Benilton de Sá Carvalho

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• LACARRUBBA'FLORES, MARIA DORA JAZMIN ; DA COSTA SILVEIRA, KARINA ; SILVEIRA, CYNTHIA ; CARVALHO, BENILTON S. ; CAVALCANTI, DENISE PONTES . A mesomelic skeletal dysplasia, Kantaputra-like, not related to cluster region, and with phenotypic gender differences. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A , v. 194, p. 328-336, 2024.

• SILVA-COSTA, LICIA C. ; SMITH, BRADLEY J. ; CARREGARI, VICTOR CORASOLLA ; SOUZA, GUSTAVO H.M.F. ; VIEIRA, ERICA M. ; MENDES-SILVA, ANA PAULA ; DE ALMEIDA, VALÉRIA ; CARVALHO, BENILTON S. ; DINIZ, BRENO S. ; MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL . Plasma proteomic signature of major depressive episode in the elderly. Journal of Proteomics , v. 269, p. 104713, 2022.

• CANTO, AMANDA M. ; GODOI, ALEXANDRE B. ; MATOS, ALEXANDRE H. B. ; GERALDIS, JAQUELINE C. ; ROGERIO, FABIO ; ALVIM, MARINA K. M. ; YASUDA, CLARISSA L. ; GHIZONI, ENRICO ; TEDESCHI, HELDER ; VEIGA, DIOGO F. T. ; HENNING, BARBARA ; SOUZA, WELLITON ; ROCHA, CRISTIANE S. ; VIEIRA, ANDRÉ S. ; DIAS, ELAYNE V. ; CARVALHO, BENILTON S. ; GILIOLI, ROVILSON ; ARUL, ALBERT B. ; ROBINSON, RENÃ A. S. ; CENDES, FERNANDO . Benchmarking the proteomic profile of animal models of mesial temporal epilepsy. Annals of Clinical and Translational Neurology , v. 9, p. 454-467, 2022.

• WAY, GREGORY P. ; GREENE, CASEY S. ; CARNINCI, PIERO ; CARVALHO, BENILTON S. ; DE HOON, MICHIEL ; FINLEY, STACEY D. ; GOSLINE, SARA J. C. ; L' CAO, KIM-ANH ; LEE, JERRY S. H. ; MARCHIONNI, LUIGI ; ROBINE, NICOLAS ; SINDI, SUZANNE S. ; THEIS, FABIAN J. ; YANG, JEAN Y. H. ; CARPENTER, ANNE E. ; FERTIG, ELANA J. . A field guide to cultivating computational biology. PLOS BIOLOGY , v. 19, p. e3001419, 2021.

• CANTO, AMANDA M. ; MATOS, ALEXANDRE H. B. ; GODOI, ALEXANDRE B. ; VIEIRA, ANDRÉ S. ; AOYAMA, BEATRIZ B. ; ROCHA, CRISTIANE S. ; HENNING, BARBARA ; CARVALHO, BENILTON S. ; PASCOAL, VINICIUS D.B. ; VEIGA, DIOGO F. T. ; GILIOLI, ROVILSON ; CENDES, FERNANDO ; LOPES'CENDES, ISCIA . Multi-omics analysis suggests enhanced epileptogenesis in the 3 of the pilocarpine model of mesial temporal lobe epilepsy. HIPPOCAMPUS , v. 31, p. 122-139, 2021.

• SILVEIRA, KARINA C. ; KANAZAWA, THATIANE Y. ; SILVEIRA, CYNTHIA ; LACARRUBBA'FLORES, MARIA D. J. ; CARVALHO, BENILTON S. ; CAVALCANTI, DENISE P. . Molecular diagnosis in a cohort of 114 patients with rare skeletal dysplasias. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART C-SEMINARS IN MEDICAL GENETICS , v. 187, p. 396-408, 2021.

• DO CANTO, AMANDA M. ; VIEIRA, ANDRÉ S. ; H.B. MATOS, ALEXANDRE ; CARVALHO, BENILTON S. ; HENNING, BARBARA ; NORWOOD, BRAXTON A. ; BAUER, SEBASTIAN ; ROSENOW, FELIX ; GILIOLI, ROVILSON ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, ISCIA . Laser microdissection-based microproteomics of the hippocampus of a rat epilepsy model reveals regional differences in protein abundances. Scientific Reports , v. 10, p. 4412, 2020.

• ROCHA, CRISTIANE S. ; SECOLIN, RODRIGO ; RODRIGUES, MAÍRA R. ; CARVALHO, BENILTON S. ; LOPES-CENDES, ISCIA . The Brazilian Initiative on Precision Medicine (BIPMed): fostering genomic data-sharing of underrepresented populations. npj Genomic Medicine , v. 5, p. 1-7, 2020.

• HOUNKPE, BIDOSSESSI WILFRIED ; BENATTI, RAFAELA DE OLIVEIRA ; CARVALHO, BENILTON DE SÁ ; DE PAULA, ERICH VINICIUS . Identification of common and divergent gene expression signatures in patients with venous and arterial thrombosis using data from public repositories. PLoS One , v. 15, p. e0235501, 2020.

• LOURENÇO, GUSTAVO JACOB ; OLIVEIRA, CRISTIANE ; CARVALHO, BENILTON SÁ ; TORRICELLI, CAROLINE ; SILVA, JANET KELLER ; GOMEZ, GABRIELA VILAS BÔAS ; RINCK-JUNIOR, JOSÉ AUGUSTO ; OLIVEIRA, WESLEY LIMA ; VAZQUEZ, VINICIUS LIMA ; SERRANO, SERGIO VICENTE ; MORAES, APARECIDA MACHADO ; LIMA, CARMEN SILVIA PASSOS . Inherited variations in human pigmentation-related genes modulate cutaneous melanoma risk and clinicopathological features in Brazilian population. Scientific Reports , v. 10, p. 1, 2020.

• GARCIA-ROSA, SHEILA ; CARVALHO, BENILTON S. ; GUEST, PAUL C. ; STEINER, JOHANN ; MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL . Blood plasma proteomic modulation induced by olanzapine and risperidone in schizophrenia patients. Journal of Proteomics , v. 224, p. 103813, 2020.

