Murillo Fernando Rodrigues

Doutor em Biologia pela Universidade de Oregon. Mestre em Genética e Biologia evolutiva e bacharel em Ciências biológicas pelo Instituto de Biociências - USP. Atualmente, pesquisador no Oregon National Primate Center. Tem interesse em Genética de populações, Biologia evolutiva e Bioinformática. Mais informações em https://m-rodrigues.me

Informações coletadas do Lattes em 30/07/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Biology

2018 - 2024

University of Oregon
Título: Understanding Evolution with Simulations: Three Tales about Trees
Orientador: Andrew Kern
Coorientador: Peter Ralph. Palavras-chave: Genômica de populações; Adaptação; Deep learning.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.

Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)

2016 - 2018

Universidade de São Paulo
Título: Adaptive or neutral clines? Integrating genome-wide clinal and seasonal variation to infer natural selection in Drosophila melanogaster, Ano de Obtenção: 2018
Rodrigo Cogni.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Genômica de populações; Seleção contemporânea; adaptação local; Gradiente latitudinal.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.

Graduação em Ciências Biológicas (Bacharelado)

2012 - 2015

Universidade de São Paulo
Título: Diversidade e posicionamento filogenético de linhages de Rhinebothrium LINTON, 1890 (Eucestoda: Rhinebotridea) residentes do Lago de Maracaibo e Bacia do Orinoco, Venezuela.
Orientador: Fernando Portella de Luna Marques
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

Formação complementar

2015 - 2015

Noções de programação para análise de sequências. (Carga horária: 12h). , Instituto de Biociências - USP, IB - USP, Brasil.

2015 - 2015

Redação Acadêmica para Graduação. (Carga horária: 30h). , Centro de Línguas FFLCH-USP, CL, Brasil.

2013 - 2013

Evidência total e homologia dinâmica. (Carga horária: 12h). , Instituto de Biociências - USP, IB - USP, Brasil.

2013 - 2013

Introdução à programação de computadores. (Carga horária: 8h). , Instituto de Biociências - USP, IB - USP, Brasil.

2012 - 2012

Princípios de alinhamento e reconstrução molecular. (Carga horária: 8h). , Instituto de Biociências - USP, IB - USP, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Zoologia.

Organização de eventos

CAODAGLIO, A. S. ; CAVALCANTI, I. R. S. ; COSTA, L. P. ; RODRIGUES, M. F. ; YUGAR, P. ; JARCOVIS, R. ; RAMOS, S. L. G. ; OSTROWSKI, L. ; ANDRADE, H. ; REGNIER, L. ; PAMPLONA, M. ; LEMOS, J. ; ROSA, C. ; TARONE, G. ; GUIMARAES, A. F. ; PEREZ, R. ; MAYUMI, M. . 18 Semana Temática da Biologia - USP. 2015. (Congresso).

F. P. L. Marques ; RODRIGUES, M. F. ; LUCHETTI, N. ; PRIMON, J. ; TREVISAN, B. . 8th Workshop on Cestode Systematics and Phylogeny. 2014. (Outro).

SAJ, A. ; CAODAGLIO, A. S. ; BURATTO, A. C. ; NADIM, A. C. C. ; COSTA, B. ; EL-DASH, I. M. C. A. ; CAVALCANTI, I. R. S. ; OSTROWSKI, L. ; HAUSNER, M. ; RODRIGUES, M. F. ; YUGAR, P. ; JARCOVIS, R. ; RAMOS, S. L. G. ; EL-DASH, V. M. C. A. . 17 Semana Temática da Biologia - USP. 2014. (Congresso).

