José Miguel Ortega

Miguel holds a degree in Biosciences (1981) and Ph.D. in Biochemistry (1987) by the University of Sao Paulo. He is currently an associate professor at Federal University of Minas Gerais, leading the Biodata Lab. He has experience in Biochemistry, with emphasis on bioinformatics, acting on the following topics: chromatin structure, yeast two-hybrid system (liquid screening system), biochemistry of transcription factors and bioinformatics. Participated twice in the board of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology and was the organizer of the X-meeting 2005. Participates of the PhD program on Bioinformatics at UFMG and Minas Gerais Genome Network and is responsible for the Center for High-Performance Computing at ICB/UFMG (cluster sagarana)..Director of the Multiuser Laboratory of Scientific Computing (LCC UFMG). ORCID ID: 0000-0002-8047-9191.

Informações coletadas do Lattes em 03/09/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Bioquímica

1981 - 1987

Universidade de São Paulo
Título: Alterações da Estrutura da Cromatina durante o Ciclo Celular e o Reparo de DNA em Células de Mamífero
Rogério Meneghini. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: cromatina; Ciclo Celular; reparo de DNA.Grande área: Ciências BiológicasSetores de atividade: Outros Setores.

Graduação em Biociências

1978 - 1981

Universidade de São Paulo
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

Pós-doutorado

1991 - 1994

Pós-Doutorado. , Roche Institute Of Molecular Biology, R.I.M.B., Estados Unidos. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Pouco.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Francês

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Sistemas de seleção de duplo-híbrido em levedura.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Computação de alto desempenho.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Vias regulatórias.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Regulação de transcrição.

Organização de eventos

Ortega, J Miguel ; Sakamoto, T. ; CASTRO, M. A. A. ; Gruber, A ; Nakaya, H ; Vasconcelos, A.T.R. . BrazWebinars webnars on bioinformatics for large audiences. 2021. (Outro).

Ortega, J. Miguel ; Rodrigues, M.R. ; Donnard, E.R. . Brasil Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010). 2010. (Congresso).

Nesic, G. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Ortega, J. Miguel ; Kuser-Falcão, P. . X-meeting 2006 (2nd International Conference of AB3C). 2006. (Congresso).

Ortega, J. Miguel ; Kuser-Falcão, P. ; Vasconcelos, A.T.R. . X-meeting 2005 (1st International Conference of AB3C). 2005. (Congresso).

Souza, S.J. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Ortega, J. Miguel . 2nd Internacional Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi 2004). 2004. (Congresso).

Participação em eventos

X-meeting 2021. Large runs of homozigozity regions in Arapaima gigas (Pirarucu) suggest the existence of genomic regions in single-copy and a sex-related dosage-compensation mechanism.. 2021. (Congresso).

X-meeting 2021. Where the pro-proteases PCSKs that may cleave the SARS-Cov-2 spike for improving cell to cell infection are highly differentially expressed in the human body?. 2021. (Congresso).

X-meeting 2021. Which substilisin/kexin like proprotein convertases PCSKs might be or not be implicated in SARS-Cov-2 cell to cell infection?. 2021. (Congresso).

X-meeting 2016. 2016. (Congresso).

X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. 2015. (Congresso).

XXVIIIª reunião anual da SBBq. Making Use of the Information Provided by Complete Genomes. 2009. (Congresso).

X-meeting 2007 (3rd International Conference of AB3C). Sequence Analysis Simposium. 2007. (Congresso).

2nd Internacional Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi 2001). Databases and Tools. 2004. (Congresso).

Orientou

Camila Torres Fernandes Souza Diniz

Interações de genes envolvidos em umfenótipo comportamental, psicose pós-partocomo modelo; Início: 2021; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Arthur Pereira da Fonseca

Putative catalysis of SARS-Cov-2 spike cleavage by convertases; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Romildo Oliveira Souza Junior

evolution of Reactome pathways; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Juliana Rodrigues Pereira Silva

Complementary hydropathy design of anti spike protein; Início: 2020; Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

Andre Luiz Garcia de Oliveira

Evolução da via de controle da menstruação; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

Fernanda Stussi

SNP LANE, uma base de dados de vizinhança de SNPs e análises do efeito dos nucleotídeos vizinhos na probabilidade de substituição de nucleotídeos em mamíferosu; 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Beatriz Moura Kfoury de Castro

Estudo Sistêmico da Evolução das Flores; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Élisson Nogueira Lopes

CONSTRUÇÃO DA VIA DE INTERAÇÃO DO VÍRUS EBOLA COM O HOSPEDEIRO E ESTIMATIVA DA ORIGEM DOS GENES E PROCESSOS; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Thaís De Almeida Ratis Ramos

