Luiz Max Fagundes de Carvalho

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• ARAUJO, EDUARDO C. ; CODEÇO, CLÁUDIA T. ; LOCH, SANDRO ; VACARO, LUÃ B. ; FREITAS, LAÍS PICININI ; LANA, RAQUEL M. ; Bastos, Leonardo S. ; DE ALMEIDA, IASMIM F. ; VALENTE, FERNANDA ; CARVALHO, LUIZ MAX ; COELHO, FLÁVIO C. . Large-scale epidemiological modelling: scanning for mosquito-borne diseases spatio-temporal patterns in Brazil. Royal Society Open Science , v. 12, p. 1-36, 2025.

• PICININI FREITAS, LAÍS ; DA CRUZ FERREIRA, DANIELLE ANDREZA ; LANA, RAQUEL MARTINS ; CÂMARA, DANIEL CARDOSO PORTELA ; PORTELLA, TATIANA P. ; CARVALHO, MARILIA SÁ ; GOUVEIA, AYRTON SENA ; DE ALMEIDA, IASMIM FERREIRA ; ARAUJO, EDUARDO CORREA ; VACARO, LUÃ BIDA ; GANEM, FABIANA ; CRUZ, OSWALDO GONÇALVES ; COELHO, FLÁVIO CODEÇO ; CODEÇO, CLAUDIA TORRES ; CARVALHO, LUIZ MAX ; BASTOS, LEONARDO SOARES . A statistical model for forecasting probabilistic epidemic bands for dengue cases in Brazil. Infectious Disease Modelling , v. 10, p. 1479-1487, 2025.

• MOREIRA, RODRIGO ; Bastos, Leonardo S. ; CARVALHO, LUIZ MAX ; FREITAS, LAÍS PICININI ; PACHECO, ANTONIO G. . Persistent high mortality rates for Diabetes Mellitus and Hypertension after excluding deaths associated with COVID-19 in Brazil, 2020-2022. PLOS Global Public Health , v. 4, p. e0002576, 2024.

• KUBINEC, ROBERT ; CARVALHO, LUIZ MAX ; BARCELÓ, JOAN ; CHENG, CINDY ; MESSERSCHMIDT, LUCA ; COTTRELL, MATTHEW SEAN . A Bayesian latent variable model for the optimal identification of disease incidence rates given information constraints. JOURNAL OF THE ROYAL STATISTICAL SOCIETY SERIES A-STATISTICS IN SOCIETY , v. 1, p. 10, 2024.

• COELHO, LARA E. ; LUZ, PAULA M. ; PIRES, DÉBORA C. ; JALIL, EMILIA M. ; PERAZZO, HUGO ; TORRES, THIAGO S. ; CARDOSO, SANDRA W. ; PEIXOTO, EDUARDO M. ; NAZER, SANDRO ; MASSAD, EDUARDO ; CARVALHO, LUIZ MAX ; RÉQUIA, WEEBERB J. ; MOTTA, FERNANDO COUTO ; SIQUEIRA, MARILDA MENDONÇA ; VASCONCELOS, ANA T.R. ; DA FONSECA, GUILHERME C. ; CAVALCANTE, LILIANE T.F. ; COSTA, CARLOS A.M. ; AMANCIO, RODRIGO T. ; VILLELA, DANIEL A.M. ; et.al . SARS-CoV-2 transmission in a highly vulnerable population of Brazil: a household cohort study. Lancet Regional Health-Americas , v. 36, p. 100824, 2024.

• FREITAS, LAÍS PICININI ; CODEÇO, CLÁUDIA TORRES ; BASTOS, LEONARDO SOARES ; VILLELA, DANIEL ANTUNES MACIEL ; CRUZ, OSWALDO GONÇALVES ; PACHECO, ANTONIO GUILHERME ; COELHO, FLAVIO CODEÇO ; LANA, RAQUEL MARTINS ; CARVALHO, LUIZ MAX FAGUNDES DE ; NIQUINI, ROBERTA PEREIRA ; ALMEIDA, WALQUIRIA APARECIDA FERREIRA DE ; SILVA, DAIANA ARAÚJO DA ; CARVALHO, FELIPE COTRIM DE ; GOMES, MARCELO FERREIRA DA COSTA . Evaluation of the design of the influenza-like illness sentinel surveillance system in Brazil. CADERNOS DE SAÚDE PÚBLICA , v. 40, p. 1-14, 2024.