• CORBI, SÂMIA C. T. ; DE VASCONCELLOS, JAIRA F. ; BASTOS, ALLINY S. ; BUSSANELI, DIEGO GIROTTO ; DA SILVA, BÁRBARA ROQUE ; SANTOS, RAQUEL ALVES ; TAKAHASHI, CATARINA S. ; DE S. ROCHA, CRISTIANE ; CARVALHO, BENILTON DE SÁ ; MAURER-MORELLI, CLÁUDIA V. ; ORRICO, SILVANA R. P. ; BARROS, SILVANA P. ; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M. . Circulating lymphocytes and monocytes transcriptomic analysis of patients with type 2 diabetes mellitus, dyslipidemia and periodontitis. Scientific Reports , v. 10, p. 1, 2020.

• BORGES, MURILO G. ; ROCHA, CRISTIANE S. ; CARVALHO, BENILTON S. ; LOPES-CENDES, ISCIA . Methodological differences can affect sequencing depth with a possible impact on the accuracy of genetic diagnosis. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION) , v. 43, p. 1, 2020.

• RODRIGUES'PERES, RAQUEL M. ; S. CARVALHO, BENILTON ; ANURAG, MEENAKSHI ; LEI, JONATHAN T. ; CONZ, LIVIA ; GONÇALVES, RODRIGO ; CARDOSO FILHO, CÁSSIO ; RAMALHO, SUSANA ; PAIVA, GEISILENE R. ; DERCHAIN, SOPHIE F. M. ; LOPES'CENDES, ISCIA ; ELLIS, MATTHEW J. ; SARIAN, LUIS O. . Copy number alterations associated with clinical features in an underrepresented population with breast cancer. MOLECULAR GENETICS & GENOMIC MEDICINE , v. 7, p. e750, 2019.

• GONSALES, MARINA C. ; MONTENEGRO, MARIA AUGUSTA ; PRETO, PAULA ; GUERREIRO, MARILISA M. ; COAN, ANA CAROLINA ; QUAST, MONICA PAIVA ; CARVALHO, BENILTON S. ; LOPES-CENDES, ISCIA . Multimodal Analysis of SCN1A Missense Variants Improves Interpretation of Clinically Relevant Variants in Dravet Syndrome. Frontiers in Neurology , v. 10, p. 1, 2019.

• SECOLIN, RODRIGO ; MAS-SANDOVAL, ALEX ; ARAUNA, LARA R. ; TORRES, FÁBIO R. ; DE ARAUJO, TÂNIA K. ; SANTOS, MARILZA L. ; ROCHA, CRISTIANE S. ; CARVALHO, BENILTON S. ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, ISCIA ; COMAS, DAVID . Distribution of local ancestry and evidence of adaptation in admixed populations. Scientific Reports , v. 9, p. 1-12, 2019.

• MARUYAMA, SANDRA R. ; CARVALHO, BENILTON ; GONZÁLEZ-PORTA, MAR ; RUNG, JOHAN ; BRAZMA, ALVIS ; GUSTAVO GARDINASSI, LUIZ ; FERREIRA, BEATRIZ R. ; BANIN, TAMY M. ; VERÍSSIMO, CECÍLIA J. ; KATIKI, LUCIANA M. ; DE MIRANDA-SANTOS, ISABEL K. F. . Blood transcriptome profile induced by an efficacious vaccine formulated with salivary antigens from cattle ticks. npj Vaccines , v. 4, p. 1-10, 2019.

• SOUZA, W. ; CARVALHO, B. S. ; CENDES, I. T. L. . Rqc : A Bioconductor Package for Quality Control of High-Throughput Sequencing Data. Journal of Statistical Software , v. 87, p. C02, 2018.

• AVANSINI, SIMONI H. ; TORRES, FÁBIO R. ; VIEIRA, ANDRÉ S. ; DOGINI, DANYELLA B. ; ROGERIO, FABIO ; COAN, ANA C. ; MORITA, MARCIA E. ; GUERREIRO, MARILISA M. ; YASUDA, CLARISSA L. ; SECOLIN, RODRIGO ; CARVALHO, BENILTON S. ; BORGES, MURILO G. ; ALMEIDA, VANESSA S. ; ARAÚJO, PATRÍCIA A. O. R. ; QUEIROZ, LUCIANO ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, ISCIA . Dysregulation of NEUROG2 plays a key role in focal cortical dysplasia. ANNALS OF NEUROLOGY , v. 83, p. 623-635, 2018.

• ROBERTSON, A. GORDON ; KIM, JAEGIL ; AL-AHMADIE, HIKMAT ; BELLMUNT, JOAQUIM ; GUO, GUANGWU ; CHERNIACK, ANDREW D. ; HINOUE, TOSHINORI ; LAIRD, PETER W. ; HOADLEY, KATHERINE A. ; AKBANI, REHAN ; CASTRO, MAURO A.A. ; GIBB, EWAN A. ; KANCHI, RUPA S. ; GORDENIN, DMITRY A. ; SHUKLA, SACHET A. ; SANCHEZ-VEGA, FRANCISCO ; HANSEL, DONNA E. ; CZERNIAK, BOGDAN A. ; REUTER, VICTOR E. ; CARVALHO, B. S. . Comprehensive Molecular Characterization of Muscle-Invasive Bladder Cancer. CELL , v. 174, p. 1033, 2018.

• HENNING, BARBARA ; DE SÁ CARVALHO, BENILTON ; PIRES, MATHIAS M. ; BASSOI, MANUELA ; MARIGO, JULIANA ; BERTOZZI, CAROLINA ; ARAÚJO, MÁRCIO S. . Geographical and intrapopulation variation in the diet of a threatened marine predator, Pontoporia blainvillei (Cetacea). BIOTROPICA , v. 50, p. 157-168, 2018.

• ROBERTSON, A. GORDON ; KIM, JAEGIL ; AL-AHMADIE, HIKMAT ; BELLMUNT, JOAQUIM ; GUO, GUANGWU ; CHERNIACK, ANDREW D. ; HINOUE, TOSHINORI ; LAIRD, PETER W. ; HOADLEY, KATHERINE A. ; AKBANI, REHAN ; CASTRO, MAURO A.A. ; GIBB, EWAN A. ; KANCHI, RUPA S. ; GORDENIN, DMITRY A. ; SHUKLA, SACHET A. ; SANCHEZ-VEGA, FRANCISCO ; HANSEL, DONNA E. ; CZERNIAK, BOGDAN A. ; REUTER, VICTOR E. ; CARVALHO, B. S. . Comprehensive Molecular Characterization of Muscle-Invasive Bladder Cancer. CELL , v. 171, p. 540-556.e25, 2017.

