Sintia Silva de Almeida

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• ALVES, R. M. ; ABREU, V. A. C. ; OLIVEIRA, R. P. ; ALMEIDA, J. V. A. ; OLIVEIRA, M. M. ; SILVA, S. R. ; PASCHOAL, A. R. ; ALMEIDA, S. ; SOUZA, P. A. F. ; FERRO, J. A. ; MIRANDA, V. F. O. ; FIGUEIRA, A. ; DOMINGUES, D. S. ; VARANI, A. M. . Genomic decoding of Theobroma grandiflorum (cupuassu) at chromosomal scale: evolutionary insights for horticultural innovation. GigaScience , v. 13, p. 27, 2024.

• NOOBLATH, RENO S. ; GOMES, D. H. ; ALMEIDA, S. ; ABREU, V. A. C. . Unraveling Evolutionary Paths: Genomic Divergence and Geographic Secrets of Cylindrospermopsis and Sphaerospermopsis. Revista da Sociedade Brasileira de Computação , v. 1, p. 179, 2024.

• ROCHA, T. S. ; SOUZA, P. A. F. ; PINTO, V. H. S. C. ; FRANCES, R. S. K. ; ALMEIDA, S. ; ABREU, V. A. C. . Multidimensional visualization for multi-omics data analysis. REVISTA FISIO&TERAPIA , v. 27, p. 19, 2023.

• DE ABREU, VINICIUS A. C. ; PERDIGÃO, JOSÉ ; ALMEIDA, SINTIA . Metagenomic Approaches to Analyze Antimicrobial Resistance: An Overview. Frontiers in Genetics , v. 11, p. 1711, 2021.

• ALMEIDA, SINTIA ; SOUSA, CASSIANA ; ABREU, VINÍCIUS ; DINIZ, CARLOS ; DORNELES, ELAINE M. S. ; Lage, Andrey P. ; BARH, DEBMALYA ; Azevedo, Vasco . Exploration of Nitrate Reductase Metabolic Pathway in Corynebacterium pseudotuberculosis. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS (ONLINE) , v. 2017, p. 1-12, 2017.

• ALMEIDA, SINTIA ; DORNELES, ELAINE M. S. ; DINIZ, CARLOS ; ABREU, VINÍCIUS ; SOUSA, CASSIANA ; ALVES, JORIANNE ; CARNEIRO, ADRIANA ; BAGANO, PRISCILLA ; SPIER, SHARON ; BARH, DEBMALYA ; Lage, Andrey P. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Azevedo, Vasco . Quadruplex PCR assay for identification of Corynebacterium pseudotuberculosis differentiating biovar Ovis and Equi. BMC Veterinary Research , v. 13, p. 290, 2017.

• TIWARI, SANDEEP ; JAMAL, SYED B. ; Hassan, Syed S. ; CARVALHO, PAULO V. S. D. ; ALMEIDA, SINTIA ; BARH, DEBMALYA ; GHOSH, PREETAM ; Silva, Artur ; Castro, Thiago L. P. ; Azevedo, Vasco . Two-Component Signal Transduction Systems of Pathogenic Bacteria As Targets for Antimicrobial Therapy: An Overview. Frontiers in Microbiology , v. 8, p. 1878, 2017.

• Almeida,S. ; Sandeep Tiwari ; MARIANO, D. ; ROCHA, F. S. ; JAMAL, SYED BABAR ; COIMBRA, N. A. R. ; RAITTZ, R. T. ; DORELLA, F. A. ; CARVALHO, A. F. ; PEREIRA, F. L. ; LEAL, C. A. G. ; Debmalya Barh ; Ghosh, P. ; FIGUEIREDO, H. C. P. ; MOURA-COSTA, L. F. ; PORTELA, R. W. ; MEYER, R. ; Artur Luiz da Costa da Silva ; AZEVEDO, V. . The genome anatomy of Corynebacterium pseudotuberculosis VD57 a highly virulent strain causing Caseous lymphadenitis. Standards in Genomic Sciences , v. 11, p. 11-29, 2016.

• JUNIOR, A. ; TEIXEIRA, P. ; AZEVEDO, M. ; JAMAL, SYED BABAR ; Sandeep Tiwari ; Almeida,S. ; Artur Luiz da Costa da Silva ; Debmalya Barh ; DORNELES, E. M. S. ; HAAS, D. J. ; HEINEMANN, M. B. ; Ghosh, P. ; LAGE, A. P. ; FERREIRA, R. ; AZEVEDO, V. . Corynebacterium pseudotuberculosis may be under anagenesis and biovar Equi forms biovar Ovis: a phylogenic inference from sequence and structural analysis. BMC Microbiology (Online) , v. 16, p. 1, 2016.

• ALMEIDA, SINTIA ; LOUREIRO, DAN ; PORTELA, RICARDO W. ; MARIANO, DIEGO C. B. ; SOUSA, THIAGO J. ; PEREIRA, FELIPE L. ; DORELLA, FERNANDA A. ; CARVALHO, ALEX F. ; MOURA-COSTA, LILIA F. ; LEAL, CARLOS A. G. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C. ; Meyer, Roberto ; Azevedo, Vasco . Complete Genome Sequence of the Attenuated Corynebacterium pseudotuberculosis Strain T1. Genome Announcements , v. 4, p. e00947-16, 2016.

• ABREU, V. A. C. ; ALMEIDA, S. S. ; Sandeep Tiwari ; Hassan, S. S. ; MARIANO, D. ; Artur Luiz da Costa da Silva ; BAUMBACH, J. ; AZEVEDO, V. ; ROTTGER, R. . CMRegNet-An interspecies reference database for corynebacterial and mycobacterial regulatory networks. BMC Genomics , v. 16, p. 452-453, 2015.

• LOUX, V. ; MARIADASSOU, M. ; ALMEIDA, S. S. ; CHIAPELLO, H. ; HAMMANI, A. ; BURATTI, J. ; GENDRAULT, A. ; BARBE, V. ; AURY, J. ; DEUTSCH, S. ; PARAYRE, S. ; MADEC, M. ; JAN, G. ; CHUAT, V. ; PETERLONGO, P. ; AZEVEDO, V. ; LELOIR, Y. ; FALENTIN, HÉLÈNE . Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii. BMC Genomics , v. 16, p. 296, 2015.

• NALLURI, JOSEPH J ; KAMAPANTULA, BHANU K ; BARH, DEBMALYA ; JAIN, NEHA ; BHATTACHARYA, ANTARIPA ; De Almeida, Sintia ; JUCA RAMOS, ROMMEL ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco ; GHOSH, PREETAM . DISMIRA: Prioritization of disease candidates in miRNA-disease associations based on maximum weighted matching inference model and motif-based analysis. BMC Genomics , v. 16, p. S12, 2015.

• SOUSA, THIAGO JESUS ; MARIANO, DIEGO ; PARISE, DOGLAS ; PARISE, MARIANA ; VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; BENEVIDES, LEANDRO JESUS ; ROCHA, FLÁVIA ; BAGANO, PRISCILLA ; Ramos, Rommel ; Silva, Artur ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; ALMEIDA, SINTIA ; Azevedo, Vasco . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 12C. Genome Announcements , v. 3, p. e00759-15, 2015.

• PETON, V. ; BOUCHARD, D. ; ALMEIDA, SINTIA ; RAULT, L. ; FALENTIN, H. ; JARDIN, J. ; JAN, G. ; HERNANDEZ, D. ; FRANCOIS, P. ; SCHRENZEL, J. ; AZEVEDO, V. ; MIYOSHI, A. ; BERKOVA, N. ; EVEN, S. ; LE LOIR, Y. . Fine-tuned characterization of Staphylococcus aureus Newbould 305, a strain associated with mild and chronic mastitis in bovines. VETERINARY RESEARCH , v. 45, p. 45-106, 2014.

• TIWARI, SANDEEP ; DA COSTA, MARCÍLIA PINHEIRO ; ALMEIDA, SINTIA ; HASSAN, SYED SHAH ; JAMAL, SYED BABAR ; OLIVEIRA, ALBERTO ; FOLADOR, EDSON LUIZ ; ROCHA, FLAVIA ; DE ABREU, VINÍCIUS AUGUSTO CARVALHO ; DORELLA, FERNANDA ; HIRATA, RAFAEL ; DE OLIVEIRA, DIANA MAGALHAES ; DA SILVA TEIXEIRA, MARIA FÁTIMA ; Silva, Artur ; BARH, DEBMALYA ; Azevedo, Vasco . C. pseudotuberculosis Phop confers virulence and may be targeted by natural compounds. Integrative Biology: a new journal of quantitative biosciences from nano to macro , v. 1, p. 1-1, 2014.

• OLIVEIRA, L. C. ; SARAIVA, T. D. L. ; SOARES, S. C. ; RAMOS, R. T. J. ; SA, P. H. C. G. ; Carneiro, A. R. ; MIRANDA, F. ; FREIRE, M. ; RENAN, W. ; JUNIOR, A. F. O. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; SOUZA, B. M. ; CASTRO, C. P. ; DINIZ, C. A. A. ; ROCHA, C. S. ; MARIANO, D. C. B. ; DE AGUIAR, E. L. ; FOLADOR, E. L. ; ALMEIDA, S. S. ; et.al . Genome Sequence of Lactococcus lactis subsp. lactis NCDO 2118, a GABA-Producing Strain. Genome Announcements , v. 2, p. e00980-14-e00980-14, 2014.

