Luiz Filipe Protasio Pereira

Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual de Londrina (1986), mestrado em Crop Biotechnology - (1993) e doutorado em Plant Genetics (1998) ambos na University of Guelph, Canadá. Pesquisador da Embrapa Café desenvolvendo atividades no Laboratório de Biotecnologia do IDR Paraná (IAPAR), Londrina, Paraná. Trabalhou como pesquisador visitante no Centro de Cooperação Internacional em Pesquisa Agronomica para o Desenvolvimento - CIRAD, Montpellier, França de 2015 a 2016. Professor nos cursos de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular do departamento de Biologia da Universidade Estadual de Londrina e no Curso de Pós Graduação em Bioinformática da UTFPR-Cornelio Procópio. Membro do Comitê Gestor do INCT-Café. Membro da Comissão Técnica Nacional de Biossegurança - CTNBio. Tem experiência na área de Biologia Molecular e Genética de Plantas, atuando principalmente com Coffea arabica nos seguintes temas: transcriptoma; genômica; mapeamento genético e associação genomica ampla de cafeeiros.

Informações coletadas do Lattes em 04/08/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Plant Genetics

1993 - 1998

University Of Guelph
Título: Studies on phenylalanine ammonia-lyase and peroxidases in cassava (Manihot esculenta Crantz) during post-harvest deterioration and interaction with xanthomonas
Orientador: Larry Erickson
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Manihot; phenylalanine ammonia-lyase PAL; Peroxidase; post-harvest deterioration; Xanthomonas bacterial blight.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Botânica / Subárea: Fisiologia Vegetal. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.

Mestrado em Crop Biotechnology

1991 - 1993

University Of Guelph
Título: Parameters affecting transient and stable transformation of alfalfa (Medicago sativa L.) via particle bombardment, Ano de Obtenção: 1993
Orientador: Larry Erickson
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Plant Transformation; Biolistic; Medicago; Particle bombardment.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.

Graduação em Ciências Biológicas

1983 - 1986

Universidade Estadual de Londrina
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Pós-doutorado

2015 - 2016

Pós-Doutorado. , CIRAD, CIRAD, França. , Bolsista do(a): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal / Especialidade: mapeamento genetico. , Grande Área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Fitotecnia / Especialidade: Melhoramento Vegetal.

Formação complementar

2006 - 2006

Pesquisador Visitante. (Carga horária: 240h). , La Recherche Agronomique pour le Développement, CIRAD, França.

2000 - 2000

Gene Isolation Advanced Methods In Positional Clon. (Carga horária: 72h). , Cold Spring Harbor Laboratory, CSH, Brasil.

2000 - 2000

Radioproteção. (Carga horária: 32h). , Universidade Estadual de Maringá, UEM, Brasil.

1987 - 1987

Cultura de Tecidos. (Carga horária: 80h). , Embrapa Cnph, CNPH, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Pouco.

Francês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica e Trasncritptômica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Melhoramento Vegetal.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Transformação de Plantas.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Fisiologia Vegetal.

Organização de eventos

PEREIRA, LUIZ FILIPE PROTASIO ; MALUF, Mirian ; Carlos Henrique Siqueira de Carvalho ; Caixeta , E. T. ; FERREIRA, A. D. ; FERRAO, M. A. G. ; TEIXEIRA, R. N. . I Reunião Técnica dos Pesquisadores da Embrapa Café. 2022. (Outro).

Participação em eventos

2nd Colloque Scientifique des Chercheurs sur le Café Robusta.Selection et amélioration variétale au Brésil.. 2015. (Simpósio).

11º Solanaceae Conference. Large-scale transcriptome analysis of Coffea arabic during initial fruit development revealed candidate genes for diterpenes biochemical pathway. 2014. (Congresso).

IX Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. Diterpenes & Transcriptional Profile of CYPs Genes during Coffea arabica fruit Development. 2014. (Congresso).

Plant and Animal Genome XXII Conference. Diterpenes & Transcriptional Profile of CYPs Genes during Coffea arabica fruit Development.. 2014. (Congresso).

XXI Plant Animal Genome Conference. Trasncriptome Coffea eugenioides. 2013. (Congresso).

Conferencia Internacional de Coffea canephora. 2012. (Simpósio).

Métodos Inovativos para Garantia da Qualidade de Produção e Industrialização do Café. 2011. (Oficina).

VII Simpósio de Pesquisa dos cafés do Brasil.Biotecnologia na Cafeicultura. 2011. (Simpósio).

XIX Plant Animal Genomes Conference. Analysis of Nucleotide Diversity in Coffea spp. 2011. (Congresso).

23 International Conference on Coffee Science. Analysis of diterpenes in green and roasted coffee of Coffea arabica cultivars growing in the same edapho-climatic conditions. 2010. (Congresso).

56 Congresso Brasileiro de Genética. Análise da diversidade nucleotídica intra einterespecífica de Coffea spp.. 2010. (Congresso).

Encontro França-Brasil de Bioinformática - Palestras CIBA.Colaborações CIRAD/IAPAR/EMBRAPA: Projetos sobre pesquisa em café. 2010. (Encontro).

II Simposio sobre Inovação e Criatividade Cientifica na Embrapa.Mapeamento integrado de Coffea arabica: identificação de marcadores e clones BAC para o gene de resistência a ferrugem. 2010. (Simpósio).

Simposio sobre tolerancia a deficiencia hirdrica em plantas: adaptando as culturas ao lima do futuro. 2010. (Simpósio).

Tolerancia a deficiencia hidricas em plantas: adaptando as culturasao clima do futuro.. 2010. (Simpósio).

II Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas.In silico characterization and transcription analysis of three alpha-expansins isoforms in Coffea arabica L.. 2009. (Simpósio).

VI Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil.IDENTIFICAÇÃO E CARACTERIZAÇÃO DE CLONES BAC DE COFFEA ARABICA L. HT 832/2 COM MARCAS PARA RESISTÊNCIA À FERRUGEM. 2009. (Simpósio).

22nd International Conference on Coffee Science,.Using a Coffeea arabica bacterial artificial chromosome library for gene cloning and integrative mapping approache. 2008. (Simpósio).

5th Solanaceae Genome Workshop.In silico and in vivo analysis of the nucleotide diversity in Coffea spp. 2008. (Simpósio).

I Simpósio sobre Inovação e Criatividade Científica na Embrapa.FORWARD GENETICS IN COFFEE: INTEGRATING BACS INTO GENETIC MAPPING. 2008. (Simpósio).

XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). SCREENING A COFFEA ARABICA BAC LIBRARY BY PCR. 2008. (Congresso).

I Semana de Biotecnologia.Curso de Biotecnologia Vegetal. 2005. (Seminário).

Participação em bancas

Aluno: Herison Victor Lima Muniz

FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ; ARIYOSHI, C.;Laurival Antônio Vilas Boas. Estudos de associação genômica ampla com modelos single-locus e multi-locus para característica de lipídios em Coffea arabica. 2023. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Thiely Patricia Fabian dos Santos

Paschoal, A.;SANTOS, Tiago B.; ARIAS, A. G.;FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ. ANÁLISE DO TRANSCRIPTOMA DE FLORES DE COFFEA ARABICA EM PLANTAS IRRIGADAS. 2022. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Heitor Calux Mendonça

Garcia, A. A. F.; SANT?ANA, GUSTAVO CÉSAR;Pereira, Luis Filipe Protasio. Análise Da Estrutura Populacional, Identificação De Assinaturas Genômicas De Seleção E Mapeamento Associativo Para Grupo De Maturação Relativa Em Cultivares Brasileiros De Soja. 2021. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Leonardo Adabo Cintra

PEREIRA, LUIZ FILIPE PROTASIO; CAETANO, L. G.;VANZELA, A. L. L.. DNA-satélite precursores de RNA não codificantes e seu papel da organização centromérica. 2020. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Geraldo Cesar Cantelli

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; IVAMOTO-SUZUKI, SUZANA T.; Kashiwabara, A. Y.. Solução de integração e avaliação de softwares de anotação genômica em Coffea spp. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: SAMARA MIREZA CORREIA DE LEMOS

Domingues, DS; MACHADO-LIMA, A.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Análise Bioinformática de RNAs não-codificantes no genoma de Coffea canephora. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Larissa Forim Pezenti

ROSA, R.;PEREIRA, LUIZ F. P.; PONTES, R. G. M. S.. Analise transcricional comparativa entre populações de Anticarsia gemmatalis resistentes e suscetíveis a Cry1Ac de Bacillus thuringiensis. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Cynara Leão Garcia

Kashiwabara, A. Y.;Pereira, L. F. P.; MACHADO-LIMA, A.. Analisando regiões codificadoras de proteínas dos transcritos do fungo Phakopsora pachyrhizi. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Henrique Marques de Oliveira

Pereira, Luiz Filipe PDominguesLaurival Antônio Vilas Boas. Otimização de Técnicas de Genotipagem com Marcadores Moleculares SNPs em Coffea arabica. 2014. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Caroline Ariyoshi

Pereira, Luiz Filipe PRIBAS, A. F.; TOMAZ, J. P.. Validação de Marcador Moleculares Ligados a Resistência a Ferrugem do Cafeeiro (Hemileia vastatrix) em Populações com Introgressão de Hibrido de Timor e Associação do Fator de Resistência. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Bruna Silvestre Rodrigues da Silva

Pereira, Luiz Filipe Protasio; André Luis Martinez de Oliveira; PADILHA, L.. Identificação de Microssatélites de Coffea arabica a partir de RNA-Seq de Genótipos do Centro de Origem. 2014. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Rafaelle Vecchia FerreiraUEL

MALUF, Mirian; Almeida, A. M.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Genotipagem de uma coleção de Coffea arabica utilizando marcadores microssatélites. 2013. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Natália Ferrarezi Pagiatto

PEREIRA, Luiz Filipe ProtasioSCHOLZ, Maria Brigida S; NIXDORF, S. L.. Análise de Diterpenos e Cafeína em uma Coleção da Etiópia de Coffea arabica. 2013. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Luciano Nobuhiro Aoyagi

MARCELINO-GUIMARAES, F. C.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; HENNING, L. M. M.. Caracterização estrutural e funcional dos fatores de transcrição R2R3-MYB no genoma da soja (Glycine max). 2013. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Leonardo Cardoso Alves

Batista, J. S. S.;RAMOS, Humberto Josué de OliveiraPEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Análise proteômica de perisperma de frutos do café (Coffea arabica) relacionada à qualidade. 2012. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Nathalia Volpi e Silva

Abdelnoor, R.V.;MOLINARI, H. B. C.PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Clonagem e caracterização de promotores de três isoformas de expansinas de Coffea arabica. 2012. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Suzana Tiemi Ivamoto

Laurival Antônio Vilas BoasMOLINARI, H. B. C.PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Diterpenos em Coffea arabica: aspectos bioquímicos e caracterização in silico e transcricional de genes de Cyt P450 candidatos na biossintese de cafestol e caveol. 2012. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Karina Yanagui de Almeida

MONDEGO, Jorge;Laurival Antônio Vilas BoasPEREIRA, Luiz Filipe Protasio. DIVERSIDADE NUCLEOTÍDICA DE OITO GENES RELACIONADOS A QUALIDADE DA BEBIDA DE COFFEA ARABICA. 2012. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Juliana Marcolino Ribeiro

PEREIRA, Luiz Filipe ProtasioMOLINARI, H. B. C.; Nepomuceno, A. L.. Identificação de genes diferencialmente expressos em deficit hídrico. 2011. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Cynara Romero

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Abdelnoor, R.V.. Identificação de genes relacionados à resistência não-hospedeira no patossistema Soja - Uromyces appendiculatus. 2011. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Nathalia Geraldo Belintani

PEREIRA, Luiz Filipe ProtasioVIEIRA, L. G. E.; MEDA, A. R.. Expressão do gene da isopenteniltransferase (ipt) sob controle do promotor frio induzido em cana-de-açúcar. 2010. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Julia Tufino Silva Guernozi

VIEIRA, L. G. E.BESPALHOK FILHO, J. C.PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Avaliação da tolerância ao estresse salino de plantas de cana-de-açúcar transformadas com o gene P5CS. 2010. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Leonardo Rippel Salgado

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; André Luis Martinez de Oliveira;Laurival Antônio Vilas Boas. Clonagem e Análise da Regiao Promotora de uma Proteína de Transferência de Lipídios (CrLTP1) de Frutos de Coffea Racemosa. 2009. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Daiana Alves da Silva

PÍPOLO, Valéria Carpentieri; Isaías Olívio Geraldi;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Antonio Eduardo Pipolo; Mercedes Concórdia Carrao Panizi. Identificaçao e Mapeamento de Genes para Uso na Seleçao Assistida de Genótipos de Soja com Ausência de Kunitz e Lipoxigenases. 2009. Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Tiago Benedito dos Santos

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Nepomuceno, A. L.;VIEIRA, L. G. E.. Expressão de três isoformas de galactinol sintase em plantas de Coffea arabica L. submetidas a estresses hidricos. 2009. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: KENIA DE CARVALHO

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Nepomuceno, A. L.;VIEIRA, Luiz Gonzaga. Análise da expressao de genes que codificam enzimas antioxidantes em citrumeleiro "Swingle" com alto acúmulo de prolina submetido ao déficit hídrico.. 2009. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Lizandra Lucy Catelli

