Guilherme Ferreira Silveira

Formação complementar

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Orientou

Produções bibliográficas

• SIQUEROLO, LUCIANA VERISSIMO ; RAMOS, RÚBIA MARTINS BERNARDES ; MONTEIRO, PABLO INOCÊNCIO ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; BASSETTI, FATIMA DE JESUS ; CORAL, LUCILA ADRIANI DE ALMEIDA . Impact of the UV/H2O2 Process on Assimilable Organic Carbon and Trihalomethane Formation in Cyanobacteria-Contaminated Waters. PROCESSES , v. 13, p. 23-1, 2025.

• ZOEHLER, BERNARDO ; DE AGUIAR, ALESSANDRA MELO ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA . SAEDC: Development of a technological solution for exploratory data analysis and statistics in cytotoxicity. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL , v. 23, p. 483-490, 2024.

• FERREIRA, E. K. G. D. ; Silveira, G. F. . Classification and counting of cells in brightfield microscopy images: an application of convolutional neural networks. Scientific Reports , v. 14, p. 9031-1, 2024.

• FERREIRA, E. K. G. D. ; LARA, D. S. D. ; Silveira, G. F. . Cell quantification in digital contrast microscopy images with convolutional neural networks algorithm. Scientific Reports , v. 13, p. 2596-1, 2023.

• Ferreira, EKGD ; Goebel, K ; MAZZAROTTO, G. A. ; SILVEIRA, GUILHERME F . Desenvolvimento de Software para Gestão de Biotérios: parceria ICT-empresa para inovação. CADERNOS DE PROSPECÇÃO , v. 16, p. 117-6, 2023.

• DE ARRUDA, THAÍS BONATO ; BAVIA, LORENA ; MOSIMANN, ANA LUIZA PAMPLONA ; AOKI, MATEUS NOBREGA ; SARZI, MARIA LO ; CONCHON-COSTA, IVETE ; WOWK, PRYSCILLA FANINI ; DUARTE DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES ; PAVANELLI, WANDER ROGÉRIO ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; BORDIGNON, Juliano . Viremia and Inflammatory Cytokines in Dengue: Interleukin-2 as a Biomarker of Infection, and Interferon-α and -γ as Markers of Primary versus Secondary Infection. PATHOGENS , v. 12, p. 1362-1, 2023.

• Carneiro, ICR ; Ferreira, EKGD ; Silva, JC ; Soares, G ; STROTTMANN, D. M. ; SILVEIRA, G F . Predictive Model of COVID-19 Incidence and Socioeconomic Description of Municipalities in Brazil. Fortune Journal of Health Sciences , v. 5, p. 110, 2022.

• CARNEIRO, ISADORA CELINE RODRIGUES ; FERONATO, SOFIA GALVÃO ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; CHIAVEGATTO FILHO, ALEXANDRE DIAS PORTO ; SANTOS, HELLEN GEREMIAS DOS . Clusters of Pregnant Women with Severe Acute Respiratory Syndrome Due to COVID-19: An Unsupervised Learning Approach. International Journal of Environmental Research and Public Health , v. 19, p. 13522-1, 2022.

• DA SILVA, JANAÍNA CARLA ; SCANDOLARA, THALITA BASSO ; KERN, RODRIGO ; JAQUES, HELLEN DOS SANTOS ; MALANOWSKI, JESSICA ; ALVES, FERNANDA MARA ; RECH, DANIEL ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; PANIS, CAROLINA . Occupational Exposure to Pesticides Affects Pivotal Immunologic Anti-Tumor Responses in Breast Cancer Women from the Intermediate Risk of Recurrence and Death. Cancers , v. 14, p. 5199, 2022.

• FERREIRA, ELOIZA K. G. D. ; MAZZAROTTO, GIOVANNY A. C. A. ; SILVEIRA, GUILHERME F. . Zootechnical data analysis in a breeding animal facility: tracing the patterns of mouse production. Laboratory Animal Research , v. 37, p. 1-1, 2021.

• BAVIA, LORENA ; MELANDA, FRANCINE NESELLO ; DE ARRUDA, THAIS BONATO ; MOSIMANN, ANA LUIZA PAMPLONA ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; AOKI, MATEUS NÓBREGA ; KUCZERA, DIOGO ; SARZI, MARIA LO ; JUNIOR, WILSON LIUTI COSTA ; CONCHON-COSTA, IVETE ; PAVANELLI, WANDER ROGÉRIO ; DUARTE DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES ; BARRETO, RAFAEL CARVALHO ; BORDIGNON, Juliano . Epidemiological study on dengue in southern Brazil under the perspective of climate and poverty. Scientific Reports , v. 10, p. 2127-1, 2020.

