Alexandre Defelicibus

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Produções bibliográficas

• VALIERIS, RENAN ; MARTINS, LUAN ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; BUENO, ADRIANA PASSOS ; DE TOLEDO OSORIO, CYNTHIA APARECIDA BUENO ; CARRARO, DIRCE ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ROSALES, RAFAEL A. ; DE FIGUEIREDO, JOSE MARCIO BARROS ; SILVA, ISRAEL TOJAL DA . Weakly-supervised deep learning models enable HER2-low prediction from H &E stained slides. BREAST CANCER RESEARCH , v. 26, p. 124, 2024.

• SUTCLIFFE, STEVEN G. ; KRAEMER, SUSANNE A. ; ELLMEN, ISAAC ; KNAPP, JENNIFER J. ; OVERTON, ALYSSA K. ; NASH, DELANEY ; NISSIMOV, JOZEF I. ; CHARLES, TREVOR C. ; DREIFUSS, DAVID ; TOPOLSKY, IVAN ; BAYKAL, PELIN I. ; FUHRMANN, LARA ; JABLONSKI, KIM P. ; BEERENWINKEL, NIKO ; LEVY, JOSHUA I. ; OLABODE, ABAYOMI S. ; BECKER, DEVAN G. ; GUGAN, GOPI ; BRINTNELL, ERIN ; DEFELICIBUS, A. ; et.al . Tracking SARS-CoV-2 variants of concern in wastewater: an assessment of nine computational tools using simulated genomic data. Microbial Genomics , v. 10, p. 5, 2024.

• COELHO, KAROLINE BRITO CAETANO ANDRADE ; SQUIRE, JEREMY A. ; DUARTE, KELLY GOMES ; SARES, CLÁUDIA TARCILA GOMES ; MOREDA, NATALIA ALONSO ; PEREIRA, JONATAS LUIZ ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; AOKI, MATEUS NÓBREGA ; RIVAS, JAVIER DE LAS ; DOS REIS, RODOLFO BORGES ; ZANETTE, DALILA LUCÍOLA . Germline variants in early and late-onset Brazilian prostate cancer patients. UROLOGIC ONCOLOGY-SEMINARS AND ORIGINAL INVESTIGATIONS , v. 42, p. 68.e11-68.e19, 2024.

• KINKER, GABRIELA SARTI ; VITIELLO, GLAUCO AKELINGHTON FREIRE ; DINIZ, ARIANE BARROS ; CABRAL-PICCIN, MARIELA PIRES ; PEREIRA, PEDRO HENRIQUE BARBOSA ; CARVALHO, MARIA LETÍCIA RODRIGUES ; FERREIRA, WALLAX AUGUSTO SILVA ; CHAVES, ALEXANDRE SILVA ; RONDINELLI, AMANDA ; GUSMÃO, ARIANNE FAGOTTI ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; DOS SANTOS, GABRIEL OLIVEIRA ; NUNES, WARLEY ABREU ; CLARO, LAURA CAROLINA LÓPEZ ; BERNARDO, TALITA MAGALHÃES ; NISHIO, RICARDO TADASHI ; PACHECO, ADHEMAR MONTEIRO ; LAUS, ANA CAROLINA ; ARANTES, LIDIA MARIA REBOLHO BATISTA ; FLECK, JULIA LIMA ; et.al . Mature tertiary lymphoid structures are key niches of tumour-specific immune responses in pancreatic ductal adenocarcinomas. GUT , v. 72, p. 1927-1941, 2023.

• DI-BATTISTA, ADRIANA ; FAVILLA, BIANCA PEREIRA ; ZAMARIOLLI, MALÚ ; NUNES, NATÁLIA ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; ARMELIN-CORREA, LUCIA ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; REYMOND, ALEXANDRE ; MOYSES-OLIVEIRA, MARIANA ; MELARAGNO, MARIA ISABEL . Premature ovarian insufficiency is associated with global alterations in the regulatory landscape and gene expression in balanced X-autosome translocations. Epigenetics & Chromatin , v. 16, p. 19, 2023.

• DRUMMOND, RODRIGO D. ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; MEYENBERG, MATHILDE ; VALIERIS, RENAN ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ROSALES, RAFAEL A. ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL . Relating mutational signature exposures to clinical data in cancers via signeR 2.0. BMC BIOINFORMATICS , v. 24, p. 439, 2023.