• BRUSSELMANS, MARIUS ; CARVALHO, LUIZ MAX ; L. HONG, SAMUEL ; GAO, JIANSI ; MATSEN IV, FREDERICK A. ; RAMBAUT, ANDREW ; LEMEY, PHILIPPE ; SUCHARD, MARC A. ; DUDAS, GYTIS ; BAELE, GUY . On the importance of assessing topological convergence in Bayesian phylogenetic inference. Virus Evolution , v. 10, p. 1, 2024.

• MENDES, FÁBIO K ; BOUCKAERT, REMCO ; CARVALHO, LUIZ M ; DRUMMOND, ALEXEI J . How to validate a Bayesian evolutionary model. SYSTEMATIC BIOLOGY , v. 1, p. 1-36, 2024.

• FERNANDEZ MEDINA, RITA DANIELA ; Fagundes de Carvalho, Luiz Max ; COELHO, FLAVIO CODEÇO ; STRUCHINER, CLAUDIO JOSÉ ; MASSAD, EDUARDO . Health impacts associated with the Fundão tailings dam disaster in Mariana, Minas Gerais, Brazil. American Journal of Disaster Medicine , v. 19, p. A1-A12, 2024.

• SANTOS, CLEBER VINICIUS BRITO DOS ; VALIATI, NAIARA CRISTINA MORAIS ; NORONHA, TATIANA GUIMARÃES DE ; PORTO, VICTOR BERTOLLO GOMES ; PACHECO, ANTÔNIO GUILHERME ; FREITAS, LAÍS PICININI ; COELHO, FLÁVIO CODEÇO ; GOMES, MARCELO FERREIRA DA COSTA ; BASTOS, LEONARDO SOARES ; CRUZ, OSWALDO GONÇALVES ; LANA, RAQUEL MARTINS ; LUZ, PAULA MENDES ; CARVALHO, LUIZ MAX FAGUNDES DE ; WERNECK, GUILHERME LOUREIRO ; STRUCHINER, CLAUDIO JOSÉ ; VILLELA, DANIEL ANTUNES MACIEL . The effectiveness of COVID-19 vaccines against severe cases and deaths in Brazil from 2021 to 2022: a registry-based study. The Lancet Regional Health - Americas , v. 20, p. 100465, 2023.

• CARVALHO, LUIZ M. ; VILLELA, DANIEL A. M. ; COELHO, FLAVIO C. ; Bastos, Leonardo S. . Bayesian Inference for the Weights in Logarithmic Pooling. Bayesian Analysis , v. -1, p. 1-30, 2022.

• CARVALHO, LUIZ MAX ; IBRAHIM, JOSEPH G. . On the normalized power prior. STATISTICS IN MEDICINE , v. 1, p. sim.9124, 2021.

• LANA, RAQUEL MARTINS ; FREITAS, LAÍS PICININI ; CODEÇO, CLÁUDIA TORRES ; PACHECO, ANTÔNIO GUILHERME ; CARVALHO, LUIZ MAX FAGUNDES DE ; VILLELA, DANIEL ANTUNES MACIEL ; COELHO, FLÁVIO CODEÇO ; CRUZ, OSWALDO GONÇALVES ; NIQUINI, ROBERTA PEREIRA ; PORTO, VICTOR BERTOLLO GOMES ; GAVA, CAROLINE ; GOMES, MARCELO FERREIRA DA COSTA ; BASTOS, LEONARDO SOARES . Identificação de grupos prioritários para a vacinação contra COVID-19 no Brasil. CADERNOS DE SAÚDE PÚBLICA , v. 37, p. e00049821-e00049821, 2021.

• CANDIDO, DARLAN S. ; CLARO, INGRA M. ; DE JESUS, JAQUELINE G. ; SOUZA, WILLIAM M. ; MOREIRA, FILIPE R. R. ; DELLICOUR, SIMON ; MELLAN, THOMAS A. ; DU PLESSIS, LOUIS ; PEREIRA, RAFAEL H. M. ; SALES, FLAVIA C. S. ; MANULI, ERIKA R. ; THÉZÉ, JULIEN ; ALMEIDA, LUIZ ; MENEZES, MARIANE T. ; VOLOCH, CAROLINA M. ; FUMAGALLI, MARCILIO J. ; COLETTI, THAÍS M. ; DA SILVA, CAMILA A. M. ; RAMUNDO, MARIANA S. ; CARVALHO, L. M. F. ; et.al . Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. SCIENCE , v. 1, p. eabd2161-100, 2020.