• PIZZATTI, LUCIANA ; KAWASSAKI, AEDRA CARLA BUFALO ; FADEL, BRUNA ; NOGUEIRA, FABIO C. S. ; EVARISTO, JOSEPH A. M. ; WOLDMAR, NICOLE ; TEIXEIRA, GÉSSICA TUANI ; DA SILVA, JANAÍNA CARLA ; SCANDOLARA, THALITA BASSO ; RECH, DANIEL ; CANDIOTTO, LUCIANO PESSÔA ZANETTI ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; PAVANELLI, WANDER ROGÉRIO ; PANIS, CAROLINA . Toxicoproteomics Disclose Pesticides as Downregulators of TNF-α, IL-1β and Estrogen Receptor Pathways in Breast Cancer Women Chronically Exposed. FRONTIERS IN ONCOLOGY , v. 10, p. 1-11, 2020.

• BROTO, GEISE ELLEN ; CORRÊA, STEPHANY ; TRIGO, FAUSTO CELSO ; SANTOS, EVERTON CRUZ DOS ; TOMIOTTO-PELISSIER, FERNANDA ; PAVANELLI, WANDER ROGÉRIO ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; ABDELHAY, ELIANA ; PANIS, CAROLINA . Comparative Analysis of Systemic and Tumor Microenvironment Proteomes From Children With B-Cell Acute Lymphocytic Leukemia at Diagnosis and After Induction Treatment. FRONTIERS IN ONCOLOGY , v. 10, p. 1-13, 2020.

• Cattaneo AHD ; KUCZERA, D. ; koishi AC ; Zanluca C ; SILVEIRA, G. F. ; de Arruda TB ; Suzukawa AA ; Bortoto LO ; Dias-Baruffi M ; VERRI JR, W. A. ; Robert AW ; Stimamiglio MA ; SANTOS, C. N. D. ; Wowk PF ; BORDIGNON, J. . The citrus flavonoid naringenin impairs the in vitro infection of human cells by Zika virus. Scientific Reports , v. 9, p. 16348, 2019.

• KUCZERA, DIOGO ; ASSOLINI, JOÃO PAULO ; TOMIOTTO-PELLISSIER, FERNANDA ; PAVANELLI, WANDER ROGÉRIO ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA . Highlights for Dengue Immunopathogenesis: Antibody-Dependent Enhancement, Cytokine Storm, and Beyond. JOURNAL OF INTERFERON AND CYTOKINE RESEARCH , v. 38, p. 69-80, 2018.

• SILVEIRA, GUILHERME F. ; WOWK, PRYSCILLA F. ; CATANEO, ALLAN H. D. ; DOS SANTOS, PAULA F. ; DELGOBO, MURILO ; STIMAMIGLIO, MARCO A. ; LO SARZI, MARIA ; THOMAZELLI, ANA PAULA F. S. ; CONCHON-COSTA, IVETE ; PAVANELLI, WANDER R. ; ANTONELLI, LIS R. V. ; BÁFICA, ANDRÉ ; MANSUR, DANIEL S. ; DUARTE DOS SANTOS, CLAUDIA N. ; BORDIGNON, Juliano . Human T lymphocytes are permissive for dengue virus replication. JOURNAL OF VIROLOGY , v. 02181, p. JVI.02181-17, 2018.

• THOMAZELLI, ANA PAULA FORTES DOS SANTOS ; TOMIOTTO-PELLISSIER, FERNANDA ; MIRANDA-SAPLA, MILENA MENEGAZZO ; DA SILVA, SUELEN SANTOS ; ALVARENGA, DANIELE SAPEDE ; PANIS, CAROLINA ; CATANEO, ALLAN HENRIQUE DEPIERI ; BORDIGNON, Juliano ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; YAMAUCHI, LUCY MEGUMI ; DE SÁ, JUSSEVANIA PEREIRA SANTOS RUBRO ; FELIPE, IONICE ; PAVANELLI, WANDER ROGÉRIO ; CONCHON-COSTA, IVETE . Concanavalin-A displays leishmanicidal activity by inducing ROS production in human peripheral blood mononuclear cells. IMMUNOPHARMACOLOGY AND IMMUNOTOXICOLOGY , v. 2, p. 1-6, 2018.

• BORTOLETI, BRUNA TACIANE DA SILVA ; TOMIOTTO-PELLISSIER, FERNANDA ; GONÇALVES, MANOELA DAIELE ; MIRANDA-SAPLA, MILENA MENEGAZZO ; ASSOLINI, JOÃO PAULO ; CARLOTO, AMANDA CRISTINA ; LIMA, DÉBORA MESSAGI ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; ALMEIDA, RICARDO SERGIO ; COSTA, IDESSANIA NAZARETH ; CONCHON-COSTA, IVETE ; PAVANELLI, WANDER ROGÉRIO . Caffeic acid has antipromastigote activity by apoptosis-like process; and anti-amastigote by TNF-α/ROS/NO production and decreased of iron availability. PHYTOMEDICINE , v. 1, p. 1, 2018.