• Hassan, S. S. ; Sandeep Tiwari ; GUIMARÃES, L. C. ; JAMAL, S. B. ; FOLADOR, E. L. ; SHARMA, N. B. ; SOARES, S. C. ; ALMEIDA, S. S. ; Amjad Ali ; POVOA, F. D. ; ABREU, V. A. C. ; JAIN, N. ; BHATTACHARYA, A. ; JUNEJA, L. ; MIYOSHI, A. ; SILVA, A. ; Barh, Debmalya ; TURJANSKI, A. G. ; AZEVEDO, V. ; FERREIRA, R. S. ; et.al . Proteome scale comparative modeling for conserved drug and vaccine targets identification in Corynebacterium pseudotuberculosis. BMC Genomics , v. 15, p. S3, 2014.

• Soares, Siomar C. ; Silva, Artur ; Trost, Eva ; BLOM, JOCHEN ; Ramos, Rommel ; CARNEIRO, ADRIANA ; Ali, Amjad ; Santos, Anderson R. ; Pinto, Anne C. ; DINIZ, CARLOS ; BARBOSA, EUDES G. V. ; Dorella, Fernanda A. ; ABURJAILE, FLÁVIA ; ROCHA, FLÁVIA S. ; NASCIMENTO, KARINA K. F. ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; ALMEIDA, SINTIA ; Hassan, Syed S. ; Bakhtiar, Syeda M. ; PEREIRA, ULISSES P. ; et.al . The Pan-Genome of the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis Reveals Differences in Genome Plasticity between the Biovar ovis and equi Strains. Plos One , v. 8, p. e53818, 2013.

• BARH, DEBMALYA ; BARVE, NEHA ; GUPTA, KRISHNAKANT ; CHANDRA, SUDHA ; JAIN, NEHA ; TIWARI, SANDEEP ; LEON-SICAIROS, NIDIA ; CANIZALEZ-ROMAN, ADRIAN ; RODRIGUES DOS SANTOS, ANDERSON ; HASSAN, SYED SHAH ; ALMEIDA, SÍNTIA ; THIAGO JUCÁ RAMOS, ROMMEL ; AUGUSTO CARVALHO DE ABREU, VINICIUS ; RIBEIRO CARNEIRO, ADRIANA ; de Castro Soares, Siomar ; LUIZ DE PAULA CASTRO, THIAGO ; Miyoshi, Anderson ; Silva, Artur ; KUMAR, ANIL ; NARAYAN MISRA, AMARENDRA ; et.al . Exoproteome and Secretome Derived Broad Spectrum Novel Drug and Vaccine Candidates in Vibrio cholerae Targeted by Piper betel Derived Compounds. Plos One , v. 8, p. e52773, 2013.

• ALEKSEEVA, LUDMILA ; RAULT, LUCIE ; ALMEIDA, SINTIA ; LEGEMBRE, PATRICK ; EDMOND, VALÉRIE ; Azevedo, Vasco ; Miyoshi, Anderson ; EVEN, SERGINE ; TAIEB, FRÉDÉRIC ; ARLOT-BONNEMAINS, YANNICK ; LE LOIR, YVES ; BERKOVA, NADIA . Staphylococcus aureus-Induced G2/M Phase Transition Delay in Host Epithelial Cells Increases Bacterial Infective Efficiency. Plos One , v. 8, p. e63279, 2013.

• PEREIRA, ULISSES DE PÁDUA ; RODRIGUES DOS SANTOS, ANDERSON ; HASSAN, SYED SHAH ; ABURJAILE, FLÁVIA FIGUEIRA ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; GUIMARÃES, LUÍS CARLOS ; SILVA DE ALMEIDA, SINTIA ; DINIZ, CARLOS AUGUSTO ALMEIDA ; BARBOSA, MARIA SILVANIRA ; GOMES DE SÁ, PABLO ; Ali, Amjad ; BAKHTIAR, SYEDA MARRIAM ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; Zerlotini, Adhemar ; ARAÚJO, FLÁVIO MARCOS GOMES ; LEITE, LAURA RABELO ; OLIVEIRA, GUILHERME ; Miyoshi, Anderson ; et.al . Complete genome sequence of Streptococcus agalactiae strain SA20-06, a fish pathogen associated to meningoencephalitis outbreaks. Standards in Genomic Sciences , v. 8, p. 188-197, 2013.

• PEREIRA, U.P. ; SOARES, S.C. ; BLOM, J. ; LEAL, C.A.G. ; RAMOS, R.T.J. ; GUIMARÃES, L.C. ; OLIVEIRA, L.C. ; ALMEIDA, S.S. ; HASSAN, S.S. ; Santos, A.R. ; MIYOSHI, A. ; SILVA, A. ; Tauch, A. ; BARH, D. ; AZEVEDO, V. ; FIGUEIREDO, H.C.P. . In silico prediction of conserved vaccine targets in Streptococcus agalactiae strains isolated from fish, cattle, and human samples. Genetics and Molecular Research , v. 12, p. 2902-2912, 2013.

• Soares, Siomar C. ; Trost, Eva ; Ramos, Rommel T.J. ; Carneiro, Adriana R. ; Santos, Anderson R. ; Pinto, Anne C. ; Barbosa, Eudes ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Ali, Amjad ; DINIZ, CARLOS A.A. ; Hassan, Syed S. ; FIAUX, KARINA ; Guimarães, Luis C. ; Bakhtiar, Syeda M. ; PEREIRA, ULISSES ; Almeida, Sintia S. ; Abreu, Vinícius A.C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; Dorella, Fernanda A. ; Miyoshi, Anderson ; et.al . Genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 and prediction of antigenic targets to improve biotechnological vaccine production. Journal of Biotechnology , v. 167, p. 135-141, 2013.

• D'AFONSECA, V. ; SOARES, S. C. ; ALI, A. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; FARIA, C. L. ; BARBOSA, E. G. V. ; GUIMARAES, L. C. ; ESLABAO, M. ; ALMEIDA, S. S. ; ABREU, V. A. C. ; Zerlotini, Adhemar ; CARNEIRO, A. R. ; CERDEIRA, L. T. ; RAMOS, R. T. J. ; HIRATA JR., R. ; MATTOS-GUARALDI, A. L. ; Trost, Eva ; Tauch, Andreas ; et.al . Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. Open Access Bioinformatics , v. 4, p. 1-13, 2012.

• Ali, Amjad ; Soares, Siomar C. ; Santos, Anderson R. ; Guimarães, Luis C. ; Barbosa, Eudes ; ALMEIDA, S. S. ; Abreu, Vinícius A.C. ; Carneiro, Adriana R. ; Ramos, Rommel T.J. ; Bakhtiar, Syeda M. ; Hassan, Syed S. ; Ussery, David W. ; On, Stephen ; Silva, Artur ; Schneider, Maria P. ; Lage, Andrey P. ; MIYOSHI, Anderson ; AZEVEDO, V. ; Azevedo, Vasco . Campylobacter fetus subspecies: Comparative genomics and prediction of potential virulence targets. Gene (Amsterdam) , v. 508, p. 145-156, 2012.

• SANTOS, A. R. ; CARNEIRO, A. R. ; GALA-GARCIA, A. ; PINTO, A. C. ; BARH, D. ; BARBOSA, E. G. V. ; ABURJAILE, F. F. ; DORELLA, F. A. ; ROCHA, F. S. ; GUIMARAES, L. C. ; Zurita-Turk, Meritxell ; RAMOS, R. T. J. ; ALMEIDA, S. ; SOARES, S. C. ; PEREIRA, U. P. ; ABREU, V. A. C. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . The Corynebacterium pseudotuberculosis in silico predicted pan-exoproteome. BMC Genomics , v. 13, p. S6-12, 2012.

• HASSAN, SYED SHAH ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; PEREIRA, ULISSES DE PÁDUA ; ISLAM, ARSHAD ; Ali, Amjad ; BAKHTIAR, SYEDA MARRIAM ; RIBEIRO, DAYANA ; RODRIGUES DOS SANTOS, ANDERSON ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; DORELLA, FERNANDA ; PINTO, ANNE CYBELLE ; Schneider, Maria Paula Cruz ; BARBOSA, MARIA SILVANIRA ; ALMEIDA, SÍNTIA ; ABREU, VINÍCIUS ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Cerdeira, Louise Teixeira ; FIAUX, KARINA ; Barbosa, Eudes ; et.al . Complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis strain P54B96 isolated from antelope in South Africa obtained by rapid next generation sequencing technology. STAND GENOMIC SCI , v. 7, p. 189-199, 2012.

• Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; SANTOS, ANDERSON RODRIGUES DOS ; ALMEIDA, SINTIA ; GUIMARÃES, LUIS ; FIGUEIRA, FLÁVIA ; Barbosa, Eudes ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur . Tips and tricks for the assembly of a genome using a semiconductor sequencer. Microbial Biotechnology (Online) , v. 6, p. n/a-n/a, 2012.

• SILVA, A. ; RAMOS, R. T. J. ; RIBEIRO CARNEIRO, A. ; CYBELLE PINTO, A. ; de Castro Soares, S. ; RODRIGUES SANTOS, A. ; SILVA ALMEIDA, S. ; Guimaraes, L. C. ; FIGUEIRA ABURJAILE, F. ; VIEIRA BARBOSA, E. G. ; ALVES DORELLA, F. ; SOUZA ROCHA, F. ; SOUZA LOPES, T. ; KAWASAKI, R. ; GOMES SA, P. ; DA ROCHA COIMBRA, N. A. ; TEIXEIRA CERDEIRA, L. ; SILVANIRA BARBOSA, M. ; CRUZ SCHNEIDER, M. P. ; Miyoshi, A. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31, Isolated from an Egyptian Buffalo. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6663-6664, 2012.