• NIQUINI, ROBERTA PEREIRA ; LANA, RAQUEL MARTINS ; PACHECO, ANTONIO GUILHERME ; CRUZ, OSWALDO GONÇALVES ; COELHO, FLÁVIO CODEÇO ; CARVALHO, LUIZ MAX ; VILLELA, DANIEL ANTUNES MACIEL ; GOMES, MARCELO FERREIRA DA COSTA ; BASTOS, LEONARDO SOARES . SRAG por COVID-19 no Brasil: descrição e comparação de características demográficas e comorbidades com SRAG por influenza e com a população geral. CADERNOS DE SAÚDE PÚBLICA , v. 36, p. 1-12, 2020.

• KARCHER, MICHAEL D. ; CARVALHO, LUIZ MAX ; SUCHARD, MARC A. ; DUDAS, GYTIS ; MININ, VLADIMIR N. . Estimating effective population size changes from preferentially sampled genetic sequences. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY (ONLINE) , v. 16, p. e1007774-22, 2020.

• VASCONCELLOS, LUIZ RICARDO C. ; CARVALHO, LUIZ MAX F. ; SILVEIRA, FERNANDA A. M. ; GONÇALVES, INÊS C. ; COELHO, FELIPE S. ; TALYULI, OCTÁVIO A. C. ; ALVES E SILVA, THIAGO L. ; Bastos, Leonardo S. ; SORGINE, MARCOS H. F. ; REIS, LEONAN A. ; DIAS, FELIPE A. ; Struchiner, Claudio J. ; GAZOS-LOPES, FELIPE ; LOPES, ANGELA H. . Natural infection by the protozoan Leptomonas wallacei impacts the morphology, physiology, reproduction, and lifespan of the insect Oncopeltus fasciatus. Scientific Reports , v. 9, p. 17468, 2019.

• Lima Santos, Leonardo Bacelar ; CARVALHO, LUIZ MAX ; SERON, WILSON ; COELHO, FLÁVIO C. ; MACAU, ELBERT E. ; QUILES, MARCOS G. ; V. MONTEIRO, ANTÔNIO M. . How do urban mobility (geo)graph?s topological properties fill a map?. Applied Network Science , v. 4, p. 91, 2019.

• DUDAS, GYTIS ; CARVALHO, LUIZ MAX ; RAMBAUT, ANDREW ; BEDFORD, TREVOR . MERS-CoV spillover at the camel-human interface. eLife , v. 7, p. e31257, 2018.

• VILLELA, D. A. M. ; BASTOS, L. S. ; DE CARVALHO, L. M. ; CRUZ, O. G. ; GOMES, M. F. C. ; DUROVNI, B. ; LEMOS, M. C. ; SARACENI, V. ; COELHO, F. C. ; CODEÇO, C. T. . Zika in Rio de Janeiro: Assessment of basic reproduction number and comparison with dengue outbreaks. EPIDEMIOLOGY AND INFECTION , v. 145, p. 1649-1657, 2017.

• DUDAS, GYTIS ; CARVALHO, LUIZ MAX ; BEDFORD, TREVOR ; TATEM, ANDREW J. ; BAELE, GUY ; FARIA, NUNO R. ; PARK, DANIEL J. ; LADNER, JASON T. ; ARIAS, ARMANDO ; ASOGUN, DANNY ; BIELEJEC, FILIP ; CADDY, SARAH L. ; COTTEN, MATTHEW ; D?AMBROZIO, JONATHAN ; DELLICOUR, SIMON ; DI CARO, ANTONINO ; DICLARO, JOSEPH W. ; DURAFFOUR, SOPHIE ; ELMORE, MICHAEL J. ; FAKOLI, LAWRENCE S. ; et.al . Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic. NATURE , v. 544, p. 309-315, 2017.

