Arthur Gruber

Possui graduação em Medicina Veterinária pela Universidade de São Paulo (1987), doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica) pela USP (1994) e Livre Docência (2003) pela USP. Atualmente é Professor Associado da Universidade de São Paulo. Tem experiência nas áreas de Biologia Molecular de Protozoários Parasitos, Genômica de Micro-organismos e Bioinformática. Na área de Bioinformática, tem trabalhado no desenvolvimento de algoritmos, sua implementação na forma de aplicativos, e a utilização em dados genômicos e metagenômicos. Entre os aplicativos já desenvolvidos, podem ser citados programas para anotação funcional automática de genomas (EGene), caracterização e quantificação de sequências repetitivas seriadas (TRAP) e a reconstrução de sequências e descoberta de vírus (GenSeed e GenSeed-HMM). Atualmente, a principal linha de pesquisa do grupo objetiva desenvolver abordagens metodológicas para a descoberta de novos vírus. Entre essas abordagens está o programa GenSeed-HMM, aplicativo para a montagem progressiva de sequências a partir de dados metagenômicos que utiliza sementes de HMMs de perfil. Os HMMs de perfil, modelos probabilísticos construídos a partir de alinhamentos de múltiplas sequências, conseguem representar a diversidade das sequências e podem ser utilizados para a detecção de sequências ortólogas evolutivamente remotas. Com isso, é possível se identificar e reconstruir, a partir de dados metagenômicos, sequências genômicas de vírus ainda não identificados previamente, um processo que denominamos diagnóstico de novo.

Informações coletadas do Lattes em 29/08/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)

1988 - 1994

Universidade de São Paulo
Título: Caracterização de dois genes contíguos de Trypanosoma cruzi que codificam antígenos com repetições de epitopos imunodominantes
Orientador: Bianca Silvana Zingales Oller do Nascimento
, Ano de obtenção: 1994. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Antígeno B13; Clonagem de Antígenos; Doença de Chagas; Proteínas Recombinantes; Trypanosoma cruzi; Sorologia. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos / Especialidade: Protozoologia Parasitária Humana. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Saúde Humana.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.

Bandeira representando o idioma Alemão

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Hebraico

Compreende Bem, Fala Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos/Especialidade: Virologia.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Orientou

Giuliana Lopes Pola

Caracterização da estrutura genômica e sítios de inserção de casposons de bactérias e arqueias; Início: 2022; Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Biotecnologia) - Escola de Artes, Ciências e Humanidades, Programa Unificado de Bolsas USP; (Orientador);

Igor Custódio dos Santos

Vírus de dsRNA de protozoários do gênero Eimeria: caracterização da estrutura genômica e origens evolutivas; Início: 2022; Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Biotecnologia) - Escola de Artes, Ciências e Humanidades, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Miriã Nunes Guimarães

Aplicação de modelos de HMMs de perfis para a deteccão e classificação de vírus da ordem Bunyavirales; 2019; Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Arthur Gruber;

André Luiz de Oliveira

GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para a reconstrução de sequências e aplicação na descoberta de novos vírus; 2012; Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Luiz Thibério Lira Diniz Rangel

Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp; de galinha domestica; 2012; Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Milene Ferro

Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de sequências ORESTES de Eimeria spp; de galinha doméstica; 2008; 0 f; Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Alexandre Proietti Viotti

Desenvolvimento de marcadores microssatélite para a diferenciação de cepas de Eimeria tenella e E; acervulina; 2006; 67 f; Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Camila Malta Romano

Caracterização molecular e análise comparativa de genomas mitocondriais de Eimeria spp; de galinha doméstica; 2004; 138 f; Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, ; Orientador: Arthur Gruber;

Fernando Augusto de Abreu

Expressão, purificação e determinação da estrutura tridimensional de fragmentos da proteína antigênica B13 de Trypanosoma cruzi por espectroscopia de ressonância magnética nuclear; 2002; 0 f; Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Sandra Fernandez

Estudo das Variações Inter- e Intra-Específicas de Eimeria Spp; de Galinha Doméstica Através do Polimorfismo de Dna Amplificado Randomicamente (Rapd); 1999; Dissertação (Mestrado em Patologia Experimental e Comparada) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Liliane Santana Oliveira

Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas; 2019; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Arthur Gruber;

Úrsula Castro de Oliveira

Eimeria spp; de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética; 2011; 0 f; Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