• FRABASILE, SANDRA ; KOISHI, ANDREA CRISTINE ; KUCZERA, DIOGO ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; VERRI, WALDICEU APARECIDO ; DUARTE DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES ; BORDIGNON, Juliano . The citrus flavanone naringenin impairs dengue virus replication in human cells. Scientific Reports , v. 7, p. 41864-10, 2017.

• CARVALHO DE FREITAS, RAFAEL ; HEIM LONIEN, SANDRA CRISTINA ; MALVEZI, APARECIDA DONIZETTE ; SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; WOWK, PRYSCILLA FANINI ; DA SILVA, ROSIANE VALERIANO ; YAMAUCHI, LUCY MEGUMI ; YAMADA-OGATTA, SUELI FUMIE ; RIZZO, LUIZ VICENTE ; BORDIGNON, Juliano ; PINGE-FILHO, PHILENO . Trypanosoma cruzi : Inhibition of infection of human monocytes by aspirin. EXPERIMENTAL PARASITOLOGY , v. 182, p. 26-33, 2017.

• SANTOS, J S ; ALMEIDA, S M ; SILVEIRA, G F ; BORDIGNON, J ; TEIXEIRA, S LM ; LIMA, ACM ; RABONI, S M . Host factors predictors in long-term nonprogressors HIV-1 infected with distinct viral clades. CURRENT HIV RESEARCH , v. 16, p. 1-8, 2017.

• PAULA FORTES DOS SANTOS THOMAZELLI, ANA ; TOMIOTTO-PELLISSIER, FERNANDA ; SANTOS DA SILVA, SUELEN ; PANIS, CAROLINA ; MARCUSSO ORSINI, TATIANE ; HENRIQUE DEPIERI CATANEO, ALLAN ; MENEGAZZO MIRANDA-SAPLA, MILENA ; ANTONIO CUSTÓDIO, LUIZ ; LÚCIA HIDEKO TATAKIHARA, VERA ; BORDIGNON, Juliano ; FERREIRA SILVEIRA, GUILHERME ; MAURÍCIO SFORCIN, JOSÉ ; ROGÉRIO PAVANELLI, WANDER ; CONCHON-COSTA, IVETE . Brazilian propolis promotes immunomodulation on human cells from American Tegumentar Leishmaniasis patients and healthy donors infected with L. braziliensis. Cellular Immunology (Print) , v. xxx, p. xxx, 2016.

• SILVEIRA, GUILHERME F . Evolution of Flow Cytometry Technology. JOURNAL OF MICROBIAL & BIOCHEMICAL TECHNOLOGY , v. 07, p. 213-216, 2015.

• SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; STROTTMANN, DAISY MARIA ; DE BORBA, LUANA ; MANSUR, DANIEL SANTOS ; ZANCHIN, NILSON IVO TONIN ; BORDIGNON, Juliano ; DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES DUARTE . Single point mutations in the helicase domain of the NS3 protein enhance dengue virus replicative capacity in human monocyte-derived dendritic cells and circumvent the type I IFN response. CLINICAL AND EXPERIMENTAL IMMUNOLOGY , v. 12701, p. n/a-n/a, 2015.

• SILVEIRA, GUILHERME FERREIRA ; WOWK, PRYSCILLA FANINI ; MACHADO, ANÁLIA MARIA BRECKENFELD ; DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES DUARTE ; BORDIGNON, Juliano . Immature Dendritic Cells Generated from Cryopreserved Human Monocytes Show Impaired Ability to Respond to LPS and to Induce Allogeneic Lymphocyte Proliferation. PLoS One , v. 8, p. e71291, 2013.

• MAZZAROTTO, G. A. ; Silveira, G. F. . Desenvolvimento e implementação de um software livre para o gerenciamento de um biotério brasileiro. Revista da Sociedade Brasileira de Ciência em Animais de Laboratório , v. 2, p. 61, 2013.

• MARTINS, SHARON ; SILVEIRA, GUILHERME ; ALVES, LYSANGELA ; DOS SANTOS, CLAUDIA ; BORDIGNON, Juliano . Dendritic Cell Apoptosis and the Pathogenesis of Dengue. Viruses-Basel , v. 4, p. 2736-2753, 2012.