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; ARIAS, Carlos Alberto Arrabal;PÍPOLO, Valéria Carpentieri. Utilização de marcadores de microssatélites para identificação de cultivares de soja. 2005. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Lucélia Borgo

PEREIRA, Luiz Filipe ProtasioMARUR, Celso Jamil; LEITE, Rui Pereira. Estudos Fisiológicos e Moleculares de Plantas Transgênicas de Tabaco (Nicotian tabacum) para Tolerância ao Deficit Hídrico. 2005. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: RENATA FUGANTI

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; ARIAS, Carlos Alberto Arrabal; SODRÉ, Leda Maria Koelblinger. Identificação e caracterização de regiões genômicas da soja ligadas a resistência ao nematóide de galhas (Mleoydogyne javanica). 2004. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Rita de Cássia Simões

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; VIDOTTO, Marilda Carlos; VENANCIO, Emerson Jose. Identificação e caracterização de genes relacionados com colibacilose aviária. 2003 - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Angelita Garbossi Silva

FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ; MACHADO, A. C. Z.; ARIYOSHI, C.; SANT?ANA, GUSTAVO CÉSAR. IDENTIFICAÇÃO DE MARCADORES PARA RESISTÊNCIA A Meloidogyne paranaensis EM Coffea arabica POR MEIO DE ESTUDOS DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA. 2024. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: TALITA PIJUS PONCE

FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ; ARIYOSHI, C.; MACHADO, A. C. Z.; SANT?ANA, GUSTAVO C.. ESTUDO DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA EM Coffea arabica PARA RESISTÊNCIA A Meloidogyne incognita". 2024. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Santino Aleandro da Silva

ROSA, R.; OLIVEIRA JUNIOR, A. G.;FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ; ARIEIRA, C. R. D.; ARTONI, R. F.. TÉCNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR COMO COMPLEMENTO EM ESTUDOS DE TAXONOMIA, GENÉTICA E MANEJO DE NEMATOIDES. 2024. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Caroline Ariyoshi

ROSA, J. R. B. F.; GUERREIRO FILHO, O.; MARCELINO-GUIMARAES, F. C.; SANT?ANA, GUSTAVO C.;Pereira, Luis Filipe Protasio. Associação genômica ampla e seleção assistida para resistência a Pseudomonas syringae pv. garcae em Coffea arabica). 2021. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Jaqueline Fernanda Dionisio

MATIELLO, M. C. A.; TAKAGUI, F. H.;FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZLaurival Antônio Vilas Boas; ROSA, R.. Análise transcricional em Euschistus heros (Fabricius, 1798): avaliação de genes candidatos ao mecanismo de resistência e caracterização dos elementos transponíveis. 2021. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Larissa Girotto

PEREIRA, Luiz Filipe ProtasioCAÇÃO, Sandra Maria BellodiMOLINARI, Hugo Bruno CLaurival Antônio Vilas Boas; IVAMOTO-SUZUKI, SUZANA T.. CARACTERIZAÇÃO IN SILICO E IN VIVO DO PROMOTOR DO GENE GALACTINOL SINTASE DE COFFEA spp.. 2020. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Fernanda Freitas de Oliveira

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; MACHADO, A. C. Z.;SANTOS, Tiago Benedito dos; ANGELO, P. C. S.; CARLOS, E. F.. Expressão gênica em cafeeiros resistentes e suscetíveis em resposta a Meloidogyne incognita e Meloidogyne paranaensis. 2020. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: JESSICA DELFINI DE PAULA IÁCONO

GONCALVES, L. S. A.; MALONE, G.; MENDONCA, L. F.; CIRINO, V. M.;PEREIRA, LUIZ FILIPE PROTASIO. DIVERSIDADE GENÉTICA, ESTRUTURA POPULACIONAL E MAPEAMENTO ASSOCIATIVO PARA CARACTERÍSTICAS NUTRICIONAIS E AGRONÔMICAS EM UM PAINEL DE FEIJÃO MESOAMERICANO BRASILEIRO. 2020. Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Lívia Nogueira Brito

Pereira, Luiz Filipe P; MALUF, Mirian; SANT?ANA, GUSTAVO C.; Silva, B. S. R.; SERA, G. H.. Estudo de associação genômica ampla em uma população F2 de Coffea arabica L.. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Renata de Castro Nunes

VANZELA, A. L. L.; Paschoal, A.; Dias, A. L.; DOMINGUES, DOUGLAS S.;Pereira, Luiz Filipe P; GUYOT, R.. Estrutura, diversidade e distribuição cromossômica de LTR-retrotransposons em Coffea arabica e seus genomas parentais. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Viviane Yume Baba

GONCALVES, L. S. A.;VANZELA, A. L. L.Pereira, Luiz Filipe P; MEIRELLES, L. D. P.; Ivamoto, Suzana Tiemi. Analise de transcriptoma e de metabólicos secundários em frutos de Capsicum annuum na interação com Colletotrichum gloeosporioides. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Valéria Stefania Lopes Caitar

MARCELINO-GUIMARAES, F. C.; FERNANDEZ, D. I. C.; DARBEN, L. M.;Pereira, Luiz Filipe P; CARVALHO, M. C. C. G.. Estudos moleculares do patosistema G. max-Pratylenchus brachyurus: de estratégias de infecção do patógeno e de defesa do hospedeiro, à interação proteína-proteína. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Jean Carlos Alekcevetch

Abdelnoor, R.V.; ARIAS, Carlos Alberto Arrabal; BELZILE, F.; MALONE, G.;Pereira, Luiz Filipe P. Genome wide association study of resistance to Meloidogyne javanica in soybean and potential genes involved in the resistance. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Bruna Silvestre Rodrigues da Silva

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; MARCELINO-GUIMARAES, F. C.;VIEIRA, Luiz Gonzaga; GONCALVES, L. S. A.; SANTANA, G.. Análise da diversidade genética, fenotípica e mapeamento por associação (GWAS) em um painel de C. arabica, incluindo acessos do centro de origem. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Fernanda Aparecdia Pires Fazion

VILAS BOAS, G. F. L. T.; LERECLUS, D.; MAHILLON, J. G. A. M.;Pereira, Luis Filipe Protasio; ARANTES, O. M. N.. Role of plasmids of the Bacillus cereus group in insect larvae. 2017. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Luís Felipe Ventorim Ferrão

Garcia, A. A. F.; BENCHIMOL, L. L.;COLOMBO, Carlos Augusto; MARGARIDO, G. R. A.;PEREIRA, LUIZ F. P.. Desenvolvimento e aplicação de métodos genético-estatísticos para predição genômica em Coffea canephora. 2017. Tese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz.

Aluno: Rafaelle Vecchia Ferreira

PEREIRA, LUIZ F. P.; SANTANA, G.; GONCALVES, L. S. A.; PADILHA, L.;SCHOLZ, Maria Brigida S. Estudos de Associação Genomica Amplla (GWAS) em uma Coleção de Coffea arabica. 2017. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Karina Yanagui de Almeida

PEREIRA, Gonçalo Amarante GuimarãesLabate, Carlos Alberto; MONDEGO, Jorge; CABRERA, O. G.;Pereira, Luiz Filipe Protasio. Genômica e trancriptomica de Saccharum spontaneum e seus híbridos: novas perspectivas para compreender a formação da biomassa lignocelulósica. 2016. Tese (Doutorado em Curso de Pós-graduação em genética e biologia molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Suzana Tiemi Ivamoto

Pereira, Luiz Filipe Protasio; Domingues, DS; MARCELINO-GUIMARAES, F. C.;CARAZZOLLE, Marcelo Falsarella; LEROY, Thierry. Montagem de novo do transcriptoma de Coffea arabica L. e caracterização dos genes envolvidos nas vias de rafinose e diterpenos. 2016. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Andre Luiz Buzzo Mori

BENASSI, MARTA DE TOLEDO; KITZBERGER, CÍNTIA;Pereira, Luiz Filipe P; SAKANAKA, L. S.; PRUDENCIO, S. H.. Composição e perfil sensorial de Coffea canephora. 2016. Tese (Doutorado em Ciência de Alimentos) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Rafael Garret

REZENDE, C. M.; AZEVEDO, D. A.; REZENDE, M. J. C.; BIZZO, H. R.; ROCHA, L. M.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Técnicas modernas em espectrometria de massas empregadas na análise de cafés brasileiros. 2014. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Cibelle Engels

Nepomuceno, A. L.;MOLINARI, H. B. C.; FARIAS, J. R. B.; FERREIRA, L. C.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Mecanismos de resposta fisiológica e molecular à seca das cultivares de soja BR16 e Embrapa48 e da planta transgênica RD29A:AtDREB2A Ca em condições de boa disponibilidade de água e sob déficit hídrico. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Priscila Mary Yuyama

Pereira, Luiz Filipe Protasio; Caixeta , E. T.; MONDEGO, Jorge;VIEIRA, L. G. E.; Abdelnoor, R.V.. RNA-Seq em Coffea: caracterização do transcriptoma de Coffea eugenioides e identificação de polimorfismos em Coffea arabica. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Salvador Lima Brito Junior

Abdelnoor, R.V.; CAMPO, C. B. H.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Ney Sussumo Sakiama; ROCHA, T. L.. Ferrugem Asiática da Soja: Identficação de um Composto Volátil Associado ao Patossistema Hospedeiro (Glycine max) e o Estudo da Interação Incompatível com Phaseolus vulgaris. 2013.

Aluno: KENIA DE CARVALHO

Bespalhok Filho, João CarlosPEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Domingues, DS; HOSHINO, A. A.; MARCELINO-GUIMARAES, F. C.. Expressão de genes envolvidos na biosíntese de manitol em Coffea arabica submetido a estresses abióticos e contribuição de homeólogos de Cofffea canephora. 2013. Tese (Doutorado em Agronomia (Produção Vegetal)) - Universidade Federal do Paraná.

Aluno: FÁBIO EDUARDO SEVERINO

Maia, I. G.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; MONDEGO, Jorge;Marino, Celso LuisRIBAS, A. F.. Estudo de dois genes de café (Coffea arabica) induzidos por estresse biótico e análise de suas regiões promotoras. 2013. Tese (Doutorado em Ciência Biológica AC.: Genética) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Tiago Benedito dos Santos

Pereira, Luiz Filipe Protasio; HOSHINO, A. A.; MIGLIORANZA, E. Miglioranza;Laurival Antônio Vilas BoasVIEIRA, L. G. E.. Avaliação transcricional dos genes envolvidos na absorção e assimilação de Nitrogênio em Coffea arabica. 2013. Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Sandra Maria Bellodi Cação

Garcia, A.;Laurival Antônio Vilas BoasDomingues, Douglas Silva; MIGLIORANZA, E. Miglioranza;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Construção e caracterização de uma biblioteca genomica de Coffea arabica em cromosso artifical de bactéria (BAC). 2012. Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Cintia Sorane Good Kitzberger

BENASSI, Marta T; DIAS, Rafael C e;REZENDE, C. M.PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Prudencio, S. H.. Caracterização e discriminação de cafés de diferentes variedades cultivados nas mesmas condições edafoclimáticas. 2012. Tese (Doutorado em Ciência de Alimentos) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Thiago Falda Leite

Labate C. A.; Garcia, A. A. F.; Camargo, Luis Eduardo Aranha de; MACHADO, M. A.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Estabelecimento de um patossistema modelo e análise da interação molecular planta-patógeno entre Eucalyptus grandis e Puccinia psidii Winter por meio da técnica de RNA-seq. 2012. Tese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz.

Aluno: Maria Aparecida dos Santos

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Isaías Olívio Geraldi; Garcia, A. A. F.; Hungria, M; Pizzirani-kleiner, Aline Aparecida. Mapeamento de QTLs relacionados a fixação biológica de nitrogenio (FBN) em soja. 2010. Tese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz.

Aluno: VALDIR DIOLA

Loureiro, M. E.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Caixeta , E. T.; BROMOSHENKEL, S. H; Almeida, A. M.. Resistência à ferrugem do cafeeiro: mapeamento genético, físico e análise da expressão gênica em resposta a infecção de H. vastatrix. 2009. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento) - Universidade Federal de Viçosa.

Aluno: Danielle Gregorio Gomes Caldas

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; FALCO, M. C.; Figueira, A. V. O.; Camargo, L. E. A.; Labate C. A.. Análise do Transcriptoma da Região Cambial de Eucaliptus grandis e a identificação de genes diferencialmente expressos em árvores juvenis e adulta. 2007. Tese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz.

Aluno: Marcos Brandalise

Maia, I. G.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; YUNES, A.; GOLDMAN; BENEDETTI, C. E.. Isolamento e Caracterização de Promotores Tecido Específico de Raiz e Folha de Coffea arabica. 2007. Tese (Doutorado em Doutorado em Genética) - Instituto de Biociências.

Aluno: Giovani Greigh de Brito

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Caixeta , E. T.; Loureiro, M. E.; Pereira, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.. MARCADORES AFLP LIGADOS AO GENE DE RESISTÊNCIA A FERRUGEM DO CAFEEIRO (Hemileia vastatrix Berk. & Br.).. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Agrárias (Fisiologia Vegetal)) - Universidade Federal de Viçosa.