• Lopes, T. ; SILVA, A. ; Thiago, R. ; Carneiro, A. ; Dorella, F. A. ; ROCHA, F. S. ; dos Santos, A. R. ; LIMA, A. R. J. ; Guimaraes, L. C. ; BARBOSA, E. G. V. ; RIBEIRO, D. ; FIAUX, K. K. ; DINIZ, C. A. A. ; de Abreu, V. A. C. ; DE ALMEIDA, S. S. ; HASSAN, S. S. ; ALI, A. ; BAKHTIAR, S. M. ; Aburjaile, F. F. ; PINTO, A. C. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp267, Isolated from a Llama. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 3567-3568, 2012.

• PETHICK, F. E. ; Lainson, A. F. ; YAGA, R. ; FLOCKHART, A. ; SMITH, D. G. E. ; DONACHIE, W. ; CERDEIRA, L. T. ; SILVA, A. ; BOL, E. ; LOPES, T. S. ; Barbosa, M. S. ; PINTO, A. C. ; dos Santos, A. R. ; SOARES, S. C. ; ALMEIDA, S. S. ; Guimaraes, L. C. ; Aburjaile, F. F. ; ABREU, V. A. C. ; RIBEIRO, D. ; FIAUX, K. K. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 1/06-A, Isolated from a Horse in North America. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 4476, 2012.

• PETHICK, F. E. ; Lainson, A. F. ; YAGA, R. ; FLOCKHART, A. ; SMITH, D. G. E. ; DONACHIE, W. ; CERDEIRA, L. T. ; SILVA, A. ; BOL, E. ; LOPES, T. S. ; Barbosa, M. S. ; PINTO, A. C. ; dos Santos, A. R. ; SOARES, S. C. ; ALMEIDA, S. S. ; Guimaraes, L. C. ; Aburjaile, F. F. ; ABREU, V. A. C. ; RIBEIRO, D. ; FIAUX, K. K. ; et.al . Complete Genome Sequences of Corynebacterium pseudotuberculosis Strains 3/99-5 and 42/02-A, Isolated from Sheep in Scotland and Australia, Respectively. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 4736-4737, 2012.

• Carneiro, A. R. ; RAMOS, R. T. J. ; DALL'AGNOL, H. ; PINTO, A. C. ; de Castro Soares, S. ; SANTOS, A. R. ; Guimaraes, L. C. ; ALMEIDA, S. S. ; BARAUNA, R. A. ; DAS GRACAS, D. A. ; FRANCO, L. C. ; ALI, A. ; HASSAN, S. S. ; NUNES, C. I. P. ; Barbosa, M. S. ; FIAUX, K. K. ; Aburjaile, F. F. ; BARBOSA, E. G. V. ; BAKHTIAR, S. M. ; VILELA, D. ; et.al . Genome Sequence of Exiguobacterium antarcticum B7, Isolated from a Biofilm in Ginger Lake, King George Island, Antarctica. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6689-6690, 2012.

• BOUCHARD, D. ; PETON, V. ; ALMEIDA, S. ; LE MARECHAL, C. ; Miyoshi, A. ; AZEVEDO, V. ; BERKOVA, N. ; RAULT, L. ; FRANCOIS, P. ; SCHRENZEL, J. ; EVEN, S. ; HERNANDEZ, D. ; LE LOIR, Y. . Genome Sequence of Staphylococcus aureus Newbould 305, a Strain Associated with Mild Bovine Mastitis. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6292-6293, 2012.

• HASSAN, S. S. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; RAMOS, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; Ranieri, A. ; Guimaraes, L. C. ; ALI, A. ; BAKHTIAR, S. M. ; Pereira, U. d. P. ; dos Santos, A. R. ; Soares, S. d. C. ; Dorella, F. ; PINTO, A. C. ; RIBEIRO, D. ; Barbosa, M. S. ; ALMEIDA, S. ; Abreu, V. ; Aburjaile, F. ; Fiaux, K. ; Barbosa, E. ; et.al . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp162, Isolated from Camel. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 5718-5719, 2012.

• RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. ; Carneiro, A. R. ; PINTO, A. C. ; Soares, S. d. C. ; SANTOS, A. R. ; ALMEIDA, S. S. ; Guimaraes, L. C. ; Aburjaile, F. F. ; BARBOSA, E. G. V. ; Dorella, F. A. ; ROCHA, F. S. ; CERDEIRA, L. T. ; Barbosa, M. S. ; Tauch, A. ; EDMAN, J. ; SPIER, S. ; Miyoshi, A. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; AZEVEDO, V. ; et.al . Genome Sequence of the Corynebacterium pseudotuberculosis Cp316 Strain, Isolated from the Abscess of a Californian Horse. Journal of Bacteriology (Print) , v. 194, p. 6620-6621, 2012.

• Costa, Marcilia P ; McCulloch, John A ; Almeida, Sintia S ; Dorella, Fernanda A ; Fonseca, Cristina T ; Oliveira, Diana M ; Teixeira, Maria FS ; Laskowska, Ewa ; Lipinska, Barbara ; Meyer, Roberto ; Portela, Ricardo W ; Oliveira, Sergio C ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco ; ALMEIDA, S. S. . Molecular characterization of the Corynebacterium pseudotuberculosis hsp60-hsp10 operon, and evaluation of the immune response and protective efficacy induced by hsp60 DNA vaccination in mice. BMC Research Notes , v. 4, p. 243, 2011.

• Ruiz, Jerônimo C. ; D'Afonseca, Vívian ; Silva, Artur ; Ali, Amjad ; Pinto, Anne C. ; Santos, Anderson R. ; Rocha, Aryanne A. M. C. ; Lopes, Débora O. ; Dorella, Fernanda A. ; Pacheco, Luis G. C. ; Costa, Marcília P. ; Turk, Meritxell Z. ; Seyffert, Núbia ; Moraes, Pablo M. R. O. ; Soares, Siomar C. ; Almeida, Sintia S. ; Castro, Thiago L. P. ; Abreu, Vinicius A. C. ; Trost, Eva ; Baumbach, Jan ; et.al . Evidence for Reductive Genome Evolution and Lateral Acquisition of Virulence Functions in Two Corynebacterium pseudotuberculosis Strains. Plos One , v. 6, p. e18551, 2011.

• Cerdeira, Louise Teixeira ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; de Almeida, Sintia Silva ; D´Afonseca, Vivian ; Schneider, Maria Paula Cruz ; Baumbach, Jan ; Tauch, Andreas ; McCulloch, John Anthony ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho ; Silva, Artur . Rapid hybrid de novo assembly of a microbial genome using only short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis I19 as a case study. Journal of Microbiological Methods , v. xx, p. xx, 2011.

• Trost, Eva ; AL-DILAIMI, A. ; PAPAVASILIOU, P. ; SCHNEIDER, J. ; VIEHOEVER, P. ; BURKOVSKI, A. ; SOARES, S. C. ; ALMEIDA, S. ; DORELLA, F. A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; SILVA, A. ; SANTOS, L. S. ; SABBADINI, P. ; DIAS, A. A. ; HIRATA JR., R. ; MATTOS-GUARALDI, A. L. ; Tauch, Andreas . Comparative analysis of two complete Corynebacterium ulcerans genomes and detection of candidate virulence factors. BMC Genomics , v. 12, p. 383, 2011.

• SILVA DE ALMEIDA, SINTIA ; Miyoshi, Anderson ; Aparecida C. Magalhaes, Aryane ; Ricardo Goulart, Luiz ; Zurita-Turk, Meritxell ; Azevedo, Vasco ; de Castro Soares, Siomar . The Phage Display Technique: Advantages and Recent Patents. Recent Patents in DNA and Gene Sequences , v. 5, p. 136-148, 2011.

• CERDEIRA, L. T. ; PINTO, A. C. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; DE ALMEIDA, S. S. ; dos Santos, A. R. ; BARBOSA, E. G. V. ; ALI, A. ; Barbosa, M. S. ; Carneiro, A. R. ; RAMOS, R. T. J. ; de Oliveira, R. S. ; BARH, D. ; BARVE, N. ; Zambare, V. ; Belchior, S. E. ; Guimaraes, L. C. ; de Castro Soares, S. ; Dorella, F. A. ; ROCHA, F. S. ; de Abreu, V. A. C. ; et.al . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis PAT10 Strain Isolated from Sheep in Patagonia, Argentina. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 6420-6421, 2011.

• Stynen, A. P. R. ; LAGE, A. P. ; Moore, R. J. ; REZENDE, A. M. ; de Resende, V. D. d. S. ; Ruy, P. d. C. ; DAHER, N. ; Resende, D. d. M. ; DE ALMEIDA, S. S. ; Soares, S. d. C. ; de Abreu, V. A. C. ; Rocha, A. A. C. M. ; dos Santos, A. R. ; BARBOSA, E. G. V. ; COSTA, D. F. ; Dorella, F. A. ; Miyoshi, A. ; de Lima, A. R. J. ; Campos, F. D. d. S. ; de Sa, P. G. ; et.al . Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 5871-5872, 2011.

• CERDEIRA, L. T. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; PINTO, A. C. ; DE ALMEIDA, S. S. ; dos Santos, A. R. ; BARBOSA, E. G. V. ; ALI, A. ; Aburjaile, F. F. ; de Abreu, V. A. C. ; Guimaraes, L. C. ; Soares, S. d. C. ; Dorella, F. A. ; ROCHA, F. S. ; BOL, E. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; LOPES, T. S. ; Barbosa, M. S. ; Carneiro, A. R. ; Juca Ramos, R. T. ; Coimbra, N. A. d. R. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain CIP 52.97, Isolated from a Horse in Kenya. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 7025-7026, 2011.