• RAMBAUT, ANDREW ; LAM, TOMMY T. ; MAX CARVALHO, LUIZ ; PYBUS, OLIVER G. . Exploring the temporal structure of heterochronous sequences using TempEst (formerly Path-O-Gen). Virus Evolution , v. 2, p. vew007, 2016.

• CODEÇO, CLAUDIA ; VILLELA, DANIEL ; GOMES, MARCELO F ; BASTOS, LEONARDO ; CRUZ, OSWALDO ; STRUCHINER, CLAUDIO ; CARVALHO, LUIS MAX ; COELHO, FLAVIO . Zika is not a reason for missing the Olympic Games in Rio de Janeiro: response to the open letter of Dr Attaran and colleagues to Dr Margaret Chan, Director - General, WHO, on the Zika threat to the Olympic and Paralympic Games. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz , v. 111, p. 414-415, 2016.

• RAMBAUT, A. ; DUDAS, G. ; MAX DE CARVALHO, L. ; PARK, D. J. ; YOZWIAK, N. L. ; HOLMES, E. C. ; ANDERSEN, K. G. . Comment on 'Mutation rate and genotype variation of Ebola virus from Mali case sequences'. SCIENCE , v. 353, p. 658-658, 2016.

• COELHO, FLAVIO CODEÇO ; DUROVNI, BETINA ; SARACENI, VALERIA ; LEMOS, CRISTINA ; CODECO, CLAUDIA TORRES ; CAMARGO, SABRINA ; DE CARVALHO, LUIZ MAX ; BASTOS, LEONARDO ; ARDUINI, DENISE ; VILLELA, DANIEL A.M. ; ARMSTRONG, MARGARET . Higher incidence of Zika in adult women than adult men in Rio de Janeiro suggests a significant contribution of sexual transmission from men to women. INTERNATIONAL JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES , v. 51, p. 128-132, 2016.

• DIEHL, WILLIAM E. ; LIN, AARON E. ; GRUBAUGH, NATHAN D. ; CARVALHO, LUIZ MAX ; KIM, KYUSIK ; KYAWE, PYAE PHYO ; MCCAULEY, SEAN M. ; DONNARD, ELISA ; KUCUKURAL, ALPER ; MCDONEL, PATRICK ; SCHAFFNER, STEPHEN F. ; GARBER, MANUEL ; RAMBAUT, ANDREW ; ANDERSEN, KRISTIAN G. ; SABETI, PARDIS C. ; LUBAN, JEREMY . Ebola Virus Glycoprotein with Increased Infectivity Dominated the 2013-2016 Epidemic. CELL , v. 167, p. 1088-1098.e6, 2016.

• COELHO, FLAVIO CODEÇO ; CARVALHO, LUIZ MAX DE . Estimating the Attack Ratio of Dengue Epidemics under Time-varying Force of Infection using Aggregated Notification Data. Scientific Reports , v. 5, p. 18455, 2015.

• MIR, DAIANA ; ROMERO, HECTOR ; Fagundes de Carvalho, Luiz Max ; BELLO, GONZALO . Spatiotemporal Dynamics of DENV-2 Asian-American Genotype Lineages in the Americas. Plos One , v. 9, p. e98519, 2014.

• BIELEJEC, FILIP ; LEMEY, PHILIPPE ; CARVALHO, LUIZ ; BAELE, GUY ; RAMBAUT, ANDREW ; SUCHARD, MARC A . πBUSS: a parallel BEAST/BEAGLE utility for sequence simulation under complex evolutionary scenarios. BMC Bioinformatics , v. 15, p. 133, 2014.

• CAMARA, F. P. ; CARVALHO, L. M. F. ; GOMES, A. L. B. B. . Demographic profile of sylvatic yellow fever (SYF) in Brazil from 1973 to 2008. Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene , v. 107, p. 324-327, 2013.

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• Fagundes de Carvalho, Luiz Max ; Lima Santos, Leonardo Bacelar ; Faria, Nuno Rodrigues ; Castro Silveira, Waldemir . Phylogeography of foot-and-mouth disease virus serotype O in Ecuador. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION , v. 13, p. 76-88, 2012.

• CAMARA, F. P. ; GOMES, A. L. B. B. ; CARVALHO, L. M. F. ; CASTELLO, L. G. V. . Dynamic behavior of sylvatic yellow fever in Brazil (1954-2008). Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical (Impresso) , v. 44, p. 297-299, 2011.