• AVANSINI, SIMONI H. ; DE SOUSA LIMA, BEATRIZ PEREIRA ; SECOLIN, RODRIGO ; SANTOS, MARILZA L. ; COAN, ANA CAROLINA ; VIEIRA, ANDRÉ S. ; TORRES, FÁBIO R. ; CARVALHO, BENILTON S. ; ALVIM, MARINA K. M. ; MORITA, MÁRCIA E. ; YASUDA, CLARISSA L. ; PIMENTEL-SILVA, LUCIANA R. ; DOGINI, DANYELLA B. ; ROGERIO, FABIO ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, ISCIA . MicroRNA hsa-miR-134 is a circulating biomarker for mesial temporal lobe epilepsy. PLoS One , v. 12, p. e0173060, 2017.

• SILVA-ALVES, MARIANA S. ; SECOLIN, RODRIGO ; CARVALHO, BENILTON S. ; YASUDA, CLARISSA L. ; BILEVICIUS, ELIZABETH ; ALVIM, MARINA K. M. ; SANTOS, RENATO O. ; MAURER-MORELLI, CLAUDIA V. ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, ISCIA . A Prediction Algorithm for Drug Response in Patients with Mesial Temporal Lobe Epilepsy Based on Clinical and Genetic Information. PLoS One , v. 12, p. e0169214, 2017.

• NOGUEIRA JORGE, NATASHA ANDRESSA ; WAJNBERG, GABRIEL ; FERREIRA, CARLOS GIL ; DE SA CARVALHO, BENILTON ; PASSETTI, FABIO . snoRNA and piRNA expression levels modified by tobacco use in women with lung adenocarcinoma. PLoS One , v. 12, p. e0183410, 2017.

• VIEIRA, A. S. ; DE MATOS, A. H. ; DO CANTO, A. M. ; ROCHA, C. S. ; CARVALHO, B. S. ; PASCOAL, V. D. B. ; NORWOOD, B. ; BAUER, S. ; ROSENOW, F. ; GILIOLI, R. ; CENDES, F. ; LOPES-CENDES, I. . RNA sequencing reveals region-specific molecular mechanisms associated with epileptogenesis in a model of classical hippocampal sclerosis. Scientific Reports , v. 6, p. 22416, 2016.

• BARBALHO, PATRÍCIA GONÇALVES ; CARVALHO, BENILTON DE SÁ ; LOPES-CENDES, ISCIA ; MAURER-MORELLI, CLAUDIA VIANNA . Cyclooxygenase-1 as a Potential Therapeutic Target for Seizure Suppression: Evidences from Zebrafish Pentylenetetrazole-Seizure Model. Frontiers in Neurology , v. 7, p. 200, 2016.

• DE ANDRADE, HELEN M.T. ; DE ALBUQUERQUE, MILENA ; AVANSINI, SIMONI H. ; DE S. ROCHA, CRISTIANE ; DOGINI, DANYELLA B. ; NUCCI, ANAMARLI ; CARVALHO, BENILTON ; LOPES-CENDES, ISCIA ; FRANÇA, MARCONDES C. . MicroRNAs-424 and 206 are potential prognostic markers in spinal onset amyotrophic lateral sclerosis. JOURNAL OF THE NEUROLOGICAL SCIENCES , v. 368, p. 19-24, 2016.

• HUBER, WOLFGANG ; CAREY, VINCENT J ; GENTLEMAN, ROBERT ; ANDERS, SIMON ; CARLSON, MARC ; CARVALHO, BENILTON S ; BRAVO, HECTOR CORRADA ; DAVIS, SEAN ; GATTO, LAURENT ; GIRKE, THOMAS ; GOTTARDO, RAPHAEL ; HAHNE, FLORIAN ; HANSEN, KASPER D ; Irizarry, Rafael A ; LAWRENCE, MICHAEL ; LOVE, MICHAEL I ; MACDONALD, JAMES ; OBENCHAIN, VALERIE ; OLE', ANDRZEJ K ; PAGÈS, HERVÉ . Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor. Nature Methods , v. 12, p. 115-121, 2015.

• WAJNBERG, GABRIEL ; CARVALHO, BENILTON S. ; FERREIRA, CARLOS G. ; PASSETTI, FABIO . Combined Analysis of SNP Array Data Identifies Novel CNV Candidates and Pathways in Ependymoma and Mesothelioma. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL , v. 2015, p. 1-10, 2015.

• WEAVER, JAMIE M J ; ROSS-INNES, CARYN S ; SHANNON, NICHOLAS ; LYNCH, ANDY G ; FORSHEW, TIM ; BARBERA, MARIAGNESE ; MURTAZA, MUHAMMED ; ONG, CHIN-ANN J ; LAO-SIRIEIX, PIERRE ; DUNNING, MARK J ; SMITH, LAURA ; SMITH, MIKE L ; ANDERSON, CHARLOTTE L ; CARVALHO, BENILTON ; O'DONOVAN, MARIA ; UNDERWOOD, TIMOTHY J ; MAY, ANDREW P ; GREHAN, NICOLA ; HARDWICK, RICHARD ; DAVIES, JIM . Ordering of mutations in preinvasive disease stages of esophageal carcinogenesis. Nature Genetics (Print) , v. 46, p. 837-843, 2014.

• OPDAHL, ANDERS ; AMBALE VENKATESH, BHARATH ; FERNANDES, VERONICA R.S. ; WU, COLIN O. ; Nasir, Khurram ; CHOI, EUI-YOUNG ; ALMEIDA, ANDRE L.C. ; Rosen, Boaz ; CARVALHO, BENILTON ; Edvardsen, Thor ; Bluemke, David A. ; Lima, João A.C. . Resting Heart Rate as Predictor for Left Ventricular Dysfunction and Heart Failure. Journal of the American College of Cardiology (Print) , v. 63, p. 1182-1189, 2014.

