Milton Yutaka Nishiyama Junior

Doutor em Bioinformática pela Universidade de São Paulo e pesquisador Associado do Laboratório de Toxinologia Aplicada (LETA) e Coordenador do Centro de Bionformática e Biologia Computacional do Instituto Butantan. Atua nas áreas de aprendizagem de máquina, redes neurais, big data e descoberta do conhecimento com ênfase em Sistemas da Informação e Biologia Molecular envolvendo a predição de alvos moleculares, peptídeos bioativos e descoberta de novas toxinas, baseado na integração de dados de larga escala de multi-ômicas de Homo sapiens e organismos não-modelo, como animais peçonhentos e organismos patogênicos relacionados a saúde pública, para entendimento dos mecanismos moleculares que governam os sistemas biológicos.

Informações coletadas do Lattes em 01/09/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2009 - 2015

Universidade de São Paulo
Título: Desenvolvimento da Plataforma CaneRegNet para Anotação Funcional e Análises do Transcriptoma da Cana-de-açúcar
, Ano de obtenção: 2015. Glaucia Mendes Souza. Coorientador: João Eduardo Ferreira. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Bioinformática; Bancos de dados; Analises de Expressao Genica; Transcriptoma; cana-de-açúcar; Reconhecimento de Padroes. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Banco de Dados. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: biologia computacional.

Graduação em Licenciatura Plena Em Matematica

1996 - 1999

Universidade Federal de São Carlos

Formação complementar

2022 - 2022

Codon usage: Function, mechanism and evolution. (Carga horária: 32h). , European Molecular Biology Organization, EMBO, Inglaterra.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação/Especialidade: Bioinformatica.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: biologia computacional.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas.

Organização de eventos

CHUDZINSKI, S. A. A. ; JENSEN, J. R. ; BORREGO, A. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . XIX Olimpíada Brasileira de Biologia e Capacitação dos alunos classificados para as Olimpíadas Internacionais de Biologia. 2024. .

COELHO, G. R. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . XIII Curso de Verão da Pós-graduação em Toxinologia do Instituto Butantan. 2024. (Outro).

CHUDZINSKI, S. A. A. ; JENSEN, J. R. ; BORREGO, A. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Capacitação pratica para as Olímpiada Internacionais de Biologia.. 2023. .

PIMENTA, D. ; FAQUIM-MAURO, ELIANA L. ; COSTA, A. C. O. R. ; SILVA, D. M. C. ; MORETTI, D. B. ; COELHO, G. R. ; BATISTA, I. F. C. ; ABDULLATIF, M. T. G. V. ; SALOMAO, M. G. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y ; AMARAL, M. S. ; FONTANA, P. L. M. ; ASTRAY, R. M. ; PIAZZA, R. M. F. ; GIMENES, S. N. C. ; SHINOHARA, T. E. ; ZAMBELLI, V. O. ; VIALA, V. L. ; QUINTILIO, W. . XXII Reunião Científica Anual do Instituto Butantan. 2023. (Congresso).

CHUDZINSKI, S. A. A. ; JENSEN, J. R. ; BORREGO, A. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Capacitação pratica para as Olímpiada Internacionais de Biologia.. 2022. .

Participação em eventos

The 35th International Biology Olympiad. The 35th International Biology Olympiad. Brazil Jury Member. 2024. (Olimpíada).

The 34th International Biology Olympiad. Jury Member. 2023. (Olimpíada).

Workshop comemorativo dos 20 anos do Programa Interunidades de Pós Graduação em Bioinformática.Bioinformática na Indústria e Sociedade. 2022. (Oficina).

Curso de Verão 2013 - Bioinformática - USP.Desenvolvimento de um ambiente para integração e análise do genoma funcional da cana-de-açucar. 2013. (Outra).

Summer School on Big Data - NCE/UFRJ EMC2. 2013. (Outra).

?São Paulo School of Advanced Science on e-Science for Bioenergy Research. 2012. (Encontro).

II Bioinformatics Grad Program Workshop.Development of an environment based on metabolic pathways for the integration and analysis of functional genomics of Sugarcane. 2012. (Simpósio).

Bioinformatics to understand studies in genomics. 2011. (Simpósio).

II SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS.GRASSIUS: A PLATFORM FOR COMPARATIVE REGULATORY GENOMICS ACROSS THE GRASSES. 2009. (Simpósio).

PLANT GENOMES: GENES, NETWORKS & APPLICATIONS.Regulatory networks in plants explored by linking promoter and transcription factor databases. 2009. (Encontro).

Seminarios Avancados em Tecnologia de Microarrays. 2009. (Seminário).

54 Congresso Brasileiro de Genetica. Transcriptome analysis of sugarcane responses to drought stress. 2008. (Congresso).

International Conference On Bionformatics and Molecular Biology. A bioinformatics analysis of alternative splice sites in human genome. 2004. (Congresso).

1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. 2003. (Congresso).

Participação em bancas

Aluno: Celso Vitor Alves Queiroz Calomeno

CARVALHO, P. C.;NISHIYAMA-JR, MILTON Y; AQUINO, P. F.. A Computational Tool for protein sequencing that integrates peptide spectrum matching and de novo sequencing. 2025. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Jefferson Oliveira da Silva

NISHIYAMA-JR, MILTON Y; ROCHA, A. R. L.; OLIVEIRA, P. L.. Análises genômicas e transcriptômicas em opiliões: novas moléculas com potencial aplicação biotecnológica. 2025. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Maria Eduarda Sousa Helfstein

PIAZZA, R. M. F.; AZEVEDO, A. M. T.;NISHIYAMA-JR, M. Y.. Avaliação, em escala genômica, do efeito de venenos em bactérias. 2024.

Aluno: Marcelo Batista de Lima Junior

NISHIYAMA-JR, MILTON YCarvalho, Eneas de; HASHIMOTO, R. F.. Um arcabouço para inferência e seleção de modelos dinâmicos de vias de sinalização celular. 2023. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Juliana Aparecida de Morais

CAMPOS, C. B. L.; PALMISANO, G.;NISHIYAMA-JR, M.Y.. Análise do repertório de proteínas secretadas por vias não-convencionais em secretomas tumorais. 2021. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Dayana Kelly Turquetti de Moraes

NISHIYAMA-JR, M. Y.; VENANCIO, T. M.; KAMPHORST, S. H.; OLIVEIRA, A. E. A.. Abordagens integrativas na identificação de genes potencialmente relacionados a biossíntese de óleo em soja (Glycine max (L.) Merr.). 2020. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

Aluno: Victor Hugo de Mello Pessoa

MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; ISEPPON, A. M. B.;NISHIYAMA-JR, MILTON Y. Dissecting expression patterns in the transcriptome of immature sugarcane culms: from methodology to biology. 2020. Dissertação (Mestrado em Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz") - Universidade de São Paulo.