• SILVEIRA, G. F. ; Meyer, F. ; DELFRARO, A. ; MOSIMANN, A. L. P. ; COLUCHI, N. ; VASQUEZ, C. ; PROBST, C. M. ; Bafica, A. ; Bordignon, J. ; dos Santos, C. N. D. . Dengue Virus Type 3 Isolated from a Fatal Case with Visceral Complications Induces Enhanced Proinflammatory Responses and Apoptosis of Human Dendritic Cells. JOURNAL OF VIROLOGY , v. 85, p. 5374-5383, 2011.

• LONIEN, S. C. H. ; FREITAS, R. C. ; SUZUKAWA, H. T. ; SANTOS, F. F. ; LOVO-MARTINS, M. I. ; SILVEIRA, G. F. ; WOWK, P. F. ; BORDIGNON, J. ; PINGE-FILHO, P. . Role of Cox Pathway in Human Monocytes and Monocyte-Derived Dendritic Cells infected by Trypanosoma cruzi. In: Experimental Biology 2016 Meeting, 2016, Chicago. Experimental Biology 2016 Meeting.. Chicago: FASEB Journal, 2016. v. 1. p. 1-1.

• SILVEIRA, GUILHERME ; MEYER, F ; DELFRARO, A. ; MOSIMANN, A. L. P. ; COLUCHI, N. ; VASQUEZ, C. ; PROBST, C. M. ; BÁFICA, A. ; Dr. Juliano Bordignon ; Dra. Claudia Nunes Duarte dos Santos . Dengue Virus Type 3 Isolated from a Fatal Case with Visceral Complications Induces Enhanced Pro-inflammatory Responses and Apoptosis of Human Dendritic Cells. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SILVEIRA, G. F. ; DUARTE DOS SANTOS, C. N. ; BORDIGNON, Juliano . Resposta de Células Humanas do Sistema Imunológico Desafiadas por Diferentes Cepas do Vírus da Dengue. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• SILVEIRA, G. F. ; WOWK, P. F. ; STIMAMIGLIO, M. ; DUARTE DOS SANTOS, C. N. ; BORDIGNON, Juliano . Reponse of Human Immune Cells Stimulated With Different Strains of Dengue Virus. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Desenvolvimento de banco de dados utilizando LLMs com informações de ensaios da microbiota intestinal de pacientes com Parkinson., Descrição: Os Modelos de Linguagem Ampla (LLM) são algoritmos de inteligência artificial projetados para processar e gerar texto de maneira similar à escrita humana, com base em conjuntos de dados textuais (ZONG; KRISHNAMACHARI, 2022). Um exemplo de LLM é o ChatGPT 3.5, lançado pela OpenAI em 2022, sendo treinada com dados até setembro de 2021. No entanto, uma das limitações desse modelo é sua incapacidade de acessar ou aprender com novos dados, representando um desafio significativo na ciência, que está em constante atualização (MOATSUM ALAWIDA et al., 2023). Diante dessa limitação, o presente estudo visa avaliar a viabilidade de construir um banco de dados utilizando informações extraídas por LLMs através da API da OpenAI, aplicado especificamente em artigos científicos sobre a microbiota intestinal de pacientes com doenças neurodegenerativas como Alzheimer, Parkinson e ELA. Com a existência de bancos de dados nessa área, será possível comparar os resultados obtidos no estudo com os bancos disponíveis já estruturados. Este estudo, portanto, busca aplicar métodos de extração de informações de um contexto biológico para a construção de banco de dados, contribuindo para avanços na análise e interpretação de dados científicos em diversos assuntos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / Jessica Bodart Guimarães - Integrante., Número de orientações: 1

• 2024 - Atual

  Aprendizado de Máquina aplicada às análises de imagens de microscopia em estudos de Plasmodium spp., Descrição: O Aprendizado de Máquina (AM) é uma disciplina integrante da área de Inteligência Artificial (IA) que tem como finalidade o reconhecimento de padrões em um conjunto de dados, permitido por um processo de aprendizado utilizando algoritmos computacionais. Este método é particularmente superior aos programas convencionais de processamento, no caso de imagens, quando se trata de resolver tarefas complexas de análise de dados multidimensionais, como discriminar morfologias em imagens de microscopia, por essas não serem facilmente descritas por alguns parâmetros isolados. Nesse contexto, o presente projeto tem como objetivo desenvolver e analisar o desempenho de modelos computacionais, utilizando diferentes algoritmos de AM em problemas de regressão, para quantificar células, em imagens de contraste de fase ou fluorescência, transfectadas por plasmídeos de expressão de proteínas de Plasmodium spp.. Para tanto, serão usadas imagens de três abordagens experimentais: 1) Células CHO-745 com transformação produtiva de proteínas VIR, onde modelos de AM serão usados para a quantificação de células positivas para a proteína de interesse; 2) Uma vez obtidas as células CHO-745 positivas, essas serão usadas para ensaios de formação de rosetaslike, onde hemácias serão incubadas com essas células e quantificadas; 3) As imagens de microscopia desses ensaios serão utilizadas para a determinação adicional de células CHO-745 livres (positivas para VIR porém sem formação de rosetas-like), bem como a de hemácias livres. Com isso pretendese agregar conhecimento na área de AM aplicada, bem como otimizar os processos relacionados a análise de parasito-hospedeiro Instituto Carlos Chagas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / Letusa Albrecht - Integrante / Eloiza Kauanna Gonçalves Dias Ferreira - Integrante / Julia Weber Ferraboli - Integrante., Financiador(es): Instituto Carlos Chagas - FIOCRUZ/PR - Auxílio financeiro.