• OPDAHL, ANDERS ; AMBALE VENKATESH, BHARATH ; FERNANDES, VERONICA R.S. ; WU, COLIN O. ; Nasir, Khurram ; CHOI, EUI-YOUNG ; ALMEIDA, ANDRE L.C. ; Rosen, Boaz ; CARVALHO, BENILTON ; Edvardsen, Thor ; Bluemke, David A. ; Lima, João A.C. . Reply. Journal of the American College of Cardiology (Print) , v. 64, p. 422, 2014.

• CARVALHO, B. S. ; RUSTICI, G. . The challenges of delivering bioinformatics training in the analysis of high-throughput data. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS , v. 14, p. 538-547, 2013.

• Halper-Stromberg, E. ; Frelin, L. ; Ruczinski, I. ; Scharpf, R. ; Jie, C. ; CARVALHO, B. ; Hao, H. ; Hetrick, K. ; Jedlicka, A. ; Dziedzic, A. ; Doheny, K. ; Scott, A. F. ; Baylin, S. ; Pevsner, J. ; Spencer, F. ; IRIZARRY, R. A. . Performance assessment of copy number microarray platforms using a spike-in experiment. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 27, p. 1052-1060, 2011.

• Ritchie, Matthew E ; Liu, Ruijie ; CARVALHO, BENILTON S ; Irizarry, Rafael A . Comparing genotyping algorithms for Illumina's Infinium whole-genome SNP BeadChips. BMC Bioinformatics , v. 12, p. 68, 2011.

• Yegnasubramanian, Srinivasan ; Wu, Zhijin ; Haffner, Michael C ; Esopi, David ; Aryee, Martin J ; Badrinath, Raghav ; He, Tony L ; Morgan, James D ; CARVALHO, BENILTON ; Zheng, Qizhi ; De Marzo, Angelo M ; Irizarry, Rafael A ; Nelson, William G . Chromosome-wide mapping of DNA methylation patterns in normal and malignant prostate cells reveals pervasive methylation of gene-associated and conserved intergenic sequences. BMC Genomics , v. 12, p. 313, 2011.

• SCHARPF, ROBERT B. ; Irizarry, Rafael A. ; RITCHIE, MATTHEW E. ; CARVALHO, BENILTON ; Ruczinski, Ingo . Using the Package for Genotyping and Copy Number Estimation. Journal of Statistical Software , v. 40, p. 1, 2011.

• CARVALHO, B. S. ; IRIZARRY, R. A. . A framework for oligonucleotide microarray preprocessing. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 26, p. 2363-2367, 2010.

• SCHARPF, R. B. ; Ruczinski, I. ; CARVALHO, B. ; Doan, B. ; Chakravarti, A. ; IRIZARRY, R. A. . A multilevel model to address batch effects in copy number estimation using SNP arrays. Biostatistics (Oxford. Print) , v. 12, p. 33-50, 2010.

• CARVALHO, B. S. ; Louis, T. A. ; IRIZARRY, R. A. . Quantifying uncertainty in genotype calls. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 26, p. 242-249, 2010.

• RITCHIE, M. E. ; CARVALHO, B. S. ; Hetrick, K. N. ; Tavare, S. ; IRIZARRY, R. A. . R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 25, p. 2621-2623, 2009.

• CARVALHO, BENILTON ; Irizarry, Rafael A. ; SCHARPF, ROBERT B. ; CAREY, VINCENT J. . Processing and Analyzing Affymetrix SNP Chips with Bioconductor. Statistics in Biosciences , v. 1, p. 160-180, 2009.

• IRIZARRY, R. A. ; Ladd-Acosta, C. ; CARVALHO, B. ; Wu, H. ; Brandenburg, S. A. ; Jeddeloh, J. A. ; Wen, B. ; Feinberg, A. P. . Comprehensive high-throughput arrays for relative methylation (CHARM). Genome Research , v. 18, p. 780-790, 2008.

• Lin, Shin ; CARVALHO, BENILTON ; Cutler, David J ; Arking, Dan E ; Chakravarti, Aravinda ; Irizarry, Rafael A . Validation and extension of an empirical Bayes method for SNP calling on Affymetrix microarrays. GenomeBiology.com (London. Print) , v. 9, p. R63, 2008.

• Tuefferd, Marianne ; De Bondt, An ; Van Den Wyngaert, Ilse ; Talloen, Willem ; Verbeke, Tobias ; CARVALHO, BENILTON ; Clevert, Djork-Arne ; Alifano, Marco ; Raghavan, Nandini ; Amaratunga, Dhammika ; Göhlmann, Hinrich ; Broët, Philippe ; Camilleri-Broët, Sophie . Genome-wide copy number alterations detection in fresh frozen and matched FFPE samples using SNP 6.0 arrays. Genes Chromosomes & Cancer (Print) , v. 47, p. 957-964, 2008.

• Wang, Wenyi ; CARVALHO, BENILTON ; Miller, Nathaniel D. ; Pevsner, Jonathan ; Chakravarti, Aravinda ; Irizarry, Rafael A. . Estimating Genome-Wide Copy Number Using Allele-Specific Mixture Models. Journal of Computational Biology , v. 15, p. 857-866, 2008.

• Bengtsson, H. ; IRIZARRY, R. ; CARVALHO, B. ; Speed, T. P. . Estimation and assessment of raw copy numbers at the single locus level. BIOINFORMATICS , v. 24, p. 759-767, 2008.

• Fernandes, Verônica Rolim ; Edvardsen, Thor ; Rosen, Boaz ; CARVALHO, BENILTON ; Campos, Orlando ; Cordeiro, Marco ; Kronmal, Richard ; Bluemke, David ; Lima, João . The Influence of Left Ventricular Size and Global Function on Regional Myocardial Contraction and Relaxation in an Adult Population Free of Cardiovascular Disease: A Tagged CMR Study of the MESA Cohort. Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance , v. 9, p. 921-930, 2007.

• Fernandes, V. R. S. ; Polak, J. F. ; Cheng, S. ; Rosen, B. D. ; CARVALHO, B. ; Nasir, K. ; McClelland, R. ; Hundley, G. ; Pearson, G. ; O&apos ; Bluemke, D. A. ; Lima, J. A.C. . Arterial Stiffness Is Associated With Regional Ventricular Systolic and Diastolic Dysfunction: The Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis. Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology , v. 28, p. 194-201, 2007.