• ASSUMPCAO, M. B. ; MARTINS, L. C. ; BARBOSA, H. P. M. ; BARILE, K. A. S. ; ALMEIDA, S. S. ; ASSUMPCAO, P. P. ; CORVELO, T. C. O. . Helicobacter pylori in dental plaque and stomach of patients from Northern Brazil. World Journal of Gastroenterology , v. 16, p. 3033-3039, 2010.

• SILVA, A. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; Cerdeira, L. ; Barbosa, M. S. ; RAMOS, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; Santos, R. ; Lima, M. ; D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. C. ; PINTO, A. C. ; ALI, A. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. ; de Abreu, V. A. C. ; Trost, E. ; Tauch, A. ; SHPIGEL, N. ; et.al . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis I19, a Strain Isolated from a Cow in Israel with Bovine Mastitis. Journal of Bacteriology (Print) , v. 193, p. 323-324, 2010.

• PINHEIRO, M. C. N. ; HARADA, M. ; YASODA, E. ; NAKANISHI, J. ; OIKAWA, T. ; VIEIRA, J. L. F. ; ALMEIDA, S. S. ; COSTA, S. M. ; SILVEIRA, L. C. L. . Toxicological and Epidemiological Data on Human Exposure to Mercury in the Tapajos River Basin: 1994-1998. Environmental Sciences (Tokyo) (Cessou em 2007) , Japão, v. 2, n.10, p. 99-105, 2003.

• Monteiro Vitorello, Claudia B. ; Carvalho Schaker, Patricia Dayane ; Benevenuto, Juliana ; Teixeira e Silva, Natália de Sousa ; de Almeida, Sintia Silva . Progress in understanding fungal diseases affecting sugarcane: smut. In: Philippe Rott. (Org.). Burleigh Dodds Series in Agricultural Science. 1ed.Cambridge: Burleigh Dodds Science Publishing, 2018, v. 2, p. 221-243.

• De Sousa, Cassiana S. ; Hassan, Syed S. ; Pinto, Anne C. ; Silva, Wanderson M. ; De Almeida, Sintia S. ; de Castro Soares, Siomar ; Azevedo, Marcela S.P. ; Rocha, Clarissa S. ; BARH, DEBMALYA ; Azevedo, Vasco . Microbial Omics. Omics Technologies and Bio-Engineering. 1ed.: Elsevier, 2018, v. 2, p. 3-20.

• Artur Luiz da Costa da Silva ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; ALMEIDA, SINTIA ; Abreu, Vinícius A.C. ; SANTOS, A. R. ; Pinto, Anne C. ; Guimaraes, L. C. ; Barbosa, Eudes ; SCHNEIDER, M. P. C. ; ZAMBARE, V. ; BARH, D. ; Miyoshi, A. ; Azevedo, Vasco . Next-Generation Sequencing and Assembly of Bacterial Genomes. In: Debmalya Barh, Vasudeo Zambare, Vasco Azevedo. (Org.). Omics : applications in biomedical, agricultural, and environmental sciences. 1ed.Boca Raton, FL 33487: CRC Press, 2013, v. 1, p. 1-713.

• ALMEIDA, S. S. . Predição Gênica. In: Vasco Azevedo; Maria Paula Schneider; Artur Costa da Silva; Aluízio Borém. (Org.). Manual Prático-teórico Sequenciamento, Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos. 1ed.Viçosa: Ed. UFV, 2011, v. 1, p. 10-20.

• ALMEIDA, S. S. . Identificação in sílico de proteínas transmembranas ou secretadas. In: Vasco Azevedo; Maria Paula Schneider; Artur Costa da Silva; Aluízio Borém. (Org.). Manual Prático-teórico Sequenciamento, Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos. 1ed.Viçosa: Ed. UFV, 2011, v. 1, p. 9-160.

• ABREU, V. A. C. ; ALMEIDA, S. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. C. ; ALI, A. ; PINTO, A. C. ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; BARBOSA, E. G. V. ; RAMOS, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; CARNEIRO, A. R. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . Whole Genome Annotation: In Silico Analysis. In: Mahmood Akhavan Mahdavi. (Org.). Bioinformatics - Trends and Methodologies. 1ed.Croatia: InTech - Open Access Publisher, 2011, v. 1, p. 679-704.

• ALMEIDA, S. S. . Predição de Epítopos. In: Vasco Azevedo; Maria Paula Schneider; Artur Costa da Silva; Aluízio Borém. (Org.). Manual Prático-teórico Sequenciamento, Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos. 1ed.Viçosa: Ed. UFV, 2011, v. 1, p. 21-30.

• PINHEIRO, M. C. N. ; SILVEIRA, L. C. L. ; ALMEIDA, S. S. ; BACELAR, M. D. R. . Endemias e o Desenvolvimento da Amazônia. In: Alex Fiúza de Mello. (Org.). O futuro da Amazônia: Dilemas, oportunidades e desafios no limiar do século XXI. 1ed.Belém: EDUFPA, 2002, v. , p. 131-154.

• PINHEIRO, M. C. N. ; GUIMARAES, G. A. ; BACELAR, M. D. R. ; MULLER, R. C. S. ; OIKAWA, T. ; SANTOS, W. R. ; SOCORRO, M. P. ; SANTANA, A. ; XAVIER, F. B. ; ALMEIDA, S. S. . Comunidades Ribeirinhas do Tapajós: Condições de vida e Saúde. In: Roberto C. Villas Boas; Christian Beinhoff; Alberto Rogério da Silva. (Org.). Mercury in the Tapajos Basin. 1ed.Rio de Janeiro: CETEM, 2001, v. 1, p. 121-135.

• RUIZ, J. C. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; RESENDE, D. M. ; CERDEIRA, L. T. ; RAMOS, R. T. J. ; ORELLANA, S. C. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. C. ; D'AFONSECA, V. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Segunda Revolução Genômica: Utilização de Sequenciadores de Nova Geração. Microbiologia in Foco, p. 15 - 18, 08 nov. 2009.

• SOARES, S. C. ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; BARBOSA, E. G. V. ; ABURJAILE, F. F. ; GUIMARAES, L. C. ; ALMEIDA, S. S. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; RAMOS, R. T. J. ; CARNEIRO, A. R. ; CERDEIRA, L. T. ; ALI, A. ; SANTOS, A. R. ; ABREU, V. A. C. ; PINTO, A. C. . Plasticidade Genômica e Evolução Bacteriana. Microbiologia in Foco, , v. 16, p. 31 - 38.

• NOOBLATH, RENO S. ; GOMES, DANIEL H. ; Almeida, Sintia S. ; ABREU, VINÍCIUS A. . Unraveling Evolutionary Paths: Genomic Divergence and Geographic Secrets of Cylindrospermopsis and Sphaerospermopsis. In: Simpósio Brasileiro de Bioinformática, 2024, Brasil. Anais do XVII Simpósio Brasileiro de Bioinformática (BSB 2024). p. 179.

• ALMEIDA, S. S. ; VIEIRA, J. L. F. ; PINHEIRO, M. C. N. ; FREITAS JUNIOR, J. A. B. ; RIBEIRO, D. R. G. ; RIBEIRO, R. G. ; AZEVEDO, A. A. ; FERREIRA, M. N. . Concentrações de mercúrio total em peixes consumidos pela população amazônida. In: III Encontro da Associação Nacional de Pós-Graduação e Pesquisa em Ambiente e Sociedade (ANPPAS), 2006, Brasília. Anais do III Encontro da Associação Nacional de Pós-Graduação e Pesquisa em Ambiente e Sociedade (ANPPAS), 2006.

• ALMEIDA, S. ; SCHAKER, P. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Transcriptome Profiles of Resistance Gene Analogs in Saccharum hybrid cultivar RB925345 in response to S. scitamineum infection. In: X-meeting 20017 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and computational Biology (AB3C), 2017, São Pedro. X-meeting 20017 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and computational Biology (AB3C), 2017.

• Almeida,S. ; AZEVEDO, V. . Respiratory nitrate reductase metabolic pathway in Corynebacterium pseudotuberculosis biovar Equi. In: X-meeting 20017 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and computational Biology (AB3C)., 2017, São Pedro. X-meeting 20017 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and computational Biology (AB3C)., 2017.

• SANT'ANNA, P. B. ; TEIXEIRA-SILVA, N. ; SCHAKER, P. ; ALMEIDA, S. S. ; BINI, A. P. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Genetic Characterization of an RGA-RLK involved in sugarcane response to smut disease. In: Brazilian-International Congress of Genetics, 2017, Aguas de Lindoia. Annal of Brazilian-International Congress of Genetics, 2017.

• ALMEIDA, S. S. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Families of resistance gene analogues in sugarcane transcriptome RB925345 tolerant variety. In: 62° Congresso Brasileiro de Genética, 2016, Caxambu. Anals of 62° Congresso Brasileiro de Genética, 2016.

• LOUX, V. ; MARIADASSOU, M. ; ALMEIDA, S. ; CHIAPELLO, H. ; HAMMANI, A. ; BURATTI, J. ; GENDRAULT, A. ; BARBE, V. ; AURY, J. ; DEUTSCH, S. ; NICOLAS, A. ; PARAYRE, S. ; MADEC, M. ; CHUAT, V. ; JAN, G. ; PETERLONGO, P. ; LE LOIR, Y. ; FALENTIN, HÉLÈNE . Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii. In: JOBIM 16.Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, 2015, Clermont-Ferrand. Annals of JOBIM 16.Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, 2015.

• GONCALVES, R. R. ; DINIZ, C. A. A. ; AZEVEDO, V. ; ALMEIDA, SINTIA . Analysis and characterization of functional genes in metabolic pathways of carbohydrate utilization in 15 strains of Corynebacterium pseudotuberculosis using computational system. In: 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá. Anais do 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014.