César Armando Beltrán Castañón

Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria; 2007; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Arthur Gruber;

Jane Silveira Fraga

Caracterização Molecular e Estudo Comparativo de Vírus de Eimeria spp; de Galinha Doméstica; 2006; 178 f; Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Sandra Fernandez

Desenvolvimento de marcadores moleculares para a diferenciação de cepas e espécies de Eimeria spp; de galinha doméstica; 2004; 123 f; Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Almir José Ferreira

2016; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Arthur Gruber;

Giuliana Lopes Pola

Caracterização da estrutura genômica e sítios de inserção de casposons de bactérias e arqueias; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Biotecnologia) - Escola de Artes, Ciências e Humanidades, Programa Unificado de Bolsas - Universidade de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Adam Luis de Lara Ramalho

Levantamento de vírus da família Microviridae em genomas bacterianos; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências, Programa Unificado de Bolsas - Universidade de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Nayara Almeida Amed

Levantamento de vírus de RNA com HMMs de perfil em morcegos amazônicos; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Julia Stutz Fiasca

Levantamento de elementos casposons em bactérias e arqueias e suas relações evolutivas com vírus; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Táriky Meirelles Rocha

Levantamento e caracterização de elementos casposons em genomas bacterianos e de arqueias; 2020; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Wendel Hime de Lino Castro

Construção de uma base de modelos probabilísticos (HMMs de perfis) para a detecção e classificação de vírus a partir de dados metagenômicos; 2017; Iniciação Científica - Universidade São Judas Tadeu, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Arthur Gruber;

Irina Yuri Kawashima

Desenvolvimento de ferramentas de Bioinformática para análises genômicas; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

[Nome removido após solicitação do usuário]

Desenvolvimento de um componente de geração automática de sítios web para consulta e visualização de anotação funcional em bancos de dados na plataforma EGene2; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade São Judas Tadeu, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Tatiana Orli Milkewitz Sandberg

GenSeed: aplicações em montagem de genomas e reconstrução de sequências virais; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Rodrigo Hashimoto

Mapeamento global de proteínas em mapas de vias da base KEGG usando a plataforma EGene; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Deyvid Emanuel Amgarten

Desenvolvimento de um componente de anotação automática de vias metabólicas (KEGG) para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Rafael Moreira Neves

Desenvolvimento de um sistema de distribuição de tarefas em redes de computadores para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas; 2009; Iniciação Científica; (Graduando em Matemática Aplicada e Computacional) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Milene Ferro

Desenvolvimento de componentes de anotação de seqüências para o sistema EGene de geração de pipelines; 2006; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Tiago José PAschoal Sobreira

Desenvolvimento de ferramentas de Bioinformática para o estudo comparativo de genomas extracromossômicos de Eimeria, Theileria, Neospora e Toxoplasma; 2003; 0 f; Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Ângela Mika Katsuyama

Seqüenciamento e caracterização do genoma viral de Eimeria maxima e expressão de proteínas recombinantes; 2001; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Ana Helena Pagotto

Seqüenciamento de elementos de DNA extracromossômico de Eimeria spp; ; 2001; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Fernando Augusto de Abreu

Clonagem e expressão de fragmentos de miosina cardíaca humana para o mapeamento de epitopos de reatividade cruzada entre miosina cardíaca e proteína B13 de Trypanosoma cruzi; 2000; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Jane Silveira Fraga

Seqüenciamento e caracterização do genoma de RNA viral de Eimeria brunetti; 2000; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Ângela Mika Katsuyama

Detecção e caracterização das variações inter- e intra-específicas de Eimeria spp; de galinha doméstica por amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD); 2000; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Arthur Gruber;

Jane Silveira Fraga

O Seqüenciamento do Genoma de Xyllela fastidiosa - Equipe de Laboratório de Seqüenciamento; 1999; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Matias Ramiro Diez

Expressão e purificação de fragmentos de miosina cardíaca humana destinados ao mapeamento de epitopos de reatividade cruzada entre miosina cardíaca e proteína B13 de Trypanosoma cruzi; 1998; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Farmácia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

Alexandre Camargo Costa

Estudo das variações inter- e intra-específicas de Eimeria spp; de galinha doméstica por amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD); 1998; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Arthur Gruber;