Aluno: Guilherme Bastos Gomes

Nishiyama, Milton Yde Souza, Robson F; BISSON FILHO, A. W.; ALVES, J. M. P.. Classificação e evolução de GTPases da classe TRAFAC: a história evolutiva das septinas/parasseptinas. 2020. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Waldir Edison Farfan Caro

NISHIYAMA-JR, MILTON Y; Brandao M. M.; LIMA, A. M.; DURHAM, A. M.; MARACAJA-COUTINHO, V.. Probabilistic Graphical Models and Deep Learning techniques for gene prediction. 2025. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Barbara Brito de Souza Pereira

ZANOTTO, P. M. A.; CABRAL-MARQUES, O.; SOUZA, R. P.;NISHYIAMA, M. Y.. Análise sistêmica de tecido cerebral em pacientes com morte associada ao vírus febre amarela. 2023. Tese (Doutorado em Medicina Tropical) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Soraia Maria do Nascimento

Milton Y. Nishiyama Jr.; BALAN, A.; FRANZOLIN, M. R.; RICILUCA, K. C. T.; CARVALHO, D. C.. Toxinas do veneno da aranha Avicularia juruensis. 2022. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: José Thalles Jocelino Gomes de Lacerda

NISHIYAMA-JR, M. Y.; ZELANIS, A.; LEME, A. F. P.; PALMISANO, G.; TASHIMA, ALEXANDRE K.. Sequenciamento De Proteoformas De Inibidores De Protease Do Quiabo E Avaliação De Citotoxicidade Em Células De Leucemia Mieloide Crônica. 2019. Tese (Doutorado em Medicina Translacional) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Flavia Virginio Fonseca

GUIMARAES, M. L. C.; OLIVEIRA, R. L.; CAMARA, T. N. L.;NISHIYAMA-JR, M.Y.. Morfometria geométrica e banco de dados na investigação de problemas biológicos em Culicidae. 2018. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Denis Jacob Machado

GRANT, T.; LYRA, M. L.; LAHR, D. J. G.;Setubal, Joao CNISHIYAMA-JR, M.Y.. Comparative Genomics and The Evolution of Amphibian Chemical Defense. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lucas Araújo Castro e Silva

REIS, P. A. B.; BUENO, R. D.; VIDIGAL, P. M. P.;Nishiyama-Junior, M. Y.. Análise do perfil de expressão em sementes de genótipos de soja contrastantes para o teor de proteína. 2018. Tese (Doutorado em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa.

Aluno: Pablo de Morais Andrade

PEREIRA, C. A. B.; BRENTANI, H. P.; SETUBAL, J. C.; WECHSLER, S.;NISHIYAMA-JR, M. Y.. A Meta-Analysis Bayesian model for ChIP-Seq data. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eduardo Shigueo Kitano

LABATE, C. A.; RONSEIN, G. E.;NISHIYAMA-JR, M. Y.; SERRANO, S.M.T.. Estudo do proteoma de folhas de cultivares e genótipos de cana-de- açúcar. 2017. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Amanda Rusiska Piovezani

BUCKERIDGE, MARCOS SILVEIRA; HASHIMOTO, R. F.;NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA; CESARINO, I.; MARGARIDO, G. R. A.. System Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar.. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gesiele Almeida Barros de Carvalho

Marie Anne Van Sluys; Claudia Barros Monteiro Vitorello; Mariangela Hungria da Cunha; André Fujita;Nishiyama-Junior, Milton Yutaka. Análise Computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômica. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: José Thalles Jocelino Gomes de Lacerda

OLIVA, M. L. V.; ZELANIS, ANDRÉ;NISHIYAMA-JR, MILTON Y.. Sequenciamento De Proteoformas De Inibidores De Protease Do Quiabo E Avaliação De Citotoxicidade Em Células De Leucemia Mieloide Crônica. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em MEDICINA TRANSLACIONAL) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Marcelo Batista de Lima Junior

BRAGHETTO, K. R.;Milton Y. Nishiyama Jr.; REIS, M. S.. Desenvolvimento de um arcabouço para seleção aninhada de modelos de vias de sinalização celular. 2022. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Juliana Aparecida de Morais

NISHIYAMA-JR, M.Y.; CAMPOS, C. B. L.; ZELANIS, A.. Análise bioinformática de padrões em proteínas de via secretória não-canônica em secretomas tumorais. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Laísa Silva de Almeida

FOGAÇA, ANDRÉA C.; CAMARA, T. N. L.;Nishiyama-Junior, M. Y.. Efeito da infecção por vírus Zika na expressão gênica de Aedes aegypti. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Millena Martins Gomes de Toledo

SCHUBERT, B.; PEIXOTO, P. S.;NISHIYAMA-JR, M.Y.. Post-Translational Modifications and Prediction of Its Effects on Epitope-HLA Binding Affinity. 2020. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Matemática Aplicada e Computacional Com Habilitação em Métodos Matemáticos) - Universidade de São Paulo.

NISHIYAMA-JR, MILTON Y; OLIVEIRA, M. G. A.; MARTINS, M. L. B.; TSCHOEKE, D. A.. Professor Classe A ? com denominação Adjunto A, nível I - área Bioinformática. 2025. Universidade Federal de Viçosa.

Orientou

Pedro Enrique Soares de Lima

Identificação de Biomarcadores em Vesículas Extracelulares no Câncer de Mama Triplo Negativo: Abordagem molecular e modelagem com Machine Learning; Início: 2025; Dissertação (Mestrado profissional em Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres) - Universidade de São Paulo; (Coorientador);

Luis Felipe Bião Silveira

Desenvolvimento de Antivenenos por Inteligência Artificial: Aplicação de modelagem generativa na otimização e especificidade multi-epítopos neutralizantes; Início: 2025; Dissertação (Mestrado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Maria Gabriela da Costa Ferrari

Construção de Scaffolds para mimetizar anticorpos antiveneno a partir de abordagem de inteligência artificial de protein design; Início: 2024; Dissertação (Mestrado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Fundação Butantan; (Orientador);

Amanda Silva Gonçalves

Uma abordagem computacional para predição de epítopos potenciais em toxinas de veneno e desenho de anticorpos in silico; Início: 2023; Dissertação (Mestrado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Fundação Butantan; (Orientador);

Thales Alves de Melo Fernandes

Uma abordagem computacional para predição, reconstrução e caracterização estrutural de toxinas glicosiladas de serpentes do gênero Bothrops; Início: 2023; Tese (Doutorado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Sofia Prampero

Identificação de peptídeos bioativos para aplicação em doenças animais de interesse econômico a partir de organismos venenosos; Início: 2023; Tese (Doutorado em Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Igor Salles de Oliveira

Genômica de serpentes insulares do grupo Bothrops jararaca (Squamata: Serpentes: Viperidae): arquitetura, evolução e implicações para conservação; Início: 2023; Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Leandro Teodoro

Análise funcional de linhagens celulares de mama geneticamente modificadas através de superexpressão ou nocauteamento gênico; Início: 2021; Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Marcela Akemi Ishihara

The Venom Wide Web: Unveiling spiders venom regulatory network; Início: 2021; Tese (Doutorado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Gabriel Sanchez e Souza

Integração de abordagens computacionais para predição e caracterização de Epítopos Bacterianos; Início: 2025; Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Biotecnologia para a Saúde - Vacinas e Biofármacos) - Instituto Butantan, Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo; (Orientador);

Gustavo Akio Honda

Predição de novas neurotoxinas da família das Latrotoxinas em Aranhas usando Redes Neurais Profundas e base de dados aumentada; Início: 2024; Iniciação científica (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Angélica da Silva Pereira

Desvendando a Diversidade de Toxinas de Veneno de Aracn´ıdeos: Uma Abordagem de Rede Neural Profunda para expans?ao do repert´orio de novas neurotoxinas; Início: 2024; Iniciação científica (Graduando em Ciências e Humanidades) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Wesley Freintas Mantovani