Aluno: Fabiane Gomes de Moraes Rego

SOUZA, Emanuel M; CHUBATSU, Leda Chatie; PICHETH, Cyntia Maria Fadel; PASSAGLIA, Luciane;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Análise estrutural e funcional do gene rpoN de Herbaspirillum seropedicae. 2006. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

Aluno: Stefan Schwab

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; CHUBATSU, Leda Chatie; TEIXEIRA, Kátia Regina dos Santos; TERENZI, Hernán. Identificação e analise de genes de Herbaspirillum seropedicae regulados pela disponibilidade de amonio. 2006. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

Aluno: Lauren Dal Bó Roncato Maccari

PEREIRA, Luiz Filipe ProtasioOLIVARES, Fabio; PEDROSA, Fabio; SOUZA, Emanuel M. Colonização de Gramíneas por Herbaspirillum seropedicae e expressão de genes nif in planta. 2003. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

Aluno: Ellizabete Keiko Takahashi

TAKAHASHI, Ellizabete Keiko;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; FUNGARO, M. H.; VIEIRA, M. L.. Transformação genética de maracuja amarelo via biobalística. 2002. Tese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz.

Aluno: Rosa Maria Lima Alves

ALVES, R. M. L.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; GROSSMANN, M. V. E.; OLIVEIRA, A. S.; BELÉIA, A. P.. Caracterização de ingredientes obtidos de cará (Dioscorea alata) e potencial aplicação industrial. 2000. Tese (Doutorado em Ciência de Alimentos) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: TALITA PIJUS PONCE

MACHADO, A. C. Z.; SANTANA, G.;FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ. ESTUDOS DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA EM COFFEA ARABICA PARA RESISTÊNCIA A MELOIDOGYNE INCÓGNITA.".. 2023. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Angelita Garbossi Silva

MACHADO, A. C. Z.; ARIYOSHI, C.;PEREIRA, LUIZ FILIPE P.. Identificação de marcadores e genótipos com resistencia ao nemaotide Meloydogine paranaensis em Coffea arabica por meio de associação genomica. 2023. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Renata de Castro Nunes

Vanzela, A. L. L.;Pereira, L. F. P.; SOUZA, R. F.. Structure, diversity and chromossome distribution of centromeric LTR-Retrotransposons in Coffea arabica and its parental genomes. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Bruna Silvestre Rodrigues da Silva

Pereira, L. F. P.; SANTANA, G.; RUAS, P. M.. Analise Genética e Fenotipica de Genótipos de Coffea arabica, Incluindo Acessos do Centro de Origem. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Rafaela Ribeior Reis

HENNING, L. M. M.; MORAES, L. A. C.; FERREIRA, L. C.;Pereira, L. F. P.. Comparative transcriptomic responses in leaves and roots from two soybean genotypes contrasting iin water deficit stress tolerance: pattern expression analyses of AP2/EREB and WRKY transcription factors. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: FERNANDA APARECIDA PIRES FAZION

VILAS BOAS, G. F. L. T.;Pereira, Luiz Filipe Protasio; RODRIGUES, E. P.. A plasmi-born Rap-Phr system regulates sporulation of Bacillus thuringiensis in insect larvae. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Herison Victor Lima Muniz

Laurival Antônio Vilas Boas; ARIYOSHI, C.;FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ. AVALIAÇÃO DE MODELOS DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA (GWAS) EM Coffea arabica. 2022. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Thiely Patricia Fabian dos Santos

IVAMOTO, SUZANA T.; SAITO, P. T. M.;FILIPE PROTASIO PEREIRA, LUIZ. Análise do transcriptoma de flores de Coffea arabica em plantas irrigadas. 2021. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Larissa Forim Pezenti

ROSA, R.;Laurival Antônio Vilas BoasPereira, Luiz Filipe Protasio. Análise da expressão de genes associados a resistência a Cry1Ac em Anticarsia gemmatalis. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Lucas Andre Pereira Squarca

PEREIRA, LUIZ F. P.Laurival Antônio Vilas Boas; VILAS BOAS, G. F. L. T.. APLICAÇÃO DE SELEÇÃO ASSISTIDA POR MARCADORES MOLECULARES (SAM) PARA RESISTÊNCIA À FERRUGEM CAFEEIRA CAUSADA POR Hemileia vastatrix Berk. & Br EM Coffea arabica.. 2024. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: PEDRO HENRIQUE PEREIRA DA SILVA

PEREIRA, LUIZ F. P.Laurival Antônio Vilas Boas; VILAS BOAS, G. F. L. T.. APLICAÇÃO DE SELEÇÃO ASSISTIDA POR MARCADORES MOLECULARES (SAM) PARA RESISTÊNCIA À MANCHA AUREOLADA CAUSADA POR PSEUDOMONAS SYRINGAE PV. GARCAE EM COFFEA ARABICA. 2024. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Ilara Gabriela Frasson Budzinski

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; CAMPOS, Lazara. Análise de Genes Expressos Durante Estádios Finais de Maturação dos Frutos de Café. 2005 - Centro Universitário Filadélfia.

Aluno: Luciana Biazon

BIAZON, L.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Otimização das condições de regeneração in vitro e de transformação genética de tomate (Lycopersicuon esculentum MILL.) cultivar Santa Clara. 2000. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina.

Aluno: Beatriz Guerra Dias

DIAS, B. G.;PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Otimização das condições de cultura de tecidos de Lycopersicon esculentum e transformação de Nicotiana tabacum visando a inibição da síntese de etileno. 1999. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina.

Caixeta , E. T.; TEIXEIRA, T. A.;Pereira, Luiz Filipe Protasio. Concurso Publico para Professor de Engenharia Genética Vegetal da Universidade Federal de Uberlândia. 2014. Universidade Federal de Uberlândia.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; Dias, A. L.; Mantovani, M. S.. Concurso Publico para Professor da Área de Genética e Biologia Molecular. 2008. Universidade Estadual de Londrina.

MACHADO, P. A.; RESENDE, M.; AMARAL, A. M.;Pereira, Luiz Filipe Protasio. Comite Estratégio BBRSC-Embrapa. 2016. Biotechnology and Biological Sciences Research Council.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. EDITAL CONJUNTO CAPES-EMBRAPA nº001/2011 Avaliação de Projetos. 2011. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Reunião para Avaliação de Propostas Chamada 01/2009 PAC. 2009. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Avaliação de Projetos - Programa Nacional de Ciencia y Tecnologia - COLOMBIA. 2008. Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio; CARVALHO, Alan;VIEIRA, Luiz Gonzaga; MALUF, Mirian. Comissão Científica do IV Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 2005. Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café.

PEREIRA, Luiz Filipe ProtasioVIEIRA, Luiz Gonzaga; EIRA, Mriam Therezinha Souza de; SILVA, Alba Chiesse da; AFONSO JUNIOR, Paulo Cesar. Comissão Científica III Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil. 2003. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Análise de Projetos de Pesquisa para Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Mato Grosso do Sul - FUNDECT. 2001. Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio. Comitê Científico III SIBAC - Análise e Aprovação de de trabalhos. 1999. Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná.

Orientou

Herison Victor Lima Muniz

CARACTERIZAÇÃO GENÔMICA DE REGIÕES DE INTROGRESSÃO EM HÍBRIDOS DE ARAMOSA; Início: 2024; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina; (Orientador);

Caroline Ariyoshi

Início: 2021; INCT Café / CNPq, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico;

Mauro Gabriel de Andrade Villela Junior

Genome-wide association studies for coffee grain compounds; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Gabriel Soares de Godoy Cirino

/VALIDAÇÃO DE GENES ENVOLVIDOS NA RESPOSTA DE DEFESA A MELOIDOGYNE PARANAENSIS EM COFFEA ARABICA; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Herison Victor Lima Muniz

ESTUDOS DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA (GWAS) COM MODELOS SINGLE-LOCUS E MULTI-LOCUS PARA CONTEÚDO DE LIPÍDIOS EM Coffea arabica; 2023; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Consorcio Pesquisa Café; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Thiely Fabian

ANÁLISE DO TRANSCRIPTOMA DE FLORES DE COFFEA ARABICA EM PLANTAS IRRIGADAS; 2022; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Heitor Calux Mendonça

IDENTIFICAÇÃO DE REGIÕES GENÔMICAS ASSOCIADAS AO CONTROLE DO CICLO FENOLÓGICO DA SOJA; 2021; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Geraldo Cesar Cantelli

Solução de integração e avaliação de softwares de anotação genômica em Coffea spp; 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Angelita Garbossi

Uso de marcadores em seleção assistida para ferrugem de cafeeiros; 2018; Dissertação (Mestrado em AGRICULTURA CONSERVACIONISTA) - Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná, ; Coorientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Fernanda Freitas de Oliveira

Perfil transcricional de genes envolvidos na via de biossíntese de diterpenos em cafeeiros; 2016; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Henrique Marques de Oliveira

Genotipagem de uma população de Coffea arabica com marcadores moleculares SNPs; 2014; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Caroline Arioshi

Validação de marcadores para ferrugem em linhagens de Coffea arabica; 2014; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Bruna Silvestre Rodrigues da Silva

VALIDAÇÃO DE MARCADORES MICROSSATÉLITES E DIVERSIDADE GENÉTICA DE ACESSOS DE Coffea arabica PROVENIENTES DA ETIÓPIA; 2014; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Rafaelle Vecchia Ferreira

Genotipagem de uma coleção de Coffea arabica com marcadores SSR; 2013; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Suzana Tiemi Ivamoto

Diterpenos em Coffea arabica: aspectos bioquímicos e caracterização in silico e transcricional de genes de Cyt P450 candidatos na biossintese de cafestol e caveol; 2012; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Karina Yanagui Almeida

DIVERSIDADE NUCLEOTÍDICA DE OITO GENES RELACIONADOS A QUALIDADE DA BEBIDA DE COFFEA ARABICA; 2012; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Nathalia Volpi e Silva

Clonagem e caracterização de promotores de três isoformas de expansinas de Coffea arabica; 2012; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Leonardo Cardoso Alves

Análise proteômica de perisperma de frutos do café (Coffea arabica) relacionada à qualidade; 2012; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Natália Ferrarezi Pagiatto

Análise de diterpenos e cafeina em uma população de mapemanto de Coffea arabica; 2011; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Leonardo R Salgado

Clonagem e análise da região promotora de uma Proteina de Transferencia de Lipídeos de Coffea spp; ; 2009; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Ilara Gabriela Frasson Budzinski

Caracterização da expressão de três genes de α-Expansinas em Coffea arabica e Coffea racemosa durante o desenvolvimento do fruto; 2008; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, ; Coorientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Íris Tiski

CARACTERIZAÇÃO IN SILICO E IN VIVO DE GENES DAS VIAS DE BIOSSÍNTESE DE ISOPRENÓIDES EM COFFEA SPP; ; 2007; 0 f; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Nicollas Gabriel de Oliveira Aprigio

ASPECTOS GENÉTICOS E BIOQUÍMICOS DA PRODUÇÃO DE DITERPENOS EM ESPÉCIES DO GÊNERO COFFEA SPP; ; 2025; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Angelita Garbossi da Silva

Identificação de marcadores e genótipos com resistência ao nematoide Meloidogyne paranaensis em Coffea arabica através de estudos de associação genômica ampla; ; 2024; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Talita Pijus Poncejavascript:void(0)

ESTUDO DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA EM Coffea arabica PARA RESISTÊNCIA A Meloidogyne incognita; 2024; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Consorcio Pesquisa Café; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Caroline Ariyoshi

ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA E SELEÇÃO ASSISTIDA PARA RESISTÊNCIA A Pseudomonas syringae pv; garcae EM Coffea arabica; 2021; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Larissa Girotto

CARACTERIZAÇÃO IN SILICO E IN VIVO DO PROMOTOR DO GENE GALACTINOL SINTASE DE COFFEA spp; ; 2020; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Fernanda Freitas de Oliveira

Expressão gênica em cafeeiros resistentes e suscetíveis em resposta a Meloidogyne incognita e Meloidogyne paranaensis; 2020; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, ; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Mariane Silva Felicio

ESTUDO DE ASSOCIAÇÃO GENÔMICA AMPLA APLICADA AO CONTEÚDO DE MACRONUTRIENTES EM GRÃOS DE Coffea arabica L; ; 2020; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Lívia Maria Nogueira Brito

Estudo de associação genômica ampla em uma população F2 de Coffea arabica L; ; 2019; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Bruna Silvestre Rodrigues da Silva

Analise da diversidade genética, fenotípica e mapeamento associatigo (GWAS) em um painel de C; arabica, incluindo acessos do centro de origem; 2018; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Rafaelle Vecchia Ferreira

Estudos de genética de associação em uma coleção do centro de origem de Coffea arabica; 2017; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Caroline Aryioshi

Associação genômica ampla para resistência à Pseudomonas syringae pv; garcae e Hemileia vastatrix em uma população segregante de Coffea arabica; 2017; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Suzana Tiemi Ivamoto

Transcriptoma de Coffea arabica L; e caracterização de genes envolvidos nas vias de biossíntese da rafinose e diterpenos; 2016; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Priscila Mary Yuyama

Caracterização do Transcriptoma de Folhas e Frutos de Coffea eugenioides e Identificação de Polimorfismos de Genótipos de Coffea arabica da Etiópia; 2014; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Sandra Maria Bellodi Cação

Construção e caracterização de uma biblioteca genomica de Coffea arabica em cromosso artifical de bactéria (BAC); 2012; Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, INCT Café / CNPq; Coorientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Suzana Tiemi Ivamoto

Transcriptoma de Coffea arabica L; e caracterização de genes envolvidos nas vias de biossíntese da rafinose e diterpenos; 2012; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Silvia Graciele Hülse de Souza