• DE ALBUQUERQUE, GABRIELA E. ; MODA, BRUNO S. ; SERPA, MARIANNA S. ; BRANCO, GABRIELA P. ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; TAKENAKA, ISABELLA K. T. M. ; DE AMORIM, MARIA G. ; MIOLA, ELIZABETH C. ; MARTINS, VALQUIRIA C. A. ; TORRES, KATIA L. ; BEZERRA, STEPHANIA M. ; CLARO, LAURA C. L. ; PELOSOF, ADRIANE G. ; SZTOKFISZ, CLAUDIA Z. ; ABRANTES, LAIS L. S. ; COIMBRA, FELIPE J. F. ; KOWALSKI, LUIZ P. ; ALVES, FÁBIO A. ; ZEQUI, STÊNIO C. ; UDEKWU, KLAS I. ; et.al . Evaluation of Bacteria and Fungi DNA Abundance in Human Tissues. Genes , v. 13, p. 237, 2022.

• VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND, RODRIGO D ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ROSALES, RAFAEL A ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL . A mixture model for determining SARS-Cov-2 variant composition in pooled samples. BIOINFORMATICS , v. 38, p. 1809-1815, 2022.

• TAKENAKA, ISABELLA KUNIKO T. M. ; BARTELLI, THAIS F. ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; SENDOYA, JUAN M. ; GOLUBICKI, MARIANO ; ROBBIO, JUAN ; SERPA, MARIANNA S. ; BRANCO, GABRIELA P. ; SANTOS, LUANA B. C. ; CLARO, LAURA C. L. ; DOS SANTOS, GABRIEL OLIVEIRA ; KUPPER, BRUNA E. C. ; DA SILVA, ISRAEL T. ; LLERA, ANDREA S. ; DE MELLO, CELSO A. L. ; RIECHELMANN, RACHEL P. ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; ISEAS, SOLEDAD ; AGUIAR, SAMUEL ; NUNES, DIANA NORONHA ; et.al . Exome and Tissue-Associated Microbiota as Predictive Markers of Response to Neoadjuvant Treatment in Locally Advanced Rectal Cancer. FRONTIERS IN ONCOLOGY , v. 12, p. 809441, 2022.

• BUTTURA, JAQUELINE RAMALHO ; PROVISOR SANTOS, MONIZE NAKAMOTO ; VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND, RODRIGO DUARTE ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; LIMA, JOÃO PAULO ; CALSAVARA, VINICIUS FERNANDO ; FREITAS, HELANO CARIOCA ; CORDEIRO DE LIMA, VLADMIR C. ; FERNANDA BARTELLI, THAIS ; WIEDNER, MARC ; ROSALES, RAFAEL ; GOLLOB, KENNETH JOHN ; LOIZOU, JOANNA ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; NUNES, DIANA NORONHA ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL . Mutational Signatures Driven by Epigenetic Determinants Enable the Stratification of Patients with Gastric Cancer for Therapeutic Intervention. Cancers , v. 13, p. 490, 2021.

• MANTOVANI, NATHALIA ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; CICERO, MAIRA FERREIRA ; SANTANA, LUIZ CLAUDIO ; ARNOLD, RAFAEL ; DE CASTRO, DANIELA FUNAYAMA ; DURO, RODRIGO LOPES SANZ ; NISHIYAMA-JR, MILTON YUTAKA ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO LOIOLA MEIRELLES ; DA SILVA, BOSCO CHRISTIANO MACIEL ; DA SILVA DUARTE, ALBERTO JOSÉ ; CASSEB, JORGE ; DE BARROS TENORE, SIMONE ; HUNTER, JAMES ; DIAZ, RICARDO SOBHIE ; KOMNINAKIS, SHIRLEY CAVALCANTE VASCONCELOS . Latency-associated DNA methylation patterns among HIV-1 infected individuals with distinct disease progression courses or antiretroviral virologic response. Scientific Reports , v. 11, p. 22993, 2021.