• SOUSA, T. J. ; PORTELA, R. W. ; SOARES, S. C. ; ALVES, J. ; ALMEIDA, S. S. ; AZEVEDO, V. . Comparative genomic analysis of enzyme synthesis of glycoconjugates chain of Corynebacteium pseudotuberculosis. In: ISCB - Latin American X-Meeting on Bioinformatics with BSB & SoiBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB - Latin American X-Meeting on Bioinformatics with BSB & SoiBio, 2014.

• PETON, V. ; BOUCHARD, D. ; ALMEIDA, S. ; RAULT, L. ; FALENTIN, H. ; JARDIN, J. ; AZEVEDO, V. ; MIYOSHI, A. ; BERKOVA, NADIA ; EVEN, S. ; LE LOIR, Y. . Staphylococcus aureus Newbould 305, a strain associated to mild and chronic mastitis, is well armed to invade bovine mammary tissue. In: 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá. Anais do 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014.

• AOUAR FILHO, R. A. E. ; DEPLANCHE, M. ; ALEKSEEVA, L. ; LADIER, E. ; ALMEIDA, S. ; JARDIN, J. ; HENRY, G. ; AZEVEDO, V. ; LAURENT, F. ; LINA, G. ; TAIEB, FRÉDÉRIC ; ARLOT-BONNEMAINS, Y. ; LE LOIR, Y. ; BERKOVA, N. . Staphylococcus aureus modulates the cell cycle of eukaryotic cells. In: SYMPOSTAPH, 2014, Lyon. Annals of SYMPOSTAPH, 2014.

• ALEKSEEVA, L. ; RAULT, L. ; ALMEIDA, S. ; COUSIN, F. ; LEGEMBRE, PATRICK ; EDMOND, VALÉRIE ; AZEVEDO, V. ; MIYOSHI, A. ; EVEN, S. ; TAIEB, F. ; ARLOT-BONNEMAINS, Y. ; LE LOIR, Y. ; BERKOVA, N. . Staphylococcus aureus alters cell cycle in human and bovine epithelial cells. In: 16. International Symposium on Staphylococci and Staphylococcal Infections, 2014, Chicago. Annals of 16. International Symposium on Staphylococci and Staphylococcal Infections, 2014.

• DINIZ, C. A. A. ; GONCALVES, R. R. ; TIWARI, S. ; SOUSA, T. J. ; AZEVEDO, V. ; ALMEIDA, SINTIA . Computational Approach for Characterization and analysis of the reduction of nitrate and respiratory chain of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi. In: 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá. Anais do 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014.

• ABREU, VINÍCIUS ; ALMEIDA, SINTIA ; MARIANO, D. ; CASTRO, L. ; AMORIM, L. ; DINIZ, C. A. A. ; SOARES, S. C. ; HASSAN, S. S. ; BAUMBACH, J. ; AZEVEDO, V. . CMRegNet: A database of transcriptional regulatory network. In: X-meeting BSB 2013, 2013, Recife. X-meeting BSB 2013, 2013.

• Tiwari, S. ; HASSAN, S. S. ; ALMEIDA, SINTIA ; ABREU, V. A. C. ; CASTRO, L. ; MARIANO, D. ; AMORIM, L. ; DINIZ, C. A. A. ; AGUIAR, E. ; SOARES, S. C. ; AZEVEDO, V. . Efficacy of medicinal-plant-derived antibacterial compounds in the treatment of Pharyngeal Diphtheria: An In silco approach for controlling the pathogenesis of Corynebacterium diphtheria. In: X-meeting BSB 2013, 2013, Recife. X-meeting BSB 2013, 2013.

• DINIZ, C. A. A. ; ABREU, V. A. C. ; Hassan, S. S. ; FOLADOR, E. L. ; Tiwari, S. ; JUNIOR, A. ; MARIANO, D. ; TRINDADE, A. ; AZEVEDO, V. ; ALMEIDA, SINTIA . Comparative metabolomics: approach to analysis sources of carbon and nitrogen pathway of 15 strains of Corynebacterium pseudotuberculosis. In: X-meeting BSB 2013, 2013, Recife. X-meeting BSB 2013, 2013.

• TRINDADE, A. ; JUNIOR, A. ; ALMEIDA, SINTIA ; AZEVEDO, V. . Computational approaches about the evolutionary aspects of phospholipase D from Corynebacterium and Loxosceles. In: X-meeting BSB 2013, 2013, Recife. X-meeting BSB 2013, 2013.

• LADIER, E. ; ALEKSEEVA, LUDMILA ; DEPLANCHE, M. ; ALMEIDA, S. S. ; AZEVEDO, V. ; EVEN, S. ; TAIEB, S. ; ARLOT-BONNEMAINS, Y. ; LE LOIR, Y. ; BERKOVA, NADIA . Soluble factor produced by Staphylococcus aureus modulates the cell cycle of eukaryotic cells. In: 15. International Congress of Immunology, 2013, Milan. Book of abstracts of 15. International Congress of Immunology, 2013.

• PETON, V. ; BOUCHARD, D. ; ALMEIDA, SINTIA ; JARDIN, J. ; LE MARÉCHAL, C. ; MIYOSHI, A. ; Azevedo, Vasco ; BERKOVA, N. ; RAULT, L. ; FRANCOIS, P. ; SCHRENZEL, J. ; HERNANDEZ, D. ; EVEN, S. ; LE LOIR, Y. . Molecular and phenotypic comparison of two Staphylococcus aureus strainsassociated to severe or mild mastitis in cows. In: Journées des microbiologistes de l'INRA 2012, 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue. Annals of Journées des microbiologistes de l'INRA 2012, 2012.

• ALEKSEEVA, L. ; RAULT, L. ; PETON, V. ; ALMEIDA, SINTIA ; COUSIN, F. ; LEGEMBRE, P. ; EDMOND, V. ; Azevedo, Vasco ; MIYOSHI, A. ; EVEN, S. ; TAIEB, F. ; ARLOT-BONNEMAINS, Y. ; LE LOIR, Y. ; BERKOVA, N. . Staphylococcus aureus alters cell cycle in human and bovine epithelial cells. In: Journées des microbiologistes de l'INRA 2012, 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue. Annals de Journées des microbiologistes de l'INRA 2012, 2012.

• ALMEIDA, S. ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; SEYFFERT, N. ; SANTOS, F. A. A. ; SOARES, S. C. ; DORELLA, F. A. ; RIBEIRO, D. ; ANDRADE, H. M. ; FARIA, A. R. ; MIYOSHI, A. ; GOULART, L. R. ; AZEVEDO, V. . Uso das tecnologias SPOT-Synthesis e phage display para caracterização de proteínas imunogênica de Corynebacterium pseudotuberculosis. In: 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.

• MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; ALMEIDA, S. ; SEYFFERT, N. ; PRUDENCIO, C. R. ; SANTOS, F. A. A. ; SOARES, S. C. ; DORELLA, F. A. ; RIBEIRO, D. ; MIYOSHI, A. ; GOULART, L. R. ; AZEVEDO, V. . Utilização de bacteriófago filamentoso expressando proteínas de Corynebacterium pseudotuberculosis identificadas por phage display como potenciais alvos vacinais para a erradicação da Linfadenite Caseosa. In: 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.

• Oliveira, C. A. A. ; GUIMARÃES, A. S. ; SILVA, W. M. ; CASTRO, T. L. P. ; RIBEIRO, D. ; DORELLA, F. A. ; SILVA, R. F. ; GALA-GARCIA, A. ; CARVALHO, R. D. O. ; MORAES, P. M. O. ; ROCHA, F. S. ; Aparecida C. Magalhaes, Aryane ; ALMEIDA, SINTIA ; AOUAR FILHO, R. A. E. ; GOUVEIA, A. M. G. ; MIYOSHI, A. ; Azevedo, Vasco ; SEYFFERT, N. . Avaliação de um Teste Intradérmico de Hipersensibilidade com antígenos secretados de Corynebacterium pseudotuberculosis para o diagnóstico subclínico da Linfadenite Caseosa em caprinos. In: 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.

• CERDEIRA, L. T. ; BOL, E. ; OLIVEIRA, R. ; SANTOS, A. R. ; ALMEIDA, SINTIA ; SCHNEIDER, M. P. C. ; Azevedo, Vasco ; Artur Luiz da Costa da Silva . Estratégia computacional híbrida para montagem de novo de genomas bacterianos sequenciados pela plataforma SOLiD. In: 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.

• GALA-GARCIA, A. ; Dorella, F. ; RIBEIRO, DAYANA ; Rocha, F. S. ; SILVA, W. M. ; Seyffert, Núbia ; CASTRO, T. L. P. ; CARVALHO, R. D. O. ; AOUAR FILHO, R. A. E. ; MORAES, P. M. O. ; Oliveira, C. A. A. ; LEITE, K. M. C. ; ALMEIDA, SINTIA ; Guimaraes, L. C. ; MILITAO, F. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . Avaliação do perfil de ativação de macrófagos, in vitro, por uma linhagem mutante de Corynebacterium pseudotuberculosis. In: 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do 26º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.

• Barbosa, Eudes ; SANTOS, A. R. ; Guimaraes, L. C. ; ABREU, VINÍCIUS ; PINTO, A. C. ; FIAUX, KARINA ; ALMEIDA, SINTIA ; Azevedo, Vasco . Pseudogenes analysis in five strais of C. pseudotuberculosis. In: 7th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2011, Florianópolis. Annals of 7th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2011.

• de Abreu, V. A. C. ; SANTOS, A. R. ; ALMEIDA, SINTIA ; ABURJAILE, F. F. ; Barbosa, Eudes ; FIAUX, K. K. ; Artur Luiz da Costa da Silva ; MIYOSHI, A. ; Azevedo, Vasco . CpDB: A relational Database schema and tools for bacterial genomes annotation and pos-genome research. In: 7th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2011, Florianópolis. Annals of 7th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2011.