RODRIGUES, M. F. ; CAODAGLIO, A. S. ; BURATTO, A. C. ; NADIM, A. C. C. ; RITTER, A. C. C. ; LAHAM, B. S. ; LEITE, C. S. C. ; EL-DASH, I. M. C. A. ; CAVALCANTI, I. R. S. ; ROSSI, J. ; FESSARDI, M. ; HAUSNER, M. ; CUNHA, P. R. ; EL-DASH, V. M. C. A. ; CASAROLI, V. C. ; COSTA, B. ; ZATTAR, L. ; OSTROWSKI, L. ; SAJ, A. ; YUGAR, P. ; et.al . 16 Semana Temática da Biologia. 2013. (Congresso).

RODRIGUES, M. F. ; CAODAGLIO, A. S. ; BURATTO, A. C. ; GARCIA, A. C. ; NADIM, A. C. C. ; RITTER, A. C. C. ; LAHAM, B. S. ; BERALDO, C. S. ; PAVONE, C. B. ; RANI, C. ; LEITE, C. S. C. ; TERAN, D. F. V. ; EL-DASH, I. M. C. A. ; CAVALCANTI, I. R. S. ; SILVA, J. T. S. ; GENOVA, J. G. ; QUEIROZ, J. P. ; FRANZINI, L. D. ; GOES, M. E. ; CUNHA, P. R. ; et.al . 15 Semana Temática da Biologia. 2012. (Congresso).

Produções bibliográficas

RODRIGUES, MURILLO F ; KERN, ANDREW D ; RALPH, PETER L . Shared evolutionary processes shape landscapes of genomic variation in the great apes. GENETICS , v. 226, p. iyae006, 2024.
ESTEVEZ-CASTRO, CARLOS F. ; RODRIGUES, MURILLO F. ; BABARIT, ANTINÉA ; FERREIRA, FLÁVIA V. ; DE ANDRADE, ELISA G. ; MAROIS, ERIC ; COGNI, RODRIGO ; AGUIAR, ERIC R. G. R. ; MARQUES, JOÃO T. ; OLMO, ROENICK P. . Neofunctionalization driven by positive selection led to the retention of the loqs2 gene encoding an Aedes specific dsRNA binding protein. BMC BIOLOGY , v. 22, p. 1, 2024.
LAUTERBUR, M ELISE ; CAVASSIM, MARIA IZABEL A ; GLADSTEIN, ARIELLA L ; GOWER, GRAHAM ; POPE, NATHANIEL S ; TSAMBOS, GEORGIA ; ADRION, JEFFREY ; BELSARE, SAURABH ; BIDDANDA, ARJUN ; CAUDILL, VICTORIA ; CURY, JEAN ; ECHEVARRIA, IGNACIO ; HALLER, BENJAMIN C ; HASAN, AHMED R ; HUANG, XIN ; IASI, LEONARDO NICOLA MARTIN ; NOSKOVA, EKATERINA ; OBSTETER, JANA ; PAVINATO, VITOR ANTONIO CORREA ; RODRIGUES, M. F. ; et.al . Expanding the stdpopsim species catalog, and lessons learned for realistic genome simulations. eLife , v. 12, p. RP84874, 2023.
BAUMDICKER, FRANZ ; BISSCHOP, GERTJAN ; GOLDSTEIN, DANIEL ; GOWER, GRAHAM ; RAGSDALE, AARON P ; TSAMBOS, GEORGIA ; ZHU, SHA ; ELDON, BJARKI ; ELLERMAN, E CASTEDO ; GALLOWAY, JARED G ; GLADSTEIN, ARIELLA L ; GORJANC, GREGOR ; GUO, BING ; JEFFERY, BEN ; KRETZSCHUMAR, WARREN W ; LOHSE, KONRAD ; MATSCHINER, MICHAEL ; NELSON, DOMINIC ; POPE, NATHANIEL S ; RODRIGUES, M. F. ; et.al . Efficient ancestry and mutation simulation with msprime 1.0. GENETICS , v. 220, p. iyab229, 2022.
RODRIGUES, M. F. ; COGNI, R. . Genomic responses to climate change: making the most of the Drosophila model. Frontiers in Genetics , v. 1, p. 1, 2021.
RODRIGUES, MURILLO F. ; VIBRANOVSKI, MARIA D. ; COGNI, RODRIGO . Clinal and seasonal changes are correlated in Drosophila melanogaster natural populations. Evolution , v. 75, p. 2042-2054, 2021.
STANKOWSKI, SEAN ; CHASE, MADELINE A. ; FUITEN, ALLISON M. ; RODRIGUES, MURILLO F. ; RALPH, PETER L. ; STREISFELD, MATTHEW A. . Widespread selection and gene flow shape the genomic landscape during a radiation of monkeyflowers. PLOS BIOLOGY , v. 17, p. e3000391, 2019.
REYDA, F. ; RODRIGUES, M. F. ; MARQUES, F. P. L. . RHINEBOTHRIUM SPECIES (CESTODA: RHINEBOTHRIIDEA) IN NEOTROPICAL FRESHWATER STINGRAYS: INSIGHTS FROM RECENT COLLECTIONS IN VENEZUELA. In: 89th. Annual Meeting of the American Society of Parasitologists, 2014, New Orleans. The 89th Annual Meeting of the American Society of Parasitologists, 2014.
RODRIGUES, MURILLO F ; Pope, Nate S ; RALPH, PETER L ; KERN, ANDREW D . A deep learning framework for evolutionary inference using ancestral recombination graphs. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
RODRIGUES, MURILLO F. ; RALPH, PETER L ; KERN, ANDREW D . Shared evolutionary processes shape genomic variation in the great apes. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
RODRIGUES, MURILLO F. ; KERN, ANDREW D ; RALPH, PETER L . Why are landscapes of diversity correlated in the great apes?. 2022. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
RODRIGUES, MURILLO F. ; KERN, ANDREW D ; RALPH, PETER L . Natural selection and landscapes of diversity in the great apes. 2021. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
RODRIGUES, MURILLO F. ; RALPH, PETER L ; KERN, ANDREW D . Natural selection and landscapes of diversity in the great apes. 2021. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
RODRIGUES, M. F. ; COGNI, R. . Desvendando o papel da seleção natural na evolução recente de genes do sistema imune de Drosophila melanogaster. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Projetos de pesquisa