Caracterização de Genes de Fatores de Resposta a Etilenoem Cafeeiros; 2011; Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Tiago Benedito dos Santos

Ânálise funcional de genes envolvidos na absorção de nitrogênio pelas raízes; 2009; Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, ; Coorientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Gustavo Cesar Santana

2017; CIRAD, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Luiz Filipe Protasio Pereira;

Suzana Tiemi Ivamoto

2017; Embrapa Café, Fundação de Apoio à Pesquisa; Luiz Filipe Protasio Pereira;

Sandra Maria Bellodi Cação

2013; Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná, Fundação Araucária; Luiz Filipe Protasio Pereira;

Alessandra Ferreira Ribas

2012; Embrapa Café, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Luiz Filipe Protasio Pereira;

Giselly Aparecida Andrade

2010; Embrapa Café, CIRAD; Luiz Filipe Protasio Pereira;

Maria Aparecida Santos

2009; Embrapa Café, CIRAD; Luiz Filipe Protasio Pereira;

Fernanda Freitas de Oliveira

VALIDAÇÃO DE MARCADORES LIGADOS A RESISTÊNCIA A FERRUGEM DO CAFEEIRO (Hemileia vastatrix); 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em TECNOLOGIA EM BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Rafaelle Vechia Ferreira

SELEÇÃO DE MARCADORES MICROSSATÉLITES POLIMÓRFICOS EM Coffea arabica; 2010; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Karina Yanagui

ANÁLISE DA DIVERSIDADE NUCLEOTÍDICA INTRA E INTERESPECÍFICA DE Coffea spp; 2010; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Suzana Tiemi Ivamoto

IDENTIFICAÇÃO DE MARCADORES MOLECULARES QUE CONTROLAM GENETICAMENTE OS TEORES DE ÁCIDOS CLOROGÊNICOS EM HÍBRIDOS INTERESPECÍFICOS DE Coffea arabica L e Coffea canephora L; ; 2007; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Diogo Maciel

Caracterização genomica e proteomica de café: identificação de genes e proteinas relacionados com estresse hídrico; 2006; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Thiago Falda

Mineraçao e analise funcional do genoma café; 2006; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Ilara G

F; Budzinski; Análise de Genes Expressos Durante Estádios Finais de Maturação dos Frutos de Café; 2005; 56 f; Trabalho de Conclusão de Curso - Centro Universitário Filadélfia; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Luciana Biazon

Otimização das condições de regeneração in vitro e de transformação genética de tomate (Lycopersicon esculentum MILL; ) cultivar Santa clara; 2000; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Beatriz Guerra Dias

Otimização das condições de cultura de tecidos de Lycopersicon esculentum e transformação de Nicotiana tabacum visando a inibição da síntese de etileno; 1999; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

AIRA TITUS XAVIER FORTUNA

Estudo de Associação Genômica Ampla para resistência à Pseudomonas syringae pv; garcae (Coffea arabica)- Caracterização de Genes Associados a Resistência; ; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Francesco Gabriel Baza Henrique

Avaliar a transcrição de genes durante a interação C; arabica e Meloidogyne paranaensis; ; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Fundação Araucária; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Marcos Lopes Junior

Estudo de Associação Genômica Ampla para resistência à Pseudomonas syringae pv; garcae (Coffea arabica); 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Caio Balan Nobile

Estudo de associação genômica ampla em uma população F2 de Coffea arabica L; ; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Fundação Araucária; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

DANIEL HENRIQUE FERRACIN

Uso de ferramentas biotecnológicas para auxiliar o melhoramento genético de cafeeiros; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Ana Ester Socatelli Mendonça

Uso de ferramentas biotecnológicas para auxiliar o melhoramento genético de cafeeiros; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Agronomia) - Universidade Estadual de Londrina, Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Lucas Eduardo Costa Canesin

Transformação genética de plantas modelo para teste de promotores tecido específico de cafeeiro; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina, Fundação Araucária; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Nathalia Volpi e Silva

IDENTIFICAÇÃO E CARACTERIZAÇÃO DO GENE CaM6PR EM Coffea spp; 2009; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Karina Yanagui de Almeida

Identificação de Marcadores de Modificações Nucleotídicas, SNPs e INDELs, em Coffea; 2009; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Londrina, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

PEDRO HENRIQUE PEREIRA DA SILVA

Estagio Obrigatório; 2024; Orientação de outra natureza; (Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Lucas Andre Pereira Squarca

Estagio Obrigatório; 2024; Orientação de outra natureza; (Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina; Orientador: Luiz Filipe Protasio Pereira;

Produções bibliográficas

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PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . In silico and in vivo analysis of the nucleotide diversity in Coffea spp.. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; CAÇÃO, Sandra Maria Bellodi ; Vinecky, F. ; ANDRADE, Alan Carvalho ; VIEIRA, L. G. E. . CONSTRUÇÃO DE UMA BIBLIOTECA GENÔMICA DE CROMOSSOMO ARTIFICIAL DE BACTÉRIA DE Coffea arabica. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Avanços nas técnicas de obtenção de OGM, segurança alimentar e ambiental. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Transformação de Plantas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; VIEIRA, Luiz Gonzaga . Biotecnologia Aplicada ao Café. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Biotecnologia aplicada a cafeicultura. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Biotecnologia aplicada a plantas perenes: café. 2002. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
GALVÃO, R. M. ; KOBAYASHI, A. K. ; RIBAS, A. F. ; BESPALHOK FILHO, J. C. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; VIEIRA, L. G. E. . Identificação e caracterização de genes de ACC oxidase de café. 2001. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; KOBAYASHI, A. K. ; VIEIRA, L. G. E. . Desenvolvimento de cafeeiros geneticamente modificados com vistas à uniformidade da maturação dos frutos. 1999. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; KOBAYASHI, A. K. ; VIEIRA, L. G. E. . Desenvolvimento de cafeeiros transgênicos. 1999. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; ERICKSON, L. . Estudos sobre fenilalanina amonia liase e peroxidase em mandioca. 1998. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; ERICKSON, L. . Factors affecting gene delivery via particle bombardment in alfalfa. 1992. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
SANTOS, Tiago B. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; VIEIRA, Luiz Gonzaga . Coffea arabica galactinol sintase bankit1256175 GQ497218 ? CaGolS1 2009 (Sequence GENBANK).
SANTOS, Tiago B. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; VIEIRA, Luiz Gonzaga . Coffea arabica galactinol sintase bankit1256229 GQ497220 ? CaGolS2 2009 (Sequence GENBANK).
SANTOS, Tiago B. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; VIEIRA, Luiz Gonzaga . Coffea arabica galactinol sintase bankit1256205 GQ497219 ? CaGolS3 2009 (Sequence GENBANK).
FERREIRA, Lucia Pires ; VIEIRA, L. G. E. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; DE BELLIS, F. ; POT, David . Coffea arabica copalyl diphosphate synthase (CPS) mRNA, complete cds - FJ409842 2009 (Sequence GENBANK).
FERREIRA, Lucia Pires ; VIEIRA, L. G. E. ; DE BELLIS, F. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; POT, David . Coffea arabica ent-kaurene oxidase 1 (KO1) mRNA, complete cds - FJ409844 2009 2009 (Sequence GENBANK).
FERREIRA, Lucia Pires ; VIEIRA, L. G. E. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; DE BELLIS, F. ; POT, David . Coffea arabica ent-kaurene oxidase 2 (KO2) mRNA, partial cds - FJ409843 2009 (Sequence GENBANK).
FERREIRA, Lucia Pires ; VIEIRA, L. G. E. ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; DE BELLIS, F. ; POT, David . Coffea arabica ent-kaurene synthase (KS) mRNA, complete cds - FJ409845 2009 (Sequence GENBANK).
MARRACCINI, Pierre R ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; FERREIRA, Lucia Pires ; VIEIRA, L. G. E. ; GEROMEL, Clara ; CAVALARI, Aline Andréia ; MAZZAFERA, Paulo ; LEROY, Thierry . Coffea arabica partial mRNA for acid vacuolar invertase (inv2 gene) AJ575258 2009 (Sequence GENBANK).
GEROMEL, Clara ; FERREIRA, Lucia Pires ; CAVALLARI, Ana A ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; GUERREIRO, S M G ; VIEIRA, Luiz Gonzaga ; POT, David ; LEROY, Thierry ; MAZZAFERA, Paulo ; MARRACCINI, Pierre R . Coffea arabica mRNA for sucrose synthase (sus1 gene), GenBank/EMBL accession number: AM087674. GenBank/EMBL, 2005 (Sequence GENEBANK).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; GEROMEL, Clara ; CAVALLARI, Ana A ; FERREIRA, Lucia Pires ; GUERREIRO, S M G ; VIEIRA, Luiz Gonzaga ; POT, David ; LEROY, Thierry ; MAZZAFERA, Paulo ; MARRACCINI, Pierre R . Coffea arabica mRNA for sucrose synthase (sus2 gene), GenBank/EMBL accession number: AM087675. NCBI, 2005 (Sequence GENEBANK).
MARRACCINI, Pierre R ; PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; FERREIRA, Lucia Pires ; VIEIRA, Luiz Gonzaga ; GEROMEL, Clara ; CAVALARI, Ana ; MAZZAFERA, Paulo ; LEROY, Thierry . AJ575257 Coffea arabica partial mRNA for cell-wall invertase (inv1 gene). Bethesda: NCBI, 2003 (Sequence GENEBANK).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; AGYARE-TABBI, A. ; ERICKSON, L. . AF078690 Manihot esculenta phenylalanine ammonia-lyase (PAL) gene, partial cds.. Bethesda: NCBI, 1998 (Sequence GENEBANK).
PEREIRA, Luiz Filipe Protasio ; AGYARE-TABBI, A. ; ERICKSON, L. . AF078691 Manihot esculenta peroxidase gene, partial cds.. Bethesda: NCBI, 1998 (Sequence GENEBANK).

Outras produções

Pereira, L. F. P. . CNPq 402587/2018-9. 2018.

Pereira, L. F. P. . FAPESP BIOEN 2015/03. 2018.

Pereira, L. F. P. . FAPESP BIOEN 2015/04. 2018.

Pereira, L. F. P. . FAPESP 2018/PIPE. 2018.

Pereira, L. F. P. . CNPq/TWAS.124747/2017-5. 2017.

Pereira, L. F. P. . CNPq 450652/2017-3. 2017.

Pereira, L. F. P. . CNPq 402235/2017-7. 2017.

Pereira, L. F. P. . FAPESP PROJETO. 2017.

Pereira, L. F. P. . EMBRAPA 03/2017. 2017.

Pereira, L. F. P. . CNPq 439272/2016-5. 2016.

Pereira, L. F. P. . CNPq 311323/2016-2. 2016.

Pereira, L. F. P. . CNPq 438668/2016-2. 2016.

Pereira, L. F. P. . CNPq 438594/2016-9. 2016.

Pereira, L. F. P. . FAPESP 2016/10670-1. 2016.

Pereira, L. F. P. . FAPESP 2014/25959-1. 2016.

Pereira, L. F. P. . EMBRAPA 05/2016. 2016.

Pereira, L. F. P. . BBSRC BB/P016855/1. 2016.

Pereira, L. F. P. . CNPq 313621/2015-2. 2015.

Pereira, L. F. P. . CNPq 402485/2015-7. 2015.

Pereira, L. F. P. . FAPESP BIOEN 2015/01. 2015.

Pereira, L. F. P. . FAPESP BIOEN 2015/02. 2015.

Pereira, L. F. P. . CNPq 500157/2014-6. 2014.

Pereira, L. F. P. . CNPq 455377/2014-6. 2014.

Pereira, L. F. P. . CNPq 459943/2014-6. 2014.

Pereira, L. F. P. . CNpq 455571/2014-7. 2014.

Pereira, L. F. P. . 455022/2014-3. 2014.

Pereira, L. F. P. . FAPESP 2014/18086-1. 2014.

Pereira, L. F. P. . FAPESP 2014/25959-1. 2014.

Pereira, L. F. P. . FAPESP 2014/18086-1. 2014.

Pereira, L. F. P. . CNPq 313236/2013-5. 2013.

Pereira, L. F. P. . CNPq 475483/2013-8. 2013.

Pereira, L. F. P. . FEPES - Edital Universal. 2012.

Pereira, L. F. P. . FAPESP - Bolsa de Doutorado. 2012.

Pereira, L. F. P. . FAPESP - Projeto de Pesquisa. 2012.

Pereira, L. F. P. . Macroprograma 02 EMBRAPA. 2012.

Pereira, L. F. P. . Macroprograma 03 EMBRAPA. 2012.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq 477852/2012-2. 2012.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq 473384/2012-4. 2012.

Pereira, L.F.P. . CNPq 485229/2012-9. 2012.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq 482588/2012-8. 2012.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq 454276/2012-5. 2012.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq 307948/2012-9. 2012.

Pereira, L. F. P. . CNPq-303800/2011-9. 2011.

Pereira, L. F. P. . Macroprograma 02 EMBRAPA. 2011.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Macroprograma 03 - EMBRAPA. 2010.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Macroprograma 2 Embrapa. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Reunião de Acompanhamento de Projetos MP2 CNPSoja. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 480943/2008-7. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 481038/2008-6. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 480448/2008-6. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 450854/2008-6. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 490200/2008-7. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 470854/2007-3. 2007.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 152358/2007-2. 2007.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 300822/2007-3. 2007.