• GOMES, MARCELO FERREIRA DA COSTA ; CARVALHO, L. M. F. ; BASTOS, L. S. . Modelling misreported data. In: Dani Gamerman; Marcos O. Prates; Thaís Paiva; Vinícius D. Mayrink.. (Org.). Building a Platform for Data-Driven Pandemic Prediction From Data Modelling to Visualisation - The CovidLP Project. 1ed.: Chapman and Hall/CRC, 2021, v. 1, p. 113-140.

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• CARVALHO, LUIZ MAX . Métodos bayesianos para inferir o padrão de dispersão de agentes patogênicos: a filogeografia do vírus da febre aftosa na América do Sul como caso de estudo. In: Cunha, M.V; Inacio, J. (Org.). Abordagens Moleculares em Veterinária. 1ed.Lisboa: LIDEL, 2014, v. 1, p. 217-229.

• SILVA, T. ; CARVALHO, LUIZ M. ; SOUZA JR, A. H. ; KASKI, S. ; MESQUITA, D. P. . Embarrassingly Parallel GFlowNets. In: International Conference on Machine Learning (ICML), 2024, Viena. Embarrassingly Parallel GFlowNets, 2024. v. 1. p. 1-10.

• YAO, Y. ; MESQUITA, D. P. ; DE CARVALHO, LUIZ MAX . Locking and Quacking: Stacking Bayesian models predictions by log-pooling and superposition. In: NeurIPS 2022 Workshop on Score-Based Methods, 2022, New Orleans. NeurIPS 2022 Workshop on Score-Based Methods, 2022. v. 1. p. 1-10.

• CARVALHO, L. M. F. ; SANTOS, L.B.L ; PEREIRA, P. J ; SILVEIRA, W. C. . PHYLODYNAMICS OF FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS: A COMPLEX NETWORK APPROACH. In: DINCON, 2011, Serra Negra. Dincon 2011 - 10th Brazilian Conference on Dynamics, Control and Their Applications, 2011.

• VASCONCELLOS, L.R.C. ; Dias, F.A. ; SOARES, J. B. R. C. ; CARVALHO, L. M. F. ; OLIVEIRA, M. M. ; ALVES E SILVA, T. L. ; GONCALVES, I. ; OLIVEIRA, M. F. ; Lopes, F.G. ; LOPES, A. H. C. S. . Interaction of the hemipteran Oncopeltus fasciatus with the trypanosomatid Leptomonas wallacei: an insight into parasitism. In: Gordon Research Conference on Biology of Host-Parasite Interactions, 2012, Newport, RI. Annals of the Gordon Research Conference on Biology of Host-Parasite Interactions, 2012. v. 1. p. 1-2.

• VIANEZ Jr., J.L. ; CARVALHO, L. M. F. ; BISCH, P. . DEVELOPMENT OF AN WORKFLOW FOR LARGE-SCALE EPITOPE PREDICTION: DENGUE VIRUS AS A STUDY OF CASE. In: X Meeting 2011, 2011, Florianópolis. X Meeting 2011 Abstract Book, 2011. v. ID 234.

• VASCONCELLOS, L.R.C. ; Lopes, F.G. ; CARVALHO, L. M. F. ; Dias, F.A. ; LOPES, A. H. C. S. . Morpho-physiological differences between the phytophagous insect Oncopeltus fasciatus naturally infected and uninfected with the monoxenic trypanosomatid Leptomonas wallacei. In: II Encontro de Pesquisa em Parasitologia, 2011, Belo Horizonte -MG. Proceedings of the II Encontro de Pesquisa em Parasitologia, 2011. v. 0001. p. 33-33.

• CARVALHO, L. M. F. ; CAMARA, F. P. . AIDS na Terceira Idade no Brasil: Um Alerta Epidemiológico para o Século XXI. In: XVI Semana de Microbiologia e Imunologia da UFRJ, 2010, Rio de Janeiro. Anais da XVI Semana de Microbiologia e Imunologia da UFRJ, 2010. v. 00.

