Isabella da Silva de Oliveira

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Produções bibliográficas

• OLIVEIRA, I. S. . O uso inadequado de antibióticos: Resistência bacteriana. Conversando sobre meio ambiente e saúde: uma abordagem popular Vol.II. 2ed.: Mérida Publishers, 2024, v. , p. 110-119.

• OLIVEIRA, I. S. . Toxicidade do néctar de Spathodea campanulata em abelhas neotropicais: respostas enzimáticas e histoquímicas. In: 9º Simpósio Nacional de Biotecnologia Ambiental & XI Encontro de Graduandos e Pós-Graduandos em Biotecnologia, 2025, Maringá. Ambiente em Foco: Biotecnologia como um Caminho, 2025.

• OLIVEIRA, I. S. . PCR e Sanger como Ferramentas para o Mapeamento Genético. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALFLEN, I. W. ; OLIVEIRA, I. S. ; TOGNIM, M. C. B. ; TOGNIMI, M. C. B. . UTILIZAÇÃO DE INTERFACES WEB NA ANÁLISE DE DADOS OBTIDOS A PARTIR DO SEQUENCIAMENTO DE DNA: FASE I. 2021. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Projetos de desenvolvimento

• 2021 - Atual

  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

• 2020 - 2021

  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase I, Descrição: A nova geração de sequenciadores de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de programas em bioinformática destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa disponível no mercado necessitam de profissionais (bio-informatas) altamente capacitados. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar de maneira adequada os programas de bioinformática. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto pretendemos elaborar protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA obtidos por meio cooperação cientifica com pesquisadores da Universidade de São Paulo ? USP e com a Universidade de Londrina e a EMBRAPA de Londrina. Os dados serão submetidos a análise bioinformática para a pesquisa de genes de virulência e resistência aos antimicrobianos por meio das interfaces Virulence Factor Database, ResFinder e PlasmidFinder, e a relação filogenética entre isolados da mesma as espécies usando goeBURST (Phyloviz).. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Integrante / Ihorrana Wenz Alflen - Integrante / Maria Cristina Bronharo Tognim - Coordenador / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

• 2020 - 2021

  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase I, Descrição: A nova geração de sequenciadores de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de programas em bioinformática destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa disponível no mercado necessitam de profissionais (bio-informatas) altamente capacitados. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar de maneira adequada os programas de bioinformática. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto pretendemos elaborar protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA obtidos por meio cooperação cientifica com pesquisadores da Universidade de São Paulo ? USP e com a Universidade de Londrina e a EMBRAPA de Londrina. Os dados serão submetidos a análise bioinformática para a pesquisa de genes de virulência e resistência aos antimicrobianos por meio das interfaces Virulence Factor Database, ResFinder e PlasmidFinder, e a relação filogenética entre isolados da mesma as espécies usando goeBURST (Phyloviz).. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Integrante / Ihorrana Wenz Alflen - Integrante / Maria Cristina Bronharo Tognim - Coordenador / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase I, Descrição: A nova geração de sequenciadores de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de programas em bioinformática destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa disponível no mercado necessitam de profissionais (bio-informatas) altamente capacitados. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar de maneira adequada os programas de bioinformática. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto pretendemos elaborar protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA obtidos por meio cooperação cientifica com pesquisadores da Universidade de São Paulo ? USP e com a Universidade de Londrina e a EMBRAPA de Londrina. Os dados serão submetidos a análise bioinformática para a pesquisa de genes de virulência e resistência aos antimicrobianos por meio das interfaces Virulence Factor Database, ResFinder e PlasmidFinder, e a relação filogenética entre isolados da mesma as espécies usando goeBURST (Phyloviz).. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Integrante / Ihorrana Wenz Alflen - Integrante / Maria Cristina Bronharo Tognim - Coordenador / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

• 2021 - Atual

  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

• 2020 - 2021

  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase I, Descrição: A nova geração de sequenciadores de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de programas em bioinformática destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa disponível no mercado necessitam de profissionais (bio-informatas) altamente capacitados. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar de maneira adequada os programas de bioinformática. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto pretendemos elaborar protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA obtidos por meio cooperação cientifica com pesquisadores da Universidade de São Paulo ? USP e com a Universidade de Londrina e a EMBRAPA de Londrina. Os dados serão submetidos a análise bioinformática para a pesquisa de genes de virulência e resistência aos antimicrobianos por meio das interfaces Virulence Factor Database, ResFinder e PlasmidFinder, e a relação filogenética entre isolados da mesma as espécies usando goeBURST (Phyloviz).. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Integrante / Ihorrana Wenz Alflen - Integrante / Maria Cristina Bronharo Tognim - Coordenador / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