CANTELLI, G. C. ; LOPES, FABRÍCIO MARTINS ; Pereira, L. F. P. . Ensemble Solution and Evaluation of Genomic Annotation Softwares. 2020.

ITO, ERIC AUGUSTO ; KATAHIRA, ISAQUE ; Vicente , F. ; Pereira, L. F. P. ; LOPES, FABRÍCIO MARTINS . BASiNET-BiologicAl Sequences NETwork: a case study on coding and non-coding RNAs identification. 2018.

DE ALMEIDA, Juliana ; BARROS, Leila M. G. ; CARNEIRO, M. ; DA SILVA, F. R. ; ANDRADE, Alan Carvalho ; Pereira, L. F. P. . Composições e métodos para modificar a expressão de genes de interesse. 2012.

Pereira, L. F. P. . CNPq 308680/2011-1. 2011.

Pereira, L. F. P. . CNPq 309344/2011-5. 2011.

Pereira, L. F. P. . CNPq 302571/2011-6. 2011.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 509643/2010-8. 2010.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 307730/2010-7. 2010.

Pereira, L. F. P. . Análise e Revisao das Normas de Pós-Graduação EMBRAPA. 2010.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Fundação Araucária -055676. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Plant Molecular Biology Reporter 355. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Plant Cell Tissue and Organ Culture TICU3306. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . In vitro Cellular and Developmental Biology IVPL-D-09-00211. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 308705/2009-2. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 307847/2009-8. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 303904/2009-7. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 477758/2009-6. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 309095/2009-3. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Crop Breeding and Applied Biotechnology 1153. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CROP BREEDING AND APPLIED BIOTECHNOLOGY 1284. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Plant Molecular Biology Reporter - 390. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Projetos Chamada 01/2009 PAC Embrapa. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Científica: Revista de Ciências Agrárias 24/07. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . UNESP -Botucatu. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Consórcio Pesquisa Café Chamada 20/09. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . In Vitro and Developmental Biology Plant. 2009.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . CNPq - 302399/2008-9. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Macroprograma 3 EMBRAPA 12702081208546679568−4. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Macroprograma 3 Embrapa Edital 01/2008. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Macroprograma 2 Embrapa. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Plant Cell, Tissue & Organ Culture TICU2500. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Revista Ciência e Agrotecnologia. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . BRAZILIAN ARCHIVES OF BIOLOGY AND TECHNOLOGY. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . UNESP - Projeto de Pesquisa - 465/08-SPG/IBB. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Brazilian Journal of Microbiology 2449. 2008.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . BRAZILIAN ARCHIVES OF BIOLOGY AND TECHNOLOGY 1457. 2006.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . BRAZILIAN ARCHIVES OF BIOLOGY AND TECHNOLOGY 1652. 2006.

PEREIRA, Luiz Filipe Protasio . Transformação de Plantas. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

2024 - Atual

Manutenção, regeneração, ampliação e caracterização fenotípica e genotípica do banco de germoplasma de café do IDR-Paraná, Descrição: O banco ativo de germoplasma (BAG) do IDR-Paraná é constituído de 2058 acessos, em uma área de 85.126 m2 e está implantado em Londrina-PR. O BAG é constituído de: 135 acessos silvestres da Etiópia; 21 landraces; 36 variedades botânicas e mutantes espontâneos de C. arabica; 77 genótipos de 9 espécies de Coffea; 28 genótipos de 8 híbridos interespecíficos; 57 cultivares de café arábica; 410 progênies de puro C. arabica; 1294 progênies de C. arabica com introgressões de C. canephora, C. liberica var. liberica, C. liberica var. dewevrei, C. racemosa e C. eugenioides. O objetivo geral da proposta é manter, regenerar, ampliar e caracterizar fenotipicamente e genotipicamente o BAG de café do IDR-Paraná. A manutenção será feita por meio de tratos culturais adequados visando melhorar a nutrição e a fitossanidade das plantas e aumentar o número de sementes necessários para a regeneração e caracterização do BAG. A regeneração dos acessos será feita pela propagação via sementes e estaquia, principalmente, nos ensaios mais antigos, nos quais os acessos estão com baixo vigor vegetativo. A ampliação do BAG será feita pelo intercâmbio e introdução de novos genótipos. Caracterizações fenotípicas serão feitas em acessos do Híbrido de Timor CIFC 2570, dos derivados da série BA e silvestres etíopes. Nos acessos silvestres serão avaliados caracteres vegetativos (ex. diâmetro da copa, diâmetro do caule, número de nós produtivos por ramo), produtivos (ex. produção, tamanho dos grãos), químicos (ex. cafeína), qualidade de bebida e resistência às doenças. Os parâmetros genéticos serão estimados e os valores genotípicos serão preditos em alguns dos caracteres avaliados. A caracterização molecular da diversidade genética por meio da genotipagem será feita em acessos silvestres da Etiópia, landraces e cultivares. Os resultados que serão obtidos nesta proposta serão importantes, principalmente, para outras pesquisas em melhoramento genético e biotecnologia.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Tumoru Sera - Integrante / SERA, GUSTAVO HIROSHI - Coordenador / Caroline Ariyoshi - Integrante / Luciana Harumi Shigueoka - Integrante / Fernando Cesar Carducci - Integrante.
2024 - Atual

Caracterização genômica e estudos de associação de linhagens a partir de híbridos de café arábica Aramosa, Descrição: Coffea arabica possui uma história evolutiva recente, caracterizada por baixa variabilidade genética quedificulta a introdução de novas características pelo melhoramento. Portanto, estudos de caracterização decoleções silvestres e híbridos com introgressão de outras espécies do gênero tornam-se essenciais.O objetivo deste trabalho é caracterizar linhagens de Coffea arabica "Aramosa" visando elucidar regiões de introgressão genética e realizar estudos de associação genômica de populaçoes com introgressão para resistência ao bicho-mineiro. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Gisely A Andrade - Integrante / André L. L. Vanzela - Integrante / SERA, TUMORU - Integrante / Gustavo H. Sera - Integrante / Caroline Ariyoshi - Integrante / Luciana Harumi Shigueoka - Integrante / Herison VIctor Lima Muniz - Integrante / Fernando Cesar Carducci - Integrante / Valdir Mariucci Júnior - Integrante / MAURO GABRIEL DE ANDRADE VILLELA JUNIOR - Integrante / Gabriel Soares De Godoy Cirino - Integrante., Financiador(es): Consorcio Pesquisa Café - Auxílio financeiro.
2021 - Atual

Estratégias biotecnológicas e genômicas para qualidade, produtividade e manejo sustentávelde citros, café e cana-de-açúcar no Estado de São Paulo, Descrição: O núcleo foca suas ações nas cadeias de produção dos citros, cana e café, priorizando problemas específicos de cada uma dessas cadeias, com proposta de soluções que envolvem biotecnologia e genômica. O IAC conta com bases de dados, competência, infraestrutura e germoplasma que permitem especificar alvos genéticos com grande chance de sucessos. Nas três culturas, o melhoramento molecular utilizará a abordagem de edição gênica e/ou transformação genética, em alvos genéticos já definidos e/ou em testes de prova de conceito. Citros ? foco em huanglongbing (HLB), doença limitante na citricultura brasileira e mundial. Desde 2004 a citricultura paulista já perdeu mais de 50 milhões de plantas, reduziu seu parque de 20 mil a 6 mil produtores e área de plantio em mais de 30 %. A doença não tem cura e se expande em todas as áreas do Estado. Café ? o foco principal é baixo teor de cafeína. Devido aos efeitos colaterais adversos da cafeína ocorreu um aumento no mercado de café descafeinado, apresentando um consumo de aproximadamente 10% no mundo inteiro. A expansão de cafés especiais também ampliou a demanda de café com baixo teor de cafeína, importante nicho em vários mercados do mundo. Cana-de-açúcar ? o foco é a tolerância ao estresse por seca, considerado o principal fator limitante à expansão da cultura em várias regiões, principalmente devido ao efeito de mudanças climáticas que afetam todo o setor agrícola, como também a modificação da composição da parede celular com vistas a produção de etanol celulósico.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alessandra Ferreira Ribas - Integrante / Oliveiro Guerreiro Filho - Coordenador / Terezinha Aparecida Teixeira - Integrante / PADILHA, LILIAN - Integrante / MALUF, MIRIAN P. - Integrante.
2019 - Atual

Estudos de seleção genômica ampla assistida (GWAS) para identificação de marcadores e genótipos com resistência a estresses bióticos, Descrição: Para evitar as limitações da base genética utilizada em melhoramento e consequentemente da baixa diversidade molecular em C. arabica, trabalhos de mapeamento por associação e de seleção genômica ampla podem explorar a maior diversidade existente em genótipos provenientes do centro primário de diversidade desta espécie, que se encontra nos altiplanos do sudoeste da Etiópia. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção desses acessos de C. arabica originários da Etiópia. A avaliação desses acessos através de estudos de genômicos de associação ampla (GWAS) constitui uma ferramenta importante para caracterização da diversidade genética e para o mapeamento de características de interesse, como qualidade e tolerância a estresses bióticos e abióticos, como recentemente demonstrado por nosso grupo no trabalho pioneiro de associação genômica em cafeeiros (Sant´ana et al. 2008). A produção de café é limitada por um número de doenças, incluindo o halo bacteriano (BHB) causado por Pseudomonas syringae pv. garcae. A BHB também conhecida como mancha aureolada, é responsável por danos graves em viveiros e em novas plantações. O controle da BHB é feito, principalmente, com compostos químicos; no entanto, essa estratégia tem efeitos ambientais adversos e também impacta nos custos de produção. O desenvolvimento de variedades resistentes ao BHB é uma alternativa sustentável. Para este propósito o GWAS é uma poderosa ferramenta para identificar SNPs e genótipos que possam ser usados para acelerar programas de melhoramento. A cafeicultura brasileira também sofre grandes prejuízos econômicos devido aos nematoides Meloidogyne paranaensis e M. incognita. Antigamente, esses dois nematoides provocavam mais perdas em áreas cafeeiras dos estados do Paraná e São Paulo, porém atualmente vem se tornando um grave problema em Minas Gerais, principal estado produtor. O controle desses nematoides é difícil de ser realizado e o uso de cultivares resistentes é a melhor alternativa para o cultivo nessas áreas infestadas, pois representa uma medida de controle mais eficiente, economicamente viável e ecologicamente correta. A identificação de genótipos e de marcadores para resistência aos nematoides através das novas abordagens genômicas terá fundamental importância nos programas de melhoramento genético.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Mirian Maluf - Integrante / Alexandre Paschoal - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Gustavo H. Sera - Integrante / Oliveiro Guerreiro Filho - Integrante / Lilian Padilha - Integrante / Caroline Aryoshi - Integrante / Dhalton S. Ito - Integrante / Andressa Cristina Zamboni Machado - Integrante / Paula Cristina da Silva Angelo - Integrante / Lucas M. R. Rodrigues - Integrante / Angelita Garbossi Silva - Integrante / Talita Pijus Ponce - Integrante / Caio Balan Nobile - Integrante / Marcos Lopes Junior - Integrante., Financiador(es): Consórcio Pesquisa Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4
2018 - Atual

Uso de ferramentas biotecnológicas para auxiliar o melhoramento genético de cafeeiros, Descrição: Este projeto envolve diferentes atividades relacionadas a genômica, transcritpomica e metabolomica, visando um avanço no conhecimento biológico e informações que possam subsidiar e auxiliar os programas de melhoramento de cafeeiros, de acordo com termo de cooperação SAIC N. 25400.16/0056-7. Esta proposta tem como um dos objetivos reunir esforços na caracterização fenotípica e genotipica em larga escala da coleção da Etiópia de cafeeiros existente no Brasil, visando trabalhos de genética de associação com foco em estresses bióticos e na qualidade. Deverá identificar marcadores com interesse genômico além de complementar as informações existentes dessa coleção. Também irá caracterizar fenotipicamente e genotipicamente populações F2 de C. arabica. O Laboratório de Biotecnologia do IAPAR tem uma larga experiência em transformação de plantas perenes, desenvolvendo protocolos de transformação que podem ser utilizados para produção de cultivares com tolerância a estresses bióticos e/ou abióticos. Algumas das atividades do projeto envolvem analise de possíveis plantas transgênicas para tolerância a estresse abiótico, além da identificação e caracterização de promotores tecido específicos. Também deverão ser empregadas novas técnicas de transformação por edição genômica, acompanhado o desenvolvimento de trabalhos nesta área. Por fim iremos continuar a elucidar genes de rotas metabólicas de interesse para genes relacionadas a qualidade com por exemplo os diterpenos, visando no futuro o desenvolvimento de cultivares com características sensórias e nutricionais específicas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Gustavo H. Sera - Integrante / Juarez Pirez Tomaz - Integrante / Dhalton S. Ito - Integrante / Andressa Cristina Zamboni Machado - Integrante / Paula Cristina da Silva Angelo - Integrante., Financiador(es): Consórcio Pesquisa Café - Outra / Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná - Outra., Número de produções C, T & A: 20
2015 - 2017

Genetic improvement of coffee (Coffea arabica L.) varieties by using modern science tools to increase its productive competitiveness in Latin America, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alessandra Ferreira Ribas - Integrante / Carlos Henrique Siqueira de Carvalho - Integrante / Andres Gatica Arias - Integrante / DE OLIVEIRA, FERNANDA FREITAS - Integrante., Número de produções C, T & A: 2
2014 - 2020