• Dachs, J. Norberto W. ; Pedrosa, Renato H. L. ; CARVALHO, BENILTON S. ; Maia, Rafael P. ; Andrade, Cibele Y. . Academic Performance, Students' Background and Affirmative Action at a Brazilian University. Higher Education Management and Policy (Print) , v. 19, p. 1-20, 2007.

• CARVALHO, B. ; CARVALHO, B ; Bengtsson, H ; Speed, TP ; Irizarry, RA ; Bengtsson, H. ; IRIZARRY, R. A. ; Speed, T. P. . Exploration, normalization, and genotype calls of high-density oligonucleotide SNP array data. Biostatistics (Oxford. Print) , v. 8, p. 485-499, 2006.

• Fernandes, Verônica R.S. ; Polak, Joseph F. ; Edvardsen, Thor ; CARVALHO, BENILTON ; Gomes, Antoinette ; Bluemke, David A. ; Nasir, Khurram ; O¿Leary, Daniel H. ; Lima, João A.C. . Subclinical Atherosclerosis and Incipient Regional Myocardial Dysfunction in Asymptomatic Individuals. Journal of the American College of Cardiology (Print) , v. 47, p. 2420-2428, 2006.

• CARVALHO, BS . Working with Oligonucleotide Arrays. In: Ewy Mathé; Sean Davis. (Org.). Working with Oligonucleotide Arrays. 1ed.: Springer, 2016, v. , p. 7-.

• CARVALHO, BENILTON S ; ARBEX, Wagner . Desafios e perspectivas em bioinformática. TACG - Talking about computing and genomics: modelos e métodos computacionais em bioinformática.. 1ed.: , 2014, v. 1, p. 19-40.

• Louis, Thomas A. ; CARVALHO, BENILTON S. ; Fallin, M. Daniele ; Irizarryi, Rafael A. ; Li, Qing ; Ruczinski, Ingo . Association Tests that Accommodate Genotyping Uncertainty*. Bayesian Statistics 9. 1ed.: Oxford University Press, 2011, v. , p. 393-420.

• Wang, W ; CARVALHO, B ; Miller, N ; Chakravarti, A ; Irizarry, RA . Estimating Genome-Wide Copy Number Using Allele Specific Mixture Models. Lecture Notes in Computer Science - Research in Computational Molecular Biology. 1ed.: Springer Berlin / Heidelberg, 2007, v. 4453, p. 137-150.

• CARVALHO, B. S. ; PINHEIRO, H. P. . Estudo de Modelos de Regressão para Análise de Dados em Genética. In: Simpósio Nacional de Probabilidade e Estatística, 2000, Caxambu. 14o. SINAPE, 2000. v. 1. p. 153-153.

• CARVALHO, BENILTON S ; HENNING, BARBARA ; DE ARAUJO, TÂNIA K. ; TADIELLO, H. ; COAN, ANA C. ; MONTENEGRO, MARIA AUGUSTA ; ALVIM, MARINA K. M. ; YASUDA, CLARISSA L. ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, I. . Revealing disease genetics: unveiling genetic architecture through differential copy number variation in admixed populations. In: ASHG Meeting 2023, 2023, Washington, DC. ASHG 2023 Annual Meeting Poster Abstracts, 2023. p. 2312.

• CARVALHO, B. S. ; PINHEIRO, H. P. . Estudo de Modelos de Regressão para Análise de Dados em Genética (Pôster). In: Reunião Regional da ABE, 2002, Curitiba - PR, 2002.

• CARVALHO, BENILTON S ; SOUZA, W. ; CENDES, I. T. L. . RNNR: distributed task execution system for scaling reproducible workflows (pôster). 2023. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CARVALHO, BENILTON S . Do Código à Cura Ciência de Dados e Condições Neurológicas. 2023. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• CARVALHO, BENILTON S . Precision Medicine in Brazil. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BENILTON S. . From statistical models to medical practice: how interdisciplinarity may lead the way to excellence in health care. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BS . Uma visão da investigação multimodal da epileptogênese na Unicamp. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• CARVALHO, BS . Statistical Modelling of RNA-Seq Data on the Multimodal Investigation of Epileptogenesis.. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BS . Multimodal Investigation of Epileptogenesis: An ?omics Perspective. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BS . The Laboratory of Computational Biology and Bioinformatics and the Brazilian Institute of Neuroscience and Neutechnology. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BS . A Pesquisa nas Diferentes Áreas da Genética: Desafios da Bioinformática. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BS . Current Statistical Strategies for RNA-Seq Data Modelling. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BS . RNA-Sequencing applied on models of epilepsy and its clinical consequences. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CARVALHO, BS . -omics: atualidades e multidisciplinaridade. 2013. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• CARVALHO, BS . Quebrando paradigmas na era da informação: Multidisciplinaridade e Medicina Personalizada. 2013. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Mapping Immune Cell Diversity Across Latin America, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Gosia Trynka - Coordenador / Maximiliano Berro Castiglioni - Integrante / Yesid Cuesta Astroz - Integrante / Marcela Katherine Sjöberg Herrera - Integrante / Alejandra Eugenia Medina Rivera - Integrante / Pablo Alberto Romagnoli - Integrante / Luis Alberto Tataje Lavanda - Integrante., Financiador(es): Chan-Zuckerberg Initiative - Auxílio financeiro.