• ALMEIDA, S. S. ; SEYFFERT, N. ; PRUDENCIO, C. R. ; SANTOS, F. A. A. ; SOARES, S. C. ; D'AFONSECA, V. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; RIBEIRO, D. ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; FARIA, C. L. ; MIYOSHI, A. ; MOORE, R. ; GOULART, L. R. ; AZEVEDO, V. . Identificação de desordem proteica em proteoma de Corynebacterium pseudotuberculosis usando dados de phage display. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; ALMEIDA, S. S. ; SEYFFERT, N. ; PRUDENCIO, C. R. ; SANTOS, F. A. A. ; SOARES, S. C. ; D'AFONSECA, V. ; RIBEIRO, D. ; FARIA, C. L. ; MIYOSHI, A. ; GOULART, L. R. ; AZEVEDO, V. . Utilização de peptídeos sintéticos de C. pseudotuberculosis identificados por phage display como potenciais alvos vacinais na erradicação da Linfadenite Caseosa. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• PINTO, A. C. ; D'AFONSECA, V. ; SANTOS, A. R. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. C. ; FARIA, C. L. ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; RUIZ, J. C. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . Estudo da Arquitetura genômica de duas linhagens do patógeno Corynebacterium pseudotuberculosis e seu estilo de vida. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• Soares, S. d. C. ; ALMEIDA, SINTIA ; Seyffert, Núbia ; SILVA, W. M. ; RIBEIRO, D. ; SANTOS, F. A. A. ; PRUDENCIO, C. R. ; MIYOSHI, A. ; GOULART, L. R. ; Vieira, Carlos U. ; Azevedo, Vasco . Construção de uma biblioteca de scfv para identificação de proteínas imunogênicas de C. pseudotuberculosis com potencial vacinal. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. Anais do 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• Soares, Siomar C. ; ABREU, V. A. C. ; McCulloch, John ; D'AFONSECA, V. ; Ramos, Rommel ; ALI, A. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; ALMEIDA, SINTIA ; MIYOSHI, A. ; Azevedo, Vasco . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. In: 6th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2010, Ouro Preto. Annals of 6th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2010.

• ALMEIDA, SINTIA ; ABREU, VINÍCIUS ; Aparecida C. Magalhaes, Aryane ; SOARES, S. C. ; D'AFONSECA, V. ; PINTO, A. C. ; MIYOSHI, A. ; Azevedo, Vasco . In silico identification of CRISPR in four Corynebacterium pseudotuberculosis strains. In: 6th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2010, Ouro Preto. Annals of 6th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2010.

• D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. C. ; PINTO, A. C. ; RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. ; MOORE, R. ; MIYOSHI, A. ; RUIZ, J. C. ; AZEVEDO, V. . Genômica comparativa entre diferentes linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis. In: 25º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009, Porto de Galinhas. Anais do 25º Congresso Brasileiro de Microbiologia.

• RAMOS, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; RESENDE, D. M. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. C. ; SANTOS, A. R. ; SILVA, R. R. ; ORELLANA, S. C. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; SILVA, J. L. ; OLIVEIRA, G. C. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. ; RUIZ, J. C. . A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Anais do Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática, 2009.

• D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. C. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; RESENDE, D. M. ; OLIVEIRA, G. C. ; RAMOS, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; ORELLANA, S. C. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; RUIZ, J. C. ; AZEVEDO, V. . Comparative genomics between Corynebacterium pseudotuberculosis strains. In: Simpósio Interdisciplinar Fíısica+Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Anais do Simpósio Interdisciplinar Fíısica+Bioinformática, 2009.

• SOARES, S. C. ; D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; RAMOS, R. T. J. ; RESENDE, D. M. ; ORELLANA, S. C. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. ; RUIZ, J. C. . Pathogenicity islands in bacteria: A next generation sequence approach overview of Corynebacterium genomes. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática, 2009. Anais do Simpósio Interdisciplinar Fíısica+Bioinformática, 2009.

• PINTO, A. C. ; RESENDE, D. M. ; SOARES, S. C. ; D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; MOORE, R. ; SILVA, A. ; RUIZ, J. C. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . ANALISE COMPARATIVA DOS PSEUDOGENES ENTRE DUAS LINHAGENS DE Corynebacterium pseudotuberculosis (C231 e 1002) E OUTRA ESPÉCIE Corynebacterium diphtheriae (NCTC 13129). In: 25º Crongresso brasileiro de Microbiologia, 2009, Porto de Galinhas. Anais do 25º Crongresso brasileiro de Microbiologia, 2009.

• SOARES, S. C. ; D'AFONSECA, V. ; PINTO, A. C. ; ALMEIDA, S. S. ; ORELLANA, S. C. ; SILVA, A. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. ; AZEVEDO, V. ; MIYOSHI, A. . Identificação, Caracterização e Comparação in silico das Ilhas de Patogenicidade (PAIs) de Corynebacterium pseudotuberculosis. In: 25º Crongresso Brasileiro de Microbiologia, 2009, Porto de Galinhas. Anais do 25º Crongresso Brasileiro de Microbiologia, 2009.

• ALMEIDA, S. S. ; SEYFFERT, N. ; PRUDENCIO, C. R. ; SANTOS, F. A. A. ; D'AFONSECA, V. ; SOARES, S. C. ; RIBEIRO, D. ; MIYOSHI, A. ; GOULART, L. R. ; AZEVEDO, V. . Desenvolvimento de peptídeos recombinantes de Corynebacterium pseudotuberculosis por phage display. In: 25º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009.

• RAMOS, R. T. J. ; D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, SINTIA ; Cerdeira, L. ; SOARES, S. C. ; PINTO, A. C. ; RESENDE, D. M. ; ORELLANA, S. C. ; SILVA, J. L. ; SILVA, R. R. ; Azevedo, Vasco ; SILVA, A. ; RUIZ, J. C. . Sequenciamento dos Genomas de linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando a plataforma Solid. In: 25º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009.

• D'AFONSECA, V. ; MORAES, P. M. O. ; DORELLA, F. A. ; PACHECO, L. G. C. ; ALMEIDA, S. S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; CERQUEIRA, P. G. ; SEYFFERT, N. ; CASTRO, T. L. P. ; SOARES, S. C. ; PROSDOCIMI, F. ; PENA, I. ; ORTEGA, J. M. ; OLIVEIRA, S. C. ; COSER, E. M. ; OLIVEIRA, G. C. ; MEYER, R. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. ; et.al . Caracterização do conteúdo gênico e organização genômica de Corynebacterium pseudotuberculosis.. In: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador. Anais da Sociedade Brasileira de Genética, 2008.

• D'AFONSECA, V. ; MORAES, P. M. O. ; DORELLA, F. A. ; PACHECO, L. G. C. ; ALMEIDA, S. S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; CERQUEIRA, P. G. ; SEYFFERT, N. ; CASTRO, T. L. P. ; SOARES, S. C. ; PROSDOCIMI, F. ; PENA, I. ; ORTEGA, J. M. ; OLIVEIRA, S. C. ; OLIVEIRA, G. C. ; COSER, E. M. ; OLIVEIRA, L. M. ; MEYER, R. ; MIYOSHI, A. ; et.al . Construção de uma biblioteca genômica de Corynebacterium pseudotuberculosis e sua caracterização através de Genome Sequence Survey (GSS). In: 26º Reunião de Genética de Microrganismos, 2008, Salvador. Anais do 26º Reunião de Genética de Microrganismos, 2008.

• ALMEIDA, S. S. ; CORVELO, T. C. O. ; LOIOLA, R. S. P. ; MIRANDA, P. R. O. ; SILVA, A. . Identificação da diversidade bacteriana na placa dental de indivíduos de uma comunidade escolar em Belém-PA. In: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia. 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007.

• PINHEIRO, M. C. N. ; OIKAWA, T. ; ALMEIDA, S. S. ; SILVEIRA, L. C. L. . Índices de exposição mercurial em mulheres de comunidades ribeirinhas da Amazônia. In: I Reunião Regional da Federação de Sociedades de Biologia Experimental (FeSBE)., 2005, Belém. Resumos da I Reunião Regional da Federação de Sociedades de Biologia Experimental (FeSBE).. São Paulo: Federação de Sociedades de Biologia Experimental (FeSBE), 2005. v. 1. p. 09001.

• ALMEIDA, S. ; PINHEIRO, M. C. N. . Concentraçoes demercurio em crianças residentes em áreas ribeirinhas da Amazônia. In: I Reunião Regional da Federação de Sociedades de Biologia Experimental (FeSBE), 2005, Belém. Anais da I Reunião Regional da Federação de Sociedades de Biologia Experimental (FeSBE), 2005.

• Almeida,S. . Bioinformática no melhoramento de plantas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• ALMEIDA, SINTIA . Identificação e caracterização de peptídeos bioativosatravés de phage display usando genoma completo de Corynebacterium pseudotuberculosis. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALMEIDA, SINTIA . A experiência do LGCM no sequenciamento de genomas de 8 linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• ALMEIDA, S. ; SOUSA, T. J. ; Tiwari, S. ; MARIANO, D. ; ROCHA, F. S. ; BARH, DEBMALYA ; Ramos, Rommel ; Silva, A. ; AZEVEDO, V. . Corynebacterium pseudotuberculosis strain 29156, complete genome 2015 (Genoma bacteriano).

