).

XXV Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental. Tobacco Nitrosamine N-nitrosonornicotine as Inhibitor of the Nicotinic Acetylcholine Receptor Subtype α3β4. 2010. (Congresso).

XXIV Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental. Tobacco Nitrosamine N-nitrosonornicotine as Inhibitor of Nicotinic Acetylcholine Receptors. 2009. (Congresso).

XXXVIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Pharmacological Activity of the Tobacco Nitrosamine N-nitrosonornicotine on Nicotinic Acetylcholine Receptors. 2009. (Congresso).

Reunião da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento. Pharmacological activity of tobacco nitrosamines 4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone and N-nitrosonornicotine. 2008. (Congresso).

Produções bibliográficas

NUNES-ALVES, ARIANE ; ZUCKERMAN, DANIEL M. ; ARANTES, GUILHERME MENEGON . Escape of a Small Molecule from Inside T4 Lysozyme by Multiple Pathways. BIOPHYSICAL JOURNAL , v. 114, p. 1058-1066, 2018.
NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, GUILHERME MENEGON . Mechanical unfolding of macromolecules coupled to bond dissociation. Journal of Chemical Theory and Computation , v. 14, p. 282-290, 2017.
NUNES-ALVES, A. ; ARANTES, G. M. . Ligand-Receptor Affinities Computed by an Adapted Linear Interaction Model for Continuum Electrostatics and by Protein Conformational Averaging. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 54, p. 2309-2319, 2014.
NUNES-ALVES, ARIANE ; NERY, ARTHUR A. ; ULRICH, HENNING . Tobacco Nitrosamine N-nitrosonornicotine as Inhibitor of Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptors. Journal of Molecular Neuroscience , v. 49, p. 52-61, 2013.
Yuahasi, Katia K. ; Gomes, Katia N. ; Campos, Marcelo ; NERY, ARTHUR A. ; Alves, Ariane Nunes- ; Trujillo, Cleber A. ; ULRICH, HENNING . Neurotransmitters as Main Players in the Neural Differentiation and Fate Determination Game. In: Henning Ulrich. (Org.). Perspectives of Stem Cells. 1ed.: Springer Netherlands, 2010, v. , p. 115-134.
NUNES-ALVES, ARIANE ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug molecules. In: Computational Advances in Drug Discovery, 2019, Sestri Levante. Computational Advances in Drug Discovery, 2019.
NUNES-ALVES, ARIANE ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on substrate diffusion rates. In: Biological Diffusion and Brownian Dynamics Brainstorm 4 (BDBDB4), 2018, Heidelberg. Biological Diffusion and Brownian Dynamics Brainstorm 4 (BDBDB4), 2018.
NUNES-ALVES, A. ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. In: Gordon Research Seminar on Computational Chemistry, 2018, West Dover. Gordon Research Seminar on Computational Chemistry, 2018.
NUNES-ALVES, ARIANE ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. In: Center for Modelling and Simulation in the Biosciences (BIOMS) Symposium 2018, 2018, Heidelberg. Center for Modelling and Simulation in the Biosciences (BIOMS) Symposium 2018, 2018.
NUNES-ALVES, ARIANE ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. In: Gordon Research Conference on Computational Chemistry, 2018, West Dover. Gordon Research Conference on Computational Chemistry, 2018.
NUNES-ALVES, ARIANE ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. In: 22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (EuroQSAR), 2018, Thessaloniki. 22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (EuroQSAR), 2018.
NUNES-ALVES, ARIANE ; ZUCKERMAN, D. M. ; ARANTES, G. M. . Weighted ensemble of pathways for ligand unbinding from T4 lysozyme. In: 61st Annual Meeting of the Biophysical Society, 2017, New Orleans. 61st Annual Meeting of the Biophysical Society, 2017.
NUNES-ALVES, A. ; ARANTES, G. M. . Forced unfolding coupled to covalent bond cleavage investigated by steered molecular dynamics. In: Gordon Research Conference on Computational Chemistry, 2016, Girona. Gordon Research Conference on Computational Chemistry, 2016.
NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, G. M. . Metalloprotein mechanical unfolding investigated by steered molecular dynamics. In: III Escola Brasileira de Modelagem Molecular (EBMM), 2015, Santo André. III Escola Brasileira de Modelagem Molecular (EBMM), 2015.
NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, G. M. . A computational method including protein flexibility to estimate affinities with small ligands. In: 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014, San Franscisco. 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014.
NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, G. M. . The role of protein flexibility in the binding of small molecules. In: XLII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), 2013, Foz do Iguaçu. XLII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), 2013.
NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, G. M. . Computational method to cluster complexes of small ligands and flexible proteins. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), 2012.
NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, G. M. . A procedure to cluster complexes of small ligands and flexible proteins. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica (SBQT), 2011, Ouro Preto. XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica (SBQT), 2011.
NUNES-ALVES, A. ; Nery, A. A. ; HESS, G. P. ; ULRICH, HENNING . Tobacco nitrosamine N-nitrosonornicotine as inhibitor of the nicotinic acetylcholine receptor subtype α3β4. In: XXV Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental (Fesbe), 2010, Águas de Lindóia. XXV Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental (Fesbe), 2010.
NUNES-ALVES, ARIANE ; Nery, A. A. ; ULRICH, HENNING . Tobacco nitrosamine N-nitrosonornicotine as inhibitor of rat nicotinic acetylcholine receptors. In: 12th Annual Meeting of the Society for Research on Nicotine and Tobacco ? Europe, 2010, Bath. 12th Annual Meeting of the Society for Research on Nicotine and Tobacco ? Europe, 2010.
NUNES ALVES, A. ; Nery, A. A. ; ULRICH, HENNING . Pharmacological activity of the tobacco nitrosamine N-nitrosonornicotine on nicotinic acetylcholine receptors. In: XXXVIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), 2009, Águas de Lindóia. XXXVIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), 2009.
NUNES ALVES, A. ; Nery, A. A. ; ULRICH, HENNING . Tobacco nitrosamine N-nitrosonornicotine as inhibitor of nicotinic acetylcholine receptors. In: XXIV Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental (Fesbe), 2009, Águas de Lindóia. XXIV Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental (Fesbe), 2009.
NUNES ALVES, A. ; ULRICH, HENNING . Pharmacological activity of tobacco nitrosamines 4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone and N-nitrosonornicotine. In: I Congresso IBRO/LARC de Neurociências da América Latina, Caribe e Peninsula Ibérica, 2008, Búzios. I Congresso IBRO/LARC de Neurociências da América Latina, Caribe e Peninsula Ibérica, 2008.
NUNES-ALVES, ARIANE ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug molecules. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NUNES-ALVES, ARIANE ; N. Bruce ; G. Ganotra ; D. Kokh ; H.-X. Zhou ; R. Wade . Effects of macromolecular crowding on the diffusion rates of enzyme substrates and drug-like molecules. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NUNES-ALVES, ARIANE ; ZUCKERMAN, D. M. ; ARANTES, G. M. . Weighted ensemble of pathways for ligand unbinding from T4 lysozyme. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NUNES-ALVES, A. ; ZUCKERMAN, D. M. ; ARANTES, G. M. . Quantos caminhos existem para que um ligante saia do sítio de ligação de uma proteína?. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
NUNES-ALVES, A. ; ZUCKERMAN, D. M. ; ARANTES, G. M. . Computer simulations of protein unfolding and ligand unbinding with enhanced sampling methods. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
NUNES-ALVES, A. ; ZUCKERMAN, D. M. ; ARANTES, G. M. . Weighted ensemble of pathways for ligand unbinding. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).
NUNES-ALVES, A. ; ARANTES, G. M. . Ligand-receptor affinities computed by an adapted linear interaction model and by protein conformational averaging. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).
NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, G. M. . Computando a afinidade entre pequenos ligantes e proteínas flexíveis. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
NUNES-ALVES, A. ; ARANTES, G. M. . The role of protein flexibility in the binding of small molecules. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
NUNES-ALVES, A. ; ARANTES, G. M. . Role of protein flexibility in the binding of small ligands. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).
NUNES-ALVES, A. ; Nery, A. A. ; Henning Ulrich . Tobacco nitrosamine N-nitrosonornicotine as inhibitor of the nicotinic acetylcholine receptor subtype α3β4. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
NUNES-ALVES, A. ; Nery, A. A. ; Henning Ulrich . Tobacco nitrosamine N-nitrosonornicotine as inhibitor of nicotinic acetylcholine receptors. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

NUNES-ALVES, A. . Blogueira convidada - 61st Biophysical Society Annual Meeting. 2017. (Blog).

Prêmios

2014

Prêmio viagem, Biophysical Society.

2013

Prêmio SBBq - melhor poster, Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq).

2013

Prêmio viagem, Departamento de Bioquímica - Instituto de Química - USP.

2013

Selecionada para participar do Simpósio SBBq-Conesul, Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq).

2010

Auxílio-viagem, Society for Research on Nicotine and Tobacco - Europe.

2010

Auxílio-viagem, Instituto de Biociências - USP.

2009

Menção Honrosa para poster, Federação das Sociedades de Biologia Experimental (Fesbe).

2009

Finalista do prêmio Roberto Alcântara Gomes, Sociedade Brasileira de Biofísica.

Histórico profissional

Endereço profissional

Heidelberg Institute for Theoretical Studies. , Schloss-Wolfsbrunnenweg 35, Schlierbach, 69118 - Heidelberg, - Alemanha, Telefone: (6221) 533279, URL da Homepage: