Érica Ramos

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Produções bibliográficas

• WOLF, IVAN RODRIGO MARQUES, LUCAS FARINAZZO DE ALMEIDA, LAUANA FOGAÇA LÁZARI, LUCAS CARDOSO DE MORAES, LEONARDO NAZÁRIO CARDOSO, LUIZ HENRIQUE ALVES, CAMILA CRISTINA DE OLIVEIRA NAKAJIMA, RAFAEL TAKAHIRO SCHNEPPER, AMANDA PIVETA GOLIM, MARJORIE DE ASSIS CATALDI, THAIS REGIANI NIJLAND, JEROEN G. PINTO, CAMILA MOREIRA FIORETTO, MATHEUS NAIA ALMEIDA, RODRIGO OLIVEIRA DRIESSEN, ARNOLD J. M. SIM'ES, RAFAEL PLANA LABATE, MÔNICA VENEZIANO GROTTO, REJANE MARIA TOMMASINI LABATE, CARLOS ALBERTO FERNANDES JUNIOR, ARY JUSTULIN, LUIS ANTONIO COAN, RAFAEL LUIZ BUOGO RAMOS, ÉRICA FURTADO, FABIANA BARCELOS , et al. MARTINS, CESAR VALENTE, GUILHERME TARGINO ; Integrative Analysis of the Ethanol Tolerance of Saccharomyces cerevisiae. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 24, p. 5646, 2023.

• NASCIMENTO-OLIVEIRA, JORDANA INÁCIO ; FANTINATTI, BRUNO EVARISTO ALMEIDA ; WOLF, IVAN RODRIGO ; CARDOSO, ADAUTO LIMA ; RAMOS, ERICA ; RIEDER, NATHALIE ; DE OLIVEIRA, ROGERIO ; MARTINS, CESAR . Differential expression of miRNAs in the presence of B chromosome in the cichlid fish Astatotilapia latifasciata. BMC GENOMICS , v. 22, p. 344, 2021.

• FERRETTI, ANA B. S. M. ; RUIZ-RUANO, FRANCISCO J. ; MILANI, DIOGO ; LORETO, VILMA ; MARTÍ, DARDO A. ; RAMOS, ERICA ; MARTINS, CESAR ; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO C. . How dynamic could be the 45S rDNA cistron? An intriguing variability in a grasshopper species revealed by integration of chromosomal and genomic data. CHROMOSOMA , v. 128, p. 165-175, 2019.

• JEHANGIR, MARYAM ; AHMAD, SYED F. ; CARDOSO, ADAUTO L. ; RAMOS, ERICA ; VALENTE, GUILHERME T. ; MARTINS, CESAR . De novo genome assembly of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata reveals a higher level of genomic polymorphism and genes related to B chromosomes. CHROMOSOMA , p. 81-96, 2019.

• ESCOBAR-CAMACHO, DANIEL ; PIEROTTI, MICHELE E. R. ; FERENC, VICTORIA ; SHARPE, DIANA M. T ; RAMOS, ERICA ; MARTINS, CESAR ; CARLETON, KAREN L. . Variable vision in variable environments: the visual system of an invasive cichlid ( Cichla monoculus, Agassiz, 1831) in Lake Gatun, Panama. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BIOLOGY , v. 222, p. jeb.188300, 2019.

• SCHEMBERGER, MICHELLE ORANE ; NASCIMENTO, VIVIANE DEMETRIO ; COAN, RAFAEL ; RAMOS, ÉRICA ; NOGAROTO, VIVIANE ; ZIEMNICZAK, KALINE ; VALENTE, GUILHERME TARGINO ; MOREIRA-FILHO, ORLANDO ; MARTINS, CESAR ; VICARI, MARCELO RICARDO . DNA transposon invasion and microsatellite accumulation guide W chromosome differentiation in a Neotropical fish genome. CHROMOSOMA , v. 128, p. 547-560, 2019.

• PALACIOS-GIMENEZ, OCTAVIO M. ; MILANI, DIOGO ; LEMOS, BERNARDO ; CASTILLO, ELIO R. ; MARTÍ, DARDO A. ; RAMOS, ERICA ; MARTINS, CESAR ; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO C. . Uncovering the evolutionary history of neo-XY sex chromosomes in the grasshopper Ronderosia bergii (Orthoptera, Melanoplinae) through satellite DNA analysis. BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY , v. 18, p. 2, 2018.

• PALACIOS-GIMENEZ, O. ; DIAS, G. ; LIMA, L. ; KUHN, G. ; RAMOS, E. ; MARTINS, C. ; CABRAL-DE-MELLO, D. C. . High-throughput analysis of the satellitome revealed enormous diversity of satellite DNAs in the neo-Y chromosome of the cricket Eneoptera surinamensis. Scientific Reports , v. 7, p. 6422, 2017.

• MILANI, DIOGO ; RAMOS, ÉRICA ; LORETO, VILMA ; MARTÍ, DARDO ANDREA ; CARDOSO, ADAUTO LIMA ; DE MORAES, KAREN CRISTIANE MARTINEZ ; MARTINS, CESAR ; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO CAVALCANTI . The satellite DNA AflaSAT-1 in the A and B chromosomes of the grasshopper Abracris flavolineata. BMC GENETICS , v. 18, p. 18, 2017.

• CARMELLO, B. O. ; Coan, R. ; CARDOSO, A. L. ; RAMOS, E. ; FANTINATTI, BRUNO E. A. ; MARQUES, DIEGO F. ; OLIVEIRA, ROGÉRIO A. ; VALENTE, G. T. ; MARTINS, C. . The hnRNP Q-like gene is retroinserted into the B chromosomes of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata. Chromosome Research , v. 25, p. 290, 2017.

• RAMOS, ÉRICA ; CARDOSO, ADAUTO L. ; BROWN, JUDITH ; MARQUES, DIEGO F. ; FANTINATTI, BRUNO E. A. ; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO C. ; OLIVEIRA, ROGÉRIO A. ; O?NEILL, RACHEL J. ; MARTINS, CESAR . The repetitive DNA element BncDNA, enriched in the B chromosome of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata, transcribes a potentially noncoding RNA. CHROMOSOMA , v. 126, p. 313-323, 2017.

• ESCOBAR-CAMACHO, DANIEL ; RAMOS, ERICA ; MARTINS, CESAR ; CARLETON, KAREN L. . The Opsin Genes of Amazonian Cichlids. Molecular Ecology (Print) , v. n, p. n-n, 2016.

• CARDOSO, A. L. ; Wasko, A.P ; COAN, B. G. M. ; ALMEIDA, B. ; MARTINS, C. ; MARQUES, DIEGO F. ; RAMOS, E. ; DIAS, G. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; SENA, L. ; FRADE, L. ; JEHANGIR, M. ; VENTURELLI, N. B. ; Coan, R. ; NAKAJIMA, R. T. ; NORONHA, R. ; NASSER, S. ; AHMAD, S. F. . Chromo Comics. 1. ed. Botucatu: IBB/UNESP, 2016. v. 1. 15p .

• MARQUES, D. F. ; RAMOS, E. ; CARDOSO, A. L. ; CARMELLO, B. O. ; FANTINATTI, B.E.A. ; GIUSTI, J. ; MORAES, D. ; Wasko, A.P ; MARTINS, C. . O que é essa tal de ciência?. 1. ed. Botucatu: LGI/IBB/UNESP, 2014. v. 1. 20p .

• RAMOS, E. . Evaluation of DNA and RNA quality and quantity. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. . Sequencing DNA and RNA. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. . Basic Bioinformatics. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. ; WOLF, I R ; VALENTE, GUILHERME TARGINO ; MARTINS, C. . LncRNAs characterization in A. latifasciata and B effects over cell regulation molecules. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• RAMOS, E. . Anotação de transcritos e genomas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. . Filogenômica. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. ; FANTINATTI, B.E.A. ; CONTE, M. ; KOCHER, T. D. ; SCHENEIDER, C. H. ; VALENTE, G. T. ; MARTINS, C. . Large scale sequencing approach to studies of genome evolution in South American Cichlid fishes. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• RAMOS, E. . Análise de sequências repetitivas em genomas. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. . Uma visão integrada do genoma: contribuições das tecnologias de next-generation. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. ; FANTINATTI, B.E.A. ; MARTINS, C. . Sequenciamento em larga escala para estudos de evolução genômica em peixes cicídeos. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RAMOS, E. ; CABRAL-DE-MELLO, D. C. ; VALENTE, G. T. ; MARTINS, C. . Repetitive DNA characterization of supernumerary chromosomes. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2016 - 2020

  Efeitos de cromossomos B sobre RNAs não codificantes longos no peixe Astatotilapia latifasciata, Descrição: Cromossomos B são elementos supernumerários presentes nos cariótipos de um grande número de espécies de eucariotos. Apesar de amplamente estudados, existem, ainda, questionamentos a respeito de seus aspectos funcionais e regulatórios, bem como sua manutenção e transmissão nas células. Astatotilapia latifasciata é uma espécie africana da família Cichlidae que apresenta de 0 a 2 cromossomos B em diferentes indivíduos. A família Cichlidae possui o maior número de espécies dentre os grupos de peixes e é amplamente estudada em função dos processos de rápida e extensa radiação adaptativa aos quais está sujeita. No conteúdo genômico dos Bs de A. latifasciata foram descritos genes, elementos repetitivos e uma sequência reportada como possível RNA não codificante longo (lncRNA) denominada BncRNA. Além disso, análises dos níveis de expressão de alguns RNAs mensageiros, micro RNAs e do transcrito de BncRNA apresentaram alterações relacionadas à presença de Bs. Esses resultados reforçam a ideia de que cromossomos B devem afetar, direta ou indiretamente, mecanismos complexos de regulação. Os lncRNAs são moléculas que atuam por meio de diversos mecanismos na regulação de processos celulares, inclusive aqueles envolvidos na divisão celular e na estrutura e manutenção da cromatina e de cromossomos. Dessa maneira, o presente projeto tem como objetivo compreender os possíveis efeitos de cromossomos B sobre a expressão e função de lncRNAs na regulação do ambiente celular.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Érica Ramos - Integrante / Cesar Martins - Coordenador / Guilherme Targino Valente - Integrante / Rafael Henrique Nóbrega - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2014 - 2016

  Large scale sequencing approach to studies of genome evolution in cichlid fishes, Descrição: Next generation sequencing technique produces large amounts of data in a short period of time and low cost. This amount of DNA sequences can bring new insights to integration of citogenetic and genomic data, to better understand structural organization and evolution of genomes, detection of nucleotides variations, genes connected to deseases and functional approaches. Cichlid fishes experienced rapid and extensive adaptative radiation process, becaming a great model to evolutive studies. To african cichlids, some genomic and citogenetic studies have shown a conservative pattern in the genomic organization. In the other hand, genomic approaches are not being applied to the south american cichlids. The current citogenetic scenario to this group indicates that they present a greater variance than the african group, although both belong to the same family. Besides, large scale data still are a gap in neotropical cichlids knowledge and, if available, they can be valuable to other complementary studies. Therefore, this project aims to relate citogenetic and genomic data of south american cichlids, contributing to better understand its evolutive history, as well become genomic data available to further studies of these species. Our hypotesis is that the genomic organization of this group probably is more variable than the african cichlid group, based on its karyotype variation.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Érica Ramos - Integrante / Cesar Martins - Coordenador / Guilherme Targino Valente - Integrante / Carlos Henrique Scheneider - Integrante / Matthew Conte - Integrante / Thomas Kocher - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2013 - 2013