Desenvolvimento e uso do CORAZON: ferramenta para normalização e agrupamento de dados de expressão gênica; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Fenícia Brito Santos

; ; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Lissur Azevedo Orsine

Elaboração de via de desenvolvimento da glândula mamária e estimativa da origem dos seus genes e do sistema; 2016; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Carlos Alberto Xavier Gonçalves

Ferramentas e métodos para estudo da evolução de processos biológicos e funções moleculares do Homo sapiens; 2016; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Verônica Rodrigues de Melo Costa

Estudo da ancestralidade de genes componentes do sistema imune; 2015; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Elisa Renno Donnard Moreira

Desenvolvimento e Aplicação de Métodos Bioquímicos e Bioinformáticos para buscar Interações Regulatórias -Tead4 como Modelo; 2010; Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: José Miguel Ortega;

João de Abreu e Tôrres

PCT - Uma Ferramenta para Anotação de Proteínas Utilizando Bases Secundárias; 2006; Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Coorientador: José Miguel Ortega;

Erica Maria de Queiroz

Sistema de duplo-híbrido: dois novos métodos de triagem baseados em seleção em meio líquido; 2005; 0 f; Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Frederico S V Malta

Caracterização inicial de dois anticorpos sintéticos de cadeia única selecionados por interação com p53(72-390) murina; 2004; 75 f; Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: José Miguel Ortega;

Vanessa Faria Gonçalves

Metodologia para caracterização de mutantes de um domínio repressor de transcrição; 2003; 134 f; Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: José Miguel Ortega;

Luciana Bastos Rodrigues

Mapeamento de Domínios Funcionais Conservados do Fator de Transcrição mTead1; 2001; 0 f; Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Flávia Cristina Nery

Construção e Triagem ded Bibliotecas de Anticorpos Sintéticos de Cadeia Única; 2001; 133 f; Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: José Miguel Ortega;

Alessandra Lopes Starling

Construção de genes repórteres alternativos para sistemas de duplo-híbrido em leveduras; 2000; Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: José Miguel Ortega;

Carlos Alberto Xavier Gonçalves

Ferramentas para determinação de origem e evolução de processos biológicos; 2021; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Lissur Azevedo Orsine

Desenvolvimento de métricas e aplicação web para análise de expressão tecidual comparativa; 2021; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Katia de Paiva Lopes

Ancestralidade e co-regulação de genes codificadores de; 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Ricardo Assunção Vialle

Evidências de mudanças estruturais proteicas em transições macroevolutivas; 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Lucas Martins Ferreira

TAXI and CoryneRegNet 7; 0, A creation and update of data wa rehouses for study speciation and regulation of transcrip tion of prokaryotic organisms; 2016; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Tetsu Sakamoto

Ferramentas para análise filogenética e de distribuição taxonômica de genes ortólogos; 2016; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Marcele Laux

Análise Metagenômica da Diversidade de Cianobactérias de um Reservatório Oligotrófico Tropical: uma busca por potenciais riscos para o futuro; 2016; Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Coorientador: José Miguel Ortega;

Sheyla Trefflich

; ; 2016; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Coorientador: José Miguel Ortega;

Henrique Velloso Ferreira Melo

FERRAMENTAS E SERVIÇOS ONLINE PARA A ANÁLISE DA ORIGEM CLADÍSTICA DE GENES E VIAS METABÓLICAS; 2014; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Henrique de Assis Lopes Ribeiro

"Desenvolvimento de um serviço de análise de sequências uti lizando um modelo baseado em atributos de resultados de PSI- BLAST"; 2013; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Rafael Lucas Muniz Guedes

Desenvolvimento das ferramentas SeedServer, para agrupamento de sequências protéicas homólogas e U-MAGE, para propagação de ontologia funcional; 2013; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Gabriel da Rocha Fernandes

Integração de bases de dados de genes homólogos e aplicações em análises de sequências; 2011; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Viviane Aguiar Andrade

Cálcio intracelular na proliferação de células hepáticas; 2010; Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: José Miguel Ortega;

Saulo Augusto de Paula Pinto

Clustering de Amostras de Dados de Expressão Gênica Utilizando Duas Métricas de Similaridade Biologicamente Inspiradas; 2008; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Orientador: José Miguel Ortega;

Adriano Barbosa da Silva

Mineração de texto, agrupamento de sequencias e integração de dados para o desenvolvimento da Plant Defense Mechanisms Database; 2008; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Maurício de Alvarenga Mudado

Uso da Base de Dados Secundária KOG como Ferramenta para Caracterização de Expressão Gênica e Mineração de Dados em Projetos Transcriptoma; 2007; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Cristiane Néri Nobre

Desenvolvimento de uma metodologia para previsão de Sítios de Início de Tradução; 2007; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, ; Coorientador: José Miguel Ortega;

