André Luiz Martins Reis

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Participação em eventos

Produções bibliográficas

• BADOTTI, FERNANDA ; BARBOSA, ALAN SALES ; REIS, ANDRÉ LUIZ MARTINS ; DO VALLE, ÍTALO FARIA ; AMBRÓSIO, LARA ; BITAR, MAINÁ . Comparative modeling of proteins: A method for engaging students' interest in bioinformatics tools. Biochemistry and Molecular Biology Education , v. 42, p. 68-78, 2014.

• RIOS, J. S. H. ; MARTINS, M. L. B. ; MOREIRA, R. G. ; PEREIRA, M. A. ; PRADO, W. S. ; BORGES, C. S. ; REIS, A. L. M. ; LOURENCO, M. B. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; FRANCO, G. R. . The impact of Spliced Leader Trans-Splicing processing in the predicted proteome of Schistosoma mansoni. In: Abstract Book, 2015, São Paulo. Abstract Book, 2015.

• REIS, A. L. M. ; LOURENCO, M. B. ; GRYNBERG, P. ; VIEIRA, H. G. S. ; PRADO, W. S. ; KACZOROWSKI, D. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; MATTICK, J. ; FRANCO, G. R. . Characterizing the alternative usage of Spliced Leader Trans-Splicing acceptor sites in Trypanosoma cruzi under gamma radiation stress. In: X-meeting 2015, 2015, São Paulo. Abstract Book.

• BORGES, C. S. ; LOURENCO, M. B. ; REIS, A. L. M. ; IMADA, E. L. ; FRANCO, G. R. . Caracterização de sítios aceptores de Spliced Leader Trans-Splicing putativos em regiões não-codificadoras do genoma de Schistosoma mansoni. In: XXIV Semana de Iniciação Científica da UFMG, 2015, Belo Horizonte. Resumos da Semana do Conhecimento, 2015.

• PRADO, W. S. ; REIS, A. L. M. ; FRANCO, G. R. . Pesquisa de assinaturas de sequência em regiões entre clusters gênicos unidirecionais do genoma de Trypanosoma cruzi. In: XXIV Semana de Iniciação Científica da UFMG, 2015, Belo Horizonte. Resumos da Semana do Conhecimento, 2015.

• PEREIRA, M. A. ; MARTINS, M. L. B. ; REIS, A. L. M. ; CASTRO, C. F. ; VIEIRA, H. G. S. ; GRYNBERG, P. ; FRANCO, G. R. . Analysis of the Trypanosoma cruzi transcriptome in response to gamma radiation. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB/ SoIBio, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

• RIOS, J. S. H. ; REIS, A. L. M. ; PEREIRA, M. A. ; CASTRO, C. F. ; LOURENCO, M. B. ; MARTINS, M. L. B. ; FRANCO, G. R. . Impact of alternative processing of transcripts by spliced leader trans-splicing in the predicted proteome of Schistosoma mansoni. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB/ SoIBio, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

• MARTINS, M. L. B. ; SAMMETH, M. ; REIS, A. L. M. ; MOURAO, M. M. ; RIBEIRO, J. M. C. ; FRANCO, G. R. . Characterization of the SL trans-spliced mRNA sub-population in Schistosoma mansoni by high-throughput RNA-Seq. In: X-meeting 2013, 2013, Recife. Abstract Book, 2013.

• SOUZA, D. L. ; REIS, A. L. M. ; MARTINS, M. L. B. ; MOURAO, M. M. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; FRANCO, G. R. . RNAs mitocondriais podem sofrer SLTrans-Splicing em Schistosoma mansoni?. In: XXII Semana de Iniciação Científica da UFMG, 2013, Belo Horizonte. Resumos da Semana do Conhecimento, 2013.

• REIS, A. L. M. ; MARTINS, M. L. B. ; MOURAO, M. M. ; MACHADO, C. R. ; MACEDO, A. M. ; FRANCO, G. R. . Identification of transcripts processed by spliced leader trans-splicing in Schistosoma mansoni. In: 3th International Symposium on Schistosomiasis, 2012, Belo Horizonte. Abstract Book, 2012.

• REIS, A. L. M. ; MARTINS, M. L. B. ; MOURAO, M. M. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; FRANCO, G. R. . Identification of transcripts processed by spliced leader trans-splicing in Schistosoma mansoni. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2012, Campinas. Abstract Book, 2012.

• REIS, A. L. M. ; MARTINS, M. L. B. ; MOURAO, M. M. ; MACHADO, C. R. ; MACEDO, A. M. ; FRANCO, G. R. . Identificação dos transcritos processados por Spliced Leader Trans-splicing em Schistosoma mansoni. In: XXI Semana de Iniciação Científica da UFMG, 2012, Belo Horizonte. Resumos da Semana do Conhecimento, 2012.

• REIS, A. L. M. ; MARTINS, M. L. B. ; MACHADO, C. R. ; MACEDO, A. M. ; MOURAO, M. M. ; FRANCO, G. R. . Identification of transcripts processed by spliced leader trans-splicing in Schistosoma mansoni.. In: VI Encontro de Pesquisa em Bioquímica e Imunologia, 2012, Belo Horizonte. VI ENAPEBI Abstract book, 2012.

• REIS, A. L. M. ; MARTINS, M. L. B. ; MOURAO, M. M. ; FRANCO, G. R. . Identificação dos transcritos processados por Spliced Leader Trans-splicing em Schistosoma mansoni.. In: XX Semana de Iniciação Científica da UFMG, 2011, Belo Horizonte. Resumos da Semana do Conhecimento, 2011.