  Análise estrutural e funcional dos transcritos do DNA não-codificante BncDNA associado à presença de cromossomos B em Astatotilapia latifasciata, Descrição: Cromossomos B estão presentes em 15% das espécies de Eucariotos e, apesar de serem considerados elementos dispensáveis e parasitas do genoma, alguns estudos têm proposto uma importância funcional relevante a esses cromossomos. Dentre as espécies que possuem cromossomos supernumerários, Astatotilapia latifasciata é um ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B em aproximadamente 30% dos indivíduos. Nesta espécie foi encontrada uma sequência de DNA repetitivo espalhado por todo o cromossomo B que possui regiões de identidade com sequências dos genomas e transcriptomas das espécies de ciclídeos Metriaclima zebra, Astatotilapia burtoni e Oreochromis niloticus. Esta sequência de DNA não apresentou similaridade a nenhum tipo de elemento repetitivo ou sequência codificante de proteína já conhecidos, sugerindo tratar-se de uma sequência que está sendo transcrita em RNA não-codificante, denominada de BncDNA. Para melhor entendimento da evolução e função dessa sequência no genoma de A. latifasciata, o presente estudo pretende analisar a organização, distribuição e nível de transcrição dessa sequência em diferentes tecidos de indivíduos portadores e não portadores deste cromossomo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Érica Ramos - Integrante / Cesar Martins - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2013 - 2013

  Análise dos transcritos do RNA não-codificante BncDNA associado à presença de cromossomos B em Astatotilapia latifasciata, Descrição: Cromossomos B estão presentes em 15% das espécies de Eucariotos e, apesar de serem considerados elementos dispensáveis e parasitas do genoma, alguns estudos têm proposto uma importância funcional relevante a esses cromossomos. Dentre as espécies que possuem cromossomos supernumerários, Astatotilapia latifasciata é um ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B em aproximadamente 30% dos indivíduos. Nesta espécie foi encontrada uma sequência de DNA repetitivo espalhado por todo o cromossomo B que possui regiões de identidade com sequências dos genomas e transcriptomas das espécies de ciclídeos Metriaclima zebra, Astatotilapia burtoni e Oreochromis niloticus. Esta sequência de DNA não apresentou similaridade a nenhum tipo de elemento repetitivo ou sequência codificante de proteína já conhecidos, sugerindo tratar-se de uma sequência que está sendo transcrita em RNA não-codificante, denominada de BncDNA. Para o melhor entendimento da evolução e função dessa sequência no genoma de A. latifasciata, o presente estudo pretende identificar os transcritos de BncDNA e analisar seu potencial de transcrição de pequenos RNAs funcionais em diferentes tecidos de indivíduos portadores e não portadores de cromossomos B.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Érica Ramos - Integrante / Cesar Martins - Coordenador / Rachel J. O'Neill - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2011 - 2012

  Organização genômica de DNA ribossomal em cromossomos B de Astatotilapia latifasciata (Perciformes, Cichlidae), Descrição: Os peixes da família Chiclidae têm recebido grande interesse científico nas últimas décadas, uma vez que muitas das suas espécies apresentam grande importância para a aqüicultura mundial e alguns grupos particulares terem sofrido um rápido e extenso processo de radiação adaptativa. Diversos avanços foram realizados acerca da biologia e genética de algumas espécies desta família, destacando-se dentre estas a tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). Dentre as análises genéticas e genômicas já realizadas neste grupo, os estudos cromossômicos são pouco representativos diante da ampla diversidade de espécies e os avanços estão concentrados na espécie O. niloticus, enquanto que para a maioria dos outros representantes do grupo existem apenas informações básicas sobre sua macroestrutura cromossômica. Citogeneticamente este grupo é relativamente conservado, entretanto a presença de cromossomos supernumerários tem sido descrita em diversas espécies. A presença destes cromossomos supernumerários podem estar diretamente relacionadas ao rápido processo de diversificação das espécies deste grupo. Diante disto, o presente projeto tem por objetivo analisar a organização genômica do DNA ribossomal presente nos cromossomos supernumerários da espécie de ciclídeo Africano, Astatotilapia latifasciata. Este estudo permitirá melhor conhecimento em relação à organização genômica, origem e evolução de cromossomos supernumerários em peixes, utilizando A. latifasciata como modelo experimental.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Érica Ramos - Integrante / Cesar Martins - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

Prêmios