Desenvolvimento de plataforma para integração de dados de ômicas; Início: 2024; Orientação de outra natureza; Instituto Butantan; Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Pedro Gabriel do Nascimento

O Marketing Científico Digital como ferramenta para a popularização da Bioengenharia na Sociedade; 2023; Dissertação (Mestrado em Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres) - Universidade de São Paulo, ; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Fernanda Midori Abukawa

Abordagens computacionais para identificação e classificação de toxinas em aracnídeos e predição de peptídeos bioativos antivirais; 2020; Dissertação (Mestrado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Fundação Butantan; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Aline de Almeida Ferreira

Reconstrução e modelagem computacional de redes de inflamação em conjuntos de dados de RNA-Seq de dieta cetogência; 2019; Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade Federal do ABC, ; Coorientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Dharshna Priya Kondalu Ramasamy

Análise das vias de sinalização utilizando ferramentas de Bioinformática em linhagens de células de mamas superexpressando (MCF10A/CD90+0 ou silenciadas (Hs578TshCD90) para CD90/Thy-1 em modelo de Câncer de mama triplo negativo; 2018; Tese (Doutorado em Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Lhiri Hanna Alves De Lucca Shimokawa Falcão

TRANSCRIPTOMA, CLONAGEM, EXPRESSÃO E AVALIAÇÃO DAS ATIVIDADES BIOLÓGICAS DAS PRINCIPAIS TOXINAS DO VENENO DA CENTOPEIA Cryptops iheringi; 2017; Tese (Doutorado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Daniel Marçal Nogueira

Construção de um Banco de dados para Caracterização Evolutiva e Funcional de Famílias de Toxinas de Aranhas; 2024; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Cursos de Especialização na Área da Saúde: animais, toxinas e biotecnologia) - Instituto Butantan, Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Maria Gabriela da Costa Ferrari

Avanços sobre Vacinas e anti-soros contra veneno de serpentes e estudo de epítopos para a família de toxinas fosfolipase A2; 2023; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Biotecnologia para a Saúde - Vacinas e Biofármacos) - Instituto Butantan, Fundação Butantan; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Rosanne da Silva Vieira

Splicing Em Genes E Sua Importância Em Venenos: Uma Revisão Bibliográfica; 2021; Monografia; (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Gustavo Akio Honda

Estudo de técnicas de Data Augmentation e Feature Selection para Sequências proteicas; 2024; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Daniel Marçal Nogueira

Um modelo deep learning multi-ômicas na identificação de eventos splicing aberrantes em Câncer TNBC; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Victor Kenzo Arashiro

Avaliação e Performance entre modelos Deep Learning e Machine Learning para a predição de antivirais; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Matemática Aplicada Com Habilitação em Sistemas e Controle) - Universidade de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Caio Fontes de Castro

Computational Model to Measure the Protein Evolutionary Rate Variation; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Livia Maria Dias Tavares

Predição de peptídeos antifúngicos com RedesNeurais Profundas; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Matemática Aplicada e Computação Científica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Beatriz Gonzaga Correia da Silva

Um modelo deep learning multi-ômicas na identificação de eventos splicing aberrantes em Câncer TNBC; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Gustavo Akio Honda

Modelo Computacional para Predição da Toxicidade de isoformas de Metaloproteases em Aracnídeos; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Wesley Freintas Mantovani

Modelo Computacional para Predição da Toxicidade de isoformas de Metaloproteases em Aracnídeos; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Clara Yuki Sano

Um modelo deep learning multi-ômicas na identificação de eventos splicing aberrantes em Câncer TNBC; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Nelson Alves Yamashita

Estudo dos eventos de splicing alternativo e seu papel como mecanismo complementar em carrapatos; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Matemática Aplicada e Computação Científica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Nathan de Oliveira Nunes

Um modelo de deep learning multi-ômicas para identificação de eventos de splicing aberrantes em câncer de mama Triplo-Negativo; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Letícia Carvalho Eustáquio Costa

Predição de Peptídeos Anti-virais por Redes Neurais Recorrentes; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

[Nome removido após solicitação do usuário]

Abordagens de Biologia de Sistemas para estudo de vias de sinalização em linhagens celulares de Câncer de Mama Triplo-Negativo; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Caio Fontes de Castro

Predição de Peptídeos bioativos anti-virais em Aracnídeos por redes neurais recorrentes; 2020; Iniciação Científica - Instituto Butantan, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Nathan de Oliveira Nunes

Predição de Splicing alternativo como biomarcadores e associação com vias responsivas em Câncer de mama Triplo-Negativo; 2020; Iniciação Científica - Instituto Butantan; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Nathan de Oliveira Nunes

Abordagens de biologia de sistemas para estudo de vias de sinalização por RNAseq em linhagem celular; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Matemática Aplicada e Computação Científica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Erika Pina de Oliveira

Predição e Identificação de Peptideos Bioativos a partir do Proteoma e Peptidoma de Veneno de animais peçonhentos; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia) - Universidade Federal do Tocantins; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

[Nome removido após solicitação do usuário]

Abordagens de Biologia de Sistemas para estudo de vias de sinalização por RNAseq em linhagens celulares mamárias; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Maike Valentim Buzatto

Estudo Funcional e Mecanismos de ação em famílias de toxinas de Venenos de Aracnídeos; 2024; Orientação de outra natureza - Instituto Butantan; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Giovanna Ferreira Cavalcanti

Estudo e caracterização funcional in silico de proteínas da família de toxinas dermonecróticas em aracnídeos; 2024; Orientação de outra natureza; (Desenvolvimento de Sistemas) - Escola Técnica Estadual de Carapicuíba; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Fernanda Midori Abukawa

Gerenciamento e Implementação de novas ferramentas para a plataforma CeTICSDB; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Alexandre Andrade de Almeida

A Bioinformática no estudo de uma rota evolucionária das toxinas do tipo kunitz entre aranhas; 2023; Orientação de outra natureza - Instituto Butantan; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Thales Alves de Melo Fernandes

Estudo Funcional e Mecanismos de ação em famílias gênicas em Venenos de Aracnídeos; 2022; Orientação de outra natureza; (Biomedicina) - Universidade Federal de Uberlândia; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Cameron White-Spunner

Estudos e Análises do veneno de organismos venenosos; 2022; Orientação de outra natureza; (Molecular Biology) - University of Oxford; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Rodrigo Ribeiro de Oliveira

Um banco de dados de toxinas em aracnídeos baseado análises estruturais; 2022; Orientação de outra natureza; (Biotecnologia) - Universidade Federal da Grande Dourados; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Afranio Maia da Silva

Gerenciamento e Implementação de novas ferramentas para a plataforma CeTICSDB; 2021; Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Davi Toshio Inada

Desenvolvimentos de ferramentas e análises para estudo das bases moleculares para a replicação do DNA e ciclo celular em Trypanosoma cruzi; 2017; Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Bruno Ferreira de Souza

Desenvolvimento de plataforma para integração de dados de ômicas; 2016; Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Henrique Cursino Vieira

Desenvolvimento de Infraestrutura e ferramentas de análise e integração de dados de genômica e transcriptômica para Bothrops jararaca no projeto CeTICS; 2016; Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior;