• 2022 - Atual

  INCT em Modelagem de Doenças Humanas Complexas com Plataformas 3D (Model3D), Descrição: As doenças crônicas não transmissíveis são responsáveis por cerca de 70 das mortes no mundo, onde 15 milhões do total anual de 40 milhões, de mortes são prematuras. As doenças cardio e cerebrovasculares, o câncer, as doenças respiratórias e a diabetes são as maiores responsáveis por esta fatalidade. Estas se somam às doenças neurodegenerativas, do neurodesenvolvimento, levando à incapacitação, com perda da qualidade de vida e altos custos socioeconômicos. O desenvolvimento de abordagens terapêuticas e de diagnóstico inovadoras depende da criação de modelos fidedignos, que recapitulem o surgimento e a progressão de cada doença. Este grupo desenvolveu expertise na construção de organoides, que são uma mudança de paradigma de modelos in vitro, e uma das principais inovações na última década. Sua capacidade de mimetizar a trajetória de desenvolvimento de órgãos, a organização, complexidade e funcionalidade de tecidos sadios ou com patologias, aponta que os organoides serão o padrão ouro no estudo de mecanismos de doenças, screening de drogas e medicina personalizada funcional. A associação a grupos que desenvolvem materiais como biopolímeros, bioimpressão 3D e microfluídica com modelos de organ-on-a-chip aumenta as possibilidades de gerar modelos in vitro mais complexos, reprodutíveis, escaláveis e humanizados. A convergência das ciências biomédicas e das engenharias trará grande inovação na abordagem de doenças complexas. O objetivo do IINCT em Modelagem de Doenças Humanas Complexas com Plataformas 3D (INCT-Model3D) é criar e aprimorar modelos 3D para doenças crônicas não transmissíveis, que permitirão o entendimento dos mecanismos a elas associados, promovendo o desenvolvimento de estratégias terapêuticas precisas e personalizadas. Estas tecnologias gerarão produtos com alto valor comercial e de transferência para o mercado, apoiando tratamentos mais eficazes, que aumentem a sobrevida e qualidade de vida dos pacientes e que tragam economia ao sistema de saúde.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Daniel Martins-de-Souza - Integrante / Fabio D Nascimento - Integrante / Vilma R. Martins - Integrante / Patrícia Gama - Integrante / Giselle Zenker Justo - Integrante / Marcelo L Lamers - Integrante / LUCIMARA GAZIOLA DE LA TORRE - Integrante / Marilene H Lopes - Integrante / Eduardo Henrique Backes - Integrante / Klena Sarges Marruaz da Silva - Integrante / Luiz Antonio Pessan - Integrante / Marco Aurélio Ramirez Vinolo - Integrante / Rachel P Riechelmann - Integrante / Silvio Marques Zanata - Integrante / Tiago Góss dos Santos - Integrante / Vanessa Morais Freitas - Integrante / Sandra Martha Gomes Dias - Integrante / Fabio Papes - Integrante / Miguel Daniel Noseda - Integrante / Marimelia Aparecida Porcionatto - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2021 - Atual

  BI0S - Brazilian Institute of Data Science, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / João Marcos Travassos Romano - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2020 - 2020

  Ferramentas para Análise de Dados de Sequenciamento de Genomas Completos, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo ao Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro.

• 2020 - Atual

  Integração de tecnologias ômicas para caracterizar biomarcadores epigenéticos em doenças humanas: rumo a uma melhor compreensão dos mecanismos de doenças e novas terapias, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Diogo Fernando Troggian Veiga - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2019 - Atual

  From the basic understanding to clinical biomarkers to schizophrenia: a neuroproteomics-centered multidisciplinary study, Descrição: Schizophrenia is among the most disabling diseases of humankind, affecting 1% of the world's population (in Brazil, almost 2.5 million people are affected). One of the biggest hurdles faced by most patients is the poor efficacy of current antipsychotic medication. This stems from the lack of understanding of schizophrenia's pathobiology and the lack of biomarkers and biological mechanisms associated with a positive medication response. By employing state-of-the-art proteomics and lipidomics in blood plasma collected in vivo from patients before and after treatment, we aim to identify predictive biomarkers for medication response. These will be used to compose a mass spectrometry-based molecular assay to aid psychiatrists in predicting the likelihood of a successful treatment before initiating medication. This will be the first clinical test ever developed to determine medication response in psychiatry. Moreover, by analyzing the proteomes and lipidomes of these blood plasma samples, we can also better understand the biochemistry and biology involved the response. To develop new and more effective medication, we must increase our understanding of the molecular aspects of schizophrenia. Therefore, we will test several of the biological hypotheses our group has built over the past few years. For that, we are moving to a multidisciplinary approach employing CRISPR/Cas9, flow cytometry, proteomics, phosphoproteomics, lipidomics, interactomics, transcriptomics, and miRNA expression in coordination with several laboratories in Brazil and abroad to characterize postmortem brains and peripheral mononuclear blood cells from patients and mentally healthy controls. In addition, pre-clinical models will also be evaluated, such as induced pluripotent stem cell-derived neurons and glial cells, cerebral organoids, and cell lines of neurons, glia, and adipocytes. We will search for the validation of the key biological processes we found associated with schizophrenia such as tripartite synapses, spliceosomes, myelination, and energy pathway-associated alterations, as well as the role of the endocannabinoid system in glia. Results from these studies may point to biological processes that could be modulated by new drugs yet to be developed. Our results will lead to three major benefits in the field: 1) refining a biochemical assay able to predict the efficacy of medications currently available to patients, even before the treatment starts; 2) identifying key biochemical pathways associated with effective medication; 3) and better comprehension of schizophrenia's molecular basis and biochemistry, which is key for developing new treatments. Our project navigates from basic to applied science, towards the establishment of translational strategies driven by personalized and precision medicine concepts, helping to bring the bench closer to the bedside.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Coordenador / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Daniel Martins-de-Souza - Integrante / Alessandro dos Santos Farias - Integrante / Andre Schwambach Vieira - Integrante / Andrea Schmitt - Integrante / ARY GADELHA DE ALENCAR ARARIPE NETO - Integrante / Emmanuel Dias Neto - Integrante / Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Henrique Marques Barbosa de Souza - Integrante / Karina Diniz Oliveira - Integrante / Marcelo Alves da Silva Mori - Integrante / Marcus Bustamante Smolka - Integrante / Pedro Manoel Mendes de Moraes Vieira - Integrante / Peter Nilsson - Integrante / Rodrigo Affonseca Bressan - Integrante / Stevens Kastrup Rehen - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2019 - Atual

  Da compreensão básica a biomarcadores clínicos para a esquizofrenia: um estudo multidisciplinar centrado na neuroproteômica, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Daniel Martins-de-Souza - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2018 - Atual