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Projetos de pesquisa

  • 2008 - Atual

    GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para a reconstrução de sequências e aplicação em estudos metagenômicos e descoberta de novos virus, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Alan Mitchell Durham - Integrante / Tiago José Paschoal Sobreira - Integrante / André Luiz de Oliveira - Integrante / Rodrigo Hashimoto - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

  • 2006 - Atual

    EGene 2: uma plataformaa genérica para a construção de pipelines para processamento e anotação funcional de sequências biológicas, Descrição: A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / A M Durham - Integrante / Milene Ferro - Integrante / Luiz Thibério Lira Diniz Rangel - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante., Número de produções C, T & A: 3

Projetos de desenvolvimento

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

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    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante.Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.

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    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro.

  • 2005 - 2009

    Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina, Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante., Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Remuneração / Laboratório Biovet S A - Bolsa.

Prêmios

2015

Orientador de Tatiana O.M. Sandberg - Menção Honrosa no X-Meeting 2015 - 11th International Conference of the AB3C, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).

2010

Orientador de Deyvid E. Amgarten - Menção Honrosa no 18o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo.

2006

Prêmio Zigman Brener - Área de Epidemiologia, Sociedade Brasileira de Protozoologia SBPz.

2005

Personalidade da Área Técnica da Avicultura Brasileira 2005, Gessulli Agribusiness.

2000

Mérito Científico e Tecnológico, Governo do Estado de São Paulo.

2000

Orientador de Angela M. Katsuyama - Menção Honrosa no 8o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo.

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia. , Av. Prof. Lineu Prestes 1374, Cidade Universitária, 05508-000 - Sao Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30917274, Fax: (11) 30917417, URL da Homepage:

Experiência profissional

1996 - Atual

Universidade de São Paulo

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 02/2006

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.,Cargo ou função, Membro titular da Comissão de Informática.

  • 02/2006

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.,Cargo ou função, Membro titular do Conselho de Departamento.

  • 02/2006

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.,Cargo ou função, Membro suplente da Comissão de Biossegurança.

  • 10/2005

    Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.,Linhas de pesquisa

  • 07/2002

    Ensino, Bioinformática, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, IBI5032 - Bioinformática Instrumental

  • 03/2000

    Ensino, Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, BMP5762 - Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias

  • 03/2000

    Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, VPT-333 - Biologia Molecular Aplicada à Medicina Veterinária

  • 06/1998 - 09/2005

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.,Cargo ou função, Presidente da Comissão Interna de Biossegurança - CIBio.

  • 03/1998 - 09/2005

    Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, VPT-345 - Doenças de Aves Ornamentais e Silvestres

  • 02/1998 - 09/2005

    Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia.,Cargo ou função, Presidente da Comissão Interna de Biossegurança (CIBio).

  • 02/1996 - 09/2005

    Pesquisa e desenvolvimento, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.,Linhas de pesquisa

  • 08/1996 - 12/2003

    Ensino, Patologia Experimental e Comparada, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, VPT-5747 - O DNA Recombinante e suas Aplicações Farmacológicas e Fisiopatológicas

  • 10/2000 - 04/2002

    Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.,Cargo ou função, Membro da Comissão de Ética e Experimentação Animal.

  • 08/1997 - 07/2001

    Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia.,Cargo ou função, Presidente da Comissão de Informática.

  • 04/1999 - 03/2001

    Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia.,Cargo ou função, Membro de colegiado superior.

  • 06/1998 - 05/2000

    Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.,Cargo ou função, Membro de conselho de unidade.

  • 02/1996 - 12/1999

    Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, VPT-514 - Ornitopatologia

  • 04/1997 - 03/1999

    Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia.,Cargo ou função, Membro de colegiado superior.

  • 06/1996 - 05/1998

    Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.,Cargo ou função, Membro de conselho de unidade.

1990 - 1995

Universidade Ibirapuera

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor assistente, Carga horária: 20

Atividades

  • 08/1990 - 12/1995

    Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Química Biológica

1989 - 1995

Fundação Abc

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor assistente, Carga horária: 8

Atividades

  • 08/1989 - 12/1995

    Ensino, Medicina, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioquímica

Propriedade Intelectual

Patentes (1)

Criando um monitoramento

Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todos os processos de Arthur Gruber e sempre que o nome aparecer em publicações dos Diários Oficiais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário

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