Produções bibliográficas

TEIXEIRA, SAMUEL C. ; FERNANDES, THALES A. M. ; DE SOUZA, GUILHERME ; LUZ, LUANA C. ; PASCHOALINO, MARINA ; JUNIOR, JOED P. DE L. ; ROSINI, ALESSANDRA M. ; MARTÍNEZ, ARYANI F. F. ; DE FREITAS, VITOR ; LOPES, DAIANA S. ; CLISSA, PATRÍCIA B. ; DE SOUZA, VINÍCIUS C. ; NISHIYAMA-JR., MILTON Y. ; BARBOSA, BELLISA F. ; FERRO, ELOISA A. V. ; ÁVILA, VERIDIANA DE M. R. . Insights into the Role of Proteolytic and Adhesive Domains of Snake Venom Metalloproteinases from Bothrops spp. in the Control of Toxoplasma gondii Infection. Toxins , v. 17, p. 95, 2025.
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NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Golden Biotechnology integrated to Artificial Intelligence to shed light on the pharmacological potential from Venom Toxins. 2025. (Apresentação de Trabalho/Outra).
ISHIHARA, M. A. ; MANTOVANI, W. F. ; ARMELIN, H. A. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Enhancing Functional Annotation And Classification Of Toxins With Venomics4bd. 2024. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Computational Epitope prediction of Venom Toxins: Strategies and Evaluations. 2024. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
ABUKAWA, F. M. ; PRAMPERO, S. ; CARREIRA, A. C. O. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . An Ensemble Artificial Intelligence model for Identification of Antiviral peptides and their mechanisms of action. 2024. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
Milton Y. Nishiyama Jr. . Ensemble machine learning approaches for the discovery of new antiviral drugs derived from venomous organisms. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Biotecnologia Dourada aliada à Inteligência artificial para desvendar o potencial farmacológico dos organismos venenosos. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Milton Yutaka Nishiyama-Jr . Bioinformática & Instituto Butantan. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NISHIYAMA-JR, M. Y. . Hybrid Computational approaches for the Classification into Arachnid Venom Families and the prediction of bioactive peptides. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Milton Yutaka Nishiyama-Jr . Multi-Omics Data Integration with Application on Biomarkers Discovery. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
BATISTA, M. L. S. ; LOBBA, A. R. M. ; SOGAYAR, M. C. ; CARREIRA, A. C. O. ; NISHIYAMA-JR, M.Y. . Bioinformatics And System Biology Approach To Study The Signalling Pathways Role Played By Cd90/Thy-1 In Triple-Negative Breast Cancer. 2019. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; Carolina Gimiliani Lembke ; Lee H ; Andrade P ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; MARGARIDO, G. R. A. ; Ferreira, Savio Siqueira ; PANDYA, R. ; GAIARSA, J. W. ; SCHATZ, M. ; DAVIDSON, R. ; HECKERMAN, D. ; Marie Anne Van Sluys ; Glaucia Mendes Souza . Insights into Signaling and Regulation of Gene Expression in the Highly Polyploid Sugarcane. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . Introduction to Bioinformatics and Analysis using R-statistics and Bioconductor packages. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . Big data Integration in the Life Science. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . Bioinformatics as a tool for gene and protein analysis. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . Banco de Dados e Ambientes de Integração de Ômicas para Insights na Biologia Sistêmica. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Nishiyama-Junior, M. Y. . Bioinformatics and Biological databases to discover new biological insights. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Nishiyama-Junior, M. Y. . New Challenges in Bioinformatics: Analysis and Integration of Omics Data for non-model organisms. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Nishiyama-Junior, M. Y. . Data Integration and Integrative Analysis of Omics Big Data for new insights in Biological Systems. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka . Introduction to Bioinformatics, R-statistics and Bioconductor tools. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Nishiyama-Junior, M. Y. . Bioinformatics in the Life Science. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Nishiyama-Junior, M. Y. . Sequenciamento de Nova Geração - Técnicas e Platformas de Análise. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Nishiyama-Junior, M. Y. . Regulatory Network SUCEST-FUN & GRASSIUS. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Alper Yilmaz ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; Erich Grotewold . Transcription Factor and Regulatory Network Databases of Arabidopsis thaliana and the Grasses. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

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Nishiyama-Junior, M. Y. ; Eduardo M. Reis ; Aline M. da Silva ; Sergio Verjovski-Almeida . ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. 2003.

CAVALCANTI, G. F. ; MELO, K. F. S. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Pesquisa de alunos de Etec usa IA para analisar toxinas de aracnídeos. 2025; Tema: Feira Brasileira de Ciências e Engenharia (FEBRACE). (Site).

CAVALCANTI, G. F. ; MELO, K. F. S. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y . Aos 17 anos, aluna da ETEC e ?cientista mirim? do Butantan é premiada na maior feira científica do Brasil: ?Não pensei que fosse possível para pessoas comuns?. 2025; Tema: Feira Brasileira de Ciências e Engenharia (FEBRACE). (Site).

Projetos de pesquisa

2023 - Atual

Abordagens computacionais para caracterização e descoberta de epítopos e engenharia de anticorpos em toxinas de Serpentes, Descrição: Envenenamentos causados por animais constituem um grande problema de saúde pública mundial e são a causa de muitas mortes e deficiências permanentes, reconhecido como doença tropical negligenciada pela OMS. O tratamento para envenenamento por serpentes é a administração parenteral de anticorpos obtidos a partir de imunização de outros animais. Entretanto, são descritos diversos efeitos colaterais e reações alérgicas. Além disso, a produção de antivenenos tem um alto custo, trabalhosa e perigosa. Recentemente, as pesquisas para alternativas aos antivenenos tradicionais tem se expandido. O uso de imunógenos sintéticos que imitam as toxinas relevantes de um dado veneno tem sido estudado como alternativa. Neste projeto, propomos um estudo e caracterização das proteínas de toxinas e propomos abordagens computacionais para a predição e análise de epítopos de toxinas de venenos. Além disso, propomos um estudo de anticorpos existentes que poderiam ser aproveitados como base estrutural para anticorpos sintéticos, melhorado com a avaliação da capacidade de ligação entre eles.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Coordenador / Amanda Silva Gonçalves - Integrante / Maria Gabriela da Costa Ferrari - Integrante., Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2023 - Atual

Modelos de Inteligência Artifical para descrição da estrutura de toxinas glicosiladas de Serpentes do gênero Bothrops, Descrição: A glicosilação proteica é uma modificação co-traducional e pós-traducional que engloba a inserção carboidratos aos polipeptídeos nascentes. Nas toxinas de serpentes, a glicosilação é apontada como uma importante característica para manutenção de sua solubilidade, estabilidade e atividade biológica. O entendimento da relação entre a glicosilação e a função biológica e desenho de biomoléculas e vacinas têm motivado importantes estudos para modelagem de glicoproteínas. A fusão de abordagens analíticas, físicas e modelos de aprendizado de máquina tem demonstrado ser uma promissora metodologia para predição da estrutura proteica, permitindo extrair valiosas informações do papel das modificações pós-traducionais na estrutura e função das proteínas. Este projeto visa estender a identificação e caracterização estrutural dos glicopeptídeos de peçonhas botrópicas e desenvolver uma abordagem de inteligência artifical para predição da estrutura das toxinas glicosiladas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Coordenador / SERRANO, SOLANGE M. T. - Integrante / Thales Alves de Melo Fernandes - Integrante., Número de orientações: 1
2021 - Atual