• 2024 - Atual

  Agrupamento e análise de populações em dados de citometria de fluxo: uma abordagem com aprendizado de máquina não supervisionada, Descrição: Citômetros de fluxo são equipamentos que mensuram parâmetros em eventos (células, beads, etc), dentro de um fluxo contínuo de fluído. Os resultados de citômetros de fluxo são salvos de forma padronizada em arquivos .fcs (Flow Cytometry Standard). A análise desses dados se inicia separando a população de interesse a partir dos parâmetros de tamanho e complexidade interna (granulosidade), seguida pela remoção de eventos duplicados (doublets). A partir de eventos únicos é iniciada a análise quantitativa das populações, comparando-se as amostras tratadas contra controles do experimento. Essa determinação é manual, onde busca-se definir o posicionamento de limites (gates) do que é positivo e negativo em relação esses controles. Esse processo é moroso e acaba perdendo viabilidade devido a dois fatores, (a) quanto mais parâmetros para análise, as possíveis interações crescem de forma exponencial, e (b) o posicionamento do gates irá depender da experiencia do analista e também da familiaridade com a amostra. Já que diferentes pesquisadores possuem diferentes critérios para definir o quão estritos ou liberais serão em relação a determinação dos gates, esse processo sofre da subjetividade do analisador. Nesse contesto, o aprendizado de máquina, um seguimento da inteligência artificial, pode auxiliar na tomada de decisão do analista, inserindo critérios estatísticos que podem diminuir a subjetividade do processo. Existem três tipos de algoritmos de aprendizado de máquina, supervisionado, por reforço e não supervisionado, sendo que esse último, não recebe dados de entrada rotulados. Uma vez que esses algoritmos são uteis para definir agrupamentos, no presente trabalho, é proposto que técnicas de aprendizado de máquina podem auxiliar na determinação de populações em dados de citometria de fluxo. Para tanto, serão empregados algoritmos não supervisionados, com base em centroides (K-means), densidade (DBSCAN), conectividade (Agrupamento hierárquico), Neurais (Redes Neurais não supervisionadas) e distribuição (Distribuições Normais Multivariadas). A origem dos dados de citometria será repositórios públicos como o Flow Repository, uma vez que esses bancos são curados com os dados de análise originais publicados na literatura. Assim, será possível empregar ferramentas de tecnologia computacionais de ponto no intuito de estudar dados de citometria de fluxo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / Paulo Henrique Moro dos Santos - Integrante., Número de orientações: 1

• 2023 - Atual

  Reestratificação do risco de óbito ou recidiva em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e expostas ocupacionalmente a agrotóxicos utilizando ferramentas de aprendizado de máquina., Descrição: No mundo, o câncer mais comum entre as mulheres é o de mama, tendo somente para o Brasil, uma estimativa de 625 mil novos diagnósticos para cada ano do triênio de 2020-2022, conforme estudo divulgado pelo Instituto Nacional de Câncer José Alencar Gomes da Silva (INCA). A alta incidência de casos da doença a torna um objeto de estudo constantemente discutido, a fim de uma melhor compreensão da patologia, que é desencadeada pôr múltiplos fatores resultantes de uma complexa interação entre a genética do indivíduo e o ambiente. No Brasil, os profissionais da saúde utilizam a Portaria Conjunta N 5 de 18 de abril de 2019, implementada pelo Ministério da Saúde, para auxiliar nas decisões quanto ao diagnóstico, ao tratamento e ao acompanhamento dos indivíduos acometidos pelo câncer de mama. Além disso, essa Portaria também apresenta alguns critérios definidos para estratificação do risco de morte e recidiva do tumor em baixo, médio e alto risco, que implicam na posterior escolha do tratamento. Entretanto, apesar do estadiamento em baixo e alto risco apresentarem parâmetros bem definidos para a classificação, o estadiamento de risco intermediário apresenta certas lacunas na classificação, o que pode desencadear questionamentos quanto a escolha de um tratamento mais brando ou vigoroso que o necessário. Um tratamento brando pode ser ineficiente e um mais agressivo pode trazer sequelas evitáveis. Adicionalmente, variáveis complementares poderiam trazer novos conhecimentos ao processo. A clínica médica mostra que pacientes com exposição ocupacional a agrotóxicos tem maior risco de óbito e recidiva, porém, esta não é uma variável analisada pelo protocolo preconizado pelo Ministério da Saúde. Diante disso, o presente trabalho busca explorar o uso de ferramentas de Aprendizado de Máquina a fim de se obter uma nova estratificação mais assertiva das pacientes diagnosticadas com câncer de mama, e assim evitar que estas se enquadrem no estadiamento de risco intermediário de maneira equivocada. Para isso, a metodologia a ser desenvolvida no projeto para a testagem da hipótese pode ser dividida em quatro etapas: o pré-processamento e a estruturação dos dados; a análise exploratória e segregação dos grupos de interesse; a implementação de modelos de aprendizado de máquina; e a comparações entre os resultados de predição e o algoritmo convencional de estratificação. Assim, a partir dessa metodologia espera-se obter uma reestratificação das pacientes classificadas como risco intermediário pelos critérios do Ministério da Saúde, em especial da população com exposição funcional a agrotóxicos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / PANIS, CAROLINA - Integrante / Isabella Cristina Cazagranda - Integrante., Número de orientações: 1