• RUIZ, J. C. ; SILVA, A. ; D'AFONSECA, V. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; DE ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. C. ; RESENDE, D. M. ; COSTA, M. P. ; DORELLA, F. A. ; PACHECO, L. G. C. ; SEYFFERT, N. ; CASTRO, T. L. P. ; MORAES, P. M. O. ; VIEIRA, C. U. ; FRANCO, G. ; ORTEGA, J. M. ; GOULART, L. R. ; GRYNBERG, P. ; MEYER, R. ; et.al . Corynebacterium pseudotuberculosis 1002, complete genome 2010 (Genoma bacteriano).

• Silva, A. ; Schneider, M. P. C. ; Cerdeira, L. ; BARBOSA, M. S. ; RAMOS, R.T.J. ; CARNEIRO, ADRIANA ; Santos, R. ; Lima, M. ; D'AFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; Santos, A.R. ; SOARES, S. C. ; PINTO, A. C. ; ALI, A. ; Dorella, F. ; ROCHA, F. S. ; MIYOSHI, A. ; SHPIGEL, N. ; Shpigel, N. ; AZEVEDO, V. ; et.al . Corynebacterium pseudotuberculosis I19, complete genome 2010 (Genoma bacteriano).

• RUIZ, J. C. ; SILVA, A. ; D'AFONSECA, V. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. C. ; ALMEIDA, S. ; RESENDE, D. M. ; DORELLA, F. A. ; PACHECO, L. G. C. ; SEYFFERT, N. ; CASTRO, T. L. P. ; MIYOSHI, A. ; MOORE, R. ; AZEVEDO, V. . Corynebacterium pseudotuberculosis C231, complete genome 2010 (Genoma bacteriano).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Laboratório de Bioinformática e Computação de Alto Desempenho - LaBioCAD, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Regiane Kawasaki - Integrante / Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Coordenador.

• 2024 - Atual

  RedeLattes: A Próxima Geração de Plataforma Acadêmica, Descrição: O objetivo desta proposta é criar uma plataforma web inteligente e inovadora chamada RedeLattes para atender às demandas crescentes de análises complexas sobre a comunidade acadêmica brasileira. A RedeLattes será construída sobre uma sólida abordagem de inteligência artificial, concentrando-se particularmente na ciência e mineração de dados, e com ênfase na integração, correlação e gestão de currículos acadêmicos para fornecer informações valiosas e não-triviais com potencial para nortear futuras colaborações interinstitucionais. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Reginaldo Cordeiro dos Santos Filho - Coordenador.

• 2020 - Atual

  Genoma e transcriptoma do Theobroma grandiflorum (cupuaçu): uma abordagem comparativa, evolutiva e funcional., Descrição: O cupuaçuzeiro (Theobroma grandiflorum), membro da família Malvaceae, é uma das espécie mais populares da Amazônia brasileira. A polpa dos frutos do cupuaçu é muito apreciada para preparo de sucos, doces, licores, geleias, sorvetes e outros produtos alimentícios. As sementes são utilizadas na fabricação de chocolate em pó, tabletes (cupulate) e na indústria de cosméticos. Diversas doenças afetam a cultura, dentre elas a vassoura-de-bruxa, ocasionada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, causando grandes perdas de produtividade. Esta proposta de pesquisa pretende realizar o sequenciamento genômico e transcriptômico por plataformas de alto rendimento de dois genótipos de Theobroma grandiflorum e compará-los frente aos genomas sequenciados da espécie congênere T. cacao (genótipos Criollo e Matina) disponível em bases de dados públicas. Esta proposta estará alinhada com os requerimentos e padronizações do Projeto Biogenoma da Terra, uma iniciativa internacional que pretende sequenciar, catalogar e caracterizar os genomas de toda a biodiversidade eucariótica da Terra. A realização deste projeto de pesquisa também permitirá a colaboração entre dois grupos com expertises complementares. O grupo do Prof. Alessandro Varani da Universidade Estadual Paulista (UNESP) Câmpus Jaboticabal, com experiência em genética molecular, genômica de plantas e bioinformática, e o grupo do Prof. Vinícius Abreu da Universidade Federal do Pará (UFPA) Câmpus Belém/Guamá, com experiência em genômica comparativa, bancos de dados biológicos, bioinformática e genética e melhoramento de cupuaçu.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Abreu, V. - Coordenador / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Rafael Moyses Alves - Integrante / Lucilia Helena Marcellino - Integrante.

• 2020 - Atual

  Desenvolvimento de um pipeline em R para análise multivariada de dados de citometria de fluxo, Descrição: A citometria de fluxo é uma das ferramentas fundamentais de pesquisa. A capacidade de observar mudanças multidimensionais na expressão e atividade de proteínas na resolução de uma única célula para um grande número de células fornece uma perspectiva única sobre o comportamento das populações de células. No entanto, a análise de dados multidimensionais complexos é um dos obstáculos para um uso mais amplo da citometria de fluxo policromática. À medida que os experimentos de citometria de fluxo aumentam em complexidade (ou seja, aumentam o número de parâmetros medidos por célula), ferramentas mais sofisticadas para análise de dados se tornam necessárias. Na verdade, um dos principais obstáculos para análises multicoloridas complexas é o processamento de dados e a interpretação adequada. Algoritmos de processamento automatizado foram propostos para facilitar o processamento de grandes conjuntos de dados complexos. No entanto, o processamento de dados de citometria de fluxo ainda é amplamente realizado manualmente. Para ajudar a superar esse obstáculo para o experimento de citometria de fluxo em pequena escala, o objetivo deste projeto é gerar um fluxo de trabalho típico para processamento e análise de dados de citometria de fluxo usando a plataforma de código aberto para análise de dados: o Biocondutor.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Coordenador / Diego Wilke - Integrante / Nicole Sousa - Integrante.

• 2019 - Atual

  Genoma e transcriptoma do Theobroma grandiflorum (cupuaçu): uma abordagem comparativa, evolutiva e funcional., Descrição: O cupuaçuzeiro (Theobroma grandiflorum), membro da família Malvaceae, é uma das espécie mais populares da Amazônia brasileira. A polpa dos frutos do cupuaçu é muito apreciada para preparo de sucos, doces, licores, geleias, sorvetes e outros produtos alimentícios. As sementes são utilizadas na fabricação de chocolate em pó, tabletes (cupulate) e na indústria de cosméticos. Diversas doenças afetam a cultura, dentre elas a vassoura-de-bruxa, ocasionada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, causando grandes perdas de produtividade. Esta proposta de pesquisa pretende realizar o sequenciamento genômico e transcriptômico por plataformas de alto rendimento de dois genótipos de Theobroma grandiflorum e compará-los frente aos genomas sequenciados da espécie congênere T. cacao (genótipos Criollo e Matina) disponível em bases de dados públicas. Esta proposta estará alinhada com os requerimentos e padronizações do Projeto Biogenoma da Terra, uma iniciativa internacional que pretende sequenciar, catalogar e caracterizar os genomas de toda a biodiversidade eucariótica da Terra. A realização deste projeto de pesquisa também permitirá a colaboração entre dois grupos com expertises complementares. O grupo do Prof. Alessandro Varani da Universidade Estadual Paulista (UNESP) Câmpus Jaboticabal, com experiência em genética molecular, genômica de plantas e bioinformática, e o grupo do Prof. Vinícius Abreu da Universidade Federal do Pará (UFPA) Câmpus Belém/Guamá, com experiência em genômica comparativa, bancos de dados biológicos, bioinformática e genética e melhoramento de cupuaçu.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Abreu, V. - Coordenador / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Rafael Moyses Alves - Integrante / Lucilia Helena Marcellino - Integrante.

• 2019 - Atual

  Alterações no microbioma intestinal de indivíduos com transtorno mental., Descrição: : Tecnologias de sequenciamento de nova geração têm o potencial para decifrar a diversidade genômica a um custo moderado e elevada confiabilidade e tem sido aplicados com sucesso no sequenciamento metagenômico. É conhecido o papel da microbiota na modulação da homeostase intestinal, desde que a caracterização deste ecossistema e identificação de qualquer desequilíbrio (disbiose) pode ser crucial para melhor compreensão dos diversos tios de transtorno mental e da refratariedade apresentada por alguns indivíduos, dessa maneira a abordagem de análise do metagenoma, surge como uma área promissora utilizando a tecnologia de sequenciamento para uma maior compreensão da fisiologia e da saúde humana. Essa abordagem pode auxiliar na realização de inferências quanto à epidemiologia e estilo de vida do gênero, bem como entender a interação patógeno-hospedeiro. Além disso, a metagenômica permitirá a caracterização da arquitetura metagenômica presente em indivíduos afetados por transtornos mentais. Além disso o projeto ainda tem como objetivos identificar qual a melhor metodologia para extração e conservação de amostras de fezes para análise do microbioma intestinal.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Coordenador / Fábio Miyajima - Integrante / Vânia Melo - Integrante.