Evolução e Caracterização Funcional das Famílias gênicas em Venenos de Aracnídeos, Descrição: Dentre os artrópodes, os aracnídeos formam uma das maiores subclasses, apresentando cerca de 60.000 espécies como aranhas, escorpiões, carrapatos e ácaros. Atualmente, organismos venenos são considerados uma das principais fontes para a descoberta de novas drogas naturais com propriedades terapêuticas. A composição e a rota evolutiva molecular desses venenos apresentam uma alta complexidade, com estudos que apontam uma inter-relação de fatores como a duplicação gênica, splicing alternativo, modificações pós-traducionais possuidores de mecanismos que possibilitam a diversificação da efetividade tóxica do predador, gerando coquetéis de veneno com ampla atuação e que favorecem uma amplitude na dieta do animal. Há uma enorme carência de bancos de dados, modelos computacionais e ferramentas de bioinformática para uma melhor compreensão da base molecular, evolutiva e dos mecanismos regulatórios que regem sistema nos organismos venenosos, e que permitam associar modelos evolutivos a processos de identificação, classificação e caracterização funcional de famílias gênicas de toxinas, através de dados moleculares e bioquímicos, e associar a níveis de toxicidade. Pretendemos obter maior compreensão dos mecanismos e processos moleculares envolvidos na evolução do veneno em Aracnídeos, maximizando seu potencial biotecnológico e contribuindo para a caracterização do veneno.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Coordenador / Pedro Ismael da Silva Jr - Integrante / ana claudia oliveira carreira - Integrante / IWAI, LEO KEI - Integrante / Fernanda Midori Abukawa - Integrante / TASHIMA, ALEXANDRE KEIJI - Integrante / marcela akemi ishihara - Integrante / Wesley Freitas Mantovani - Integrante / Nelson Alves Yamashita - Integrante / Rosanne da Silva Vieira - Integrante / Gustavo Akio Honda - Integrante / Maike Valentim Buzatto - Integrante., Número de produções C, T & A: 16 / Número de orientações: 1
2020 - 2023

Predição de Splicing alternativo como biomarcadores e associação com vias responsivas em Câncer de mama Triplo-Negativo, Descrição: Câncer de mama é o tipo de câncer mais frequentemente diagnosticado entre as mulheres no mundo, com o subtipo ductal-invasivo triplo-negativo (TNBC) sendo o mais agressivo e letal. Na literatura foram definidos quatro subtipos moleculares intrínsecos de câncer de mama com implicações clínicas: Luminal A (LumA), Luminal B (LumB), HER2-enriquecido (HER2) e \textit{Basal-like} (TNBC). Para analisar a regulação de diversos fatores biológicos a partir de múltiplas condições e subtipos, o Aprendizado de Máquina (Machine Learning) surge como uma ferramenta útil e poderosa usada na pesquisa para integrar dados de fontes heterogêneas. O splicing alternativo (AS) é um mecanismo difuso e vital envolvido em vias e na progressão de vários tipos de câncer, e promissor como prognóstico em pacientes com tumor, porém ainda não há uma análise sistemática e integrativa para predição de biomarcadores e vias responsivas em câncer de mama baseado em Deep learning. O GDC (Genomic Data Commons) é a principal referência para dados genômicos de câncer em larga escala, com mais de 1000 amostras de câncer de mama, as quais serão integradas aos dados de linhagens celulares de mama alteradas para o gene CD90/Thy-1 (MCF10A/CD90+, linhagem não maligna superexpressando o gene CD90, e Hs578T/shCD90, linhagem maligna silenciada para o gene CD90) e proporcionarão um estudo amplo entre as linhagens celulares e os subtipos de câncer de mama. O desenvolvimento de uma nova abordagem baseada em Deep Learnin com seleção de características baseadas em dados de RNA-seq, vias e interação proteína-proteína, permitirão a identificação de biomarcadores de splicing alternativo e vias responsivas em câncer de mama.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Coordenador / ana claudia oliveira carreira - Integrante / mari cleide sogayar - Integrante / nathan de Oliveira Nunes - Integrante., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2020 - 2023

Prospecção de marcadores associados a processamento proteolítico em amostras de plasma de pacientes com melanoma, Descrição: Melanoma é um tipo de câncer de pele agressivo, potencialmente letal, com número crescente de casos anuais (maior do que qualquer outro tumor sólido). Uma vez que a composição de proteínas (proteoma) de células tumorais representa uma descrição do status celular, a avaliação de padrões de expressão proteica em amostras de biópsias pode levar à descoberta de marcadores relacionados ao câncer e a novos alvos de drogas. No contexto do desenvolvimento tumoral, o processamento proteolítico desempenha importante papel, favorecendo a dispersão de células tumorais para sítios distantes (metástase) e mediando eventos de sinalização celular de maneira irreversível. Desta forma, o principal objetivo deste projeto é interrogar o Biobanco do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) no intuito de validar marcadores prognósticos já identificados em plasma de pacientes com melanoma. Os resultados permitirão a obtenção de um panorama sistêmico da sinalização proteolítica em melanoma, com um significativo potencial translacional , contribuindo também para o entendimento da progressão do melanoma. (AU). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / André Zelanis - Coordenador / Adriana Franco Paes Leme - Integrante / Roger Chammas - Integrante / Miyuki Uno - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2019 - Atual

Predição de Peptídeos Bioativos no Veneno de Aracnídeos por Deep Learning, Descrição: Os venenos possuem em sua composição peptídeos bioativos que são promissores para o desenvolvimento de novas ferramentas farmacológicas especialmente os Peptídeos Antimicrobianos (AMPs). Há uma grande necessidade pelo desenvolvimento de novas drogas antivirais e os Peptídeos Antivirais (AVPs) são foco dessa busca. Já foram descritos peptídeos de venenos que possuem atividade antiviral. Em especial, os venenos de aranhas e escorpiões e saliva de carrapatos são ricos em AMPs e são promissores para atividade antiviral. A descoberta de novas drogas por métodos in silico é uma das áreas mais recente e promissoras em Drug Discovery e tem sido amplamente utilizados devido a seu menor custo e rapidez. Porém, existem poucos métodos computacionais de Deep learning tem sido empregados na área, sendo mais comum a aplicação de métodos de machine learning, os quais tem apresentado pouca eficiência ou alta taxa de falsos-positivos, como acontece com preditores de AMPs e AVPs. Pretendemos utilizar transcriptomas por RNA-seq de venenos e saliva de dados públicos no NCBI para espécies de arcnídeos como escorpiões, aranhas e carrapatos para identificação e predição de atividade de peptídeos bioativos como anti-virais através do desenvolvimento de uma nova metodologia baseada em Deep learning. Por meio desse projeto contribuiremos para diversas áreas, como a toxinologia/venômica de aracnídeos, bioinformática e computação. Pretendemos contribuir com avanço científico, tecnológico e de inovação no desenvolvimento de novas ferramentas farmacológicas na predição de novos peptídeos bioativos para o combate a doenças virais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Coordenador / Pedro Ismael da Silva Jr - Integrante / ana claudia oliveira carreira - Integrante / Alexandre Keiji Tashima - Integrante / renato Astray - Integrante / Fernanda Midori Abukawa - Integrante / caio fontes de castro - Integrante / Wesley Freitas Mantovani - Integrante / Letícia Carvalho Eustáquio Costa - Integrante / Livia Maria Dias Tavares - Integrante / sofia prampero - Integrante / victor kenzo arashiro - Integrante., Número de produções C, T & A: 11 / Número de orientações: 1
2018 - 2022

