Bianca dos Reis Santos

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Participação em eventos

Produções bibliográficas

• CARREGAL, ANA PAULA ; MACIEL, FLÁVIA V. ; CARREGAL, JULIANO B. ; DOS REIS SANTOS, BIANCA ; DA SILVA, ALISSON MARQUES ; TARANTO, ALEX G. . Docking-based virtual screening of Brazilian natural compounds using the OOMT as the pharmacological target database. Journal of Molecular Modeling (Print) , v. 23, p. 0948-5023, 2017.

• MAIA, EDUARDO HABIB BECHELANE ; CAMPOS, VINÍCIUS ALVES ; DOS REIS SANTOS, BIANCA ; COSTA, MARINA SANTOS ; LIMA, IANN GABRIEL ; GRECO, SANDRO J. ; RIBEIRO, ROSY I. M. A. ; MUNAYER, FELIPE M. ; DA SILVA, ALISSON MARQUES ; TARANTO, ALEX GUTTERRES . Octopus: a platform for the virtual high-throughput screening of a pool of compounds against a set of molecular targets. Journal of Molecular Modeling (Print) , v. 23, p. 0948-5023, 2017.

• NUNES, RENATA RACHIDE ; COSTA, MARINA DOS SANTOS ; SANTOS, BIANCA DOS REIS ; FONSECA, AMANDA LUISA DA ; FERREIRA, LORENA SALES ; CHAGAS, RAFAEL CESAR RUSSO ; SILVA, ALISSON MARQUES DA ; VAROTTI, FERNANDO DE PILLA ; TARANTO, ALEX GUTTERRES . Successful application of virtual screening and molecular dynamics simulations against antimalarial molecular targets. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Online) , v. 111, p. 721-730, 2016.

• RIBEIRO, R. I. M. A. ; MUNAYER, F. M. ; TARANTO, A. G. ; COSTA, M. S. ; SANTOS, B. R. ; GRECO, S. J. ; SILVA, A. M. . In Silico and In Vitro Studies of Inhibition of Metalloproteinase 2 and 9. In: 23rd International Congress of the IUBMB and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a Better World, 2015. v. 1.

• SANTOS, B. R. ; CAMPOS, V. A. ; SILVA, A. M. ; TARANTO, A. G. . Octopus - Software para Automatização de Experimentos de Triagem Virtual. In: XI Semana de Ciência e Tecnologia, 2015, Divinópolis. Caderno de Resumos da XI Semana de Ciência & Tecnologia, 2015.

• TARANTO, A. G. ; SANTOS, B. R. ; COSTA, M. S. ; CAMPOS, V. A. ; SILVA, A. M. . Octopus: A Virtual High Throughput Screening Platform for Multi-Compounds and Targets. In: XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica - SBQT-2015, 2015, Pirenópolis. Livro de Resumos do XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica - SBQT 2015, 2015.

• SANTOS, B. R. ; BELCHIOR, J. C. . Clusters Metálicos: Algoritmos Genéticos Acoplados a Cálculos Quânticos: Estudo da Série de Ni, Pd e Pt. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• SANTOS, B. R. ; CAMPOS, V. A. ; SILVA, A. M. ; TARANTO, A. G. . Octopus - Software para Automatização de Experimentos de Triagem Virtual. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• CAMPOS, V. A. ; SANTOS, B. R. ; COSTA, M. S. ; TARANTO, ALEX G. . Integração e Automatização de Aplicações para Modelagem Molecular. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Projetos de pesquisa

• 2018 - 2019

  Estrutura Eletrônica, Dinâmica e Reatividade em Sistemas Bioinorgânicos., Descrição: O objetivo geral é o desenvolvimento e aplicação de métodos teóricos/computacionais para o estudo da estrutura eletrônica, dinâmica e reatividade em sistemas de interesse da Química Bioinorgânica. Em particular, neste projeto estamos interessados em compostos que são utilizados como fotossensibilizadores em terapia fotodinâmica. De particular interesse para esse projeto é a investigação do efeito do meio solvente e de interações com possíveis alvos biológicos na fotofísica e nas propriedades dos estados eletrônicos excitados do fotossensibilizador azul de toluidina.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Bianca dos Reis Santos - Integrante / Willian Ricardo Rocha - Coordenador.