• 2022 - 2024

  Aplicação De Aprendizado Não Supervisionado E Árvores Multi-Locus Para Análise De Características Zoonóticas De Influenza A H1n1 À Luz Do Paradigma De Estocolmo, Descrição: O atual cenário de mudanças climáticas tem gerado diversas alterações no padrão de distribuição das espécies pelo planeta, desde aquelas de interesse econômico como as de produção agrícola, quanto patógenos causadores de doenças infecciosas, que passam a ter um novo contexto de interação entre hospedeiros colonizados e potenciais. Dito isso, uma consequência já conhecida dessas mudanças é o aumento de ocorrência de epidemias e pandemias, dado esse contexto de redistribuição de recursos pelo planeta. Abordar a questão de doenças emergentes requer que se considere o complexo biológico envolvido nas simbioses, ou interações íntimas entre linhagens no tempo evolutivo, e como elas emergem dada a natureza das condições e da capacidade de interagir. Para tanto, exploramos os principais conceitos evolutivos dentro de interações patógeno-hospedeiro com enfoque no Paradigma de Estocolmo, uma das perspectivas evolutivas mais recentes e que oferece robusto suporte para a aplicação prática de conceitos evolutivos para abordagem de emergência de novas zoonoses. Junto disso, aplicamos metodologias de aprendizado não-supervisionado (análise de correspondência múltipla e análise hierárquica de cluster) para a análise de dados de um patógeno modelo - Influenza A H1N1, amostrado do Influenza Research Database (IRD) - para aplicação dos pressupostos do Paradigma, a fim de descrever e hierarquizar cepas de H1N1 considerando seu risco de emergir em humanos, relacionando o previsto pela análise de cluster com resultados de filogenias simples e multi-locus. As análises demonstraram que podemos ranquear cepas de H1N1 considerando sua capacidade e oportunidade de infectar a espécie humana, identificando, assim, cepas mais relevantes para emergência nas presentes condições, dada a disponibilidade dos dados do banco. Esperamos contribuir para a proposição de políticas públicas voltadas à vigilância de viroses emergentes, considerando a complexidade do sistema biológico, para que futuras tomadas de decisão sejam feitas de forma mais preparada e consciente, ao invés da postura reativa atual diante de tais crises.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / SANTOS, HELLEN GEREMIAS DOS - Integrante / Sofia Galvão Feronato - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2021 - 2024