• 2021 - Atual

  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

• 2020 - 2021

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase I, Descrição: A nova geração de sequenciadores de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de programas em bioinformática destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa disponível no mercado necessitam de profissionais (bio-informatas) altamente capacitados. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar de maneira adequada os programas de bioinformática. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto pretendemos elaborar protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA obtidos por meio cooperação cientifica com pesquisadores da Universidade de São Paulo ? USP e com a Universidade de Londrina e a EMBRAPA de Londrina. Os dados serão submetidos a análise bioinformática para a pesquisa de genes de virulência e resistência aos antimicrobianos por meio das interfaces Virulence Factor Database, ResFinder e PlasmidFinder, e a relação filogenética entre isolados da mesma as espécies usando goeBURST (Phyloviz).. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Integrante / Ihorrana Wenz Alflen - Integrante / Maria Cristina Bronharo Tognim - Coordenador / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

• 2021 - Atual

  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase I, Descrição: A nova geração de sequenciadores de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de programas em bioinformática destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa disponível no mercado necessitam de profissionais (bio-informatas) altamente capacitados. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar de maneira adequada os programas de bioinformática. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto pretendemos elaborar protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA obtidos por meio cooperação cientifica com pesquisadores da Universidade de São Paulo ? USP e com a Universidade de Londrina e a EMBRAPA de Londrina. Os dados serão submetidos a análise bioinformática para a pesquisa de genes de virulência e resistência aos antimicrobianos por meio das interfaces Virulence Factor Database, ResFinder e PlasmidFinder, e a relação filogenética entre isolados da mesma as espécies usando goeBURST (Phyloviz).. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Integrante / Ihorrana Wenz Alflen - Integrante / Maria Cristina Bronharo Tognim - Coordenador / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase II, Descrição: A nova geração de sequenciadores de fragmentos de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de softwares destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa de genomas disponíveis no mercado necessitam de uma programação prévia por parte de um profissional bioinformata altamente capacitado. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para os cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar os softwares de maneira adequada. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto (fase II) daremos continuidade a elaboração de protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA, de isolados bacterianos recuperados de pacientes hospitalizados ou de cepas bem-caracterizadas disponíveis na literatura. Nesta fase de execução do projeto, os dados serão submetidos à pesquisa de profago e do sistema CRISPR-cas usando as ferramentas PHASTER e CRISPRCasFinder, respectivamente, assim como à identificação do tipo de cápsula polissacarídica (K loci) e de antígeno O (OC loci) bacteriano como fatores de virulência a partir das ferramentas Kaptive e Bautype.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Coordenador / Maria Cristina Bronharo Tognim - Integrante / Mateus de Amorim Aboboreira - Integrante / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.

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  Utilização de interfaces web na análise de dados obtidos a partir do sequenciamento de DNA: Fase I, Descrição: A nova geração de sequenciadores de DNA (NGS) impulsionou a criação de ferramentas computacionais capazes de analisar e armazenar o grande volume de dados gerados em um curto espaço de tempo. Uma variedade de programas em bioinformática destinados à montagem, caracterização das sequências nucleotídicas e análise comparativa disponível no mercado necessitam de profissionais (bio-informatas) altamente capacitados. Diante desse cenário, a análise de dados de sequenciamento tem sido um desafio para cientistas da área da saúde, uma vez que não dispõem de conhecimento técnico para executar de maneira adequada os programas de bioinformática. Uma alternativa para esses pesquisadores é a utilização de interfaces web que não exigem programação prévia e podem ser facilmente acessadas através da internet. Com este projeto pretendemos elaborar protocolos simples que facilitem a organização do processo de entendimento das interfaces web na análise de dados obtidos por sequenciadores de DNA. O estudo será realizado com dados de sequenciamento genômico, ou fragmentos de DNA obtidos por meio cooperação cientifica com pesquisadores da Universidade de São Paulo ? USP e com a Universidade de Londrina e a EMBRAPA de Londrina. Os dados serão submetidos a análise bioinformática para a pesquisa de genes de virulência e resistência aos antimicrobianos por meio das interfaces Virulence Factor Database, ResFinder e PlasmidFinder, e a relação filogenética entre isolados da mesma as espécies usando goeBURST (Phyloviz).. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Isabella da Silva de Oliveira - Integrante / Ihorrana Wenz Alflen - Integrante / Maria Cristina Bronharo Tognim - Coordenador / Sheila Alexandra Belini Nishiyama - Integrante.