  The Genomics for Climate Change Research Center, Descrição: The Center?s mission is to develop biotechnological solutions that increase plant resistance to drought and heat, and to transfer technology to the productive sector. Using genomics and genome editing, genetics and genetic engineering, as well as research on microbiomes, it will create and manage genetic improvement and agricultural biotechnology pipelines for the creation of genetically edited transgenic plant varieties, among other activities. It will also develop competencies in regulation and patents to ensure that its operations comply with biosafety rules and laws governing access to biodiversity.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / Joice Machado Bariani - Integrante / Luiz Antonio Falaguasta Barbosa - Integrante / Marcelo Menossi Teixeira - Integrante / Maria Ester Soares Dal Poz - Integrante / Michel Georges Albert Vincentz - Integrante / Paula Malloy Mota Diniz - Integrante / Rafael Silva Oliveira - Integrante / Rafael Vasconcelos Ribeiro - Integrante / Renato Vicentini dos Santos - Integrante / Geraldo Magela de Almeida Cançado - Integrante / Isabel Rodrigues Gerhardt - Integrante / Juliana Erika de Carvalho Teixeira - Integrante / Márcio José da Silva - Integrante / Ricardo Augusto Dante - Integrante / Paulo Arruda - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2017 - 2020

  Ambiente de Alta-Performance para Processamento de Dados de Microarranjos, Descrição: Tecnologias de análise de dados genômicos e transcriptômicos, como microarranjos e tecnologias de seqüenciamento de alto-rendimento, tornaram-se ferramentas-padrão em pesquisas biomédicas. Entre várias outras aplicações, elas permitem a associação de dados genéticos a fenótipos de interesse, como a ocorrência de uma doença ou a resposta a um dado tratamento, caracterizando-se como chaves essenciais para o melhor entendimento de patologias complexas e para a fundamentação da medicina personalizada. Tais tecnologias, apesar de geralmente vistas como concorrentes, devem ser tomadas como complementares: ao passo que técnicas de seqüenciamento de alto-rendimento permitem a descoberta de novos genes e variantes, microarranjos podem utilizar tais descobertas para a criação de painéis custo- efetivos para estudos de escalas populacionais, além de aplicações clínicas de baixo custo. Com a disseminação de ambas as tecnologias, estudos de proporções maiores têm se tornado mais comum. O sítio eletrônico Gene Expression Omnibus (GEO/NCBI) possui aproximadamente 70 estudos (em sua maioria, de expressão gênica) realizados com microarranjos com pelo menos 100 amostras cada; já o Database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP/NCBI) possui dezenas de estudos, com microarranjos e seqüenciamento, com mais de 1500 indivíduos [o estudo Resource for Genetic Epidemiology Research on Adult Health and Aging (GERA), por exemplo, inclui 78.486 indivíduos utilizando microarranjos Affymetrix Axiom]. Esta tendência demonstra a necessidade da existência de ferramentas computacionais e estratégias analíticas para o processamento adequado destas informações. O pacote oligo é uma ferramenta computacional, gratuita e de código aberto, que utiliza o ambiente estatístico R para o pré-processamento de dados de microarranjos, como os disponibilizados pelo GEO e dbGaP. Este software é utilizado em todo o mundo e registra cerca de 20 mil downloads no período de fevereiro/2015 a janeiro/2016. O objetivo desta proposta é reestruturar o pacote oligo para que adeque-se apropriadamente a atual conjuntura de pesquisas biomédicas, oferecendo um suporte superior a bases de dados de grande volume, permitindo o uso de estratégias de paralelismo consolidadas no projeto Bioconductor e oferecendo conectividade direta com experimentos realizados por meio de sequenciamento de nova geração (NGS) de DNA/RNA. Para o uso de bases de dados de grande volume, pretende-se fazer uso do formato científico de arquivo HDF5. A implementação de algoritmos que façam uso de paralelismo será realizada com o uso do protocolo MPI. A conectividade deste software com experimentos que envolvam dados de NGS será realizada por meio do uso eficiente das interfaces Biobase e GenomicRanges disponibilizadas por meio do projeto Bioconductor. Com tais atualizações, no âmbito de análise de dados de microarranjos, será possível: A) disponibilizar novas metodologias para a análise de dados; B) oferecer uma melhor integração com resultados obtidos por meio de sequenciamento; C) prover uma ferramenta que utilize recursos de computação de alto-desempenho de modo eficiente; D) estimular a produção de análises reprodutíveis; E) implementar métodos estatísticos de genotipagem para microarranjos da família Axiom; F) implementar métodos de pré-processamento para análise de número de cópias; e G) promover a realização de estudos que integrem resultados de diferentes tecnologias (microarranjos e sequenciamento de alto rendimento).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Coordenador / Rafael A. Irizarry - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo ao Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro.

• 2017 - Atual

  Síndrome congênita do Zika: investigação da susceptibilidade à infecção congênita a partir de uma coorte oriunda de várias regiões do Brasil, Descrição: Chamada MCTIC-CNPq/ MEC-CAPES/ MS-Decit / FNDCT N 14/2016 Prevenção e Combate ao vírus Zika. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Denise Pontes Cavalcanti - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2017 - Atual

  CABANA - Capacity Building for Bioinformatics in Latin America, Descrição: CABANA is a capacity strengthening project for bioinformatics in Latin America. It aims to accelerate the implementation of data-driven biology in the region by creating a sustainable capacity-building programme. CABANA is orchestrated by an international consortium of ten organisations - nine in Latin America and one in the UK.- CABANA will help to accelerate data-driven biology in Latin America by introducing a sustainable programme for building capacity in the region- CABANA's international and uniquely broad range of activities will address the training needs of Latin America's diverse biological and biomedical sciences communities- CABANA will accelerate the use of bioinformatics in lead institutions in the region, which will become hubs in a pan-Latin-American bioinformatics network.- It will strengthen international cooperation and develop cross-border collaborations to support improved access to bioinformatics tools and resources, better quality information management, and improved discoverability and annotation of biological data pertaining to our three challenge areas. CABANA is funded by Global Challenges Research Fund (GCRF) - part of the UK Aid Budget from October 2017 to March 2022.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Biotechnology and Biological Sciences Research Council - Auxílio financeiro.

• 2015 - 2018

  Comparação do Perfil Genômico de Mulheres Brasileiras e Norte-Americanas Portadoras de Câncer de Mama Receptor de Estrógeno Positivo/HER2 Negativo, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Coordenador / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Luís Otávio Zanatta Sarian - Integrante.