Francisco Prosdocimi

Racionalização de uso do algoritmo PHRED para análises de seqüências de DNA; 2006; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Alessandra Conceição Faria Aguiar Campos

Bioinformática Aplicada a Caracterização de Genes: O Schistosoma mansoni Como Modelo; 2005; 0 f; Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: José Miguel Ortega;

Cristina Ribeiro

Planejamento Bioinformático de Anticorpos de Cadeia Única Sintéticos; 2009; Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; José Miguel Ortega;

Francisco Prosdocimi

Pesquisa de Novas Matrizes de Substituição baseadas em mutação; 2006; Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; José Miguel Ortega;

Luíza Cardoso de Quadros

Utilização de dados extraídos de banco de dados de SNPs para calcular probabilidade de mutações dos nucleotídeos dos 64 códons; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Rafael Lucas Muniz Guedes

Análises preliminares de agrupamentos de seqüências públicas de metagenômica com genomas microbianos completos conhecidos; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Elisa Renno Donnard Moreira

Triagem Líquida para o Sistema de Duplo Híbrido em Leveduras; 2008; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Lucas Santana dos Santos

Uso de Amninoácidos Essenciais e Nutrigenômica de Eucariotos: Evidências do Uso Diferencial de Aminoácidos em Domínios e Extra-domínios Protéicos; 2007; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Gabriel da Rocha Fernandes

KEGG Orthology: avaliação como fonte para anotação automatizada de ESTs; 2006; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Carla Renata dos Santos

Estratégia para isolamento de melhores clones ativadores em sistema de duplo-híbrido - mutantes de mTead191-134) como modelo; 2004; 52 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Estevam Bravo Neto

Atualização e Teste de uma Ferramenta de Classificação de Proteínas Utilizando Bases de Dados Secundárias; 2004; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: José Miguel Ortega;

Erica Maria de Queiroz

Estudo do domínio repressor C-terminal de mTead1 (resíduos 343-426) com o sistema de duplo-híbrido; 2003; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Ygor Maximiliano de Pompein Pessoa

Clonagem e caracterização estrutural de mTEAD-4: identificação de um domínio ativador de transcrição modulado por cis-repressão; 1999; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: José Miguel Ortega;

Flávia de Marco Almeida

Implementação de um sistema em leveduras para estudo de proteínas regulatórias de transcrição; 1997; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: José Miguel Ortega;

Helton José Reis

Produção de espécies ativas de oxigênio como mecanismo de ação de naftoquinonas do ipê; 1995; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: José Miguel Ortega;

Fernanda Stussi

A origem dos genes de resposta ao stress hídrico em Arabidopsis thaliana; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: José Miguel Ortega;

Verônica Rodrigues

Estudo da evolução da resposta a Interferon; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Izabella Agostinho Pena Neshich

Estudo da SMAse D de Corynebacterium; 2008; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Diego Trindade de Souza

Estudo da origem de genes; 2012; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Lucas Ferreira da Silva

Produção de base local de transcriptomas; 2012; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: José Miguel Ortega;

Produções bibliográficas

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MORAIS-RODRIGUES, FRANCIELLY ; SILV'ERIO-MACHADO, RITA ; KATO, RODRIGO BENTES ; RODRIGUES, DIEGO LUCAS NERES ; VALDEZ-BAEZ, JUAN ; FONSECA, VAGNER ; SAN, EMMANUEL JAMES ; GOMES, LUCAS GABRIEL RODRIGUES ; DOS SANTOS, ROSELANE GONÇALVES ; VINICIUS CANÁRIO VIANA, MARCUS ; DA CRUZ FERRAZ DUTRA, JOYCE ; TEIXEIRA DORNELLES PARISE, MARIANA ; PARISE, DOGLAS ; CAMPOS, FREDERICO F. ; DE SOUZA, SANDRO J. ; Ortega, J. Miguel ; Barh, Debmalya ; GHOSH, PREETAM ; AZEVEDO, V. ; DOS SANTOS, MARCOS A. . Analysis of the microarray gene expression for breast cancer progression after the application modified logistic regression. GENE , v. 726, p. 144168, 2020.
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Ortega, J. Miguel ; DILLON, P. R. M. N. F. O. J. A. F. R. C. ; Produção de Anticorpos Sintéticos Potencialmente Capazes de Reconhecer Proteínas Conservadas. In: 41º Congresso Nacional de Genética, 1995. Revista Brasileira de Genética. Caxambu, MG. v. 18. p. 149-149.
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Ortega, J. M. . More info to pathways: the enrichment of COG and Kegg Orthology databases and the grouping of cognate proteins with Seed Linkage. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Ortega, J. Miguel . Bringing Sequences to Life. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Sakamoto, T. ; Ortega, J. Miguel . TaxOnTree: a tool that generates trees annotated with taxonomic information. Nova York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2020 (Preprint).
Cavalcante, RLD ; Ortega, J. Miguel ; Souza, JES ; Sakamoto, T. . Assessing the sex-related genomic composition difference using a K-mer-based approach: a case of study in Arapaima gigas (Pirarucu). Nova York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2020 (Preprint).
Sakamoto, T. ; Ortega, J. Miguel . Taxallnomy: Closing gaps in the NCBI Taxonomy. Nova York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2020 (Preprint).