• CASTELLO, L. G. V. ; CARVALHO, L. M. F. ; CAMARA, F. P. . Estudos epidemiológicos e demográficos da epidemia de dengue no município do Rio de Janeiro em 2008. In: XXXII Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica, Artística e Cultural da UFRJ, 2010, Rio de Janeiro. Anais da XXXII Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica, Artística e Cultural da UFRJ, 2010. v. 00. p. 00.

• CARVALHO, L. M. F. ; CAMARA, F. P. . Modelagem de Epidemias Utilizando o Método de Monte Carlo.. In: XXXII Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica, Artística e Cultural da UFRJ, 2010, Rio de Janeiro. Anais da XXXII Jornada Giulio Massarani de Iniciação Científica, 2010. v. 00. p. 00.

• GOMES, A. L. B. B. ; CARVALHO, L. M. F. ; CAMARA, F. P. . Progressão da Dengue no Estado do Rio de Janeiro de 1986 a 2008. In: IX Congresso Brasileiro de Saúde Coletiva, 2009, Recife - PE. Compromisso da Ciência, Tecnologia e Inovação com o Direito a Saúde, 2009.

• SHEN, YUEQI ; CARVALHO, LUIZ M. ; PSIODA, MATTHEW A. ; IBRAHIM, JOSEPH G. . Optimal Priors for the Discounting Parameter of the Normalized Power Prior. STATISTICA SINICA , 2026.

• BAELE, GUY ; CARVALHO, LUIZ M ; BRUSSELMANS, MARIUS ; DUDAS, GYTIS ; JI, XIANG ; MCCRONE, JOHN T ; LEMEY, PHILIPPE ; SUCHARD, MARC A ; RAMBAUT, ANDREW . HIPSTR: highest independent posterior subtree reconstruction in TreeAnnotator X. BIOINFORMATICS (OXFORD. ONLINE) , 2025.

• MAX CARVALHO, LUIZ . Data integration and predictive ensembles for arbovirus surveillance in Brazil. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Carvalho, Luiz Max . A ciência da incerteza: como estar (aproximadamente) certo (quase) sempre. 2025. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• CARVALHO, L. M. F. . Knowledge Discovery in Databases through Complex Networks: application to phylodynamics. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• GOMES, A. L. B. B. ; CARVALHO, L. M. F. ; CAMARA, F. P. . Dinâmica Espacial da Dengue no Rio de Janeiro: 1986 a 2009. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CARVALHO, L. M. F. . A Rainha e o Sexo 2012 (Divulgação Científica).

• CARVALHO, L. M. F. . Evolução ao Nível Molecular: Qual o papel das mutações pontuais? 2010 (Divulgação Científica).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Reimaginando IA para um mundo em chamas, Descrição: Graças aos avanços em aprendizado de máquinas (AM) e à vasta disponibilidade de dados na internet, a inteligência artificial (IA) ganhou proeminência global, efetivamente mudando a maneira com a qual nos relacionamos com o mundo e com outros humanos. Previsivelmente, esse pulo tecnológico disparou disucssões relevantes sobre o impacto da IA no mercado de trabalho, em amplificar vieses sociais negativos, e na provacidade de pessoas físicas. No entanto, apesar treinar modelos de AM ser uma tarefa computacionalmente intensiva, poucos trabalhos focaram em reduzir o custo ambiental de modelos de AM. O objetivo desse projeto é reduzir a pegada ambiental de AM, tornando mais ecologicamente sustentável a análise de grandes bancos de dados (e.g., proveninente da internet) e a adoção de modelos de ML em larga escala. Naturalmente, buscamos atingir essa meta melhorando ou, ao menos, não piorando a performance do estado da arte. Podemos fazer isso, e.g., projetando algoritmos de aprendizado que convergem mais rápido, criando modelos projetivos mais leves, e selecinando um subconjunto reduzido de dados para o treinamento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Integrante / Diego Parente Mesquita - Coordenador / Yuri Faham Saporito - Integrante / Amauri H Souza Jr - Integrante / Aljamar S Rocha Neto - Integrante / João Paulo P Gomes - Integrante / César Lincoln Mattos - Integrante / Leonardo R Ramos - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2024 - Atual