2016 - Atual

Variação clinal em genes do sistema imune de Drosophila melanogaster, Descrição: A pressão seletiva imposta por inimigos naturais varia em clinas de latitude, sendo as interações mais importantes em regiões tropicais que em regiões de clima temperado. Isso pode levar a evolução de clinas em polimorfismos em genes associados à resistência a inimigos naturais. O objetivo desse projeto é investigar seleção contemporânea em genes do sistema imune de Drosophila melanogaster através de variações em clina. Serão utilizados dados de sequenciamento de próxima geração de populações coletadas ao longo de um amplo gradiente de latitude na América do Norte, obtidos em estudos anteriores, para investigar a presença de clinas em genes do sistema imunológico em comparação com genes sem função imune.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Murillo Fernando Rodrigues - Coordenador / Rodrigo Cogni - Integrante.
2013 - 2014

Diversidade e posicionamento filogenético de linhages de Rhinebothrium LINTON, 1890 (Eucestoda: RHINEBOTHRIIDEA) residentes do lago de Maracaibo e bacia do Orinoco, Venezuela, Descrição: Estudar as relações filogenéticas é essencial para que se possa entender fatos e fenômenos biológicos de um ponto de vista histórico-evolutivo. Sistemas parasita-hospedeiro podem ser modelos biológicos para o estudo das associações históricas. O sistema constituído pelas raias neotropicais e seus parasitas é interessante, pois reflete a história de ingressão ao ambiente dulcícola dos hospedeiros juntamente com seus parasitas. Vários autores têm dedicado esforços para entender a diversificação dos parasitas das arraias da América do Sul. Um gênero de Cestoda parasita de raia de água doce é Rhinebothrium. Este grupo foi revisado em 2011, mas os autores desta publicação não tinham espécimes da região do Lago de Maracaibo e Orinoco, as quais são essenciais para o entendimento da diversificação deste grupo de cestóideos neotropicais. Este estudo visa incluir espécimes destas regiões, a fim de se obter um retrato mais completo da composição deste gênero. Serão utilizadas sequências nucleotídicas do gene CO I juntamente com coesão morfológica para a proposição de uma hipótese filogenética para o gênero Rhinebothrium. Os limites entre espécies serão testados utilizando as relações filogenéticas e congruência morfológica juntamente com suporte estatístico, provido pelo programa SPLITS. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Murillo Fernando Rodrigues - Integrante / Fernando Portella de Luna Marques - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