Outras produções

Ortega, J. Miguel ; Santos, F.R. . Site Web sobre projetos de pesquisa em pós-graduação. 1999.

Ortega, J. Miguel ; Prado, V.F. . Site Web sobre tópicos em bioquimica e imunologia. 1998.

Ortega, J. Miguel . DNA, RNA e Síntese Protéica. 1995 (Filme VHS).

Ortega, J. Miguel . Montagem Teatral do Complexo de Transcrição Basal (para 7 pessoas e 1 espaguete). 2000 (kit de ensino) .

Ortega, J. Miguel . Kit de Ensino de Mecanismo de Ativação Gênica. 1998 (kit de ensino) .

Projetos de pesquisa

2024 - Atual

EMU: Centro de Computação de Alto Desempenho de SINAPAD, Descrição: Consórcio de Centros de Processamento de Alto Desempenho para criação de um centro integrado de computação científica de abrangência nacional (exceto São Paulo que possui centro aprovado na mesma iniciativa distinto). O CENAPAD-MG responsabiliza-se pelo atendimento dos estados de MG, GO, MT e RR. O projeto foi aprovado na chamada Acordos de Cooperação / MCTIC/CGI - Cooperação Científica e Tecnológica entre FAPESP e MCTIC / MCTIC/CGI - EMU - HPC - Chamada de Propostas (2022).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Técnico de nível médio: (8) . , Integrantes: José Miguel Ortega - Coordenador., Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações - Auxílio financeiro.
2014 - Atual

Orígem das regiões regulatórias, Descrição: Por meio de redes de co-regulação, estudo de promotores, de localização subnuclear em eucariotos e de estruturas de operons em procariotos, estudamos os clados de origem de genes e seus reguladores.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: José Miguel Ortega - Coordenador / Thais Ratis - Integrante.
2010 - Atual

Origem de genes e de sistemas, Descrição: Por meio de buscas de ortólogos detalha-se a distribuição taxonômica de genes e infere-se o clado de origem. Neste projeto são retratadas a origem de genes e de sistemas como o desenvolvimento embrionário, a resposta imune, o desenvolvimento de glândulas mamárias, a origem de vias heterotróficas, do mecanismo da floração, da rede intracelular que vírus conectam, dentre outros.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (5) . , Integrantes: José Miguel Ortega - Coordenador / Donnard, Elisa R - Integrante / Verônica Costa - Integrante / Tetsu Sakamoto - Integrante / ORSINE, LISSUR A. - Integrante.

Prêmios

2020

Distinguished AB3C member, Associação brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.

Histórico profissional

Endereço profissional

Universidade Federal de Minas Gerais, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia. , Av. Antonio Carlos 6627, Pampulha, 31270-010 - Belo Horizonte, MG - Brasil, Telefone: (31) 34092654, Fax: (31) 34092614, URL da Homepage:

Experiência profissional

2022 - Atual

Universidade Federal de Minas Gerais

Vínculo: Formal labor contract, Enquadramento Funcional: Diretor, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Laboratório Multiusuário de Computação Científica, Diretor

1989 - Atual

Universidade Federal de Minas Gerais

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Prof. Associado, chefe de laboratorio, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

01/1997
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.,Linhas de pesquisa
03/1994
Treinamentos ministrados , Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.,Treinamentos ministrados, Doutorado, Iniciação Científica, Mestrado
02/1990
Ensino, Bioquímica e Imunologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Ferramentas de Mineração Genômica, PRODAP - Processamento de Dados de Pesquisa e Pós-Graduação, Bases Molecules da Estrutura e Função da Célula, Seminários em Bioinformática
02/1990
Ensino, Ciência Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Tópicos em Biologia Molecular - Controle do Ciclo Celular, PRODABI - Processamento de Dados em Bioquímica e Imunologia, Tópicos em Biologia Molecular - Fatores de Transcrição, Bioinformática, Biologia Molecular, Bioquímica, Tópicos em Biologia Molecular - DNA & cromossomos
12/1989
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.,Linhas de pesquisa

1988 - 1989

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/1988 - 07/1989
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa

1987 - 1988

Instituto Butantan

Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/1987 - 07/1988
Pesquisa e desenvolvimento, Seção de Genética, Setor de Genética Animal.,Linhas de pesquisa