Mapeamento genético de associação para qualidade baseados na diversidade do germoplasma do centro de origem de Coffea arabica, Descrição: Para evitar as limitações da base genética utilizada em melhoramento e consequentemente da baixa diversidade molecular em C. arabica, trabalhos de mapeamento por associação podem explorar a maior diversidade existente em genótipos provenientes do centro primário de diversidade desta espécie. O centro primário de diversidade de C. arabica se encontra nos altiplanos do sudoeste da Etiópia. O Instituto Agronômico de Campina (IAC), o Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) e o Centro Nacional de Pesquisa dos Cerrados (CPAC) possuem uma coleção desses acessos de C. arabica originários da Etiópia. A avaliação conjunta, multi-local desses acessos por marcadores moleculares constitui uma ferramenta importante para caracterização da diversidade genética e para o mapeamento de características de interesse, como qualidade e tolerância a estresses bióticos e abióticos. Esta proposta tem, portanto, o objetivo de reunir esforços na caracterização fenotípica e genotipica da coleção da Etiópia existente no Brasil, visando trabalhos de genética de associação com foco na qualidade. Deverá identificar marcadores com interesse agronômico além de complementar as informações existentes dessa coleção. Também possibilitar a definição de uma coleção mínima comum representando a diversidade desses materiais e que poderá ser distribuída e analisada com maior profundidade em outros institutos de pesquisa consorciados.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Thierry Leroy - Integrante / Mirian Maluf - Integrante / Pierre Charmetant - Integrante / R. V. Ferreira - Integrante / Domingues, Douglas Silva - Integrante / SERA, TUMORU - Integrante / SCHOLZ, M.B.S. - Integrante / Bruna Silvestre Rodrigues Silva - Integrante / Gustavo H. Sera - Integrante / Oliveiro Guerreiro Filho - Integrante / Lilian Padilha - Integrante / Paula Regina Kauser Falcão - Integrante / Poliana Fernanda Giachetto - Integrante / Livia M. Nogueira - Integrante., Financiador(es): Consórcio Pesquisa Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 11
2013 - 2017

Desenvolvimento de estudos de seleção genômica ampla baseados na diversidade do germoplasma do centro de origem de Coffea arabica, Descrição: O projeto deverá utilizar conceitos modernos de genética aplicada ao melhoramento, como a seleção genômica ampla assistida, para mapear e caracterizar QTLs em Coffea arabica. Os resultados deverão ser importantes não somente para nosso grupo de pesquisa mas para toda comunidade de pesquisa em cafeeiros. Irá consolidar a parceria existente entre Embrapa, IAPAR e CIRAD, alem de ajudar no processo de Internacionalização do curso de Pós Graduação em Genética e Biologia Molecular da UEL. Através da participação da UTFPR esperamos melhorar a formação de recursos humanos e a capacitação em bioinformática, um dos gargalos atualmente na pesquisa na área de genômica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Thierry Leroy - Integrante / David Pot - Integrante / Tumoru Sera - Integrante / Pierre Charmetant - Integrante / Maria Brigida S Scholz - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / R. V. Ferreira - Integrante / Cintia Kitzberger-Sacoman - Integrante / Bruna Silvestre Rodrigues Silva - Integrante / Gustavo Sant´ana - Integrante / Livia M. Nogueira - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2012 - 2014

Sequenciamento de alto rendimento de RNA (RNASeq) em Coffea arabica para formação de rede gênicas e identificação de polimorfismos, Descrição: Visando tanto propiciar ferramentas que realizem a integração da biologia molecular com aplicações no melhoramento vegetal por meio de marcadores moleculares como buscar um entendimento maior da interação de genes durante a maturação de frutos, este trabalho busca a identificação SNPs em genótipos de população de C. arabica proveniente do centro de origem da espécie e a caracterização de redes gênicas durante o processo de desenvolvimento e maturação de frutos de café. Será feito o sequenciamento de bibliotecas de cDNA de frutos de quatro genótipos do centro de origem de C. arabica através da tecnologia Illumina HiSeq. Em um dos genótipos também será realizada a analise transcriptômica temporal a cada 60dias do desenvolvimento do fruto. As seqüências serão comparadas com banco de dados de transcriptoma pré-existentes de Coffea spp. para busca de SNPs e para os trabalhos de Inferência de Redes Gênicas. Os resultados deste trabalho, além de representar um avanço significativo no conhecimento genético e molecular do desenvolvimento de frutos de C. arabica, e propiciar um grande número de SNPs para genotipagem, irá integrar os grupos de pesquisa, do Laboratório de Biotecnologia Vegetal do IAPAR e da Engenharia de Computação da UTFPR, visando a formação de recursos humanos em bioinformática, aumentando a competência do estado nessa área estratégica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / David Pot - Integrante / Ivamoto, Suzana Tiemi - Integrante / Pierre Charmetant - Integrante / Priscila M Yuyama - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / R. V. Ferreira - Integrante / Fabricio R Lopes - Integrante / Alexandre Paschoal - Integrante / Bruno Arabori - Integrante / Fabio Vicente - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2012 - 2013

RNAseq para identificação de polimorfismos em Coffea arabica visando mapeamento associativo através de arranjos de SNPs de alta densidade, Descrição: Visando propiciar ferramentas que realizem a integração da biologia molecular com aplicações no melhoramento vegetal, por meio de marcadores moleculares, este trabalho busca a identificação SNPs em genótipos de população de C. arabica proveniente do centro de origem da espécie e realizar a genotipagem da população através de arrays de SNPs, para verificar sua estrutura, e iniciar a construção de um mapa genético por desequilíbrio de ligação (DL). Será feito o sequenciamento de bibliotecas de cDNA de frutos e folhas de quatro genótipos do centro de origem de C. arabica através da tecnologia Illumina HiSeq, com fragmentos de 100 ciclos. As seqüências serão mapemadas com banco de dados de transcriptoma pré-existentes de Coffea spp. para busca de SNPs. Para validação dos SNPs detectados será utilizado o kit Golden Gate com um multiplex de 384 SNPs para leitura em equipamento Beadxpress Illumina. Serão genotipados os 132 acessos do centro de origem além de acesso do programa de melhoramento vegetal do IAPAR. O trabalho de mapeamento associativo será realizado através da análise da genotipagem e dos dados fenotípicos, coletados desta população nos últimos quatro anos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Pierre R Marraccini - Integrante / Thierry Leroy - Integrante / David Pot - Integrante / Tumoru Sera - Integrante / Ramon Vidal - Integrante / Jorge Mondego - Integrante / Pierre Charmetant - Integrante / Priscila M Yuyama - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / R. V. Ferreira - Integrante / Ricardo Vilela Abdelnoor - Integrante / Henrique Marques de Oliveira - Integrante / Natália Ferrarezi Pagiatto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2011 - 2012

Fenotipagem, genotipagem e análise da diversidade genética e estrutura de uma coleção da Etiópia de Coffea arabica, Descrição: Os objetivos principais do presente projeto são: 1) aumentar o conhecimento sobre a diversidade fenotípica e molecular dentro do centro primário de origem de C. arabica usando a coleção do Instituto Agronômico do Paraná; 2) avaliar os desequilíbrios de ligação entre marcadores SSRs dentro dessa coleção para definir quais são as melhores condições para procurar marcadores diagnósticos; 3) avaliar as associações entre os marcadores genotipados na coleção estudada e as características de interesse analisadas. Para alcançar esses objetivos o trabalho será realizado em parceria com Universidade Estadual de Londrina, CIRAD, Embrapa Café e o IAPAR, instituição executora, responsável pela caracterização fenotípica e molecular dos genótipos oriundos do centro de origem primário de C. arabica. Este trabalho fornecerá subsídios para realizar estudos de associação em C. arabica e permitirá, em curto ou médio prazo, a identificação de ferramentas moleculares para os programas de melhoramento dessa espécie. A identificação dessas ferramentas oferecerá uma posição estratégica ao Brasil, possibilitando, de um lado, ganhos genéticos mais rápidos que garantirão sua liderança no agronegócio do café e, por outro, a possibilidade de apoio à países com estruturas que não permitem o desenvolvimento desse tipo de pesquisa.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Thierry Leroy - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Tumoru Sera - Integrante / Ramon Vidal - Integrante / Laurival Antônio Vilas Boas - Integrante / Pierre Charmetant - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / André Luiz Laforga Vanzela - Integrante., Financiador(es): AGROPOLIS - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2010 - 2013

Construção de vetores e avaliação de construções gênicas para transformação genética de cafeeiros, Descrição: O projeto corresponde ao plano de ação 03 do Projeto: Prospecção de genes, promotores e otimização de protocolos de transformação para Coffea arabica, coordenado pelo Prof. Luciano Vilela Paiva da UFLA. A necessidade de aumento na produtividade da cafeicultura, de modo competitivo e sustentável, para fazer frente à crescente demanda mundial pelo café, não é possível de ser suprida sem a obtenção de cultivares mais adaptadas aos vários estresses bióticos e abióticos que, até o momento, são combatidos sob altos custos financeiros e ambientais. O melhoramento genético, por meio de técnicas moleculares, oferece perspectivas nesse sentido. O presente projeto visa desenvolver metodologias eficientes de transformação genética, ineficientes até o momento para o cafeeiro, usando duas variedades comerciais, e prospectar genes e promotores tecido-específicos do cafeeiro responsivos ao estresse hídrico. Com estes genes e promotores, serão desenvolvidos vetores para avaliar as construções gênicas e cassetes de expressão passíveis de patenteamento. Com isso, espera-se dispor de protocolos que permitam um rápido desenvolvimento de novas cultivares mais tolerantes à seca. Da obtenção destas cultivares, clones podem ser propagados em escala comercial e tornar a tecnologia acessível também para o pequeno produtor. Desse modo, além dos maiores lucros financeiros aos cafeeicultores, o uso disseminado destas cultivares é ambientalmente favorável, já que será um grande fator de diminuição de incremento hídrico por meio da onerosa irrigação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Hugo Bruno C Molinari - Integrante / Pierre R Marraccini - Integrante / Mirian Maluf - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Nathalia Volpi e Silva - Integrante / Maia, Ivan de Godoy - Integrante / Juliana de Almeida - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luciano Vilela Paiva - Integrante., Financiador(es): Consórcio Pesquisa Café - Auxílio financeiro / Consórcio Pesquisa Café - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1
2010 - 2013

Mapeamento integrado de Coffea arabica para clonagem de genes e aplicações em programas de melhoramento, Descrição: Os avanços da era genômica vêm sendo importantes para modificar abordagens tradicionais de pesquisa em biologia molecular, perdendo cada vez mais o caráter reducionista, em direção de trabalhos integrados, seja relacionado com a parte funcional de proteômica e metabolômica, como para a parte de genética, onde a integração de mapas físicos, genéticos e citogenéticos vem sendo cada vez mais utilizada. A partir destes mapas é possível identificar e localizar genes, marcadores genéticos e QTLs de interesse para programas de melhoramento. Os mapas também podem fornecer informações quanto a diversidade genética de uma população para seleção de material para cruzamentos, assim como acelerar os programas de melhoramento usando seleção assistida por marcadores. Não menos importante, a produção de mapas integrados com marcas moleculares e contigs de clones com fragmentos grandes de DNA como, por exemplo, os de cromossomo artificial de bactéria (BAC), proporciona uma base sólida para projetos de sequenciamento de genoma, seja por estratégias de shot gun ou BAC-to-BAC. Este projeto visa a continuidade de esforços de integração em mapeamento, com a produção e integração de diferentes mapas, ancorando mapas físico e citogenéticos pela identificação de BAC com marcadores moleculares de cada grupo de ligação de C. arabica. Os BACs selecionados serão sequenciados nas pontas ou por completo para caracterização e produção de novas marcas moleculares a serem reintegradas no mapeamento genético. Os BACs selecionados também serão integrados em mapas citogenéticos através de técnicas de hibridização in situ (FISH e BAC-FISH). A inclusão das técnicas de citogenética no projeto permitirá associar os mapas de ligação e cromossômico, possibilitando a caracterização estrutural do genoma de C. arabica. Também, como continuidade do projeto anterior, o trabalho deverá clonar e identificar o gene de resistência a ferrugem (Hemileia vastatrix) raça II, fundamental não somente para o entendiment. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador., Financiador(es): Consórcio Pesquisa Café - Auxílio financeiro / Consórcio Pesquisa Café - Bolsa.
2010 - 2011

Clonagem e caracterização de promotores de três isoformas de expansinas de Coffea arabica, Descrição: A produção de plantas geneticamente modificadas tem uma grande importância econômica pela possibilidade de incorporar novas características agronômicas às plantas cultivadas como resistência a herbicidas, pragas e doenças, estresses abióticos e melhora na qualidade dos alimentos. A introdução de novos genes em plantas é também uma importante ferramenta que pode ser aplicada em áreas de pesquisa que vão desde os programas de melhoramento até estudos básicos de genética, fisiologia e biologia molecular de plantas. Um dos problemas encontrados na transformação genética de plantas é a falta de promotores específicos para direcionar a expressão e atividade do gene/proteína para um determinado tecido, para determinada fase de desenvolvimento, ou a partir da indução de um estresse biótico ou abiótico. A maioria das plantas transgênicas de uso comercial utilizam promotores de expressão constitutiva. Entretanto, para novos produtos biotecnológicos, onde a exigência da sociedade deverá ser cada vez maior com a especificidade de expressão de novos genes, aumenta a importância da identificação destes promotores. O desenvolvimento dos frutos de café é caracterizado por intensa divisão celular, alongamento e relaxamento da parede celular, processos relacionados à ação de diversas enzimas, incluindo as expansinas. Com os dados gerados pelo programa Genoma Café, nosso laboratório identificou e caracterizou o padrão de transcrição de três isoformas de expansinas: CaEXPA1, CaEXPA2 e CaEXPA3 em frutos de Coffea arabica. O padrão de transcrição obtido indica que isoformas deste gene estão envolvidas na expansão do perisperma, tecido responsável pela definição do tamanho do grão do café (CaEXPA1. e CaEXPA3). Por outro lado, a isoforma CaEXPA2 mostrou transcrição específica em pericarpo nos estádios finais de maturação do fruto, sendo seu promotor um excelente candidato para estudos do controle da maturação dos frutos de cafeeiro. Tendo em vista a experiência em transformação genética. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Nathalia Volpi e Silva - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - 2011