• 2017 - 2018

  Clusters metálicos: Algoritmos genéticos acoplados a cálculos quânticos ? estudo da série Ni, Pd e Pt, Descrição: As propriedades magnéticas de pequenos clusters de metais de transição estão entre os principais interesses de estudos científicos porque proporcionam modelos para melhor entender a ciência do nanomagnetismo e, portanto, da estrutura da matéria em geral. Para isso, estudos teóricos através de cálculos quânticos, semi-empíricos ou modelos clássicos,campos de força,são usados para calcular propriedades de clusters. Um método que tem sido usado para esses tipos de estudos é o que envolve algoritmos genéticos, que tem como intuito encontrar a estrutura de menor energia para um dado conjunto de átomos. Esses algoritmos genéticos vêm se mostrando, nos últimos anos, uma ferramenta eficiente para otimização de problemas complexos. Nesse trabalho tem-se como objetivo desenvolver novos operadores genéticos que permitam obter melhores resultados na busca por conformações mais favoráveis de clusters metálicos de átomos. Inicialmente partindo do algoritmo genético desenvolvido pelo nosso grupo de pesquisa o qual será adaptado, e com esse novo algoritmo se calculará as melhores conformações de clusters de diferentes ligas envolvendo os átomos citados, buscando se obter as energias e estruturas mais estáveis. Esse resultados serão comparados com resultados recentes da literatura visando medir o grau de aperfeiçoamento do algoritmo. Além disso, cálculos quânticos semi- empíricos, utilizando o método DFT(Density Functional Theory), com estruturas de clusters gerados pelo novo algoritmo serão feitos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Bianca dos Reis Santos - Integrante / Jadson Claúdio Belchior - Coordenador.

• 2015 - 2016

  Cluster de Alto Desempenho para Triagem Virtual Empregando o Banco de Alvos Farmacológicos OOMT, Descrição: O desenvolvimento de fármacos é uma área muito explorada nos dias atuais. Um grande número de tecnologias surge no mercado a fim de tornar esses estudos mais rápidos e com menores custos. Dentre as diversas metodologias utilizadas pelas indústrias farmacêuticas, a triagem virtual inversa (TVI) é uma ferramenta de modelagem molecular a qual busca direcionar a seleção de moléculas orgânicas para alvos terapêuticos de interesse. Dessa forma, recentemente, pesquisadores da UFSJ desenvolveram um banco de alvos farmacológicos denominado de Our Own Molecular Targets Data Bank (OOMT) que permite identificar compostos bioativos utilizando métodos in silico. Inicialmente, mais de 300 estruturas serão obtidas pelos bancos de dados ZINC e NatProDB (UEFS), além de compostos sintéticos fornecidos por colaboradores. A seguir, estes serão refinados pelo método de campo de força. As estruturas refinadas serão ancoradas contra os 34 receptores presentes no OOMT, gerando um total de 10.200 cálculos. Todos os cálculos de modelagem molecular serão realizados por plataformas de triagem virtual inversa em sistemas computacionais. Esses cálculos possuem um alto custo computacional (tempo de processamento e espaço de armazenamento) devido a sua complexidade e a das variáveis consideradas. Uma opção viável e de baixo custo que atende a necessidade de processamento para a modelagem molecular é o cluster que é um sistema criado com dois ou mais computadores para executar aplicações que demandam grande poder de processamento. Nesse tipo de sistema a carga de processamento é dividida entre os computadores do cluster, aumentando o poder de processamento e, reduzindo o tempo de processamento. Existem vários tipos de clusters de alto desempenho, dentre os quais se destaca o Beowulf. O foco deste projeto é a implementação e manutenção de um cluster Beowulf em conjunto com aplicações para modelagem molecular. Paralelamente a implantação do cluster será desenvolvida uma plataforma on-line para o OOMT. Projeto desenvolvido em parceria com a Universidade Federal de São João Del Rei - UFSJ Campus Centro Oeste.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Bianca dos Reis Santos - Integrante / Alisson Marques da Silva - Coordenador / Alex Gutteres Taranto - Integrante.

• 2014 - 2016

  Estudos in silico, in vitro e in vivo da ação de moléculas sintéticas sobre as Metaloproteinases de matriz, Descrição: Inverse Virtual Screening (IVS) pode ser usado para prever os alvos moleculares de um conjunto de compostos previamente sintetizados como agentes antimicrobianos. Assim, o objetivo deste estudo é realizar IVS de compostos sintéticos em Our Own Molecular Targets Data Bank (OOMT) sugerindo compostos para alvos moleculares específicos. Todos os compostos serão refinados utilizando o método semi-empírico MP7. Os compostos refinados serão ancorados contra 40 alvos moleculares presentes em OOMT. O melhor perfil de energia de ligação será encaminhada para os ensaios biológicos. A seguir, a inibição da atividade gelatinolítica da metaloproteinase 2 e 9 será investigado por zimografia. Depois disso, os compostos sintéticos serão testados in vivo. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Bianca dos Reis Santos - Integrante / Rosy Iara Maciel de Azambuja Ribeiro - Coordenador / Felipe Máximo Munayer - Integrante / Alex Gutterres Taranto - Integrante / Sandro José Greco - Integrante / Alisson Marques da Silva - Integrante / Marina dos Santos Costa - Integrante.