• MARTINS DE OLIVEIRA, EDVARD ; ESTRELLA, JÚLIO CÉZAR ; BOTAZZO DELBEM, ALEXANDRE CLAUDIO ; SOUZA PARDO, MÁRIO HENRIQUE ; GUZZO DA COSTA, FAUSTO ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; REIFF-MARGANIEC, STEPHAN . Optimizing computational resource management for the scientific gateways ecosystems based on the service-oriented paradigm. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE , v. 50, p. 899-924, 2020.

• FREITAS, HELANO C. ; NUNES, DIANA NORONHA ; BARTELLI, THAIS FERNANDA ; DE AMORIM, MARIA GALLI ; ARAUJO, LUIZA FERREIRA ; JESUS, VICTOR HUGO FONSECA ; BEGNAMI, MARIA D. ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; VALIERIS, RENAN ; BONETI, BIANCA SALGADO ; CAIRES, ELIZABETE MARIA PEREIRA DE ANDRADE ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Disassociation of ARID1A with genomic ancestry and prognostic impact in an admixed cohort of Brazilian patients with gastric cancer (GC).. JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY , v. 37, p. e15585-e15585, 2019.

• FREITAS, HELANO C. ; ARAUJO, LUIZA FERREIRA ; NUNES, DIANA NORONHA ; BEGNAMI, MARIA D. ; BARTELLI, THAIS FERNANDA ; DE AMORIM, MARIA GALLI ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; VALIERIS, RENAN ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; XERFAN, MARIANA PINHEIRO ; COSTA, WILSON L. ; JESUS, VICTOR HUGO FONSECA ; PIZZI, MELISSA ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Survival of gastric cancer (GC) patients is not determined by the predominant genomic ancestry (PGA): Results from an ethnically admixed Brazilian cohort of GC patients.. JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY , v. 37, p. e15588-e15588, 2019.

• BARTELLI, THAIS F. ; SENDA DE ABRANTES, LAIS L. ; FREITAS, HELANO C. ; THOMAS, ANDREW M. ; SILVA, JORDANA M. ; ALBUQUERQUE, GABRIELA E. ; ARAÚJO, LUIZA F. ; BRANCO, GABRIELA P. ; DE AMORIM, MARIA G. ; SERPA, MARIANNA S. ; TAKENAKA, ISABELLA K. T. M. ; SOUZA, DEBORAH T. ; MONÇÃO, LUCAS O. ; MODA, BRUNO S. ; VALIERIS, RENAN ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; BORGES, RODRIGO ; DRUMMOND, RODRIGO D. ; ALVES, FRANCISCO I. A. ; SANTOS, MONIZE N. P. ; et.al . Genomics and epidemiology for gastric adenocarcinomas (GE4GAC): a Brazilian initiative to study gastric cancer. APPLIED CANCER RESEARCH (ONLINE) , v. 39, p. 12, 2019.

• KEASAR, CHEN ; MCGUFFIN, LIAM J. ; WALLNER, BJÖRN ; CHOPRA, GAURAV ; ADHIKARI, BADRI ; BHATTACHARYA, DEBSWAPNA ; BLAKE, LAUREN ; BORTOT, LEANDRO OLIVEIRA ; CAO, RENZHI ; DHANASEKARAN, B. K. ; DIMAS, ITZHEL ; FACCIOLI, RODRIGO ANTONIO ; FARAGGI, ESHEL ; GANZYNKOWICZ, ROBERT ; GHOSH, SAMBIT ; GHOSH, SOMA ; GIE'DO', ARTUR ; GOLON, LUKASZ ; HE, YI ; DEFELICIBUS, A. ; et.al . An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12. Scientific Reports , v. 8, p. 9939, 2018.

• Soares, L.E. ; DEFELICIBUS, A. ; FACCIOLI, R. A. . Web interface to apply energy minimization of globular proteins in cloud environment. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo - SP. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

• Ribeiro, V.S. ; Ribeiro, M.S. ; Gonzaga, A.K.L.L. ; DEFELICIBUS, A. ; Floria-Santos, M. . Construção e validação de material educativo para pacientes em aconselhamento oncogenético. In: 19º Congresso Brasileiro de Oncologia Clínica, 2015, Foz do Iguaçu - Paraná. 19º Congresso Brasileiro de Oncologia Clínica, 2015.