• 2016 - 2018

  RGAs e defesa pré-formada associados a resposta da cana-de- açúcar na interação com o fungo causador do carvão da cana, Descrição: O objetivo geral deste projeto é avaliar genes e metabólitos potencialmente associados a interação nos momentos iniciais da infecção. Os genes candidatos identificados em projeto anterior de análise de transcriptomica via RNA-seq são ortólogos a RGAs (Resistance Gene Analogs) e serão avaliados quanto a expressão em diferentes variedades de cana com níveis de resistência diferentes. Serão analisados também os metabolitos que potencialmente protegem o meristema dos toletes contendo gemas contra a infecção do fungo. A resistência pré-formada na forma de escama retarda a penetração do fungo. Além de barreira física, existem diferenças quanto a composição química nessas estruturas que podem da mesma forma inibir ou retardar a penetração (resultados preliminares). Os genes e metabólitos que apresentarem os melhores resultados quanto a sua indução na variedade resistente serão analisados quanto a sua sequência de DNA, assim como vias de síntese de metabólitos que possam ser utilizados como marcadores moleculares para resistência ou susceptibilidade.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Caracterização das vias de utilização de fontes de carbono e nitrogênio de 15 linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis, Descrição: Tecnologias de sequenciamento de nova geração têm o potencial para decifrar a diversidade genômica a um custo moderado. Corynebacterium pseudotuberculosis, é parasita intracelular facultativo, responsável por causar enfermidades infecto-contagiosas de caráter crônico. A doença se apresenta de diferentes formas, de acordo com o hospedeiro acometido. Linhagens de C. pseudotuberculosis mostram alta adaptabilidade para diversos nichos ecológicos e são capazes de crescer em algumas fontes carbono, bem como existem linhagens capazes de realizar a redução de nitrato. O objetivo deste trabalho será descobrir as bases genéticas e as características específicas de cada linhagem relacionadas a habilidade da bactéria utilizar fontes específicas de carbono e nitrogênio. Serão analisados 15 genomas completos de C. pseudotuberculosis, para identificação das vias de degradação de carboidratos e redução de nitrato. Genes constituintes destas vias serão identificados em bancos de dados como KEGG, serão construídos clusters de proteínas ortólogas para comparação entre todos os genomas. Validação experimental será realizada por fenotipagem, e validação da função das vias de redução de nitrato existentes será realizada por interrupção gênica e confirmada por PCR. Com este trabalho inédito para a espécie nós pretendemos utilizar genômica comparativa e validação experimental para tentar entender e caracterizar vias metabólicas ainda não conhecidas em C. pseudotuberculosis.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Coordenador / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Vinícius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Carlos Augusto Almeida Diniz - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5

• 2010 - 2010

  Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração NGS-SOLiD: Sequenciamento, montagem e anotação de um genoma bacteriano., Descrição: Submetido para Edital MCT/CNPq/CTBio/CBAB nº 40/2009 - Cursos para Formação de RH em Biotecnologia. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Vívian D'Afonseca da Silva de Resende - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador / Siomar Castro Soares - Integrante / Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante.

• 2010 - 2010

  Anotação funcional do genoma do patógeno Campylobacter fetus subsp. venerialis, Descrição: Anotação funcional do genoma do patógeno Campylobacter fetus subsp. venerialis. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Vívian D'Afonseca da Silva de Resende - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Anne Cybelle Pinto - Integrante / Anderson Rodrigues dos Santos - Integrante / Siomar de Castro Soares - Integrante / Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Robert Moore - Integrante / Jeronimo Conceição Ruiz - Integrante / Amjad Ali - Integrante / Aryane Aparecida Cassiano Magalhães - Integrante / Ana Paula Stynen - Integrante / Andrey Pereira Lage - Coordenador.

• 2008 - 2011

  Estudos pangenômicos e de genômica comparativa entre diferentes linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis para a erradicação da linfadenite caseosa, Descrição: Projeto de Pesquisa: Desenvolvimento da tese intitulada: 'Estudos pangenômicos e de genômica comparativa entre diferentes linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis para a erradicação da linfadenite caseosa'. O projeto de doutorado conta com a parceria entre duas instituições: Universidade Federal de Minas Gerais, Universidade Federal do Pará e Instituto de Pesquisa Renée Rachou - FIOCRUZ. Os dados gerados para o projeto são oriundos de sequenciadores next-generation SOLiD e as análises de genômica comparativa e pangenômica das diferentes linhagens do patógeno citado acima, serão realizadas em duas etapas: 1) validação dos dados gerados pelas novas tecnologias de sequenciamento SOLiD em uma abordagem de montagem de genomas 'ab initio'; implementação de um pipeline adequado que realize a análise ab initio de montagem e; 2) Genômica comparativa e pangenômica;.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (6) . , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Vívian D'Afonseca da Silva de Resende - Coordenador / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Anderson Miyoshi - Integrante / Anne Cybelle Pinto - Integrante / Anderson Rodrigues dos Santos - Integrante / Siomar de Castro Soares - Integrante / Pablo Matias Ribeiro de Oliveira Moraes - Integrante / Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Robert Moore - Integrante / Louise Teixeira Cerdeira - Integrante.

• 2006 - 2010

  Sífilis-Perfil Epidemiológico e Aplicação de Técnicas moleculares para o Diagnóstico e Controle da Infecção Congênita, Descrição: Estabelecer a prevalência da sífilis no binômio mãe/recém-nascido atendido nos Hospitais Fundação Santa Casa de Misericórdia ? PA e Hospital das Clínicas Gaspar Viana, além da Unidade de Saúde do Telégrafo mostrando quais os potenciais fatores que as mulheres e seus respectivos filhos estão expostos à infecção pelo Treponema pallidum; além de indicar através de uma análise comparativa e da avaliação do custo-benefício, que métodos de diagnóstico molecular teriam uma sensibilidade e especificidade acurada para a detecção da sífilis adquirida e em especial a sífilis congênita. Mostrar a eficiência, precisão e reprodutibilidade de técnicas moleculares para sua posterior aplicação na rotina clínica como diagnóstico precoce da sífilis congênita é o produto que consubs-tanciará a análise final dos dados epidemiológicos e laboratoriais envolvidos neste projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Tereza Cristina de Oliveira Corvelo - Coordenador / Charliana Aragão Damasceno - Integrante / Francisco Lúzio de Paula Ramos - Integrante / Eliete da Cunha Araújo - Integrante / Nelma Rodrigues dos Santos - Integrante / Igor Brasil Costa - Integrante., Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.

• 2001 - 2005

  Neuropatologias regionais da Amazônia: estudo neurofisiológico das repercussões visuais da intoxicação mercurial, Descrição: Estudar as repercussões sobre o sistema visual humano da intoxicação mercurial e de outras neuropatologias de interesse regional (e.g. intoxicação medicamentosa pela cloroquina). São utilizados métodos psicofísicos e eletrofisiológicos não invasivos, como a eletrorretinografia (ERG) e o registro do potencial provocado cortical visual (VECP), para avaliar o desempenho do sistema visual nas suas dimensões temporal e espacial, acromática e cromática. Os procedimentos escolhidos permitem que essa avaliação compreenda níveis de integração progressivamente mais centrais do sistema visual os níveis retiniano, cortical e comportamental. Desenvolver modelos animais para o estudo dos efeitos da intoxicação mercurial sobre o sistema nervoso. São usados primatas (Cebus) para estudar os efeitos do mercúrio sobre as funções visuais avaliadas pelo registro do VECP e sobre a morfologia de populações neuronais do sistema visual coradas com métodos clássicos ou marcadas por imunocitoquímica. São usados roedores (Rattus) e peixes (Hoplias) para estudar os efeitos do mercúrio sobre as propriedades biofísicas neuronais pelo registro intracelular em retina e fatias de tecido nervoso mantidas vivas in vitro; a morfologia neuronal também é estudada post mortem através da injeção intracelular de neurotraçadores e marcação imunocitoquímica específica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (18) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (7) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Integrante / Luiz Carlos de Lima Silveira - Coordenador.

Projetos de desenvolvimento

• 2024 - Atual

  "RedeLattes: A Próxima Geração de Plataforma Acadêmica, Descrição: O objetivo desta proposta é criar uma plataforma web inteligente e inovadora chamada RedeLattes para atender às demandas crescentes de análises complexas sobre a comunidade acadêmica brasileira. A RedeLattes será construída sobre uma sólida abordagem de inteligência artificial, concentrando-se particularmente na ciência e mineração de dados, e com ênfase na integração, correlação e gestão de currículos acadêmicos para fornecer informações valiosas e não-triviais com potencial para nortear futuras colaborações interinstitucionais. A plataforma contemplará avançadas capacidades de análise de dados, oferecendo uma visão abrangente do perfil acadêmico brasileiro. Como resultado da ampla aceitação da proposta, o projeto deverá promover a colaboração entre os pesquisadores de instituições públicas de ensino do país por meio da transparência de seus projetos de pesquisa, publicações e atuações em diversas áreas do conhecimento. Sendo uma proposta totalmente alinhada ao Sistema RNP, a RedeLattes impulsionará a visibilidade das pesquisas e dos pesquisadores no academicismo brasileiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Coordenador / Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / PERDIGÃO, JOSÉ - Integrante / Reginaldo Cordeiro dos Santos Filho - Integrante.

• 2024 - Atual

  "RedeLattes: A Próxima Geração de Plataforma Acadêmica, Descrição: O objetivo desta proposta é criar uma plataforma web inteligente e inovadora chamada RedeLattes para atender às demandas crescentes de análises complexas sobre a comunidade acadêmica brasileira. A RedeLattes será construída sobre uma sólida abordagem de inteligência artificial, concentrando-se particularmente na ciência e mineração de dados, e com ênfase na integração, correlação e gestão de currículos acadêmicos para fornecer informações valiosas e não-triviais com potencial para nortear futuras colaborações interinstitucionais. A plataforma contemplará avançadas capacidades de análise de dados, oferecendo uma visão abrangente do perfil acadêmico brasileiro. Como resultado da ampla aceitação da proposta, o projeto deverá promover a colaboração entre os pesquisadores de instituições públicas de ensino do país por meio da transparência de seus projetos de pesquisa, publicações e atuações em diversas áreas do conhecimento. Sendo uma proposta totalmente alinhada ao Sistema RNP, a RedeLattes impulsionará a visibilidade das pesquisas e dos pesquisadores no academicismo brasileiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Sintia Silva de Almeida - Coordenador / Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / PERDIGÃO, JOSÉ - Integrante / Reginaldo Cordeiro dos Santos Filho - Integrante.

Prêmios