• 2013 - 2018

  Séries Temporais, Ondaletas e Análise de Dados Funcionais, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Pedro Alberto Morettin - Coordenador.

• 2013 - 2016

  Data acquisition and training for -omics in food, fuels and fisheries research, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Biotechnology and Biological Sciences Research Council - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2013 - 2015

  Investigação multimodal da epileptogênese com ênfase na incorporação de novos modelos e novas ferramentas, Descrição: As epilepsias afetam aproximadamente 1 % a 2% da população mundial, sendo a epilepsia de lobo temporal mesial (ELTM) a mais frequente, representando 40% dos pacientes; esses são frequentemente refratários ao tratamento clínico. Uma das ferramentas mais utilizadas para tentar compreender a fisiopatologia da ELTM são modelos animais induzidos. Apesar dos vários modelos animais disponíveis e amplamente estudados atualmente, a maioria desses apresentam lesões no sistema nervoso central e eventos fenotípicos que não são comumente identificados nos pacientes com ELTM, sendo principalmente a perda neuronal em regiões para-hipocampais e insultos iniciais graves tais como: isquemia, traumas e status epilepticus (SE). Isso posto, propomos a trabalhar com modelos animais recentemente descritos (Norwood et aI., 2010 e Navarro-Mora G., 2009) que tem como principal vantagem gerar uma lesão discreta, mais próxima daquela efetivamente encontrada em pacientes com ELTM e sem a necessidade do insulto inicial precipitante do tipo SE. Com esses modelos propomos utilizar uma série de ferramentas para investigar vários fenômenos e vias biológicas que se entrecruzam na determinação da epileptogênese na EL TM. Essa estratégia permitirá uma abordagem interdisciplinar que vai da neuroimagem estrutural à biologia molecular, passando pela neurofisiologia, neuroquímica e bioinformática. Além disso, como todos os grupos participantes da proposta têm ampla experiência na área de investigação em epilepsia, os resultados aqui obtidos poderão ser comparados com os previamente produzidos em outros modelos animais e em aqueles observados em séries de pacientes. Acreditamos que a nossa estratégia de integração do conhecimento aqui proposta gerará conhecimento novo, abrangente e integrado sobre a epileptogênese nas estruturas mesiais do lobo temporal e tem chances de provocar um grande impacto na área da neurociência aplicada.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Iscia Teresinha Lopes Cendes - Coordenador.

• 2013 - Atual

  Instituto Brasileiro de Neurociência e Neurotecnologia - BRAINN, Descrição: The central biological questions of our RIDC is the investigation of basic mechanisms that lead to epilepsy and stroke and the injury mechanisms that follow the disease onset and progression, and are related to prevention, treatment and rehabilitation. Our goals are to develop new methods and techniques to improve the understanding of mechanisms of damage, plasticity and repair in epilepsy and stroke, and to apply these results to improve diagnosis, prevention and treatment. The main motivation of this project carne from the necessity of approaching these relevant and complex biological problems by combining the expertise of research groups with distinct and complementary backgrounds. One of the multiple aspects revealing the characteristic complexity associated with research on epilepsy and stroke is the fact that such conditions are not uniquely defined, i.e.it cannot be related to a single disease or a unique syndrome. Such a multiplicity of biological factors related to the etiology, symptomatology, prevention and treatment of epilepsy and stroke indicate the need of collaborative research in different areas of expertise. These are the main motivations for the organization of the present RIDC. Moreover, this initiative foresees the creation of a new environment for scientific and technological development, new clinical applications, education and interaction with the business sector. Our proposal will be driven by strong and relevant hypotheses, not only by advances in technology (i.e., it will not be only a method in search of a problem). The research for the development of new technology and improvement of current technology will be driven by solid scientific grounds and social needs in order to provide relevant application in the real world. This research proposal is outstanding as it is clinically important, realistic and scientifically highly original, combining genetics, neurobiology, pharmacology, neuroimaging, computer sciences, robotics, physics and engineering. Results will benefit patients with epilepsy, stroke and other prevalent diseases, and contribute substantially to ongoing scientific discussions within neurology, psychiatry, and cognitive neuroscience. The proposed collaborations between our RIDC and other major neuroscience centers outlined in the list of external collaborators will further advance knowledge directly relevant to all people suffering from devastating neurological conditions.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Fernando Cendes - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2012 - 2017

  Identification of inherited susceptibility genes for cutaneous melanoma by large scale genotyping, Descrição: Cutaneous melanoma (CM) is the more important among cancers due to its high metastatic potential and absence of drug treatment response. The main risk factor for the development of MC is exposure to ultraviolet rays from sunlight. Individual differences generated by genetic polymorphisms related to processes of carcinogenesis, have important roles in the origin and clinical manifestations of disease. The genome wide association studies (GWAS) identifies several single nucleotide polymorphisms (SNPs) and copy number variations (CNVs) of DNA. The aim of this study is identify the roles of large numbers of SNPs and CNVs in MC patients and healthy individuals of our population. Genomic DNA of the 100 CM patients and 100 controls will be evaluated in our service. The Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Array 6.0 contains 1.8 million genetic markers, including more than 906.600 SNPs and more than 946.000 probes for the detection of CNV. The genotypes determinate by SNPs will be estimated using Genotyping Console (birdseed) and BioConductor project (crlmm). The analysis of CNVs will be evaluated using Canary (Genotyping Console) and CRLMM combined HMM with the CBS and (BioConductor). The comparison between groups will be conducted by Fisher test or chi-square and logistic regression with the programs PLINK and snpStats (BioConductor). The risks of occurrence for MC will be obtained through the odds ratios (ORs) with confidence interval of 95%. We believe that the results of this study will contribute to better understanding the pathophysiology of MC and to identify healthy individuals at high risk of tumor occurrence and special care for the prevention and early diagnosis of the same.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Carmen Silvia Passos Lima - Coordenador.

• 2007 - 2009

  Software for the Statistical Analysis of Microarray Probe Level Data, Descrição: Continue the support of our software and further develop our tools to increase their usefulness to the research community. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Integrante / Rafael A. Irizarry - Coordenador.

Prêmios