• DEFELICIBUS, A. ; FACCIOLI, R. A. ; DELBEM, A. C. B . Koala: a web-based platform for protein structure evaluation and analysis. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo - SP. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

• FACCIOLI, R. A. ; GASPAR-CUNHA, A. ; DEFELICIBUS, A. ; BORTOT, L. O. ; DELBEM, A. C. B . Reduced Pareto Set Genetic Algorithm: Application to Protein Structure Prediction. In: 5th International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired, 2014, Marraquexe. 5th International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired, 2014.

• DEFELICIBUS, A. ; FACCIOLI, R. A. ; BORTOT, L. O. ; DELBEM, A. C. B . Web-tool for Ab initio Protein Structure Prediction using Multi-Objective Evolutionary Algorithms. In: 9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology ? X-meeting BSB 2013, 2013, Recife - Pernambuco. 9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology ? X-meeting BSB 2013, 2013.

• AGUIAR, TALITA FERREIRA MARQUES ; RIVAS, MARIA PRATES ; DE ANDRADE SILVA, EDSON MARIO ; PIRES, SARA FERREIRA ; DANGONI, GUSTAVO DIB ; MACEDO, TAIANY CURDULINO ; DEFELICIBUS, ALEXANDRE ; BARROS, BRUNA DURÃES DE FIGUEIREDO ; NOVAK, ESTELA ; CRISTOFANI, LILIAN MARIA ; ODONE, VICENTE ; CYPRIANO, MONICA ; DE TOLEDO, SILVIA REGINA CAMINADA ; DA CUNHA, ISABELA WERNECK ; DA COSTA, CECILIA MARIA LIMA ; CARRARO, DIRCE MARIA ; TOJAL, ISRAEL ; DE OLIVEIRA MENDES, TIAGO ANTONIO ; KREPISCHI, ANA CRISTINA VICTORINO . First Transcriptome Analysis of Hepatoblastoma in Brazil: Unraveling the Pivotal Role of Noncoding RNAs and Metabolic Pathways. Biochemical Genetics , 2024.

• DEFELICIBUS, A. ; FACCIOLI, R. A. ; DELBEM, A. C. B . Koala: a web-based platform for protein structure evaluation and analysis. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Soares, L.E. ; DEFELICIBUS, A. ; FACCIOLI, R. A. . Web interface to apply energy minimization of globular proteins in cloud environment. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Ribeiro, V.S. ; Ribeiro, M.S. ; Gonzaga, A.K.L.L. ; DEFELICIBUS, A. ; Floria-Santos, M. . Construção e validação de material educativo para pacientes em aconselhamento oncogenético. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• DEFELICIBUS, A. ; FACCIOLI, R. A. ; BORTOT, L. O. ; DELBEM, A. C. B . Web Tool for Ab initio Protein Structure Prediction using Multi-Objective Evolutionary Algorithms. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• FELICIBUS, A. ; FACCIOLI, R. A. . Implementação de uma interface web de execução do Framework 2PG na Plataforma Galaxy 2012 (Trabalho de Conclusão de Curso).

Outras produções

Projetos de desenvolvimento

• 2013 - Atual

  Koala Server, Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre De Felicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Koala Server, Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre De Felicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Koala Server, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alexandre Cláudio Botazzo Delbem em 22/07/2016., Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre De Felicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Koala Server, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alexandre Cláudio Botazzo Delbem em 22/07/2016., Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre De Felicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Koala Server, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alexandre Cláudio Botazzo Delbem em 22/07/2016., Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre Defelicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Koala Server, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alexandre Cláudio Botazzo Delbem em 22/07/2016., Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre Defelicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Koala Server, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alexandre Cláudio Botazzo Delbem em 22/07/2016., Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre Defelicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Koala Server, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alexandre Cláudio Botazzo Delbem em 22/07/2016., Descrição: Esse sistema consiste em um serviço baseado em web para integração de diversos métodos de predição e análise de estruturas de proteínas. Para o seu desenvolvimento, foi utilizado a plataforma Galaxy. Atualmente, o Koala possui 11 algoritmos aplicados ao problema de predição de estruturas de proteínas e 6 métricas para análises e comparações de resultados. O serviço está disponível no endereço: http://koala.icmc.usp.br:8084/.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandre Defelicibus - Integrante / Rodrigo Antonio Faccioli - Integrante / Alexandre Claudio Botazzo Delbem - Coordenador.