  Cadeias de Markov Monte Carlo no espaço de árvores calibradas no tempo, Descrição: Árvores filogenéticas calibradas no tempo (time-calibrated phylogenies) são grafos planares associados à uma estrutura ortante que atribui comprimentos mensurados em unidades de tempo calendário aos ramos.Estes objetos são a espinha dorsal de estudos de epidemiologia molecular que buscam responder perguntas como: de onde vieram patógenos zoonóticos? Quanto tempo uma nova doença leva para se espalhar antes de ser detectada por meios tradicionais?O desafio que o presente projeto busca atacar é aproximar a distribuição a posteriori da filogenia calibrada no tempo condicional a uma matriz de dados genéticos observados.Esta tarefa é normalmente abordada utilizando métodos de simulação estocástica, em particular métodos de cadeia de Markov Monte Carlo (MCMC) para produzir amostras aproximadas da distribuição alvo.A falta de uma representação canônica e de estrutura diferencial dificultam a aplicação de técnicas computacionalmente eficientes como Hamiltonian Monte Carlo e mesmo algumas variações eficientes do amostrador de Gibbs, já que não é possível escrever todas as condicionais completas em forma fechada.Enquanto a literatura sobre MCMC no espaço de árvores é relativamente pequena, aquela concernente ao espaço de árvores calibradas no tempo é praticamente inexistente.Neste projeto propomos uma melhoria incremental do ferramental disponível, construindo propostas dentro do Metropolis-within-Gibbs (MwG) que simultaneamente atualizam a estrutura discreta e os comprimentos de ramo. Argumentamos, no entanto, que melhorias mais expressivas passam pelo entendimento da geometria do espaço de árvores e do desenvolvimento de diagnósticos poderosos que sejam capazes de medir bem a performance computacional de diversos algoritmos. Uma parte importante do projeto é, portanto, o desenvolvimento e testagem de medidas de diagnóstico que sejam capazes de (i) acusar falhas de convergência e (ii) quantificar de maneira acurada a eficiência estatística dos amostradores propostos.Em resumo, neste projeto propomos um tratamento estatístico completo para um problema que é, ao mesmo tempo, empiricamente importante por ajudar a prever novas emergências sanitárias (ex. pandemias) e matematicamente interessante, tocando em aspectos de Processos Estocásticos, Geometria Diferencial e Combinatória.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Coordenador / BAELE, GUY - Integrante / SUCHARD, MARC A - Integrante / RAMBAUT, A. - Integrante / Yuri Faham Saporito - Integrante / Rodrigo Barreto Alves - Integrante.

• 2024 - Atual

  Métodos filodinâmicos eficientes em alta dimensão para prevenção de pandemias, Descrição: A prevenção de novas pandemias e emergências sanitárias é de suma importância no cenário atual.Neste contexto, métodos estatísticos desenhados especificamente para tratar grandes quantidades dedados de forma eficiente são fundamentais para a tomada de decisão em janela temporal oportuna.Neste projeto propomos o desenvolvimento de técnicas de cadeias de Markov Monte Carlo (MCMC)para Inferência bayesiana de quantidades epidemiológicas a partir de grandes volumes de dados genô-micos. Além disso, propomos o estudo de quantidades de diagnóstico para investigar a corretude dasestimativas obtidas, por meio por exemplo de métricas que indiquem a convergência das cadeias deMarkov envolvidas para uma mesma distribuição-alvo. O sucesso do projeto aqui proposto possibili-tará a análise de conjuntos de dados maiores sob modelos mais complexos, auxiliando assim a tomadade decisão em contextos pandêmicos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Coordenador / Claudio Struchiner - Integrante / Diego Parente Mesquita - Integrante / Guilherme Tegoni Goedert - Integrante / Rodrigo Barreto Alves - Integrante., Financiador(es): FAPERJ - Auxílio financeiro.