  Análise de algoritmos de aprendizado de máquina na quantificação do número de células em imagens de microscopia de campo claro., Descrição: A Triagem de Alto Conteúdo realizado pelo equipamento Operetta une técnicas de alto rendimento com a habilidade de coletar dados quantitativos das imagens celulares de sistemas biológicos complexos, sendo capaz de capturar imagens em campo fluorescente e campo claro. A quantificação de células por esta técnica traz a principais desvantagem da necessidade da utilização de um marcador fluorescente, o que permite a leitura no Operetta. O presente trabalho tem como objetivo criar modelos preditivos capazes de realizar a quantificação de células em microscopia de campo claro, usando técnicas de Aprendizado de Máquina. Esta metodologia tem como potencial permitir a quantificação celular sem a necessidade de utilização de cromógenos, o que permitiria um ganho substancial aos projetos de Biologia Celular e Molecular, por exemplo, diminuindo a manipulação das culturas. A determinação de um modelo preditivo de células em campo claro é um problema de regressão que pode ser abordado com a utilização de diferentes algoritmos como: Naive Bayes, Árvores de decisão, Máquina de Suporte de Vetor (SVM), e Redes Neurais Artificiais. A utilização de diferentes algoritmos é prática necessária em projetos de Aprendizado de Máquina pois cada um deles apresenta pontos positivos e negativos que podem auxiliar ou não na determinação de um modelo, dada a sua capacidade de ajuste ao banco de dados. Uma vez que seja possível a determinação de mais de um modelo, buscamos no presente projeto comparar a acurácia destes, sugerindo assim os melhores previsores a serem utilizados nos projetos da instituição. Assim, esperamos que a abordagem proposta terá êxito na quantificação de células em microscopia de campo claro.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / Eloiza Kauanna Gonçalves Dias Ferreira - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2021 - 2024

  Desenvolvimento de programa baseado em linguagem python para análise de ensaios in vitro, Descrição: A estimativa de valores IC50 e DL50 é fundamental para o estudo de substâncias, compostos e medicamentos. Normalmente, a análise de dados de citotoxicidade para determinação destes valores necessita de múltiplos softwares pagos disponíveis no mercado, o que depende da execução em várias etapas, conversão de dados, transferência dos dados entre plataformas, entre outras. Atualmente, a Fiocruz/PR conta em sua estrutura com a Plataforma de Bioensaios em Métodos Alternativos em Citotoxicidade que presta serviços para diversos grupos de pesquisa, além de instituições de pesquisa privadas e públicas. A partir dos dados gerados pela Plataforma, os cálculos de IC50, DL50 e cálculos estatísticos são realizados com auxílio dos softwares Microsoft Excel, da desenvolvedora Microsoft Corporation, e GraphPad Prism, da desenvolvedora GraphPad Software, Inc. Este processo se mostra custoso do ponto de vista monetário (visto que a licença de ambos os softwares custa US$ 183,99 anualmente) e temporal (visto que a análise dos dados de três drogas leva, aproximadamente, 20 a 30 minutos para ser feita). Tendo isso em vista, o presente projeto pretende desenvolver um programa baseado em linguagem python para análise de dados de ensaios de toxicidade in vitro que atenda às necessidades da Plataforma de Bioensaios em Métodos Alternativos em Citotoxicidade e grupos de outras instituições. Pretende-se desenvolver um programa capaz de, em pouco tempo, poucas etapas e em uma única plataforma, analisar dados gerados em ensaios de citotoxicidade, e fornecer os valores IC50 e DL50, entre outros parâmetros, de forma equivalente aos softwares padrões utilizados. Adicionalmente, pretende-se ainda expandir a atuação do código para outras áreas da citotoxicidade ou mesmo bioensaios in vitro em geral, e desenvolver um programa de fácil utilização pelo usuário, sem um modelo pré-definido de formatação dos dados. Desta forma, dados gerados em diferentes equipamentos e diferentes desenhos experimentais poderão ser analisados de forma automatizada, rápida, eficiente e a baixo custo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / Bernardo Zoehler - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2021 - 2023

  PERFIL DE GRAVIDADE DE GESTANTES COM COVID-19 ATENDIDAS EM SERVIÇOS DE SAÚDE PÚBLICOS BRASILEIROS, Descrição: Todas as idades, raças ou etnias estão suscetíveis à infecção por Covid-19, contudo, existem grupos que estão em maior risco de desenvolver a forma grave da doença, como os idosos, indivíduos com comorbidades e as gestantes, devido à fragilidade imunológica e alterações fisiológicas e endócrinas. Em 2021, o Brasil apresentou o maior número de óbitos maternos por Covid-19, que representou uma taxa de letalidade de 7,2 - mais que o dobro da taxa de letalidade do país para o mesmo período, de 2,9. Além do impacto da doença, a pandemia também causou consequências para o sistema de saúde maternoinfantil, gerando atraso no atendimento e efeitos adversos nos desfechos da gestação. Desta forma, o objetivo do nosso trabalho foi identificar e descrever perfis de gravidade de gestantes com Covid-19 atendidas em serviços de saúde públicos brasileiros. Utilizamos o banco de dados do Sistema de Informação da Vigilância Epidemiológica da Gripe (SIVEP-Gripe), onde selecionamosnotificações de gestantes ou puérperas com síndrome respiratória aguda grave (SRAG), entre março de 2020 e agosto de 2021, bem como características relacionadas a sinais e sintomas, comorbidades, características hospitalares, trimestre da gestação, raça/cor da pele e idade. Aplicamos Análise de Correspondência Múltipla (ACM) às variáveis a fim de avaliar a relação entre essas características e, dessa forma, representá-las em um conjunto menor de variáveis, denominadas componentes principais (CP). Identificamos três grupos com diferentes perfis de gravidade da doença na população de gestantes e puérperas: (1) gestantes mais jovens, com menor frequência de comorbidades; (2) gestantes com sintomas nasofaringes, principalmente anosmia e ageusia, e gastrointestinais; e (3) um perfil considerado de maior gravidade, que compreendeu gestantes mais velhas, com maior frequência de comorbidades e necessidade de internação em unidade de terapia intensiva e utilização de ventilação mecânica, além de frequência mais elevada de óbito. Assim, observamos que idade avançada e comorbidades são fatores de risco e foram mais prevalentes entre pacientes com quadros mais graves da doença, indicando a necessidade de acompanhamento específico, e atendimento de saúde em tempo oportuno, de mulheres que se aproximem desse perfil. Ainda, mais estudos precisam ser realizados sobre esta população e sua relação com a pandemia de Covid-19, uma vez que seus efeitos e consequências poderão ser observados por um longo período.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / SANTOS, HELLEN GEREMIAS DOS - Integrante / Isadora Celine Rodrigues Carneiro - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2019 - 2024