Mapeamento físico e genético para qualidade de bebida em Coffea arabica - INCT Café, Descrição: Os avanços da era genômica vêm sendo importantes para modificar abordagens tradicionais de pesquisa em biologia molecular, perdendo o caráter reducionista, em direção a trabalhos conjuntos de genética e melhoramento onde a integração de mapas físicos, genéticos e citogenéticos, é cada vez maior. Em Coffea arabica os mapas genéticos existentes ainda se encontram incompletos e apresentam um baixo número de marcadores. Portanto, é necessário o emprego de estratégias integradas para saturar e caracterizar regiões de interesse dentro dos mapas. Esta estratégia podem ser realizadas através de 1) um aumento da saturação de marcas em populações existentes; 2) busca de novos polimorfismos através de técnicas de alta performance de sequenciamento; e 3) produção e caracterização de bibliotecas BACs que permitam a nitegração entre mapas físicos e genéticos. A presente proposta tem como objetivo fortalecer os trabalhos realizados com mapeamento físico e genético de café e integrar os trabalhos com relação ao mapeamento de genes relacionados com qualidade. O trabalho envolve a caracterização fenotípica e molecular de populações do centro de origem da Etiópia assim como de populações F2 e RC1 (primeira geração de retrocruzamentos) de arabustas para fins de mapeamento e localização de QTLs para qualidade de bebida. Também será feito busca de novas marcas através de sequenciamento hightroughput de indivíduos selecionados dentro destas populações estudadas, e a integração de marcas de mapeamento genético com mapeamento físico através da caracterização de clones de Coffea arabica em bibliotecas BACs, bem como o emprego da técnica de FISH de alta resolução na construção de um mapa citogenético em cromossomos de café, usando-se clones de BACs a partir de seqüências de genes envolvidos em qualidade de bebida derivadas do genoma café.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Lucia Pires Ferreira - Integrante / Sandra Maria Bellodi Cação - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Coordenador / David Pot - Integrante / Armando Androciolli Filho - Integrante / Nathalia Volpi e Silva - Integrante / Tumoru Sera - Integrante / Jorge Mondego - Integrante / Karina Yanagui - Integrante / Karina Yanagui de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - 2011

Nutrioma do cafeeiro (Coffea spp.) e análise funcional de genes envolvidos na absorção de nitrogênio pelas raízes, Descrição: O Brasil é o maior produtor e exportador de café do mundo, e o segundo maior consumidor, atrás apenas dos Estados Unidos. Em 2008, os estados brasileiros que obtiveram as maiores produções foram: em primeiro lugar Minas Gerais, seguido por Espírito Santo e São Paulo, com o Paraná ocupando o quarto lugar. Desta maneira, a cafeicultura gera dividendos diretos com exportações e empregos, e indiretos com arrecadação de impostos. Entretanto, este retorno econômico está atrelado à eficiência do manejo dos fatores de produção dos cafezais, incluindo a nutrição mineral. Isso se deve ao fato dos cafeeiros serem altamente responsivos à aplicação de fertilizantes, os quais apresentam preços crescentes, que podem onerar a produção significativamente. O sucesso do manejo nutricional da cultura depende de diversos fatores, como características químicas, biológicas e físicas do solo, além da influência do genótipo. Apesar do manejo agronômico visando à adequação do solo para a cultura do cafeeiro estar bem estabelecido, pouco se sabe sobre o efeito do genótipo na adaptação a baixa disponibilidade de nutrientes em solos ácidos e com argila dominante do tipo caolinítica, como os encontrados no estado no Paraná, ou sobre o uso do nutriente mineral no nível molecular. Neste cenário, o presente projeto tem o objetivo de caracterizar o nutrioma do cafeeiro, identificando-se genótipos de cafeeiro que apresentam acumulação diferencial de nutrientes minerais (N, P, K, Ca, Mg, S, Fe, B, Zn, Mn, Cu, Mo, Si e Ni), que será a base para identificação de genes relacionados a absorção e uso de nutrientes minerais pelo cafeeiro. Estes processos fisiológicos são necessários para a otimização do manejo nutricional da cultura no campo, que amplia a produtividade, qualidade do produto e reduz os custos de produção. Devido a importância-chave do nitrogênio (N) para a produção e qualidade do café, os principais genes do gênero Coffea que possam atuar no transporte de nitrogênio serão identificados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Luiz Gonzaga E Vieira - Coordenador / Marcos Antonio Pavan - Integrante / Anderson Rotter Meda - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2008 - 2012

Proteopar - Projeto Proteoma Paraná, Descrição: Análise Proteomica de Plantas de Café submetidas a Deficit Hídrico. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Luiz Gonzaga E Vieira - Integrante / Fabio Pedrosa - Coordenador / Emanuel M Souza - Integrante / Humberto Ramos - Integrante / Diogo Maciel - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária - Auxílio financeiro / Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.
2008 - 2012

QUALIDADE DO CAFÉ AROMA E SABOR A PARTIR DE PROTEÍNAS E METABÓLITOS, Descrição: CHAMADA PÚBLICA MCT/FINEP/AÇÃO TRANSVERSAL REDE GENOPROT. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Coordenador / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Diogo M Magalhães - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Humberto J O Ramos - Integrante / Marcelo Ehlers Loureiro - Integrante / Andrea Miyasaka de Almeida - Integrante., Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações - Auxílio financeiro.
2007 - 2014

Identificação e caracterização de genes e marcadores moleculares relacionados à resistência a estresses bióticos e abiótios em culturas de importância econômica no Paraná - OEPAS, Descrição: Ferramentas biotecnológicas como a genômica funcional, produção de plantas transgênicas e a utilização de marcadores moleculares para auxiliar a seleção de genótipos superiores, abrem novas perspectivas ao melhoramento convencional, permitindo a rápida incorporação e seleção de características desejáveis às espécies cultivadas. Através da utilização dessas metodologias, este projeto tem como objetivo integrar esforços e ampliar ações interdisciplinares a fim de desenvolver estratégias para assegurar maior sustentabilidade de culturas de importância econômica no Paraná através da diminuição dos danos causados por condições de disponibilidade limitada de água e por fitopatógenos com a utilização dos novos avanços em genética, fisiologia, biologia molecular e genômica. A execução das atividades prevista na presente proposta deverá levar à caracterização e identificação de genes envolvidos na tolerância a estresses abióticos em cana-de-açúcar, que serão utilizados na criação de novas variedades, contribuindo de maneira significativa com avanços no melhoramento genético desta cultura. Para o feijoeiro e algodoeiro, marcadores moleculares SSR serão utilizados para análises de populações segregantes visando, ultimamente, seleção assistida para as características de tolerância ao déficit hídrico/altas temperaturas e Ramularia, respectivamente. No caso, de plantas cítricas as atividades a serem desenvolvidas visam buscar alternativas para controle e manejos de doenças bacterianas (cancro cítrico e clorose variegada do citros) em plantas de citros através de plantas transformadas produzindo genes de peptídeos antibacterianos controlados por promotores constitutivos e tecido específicos. Os dados gerados serão fundamentais para identificar mecanismos genéticos que controlam características importantes em cana-de-açúcar, feijão, algodão e citros.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Luiz Gonzaga E Vieira - Coordenador / Celso Jamil Marur - Integrante / Rui Pereira Leite - Integrante / Alexandre Lima Nepomuceno - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro.
2005 - 2012

Genocafé, Descrição: Análise do transcriptoma do café. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Iris Tiski - Integrante / Sandra Maria Bellodi Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Mirian Eira - Integrante / Nathalia Volpi e Silva - Integrante., Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 13
2005 - 2009

Mapeamento genético e localização de QTLs relacionados com qualidade de bebida do cafeeiro, Descrição: Identificação e caracterização de marcadores moleculare para qualidade da bebida de café - Identificação de SNPs no genoma café. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz Gonzaga E Vieira - Integrante / Paulo Mazzafera - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / David Pot - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolviemnto do Café - Auxílio financeiro.
2004 - 2009

Construção de uma biblioteca genômica de café de cromossomo artificial de bactéria e identificação de genes de interesse agronômico, Descrição: Construção de Biblioteca de BACs de café e produção de mapa físico.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Pierre R Marraccini - Integrante / Nathalia Volpi e Silva - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 9
2003 - 2008

Obtenção de plantas de café com maior tolerância a estresses abióticos via manipulação da síntese de prolina, Descrição: Obtenção de plantas de café com maior tolerância a estresses abióticos via manipulação da síntese de prolina. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Luiz G E Vieira - Coordenador / Alessandra Ferreira Ribas - Integrante / Pierre R Marraccini - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Bolsa / Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 7
2003 - 2006

Caracterização molecular de enzimas chaves do metabolismo de açucares em café, Descrição: O objetivo deste projeto é aumentar o conhecimento básico sobre o metabolismo de açúcares durante a maturação do fruto do café, com particular atenção à semente (endosperma), sendo um ponto principal isolar marcadores moleculares associados com o metabolismo de açúcares para serem usados como sondas específicas para analisar a expressão de genes controlando o processo. Estes marcadores também serão úteis para selecionar ?quantitative trait loci? (QTL) associados com o acúmulo de sacarose e, consequentemente, desenvolver seleção assistida por marcadores (?marker-assisted selection?) em programas de melhoramento que utilizam cruzamentos intra (i.e. can x can, ara x ara) e interespecíficos (i.e. can x ara, pse x can, pse x dew) para a melhora da qualidade de bebida do café (Montagnon et al. 1998, Ky et al. 2000) e estratégias envolvendo engenharia genética, por exemplo. Para atingir este objetivo é proposto analisar as enzimas chaves do metabolismo de sacarose, particularmente invertases (INV), sintetase da sacarose (Susy) e sintase da sacarose fosfato (SPS) no nível molecular, clonando, sequenciando seus correspondentes cDNAs (full-length), e no nível bioquímico, medindo a atividade das enzimas em diferentes tecidos do café e, principalmente, durante a maturação dos frutos. A primeira parte do trabalho será feita no IAPAR e a segunda na UNICAMP.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Pierre R Marraccini - Integrante / Paulo Mazzafera - Integrante / Lucia Pires Ferreira - Integrante / Aline Andréia Cavalari - Integrante / Raquel L Boscariol - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Bolsa / Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 11
2003 - 2005

Sequenciamento genômico da Bactéria Herbaspirillum seropedicae - GENOPAR Unidade IAPAR, Descrição: Participação no grupo GENOPAR, para sequenciamento genômico da bactéria Herbaspirillum seropedicae.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Iris Tiski - Integrante / Thiago B. Santos - Integrante / Ilara G. F. Budzinski - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Paraná Tecnologia - Bolsa.
2002 - 2008

Projeto Genoma Café, Descrição: Anotação e datamining do genoma café. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador., Número de produções C, T & A: 8
2001 - 2006

Identificação e caracterização de genes de ACC-oxidase em café para manipulação de sua expressão visando a uniformidade de maturação dos frutos., Descrição: A maturação do café está relacionada com produção de etileno nos frutos. Durante a maturação de frutos climatéricos ocorre um estímulo inicial com concentrações baixas de etileno que provoca um aumento dramático na sua síntese. Este projeto visa a identificação e caracterização de genes de café envolvidos no processo de maturação. O trabalho irá inicialmente caracterizar a expressão dos genes de ACC-oxidase durante a maturação de frutos de café através da produção de etileno e da detecção de transcriptos de mRNA de ACC oxidase. Em seguida, primers baseados em seqüências homólogas de genes de ACC-oxidase serão utilizados para amplificação de cDNA de frutos de café com maior expressão destes genes. Os produtos obtidos através do PCR serão clonados e aqueles com seqüência homólogas aos genes de interesse serão usadas como sonda para seleção de clones em uma livraria de cDNA. Clones identificados serão sequenciados e comparados com outros genes através do programa BlastaN no banco de dado GENBANK. Aqueles que demonstrarem alta homologia a genes de ACC-oxidase serão usados como sonda em hibridações de Northern blots para comprovar sua expressão durante as fases de maturação dos frutos de café. Finalmente, os genes com alta expressão durante as fases iniciais de maturação serão inseridos em vetores para serem utilizados em projetos de transformação de café, visando a obtenção de plantas com inibição da enzima ACC-oxidase e uma consequente redução no nível de etileno, que levaria a uma uniformidade na maturação dos frutos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Adilson K Kobayashi - Integrante / Luiz G E Vieira - Integrante / João Carlos Bespalhok Filho - Integrante / Fátima Bustos - Integrante / Alessandra Ferreira Ribas - Integrante / Rafaelo Marques Galvão - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8
2001 - 2006