• 2023 - Atual

  Mosqlimate : a multi-disease emergence risk assessment tool for Aedes borne viruses, Descrição: For 40 years, Brazil has witnessed the emergence of diseases transmitted by the mosquito Aedes aegypti: DENV-1 (1986), DENV-2 (1991), DENV-3 (2001), DENV-4 (2010), Chikungunya (2014), and Zika (2015), with severe human and economic costs. Viruses at risk of introduction are Nhong-nhong, Mayaro, and Oropouche. Misdiagnosis is common, and emergence of new viruses can go largely unnoticed. New tools are needed to increase the precision of arbovirus surveillance and control in preparation for climate change. Mosqlimate is a multi-disease tool with two main goals: 1) estimate probabilities of change in pattern of disease transmission in response to climate and land use changes; 2) identify circulating viruses during outbreaks when information is incomplete. Mosqlimate will detect signs of expansion of arbovirus transmission areas, as well as signs of outbreaks potentially linked to new arboviruses. The tool will flexibly feed on climate and epidemiological data whenever available. Another tool, OviCounter, will fill in the mosquito data gap by providing digital technology to improve the use of eggtraps for mosquito surveillance at large scale. As output, Mosqlimate will deliver measures of risk to integrate into the Brazilian early warning system Infodengue and its mature community of practice.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Integrante / CODEÇO, CLAUDIA - Integrante / COELHO, FLAVIO - Coordenador / LANA, RAQUEL MARTINS - Integrante / Asla Sá Medeiros - Integrante / Rachel Lowe - Integrante / Leon Diniz - Integrante., Financiador(es): Wellcome Trust - Auxílio financeiro.

• 2020 - Atual

  Power priors: theory and methods, Descrição: The power prior is a popular method for constructing informative priors based on historical data.It consists of raising the likelihood of the observed data to nonnegative scalar, in a similar fashion to tempered posteriors.In this project we address computational difficulties and theoretical questions regarding the properties of power prior and the normalised power prior.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Integrante / Matthew Psioda - Integrante / Joseph George Ibrahim - Coordenador., Número de produções C, T & A: 2

• 2020 - Atual

  Métodos Analíticos em Vigilância Epidemiológica, Descrição: Neste projeto desenvolvemos métodos quantitativos para auxilar a tomada de decisão em Saúde Pública.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Integrante / Claudio Struchiner - Integrante / Leonardo Soares Bastos - Integrante / CODEÇO, CLAUDIA - Coordenador / LANA, RAQUEL MARTINS - Integrante / PACHECO, ANTONIO GUILHERME - Integrante / Daniel A M Villela - Integrante / Oswaldo G Cruz - Integrante / Flavio Codeco Coelho - Integrante / FREITAS, LAÍS PICININI - Integrante., Número de produções C, T & A: 6

• 2018 - Atual

  Statistical Phylogenetics: theory and methods, Descrição: Phylogenetic trees (also known as phylogenies) play a central role in many scientific disciplines, such as Biology, Linguistics and Medicine. Building trees from biological sequence data (DNA, RNA, etc) is a difficult statistical problem and requires the use of specialised statistical machinery. In this project we advance the state-of-the-art by bringing cutting edge statistical methods to phylogenetics.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Coordenador / BAELE, GUY - Integrante / RAMBAUT, ANDREW - Integrante / GILL, MANDEV S. - Integrante / Marc Suchard - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2016 - Atual

  Principled Phylodynamics for rapidly-evolving pathogens, Descrição: Phylodynamics combines mathematical and statistical tools with biological and epidemiological data in order to investigate the dynamics of spread of rapidly-evolving pathogens from an evolutionary perspective. In this project, we develop and apply state-of-the-art analytical techniques to investigate the emergence of pathogens of high Public Health impact.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Integrante / BELLO, GONZALO - Integrante / LEMEY, PHILIPPE - Integrante / BAELE, GUY - Integrante / RAMBAUT, ANDREW - Coordenador / DUDAS, GYTIS - Integrante / BEDFORD, TREVOR - Integrante / Marc Suchard - Integrante., Número de produções C, T & A: 6

• 2014 - Atual

  Combinação de modelos preditivos em epidemiologia, Descrição: Neste projeto abordamos a combinação de modelos preditivos via combinação de densidades (pooling), tratando aspectos teóricos, metodológicos e práticos. O objetivo final é aumentar o entendimento dos ensembles de modelos em epidemiologia, contribuindo tanto para a literatura de estatística e machine learning quanto para a literatura de epidemiologia.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Max Fagundes de Carvalho - Coordenador / Leonardo Soares Bastos - Integrante / Daniel A M Villela - Integrante / Flavio Codeco Coelho - Integrante., Financiador(es): Fundação Oswaldo Cruz - Cooperação., Número de produções C, T & A: 2

Prêmios