  Design Científico: avaliação da contribuição do design na Interpretação de resultados científicos, Descrição: O design é a disciplina que visa à criação de objetos, ambientes, obras gráficas etc., que sejam ao mesmo tempo funcionais, com elevada estéticas e que estejam em conformidade com as demandas da produção industrial. Já a divulgação científica, também conhecida como popularização da ciência, são as atividades que buscam fazer uma difusão do conhecimento científico para públicos não especializados. Assim, a interação entre estas duas áreas do conhecimento podem permitir a otimização da transmissão de informações contidas em achados científicos. Nesse contexto, o presente trabalho busca quantificar qual o impacto na transmissão da informação contida em esquemas científicos, dada a atuação do design. À luz da teoria de métodos prescritivos, 12 imagens, sendo 6 trabalhadas por design com base em 6 imagens desenvolvidas por pesquisadores. O público-alvo foi selecionado de acordo com a sua formação acadêmica (graduando, graduado, mestrado ou doutorado) bem como sua área de formação (ciências biológicas, humanas ou exatas). As imagens foram apresentadas a esse público que respondeu ao questionário referente as impressões das informações contidas nas imagens. No questionário o participante pode opinar quantitativamente (1 a 5), qual a distinção, proeminência, descrição, representatividade, utilização dos componentes da imagem, compreensão do conteúdo e motivação para o aprofundamento do conhecimento. Os dados mostram que, para os participantes da pesquisa, a média das imagens dos pesquisadores recebeu nota 3,335 (3,269-3,401 no IC95) e as imagens trabalhadas pelo designer 4,147 (4,095-4,199 no IC95). Adicionalmente, menos participantes julgaram que as imagens do designer precisavam de descrição adicional e mais participantes afirmaram experimentar uma nova fonte de dados. Observa-se que para todos os participantes da pesquisa as imagens são úteis na divulgação do conhecimento. Essas diferenças seriam influenciadas pela área e formação acadêmica. A presente pesquisa traz novas informações quantitativas quanto a capacidade de divulgação de achados científicos, quais os principais fatores que teriam relevância na transmissão da informação e indica quais as estruturas em uma imagem científica devem ser priorizadas na transmissão desta informação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / Wagner Nagib De Souza Birbeire - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2017 - 2019

  Estudo da permissividade e resposta funcional mediada por linfócitos humanos na infecção pelo vírus da dengue, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador / Juliano Bordignon - Integrante / WOWK, PRYSCILLA FANINI - Integrante / DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES DUARTE - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2011 - 2018

  Resposta de células humanas do sistema imunológico estimuladas por diferentes cepas do vírus da dengue, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Coordenador.

• 2007 - 2011

  Estudo da resposta de células dendríticas humanas à infecção com diferentes genótipos de vírus dengue sorotipo 3., Descrição: Estudos sobre a interação de DC humanas com isolados de vírus da dengue exibindo diferentes fenótipos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Integrante / Dra. Claudia Nunes Duarte dos Santos - Coordenador / Dr. Juliano Bordignon - Integrante.

• 2005 - 2006

  Geração de vacinas polivalentes contra o vírus da Dengue utilizando poxvírus recombinantes como vetor vacinal, Descrição: Produção e purificação de proteínas imunogênicas em cultura de tecidos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Guilherme Ferreira Silveira - Integrante / Dr. Flávio Guimarães da Fonseca - Coordenador / Dr. Rodrigo Corrêa-Oliveira - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

Prêmios