Análise proteômica e peptidômica do efeito da peçonha de serpentes sobre linhagens celulares de câncer e tecidos cerebrais de camundongos, Descrição: Existem na literatura diversos trabalhos descrevendo análises e caracterizações bioquímicas e fisiológicas do efeito da peçonha de serpentes em órgãos, tecidos e células mostrando seus efeitos tóxicos, citotóxicos e indução de mudanças e desequilíbrios bioquímicos, porém, são poucos ou quase inexistentes trabalhos caracterizando o perfil proteômico e peptidômico do efeito da peçonha em linhagens celulares, órgãos e tecidos que visem avaliar em detalhe alvos moleculares afetados e correlacionarem com esses efeitos fisiológicos. Baseado na hipótese de que concentrações baixas ou sub-letais de peçonha de serpentes são capazes de modular a expressão de determinadas proteínas em células e no tecido cerebral, este projeto visa caracterizar o perfil proteômico e peptidômico comparativo de diferentes linhagens celulares tumorais (MCF7, MDA-MB231, A204, SK-MEL-28, HeLa, PANC-1 e Y1) e normais (HEK293, AsPC-1, HACAT e Y1-RasKO) tratados ou não com peçonha de Bothrops jararaca e diferentes tecidos cerebrais (córtex, cerebelo, hipocampo, hipotálamo e corpo estriado) de camundongos tratados ou não com peçonha de Crotalus durissus terrificus e correlacionar com dados morfológicos celulares e histológicos cerebrais dos danos causados pela peçonha. Esses dados poderão sugerir novos alvos farmacológicos e novas abordagens terapêuticas (i.e. dirigidas aos alvos proteicos inicialmente afetados pelo envenenamento) para o tratamento do envenenamento pelas peçonhas estudadas. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / KITANO, EDUARDO S. - Integrante / marcelo da silva reis - Integrante / Leo K Iwai - Coordenador / matheus henrique dias - Integrante / Fabio Montoni - Integrante / Carolina Yukiko Kisaki - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2018 - 2021

CD90 e EGFR na tumorigênese mamária: uma abordagem multidisciplinar de Biologia de Sistemas e Biologia Sintética, Descrição: O carcinoma mamário é o tipo de câncer mais diagnosticado entre as mulheres, sendo o ductal-invasivo triplo-negativo o mais agressivo e o de pior prognóstico. Devido à falta de alvos moleculares, o tratamento dos pacientes apresentando esse fenótipo representará um grande desafio, exigindo estudos mais amplos para melhor compreender a Biologia deste tipo tumoral e o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas. Estes estudos vêm sendo, realizados pelo grupo de pesquisadores do NUCEL, na tentativa de se encontrar novos alvos moleculares de interesse clínico. Com este intuito, o marcador de células-tronco CD90 foi identificado pela Dra. Aline Maia Lobba como sendo um alvo promissor no câncer de mama, uma vez que foi associado com o mau prognóstico de pacientes e com diversos processos celulares que levam à transformação maligna, tais como: alteração morfológica (transição epitélio-mesênquima), aumento da proliferação celular, invasividade, metástase e ativação da via do EGFR. Mais de 78 dos casos de câncer de mama triplo-negativos apresentam superexpressão de EGFR, levando à inativação desta via como um potencial alvo terapêutico. Neste contexto, o entendimento da via de sinalização de CD90 e sua relação com a via de EGFR tem um grande potencial para melhor compreensão sobre as bases moleculares da tumorigênese mamária basal-like. Elucidação da via de sinalização do CD90 e a sua relação com a via do EGFR na regulação da expressão gênica constitui o objetivo central do presente trabalho, o qual deverá ser desenvolvido através de um enfoque multidisciplinar envolvendo Biologia de Sistemas e Biologia Sintética, conjugadas às tecnologias convencionais de Biologia Celular e Molecular para a validação dos resultados obtidos através de análise matemática e computacional. O conhecimento gerado neste trabalho deverá contribuir não só para o entendimento dos mecanismos moleculares subjacentes à origem e progressão do câncer de mama, mas, também, abrir caminho para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Coordenador / Aline Ramos Maia Lobba - Integrante / ana claudia oliveira carreira - Integrante / mari cleide sogayar - Integrante / nathan de Oliveira Nunes - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 4
2018 - 2021

Peptidômica dos venenos de serpentes e aranhas brasileiras, Descrição: Os animais peçonhentos estão entre as espécies mais bem-sucedidas da história evolutiva do planeta. Um dos fatores importantes para esse sucesso é a produção de venenos, utilizados para subjugar presas e como proteção contra possíveis predadores. A maior parte das toxinas ativas dos venenos são proteínas e peptídeos, elaboradas e refinadas ao longo de milhões de anos de evolução. Toxinas de venenos têm servido como fonte de busca de diversas moléculas com potencial farmacológico e biotecnológico, além do papel importante na elucidação de mecanismos bioquímicos e fisiológicos em vertebrados. Um marco nos estudos de venenos foi a descoberta dos peptídeos potenciadores da bradicinina, que levaram ao desenvolvimento das primeiras drogas para o tratamento da hipertensão arterial. O avanço em ferramentas analíticas como os sequenciadores de nova geração e os espectrômetros de massa resultaram na elucidação de milhares de sequências de toxinas nos últimos anos. No entanto, apesar do grande número de sequências descobertas e da maturidade alcançada pelos estudos proteômicos, a peptidômica de venenos ainda é um campo de estudos emergente. Particularidades como a falta de especificidade enzimática na busca por peptídeos e a ausência de bancos de dados criam desafios analíticos para tais estudos. Nosso grupo vem aprimorando técnicas analíticas baseadas em espectrometria de massas aplicada aos estudos peptidômicos, o que resultou na elucidação de diversos novos peptídeos biologicamente ativos de venenos. Observamos também que pequenas mutações apresentam efeitos significativos sobre as atividades biológicas de peptídeos dentro de uma mesma classe. Em face da riqueza dos peptidomas ainda pouco explorados de venenos, propomos neste projeto de pesquisa a análise peptidômica dos venenos de espécies de serpentes e aranhas brasileiras com os objetivos de desvendar as sequências dos peptídeos presentes em cada veneno, mapear mutações entre sequências homólogas e prospectar potenciais atividades biológicas dos novos peptídeos encontrados.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / KITANO, EDUARDO S. - Integrante / SERRANO, SOLANGE M.T. - Integrante / Pedro Ismael da Silva Jr - Integrante / Maria Luiza Vilela Oliva - Integrante / Maria Aparecida Juliano - Integrante / Sonia Maria de Oliveira Montanaro - Integrante / Alexandre Keiji Tashima - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2018 - Atual

