Luiz Carlos Vieira

Sou licenciado em Ciências Biológicas e mestre em Ciências pelo Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes Patogênicos. Atuei como Técnico de Laboratório (Estagiário) e Pesquisador (Mestrado) do Centro de Pesquisa em Virologia (FMRP/USP). Além disso, tenho experiência como Analista de Laboratório no setor de controle de qualidade na Ouro Fino Saúde Animal, onde realizei análises de controle de qualidade para diferentes vacinas virais. Como bioinformata, realizei;realizo análises de dados biológicos de diversas linhas de pesquisas, além de análises de bioinformática como RNA-Seq, transcriptoma, metagenômica. Atualmente sou cientista associado na universidade do texas em Austin, onde desenvolvo um modelo de machine learning para predizer atividade antimicrobiana de peptídeos. Possuo domínio e conhecimento das linguagem de programação python, R e bash script, fazendo uso diário destas ferramentas.

Informações coletadas do Lattes em 08/09/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Mestrado em Biologia Celular e Molecular

2015 - 2017

Universidade de São Paulo
Título: Estudo do ciclo replicativo e morte celular induzida pelo vírus Candiru
, Ano de Obtenção: 2017.Eurico Arruda Neto.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.

Aperfeiçoamento em Genomic Data Science

2021 - 2022

Johns Hopkins University
Título: N/A. Ano de finalização: 2022
Orientador: N/A

Graduação em Ciências Biológicas

2009 - 2013

Universidade do Sul de Santa Catarina
Título: AVALIAÇÃO DA ATIVIDADE ANTIOXIDANTE DO ÁCIDO α-LIPÓICO EM ANIMAIS SUBMETIDOS À SEPSE POR LIGAÇÃO E PERFURAÇÃO CECAL
Orientador: Profª. Jucélia Jeremias Fortunato , Dra.

Formação complementar

2022 - 2022

Advanced Learning Algorithms. (Carga horária: 20h). , Stanford University, STANFORD, Estados Unidos.

2022 - 2022

Bioconductor for Genomic Data Science. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2022 - 2022

Supervised Machine Learning Regression and Classification. (Carga horária: 20h). , Stanford University, STANFORD, Estados Unidos.

2022 - 2022

Statistics for Genomic Data Science. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2021 - 2021

Extensão universitária em Introdução à Computação Para Bioinformática. (Carga horária: 40h). , Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.

2021 - 2021

Python Fundamentos para Análise de Dados. (Carga horária: 54h). , Data Science Academy, DS Academy, Brasil.

2021 - 2021

Command Line Tools for Genomic Data Science. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2021 - 2021

Algorithms for DNA Sequencing. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2021 - 2021

Introduction to Genomic Technologies. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2021 - 2021

Python for Genomic Data Science. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2020 - 2020

Extensão universitária em PICE - Programa Integrado de Capacitação Empreendedora. (Carga horária: 42h). , Faculdade de Economia, Administração e Contabilidade - USP, FEAC/USP, Brasil.

2016 - 2016

Capacitação Teórica para Uso Ético de Animais. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2015 - 2015

Extensão universitária em Atividades de Inverno: Noções Básicas da PCR em Tempo Real. (Carga horária: 16h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2013 - 2013

7.00x: Introduction to Biology - The Secret of Lif. , Massachusetts Institute of Technology, MIT, Estados Unidos.

2013 - 2013

CURSO DE VERÃO EM BIOLOGIA CELULAR E MOLECULAR.. (Carga horária: 40h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2013 - 2013

CURSO TEÓRICO PRÁTICO EM BIOLOGIA CELULAR. (Carga horária: 14h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2012 - 2012

Curso de PERICIA CRIMINAL ( TOXICOLOGIA FORENSE). (Carga horária: 8h). , Renova curso e eventos, RC, Brasil.

2012 - 2012

ANÁLISE DA REGULAÇÃO TRANSCRICIONAL. (Carga horária: 3h). , Sociedade Brasileira de Biologia Celular, SBBC, Brasil.

2010 - 2010

Métodos de amostragens de herpetofauna, avifauna e mastofauna em estudos de. (Carga horária: 12h). , Universidade do Sul de Santa Catarina, UNISUL, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: biologia celular e molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Virologia.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Microbiologia.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Biologia Geral.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Ciências de Dados.

Organização de eventos

VIEIRA, L. C. . XIII Curso de Verão em Biologia Celular e Molecular. 2016. (Outro).

Participação em eventos

VIII Symposium of Cell and Molecular Biology.Characterization of Candiru Virus (CDUV). 2015. (Simpósio).

XXV Congresso brasileiro de Virologia. 2014. (Congresso).

X Curso de Verão em Biologia Celular e Molecular. 2013. (Seminário).

10º CONGRESSO INTERNACIONAL DE BIOLOGIA CELULAR E 16ª ENCONTRO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOLOGIA CELULAR. 2012. (Congresso).

X Simpósio de Neurociências na Interface Cérebro e Mente. 2012. (Simpósio).

IV SEMANA DE DIVULGAÇÃO CIENTÍFICA. 2011. (Simpósio).

III SEMANA DE DIVULGAÇÃO CIENTÍFICA E SEMANA DO MEIO AMBIENTE. 2010. (Simpósio).

IX SEMANA ACADÊMICA DE BIOLOGIA. 2010. (Simpósio).

VIII SEMANA ACADÊMICA DE BIOLOGIA DA UNISUL/ II SEMANA DE DIVULGAÇÃO CIENTÍFICA DO CURSO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS. 2009. (Simpósio).

Produções bibliográficas

DE SOUZA, WILLIAM ; DENNIS, TRISTAN ; FUMAGALLI, MARCÍLIO ; ARAUJO, JANSEN ; SABINO-SANTOS, GILBERTO ; MAIA, FELIPE ; ACRANI, GUSTAVO ; CARRASCO, ADRIANO ; ROMEIRO, MARILIA ; MODHA, SEJAL ; VIEIRA, LUIZ ; OMETTO, TATIANA ; QUEIROZ, LUZIA ; DURIGON, EDISON ; NUNES, MÁRCIO ; FIGUEIREDO, LUIZ ; GIFFORD, ROBERT . Novel Parvoviruses from Wild and Domestic Animals in Brazil Provide New Insights into Parvovirus Distribution and Diversity. Viruses-Basel , v. 10, p. 143, 2018.
NUNES-NETO, J. P. ; SOUZA, WILLIAM MARCIEL DE ; ACRANI, G. O. ; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI ; FUMAGALLI, M. J. ; VIEIRA, L. C. ; MEDEIROS, D. B. A. ; LIMA, J. A. ; LIMA, C. P. S. ; CARDOSO, J. F. ; FIGUEIREDO, L. T. M. ; SILVA, S. P. ; TESH, R. ; NUNES, M. R. T. ; VASCONCELOS, A. P. F. C. . Characterization of the Bujaru, frijoles and Tapara antigenic complexes into the sandfly fever group and two unclassified phleboviruses from Brazil. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY , v. 98, p. 585-594, 2017.
PETRONILHO, FABRICIA ; FLORENTINO, DRIELLY ; DANIELSKI, LUCINÉIA GAINSKI ; VIEIRA, LUIZ CARLOS ; MARTINS, MARYANE MODOLON ; VIEIRA, ANDRIELE ; BONFANTE, SANDRA ; GOLDIM, MARIANA PEREIRA ; VUOLO, FRANCIELI . Alpha-Lipoic Acid Attenuates Oxidative Damage in Organs After Sepsis. Inflammation , v. 39, p. 357-365, 2016.
TOLARDO, ALINE LAVADO ; SOUZA, WILLIAM MARCIEL DE ; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI ; VIEIRA, LUIZ CARLOS ; LUNA, LUCIANO KLEBER DE SOUZA ; HENRIQUES, DYANA ALVES ; ARAUJO, JANSEN DE ; SIQUEIRA, CARLOS EDUARDO HASSEGAWA ; COLOMBO, TATIANA ELIAS ; AQUINO, VICTOR HUGO ; FONSECA, BENEDITO ANTONIO LOPES DA ; BRONZONI, ROBERTA VIEIRA DE MORAIS ; NOGUEIRA, MAURÍCIO LACERDA ; DURIGON, EDISON LUIZ ; FIGUEIREDO, LUIZ TADEU MORAES . A real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction for detection and quantification of Vesiculovirus. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Online) , v. 111(6), p. 385-390, 2016.
ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI ; SOUZA, WILLIAM MARCIEL DE ; TOLARDO, ALINE LAVADO ; VIEIRA, LUIZ CARLOS ; COLOMBO, TATIANA ELIAS ; AQUINO, VICTOR HUGO ; NOGUEIRA, MAURÍCIO LACERDA ; FIGUEIREDO, LUIZ TADEU MORAES . Evaluation and optimization of SYBR Green real-time reverse transcription polymerase chain reaction as a tool for diagnosis of the Flavivirus genus in Brazil. Sociedade Brasileira de Medicina Tropical. Revista , v. 49, p. 279-285, 2016.
ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI ; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL ; TOLARDO, ALINE LAVADO ; VIEIRA, LUIZ CARLOS ; HENRIQUES, DYANA ALVES ; DE ARAUJO, JANSEN ; SIQUEIRA, CARLOS EDUARDO HASSEGAWA ; COLOMBO, TATIANA ELIAS ; AQUINO, VICTOR HUGO ; DA FONSECA, BENEDITO ANTONIO LOPES ; DE MORAIS BRONZONI, ROBERTA VIEIRA ; NOGUEIRA, MAURÍCIO LACERDA ; DURIGON, EDISON LUIZ ; FIGUEIREDO, LUIZ TADEU MORAES . A real-time RT-PCR for rapid detection and quantification of mosquito-borne alphaviruses. Archives of Virology , v. 161, p. 3171-3177, 2016.
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FLORENTINO, D. ; FERREIRA, B. P. ; WALCZEWSKI, E. A. B. ; TOURNIER, M. L. ; DANIELSKI, L. G. ; MICHELS, M. ; LAUREANO, A. ; MENDONCA, M. G. ; VIEIRA, L. C. ; PETRONILHO, F. . 'INFLUENCE OF VITAMIN C SUPPLEMENTATION ON HEALING INTESTINAL ANASTOMOSIS IN UNDERNOURISHED RATS'. In: 11º Word Congress on Inflamation, 2013, Natal. 11 world congress on inflamation and XXXVIII congress of the brazilian society of immunology, 2013.
MICHELS, M. ; DANIELSKI, L. G. ; VIEIRA, A. A. S ; VIEIRA, L. C. ; FLORENTINO, D. ; LAUREANO, A. ; GALANT, L. S. ; QUEVEDO, J. ; DALPIZZOL, F. ; PETRONILHO, F. . CD40 expression in the hippocampus and its role in blood-brain barrier permeability, neutrophil infiltration and oxidative stress: implication for brain damage associated with sepsis in rats. In: Fórum Internacional de sepse, 2013, Rio de Janeiro - RJ. sepse 2013. 46: Critical Care, 2013. v. 17. p. 43.
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VIEIRA, L. C. ; DANIELSKI, LUCINÉIA GAINSKI ; MICHELS, M. ; FLORENTINO, D. ; LAUREANO, A. ; COMIN, C. M. ; MINA, F. ; DALLIGNA, D. M. ; GALANT, L. S. ; QUEVEDO, J. ; DALPIZZOL, F. ; PETRONILHO, F. . Avaliação da Influência do CD40 na Permeabilidade da Barreira Hematoencefálica de Ratos Submetido à Sepse Polimicrobiana Severa. 2013. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Prêmios