Prêmios

2016

Menção honrosa no Prêmio Oswaldo Frota Pessoa, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Instituto de Biociências - USP.

Histórico profissional

Endereço profissional

Instituto de Biociências - USP, Departamento de Ecologia. , Rua do Matão, Butantã, 05508090 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30910964, URL da Homepage:

Experiência profissional

2024 - Atual

Oregon Health and Science University

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Computational Biologist, Carga horária: 40

2018 - 2024

University of Oregon

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40

2015 - 2015

Instituto de Matemática e Estatística - USP

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor remunerado, Carga horária: 8

Outras informações:
Monitor remunerado da disciplina Noções de Estatística (MAE116).

2014 - 2014

State University of New York

Vínculo: Visitante, Enquadramento Funcional: Estagiário Voluntário, Carga horária: 30, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Estágio realizado sob orientação do Dr. Florian Reyda.

2016 - 2016

Instituto de Biociências - USP

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário PAE, Carga horária: 6

Outras informações:
Estagiário PAE na disciplina Processos Evolutivos sob supervisão dos Profs. Drs. Diogo Meyer e Gabriel Marroig.

2014 - 2014

Instituto de Biociências - USP

Vínculo: Voluntário, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 4

Outras informações:
Monitor da disciplina Princípios de Sistemática e Biogeografia sob supervisão do Prof. Dr. Fernando Portella de Luna Marques

2013 - 2013

Instituto de Biociências - USP

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 8

Outras informações:
Monitor da disciplina Princípios de Sistemática e Biogeografia sob supervisão do Prof. Dr. Fernando Portella de Luna Marques.

Atividades

03/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Representante discente da pós-graduação junto à Congregação do IB..
03/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva.,Cargo ou função, Representante discente suplente junto ao Conselho do Departamento de Genética e Biologia Evolutiva..
04/2015 - 01/2016
Estágios , Instituto de Biociências, Departamento de Ecologia.,Estágio realizado, Variação clinal em Drosophila melanogaster, sob orientação do Prof. Dr. Rodrigo Cogni.
02/2015 - 12/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Representante discente suplente na Comissão de Graduação do IB/USP.
02/2015 - 12/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Representante discente titular da Comissão de Cultura e Extensão do IB/USP.
02/2013 - 02/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Zoologia.,Cargo ou função, Representante discente junto ao Conselho do Departamento de Zoologia.
11/2013 - 12/2014
Estágios , Departamento de Zoologia.,Estágio realizado, Estagiário de Iniciação Cientifica com bolsa FAPESP, sob orientação do Prof. Dr. Fernando Marques. Projeto: " Diversidade e posicionamento filogenético de linhages de Rhinebothrium LINTON, 1890 (Eucestoda: RHINEBOTHRIIDEA) residentes do lago de Maracaibo".
03/2013 - 10/2013
Estágios , Departamento de Zoologia.,Estágio realizado, Técnicas de biologia molecular e observação de espécimes de Cestodas parasitas de Potamotrygonidae. Sob supervisão do prof. Dr. Fernando P. de Luna Marques.
08/2012 - 11/2012
Estágios , Departamento de Botânica.,Estágio realizado, DNA Barcode de algas vermelhas. Sob a orientação da Prof. Dra. Valéria Cassano.