Medicina regenerativa visando à terapia de doenças crônico-degenerativas (câncer e diabetes), Descrição: O NUCEL foi estruturado como um Centro de pesquisa translacional tendo, como missão, atuar na área de Terapia Celular e Molecular, partindo da Ciência básica, centrada em mecanismos moleculares do controle da proliferação e diferenciação celular e origem da transformação maligna, para transformar o conhecimento gerado na bancada em produtos e processos que possam ser utilizados tanto na clínica médica, odontológica, veterinária e agropecuária, como no setor empresarial farmacêutico e biotecnológico, visando à produção de biofármacos nacionais a serem utilizados no manejo e na cura de doenças degenerativas e não degenerativas. A Equipe, composta por mais de 50 membros, atua ativamente na nova Medicina Regenerativa, que visa reparar, reconstruir, regenerar e remodelar tecidos e órgãos, sendo baseada em três pilares: células-tronco, matriz extracelular/scaffolds e fatores peptídicos de crescimento e diferenciação celular. Nos últimos anos, a incidência de doenças crônico-degenerativas, como câncer e diabetes mellitus, tem aumentado significativamente devido ao envelhecimento da população brasileira e mundial, sedentarismo, hábitos alimentares, obesidade e doenças cárdio vasculares. Fraturas e lesões ósseas têm crescido na população jovem devido ao aumento da desnutrição e da violência urbana. Neste Projeto, são focalizados dois tipos de câncer: o glioblastoma multiforme, devido ao seu alto grau de letalidade por sua localização no sistema nervoso central, e o carcinoma mamário, devido à sua alta incidência e mortalidade na população feminina. Utilizando um enfoque múltiplo (genômica, transcriptômica e genômica funcional), espera-se encontrar novos alvos moleculares que possam ser utilizados como marcadores para diagnóstico precoce e prognóstico, e como ferramentas terapêuticas para estas neoplasias. Visando minimizar o risco de morte e o grande comprometimento da qualidade de vida de pacientes portadores de Diabetes mellitus tipo 1 (DM1) instável/hiperlábil, propõe-se as seguintes estratégias: a) transplante de ilhotas pancreáticas isoladas; b) diferenciação de células-tronco embrionárias em células produtoras de insulina (IPCs); c) encapsulamento de ilhotas isoladas e de IPCs, evitando o uso de imunossupressores; d) descelularização de pâncreas, gerando matriz pancreática/scaffold descelularizada e funcionalizada; e) maturação final de IPCs na matriz descelularizada, previamente ao implante das mesmas em animal tornado diabético. Em consonância com as políticas públicas de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação do governo brasileiro, particularmente nas áreas de Biotecnologia e Medicina Regenerativa, propõe-se, ainda, utilizar plataformas de expressão em sistemas heterólogos de células de eucariotos de última geração, para produzir proteínas recombinantes humanas estratégicas de interesse terapêutico (Biofármacos) como: PDGF-BB, TGF-²1 e TGF-²3, VEGF-A, R-Espondina1 e BMP-7, em sintonia com a demanda nacional por Terapia Celular Regenerativa livre de soro e de outros componentes animais, no mais avançado estado da arte. Ao perseguir estas Metas, espera-se continuar formando pessoal altamente qualificado para atuar nas áreas básica e clínica de Terapia Celular e Molecular, no campo nascente da Medicina Regenerativa e na construção da tão almejada ponte entre o setor Universitário e Empresarial de Saúde. (AU). , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / ana claudia oliveira carreira - Integrante / mari cleide sogayar - Coordenador / Eleazar Chaib - Integrante / Irene de Lourdes Noronha - Integrante., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
2017 - 2022

Caracterização do papel de CD90/Thy1 no câncer de mama triplo negativo (TNBC) por tecnologias de highthroughput sequencing (RNAseq e Fosfo/Proteômica) e bioinformática., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / marco lazaro de souza batista - Integrante / Aline Ramos Maia Lobba - Integrante / ana claudia oliveira carreira - Coordenador / mari cleide sogayar - Integrante / Dharshna Priya Kondalu Ramasamy - Integrante / Mariano Guillermo del Sol Calderon - Integrante.
2016 - 2024

Escalas da Biodiversidade: estudos integrados de evolução e função de venenos ofídicos nos múltiplos níveis da diversidade, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo em 11/08/2021., Descrição: O entendimento da rápida diversificação dentro de uma linhagem evolutiva requer a determinação dos fatores e características que a promoveram. O veneno tem sido hipotetizado como sendo a inovação iniciadora da irradiação das serpentes, pois expandiu suas oportunidades tróficas. Já o subsequente recrutamento de toxinas e neofuncionalização de seus genes teriam promovido a diversificação seguinte. Este projeto irá determinar como inovações secundárias fundamentais dentro dos venenos contribuem com a diversificação nas serpentes avançadas e testar possíveis vieses nos caminhos genéticos que moldaram a rápida evolução fenotípica dos venenos, de forma a compreender o mecanismo que norteia a diversificação no grupo. Primeiro, testaremos a relação entre diversidade e ações de venenos e as taxas de diversificação genética, utilizando mais de 100 espécies das três famílias de serpentes venenosas que ocorrem nos Estados Unidos e no Brasil, coletadas em áreas de biodiversidade excepcionalmente alta. Usando dados de transcriptômica, espectrometria de massas quantitativa e ensaios funcionais vamos estimar a filogenia, quantificar a função e complexidade de venenos, além de testar a relação entre a diversificação dos clados e a composição dos venenos. Em seguida, iremos avaliar a genética da diferenciação fenotípica e mutações influenciando a produção de venenos, por meio da investigação detalhada de seis pares de espécies (duas de cada grupo) com divergência recente e diferenças significativas nas ações de seus venenos. Para cada uma delas, avaliaremos a importância dos mecanismos pré-transcricionais (ex.: regulação cis ou o número de cópias) e pós-transcricionais (ex.: eficiência de tradução ou microRNAs) que podem ser determinantes na diversidade de toxinas, além de testar se os efeitos do veneno são presa-específicos. Isto irá fornecer detalhes sem precedentes sobre processos microevolutivos que fundamentam uma característica chave que influencia padrões macroevolutivos. Teremos assim uma perspectiva integrada, do nível molecular ao do organismo, sobre processos fundamentais geradores de biodiversidade.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Especialização: (5) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / Inacio - Coordenador / MOURA-DA-SILVA, ANA MARIA - Integrante / Felipe Gobi Grazziotin - Integrante / Harold Lisle Gibbs - Integrante / Christopher Parkinson - Integrante / Darin Rokita - Integrante / Erika Hingst-Zaher - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2016 - 2021

Redes regulatórias e sinalização associadas à Cana Energia, Descrição: Muito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / milton yutaka nishiyama jr - Integrante / Buckeridge, Marcos - Integrante / monalisa carneiro - Integrante / Marie Anne Van Sluys - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2015 - 2020

Rational approach for searching molecular targets involved in inflammatory events and cell survival, Descrição: Successful drug development requires a disease target that plays a vital role in the causation and/or progression of the disease phenotype and that can be modulated with a drug molecule. In other words, therapeutically relevant targets are both disease-modifying and druggable. It has been estimated that around 10 of the entire human genome is involved in disease onset or progression, resulting in approximately 3000 potential targets suitable for therapeutic intervention. Thus, the rapid and reliable identification of the most promising targets for drug discovery efforts would be the major challenge for the pharmaceutical industry. Moreover, the knowledge of the mechanisms that govern the inflammatory process and cell survival, generated by basic research, is essential for the identification and validation of potential and more specific molecular target. Natural products are a rich source of biologically active compounds. Many of todays medicines are either obtained directly from a natural source or were developed from a lead compound originally obtained from a natural source. Venoms and toxins from animals, plants, snakes, spiders, scorpions, insects, slugs, and microorganisms are extremely potent because the often have very specific interactions with a macromolecular target in the body. As a result, they have proved to be important not only as lead compounds in the development of novel drugs, but also as tools in studying receptors, ion channels, and enzymes. In our research group, interesting bioactive molecules from animal venoms and secretions, such as proteins (wild or recombinant form) and derived-peptides, targeting the homeostatic system and inflammatory events, have been exploited and are in different phases of development. We have been focusing our efforts on understanding their mechanism of action through the exploitation of specific signaling pathways in order to identify and validate novel molecular targets. Among the proteins families taken into account are lipocalins, hemolins, serine protease inhibitors, phospholipases and chaperones. In this regard, the main idea is to consider the expertise of the Butantan Institute researchers already have in computer-aided molecular design/bioinformatics/OMICS (transcriptome, proteome) field, molecular and cellular biology and immunology approaches (in vitro assays), and in vivo models and image techniques in order to create a Center of Excellence for Research in Target Discovery. (AU). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / Ana Marisa Chudzinski-Tavassi - Coordenador / Denise V Tambourgi - Integrante / Catarina de Fatima Pereira Teixeira - Integrante / Olga Celia Martinez Ibanez - Integrante / Yara Cury - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2013 - Atual

CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-resposta e sinalização Celular, Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicas, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CATcepid-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CATcepid a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CATcepid. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um Grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / SERRANO, SOLANGE M.T. - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Ana Marisa Chudzinski-Tavassi - Integrante / Denise V Tambourgi - Integrante / Maria Carolina Elias - Integrante / JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO DE L. - Integrante / Gisele Picolo - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

Prêmios

2025

Homenagem CRT-SP - 3º Lugar (PROJETO: Estudo e caracterização funcional in silico de proteínas da família de toxinas dermonecróticas em aracnídeos), Feira Brasileira de Ciências e Engenharia (FEBRACE).

2025

4° Lugar em Ciências Exatas e da Terra (PROJETO: Estudo e caracterização funcional in silico de proteínas da família de toxinas dermonecróticas em aracnídeos), Feira Brasileira de Ciências e Engenharia (FEBRACE).

2024

Prêmio Categoria Especialização - Título: Study and in silico characterization of Intrinsically Disordered Proteins in potential toxins in venomous and non-venomous spider (Daniel Marçal Nogueira), Reunião Científica Anual - Instituto Butantan.

2024

Finalista FEBRACE Criatividade e Inovação 2025 (Giovanna Ferreira Cavalcanti - ETEC), FEBRACE - Feira Brasileira de Ciências e Engenharia.

2022

Melhor trabalho PIBITI/CNPq em Ciências da Vida - Instituto Butantan, Instituto Butantan.

2022

Prêmio Destaque 4o Encontro dos(as) alunos(as) de Iniciação Científica e Inovação Tecnológica, Instituto Butantan.

2021

Melhor trabalho PIBITI/CNPq em Ciências da Vida - Instituto Butantan, Instituto Butantan.

2019

Certificado de Melhor Trabalho, XVIII Congresso Médico Acadêmico da Unicamp.

2018

Melhor Trabalho na VI Interonco, Congresso das Ligas de Oncologia - Centro Universitário São Camilo.

2013

Award for Best paper, International Society of Sugar cane Technologists.

Histórico profissional

Endereço profissional

Instituto Butantan, Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada (LETA). , Av. Vital Brasil, 1500, Butantan, 05508900 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (5511) 26279731, Ramal: 215, URL da Homepage:

Experiência profissional

2025 - Atual

Instituto Butantan

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Conselho, Comissão Pós-graduação Toxinologia, Carga horária: 5

Outras informações:
Cargo ou funçãoMembro Titular.

2020 - Atual

Instituto Butantan

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 10

Outras informações:
Coordenador do Centro de Bioinformática e Biologia Computacional do Instituto Butantan O Centro de Bioinformática e Biologia Computacional do Instituto Butantan tem como missão principal a criação de uma Infra-Estrutura Computacional com Supercomputadores com tecnologias GPU para multi-processamento de alto-desempenho. Estabelecer uma estrutura para atender ás demandas Institucionais e ampliar colaborações nacionais e internacionais, permitindo ampliar as pesquisas institucionais e formação de pessoal para atuar em áreas inter e multi-disciplinares como a Bioinformática e Biologia de Sistemas, além do desenvolvimento de softwares, curso e novos recursos.

2020 - Atual

Instituto Butantan

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Docente Colaborador, Carga horária: 10

Outras informações:
Pesquisador Associado do Laboratório de Toxinologia Aplicada vinculado ao Programa de Pós-graduação em Toxinologia do Instituto Butantan como orientador colaborador por meio da orientação da mestranda Aluna Midori Abukawa.

2013 - Atual

Instituto Butantan

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Colaborador como Pesquisador Associado do Projeto: "Rational approach for searching molecular targets involved in inflammatory events and cell survival", processo FAPESP: 15/50040-4

2003 - 2003

Instituto Butantan

Vínculo: Free Lancer, Enquadramento Funcional: Free Lancer, Carga horária: 40

Outras informações:
Administração de Sistemas, Desenvolvimento e Instalação de softwares para análises em Bioinformática

Atividades

09/2013
Pesquisa e desenvolvimento, Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada (LETA).,Linhas de pesquisa

2016 - Atual

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 4

Outras informações:
Colaborador como Pesquisador Associado no Projeto Temático: "Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia", Processo FAPESP: 14/50921-8

2016 - Atual

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 4

Outras informações:
Medicina Regenerativa visando à terapia de doenças crônico-degenerativas (câncer e diabetes). Processo FAPESP: 2016/00676-2

2000 - 2003

Universidade de São Paulo

Vínculo: Técnico em Bioinformática, Enquadramento Funcional: Técnico de Nível Superior, Carga horária: 40

Outras informações:
Administração de Computadores, Desenlvimento de ferramentas e análises do Projeto Genoma Humano do Câncer, Administração e análises do Projeto Genoma de Schistosoma mansoni

2008 - 2008

The Ohio State University

Vínculo: bolsista, Enquadramento Funcional: pesquisador, Carga horária: 48, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Catalogacao e Curagem de Fatores de Transcricao para Gramineas (Milho, Arroz, Sorgo e Cana) Desenvolvimento de Banco de dados e Ferramentas paras analises de Fatores de Transcricao, Promotores e elementos regulatorios Desenvolvimento de pipeline para analise de ChIP-Seq

2004 - 2005

Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer

Vínculo: Analista de Sistemas, Enquadramento Funcional: Analista e Programador, Carga horária: 40

Outras informações:
Atuando na área de desenvolvimento de softwares, clusters de Linux e principalmente na Pesquisa em Bioinformática para o estudo e análises de alternative splicing e de Câncer do Genoma Humano, no laboratório de Biologia Computacional

2005 - 2008

Instituto Uniemp

Vínculo: Tecnico de Bioinformatica, Enquadramento Funcional: Tecnico, Carga horária: 40

Outras informações:
Desenvolvimento de ferramentas e Bancos de Dados, Pesquisas e Análises em Bioinformática com Chips de Micro-Array e RT-PCR.

2003 - 2005

Cooperativa de trabalho dos pesquisadores, docentes, tecnologos e pessoal

Vínculo: Técnico em Bioinformática, Enquadramento Funcional: Técnico de Nível Superior, Carga horária: 40

Outras informações:
Administração de Sistemas, Desenvolvimento de softwares para análises em Bioinformática em Projeto Genoma de Bactérias, estudos de Genômica de Fitopatógenos