2012

Prêmio de Melhor Trabalho, Universidade do extremo sul catarinence - Unesc.

Histórico profissional

Experiência profissional

2022 - Atual

University of Texas at Austin, UT Austin

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Cientista Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Cientista associado no "Wilke Lab - Computational Evolutionary Biology", tendo como supervisor o Dr Claus O. Wilke. Meu atual projeto envolve o desenvolvimento de um modelo de machine learning para predizer atividade antimicrobiana de peptídeos.

2021 - 2022

Data Science e Bioinformática

Vínculo: Autônomo, Enquadramento Funcional: Autônomo, Carga horária: 20

Outras informações:
Venho atuando com a análise de dados genômicos (NGS) dentro outros dados biológicos. Estas análises inclui alinhamento de sequências, metagenômica, RNA-Seq, análise funcional, genotipagem (variant call), análise de dados experimentais, além das análises estatísticas. Venho utilizando como ferramente as linguagens de programação python e R e bash script (em ambiente linux) para correr as ferramentas de bioinformática. Projeto em andamento: - Abordagem metagenômica para descoberta de novas proteínas associadas a maquinaria de edição de genoma. (dados NGS, linha de comando linux, mmseqs2, Blast etc.) Projetos que participei: - Análise transcriptômica de um longo RNA não codificante envolvido no desenvolvimento do ovário de Apis mellifera. (ferramentas de linhas de comando e pacotes R). - Mapeamento do proteoma associado à membrana para identificar novos transportadores de açúcar potencialmente envolvidos durante o processo de degradação da celulose em Trichoderma reesei. (Análise de dados proteômicos); - Ensaio de Resposta Fotomotora (PMR) em zebrafish. (Análise dados e Estatística); - Sinalização RANK-RANKL na dinâmica mitocondrial do músculo esquelético. (Rna-seq, Análise de expressão diferencial e Enriquecimento funcional de redes gênicas). Habilidades técnicas e outras atividades: Linguagem de programação Python; Linguagem de programação R, e pacotes do Bioconductor; Linguagem SQL, uso de banco de dados MySQL, SQLite; Sistemas Operacionais Linux e linhagem bash; Análises de dados Genômicos (NGS): Análises de dados com Pandas, matplotlib, seaborn: Análises estatísticas usando linguagem de programação R; Uso da ferramenta Git.

2019 - 2019

Ouro Fino Saúde Animal

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Analista de Laboratório, Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Trabalhou no setor de controle de qualidade biológicos e processos, seguindo altos parâmentros de controle de qualidade vigêntes. Possui experiência de trabalho em área de nível de bioseguranga 4 (NB4), onde realizou testes análiticos de controle de qualidade da vacina Ourovac Aftosa, além de testes de potência, inocuidade, esterilidade e quantificação de anígenos para outras vacinas. Além destes, também realizava outras atividades diárias de laboratório, tais como análise de água, monitoramento ambiental, revisão e elaboração de POPs e aferição de instrumentos analíticos.

2015 - 2017

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Mestre em Ciências pelo Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes Patogênicos da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP. Título da dissertação: Estudo do ciclo replicativo e morte celular induzida pelo vírus Candiru. Durante o Mestrado desenvolveu pesquisas na área de virologia, com foco em patogênese viral. Participou da organização de atividades de extensão universitária na modalidade de curso de verão oferecido a alunos de graduação. Participou de eventos de divulgação científica nacionais e internacionais.

2016 - 2016

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 6

Outras informações:
Participou do programa de aperfeiçoamento de ensino, realizando etapa de preparação pedagógica e o estágio supervisionado em docência. Durante o período, desenvolveu atividades didáticas nas disciplinas de microbiologia e parasitologia que integram disciplinas interdepartamentais da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. As atividades foram importântes para o meu aprimoramento nas práticas pedagógicas dos conteúdos de biologia de bactérias, fungos, vírus e parasitas e suas relações com o hospedeiro humano.

2014 - 2015

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Treinamento Técnico 3, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Durante este tempo no Centro de Pesquisa em Virologia, auxiliou em pesquisas relacionadas a presença de vírus de RNA em amostras séricas e artrópodes de diferentes regiões do Brasil. As atividades contribuíram de forma significativa para o melhor entendimento da distribuição e caracterização de arboviroses no Brasil, o que levou publicações ciêntíficas internacionais. Além desses, também realizou estudos de infecção viral em camundongos com diferentes arbovírus dos gêneros Alphavirus, Flavivirus, vesiculovirus e Orthobunyavirus.

2012 - 2014

Cooperativa Educacional de Imbituba

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 25

Outras informações:
Lecionou as diciplinas de Ciências e Biologia para as turmas do ensino fundamental II e médio. Com sua experiência em laboratórios e execução de projetos de pesquisa, sempre buscou proporcionar aos seus alunos um ensino através da experimentação com metodologias ativas no ensino de ciências e biologia. Nesse mesmo período esteve envolvido em projetos de Ed. Ambiental na escola, com projetos de sustentabilidade, percepção ambiental, horta na escola, composteiras e saídas de campo.

2012 - 2013

Universidade do Sul de Santa Catarina

Vínculo: Pesquisador Voluntário, Enquadramento Funcional: Voluntário, Carga horária: 20

Outras informações:
Realizou iniciação Científica no laboratório de fisiopatologia clínica e experimental com estudos relacionados ao mecanismos moleculares associados a fisiopatologia da sepse. Durante esse período, realizou estudos em modelo animal de Sepse intra-abdominal, onde a doença era induzida utilizando-se a técnica de ligação e perfuração cecal (CLP). Após o desenvolvimento e tratamento da doença, o estresse oxidativo de proteínas e lipídeos eram avaliados em diferentes órgãos de ratos wistar.