Manipulação genética da biossíntese de prolina em Citrus spp. visando a obtenção de plantas com maior tolerância a estresses abióticos, Descrição: Produção de porta enxertos de citrus, citrange Carrizo e citrumelo Swingle, com tolerância a stresse hídrico, através da transformação genética de plantas com gene mutante P5CS envolvido na síntese de prolina. O gene P5CS codifica a enzima delta-1-pirroline-5-carboxilato sintetase com uma mutação no sítio alostérico, que diminui o mecanismo de inibição por feedback da enzima, aumentando a produção de prolina nos tecidos. Plantas estão sendo tranformadas e serão testadas para produção de prolina e resitência a estresses hídricos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Adilson K Kobayashi - Integrante / João C Bespalhok Filho - Integrante / Luiz G E Vieira - Coordenador / Hugo Bruno C Molinari - Integrante., Financiador(es): Fundação Araucária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5
2001 - 2005

Manipulação genética da síntese de etileno no café, visando a uniformidade de maturação de frutos, Descrição: Este subprojeto visa a identificação e caracterização dos genes de ACC-oxidase de café envolvidos na maturação dos frutos, a transformação de plantas e seleção de indivíduos transgênicos cuja a síntese de etileno tenha sido inibida. A metodologia para transformação será a de bombardeamento de partículas para a inclusão do cDNA do gene da ACC-oxidase e a expressão do caracter transformante será avaliada em testes de casa de vegetação e campo. Serão utilizados cultivares de café em processo avançado de seleção e as variedades já cultivadas de maior expressão no país. As cultivares em vias de lançamento, quando postos no mercado, já seriam portadores do cDNA da enzima ACC-oxidase o que tornaria mais eficiente a adoção da tecnologia gerada por melhorar o manejo da cultura. A viabilização desta tecnologia pode facilitar a colheita (manual ou mecanizada), melhorando a qualidade da bebida, o aproveitamento da mão de obra na colheita, redução do custo de preparo e de beneficiamento e, consequentemente, o custo de produção.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Adilson K Kobayashi - Integrante / Luiz G E Vieira - Coordenador / Alessandra Ferreira Ribas - Integrante / Rafaelo Marques Galvão - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro / Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Bolsa., Número de produções C, T & A: 6
2001 - 2005

Identificação e caracterização de genes de poligalacturonase em café para manipulação de sua expressão visando a uniformidade de maturação dos frutos, Descrição: Entre os fatores que merecem ser considerados no manejo de lavouras adensadas de café é o aumento da desuniformidade de maturação dos frutos, ocasionando problemas na qualidade de bebida e menor eficiência na colheita. Tendo em vista a importância da maturação dos frutos para a qualidade de bebida, colheita e custo de produção do café, este projeto visa a clonagem e caracterização de genes poligalacturonase de café que serão utilizados em uma segunda etapa na transformação de plantas visando a sua inibição para que haja uma maior uniformidade na colheita dos frutos de café. Primers baseados em seqüências homólogas de genes de poligalacturonases serão utilizados para seleção de clones em uma livraria de cDNA. Clones identificados serão sequenciados e comparados com outros genes através do programa BlastaN no banco de dados GENBANK. Aqueles que demonstrarem alta homologia a genes de poligalacturonase serão usados como sonda em hibridações de Northern blots para comprovar sua expressão durante as fases de maturação dos frutos de café. Finalmente, os genes com alta expressão durante as fases iniciais de maturação serão inseridos em vetores para serem utilizados em projetos de transformação de café, visando a obtenção de plantas com inibição de poligalacturonase e uma consequente redução no amadurecimento e maciez do fruto possibilitando a colheita com um número maior de café cereja.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro / Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Bolsa., Número de produções C, T & A: 6

Projetos de desenvolvimento

2008 - Atual

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro. . , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes. . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 2
2008 - Atual

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro. . , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes. . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 2
2008 - Atual

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro. . , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes. . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 2
2008 - Atual

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 2
2008 - Atual

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 2
2008 - Atual

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 2
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Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
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Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
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Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
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Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
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Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
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Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
2008 - 2014

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante.Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante.Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
2008 - 2014

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
2008 - 2014

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
2008 - 2014

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 1
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
2008 - 2014

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 6
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5
2008 - 2014

Caracterização de Marcadores de Modificações Nucleotídicas a partir da Base de Dados do Genoma Café, Descrição: Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions ) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles fornecem marcadores valiosos para estudar as bases genéticas de características agronômicas e adaptativas usando estratégias de mapeamento e estudos de associação. Além desses estudos fundamentais, eles têm um grande potencial para o melhoramento por seleção assistida por marcadores (SAM) Os SNPs e INDELS podem ser detectados através de várias técnicas, a maioria delas envolvendo um conhecimento prévio das seqüências de DNA de diferentes genótipos, o que no passado encarecia o custo de implementação para a sua identificação. Atualmente, projetos de seqüenciamento em larga escala oferecem a possibilidade da descoberta de polimorfismos de nucleotídeos a custos mais baixos, pois variações podem ser encontradas computacionalmente pela análise da sua redundância em banco de dados. Portanto, as seqüências de ESTs do Projeto Genoma Café são uma fonte potencial para procura de marcadores nucelotídicos, que poderão ser utilizados tanto nos programas de mapeamento genético de C. arabica e C. canephora, assim como para aplicações práticas de genotipagem ou no melhoramento através de seleção assistida por marcadores (SAM). Este projeto tem como objetivo a produção e validação de uma plataforma de detecção de SNPs e INDELs que poderá ser utilizada por todas as instituições participantes do Consórcio Café assim como seus parceiros autorizados. Esta plataforma não só agregará valor ao banco de dados do Projeto Genoma Café, como aproximará ainda mais a Biologia Molecular e a Bioinformática dos programas de melhoramento genético tradicionais do cafeeiro.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alan Carvalho Andrade - Integrante / Carlos Augusto Colombo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / David Pot - Integrante / Luiz Gonzaga Esteves Vieira - Integrante / Sergio Dias Lannes - Integrante., Financiador(es): Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvovlvimento do Café - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 6
2005 - 2008

Produção de um mapa físico de Coffea spp. através da seleção e caracterização de clones BACs, Descrição: Com o Projeto Genoma Café entrando na sua fase de conclusão, cerca de 200 mil ESTs estarão a disposição para exploração científica dos dados, como estudos de expressão gênica, clonagem e transformação. Apesar da importância do componente de sequenciamento, tem se dada pouca atenção ao mapeamento físico destes organismos que proporciona um melhor entendimento estrutural dos seus genomas. A produção de mapas físicos com alta densidade de marcadores tem importância fundamental para estudos de genética e melhoramento, como por exemplo, no uso de seleção assistida identificação de loci de características quantitativas (QTLs), na clonagem de genes ou clusters de genes de interesse, seja através de hibridizações com SSTs, ESTs ou map based cloning. O mapeamento físico do café se torna ainda mais importante, pelo fato dos dados do sequenciamento realizado serem de ESTs, impossibilitando uma a ordenação genômica e estrutural dos genes, ao contrário dos projetos de sequenciamento de DNA genômico. Para acompanhar este desenvolvimento vindo do sequenciamento em larga escala, o objetivo deste projeto é a produção de um mapa físico de com alta densidade de marcadores a partir de bibliotecas de cromossomo artificial de bactéria (BAC) de café, utilizando os ESTs originados pelo Projeto Genoma Café. A biblioteca de BACs está sendo construída, no laboratório de biotecnologia do IAPAR, com previsão de finalização do trabalho em dezembro de 2004. Após a construção e caracterização da biblioteca, os BACs serão replicados e crescidos em membranas para hibridização de colônias com overgos baseados em ESTs proveniente do banco de dados do genoma café. Essa seleção inicial servirá para ordenação dos contigs e produção de um mapa framework ou estrutural. Em seguida, os dados de seleção de BACs dos diferentes grupos, serão utilizados para a construção de um novo mapa com uma densidade maior de marcadores moleculares dos mapas de ligação atualmente existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Luiz G E Vieira - Integrante / Sandra Maria Belloti Cação - Integrante / Alan Carvalho Andrade - Integrante., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5

Prêmios

2024

Primeiro lugar entre os melhores trabalhos - XXXII Seminário do Programa de Iniciação Científica, XIV Seminário do Programa de Desenvolvimento Tecnológico e Inovação, e II Seminário do Programa de Ini, Programa de Iniciação Científica - IDR Paraná.

2023

Prêmio Alcides Carvalho - Trabalho de Doutorado Angelita garbossi silva, 12 Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas.

2021

Prêmio Alcides Carvalho -Trabalho de Carolina Ariyoshi no 66° Congresso Brasileiro de Genética, APTA-IAC- SBG.

2021

Premio Alcides Carvalho -Trabalho de Doutorado de Caroline ariyoshi, 11 Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas.

2019

Menção Honrosa - Trabalho apresentado no VII SBGMP por Suzana Tiemi Ivamoto, Sociedade Brasileira de Genética.

2012

Premiação por Excelência - Destaque da Unidade de Pesquisa, Embrapa Café.

2010

Trabalho de orientação Iniciação Cientifica - Menção Honrosa Karina Yanagui de Almeida, Sociedade Brasileira de Genética.

2009

Premiação por Excelência - Destaque da Unidade Embrapa Café, Embrapa Café.

2006

Bourse d`accueil de personnalités étrangères par le Conseil Régional, Conseil Régional Languedoc-Roussillon.

2002

Destaque Tecnológico 2002 em Pesquisa - Prêmio Banco do Brasil, ADETEC - Associação de Desenvolvimento Tecnológico de Londrina.

1997

ASPP Travel Award, The American Society of Plant Physiology.

1997

Kasha Travel Grant, University of Guelph.

1992

Kasha Travel Grant, University of Guelph.

1992

Student Grant, Conference of Biotechnology for Crop Improvement in Latin America.

1986

Prêmio Literário, Colégio Positivo de Londrina.

Histórico profissional

Endereço profissional

Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná, Área de Melhoramento e Genética, Laboratório de Biotecnologia Vegetal. , Rod. Celso Garcia Cid Km 375, Três Marcos, 86001-970 - Londrina, PR - Brasil - Caixa-postal: 481, Telefone: (43) 33762399, Fax: (43) 33762101

Experiência profissional

2021 - Atual

Instituto Agronômico de Campinas

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2008 - Atual

Universidade Estadual de Londrina

Vínculo: Prof. Pós Graduação, Enquadramento Funcional: Prof. Pós Graduação Genetica e Biologia Molec

Outras informações:
Professor do Nucleo Permanente.Cursos Ministrados:2 BIO 405-430 Tópicos Especiais em Genética e Biologia Molecular - uma vez a cada dois anos. 2 BIO 322 - Genômica Estrutural e Funcional de Plantas - uma vez a cada dois anos.

2005 - 2018

Universidade Estadual de Londrina

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor Pós Graduação Biotecnologia, Carga horária: 6

Outras informações:
Professor no curso de Pós-Graduação em Biotecnologia

Atividades

02/2005
Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Biossegurança, Aplicação da Biologia Molecular em Biotecnologia

2003 - Atual

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

Atividades

01/2007
Pesquisa e desenvolvimento, Embrapa Café.,Linhas de pesquisa
01/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Embrapa Café.,Linhas de pesquisa

2003 - Atual

Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná, IDR-Paraná

Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante

1988 - 2003

Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná, IDR-Paraná

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador II, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

1987 - 1988

Instituto de Desenvolvimento Rural do Paraná, IDR-Paraná

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Bolsista Aperfeiçoamento CNPq, Carga horária: 40

Atividades

07/2001 - 12/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Melhoramento e Genética, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
01/1999 - 12/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Ecofisiologia, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
03/1998 - 12/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Ecofisiologia, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
03/2000 - 06/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Ecofisiologia, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
08/2001 - 01/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Melhoramento e Genética, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
07/2001 - 12/2002
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Melhoramento e Genética, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
03/2000 - 12/2002
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Melhoramento e Genética, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
01/2000 - 12/2002
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Ecofisiologia, Laboratório de Biotecnologia Vegetal.,Linhas de pesquisa
02/2000 - 12/2000
Ensino,,Disciplinas ministradas, Orientação de estágio curricular do curso de Ciências Biológicas de UEL
02/2000 - 02/2000
Outras atividades técnico-científicas , Área de Ecofisiologia, Área de Ecofisiologia.,Atividade realizada, Palestrante para Curso de Especialização em Agronegócio para Profissionais de Comunicação - UFPR.
03/1999 - 12/1999
Ensino,,Disciplinas ministradas, Orientação de estágio curricular do curso de Ciências Biológicas de UEL
01/1998 - 07/1998
Outras atividades técnico-científicas , Área de Ecofisiologia, Área de Ecofisiologia.,Atividade realizada, Organização do III Simpósio Internacional sobre Biotecnologia da Agroindústria do Café.
08/1988 - 12/1990
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Ecofisiologia, Laboratório de Ecofisiologia.,Linhas de pesquisa
08/1988 - 12/1990
Pesquisa e desenvolvimento, Área de Ecofisiologia, Laboratório de Ecofisiologia.,Linhas de pesquisa

Propriedade Intelectual

Patentes (1)

Tipo	Título	Data depósito
INVENTOR	Composições e métodos para modificar a expressão de genes de interesse	09/04/2012