• BADOTTI, FERNANDA ; BARBOSA, ALAN SALES ; REIS, A. L. M. ; DO VALLE, ÍTALO FARIA ; AMBRÓSIO, LARA ; LOURENCO, M. B. . Comparative modeling of proteins: A method for engaging students' interest in bioinformatics tools. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• REIS, A. L. M. . Caracterização do uso diferencial de sítios aceptores de spliced leader trans-splicing em unidades policistrônicas de Trypanosoma cruzi 2014 (Trabalho de Conclusão de Curso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2014 - 2014

  Studying regulatory aspects of skin melanoma by combining GWAS and epigenetic data, Descrição: GWAS studies have led to the identification of thousands of SNPs associated with a large number of phenotypes, but they did not offer evidence on the biological roles they might be implicated in. Most of the variants lie in non-coding regions making it even harder to decode their function, but also indicating a possible regulatory role. The development of high-throughput functional assays such as ChIP-seq and DNase-seq can experimentally detect genomic loci, which are thought to be transcription factor binding sites. More specifically, studies that take advantage of this technique have shown that some histone modifications can even be regarded as indicators of transcriptional regulatory function. For example, histone 3-lysine-4-monomethylation (H3K4me1) is correlated with enhancer activity among other signals. The objective of your project was to compare ChIP-seq H3K4me1 data for a melanoma cell line and a neural crest cell line derived in vitro, then determine if any GWAS-SNPs associated with the disease lie in potential enhancer regions or if the phenotypes they are associated with are also common to neural crest cells. The motivation comes from the fact that melanocytes, which give rise to melanoma, are derived from neural crest cells, and the plasticity of the latter can help explain the higher probability of melanoma, among other types of cancer, of becoming metastatic.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: André Luiz Martins Reis - Coordenador / Andrew S. McCallion - Integrante / Xylena Reed - Integrante.

• 2014 - Atual

  Caracterização do uso diferencial de sítios aceptores de Spliced Leader Trans-Splicing em unidades policistrônicas de Trypanosoma cruzi, Descrição: Trypanosoma cruzi, o agente etiológico da doença de Chagas é um protozoário flagelado, digenético, pertencente à ordem Kinetoplastida e à família Trypanosomatidae. Em eucariotos, normalmente, os transcritos primários de genes monocistrônicos são processados para a remoção de segmentos não codificadores, os íntrons, num processo denominado cis-splicing. Os tripanosomatídeos são uma exceção, porque seus genes não possuem íntrons além da transcrição, neles, ser policistrônica. A anotação do genoma de T. cruzi não tem policistrons definidos e promotores de genes codificados pela RNA polimerase II também não são bem caracterizados. A maturação dos mRNAs singulares, a partir dos pre-mRNAs policistrônicos, ocorre por meio de duas reações distintas acopladas: o spliced leader trans-splicing (SLTS) e a poliadenilação. No SLTS, uma sequência de 39 nt capeada é adicionada à extremidade 5? de um cístron a partir do reconhecimento de sítios aceptores de splicing, e na poliadenilação uma cauda Poli(A) é adicionada à extremidade 3?, da mesma forma, pelo reconhecimento de sítios de poliadenilação. Já foi observado trans-splicing alternativo nesse parasito e esse tipo de processamento pode ser uma ferramenta importante de regulação da expressão gênica, já que a transcrição policistrônica impossibilita a regulação fina de genes individuais ao nível transcricional. Existem diversas funções propostas para o SLTS alternativo, mas ainda são necessários estudos tanto para entender melhor o padrão de utilização dos sítios aceptores de trans-splicing quanto encontrar mais evidências que suportem as possíveis funções desse mecanismo. Por isso, nesse trabalho, nós buscamos através de uma abordagem computacional, com dados de RNA-seq obtidos de epimastigotas de T. cruzi do clone CL Brener crescidas em condições naturais, melhor caracterizar o SLTS em unidades policistrônicas, com foco nas funções regulatórias.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: André Luiz Martins Reis - Integrante / Glória Regina Franco - Coordenador / Mainá Bitar Lourenço - Integrante / Priscila Grynberg - Integrante / Helaine Grazielle dos Santos Vieira - Integrante.

• 2011 - 2013

  Identificação dos transcritos processados por Spliced Leader Trans-splicing em Schistosoma mansoni, Descrição: Estimativas da OMS indicam que existem, aproximadamente, 207 milhões de pessoas afetadas pela esquistossomose em todo mundo. Esse dado alarmante reforça a importância do estudo do agente causador dessa doença que, no Brasil, é o Schistosoma mansoni. Esse parasito tem um ciclo de vida complexo envolvendo a sua sobrevivência em diferentes ambientes e essa grande adaptabilidade reflete drásticas transformações morfológicas que devem ocorrer de um estágio para o outro durante o seu ciclo. Um mecanismo molecular, ainda pouco compreendido, mas que pode ser importante no controle da expressão gênica desse parasito é o Spliced Leader Trans-splicing. Nesse processo uma sequência identificada como, sequência líder, é doada da extremidade 5? de um RNA especializado (SL RNA) para alguns pré-mRNAs receptores, levando à formação de um subconjunto de mRNAs maduros com uma extremidade 5? comum. O principal objetivo desse trabalho é identificar os transcritos que sofrem SL Trans-splicing, no intuito de entender melhor funções e processos biológicos desse parasito que são afetados por esse mecanismo. Para esse fim, RNA foi extraído de diferentes estágios do ciclo de vida do parasito (miracídios, cercárias, esquistossômulos e vermes adultos) e utilizado na construção de bibliotecas de cDNA enriquecidas em transcritos contendo a sequência líder.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: André Luiz Martins Reis - Coordenador / Mariana Lima Boroni Martins - Integrante / Marina de Moraes Mourão - Integrante / Carlos Renato Machado - Integrante / Andrea Mara Macedo - Integrante / Glória Regina Franco - Integrante.

Prêmios